4PFWA

Crystal structure of mannohexaose bound oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1226) from thermotoga maritima at 2.2 a resolution
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
540
structure length
540
Chain Sequence
VLERNETMYYGGSLWSPPSNWNPFTPWNAVPGTTGLVYETMFFYDPLTGNFDPWLAEKGEWLDSKTYRVVLREGIYWHDNVPLTSEDVRFTFEIAKKYKGIHYSSVWEWLDHIETPDNRTVIFVFKDPRYHEWNELLYTLPIVPKHIWEEKDETTILQSSNEYPLGSGPYVAHSWDQNKMIFERFENWWGTKVMGVKPAPKYVVIVRVLSNNVALGMLMKGELDFSNFMLPGVPILKKVYNLNTWYDEPPYHLSSTVVGLFLNARKYPLSLPEFRRAIAMSINADPIVQRVYEGAVLKADPLGFLPNSVWMKYYPKEVVEKHGFKYDPEEAKSILDKLGFRDVNGDGFRETPDGKPIKLTIECPYGWTDWMQAIQVIVDQLKVVGINAEPYFPDSSKYYENMYKGEFDIEMNANGTGISSTPWTYFNTIFYPDALESEFSYTGNYGRYQNPEVESLLEELNRTPLDNVEKVTELCGKLGEILLKDLPFIPLWYGAMAFITQDNVWTNWPNEHNPYAWPCGWANWWQTGALKILFNLKPAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Duplication of Genes in an ATP-binding Cassette Transport System Increases Dynamic Range While Maintaining Ligand Specificity.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter substrate-binding protein
total genus 175
structure length 540
sequence length 540
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4pfwA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4pfwA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4pfwA02
4R73A 4PFTA 2Q8JA 4G2ZA 2DSFA 2CMOA 3VXBA 4F29A 2ONRA 4LQ5A 4ZEKA 5CBSA 5CMKA 2Z23A 4E0XA 1A55A 1IQ7A 2I48A 1LBCA 1D3KA 4GXSB 4QRZA 5ITOA 2GRVA 1A8FA 3PD8A 3TZAA 3IL1B 1LBBA 2I0CA 3TAJA 3B6WA 4FIMA 3ODBA 2UVGA 1N04A 3FUZA 1N7XA 5DYHA 1UTBB 3UORA 2AYSA 3K0VA 1JEVA 1QW0A 4THIA 3VXCA 3CFZA 1ATGA 4KFQA 4OFJA 4Z0IA 5H8HB 4DE8A 3T22A 1LCFA 3EHSA 3E4RA 3RT8A 5HPQA 3O6GA 4I8CA 3TQWA 3PAMA 3FVNA 1P1OA 3BFUA 4DIGA 1R9LA 1FCKA 4KCCA 