4PJZA

Crystal structure of t4 lysozyme-gss-peptide in complex with teicoplanin-a2-2
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/antibiotic
molecule keywords TEICOPLANIN-A2-2
publication title X-ray Crystal Structure of Teicoplanin A2-2 Bound to a Catalytic Peptide Sequence via the Carrier Protein Strategy.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4pjzA00
3HH5A 1L25A 3DMVA 1L79A 1C64A 1XJTA 3D4SA 3FI5A 4I7TA 1L98A 238LA 177LA 167LA 1QS9A 3CDVA 3GULA 2B70A 1P2LA 1G0MA 250LA 1LYHA 1CX6A 1C69A 1L56A 1L91A 1P2RA 1QT3A 3DN4A 1C6TA 1C6MA 2B6WA 3EMLA 1L13A 1C62A 1LYJA 220LA 1L90A 1C6AA 4I7NA 1PQOA 2OTYX 1L69A 1NHBA 1L14A 3GUIA 1QUOA 1L71A 1QUDA 199LA 1L31A 164LA 1CV1A 3V2WA 2ANXA 169LA 252LA 2Z6BA 1CU3A 128LA 3OE8A 224LA 1L48A 1L76A 242LA 1L02A 198LA 4I7OA 1L55A 2RB0X 211LA 1G0JA 2LCBA 1L83A 1P37A 3SB5A 104LA 1P5CA 205LA 2F2QA 1L19A 216LA 191LA 1QTBA 2NTHA 1L04A 1G1VA 1DYEA 1L64A 1L00A 1LW9A 1L72A 1QSQA 1L49A 200LA 3L2XA 120LA 1L59A 1L51A 1C6KA 3DN6A 2CUUA 1B6IA 162LA 1DYAA 145LA 1L88A 1C63A 4EPIA 3C80A 4LZMA 1L84A 1L42A 1L03A 1L94A 257LA 6LZMA 2OE9X 1L22A 4OO9A 126LA 152LA 3GUOA 4W52A 1C6FA 1L92A 240LA 1P56A 1G1WA 2F32A 243LA 4EKRA 181LA 1DYBA 4IAPA 1L21A 3DN8A 3HDEA 3C8RA 3HWLA 1XJUA 3V2YA 1T8FA 1L58A 3GUPA 1L95A 1LGXA 1L10A 1L75A 1C6NA 1QT7A 2LC9A 3CDOA 4W51A 186LA 4K5YA 4GRVA 1PQKA 156LA 1G06A 143LA 3C83A 183LA 5I14A 4I7KA 1L23A 2RB1X 1L18A 1L47A 1L34A 3CDRA 1LI3A 1L96A 1G0KA 1G0GA 1QUHA 1PQMA 1L45A 4ARPA 139LA 142LA 130LA 1C6CA 1LGWA 1L82A 231LA 127LA 244LA 1L62A 141LA 1DYDA 249LA 1KW5A 2RBRA 1C6EA 3SBAA 1OYUA 1OWYA 3SB9A 4YXAC 1DYFA 1C67A 189LA 3CDTA 2OE4X 3LZMA 1P64A 4DKLA 2L78A 1L20A 1C61A 1PQDA 1L06A 148LE 1L26A 3OE6A 4W57A 2IGCA 3L64A 1L53A 184LA 1P46A 182LA 160LA 210LA 1L74A 1L27A 1LPYA 215LA 2B6YA 2OE7X 1CUPA 1QTZA 1SX2A 1L80A 1D9WA 1KS3A 4I7QA 3K2RA 137LA 1KNIA 168LA 3SN6R 3C81A 1XEPA 2RB2X 3OE9A 119LA 3HT7A 1L46A 255LA 217LA 2O79A 3DNAA 247LA 3OE0A 3F9LA 4ARQA 1L16A 1L60A 4ARJA 3DN1A 4I7PA 1QTCA 1L17A 1C66A 3NY9A 1I6SA 1T97A 165LA 223LA 225LA 187LA 161LA 159LA 1JTNA 239LA 1PQJA 1C6GA 1L32A 3HUQA 