4PHVA

X-ray crystal structure of the hiv protease complex with l-700,417, an inhibitor with pseudo c2 symmetry
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(aspartic proteinase)
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title X-Ray Crystal Structure of the HIV Protease Complex with L-700,417, an Inhibitor with Pseudo C2 Symmetry
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1991-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4phvA00
5P2CA 1GVVA 2ZJHA 5PEPA 1LZQA 4Y5KA 5P6ZA 4QJ7A 4FL8A 1FG6C 3CICA 4HLAA 2VNNA 5P5TA 3NXNA 5ER2E 2G26A 4Y4WA 3OQKA 4B78A 5P4BA 1SIPA 4EJ8A 1GVXA 2I4XA 2WL0A 5P1BA 5P4WA 4DUSA 5P53A 5P6NA 1PPLE 3QPJA 1AJVA 3L58A 3BXSA 1G35A 2XYFA 2SAMA 3TOGA 1Z1RA 4CPWA 2PQZA 3L38A 3ER5E 2I1AA 1YTIA 5OZAA 1AXAA 2PYNA 3ZKGA 1E5OE 2P83A 3CIBA 3KMYA 3OQ7A 5OZLA 6APRE 4Y3GA 3EKVA 5HDUA 4OBZA 4Y3TA 1HTFA 3ZOVA 4YCKA 5P59A 5P3LA 5HE7A 7HVPA 2RMPA 3DJKA 3L5CA 3Q5HA 3L59A 1T7IA 5P3RA 3O9HA 5P62A 1BWBA 5P5MA 1YTGA 2BPWA 5P17A 4N00A 4WY6A 3KFNA 1B5FA 3U6AA 1KJ7A 3EL4A 4FM8A 3S43A 3DV1A 4UPJA 4YD6A 2IKUA 5F00A 4BEKA 5P6XA 5P0XA 5DQCA 4FM7A 5P2WA 2PYMA 3RTMA 5P33A 5P5NA 3LZUA 5P1TA 5P6VA 4Q5MA 2XFKA 5OZWA 5P7YA 4Y3NA 3VF3A 1ZSRA 2J9KA 5P8SA 1D4JA 3O9LA 2PSGA 4QJ8A 2ZJJA 2WJOA 2PSVA 4Z4XA 2G1SA 3OXXA 3UQPA 5P35A 2PH6A 4APEA 5P8MA 3S2OA 4RRSA 3CYXA 3UCBA 5P70A 3SA5A 2NXMA 3BHEA 4J1KA 3AIDA 5J25A 4GZFA 3ZKNA 5P2IA 4E43A 3KA2A 5COPA 2JYSA 1FMBA 4LXMA 5P0BA 2JJJA 2JXRA 4PZWA 5P6RA 3OOZA 4Y3SA 2Q3KA 5P09A 2NPHA 5OZRA 1HSGA 5ENKA 2IGYA 4D89A 5P42A 1K2BA 2Q54A 4J1HA 4M8YA 1FQ7A 4FM6A 3NXEA 1APVE 4FAEA 5P7BA 2Q64A 3NUJA 3TPLA 5KAOA 1ZBGA 5P5YA 4NJTA 1EBWA 2FGVA 4GYEA 1DIFA 1MSMA 4YOBA 3S7LA 5SXNA 2NXLA 4ZPFA 2UXZA 2NNPA 4TRWA 2V16C 2OHLA 2WECA 1M0BA 2PSUA 5AH7A 1PROA 3CYWA 2I4WA 2B8LA 1PPME 5P8HA 4I1CA 5P0TA 3VV8A 4Z22A 5P7VA 5P6TA 3T6IA 4H1EA 4MC6A 4NPUA 5P1VA 2OF0A 5P0VA 1PSAA 5P6IA 4FLGA 2ER9E 1IDBA 4JPEA 3PCZA 5ISKA 5P6QA 2V12C 4Y4JA 3VV7A 3PRSA 4RVIA 5P5LA 5P4IA 5BWYA 5P40A 