4PFWA

Crystal structure of mannohexaose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1226) from thermotoga maritima at 2.2 a resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
540
structure length
540
Chain Sequence
b'VLERNETMYYGGSLWSPPSNWNPFTPWNAVPGTTGLVYETMFFYDPLTGNFDPWLAEKGEWLDSKTYRVVLREGIYWHDNVPLTSEDVRFTFEIAKKYKGIHYSSVWEWLDHIETPDNRTVIFVFKDPRYHEWNELLYTLPIVPKHIWEEKDETTILQSSNEYPLGSGPYVAHSWDQNKMIFERFENWWGTKVMGVKPAPKYVVIVRVLSNNVALGMLMKGELDFSNFMLPGVPILKKVYNLNTWYDEPPYHLSSTVVGLFLNARKYPLSLPEFRRAIAMSINADPIVQRVYEGAVLKADPLGFLPNSVWMKYYPKEVVEKHGFKYDPEEAKSILDKLGFRDVNGDGFRETPDGKPIKLTIECPYGWTDWMQAIQVIVDQLKVVGINAEPYFPDSSKYYENMYKGEFDIEMNANGTGISSTPWTYFNTIFYPDALESEFSYTGNYGRYQNPEVESLLEELNRTPLDNVEKVTELCGKLGEILLKDLPFIPLWYGAMAFITQDNVWTNWPNEHNPYAWPCGWANWWQTGALKILFNLKPAK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Transport protein
total genus 175
structure length 540
sequence length 540
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pfwA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pfwA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pfwA02
3CR9A 3K6VA 4EF2A 3KGCA 3K0VA 3ILTB 2YLNA 1OVBA 3G3FA 4FECA 3LSWA 4OWDA 1NKXA 1PBQA 3KZGA 4F3GA 1B32A 4EF1A 5H8FB 4FIMA 3E3KA 3E4RA 4JWOA 1PB7A 3EPEA 4R2BA 3B6WA 5I2NA 4FJPA 3IK6B 3U92A 3QUJA 3SESA 2I6EA 1M5DA 1NNPA 1XVXA 4U22A 3FTOA 1BKAA 3ZS6A 2V84A 3PPRA 1EZPA 4YKKA 1IXHA 2GHAA 2H25A 4NF5A 4KYDA 3C35A 1SW4A 3QSLA 3SEUA 3S9NC 3FXRA 3PD8A 3T9VA 3KEIA 3T93B 4QSEA 3VV5A 1LBCA 4IO5A 2ZYNA 5I84A 5I56A 3RUMA 5K2XA 1R6ZA 4RA1A 4HW8A 1B4HA 4OFOA 2FYIA 4R6KA 5ELVA 1FQFA 3RT8A 3FZVA 4NF4A 2D5WA 4OZ9A 3C9HA 3B6TA 3PU5A 3Q27A 4H8JA 3TFLA 4ONYA 2Q89A 4NF6A 5I57A 2Y7RA 4H6DA 3D4CA 3SERA 3Q28A 3GZGA 