4PETA

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from colwellia psychrerythraea (cps_0129, target efi-510097) with bound calcium and pyruvate
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKKYRWKLAETWGPNFPIFGDATKNMAKMVKEMSNGRLTIRIDSSNKHKSALGIFDFVKSGQYQMGHSASYYWKGKNFNTMFFTTVPFGMIASEQHAWFYYGGGMELMKKVYDQYGIMSFPGGNTGNQMGGWFKKEINSVEDLKGLKMRIPGFAGEVLAKLGAKPTNIPSGELYTALERNTIDALEWVGPSLDLRMGFHKIAPYYYTGWHEPGTELQFMVNQKAYNSLPKDLQKILTVAMKAAAYDMYSQSMHASGVNLASLKKDYPNVQMRSFPKPVMEAIVQANDELLEEFAAKDPMTAEILKSLNDYKHQIRAWTNLSDRAYLDNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Extracellular solute-binding protein, family 7
source organism Colwellia psychrerythraea
molecule tags Solute-binding protein
total genus 104
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4petA02
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4petA01
3ECRA 3DELB 3KN3A 1LAHE 5H8NB 1MXXA 1MDP1 4GOTA 1D4NA 2Y7RA 2ZZVA 3T22A 4PQJA 1BLFA 1ELJA 3M3LA 1N7XA 1EZ9A 2X7PA 4P1LA 1URDA 4H5GA 1MY2A 3IAZA 4G2ZA 3W15C 4LUBA 4YMAA 1DOTA 2AYSA 1XOCA 1ZTYA 1B5IA 3B6QA 3FV1A 3OSQA 4FE8A 1R9QA 3E9XA 2V84A 4NN3A 4MNCA 4PC9A 2R71A 2IA4A 4OYVA 3S4UA 3FV2A 1SI1A 4G77A 1YPNA 3CI8A 3OEKA 3Q28A 2DYXA 2OLBA 5FHNA 1LSTA 2XX9A 4GF8A 2RINA 4RK2A 2QMWA 1N76A 3WAEA 3LUYA 2ZYNA 2B3FA 2QJEA 2HZLA 4NF5A 1XS5A 1M5DA 5IAIA 2DE4A 3U65A 2HEUA 5DVIA 2HAVA 4BDMA 4MBPA 4O8MA 4KR5A 4R72A 1M5FA 3H7MA 3U72A 3C31A 3TFLA 3VDFA 2WYPA 2VP1A 1SDXA 4XKQA 4R6KA 4EF1A 4NF5B 1SQYA 1M5CA 1FW0A 2DOJA 4LVQA 3O66A 4OFLA 3VVEA 5ICQA 1Y4TA 5A5XA 1LCTA 3TKDA 4N13A 3K1NA 3LSWA 3VXCA 1AOVA 2OWSA 4FATA 2X26A 4ZS9A 3EHTA 4ND9A 1US4A 1SI0A 4ZZEA 3MPKA 2REGA 1HSEA 3U1OA 4N8GA 3FVGA 3IR1A 1B3EA 4GWOA 3KOSA 3GYYA 4F3PA 5A5XB 1QULA 2CZLA 1H76A 3OSRA 3PD9A 5FHMA 4ZECA 3QAXA 4PETA 4YB6A 4PGPA 4IY5A 3TTMA 2O1LA 5HM4B 4JWYA 4OA4A 2Y7PA 3G7WA 2I6EA 4KCDA 5DVJA 2ZYKA 4EXKA 4RY1A 1RYOA 4OHNA 4EUOA 1Y9UA 