4PETA

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from colwellia psychrerythraea (cps_0129, target efi-510097) with bound calcium and pyruvate
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKKYRWKLAETWGPNFPIFGDATKNMAKMVKEMSNGRLTIRIDSSNKHKSALGIFDFVKSGQYQMGHSASYYWKGKNFNTMFFTTVPFGMIASEQHAWFYYGGGMELMKKVYDQYGIMSFPGGNTGNQMGGWFKKEINSVEDLKGLKMRIPGFAGEVLAKLGAKPTNIPSGELYTALERNTIDALEWVGPSLDLRMGFHKIAPYYYTGWHEPGTELQFMVNQKAYNSLPKDLQKILTVAMKAAAYDMYSQSMHASGVNLASLKKDYPNVQMRSFPKPVMEAIVQANDELLEEFAAKDPMTAEILKSLNDYKHQIRAWTNLSDRAYLDNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Solute-binding protein
source organism Colwellia psychrerythraea
molecule keywords Extracellular solute-binding protein, family 7
total genus 104
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4petA02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4petA01
3VLWA 3EF7A 3A3CA 3FJ7A 1SI1A 4H8JA 4N91A 1H3DA 2XXVA 2XWVA 1A8FA 3OENA 1JNFA 3GYYA 2H4IA 4EF2A 3QSLA 5H8HA 1JETA 4N6KA 2XX7A 3O6IA 4ZZAA 1B1HA 1LAXA 3SESA 1OQHA 3VDFA 4C0RA 3HCQA 4POXA 1HSLA 1FW0A 4ZEFA 3O97A 1P1UA 4MAGA 1N0TA 1OQGA 4QSCA 1D4NA 4MFIA 1POTA 1B3GA 4FAJA 2KLFA 5K2YA 5TP9B 3FJGA 3PGFA 4P8BA 4OETA 2I49A 4YAHX 1ZTYA 3TMGA 2Y7KA 4HS7A 2DE3A 1MY4A 3FATA 3RN8A 3H3GA 4DI4B 1SI0A 3KOSA 1ANFA 2ZNUA 3RTFB 3SEYA 3DELB 4F31B 2UYEA 3KJ7A 3UGWA 2XXHA 2F6GA 4LA9A 1FQFA 1B7UA 4OVSA 4POWA 2RC8A 2VHAA 3TYHA 4R2BA 4H0WA 2VPNA 3QAXA 2DXRA 4IO3A 4ZECA 3FIRA 2O68A 4IO5A 3TTRA 4H5FA 2Y7RA 3OOAA 5K2XA 4P1LA 3R26A 4OVTA 3O28A 1Z7ME 1T0KA 4F22A 3KN8A 2XA5A 4DCYA 5I57B 3G3KA 3G3GA 3WAEA 3CG1A 3TDJA 1IEJA 1YPNA 4NF5B 4PAFA 4PGNA 3K02A 3H6TA 4JWOA 1LCTA 2I48A 1BLFA 1QULA 1XVYA 3G7WA 3M3KA 5I59B 1RYOA 3LBSA 3SEUA 1JVYA 1OIBA 5KCJA 3N6TA 3E4RA 2DE4A 5KZTA 3ILUB 4ISUA 2O6AA 3FVNA 3B7DA 4C1UA 3Q26A 4FIMA 3K0VA 3IB0A 2O7UA 4M1VA 3U1OA 4MF3A 1MXYA 4OYVA 2D21A 3PPPA 2XWOA 1NH8A 4WXJA 2REJA 1WODA 2F5XA 