4P7Q | Genus

Total Genus 142

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	142
sequence length	359
structure length	359
Chain Sequence	EKSPQRIMHIDLDYVYDENLQQMDRNIDVLIQRVKDMQISTVYLQAFADPDGDGLVKEVWFPNRLLPMKADIFSRVAWQLRTRSGVNIYAWMPVLSWDLDPTLTRVKYLPTGEKKAQIHPEQYHRLSPFDDRVRAQVGMLYEDLAGHAAFDGILFHDDALLSDYEDASAPAITAYQQAGFSGSLSEIRQNPEQFKQWARFKSRALTDFTLELSARVKAIRGPHIKTARNIFALPVIQPESEAWFAQNYADFLKSYDWTAIMAMPYLEGVAEKSADQWLIQLTNQIKNIPQAKDKSILELQAQNWQKNGQHQAISSQQLAHWMSLLQLNGVKNYGYYPDNFLHNQPEIDLIRPEFSTAWY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Modification and periplasmic translocation of the biofilm exopolysaccharide poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
molecule tags	Hydrolase
source organism	Escherichia coli
total genus	142
structure length	359
sequence length	359
ec nomenclature	ec 3.5.1.-:
pdb deposition date	2014-03-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF14883	GHL13	Hypothetical glycosyl hydrolase family 13

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4p7qA00

1WDRA 1WZLA 2VMFA 2XJ7A 4N0RA 4W7UA 3NCOA 3W26A 1QW9A 3MO4A 4PMOA 3CHDA 1F4AA 1TVNA 4FK9A 5A6BD 1VENA 1CGXA 5LA0A 4D6HA 1WDQA 4PMDA 2J7DA 4QCFA 4MADA 5AYIA 5AC5A 3THDA 2O9TA 2AMGA 4UQCA 2WC3A 5D9NA 3PZGA 1V0MA 1Q4NX 1LWHA 2A3HA 1PX8A 2CHNA 1E4MM 3SURA 3VIFA 2G3JA 3N12A 1NP2A 4WKAA 4UQDA 4B9ZA 5CXPA 5IHSA 1JZ5A 2A3EA 2WVUA 1E70M 3EYPA 1WNOA 3N04A 3AMCA 5M3WA 1E43A 3B9DA 3A4XA 3T2PA 5ABFA 4DWSA 2EJ1A 1W9UA 1OT1A 2J7HA 4M8UA 3OGSA 4PEEA 2OWXA 1UOKA 3MUAA 4UOJA 1OIMA 5M5DA 1FH9A 4H8HA 4NF7A 3RM8A 2YA0A 3WL0A 4JAWA 4CCCA 4L4OA 2OYLA 1UUQA 4AC1X 2JF6A 3F5KA 1XYFA 3ARWA 1V3KA 4MJ2A 5KZ6A 5HPCA 4CVUA 4E8CA 2FGZA 1E0VA 2WCGA 4P7QA 1UA3A 3GXIA 5A8OA 2CEQA 5I0DA 4UQEA 3HJEA 2NSXA 3VTRA 3T0BA 2EEXA 3QHMA 1FFRA 3IAQA 1KQZA 2WZEA 3UG5A 1UH4A 3MV11 4UQBA 1GHSA 1CZ1A 2B31A 2WK2A 2Y2WA 1C91A 4GZEA 3RM4A 1BLIA 3DYPA 4JFSA 1CLXA 3K8MA 1JFHA 3A6OA 1V3IA 4W86A 3T08A 3AHTA 1P6WA 3QOMA 1HKJA 2ZXBA 2WHMA 1JZ7A 4IM4A 3VILA 3VD9A 1E6ZA 3VX1A 1KR1A 2DSWA 3F5LA 1JF5A 