4PFMA

Shewanella benthica dhdps with lysine and pyruvate
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
295
structure length
294
Chain Sequence
HMINGSIVALITPLNSDGTVDYTSLEKLVEYHITEGTDAIVAVGTTGESATLPISEHIAVVGQTVKFASGRIPVIGGNGANATAEAIELTKAQNKLGVAAMLGVTPYYNKPSPKGLIAHYTAVAASTDIPQILYNVPGRTAVDMLPETIAQLVEVPNIIGVDATGDVARVKQLRDLCGNDFLLYSGDDATAREFLTLGGDGVISVANNIVPKLFKLMCDAALAGDTQAAMAAEDQIKGLFSALFCEANPIPVKWAAHKMGLISQGDIRLPLTELSTEFHGLLLDAMKNARIEVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Defining a Molecular Determinant of Lysine-Mediated Allosteric Inhibition of DHDPS.
rcsb
molecule keywords 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
molecule tags Lyase
source organism Shewanella benthica kt99
total genus 106
structure length 294
sequence length 295
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pfmA00
3O6CA 1XDMA 2G97A 1XI3A 3PBVA 2QCLA 1XC4A 4ADUA 2V5BA 3JR2A 2QUVA 1P0NA 4JIQA 3W2LA 1ZY9A 4LVFA 2V8ZA 1OVDA 1SFJA 2QJIA 3OEXA 1YLVA 3Q2DA 2TYSA 4WX2A 4DO4A 3UQNA 4NU7A 3KHJA 3UWVA 2ALDA 3SGZA 3EWWA 3LXAA 3C61A 4O11A 1QCWA 1QFEA 4N2YA 2E09A 1JCLA 2QJGA 3M7WA 3NVTA 5BMWA 1IXNA 1R2RA 1K7FA 4Y8FA 2ISVA 5FESA 4K39A 4PH6A 3FYPA 3TJXA 1I45A 4JDBA 2C13A 2EGZA 3GVGA 2Z0IA 4WOZA 1VYSX 3HOJA 3HGJA 3MWAA 4GUHA 3PBYA 4IMDA 4MZ1A 2BLEA 4OQVA 4GJ1A 2YW4A 4X3ZA 3S6DA 1H7NA 1RV8A 1TJRA 3L5MA 1ZHAA 1I2NA 1KTCA 5G4WA 2BX7A 1F2JA 2PC4A 4O14A 4CNOA 4ZVJA 2A85A 1B57A 3CB8A 3LCFA 3O07A 2C3ZA 1VZWA 3BG9A 3HBLA 3I6RA 4YCPA 3W74A 2YXGA 1Z41A 1JULA 1LRNA 5KMYA 3EB2A 4LS0A 3G22A 3UD6A 4EOUA 1AG1O 1KM1A 5HUOA 2ZRWA 2A6LA 1SW0A 3BLIA 2VFGA 1IF2A 4O1DA 3MUXA 3W2KA 4NNBA 2ZZ1A 5D38A 1K02A 2B7NA 4POCA 3W72A 3DKLA 1QO5A 3JRKA 3TH6A 3SIZA 4MUZA 3MHFA 1HO1A 3PVFA 1D3HA 3UYCA 3TJLA 3TC6A 1JUKA 3UXDA 2ISWA 2RH9A 2QCMA 4QM1A 1JCNA 4P61A 1LRQA 4IXHA 4WY0A 4OT7A 3NQGA 5H2ZA 2TPSA 2NV2A 4NX5A 4YL2A 2YR1A 2WPBA 2ZRZA 4K6AA 3BV4A 5LNSA 3R13A 3M5XA 5AC8A 1X8FA 3BW2A 3B05A 4AHPA 2QCHA 4N4PA 1GPWA 4UFLA 1H7RA 1LCOA 3ABQA 3B8DA 1TPC1 1WBHA 1WXJA 3M5VA 3EWUA 3QMTA 4O0ZA 