The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
92
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structure length |
92
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Chain Sequence |
b'VGSVAALLTVVFYIAAVMATNLYGATFPEWFGDLSKSLYTLFQVMTLESWSMGIVRPVMNVHPNAWVFFIPFIMLTTFTVLNLFIGIIVDAM'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Prokaryotic NavMs channel as a structural and functional model for eukaryotic sodium channel antagonism.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ion transport protein
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| source organism |
Magnetococcus sp.
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| molecule tags |
Transport protein
|
| total genus |
36
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| structure length |
92
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| sequence length |
92
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-04-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PA4 A; 3ABM C; 3KG2 A; 4PDV A; 3E89 A; 4R6Z A; 3SJQ C; 3ASO C; 2WLI B; 1V55 C; 4LP8 A; 1OCO C; 3UM7 A; 1OCR C; 3K08 A; 5E1A C; 2ATK C; 3E86 A; 5EBL C; 4EKW A; 2X6A A; 2WLI A; 2H8P C; 2HJF C; 3E8H A; 5EC2 C; 3SPJ A; 1K4C C; 5B3S C; 2OCC C; 3LDD A; 3FB6 C; 3R65 A; 4P2Z A; 2ITC C; 4RUF A; 4PA7 A; 2ZXW C; 3OUS A; 1R3J C; 3IGA C; 2DYR C; 3UKM A; 2WLM A; 4MVO A; 4MVQ A; 3OGC C; 2WLK A; 4H37 A; 4PDM A; 2DYS C; 5BZB A; 3T4Z A; 3AG2 C; 4KFM A; 4JTD B; 2Q67 A; 3SPG A; 1KKD A; 2Y69 C; 3IFX A; 4WFG A; 3STL C; 4DXW A; 1P7B A; 3FB7 C; 4MVM A; 3SPI A; 4QE7 A; 2WLH A; 3RW0 A; 2IH1 C; 3AG3 C; 3SPC A; 4HYO A; 3T1C A; 2Q69 A; 4OXS A; 5J9P C; 5KUM A; 1R3K C; 5KUK A; 3PJS K; 4PA6 A; 3ABK C; 2DWD C; 4HZ3 A; 4G28 B; 1XL4 A; 4GX5 A; 4ZBM A; 3E8F A; 5CBF A; 5CBG A; 4R8C A; 2ITD C; 4RAI A; 1OCC C; 3F5W C; 5EK0 A; 3JYC A; 1S5H C; 2EIJ C; 3LNM B; 4LCU C; 4I9W A; 1ORQ C; 4MSW C; 3RVY A; 1OCZ C; 4PDR A; 4UUJ C; 4WFH A; 4P9O A; 3TCU A; 2HFE C; 3F7Y C; 3ABL C; 3EFF K; 3RVZ A; 1JVM A; 3OR7 C; 4MVS A; 2DWE C; 2NLJ C; 2W0F C; 2Q6A A; 