4PFUA

Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1226) from thermotoga maritima at 2.05 a resolution
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
540
structure length
540
Chain Sequence
b'VLERNETMYYGGSLWSPPSNWNPFTPWNAVPGTTGLVYETMFFYDPLTGNFDPWLAEKGEWLDSKTYRVVLREGIYWHDNVPLTSEDVRFTFEIAKKYKGIHYSSVWEWLDHIETPDNRTVIFVFKDPRYHEWNELLYTLPIVPKHIWEEKDETTILQSSNEYPLGSGPYVAHSWDQNKMIFERFENWWGTKVMGVKPAPKYVVIVRVLSNNVALGMLMKGELDFSNFMLPGVPILKKVYNLNTWYDEPPYHLSSTVVGLFLNARKYPLSLPEFRRAIAMSINADPIVQRVYEGAVLKADPLGFLPNSVWMKYYPKEVVEKHGFKYDPEEAKSILDKLGFRDVNGDGFRETPDGKPIKLTIECPYGWTDWMQAIQVIVDQLKVVGINAEPYFPDSSKYYENMYKGEFDIEMNANGTGISSTPWTYFNTIFYPDALESEFSYTGNYGRYQNPEVESLLEELNRTPLDNVEKVTELCGKLGEILLKDLPFIPLWYGAMAFITQDNVWTNWPNEHNPYAWPCGWANWWQTGALKILFNLKPAK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Transport protein
total genus 181
structure length 540
sequence length 540
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pfuA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pfuA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pfuA02
1SYIA 4H5GA 2X7PA 1MQHA 4KYSA 3V5AA 2QL3A 3AXFA 4ZDMA 3RN8A 3KOSA 1MQIA 3SEUA 4YB6A 4BDRA 2F8DA 2V3UA 4EQ9A 3LVUA 4YB7A 5KDTB 3PMWA 5ITPA 4GF8A 2ZYOA 3O6HA 4NTLA 4K3FA 3IB1A 3RT6B 3FGSA 4DE8A 3ONMA 1A8EA 1NFTA 1Y3NA 4KCDA 3LSWA 2HZKA 3D4CA 2UVGA 3DP6A 3BFTA 2D5WA 5DVIA 1BP5A 3O6GA 4QRZA 4ELQA 2FNCA 2P2AA 4JB7A 2WOPA 1IQ7A 3N5LA 5F7VA 1N84A 2G93A 1OVBA 1MH3A 5FHNA 5I2NB 2OJTA 1MPCA 4ZE8A 4LZ7A 1SI1A 3U72A 5LOMA 3HPIA 5FHOA 3OSQA 5ITOA 2QS1A 3H7MA 4EXKA 3EHSA 4FEBA 4MF3A 2I48A 5CMBA 5EHSA 3FXRA 2RCAA 3MVYA 1IUDA 1IZ1A 3KN7A 3RT8A 4N6PA 4H8JA 4H6DA 3GZGA 2E0SA 3B6QA 1FTJA 4XKRA 1ELJA 5DVFA 2ANJA 2H5YA 1B3GA 5I2KA 