4MY9A 3M41A 1KFCA 3NZRA 2Q8LA 4C1KA 5HINA 4BI5A 1K7XA 1FXPA 3M5ZA 2RHGA 5D2VA 1FX6A 2VOMA 2ZZ3A 4B5NA 3W88A 2R8WA 1G7UA 3PY2A 4NZJA 3NL3A 5AC6A 1W31A 4IPIA 3MHGA 4IWWA 6ALDA 4WXYA 3OVQA 5FEZA 4PCFA 5F2IA 1TPVA 2NX9A 3NG3A 4K36A 4Z1CA 3A24A 4IX2A 4UFKA 4TIMA 3N19B 2OMAA 4HNUA 2BTMA 3QQ1A 4DELA 1EP2A 1G4PA 1QNVA 1OYCA 2PE4A 1DHPA 3BVJA 1I2RA 1EB3A 3G0UA 3DFQA 3I7RA 2VENA 3KRZA 5J5DA 4OBTA 4RR4A 1FCQA 3A9IA 3W7RA 1TJPA 1V5XA 1NF7A 2KZHA 3GDRA 5LNRA 1UUOA 2CU0A 3LCXA 3GDKA 4S1FA 1KFJA 1QPOA 3P5YA 1S5TA 4XQ6A 4E2BA 1A5SA 4YLWA 1RQHA 3GAKA 3LCIA 3NL6A 5IM51 4JTEA 4QNEA 3ABRA 3QSRA 3WJSA 1XM3A 4AWSA 1TIMA 3MHUA 4DEFA 4JS3A 5D05A 4CCDA 4W9TA 3IVTA 3BW4A 3W7JA 1R46A 3RLVA 3C4UA 4M6VA 5LHEA 1ML1A 2A2IA 2B0MA 4NJKA 4PL2A 4UR7A 3ZS4A 3C0JA 3L65A 3F1QA 3NAVA 4QIUA 3P84A 3LHZA 3U8GA 4L4MA 4PODA 4AB4A 3KAOA 3W84A 2ZRUA 5D32A 4RXFA 3FA5A 1MEHA 3CM4A 1GWJA 5LHFA 4HSNA 4Z1DA 3NXFA 1JCJA 4AHQA 4EF9A 4O16A 5D30A 3CQ0A 2OZ0A 4DF0A 3ZR4A 4GRSA 4XBKA 3KVLA 5K4XA 4FNPA 2H6RA 4BR1A 3O06A 3MP3A 3G0XA 3GLCA 5FEWA 4MOZA 2Q3RA 2J24A 3C6CA 3L0NA 1BWKA 4ORMA 4BWLA 2CZ5A 1QOQA 5CPNA 5H91A 5D04C 2PRLA 3QPYA 3CT7A 3W1LA 2QDGA 4PEKA 1XUZA 1P0KA 5C54A 1ZAHA 3M44A 4LTSA 2E68A 2Y7FA 3FJ6A 2DZTA 1TB3A 3SW6A 3EEGA 1A5AA 4GUIA 1H1YA 2VFHA 1QAPA 1OK4A 3W85A 1TTJA 1P4CA 3NM1A 4NJIA 3TMQA 1KM0A 1YDNA 4UCGA 5CPMA 3FFSA 1OF8A 2YSWA 5DXXA 3W75A 1FBAA 4MPQA 4Y96A 3C2FA 3PWAA 1QWGA 5DY3A 2Y6ZA 1U83A 1LTDA 2Z6JA 4FNRA 2QR6A 4WZHA 3MW7A 3WK3A 1E51A 3NQ8A 3N2XA 3W1MA 2V5LA 2FDSA 3B0UX 1GJPA 3E9AA 4Z08A 5AC7A 2WSRA 4O54A 1UASA 3GDMA 1LM1A 2G95A 3BGGA 4IPJA 3N2MA 1F5ZA 1GG1A 4GXMA 2AAMA 3V1PA 1YDVA 5HQEA 3GAYA 2CLHA 2YX0A 5EYWA 1ZJIA 3IV3A 3FEMA 3A5VA 1L6YA 1MXSA 3NPWA 1WAUA 3B0VC 4I7UA 5K4ZA 5CPLA 4JGDA 5BW6A 3UY8A 3TXZA 4EWND 3LDVA 3NQEA 4O52A 4DO5A 4JTJA 1F74A 5C55A 4ICNA 1SR9A 3HG5A 4HPJA 1LRTA 3PG9A 3GXPA 5TBOA 2YFOA 1K8XA 3E0IA 5G1TA 3PUDA 2GVJA 1ME7A 3MYPA 1H7PA 1THFD 2QCEA 3WJZA 7TIMA 4UTUA 2YGYA 4I9AA 2A0NA 1A53A 1JQXA 2ZCGA 5DELA 1FXQA 3DHDA 3UWQA 2YFNA 3LTSA 3QMRA 4WY0B 4JYFA 3LRLA 3OVPA 