4PFWA

Crystal structure of mannohexaose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1226) from thermotoga maritima at 2.2 a resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
540
structure length
540
Chain Sequence
VLERNETMYYGGSLWSPPSNWNPFTPWNAVPGTTGLVYETMFFYDPLTGNFDPWLAEKGEWLDSKTYRVVLREGIYWHDNVPLTSEDVRFTFEIAKKYKGIHYSSVWEWLDHIETPDNRTVIFVFKDPRYHEWNELLYTLPIVPKHIWEEKDETTILQSSNEYPLGSGPYVAHSWDQNKMIFERFENWWGTKVMGVKPAPKYVVIVRVLSNNVALGMLMKGELDFSNFMLPGVPILKKVYNLNTWYDEPPYHLSSTVVGLFLNARKYPLSLPEFRRAIAMSINADPIVQRVYEGAVLKADPLGFLPNSVWMKYYPKEVVEKHGFKYDPEEAKSILDKLGFRDVNGDGFRETPDGKPIKLTIECPYGWTDWMQAIQVIVDQLKVVGINAEPYFPDSSKYYENMYKGEFDIEMNANGTGISSTPWTYFNTIFYPDALESEFSYTGNYGRYQNPEVESLLEELNRTPLDNVEKVTELCGKLGEILLKDLPFIPLWYGAMAFITQDNVWTNWPNEHNPYAWPCGWANWWQTGALKILFNLKPAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Thermotoga maritima
total genus 175
structure length 540
sequence length 540
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pfwA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pfwA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pfwA02
3DRIA 4JWXA 3E9XA 2AL4A 3K00A 4O3CA 4RXLA 1SVXB 4EUOA 2PT1A 4PFYA 4LATA 4NWDA 1P99A 2DXRA 4NTLA 5CBSA 2G93A 2M8CA 3SERA 4EF1A 5JTYA 1PB7A 1S9TA 5H8QA 4ZE8A 1XVYA 2H99A 4Q0CA 5TPAB 1FQCA 4JDFA 1A54A 4JB7A 2DSFA 3KZGA 2FA7A 3MUQA 1OLAA 2F36A 3MVZA 4Q8RA 4QFNA 3KFMA 3MWBA 1PBPA 4C0RA 1MPBA 3V8XB 3FD3A 1XOCA 3C34A 3SEYA 2UYEA 4F3BA 4ZS9A 3HHFA 2PVUA 1QULA 4LZ5A 4HCYA 3VLUA 3M8UA 3KN3A 4R6HA 2LAOA 3M3KA 3CRBA 3S9LC 1QUJA 2XXXA 3KOSA 2WOKA 4ZEBA 4BDQA 1D9YA 2OLBA 5CRYA 1ATGA 2DVZA 3B6TA 3IO6A 4YKIA 2ZXTA 1P1OA 2F7BA 1GGGA 1Y1MA 1KWHA 1JW5A 3TKDA 1ELJA 3IAZA 5K2YA 4F39A 1MQJA 3VVFA 2XD3A 3T9VA 3VXCA 