2W7YA 2I49A 4OQOA 5L8DA 1L5TA 1MQDA 3BFUA 4F18A 2V3QA 1MQGA 2CZLA 3PMXA 5L9SA 2GRVA 5KZTA 3QIMA 3OOAA 1H44A 4YU0A 5HPQA 1KWHA 3PUYE 3PUZE 1YCJA 3FVKA 3OD7A 3M3LA 5JTYB 1USYH 4NWCA 1D9YA 3MW0A 2O6AA 3MVZA 4LZ8A 3OENA 4YKKA 5I57B 1Y1ZA 1B46A 3LC8A 1FQBA 2DS9A 3Q29A 4NF5B 3FJ7A 5JTYA 4IO5A 1ANFA 1JW4A 4DCXA 3H3GA 5FTHA 5K2YA 4UA8A 5BUUA 5I57A 5IKBA 1SW5A 1B7UA 2X26A 2HAVA 3ILTB 1UTHA 3WAFA 1MM6A 1Q35A 2CMOA 1A54A 5B70A 5ELVA 3TPAA 2D3IA 1VFDA 1NH7A 4GL8A 3OELA 4KI0E 5H8QB 4DZ1A 4XXUA 4ELRA 2QMXA 4YKPA 1B5IA 4GRKA 4F39A 3ODBA 1ZLQA 2P1SA 4DXUA 3IJXB 4NF8A 3CG3A 1DPEA 4ESXA 3VVFA 2Y7PA 4BDLA 1XT8A 3SEWA 4Q5TA 4DXBA 5H8QA 1LLSA 4ZEFA 2OZZA 3JZJA 3KGCA 5DYHA 1LB8A 1URSA 2LAOA 2DE3A 4H67A 1J1NA 1M5CA 4E0XA 4F2OA 3M3KA 4ECFA 4EF2A 4IO2A 4OFOA 4MBPA 3A3CA 4C1TA 2Y7RA 3VLVA 1A55A 3IO6A 4YMAA 4IGTA 4OEUA 1URDA 2ZNTA 2UVIA 4QFPA 3E13X 1LAHE 3G3HA 1OQHA 4U22A 5AA2A 2NVUB 3TDJA 3O97A 3T9HB 5CI5A 4U1OA 3N26A 3H6TA 4NF6B 1LAGE 3C33A 4JSOA 3IL1B 3HSTA 3BBRA 2Z22A 3N6UA 5FTIA 4ONYA 4N07A 4OMBA 1HSEA 3RYAA 3TCFA 3ZS6A 1HSJA 2B3FA 3E9XA 2PT1A 3CSBA 3UK4A 3FUZA 4PQJA 1LCTA 2X7QA 4NF4B 3K4UA 2O7UA 1PB8A 4R74A 1OQGA 3IORA 2V25A 2H25A 4QF9A 2PBWA 3K1PA 2F7CA 1NMUA 3OO7A 4XKPA 4EQ7A 3LSFB 3UA8A 5H8FA 1SI0A 4F3PA 3L6GA 2AYSA 2OWTA 2QSXA 3N6TA 3EPEA 3KZGA 3K1MA 2XXWA 3DRIA 1VSOA 2NWJA 2VP1A 1JW1A 3IAZA 1D9VA 4QFLA 3OSRA 1N04A 1POY1 4RK2A 3TUSA 1TFAA 3PGFA 4DXCA 3IK6B 3EF7A 4AQ4A 1IXGA 2NOOA 4RA1A 4G68A 4U1ZA 2O1MA 1LGBC 3FV2A 3OO9A 4C0RA 3SESA 3HHFA 5KCJA 2F6GA 3C31A 1FQFA 1FTMA 1RKMA 1VR5A 4OXVA 4HTGA 5TP9B 4ZEBA 3W15C 4BDQA 2RKMA 1IXIA 5H8NA 2VD2A 2M8CA 1QKBA 1B3EA 3DRJA 4ND9A 4IGRA 3C35A 4JWYA 1O7TA 4PFTA 4HS7A 1EU8A 2WKYA 1R1NA 1DTZA 3I6VA 5HBCA 3TTLA 1FTOA 2ZNSA 