4PFWA

Crystal structure of mannohexaose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1226) from thermotoga maritima at 2.2 a resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
540
structure length
540
Chain Sequence
b'VLERNETMYYGGSLWSPPSNWNPFTPWNAVPGTTGLVYETMFFYDPLTGNFDPWLAEKGEWLDSKTYRVVLREGIYWHDNVPLTSEDVRFTFEIAKKYKGIHYSSVWEWLDHIETPDNRTVIFVFKDPRYHEWNELLYTLPIVPKHIWEEKDETTILQSSNEYPLGSGPYVAHSWDQNKMIFERFENWWGTKVMGVKPAPKYVVIVRVLSNNVALGMLMKGELDFSNFMLPGVPILKKVYNLNTWYDEPPYHLSSTVVGLFLNARKYPLSLPEFRRAIAMSINADPIVQRVYEGAVLKADPLGFLPNSVWMKYYPKEVVEKHGFKYDPEEAKSILDKLGFRDVNGDGFRETPDGKPIKLTIECPYGWTDWMQAIQVIVDQLKVVGINAEPYFPDSSKYYENMYKGEFDIEMNANGTGISSTPWTYFNTIFYPDALESEFSYTGNYGRYQNPEVESLLEELNRTPLDNVEKVTELCGKLGEILLKDLPFIPLWYGAMAFITQDNVWTNWPNEHNPYAWPCGWANWWQTGALKILFNLKPAK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Transport protein
total genus 175
structure length 540
sequence length 540
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pfwA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pfwA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pfwA02
2F7AA 2F36A 4U21A 4NF4B 3THIA 1WVJA 3CSBA 1MQIA 5DYHA 1MPBA 1MY2A 3S9EA 5JTYB 2O7UA 5EYFA 3DRHA 4NF5A 3FASA 4PFTA 1A7LA 1DTZA 2Q89A 4XXUA 5DTBA 2DQVA 3CI8A 4N13A 2AL4A 2VGQA 1PC3A 5CMBA 2PT2A 4C1TA 2F34A 4DXUA 1JEUA 3FJGA 3TTLA 3OEKA 5L9SA 3IORA 1QUJA 2E1SA 1HSLA 3MWBA 5I56A 2V3UA 4H0WA 2XD2A 4O3CA 4YMAA 1Z7NE 3A09A 3B6TA 3IOUA 3RT8A 3IO4A 2QS2A 2R6GE 5H8HB 3JZJA 1SW5A 1Y20A 4NF6A 4LQ2A 1XVYA 3VLUA 1XHYA 2UYFA 1P1OA 4KI0E 3MZ1A 4YU0A 1I6QA 2UYEA 3M3LA 2V93A 4WKMA 3OENA 1ZU0A 2NWJA 1JW5A 1MQJA 3VVDA 4JSOA 2ZYNA 3BBRA 3M8UA 2I0BA 3CVGA 3A3CA 1QVSA 2UVIA 3C34A 4WXJA 1NH8A 3OO9A 4OYVA 4QFOA 