2DE2A 1IEJA 3UIFA 3RPWA 5CI5A 2V25A 3DM0A 4XTCQ 2DWJA 1Y20A 4HS7A 3O6IA 4YMBA 4NF8B 4RXLA 4EXKA 1ELJA 2V3QA 3OO6A 4QF9A 4R6YA 3FJGA 4YU0A 3SEWA 3TODA 4TQUQ 5B7DA 4HW8A 5BUUA 4H6DA 3N94A 3E13X 3CSGA 3M3FA 4X48A 4DXBA 4JSOA 3IO4A 4NWDA 3W9WA 4U22A 1FQBA 2XXUA 4N13A 1GV8A 4HCWA 4Q30B 2XXXA 2UXAA 3O6HA 4LZ7A 3H6TA 4XKRA 1P1NA 2OLBA 1XC1A 2XXPA 3IOVA 3MWBA 1UTHA 1ZKBA 4QHQA 3SDFA 3VE1B 5AA4A 3MBPA 5I2NB 1POY1 3O9PA 2GHAA 3QAXA 2XD3A 2ZYKA 1FQDA 4PFUA 3I6VA 3O97A 4U4SA 2O84X 5FHOA 4GD5A 2XX8A 2UYFA 3DRJA 3G3JA 3IAZA 2PVUA 3KN7A 1MQGA 2PX1A 3U8QA 4ELOA 4ZEBA 3ZS6A 4KYSA 3OO9A 2B3BA 3CRBA 5CC2A 4EUOA 2LAOA 3VLVA 3B7DA 2O7IA 2HQ0A 1LSTA 1B52A 2AL4A 1PC3A 1B7ZA 2D3IA 2A5TB 3RLFE 2ZYNA 3GBBA 3DRIA 3TCFA 4OFLA 1SQYA 2XXTA 1VE4A 2PYYA 3U94A 5ITPA 4G68B 4BDRA 3L6HA 5CM6A 2V84A 2DXYA 1RYOA 4ELRA 1T0KA 2QMWA 1MXYA 1R6ZA 4IO3A 3FGSA 3IX1A 3HV1A 3PMVA 4FATA 4FAJA 1MY1A 1NL5A 1I6AA 3EHUA 3LSXA 3HCQA 3MC2A 3PPPA 1IITA 4GRKA 2FYIA 3U72A 1MXZA 2ZXTA 2ONSA 4KI0E 3VVFA 1QVSA 4GL0A 3PD9A 2NXOA 2OK2A 3IOUA 2O68A 5ISUA 1GVCA 1Y1MA 4JWOA 4ECFA 3IR1A 3RUMA 2P1SA 2Q9TA 2UVJA 3Q29A 1JETA 1JNFA 2O51A 3TTMA 1SVXB 1LFIA 3K01A 4DCXA 2F8DA 2YLNA 4FEBA 1YPNA 2QMXA 4GF8A 4NF6A 2DE4A 4O3BA 5H8SA 3TDJA 4EF2A 3PUWE 3KBRA 4FJPA 4YMAA 3TYHA 4QFPA 1Q1KA 1B3EA 5CRYA 1MPDA 4R6HA 4BDOA 3MPKA 4HTGA 4BLAA 2DVZA 3D4GA 3UP9A 4F1YA 5A5XB 3C33A 1DTZA 5I59A 4BDMA 2XXIA 1IXIA 1DTGA 1P1UA 4KHZE 1JEUA 3HN0A 5JEIA 1EU8A 1F9BA 1B46A 2M8CA 5I84A 1I6BA 5I58B 5TP9B 4RYAA 4GLIA 1POTA 4Q5TA 1LAHE 2R9JA 2XXWA 3EN3A 3SEVA 3N5LA 1US5A 4LQ2A 3IB1A 3VVEA 3Q26A 3K2DA 4ZEIA 3K1PA 3MAMA 4NE4A 1ANFA 5DEXB 3RTFB 2QPQA 4DLDA 4YZZA 2DWIA 3SKPA 3FXQA 4F2QA 2F6PA 5DVJA 2IEEA 1VFEA 3PPQA 4RY1A 5L9OA 1M5EA 3P7IA 4YKKA 4F3GA 1JVYA 3FTOA 1LFGA 3ILUB 4X1BA 