The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
92
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structure length |
92
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Chain Sequence |
VGSVAALLTVVFYIAAVMATNLYGATFPEWFGDLSKSLYTLFQVMTLESWSMGIVRPVMNVHPNAWVFFIPFIMLTTFTVLNLFIGIIVDAM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Prokaryotic NavMs channel as a structural and functional model for eukaryotic sodium channel antagonism.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Magnetococcus sp.
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| molecule keywords |
Ion transport protein
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| total genus |
36
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| structure length |
92
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| sequence length |
92
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-04-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4R7C A; 4OXS A; 5KUK A; 2X6A A; 3OGC C; 4RUF A; 4F4L A; 3E8H A; 2H8P C; 3RW0 A; 1ZWI C; 3SYC A; 3STZ C; 4MS2 A; 2HG5 C; 4MW8 A; 2WLL B; 3ABK C; 2JK5 C; 2X6B A; 3AG1 C; 2HVJ C; 4MVS A; 4MVR A; 4MVO A; 4JTD B; 2YEV A; 4LBE C; 1KKD A; 4LCU C; 2A9H A; 3E8F A; 3LNM B; 4PDM A; 4UUJ C; 1JVM A; 4H37 A; 3K03 A; 3ABL C; 3UM7 A; 1XL6 A; 4GX5 A; 1R3L C; 2DWD C; 2DWE C; 3F7Y C; 1ORQ C; 2EIJ C; 2IH1 C; 4R8C A; 4KFM A; 5CBF A; 3JYC A; 4HZ3 A; 4MW3 A; 3SYA A; 3LDC A; 2AHY A; 3K0G A; 2WLI B; 2K1E A; 2Q69 A; 3FB7 C; 4MVZ A; 3SPG A; 2DYR C; 3FB5 C; 4J9Z B; 2KB1 A; 2OCC C; 3ABM C; 2ATK C; 1V55 C; 2EIL C; 3LDD A; 3RVY A; 3VOU A; 3AG2 C; 3AG4 C; 5B3S C; 4MTF A; 4I9W A; 4LP8 A; 1G4Y B; 3WG7 C; 4PDL A; 5IY5 C; 3PJS K; 2A79 B; 3ASN C; 4RAI A; 1R3J C; 4X89 A; 3SYQ A; 3HPL C; 3E8B A; 5B1B C; 3T2M A; 3GB7 C; 2WLJ A; 2X6C A; 5BZB A; 3SYO A; 3SPH A; 2ITD C; 3RBZ A; 4P9P A; 2EIK C; 4TWK A; 1R3I C; 2ITC C; 4RUE A; 3SJQ C; 4QE9 A; 2WLM A; 4WFE A; 3SPC A; 3K04 A; 2WLH A; 3LDE A; 4MVU A; 3E83 A; 3RVZ A; 3SPJ A; 4PA7 A; 3SPI A; 4HYO A; 2HJF C; 2Y69 C; 1OCR C; 2WLL