4PJZA

Crystal structure of t4 lysozyme-gss-peptide in complex with teicoplanin-a2-2
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/antibiotic
source organism Enterobacteria phage t4
publication title X-ray Crystal Structure of Teicoplanin A2-2 Bound to a Catalytic Peptide Sequence via the Carrier Protein Strategy.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TEICOPLANIN-A2-2
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4pjzA00
3G3XA 4I7SA 152LA 3L64A 237LA 1L14A 144LA 165LA 1G0PA 3HUKA 1D3NA 1SX7A 2Q9DA 1L57A 1L92A 1C62A 1SSYA 3HUAA 3OE9A 1L90A 1L05A 1QTHA 3C83A 1T8FA 2Q9EA 1L42A 254LA 173LA 174LA 1L32A 3SN6R 235LA 110LA 2F32A 3HU8A 109LA 1C60A 1QSBA 1CUQA 2OE9X 192LA 1L67A 4EKPA 1L06A 1L22A 250LA 1QT3A 3FI5A 1L33A 1LWGA 1EPYA 3NY8A 1L50A 1L47A 197LA 3HH4A 1L94A 1CVKA 1C6GA 1ZWNA 2OEAX 1WTHA 1XJUA 1L13A 1L65A 2ANXA 115LA 4ARQA 1KW7A 3OE6A 5LZMA 1SWZA 211LA 2B6YA 1L04A 1C69A 1DYGA 1L88A 1QTDA 212LA 1G07A 2HULA 1OV5A 1L93A 4ARMB 231LA 1C6BA 236LA 4ARLA 130LA 1PQJA 1L28A 166LA 1L49A 261LA 3C8QA 1OVHA 1ZYTA 3CDOA 2OTYX 2B75A 176LA 1C6DA 2B6TA 1L27A 1C63A 1L19A 3HT7A 1G0QA 1B6IA 215LA 4ARJA 4EKQA 3GUMA 1LYDA 4W51A 162LA 3NYAA 2IGCA 1CU3A 108LA 1L80A 1QUOA 1LYFA 113LA 3CDVA 1C6HA 131LA 5I14A 3C80A 1L86A 1L77A 3RUNA 1DYAA 3ODUA 189LA 137LA 4S0WA 224LA 3F9LA 1QS9A 1L82A 3FADA 1OVJA 180LA 3CDRA 6LZMA 168LA 1L98A 222LA 1LLHA 1P46A 1G1WA 188LA 1T97A 3PBLA 2L78A 3OE8A 1L12A 262LA 126LA 1QUDA 1L15A 159LA 1KY0A 2O4WA 1L73A 3UONA 7LZMA 2B74A 1D3FA 1CV5A 1TLAA 1L87A 1P2LA 107LA 1D3MA 3C82A 3V2WA 1QT6A 1L03A 198LA 248LA 1L74A 149LA 1L97A 3HH3A 1L16A 1L95A 3C8RA 4OO9A 1C6LA 1L31A 4DJHA 1C6KA 112LA 4I7LA 1P5CA 145LA 1C6MA 1JQUA 1PQOA 3DMVA 1L11A 3HDFA 1CX6A 4E97A 1L09A 1OWYA 3QAKA 1XEPA 3HTFA 3DKEX 182LA 3DNAA 4YX7C 1LGXA 1L59A 1D3JA 2RBQA 1OVKA 229LA 3LZMA 3C81A 1C6CA 3SBAA 2Z6BA 1QS5A 200LA 3HDEA 119LA 1LGWA 4EPFA 172LA 1QTVA 1L89A 158LA 4PK0A 1C6AA 3V2YA 4I7OA 1L36A 1L91A 2F2QA 1LPYA 1SSWA 1CU2A 1G0GA 3GUJA 1L0JA 4I7QA 3SB8A 1CV6A 129LA 1QTZA 252LA 1QT8A 4ARPA 1L79A 1L51A 2F47A 3C7WA 1CV1A 251LA 1CTWA 1G06A 4YXCA 1DYBA 2CUUA 3G3WA 1P36A 3SB5A 199LA 