3R26A 3BKIB 5TP9B 1LAXA 2Q89A 5CMKA 3PPQA 3WAFA 3MAMA 3R6UA 4ECFA 3AXFA 1B3GA 3HPIA 2XX7A 4EXLA 4R9FA 1MY3A 3DP6A 4GXAA 1J1NA 3IJXB 2O69A 4IY6A 3DELB 1IUDA 3C9HA 3GBAA 1M5FA 1MQDA 4ELRA 3TTNA 4XIGQ 1NMUA 4YKPA 3CVGA 1PBQA 5I59B 4F1UA 4IO6A 3RTWB 4YB5A 5AA2A 4LP2B 4NEDA 1UIUA 4HS7A 5ICQA 3KN7A 2O7UA 1UTBB 5M2VA 3QIMA 1NKXA 3EN3A 1JW1A 3K02A 4RY1A 4KI0E 4ZEFA 2R71A 3FTOA 4C1TA 5AE4A 1ZJLA 4ZECA 1D3KA 1B5IA 4BDOA 4FE8A 5ISUA 4ZEKA 2O6AA 3Q26A 2DXYA 3KOTA 3PU5A 2ZYNA 5I84A 3O6GA 1QVSA 2VD2A 4ELOA 1N7XA 2KLFA 4AB5A 1MG1A 1S7YA 3H6VA 3MVWA 2F34A 1JQFA 3FUZA 5IKBA 5H8HB 2Z8EA 3CFLA 4TLMB 5TP9A 3RY3A 1LSTA 2DP8A 3BFUA 3VE1B 2DQVA 3O6IA 2I0BA 3TEPA 2F97A 3HN0A 5CM6A 1P1NA 2OWTA 2GHAA 2ZYMA 1MQIA 2OWSA 4OWDA 3KGCA 3FXRA 2ZMBA 3GZGA 4QF9A 2ANJA 3ZS6A 2X7QA 1B51A 2OZZA 1SD3A 3RNNA 3T9UA 5I59A 3LSXA 4OZ9A 1MXZA 1XC1A 3SEXA 3KBRA 3OEKA 5EYFA 3O28A 4EQ9A 1I6BA 2GH9A 1B2HA 1UTBA 3K6WA 3RTFB 1RYXA 1YTVA 4F1YA 1USYE 1MS7A 2YJPA 3V83A 4G4PA 3I5OA 3ECRA 4YMAA 2CMOA 4FEDA 4ZZAA 3OO6A 1LGBC 3H6TA 1JW4A 1B4HA 3C35A 1CE2A 4YB7A 4X1DA 2DE2A 3PPOA 2HZKA 2REJA 2VHAA 1YCJA 3PUXE 2GRVA 1SQYA 3G7WA 2NWJA 3HHGA 2AYSA 4NE4A 4LZ8A 4MLQA 4AB6A 3TZAA 5L9SA 5AA3A 4ISUA 3IO4A 4LA9A 1YAEA 1B3HA 3C33A 4Q30B 4F29A 1TT1A 3MJNA 1FW0A 1NNKA 2AL5A 1AIVA 1Y4TA 2B4MA 4GF8A 4NF5A 1JEVA 3N6TA 3RLFE 1UTHB 1N84A 4N6PA 3IR1A 2UVIA 4R75A 3S4UA 4XTCQ 1BP5A 3TDJA 3ZSFA 2W7YA 5I2NA 4H5FA 3IB1A 5FHOA 2I3VA 3BFTA 3UA8A 4QHQA 1A40A 4QFOA 3TUSA 4OEVA 1N3XA 1NNFA 1PB9A 2Q9TA 3VLVA 2Q2CA 5DEXB 2XX9A 3V89B 1Z7ME 3OD7A 4YMBA 3IB0A 1FTKA 3SESA 2THIA 1PB8A 3A09A 1URDA 5H8QB 2O68A 3TAJA 2VOZA 3QSLA 2QS1A 4QFPA 4OENA 1IXIA 3IL1B 3CSGA 3M3LA 3B6WA 2I4BA 3PD9A 2Z23A 3EHUA 2OJTA 4F31B 3H03A 3G3HA 1B40A 4YAHX 