4RLDA 4AA8A 1HOSA 2NTRA 4DPIA 1SH9A 5P38A 5P30A 5P13A 1RL8A 3EKTA 2P3CA 5P4GA 5P7LA 2IQGA 2J9JA 3GI5A 5P3WA 1HTRB 3TKWA 1T7KA 3LITA 4R91A 5P00A 1VIKA 2QHYA 4X7IA 3OOTA 5HDVA 4ACXA 1GVTA 1NH0A 3SKFA 1BIMA 1XL5A 3NU6A 2G20A 1QRPE 3H5BA 4RCDA 3GI0A 5P1GA 3MWSA 5P66A 4FCOA 5P3BA 2OHNA 3FX5A 4MC2A 4HE9A 3S8IA 2QMFA 2IDWA 2AVQA 2CEMA 3OAGA 2Q63A 3FKTA 1MIQA 1HHPA 1CMSA 1BDQA 2UPJA 5P89A 1MVPA 4DVFA 4XX4A 5KOSA 1DW6C 5P16A 1ZTZA 5OZFA 3D20A 1U8GA 2FLEA 4DQFA 5OZ9A 2NMZA 4I0GA 5HTZA 5P7HA 3SACA 1MESA 4MC1A 5P0OA 5P0LA 3DOXA 5P0GA 2ZJMA 2QHCA 5P01A 5IVSA 3QN8A 3QP0A 5P79A 4Y9WA 4QJ6A 1XE6A 5P71A 4Y3WA 1FIVA 2WF0A 4EYRA 3Q4BA 5P6UA 3APPA 1BDRA 4JOOA 1LYWA 2HIZA 3NDUA 2ZGAA 1NPWA 1NPVA 2R9BA 3O9IA 4GB2A 3R4BA 3ECGA 2AODA 2AOCA 4CMSA 5P5QA 1EPLE 2P8HA 3PGIA 1ODXA 2O4NA 4I0DA 5KOQA 5DQ2A 4AUCA 1A94A 1MTBA 1C6ZA 3T3CA 2I4QA 4OC6B 5P1KA 2QHZA 4PYVA 4OBFA 1NPAA 3VSXA 5P1EA 3UDPA 5P7AA 5DPZA 4Z2ZA 4ZSQA 1APUE 5KR2A 4ZSMA 5HCTA 2R43A 5P4OA 2V11C 1RNEA 1XDHA 1KJFA 2A1EA 5P5RA 4ER2E 2B42A 3G70A 5P6CA 4Y58A 2G1RA 2RKFA 3KFSA 3D1XA 5P2ZA 1M43A 3VFAA 4QJ2A 3K5GA 4DJXA 4Q1NA 3PWRA 1KZKA 4EP2A 4CPRA 2VJ7A 5P1QA 1SMEA 2IKOA 5P1UA 5P4LA 4WTUA 4Y5CA 4L7GA 2OHKA 4KUPA 1DMPA 3GGAA 3UFNA 4L1AB 5OZ4A 1KJHA 1RQ9A 3ZL7A 4GJAA 4K4PA 5BRYA 1HVKA 3L3AA 3UDRA 3I25A 5OYRA 2BBBA 5P26A 5P8CA 3VYDA 5EZZA 4EP3A 5P74A 2VA6A 5P0JA 5P5UA 4Y6MA 3KT5A 1HXBA 4B77A 9HVPA 5P4VA 4LC7A 4GJBA 4GIDA 5P0RA 1NSOA 4YE3A 3VF5A 3FIVA 3O99A 4QJAA 3LPJA 1ZJ7A 3RVIA 5P36A 5P2JA 4HDBA 1OD1A 1IBQA 2ZDZA 3OY4A 4J0ZA 5OZJA 2OHMA 1UH8A 2B60A 4Y3QA 5P5GA 3IVHA 1KJGA 5P8TA 3EKYA 1OEWA 1LYBB 5DQ1A 5P83A 4Y3ZA 5P78A 1HVIA 5P0NA 1T6EX 5P8VA 3OK9A 5P6JA 2P4JA 2IL2A 2HPEA 1W6IA 5P8UA 4KE0A 3KYRA 5P46A 3PHVA 4Q1WA 3PLDA 5P73A 4R92A 5HU1A 4X2LA 5P7OA 3KDDA 5P7XA 2AVOA 3IA9A 3URLA 5CONA 4NPTA 1AVFA 2XFIA 1TQFA 2IRZA 3SA8A 1HIVA 3SA7A 3QRVA 4LAPA 1TCWA 1LF2A 4CPUA 4H3GA 5HE4A 5F01A 2PK6A 5P4CA 3UDMA 4F76A 1W5XA 1BDLA 5P44A 1FEJC 3SFCA 4BFBA 4GJ8A 3UDYA 3HW1A 2R5QA 1GNMA 5P4QA 