The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
94
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sequence length |
402
|
structure length |
402
|
Chain Sequence |
b'DAVEERVINEEYKIWKKNTPFLYDLVMTHALEWPSLTAQWLPDVTRPEGKDFSIHRLVLGTHTSDEQNHLVIASVQLPNDDAQFDASHYDSEKGEFGGFGSVSGKIEIEIKINHEGEVNRARYMPQNPCIIATKTPSSDVLVFDYTKHPSKPDPSGECNPDLRLRGHQKEGYGLSWNPNLSGHLLSASDDHTICLWDISAVPKEGKVVDAKTIFTGHTAVVEDVSWHLLHESLFGSVADDQKLMIWDTRSNNTSKPSHSVDAHTAEVNCLSFNPYSEFILATGSADKTVALWDLRNLKLKLHSFESHKDEIFQVQWSPHNETILASSGTDRRLNVWDLSKIGEEQSPEDAEDGPPELLFIHGGHTAKISDFSWNPNEPWVICSVSEDNIMQVWQMAENIYND'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Insight into the architecture of the NuRD complex: Structure of the RbAp48-MTA1 sub-complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Histone-binding protein RBBP4
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Cell cycle
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| total genus |
94
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| structure length |
402
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| sequence length |
402
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-04-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00400 | WD40 | WD domain, G-beta repeat |
| A | PF12265 | CAF1C_H4-bd | Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 7 Propeller | Methylamine Dehydrogenase; Chain H | YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IT9 g; 1B9X A; 2HKR A; 2HJB A; 2CN3 A; 5HE2 B; 2OIZ A; 3AL8 B; 3CFS B; 3DSM A; 3UVN A; 1U4C A; 1PBY B; 1U2V C; 4FAV D; 4TZ4 A; 2AGZ A; 4OZU A; 4CZV A; 4FWW A; 2IUV A; 2P9L C; 4E54 A; 1RI6 A; 3PVW B; 3OKT A; 4CC9 A; 4ZOY A; 4H5I A; 4Y7R A; 2PM6 B; 5IJ8 E; 2EBS A; 2AH1 A; 4X3E A; 3KRW B; 4D0K A; 2H6K A; 4PNK B; 4O3U B; 4GM3 A; 1JOF A; 4N14 A; 1S4U X; 4NSX A; 1ERJ A; 2AGX A; 3IKO A; 2OK4 A; 1N6D A; 2OK6 A; 4ERZ A; 2PM9 B; 5IGQ A; 3I8C A; 5EM2 A; 2GC7 A; 3P4F A; 3I7L A; 3IIW A; 3JAM g; 3RSE C; 3N0D A; 5SXM A; 3EI2 A; 1VYH C; 4AOW A; 3PSC B; 3PXS D; 4MK0 B; 1XKS A; 2HYE A; 4D6V A; 4J8B A; 4J86 A; 3A0F A; 3SVW D; 2OVQ B; 3K27 A; 1MG2 A; 4A09 B; 4O1Q D; 2H9N A; 3CFV A; 