4P2EA

Acoustic transfer of protein crystals from agar pedestals to micromeshes for high throughput screening of heavy atom derivatives
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Acoustic transfer of protein crystals from agarose pedestals to micromeshes for high-throughput screening.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-03-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4p2eA00
1WQPA 3TMVA 5E9RA 133LA 1UCOA 4XENA 2ZQ4A 1GB6A 4HJVA 4II8A 4WM4A 2YBIA 1TEWA 1NBYC 1GXV2 2CWIA 4NGYA 4OWHA 1B9OA 1G7IC 1C46A 1GE4A 2MEEA 5KXPA 1NBZC 1OUAA 4PHIA 1LJJA 1TBYA 1F6SA 2H9KA 3E3DA 3WXUA 1LZTA 4DD3A 1BB6A 1GE2A 207LA 3IWRA 1JKCA 2EKSC 2I25L 4XYYA 1HEQA 1IY4A 2ZYPA 1UIHA 4NSJA 4W94A 4NGZA 3WXTA 4WG1A 1ZVHL 3B6LA 1DKKA 1KIPC 5D5CA 4YEMA 1HF4A 1IWVA 2DQHY 2A7FA 1LZAA 2Z2FA 1IOSA 1NQIA 2BQIA 1C08C 1JPOA 1LSZA 2YVBA 4PJ2C 5I4YA 5K7OA 3J4GA 1D6PA 1JISA 2YBMA 1LJHA 1AKIA 3ZEKA 1B5YA 4NGKA 4U3XB 6LYZA 1B7RA 2YBHA 1GFKA 1JIYA 1GHLA 1GF0A 3ATNA 1D0KA 5DL9A 1HHLA 4M6DA 1FLUA 3P64A 4BAFA 1B5WA 5I54A 5LVHA 4P2EA 5KXWA 1LAAA 4R6CA 1QTKA 1IP4A 1T3PA 4NHPA 1JSFA 1GPQC 1LYYA 5IHGA 1RE2A 1BVKC 3RW8A 1KIQC 2Y8PA 3TXEA 4HPEA 1LSCA 5LAFA 2F4AA 1WTMA 1GE3A 1OUEA 2C8PA 2CDSA 4GCEA 2MEBA 5B06A 4TWSA 3AZ4A 3B0OA 1YKZX 4RLMA 1BB5A 1VDTA 4L41A 4WO9A 5F81A 2VB1A 2Z12A 2YDGA 3D9AC 1GD6A 1JTPL 2BQFA 1QTEA 4HV2A 2H9JA 5KY1A 2F30A 1JJ3A 1GFJA 2W1MA 1VDSA 3AZ7A 4NWHA 1NWGA 1T6VL 3WUAA 1YKYX 4WM2A 1LMPA 1LMNA 1JTOL 1CJ9A 3VWOA 1YAOA 1LZ6A 2HU3A 2NWDX 1LZEA 4CGEA 1GBOA 4OWCA 2Q0MX 3P65A 4H9EA 1XGQC 3HBDA 4D9ZA 1BWHA 5KXOA 9LYZA 1GWDA 4WO6A 1LMAA 1XGPC 1SLYA 1RJCB 1TCYA 2HTXA 4YEOA 1C7PA 1JKAA 4OOOA 5FHWA 1ZMYL 3W6EA 1C10A 1MLCE 1D0LA 1LJGA 3LYZA 4DD9A 1LZBA 154LA 1RFPA 4G4HA 5APCA 1JUGA 2ZYCA 2HUBA 5IDDA 2XTHA 4LFXA 1LZNA 1REZA 1GF8A 4H9BA 3LZTA 1UA6Y 4H92A 4NWEA 1LZYA 4ANRA 1FLYA 2WARA 3A3RX 5L9JA 1OP9B 1D0MA 1GXXA 2Z38A 1YAMA 2DQDY 1P2CC 5HLLA 1GDWA 5KKJA 3HBHA 2CJLA 3A6CY 1BHZA 3TXDA 4H90A 4EOFA 6LYTA 1G7HC 2BQOA 1HC0A 2HEAA 5JENB 3CSZA 3HFMY 2LZ2A 3T6UA 4LT1A 4LYMA 4UWUA 