1PFZA 1D4IA 1HEGE 4H3FA 3SA9A 3RSXA 4I0FA 2B7FA 4I0ZA 1IVPA 5P5FA 5P05A 2QU3A 5SY3A 1HTEA 4AMTA 5P4ZA 5P0FA 2OHRA 4J0PA 4EJKA 3SLZA 1A8KA 3TNEA 4K9HA 2QZKA 4I0JA 3QBFA 3BVAA 4EQ0A 3LNKA 5P84A 3L5FA 1MSNA 1YM4A 5OZ7A 4Y3LA 3KT2A 3NU3A 1HEFE 5P6HA 2FDEA 4D8CA 1MT8A 1SP5A 1SBGA 2H6SA 2A4FA 5P7IA 2NMYA 5JFUA 5P3CA 5P0IA 5P7MA 2RSPA 5P5OA 2AOEA 4LP9A 3EKXA 2G94A 3PM4A 4KE1A 4DJYA 3EM6A 5P5ZA 5I3WA 3SAAA 1TSUA 3ZMGA 2I0DA 2QI5A 4S1GA 4MC9A 1BV7A 5P8DA 1ZPKA 3EM3A 4Q1YA 4QLHA 1EPQE 2O40A 5P75A 1N49A 1BWAA 5C9FA 5P0PA 5P3VA 1HIHA 3QRMA 3VCMA 3LZYA 3BGCA 5DR7A 2BKSA 5P7EA 4DJUA 4DPFA 1QBUA 4Y5LA 2AZ9A 3RSVA 1ENTE 2ZHRA 3MXEA 4Y47A 4RGHA 4GJCA 1K6VA 2ASIA 2QK5A 4J55A 4LXKA 3SABA 4Y38A 3LPKA 3HAWA 2FNTA 2HAHA 5IE1A 4Y3JA 3LZSA 2P3BA 3EMYA 5OYWA 5P25A 1BV9A 5P7WA 5P18A 5P5XA 1GNNA 5P1WA 4PHVA 5P3SA 2OHQA 5OZEA 5P7NA 4CPSA 5P1FA 3UDNA 1LYAB 5P0ZA 4YBFA 3MSLA 5OZKA 2G1YA 3PI0A 2VKMA 1W51A 3K5DA 3EKPA 4YD3A 4IVSA 1K6PA 4L7HA 5P6BA 3KM4A 1FB7A 3TPPA 2ER6E 3GGXA 4FS4A 4DI2A 2QNPA 5P7QA 2VIZA 1HRNA 2VS2A 5P0SA 4ZPEA 3VLBA 4GJ6A 2BJUA 2HB2A 3TKGA 4PZXA 2G69A 4FGXA 5P6PA 4Z50A 4JP9A 1C70A 5OZDA 5P2KA 3QBHA 3GGVA 3OGPA 1HPXA 3OUBA 1EBKC 1ER8E 3R2FA 3NU5A 5HU0A 1LEEA 5P3JA 2QI0A 4U8WA 4GMIA 3CKRA 5P2QA 5P47A 3L5BA 5P8FA 4R93A 2OHTA 5DR0A 5P5KA 2HC0A 4Y4TA 5P1JA 4HEGA 4Y45A 5P0DA 2AOIA 3D3TA 3FV3A 1IZEA 3OUCA 1DP5A 3EL0A 4BELA 5P2TA 1PPKE 1YTHA 1YX9A 3NSHA 5P64A 3KMXA 5I3YA 4FIVA 4Y43A 1K1TA 5P77A 5P7GA 2RENA 1FKNA 3QS1A 1WKRA 1B6JA 2HS2A 3KDBA 1WBKA 4F74A 2AVSA 1BVEA 1UPJA 1B6KA 2QI6A 3OUDB 2AIDA 4Y37A 4YA8A 4Y3RA 5P1DA 1META 1BXOA 3NU4A 4B00A 3NU9A 4DQGA 4OBZB 4DQHA 3T7XA 3A2OA 3OQFA 5OZXA 4TVGA 1HBVA 3OXWA 1FQ8A 2AOHA 2FIVA 2HPFA 3IN3A 2CEJA 1A30A 5P67A 1FQ5A 3S7MA 1IZDA 5COKA 5P3EA 5P69A 5P86A 3KFRA 5DGWA 5P29A 5P4FA 1T6GA 3S43B 1MEUA 1KJ4A 5BS4A 4JPCA 4R8YA 1D4KA 5OZPA 2BQVA 4YOAA 2PMAA 1E82E 5P54A 5P6GA 1BILA 3INEA 5P72A 3ZKIA 3I6OA 5OZOA 4J1CA 3HBOA 5APRE 5P51A 2O4KA 1FQ6A 4OBHA 5P3GA 5P56A 4F75A 2OAHA 5OYTA 4Y3EA 