1B2HA 4IY6A 2RF1A 3CHGA 1US5A 2HFBA 2KLFA 4X48A 1LFHA 4RPNA 2XXRA 5H8SA 1XVXA 1PBPA 4ZE9A 1USYE 3OO8A 1VE4A 3U1OA 1S50A 3H6WA 3K01A 3KJTA 2HQ0A 4KCCA 4E0WA 1Y3QA 5CC2A 4N13A 2DVZA 1GVCA 1PC3A 2PVUA 1UTBA 1MQJA 2AIXA 3C32A 2ZXTA 3UGWA 1Y9UA 3TTMA 4ZEKA 5CBRA 2HXWA 2REJA 1PDAA 3MP1A 4YKIA 1FTLA 3FTOA 4WKMA 1N0TA 3CI8A 5AE4A 1IITA 2DVCA 5A5XA 5DEXA 3BKIB 3EHUA 1BLFA 3SERA 4C1UA 1JNFA 4G77A 4F3SA 4QHQA 4H8IA 3MWBA 3TTKA 1HSLA 1JVXA 3PU5A 2XXUA 3C9HA 3R6UA 4LVQA 3O9PA 3IB2A 4JSDA 5I59A 4U23A 4TLLB 2A5TA 3RGYA 2V93A 3DP4A 3FXQA 3KN3A 2OWSA 1B0HA 1B5JA 4DCYA 3LBSA 3VDFA 4X9TA 1EH3A 4R2FA 4OESA 1NKXA 3T93B 5CM6A 3K0VA 4YKJA 5DT6A 4LP2B 1MG1A 1POTA 3K6WA 3KBRA 2QRYA 3OEMA 4GD5A 3PV0E 4H65A 3ZSFA 1EZ9A 3GBAA 3PD9A 5TPAA 1R6ZA 1A8FA 5I56A 4FORA 2UXAA 3TZAA 3W9WA 3TEPA 4P0IA 4R72A 5I2KB 3M3FA 4POXA 3T96B 1D4NA 3FZVA 5FHMA 4ELPA 4G68C 3KEIA 3DM0A 4F1UA 3KSXA 3LSXA 3G3IA 2OCUA 4WEDA 4QSDA 2OBGA 4HW8A 3MQ9A 4OENA 1B4HA 3IOUA 4DLDA 2DSFA 4M1VA 1A99A 4HCWA 1AIVA 4F29A 1QULA 2XXIA 3DRGA 1M5FA 3TTRA 3GLBA 4AB5A 4POWA 2O7IA 4OFLA 2PYYA 1WODA 3K6UA 2XXTA 1LAXA 3C34A 2Z23A 1FW0A 1A40A 2IEEA 4XTCQ 2F6PA 2VD3A 3THIA 1MY1A 2RINA 4OEVA 4XIGQ 1Z7ME 2GHAA 3IOTA 4R6YA 2DOJA 2FA7A 3OMBA 5BWJA 2XHDA 4G8MA 3UIFA 2B4LA 3T9UA 5AA4A 4U4SA 2ZYMA 3TAJA 4MH5A 5DVJA 4H1XA 3MZBA 1ATGA 3PPPA 1AL3A 2UYEA 3O28A 1UTHB 2UVHA 1NNTA 4O3CA 4RXLA 2A5SA 3KN8A 1FCKA 3H03A 1XS5A 2O69A 3FATA 4F3GA 1OMPA 4KD5A 1TT1A 1LB9A 3DRFA 1M5DA 1JETA 3ILUB 1FQDA 2XXVA 3TYHA 4MLVA 3PPQA 3GBBA 1LCFA 1I69A 2DYXA 3C4MA 4NF8B 1BTJA 2NXOA 3PD8A 1B3HA 3L6HA 1SBPA 2XX7A 4LQ2A 2YLNA 3MUQA 1N3XA 4JWOA 4RNSA 3IR1A 1Q1KA 2ONRA 1FQCA 3QUFA 4RY1A 3MVWA 2DWAA 1TXFA 4FECA 1N76A 4OFJA 1P1OA 2I4CA 3V83A 4EXLA 4PETA 