4P7LA

Structure of escherichia coli pgab c-terminal domain, p212121 crystal form
Total Genus 143
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
143
sequence length
357
structure length
357
Chain Sequence
EKSPQRIMHIDLDYVYDENLQQMDRNIDVLIQRVKDMQISTVYLQAFADPDGDGLVKEVWFPNRLLPMKADIFSRVAWQLRTRSGVNIYAWMPVLSWDLDPTLTRVKYLPTGEKKAQIHPEQYHRLSPFDDRVRAQVGMLYEDLAGHAAFDGILFHDDALLSDYEDASAPAITAYQQAGFSGSLSEIRQNPEQFKQWARFKSRALTDFTLELSARVKAIRGPHIKTARNIFALPVIQPESEAWFAQNYADFLKSYDWTAIMAMPYLEGVAEKSADQWLIQLTNQIKNIPQAKDKSILELQAQNWQKNGQHQAISSQQLAHWMSLLQLNGVKNYGYYPDNFLHNQPEIDLIRPEFSTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli k12
publication title Modification and periplasmic translocation of the biofilm exopolysaccharide poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
total genus 143
structure length 357
sequence length 357
ec nomenclature ec 3.5.1.-:
pdb deposition date 2014-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14883 GHL13 Hypothetical glycosyl hydrolase family 13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4p7lA00
2VQTA 2XVGA 4Z2LA 2VTFA 5HNNA 3NYDA 3SCOA 4PTVA 1CXKA 1Y7VA 2XM2A 2WVVB 5JIWA 3MO4A 2DT0A 8CGTA 4PBGA 4ACZA 3TTSA 3WEOA 1HJUA 1ISVA 1SFSA 2ZUVA 4XUYA 1S46A 2DT3A 1MQRA 4JL2A 4CN4A 4HA3A 1EOKA 3G6MA 4R5EA 4RE4A 3A4AA 4J3VA 1G94A 2WKGA 4GZEA 1W9XA 2GJRA 2BHZA 2EQDA 1B90A 2VJXA 1UR1A 2ZWYA 3AIRA 3B8SA 2WZHA 2WHLA 5D9OA 2WLZA 2ZX9A 2W92A 3N15A 1H4PA 1Q6FA 2WM0A 3CZLA 4AD0A 5CQ1A 2W91A 2E0PA 3EMCA 5A69A 1D2KA 3OIHA 1E4IA 1E0XA 3UEQA 3SCSA 2J4GA 2V3FA 1GQIA 2WNWA 3O9NA 2J7CA 2J79A 4UQ9A 1H1NA 4OOZA 5F7UA 1V0LA 5A6JA 2PWDA 2V3DA 3NDYA 1NWRA 4GI9A 5I3DA 4AWEA 1VJSA 3PTKA 3WUEA 3K8LA 2QHAA 3RILA 1G5AA 1IV8A 3OGRA 1W9PA 3L2LA 2FHBA 3AFBA 2C8NA 2GK1B 3OZOA 1US3A 3WD4A 1HT6A 3VIKA 1JF5A 4P7RA 1PIGA 1PX8A 3VDBA 5E09A 2WB5A 1DP0A 3CO4A 2PBGA 4HPHA 1FP8A 1O6IA 1UQZA 1XCWA 3O2LA 1MQPA 