4PFUA

Crystal structure of mannobiose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1226) from thermotoga maritima at 2.05 a resolution
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
540
structure length
540
Chain Sequence
VLERNETMYYGGSLWSPPSNWNPFTPWNAVPGTTGLVYETMFFYDPLTGNFDPWLAEKGEWLDSKTYRVVLREGIYWHDNVPLTSEDVRFTFEIAKKYKGIHYSSVWEWLDHIETPDNRTVIFVFKDPRYHEWNELLYTLPIVPKHIWEEKDETTILQSSNEYPLGSGPYVAHSWDQNKMIFERFENWWGTKVMGVKPAPKYVVIVRVLSNNVALGMLMKGELDFSNFMLPGVPILKKVYNLNTWYDEPPYHLSSTVVGLFLNARKYPLSLPEFRRAIAMSINADPIVQRVYEGAVLKADPLGFLPNSVWMKYYPKEVVEKHGFKYDPEEAKSILDKLGFRDVNGDGFRETPDGKPIKLTIECPYGWTDWMQAIQVIVDQLKVVGINAEPYFPDSSKYYENMYKGEFDIEMNANGTGISSTPWTYFNTIFYPDALESEFSYTGNYGRYQNPEVESLLEELNRTPLDNVEKVTELCGKLGEILLKDLPFIPLWYGAMAFITQDNVWTNWPNEHNPYAWPCGWANWWQTGALKILFNLKPAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Thermotoga maritima
total genus 181
structure length 540
sequence length 540
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pfuA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pfuA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pfuA02
3RPWA 1MQGA 2ZYMA 3UA8A 3LSFB 1LSTA 3P7IA 2Z8DA 3MAMA 4POWA 3FGSA 2WOLA 5KDTB 2B3FA 3KZGA 2NWJA 4OFJA 1URGA 4WXJA 4ELPA 2KLFA 2UYEA 3O6GA 4GQOA 4YB5A 4GD5A 1CB6A 1RKMA 3IK6B 3CHGA 2DYXA 4GRKA 3TQLA 3SEXA 4DE8A 2V3QA 3V83A 4GF8A 4YKJA 2B65A 1MH4A 4DCXA 3OMBA 3VLVA 5M2VA 4XKQA 2QPQA 4G68A 2ZXTA 2Z22A 4BDNA 4OHNA 1B52A 3K4UA 4DXUA 4YB6A 5H8NA 2F34A 2I3VA 5H8HB 3U93A 1Y9UA 1ZTYA 1QVSA 2RCBA 3KFMA 2HQ0A 3C32A 4F31B 4G8MA 4YKKA 5CMCA 1USYE 3CFXA 3OO7A 3KGCA 4IY6A 3TEPA 4BDQA 4DXCA 4IGTA 1IXCA 1QUJA 3H03A 5CMMA 4FJPA 4KYEA 3OXNA 1Y3NA 1PB9A 4H5GA 5H8QB 2HFBA 4U4SA 2H99A 2DE4A 3VVEA 2I0BA 5FHMA 