4PCFA

Structure-based protein engineering of a monomeric triosephosphate isomerase towards changing substrate specificity
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
238
structure length
234
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSSLSGLIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNTDALASLKDFGVNWIVLGHFERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVVTPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of two monomeric triosephosphate isomerase variants identified via a directed-evolution protocol selecting for L-arabinose isomerase activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ma18-TIM
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 84
structure length 234
sequence length 238
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pcfA00
2H3BA 3LBMA 4GUGA 2QCDA 3WJYA 2NX9A 3OA3A 3DFQA 2TSYA 3G1YA 1T8XA 2QCNA 4ZL1A 1OFDA 3FKKA 1G67A 2GJNA 2C3ZA 3IV3A 3QRHA 5IBXA 2EKCA 5AHFA 4IMGA 3LHWA 5D37A 4LTSA 5BMXA 1G7VA 5G5IA 3NPWA 2RHGA 2FIQA 4ZVJA 3BLIA 1QO5A 1O94A 4TIMA 4LRSA 3MBFA 4H3DA 3G3DA 5I3HA 3W7JA 1VYSX 2QJHA 3TFCA 2CWNA 3DFOA 3T40A 1YDNA 5G2HA 1WDWA 5A5WA 3M1ZA 4UFLA 3HIJA 3FFSA 3P5YA 2E1DA 3VI2A 3W1QA 1XBYA 4K38A 3O6YX 1FDZA 4KWVA 1R2RA 2ZYFA 3ANYA 3QEZA 4WY0B 4R33A 2GOUA 3A5VA 3PS7A 5I3KA 1QR7A 2V81A 1O4UA 4M6PA 2V8ZA 5KZMA 2O7QA 2JBMA 3C52A 2D73A 3GDTA 4RR4A 3MI3A 4K7VA 1VHCA 2KZHA 1MXSA 3NPXA 4JXCA 2ZTJA 1PVNA 4JIPA 1THFD 3DFPA 1W31A 4Y8FA 1K8YA 5DBTA 4MPQA 4K8HA 1OYBA 3TH6A 4JNMA 1DL3A 3S1WA 3WK0A 3S0CA 1WA3A 5A8GA 1WYIA 1ZCOA 3TA6A 3ABOA 3PSVA 2WSRA 5G1YA 1I2NA 1K7XA 3EX2A 3WJZA 7TIMA 3W85A 4RJEA 3W07A 4IQLA 3W7HA 1KM0A 2X30A 4NXSA 4I7WA 2CLIA 3MW7A 4UMCA 3FIGA 4WOQA 3BW2A 1JR1A 4O4VA 3B4UA 2YSWA 4XUGA 1JCYA 4AAJA 2A2IA 1KTCA 4OQVA 1TPWA 3C2VA 5AHLA 2ISWA 3NYZA 2FJKA 1FCBA 3HPZA 1GVFA 3W7GA 3LOTA 2CFFA 2WKJA 1TPEA 3GXNA 1G4TA 3EXSA 1GVQA 3W73A 1EA0A 1GVOA 2FQIA 3EX3A 3LCFA 3DH7A 5AC8A 2QEZA 1PHWA 1A5CA 1R30A 3IVSA 3TJLA 4WY0F 4NXKA 3QPZA 1AG1O 3SIZA 4OE7A 2YW4A 1K8XA 4MJMA 