4MTG A; 3SYA A; 3E8G A; 2KB1 A; 2WLL B; 1LNQ A; 2EIM C; 2EIL C; 3E83 A; 2X6C A; 5B1A C; 3AG1 C; 3T2M A; 1M57 C; 4G27 B; 3FB5 C; 3X2Q C; 2HVK C; 2R9R B; 1ZWI C; 2WLL A; 5EBW C; 2BOB C; 3GB7 C; 2YEV A; 2Q68 A; 3SYP A; 2HVJ C; 3BEH A; 4WFE A; 3K0G A; 2EIK C; 3K0D A; 4R50 A; 3LUT B; 3K03 A; 2X6B A; 3STZ C; 5EBM C; 3SYO A; 3E8B A; 3K06 A; 4CBC A; 4GX1 A; 5EC1 C; 4RO2 A; 3K04 A; 4X88 A; 3WG7 C; 2K1E A; 2QKS A; 4F4L A; 4XDK A; 4PDL A; 4X89 A; 4MTF A; 4R7C A; 1XL6 A; 5B1B C; 4RUE A; 1QLE C; 1R3I C; 4X8A A; 4XDJ A; 3RBZ A; 3VOU A; 4MS2 A; 3T4D A; 2JK5 C; 3ZRS A; 1G4Y B; 1R3L C; 2ZD9 A; 4J9Z B; 5CBH A; 4LBE C; 2AHZ A; 4GX0 A; 2A79 B; 4J9Y B; 4BW5 A; 2HG5 C; 4WFF A; 4PA9 A; 4P30 A; 1J95 A; 2QTO A; 3FB8 C; 3LDE A; 2P7T C; 4MVR A; 4H33 A; 1M56 C; 5IY5 C; 2WLN A; 2IH3 C; 4MTO A; 4MVU A; 2A9H A; 4JTA B; 4QE9 A; 3ZJZ A; 3AG4 C; 3HPL C; 4MW8 A; 4XDL A; 3OR6 C; 3SYC A; 3F7V C; 1V54 C; 4MVZ A; 1BL8 A; 3TET A; 3LDC A; 2WLJ A; 1K4D C; 2AHY A; 4TWK A; 4PA3 A; 3SPH A; 4JTC B; 4QNH B; 4GX2 A; 4MW3 A; 2EIN C; 4P9P A; 3SYQ A; 2BOC C; 2A0L A; 3OUF A; 3ASN C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4IT5 A; 3E89 A; 4JI6 B; 4FM0 A; 3CP1 A; 3CYO A; 4PI0 A; 2NNU A; 3M7M X; 3E8H A; 5B3S C; 5KX5 A; 3SDL A; 2A7W A; 3J80 N; 3CSX A; 2EJR A; 4ZHQ A; 5L3F A; 1Q90 D; 4JI1 B; 4UVA A; 1VQL V; 4PDM A; 3T4Z A; 1Q43 A; 1K33 A; 4DYL A; 4JV5 B; 1OV9 A; 2VWJ A; 1U96 A; 4QE7 A; 2IH1 C; 3JAW A; 1WA8 A; 3OEE G; 1R3K C; 1N0N A; 4BR6 A; 3E8F A; 4BIU A; 1S0V A; 3F5W C; 3OEH G; 1TVK B; 1HWY A; 4LCU C; 5BMV A; 3OAA G; 4PDR A; 2HR3 A; 1XNQ O; 1HNW O; 2B5U A; 3E8G A; 1FD9 A; 4ABM A; 2FYU H; 3X2Q C; 1L0L H; 2ZE7 A; 2UXN A; 3WB0 A; 3ASO B; 2P4K A; 5LOV A; 4O4L B; 2EIK C; 4FK5 C; 3JD1 A; 5IYC O; 2PY5 A; 4KP4 A; 4K0K O; 4WBN B; 1EFR G; 1JFF A; 2DYR B; 3VOU A; 3ZMV A; 2ZD9 A; 4DV1 O; 1BSM A; 3AG2 B; 4WFF A; 3C90 A; 3PN1 A; 5EZY A; 3N27 A; 4MVR A; 2Z3Y A; 5CA3 A; 3W7U A; 3CC2 V; 1FFX A; 3ZHR A; 2HP8 A; 3BA8 A; 1SZT A; 1ZAU A; 3ABK B; 3JAK A; 2H94 A; 4Q6G A; 5IYZ A; 1WB8 A; 3ABU A; 4FJC C; 1F7Y A; 4DUZ O; 2AZ2 A; 1NJI W; 1TUE