4OKDA 4P8XA 3K4AA 2YDQA 3J7HA 3AHXA 3PZOA 2DH3A 1FH8A 3IJ7A 3N13A 4XX6A 2YL9A 2ZUTA 1X6LA 2ZUMA 4B9ZA 5AC5A 2VOTA 4AIUA 5I24A 3T2QA 3AMCA 1JYXA 3RMEA 2BHYA 1E55A 1NH6A 1CGTA 5JUVA 3VVGA 1VFFA 3AMLA 1I1XA 4HZ8A 4MB1A 1XH1A 4W8LA 3U57A 3CZEA 4HZ6A 2WCSA 3AOFA 2PWGA 4CVWA 3THCA 3QHNA 4CN1A 2J62A 3N18A 5M17A 4Z2KA 3WSUA 1XCXA 3GXIA 3WL0A 1KXHA 4K68A 4JFWA 1M53A 4OJYA 3W38A 1UYQA 2A3AA 3IAPA 1J9YA 1R7AA 2FH6A 5E6YA 3VGFA 3GTNA 4UR9A 3WF4A 1UG6A 1I1WA 1NWTA 1WDPA 4CKQA 1JZ3A 2VRQA 2QPUA 1QW8A 2CERA 4P7OA 4AXNA 2XWEA 4WJXA 4AIEA 4GXPA 4AD1A 1EQPA 2ZUWA 4RL3A 2GJXB 1NQ6A 4JFVA 1W1YA 4AW7A 5FCZA 3CZJA 1XSIA 5AC4A 4XB3A 1A47A 1BVNP 3HJEA 2G4FA 1FFQA 4NSBA 4UFKA 3WNKA 4UZSA 1BQCA 4M1RA 1VENA 1J0IA 2EEXA 4TTGA 1VF8A 5A6KA 1R8LA 1LQ0A 2OWWA 1WE5A 1NWUA 2PWFA 2WKLA 4JHZA 3BXWA 2VX4A 4PSPA 4KWUA 4HZ7A 1E6RA 1OSEA 2VC9A 2BVDA 2WVTA 1C8QA 1WCGA 2D0FA 2DQXA 5LA0A 2BY1A 4TTUA 1E43A 3N11A 1JYWA 2VURA 3W81A 2IXVA 3DYMA 3WQ4A 2PF0A 4CD4A 3VIGA 4AD3A 1N82A 1GOOA 2WC4A 1UD3A 1DWIM 4JZ5A 4MAVA 1E56A 4LYQA 5C70A 3DHUA 5A8QA 3WNPA 1M03A 4PUDA 1XH0A 1R86A 2DSUA 2DT1A 5A6SA 3ZSSA 3K46A 3GNRA 4QLJA 3WFZA 4Q22A 4AD5A 1V08A 1JNEA 2Y8KA 2FGLA 5IXEA 1UKSA 1OBAA 1W2VA 4NRSA 1J0ZA 5ECUA 2ZUUA 3ARVA 3EMQA 3IANA 4AIOA 4JL1A 4TX8A 4F9JA 4D6HA 4M80A 1MW0A 3VIFA 3SCRA 3AQUA 1DHKA 5GQBA 4CGTA 1CXEA 1UD4A 1IZKA 3ZO9A 2JFEX 2BS9A 2C0HA 3T2OA 1CECA 2ZIDA 5GNYA 3GNPA 1XC6A 1HP4A 3CHCA 4MPKA 3RJXA 1DWGM 3POCA 3BAXA 3UCQA 4YN5A 1ISZA 5ABFB 1GJWA 4JFUA 1MFUA 1UH2A 2F8QA 5GNXA 3ZMRA 1V3MA 3ZQ9A 4WK9A 1KQYA 4KH2A 4P8VA 5EB8A 1MW1A 1HL8A 4B16A 2G3IA 1JXKA 1W3KA 2CESA 1GCYA 2ZXAA 5AYIA 4CCDA 1EGZA 1CXFA 1QHZA 3HU7A 3APGA 3ALFA 4GZJA 1NP0A 2VUYA 1B1YA 1V6UA 2J7DA 2DH2A 2GSJA 7TAAA 1A3HA 5BXRA 2VCBA 4BQ4A 4LYPA 1E1EA 3F5JA 1J11A 1XH2A 1JFHA 4P7LA 1HXJA 1TR1A 4ZE5A 4QFUA 1E3XA 2YOCA 3PZ9A 2CPUA 1QBAA 5FD0A 1C92A 3U7BA 3VIJA 3PHAA 1W32A 4JKLA 2WAGA 2V3EA 2TAAA 1J0YA 