2Z23A 3I3VA 2HAUA 4JB7A 3KSXA 4ZE9A 3PU5A 5DEXB 3T93B 2O1LA 3MVZA 1O63A 3TQWA 1DMBA 3FD3A 3MZ1A 2CZLA 4KFQA 1GR2A 4MBPA 1DOTA 4NE4A 2ZNSA 1M5EA 3KJTA 1ZMGA 1O64A 3IOWA 1AH5A 3GBBA 1JVXA 4ZDMA 3SETA 2B4LA 1USYH 3TMGA 4H1XA 4M4GA 3OENA 3OSQA 5DVJA 5CRYA 4DZ1A 4QSDA 1DPPA 3SEVA 3GXAA 4LQ2A 4X1DA 1GV8A 3DM0A 1GVCA 1NH8A 4KQPA 2DSFA 4MLVA 4YKPA 5I56A 3C35A 4DXBA 3KOSA 4I8CA 2R71A 3JZJA 3RTWB 3FATA 5EHSA 1R9QA 1M5BA 2ZNTA 2VP1A 3THIA 4G68C 1PB8A 3LSXA 1XC1A 4ZEKA 1TXFA 1LAGE 5I58B 1POY1 4X1BA 4BLAA 1II5A 1Y4CA 2V84A 5H8NB 3VXCA 4WEPA 4JSOA 2I4CA 1LAHE 4Q30B 2ONRA 4ZS9A 3DRKA 3IOUA 2VOZA 1N7XA 3A3UA 2ZYKA 3C33A 1UIVA 1YCJA 3PD8A 2O1MA 5AA1A 5CMKA 5AA4A 4OTEA 1ZU0A 5HBCA 4LATA 4HS7A 1MQJA 4R9FA 4ZZAA 1D3KA 3C31A 4JXIA 1Y3PA 3QUFA 1OVBA 3SERA 2IA4A 2XD3A 1B4ZA 2GHBA 5FHOA 1SW1A 1Y3QA 1IEJA 4RXLA 4H67A 3TFLA 5L9MA 3RLFE 2WOKA 2DVZA 4JWXA 1BKAA 3B6WA 4U21A 3T66A 3K6XA 3K6UA 5AA2A 1XVXA 3IJXB 3K6WA 2O6AA 1SYHA 1N3XA 2H9BA 4TOZA 2V93A 4PFYA 4ISUA 1XVYA 1XHYA 1H45A 3M3LA 4R74A 5BWJA 4OMBA 4ELQA 1Z7ME 3O6HA 4F2QA 3JV9A 3UK4A 4H8IA 5TPAA 1MPCA 2XXPA 5TP9A 2DQVA 3CR9A 1JNFA 2I58A 3A3CA 4KPTA 2O69A 3HSTA 3K00A 3HN0A 3EHTA 4FATA 1MXYA 5I56B 4ND9A 1GTKA 1B0LA 4G8NA 1EU8A 1Y20A 2RKMA 4DCYA 4R9GA 3O29A 4NF6A 2V3UA 3HHGA 3VV5A 2M8CA 4JDFA 1H44A 1B4HA 1J1NA 3GLBA 2HZKA 4THIA 4H0WA 4HCWA 3TCHA 3FUZA 3EHSA 3N6UA 4KCCA 2W7YA 1WODA 1Q1KA 3PPPA 3UP9A 2VGQA 2XXTA 1S9TA 3KN7A 3G3GA 3V8XB 1LCTA 5AA2D 4Z7EA 3L6GA 2Z8EA 4P11A 2Y7WA 3PMWA 5L8DA 3OOAA 3O9PA 5IKBA 3O2AA 5DT6A 5H8FB 4QSEA 1NMUA 4NF5B 2QMWA 3IB2A 1EZ9A 1VFDA 1ZIUA 2UVJA 3TPAA 2XX9A 1H3DA 4G4PA 3RUMA 4U1ZA 5HM4B 2REJA 1AMFA 3O6IA 3KSJA 2P2AA 2A5TB 1MXUA 1FQDA 4XTCQ 4U22A 3PPNA 2F6PA 2O51A 5CI5A 3VXBA 1IZ1A 4H5FA 