4DXBA 3B7DA 2V93A 2Y7IA 2O84X 1P1WA 1B3EA 4KYEA 1H45A 3RN8A 5CMMA 3K6VA 4G8NA 1B7HA 4F2OA 5A5XB 2XXYA 1OVTA 4XKPA 4LQ5A 4ZEIA 1HSEA 4MBPA 1P1UA 1MM6A 4N13A 2X7PA 4BDMA 1B05A 3FXQA 4I62A 3K2DA 3S2VA 4NF6B 1OQGA 1LAFE 1UTHA 3RUMA 4LQ2A 2UYFA 1Y3PA 3FVKA 3U93A 1I6AA 3TCGA 3MC2A 3VXBA 3VDFA 3VVEA 2Y7KA 1JVYA 5ELVA 4FORA 2ONSA 3RPWA 1IXGA 3THIA 1HSJA 3O97A 2ZYOA 4DIGA 1B5JA 3MP1A 3ONMA 5BUUA 2A5TA 1LCFA 1EU8A 5DEXA 1ZKBA 4P0IA 2R9JA 3LUYA 4OVJA 3W15C 4QFLA 1CB6A 3ODBA 1XHYA 5AA2B 3IOTA 4FIMA 2D5WA 4RK2A 4YKKA 1BIYA 3I3VA 1AMFA 2PT2A 4X48A 3WAEA 2XXIA 2QS3A 3MZ1A 2QS2A 3N94A 3IOWA 2F6GA 1TXFA 5FTIA 1Y1ZA 3K1PA 2IA4A 2H98A 2QJEA 4RPNA 3VLWA 3KG2A 3PPRA 1PC3A 1PEBA 5B7DA 3PUVE 3DRKA 4Q5TA 2F7CA 5A5XA 4U2RA 3OSRA 2ABHA 1B52A 4Z7EA 1US5A 1MY1A 3GXAA 4R74A 4KPTA 4GLIA 2HXWA 1SDXA 1AL3A 4NF6A 3MZ9A 3R7XA 1IQ7A 3TCHA 3C32A 3EHTA 1B32A 2NOOA 1WDNA 1ZBMA 2XHDA 1NNPA 1LFHA 2DOJA 4LUBA 1VFEA 3SETA 3T9XB 2P2AA 1NH8A 4YZZA 4UA8A 4HW8A 4U4XA 3U94A 1DTZA 3F11A 3E13X 2V3TA 1ZU0A 2RC7A 3KN8A 4NMYA 3CFXA 4RK9A 1MH3A 2VD3A 3D4CA 3G3KA 3MPLA 1B1XA 3IOVA 3TQLA 4P11A 5L9MA 1Z7NE 3S9EA 3O2AA 1LAGE 1MY4A 1S50A 3DP8A 2RF1A 4PE5B 2E0SA 1DTGA 4GD5A 3H6WA 2ALUA 2XXVA 3PMXA 3O6HA 3LSFB 1LB9A 3D4GA 2F78A 3C4MA 4KYSA 1UIVA 1LB8A 1FQBA 4JWYA 5CMBA 1AOVA 5KDTB 3SDFA 4OFOA 3FVNA 3JV9A 4RA1A 4OETA 4HTGA 5DT6A 1LLSA 2XXUA 3ILTB 4NF4A 4OFJA 3QK6A 3PUZE 1GTKA 4WEPA 2PYYA 3CI8A 1R1NA 1A8EA 1LFIA 1XT8A 3EHSA 2Q2AA 4K3FA 4R2FA 1Q35A 3FZVA 3VFJA 4DZ1A 2F5XA 3PMVA 3MVXA 1P1QA 2I4CA 4NWCA 2FYIA 4WXJA 3EF7A 4XKNA 4NF5B 2NVUB 1Y9UA 4H1XA 3RQTA 3PMWA 1ANFA 3G3IA 4DXCA 4POWA 2XXHA 3K0VA 1I69A 2E1SA 2UVJA 3CR9A 5I2NB 2I0CA 4H0WA 1EZOA 1M5DA 5I57A 1GVCA 1N7WA 1VE4A 4GVOA 4ESWA 3SEWA 3K1MA 1MM7A 