4EDPA 5ICTA 3B7DA 3O66A 3MPKA 2VHAA 2ONKE 1N7WA 3TTNA 3JV9A 3RTFB 3KSJA 5AA2B 3OEKA 1UIUA 4H0WA 4G2ZA 4IO7A 4FIMA 4Z0IA 3SEXA 1SQYA 2ZMBA 4KQPA 3DLNA 1DMBA 3RUMA 1GR2A 1SVXB 3TCGA 3R7XA 3RLFE 2RCBA 1ZKBA 2QMWA 2ZNUA 1Y1MA 3O6PA 1SW2A 4DDDA 3SKPA 3QAXA 2ABHA 3FVOA 3CSGA 4I9DA 2E1SA 1MH4A 4KYEA 3S9LC 4LATA 1OLAA 1TWYA 3U8QA 3G3GA 1NNKA 5EYFA 4FEDA 1BKAA 5H8FB 2RC9A 5M2VA 2I3WA 3RTWB 4TLMB 4ZEDA 4UACA 4NWDA 4OERA 4I8CA 1GTKA 4Q30B 3GXAA 3ZKKA 5AA1A 1Y4CA 3T22A 3DRHA 4IO6A 2XXHA 1PBQA 3IB0A 2WOKA 1MRPA 1H3DA 2Y84A 4IO4A 4G68B 2G29A 2HZLA 4KHZE 4NEDA 3T9XB 4F31B 1IXCA 3QUJA 3IJOB 3O2AA 5KCJB 1O63A 4GXSB 2UYFA 2DXYA 4TQUQ 3G3FA 5JK4A 1AMFA 4LONB 5H8HB 3QXMA 4DIGA 1LBBA 5H8NB 5F1QA 2YJPA 2Q88A 1GV8A 1US4A 4JDFA 2B3BA 5I84A 1I6AA 3D4GA 3DRKA 2GFEA 1B1HA 4R2BA 4WEPA 3B6WA 4KPTA 3MJNA 3Q26A 5H8HA 5CMMA 4O3AA 3G3KA 2RC8A 3S2VA 1FQEA 5I58A 4JXIA 3K2DA 2O51A 1MY0A 1S9TA 2AL5A 5HM4B 1II5A 4F19A 3VXBA 1DSNA 3HCQA 3F11A 1Z7NE 1PB9A 1B51A 1MY2A 3ECRA 4HCYA 2D21A 2R6GE 1AH5A 4ZECA 1I6QA 3EN3A 1B52A 3CG1A 2Y7WA 2F78A 4JWXA 1UTBB 4GLIA 2I6EA 3CFZA 1B32A 4F3BA 3LR1A 4OHNA 3T66A 2XD3A 3OO6A 4GFRA 3EQ1A 1OIBA 2F5XA 4YZZA 5J1DA 1UQWA 1P1WA 1GGGA 4ESWA 5CBSA 5DTBA 5A5XB 1LAFE 5DEXB 3K6VA 1LSTA 3U94A 1D3KA 1S7YA 4QSCA 4FATA 4BLAA 1H76A 3KJ7A 4RK9A 3USDA 3CR9A 3IOWA 1IEJA 3VE1B 2H98A 1B0LA 5I59B 3IO4A 4OYVA 2A5TB 3PUXE 2AL4A 2I3VA 3UP9A 4GOTA 2QJEA 4RYAA 4R9GA 1P1UA 3MZ9A 4U21A 1SD3A 4EF1A 2OLBA 3O29A 4F1YA 4IB2A 3M8UA 3UN6A 3EHTA 3Q28A 1PB7A 1SYHA 3MAMA 3U93A 2O84X 5TPAB 4BDOA 3QYTA 1NNPA 3N94A 5I56B 2F34A 2H4IA 5KDTA 4MFIA 2DWHA 1FTKA 4I1DA 2R9JA 1B3LA 2Y7IA 3VVDA 1MXYA 4QFNA 3S9NC 1TFDA 1MY3A 2NUVA 3FIRA 5B7DA 3I5OA 3FXUA 2Y7KA 3UORA 3VLUA 3QSLA 3PUVE 2QS4A 2XXQA 