1LLSA 1M5EA 5HPQA 3VLVA 1HSJA 2CZLA 4NHBA 2AYSA 3RLFE 1EU8A 4G4PA 2V3TA 1KWHA 3KFMA 3MPLA 4OFJA 4UACA 3W9VA 3B6WA 1PBQA 1EZOA 4IO2A 3RQTA 4NAPA 1IUDA 3OEKA 3LSLA 4Q8RA 2ZYNA 4KYSA 4F3SA 1XT8A 4F2QA 1TFDA 1I6BA 4KQPA 4NF6B 1MY0A 4FATA 3CFZA 3QYTA 4U22A 3KG2A 4YB7A 1O64A 2Z8EA 4PFBA 3M3FA 4MNCA 2VPOA 2XHDA 3L6GA 5J1DA 3OEMA 2V84A 1N3WA 1PB9A 1CE2A 4RYAA 1O63A 4X04A 1ZIUA 4M4GA 2XWKA 3K6XA 3U65A 3UA8A 2ZNSA 4R9FA 4OQOA 5I57A 2X26A 1UIUA 4N4UA 3FJMA 4DXUA 5HM4B 3SERA 2I0CA 4NF5A 2VD3A 4TOZA 3IAZA 4BDOA 2RINA 3G3FA 4XKPA 4HCYA 1MQIA 3EHUA 5IKBA 4OVPA 4F3BA 5I59A 1S7YA 4PFYA 3FV1A 1AL3A 2O1LA 1B6HA 4KYDA 3G3HA 1LB8A 2O51A 4N6DA 4JBZA 3FGSA 1ZJLA 4TQUQ 4ECFA 3FD3A 4IO6A 5H8QB 4XIGQ 1OMPA 2HAVA 2HXWA 3O6GA 3KOTA 1Z7NE 4O3AA 2PT2A 4U1ZA 3O2AA 4BLAA 4F1VA 4OFOA 3LSFB 3IOTA 4G77A 1R6ZA 4I9DA 2H99A 4EF1A 2YJPA 2I58A 1MXVA 1IZ1A 2AL4A 1LBCA 5DVJA 1FQBA 1MQGA 1B05A 1B5HA 4PE3A 4GXAA 3RY3A 1QKBA 1R9QA 1FQEA 2DVCA 4WKMA 2XXUA 1NKXA 1QKAA 3CI8A 3HPIA 4U1OA 1P99A 5BUUA 4G68C 4FEDA 4NF6A 3G3JA 4AB5A 3O66A 2Q89A 4EXKA 4R74A 4X9TA 2RC7A 1GR2A 4KFQA 2QS1A 3W9WA 1DTGA 5H8NB 4DI3D 3R6UA 1M5DA 3OXNA 3F11A 3PPOA 2Q2CA 1A54A 2PMSA 5AA2D 4ELQA 2VGQA 5CMKA 1MPCA 3H4ZA 3ODBA 4EQ9A 2DWHA 4ZE8A 4P47A 1NNPA 3BBRA 3K6WA 2QS3A 4NEDA 3E13X 1EH3A 4PDHA 2YPNA 4F39A 2HEUA 3SDFA 2D5WA 4NGUA 4ZE9A 3HN0A 1JEVA 4IO7A 1N84A 3H7MA 4XTCQ 4XF5A 4O7MA 2OJTA 4ZS9A 2V4CA 3H6VA 2E1SA 4QSDA 4YKJA 1TFAA 1B32A 4P9KA 2DS9A 4IGTA 4PBHA 3KGCA 3RT6B 1MXXA 5JTYB 3MWBA 1P1WA 4PAIA 3O29A 2XXIA 5I2KB 2P0SA 1SD3A 2XX9A 5H8QA 5ITOA 4I62A 4KPTA 5F7VA 4YB5A 4PQJA 3MZ9A 1SDXA 3DP4A 3V83A 1POY1 1FTMA 4LVQA 2W7YA 3FXBA 4KCCA 4RPNA 4OA4A 1DTZA 2B3FA 1SW5A 2G29A 4JWXA 3TQWA 1UTHB 3K6UA 1N04A 2O1MA 3UIFA 5ISUA 3OSQA 5A5XA 3A3UA 3VV5A 4F29A 2I3VA 3VXCA 3LR1A 2HQ0A 4ZEBA 2ANJA 1Q1KA 5I5PA 1JW4A 1FQDA 3Q29A 1Y4TA 3M3LA 3CR9A 3RTWB 3KN7A 1B5JA 4RA1A 1IXGA 3SETA 4GIZA 1MQJA 1LB9A 3IK6B 3RUMA 