4FEBA 3O9PA 5I56B 4H65A 1IXCA 2XXWA 3DP4A 4ZZEA 1B4ZA 1WVJA 2VP1A 3S9NC 3TTMA 3TFLA 3OSQA 3T96B 3DRJA 2QS4A 4RJZA 4R2BA 5KDTA 1DPEA 3FJGA 5DVJA 4GRKA 1JETA 3SEUA 2R6GE 2ESNA 1A55A 4F2QA 3TTKA 4ND9A 2ONRA 3O66A 4GQOA 1D9VA 1B7UA 3TPAA 3FASA 4ZEDA 3PUYE 5ITPA 5B70A 3TQWA 5DTBA 3FV2A 3IK6B 1POY1 4F3GA 2ZNTA 2D3IA 2B65A 4R73A 4WKMA 1Q1KA 4ONYA 1SW1A 3T66A 4OYVA 4ELQA 4OESA 1FTLA 2UVGA 1H43A 4TLLB 4GL8A 4I9DA 3LBSA 2I48A 4MFIA 3N26A 4GL0A 3OELA 3U1OA 1H3DA 1MXXA 2HAUA 1LBBA 5HM4B 4GFRA 4R72A 5HBCA 4H67A 4TQUQ 2I3WA 3DLNA 4BDRA 4KR5A 3DM0A 3N6UA 3O29A 2CZLA 1DSNA 3FV1A 3B6QA 3BBRA 3DRFA 1JEUA 2Z8FA 4O3BA 4I8CA 5I56A 2OCUA 4FAJA 1B58A 2A5TB 4F22A 2QMXA 5CI5A 1DPPA 1MQHA 3KSJA 4QFKA 3QAXA 3IJOB 4IB2A 4DXUA 3USDA 4FJPA 4U1ZA 2QRYA 3JYRA 1M5CA 3MBPA 4IO4A 3A3CA 2HZLA 4GXSB 3U8QA 1MDQA 3A3UA 3JZJA 4EDPA 3SKPA 5CBRA 3QUJA 1R9QA 3L6HA 2ZNSA 3OEMA 4JBZA 1VSOA 1QJMA 4EQBA 2F8DA 2HFBA 1GR2A 2Q88A 3PD8A 2GFEA 1NNTA 3KSXA 2RC9A 4G68A 1A99A 3OOAA 2V84A 1B6HA 1IITA 1XVXA 1SW2A 4F3SA 4OQOA 3EPEA 2H4IA 5DYHA 1URGA 4M1VA 3IX1A 5I58B 3UIFA 1JVXA 4X9TA 2WOPA 4QSCA 1O7TA 1LAHE 4OMBA 5LOMA 1N0TA 2RKMA 3PPPA 3TODA 1D4NA 3HV1A 1M5EA 1JNFA 3LSWA 2BJJX 4PP0A 2NXOA 1SW5A 4F1VA 2DWIA 4GWOA 5DVIA 4M4GA 4U21A 4OEUA 3FXUA 3LR1A 2REGA 1MPCA 2XXTA 1MXVA 1POTA 5H8SA 3S9MC 4E0WA 4I1DA 1RYOA 1QUIA 5FHMA 4LVQA 4G2ZA 3P7IA 2P1SA 4Z0IA 1FQDA 1R9LA 2H9BA 5K2XA 1B9JA 2B4LA 1RKMA 1WODA 4BDLA 4FATA 1B46A 3IOUA 2DWAA 4U23A 3UGWA 1B5HA 4DLDA 3M3FA 5F7VA 3IORA 3PGFA 4G8MA 4KQPA 1FTJA 3Q27A 3T9HB 3T93B 1OLCA 3FVOA 4QSEA 1IIWA 1NL5A 2RINA 4U4SA 1MQGA 2DE4A 3TTLA 1EZ9A 4NF4B 1Y3NA 1FQFA 5KCJB 1TFAA 2V3UA 3PAMA 1ZTYA 4ZDMA 2O7IA 1FTOA 2GHBA 3OXNA 1L5TA 1Y4CA 1ZMGA 2O1MA 5J1DA 3Q28A 2DVCA 3MVYA 2O1LA 