A; 1J95 A; 4MVQ A; 1P7B A; 3FB8 C; 4P30 A; 5CBH A; 2IH3 C; 1LNQ A; 3OR7 C; 1OCO C; 3EFF K; 2HFE C; 4QNH B; 3E8G A; 2ZD9 A; 3SYP A; 3OR6 C; 4R6Z A; 2BOC C; 3T4Z A; 3ZRS A; 4JTC B; 3KG2 A; 3IFX A; 2DYS C; 4XDK A; 3TCU A; 4WFG A; 3F5W C; 3R65 A; 5J9P C; 1R3K C; 2P7T C; 3FB6 C; 2Q6A A; 3T4D A; 1OCC C; 4X88 A; 4PA4 A; 4WFF A; 4ZBM A; 3ZJZ A; 3OUF A; 3OUS A; 2WLI A; 4J9Y B; 3TET A; 3F7V C; 2WLN A; 2QTO A; 3E89 A; 2Q68 A; 1BL8 A; 2W0F C; 3ASO C; 2WLK A; 1OCZ C; 4GX1 A; 4P2Z A; 1K4D C; 5EBM C; 5KUM A; 4PA3 A; 4XDJ A; 1M57 C; 5B1A C; 4CBC A; 5EBL C; 2A0L A; 4PDV A; 2BOB C; 4GX2 A; 1V54 C; 2AHZ A; 3K06 A; 2R9R B; 4PA6 A; 3BEH A; 4MTG A; 5EBW C; 2NLJ C; 4G27 B; 3UKM A; 5EC1 C; 1XL4 A; 2QKS A; 4PDR A; 4WFH A; 5E1A C; 2HVK C; 4H33 A; 1QLE C; 4EKW A; 5CBG A; 3X2Q C; 4P9O A; 4PA9 A; 1S5H C; 3STL C; 2ZXW C; 4MVM A; 4XDL A; 4QE7 A; 3K08 A; 5EC2 C; 1M56 C; 5EK0 A; 3E86 A; 4DXW A; 3LUT B; 4MTO A; 3K0D A; 2EIN C; 1K4C C; 4JTA B; 3AG3 C; 2EIM C; 3IGA C; 4G28 B; 2Q67 A; 4RO2 A; 4GX0 A; 3T1C A; 4X8A A; 4MSW C; 4R50 A; 4BW5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2E5L O; 1Q3E A; 5JJN B; 4QIW F; 2DQ3 A; 4H13 B; 3THO A; 4DK0 A; 1IBM O; 1L8D A; 4K8X A; 5DEC A; 3JSL A; 3M7M X; 2R9I A; 3A8T A; 5L3D A; 5ITZ A; 2IH1 C; 5CA0 B; 4LF4 B; 4JAS A; 3CCU V; 4BIO A; 4DV6 B; 4FLT A; 4DR3 O; 2W6J G; 3FB5 C; 2CGN A; 1M1K W; 3DSQ A; 3S3W A; 4U7O A; 4CH4 A; 2BTO A; 3CE2 A; 1K92 A; 3OTO O; 2VQE O; 2QEX V; 3JD2 A; 2B9Z A; 1TUB A; 1TAE A; 1H8H G; 4F6R B; 1Y74 B; 2ITC C; 3H1L H; 3JD0 A; 1DLB A; 4HYO A; 2IJH A; 1K5Q A; 3WB0 A; 3OR7 C; 1CPY A; 4X1K A; 4YHH B; 1WPB A; 2F23 A; 1R1B A; 1NJI W; 2JDI G; 4DR7 B; 3CS5 A; 3IAY A; 3ZRW A; 5CA1 B; 1GH6 A; 4JI2 O; 4JI4 B; 3CRQ A; 4FPP A; 2FB5 A; 2OTJ V; 2PGG A; 3ASO C; 2QM4 A; 3JD3 A; 4MT8 A; 5LHI A; 5KMG B; 3CCE V; 1H2L A; 1G8M A; 3VBB A; 3FAV B; 5EBW C; 2YI8 A; 3BAA A; 1N32 O; 1DF4 A; 5LMU B; 4Z1M G; 2YIB A; 4EB6 A; 5EK0 A; 4FFK A; 3H1I H; 1M56 C; 1AJN A; 4MTO A; 1UPG A; 2EIN C; 1K4C C; 3OFN G; 3JAS B; 3T1Y B; 4RO2 A; 4O4H B; 4X8A A; 1AP5 A; 3ZMS A; 4LF6 O; 1IXM