3II1A 3F4VA 4MNKA 4W86A 3AIUA 5C8BB 2VVNA 1RPKA 2IUZA 3BAYA 5HBFA 5CLTA 3AHZA 3AI0A 4CD5A 4DUVA 1H0GA 1TCMA 1GPFA 3SCPA 3T08A 1UKOA 2D2OA 2GK1A 1EOMA 2XVPA 4HOXA 5IHSA 1UR8A 3QHOA 3ZT6A 1CTNA 3L4TA 2CXGA 1VEPA 1OIFA 1BG4A 1KWKA 1QOXA 1IT0A 4P8WA 1H41A 1GHSA 4GI6A 4DUWA 1CGWA 5LA2A 5E6ZA 2G8ZA 2QV4A 5EMYA 1JZ4A 1OGBA 4J7RA 4HMEA 4IPNB 1GQLA 5EFFA 4JCLA 5A6LA 4PMDA 1G0CA 2WMJA 4HOWA 3W82A 4UQAA 1VFMA 3QOKA 4W8AA 4MAZA 1V3LA 2NSXA 4MTVA 2JEPA 4M56A 1CXIA 4MB3A 1E72M 1FHLA 3VILA 4CU6A 1JDAA 2QPSA 4HMDA 1P6WA 4W88A 4L4OA 3WH5A 3WNOA 5KEZA 1J0KA 1V03A 4C7FA 5DT7A 4D6JA 1KBBA 2EJ1A 3W6MA 2OLHA 3BAJA 3WDPP 2GJPA 3F5KA 2VNCA 2XSAA 2Z1KA 3AXXA 1C7SA 3DYPA 4MDOA 1JDCA 4W93A 3K4DA 3L4YA 5E0CA 4IISA 4FLSA 4V27A 3W0KA 1H2JA 1VRXA 1TMQA 4RE2A 3WNMA 3F5LA 4M82A 4PSRA 1SYTA 3MUZ1 3N17A 4H8UA 1V02E 2XWDA 4GINA 4TXEA 1SR0A 1D3CA 2ZX5A 2E8ZA 3WH7A 2Y4SA 1SMAA 5A8MA 2G3MA 3AS3A 1B31A 3ZR6A 3SURA 2GJXA 1U30A 3U5YA 2CNCA 2YA0A 3MV01 4N42A 3LPOA 3CZ8A 3VM5A 5I79A 4E4PA 5I2UA 2E4TA 2HVMA 3FHQA 1W3LA 1HJQA 1PPIA 2Y2WA 1LL6A 4GIAA 1CZ1A 4UTFA 3AICA 2X2YA 1E6XM 3A4WA 5A94A 1U33A 1W1VA 1TZ7A 2DT2A 1VBRA 2DSZA 2OSXA 2WMFA 3DYOA 4X0NA 3PZQA 1QI0A 2D3NA 3OG2A 3B9EA 2WMIB 3WKZA 1ODUA 3BGAA 2J8FA 4H7VA 1CGXA 4E8CA 2XFYA 2W67A 2WPGA 1CLVA 1CEOA 3IAQA 3DC0A 4AMCA 2W4XA 2YL8A 5ABEA 3E1F1 2AAAA 1OB0A 1E1FA 3BLKA 1TA3A 1CLXA 2ZX8A 3M46A 4W7UA 3PZGA 2XHYA 1J0JA 6TAAA 3AHTA 3HMCA 5A8PA 5D4YA 1E6PA 2VR4A 1PIFA 1ZS2A 4W87A 4FLRA 2WLYA 1E6NA 4HTYA 1SMDA 1E15A 4MNMA 1FH7A 2FHCA 2BY3A 3VIIA 2PI6A 3ARQA 1DWJM 1JI1A 1GOKA 3ARUA 4AZHA 3WH9A 2O9RA 5JBFA 3AZRA 3MMDA 2GDUA 3RCNA 3POHA 3AIVA 3VTRA 2WHKA 2DSWA 2D3LA 3WDRA 1KB3A 1JYVA 4CU7A 1GQKA 3GXMA 3VDHA 2XFFA 5I6SA 3TTYA 2AOSA 4D6IA 3CUGA 3OA5A 2UY3A 3UESA 3VU2A 3SUWA 2MANA 1VEOA 2Z1SA 2X8RA 3AS2A 1GOIA 2V3GA 2WSKA 3GH4A 1IZJA 1GUVA 2JF7A 4N0RA 1DWFM 1E3ZA 1Q4NX 1QVBA 1Z32X 3WDQA 3WL1A 1EDTA 4LQ1A 1HJVA 