5IAIA 4F3PA 1Y3NA 5JK4A 3FV1A 2YJPA 3OEKA 3TMGA 2PBWA 3ILTB 1OMPA 4XKQA 1MS7A 1QKBA 4FECA 4G77A 3LSLA 1MQIA 4YB5A 2QSXA 1B3LA 1URSA 1FQEA 2H5YA 3T96B 1LLSA 4JB7A 1B4ZA 3DP4A 4GOTA 1QUIA 3MVZA 2ZNTA 4H67A 3S2VA 4OETA 3H3GA 5H8QB 5FTHA 1Y4TA 3T9HB 1O63A 4H8JA 3MJNA 3LSFB 4U21A 2WOKA 5H8FB 4F1VA 2HZLA 4TLLB 4R74A 3S9EA 4ELPA 3C9HA 2XXRA 4N6PA 3CG1A 1Y9UA 4BDQA 1Z7ME 5I2KB 4FORA 4KPTA 3RYAA 2UVHA 2RKMA 1BIYA 2O1MA 3C34A 1RKMA 1LAXA 2WKYA 4POWA 4YKIA 3TTNA 1B58A 2FNCA 4POXA 3SEYA 4Q0CA 1N7WA 4ZZEA 5LOMA 4PE5B 3UN6A 4NEDA 5H8NA 4ZE8A 2O69A 3OENA 3Q28A 2GHBA 1M5BA 4H0WA 4IY6A 4OWDA 4YAHX 4X1DA 1LAGE 2E0SA 4ESWA 2D21A 4G68A 5H8HA 1B5HA 1S50A 2AIXA 1GR2A 2AL5A 1BTJA 3PV0E 3WAFA 3MPLA 2KLFA 1FTMA 1MM6A 5DVFA 4ONYA 2DQVA 2B4MA 1HSJA 4G8HA 5HM4B 2Q89A 3TTLA 1B7UA 3M8UA 2B3FA 1LFHA 3K02A 1PDAA 2O7UA 1B51A 4I1DA 3OO7A 3U1OA 3FVGA 3VVDA 4LP2B 4XIGQ 4ZE9A 4NF5A 3C31A 1NNTA 4RK9A 4EQ9A 4M1VA 3JV9A 3FJ7A 1MDP1 1N76A 3KSJA 4O3AA 1MG1A 2O1LA 4L17A 4DDDA 4XKNA 4P0GA 1XOCA 2GH9A 2VHAA 2Q88A 4IO5A 3ONMA 3SESA 3HO7A 1YTVA 1JVXA 1QKAA 2I49A 2XXQA 3IOTA 3EF7A 1MXVA 3PGFA 4I62A 4WXJA 5BWJA 4C1TA 5KDTB 2V3TA 4KCDA 3JZJA 3LC8A 4OQOA 4AQ4A 3K6XA 5FHMA 1NNPA 3IORA 3N6TA 3U92A 1SYHA 2R6GE 4K3FA 1B0LA 2WOPA 4JDFA 4R2FA 5FHNA 1CE2A 2RF1A 3H6UA 4QSEA 3U93A 3G3KA 4MBPA 1B2HA 2GFEA 4P11A 5I56B 4ND9A 1KWHA 2I6EA 2O6AA 4KR5A 2H99A 4MLQA 5M2VA 1PBQA 5DT6A 2NWJA 5I58A 3T9UA 4IB2A 4ESXA 1NFTA 1I69A 3RQTA 1FTOA 1MPBA 2F78A 2UYEA 2OCUA 1VFDA 2Z8DA 1B9JA 3K00A 3H7MA 1JW5A 1B6HA 1D9VA 3S9MC 2B4LA 1SDXA 2XX9A 3B6QA 1H44A 1FW0A 3MZBA 2DP8A 2HAUA 2CZLA 3DELB 4QSDA 5DTBA 3THIA 4MFIA 3VDFA 4DXCA 2ZYOA 3RY3A 1MH4A 1FTKA 4NMYA 1SBPA 3I5OA 1MY3A 1URDA 3HHGA 3MVXA 3DRKA 1SI1A 1B1XA 2RC7A 2REJA 4OTEA 2ALUA 3PMXA 4U4XA 4YKJA 1EZPA 