1RYOA 1MM7A 4RPOA 4ELOA 3CVGA 4L17A 1B7HA 1CB6A 2HCAA 1JEUA 2B65A 5ISUA 3TQLA 2OK2A 3P7IA 5I2NA 2I58A 4PFYA 3H4ZA 4G4PA 3MZ1A 2ONSA 1MPBA 3I3VA 3S9EA 4ZEIA 1M5BA 3K6XA 3PPNA 5AA4B 3FVNA 2XXPA 4ZZAA 3VVEA 2YPNA 1UIVA 5L9MA 1XC1A 2QS2A 3CFLA 4JBZA 1WDNA 3K1NA 1VFEA 2GHBA 3LUYA 1QUJA 1NH8A 2Z8DA 3SDFA 2Q89A 2R71A 1M5EA 1XHYA 1IIWA 4AB6A 3TODA 2DE4A 1H45A 2REGA 1N7XA 2DWJA 3HV1A 3MP6A 1B9JA 2XXYA 4P11A 4GXAA 3IX1A 1T0KA 4F1VA 3VXCA 3TMGA 1FQAA 1JQFA 4OZ9A 3PAMA 1NNFA 2F35A 1MXWA 3VV5A 5JEIA 3PMVA 3RYBA 3DP8A 3PPOA 4Q0CA 1A7LA 1I6BA 1ZBMA 5CMKA 1ZTYA 3RPWA 3E3KA 4PFWA 4MLQA 3SEYA 1CE2A 1MY4A 4R6KA 1XVYA 3S9MC 2H9BA 3QK6A 1QUIA 1PEBA 2Z8EA 1SW1A 3FJGA 4GVOA 4GQOA 4BDNA 2UVJA 3FJMA 4ZZEA 3C36A 2F7BA 2I0BA 5AA3A 1MS7A 3B6TA 4NF5A 1P1NA 1Y4TA 1LBCA 2XD2A 1YTVA 3V8XB 4G8NA 2ESNA 4TOZA 4U4XA 3TELA 4Z7EA 3MC2A 2I4BA 2DWIA 3KOTA 3MVXA 3TCHA 1YPNA 1OLCA 1B05A 3JYRA 4R75A 3KFMA 1EZPA 1H43A 3A09A 3MP8A 1QW0A 3SETA 3CIJA 3Q25A 1Y20A 5IAIA 4QFKA 1R9LA 3HHGA 1ZJLA 2DE2A 4R9FA 4YICA 2HEUA 3MBPA 1B58A 1RYXA 2Q8JA 3T9VA 1LFGA 3H6UA 2GH9A 2B4MA 5AA2D 1DOTA 2HAUA 3A3UA 2F97A 1YAEA 1SDXA 4LUBA 4QFOA 4RJZA 4XKNA 3SEVA 3Q27A 4GWOA 3FD3A 1JW5A 3TKDA 2I0CA 4I62A 4THIA 3H06B 4O3BA 3MPLA 1MDP1 1R9QA 3WAEA 4GIZA 5CRYA 2O68A 1LFIA 2PX1A 1JEVA 3RQTA 2VGQA 4GL0A 3IOVA 4OTEA 3R26A 3RNNA 1B40A 4BDMA 1B7ZA 1QVSA 2ZYNA 2IA4A 3KG2A 1B3FA 2H99A 1B6HA 1ZU0A 2BJJX 2O1LA 3S4UA 1B4ZA 4XKQA 4KFQA 2Q2CA 4OETA 1ZIUA 1F9BA 3ZKLA 3OXNA 1BIYA 1N3WA 2PT2A 2XX8A 3K02A 1MDQA 1MPDA 4LQ5A 3H6VA 5ICQA 4NF6A 3CRBA 4FE8A 4PE5B 4R73A 2QS3A 4WXJA 2DQVA 1DTGA 1URGA 4YMBA 4FAJA 4ZS9A 4F22A 3V89B 4PFUA 3W9VA 1MXZA 2ALUA 3FV1A 3PPRA 4U2RA 4NF4A 2Z8FA 5I58B 3RY3A 1OVTA 3LSLA 4H5FA 3K00A 3TFLA 1QUKA 4P0GA 