1EH9A 2GUYA 3L2MA 4GKLA 1JG9A 3A6OA 5IFTA 3WFLA 4M24A 2ZX7A 3D5HA 2E9LA 1RP9A 1W91A 4Y7EA 4J3TA 1NOWA 4MJ2A 2WWDA 3KL5A 4KGJA 1UUQA 1QI3A 2QMKA 3G6LA 2X05A 3FW6A 1OD0A 1FA2A 1PBGA 4CD7A 4ZXOA 2CKSA 1UHVA 5HPOA 3L4WA 5JBEA 3PZMA 3MKKA 3WBAA 3ARXA 1B3WA 2J7GA 3BCDA 5FOOA 1LL4A 1V3HA 1UWRA 4ZXLA 3WELA 3ZJKA 3WQ6A 1OINA 3S2CA 3WUBA 4U3AA 4MJ4A 3TONA 1BYAA 5JBDA 1PX3A 2OYKA 3WNNA 2YBTA 4H2CA 1KGXA 4UFLA 4CD8A 1V3KA 5HPCA 1W9DM 4W8BA 3ALGA 1PZ3A 1B30A 3WD3A 1B3YA 2WC7A 3GBEA 3ZR5A 3FNDA 2G3NA 2EXOA 3NIYA 4PYSA 1MYRA 1EO7A 4DM2A 3KE0A 1KGUA 3L4XA 1UR9A 2AMGA 3SCNA 4GO9A 1EO5A 3SCTA 5FL0A 1GZJA 5JIPA 3ZM8A 2CHNA 3GDBA 1BVZA 2EPLX 1BSIA 1C8XA 1US2A 3OGSA 1AMYA 4ZENA 3WD2A 3AIQA 2QLYA 1UWTA 2DGAA 1RP8A 4U31A 4GPNA 5CG0A 2D20A 3ZJ7A 1BGAA 1ZB5A 3ZOAA 7A3HA 3A47A 5EBAA 3VGBA 2XGBA 3MUY1 1AQHA 2ZXQA 4WKHA 1J18A 2CKRA 4AZGA 1NWSA 2GVYA 1Q6CA 1KR1A 2VRKA 1CWYA 1E5JA 1H11A 1E0VA 1J0HA 2A3HA 3K8MA 3WQ8A 1K9TA 1XRVA 1UWSA 1KBKA 4J3UA 2WYSA 1G9HA 3WDIA 3PZIA 2Y8VA 5IHRA 2WMGA 3WF2A 1E71M 4DWSB 3MSDA 3RIKA 4U5IA 1XYFA 3D3AA 5I5RA 1E40A 3AMGA 5DT5A 5BXTA 3WEZA 1YQ2A 3MV11 4JAWA 1QNRA 2WSPA 1WZAA 2XVLA 3VMOA 4PMQA 2UY4A 5A3HA 3VIOA 4D72A 4UQCA 2D23A 1BYDA 1E73M 1W9UA 3QGVA 4U3CA 4HU8A 1UH4A 1JZ8A 4YHGA 1M04A 3GYCA 1KCLA 1V6YA 3ZT7A 2WHJA 4BF7A 2DDXA 3UG5A 3VDAA 5FIPA 5LYRA 1E4NA 4Z2IA 4PEEA 1QHOA 2EPKX 2EPNA 2W61A 3KL0A 3SCWA 3T2PA 2JALA 4HP5A 1W9VA 1H49A 1UH3A 3VKKA 1W1TA 3NUKA 2NT1A 5CJ5A 4E8DA 4D71A 4Z2HA 1C8YA 3CUIA 1JDDA 3CGTA 3M7SA 1K9FA 1AQ0A 1FH9A 1K9DA 1UR4A 4JHOA 3I3DA 4URIA 1MW3A 1UR2A 1QI2A 4WF7A 3PZTA 5ABGA 2VX7A 4EE9A 3EDFA 2YL5A 2DIEA 1WP6A 1OD8A 1BHGA 4EANA 4NZCA 3W29A 1JF6A 2YA1A 4CUCA 1E5NA 4E2OA 4CU8A 1NARA 2WVVA 1R85A 2DPEA 3W37A 2F61A 1MXGA 4HA1A 4W84A 4DUXA 3ARRA 1CDGA 3W28A 4AC1X 1E4LA 1JZ6A 4J3XA 2PC8A 3L4UA 4TX6A 1BAGA 2J7BA 2J77A 3VDCA 5BXSA 5M3WA 3GH7A 1I75A 3W6LA 3W25A 2W66A 3L4VA 1AVAA 3K1DA 3RM4A 