2RAYX 1L21A 4I7TA 3DN4A 1C6EA 1D2WA 253LA 2OU8A 223LA 1C68A 4W55A 4YXAC 1L69A 3DN0A 1L01A 1QTCA 4ARMA 1P6YA 4LDLA 1LYEA 2OTZX 195LA 2RB0X 1L40A 2RBNA 4ZPUA 3D4SA 1L43A 4W59A 256LA 246LA 3HH5A 3HTDA 1L38A 1DYCA 226LA 142LA 1DYEA 3HT6A 1L99A 1L83A 242LA 260LA 1DYDA 1L07A 2B6XA 1CU0A 1L72A 1T8AA 3GUKA 3NY9A 3HT8A 1CU6A 2NTHA 1DYFA 2ANVA 1SWYA 1LWKA 255LA 239LA 1CX7A 1L81A 3G3VA 1NHBA 3C8SA 1C61A 1LGUA 218LA 2O7AA 1L37A 3F8VA 206LA 1PQDA 2OU0X 1KW5A 102LA 1T6HA 120LA 1LI3A 227LA 3HT9A 1OYUA 3GUOA 185LA 187LA 1I6SA 1P56A 103LA 2B70A 157LA 1T8GA 171LA 2QB0B 1C6QA 151LA 3DMZA 2B6WA 167LA 1LYGA 3PDSA 170LA 1L75A 1D2YA 1L25A 1C64A 1L02A 2A4TA 4GRVA 3L2XA 1C6IA 2RB2X 238LA 257LA 232LA 138LA 1L0KA 1LYJA 177LA 1P7SA 4K5YA 1QTBA 1CU5A 258LA 3EMLA 186LA 1L64A 1L10A 4LDOA 1L66A 2HUKA 3GUPA 1QT4A 2QARC 190LA 122LA 1C6NA 1L85A 1L26A 1L29A 241LA 4EKSA 3OE0A 205LA 169LA 220LA 2LC9A 1G0JA 1L08A 1D9WA 1G1VA 104LA 1C66A 4EPIA 1K28A 1P3NA 1L61A 1C65A 3SB7A 1L55A 191LA 139LA 147LA 4W56A 1L39A 2OE7X 2RB1X 1LYHA 2RBSA 4W57A 1L44A 3SBBC 1CUPA 1L18A 3HH6A 2HUMA 1LW9A 1C6PA 1JTMA 3HU9A 213LA 4LZMA 181LA 1L71A 4W53A 1P2RA 196LA 2B6ZA 1L24A 1L48A 233LA 3DMXA 3HTGA 3SB6A 2RBOA 2RAZX 4ARQB 228LA 3DN1A 4W58A 4I7NA 2B73A 217LA 4I7PA 1QT5A 3SB9A 3GUNA 125LA 2OU9A 244LA 210LA 1ZURA 1L46A 1QT7A 1L52A 146LA 3JR6A 141LA 1L60A 2RH1A 3GUIA 4W54A 1L35A 1L84A 160LA 140LA 156LA 161LA 184LA 128LA 148LE 1L70A 1OWZA 3VW7A 225LA 2O79A 4I7KA 1CV0A 3HWLA 245LA 123LA 2RBPA 1G0KA 3FA0A 4PJZA 1L30A 259LA 2RBRA 1C6JA 1L45A 150LA 3HUQA 1L17A 3DN8A 1XJTA 163LA 221LA 3HTBA 1L34A 1JTNA 1L56A 1OV7A 1L96A 4DAJA 4GBRB 219LA 111LA 1P37A 3C7ZA 1L76A 1C6FA 4AQNA 1LI2A 178LA 3RZEA 4DKLA 249LA 2LCBA 4I7MA 183LA 2LZMA 1QSQA 209LA 2NTGA 4I7JA 3DN3A 216LA 4EKRA 114LA 1C6TA 1L62A 1L53A 1QUHA 240LA 3K2RA 1G0MA 127LA 1L68A 164LA 201LA 2OE4X 4EXMA 4EJ4A 4IAPA 1LI6A 4LDEA 1P64A 1SX2A 1LYIA 4W52A 1CV4A 1L63A 2B7XA 1PQIA 3CDTA 1PQMA 1C67A 243LA 3DN2A 155LA 230LA 1L20A 118LA 1KS3A 1G0LA 247LA 143LA 1L23A 3DN6A 1L54A 234LA 2B72A 3C7YA 3CDQA 1PQKA 175LA 4I7RA 214LA 1L00A 1L41A 3GULA 1KNIA 1KY1A 1CV3A 1QUGA 