4JY9A 4JDYA 3IIVA 4OU1A 5SWUA 2DZWA 1Z42A 1Q45A 3TCEA 2AGKA 2DZUA 3S1XA 3HG2A 5K9CA 1QR7A 3KVMA 1WOAA 5E0KA 1NF0A 1OFAA 2V2DA 4JX4A 1LBLA 2ZZ6A 1OFDA 4FHAA 2QCDA 2QKFA 1GVFA 3S1WA 3IIOA 3OVRA 3TX9A 2G5WA 3W2JA 2ZA2A 3C2VA 3L67A 1SSGA 4JTHA 2FLIA 4UFMA 4H6KA 3QJAA 4O28A 3P60A 1WQ5A 4MZYA 1YPFA 1MSSA 3W86A 1BTMA 3BG5A 4UFJA 1PVNA 4LWWA 3BLEA 1W5MA 2Y85A 3UZ5A 4QQ3A 3LCGA 2VELA 1SSDA 4Z0JA 1KW1A 3UWYA 1EEPA 3NPVA 3IIZA 4QITA 3W2UA 4R34A 1ICPA 1TSIA 2QUUA 5AHMA 4HN4A 1Q6LA 1LBFA 2A21A 3ZFHA 1H7WA 3CEPA 5I3KA 2YYTA 1GTHA 4AH7A 3W2NA 4O12A 2G96A 5DY2A 1L6SA 1OFOA 1OYBA 1WOBA 3KXQA 4UFIA 1DVJA 4N9EA 4OV4A 3UZJA 1TCDA 4BFAA 4RKAA 4FB7A 2F7FA 4DF2A 1W5PA 5EY5A 3O63A 3ZWSA 2E6DA 1LP6A 4R33A 3TK7A 4O15A 5FEXA 1HUVA 4DF1A 3MO7A 3EWYA 4WD0A 3IRDA 3W73A 5BNKA 4RZ6A 3GZ3A 5D37A 1OJXA 2RKXA 5G1YA 1FQ0A 1KFEA 3BG3A 4UR8A 4O13A 5D2YA 2GUUA 1KV5A 3A23A 4JTKA 2EAWA 3LLDA 4IJBA 1TTPA 2VFFA 1RVGA 3CHVA 3M43A 4LV4A 4AVFA 3P81A 3QW4B 4IMFA 3G1AA 1F05A 3SSJA 3TU9A 1PL9A 4E38A 2F84A 4LOCA 5DCDA 1FWTA 3VKJA 1O95A 5D09A 5KZMA 4K8HA 2V0TA 4M6QA 1H62A 3LRMA 3M1ZA 4I7VA 3QEZA 4TMBA 4FX6M 1LOQA 1CW2A 4MVAA 4UTTA 2QCGA 5G2IA 4JYDA 3T44A 4NNCA 3LB0A 1XKYA 4CNNA 1G67A 3KVKA 4Y9AA 3D0CA 3P67A 3SR7A 4ZL1A 1W54A 3PSWA 1O60A 1QPNA 2P1FA 3OBKA 5LNVA 1W3IA 3W1UA 3NL2A 2QJHA 3TQVA 4HIBA 3LERA 4OWGA 3UNDA 1X6UA 4HNVA 3IEBA 1ICQA 4WJEA 4YXGA 1OFRA 3NQDA 4GUGA 1W0MA 2CZDA 2X1RA 2GPTA 1T96A 1TPH1 3W7QA 4LC8A 1VHCA 1GTEA 3G1FA 1VGAA 1TRDA 1LDCA 3C52A 3PS7A 1H5YA 4DO6A 3TROA 3EWXA 4ZQPA 5AFDA 3HGRA 5BMXA 4M6PA 1PE1A 4DPQA 4UTWC 3SZ8A 2ZBTA 2C15A 1SZGA 1JQVA 1KM3A 3W6YA 5K3VA 1H61A 4JXCA 1EP1A 4MIMA 5HMSA 3PSVA 2RFGA 1W3NA 2ZDRA 3PF3A 4ZQCA 1TV8A 1FY6A 5LNWA 1VH7A 2Y61A 1GYLA 3W1RA 2VXNA 3RMJA 1TPUA 1CI1A 1J5TA 2BXVA 4GUFA 3MI6A 5F4SA 1TQJA 3P61A 3THQA 3BGJA 1R2SA 1WBJA 2Y7DA 3QPZA 3G8RA 2WKJA 2R94A 3TA6A 2GQ8A 1LYXA 2JGQA 3P74A 2J6XA 1TPEA 3LI1A 4LRTA 1GEQA 3EX4A 1SW7A 4ZMGA 3NM3A 4LV9A 5C5YA 3T78A 1A5CA 3TMLA 1YPIA 3W7EA 1NVMA 2OX1A 1Q6RA 2CZEA 1NAL1 2H8XA 1JJKA 1HO4A 3VNDA 5F2GA 4EIVA 4M19A 