5HMVA 4G49A 3TMWA 2BQAA 1DPXA 1RCMA 5HNLA 1HFXA 1LYZA 1LMQA 1VEDA 1WQOA 3WVXA 1IWYA 4NIJA 3TMUA 1E8LA 1UBZA 1CKFA 1GBSA 4BADA 1C45A 1IC5Y 1OUGA 1LSMA 1YAQA 1LYSA 5B05A 4ETEA 4HTNA 3A6BY 1INUA 1LSFA 1GE1A 2D4KA 5KXKA 4WG7A 1GDXA 3WW6A 1HFYA 2MEGA 3AW6A 4ZIXA 1V7TA 5T3FA 3AZ6A 1GFRA 1LZ9A 3AJNA 3A94A 1D6QA 1IP3A 4RW2A 1ZVYB 1LKSA 1UIFA 4UWNA 1IORA 1B7LA 5FDJA 3SP3A 1LZDA 3AB6A 1LZCA 1B7QA 3A96A 4OWBA 2MEDA 134LA 4NHQA 3P4ZA 2B5ZA 1CKCA 1A4VA 1N4FA 1JTTL 1W6ZA 2HEEA 1VFBC 3W6FA 2W1LA 1LHLA 1KIRC 1LMOA 2XBRA 1OUFA 4DWXA 5II3A 1AT6A 2GV0A 4XJHA 2DQEY 1JEFA 1OUCA 5LA8A 1DQJC 1WQMA 1GBZA 2MEAA 1B7NA 2HEDA 1LMTA 3B0KA 2LHMA 1QUSA 3N9EA 4NGIA 1HEWA 1B7PA 1A2YC 1IR9A 1CJ8A 4WLYA 5LYZA 1LMCA 1WVVA 4EMNA 4ZEEA 1LZ1A 4QGZA 1NMMA 4G4BA 1CKHA 4IJ4A 1IY3A 4RDSA 4AGAA 1D9UA 1G7LC 1GB0A 3A91A 4LGKA 2MEIA 1IR8A 2W1YA 1LHMA 5FELA 1BQLY 1LYOA 3N9CA 1O23A 4W96A 1HNLA 4NGLA 4WMGA 1ALCA 2BQBA 5KXSA 1YL0X 3QY4A 4WM5A 4YOPA 1EQ5A 1ZV5L 4LYZA 4QDNA 4GN5C 1XEJA 1EL1A 4LYBA 4WLXA 2LYMA 5A3EA 5HNCA 4TX7A 4ET8A 5B07A 4QY9A 2ZIJA 1GE0A 2BQCA 1GFUA 1QDRA 4H9AA 4NSGA 5L3HA 1LZSA 1YL1X 4FJRA 1J1XY 4NFVA 5FSTA 4DD0A 3RU5A 2DQGY 4M4OA 1GFEA 2D6BA 1HERA 1GF9A 1LTMA 2H5ZA 1YANA 1HEPA 3OJPA 2FBBA 4GCBA 4PGJB 1FKQA 1G7JC 1QSAA 2ZILA 3LZ2A 3N9AA 3WUNA 4DYGA 5DN5A 1LZRA 1B7SA 3MGWA 1EQEA 5M1YA 2BQJA 1IOTA 3IJUA 5L3IA 2ZIKA 1GB2A 3A67Y 4E3UA 3AW7A 3IJVA 4NSIA 5KXTA 1W08A 1HMLA 1SQ2L 1GEZA 1LKRA 3ZVQB 1OUBA 3AZ5A 2HU1A 1YILA 4UWVA 5I5QA 194LA 5C6LA 3A90A 1FN5A 3CQLA 4OW1A 4DC4A 5HQ1A 3EBAB 1HEOA 4WOAA 4N5RA 5F16A 5A3ZA 4PRQA 5C6JA 3A93A 1CNSA 4N1CC 5IELA 1DI4A 4MCKA 1GBXA 1GF3A 1OUDA 1GAZA 1EQ4A 1GFHA 1QQYA 2FYDA 4NEBA 4DDAA 1GB8A 2Z19A 4I0CA 4Z98A 2DQFC 4CFOA 2F2NA 1J1PY 1PZYA 3M18B 3WH1A 1IVMA 4H9FA 4YM8A 7LYZA 1GB9A 3KAMA 4I8SA 2MEHA 3FE0A 4LT2A 4N9RA 5LVIA 4B1AA 3LN2A 5LYTA 5J7CA 3CT1A 3ATOA 2Z37A 1NKHA 3BKHA 2W1XA 4HTQA 5C6IA 3WPLA 3FI7A 4OOTA 4NHSA 1NDGC 1LJIA 1IC7Y 1QIOA 2N5ZA 4NG8A 4B4JA 4MSTA 5B1GA 5LXWA 1WQRA 1OUHA 4HJYA 3LYTA 1IWXA 1DI3A 1KXWA 3W6CA 2A7DA 4G9SA 4HPIA 4XJDA 3W6DA 3WPKA 