B; 3CD6 V; 2IBZ H; 2IJK A; 4H44 B; 3P3N A; 3L74 H; 4LF4 O; 1XUQ A; 2R9I A; 4PJ0 Z; 1T5E A; 2KG7 A; 3OW2 U; 4JI4 B; 1N32 B; 2ZE5 A; 4I50 B; 1P7B A; 1IVS A; 3WG7 B; 3H1I H; 4ZI7 B; 3ZMZ A; 4WFB V; 3T1H B; 4JYA B; 1NTK H; 1I0H A; 1RM1 B; 1PL4 A; 3SJC C; 2ZCE A; 2QM4 A; 1Q6U A; 4UV9 A; 1TGO A; 1AJQ A; 1LUV A; 2ZNI A; 1G8M A; 4NXN B; 1GM7 A; 1MNG A; 1R6K A; 3E83 A; 2ARH A; 2JDI G; 3FFQ A; 5C8Y B; 2DE0 X; 1KP2 A; 2EZO A; 1LUW A; 3LNN A; 3HKB A; 1JJO A; 1Y6X A; 1AR1 B; 4JAV A; 1Q7Y W; 5JH7 B; 2K1E A; 3CCM V; 3K58 A; 2OWO A; 3FYI B; 1EN4 A; 4XDJ A; 4JF3 A; 2LJ2 A; 2JK5 C; 4GKJ B; 2F93 B; 4WBN A; 1WPB A; 1HNZ O; 1XQ8 A; 2HG5 C; 2M7W A; 1FJG O; 3FB8 C; 1SKV A; 2Q7G A; 4UB8 Z; 3OE7 G; 5K1P A; 2WLN A; 4MVU A; 4JI8 B; 4JYB A; 4NXM B; 4U7N A; 3K9S A; 3RYI B; 2B9Z A; 2QM7 A; 3RVZ A; 2EIJ B; 2LQT A; 2XUM A; 3KG2 A; 3ASO C; 3IC7 A; 3BY6 A; 1NVP B; 4JI0 O; 4NTY A; 3QF7 A; 2QA4 V; 1ZL8 B; 1VP7 A; 4E4E A; 2DYR C; 4FLX A; 3B2E E; 4OGQ B; 1SF9 A; 4FM2 A; 3AG2 C; 1SQF A; 5FNV B; 3K79 A; 3A0B Z; 4MVM A; 3VBB A; 3T1C A; 1Z5V A; 4I50 A; 4LF6 O; 1QBZ A; 4X65 B; 3ABK C; 4ZI7 A; 2ZKO A; 3CB2 A; 1P7G A; 1XL4 A; 1VQ5 V; 3CCR V; 4DRX B; 4O4J B; 3T1Y B; 4TV8 B; 2PI5 A; 2WA3 A; 3ETE A; 5EYP B; 2HFE C; 3F7Y C; 3E22 B; 3EFF K; 5H2F Z; 5IYB O; 4MVS A; 4LF7 B; 3ZBH A; 1CPY A; 2YXL A; 3T2M A; 5KMG B; 1URF A; 3C3T A; 5K1X A; 4XBF A; 3CXC U; 5EBW C; 2BOB C; 2DOS A; 3N2G B; 4EFB A; 3OTO B; 1XI1 A; 3ZED A; 3BAB A; 3RWR D; 4DR4 B; 5C8Y A; 3CCL V; 2LFS A; 3E8B A; 3OGI B; 1PKX A; 2FML A; 3WG7 C; 4YIO A; 4GT1 A; 3MD0 A; 1BQ0 A; 4K35 A; 4K3A A; 1RM1 C; 1IBK O; 3D3I A; 4J80 A; 3TJT A; 4GUN A; 2R70 A; 4LWS B; 3JAM N; 4AIL C; 2WWW A; 3SYC A; 4MVZ A; 2QWN B; 1FPO A; 4QGP A; 3AK1 A; 2D3O W; 4TUY B; 2BOC C; 1BHB A; 5LHI A; 4YY3 B; 3RYI A; 4FLZ A; 1HNX O; 4TT3 G; 1FKA O; 1FXV A; 4B7E A; 3K08 A; 2WAM A; 2EX3 A; 3D3Q A; 4N21 A; 5EC2 C; 3L75 H; 3CC4 V; 5C93 A; 2P6J A; 2ITC C; 4DR3 O; 1YIJ V; 1MSD A; 4X20 B; 1GM9 A; 1ZL8 A; 3IC9 A; 5BZB A; 1Q82 W; 2Q67 A; 2NN4 A; 1KKD A; 1SRY A; 3BCC H; 1XDC A; 3CX5 F; 1FFT B; 4X64 O; 5FNV A; 2WSS G; 