1ALDA 2JKAA 4DQWA 4NVTA 3O16A 3CLMA 4AHOA 2E5BA 3HO8A 4FEZA 2FPYA 3STGA 3DI0A 3IIXA 1AL8A 4Z1BA 4N9BA 4NX0A 3W1PA 5KZEA 5MHBA 3NYZA 3UPWA 3H54A 4C1LA 5T26A 1SO4A 1C29A 1O94A 4O1BA 4LUIA 2E5DA 3GDLA 2EHHA 2RDUA 1S3HA 4O19A 2C6QA 3C2OA 3CU2A 5A5WA 4ALDA 1A5BA 3M6YA 1N55A 3M47A 1WYIA 4O50A 1WA3A 3UWWA 3LCWA 2NUWA 2DJLA 3TAKA 2WJZA 4JIPA 1DORA 3P80A 3G1XA 4UNLA 2QCDB 3S1UA 1W1ZA 5J5RA 4AMAA 3B4UA 2A4AA 3TV8A 3W83A 4EVZA 3QFEA 5AYZA 1W56A 2GOUA 4RV8A 4UMCA 1OFEA 3W1XA 3M5YA 1B9BA 4K38A 2NLIA 3W7PA 1SZFA 5CZTA 2O7QA 3E49A 1RPXA 2NZLA 4UMBA 4U28A 3U2OA 3RK8A 3OG3A 4MJMA 3SJ3A 3OHIA 4IQLA 4P2VA 2X1TA 3CIXA 1IGSA 3R5EA 3QYQA 3L5AA 3OA3A 3W7DA 3G1VA 2FPVA 4O17A 3GXNA 3G3MA 3QM3A 1DQWA 3F4NA 2QAPA 4OV9A 2D73A 3AJXA 4FNTA 3HMJG 1DKWA 3DENA 1YTDA 3VFLA 1TMHA 4DPPA 4HHPA 1D9EA 3H55A 5KZDA 1LLZA 5K9XA 2OT1A 3LTYA 3ATYA 2PRHA 1IXQA 1GQNA 1F6KA 4GC4A 2B4GA 3NQVA 2NWSA 3S5OA 2GQAA 4OGZA 4OE7A 4JNMA 2A1YA 2YDAA 1AW5A 1J2WA 2GVLA 1MO0A 1BEUA 3KOFA 4R53A 1GVRA 2QDHA 2CZFA 4LRSA 2CLIA 3C2EA 4RZ5A 5DCBA 3YPIA 4M7SA 4UTJA 3CC1A 4JN6A 4NJGA 2WNNA 3TKFA 2XN2A 4XZ9A 4BI7A 5CSRA 2PCQA 5BRBA 4NJJA 2RDTA 5AB3A 5F1VA 1VYPX 2Y63A 3M0ZA 1QOPA 4WXZA 1FDZA 3R89A 4UTIA 3C56A 3G18A 3TE9A 1LBMA 5CSSA 2OT0A 4ADTA 5LGXA 1G69A 2J88A 2X30A 3W23A 1B3OA 2VFDA 2H90A 5CPOA 1RD5A 4ZQNA 4R7JA 3UWUA 4N6EA 3SFKA 3NGJA 4JTUA 3WJYA 3IGUA 3T55A 2J9ZA 2TMDA 3NL5A 1OABA 1T0OA 1UBSA 1C9DA 4XKYB 2ATMA 4RK8A 1Q6QA 4QJ1A 4PFMA 3T4CA 5DXYA 3TSDA 1TO3A 3P8JA 2VEMA 3WJXA 2VFIA 5CZJA 3HPZA 3CTLA 3TDFA 5LSMA 3O05A 4AAJA 1W3TA 4ZQMA 4AEOA 2E5CA 1EWDA 5ABTA 3ANYA 3EKLA 1N8FA 3QZEA 1H7XA 3L66A 3MP4A 4LS1A 4N6FA 1VLWA 4KWWA 4FF7A 4YMZA 3P5ZA 4LC6A 3GYEA 2TSYA 1UB3A 3C2RA 3CPRA 4DBEA 4K37A 1QPQA 2WNQA 5EPDA 1H63A 2VC6A 4Q32A 4UTKA 1GT8A 1A50A 1M7PA 1R2TA 3PB0A 1XFBA 2WSQA 5G2HA 1F6PA 2DORA 2V2CA 3AO0A 4X9SA 1OF6A 1OFPA 4IMCA 2CLKA 3BLFA 3T40A 4ZQOA 3S8HA 4LVGA 3O8AA 1DQXA 3MBDA 4KWVA 2ZTKA 2CLEA 4I7WA 5CZ0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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