3GXAA 1DSNA 3ZKLA 4IGRA 3E3KA 3G7WA 3MW0A 4JSDA 1MY4A 5TPAA 1Y3QA 2HXWA 2ZNUA 2OJTA 3FZVA 3QUFA 4KD5A 1DMBA 4QFOA 3TCGA 3CFLA 3K1MA 4C0RA 1I6QA 4P0IA 1B3FA 2DXRA 4UA8A 4GL8A 3PPNA 1A7LA 3C35A 3LUYA 4JWXA 1AH5A 2NUVA 3DLNA 3PU5A 2F7CA 3TTKA 2DWHA 4GQOA 2VGQA 5K2XA 4OYVA 3C4MA 5I59B 1NH7A 4JBZA 3FIRA 3FJMA 1HSEA 1SI0A 2VD3A 3HSTA 2BJJX 3CIJA 3CI8A 1CB6A 4MF3A 3MP8A 4X9TA 4ZEFA 1IUDA 3W15C 3FV2A 5CMMA 1B32A 3JYRA 3BKIB 4U2RA 1IZ1A 1D9YA 1US4A 5TP9A 5AA2A 1PB7A 1WDNA 2Y7WA 1JQFA 2WOLA 3H06B 1P1QA 1OLCA 2RCAA 1H43A 5I57B 2HAVA 4GWOA 3TKDA 1PBPA 1D4NA 3M3KA 2DVCA 4I9DA 1M5DA 3G3FA 3KOTA 1MQDA 1PB8A 3QSLA 3V5AA 2FA7A 1AMFA 2H98A 1AOVA 1A54A 4RNSA 3DP8A 3TELA 2OWTA 1B05A 2P0SA 4DZ1A 3ECRA 3G3IA 3VLWA 2I4BA 2XHDA 1LAFE 3OEMA 2XX7A 5ELVA 1J1NA 3FATA 4NF8A 4LZ5A 3TPAA 1TT1A 2E1SA 2NOOA 4NTLA 4MH5A 1NNFA 4ISUA 5AA1A 1SW1A 4GFRA 1N0TA 2OWSA 1OLAA 4OENA 4R75A 4UACA 3FVOA 3GBAA 3UGWA 2F36A 1XS5A 4OERA 1Y1ZA 1B0HA 2DE3A 4KYEA 1OQGA 3RNNA 3V8XB 4IGTA 3PUZE 5A5XA 1MXUA 3MZ9A 3KG2A 2F34A 2H9BA 3H03A 3KZGA 3LSWA 3BBRA 1UQWA 1JW1A 4JWYA 4NF4A 3SEXA 5JTYB 4PQJA 1P99A 1NNKA 4WKMA 4OVJA 4AB5A 1USYH 3CSBA 2QS2A 3MP1A 4Z7EA 3RN8A 1LGBC 3DRGA 2PT2A 3OMBA 3H6VA 1PEBA 3IJXB 2Y7KA 3DRHA 2I0BA 3IOWA 4RPNA 4F3SA 2RINA 2I58A 4R72A 2X7QA 2ZYMA 3K4UA 3QUJA 5DVIA 3R7XA 4DCYA 2R71A 1MPCA 1IXGA 3N26A 4H8IA 2VP1A 5KCJB 3V83A 2QRYA 2F97A 2X7PA 5ICTA 3RTWB 3I3VA 4EQ7A 5F7VA 4BDLA 1Q35A 1N3XA 1R9QA 1MRPA 4PETA 2HFBA 2P2AA 1NH8A 3FXUA 4F3BA 2VOZA 3IJOB 2NVUB 4Q8RA 2Z22A 3R26A 2HZKA 1LCTA 5EHSA 4ELQA 3DP6A 3LBSA 3LR1A 4ZECA 2OBGA 5L9MA 1TFAA 2I4CA 3ZKKA 4F22A 3QIMA 1NKXA 4AB6A 3RT6B 4F31B 4R2BA 3KN8A 4YICA 4H5FA 4XKPA 4BDNA 1II5A 4QFLA 1OQHA 3S9NC 3TQLA 2G93A 3FASA 4R6KA 1B5JA 3PUXE 4F18A 1B4HA 1LB8A 4NF6B 3PMWA 1AL3A 