A; 4KP4 A; 4B08 A; 2FYU H; 4OPA A; 2JK5 C; 4GKJ B; 2Q9L A; 4CS3 A; 2CDY A; 5LGN A; 4LWS A; 4O2A B; 4JV5 O; 3LNM B; 3ZRV A; 5KHK A; 1XL6 A; 3H1J H; 1R3L C; 2P4K A; 4GZR B; 2CH7 A; 2M7W A; 4BR6 A; 3ZRX A; 2YS8 A; 1MA1 A; 3T1H B; 4HZ3 A; 5LGU A; 2PI4 A; 5B1A B; 4TQF A; 2DYR C; 2ZIM A; 4J9Z B; 4DR1 B; 3U10 A; 3DTU B; 4RQE A; 5B1O A; 5B3S C; 3W7T A; 3N2K B; 3E2E A; 5IY5 C; 4E2L A; 2GUZ B; 2KG7 B; 3JAT A; 5LBQ A; 1VQ8 V; 1K5S A; 4YJ3 A; 2OYQ A; 3FKS G; 1HR0 O; 5BMV B; 1KU9 A; 4P9P A; 3RYI A; 1D2D A; 3SJQ C; 1ARO P; 1S76 D; 3EXA A; 1Q6H A; 4F6E A; 5CBH A; 4DV5 B; 3WB2 A; 1TUE B; 1KQS U; 1B3Q A; 2DQ0 A; 2ZT9 B; 1Y76 A; 2CE4 A; 1BHB A; 1N0N A; 1KEC A; 4B3T B; 1RM1 C; 2F1M A; 1OCC C; 2ZM6 B; 3CXH F; 5ITZ B; 1S5J A; 3CRM A; 4B3M B; 2WLK A; 1OCZ C; 5KUM A; 1K7D A; 2Q4P A; 5JJE B; 4LF4 O; 1PL4 A; 1BE3 H; 2PY5 A; 2AHZ A; 4DV6 O; 4B7K A; 1SZX A; 5H6Q A; 1GMG A; 1YHQ V; 1BS3 A; 2ZNJ A; 1VF6 C; 3ETQ A; 1EN5 A; 1TUB B; 4H0L B; 3AG3 C; 4JPR A; 2ODM A; 2CTW A; 4R7C A; 1SQQ H; 2F43 G; 1NU1 H; 4A5U B; 3DGE A; 1QHT A; 1H2G A; 5J2T A; 4MS2 A; 1SF9 A; 3ABK C; 3ZMV A; 4MVR A; 3CD6 V; 1EN4 A; 1H2S B; 2FKX A; 2YEV A; 4X1K B; 3B8M A; 1GN2 A; 2A9H A; 5L3F A; 4YHH O; 3CEI A; 4JI0 B; 4LFB B; 4DR7 O; 3M99 B; 2JJ2 G; 1OJH A; 4JI8 B; 4JI4 O; 4DR4 B; 1XOU A; 3AG4 C; 2HEP A; 4UV9 A; 2ILM A; 3TK1 A; 2CTP A; 2QWP B; 2PYL A; 3ASN C; 5BXZ A; 1VQL V; 2LJ2 A; 5LMU O; 4DYL A; 3SYO A; 4EB6 B; 4O4I B; 3DXR A; 3G67 A; 2WLM A; 3AK1 A; 1XDC A; 3SPC A; 3K04 A; 2WLH A; 3P30 A; 3OMI B; 3ABU A; 3HKC B; 1GM8 A; 2UXC B; 1SQV H; 1SRY A; 4WFF A; 2HJF C; 3T1Y O; 2KQX A; 2XAQ A; 2ARH A; 1O9H A; 1VQK V; 1AP6 A; 4IYH A; 1JA8 A; 2Q7H A; 4EFB A; 4LWS B; 4FM0 A; 1QLN A; 1MMM A; 4GKJ O; 4DV3 B; 3F5W C; 3OM3 B; 1DF5 A; 1P49 A; 2CH7 B; 1I5Y A; 1OZ0 A; 1HNX B; 3JSN A; 4O4J A; 3T1H O; 2H3O A; 1URF A; 5LA6 A; 3D3I A; 2UXB B; 1YJW V; 2GHY A; 4DR1 O; 1XL4 A; 3L70 H; 2Q8V A; 1Q82 W; 1GM9 A; 4P9O A; 3J7A U; 1PL0 A; 1S5H C; 3JAT B; 4GUN A; 5CMU A; 3HR0 A; 1JCH A; 4YJ3 B; 2Y48 A; 3RYI B; 5HFM A; 4MSW C; 1NT2 B; 3ABT A; 2X6A A; 4JI3 B; 5FNV A; 