3FVGA 1QULA 2GH9A 1AH5A 4RY1A 4DIGA 3RT6B 4NWDA 2F7BA 2OCUA 3TMGA 4IO4A 3LC8A 2W7YA 1OVTA 4YICA 3IJOB 1QKBA 1NFTA 2M8CA 2HAVA 3DRFA 1S50A 3GLBA 1F9BA 3RTFB 2QL3A 3TDJA 2REGA 1IUDA 5CC2A 4ZEDA 5IKBA 4KYEA 5DVFA 3TELA 3MAMA 4G2ZA 3HCQA 2X7PA 1CB6A 4F19A 1UTBA 1Y3PA 1P1OA 2DVZA 2I4BA 3TUSA 2DWJA 3GBAA 2HXWA 3O29A 3GBBA 5AA2B 2PMSA 3LSFB 3DM0A 4KR5A 5I59B 3P7IA 4QFOA 4EUOA 1PB9A 2DVCA 3QUFA 1B2HA 4OTEA 2DWHA 5FTIA 2I58A 3N5LA 3H3GA 1OQHA 1MH4A 3QK6A 5FHOA 4JSDA 1B7HA 1NMUA 5DEXA 2AYSA 1MRPA 3N94A 1MDP1 3E13X 3AXFA 1UIVA 4TQUQ 3TCHA 4RPOA 5EHSA 2WOKA 3LSLA 2H9BA 2VD3A 1B4ZA 1N0TA 3PPQA 1DPPA 4LQ2A 5CBRA 1YPNA 3G3JA 1Y9UA 3ZSFA 4ZECA 2XD2A 3K1MA 2B4LA 5CRYA 2XXPA 3IOWA 4BDNA 5ISUA 4ZE8A 4WEPA 4MFIA 4ELRA 3MBPA 3FJGA 2OJTA 4Q0CA 2FA7A 4LONB 1MS7A 3HO7A 3O6GA 2NWJA 3RY3A 1XHYA 3W9VA 3LVUA 2D3IA 3DP4A 1M5FA 1A54A 1RYXA 3QXMA 1UTHA 3C33A 4MBPA 1JNFA 2ANJA 2KLFA 2ZXTA 3SETA 4RK9A 3OO6A 2DOJA 1WDNA 2XXVA 4NEDA 2GFEA 3FXQA 2I3WA 1URSA 3VVEA 4RJZA 5ICTA 4U1ZA 3O6PA 4R73A 3EN3A 4HCYA 2UXAA 3H7MA 2HQ0A 4E0XA 4EXLA 5H8FA 3CG3A 2AIXA 4MH5A 3PPOA 2Q88A 3PV0E 3PUWE 2VHAA 1USYH 4BLAA 5CMKA 3IAZA 5I58A 3R7XA 4G68A 3QYTA 4ZZAA 3EHTA 3MP8A 1MXZA 2Q2AA 1MQHA 3K4UA 4NMYA 3U8QA 1LAHE 3KN3A 4OQOA 2XXWA 1SI0A 2ZNTA 5KCJB 1B40A 1B52A 2V3QA 1T0KA 3I5OA 2VD2A 3H6VA 3MPLA 3RN8A 2OWTA 3OO7A 1IIWA 1ZKBA 4KCCA 1BLFA 4H65A 2Y7PA 1POTA 1JETA 5TP9A 4FEBA 2QSXA 3TODA 1D9VA 1Z7NE 4H67A 4R9GA 5KDTB 4QFPA 4OENA 4KQPA 4FATA 4N07A 4ZDMA 2ONKE 3KBRA 2I4CA 1OLAA 1LGBC 3SKPA 3WAFA 5I2KB 1B1HA 4XKNA 4ESXA 1FTKA 1CE2A 1PC3A 3MZ9A 2ALUA 3DRJA 4OXVA 4JDFA 3A3CA 4ZE9A 3IO4A 3UGWA 2VGQA 3C31A 1HSLA 1ZU0A 1O7TA 4AQ4A 3O97A 3OXNA 2NXOA 1GV8A 3CFLA 5L9MA 4U4XA 2Z8EA 1NNFA 3DLNA 3KSXA 3QIMA 4O3CA 4OESA 