1B7HA 2HCAA 3TCGA 3MW0A 3H6UA 3PUZE 3FUZA 2AL5A 2M8CA 4ZZEA 4R72A 4TLMB 2Q9TA 4I1DA 1MQDA 1USYH 3TKDA 4MH5A 4P11A 3C35A 2PBWA 1ZMGA 5DEXB 4LZ8A 4ZEIA 5KCJB 1TXFA 2ALUA 4XXUA 4F19A 2P2AA 4GWOA 4IO4A 3BFTA 4G68A 2XWIA 2VOZA 1MXUA 3IJXB 2WYKA 3C32A 1SVXB 1Y3QA 3OSRA 4YMBA 3IOVA 1FQAA 3H06B 1B5IA 1AMFA 5JTYA 3FASA 4N07A 4NWDA 4PFUA 1LSTA 5AA4B 5I2KA 2UVHA 4UABA 4LATA 2DP8A 4L17A 4LQ2A 2HAUA 1XHYA 3N94A 2UYFA 4OVQA 1FTLA 5EHSA 1PC3A 1H45A 1QUJA 1QW0A 1VE4A 4NF4A 4NMYA 3MUQA 3TAJA 1DMBA 3UP9A 1MY1A 4NTLA 4JB7A 1UTHA 1MM6A 1LAFE 4R2FA 3ILTB 4BDLA 2XXKA 4DIGA 4MHFA 2NXOA 2DSFA 2UVJA 2NWJA 4BDRA 4KHZE 4MMPA 4ELOA 1HSEA 3U8QA 4H65A 5CMBA 3C9HA 1Y3PA 4G2ZA 3S4UA 1OLAA 1YCJA 1IXIA 3IR1A 5KDTB 2PX1A 2WX9A 2A5TB 4O8MA 4MLQA 1TT1A 3ZKLA 4KCDA 3PPQA 3T93B 4RJZA 3T9XB 3D4CA 1VSOA 2XXQA 2DWJA 4EQBA 1VFEA 1PB8A 2GH9A 3PPRA 3T9UA 1Y1ZA 1II5A 5IM2A 1P1OA 2CEXA 1NMUA 5I2NB 4YB6A 5DEXA 1B7ZA 3S9LC 3OO6A 4YKIA 3K1PA 3PU5A 5FHNA 3OO7A 1IXHA 4OMBA 4PAKA 3DP6A 4RNSA 5H8FB 5FTIA 2DWAA 1MH4A 3HHFA 1B3FA 3WAFA 4OVRA 1Y9UA 3U94A 4F3GA 2XXWA 2F97A 1SYHA 5LOMA 3KN3A 4LP2B 3CG3A 3QK6A 4PFTA 3FXUA 2HZKA 1N7XA 5AA4A 4FJPA 1R9LA 1LFGA 2I4BA 4Q0CA 3KSJA 3CIJA 1BP5A 4LN5A 1MM7A 2H5YA 1A7LA 3USDA 2QL3A 2OZZA 2I4CA 3IX1A 3RPWA 1DPEA 1FTKA 4OHNA 3K00A 4UA8A 3B6QA 1S50A 2H25A 5CI5A 3DM0A 2QS2A 4P0IA 4U4XA 4GXSB 3TTLA 3IOWA 4OESA 2RCAA 3I5OA 1WDNA 5JEIA 4PP0A 1URSA 4OFLA 1BIYA 1SYIA 5KDTA 1IXCA 2YLNA 1DSNA 4ZDMA 2A5TA 3KBRA 3LSXA 2F8DA 3PD8A 2F35A 4OZ9A 4QFLA 5F1QA 4I8CA 1Y1MA 4X1DA 4EXLA 3D4GA 4H67A 4QFNA 4IY6A 5I2NA 1P1QA 4IY5A 4YKKA 4F1YA 5L9MA 1MPDA 3H03A 4QFOA 1D3KA 3TZAA 1NNFA 3Q25A 2RCBA 2UVGA 3VXBA 5AE4A 4F3PA 3MZ1A 5BWJA 4C1TA 2WKYA 5H8FA 1B0HA 3R7XA 3ZS6A 1FTJA 4XKQA 4P56A 3K4UA 4LONB 4FEBA 3UN6A 2I3WA 3C4MA 1B1XA 3HHGA 3T66A 4PC9A 4ZEDA 3KZGA 3K01A 3VVDA 2R6GE 2XXTA 2ESNA 4NF0A 3TEPA 3L6HA 1FCKA 4X48A 4H1XA 2I0BA 3PMXA 4DE8A 4H8IA 1A8EA 1MG1A 2VP1A 