2QC5 A; 2H14 A; 3I7N A; 5FQD A; 3OTT A; 2UZX B; 4CY2 A; 4GQ2 P; 3SBQ A; 2OVR B; 5KDO B; 4XYH A; 5CYK B; 1OLZ A; 3C75 H; 3I7K A; 4ESG A; 2YNN A; 3RN1 D; 1K32 A; 2P9I C; 2XL3 A; 3SCY A; 5AJA A; 4J81 A; 4A0A B; 4QRJ A; 3EU7 A; 3VA6 A; 3HFQ A; 3MZK A; 4QQE A; 3ULE C; 3OW8 A; 2G9A A; 3MXX A; 3UKR C; 4A2L A; 3F3F A; 4K3I D; 5FKR A; 2CNX A; 4GGC A; 3EWE A; 3FGB A; 3SN6 B; 2I0S A; 2OVP B; 3SXT D; 5FKS A; 4J8G A; 2XYI A; 4IMM A; 4J84 A; 1SQJ A; 4X61 B; 1TBG A; 3ODT A; 4PXW A; 4J82 A; 3AL9 A; 3UVM A; 4CI3 A; 4A11 A; 4PBY A; 4FA4 D; 4CZY A; 3BWS A; 3IIY A; 2P9N C; 2H3X A; 5TEF A; 3EI1 B; 2HXC A; 2YBA A; 1GOT B; 2OJY A; 4LG9 A; 4E5Z B; 2AGW A; 4CI8 A; 3JRP A; 5FKQ A; 4PC0 A; 1PI6 A; 3PXT D; 5EMM B; 4A7J A; 3IJC A; 2H9L A; 3OL2 A; 2IUP A; 3ZWL B; 1P22 A; 1K8K C; 3OKY A; 5I5M A; 4ZOZ A; 4J73 A; 2PBI B; 4ERQ A; 1FWX A; 3V7D B; 3DXK C; 4BH6 A; 2B5L A; 3MKS B; 3GFC A; 4O45 A; 3RLM D; 4ERY A; 2HJ4 A; 3PVU B; 5GSA A; 1N6E A; 5GXI A; 5I5I A; 3JPX A; 2Z2N A; 5EAL A; 3N0E A; 2B5M A; 2H6N A; 5HYN B; 4EWR A; 4JT5 C; 5CXC A; 4X63 B; 3I7O A; 2B4E A; 3SBP A; 4HDJ A; 4OWR A; 2H9P A; 4IA9 A; 4LG8 A; 5CXB A; 3FM0 A; 2HES X; 3BG0 A; 4PBZ A; 5FA5 B; 4L1Q D; 5B4W A; 2IAA A; 2AQ5 A; 5EAM A; 3J80 g; 3NVN A; 5IJ7 E; 4CY1 A; 5GXH A; 4J87 A; 4E54 B; 2CE8 A; 3RN0 D; 4PSW B; 4H5J A; 2P9P C; 3DXM C; 2UZY B; 3EI3 A; 2BBK H; 3V9F A; 5THA A; 4A08 A; 3UVK A; 3EG6 A; 3EMH A; 3I7P A; 1NEX B; 4CI2 A; 3C99 A; 2XL2 A; 1JMZ B; 5EMK B; 3UKU C; 3E0C A; 2IUQ A; 2YMU A; 3SFZ A; 2TRC B; 3SHF A; 5EM2 B; 2BCJ B; 4JSP C; 4A0B A; 4XYI A; 3U4Y A; 3NVQ A; 3EI2 B; 4K3J B; 1N6F A; 3SWS D; 1B9Y A; 2H68 A; 3SMR A; 4Z8L A; 3DM0 A; 4GQB B; 1XIP A; 4L3H D; 3AL8 A; 3J81 g; 4CI1 A; 3ORV D; 1TYQ C; 1R5M A; 3AFC A; 3FRX A; 2AH0 A; 3MMY A; 1MG3 A; 4Y5R D; 3I2N A; 1GXR A; 3IJ0 A; 4JSX C; 5K1C C; 3JB9 L; 5IC7 A; 2I0R A; 5C2W B; 5C9Z B; 4GGA A; 4O3T B; 5HQG A; 2IWK A; 4BUJ C; 2P9K C; 3SJL D; 1A0R B; 2J55 H; 5FLX g; 2H13 A; 2Z2O A; 2YNP A; 4ES0 A; 4L9O A; 5HE0 B; 4G56 B; 1QNI A; 4GQ1 A; 1GG2 B; 3SBR A; 3C5M A; 4FB1 D; 1YFQ A; 4GMB A; 2H47 A; 3UVO A; 4ZOV A; 1OMW B; 2P9U C; 2CN2 A; 5C2V B; 3UVL A; 5AFU 3; 4UI9 R; 4QT8 A; 2AGL A; 4XEI C; 4JXM A; 4ZN4 