2QMXA 2RCAA 5F7VA 1AIVA 4IO4A 4IY5A 1N76A 1QKAA 3FTOA 5A5XB 2ZYOA 2ABHA 1SW5A 4ESWA 3RNNA 4F22A 3RT6B 1B58A 3IAZA 1OQHA 1OMPA 2DE3A 3H6TA 3W9WA 2RC7A 2B4MA 1LBBA 1HSEA 4TLLB 1YTVA 2RINA 3G3JA 3H06B 3PMVA 4KCDA 1RYXA 3CFZA 3PD9A 2F8DA 2NOOA 1R1NA 4R73A 4NEDA 3FASA 3DP6A 2BJJX 4UA8A 3LR1A 1LBCA 1IXIA 3PV0E 1PEBA 1VR5A 4ZEIA 1NNPA 1UTBB 3TAJA 2Q2AA 4BDOA 3TCFA 2D21A 1T0KA 1FTMA 1B2HA 1N0TA 3EHUA 4IO2A 4IO3A 3DP4A 3FVGA 3OEKA 1BIYA 1IUDA 3UGWA 4MF3A 1BLFA 4F3GA 2RF1A 3N94A 5F1QA 3QIMA 4JBZA 3TTNA 1MPBA 1SW4A 1VE4A 3DLNA 4QFOA 1AOVA 3UN6A 3VLWA 2F36A 4LVQA 4IB2A 1N04A 4PE5B 4F3BA 2DWJA 4F1VA 5DYHA 3TTRA 3HO7A 3E9XA 2I4BA 1B7ZA 1FW0A 4L17A 3LSWA 3DELB 3SEUA 2F5XA 2NXOA 4HTGA 4MLQA 4TLMB 1B5HA 1TWYA 2O68A 3MPLA 1A7LA 4R2BA 3RY3A 2UVIA 3G3FA 5KZTA 4N6PA 3RTFB 1VFEA 3PUVE 1SI0A 3ZSFA 4ZECA 2QS4A 4OWDA 2Q88A 1ZBMA 2PMSA 1FTKA 4NF4A 1S7YA 1IITA 1US4A 4ZEDA 4YKIA 2DP8A 1MY3A 2XXHA 1Z7NE 3GBAA 1QUKA 5K2XA 1JW4A 3S9EA 4I9DA 4F2OA 3ZKLA 2D3IA 2HAVA 1DTGA 1B9JA 3EF7A 3K01A 4ZZEA 2OCUA 4PETA 1XT8A 1MY2A 3T9UA 5I2NA 3DP8A 1B3GA 3Q26A 1LB9A 2QS2A 3VE1B 3USDA 4O3AA 4H6DA 3PAMA 2R6GE 3Q29A 4IGRA 4OXVA 2I49A 2PX1A 2WOPA 3IORA 1B46A 2ANJA 3U94A 5HPQA 1GGGA 1P99A 3IL1B 2PYYA 2Y7IA 3F11A 2O7IA 3DRJA 3O6PA 2UXAA 3SEYA 3VLUA 2GHAA 3B7DA 2I48A 2Q8JA 3MP1A 1HSLA 4HCYA 1I6QA 3C36A 4U1OA 3EN3A 4ZEFA 3G3IA 4XKPA 2WKYA 4G68B 4GWOA 4EQ9A 1YAEA 4FAJA 3B6QA 3OEMA 5K2YA 1EZPA 2V3TA 4QF9A 1VSOA 1B3EA 4POXA 3I6VA 5ITPA 4OENA 4I62A 3TUSA 3GZGA 4R6HA 2HXWA 4QRZA 5B7DA 2Q9TA 1LGBC 2AYSA 2OJTA 3K2DA 2DXYA 1YPNA 1Y1MA 5I59A 4I1DA 5ICTA 1NKXA 5KCJA 1JEVA 3RN8A 1PDAA 3K0VA 2PBWA 2OK2A 3K1PA 4EF1A 4GOTA 1LFHA 3MVXA 1SQYA 3TYHA 4E0WA 3FIRA 3MWBA 4P0IA 3M3KA 5TU0A 2Q2CA 4LQ5A 4EXKA 3TELA 4IO5A 