1QTHA 1L43A 3DN0A 221LA 114LA 1L85A 1QT8A 4S0WA 1L44A 4DJHA 4W54A 122LA 3QAKA 1EPYA 1L37A 3HU8A 2Q9DA 2B6TA 155LA 1C6JA 1L0KA 144LA 2ANVA 107LA 2OEAX 115LA 261LA 3DN3A 3DMXA 3SBBC 1L28A 166LA 1D2WA 1C6BA 1L54A 4ARMB 1QT4A 3GUMA 1L87A 1OWZA 7LZMA 1SSYA 2A4TA 3HTBA 1G0LA 1L15A 1KW7A 2LZMA 2QB0B 3DKEX 4EKPA 1LYFA 118LA 3HT8A 218LA 228LA 1KY1A 1L77A 2RBPA 1L99A 1CV6A 3HUAA 2HUKA 3FA0A 1WTHA 3HH6A 185LA 1T8GA 253LA 254LA 3PDSA 1L66A 1QT6A 1SX7A 2B7XA 1L57A 1CU0A 222LA 3DN2A 262LA 3HTDA 2B75A 1DYCA 1L65A 2RBNA 3G3VA 1CX7A 4I7RA 226LA 3C7ZA 1D3FA 140LA 3C8SA 3DMZA 3HH3A 235LA 1L05A 237LA 163LA 4EJ4A 1SSWA 2RH1A 180LA 1CUQA 2B6ZA 196LA 3C7YA 3RUNA 176LA 1CV0A 1JQUA 1G07A 233LA 150LA 260LA 1KY0A 245LA 1C6LA 1C60A 4ZPUA 1G0QA 1L30A 3G3WA 212LA 1LYIA 188LA 3HH4A 1TLAA 3GUKA 1LLHA 4I7JA 103LA 251LA 4EKQA 246LA 259LA 3C82A 4W59A 2F47A 1K28A 3PBLA 1L12A 1L81A 1D3MA 4DAJA 1C6QA 1QSBA 3C8QA 3C7WA 236LA 4EKSA 1QUGA 109LA 2Q9EA 192LA 201LA 3HDFA 1PQIA 1LGUA 3HTGA 3NYAA 138LA 1LWGA 1L33A 3SB7A 1QT5A 1JTMA 4I7SA 1CU6A 4YXCA 241LA 1CVKA 3UONA 1OVKA 1LWKA 1QTDA 4LDOA 2OU8A 232LA 1L68A 1L11A 2RBQA 2OTZX 1P7SA 256LA 1L09A 108LA 112LA 3SB6A 1L41A 2NTGA 2RAYX 4EXMA 3SB8A 2OU9A 102LA 4AQNA 1ZYTA 248LA 4EPFA 2B6XA 172LA 1LYEA 1G0PA 1L50A 4GBRB 1L86A 1LI6A 3HU9A 1LYDA 4I7MA 258LA 111LA 2HULA 1ZWNA 157LA 2RBOA 1C68A 1L35A 230LA 2O7AA 3FADA 173LA 209LA 1QTVA 1L39A 1C6PA 1SWYA 4PK0A 1CU5A 1D2YA 1LI2A 1ZURA 3JR6A 1L89A 2B73A 1CU2A 110LA 2QARC 1T8AA 3RZEA 1OVHA 3GUJA 1C65A 1L24A 175LA 147LA 4ARLA 1L97A 3F8VA 3VW7A 1OVJA 1T6HA 1L70A 4W53A 234LA 3GUNA 5LZMA 113LA 1DYGA 4W55A 214LA 1L61A 1C6DA 4E97A 2HUMA 1SWZA 3HTFA 3ODUA 195LA 1CV5A 1OV7A 146LA 3HT9A 170LA 1L08A 3NY8A 4LDEA 174LA 3HT6A 4W56A 206LA 197LA 4W58A 213LA 1L01A 1L38A 2B74A 151LA 1L63A 1L36A 1L67A 3G3XA 1C6HA 1L07A 4PJZA 149LA 2RAZX 1L73A 125LA 158LA 1L93A 4LDLA 1D3JA 1L52A 1LYGA 129LA 1L0JA 1D3NA 1C6IA 178LA 2O4WA 123LA 1CTWA 1P3NA 4I7LA 229LA 1CV4A 1P36A 2OU0X 1CV3A 219LA 1L29A 1L40A 2B72A 4ARMA 4YX7C 171LA 190LA 4ARQB 1QS5A 3HUKA 131LA 2RBSA 1P6YA 227LA 3CDQA 1OV5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HH5A 