4GBUA 4MZ8A 4I7UA 2PURA 2QCDB 3LXCA 4TX9A 3PF3A 1OF6A 2Y88A 1QAPA 2GQ8A 3TSBA 1SZNA 1UUOA 3P62A 4PCFA 1B9BA 3KVKA 1GQNA 3L9CA 3DFSA 3O05A 3P81A 2ISVA 3OVQA 4JTKA 2WNQA 4GFSA 4AHOA 3LHVA 2VFHA 3C61A 1QDSA 1Y0EA 3PB2A 1H51A 1VGAA 4DPPA 3UPWA 2EGZA 3I7SA 4ORMA 1A5BA 3T44A 5FI8A 5D2VA 4GRSA 1XDLA 3FJ6A 3MWAA 5LHEA 5DBUA 3P67A 1XUZA 2OT0A 4ADSA 1PS9A 4UR8A 1M5WA 3I6RA 4O13A 2BX7A 3U2OA 2ZZ1A 3NM1A 5IM51 4ZMGA 2DP3A 3NPUA 4DO4A 2YFNA 1J5TA 4M7TA 1VCVA 3L5MA 3E12A 3C3NA 3V1PA 2NXGA 4LVAA 2A4AA 4EWND 1QWGA 3IIOA 5EL1A 3W1NA 3G22A 3L5AA 3G24A 5HR6A 3G1AA 5CPOA 2QUTA 2ZQ0A 3W71A 5I3FA 4EIVA 3TSMA 1JCJA 4U28A 3S8HA 1F73A 2J9XA 1KLZA 3HGJA 4K39A 4LW7A 2ZRZA 3A21A 4S1FA 3P8JA 4UXDA 2CLKA 2E6AA 4Z08A 3M43A 5G4WA 4HNUA 1A5SA 1VRDA 2FPYA 2H8XA 1FDJA 5AHMA 1L9WA 4UIOA 5FEXA 3THQA 2GVJA 3NL6A 3GNDA 4MY8A 4Y90A 4QISA 2A6NA 5KZDA 3C2EA 2ZRYA 1TTJA 1SW3A 4RCXA 2I1OA 2VEKA 3M0ZA 3PUEA 4QQ3A 4UTWC 3TK7A 1GYNA 4BR1A 3W9ZA 4HHPA 4IJBA 4A29A 4O1AA 3PWAA 3GDMA 2ZRVA 3UWWA 2A7PA 3PAJA 3TXVA 4LC8A 4O28A 4EOUA 4ZQOA 4GE8A 1IIGA 5KITA 5D02A 1VCGA 1ML1A 2ZA2A 3AJXA 4MJZA 3MI6A 4MIMA 3TR2A 3G8EA 3IGUA 3NZRA 1TIMA 1LLWA 1V7YA 3MP3A 1UUMA 1XDMA 4MZ1A 2A7RA 4JDYA 2R91A 1TJPA 3NEVA 4I7VA 4XWUA 1Q6LA 3LRMA 2QUUA 2CLHA 5SWUA 3QW4B 4KFOA 3IIPA 1KM6A 1YADA 3V75A 3IGXA 1AK5A 4XKYB 3M5ZA 4TU1A 4GUFA 1DQWA 3FS2A 3NR0A 1OFRA 1ICSA 4MFDA 3P82A 4OV9A 1TTIA 2WV8A 2E09A 1P5BA 1EP2A 2WNNA 3LRLA 3R89A 3BG3A 1TCDA 2DU2A 4IGHA 1VHNA 3OHIA 1SO5A 1JUKA 4RLIA 1IF2A 5AYYA 1SZGA 1Q45A 4OGZA 4UCGA 6ALDA 2DZTA 4TR9A 1OYCA 3M41A 3W7MA 3M5XA 4UFMA 1F05A 1AL7A 3BLFA 1H5YA 5T26A 3GIYA 3W7PA 5AB3A 4LUJA 3R12A 2DZPA 1ME9A 3N9RA 5AYXA 2CZFA 1G4EA 5D2YA 1KTNA 2H6RA 3BK0A 3W2UA 4IMFA 5DXXA 4AXKA 4UTHA 2F84A 3W3OA 4GJ1A 3UPBA 3NL5A 3R5EA 3EX6A 4JTTA 2ZA1A 4O1DA 4O4WA 3W1MA 2TMDA 1SW0A 4FNTA 1HO4A 4HSNA 1ICQA 3LHZA 1UB3A 2JKPA 4NZFA 1YTEA 5TQLA 5IBXC 4GUHA 3QF0A 1WXJA 2QCLA 5D04C 3ATYA 2BSLA 3W70A 5E1QA 3BGGA 4UTLA 3W2NA 4HNTA 5L9FA 5HWMA 3G0UA 1KFCA 3H53A 4FXSA 1DQXA 3JRKA 4NJHA 1EPXA 3S1VA 1Z44A 3WJSA 1W3NA 