5B7DA 1YTVA 4LP2B 3TCHA 2B3FA 4OEUA 3PUXE 3KN7A 2XD3A 1SI0A 3TTNA 1EU8A 3K0VA 1FTMA 2DWIA 1R1NA 4G8MA 3TODA 3IB2A 3SESA 5M2VA 3TTMA 3IB1A 3CR9A 1N84A 4PFYA 4XKQA 1NNKA 1JW1A 2F5XA 4IO3A 2PT1A 4BDQA 1LAXA 2QMWA 1GV8A 1JEVA 5HPQA 3M3FA 2R71A 4RJZA 4F22A 4QFNA 3GBBA 2F35A 1GVCA 3C32A 3HV1A 4ESWA 3PAMA 4NE4A 3UK4A 4ND9A 2XXHA 5FTHA 3HO7A 4KQPA 5CMMA 3IR1A 4GWOA 1IIWA 3IAZA 1B5JA 1ZJLA 4OESA 4ESXA 4G68C 1FTOA 2PYYA 2Y84A 3FVGA 4R73A 3MZBA 2UXAA 1B32A 3C31A 3UN6A 1B7UA 1BLFA 2DP8A 2ZXTA 4MF3A 3O6HA 1NL5A 2VHAA 4YKJA 4PFUA 4GIZA 1Y4TA 1ZTYA 3S4UA 3G3JA 4EXKA 4R75A 2XX7A 1AMFA 3GBAA 2OJTA 3ZSFA 4LZ8A 3FJ7A 4R74A 5J1DA 4R9GA 2O84X 2P2AA 1Y9UA 1M5FA 1DMBA 1NKXA 1D4NA 3DLNA 4G68B 1US5A 1FQAA 2XXXA 1B46A 1PB7A 1BP5A 1M5CA 1UQWA 3VFJA 4KPTA 5AA3A 3PUZE 2DWHA 3G3FA 3T9XB 1YCJA 4F3GA 3I5OA 4BDOA 1FQFA 1VE4A 4KD5A 2FA7A 1P1NA 4R6YA 5I59B 4O3BA 5F1QA 1MM6A 3Q27A 3H4ZA 2I4BA 4FATA 3LVUA 5AA1A 1QULA 2I4CA 2XXVA 2VD3A 2YPNA 5KDTB 1O64A 3TKDA 1IITA 3S9LC 2G93A 2F6PA 3ZKKA 4F1UA 5A5XB 3G3GA 1MY4A 1URDA 4R2BA 5I58A 3KSXA 3KJTA 4LONB 4KCCA 2OZZA 2DE2A 3FV1A 4N07A 4RXLA 2AIXA 1DOTA 4DLDA 4OTEA 2OWTA 3D4GA 3I3VA 3RNNA 5IKBA 1B6HA 3LC8A 1PB9A 5AA2B 2GRVA 4F19A 1UTBB 1PBQA 4U22A 4R2FA 1M5BA 3O28A 1MQDA 3KN8A 2IA4A 2I0CA 3MW0A 3N26A 1B7HA 5AA4A 2Z8DA 3B7DA 1JW4A 3TZAA 2Z22A 3TCGA 1SYHA 1LFGA 3DRJA 4Q5TA 1HSJA 2VOZA 1EZPA 1B9JA 4LZ5A 4LVQA 5L8DA 1LB9A 4TLMB 4ONYA 2FYIA 1B05A 5FTIA 3PPOA 2XXIA 3N94A 4RPOA 2I49A 2QPQA 5ITOA 4NF4A 3FJMA 4WEPA 4PE5B 3K01A 5K2XA 1SQYA 3IOVA 1SW1A 3ILUB 4TOZA 1TT1A 1YAEA 2GHAA 4FORA 4U4XA 3FIRA 3M3KA 3U93A 1IXIA 1MPCA 1R9LA 1BIYA 2F6GA 4RK2A 3OO7A 1P99A 3CFZA 3HHGA 1MXUA 3DRKA 4U23A 5K2YA 2ONRA 5H8QB 4L17A 1A8FA 2F7BA 5I57A 3QUJA 3TTRA 5I2KB 3U1OA 