2XXRA 1S50A 4WKMA 2IEEA 2H5YA 2E0SA 3MZ9A 1JEUA 1TFAA 3LSLA 2E1SA 4FIMA 1MY0A 5I2KA 4HW8A 2X7PA 3O97A 4ZE8A 4ELRA 4BDRA 4LZ7A 3TCGA 2QRYA 2FNCA 3V89B 3IB0A 1N3WA 2I6EA 4OERA 3K1NA 1B5JA 4TQUQ 1QKBA 5L9SA 1MXWA 3FXRA 3R7XA 1B3LA 4EXLA 2Y7KA 1M5DA 1OLCA 2XHDA 1OIBA 1FTOA 2DE2A 3IO6A 1L5TA 5BUUA 4KYSA 3SKPA 3W9VA 4FECA 2Y7RA 1B3FA 3H6VA 1ZKBA 3I5OA 5FTHA 1MQDA 1MRPA 2AL5A 3MC2A 4H8JA 2F78A 2THIA 5H8SA 5AA3A 1B05A 3FXUA 3QAXA 2RC9A 1NNKA 2REGA 5I57A 4GL8A 2ESNA 3T96B 3LC8A 1M5CA 3DRHA 4R75A 1SD3A 2YLNA 3G3KA 1B40A 1Q35A 2XXYA 3FVOA 5KDTA 1MH3A 2H4IA 3KBRA 2YPNA 4LA9A 3CSGA 2OWTA 3G3HA 3AXFA 3BKIB 1FTLA 1QJMA 1LCFA 5EHMA 3HPIA 1N84A 2VHAA 1F9BA 3QUJA 1NH7A 4F3PA 4LUBA 5AA4B 4X9TA 4DDDA 3RYAA 3TDJA 3W15C 2QL3A 4RJZA 3T9XB 2XX7A 4YMAA 3IJOB 3OO9A 4H65A 4NTLA 2AL4A 4F18A 1WDNA 1EZOA 2XXUA 2VD2A 1B7HA 1NL5A 2FYIA 5EYFA 4PP0A 3KG2A 3TTKA 2F35A 4FEDA 1JETA 1NFTA 4U2RA 4Q0CA 5FTIA 5AA2B 2Z8FA 1LLSA 1A99A 4F19A 1R9LA 3B6TA 4RNSA 5I2KB 4E0XA 3E4RA 4ZEBA 3A09A 2I0CA 4OFOA 1URSA 1ANFA 1A8FA 5L9OA 2F6GA 1B1HA 5H8QA 5TPAB 5CM6A 1LAFE 2ZYNA 3BFUA 2CMOA 5TP9B 3DRFA 2H25A 1NNTA 1B6HA 1MY1A 1ZJLA 2UVGA 4X48A 3O66A 3H7MA 1M5FA 5DEXA 3U92A 1O7TA 4KHZE 1SW2A 3MVYA 4QHQA 5CBRA 3RQTA 4F3SA 1B51A 3JYRA 3L6HA 4NF6B 2XXVA 4OVJA 3RGYA 2Y84A 4C1TA 1MPDA 2QS3A 4F1UA 1I69A 1OVTA 1FQCA 4EDPA 4O3BA 2PVUA 4XKRA 4FORA 1UTHA 2I3WA 2ALUA 3E3KA 3EQ1A 3ZS6A 1I6BA 4K3FA 2HZLA 4F1YA 4RA1A 4Q5TA 3S9MC 1H43A 2QS1A 3IOTA 3Q25A 4R6KA 4AB5A 5CC2A 4NWCA 5I84A 4M1VA 5JEIA 4QFPA 3N6TA 1A40A 1FCKA 3OO8A 2Q89A 4EQ7A 3MVWA 3H6UA 1BTJA 3Q27A 3VFJA 3IO4A 5I58A 2GH9A 1P1WA 1DSNA 1Y4TA 1ATGA 4G2ZA 4LZ8A 3MQ9A 5J1DA 2OBGA 4JWOA 1A55A 3CFLA 4GFRA 4OZ9A 1FQBA 1I6AA 3N5LA 1IIWA 3VVDA 1SYIA 5ICQA 1A54A 4YICA 4EUOA 1MM7A 4RK2A 3CVGA 3FVNA 4R72A 1MQHA 2DWIA 2RC8A 1D9VA 4PFWA 3KOTA 3MPKA 1WVJA 4FEBA 2DXRA 4YAHX 5B70A 3H3GA 2PT2A 4PFTA 3QXMA 1XOCA 2NUVA 4U23A 4LZ5A 4C1UA 3PMXA 5CBSA 3PPRA 2ZMBA 5ITOA 3OSRA 2QSXA 4OEUA 1ELJA 1PBPA 3K6VA 1HSJA 3VVFA 5ELVA 4MH5A 4DLDA 1LFIA 2UVHA 1A8EA 5JK4A 4ONYA 3KN8A 3S4UA 3KEIA 4OQOA 3D4GA 3S2VA 1POTA 1MG1A 3RYBA 1JW1A 3S9NC 1UTHB 3FXQA 2GRVA 1QW0A 4LONB 4GIZA 3K1MA 4BDLA 3LVUA 2YJPA 3MW0A 4KI0E 2DOJA 3LBSA 5DTBA 3Q28A 4OESA 4EQBA 1Y1ZA 1IQ7A 1IXHA 1PB7A 1SBPA 4ECFA 1OLAA 2D5WA 1RYOA 4PQJA 3DRIA 4LP2B 1MM6A 3E13X 2OZZA 5ISUA 3RT8A 4XKNA 3IX1A 4PFUA 2A5SA 3KJ7A 3UORA 3UIFA 3C4MA 1N7WA 4QFNA 3PGFA 3CG1A 5FHNA 5DVIA 4EF2A 1SDXA 3MP6A 3U72A 4KR5A 2G29A 4GVOA 4DIGA 3PUXE 2O84X 2R9JA 5JTYA 3KN3A 3N26A 1D4NA 1XS5A 4QSCA 1UQWA 3C34A 2B3BA 4F29A 4GXAA 3SDFA 1P1QA 1DTZA 4RYAA 4YU0A 5H8FA 3HCQA 3MP8A 1LFGA 2G93A 4NF5A 1JQFA 2DS9A 3HHFA 1MDP1 2ONSA 4NMYA 3ODBA 4RY1A 4G8HA 1TFDA 2ONKE 4P0GA 4N13A 1MQIA 3WAFA 1ZLQA 3V5AA 2X7QA 4NF4B 1LB8A 5IAIA 5CMBA 3ECRA 3CG3A 4AQ4A 3PUWE 4R2FA 5DVFA 2A5TA 1QULA 2FA7A 1P1UA 3SESA 3FV1A 3T9VA 3PPOA 1B3HA 2F97A 4OYVA 1H76A 4WEDA 2DVCA 3SEWA 4XIGQ 2P0SA 2Y7PA 1PBQA 4MFIA 2F7BA 1P1OA 3FJ7A 3FZVA 3G7WA 1MXVA 3MUQA 3IB1A 4YB7A 3TKDA 4ESXA 5I2NB 3TTLA 1MS7A 3TTMA 5A5XA 2XXWA 1JW5A 1KWHA 4RPOA 4U4XA 4AB6A 2QJEA 2XX8A 4RK9A 2HEUA 1B7UA 4NWDA 1LAXA 3TZAA 2AIXA 1MXZA 4GXSB 2V25A 1PC3A 3TODA 4NF8A 1NNFA 4GLIA 2XXIA 4C0RA 3FJMA 3QYTA 1B5IA 3T22A 2F7CA 3LUYA 4Z0IA 2DWAA 3MBPA 3CSBA 1OQGA 3PUYE 4OFLA 3BFTA 4Q8RA 3O28A 1URDA 4QFKA 1CE2A 2X26A 3ILTB 1UTBA 1FQAA 1FTJA 5AE4A 3S9LC 1FQFA 3CIJA 2XD2A 3EPEA 2F7AA 3IOVA 1R6ZA 1JVYA 1QUIA 4RPNA 3D4CA 3OD7A 5I59B 1IXGA 2ZNUA 4FE8A 3OELA 2HCAA 3QK6A 5JTYB 4ELOA 2P1SA 