1BLFA 4OEUA 2V93A 3OD7A 5I2NA 3EHTA 4H5GA 4DXUA 4GIZA 4QFKA 2F7BA 1XVXA 3ZSFA 1MDQA 2HEUA 2REGA 3O6PA 3F11A 5L8DA 3MUQA 3RGYA 1FTJA 3USDA 2ONKE 3Q25A 3UA8A 3A09A 1OVBA 3HPIA 3UK4A 5AA3A 5AA2B 1M5CA 1B40A 2W7YA 1UTBA 4IO4A 5DEXA 2A5TA 5AE4A 1DOTA 1ZBMA 3FVKA 2X26A 3LVUA 4JXIA 3CG3A 1M5FA 3OSRA 3WAEA 3C32A 4LZ8A 4TLMB 2A5SA 2RC8A 4LVQA 2XXYA 3PUVE 2H4IA 3L6GA 5IKBA 5JTYA 3A3CA 1MXXA 3MQ9A 1YAEA 3CVGA 3MVYA 5KZTA 2V3UA 2VD2A 2F5XA 5AA2D 1ZU0A 4ZEDA 1L5TA 3T66A 2YPNA 4RJZA 1UIVA 3BFTA 1A99A 1VSOA 3OXNA 1WODA 2F35A 2ZNSA 4EF1A 4OFOA 2H25A 5TPAB 3KFMA 3MP6A 1VR5A 2XXHA 5H8FA 3S4UA 4IO7A 3FD3A 1ZTYA 1QJMA 1A8EA 1UTHB 2XD2A 3O2AA 1EH3A 1Y3PA 1PB9A 1H45A 1YCJA 1IXHA 4YB6A 2ESNA 3PPOA 2I3WA 1AIVA 3D4CA 1OVTA 1RYXA 1UIUA 3G3GA 1MQHA 3QK6A 4LATA 1B3GA 2Y7PA 2F6GA 2F7AA 4ZS9A 1IXCA 3HHFA 3H4ZA 2Z8EA 4G8MA 5HBCA 4U1ZA 5K2YA 1ZJLA 5F1QA 1HSLA 5L9SA 1A40A 1MY0A 4GVOA 3K6UA 3EPEA 4H1XA 5I2KA 1QUKA 3MZ1A 4KQPA 1MY2A 1B7HA 3DRFA 1XT8A 1MQJA 1SD3A 2QS4A 4MLVA 4R9GA 5J1DA 2ANJA 3C36A 1FTLA 4G68C 3A3UA 4PP0A 4RK2A 3KJTA 3K1NA 4LA9A 5I57A 4RA1A 1FQAA 1LB9A 1Y4CA 1FQFA 2Y7RA 1B3HA 2Z8FA 1NMUA 1SYIA 3IK6B 3IO6A 3OSQA 3PPRA 2ABHA 4E0WA 3M3LA 2G29A 1XHYA 3S9LC 2XXVA 4OESA 1O64A 1OIBA 3GLBA 4N07A 2OZZA 1N84A 4ZDMA 4PFYA 2PMSA 4NF5B 3KJ7A 4FE8A 1R1NA 3O66A 4WEPA 5EHMA 5AA4B 2DS9A 4YKPA 3K6VA 2PT1A 4OXVA 3RYBA 4ZZAA 4EXLA 1P1WA 2I3VA 3E9XA 5H8NB 3IB0A 4F2OA 4G8NA 4O3CA 4H65A 4IO2A 3G3HA 3KOSA 3W9VA 5ICQA 1GTKA 3KGCA 5EYFA 3VV5A 1ZLQA 4LONB 3VLUA 5KDTA 1QUJA 4YB7A 3SERA 3K6WA 3MVWA 1DPPA 3VFJA 4OHNA 2RC9A 4HCYA 3EQ1A 1ZMGA 2B65A 1H76A 1H3DA 1MXWA 3CHGA 2RCBA 3KN3A 4OMBA 5H8QA 2QJEA 3AXFA 2QL3A 3TTRA 4C1UA 3N6UA 4EQBA 4GXAA 1MM7A 3GZGA 3QYTA 3OOAA 4TOZA 3TUSA 3O29A 5CMBA 3T9XB 4F19A 3T93B 3KEIA 3OO8A 4RPOA 