1L58A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QEQA 1JKAA 4Z98A 3HUKA 1D3NA 4RW1A 1HF4A 3A96A 3AZ4A 1QTHA 2Q9EA 1WQOA 5KKIA 3A34A 1GF9A 174LA 1JPOA 1C60A 1QSBA 1VATA 1GF0A 4ML7A 1EPYA 1LYYA 4KPMA 1GFVA 1XJUA 1L13A 115LA 4YOPA 4ARQA 1KW7A 3OE6A 3AGHA 1L88A 2HULA 3AB6A 1OV5A 4DD1A 231LA 1SLYA 1REMA 4ARLA 1IC7Y 4NSJA 1PQJA 1MLCE 1GF5A 1L49A 4LT1A 3CB7A 1ZYTA 4H90A 1C6DA 3TXJA 1G0QA 1B6IA 215LA 3P66A 1B7QA 4XJHA 1YAPA 1UIGA 3LHMA 3NYAA 2IGCA 1LSEA 1IOQA 3CDVA 4BAPA 4N1CC 1C6HA 1JUGA 5I14A 1DI5A 4GLVA 4S0WA 224LA 5I54A 3K3TA 3WUNA 180LA 1L98A 2G4QA 222LA 1CJ7A 1XFPL 5HNLA 1G1WA 3WVXA 4IJ4A 1LZ8A 1L15A 1VDTA 135LA 2B74A 1D3FA 1P2LA 107LA 3C82A 1L03A 3B6LA 4TUNA 2YBIA 1L74A 5JENB 4M4OA 2HEEA 1GFUA 3TXKA 4ZFPA 3HH3A 1NHEA 1L31A 2Z18A 3AZ5A 3QY4A 1IP2A 4DJHA 112LA 1LCNA 1IORA 2ZQ3A 1LZTA 3DMVA 4WL6A 2HTXA 4QGZA 1UIAA 1L09A 1OWYA 1F6RA 1XEPA 1F6SA 3TXFA 4CFPA 4DDAA 1LMAA 3LZMA 3C81A 4NGJA 1CJ8A 5C6JA 1C10A 1IR8A 3ZEKA 4DD3A 4AXTA 172LA 1LSFA 1C6AA 4N1EI 3V2YA 2CDSA 1JKBA 1L91A 2F2QA 1LPYA 1G7HC 3MGWA 3GUJA 1GBOA 1LHHA 1IWYA 4N0JA 252LA 4ARPA 4GN4A 1CV1A 1GB0A 1CTWA 2D6BA 208LA 1BVKC 1LSNA 199LA 2RAYX 1L21A 4I7TA 1LYZA 223LA 4WG7A 1ALCA 5I4YA 4LDLA 1OUIA 5LA8A 2RB0X 1JJ0A 5I53A 1IP6A 4CGEA 4ZPUA 5AMYA 2RSCA 4W59A 246LA 1LHIA 1DYCA 226LA 1LTMA 1L83A 1LJGA 242LA 3A8ZA 4NHIA 5FDJA 1DYDA 4Z41A 4GCEA 3WMKA 1QSAA 2PC2A 1HMKA 255LA 1NHBA 218LA 2GV0A 4H94A 1I20A 4NWEA 1GFGA 1LSZA 3GUOA 4LYMA 3TMUA 2B70A 157LA 171LA 4OWEA 1IWXA 4XJDA 1YKYX 5FCPA 1GFEA 4TTDA 4XN6A 1G7MC 4NSIA 1GB7A 1L25A 3L2XA 2MEDA 1C6IA 2RB2X 238LA 3B0IA 4X3BA 1LZ6A 4H8XA 1L0KA 2C8OA 1QTBA 1GDXA 1LZ5A 2LYMA 1LSMA 1AM7A 5APDA 1QT4A 1HSXA 4PJ2C 2XBSA 1XEKA 3OE0A 2MEHA 169LA 220LA 2D4KA 2LC9A 3OK0A 2YBLA 1G0JA 1OP9B 4EPIA 1JWRA 1P3NA 4H93A 5A3EA 4W56A 1HFYA 1GE1A 5D5FA 3A93A 1GB6A 1LYHA 3J4GA 4W57A 4C3WA 1LW9A 1C6PA 4LZMA 3EMSA 1P2RA 196LA 233LA 4DYGA 1GFTA 3DN1A 4W58A 2B73A 5LAGA 1IY4A 5B1GA 1QT7A 1DPWA 3EXDA 1L84A 160LA 1IP7A 2MEGA 3TXDA 1IEEA 2XQOA 2BQEA 3AGGG 4I7KA 2Z38A 123LA 207LA 3IWRA 1IP1A 4UWVA 1L45A 3HUQA 1WVVA 1B7SA 1BB4A 5HMJA 3B72A 1TCYA 163LA 5LINA 3QNGA 1YL1X 4H9IA 4GBRB 111LA 1GF7A 1EQEA 4BADA 2ZILA 1L76A 