4PFWA

Crystal structure of mannohexaose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1226) from thermotoga maritima at 2.2 a resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
540
structure length
540
Chain Sequence
VLERNETMYYGGSLWSPPSNWNPFTPWNAVPGTTGLVYETMFFYDPLTGNFDPWLAEKGEWLDSKTYRVVLREGIYWHDNVPLTSEDVRFTFEIAKKYKGIHYSSVWEWLDHIETPDNRTVIFVFKDPRYHEWNELLYTLPIVPKHIWEEKDETTILQSSNEYPLGSGPYVAHSWDQNKMIFERFENWWGTKVMGVKPAPKYVVIVRVLSNNVALGMLMKGELDFSNFMLPGVPILKKVYNLNTWYDEPPYHLSSTVVGLFLNARKYPLSLPEFRRAIAMSINADPIVQRVYEGAVLKADPLGFLPNSVWMKYYPKEVVEKHGFKYDPEEAKSILDKLGFRDVNGDGFRETPDGKPIKLTIECPYGWTDWMQAIQVIVDQLKVVGINAEPYFPDSSKYYENMYKGEFDIEMNANGTGISSTPWTYFNTIFYPDALESEFSYTGNYGRYQNPEVESLLEELNRTPLDNVEKVTELCGKLGEILLKDLPFIPLWYGAMAFITQDNVWTNWPNEHNPYAWPCGWANWWQTGALKILFNLKPAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
total genus 175
structure length 540
sequence length 540
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pfwA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pfwA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pfwA02
1D9VA 3CHGA 3TTLA 1AL3A 3ZKKA 3GXAA 3KJ7A 3K6VA 1DMBA 3HO7A 1UTHA 1LB9A 4ISUA 5FTIA 2OJTA 1N3WA 3LC8A 4GIZA 4EXKA 4DDDA 1UIUA 2I48A 1N76A 3ZKLA 4JB7A 4OQOA 2V3TA 4N6PA 3TTRA 1EZPA 1JW1A 3FXUA 4R9FA 4ZZEA 1B51A 4JWXA 1KWHA 4OVJA 1LB8A 2B65A 4KQPA 1NNKA 1PDAA 2YLNA 4X1BA 3S2VA 1B46A 3KJTA 3P7IA 1IQ7A 4JBZA 1A8FA 4KR5A 1FTJA 2UVHA 2DWHA 4LUBA 2X7QA 1AIVA 2R6GE 1MXUA 5JTYA 1YTVA 1PB8A 3TUSA 3UP9A 5CMKA 3TCGA 1NKXA 1Z7NE 2DWIA 4PP0A 1IZ1A 2NXOA 1SVXB 4QHQA 5JTYB 5L9SA 3FATA 3CG3A 2RKMA 1J1NA 1P1OA 3HHGA 4ELQA 1MDQA 3T9XB 1URDA 3H7MA 4R6KA 4F29A 5I2NB 1L5TA 4I1DA 3VXBA 3MC2A 4YKIA 3TQWA 4OMBA 3M3FA 2UVIA 2ZNSA 