2PRHA 2ZZ6A 2Q3RA 2WPBA 1TYGA 3EEGA 1AMKA 4JYFA 4RZ5A 2O7SA 3TJXA 4S2BA 4BWLA 1OFBA 3E0IA 4EF9A 1IXQA 4FF7A 1FCVA 3P61A 3ZR4A 2VEIA 1GYLA 1OFQA 3LDVA 3WK1A 3W74A 4YCPA 5K9DA 3MYOA 2C14A 4XQ6A 5D09A 1X1ZA 2Y85A 4FX7A 1TMHA 4LT9A 3TV8A 1JRBA 1ME7A 3M44A 4OV4A 1ZNNA 4O8RA 3LCHA 3TKFA 2J9ZA 2ZRUA 3W2LA 2YR1A 4FNRA 4IPIA 1ALDA 2ATMA 5HNRA 2F7FA 1K03A 2ZZ4A 5LGZA 3ABRA 3EB2A 3UWZA 5F4SA 2YGYA 1SFJA 3W72A 1YXDA 4NJKA 1WOAA 3Q37A 1A5AA 3GYEA 2RDUA 3KOFA 4QIUA 2H3DA 5F1UA 3CIXA 4KFNA 1H1YA 2C18A 2WOQA 1OHLA 3HQ1A 1GPWA 2TYSA 5FEZA 4E2BA 1OX4A 2P1FA 1LBMA 2Q8ZA 4M5PA 1RR2A 2NX3A 4KFPA 4AMAA 3BG9A 2HS6A 4YMZA 1YXCA 2E6YA 1LOQA 4JTUA 5AN7A 5AHNA 1L6YA 2J27A 2QJIA 1HTIA 3P5ZA 3TNOA 3HOJA 4OT7A 4PODA 5C54A 4LY8A 3LI0A 4P61A 2QCGA 2XN0A 4IMDA 1LP6A 3NQAA 1TPVA 1YXYA 4GC4A 3N34A 1AW2A 1J4EA 1W54A 4EVZA 4A3UA 3NQ8A 4DBEA 1OF8A 2OCZA 3BARA 4NNBA 4JX4A 5L6UA 1WX0A 2DZVA 2GUUA 1F7BA 2DZWA 2ABBA 1ZENA 3O07A 3BW3A 5LNUA 1I4NA 1L6WA 2V2HA 1EWDA 3CEPA 3TQKA 3NDOA 4N6EA 3TC6A 3QJAA 3N2XA 2I9EA 3D0CA 1H62A 1O60A 1RQHA 2YX0A 4OHQA 5DELA 1ZY9A 4OBTA 3CWNA 1TPH1 1XL9A 4JYEA 4O15A 3TSDA 2Q8LA 2QJGA 2NV2A 4LRTA 1W5QA 3KFTA 2Y7FA 2CLMA 1PHQA 4HT3A 3K30A 4LC6A 3W7NA 2LLEA 3EWXA 3BGJA 2BLEA 1SFLA 4X2RA 3NG3A 4UFIA 1C29A 3LXAA 3DFNA 4UFHA 1EUNA 2FLIA 2B7NA 5H2ZA 1KFBA 2VEPA 4RV8A 3W1PA 5CPNA 3G1DA 4O57A 3PB0A 1GTEA 1JUEA 3LX9A 1OFPA 4MUZA 1SR9A 2C1HA 4M7SA 3S42A 3KXQA 3VE9A 1ZJIA 2V5LA 4WXYA 1ZAIA 2YDAA 3Q94A 4Z0SA 3UZJA 1EP1A 3S1UA 1MEIA 5EPDA 3E49A 3HG5A 4GWEA 4QJ1A 1U5JA 1JQXA 4WQ6A 1G69A 4Z1CA 3LB0A 3P84A 1JJKA 4IWWA 5D30A 1D9EA 1WQ5A 3NPVA 4O1BA 3NQFA 1JCXA 5K9XA 2QUVA 5BMWA 3IVTA 1L2UA 4R53A 3NM3A 4FNSA 3HJZA 1KM3A 1Q6RA 3G0SA 1H63A 4JIQA 3GDLA 4HPXA 3GZ3A 3HBLA 1ZALA 1K7EA 4HSOA 5AHEA 5LKYA 3VCRA 4LVGA 1FWNA 2JGQA 3R13A 3FA5A 1VJIA 5LSMA 3P74A 2OMAA 4UFKA 4XBKA 4JS3A 5CG7A 3LLDA 4IMEA 4LU0A 1VPXA 4XBSA 1TQXA 5FF2A 1FQ0A 2W79A 1ICPA 4QNWA 1GEQA 4D2JA 4O0KA 4ZQPA 1W37A 1SSGA 3S5ZA 5DCDA 1DBTA 2I14A 5LZLA 8TIMA 3KX6A 1TV5A 1DJQA 3UD6A 3O16A 1C9DA 5BNKA 4P2VA 3HG4A 