1HKMA 4UFHA 4C7FA 4AD5A 1B3VA 1CGTA 2GDUA 3A4AA 2ZXDA 3VIIA 2W67A 3CH9A 1US2A 3RCNA 3OLIA 1BPLB 3ARVA 1MQQA 3ARUA 1ZBWA 2WANA 1B31A 4CUCA 2BVYA 3PHAA 1NWUA 3M46A 1J18A 4PRWA 1GUVA 2DH2A 1I1XA 1D7FA 1ZB5A 4P8UA 1GQLA 1TA3A 1W32A 4AY1A 1UQZA 1ISXA 4M29A 1YHTA 1I75A 2DEPA 4DWSD 1QW8A 3II1A 2FH6A 1BGAA 3RIKA 1GOKA 3VM7A 2ZX7A 1K9EA 2WBGA 3BH4A 1OGSA 2UY2A 3GTNA 5CLTA 1GQIA 2VTFA 1QHZA 1XH0A 2BHUA 1L8NA 4W88A 1VBRA 4P8VA 1QI4A 1VJZA 1XH2A 2YDRA 1IT0A 1HVXA 4UQ9A 3W25A 4U3CA 1VFFA 4P7RA 1TZ7A 4J3VA 3ZMRA 4HP5A 1L0PA 2DSVA 3SUWA 5FCZA 4PSRA 5CZKA 1E1FA 4FLSA 2ZX9A 5GPRA 2QV4A 1W9XA 2ESCA 1E4NA 3EDEA 1CENA 3FNDA 4HZ8A 4F66A 3WENA 3FXYA 3CZLA 2WWDA 4UZUA 4E8DA 1QPKA 2C0HA 3CTTA 1MXDA 1E40A 3SEPA 4MNMA 4CD8A 3VMPA 3VD4A 1UWUA 3CUGA 4GZJA 1TE1A 2X1IA 2J8FA 5ABFB 4DWSB 2VVNA 1H5VA 2EPNA 2WHKA 3WD1A 2WB5A 1WZMA 1V6UA 5LA1A 3BMWA 1CGYA 2DH3A 1PIGA 1V6YA 4TVCA 2VUYA 3GXMA 3ZJ7A 4QAWA 4D1IA 4U33A 1PBGA 2JEQA 4X0NA 1CLVA 2DT1A 4M82A 3UG3A 3UERA 5FL1A 3WF4A 1W9DM 1SMDA 4W93A 2OSYA 1OM0A 1ZL1A 3VGDA 4OKDA 2BY3A 3WQ6A 3B9EA 3BAIA 2CYGA 3EMQA 3FN9A 1FHDA 4ATWA 2EPMX 1XSIA 1UH2A 3AMGA 5I24A 3E1F1 1FA2A 1NOFA 1A3HA 3CUJA 3TTSA 4GI6A 5BXPA 1Z32X 4HMDA 3CZ8A 2VZOA 1PIFA 5E6YA 2D2OA 1HIZA 1J0YA 4XB3A 2V5CA 5FD0A 1V0NA 3VIMA 3WQ5A 2VX7A 5I23A 3W28A 3FAXA 1MFUA 3VKKA 4V27A 2HISA 1EHNA 4Z2IA 2OYKA 3KL5A 4JL1A 3CPUA 3AHZA 1M53A 4OBSA 4Q7NA 1WPCA 2X8RA 3VDCA 2E9LA 3T2OA 3VIOA 3VDBA 2J75A 3K4AA 1JD7A 1VAHA 1EGZA 2J7EA 3WMCA 3SCWA 4AMCA 4D6JA 1W9VA 1VEPA 1OSEA 1BG9A 2Y4SA 5DT5A 2FHCA 4LPCA 1HT6A 2BV9A 4PMXA 1LL7A 1IV8A 4QFUA 5AY7A 2IUZA 1GOWA 5FKYA 4YHGA 7A3HA 3ALFA 3WDQA 2A3CA 5JBFA 4AWEA 4IPNB 5GNZA 1AQ0A 1NARA 1UD5A 1G94A 1UD3A 3MUZ1 2FH8A 2WMKA 2ZIDA 3OLEA 2PBGA 3NYDA 3BAYA 1C7SA 1MW0A 4HPHA 4P7LA 4ACYA 2CKSA 4YPJA 4UZSA 3CGTA 2D0FA 1E15A 3ZJKA 2DDXA 4D6DA 3VGBA 3U7BA 5CGTA 1JDDA 2PWHA 1QI3A 3BAXA 3WQVA 5D9PA 1GPFA 4GQRA 2EO7A 1M04A 3OGRA 4WJXA 5LYRA 2QMJA 1W3HA 2WC7A 2Y8KA 4R27A 2XGIA 2E8ZA 1CDGA 4AD1A 3OGVA 5BWFA 8A3HA 4D6EA 3VIKA 4DWSC 4AZ7A 1V3JA 3RPMA 2Y5EA 5A2BA 1US3A 3AHYA 3SCQA 