3PUYE 3ECRA 5A5XB 2ZMBA 1DOTA 2GHBA 4NN3A 1SBPA 1F9BA 5B7DA 2XX8A 3U92A 2NUVA 1D9VA 1PBPA 1NNKA 4BDMA 2PT1A 4LQ5A 4N15A 1USYE 3PUWE 2RKMA 3EHTA 1PEBA 1B58A 3W15C 3HO7A 5FHMA 3MQ9A 3SEXA 2DYXA 1OVTA 3GLBA 4G8HA 1I6AA 1Y3NA 2HFBA 2ZZXA 3N26A 4HTGA 1MQHA 1N3XA 3TELA 4RY1A 4YZZA 4OVJA 2D3IA 1URGA 3T9VA 3TUSA 4GF8A 3RGYA 3JZJA 3MJNA 3MVWA 2R71A 2REGA 3MC2A 5CC2A 2QSXA 3RT8A 3GBAA 1RYXA 1MRPA 4R75A 4U4SA 3FZVA 1O7TA 2DOJA 4G68B 1AOVA 1EZPA 2XXPA 4WEPA 1B4ZA 4MBPA 4N17A 2Y84A 4KYEA 4HCWA 4N8GA 2V25A 5FTHA 2R9JA 3QUJA 1B3HA 3GZGA 3JYRA 3MP1A 3SEVA 4PDDA 2ZNTA 4KI0E 3TQLA 2DQVA 3MVYA 3FVGA 5DVIA 2H9BA 2HPGA 2QMXA 1MY2A 3GBBA 2NOOA 3CFXA 3G3IA 1RKMA 3K2DA 3IJOB 2UVIA 3VFJA 4BDNA 4NF4B 2Q8JA 4XKNA 3QIMA 4EQ7A 2V3QA 4GQOA 2BJJX 2XXYA 3OMBA 4FECA 4YMAA 1ZU0A 2ZYOA 4TLLB 5I58B 3QUFA 4NE4A 1OVBA 2F7CA 2IEEA 2O69A 3VVEA 1GTKA 3C36A 1URDA 4PE5B 1GGGA 4JDFA 1J1NA 2QS4A 2QPQA 1A99A 4NG7A 1XS5A 4R9GA 4NWCA 2HZLA 2ONSA 1VFDA 2UXAA 1GV8A 2DWIA 4XFEA 4F2OA 3EPEA 1IITA 4YU0A 4ELRA 2F6PA 2ZZWA 5CBRA 2Z22A 5AA1A 5EHMA 4MLVA 5L9SA 5IGAA 1SQYA 1OLCA 4MCOA 1LAGE 2OCUA 3PUXE 4OERA 3FV2A 1B3LA 1P1NA 4NX1A 5IZZA 4OEVA 4E0WA 3DP8A 2PVUA 2ONRA 2XD3A 1MPBA 5TU0A 2E0SA 1A40A 2F36A 1MDP1 2OK2A 4F18A 3KEIA 2F7BA 2A5SA 1LFIA 3E9XA 1B9JA 1WVJA 3T22A 4ND9A 3TTNA 3MVZA 5AA3A 1JEUA 4PF8A 1EZ9A 3U93A 4OANA 4RK2A 4EDPA 1I69A 5HBCA 3CVGA 3PPNA 4JWYA 1AIVA 2OLBA 2XXRA 4E0XA 5CRYA 1B46A 3TFLA 4N6PA 3P7IA 4F1UA 5CMMA 3U72A 3FXQA 4PFRA 3MBPA 2X7PA 1TWYA 2THIA 2AIXA 2PFYA 5TPAB 5I58A 1LAHE 1H76A 1M5FA 3T96B 1B3EA 4QRZA 5IAIA 2QJEA 1MDQA 4FORA 4ONYA 1QJMA 4Z0IA 5AA2B 3FVOA 2RF1A 2CEYA 4XEQA 4H5GA 5ICQA 4U2RA 2O84X 2Z23A 3OD7A 3V5AA 2ZXTA 1FTOA 5B70A 1ZBMA 4EUOA 2Z8DA 1BTJA 1LGBC 4P1EA 3LUYA 4RXLA 1IIWA 5CMCA 4R6HA 3ZKKA 3V89B 4R6KA 4U23A 1VR5A 4KR5A 3CSGA 2XXXA 2QMWA 3PMWA 4PETA 1ZLQA 3CFLA 1SW2A 2VD2A 2DVZA 4X8RA 3DLNA 2ABHA 3I6VA 3TODA 2Q88A 4PBQA 2O7IA 1M5BA 4P0GA 