4B1AA 3TXIA 2LYMA 3W6AA 1L79A 1JIYA 1LMPA 3A95A 1EQEA 1LZTA 4XENA 2B70A 3LZ2A 4BAPA 1CJ7A 1L56A 1O23A 1P2RA 1QT3A 2MEDA 1C6TA 3EMLA 4LGKA 5LIOA 1JISA 1L90A 4OWEA 1PS5A 1LHKA 2I6ZA 1L14A 1L31A 3WXUA 164LA 169LA 1LJ4A 242LA 4I7OA 3D9AC 1P5CA 4RDSA 1ZVHL 2F2QA 1L19A 4HTQA 1INUA 1VDTA 216LA 3QE8A 2NTHA 3WPJA 4TSCA 1L64A 4LT2A 1L72A 1QSQA 1L49A 5HNCA 120LA 1L51A 1T6VL 3FE0A 2CUUA 162LA 1KXWA 1WQMA 2BQIA 4EPIA 1L42A 2HU3A 1DI5A 1NDMC 4OO9A 4NGLA 152LA 3GUOA 2YBHA 3HBEX 1BHZA 5APFA 240LA 2BQCA 1LZ6A 8LYZA 2F32A 3W6CA 1NBZC 4EKRA 5D5CA 2HECA 5L3HA 3WU9A 4IAPA 1L21A 3WVYA 5LA5A 3C8RA 3HWLA 3V2YA 1T8FA 1DI3A 4PRQA 4FJRA 5LYZA 1C6NA 3A6CY 208LA 4LYZA 1N4FA 3ATOA 3T36A 5K7OA 1GFGA 5KXOA 1L18A 5LXWA 1GXV2 1L34A 1LI3A 1GB0A 1G0KA 1G7JC 2EKSC 1L45A 4ARPA 4M4OA 142LA 5APCA 5APDA 1IO5A 5KXSA 1OYUA 3SB9A 1LZBA 2IFFY 5II3A 1C67A 1NHEA 2FBBA 2BQBA 1L20A 1C61A 1PQDA 1IWZA 1L06A 1QTKA 3BKVA 4LYCA 184LA 2B5ZA 1IC5Y 1FKVA 1XGTC 3TMUA 1GFTA 4WL7A 1QTZA 1SX2A 1D9WA 1JJ1A 4NHTA 3A92A 3P64A 3K2RA 137LA 1I56A 1D0LA 3C81A 4WM1A 2YSSC 1IP5A 119LA 1OUFA 3HT7A 1YANA 2Z2FA 217LA 2O79A 3P66A 3WPKA 4ARQA 1L16A 1L60A 4DC4A 1B5UA 2Z39A 2HEDA 1QTCA 4ET9A 4NIJA 4Z46A 2YBIA 3FI7A 1TCYA 165LA 187LA 161LA 1LZRA 5IHGA 3A91A 159LA 1L32A 2G4QA 3HUQA 1B7LA 1QT8A 1GB8A 3TXEA 2ZIKA 4W54A 1FLWA 1HSXA 2Q9DA 4H9IA 144LA 2ANVA 2DBTA 1HEMA 1JPOA 2X0AA 3SBBC 3P4ZA 3TXJA 1L54A 1L87A 1LPIA 4DQJA 1YROA 4DWXA 4J7VA 1IVMA 2QB0B 2LZMA 1LSPA 228LA 4CHXA 1GE0A 1OUEA 4U3XB 2HEFA 1DPWA 2HUKA 3FA0A 1GF0A 1HF4A 3PDSA 1LSCA 1LHLA 3DN2A 3HTDA 2B75A 2RBNA 3A93A 5HNLA 3LHMA 1CUQA 3C7YA 196LA 3RUNA 4KL7A 1D6PA 1HNLA 4XJHA 4WM5A 4NGIA 1HEQA 1IP2A 1LMCA 4H91A 1GF3A 4LT3A 1G0QA 188LA 3HH4A 3TXKA 1JWRA 1LLHA 5FSTA 1REYA 4W59A 1K28A 3MGWA 2H5ZA 1QSBA 1GBZA 3GXRA 2VB1A 1QUGA 2FYCA 1NF5A 1BVKC 3WXTA 5B07A 1PQIA 4M6DA 1LGUA 138LA 1QT5A 1CU6A 4YXCA 1B7SA 1YAQA 2OU8A 1CKFA 1B5VA 1C7PA 4QEQA 108LA 112LA 3SB6A 4WLYA 4OW1A 4EXMA 3SB8A 9LYZA 1IP3A 3WU7A 102LA 1I1ZA 2ZQ4A 4TUNA 2BAAA 1LHIA 1ZWNA 4NHIA 1GE3A 2RBOA 1ALCA 2O7AA 4UWUA 2BPUA 5LAFA 5DN5A 1QTVA 1UC0A 3B0OA 4LZTA 4YEOA 1UIFA 