3M3UA 2B5ZA 1D6PA 178LA 1HFZA 3RZEA 3WU8A 2IHLA 2ZNXY 4I7MA 2ZQ4A 2DQFC 2W1LA 2NTGA 4WM4A 4B1AA 4GLAA 216LA 1C6TA 3K2RA 240LA 2BQKA 1LMCA 201LA 1OUDA 4EJ4A 1DKKA 3A3RX 5KXNA 5I5QA 1LI6A 1ZVYB 2HEAA 4II8A 1SX2A 3P4ZA 1LYIA 1CV4A 1PQIA 1WTNA 4N8ZA 2Z19A 230LA 1GF6A 1L20A 118LA 3QE8A 1BB3A 1CKHA 1CJ6A 1KS3A 1G0LA 5KKJA 5APEA 3WPLA 247LA 1GHLA 1L23A 3C7YA 4HP0A 1PQKA 4I7RA 1L00A 3D9AC 3GULA 1KNIA 3IJVA 4N9RA 4HV2A 4NHSA 2DQHY 1GB5A 3AGIA 1G0PA 1SX7A 2Q9DA 1SSYA 1C62A 1LZCA 3WW5A 1L05A 4HTNA 1WQRA 1L32A 4WO9A 3SN6R 110LA 2F32A 3HU8A 2OE9X 192LA 1L67A 2MEAA 1XGTC 4KL7A 1GE2A 1VFBC 3FI5A 1XGQC 1L33A 1B7PA 1HERA 3NY8A 4J7VA 1L50A 1J1PY 1L47A 1ZWNA 2OEAX 1WTHA 2D91A 5M1YA 2LYOA 1GB2A 1TEWA 1SQ2L 5C6LA 4WLYA 1QTKA 211LA 1C69A 5LYZA 1DYGA 1UIDA 3LZ2A 1IIZA 2BAAA 236LA 3AW6A 1IR9A 1GB8A 2BQDA 130LA 1NBZC 3A95A 3CDOA 1GFAA 2F2NA 2OTYX 5KY1A 1B7OA 176LA 1XGRC 1L27A 1L19A 4NGLA 4CFOA 5KXKA 1LHLA 1NKHA 1LYDA 1KXXA 1IP3A 4NGOA 4PRUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4QEQ A;  1JKA A;  4Z98 A;  3HUK A;  1D3N A;  4RW1 A;  1HF4 A;  3A96 A;  3AZ4 A;  1QTH A;  2Q9E A;  1WQO A;  5KKI A;  3A34 A;  1GF9 A;  174L A;  1JPO A;  1C60 A;  1QSB A;  1VAT A;  1GF0 A;  4ML7 A;  1EPY A;  1LYY A;  4KPM A;  1GFV A;  1XJU A;  1L13 A;  115L A;  4YOP A;  4ARQ A;  1KW7 A;  3OE6 A;  3AGH A;  1L88 A;  2HUL A;  3AB6 A;  1OV5 A;  4DD1 A;  231L A;  1SLY A;  1REM A;  4ARL A;  1IC7 Y;  4NSJ A;  1PQJ A;  1MLC E;  1GF5 A;  1L49 A;  4LT1 A;  3CB7 A;  1ZYT A;  4H90 A;  1C6D A;  3TXJ A;  1G0Q A;  1B6I A;  215L A;  3P66 A;  1B7Q A;  4XJH A;  1YAP A;  1UIG A;  3LHM A;  3NYA A;  2IGC A;  1LSE A;  1IOQ A;  3CDV A;  4BAP A;  4N1C C;  1C6H A;  1JUG A;  5I14 A;  1DI5 A;  4GLV A;  4S0W A;  224L A;  5I54 A;  3K3T A;  3WUN A;  180L A;  1L98 A;  2G4Q A;  222L A;  1CJ7 A;  1XFP L;  5HNL A;  1G1W A;  3WVX A;  4IJ4 A;  1LZ8 A;  1L15 A;  1VDT A;  135L A;  2B74 A;  1D3F A;  1P2L A;  107L A;  3C82 A;  1L03 A;  3B6L A;  4TUN A;  2YBI A;  1L74 A;  5JEN B;  4M4O A;  2HEE A;  1GFU A;  3TXK A;  4ZFP A;  3HH3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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