4Q30B 1O64A 4O3AA 2RCAA 4QSDA 5DVIA 4PQJA 3A09A 3WAEA 3ECRA 3QUFA 4KFQA 3I6VA 4LZ8A 5L8DA 2O1LA 4MF3A 5FHMA 4RY1A 5HBCA 2KLFA 1B3EA 2XXXA 1USYH 3KZGA 2THIA 3QXMA 1QKBA 2B4MA 2P2AA 3R7XA 2O68A 1IITA 5I84A 2NUVA 4H0WA 3N6UA 3O9PA 1SW4A 4DXBA 4G68A 2DVCA 1UTBA 4ZE9A 3N94A 2F8DA 2QS1A 1MXVA 3F11A 3TYHA 1AH5A 3JV9A 3BFUA 4YZZA 5H8QB 3OSRA 1LBBA 3ZS6A 4Q5TA 4TLMB 2F7CA 1M5DA 5A5XB 1QUKA 2Y7PA 1LAFE 4X1DA 3VE1B 3MZBA 3FVNA 3LSLA 1QVSA 4ELPA 2Q8JA 3PPNA 1MRPA 4MLQA 5AA3A 5I58B 1B2HA 1B5JA 1JVYA 2OK2A 3KBRA 3O28A 2DSFA 4U1OA 2OZZA 4WEDA 2HEUA 3IX1A 4Z7EA 1FQDA 3S9LC 1B05A 2E0SA 4F18A 3G3IA 4UA8A 4XTCQ 4QFOA 4OERA 4PFYA 2Z23A 2I3VA 3BKIB 3EN3A 4NWCA 5H8FB 3U94A 4F1VA 1D4NA 4POWA 2R9JA 4WEPA 3K01A 4F2OA 1FTKA 3V83A 1B4HA 2XXTA 2YPNA 2O84X 2RF1A 4F39A 3IR1A 5H8FA 5LOMA 3KN3A 3IAZA 4POXA 4G8MA 4JSDA 1YPNA 2A5TB 3C4MA 5EYFA 3FV1A 5TP9A 1NL5A 1MY4A 1NH7A 3O97A 4E0WA 2CZLA 3PPPA 4YB5A 3FV2A 2ABHA 1AMFA 1B5IA 1O63A 2WKYA 1GGGA 3PPQA 4U4XA 5TP9B 2VGQA 3L6GA 4F3BA 3DRHA 1JVXA 3QSLA 4NF4B 1H76A 1TFAA 4YU0A 2O7IA 3EHUA 4P11A 3PPRA 4FEBA 1B3LA 3TELA 4F3GA 1LAXA 1UQWA 1QUIA 3DLNA 3H3GA 4N13A 5DT6A 1QW0A 2ZYKA 1LAHE 3H03A 4TLLB 2P0SA 3T9HB 1FQFA 4R72A 1QULA 2F97A 3CSGA 4H8JA 4QRZA 5J1DA 1CE2A 4EQ9A 4R75A 3HPIA 2ZXTA 4OTEA 3H4ZA 4JXIA 3SETA 1ATGA 1DTGA 2XX9A 2AL5A 3EF7A 4LATA 4Z0IA 5K2YA 2I58A 5CM6A 5IKBA 4U23A 1ZLQA 2VHAA 2XX7A 4ZEDA 5F1QA 2H25A 1SI1A 4FORA 2DXRA 3OD7A 1SI0A 1PBQA 1PEBA 4IY6A 1SYHA 4DIGA 1LFGA 2B3FA 3CG1A 2UYFA 1IXHA 4FECA 4IO7A 5H8QA 3GLBA 5JEIA 4R9GA 4FE8A 1XOCA 3U93A 1CB6A 3LSFB 3G3JA 4L17A 4LONB 2CMOA 5CI5A 3MP8A 2IA4A 4G77A 3TFLA 5CBSA 2I49A 1IXGA 1SW5A 5TU0A 3MVYA 5CMCA 5KCJB 2H9BA 4R6YA 3MVXA 2QMXA 3OEKA 3T96B 2ONKE 2XXWA 2F6GA 3PV0E 3QAXA 