3U8QA 3V8XB 4I62A 1WDNA 4FE8A 3PMVA 2GFEA 3RQTA 1MH4A 1TFDA 4YB6A 2VD2A 4TLLB 3BFTA 4Q30B 5I2NB 4JSDA 1S9TA 1NNPA 4KYDA 1R6ZA 4YKPA 2Q2CA 1MPDA 2GH9A 1N76A 3C36A 3MVXA 2AYSA 3W15C 4EDPA 5H8SA 4U2RA 4FECA 3RPWA 3O66A 4GXAA 4DZ1A 4MBPA 2H9BA 1JQFA 1QKAA 4NEDA 1OLAA 4KFQA 1RKMA 1I69A 2Y7KA 2XHDA 4QSDA 2O68A 4YKIA 2QJEA 4E0WA 1AH5A 3CFXA 3H7MA 3MVWA 3JYRA 5DEXB 1II5A 5CC2A 1MDQA 3SKPA 1H45A 2D3IA 3Q29A 2DXRA 3MVZA 1B3LA 3RUMA 3MC2A 3C33A 1B3HA 3RYBA 1SDXA 5EHMA 3U92A 2BJJX 1IEJA 4PQJA 3O2AA 4ELRA 2REJA 1TFAA 2DWJA 1NNFA 1ELJA 5CMCA 1B58A 2QS4A 3GLBA 4BDLA 5ISUA 4JWYA 4JBZA 2V84A 2DE4A 3DP6A 4EXLA 3D4CA 4G4PA 3HCQA 2ESNA 4KCDA 3GZGA 2RC9A 1L5TA 1FTLA 1VFEA 4U1OA 1PB8A 1DPEA 2H4IA 1MQHA 1UIVA 1NNTA 1B3EA 2B4MA 3HHFA 3H03A 2Q2AA 1Y3PA 4KYSA 5H8FB 1NH7A 3DP8A 5L9OA 2O1LA 5ITPA 3CIJA 5DVIA 1ZBMA 4H8IA 1MXWA 4E0XA 4OERA 3HN0A 1RYOA 4GOTA 1WODA 3H3GA 4LA9A 3QK6A 2QRYA 2ZNUA 1LFHA 4H1XA 3B6QA 5TPAB 5LOMA 3TTKA 3TAJA 3USDA 3G3IA 4OQOA 2OLBA 4ZEFA 2PBWA 4IGTA 4OXVA 3FD3A 2AL5A 1URGA 5BWJA 3T22A 2ZNSA 1EZOA 4FIMA 2X7QA 4GFRA 2DWAA 3PUWE 3FXRA 3CRBA 1N3WA 4FEBA 2B65A 4JDFA 1URSA 1EH3A 3VV5A 3UP9A 3FGSA 4WEDA 4M4GA 1BTJA 3MZ9A 3K1PA 3RTWB 1A99A 2WKYA 3IOTA 3K1NA 3LSLA 2D21A 3PU5A 4ELOA 3O6GA 1FTKA 3Q25A 1H3DA 5HM4B 1QUKA 3K4UA 2GHBA 4NF6B 1LBCA 3O6IA 4G8NA 1IXCA 1FQBA 2HAUA 4FJPA 4POWA 1FTJA 4GLIA 4POXA 3K2DA 4LZ7A 3MP6A 4F31B 2Y7PA 2LAOA 2ALUA 1Z7ME 1JNFA 2XX8A 1S50A 1UTBA 1DTGA 1H44A 3RLFE 4NWCA 2G29A 1B7ZA 3MBPA 4UA8A 4G2ZA 3VVEA 1N0TA 3B6WA 3TYHA 3HSTA 1ZMGA 4AB5A 2NVUB 1H43A 3H06B 3MVYA 3T9HB 4EUOA 3FVOA 1MY0A 4IO7A 3QIMA 3R26A 1A40A 1Y1ZA 4JWXA 4HW8A 1D9VA 3VLVA 2I3VA 3IO6A 2ZYKA 2Y7RA 4BDMA 3RYAA 3L6HA 4H65A 4EQBA 2P0SA 3T9VA 3VLWA 3ZS6A 3IL1B 5TP9A 