1H44A 1IQ7A 2G93A 3PUVE 1XVXA 4Q30B 1NH7A 2ZZVA 4PGPA 1US4A 1SW4A 3TCFA 2F34A 3H6WA 3S2VA 1ZKBA 2NVUB 2GFEA 3IO6A 5LTCA 4K3FA 3B50A 3OO8A 2I6EA 5DT6A 4GLIA 2OWTA 5TP9A 4YICA 3O6HA 3MVXA 4IB2A 3VE1B 4G8NA 2F78A 3T9HB 1MXWA 3SEWA 3Q27A 4FE8A 3OELA 3C33A 5TPAA 2ZYKA 3TCHA 5I56B 2Y7IA 3V8XB 1MXZA 5EYFA 5L9OA 4LUBA 1R1NA 3E3KA 4NF8B 1PDAA 1QUKA 5AA2A 5ICTA 5CM6A 4QSEA 1GVCA 2Y7WA 3Q28A 1PB7A 4MNPA 1JW5A 2B65A 3K1NA 4Z7EA 1B52A 4GRKA 2XD2A 2FNCA 4X1BA 3VVFA 3IL1B 4QFKA 4HW8A 2Q2AA 2IA4A 4QHQA 5I7IA 2X7QA 1YTVA 1A55A 4MIJA 1B0LA 3BFUA 4DXCA 3CSBA 4R73A 3PMVA 1JW1A 4GVOA 1N76A 4Q5TA 4PFWA 4N8YA 3I3VA 5CBSA 2V93A 4O3CA 2DXYA 3FVKA 4OWDA 1H43A 3BKIB 4N13A 4QF9A 2Y7PA 5DYHA 2QRYA 4ESWA 3GXAA 1ATGA 1I6QA 3RNNA 5ELVA 4ESXA 1M5CA 1LBBA 3IB1A 1L5TA 3TTKA 4RPOA 4DDDA 2OBGA 3S9EA 4LZ5A 4JXIA 3SKPA 4MX6A 4OEUA 5FHOA 4GD5A 3KJTA 1LCFA 1NFTA 3HSTA 3QXMA 2F7AA 3IO4A 3LC8A 3THIA 4MNIA 4OENA 4RK9A 1Q35A 5I56A 1XC1A 2Z8FA 3CRBA 3TPAA 4BDQA 3K1MA 3PD9A 4NF8A 1UQWA 4JSOA 3AXFA 4DCXA 3FXRA 4GFRA 1US5A 1S9TA 4JSDA 4U21A 3MPKA 2PYYA 3B6TA 1ELJA 3C34A 4H6DA 1CB6A 1SW1A 2B3BA 4NQ8A 3ONMA 1YAEA 4DLDA 1UTBB 3KSXA 4OTEA 1B40A 1D9YA 2FYIA 3PV0E 3C31A 3IOUA 3UORA 3EQ1A 2RC9A 5I84A 2WYPA 5L8DA 4G8MA 4PFIA 1B2HA 3IB2A 5JK4A 3HV1A 3EHSA 5H8HB 4AB6A 4DXBA 4XKRA 2FA7A 4P3LA 4QFPA 4ELPA 4R6YA 1BKAA 3LSWA 4O3BA 1AH5A 5DTBA 3EN3A 4PF6A 1B51A 1JVXA 3M8UA 5DVFA 3IORA 3ZSFA 3JV9A 5ITPA 4YKPA 4DZ1A 3MP6A 3N5LA 3K6VA 4GL8A 4O94A 1UIVA 3MAMA 3MP8A 4IGRA 2GHAA 2OWSA 3TTMA 3S9MC 4LZ7A 5M2VA 1B4HA 4PCDA 2P1SA 4MEVA 1QUIA 3MZBA 2H98A 2PFZA 4GL0A 4ZEKA 4KD5A 1MS7A 1MY3A 1MH3A 1QVSA 4GOTA 2ZYMA 1DPPA 3N6UA 1JQFA 1FQCA 3UK4A 1LFHA 4OXVA 1Y4CA 1Y20A 1XOCA 2CMOA 2LAOA 2ONKE 3O9PA 3VLUA 2GRVA 4WEDA 1NNTA 3S9NC 4AQ4A 1NL5A 2V3UA 1N7WA 3A09A 5H8SA 2DE2A 1UTBA 4THIA 3OO9A 5H8NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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