2THIA 3DELB 1O64A 2PMSA 1WVJA 2WOLA 2Q9TA 1SW4A 2VOZA 4QSEA 5CMCA 1B5HA 1QKAA 1IXHA 2V3TA 4LZ5A 4X1DA 3FVGA 1P99A 2XXXA 4EUOA 2F7AA 4Q8RA 4KYDA 3CFXA 3FASA 5K2XA 1AOVA 3HN0A 1MXVA 2Q2AA 2DXRA 4G8HA 4KR5A 1ZMGA 5TP9A 4ISUA 4NMYA 2QPQA 4YB5A 3PUWE 4F2QA 1NL5A 4LA9A 1JVYA 1MXUA 2V84A 2P0SA 5EHMA 1EZOA 5L9OA 1DPPA 1Y3PA 1P1QA 2F36A 1QJMA 4R6HA 1MXXA 4OWDA 4PP0A 4YAHX 1XOCA 4IO3A 3TQWA 2ZYKA 4EQBA 3HO7A 3U92A 3G7WA 2FYIA 3VLWA 2XX9A 3VFJA 5TU0A 3E4RA 4M4GA 4NE4A 3O6IA 3G3JA 2DP8A 2RC7A 4OVJA 1B1XA 4X1BA 4IY5A 4FJPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SYIA 4H5GA 1DCUA 2X7PA 1MQHA 4KYSA 3V5AA 2QL3A 3AXFA 2XWIA 4ZDMA 3RN8A 3KOSA 1MQIA 3SEUA 2R8TA 4YB6A 4BDRA 2F8DA 2V3UA 1FPKA 4EQ9A 3LVUA 4YB7A 5KDTB 3PMWA 2XXKA 2BJIA 5ITPA 4GF8A 2ZYOA 3O6HA 4NTLA 4K3FA 3IB1A 3RT6B 3FGSA 2Q74A 4DE8A 3ONMA 1A8EA 1NFTA 1Y3NA 5EYHA 4KCDA 3LSWA 2HZKA 3D4CA 2UVGA 3DP6A 3BFTA 2D5WA 5DVIA 1BP5A 3O6GA 4QRZA 4ELQA 2FNCA 2P2AA 4JB7A 2WOPA 1IQ7A 3N5LA 5F7VA 1LEVA 1N84A 2G93A 1OVBA 2F3DA 1MH3A 5FHNA 5I2NB 2OJTA 1MPCA 4ZE8A 4PF8A 4LZ7A 1SI1A 3U72A 5LOMA 5I3SA 5EQ9A 3HPIA 5FHOA 3OSQA 5ITOA 2QS1A 3H7MA 4EXKA 3EHSA 4FEBA 4MF3A 2P3VA 2I48A 3D1RA 5CMBA 5EHSA 3FXRA 2RCAA 3MVYA 1IUDA 4N15A 1IZ1A 3KN7A 3RT8A 4N6PA 4H8JA 4H6DA 3GZGA 2E0SA 2CZHA 3B6QA 1FTJA 4XKRA 4AS4A 1ELJA 5DVFA 2ANJA 2H5YA 4GX3A 1B3GA 5I2KA 2W7YA 1RDXA 2I49A 4OQOA 5L8DA 4GBWA 1L5TA 1MQDA 2XWVA 3BFUA 4F18A 2V3QA 1MQGA 2CZLA 3PMXA 5L9SA 1CNQA 2GRVA 4XF5A 5KZTA 3QIMA 3OOAA 1H44A 4YU0A 5HPQA 1NV2A 1KWHA 3PUYE 3PUZE 1YCJA 3FVKA 5I5PA 3OD7A 3M3LA 5JTYB 3B50A 1USYH 4NWCA 1D9YA 3MW0A 2O6AA 3MVZA 4LZ8A 3OENA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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