4PK0A

Crystal structure of t4 lysozyme-peptide in complex with teicoplanin-a2-2
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
166
structure length
165
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/antibiotic
molecule keywords TEICOPLANIN-A2-2
publication title X-ray Crystal Structure of Teicoplanin A2-2 Bound to a Catalytic Peptide Sequence via the Carrier Protein Strategy.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 165
sequence length 166
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4pk0A00
170LA 175LA 2LCBA 4EKRA 2B70A 3ODUA 155LA 2F47A 188LA 1L15A 1SSWA 1K28A 1L21A 3CDVA 228LA 4I7RA 3OE6A 178LA 236LA 1OWYA 1KNIA 1C6HA 161LA 1L18A 123LA 195LA 3GUNA 3C7YA 214LA 1P3NA 243LA 1LPYA 2B73A 130LA 1QUGA 3DN3A 3HH5A 3HDEA 1C6BA 1OVJA 1C65A 1C6JA 1L83A 1C63A 1QT3A 151LA 2Q9DA 3HH3A 2OU8A 3HDFA 2ANVA 1L47A 240LA 1L23A 1DYBA 3C82A 4I7OA 1L02A 163LA 141LA 4E97A 1LGUA 150LA 113LA 1SX2A 1G0LA 3DMXA 190LA 1LWKA 140LA 1L86A 1LYFA 3K2RA 1L11A 1L41A 3HTGA 118LA 1LLHA 1KY0A 4W56A 1L84A 142LA 4AQNA 1L74A 2NTGA 1QSBA 3DN8A 3C8QA 1L22A 1P5CA 2IGCA 1G1VA 1KS3A 2OTYX 1QTVA 1L60A 3SN6R 1CV3A 3DN1A 144LA 4I7QA 2QB0B 3V2WA 4W57A 1QTZA 1L56A 250LA 3FI5A 3C80A 1G0QA 1L46A 3EMLA 1OVHA 1DYFA 3HUKA 237LA 3FADA 2OEAX 223LA 232LA 1G0PA 1C6CA 3GUKA 1L72A 1QT5A 1KW7A 3UONA 4EKSA 1DYEA 1JQUA 4I7PA 137LA 2LC9A 1L42A 1L29A 3G3WA 4ARJA 1L09A 4YX7C 2B6ZA 222LA 1D3MA 1PQDA 233LA 1L17A 3DN2A 1C61A 209LA 3OE0A 173LA 1L01A 3NYAA 246LA 2F2QA 224LA 1L68A 1P64A 3GUMA 3NY8A 1L04A 1L13A 255LA 4ARQA 4W53A 1L26A 248LA 177LA 1L59A 2OU9A 3HU9A 3GUPA 1L97A 205LA 3RUNA 249LA 1L55A 167LA 1DYGA 4I7NA 1L79A 2B7XA 210LA 2O7AA 1LYGA 1L69A 152LA 164LA 2HUKA 4W52A 3CDRA 180LA 2Q9EA 1L35A 2O79A 6LZMA 3CDOA 3NY9A 157LA 1CV0A 4LDLA 1QUHA 206LA 186LA 241LA 3DNAA 4LDEA 1CU0A 1LYEA 4ARPA 3C81A 138LA 1L27A 1LYDA 1ZWNA 2RBOA 4ARLA 261LA 109LA 1L00A 1TLAA 171LA 1L05A 1JTMA 3OE9A 2A4TA 1LW9A 1QT8A 1L67A 1LI6A 1P56A 213LA 218LA 3C7ZA 4ARMA 258LA 1D2YA 3FA0A 1D3JA 234LA 3SBBC 1C6GA 238LA 1DYDA 197LA 1L58A 3SBAA 3D4SA 1C6AA 2OE7X 149LA 172LA 1T6HA 3HT9A 1LYHA 1L70A 1L66A 160LA 114LA 1L31A 143LA 2RAYX 1L85A 1LGXA 3SB8A 1PQKA 1WTHA 3DN4A 1C6MA 1L64A 148LE 4DAJA 1G0MA 2RAZX 3DMVA 1L37A 3C8RA 3SB6A 1L0JA 4PJZA 182LA 252LA 217LA 260LA 1L0KA 2ANXA 168LA 1P36A 1L20A 215LA 1C6EA 1L25A 145LA 1L75A 4LDOA 119LA 4GRVA 1D9WA 147LA 212LA 2HUMA 220LA 1L06A 1OV5A 4W51A 4ARQB 1C66A 1L51A 4IAPA 3L2XA 1KW5A 1OVKA 184LA 3L64A 139LA 4PK0A 4YXCA 1OV7A 3OE8A 1QT4A 256LA 1L38A 1L03A 1QTDA 1L10A 1L81A 1LI2A 1QTCA 2Z6BA 1C64A 1L73A 245LA 2QARC 3HU8A 103LA 120LA 169LA 198LA 1I6SA 227LA 5LZMA 1CV5A 216LA 1C6DA 3G3VA 3GUJA 1C60A 1PQIA 1L76A 1XJTA 1P6YA 231LA 226LA 4EXMA 