5H8FB 1YPNA 2X26A 2QPQA 1LFGA 3H4ZA 5I58A 4YKJA 3HCQA 2RC8A 2G29A 3Q25A 3H06B 3K6XA 5AA4B 5EHSA 4DCYA 4YU0A 4ELPA 1XS5A 3IB2A 4YB6A 4O3AA 4WEDA 2OK2A 1SW4A 1FQEA 4KCDA 2QSXA 1SBPA 1B3FA 5FTHA 4JXIA 1HSLA 4ZE9A 5I2KB 1QKBA 5L8DA 1PDAA 4N07A 4AQ4A 3E4RA 3FJ7A 5I57B 1UQWA 4DCXA 4MF3A 5ITOA 3CFZA 2DYXA 1A7LA 3V5AA 3MP8A 3N5LA 1TWYA 4HCWA 2YPNA 4L17A 2Z22A 4E0XA 5TPAA 5KZTA 1B0LA 4U1OA 2P0SA 4RNSA 1MXYA 4NF8B 4R6KA 2DWJA 1T0KA 5DVFA 1USYH 1OMPA 4G77A 4BLAA 1MH4A 1II5A 4P0GA 5F1QA 3FVGA 3UP9A 5KCJA 3UK4A 4KHZE 1SI0A 4R6YA 2Q8JA 1O63A 3I6VA 5H8FA 2IEEA 5JK4A 3H7MA 4QSDA 5TU0A 4EQ7A 1OIBA 4H6DA 4QRZA 2QL3A 2V3QA 5H8NB 2XD2A 2XXRA 3RYBA 1A8FA 5AA4A 3MZBA 3FATA 2B3BA 4RYAA 4RPOA 1QW0A 4IO2A 3OO7A 4DDDA 3UN6A 2XXQA 2ZYKA 5I2KA 1MXUA 2UXAA 3U72A 5L9OA 1SYIA 1H76A 4R9GA 2HEUA 3MPKA 3CHGA 5HPQA 5CMCA 4POXA 4KCCA 2UVHA 3U92A 3OENA 4EXKA 4PFWA 4OTEA 1EH3A 4H8JA 4PQJA 1ZLQA 4UACA 1FTMA 1MPDA 2Y84A 2B3FA 4C1UA 1URSA 4LZ7A 4IGTA 3G3GA 2DS9A 1QUKA 3G3FA 3E3KA 1IXHA 4OXVA 4NF8A 2I58A 3K1NA 4JSDA 2VGQA 4JWOA 3FGSA 1ZIUA 1FCKA 3K4UA 1GV8A 3TYHA 3PUWE 2Z8DA 3EQ1A 3VV5A 3LC8A 3ZKLA 2XX8A 3O6PA 1MDP1 1MY2A 4YICA 4KYDA 2AIXA 3T22A 1N04A 4PFTA 1B0HA 4U22A 3W9WA 4G68B 4PETA 1N3WA 4FECA 1MRPA 1R6ZA 5H8NA 2ONKE 1LCTA 4LONB 3W9VA 1OVBA 1BLFA 1NFTA 3VVDA 4GIZA 1I6QA 1FQAA 4OFLA 3RT6B 5H8HA 2DE3A 4KFQA 2HCAA 1TFDA 3LSLA 1BTJA 4OHNA 2A5SA 2D21A 2F6PA 3UORA 3PV0E 3ILUB 3K6UA 4F3PA 5BWJA 4F19A 3FIRA 2O51A 2XXPA 1DOTA 3PPNA 2NUVA 4BDNA 2HAVA 3CG3A 2H25A 2PX1A 3C36A 4IGRA 2WOLA 4IO7A 4DE8A 2F7AA 4ESXA 5CC2A 3HO7A 3QXMA 3MW0A 3C31A 1IZ1A 3G3JA 2OBGA 4H5GA 5EHMA 2F35A 3KEIA 1SI1A 1B3LA 2Y7RA 3CIJA 2Y7PA 5JEIA 1IEJA 4IO5A 1SYHA 4THIA 4IY5A 1MXWA 4MH5A 3GLBA 1Y20A 3QUFA 4XKRA 3TTRA 