4R5EA 3WEZA 2WM0A 4JCMA 5FIPA 3WNPA 3ARYA 3ARPA 1MW1A 1V03A 4MB4A 2O9OA 1GCYA 1V0LA 1H49A 4J3UA 4CN4A 3VPLA 4PCTA 1B30A 3ZSTA 3ARRA 2F2HA 3RJYA 4JKMA 1JIBA 1B0IA 1JI2A 3UR7A 3AIRA 4ZE4A 3PZVA 5ABHA 1SR0A 5D9OA 2CBIA 2F8QA 4A3YA 3ALGA 3AYRA 1JXJA 1SFSA 1JYNA 5A6SA 3AI0A 1B90A 2YL8A 5IFTA 5A95A 3WEOA 3W37A 4CN1A 3AIQA 3AZSA 2DQXA 3FW6A 3WD0A 1GHRA 2WAGA 4W8LA 3M6DA 4GINA 1ISYA 1PJ9A 4X0VA 1UR2A 1HKIA 4UFKA 4NI3A 3MMUA 1W2VA 3NSMA 4BQ5A 1QI2A 3CUIA 4URIA 5DT7A 1BQCA 1ITCA 2WMGA 3VGFA 2XIBA 3N15A 3WD2A 4OZOA 3NDYA 2VO5A 2EPOA 2VX6A 4MAZA 1R7AA 4A4AA 3VM5A 2WKGA 3SCNA 1GORA 3T0DA 3ARZA 3BAKA 4QP0A 4KMQA 1TMQA 3GBEA 3IAPA 1VFUA 4EANA 3SCTA 1VFMA 1BSIA 1CXFA 1W1PA 1J0IA 4W7VA 4C7DA 3AISA 1E4LA 2ZOXA 3W81A 2PWGA 3AIBA 2XVKA 3CIVA 1HP4A 3OG2A 4HOXA 1Q6FA 1V02E 1CXLA 3AXIA 2CIPA 2WZIA 4RL3A 2J7FA 1BYCA 1EA9C 3GNOA 1C90A 3BAWA 1ODZA 2A3AA 5A8QA 2GJXA 1EHAA 3W53A 4ATDA 1AVAA 1K9FA 4QLKA 2C8NA 3WBEA 3BCDA 4EE9A 3L4TA 4PSPA 4OOZA 3SUUA 5A2AA 4LXFA 2XM2A 3W82A 4J3TA 1BYBA 1J12A 2YL5A 2X0HA 4W84A 2ZUVA 3AYSA 4AIEA 5D9MA 4B16A 1KGXA 3O2LA 2FHFA 1QNOA 1E6PA 3VO0A 1ZBVA 1M7XA 3N13A 1E4IA 1UWIA 1M03A 1U30A 4KWUA 1UWSA 2G41A 1Q6EA 2XSBA 4OOUA 2RGLA 1DWFM 2XM1A 1UR0A 4FF5A 4XZWA 1PZ2A 4M1RA 3F5JA 4MNJA 2VCCA 3GBDA 1UD2A 3K46A 5A8NA 2CNCA 1JGIA 5DMYA 1VFOA 3VUPA 4UTFA 1GZJA 2JFEX 4AXNA 3VD3A 4ZEPA 2VZTA 2IXUA 3CO4A 3OIHA 1V6XA 3WH8A 3DYMA 5CGMA 1H1NA 1HJQA 3GNRA 4Z2KA 4HU0A 4PN2A 3NJ3A 1HNYA 3S2CA 2WLZA 3HU7A 4WIWA 4GI9A 1J0JA 3EDKA 1NWTA 2VX4A 6TAAA 1H41A 4MNLA 5A6JA 3RMEA 3AROA 3BSGA 3MKKA 3U57A 2DIJA 2DT0A 2DSZA 1R86A 1UZ1A 4BQ2A 1KXVA 1XD0A 3AXHA 3OBAA 4UFLA 3WF2A 4TX8A 1HXJA 2PC8A 1W1VA 2OSXA 3CZKA 5I77A 4AYSA 4PYSA 3GM8A 3K4DA 3BSHA 1OB0A 1JAEA 5I79A 3K1DA 3UETA 1JDCA 5LA2A 4HTYA 1QOXA 2ZUWA 1DWHM 1J0KA 4JFWA 1HJUA 2XFFA 1E71M 3KE0A 3WNOA 5GNXA 4BF7A 1V08A 1DHKA 5F7UA 4LQ1A 1U33A 1I1WA 5DO8A 1E0XA 1CBGA 2WZHA 3AIVA 5IHRA 4CD7A 4UQAA 3EDDA 3D3AA 2EPLX 4HZ6A 1SMAA 3PN8A 3W6MA 3AIEA 5JBDA 5I3DA 2WSKA 2YL6A 3EDJA 3ZIZA 1XSJA 2OWCA 2J7BA 3MSGA 4GPNA 3VDHA 3T2QA 1UYQA 2YKKA 