1MQIA 3UORA 3Q27A 5CBRA 5I59B 2R71A 1JW5A 4NF5B 4GLIA 2HXWA 4P0IA 3E4RA 5AA2A 5CMBA 1MXWA 3K02A 3MJNA 1MY2A 3OEMA 3PPOA 3VVDA 3C31A 5BUUA 3N26A 5I2NA 4NF5A 4BDMA 1SQYA 3PAMA 1OQHA 1R9LA 3PMWA 3BBRA 4GVOA 1OIBA 1Q35A 1JQFA 3C33A 4NEDA 1I6QA 3IJXB 3OO9A 4KD5A 2A5TA 4RPOA 1JEUA 3VFJA 3VXCA 3OXNA 2HCAA 4R74A 3CFZA 3RT8A 3VLUA 1JEVA 3G7WA 4RJZA 4IO5A 2GFEA 2QMWA 2Z8EA 4F31B 3Q28A 1IIWA 1M5EA 2XXUA 3DELB 2P1SA 3T66A 3C36A 4G68B 1UTBB 4R73A 2Q2CA 4HCWA 1NNPA 5L9OA 1VR5A 4YKKA 3S9NC 2OCUA 4JSOA 1DTZA 4OFLA 1H43A 3JYRA 3OO6A 4BDLA 2I4CA 4ZEBA 5L9MA 3R6UA 3RN8A 4MFIA 4U21A 3AXFA 1DPEA 5DTBA 3B7DA 5ITPA 4IO2A 4OEUA 4BDRA 3VLVA 1VFEA 3IOVA 1H3DA 1Z7ME 2OBGA 1B40A 1XT8A 1TWYA 2I0BA 1MY3A 1FQCA 3CVGA 5H8NB 1LBCA 3FXQA 3IJOB 3RYBA 1SDXA 3ILTB 4ZDMA 2FA7A 4U4SA 5FTHA 3VV5A 3TZAA 3RYAA 2UVJA 4X48A 4IO3A 1NMUA 3PD8A 2QL3A 1DOTA 1GVCA 4U1ZA 2ZNUA 1PB7A 3MUQA 1B3FA 2NOOA 2V3QA 3MBPA 4LA9A 5H8HB 3SEVA 1B6HA 4DXUA 2HQ0A 5I59A 4PFUA 3EPEA 4EQBA 2GRVA 2QJEA 2H4IA 3UN6A 2XXQA 4YKJA 3UIFA 1A7LA 1MH4A 1S50A 1SD3A 3K00A 2UYEA 3CIJA 2WOLA 1MM6A 3FVKA 1P1QA 1A8EA 3CFXA 1B0HA 3K6XA 3LUYA 3FD3A 4G2ZA 4WXJA 4X9TA 4DZ1A 1VFDA 4M4GA 4HCYA 1N0TA 2W7YA 2ZYNA 3FGSA 3E13X 3DRGA 1N3XA 3H6WA 4FIMA 4I62A 2I0CA 5AA4B 1T0KA 2WOKA 3TTMA 2F36A 5KDTA 3MP1A 5AA4A 1Y9UA 3IO6A 2I6EA 1PC3A 2LAOA 3C9HA 3O6HA 4AQ4A 5I57B 1B1XA 1UIVA 1A99A 1PBPA 2OWTA 5AE4A 3M3LA 1Y3QA 3MQ9A 1POY1 3FZVA 5CRYA 4ELOA 4RYAA 2REJA 3V5AA 1BTJA 2ONRA 4F19A 4QSEA 3TKDA 3TTNA 3QIMA 3G3KA 2F6PA 1H44A 3DP4A 3RPWA 2G29A 4YMAA 2HAVA 4ZS9A 3M3KA 2Y7KA 2O7UA 3K2DA 4KHZE 4MLVA 4H8IA 1JW4A 4NMYA 1M5FA 3CR9A 4LZ5A 4UACA 3IL1B 1A54A 3C34A 4LQ5A 1I69A 2G93A 2GH9A 2H5YA 2M8CA 4H67A 1EH3A 2B3BA 3IB1A 3SEYA 3DRKA 2Z8FA 2DYXA 3HHFA 