1LAFE 3FTOA 4GQOA 1OVTA 1FQCA 1O63A 4QFLA 4BDNA 2ABHA 4F2OA 4IO5A 2B3BA 1US4A 1B51A 2E0SA 4NF8A 4ZS9A 1GGGA 3SEWA 3VE1B 4F3PA 1IUDA 2A5TB 1P1WA 3HPIA 1Y4CA 2RC8A 3PPNA 3OMBA 3UA8A 4OWDA 5KCJB 1FW0A 2FNCA 4U1ZA 4R6KA 4RPNA 4H8JA 2H98A 1MY3A 2XXYA 3BFUA 3DELB 3VVFA 5BUUA 2R9JA 4F18A 4C0RA 4ISUA 5TU0A 3ECRA 2ONKE 3IJXB 2Y7WA 4IO6A 1B0LA 4IO4A 1NMUA 5CRYA 4YAHX 2B4LA 1IQ7A 1B5HA 4P11A 3KBRA 3K6XA 4IO2A 1I6AA 1MY1A 2H25A 1N04A 3H6UA 3QSLA 5DVFA 2ZYMA 2UVGA 2X7PA 3SEXA 3R6UA 3ZKLA 1MG1A 2RCAA 2DSFA 3OO8A 4PETA 5H8NB 3MAMA 3KEIA 3N5LA 3CG3A 5ICQA 3T9UA 5CMKA 1OQGA 1I6BA 4F1YA 2HFBA 1UTHB 2HZKA 2PMSA 1P1QA 1IXHA 3T96B 3V89B 1MRPA 3MP1A 1NFTA 1ATGA 3RGYA 1XVXA 3EHTA 1LFIA 2O7IA 4ZZEA 3OD7A 4ZEDA 3KG2A 5JTYA 2THIA 4I9DA 4GRKA 5KZTA 3OO6A 2QS3A 4YZZA 2Q9TA 5I58B 4QFKA 4C1UA 4QF9A 3PGFA 1USYH 3U94A 4ZEKA 3C9HA 5B70A 1CE2A 3CFLA 3K6WA 5AA2D 4KR5A 3KOSA 1JVYA 1TXFA 4DE8A 3R7XA 5FHMA 2XXRA 4ELPA 3TMGA 3LUYA 1XOCA 2WOLA 1SI1A 5CM6A 3PUVE 4HTGA 5ICTA 4N6PA 3QAXA 4NWDA 2OWSA 3VXBA 5H8HA 2XXPA 1LGBC 2V3QA 4I8CA 5I84A 2QSXA 4P0GA 4RNSA 1A54A 3TEPA 2I3WA 5AA4B 2RF1A 4RY1A 3SETA 3TDJA 5H8FA 3RT6B 2OK2A 1SBPA 3WAFA 1QJMA 5AE4A 4Z0IA 2Y7IA 4JXIA 3MQ9A 2DVZA 1BKAA 5EHSA 4DCXA 1H76A 2OBGA 4YB5A 1ZKBA 4DCYA 3RN8A 3TQWA 1Y3QA 1TWYA 4ZDMA 3SERA 1B0HA 1ZIUA 4GL8A 3AXFA 4ZEBA 2QMXA 1UIUA 3E13X 4RYAA 5CI5A 4AQ4A 2DVCA 4G77A 1B40A 1FCKA 1XC1A 1P1UA 1OVBA 1B3FA 3I6VA 3PV0E 3S2VA 4ELQA 1SW4A 1LCFA 4ZZAA 1XS5A 4K3FA 4ZECA 3IJOB 1VSOA 3FVKA 1MQGA 5I57B 3O6PA 5CBSA 3LSXA 4NTLA 2P1SA 4H67A 4EQ9A 4RK9A 4OFJA 4H5GA 3PD8A 3N6TA 4PFWA 3S9NC 4RA1A 4OMBA 4YKKA 3MPKA 1T0KA 2V3TA 3W9WA 3LR1A 4QSCA 4QFPA 1SD3A 3KSJA 3EF7A 4Q8RA 1R9QA 1D9YA 3ODBA 2DYXA 3PUYE 3WAEA 3UGWA 4F1VA 2DS9A 3Q28A 2M8CA 