4B4EA 4DDBA 208LA 1UUZC 2BQHA 2X0AA 3CSRA 3D3DA 1WTNA 1GB7A 2LYOA 1LJKA 2HEFA 2MEFA 4N8ZA 4B4IA 4PRUA 4H8ZA 5KXNA 3WUMA 3BKVA 1HMKA 3RNXA 4WM3A 1H6MA 5FCPA 5E4PA 5LA5A 3WMKA 2DBTA 5KXXA 2FBDA 4H8XA 5LIOA 3CSQA 4MR1A 1B5UA 3A8ZA 4LT3A 2I26L 1LSGA 2MECA 1IC4Y 5DN4A 2BQGA 1BWJA 1GFGA 4H9IA 5EBHA 1JWRA 1AT5A 2YBNA 2LZTA 1DKJA 1GAYA 1XEIA 3EMSA 4WL6A 3AGGG 4CHXA 2I6ZA 4NGWA 1UIAA 2BQNA 4GCCA 5APFA 2HECA 4HV1A 1IWZA 1VATA 1LJ3A 1BB7A 4BAPA 4A7DA 4NG1A 4YENA 3G3AB 1B7OA 4LZTA 4RLNA 3B72A 1JJ1A 2Z2EA 1B0DA 1F6RA 3A34A 2EPEA 1GFVA 4LYCA 5KXLA 2G4PA 5APEA 1IWWA 2YBLA 4WL7A 4RW1A 2DQJY 3AYQA 4B0DA 1BWIA 1UIEA 4LFPA 1REYA 1LHHA 4ETAA 4Z46A 4J7VA 4N0JA 3AGHA 1LSPA 2BQEA 1LOZA 3WPJA 4ETDA 1I20A 1CJ6A 2YSSC 1HELA 2BLXA 1TDYA 1IWUA 5KXRA 4C3WA 1DPWA 1KXYA 2DQIY 193LA 5KXMA 3QE8A 1IP7A 4NHIA 2BAAA 3WYHA 3TXIA 132LA 1JITA 5AMYA 5ILCA 1OUIA 4IATA 2DQCY 3WU7A 3AGIA 3WU9A 1CKGA 4DD2A 3P66A 4WM6A 2CGIA 3A92A 1FDLY 1GBYA 4GCDA 5I4XA 3TXKA 1UIDA 4AXTA 2DQAA 1YQVY 3EXDA 1IO5A 4NGVA 4O34A 4WM1A 4ETCA 4NSHA 1WQQA 1OUJA 3LYMA 4H91A 1IOQA 1LZGA 1Z55A 1I56A 4DDCA 1FLWA 1LSDA 1PS5A 1FLQA 1JSEA 1BB3A 5D5FA 2ZWBA 4J1BA 4NGOA 4TSCA 5B1FA 1F0WA 1XEKA 2BPUA 1JKDA 3ULRA 2D4IA 3EO5A 4HP0A 1DI5A 4LT0A 2Z39A 3WW5A 1LJFA 1LZ4A 1H87A 2G4QA 3A95A 3TXJA 4NGJA 1B5XA 5KJ9A 3TMXA 5LVGA 1GB3A 1UC0A 4IASA 1XSFA 3CT0A 5DLAA 3GXRA 4GN4A 1LSAA 4TSBA 4BS7A 1FBIX 1BVXA 5LVKA 4C5FA 4Z3MA 1HFZA 3RT5X 4GCFA 5KXZA 1UIBA 3RZ4A 1JJ0A 1GF5A 1CJ7A 4WLTA 1GFTA 1NDMC 4LYTA 5LINA 4QEQA 1QSWA 2AUBA 1LHJA 4OWAA 1REXA 3J6KA 1HEMA 3LHMA 2ZNXY 1YIKA 4KPMA 1MELL 5KXYA 1IWTA 3OK0A 1LJEA 4J1AA 3K3TA 4XJBA 1HSXA 5APDA 1I1ZA 1HSWA 2D91A 5I4WA 1NHEA 1VDQA 1UICA 3G3BB 3GXKA 4R0FA 4TTDA 4Z41A 1VDPA 2DKVA 1G7MC 3LYOA 4FDYA 3WULA 1DZBX 1HENA 1WQNA 1UACY 1IP1A 1NF5A 2D4JA 1XGUC 1QDTA 4B49A 1DXJA 2IFFY 1YROA 2EQLA 4TUNA 4HJZA 4XJIA 3P68A 4H9HA 3QNGA 1LSBA 1V7SA 1LJ4A 4XJGA 4J0LA 1GB5A 3WL2A 4GLAA 1IP6A 2YBJA 4N1EI 3CT5A 3ZVQA 2HEBA 4KL7A 1GF7A 4YF2A 1YAPA 4GLVA 4WLDA 3B0IA 1AM7A 4H1PA 1UIGA 2F4GA 3W6BA 5I53A 5HMJA 3W6AA 2ZQ3A 4H8YA 3WU8A 