1CXLA 1Q6EA 3AMKA 3WEMA 1UZ4A 3CZKA 1HVXA 5KZ6A 1CGUA 1FP9A 1LG2A 1UKTA 4GI8A 4UOQA 4UNIA 4BQ3A 3GM8A 1KWGA 1E6ZA 2EPMX 3NCOA 3W26A 4WKFA 2YLLA 3PTMA 1H0IA 2EBNA 1E6SM 4WSJA 4PMOA 4EAMA 1VIWA 3VIPA 4B15A 3BSHA 4KGLA 1UD2A 1U2YA 3WUFA 1M01A 2NT0A 3CZGA 5A2BA 1NOFA 1QW9A 3VIHA 4QCEA 2VO5A 4XZBA 5E0FA 4HOZA 1QI4A 4DWSC 3VD3A 3BAKA 2YA2A 5BCAA 2WWCA 3AXHA 3VGHA 2XVKA 3HN3A 4MNLA 3FN9A 1UA7A 1MFVA 3RPMA 1KQZA 5E9AA 5BROA 1FOBA 2VCAA 5CXPA 1EA9C 1JAKA 2RGLA 2VZOA 3WQWA 3A3HA 3BSGA 4M8UA 4AZCB 4A4AA 2G3JA 3ZJ8A 4AZ5A 1M7XA 3AROA 2QMJA 1LF1A 3A4XA 1LG1A 4WIWA 1CBGA 4EK7A 2BXYA 3NSMA 1BTCA 1TUXA 4NF7A 3VNZA 3W24A 4KRUA 3LMYA 2J74A 1HKMA 4PCTA 5D8WA 1G1YA 4A3HA 1LLOA 4QLKA 3U5UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VQT A;  2XVG A;  4Z2L A;  2VTF A;  5HNN A;  3NYD A;  3SCO A;  4PTV A;  1CXK A;  1Y7V A;  2XM2 A;  2WVV B;  5JIW A;  3MO4 A;  2DT0 A;  8CGT A;  4PBG A;  4ACZ A;  3TTS A;  3WEO A;  1HJU A;  1ISV A;  1SFS A;  2ZUV A;  4XUY A;  1S46 A;  2DT3 A;  1MQR A;  4JL2 A;  4CN4 A;  4HA3 A;  1EOK A;  3G6M A;  4R5E A;  4RE4 A;  3A4A A;  4J3V A;  1G94 A;  2WKG A;  4GZE A;  1W9X A;  2GJR A;  2BHZ A;  2EQD A;  1B90 A;  2VJX A;  1UR1 A;  2ZWY A;  3AIR A;  3B8S A;  2WZH A;  2WHL A;  5D9O A;  2WLZ A;  2ZX9 A;  2W92 A;  3N15 A;  1H4P A;  1Q6F A;  2WM0 A;  3CZL A;  4AD0 A;  5CQ1 A;  2W91 A;  2E0P A;  3EMC A;  5A69 A;  1D2K A;  3OIH A;  1E4I A;  1E0X A;  3UEQ A;  3SCS A;  2J4G A;  2V3F A;  1GQI A;  2WNW A;  3O9N A;  2J7C A;  2J79 A;  4UQ9 A;  1H1N A;  4OOZ A;  5F7U A;  1V0L A;  5A6J A;  2PWD A;  2V3D A;  3NDY A;  1NWR A;  4GI9 A;  5I3D A;  4AWE A;  1VJS A;  3PTK A;  3WUE A;  3K8L A;  2QHA A;  3RIL A;  1G5A A;  1IV8 A;  3OGR A;  1W9P A;  3L2L A;  2FHB A;  3AFB A;  2C8N A;  2GK1 B;  3OZO A;  1US3 A;  3WD4 A;  1HT6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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