2YJPA 1A55A 2XXQA 2Z8EA 3OELA 3MUQA 2CZLA 1AL3A 2X26A 2HEUA 4U4SA 3V83A 4F3SA 2DE3A 3O29A 3EHSA 2ZNTA 1QW0A 1ANFA 3TQLA 1B3GA 1MH3A 4YICA 4F39A 1VFDA 3T93B 3GXAA 3LSWA 3A3UA 3UORA 3ILTB 3CHGA 4R72A 1Q35A 3KZGA 3IB0A 3PPRA 4X9TA 4HS7A 2WOKA 3BKIB 2V25A 4G68A 3K02A 4QSEA 1POY1 3PMXA 4XTCQ 1B1XA 4NF5B 5DVJA 1B2HA 3SDFA 4EQ7A 4PP0A 4AB6A 3G7WA 2HQ0A 2QS1A 3PD9A 5I59A 1MM7A 1PBPA 3IX1A 2HAVA 4ZE8A 4X1DA 3U72A 3O9PA 3DRGA 5KDTA 3G3HA 2UVJA 4OHNA 5I56B 3L6GA 4IY5A 3VDFA 3SEVA 3K1MA 1PEBA 1HSEA 2HCAA 3FUZA 3W9VA 3RY3A 4IB2A 5A5XA 1N3XA 1MXZA 3EQ1A 3LSFB 1M5DA 3VXCA 4FAJA 4IGRA 2O69A 2A5TA 1FQDA 1O7TA 4MLVA 4XKPA 2XXUA 3KGCA 4JWOA 1M5EA 4R9FA 4OVJA 2DXYA 5KCJA 4OFLA 2VP1A 4OFOA 4BDRA 3PPQA 4Z7EA 3TFLA 1DPPA 2O6AA 5JEIA 5AA2A 4YB7A 4MH5A 2XXTA 2ANJA 1ZLQA 4MLQA 1IXGA 3K6UA 1S7YA 4ZEIA 1KWHA 1SW2A 3ONMA 2I48A 3MPLA 3H6WA 3RTFB 1SVXB 4OETA 1J1NA 3C4MA 3FV2A 2RCBA 1D3KA 3DP4A 1VR5A 1OMPA 2NUVA 2Z23A 5FHNA 3TUSA 4IY6A 4Q0CA 5H8NA 2ZYOA 1OLCA 2PX1A 3KOTA 1SYIA 1YPNA 3IOWA 2D5WA 3T66A 3FATA 4O3AA 2F78A 4LUBA 1JVXA 4EF2A 1UTHA 3SEYA 1MXXA 3KJ7A 4LATA 4OENA 5L9MA 2DOJA 3LBSA 4THIA 2UVHA 4TQUQ 2I58A 2NOOA 2I6EA 4ECFA 2YLNA 2Q88A 5HBCA 1CB6A 3KFMA 4DIGA 1OQHA 4KHZE 4F2QA 4ZE9A 4EF1A 3FZVA 3E4RA 1AIVA 2REGA 2CMOA 3O97A 1JETA 4XKNA 1XT8A 2PVUA 5H8QA 4UACA 4FEDA 4JB7A 4P0IA 3PPPA 1QUIA 4KYEA 4GF8A 1B5IA 5JK4A 3QXMA 1MS7A 2F97A 1LCTA 5I2KA 2IEEA 4F29A 2A5SA 2RC7A 1DSNA 1LAGE 1LBBA 3S9MC 1RYXA 1B4HA 3CSGA 3QYTA 3EPEA 5I2NA 1POTA 3DRIA 3E9XA 2ONSA 1Y3NA 3EHUA 4YMBA 2XXWA 2XX9A 3TPAA 1USYE 3MP8A 1LLSA 3UIFA 2RINA 1LSTA 3N6UA 3P7IA 3PMWA 3QUFA 4QHQA 4X48A 2OCUA 4H5FA 3MJNA 3FXUA 3OOAA 5CBRA 3K00A 2Q8JA 1FQEA 3OSQA 4MFIA 3G3KA 4M1VA 2WOPA 5DEXA 5TP9B 1Q1KA 2O51A 4X1BA 