5P2VA 3RU1A 5P8KA 3INFA 5P4PA 3ST5A 1G0VA 5P0UA 3QROA 3G6ZA 3IVIA 5OYZA 5P3QA 2V00A 1HSHA 3SA3A 5P8IA 2PC0A 4K4RA 4QGIA 5P8NA 4Y4GA 2AQUA 5OYVA 4Y48A 5AHBA 5P45A 5P11A 1AJXA 5P5VA 4I11A 3PSUA 2Z4OA 3ZPUA 2G22A 3TTPA 3TLHA 3O9DA 4RZ1A 1FMUA 2PK5A 5P63A 2F3KA 3DCRA 5OZBA 2BPXA 2ZE1A 5P5DA 3OU4B 5P0CA 2QP8A 1EPME 5OZZA 4LHHA 2QI4A 4EJLA 5HVPA 5P8LA 5P02A 4Y4XA 3URIA 4Y4UA 5P1XA 4GJ5A 4Y39A 5P2AA 1MRWA 4Y36A 2G24A 3LZVA 1FFFC 5P5CA 5P6MA 5P2LA 1ZSFA 2FXEA 4J0TA 4ZE6A 1ODYA 2Q5KA 1EC2A 5P3TA 4DV9A 3BUGA 2BPVA 2QNQA 3HDKA 3QIHA 5IVTA 5OZ3A 4Y3MA 5P3NA 1HVJA 4K4QA 5P58A 5OZ0A 1G2KA 4KB9A 5B18A 5P52A 5P03A 4ZPGA 4DH6A 2OHPA 4EHCA 5CLMA 4I8ZA 3GGUA 2WEZA 3OXVA 1TZSA 1UH9A 3INDA 4Y5NA 3NR6A 3KDCA 3O9AA 5P43A 4NKKA 2I0AA 4B0QA 3N4LA 1TCXA 1HTGA 3ZKMA 1FMXA 4APRE 5P4SA 3LIYA 4YDFA 4XX3A 3CKPA 3I7EA 3D91A 5P2MA 3IXOA 4ZIPA 2J9JB 3HLOA 5P5PA 1B6PA 1IDAA 1HXWA 4I8WA 2QMDA 4RVJA 5KQXA 5P3OA 5P5SA 2CENA 5DR8A 4DJWA 4CP7A 1QBRA 3S53A 4NJUA 5P5BA 4COEA 2F81A 4OD9B 5KQFA 5P3DA 4BFDA 3PI5A 5P50A 4FRKA 3KN0A 3HVGA 1SIVA 2AOJA 2VJ9A 5P2UA 4GJDA 3UQXA 3R0WA 3EL1A 1XN2A 4U7QA 4B1DA 2VA5A 2WF2A 4OBJA 5P0EA 4Y50A 2ER0E 4H3JA 3OQDA 5P1OA 3OAGB 5P32A 4D83A 2V10C 4B70A 5UPJA 3U71A 8HVPA 3EM4A 5OZ5A 5P4EA 5P8AA 1W50A 2BB9A 3EXOA 5P4YA 5P68A 1G6LA 1HVRA 5OZ8A 2ZHVA 5IVRA 4Y4AA 3F9QA 5P1HA 5OYYA 1IIQA 4EXGA 4RCFA 3VYFA 4FSLA 4Y44A 1D4SA 3O9BA 3OU1B 4K8SA 5P4NA 5P2NA 4ER1E 1QDMA 5OZTA 5P0MA 3OU3A 3QI1A 5KR8A 3Q70A 2NXDA 5P1SA 4RRNA 4DFGA 1TW7A 1MTRA 5P5HA 5P1ZA 3T7QA 4LBTA 3EL9A 3UQUA 1B6MA 5P80A 2F3EA 1SDTA 5P1RA 1TSQA 1OHRA 5P49A 3ZKXA 4A6BA 2QI7A 3LHGA 1XE5A 1AIDA 2ZJLA 2F3FA 3O9GA 2OHSA 3DM6A 2R5PA 3T11A 2MIPA 1QBSA 1E80E 1FGCC 4DJRA 5P5WA 4RCEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2C A;  1GVV A;  2ZJH A;  5PEP A;  1LZQ A;  4Y5K A;  5P6Z A;  4QJ7 A;  4FL8 A;  1FG6 C;  3CIC A;  4HLA A;  2VNN A;  5P5T A;  3NXN A;  5ER2 E;  2G26 A;  4Y4W A;  3OQK A;  4B78 A;  5P4B A;  1SIP A;  4EJ8 A;  1GVX A;  2I4X A;  2WL0 A;  5P1B