1KUQ A; 5IJ0 B; 3J81 N; 5B1B B; 4WF9 V; 3JD3 A; 1MOF A; 1IUR A; 3AG7 A; 3E2E A; 4LNU B; 2G38 A; 1EZJ A; 4GX5 A; 2YDE A; 3W7X A; 2ITD C; 4LR3 A; 2XHB A; 3ZHS A; 4X1I B; 2EIJ C; 4DRX A; 2ETN A; 3CJH B; 1PNL A; 1Q8I A; 2LGW A; 2YIB A; 3B09 A; 4UUJ C; 4O4J A; 2JGU A; 1M5I A; 4TV8 A; 3TXS A; 2HJD A; 5EYP A; 2N74 A; 4CS2 A; 3E22 A; 1JX9 A; 4DV4 B; 5TIS Z; 1ZWI C; 3GB7 C; 4JI6 O; 1HR0 B; 1NZ6 A; 3CCE V; 1UJW B; 3LUT B; 3N2G A; 1X59 A; 1EBO A; 3CCS V; 2OIE A; 1H2K A; 2YI9 A; 3WU2 Z; 4X8A A; 5LBQ A; 4MS2 A; 1I5X A; 4JI1 O; 5FL7 G; 4FIP C; 1KC8 W; 2RCV A; 1K8A W; 4JV5 O; 4B3R B; 3LDE A; 5BY1 A; 2QSA A; 3C3S A; 5HFM A; 4J7J A; 3P30 A; 1MG1 A; 4HNA B; 4LWS A; 1QQC A; 2VQE O; 5B1O A; 4OX9 B; 4FZ0 A; 1FXH A; 5CB4 B; 4PD4 F; 4K8Z A; 4JAS A; 3OMN B; 1FS0 G; 4RWU A; 1NS1 A; 1Y66 A; 2CUG A; 4UCU A; 2JS3 A; 4LFA B; 1N8R W; 1G1X B; 2P06 A; 1D5A A; 1NVP D; 3JCU Z; 3OFN G; 2ILM A; 2P90 A; 1KYO F; 4WCE V; 1BQZ A; 3UKM A; 1MZF A; 4U3J B; 2QE7 G; 1Y67 A; 2RNB A; 4X20 A; 4FPP A; 1NBM G; 3MHS C; 4YXW G; 5E79 Z; 4CH4 A; 1WLE A; 1DGS A; 2KKW A; 1ENV A; 3PJS K; 3JD4 A; 5DN6 G; 4LH6 A; 5IJ0 A; 3W7S A; 2OTL V; 3G4S V; 1EN5 A; 1IDS A; 3L70 H; 2YS8 A; 4LNU A; 2E74 B; 1VAR A; 4X1I A; 2YIB D; 1SQB H; 1RSO A; 2XOK G; 3CJH A; 2EIK B; 5CA0 B; 5GTH Z; 2UXD B; 1YVW A; 1AI5 A; 5CMU A; 5BMV B; 3DGE A; 4UCT A; 2PYL A; 1QR8 A; 1SQV H; 1M93 A; 5B1B C; 2W6J G; 5J2U A; 4N23 A; 1WP8 A; 1Q3E A; 1HP8 A; 3TGU H; 5KA6 A; 1MAB G; 4JI4 O; 1N32 O; 3B8M A; 1K7D A; 3ZN0 A; 4LF5 B; 4Z1V A; 3VQV A; 3U0Z A; 3ZJZ A; 4JYA O; 3T1H O; 4NTX A; 2RJZ A; 3SPH A; 4MW3 A; 4HNA A; 4DK0 A; 1SES A; 3G6B A; 4PA4 A; 3ABM C; 1TAE A; 1V9P A; 1OCZ B; 4FLY A; 2IU3 A; 2RQ6 A; 1SZX A; 5CB4 A; 4JI7 B; 1GAX A; 1AP6 A; 4NXN O; 3ABL B; 4JI3 O; 3UM7 A; 3JCZ A; 2Z0A A; 4JAU A; 5HFL A; 2EIM B; 4P2Z A; 4DR2 B; 3MDS A; 1COW G; 2IJJ A; 1H38 A; 1WPX A; 1K34 A; 4I55 B; 1KB9 F; 1AI7 A; 2XT9 A; 3RW0 A; 4PA6 A; 3JD0 A; 4GKJ O; 1FXK B; 4H13 B; 2Y0P A; 2F4V B; 3B8N A; 1Y74 B; 2CTR A; 1PL0 A; 2YIC A; 1WB7 A; 2KG7 B; 4NKG B; 3HKD B; 2Z5U A; 3APO A; 4DV5 B; 4JI8 O; 4NXM O; 