4XTCQ 5LOMA 3LBSA 2BJJX 5AA2A 4HTGA 5FHMA 1QUKA 3PUVE 1HSEA 2Z8DA 4C1UA 3PUYE 4F1YA 3KJ7A 1B9JA 1MM7A 3CSBA 2ZNSA 2LAOA 3OO8A 3G3IA 4JWXA 3U94A 1GGGA 1SI1A 4L17A 1KWHA 1N84A 5AA1A 3PPNA 1M5EA 2HCAA 4OHNA 1JW1A 2DSFA 3LSXA 1J1NA 2HZKA 1SW1A 4Z7EA 4G8MA 5CBSA 3LR1A 1SW2A 4G8HA 1ATGA 1JW4A 2XXUA 2D21A 2ZYMA 1SDXA 4F3BA 5ITOA 3UIFA 3U93A 2O68A 1Y4CA 4Q30B 3CHGA 4MLVA 4X1BA 3MC2A 3IB1A 2H5YA 1SYIA 4KYSA 4MF3A 2QS4A 4XKPA 3KJTA 4JBZA 4LP2B 3EHUA 3JV9A 3MP1A 3TCFA 4G77A 3FVNA 3CVGA 3HPIA 4PQJA 2F78A 1H44A 2HZLA 4YKJA 3K6UA 4LZ5A 3C4MA 5DVJA 3MUQA 3G3GA 1O64A 5M2VA 2B3FA 3OO9A 1B7UA 2O1MA 4OVJA 3L6GA 5H8HB 1A99A 1IXGA 1FTOA 1A40A 2F7CA 2O84X 4F39A 4O3BA 1I6BA 1EU8A 5H8QB 4LZ8A 3T9XB 1R9LA 3VDFA 2X26A 1A8EA 2OLBA 4H5FA 1VSOA 4PFWA 2UVIA 3T9UA 3H4ZA 1LCFA 3W15C 3RGYA 4IGTA 5K2YA 4BDRA 1M5CA 4LUBA 4U4SA 4N6PA 1SVXB 4NTLA 2O1LA 1VFDA 2Y84A 4GD5A 1DPEA 2XX7A 2RINA 5H8NB 4DXUA 3G3KA 1XT8A 1N3XA 4RYAA 1B51A 4PE5B 2DE2A 4BDMA 4ELPA 1US4A 1LFHA 4KCDA 3PUZE 1LBBA 3B6QA 2F36A 5JEIA 2ONRA 2RF1A 3VLWA 4POXA 1SD3A 3F11A 3TEPA 4YU0A 1LAFE 2ZMBA 4KFQA 2YPNA 2H99A 2O7IA 4KD5A 3RTWB 5FHNA 3SDFA 4Q8RA 2I48A 3I3VA 3E9XA 3C34A 1QUJA 2GHBA 3K2DA 4F3PA 1JVXA 4XKQA 1B7ZA 4OFLA 3VVDA 1H3DA 1AIVA 3VXCA 5TPAB 4OMBA 4DCXA 4OEUA 1FTMA 4TOZA 1GR2A 2Y7KA 1EZ9A 2QMWA 3IB0A 4ZEBA 1NH7A 3ZKLA 3I6VA 3O9PA 2AL5A 5A5XA 2Y7IA 1URGA 4DXCA 5DT6A 4G68C 1XVYA 1UIUA 4C1TA 1A55A 4ZEFA 2QS2A 2V93A 3TQLA 4ZZEA 3FV1A 4BDOA 5CMMA 1MXVA 4R2FA 1ZJLA 2P0SA 3MZ1A 1MXWA 4WKMA 2O51A 1MY1A 2CZLA 3CSGA 3MZBA 3ECRA 1P1NA 4ISUA 1I6QA 4E0WA 3CIJA 4O3AA 3IO6A 2H98A 1ANFA 3EHSA 4IY6A 2F7AA 3BBRA 3L6HA 5H8SA 3T22A 4EQ7A 2XXHA 3FD3A 3GXAA 3FXUA 4NE4A 4NF8A 3JZJA 3T96B 1JEVA 1P1UA 4IB2A 1IXIA 3DRHA 1QUIA 5DTBA 