5FHWA 4PK0A 4OWBA 1JEFA 1L89A 2B73A 2QARC 4GN3A 3RZEA 1G7HC 1GF4A 5J7CA 1L70A 3ZEKA 1TBYA 1DYGA 214LA 1L61A 1C6DA 3AB6A 1IWXA 4E97A 1HELA 195LA 1LSZA 1WQPA 1L08A 1DZBX 1TDYA 4W56A 1B7QA 4NGZA 206LA 3TXHA 1L38A 3N9EA 1C6HA 4PJZA 1L73A 158LA 5A3ZA 4MR1A 1L0JA 1IY3A 1JKAA 4I7LA 4PPOA 4HV1A 2BQDA 3AW7A 4Z3MA 1ZVYB 2BQGA 4CFOA 1LSYA 1FBIX 3HFMY 3T6UA 1P6YA 2MEAA 5LVJA 1OV5A 4NGWA 3DMVA 5KXWA 5JENB 4NG1A 238LA 5KXYA 177LA 1QS9A 3VWOA 1IC4Y 1G0MA 1HFZA 1CX6A 1C69A 1OUIA 1J1XY 4H8YA 3DN4A 2I25L 4J0LA 1GAYA 1HFYA 4IATA 1YIKA 1L13A 1LYJA 220LA 1YKYX 1C6AA 4I7NA 1PQOA 2Z19A 4WOAA 1NHBA 3GUIA 1WQRA 1CV1A 1GB6A 2ZNXY 3B72A 4H92A 5F14A 1CU3A 2BLYA 3ZVQA 1UIGA 1F6SA 2XBSA 1WQNA 3CQLA 1IWWA 4XJBA 1L83A 104LA 205LA 1OUBA 5DN4A 1L04A 2Z18A 1LZGA 1GWDA 2D6BA 4B49A 1L59A 1C6KA 1B6IA 1DYAA 145LA 1L88A 1C63A 4WG1A 1L03A 1XGUC 3LYMA 3HBDA 2F2NA 1LZ5A 1BGIA 1UIAA 4G9SA 3SP3A 1L92A 2DQGY 2N5ZA 1P56A 2EQLA 3TMVA 3CSRA 1LZCA 4XN6A 243LA 4WM2A 181LA 3DN8A 4N9RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HH5 A;  4B1A A;  3TXI A;  2LYM A;  3W6A A;  1L79 A;  1JIY A;  1LMP A;  3A95 A;  1EQE A;  1LZT A;  4XEN A;  2B70 A;  3LZ2 A;  4BAP A;  1CJ7 A;  1L56 A;  1O23 A;  1P2R A;  1QT3 A;  2MED A;  1C6T A;  3EML A;  4LGK A;  5LIO A;  1JIS A;  1L90 A;  4OWE A;  1PS5 A;  1LHK A;  2I6Z A;  1L14 A;  1L31 A;  3WXU A;  164L A;  169L A;  1LJ4 A;  242L A;  4I7O A;  3D9A C;  1P5C A;  4RDS A;  1ZVH L;  2F2Q A;  1L19 A;  4HTQ A;  1INU A;  1VDT A;  216L A;  3QE8 A;  2NTH A;  3WPJ A;  4TSC A;  1L64 A;  4LT2 A;  1L72 A;  1QSQ A;  1L49 A;  5HNC A;  120L A;  1L51 A;  1T6V L;  3FE0 A;  2CUU A;  162L A;  1KXW A;  1WQM A;  2BQI A;  4EPI A;  1L42 A;  2HU3 A;  1DI5 A;  1NDM C;  4OO9 A;  4NGL A;  152L A;  3GUO A;  2YBH A;  3HBE X;  1BHZ A;  5APF A;  240L A;  2BQC A;  1LZ6 A;  8LYZ A;  2F32 A;  3W6C A;  1NBZ C;  4EKR A;  5D5C A;  2HEC A;  5L3H A;  3WU9 A;  4IAP A;  1L21 A;  3WVY A;  5LA5 A;  3C8R A;  3HWL A;  3V2Y A;  1T8F A;  1DI3 A;  4PRQ A;  4FJR A;  5LYZ A;  1C6N A;  3A6C Y;  208L A;  4LYZ A;  1N4F A;  3ATO A;  3T36 A; 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