4ZZAA 3GBAA 1VR5A 5B7DA 3TEPA 4X1BA 2Q88A 1FTJA 3K6UA 3OOAA 1NNKA 4XIGQ 4C0RA 4F3BA 2H9BA 1ZMGA 3UIFA 4R6HA 4MX6A 1LBCA 4KFQA 3S9EA 1VSOA 1XVXA 4U4SA 3ILUB 4THIA 3ZSFA 3KOTA 4X48A 5CI5A 5IGAA 4H0WA 5ISUA 1SD3A 4QSCA 3LC8A 2LAOA 3IOWA 4IO5A 1DSNA 2I0CA 4MFIA 1USYH 4MAGA 5BWJA 4N91A 4U21A 4E0WA 3L6GA 2XXKA 1LAXA 4ECFA 1LB8A 3IK6B 2D5WA 4G8MA 4OFJA 3O28A 1JQFA 3MP6A 1LFGA 5DTBA 5EHSA 2QRYA 3FVNA 3GXAA 1MS7A 4NWCA 1VFEA 3DLNA 2H98A 3VLWA 4YB5A 5H8FA 1POY1 1YTVA 2M8CA 4F1VA 2GHAA 2IEEA 3QYTA 4ZEIA 1Y3PA 4Q0CA 3VLUA 2UYEA 4PBQA 5F1QA 2PBWA 3MPLA 4QFPA 2AL4A 3T9UA 1PC3A 3SEUA 2ZZWA 1SVXB 1IEJA 4IB2A 2V3QA 2UXAA 4EDPA 4ELQA 3KZGA 1P99A 1B7UA 5L8DA 1B0HA 4DLDA 1OLCA 5H8FB 2THIA 2O6AA 4OERA 3FUZA 3G3HA 3S9MC 3G3FA 4NMYA 4LZ5A 2DXYA 3OELA 4R2FA 3FZVA 4H67A 4LP2B 2XXPA 2WYKA 4RPOA 3DP4A 2V25A 1LAFE 3FVKA 5CBRA 3FJMA 4UACA 4RXLA 2HZKA 3CG1A 5TP9A 4HW8A 4F1YA 5IZZA 3PU5A 1BKAA 5I5PA 3KGCA 1WDNA 1GR2A 4OFOA 4YU0A 4LN5A 1QUIA 4LZ7A 1EZPA 1P1UA 3GLBA 2NUVA 3H3GA 2P0SA 3PPPA 3CSBA 4GXAA 4I9DA 3OO8A 1QKBA 4R74A 1IITA 4BDOA 3MVZA 5TP9B 4OEUA 3TZAA 3AXFA 3IJXB 3ODBA 3CVGA 2UVIA 3U94A 3Q25A 5L9SA 2H99A 5I56A 3N6UA 1NMUA 3H06B 5KZTA 2I4CA 3ONMA 2XXIA 3VLVA 1URSA 1USYE 3PUXE 1RKMA 2NVUB 3B6WA 4BDNA 1QVSA 4AB6A 5K2XA 2PFYA 2GFEA 5TU0A 2CEXA 1XHYA 2O7IA 5I56B 1H44A 4XF5A 2WKYA 2ONKE 4PBHA 3THIA 2F6GA 4AB5A 1IXCA 1B7HA 2UVGA 1B7ZA 3IO6A 3I6VA 3FGSA 1NH8A 1VE4A 3MVWA 1GVCA 2XWKA 3MC2A 1B58A 2GH9A 2DWHA 4F19A 4U1ZA 4POWA 3T9XB 2I58A 4IGTA 2NWJA 1II5A 3QIMA 4HS7A 4MCOA 3O6IA 5CMCA 1JEVA 2GRVA 4GVOA 4H5FA 4G4PA 2VPOA 3FD3A 3K6XA 1XC1A 3OD7A 1POTA 4O3CA 1B5HA 2Q2CA 3VE1B 1B3GA 3LBSA 2HXWA 4N07A 3VVFA 3Q29A 4OVQA 3PMWA 2CMOA 4KI0E 4N4UA 1R9LA 3KN7A 2XX8A 2Q89A 4NWDA 4WEPA 3SERA 3V8XB 2F7AA 2ZNTA 3G3KA 1H43A 3I3VA 4ZE8A 4P47A 4R9FA 3RT6B 4MLQA 3FVOA 3I5OA 5I7IA 2A5TA 4N15A 2I0BA 2XXXA 3U92A 1O63A 4KYEA 1SYIA 4N6PA 3V83A 2XWOA 3EPEA 3S9NC 3SEYA 1UTBA 