2Y7IA 1TXFA 2Q2CA 2ZMBA 3KSXA 4IY5A 4NWCA 2UVIA 2DWAA 5I56A 3CFXA 2Y84A 5KCJA 1SW4A 2DYXA 3H6WA 3PUYE 1Z7NE 5TU0A 1EZOA 1TFDA 1BP5A 2QS3A 1WVJA 3FXRA 4EDPA 1SW2A 3O28A 1O7TA 1B5IA 3SEUA 5CBRA 1JW4A 2Q2AA 1IIWA 4LUBA 2HCAA 1S7YA 4XXUA 3V89B 1B1HA 1GGGA 1S9TA 1N3WA 4OZ9A 1ZIUA 3T9VA 4PFWA 1MH3A 2DOJA 4U23A 1QULA 3CR9A 4G4PA 3R6UA 3TFLA 1TWYA 3SETA 2QS1A 3IB2A 2THIA 1SW5A 1BKAA 1EZ9A 3OELA 2D5WA 1FQCA 4FEDA 5CMCA 3TEPA 5B70A 4F39A 2IA4A 3B6TA 3TCHA 4NF4B 1XVYA 4QFNA 5FTIA 4KYDA 4R9FA 1USYE 4QSCA 1DPEA 4WEDA 3QXMA 4IO6A 4M4GA 4U1OA 1URGA 3Q27A 4F1UA 4OEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4G2ZA 1EYIA 4F29A 2ONRA 2Z23A 1IQ7A 4GXSB 1A8FA 3PD8A 3IL1B 1LBBA 2I0CA 3B6WA 4FIMA 1UTBB 3VXCA 1JEVA 3CFZA 1ATGA 4Z0IA 4PFIA 1NV5A 1LCFA 3T22A 3BFUA 3UIFA 5IZ3A 3O6IA 4YMBA 2V3QA 4R6YA 4H6DA 3N94A 3E13X 3CSGA 4U22A 4XKRA 1P1NA 2XXPA 3IOVA 1ZKBA 3MBPA 3O9PA 4P1EA 4OVTA 3O97A 2O84X 3DRJA 2PX1A 4ZEBA 3ZS6A 3OO9A 2B3BA 2LAOA 2O7IA 2CZKA 3RLFE 3TCFA 1SQYA 2XXTA 2V84A 4FATA 4FAJA 1MY1A 3LSXA 3HCQA 3MC2A 3KC1A 2FYIA 1MXZA 4KI0E 3VVFA 4PE3A 1QVSA 2NXOA 5ISUA 1Y1MA 3RUMA 3Q29A 2XWKA 1SVXB 5DYHA 2KQZA 3K01A 3UORA 1YPNA 3TDJA 4GWYA 3PUWE 4YMAA 3E79A 1Q1KA 5A5LA 3MPKA 2DVZA 3C33A 4JVCA 1JEUA 2HXRA 1EU8A 1B46A 2Y5LA 1LAHE 2F6PA 1VFEA 4NGUA 3ILUB 1Y3NA 3FV1A 4YB5A 2QSXA 2H5YA 1B4ZA 4GOTA 3MVZA 5H8QB 3T9HB 1IMCA 3MJNA 4ELPA 4BDQA 4FORA 3RYAA 1LAXA 2WKYA 3TTNA 1N7WA 3UN6A 4NEDA 1VDWA 3Q28A 2GHBA 1M5BA 4H0WA 1LAGE 1FBGA 1S50A 2VT5A 1BTJA 4QXDA 1FTMA 2DQVA 4G8HA 5HM4B 1LFHA 3K02A 2O7UA 1B51A 3U1OA 3FVGA 4LP2B 3HFUA 4NF5A 1CNQA 4P9KA 3FJ7A 1MDP1 2O1LA 4L17A 4P0GA 2Q88A 3ONMA 3HO7A 1YTVA 3IOTA 3PGFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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