1B57A 1DJNA 2V2DA 3M7WA 1LRTA 4MYXA 3PG9A 4HKPA 3GLCA 1V5XA 4IOTA 1UCWA 4K37A 4JTFA 2J88A 1I45A 2FDSA 3TW7A 2CZ5A 3UZ5A 4JD4A 4RXGA 2Y7EA 3O6DA 4BFAA 5K4ZA 3TXZA 4WD0A 3LCGA 3NO5A 3L2IA 3INPA 2V9DA 5I3IA 1XBVA 4JX6A 1LYXA 1W0MA 4RXFA 5K7JA 1B4EA 3HGOA 1TO3A 5D2TA 3GX9A 1MO0A 4N4QA 3QMSA 4BI5A 5AC6A 3R8RA 1FCUA 3QMRA 2YCEA 1S3HA 4WUIA 4JEQA 2X1RA 4CNNA 3C0JA 1PL9A 4LS0A 1I2OA 3TQVA 3N9SA 1SO4A 1JCMP 3CIWA 1KBIA 3I68A 1U83A 3MUXA 1MSSA 1G4SA 1RVGA 1XBXA 2ZZ5A 2B4GA 3E96A 3RLVA 1K7FA 3W7DA 4NJGA 4O11A 3BPWA 3USBA 3EWBX 3W7CA 5U7SA 2ABAA 3UNDA 3MP5A 2NUWA 1W56A 3LHUA 1HO1A 5DLCA 4L4LA 5F4XA 2Y63A 5DCEA 1KLYA 4MOZA 4MYAA 5LGXA 4O10A 1DKWA 3NNTA 4GXMA 5H91A 1IIHA 4L4MA 1SO3A 3GNNA 2YXGA 4BK9A 5D03A 2NXIA 3WFAA 1EB3A 1P0NA 3NVTA 2P10A 3CWOX 3WJXA 1E51A 2Y7GA 3CLMA 3TMLA 1OABA 1C8VA 1LDCA 2QF7A 2QCHA 3L21A 1AW5A 2A1YA 4HNVA 3O06A 2XN2A 3NOEA 1EWEA 3C2RA 5HINA 3A9IA 3LHTA 2V30A 3NQDA 1VLIA 2DZSA 5FEPA 3G0XA 1FBAA 1R2TA 4MY9A 4JTSA 4YLWA 4U4MA 1NSJA 2CU0A 2PC4A 2ZZ3A 1P1XA 5C55A 3TE9A 5AYZA 3DFTA 1KTBA 1CX9A 1TPDA 3PC0A 4A21A 1M7PA 2E5CA 3MHFA 4AWTA 2QKFA 1OFOA 2B7QA 4N9BA 5F1VA 3T55A 3B0PA 2R8WA 3N73A 3LTPA 1ZHAA 4FX8A 3L5LA 1FWWA 1LLZA 4ZQNA 3NXFA 2Z1BA 3W7EA 1OX5A 4AB4A 4O53A 4CCEA 1YPIA 2UV8G 1OFEA 2NV1A 3CQ0A 3DAQA 3DKJA 4BI6A 1LCOA 1P4CA 4HIBA 1M7OA 5HWJA 4LVBA 2CW6A 2B7PA 1Z41A 1QNVA 4N9EA 4CQ8A 4HPJA 1KA9F 1VYRA 1RZMA 3UWYA 3TAKA 3W1RA 3G1FA 3PBUA 5DCBA 1TB3A 3MI2A 4H6KA 3W2JA 5KZEA 3TDFA 2Y62A 4JX5A 4K8EA 5HWNA 1O5XA 4Q33A 5DY3A 2WSYA 2A0NA 3HPXA 1ADOA 3E9AA 1BEUA 2WSQA 1F76A 5G2WA 1CI1A 3FJLA 2C0AA 1TREA 5EMUA 3LM7A 3EKLA 2HS8A 3F03K 3S5YA 3MHUA 3MYPA 1DV7A 1EEPA 3I7RA 1G4PA 3EX1A 4R34A 5F2IA 1EUAA 4HN4A 3M5YA 3SGZA 5K2ZA 3NAVA 3UY7A 3NQMA 4M6QA 1Q3NA 2QDGA 3NL3A 2Y6ZA 1ZFJA 4N9DA 5D38A 2QCMA 3QC3A 2FPTA 3LCXA 1UJPA 3GAYA 3GKAA 1FXPA 2QAFA 3QQ1A 3ELFA 1QCWA 4N6FA 3IRDA 3SZ8A 2A7NA 3DHFA 3W7QA 2VXNA 1PV8A 3FEMA 4QAIA 2E6FA 4WOZA 1G6CA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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