3K6WA 4DCYA 3TELA 4DXUA 1Y20A 1YCJA 1SW2A 5CMMA 4P3LA 2XD2A 1M5BA 4RA1A 2A5TB 3EQ1A 1ZJLA 3U8QA 1UTHA 3MUQA 4I1DA 4LATA 4ELRA 3UGWA 2V93A 3O6HA 2OJTA 2I48A 2PX1A 2PT1A 3HHFA 4KYSA 2VGQA 2XWIA 4GFRA 4PCDA 1B9JA 1UTBB 2PYYA 1WODA 1A55A 3K6VA 3LSXA 3G3GA 3PD8A 4KHZE 3BFUA 5I84A 1UTHB 1I6QA 1FQDA 3KJTA 2RC9A 4P0GA 4NAPA 4F2QA 2DQVA 4OVSA 4BDRA 2QSXA 1MDQA 4MNPA 1LAGE 4PFUA 1H45A 1DPEA 4Z0IA 4FAJA 3H6VA 4I62A 3FXUA 2ZNUA 4EQBA 5CMKA 4Q5TA 1FQCA 3M8UA 1MXVA 2DE2A 3SESA 1HSLA 4JWOA 2RC8A 1PBQA 4OETA 3PPOA 4OEVA 3MAMA 5I59A 2NOOA 4ZEBA 3CRBA 4GXSB 2PFZA 1PEBA 1FQBA 1JNFA 3JV9A 5H8SA 3KN8A 3R26A 5ELVA 3UP9A 1B05A 1TXFA 2Y7KA 3O6GA 4PE3A 3PPRA 1I6BA 4N17A 1B52A 3EHUA 4QSEA 4FEDA 4OTEA 4DDDA 3A09A 5CM6A 4H8IA 5I59B 2PT2A 1LB9A 3N26A 4JXIA 1ZLQA 1A40A 1JETA 1RYXA 4O3BA 1A8FA 1MQGA 1MQJA 5LOMA 2XA5A 1B3LA 2AIXA 2O68A 4U22A 3LSFB 3TTRA 1Y1ZA 2XWVA 5H8QA 1UIVA 3RUMA 2XXRA 2F78A 5DT6A 1Z7ME 4IO6A 4LA9A 2VD3A 4WXJA 1FTLA 2UVHA 4DXCA 4P1EA 3T9HB 4LQ2A 5IM2A 1R6ZA 4MHFA 4F18A 3C33A 4BLAA 3LR1A 4OMBA 4FIMA 4U2RA 5AE4A 2F5XA 4NE4A 3RPWA 3QSLA 5H8QB 1NNTA 2Q9TA 2W7YA 3C35A 2RC7A 2G29A 3E3KA 5K2YA 3DM0A 5H8HA 4H1XA 3PMVA 3GBBA 4OVTA 4PAKA 1FQFA 3RTFB 1UIUA 2YPNA 3E13X 4NF0A 4F3GA 2ZXTA 3TDJA 3TCHA 4P0IA 1NH7A 4ONYA 4TLLB 2BJJX 1Z7NE 1N84A 3OO7A 3PPNA 1LBBA 4L17A 4OXVA 1A99A 3UA8A 4TLMB 2XXWA 1JVYA 4FECA 4F31B 4R73A 5H8HB 4BDLA 1Y4CA 1QW0A 4F2OA 3BKIB 3MBPA 1GV8A 3FIRA 5LTCA 3MWBA 2QL3A 4ELPA 4DXBA 4P56A 4ZEDA 4WKMA 1BP5A 3N94A 3R6UA 2HFBA 1B0LA 3UK4A 1D3KA 5FTIA 1MQDA 5CRYA 3TPAA 4JSOA 3IB1A 3CSGA 2F6PA 3OENA 3KJ7A 4N6DA 3QUJA 3TTNA 3QUFA 4R6YA 3M3KA 3BFTA 5J1DA 4NTLA 1PB9A 1Y3NA 4XKPA 4NEDA 4PDDA 3IB0A 1OLAA 2DVCA 2B65A 1JW5A 4HTGA 2O51A 4OANA 3T9VA 1ATGA 5JEIA 4Q30B 4NF6A 1XVYA 2VPNA 3GZGA 2E1SA 4E0XA 2E0SA 1D9YA 2DSFA 2F97A 3CFZA 4Z7EA 2H5YA 2REJA 2ANJA 5CC2A 4C1TA 3C34A 4HCYA 4DZ1A 3MP1A 3MQ9A 4ESWA 3JZJA 1MH4A 5AA2A 1US5A 4NF6B 2OCUA 