3UK4A 5DVIA 1DOTA 3OSQA 4I9DA 1LB8A 2O69A 2UVGA 3U1OA 2R71A 3K02A 3UA8A 4F18A 3OEMA 3IOUA 1N76A 5I2NB 1PEBA 3T9HB 3G7WA 1ZBMA 4FAJA 3TZAA 4OERA 3DELB 3CG1A 4GL0A 2QRYA 5JTYB 1SBPA 4I1DA 4NF5B 2E1SA 5F1QA 4FE8A 4QFLA 4F31B 2I0CA 2XD3A 4ZS9A 3O2AA 5CM6A 2P2AA 2REJA 1EZOA 4F29A 1YAEA 4QSDA 2V3TA 1B3FA 2O6AA 3PMVA 4PP0A 4I8CA 1QVSA 4NF4B 4IO2A 3FV2A 1A8FA 4QHQA 4NF6B 4RNSA 4ZEKA 5I57B 3K01A 3M3FA 4DE8A 4QSCA 3FATA 3TCGA 4IO6A 3O6HA 3MW0A 3OMBA 3CFZA 4U1OA 1SYHA 3DRKA 4R6YA 4JB7A 3HN0A 4RK2A 3KN8A 5CI5A 1DSNA 1B3HA 1WVJA 1LSTA 1B0LA 2WKYA 2DWAA 3DRGA 1SQYA 2F6PA 2Q8JA 1FTJA 5JK4A 4EXKA 2UVHA 2WOPA 4LQ5A 1PDAA 3ZKKA 3RYBA 2XXTA 4DLDA 4ELQA 3UN6A 1UTBB 2HAUA 4JSOA 1D3KA 3FJMA 2F34A 4G8NA 2RCBA 3VE1B 1D9YA 4UACA 1SW5A 4GXAA 2GRVA 5ICQA 2Z23A 4PETA 2QS3A 2YJPA 2XXXA 3SEXA 3FGSA 3VLVA 3PAMA 2H4IA 1DTZA 1MY3A 4GF8A 2DWIA 4GXSB 3M8UA 4FORA 3V5AA 4LA9A 1ZMGA 5AA4B 3PMWA 5I59A 1MY2A 4YAHX 3RYAA 4XKRA 1MPBA 3HV1A 2I3VA 3TTLA 3H03A 3K1PA 5J1DA 1OMPA 1US5A 1QW0A 2A5SA 4I62A 4X1DA 1RYOA 2HFBA 4P11A 5L9OA 5FTHA 4YZZA 3IOVA 1TWYA 3A3UA 3H6UA 2XXIA 3RQTA 4DDDA 3IORA 3T66A 5CMBA 1B5JA 4WEDA 1MQIA 3FVOA 1R9QA 2WOLA 1MM6A 4HCWA 4GLIA 1USYE 4IO3A 4THIA 3R6UA 1XOCA 2ZYKA 4UA8A 2F8DA 5L8DA 3ILUB 4N13A 4KHZE 3CI8A 2AL4A 1LCTA 2PT1A 3V8XB 1QKAA 1FQBA 4YMAA 3MVXA 1ZIUA 1OLCA 3H6TA 4GVOA 3SEWA 4ELOA 3ONMA 1JW5A 4XXUA 4R72A 4H0WA 4TLLB 1H45A 1TXFA 2R9JA 1UTHB 1B05A 1FQEA 3G3HA 4GRKA 1OIBA 4BDLA 2THIA 4OFJA 2OBGA 1Y3QA 3VVFA 4H8IA 2RCAA 3MPKA 1B0HA 4F22A 4GFRA 2CMOA 3FUZA 1POY1 1VR5A 2UYFA 2X7QA 2IA4A 3FVKA 1AL3A 2XXRA 1MY0A 3PGFA 1EH3A 4DXBA 1LFIA 5I58B 4G68B 1Q1KA 1MG1A 4AB6A 1FQAA 1MH3A 5JTYA 1P99A 3U72A 3THIA 2VOZA 2UYEA 1FW0A 1RKMA 4R6HA 4F1UA 1TT1A 1S9TA 2QPQA 3O6IA 2I49A 