1NVP D; 1YZB A; 5C93 A; 4JYC A; 1BMF G; 4DV5 O; 1CEZ A; 4PD4 F; 2JS3 A; 4K3A A; 1Y76 B; 3APQ A; 3ABL C; 5KAI Z; 2ADQ B; 3D36 A; 2DW4 A; 3UQ8 A; 2DMX A; 2ZIO A; 1UJW B; 3JYC A; 4B3T O; 1RP3 B; 3QO8 A; 1GM7 A; 2ZM6 O; 3B8N A; 5KX5 A; 4GKK B; 3CJH A; 2Y4U A; 5LHH A; 2IJJ A; 2K9P A; 3G71 V; 2E75 B; 4RAI A; 1R3J C; 3ZX6 A; 5GTI Z; 1SQG A; 3HPL C; 2YDE A; 5BZB A; 4TUY A; 1UFI A; 1R3I C; 2YSU B; 1MZE A; 4MVU A; 1M57 B; 2P5O A; 3SPI A; 1KD1 W; 4TOI A; 1J95 A; 3AG1 B; 3OEH G; 1XMQ B; 3IC9 A; 5J2T B; 2LGW A; 2ZD9 A; 2A7W A; 2P22 C; 3X2Q B; 5IDJ A; 3SR2 C; 4N21 A; 5IYD O; 5J9P C; 1R3K C; 2ZXW B; 4FLY A; 3K58 A; 2ZKO A; 3K57 A; 1MG1 A; 3OUS A; 5GW7 A; 2H94 A; 5J2U B; 1HNZ B; 1VQM V; 3ZBH A; 4JI0 O; 4LFB O; 1K33 A; 2PUS A; 4JI8 O; 4UVA A; 2N05 A; 2P6J A; 4DR4 O; 3L73 H; 1VAR A; 1PD3 A; 3B77 A; 4BAY A; 1JFF A; 2EIJ B; 4LF8 B; 5FL7 G; 3SJA C; 3QTC A; 1R6N A; 3CCR V; 3DXR B; 1YTF B; 1FFX A; 3OTF A; 3G6E V; 3RYF B; 2M6Y A; 3F5T A; 4G2K A; 3BFR A; 1OCO B; 1SES A; 2HG5 C; 1ZUQ A; 2UXC O; 4QPJ A; 2E76 B; 3HKB A; 5L3E A; 1VQ4 V; 5IJ0 A; 4H44 B; 4KFM A; 4DV3 O; 2AW9 A; 2P90 A; 4O4J B; 4B3R B; 1HNX O; 2EIL C; 2XAS A; 2ETN A; 5LA6 B; 3MDS A; 1NBM G; 1P7G A; 2Q0A A; 2UXB O; 3WG7 C; 3PJS K; 2L35 A; 4ICG A; 3CB2 A; 4E4E A; 1PKX A; 4IHJ A; 2ITD C; 4LH7 A; 2JIZ G; 4X62 B; 3W7U A; 3P32 A; 5B66 Z; 1YSC A; 2HP8 A; 2Q7E A; 1OCR C; 1N33 B; 2P67 A; 3CCQ V; 4JI3 O; 4JI5 B; 2Q0O C; 3JAM N; 4R6Z A; 1IX9 A; 1R6T A; 5H6R A; 3IFX A; 3D8C A; 2XT9 A; 3VQX A; 1VIB A; 1P4R A; 1M5I A; 2EUL A; 3ZHV A; 4FFB A; 2OIE A; 3LSQ A; 1JR9 A; 5EBM C; 3CRC A; 4CBC A; 4NYK A; 1V55 B; 2B5U A; 5JWP A; 1BGY H; 4J42 A; 1ROP A; 5BY1 A; 3L72 H; 3CJH B; 5K1X A; 4GKK O; 2ZR2 A; 1XUQ A; 4UVC A; 2JS5 A; 3K5L A; 2OCH A; 1FXK A; 3QNE A; 5EC2 C; 4LH6 A; 2ZE6 A; 1KC8 W; 2HKO A; 2ZE7 A; 4JYY A; 4KL1 A; 1JJO A; 4EFE A; 4TUY B; 2QWO B; 3H1H H; 1IBK B; 2WSS G; 5IYZ A; 4I4T B; 2OTL V; 3TGU H; 2Y69 B; 4RUF A; 3CYO A; 3EVK A; 1MZF A; 3SYC A; 1BCC H; 4WBN A; 2HVJ C; 3OD4 A; 2ZIN A; 1H38 A; 2MK3 A; 2N74 A; 1XMQ O; 1KBH A; 2ZDI C; 4DUY B; 4UVB A; 