A;  5P4W A;  4DUS A;  5P53 A;  5P6N A;  1PPL E;  3QPJ A;  1AJV A;  3L58 A;  3BXS A;  1G35 A;  2XYF A;  2SAM A;  3TOG A;  1Z1R A;  4CPW A;  2PQZ A;  3L38 A;  3ER5 E;  2I1A A;  1YTI A;  5OZA A;  1AXA A;  2PYN A;  3ZKG A;  1E5O E;  2P83 A;  3CIB A;  3KMY A;  3OQ7 A;  5OZL A;  6APR E;  4Y3G A;  3EKV A;  5HDU A;  4OBZ A;  4Y3T A;  1HTF A;  3ZOV A;  4YCK A;  5P59 A;  5P3L A;  5HE7 A;  7HVP A;  2RMP A;  3DJK A;  3L5C A;  3Q5H A;  3L59 A;  1T7I A;  5P3R A;  3O9H A;  5P62 A;  1BWB A;  5P5M A;  1YTG A;  2BPW A;  5P17 A;  4N00 A;  4WY6 A;  3KFN A;  1B5F A;  3U6A A;  1KJ7 A;  3EL4 A;  4FM8 A;  3S43 A;  3DV1 A;  4UPJ A;  4YD6 A;  2IKU A;  5F00 A;  4BEK A;  5P6X A;  5P0X A;  5DQC A;  4FM7 A;  5P2W A;  2PYM A;  3RTM A;  5P33 A;  5P5N A;  3LZU A;  5P1T A;  5P6V A;  4Q5M A; 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 4GJC A;  1K6V A;  2ASI A;  2QK5 A;  4J55 A;  4LXK A;  3SAB A;  4Y38 A;  3LPK A;  3HAW A;  2FNT A;  2HAH A;  5IE1 A;  4Y3J A;  3LZS A;  2P3B A;  3EMY A;  5OYW A;  5P25 A;  1BV9 A;  5P7W A;  5P18 A;  5P5X A;  1GNN A;  5P1W A;  4PHV A;  5P3S A;  2OHQ A;  5OZE A;  5P7N A;  4CPS A;  5P1F A;  3UDN A;  1LYA B;  5P0Z A;  4YBF A;  3MSL A;  5OZK A;  2G1Y A;  3PI0 A;  2VKM A;  1W51 A;  3K5D A;  3EKP A;  4YD3 A;  4IVS A;  1K6P A;  4L7H A;  5P6B A;  3KM4 A;  1FB7 A;  3TPP A;  2ER6 E;  3GGX A;  4FS4 A;  4DI2 A;  2QNP A;  5P7Q A;  2VIZ A;  1HRN A;  2VS2 A;  5P0S A;  4ZPE A;  3VLB A;  4GJ6 A;  2BJU A;  2HB2 A;  3TKG A;  4PZX A;  2G69 A;  4FGX A;  5P6P A;  4Z50 A;  4JP9 A;  1C70 A;  5OZD A;  5P2K A;  3QBH A;  3GGV A;  3OGP A;  1HPX A;  3OUB A;  1EBK C;  1ER8 E;  3R2F A;  3NU5 A;  5HU0 A;  1LEE A;  5P3J A;  2QI0 A;  4U8W A;  4GMI A;  3CKR A;  5P2Q A;  5P47 A;  3L5B A;  5P8F A;  4R93 A;  2OHT A;  5DR0 A;  5P5K A;  2HC0 A;  4Y4T A;  5P1J A;  4HEG A;  4Y45 A;  5P0D A;  2AOI A;  3D3T A;  3FV3 A;  1IZE A;  3OUC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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