1FP8A 5M17A 4B15A 1CGWA 2JEPA 1QNQA 1C93A 1EQCA 3NSNA 3TTQA 1G01A 5HXMA 2G3NA 3SUVA 1GOQA 2A3BA 3BMVA 2GDVA 3AMLA 3MV01 4JFUA 4NRSA 4PMNA 4JIEA 1GOOA 2GJXB 1XCXA 1KXHA 4B3KA 1QI5A 1HJSA 5FOOA 1O7AA 5A3HA 2FDMA 3CUFA 3VGEA 1B3WA 4TTGA 3AZTA 4AZIA 5C8BB 6CGTA 3TONA 3SUSA 1OWQA 3VDAA 1TR1A 2PI6A 3GH4A 3F4VA 4J28A 2GSJA 2XTKA 1DEDA 4D6IA 3POHA 1J11A 4AEEA 3IJ8A 1EIBA 4GIAA 2XVGA 1OGBA 3FHQA 2ZE0A 2WHLA 4AZCA 1EO7A 1PZ3A 2UWFA 3UESA 1CXKA 2WBKA 2X0YA 3VX0A 3WUEA 4KGLA 1CGUA 2ZX5A 4X9YA 4HMEA 1E9LA 3PZQA 1XC6A 1HP5A 2YBUA 1X6NA 2YDQA 4HOZA 5CQ1A 2WC4A 4P7NA 1EOMA 2CBUA 2AAAA 2UY5A 1HL8A 4XV0A 5M03A 4AIUA 2FGLA 2WMJA 4J7RA 3MU7A 1FFQA 1LJYA 3WD4A 3ARSA 2VCAA 5A6MA 9CGTA 3RILA 2QPUA 1C7TA 1E6QM 3RO8A 4FLQA 1H0IA 2NW0A 1E3ZA 3OZOA 2XVPA 3QR3A 3G6MA 4PMUA 3WSUA 1E55A 3L4WA 2OLHA 4AZHA 1EOKA 2ZXQA 3I3DA 4HA1A 3GXFA 4W5ZA 3A3HA 2D0GA 3EMZA 1WDSA 1E3XA 1H2JA 1BHGA 1CPUA 1OINA 1E0WA 4JFTA 1UWRA 1BFNA 3L4XA 1W3LA 1LF1A 4W87A 2BVTA 4PMYA 2J77A 3AJ7A 7TAAA 4TVUA 3DHUA 1NQ6A 4E4PA 1UD4A 2D23A 3NSXA 3VINA 5HOSA 3CZEA 1W1YA 3PZUA 1JL8A 2WMHA 3W0KA 2BHYA 3W27A 1W9BM 4GO8A 1G0CA 2V3EA 4DM2A 4AD4A 3AHXA 4EAMA 4KGJA 3WNLA 1OBAA 2J25A 5CLWA 1AQHA 1W91A 4U2ZA 3WIJA 2XIIA 4ZXLA 3PZOA 1U2YA 4CD4A 2YL9A 2E9MA 1PX3A 5A69A 2VNCA 4TOQA 4CU8A 2ZUNA 1CEOA 3AS0A 1HN1A 2XSAA 2XPKA 1J01A 3FY1A 4E2OA 4WLCA 1CXHA 5C71A 1OT2A 3GDBA 1NWSA 1IZJA 1UKOA 2AOSA 1Q6DA 1CXIA 3VIGA 2HVMA 2J74A 2QF8A 2ZX8A 3BGAA 1GVYA 3SCSA 1K6AA 2DSUA 4M24A 1TA3B 4UFIA 5JIWA 3ARXA 1V02A 3LMYA 3W38A 3WQ4A 2DT2A 5HPOA 1MW2A 2WCSA 2QHAA 2YIHA 3U5YA 2W91A 1W1TA 2XWEA 2J47A 1E1EA 1JZ2A 4GI8A 4PUDA 3A47A 3RM9A 2G3IA 3WNNA 1DWIM 1XH1A 4B9YA 3KZSA 4HOWA 2V5DA 4DM1A 1ECEA 2OYMA 2VOTA 4CD5A 1E6XM 2G3MA 2PBOA 2PB1A 3N18A 1UG6A 3MANA 2CETA 5I78A 1PEZA 1UR4A 3CMJA 4P8WA 1MQRA 2XFYA 3IJ9A 1ISVA 3QHOA 4LGXA 5JUVA 2YA1A 3GYCA 1JYWA 1ITXA 1VB9A 4M80A 4UNIA 3SCUA 1RP8A 2ZXAA 3VU2A 3WDHA 1QHPA 1GVIA 1RPKA 3UG4A 1E5NA 1D3CA 3ARTA 4PBGA 1JNEA 1BVNP 2E40A 4HA4A 5DEZA 3LPOA 2DIEA 2VURA 4WSKA 1UWTA 1ZS2A 4ACZA 3GZAA 3W24A 2BFGA 5BYWA 5AYBA 