3MQ9A 4TOZA 5JTYB 1DMBA 2WKYA 3H3GA 2RCBA 5FHNA 3LVUA 3L6GA 1EZPA 4H8IA 4GOTA 2QMWA 3MP6A 4F18A 2RCAA 3H6UA 1AH5A 3OMBA 3CSBA 5AA2D 1H44A 3CG1A 3RGYA 4OERA 3QYTA 1BKAA 2H5YA 3ZKKA 4PFUA 3RYAA 4G68C 4KD5A 5ICTA 1B1HA 2PMSA 4JSOA 2Y7WA 4XXUA 1MY0A 2YLNA 2DWHA 4G8HA 2FNCA 2ZNUA 1QKAA 3TCFA 3KJ7A 4MLVA 3HSTA 1OQHA 5IAIA 2V25A 1NH7A 3RT8A 1VFDA 2HQ0A 3DRGA 3OO8A 1B7ZA 3KJTA 3FJMA 5AA1A 1F9BA 1N76A 4XKQA 3OO9A 3Q29A 3K01A 3SEVA 1O64A 1LBCA 4X1BA 3TMGA 1M5BA 2PBWA 3GBBA 4IO3A 1Y3QA 1US4A 1VR5A 2I6EA 4EF2A 3DRHA 2I49A 3TELA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DRIA 4JWXA 3D1RA 3E9XA 4N17A 2AL4A 3K00A 4I3YA 4O3CA 4RXLA 1SVXB 3LUZA 4EUOA 2PT1A 4PFYA 4LATA 4NWDA 2ZZXA 1P99A 5EQ9A 2DXRA 4NTLA 5CBSA 2G93A 2M8CA 3SERA 4EF1A 5JTYA 1K9ZA 1PB7A 1S9TA 5H8QA 4ZE8A 2OWZA 1XVYA 2H99A 4Q0CA 4MNCA 5TPAB 1FQCA 4JDFA 1A54A 4JB7A 2DSFA 3KZGA 4PF6A 2FA7A 3MUQA 2GQ1A 4N8YA 1OLAA 2F36A 3MVZA 4Q8RA 4QFNA 3KFMA 2P3NA 3MWBA 1PBPA 4C0RA 1MPBA 3V8XB 3FD3A 1XOCA 3C34A 3SEYA 2PFZA 2UYEA 4F3BA 4ZS9A 3HHFA 2PVUA 1QULA 4LZ5A 4HCYA 3VLUA 3M8UA 4OA4A 3KN3A 4R6HA 2LAOA 3M3KA 3CRBA 3S9LC 1QUJA 2XXXA 3KOSA 2WOKA 4ZEBA 4BDQA 1D9YA 2OLBA 5CRYA 1ATGA 3MYUA 2DVZA 3B6TA 3IO6A 4YKIA 2ZXTA 1NUWA 4GBWA 1P1OA 2F7BA 1GGGA 1Y1MA 4XF5A 3KC1A 1KWHA 1JW5A 3TKDA 1ELJA 1FJ6A 3IAZA 5K2YA 4F39A 1MQJA 3VVFA 4DI4B 4GX3A 2XD3A 4N8GA 3T9VA 3VXCA 3R26A 3BKIB 5TP9B 1LAXA 2Q89A 5CMKA 3PPQA 2F3DA 3WAFA 3MAMA 3R6UA 4ECFA 3AXFA 1B3GA 3HPIA 4PBHA 2XX7A 1FBHA 4EXLA 4R9FA 1MY3A 3DP6A 4GXAA 1J1NA 3IJXB 2O69A 4GX6A 4IY6A 3DELB 1IUDA 4HE1A 2XWKA 2JJKA 3C9HA 3GBAA 1FPJA 1M5FA 1MQDA 4ELRA 3TTNA 4XIGQ 1NMUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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