3TQWA 4F22A 1A7LA 4KCCA 4H65A 5AA2D 4IGRA 5JK4A 1MM6A 5I2KA 4PAIA 4G8NA 3B6TA 2YLNA 3T93B 2Q2AA 3MZ1A 2AL5A 1PB7A 4RK9A 1Y3QA 2HPGA 4TOZA 1N3XA 5AA2B 4PFYA 3K01A 3P7IA 4NQ8A 1LCFA 4UA8A 5I2KB 4ELOA 2Z8FA 1NL5A 4NF8A 3K2DA 3VXBA 1AMFA 2VD2A 3PUZE 2KLFA 4JSDA 3Q26A 1MY1A 1I6AA 2ZYOA 4YKKA 4LONB 1B3FA 3HSTA 1PBPA 4PAFA 5FTHA 4QFLA 2DWIA 1B3HA 4OENA 4GIZA 3O29A 4ZEKA 4NF8B 4R9GA 2I3VA 1MH3A 1O7TA 3H4ZA 4XEQA 3K02A 4NG7A 1KWHA 3CIJA 4F3SA 2I4BA 4X04A 3SEVA 4YKIA 4YB7A 5B70A 3O97A 3OXNA 4PFWA 4EQ9A 1QUKA 1JEUA 2QS1A 1B4HA 4M1VA 1T0KA 3KSJA 1B51A 4XTCQ 3TUSA 1OMPA 2YJPA 4I8CA 4RNSA 1O64A 2F34A 3N6TA 5CBSA 4OVPA 3WAFA 1OQGA 2H25A 4U23A 5EHMA 3HPIA 2ZYMA 2VOZA 2QS3A 4OVRA 5HPQA 2DWAA 3H6TA 1F9BA 1B46A 3K0VA 2O1MA 2FA7A 4HCWA 3VFJA 3MP8A 2ZZXA 2ALUA 4PDHA 5HBCA 3SETA 3LSLA 5TPAA 4LZ8A 1ZBMA 3TYHA 3TCGA 2D3IA 3Q27A 4PF6A 1PB8A 1P1QA 1FTKA 3DP6A 4G68C 3RTWB 2Z23A 2P1SA 1OIBA 3MW0A 1ANFA 3RT8A 3ILTB 3RLFE 2GHBA 4X9TA 1P1OA 3FASA 1AIVA 1S9TA 5TPAB 1P1WA 1L5TA 1YAEA 2XXYA 1B32A 2PMSA 4YMBA 1MY4A 4G68A 4F1UA 3KG2A 1DTGA 3SEWA 2HAUA 4IO7A 5KDTA 3EF7A 1S50A 1MY3A 1DPPA 3K00A 4FJPA 3K1MA 3C36A 1QJMA 3B7DA 1OVBA 3FATA 2V3UA 4PF8A 2RF1A 1IQ7A 2D21A 4G68B 1OVTA 4RPNA 3W9WA 1BIYA 4YKPA 3H6UA 3IOVA 5KDTB 1DMBA 3IJOB 2DVZA 1LGBC 1CE2A 4DCXA 4PFBA 1N0TA 1TFAA 1B40A 1IUDA 3FJ7A 4NF4A 2H4IA 3SEXA 4NGUA 1MPDA 4OZ9A 4XFEA 4O94A 2F7BA 2FYIA 3O2AA 3C32A 2Q8JA 4FEBA 5M2VA 1QUJA 1IIWA 4KD5A 1TWYA 1Q35A 4GD5A 4PFTA 2X7QA 3UORA 4PFIA 3DP8A 1I69A 4IO4A 5AA4A 4NF4B 4GL0A 3USDA 3ZKKA 1WVJA 5DYHA 2OWTA 3TAJA 4MF3A 1OQHA 2A5SA 4EXLA 5I2NA 1B6HA 4OVJA 5ITOA 4UABA 4MIJA 4DI3D 1MPCA 2R6GE 2ESNA 3HCQA 4O3AA 1DTZA 2Y7IA 4YKJA 3RY3A 3PV0E 3S9LC 1ZKBA 2V3TA 4OESA 4P11A 2XXTA 5AA4B 3O9PA 2FNCA 3PPQA 2Y7WA 1UQWA 5JTYA 5KCJA 3IL1B 1LFIA 2O69A 2G93A 4KPTA 3TODA 5I2NB 2Y84A 3C4MA 2XXQA 1BTJA 1FTOA 2XXUA 1PDAA 3M3FA 2F35A 4MEVA 1TT1A 4FORA 3TMGA 3EN3A 5AA3A 1JW4A 5JTYB 