4PUEA 3WDPP 1MVYA 2WCAA 4W8AA 1Y7VA 3WQWA 1WCGA 3NUKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2JIW A;  1LLO A;  3N1A A;  2BY2 A;  4ZEN A;  1TFV A;  2O9P A;  3WEM A;  1GW1 A;  2GJR A;  2VT0 A;  1G1Y A;  4U31 A;  2X2Y A;  5EFD A;  3RDK A;  4YN5 A;  1JG9 A;  1QBB A;  4GO9 A;  4IIS A;  4BZY A;  5HBF A;  1WB0 A;  3WFL A;  1OD0 A;  3AFB A;  4V28 A;  1O6I A;  1QBA A;  2J78 A;  4RE4 A;  1JZ4 A;  4QCE A;  4D72 A;  1JFX A;  2WMI B;  2XUC A;  1H3G A;  1KR0 A;  3W29 A;  4ML4 A;  3WF1 A;  2W66 A;  4BQ3 A;  1E6N A;  3PZI A;  2XYL A;  5DFA A;  3IK2 A;  5E70 A;  1HX0 A;  2EQD A;  1DWA M;  2DPE A;  2W62 A;  1FH8 A;  1NWR A;  2JAL A;  3OB8 A;  3WEL A;  4CKQ A;  1DWJ M;  3AHV A;  3IJ7 A;  4HMC A;  1BF2 A;  1M01 A;  2YDS A;  3KL0 A;  2VC9 A;  1CYG A;  1E6S M;  4OIF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2ZRV A;  2BG5 A;  4GIR A;  3RM4 A;  4FI4 A;  4HSO A;  4N4P A;  1QOQ A;  4JFS A;  4XZ9 A;  1F9C A;  3K8M A;  1IGS A;  5DRC A;  1LBM A;  1YAD A;  1RJQ A;  4HU3 A;  2E7F A;  3DCP A;  2WJF A;  3MZN A;  1HKJ A;  2WHM A;  3H24 A;  3VIL A;  3VD9 A;  4KRZ A;  3VX1 A;  3W1L A;  3SRH A;  4G9P A;  4REQ B;  1HKM A;  1FTX A;  3NQM A;  1WUF A;  2QUU A;  5T9C E;  5HUP A;  1TCD A;  1E1C A;  2Z29 A;  1H62 A;  3RLU A;  3CTL A;  3OLI A;  1MQQ A;  4A3R A;  3NZP A;  3PHA A;  2GYI A;  4MHB A;  2VFD A;  2ZFA A;  3MWA A;  1J18 A;  2GZX A;  3K13 A;  5GVJ A;  1ZCO A;  3KM8 A;  1D7F A;  4P8U A;  4LCQ A;  1OFQ A;  2PC4 A;  1UQZ A;  5G4H C;  4M29 A;  2OQY A;  3T81 A;  1KM3 A;  1F6Y A;  1XLE A;  3VM7 A;  4PUU A;  3GTN A;  4ZO8 A;  3TJL A;  1QHZ A;  4LCR A;  4W88 A;  1VBR A;  3IJD A;  4D8L A;  1VJZ A;  5DY3 A;  1XH2 A;  1GVS A;  3T4C A;  3KWS A;  1F6K A;  1HVX A;  4UB9 A;  3W25 A;  4P7R A;  5HWM A;  4KFO A;  4ADT A;  4J3V A;  3ZMR A;  2HE5 A;  4HP5 A;  5K2Z A;  4IPJ A;  4O19 A;  1L0P A;  2DSV A;  2ZRW A;  1PB0 A;  5FCZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4P7QA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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