1LJNA 2ZNWY 3A3QA 1XGTC 4GN3A 3T36A 1FKVA 1J1OY 3TXBA 4OWEA 5LVJA 4XJFA 1IOCA 1IP2A 4H94A 2C8OA 3HBEX 4XADA 4DD7A 1LHIA 3CB7A 2Z18A 1AZFA 135LA 4HTKA 4KXIA 5F9UA 3TXHA 1IX0A 1WVUA 1B5VA 1JHLA 4H93A 4ZFPA 1JKBA 4PPOA 1XFPL 1BB4A 1GEVA 1LSEA 4NHTA 1TAYA 4HSFA 5LAGA 2BQLA 5B59A 1IIZA 3W3EA 2LYZA 1LHKA 1OQMA 4KT3A 8LYZA 4XN6A 1LZ8A 4ETBA 1CKDA 1VAUA 5ILFA 2G4NA 1RI8B 5DM9A 5LYMA 4NY5A 1IEEA 1B7MA 4DT3A 1GBWA 1B2KA 4H9CA 1GF6A 4DD1A 1REMA 1LSNA 1B5ZA 1XGRC 4ML7A 5F14A 1LSYA 3TXFA 4CFPA 2IHLA 1GF4A 1C43A 4G4CA 3F6ZA 4ET9A 1QUTA 2XJWA 3WVYA 1LCNA 4LYOA 2FYCA 2BQDA 2BQMA 1LPIA 2EIZC 2RSCA 2BQKA 2BLYA 1IR7A 2PC2A 3M3UA 4X3BA 3TXGA 5F9XA 1LZ5A 1IP5A 1BGIA 1F10A 4CJ2A 1YKXX 5FEKA 1GFAA 153LA 2XBSA 1KXXA 5KKIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
133LA 1UCOA 4II8A 3CDRA 1NBYC 2CWIA 1GE4A 5KXPA 1C46A 2MEEA 1NBZC 1LJJA 3WXUA 258LA 1C68A 1JKCA 4DQ7A 2I25L 1QUGA 1UIHA 4W94A 4NGZA 3B6LA 1DKKA 5D5CA 4YEMA 2ANVA 261LA 2Z2FA 5I4YA 3J4GA 1L41A 1ZWNA 3ATNA 1D0KA 5DL9A 1HHLA 1FLUA 3P64A 1L54A 4P2EA 150LA 1LAAA 1LYYA 5IHGA 3RW8A 1KIQC 2Y8PA 2F4AA 2RBRA 1GE3A 1OUEA 2B6ZA 1G1WA 4TWSA 4RLMA 3SBBC 2BQFA 4NWHA 3WUAA 205LA 1LMPA 1JTOL 1LZ6A 2NWDX 1QTHA 260LA 3HTGA 1BWHA 1C69A 1T6HA 1SLYA 180LA 1TCYA 2NTGA 4YEOA 1C7PA 1L19A 200LA 4OOOA 1D3NA 3LYZA 1WTHA 2IGCA 2HUBA 1GF8A 1JTMA 3RZEA 2WARA 3SB7A 4DAJA 4H90A 1L39A 4I7PA 3CSZA 1P37A 3T6UA 140LA 1OVJA 4LT1A 2OE9X 1RCMA 2OE7X 4K5YA 1UBZA 1CKFA 1GBSA 1IC5Y 4ETEA 1GE1A 1L02A 3C7YA 3AW6A 4ZIXA 5T3FA 3A94A 1L68A 4RW2A 1P7SA 114LA 1B7LA 1LZDA 1L56A 3P4ZA 104LA 1JTTL 236LA 3W6FA 1L03A 1LMOA 1OUFA 3CDOA 1AT6A 5II3A 1C67A 2DQEY 1OUCA 3B0KA 1QUSA 3N9EA 1CJ8A 1LMCA 1NMMA 226LA 1DYGA 1L83A 1DYBA 5KXSA 1YL0X 3QY4A 5HNCA 3FA0A 5B07A 2BQCA 1GFUA 1CVKA 1QDRA 2OTYX 1LWGA 1J1XY 4I7SA 5FSTA 2DQGY 4M4OA 1C63A 1L35A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WQP A;  3TMV A;  5E9R A;  133L A;  1UCO A;  4XEN A;  2ZQ4 A;  1GB6 A;  4HJV A;  4II8 A;  4WM4 A;  2YBI A;  1TEW A;  1NBY C;  1GXV 2;  2CWI A;  4NGY A;  4OWH A;  1B9O A;  1G7I C;  