5KCJB 2O84X 3W9VA 2F7CA 3VV5A 1IXIA 4GQOA 4GRKA 1J1NA 4H8JA 1N3WA 3PUWE 5CMBA 1FQEA 3E4RA 4EF2A 2PVUA 2XXHA 1B4ZA 2UVJA 1MPBA 1JW1A 5FHOA 1CB6A 3D4GA 3TQLA 1B1HA 3PMXA 3B50A 3H6WA 4DI4B 2QS4A 4JDFA 1SW5A 3IORA 1FCKA 1MQIA 2R9JA 1EU8A 2CEYA 1IXGA 4QHQA 4IY6A 3F11A 3KFMA 3KBRA 4U1OA 2Z8EA 1MXUA 1ZIUA 3VVDA 2XXVA 5L9OA 1MXZA 1Q1KA 4C1UA 2VHAA 4OQOA 2ZMBA 3CFLA 5I58A 2B3BA 4NHBA 1EZOA 2F8DA 1R1NA 5L9MA 3T96B 2O7UA 2F36A 2OBGA 1N04A 5BUUA 2I3WA 1B1XA 2NXOA 2RCBA 3JYRA 4RYAA 4F39A 2OZZA 1LFHA 1URGA 4TQUQ 3SDFA 3RQTA 5I58B 2XX7A 2Z22A 4OWDA 3MVYA 1NNFA 1MG1A 3ZKLA 1N7WA 3RGYA 4NX1A 1HSJA 4O7MA 5I57A 4EQ7A 3IB2A 3K4UA 4H6DA 4QFNA 2RKMA 3H03A 1FQAA 4G8HA 4RJZA 1B2HA 3G3JA 4P9KA 4P8BA 2QMXA 1XT8A 1GTKA 3S2VA 3CG3A 1P1NA 2ONRA 4BDQA 4Q8RA 3OO9A 4JBZA 4POXA 4ZEFA 3TTKA 3IOTA 4X8RA 2P2AA 4PP0A 5I57B 2HQ0A 3D4CA 1LLSA 1MXWA 3V5AA 4YICA 3HHGA 3IO4A 3FXQA 2ABHA 2OK2A 3IX1A 4IO3A 4X1DA 1SYHA 3L6HA 3KSXA 4M4GA 4XXUA 2QPQA 4JWXA 4N8YA 4YAHX 4GLIA 4ZE9A 1AL3A 3OO6A 4GL8A 3FXBA 3CR9A 1JVXA 1H3DA 4XKRA 4MH5A 4QFKA 4QF9A 3QXMA 4PFRA 3BBRA 4KYDA 1Y1MA 1MXYA 3IOUA 3A3CA 2DS9A 1MY0A 3A3UA 4MMPA 4F29A 1GGGA 1MM7A 2ONSA 3HN0A 3CFXA 2ZNSA 3PUVE 5DEXA 4WEDA 1ZU0A 2XHDA 3TTLA 3OMBA 3C9HA 4LQ5A 3MVXA 2UYFA 3G3IA 4XKNA 3T66A 1A8EA 3FJGA 5AA1A 1IZ1A 3RNNA 4N6KA 4DE8A 4JB7A 3V89B 3PUYE 5F7VA 1D9VA 2V4CA 5DEXB 1M5EA 4DIGA 1SBPA 4QFOA 1NNPA 4U4XA 3EHSA 2RCAA 1IXHA 4PE5B 2I49A 2DE3A 3KEIA 4R2BA 4ESXA 1TFDA 3RN8A 3QK6A 4AQ4A 3N5LA 3MZ9A 3PGFA 3SKPA 4MLVA 1B5JA 3ZS6A 5IKBA 3K1PA 3MJNA 1VFDA 2DP8A 4YZZA 5ITPA 3FXRA 5ICTA 4ZDMA 4QRZA 1NKXA 4MNIA 3MZBA 4K3FA 1S7YA 1FTMA 4IO2A 1EH3A 2DWJA 3HV1A 4KQPA 1SW4A 5H8NA 1NFTA 2DXRA 2WX9A 2HCAA 1SW1A 1AH5A 2Z8DA 4QSDA 4R75A 2QS2A 1MQHA 1MRPA 4PGNA 3U93A 3UN6A 5EYFA 3R7XA 1A54A 3TCFA 2XD3A 3HO7A 1QKAA 5DVFA 3OEMA 4ISUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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