1GN6 A; 2QWO B; 2W0F C; 1KD1 W; 4DK1 A; 5CA0 A; 5GW7 A; 4G27 B; 3ZRV A; 4NTW A; 3JSN A; 3DC6 A; 2VQE B; 4O2A B; 2QEX V; 3WFV A; 3K03 A; 1BE3 H; 5EBM C; 2AW9 A; 1GRJ A; 3BRC A; 5LGU A; 1IBM B; 4MTF A; 3ETG A; 4DW1 A; 3QTC A; 3GVM A; 1IXM A; 1G4Y B; 1XNR B; 2VQF B; 2OCH A; 4I7Z B; 4OPH A; 5GON B; 4GYC B; 4JI5 B; 1GTO A; 1P84 F; 1YXB A; 3HKB B; 2M6Y A; 3Q4H B; 1H2L A; 2A9H A; 4B3S B; 4X65 O; 1V54 C; 2QM8 A; 4L87 A; 2NR5 A; 1OCC B; 2Q4P A; 2W6I G; 3OUF A; 4UCV A; 3T1Y O; 1N0J A; 1Z5W A; 4BWA A; 1BZK A; 3SJQ C; 2MW2 B; 2PGG A; 1LR1 A; 5CA1 B; 4CC5 A; 5JJJ B; 4EKW A; 2H8P C; 4LF7 O; 1VMG A; 2UUB B; 3HR0 A; 4UCR A; 2IJH A; 3AK2 A; 3DSQ A; 3QO8 A; 4MVQ A; 5LA6 A; 3OTO O; 4BIO A; 2HHH B; 4DR4 O; 2ZR2 A; 4B08 A; 4D6T H; 2QWR B; 2A3Q A; 3OD4 A; 3FYE B; 4TQD A; 4HBN A; 1Q86 W; 4UVC A; 1UFI A; 2B1I A; 4I55 A; 1AI4 A; 1DLB A; 4HZ3 A; 1VQ9 V; 1FXK A; 3LNM B; 2GUZ B; 1PNK A; 1OCZ C; 2QWQ B; 1Y74 A; 3J7A U; 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1OCO B; 3D36 C; 4DV6 B; 4FMT A; 1D2D A; 4LFA O; 5EC1 C; 1QVF U; 5KA5 A; 2XAQ A; 1QR9 A; 1NT2 B; 1S3J A; 1XL6 A; 4UV8 A; 1NH2 D; 1R3I C; 3T4D A; 5LP6 A; 1S72 V; 1CP9 A; 3JAT A; 3ZRS A; 4IHJ B; 4LBE C; 4I0X A; 4I9Q A; 2JS5 A; 2XAF A; 3B4S A; 3HKE A; 4NR1 A; 3GWK C; 4GKK B; 4DV2 B; 3LSU A; 2R72 A; 1MMM A; 1DK1 A; 3FKS G; 4FVM A; 1AVM A; 2EIN C; 3SYQ A; 4DR7 B; 1S77 D; 4DR5 B; 4U3F H; 1SQP H; 3BFR A; 5DM6 V; 4CH5 A; 1R1B A; 2YSU B; 4LP8 A; 5BR8 B; 1Y76 B; 1YIT V; 2UXD O; 4NB5 A; 2HJF C; 2ZM6 O; 4O4H B; 2EIL B; 5LP6 C; 5D5P A; 5LMU B; 3AG1 B; 1TA8 A; 1M57 B; 3A8T A; 4L8J A; 2JRI A; 5IYD O; 3OGC C; 3W7T A; 1W59 A; 1NTM H; 4O2B B; 2N05 A; 3BVO A; 1M90 W; 2QJ1 A; 3SPC A; 2Q69 A; 4OXS A; 4CC6 A; 2YIA A; 2N04 A; 4RAI A; 2PYJ A; 1QVG U; 1WJZ A; 4LF5 O; 1M56 B; 1H8H G; 3RYC A; 3VQX A; 3N2K A; 1TUB A; 3AG4 B; 2RDC A; 1US6 A; 2UUA B; 2F43 G; 1N36 B; 1QU7 A; 3ZHT A; 2Q6A A; 1JOY A; 2Q5Z A; 1YTF D; 2R9R B; 2CK3 G; 2GV9 A; 3CCQ V; 2YEV A; 1GN3 A; 4JI7 O; 3BEH A; 3APQ A; 2CTP A; 3JAL A; 2Q0O C; 4W4K A; 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