A; 5EAR A; 4PSX B; 2Q7Q A; 3RFG A; 4A09 A; 3RRM C; 2I0T A; 4A11 B; 3I8E A; 1SHY B; 4U1E I; 2Z2P A; 3C9C A; 2HKM A; 5FXY A; 2H9M A; 2CO0 C; 3AH8 B; 3L4O D; 3CIK B; 3JZH A; 4L3G D; 3I7H A; 3SLE D; 2MTA H; 1JJU B; 1JMX B; 3JZN A; 5CYK A; 2W18 A; 3PSL A; 3V5W B; 4A0A A; 4GM9 A; 5HE1 B; 5A2Q g; 3EI4 A; 3PE7 A; 3OL2 B; 3B7F A; 4JD2 C; 2G99 A; 3NVX A; 1PGU A; 5K19 A; 4J0X A; 3OKY B; 5EML B; 2QXV A; 5TF2 A; 5H14 A; 3JRO A; 4JSV C; 4J77 A; 4QL1 A; 4LGN A; 4FA5 D; 3F3P A; 5I5J A; 5TDH B; 4GGD A; 4YVD A; 4FHL A; 3F3G A; 3VH0 A; 2CO0 A; 5EMJ B; 2CE9 A; 3W15 A; 3MKQ A; 4GZ8 A; 2XU7 A; 4KFM B; 2I3T A; 1SQ9 A; 3GRE A; 4GM8 A; 1XHM A; 5CXC B; 3EI1 A; 2GC4 A; 4CY3 A; 4O9D A; 2YNO A; 4E5Z A; 3PXW D; 5H1M A; 5CXB B; 3L4M D; 2O9K A; 4I79 A; 4JSN C; 2IUR A; 2IWF A; 5TEE A; 4ZOX A; 4R7A B; 5FKT A; 5H17 A; 3EI4 B; 1MDA H; 4A2M A; 3UR4 A; 3BG1 A; 3I89 A; 1NR0 A; 4U7A A; 3OKW A; 1GP2 B; 3JZG A; 4FAN D; 4X60 B; 1Q47 A; 5AMS A; 4J0W A; 1PEV A; 5IGO A; 2GNQ A; 4J79 A; 2PM7 B; 3VGZ A; 2J56 H; 2J57 G; 1L0Q A; 5GMK n; 5JWZ A; 3EI3 B; 2P9S C; 2I3S A; 4A08 B; 3K26 A; 4JT6 C; 2AGY A; 4AEZ A; 5EAP A; 3IJ1 A; 3KRX B; 4FA9 D; 4CZX A; 2YB8 B; 3DWL C; 5HE3 B; 2PM9 A; 2H6Q A; 3RMZ D; 2B5N A; 3RFH A; 4A0B B; 3MZL A; 4CY5 A; 4J78 A; 4BL0 A; 4FA1 D; #chains in the Genus database with same CATH topology 5IT9 g; 5E6U A; 1B9X A; 2HKR A; 2HJB A; 4AX4 A; 2CN3 A; 5HE2 B; 2OIZ A; 4DNW A; 3AL8 B; 4Z7Q A; 5E6S A; 3CFS B; 3DSM A; 3UVN A; 1K3I A; 1U4C A; 1PBY B; 1U2V C; 4JHP C; 4Z7N A; 4UM9 A; 1H2Y A; 4FAV D; 4TZ4 A; 2AGZ A; 4OZU A; 4AN0 A; 4CZV A; 4FWW A; 2IUV A; 2P9L C; 4E54 A; 3MVD K; 1RI6 A; 3PVW B; 3OKT A; 4CC9 A; 4ZOY A; 4H5I A; 4Y7R A; 3O4H A; 3V4P A; 2PM6 B; 2QR5 A; 5IJ8 E; 2EBS A; 2EIB A; 2AH1 A; 4X3E A; 3KRW B; 4D0K A; 2H6K A; 3MUN A; 4PNK B; 4O3U B; 4GM3 A; 1JOF A; 4N14 A; 1S4U X; 4NSX A; 3ZDZ A; 2VZ3 A; 1ERJ A; 2AGX A; 3IKO A; 2OK4 A; 1N6D A; 2OK6 A; 4ERZ A; 2PM9 B; 5IGQ A; 3MUO A; 3I8C A; 5EM2 A; 1YR2 A; 4O02 A; 2GC7 A; 3P4F A; 3I7L A; 3IIW A; 3JAM g; 3RSE C; 4BCB A; 3N0D A; 5SXM A; 3EI2 A; 1VYH C; 4AOW A; 3PSC B; 3PXS D; 4MK0 B; 1XKS A; 2HYE A; 1E5T A; 1I2M B; 4D6V A; 4J8B A; 4J86 A; 3A0F A; 4AMZ A; 3SVW D; 2OVQ B; 1BPO A; 3K27 A; 1MG2 A; 4A09 B; 4O1Q D; 2H9N A; 3CFV A; 2QC5 A; 2H14 A; 3FCS A; 3I7N A; 5FQD A; 3OTT A; 2UZX B; 4CY2 A; 5M5U A; 4GQ2 P; 3SBQ A; 2OVR B; 5KDO B; 4XYH A; 5CYK B; 1OLZ A; 3C75 H; 3I7K A; 4ESG A; 2YNN A; 3RN1 D; 1K32 A; 2P9I C; 3K71 A; 2XL3 A; 3SCY A; 5AJA A; 3O4J A; 4J81 A; 4A0A B; 4QRJ A; 1UTC A; 3EU7 A; 3VA6 A; 2XE4 A; 4D9S A; 3HFQ A; 3MZK A; 4O2W A; 4QQE A; 3ULE C; 3OW8 A; 2G9A A; 3MXX A; 3UKR C; 4A2L A; 3F3F A; 4UM8 A; 4K3I D; 5FKR A; 4JHN A; 2VDN A; 2CNX A; 4GGC A; 3EWE A; 3FGB A; 3QI0 A; 3SN6 B; 2I0S A; 2OVP B; 3SXT D; 5FKS A; 4J8G A; 2XYI A; 4IMM A; 4J84 A; 1SQJ A; 5M5T A; 4X61 B; 1TBG A; 2XDW A; 1VE7 A; 3ODT A; 3O4G A; 3NIG A; 4PXW A; 4J82 A; 5M5S A; 3AL9 A; 3UVM A; 4CI3 A; 4AMY A; 4A11 A; 4PBY A; 4FA4 D; 4CZY A; 2XZG A; 3VI3 A; 3BWS A; 3IIY A; 3ZE2 A; 3VI4 A; 2P9N C; 1GOF A; 2H3X A; 5TEF A; 3EI1 B; 2HXC A; 2YBA A; 3DDU A; 1GOT B; 2HU5 A; 2OJY A; 4LG9 A; 4E5Z B; 4Z7O A; 2AGW A; 4IRZ A; 4CI8 A; 3JRP A; 5FKQ A; 4PC0 A; 1PI6 A; 3PXT D; 5EMM B; 4A7J A; 3IJC A; 2H9L A; 4BP9 A; 2HU8 A; 3OL2 A; 2IUP A; 3ZWL B; 2BKL A; 1P22 A; 1K8K C; 3OKY A; 5I5M A; 4ZOZ A; 4J73 A; 2PBI B; 4ERQ A; 1FWX A; 5FFO A; 3V7D B; 3DXK C; 4BH6 A; 2B5L A; 3MKS B; 3GFC A; 4DNV A; 4O45 A; 3RLM D; 4ERY A; 2HJ4 A; 3PVU B; 5GSA A; 1N6E A; 5GXI A; 5I5I A; 3JPX A; 2Z2N A; 5EAL A; 3N0E A; 2EID A; 2B5M A; 4NBM A; 2VDP A; 2H6N A; 4G1M A; 5HYN B; 4EWR A; 4JT5 C; 5CXC A; 4X63 B; 3I7O A; 2B4E A; 3SBP A; 4HDJ A; 4OWR A; 4NEN A; 2H9P A; 4IA9 A; 2VDQ A; 3OF7 A; 4LG8 A; 5C92 A; 3T3M A; 5CXB A; 3FM0 A; 1GOH A; 2HES X; 3BG0 A; 4PBZ A; 5FA5 B; 4L1Q D; 5B4W A; 2IAA A; 4BCD A; 2AQ5 A; 5EAM A; 3J80 g; 3NVN A; 5IJ7 E; 4WJK A; 4MMY A; 4CY1 A; 5GXH A; 4J87 A; 4E54 B; 1H2Z A; 2CE8 A; 3RN0 D; 4PSW B; 4H5J A; 2P9P C; 3DXM C; 2UZY B; 3FCU A; 3EI3 A; 2BBK H; 3V9F A; 1E8M A; 5THA A; 4A08 A; 3UVK A; 3EG6 A; 2VDL A; 3EMH A; 3I7P A; 1NEX B; 3V4V A; 4CI2 A; 3C99 A; 1O6F A; 2XL2 A; 3IUN A; 1JMZ B; 5EMK B; 3UKU C; 3E0C A; 2IUQ A; 1T2X A; 2YMU A; 2VZ1 A; 3SFZ A; 2TRC B; 3SHF A; 5EM2 B; 2BCJ B; 4JSP C; 3EQ8 A; 3IUM A; 4WK2 A; 4A0B A; 3ZDX A; 4XYI A; 2VDR A; 1JV2 A; 4DNU A; 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