3PUZE 5KCJB 1MXXA 1B1XA 4XXUA 3CI8A 2O7UA 4IO6A 1BP5A 3H4ZA 3CRBA 4YMBA 3FVKA 2XXXA 3HV1A 4JSDA 4QFLA 4R6YA 3R6UA 1B32A 3MZBA 2LAOA 1AL3A 5H8HA 3U8QA 2UYFA 3ZKKA 3C9HA 3ONMA 3K02A 2PT1A 3PPQA 4UACA 4O3CA 4F39A 2XXQA 4IO7A 3H6WA 1P1NA 3IR1A 4KD5A 2GFEA 3FJGA 1TT1A 4OEVA 3U1OA 3DRGA 4JWYA 3M8UA 4OETA 3FV2A 3ILUB 3T9HB 3M3FA 1MDQA 1DPEA 2H98A 2OWSA 4GL0A 1D9YA 3WAEA 1MY4A 1EH3A 4YZZA 1US5A 3MJNA 1SI1A 3BBRA 1UIUA 4BDMA 3VDFA 3R26A 2DWHA 4G77A 4KYDA 2NVUB 2OLBA 1SVXB 2VD3A 5LOMA 4N07A 5I57B 3OO6A 3QSLA 1B0HA 4NF8B 1FQEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DCUA 3RPWA 1MQGA 2ZYMA 2VT5A 3UA8A 3LSFB 1LSTA 3P7IA 2Z8DA 3MAMA 4POWA 3FGSA 2WOLA 3T0JA 5KDTB 2B3FA 3KZGA 2NWJA 4OFJA 1URGA 4WXJA 4ELPA 2KLFA 2UYEA 3O6GA 4GQOA 1G0HA 4YB5A 1NV5A 4GD5A 1CB6A 4PBHA 1RKMA 3IK6B 1FJ6A 1NUXA 1Q9DA 3CHGA 2DYXA 4OVRA 4GRKA 3TQLA 3SEXA 4DE8A 4XFEA 2V3QA 3V83A 4GF8A 4YKJA 4HE1A 4XF5A 2B65A 4QBAA 2P3VA 1MH4A 4DCXA 3OMBA 3VLVA 5M2VA 2DDKA 4XKQA 2QPQA 4G68A 2ZXTA 3EKIA 2Z22A 4BDNA 4OHNA 1B52A 3K4UA 4DXUA 4YB6A 5H8NA 2F34A 2I3VA 5H8HB 3U93A 1Y9UA 1ZTYA 1QVSA 2RCBA 3KFMA 4GWYA 2HQ0A 3C32A 1KA1A 4F31B 4G8MA 4YKKA 1NI9A 5F24A 5CMCA 1FBPA 1USYE 3CFXA 4N8GA 1FTAA 3OO7A 3KGCA 4IY6A 3TEPA 4BDQA 4DXCA 4IGTA 1IXCA 1QUJA 3H03A 5CMMA 4LN5A 4FJPA 4KYEA 3OXNA 1Y3NA 1PB9A 4H5GA 5H8QB 2HFBA 2XWVA 4U4SA 2H99A 1IMAA 2DE4A 3VVEA 2I0BA 4OVTA 5FHMA 2Z23A 3I3VA 2HAUA 4JB7A 3KSXA 4ZE9A 3PU5A 4PTKA 5DEXB 3T93B 2O1LA 3MVZA 1O63A 3TQWA 1DMBA 3FD3A 3MZ1A 2CZLA 4KFQA 1GR2A 4MBPA 1DOTA 4NE4A 4AS4A 1FBHA 2ZNSA 1M5EA 3KJTA 5ET5A 1ZMGA 1O64A 4PC9A 3IOWA 4NAPA 1AH5A 4KXPA 3GBBA 1JVXA 4ZDMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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