5TU0A 1BIYA 4QFKA 3TTNA 3K6XA 4Z0IA 3H6WA 3S4UA 2DP8A 2F35A 4OETA 1R1NA 3KSJA 5KCJA 1MQDA 3KFMA 5TP9B 3TYHA 3CRBA 1I6AA 1LFGA 1Q35A 4GWOA 3EQ1A 1IQ7A 1Y3NA 4RXLA 4EQBA 1TFAA 1I69A 5HBCA 1N04A 5KDTA 5B7DA 1JEUA 1ZTYA 3TTKA 1NNKA 2DE3A 2Z22A 3TKDA 4LVQA 1GVCA 1FCKA 4R75A 2V25A 2PYYA 2UVJA 2XXYA 2QMXA 4LATA 3RLFE 5I2KA 1URDA 4F3SA 4ESWA 2PBWA 4RPNA 5B70A 1AOVA 4YB7A 4POWA 5IAIA 3S9MC 4YKPA 1LLSA 3MJNA 3RNNA 2IEEA 2DYXA 1LAGE 1A7LA 2Z8FA 3KOTA 4F2QA 5DYHA 3S9LC 3O66A 1FQCA 1MQJA 2XX8A 3HHFA 2Q2CA 4PFYA 3K1NA 3OEKA 1H43A 4G4PA 4NWCA 3OD7A 2A5TB 3KG2A 3DRIA 5AA4A 5HPQA 3KOSA 4U21A 3IR1A 4YB5A 5AA3A 1PB8A 1MY4A 1NL5A 1IITA 3BFTA 1B5HA 3OOAA 5BWJA 1DTGA 5BUUA 2ZYOA 1L5TA 3PPPA 1D4NA 3SEYA 3UP9A 3IB2A 4M4GA 3TTMA 3B7DA 4QFNA 3ODBA 4H1XA 1GTKA 3TQWA 1MPDA 4X48A 1B1XA 2I0BA 3N26A 2VP1A 1JVYA 1XS5A 3CFXA 1MQGA 2DXYA 1HSJA 1IXCA 5ITPA 3LUYA 1FQDA 5EYFA 1ZLQA 2NUVA 1NNTA 2OWSA 3A09A 1N7XA 3H06B 4HS7A 4AB5A 4XIGQ 2RC7A 4PFTA 3N6UA 3USDA 4KI0E 2V3UA 1M5BA 4IGRA 3OENA 3R26A 1B3GA 3TAJA 2RC8A 4Q5TA 2B4MA 3KN7A 4BDQA 1P1WA 3FJ7A 5H8HA 3K6WA 3FIRA 3OELA 4PFUA 4GOTA 3K00A 5I56B 5EHMA 4GQOA 3QAXA 1BTJA 5H8QA 3Q25A 3IJXB 4U23A 4R9FA 3S9EA 3W9WA 1VFEA 1MXYA 4F2OA 3MQ9A 3DP6A 4ZEIA 2RKMA 3WAEA 4F1VA 4M1VA 1B6HA 3BFUA 3V83A 1Y1MA 3DP8A 2OK2A 1DMBA 4YMBA 3IL1B 1VE4A 4GL8A 3HHGA 1B3LA 4QRZA 2QS1A 1P1QA 2Q9TA 4K3FA 5H8NA 3JYRA 1H76A 1JQFA 1LB9A 2XHDA 4IO7A 4TLMB 2F5XA 5F7VA 2ONSA 4R74A 1IZ1A 2DS9A 4JWYA 4GIZA 3S2VA 4P0GA 3V89B 4EQ9A 2DE4A 4MLQA 3FASA 4ND9A 3PUXE 2G29A 3D4GA 5AA2D 1TFDA 1LAXA 3C36A 2Y7WA 3Q29A 1MPCA 1NH8A 3TTRA 2G93A 4ECFA 3SEVA 2FNCA 1QJMA 1ELJA 1FTLA 1AMFA 2DQVA 4OEVA 2RC9A 1B46A 1B58A 3IX1A 4X9TA 3C32A 1II5A 2NOOA 5L9SA 4DZ1A 4IY5A 2PX1A 2R6GE 2ESNA 