3ODBA 3OELA 2XX8A 4NWDA 4RPNA 5CMMA 1FQAA 3D4GA 3U92A 5JK4A 3PUYE 4PETA 1B7UA 5I58A 1NH8A 1TFDA 3IORA 1BIYA 1LCTA 3KN8A 3TCFA 3K1MA 1QJMA 4QFNA 2PYYA 3H06B 2O51A 1SYIA 1MPDA 4KPTA 5H8NA 4DXCA 3S9MC 1POTA 4H1XA 4RK9A 1B52A 1R9QA 3TODA 2QS2A 1US5A 4NF8B 3KSJA 3O6GA 4EUOA 3ILUB 2DS9A 1FW0A 1HSLA 2Y7IA 2ZMBA 4HS7A 1URGA 4IY5A 4FATA 5BWJA 3FTOA 4LQ2A 4RK2A 4XKNA 2Y7WA 1XS5A 3C32A 3OOAA 4OWDA 4TQUQ 4NF8A 4F2QA 4OETA 2ESNA 3SDFA 1GTKA 5AA1A 3SERA 4QF9A 3RQTA 2QS3A 1TXFA 1A40A 2RC7A 5H8HA 1TT1A 4GQOA 3B6QA 4ND9A 3MZ9A 2OLBA 5ELVA 5TPAB 1MY1A 2IEEA 2RCBA 4ZZAA 4F22A 1B0LA 3TQLA 4AB6A 5B7DA 2GHBA 3RUMA 1IUDA 4U2RA 1B7ZA 4F1UA 4LZ7A 1BP5A 3PUXE 5TPAA 2NWJA 4IGTA 5ICTA 1D3KA 3HCQA 4GWOA 1LGBC 3RTFB 1ANFA 1Y1MA 4MBPA 2V93A 3VDFA 4F3PA 4YICA 1LSTA 3IOTA 1EU8A 3IB0A 3KOTA 1SW2A 3DP8A 1P1NA 1UTHB 2F78A 2AL4A 3FJGA 1RYOA 1QUJA 1LFIA 3IOWA 2DP8A 4IO6A 4G8HA 3SKPA 2E1SA 3FUZA 3I3VA 4GF8A 3K6WA 3MAMA 4NF6A 1B7HA 4DCXA 1VE4A 1ZJLA 2PBWA 2XXYA 3KN7A 3PMXA 4NE4A 3RTWB 5AA2D 5ICQA 1XVYA 2H98A 4OENA 2B4LA 4NF6B 3O66A 3GBBA 1FTOA 4KYSA 3LBSA 3RGYA 1DSNA 3OSQA 4IB2A 2VOZA 4KCCA 4RNSA 3D4CA 3W9VA 4O3BA 3LR1A 4PFWA 3EHTA 4QFLA 2HZKA 2QS4A 3HN0A 4ESWA 2V84A 4O3CA 2D3IA 5I2KA 2D5WA 1ZMGA 4ZE8A 2DXYA 2HAUA 3A3UA 5DYHA 4QFPA 1IXCA 1NFTA 4JWYA 1MS7A 3KEIA 1ZBMA 4I9DA 2F7BA 3B6WA 2VP1A 1I6BA 1FQEA 1MG1A 4JDFA 3MZ1A 4GRKA 4GXSB 2HFBA 2ZYMA 1SW1A 3MW0A 4K3FA 5DEXB 3A3CA 3IB2A 4YB7A 4AB5A 4ZECA 2PT2A 2PVUA 3RY3A 5AA2B 4YAHX 4BDQA 2DQVA 1B5HA 1NNTA 1H45A 2DE3A 3C35A 4IO4A 4RXLA 5DEXA 4C1UA 3EHSA 4H5FA 4RA1A 3FVOA 3RT6B 3TDJA 4QFKA 1HSJA 2Y7RA 2A5SA 1MQHA 3GBAA 4C1TA 3DRIA 3K1PA 3DRJA 1F9BA 3IO4A 5I57A 3Q25A 3U1OA 3KSXA 1OMPA 1Y4CA 3FIRA 4P0GA 3KOSA 3IK6B 2PMSA 2REGA 1P99A 4ONYA 