5EYP A; 2E3C A; 3FYI B; 2QM7 A; 2W6I G; 2OIG A; 2DN9 A; 1F7Y A; 3J81 N; 4TT3 G; 3QG5 A; 1HNZ O; 3CPW U; 5LP6 C; 4OPH A; 4YY3 B; 2WAM A; 3ZHQ A; 4I9Q A; 4X66 B; 1N36 B; 4QJF B; 1AB3 A; 4CS4 A; 5KHH A; 4ASU G; 1M90 W; 3RYH A; 5IE9 A; 1JFF B; 3QF7 A; 3APO A; 5A9G A; 4LF8 O; 4U3F H; 2UU9 B; 1P7B A; 1FFX B; 2CK3 G; 4PHZ A; 3OEE G; 4QNH B; 1SA0 A; 3OGI B; 1Q43 A; 3R66 A; 1JX9 A; 3HB3 B; 1EN6 A; 3HKB B; 5IJ0 B; 3MD0 A; 4BW9 A; 1F51 A; 4LFC B; 1IUR A; 3CCM V; 4MTX A; 1M57 C; 3SDL A; 5IWA B; 2A06 H; 1KMI Z; 2WWW A; 1FD9 A; 2QGN A; 2HR3 A; 4WFH A; 1Q90 D; 4B3R O; 2LW1 A; 3X2Q C; 2ZXW C; 4XDL A; 5JJJ B; 2QA4 V; 1F4N A; 4TV8 B; 4IHJ B; 1SQP H; 2ZQM A; 1VQ9 V; 3B09 A; 3T4Z A; 2EX3 A; 4NTY A; 3DC5 A; 4X62 O; 5KUK A; 2VS0 A; 5GON A; 1W59 A; 3NR7 A; 1FAF A; 2X0L A; 1N33 O; 4H37 A; 3IC7 A; 2Y4T A; 4JGS A; 4JI5 O; 1FS0 G; 2QWR B; 3K3W A; 2EIJ C; 2RMK B; 4CC5 A; 4FLW A; 4MVZ A; 4FFB B; 4I0X A; 2F95 B; 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1QLE B; 4C7U A; 1I7F A; 1S3J A; 2RDC A; 2Y0P A; 2MW2 B; 3CX5 F; 3A0B Z; 1FYJ A; 3SPH A; 3ZRW B; 1O9G A; 5JVD A; 2VQF B; 4I50 A; 5TIS Z; 2AZ2 A; 1N34 B; 1E1Q G; 1CXZ B; 1AI4 A; 2WA3 A; 4EEQ A; 5GON B; 3SJB C; 4KXR A; 4IGG A; 1OV9 A; 2Q7G A; 4WFG A; 2Q68 A; 1BL8 A; 4TV9 A; 4NVP A; 3CME V; 4PA3 A; 3ABM B; 5EBL C; 5JQG A; 2BOB C; 4I0X B; 4GX2 A; 1WAZ A; 1COW G; 5K1P A; 3KCX A; 2QKS A; 1TVK B; 5B5E Z; 2EJR A; 2XAH A; 3JD1 A; 4QE7 A; 4DRX A; 2FL4 A; 1GKF A; 3K0D A; 1RPR A; 4LF9 B; 4WF9 V; 1MSW D; 4G28 B; 2WA4 A; 1GTO A; 4GX0 A; 5JH7 A; 1YEW A; 3OGC C; 1AVM A; 5LOV B; 4ZHQ A; 1VQ6 V; 1WJZ A; 3E8H A; 4AQY B; 4UB6 Z; 3STZ C; 2WLL B; 1K73 W; 4UCV A; 4YXW G; 3Q4H A; 3BRC A; 1FXV A; 3OAA G; 2XAJ A; 4I55 A; 1QVG U; 1JVM A; 3K03 A; 2HHH O; 1FXH A; 5B1B B; 1PV0 A; 1VQO V; 4WFB V; 3LDC A; 2WLI B; 2Q69 A; 2BTQ B; 5AG2 A; 1QBZ A; 3UT5 B; 4FLX A; 3BA8 A; 4JI1 O; 2EJ7 A; 4DR5 O; 3WU2 Z; 1Q6U A; 4NB5 A; 1PP9 H; 1B04 A; 3WB1 A; 4K0K O; 1JQ0 A; 4UCR A; 2JGU A; 2X6C A; 4J7K A; 4TSF G; 1YXB A; 1BQ0 A; 4QE9 A; 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