1OQGA 3IOTA 5AE4A 5KZTA 4WXJA 5TPAA 5A5XB 4FEDA 3UORA 2O7UA 2F97A 3HSTA 5DEXB 3TPAA 3O28A 1Y4TA 1Y20A 4H5GA 1B3EA 1N7WA 1MDQA 4LZ7A 2QJEA 4JXIA 4OYVA 2NVUB 4QF9A 3M3KA 2PVUA 5CMCA 3VFJA 1Z7ME 3BKIB 2ZNUA 2F6GA 2B65A 1Y1ZA 1IEJA 2PT2A 4U2RA 1BP5A 3M3LA 1WODA 2A5TA 3MP6A 2B3BA 2ABHA 4P0IA 5HM4B 3RPWA 1S7YA 1MXUA 2E0SA 3VLUA 1XC1A 2XX9A 2HEUA 3OSRA 1UQWA 1B5IA 2DXRA 4C0RA 2OZZA 4EDPA 3MWBA 4KPTA 3N6TA 3Q26A 4NF8B 3VXBA 3MVYA 1YCJA 1O63A 1N3WA 3PD9A 3PMXA 4YKIA 3EF7A 4YB6A 4DCYA 2P1SA 3MVWA 3MVZA 2XXQA 1PBPA 1YTVA 1MXXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CR9A 3K6VA 4EF2A 3KGCA 3K0VA 3ILTB 3E79A 2YLNA 1OVBA 1YZ0A 3G3FA 4FECA 3LSWA 4OWDA 1NKXA 1PBQA 3KZGA 4F3GA 1B32A 4EF1A 5H8FB 2PFYA 4FIMA 5I3SA 3E3KA 3E4RA 4JWOA 1PB7A 3EPEA 4R2BA 3B6WA 5I2NA 4FJPA 3IK6B 3FBPA 3U92A 1RDYA 3QUJA 3SESA 2I6EA 1FBCA 1M5DA 1NNPA 1XVXA 4U22A 3FTOA 1BKAA 3ZS6A 2V84A 3PPRA 1EZPA 4GX3A 1CNQA 4YKKA 3U65A 1IXHA 2GHAA 2H25A 4NF5A 4KYDA 3C35A 1SW4A 3QSLA 4P8BA 3SEUA 3S9NC 3FXRA 3PD8A 3T9VA 4GX6A 3KEIA 3T93B 4QSEA 3VV5A 1LBCA 4IO5A 2ZYNA 5I84A 5I56A 3RUMA 5K2XA 1R6ZA 4RA1A 4HW8A 2CEXA 1B4HA 4OFOA 2FYIA 4R6KA 5ELVA 1FQFA 3RT8A 2XA5A 3FZVA 4NF4A 4OA4A 2D5WA 4OZ9A 3C9HA 3B6TA 3PU5A 3Q27A 4H8JA 2L5VA 3TFLA 4ONYA 2Q89A 4NF6A 5I57A 2Y7RA 4H6DA 3D4CA 4FBPA 5IGAA 3SERA 3Q28A 3GZGA 3FVGA 1QULA 2GH9A 1AH5A 4RY1A 4DIGA 3RT6B 4NWDA 4OVTA 4I3YA 2F7BA 2OCUA 3TMGA 5LDZA 4IO4A 3LC8A 2W7YA 1OVTA 4YICA 3IJOB 4NGUA 1QKBA 1NFTA 2F3DA 2M8CA 1JP4A 2HAVA 3DRFA 1NV1A 1S50A 3GLBA 1F9BA 3RTFB 2QL3A 3TDJA 2REGA 1IUDA 3A29A 5CC2A 4ZEDA 5IKBA 4KYEA 5DVFA 3TELA 3MAMA 4G2ZA 3HCQA 2X7PA 1CB6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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