5KDTB 3N6TA 4KI0E 1P1WA 3TCHA 3FVGA 3OO8A 4ZEKA 1OLCA 1R1NA 3VLWA 3PUZE 2XD3A 4YKPA 1ELJA 4THIA 3H6VA 4LP2B 1JETA 2FYIA 1OQGA 1MXYA 3TAJA 4TOZA 4GOTA 4GL0A 4OYVA 5A5XA 4LVQA 1B32A 1MY0A 1RYXA 4E0XA 4ELRA 3THIA 3O2AA 5DVJA 3KFMA 1Q1KA 3WAFA 1Y4TA 1N84A 3QK6A 4EXLA 1LLSA 2V25A 1XC1A 1P1UA 1URSA 1I6AA 1MM7A 2Q89A 1B9JA 2RC8A 5KZTA 2XXRA 3PD9A 3RNNA 3Q26A 3CSBA 4FEDA 2ONSA 5HPQA 1ZIUA 2Q88A 4DCYA 4OXVA 4ZEFA 3U8QA 4G4PA 3VVEA 3K0VA 4ECFA 1RKMA 2I4BA 1US4A 2ALUA 3H6TA 3OMBA 4R2BA 4OESA 1N04A 3RLFE 5I56A 1MXXA 4OFJA 3T9VA 3PMVA 4C0RA 3O6PA 1MXZA 3SEWA 1XVXA 5I56B 5IAIA 3DRFA 3MPKA 4OZ9A 3FJMA 2RC9A 1B4ZA 2AYSA 4Q8RA 1EZ9A 1GR2A 3CRBA 5I2KB 2DE2A 1A55A 2QSXA 3VVFA 4ESXA 2H99A 4XKQA 1IEJA 1OVBA 2DWJA 2F5XA 2F7AA 2QRYA 4H65A 4EF1A 2XHDA 1B3HA 4XKPA 2F34A 2Y84A 2RINA 3O6IA 4NTLA 4U22A 5M2VA 1B3GA 3QYTA 1AOVA 2DE4A 4Q0CA 2HZLA 2Q9TA 2XXVA 4KYEA 3M8UA 5ITOA 3QUJA 4IGRA 4OFOA 5F7VA 3HV1A 4HTGA 2DVZA 1HSEA 2O1MA 2O6AA 1B58A 5EHSA 3SESA 1MQJA 3U72A 1JNFA 1DPPA 1OVTA 3K6UA 3KG2A 3EQ1A 1MQDA 4EQ7A 4F3SA 1LFHA 1D9YA 3TEPA 3MVWA 1MDP1 2XD2A 3W15C 4BDNA 2WOPA 1GV8A 2F35A 2XXPA 2GHAA 4N07A 4QSCA 3S4UA 3PU5A 1QKAA 1MPBA 3LSXA 4XIGQ 3N5LA 3LSWA 3UGWA 3O29A 1Y1ZA 4I8CA 1YAEA 3OENA 3ONMA 3PUWE 1SBPA 4R6HA 5B70A 1XHYA 2V3UA 1Y3NA 4R2FA 3ZSFA 3K4UA 3BFTA 3CI8A 4FAJA 2OWSA 1II5A 2ZYOA 1ZTYA 2I3WA 3E9XA 3IOUA 4FJPA 5ISUA 4M1VA 5K2XA 1NNFA 4DE8A 4JWOA 3T22A 3TTKA 4HW8A 1R6ZA 5KCJA 2DOJA 2YJPA 5FHNA 2BJJX 1MH3A 1FTLA 1EZOA 2NVUB 3PGFA 1LCFA 3I5OA 1FQBA 1USYE 1M5BA 4GFRA 1ZKBA 2UVGA 3TPAA 1WDNA 1WODA 3B6TA 3G3HA 3G3GA 3JZJA 4PE5B 3T9UA 3UA8A 3V89B 4PFTA 3E3KA 2DWAA 2AIXA 2ZNTA 2Z8DA 3MPLA 4XXUA 2X26A 3H6UA 4EF2A 3PUVE 1VSOA 5CC2A 3USDA 4YMBA 1OLAA 1PB9A 4G8NA 1M5CA 2FNCA 