1C46 A;  1GE4 A;  2MEE A;  5KXP A;  1NBZ C;  1OUA A;  4PHI A;  1LJJ A;  1TBY A;  1F6S A;  2H9K A;  3E3D A;  3WXU A;  1LZT A;  4DD3 A;  1BB6 A;  1GE2 A;  207L A;  3IWR A;  1JKC A;  2EKS C;  2I25 L;  4XYY A;  1HEQ A;  1IY4 A;  2ZYP A;  1UIH A;  4NSJ A;  4W94 A;  4NGZ A;  3WXT A;  4WG1 A;  1ZVH L;  3B6L A;  1DKK A;  1KIP C;  5D5C A;  4YEM A;  1HF4 A;  1IWV A;  2DQH Y;  2A7F A;  1LZA A;  2Z2F A;  1IOS A;  1NQI A;  2BQI A;  1C08 C;  1JPO A;  1LSZ A;  2YVB A;  4PJ2 C;  5I4Y A;  5K7O A;  3J4G A;  1D6P A;  1JIS A;  2YBM A;  1LJH A;  1AKI A;  3ZEK A;  1B5Y A;  4NGK A;  4U3X B;  6LYZ A;  1B7R A;  2YBH A;  1GFK A;  1JIY A;  1GHL A;  1GF0 A;  3ATN A;  1D0K A;  5DL9 A;  1HHL A;  4M6D A;  1FLU A;  3P64 A;  4BAF A;  1B5W A;  5I54 A;  5LVH A;  4P2E A;  5KXW A;  1LAA A;  4R6C A;  1QTK A;  1IP4 A;  1T3P A;  4NHP A;  1JSF A;  1GPQ C; 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 1LJ4 A;  4XJG A;  4J0L A;  1GB5 A;  3WL2 A;  4GLA A;  1IP6 A;  2YBJ A;  4N1E I;  3CT5 A;  3ZVQ A;  2HEB A;  4KL7 A;  1GF7 A;  4YF2 A;  1YAP A;  4GLV A;  4WLD A;  3B0I A;  1AM7 A;  4H1P A;  1UIG A;  2F4G A;  3W6B A;  5I53 A;  5HMJ A;  3W6A A;  2ZQ3 A;  4H8Y A;  3WU8 A;  1LJN A;  2ZNW Y;  3A3Q A;  1XGT C;  4GN3 A;  3T36 A;  1FKV A;  1J1O Y;  3TXB A;  4OWE A;  5LVJ A;  4XJF A;  1IOC A;  1IP2 A;  4H94 A;  2C8O A;  3HBE X;  4XAD A;  4DD7 A;  1LHI A;  3CB7 A;  2Z18 A;  1AZF A;  135L A;  4HTK A;  4KXI A;  5F9U A;  3TXH A;  1IX0 A;  1WVU A;  1B5V A;  1JHL A;  4H93 A;  4ZFP A;  1JKB A;  4PPO A;  1XFP L;  1BB4 A;  1GEV A;  1LSE A;  4NHT A;  1TAY A;  4HSF A;  5LAG A;  2BQL A;  5B59 A;  1IIZ A;  3W3E A;  2LYZ A;  1LHK A;  1OQM A;  4KT3 A;  8LYZ A;  4XN6 A;  1LZ8 A;  4ETB A;  1CKD A;  1VAU A;  5ILF A;  2G4N A;  1RI8 B;  5DM9 A;  5LYM A;  4NY5 A;  1IEE A;  1B7M A;  4DT3 A;  1GBW A;  1B2K A;  4H9C A;  1GF6 A;  4DD1 A;  1REM A;  1LSN A;  1B5Z A;  1XGR C;  4ML7 A;  5F14 A;  1LSY A;  3TXF A;  4CFP A;  2IHL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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