2Z8FA 3H6VA 4R6HA 1A8EA 3OXNA 4XIGQ 3FVNA 2ZMBA 1F9BA 1Y1MA 3IK6B 3JV9A 1B4ZA 1LB8A 1N7XA 4F3BA 4NF8B 1N7WA 1OIBA 2QL3A 3K6VA 2W7YA 3TCFA 5ELVA 4HCYA 1MDP1 4DXBA 3OSRA 3SEUA 4DDDA 1B1HA 2F7CA 3C35A 5IAIA 3CG1A 4H6DA 1QKBA 1IZ1A 2RKMA 3H6TA 3Q26A 4G8HA 1EZ9A 4DXCA 4LQ5A 3E3KA 4OEVA 4XKRA 3FXQA 4I1DA 2HXWA 2O1MA 4OZ9A 5FHOA 4QRZA 1B52A 2H5YA 5DT6A 1PDAA 4NMYA 4BLAA 5F7VA 3OEMA 3EN3A 1MXYA 3V5AA 1LAHE 1GR2A 2F8DA 1MXVA 2NXOA 4GL0A 4GD5A 3TELA 2H99A 3KN3A 1AOVA 4GVOA 4HCWA 2KLFA 3F11A 1GTKA 3DM0A 5TPAA 2HZLA 4GXSB 3DRFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F7AA 2F36A 4U21A 4NF4B 3THIA 1WVJA 3CSBA 1MQIA 5DYHA 1MPBA 4AS4A 1MY2A 3A29A 3S9EA 5JTYB 2O7UA 5EYFA 3DRHA 4NF5A 3FASA 4PFTA 1A7LA 2F3DA 2XWKA 2CEYA 4N6KA 1DTZA 2Q89A 4XXUA 5DTBA 2DQVA 3CI8A 4N13A 2AL4A 2VGQA 1PC3A 5CMBA 2PT2A 4C1TA 2F34A 4DXUA 1JEUA 3FJGA 3TTLA 3OEKA 5L9SA 3IORA 1QUJA 2E1SA 1HSLA 3MWBA 5I56A 3EKIA 2V3UA 4H0WA 2XD2A 4PDHA 4O3CA 2Q8MA 4YMAA 1Z7NE 3A09A 3B6TA 2OX3A 3IOUA 3RT8A 3IO4A 2QS2A 2R6GE 5H8HB 3JZJA 4NAPA 1SW5A 1Y20A 4NF6A 4PDDA 4LQ2A 1XVYA 3KC0A 2FIEA 3VLUA 1XHYA 2UYFA 1P1OA 4KI0E 1NV3A 3MZ1A 4YU0A 1I6QA 2UYEA 3M3LA 2V93A 4WKMA 3OENA 1ZU0A 2NWJA 1JW5A 1MQJA 3VVDA 4JSOA 2ZYNA 3BBRA 3M8UA 2I0BA 3CVGA 1FPDA 3A3CA 1QVSA 2UVIA 3C34A 4WXJA 1NH8A 3OO9A 4OYVA 4QFOA 5B7DA 3QMFA 1YTVA 4GWSA 4P56A 2WX9A 4LP2B 3TCHA 2B3FA 4OEUA 3PUXE 3KN7A 2XD3A 1SI0A 3TTNA 1EU8A 3K0VA 1FTMA 2DWIA 1R1NA 4G8MA 2WBDA 3TODA 3IB2A 4MMPA 3SESA 5M2VA 3TTMA 3IB1A 3CR9A 1N84A 4PFYA 4XKQA 1NNKA 1Q9DA 1JW1A 1INPA 2F5XA 1EYJA 4IO3A 2PT1A 4BDQA 1LAXA 2QMWA 1GV8A 3U65A 5ET6A 1JEVA 5HPQA 3M3FA 4O7IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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