2PT1A 1S7YA 3OO7A 4H5GA 3KGCA 2UXAA 3MVZA 3V8XB 1YCJA 4GL8A 3FASA 3T93B 2D21A 2ANJA 2X7PA 1S9TA 3FJ7A 1ZU0A 1O7TA 3SEUA 1LAGE 4MH5A 1MPCA 3R26A 3S9EA 5EHMA 4OHNA 3LVUA 3HSTA 1N7XA 3TMGA 5HM4B 4DLDA 4OEVA 1MQGA 4G68C 1BKAA 1FCKA 1IXIA 2XXIA 3FXRA 5FHOA 4GD5A 1Y3PA 3Q29A 2PX1A 3K1NA 1B1HA 4F1YA 3L6HA 4BDOA 1FTMA 2Z22A 4KYDA 5H8SA 3GZGA 3SEXA 4GXAA 4KCDA 3W9WA 4WKMA 3G3FA 5DVFA 3CFLA 4NF4A 3DM0A 2VD2A 4EDPA 3MP6A 2QPQA 3MWBA 4XKRA 3DP6A 2VD3A 2O69A 1Y20A 4ZEIA 2XXHA 1WVJA 2Q2AA 3UK4A 4YB6A 1N7WA 4H6DA 1BLFA 4BLAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D9VA 4PFRA 3GXAA 4G61A 3K6VA 1DMBA 3HO7A 1LB9A 4EXKA 1KZ8A 2I48A 3TTRA 1EZPA 4ZZEA 3VVEA 1KWHA 1LB8A 2QVUA 3S2VA 3P7IA 1A8FA 4KR5A 1FTJA 4FBPA 2DWHA 5JTYA 5CMKA 3TCGA 1NKXA 1FPBA 1SVXB 4R6KA 4F29A 3FBPA 3VXBA 3MC2A 4YKIA 1LBZA 4PTKA 1O64A 3ECRA 3QUFA 3I6VA 5FHMA 1B3EA 1FBCA 2CEXA 2P2AA 2O68A 1IITA 1NI9A 2NUVA 3T0JA 1UTBA 4ZE9A 5H8QB 3OSRA 1RDYA 1LAFE 3MZBA 1QVSA 4N91A 1MRPA 4MLQA 1B2HA 4U1OA 2HEUA 3IX1A 4F18A 3G3IA 4NWCA 1D4NA 4POWA 2R9JA 1FTKA 1B4HA 2XXTA 2O84X 2RF1A 4F39A 5LOMA 3E79A 4JSDA 1YPNA 5EYFA 1MY4A 4PF8A 3PPPA 5TP9B 2VGQA 3L6GA 1JVXA 1H76A 1TFAA 4FEBA 1B3LA 3DLNA 2ZYKA 4TLLB 2P0SA 3EF7A 5K2YA 4U23A 2XX7A 1DCUA 1NUZA 5F1QA 2H25A 3OD7A 4IY6A 1LFGA 2B3FA 3CG1A 3GLBA 1EYKA 4LONB 4GBWA 5TU0A 4R6YA 3MVXA 2QMXA 4GWYA 2ONKE 5IGAA 5I59B 1JW5A 4NF5B 4NG7A 5CMBA 1MXWA 3C31A 1NUXA 1Q35A 1JQFA 3IJXB 4KD5A 4RPOA 2HCAA 3G7WA 1M5EA 1FPGA 3T66A 4G68B 4R73A 1NV2A 1VR5A 3S9NC 4OFLA 4ZEBA 3RN8A 2ZZWA 3AXFA 5DTBA 5ITPA 4IO2A 1Z7ME 2OBGA 5H8NB 1LBCA 4AS4A 3FXQA 3RYBA 1SDXA 2FA7A 3TZAA 1SPIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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