191LA 2B72A 1C6PA 126LA 3G3XA 3HUQA 1LI3A 1L98A 3HTFA 1L24A 3HTBA 1L28A 1B6IA 4YXAC 1EPYA 2NTHA 3F8VA 3SB7A 1L12A 1PQMA 3GUOA 4ARMB 1L93A 1SSYA 2RBRA 1D3NA 112LA 3RZEA 127LA 4I7KA 107LA 1L96A 1L94A 1L77A 111LA 2B6YA 3F9LA 235LA 4I7LA 1L07A 1NHBA 1LYJA 4I7MA 1L48A 2LZMA 3SB9A 2L78A 3GULA 1L95A 3PBLA 2B75A 3JR6A 4EPIA 156LA 3QAKA 4OO9A 1L33A 3V2YA 4EPFA 1CU6A 1DYCA 1G1WA 2B74A 1L44A 1L82A 4DKLA 3HH6A 1OYUA 1L49A 110LA 1L61A 1SX7A 2RB0X 176LA 1L57A 1L89A 4S0WA 1L08A 1CUQA 1L65A 192LA 200LA 1T8FA 2OE4X 1XJUA 1G0GA 219LA 1L30A 2RBNA 3DN6A 115LA 1G06A 4EKPA 2HULA 104LA 1L80A 1C6QA 1PQJA 1QS5A 1T8AA 2OU0X 257LA 162LA 1LGWA 4EKQA 7LZMA 159LA 2O4WA 187LA 3DKEX 2B6XA 3HT8A 1D3FA 3PDSA 1L92A 129LA 247LA 1L54A 1SWZA 3HUAA 4I7TA 1QTHA 3SB5A 229LA 1L87A 1QTBA 2B6WA 1ZYTA 1C62A 1C6TA 1CUPA 1G0JA 1ZURA 1QUDA 225LA 4ZPUA 1CVKA 3HT6A 128LA 1L52A 242LA 1XEPA 254LA 3C7WA 125LA 1JTNA 239LA 1CV1A 189LA 1CV4A 131LA 3HWLA 2RBQA 1L16A 122LA 181LA 1L14A 196LA 1L88A 1L91A 1DYAA 3HTDA 1L50A 2RH1A 1L34A 1T97A 1QT6A 4K5YA 230LA 1CX7A 5I14A 2B6TA 2RB2X 1QT7A 1CU3A 1P2LA 1L63A 1L32A 1L99A 4EJ4A 165LA 221LA 1L39A 3C83A 1G0KA 4W54A 166LA 4W59A 1L45A 259LA 4I7SA 1OWZA 1PQOA 158LA 1KY1A 1P37A 3CDQA 3DMZA 1L19A 1L62A 1C67A 1CU2A 1T8GA 1QUOA 2RBSA 199LA 3HT7A 1L71A 2OTZX 1D2WA 4GBRB 1P7SA 4I7JA 3VW7A 253LA 251LA 1L53A 102LA 244LA 1C6KA 1CU5A 211LA 2OE9X 1L36A 4LZMA 3DN0A 1QS9A 3CDTA 1CTWA 1SWYA 1CX6A 4W55A 3GUIA 1LWGA 3HH4A 262LA 1G07A 1L43A 3C8SA 108LA 1LYIA 146LA 1C6FA 1L40A 2F32A 3LZMA 185LA 4DJHA 1QSQA 1P2RA 1C6NA 1P46A 1C6IA 1L90A 201LA 1C68A 2CUUA 1C69A 1CV6A 174LA 2RBPA 4W58A 183LA 2RB1X 1C6LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LCBA 4EKRA 2B70A 4XJFA 1DI4A 1YAQA 2H9JA 1GFEA 3M18B 5L9JA 4QGZA 188LA 4WLXA 1L15A 1L21A 3K3TA 3OE6A 6LYTA 1OWYA 1KNIA 5KXSA 4YENA 1B5UA 3C7YA 2BQGA 2XTHA 3TMVA 2B73A 130LA 3DN3A 3T6UA 4Z41A 1JWRA 3HDEA 1JKDA 3ZVQB 1C65A 1IWUA 2Q9DA 3HH3A 2OU8A 240LA 1L23A 3C82A 4I7OA 1LMOA 141LA 5APCA 4E97A 3GXKA 5KXOA 1NDGC 150LA 1GBXA 2BAAA 3B72A 1HFZA 3FE0A 1LYFA 3CSRA 1KY0A 3AB6A 4W56A 3IJUA 1L74A 2NTGA 1QSBA 3DN8A 3A8ZA 1L22A 1P5CA 4G49A 1G1VA 3W6BA 1FLQA 2BQCA 1NDMC 1GF9A 3SN6R 1LMAA 1B5ZA 2BQLA 4I7QA 4NWEA 5KXLA 2VB1A 4W57A 5J7CA 1GB9A 3M3UA 1LZNA 250LA 4ETAA 4TUNA 1OVHA 1QSWA 4I8SA 2MECA 4NGVA 3HUKA 5A3EA 2HEAA 2CWIA 1G0PA 3P66A 5KJ9A 2HUBA 1JQUA 4LYBA 2MEGA 1L29A 4LYCA 5DM9A 4AGAA 1LKSA 3WPJA 1D3MA 1LOZA 1L17A 1C61A 173LA 1L01A 4J1AA 1QDTA 5B05A 3TXIA 1D0MA 2BQKA 3A93A 4ARQA 1L26A 1UIDA 1LSCA 177LA 3AZ4A 4QEQA 1L59A 2OU9A 3GUPA 1DI5A 4OWCA 1L55A 167LA 4WLTA 4OWBA 164LA 4HV1A 2W1MA 5IHGA 4W52A 1LMQA 3TXDA 1GF0A 4NSHA 1L35A 1B7NA 1B5WA 1B9OA 1QUHA 2NWDX 186LA 241LA 3LYTA 4ARPA 1B5VA 138LA 1LJHA 193LA 1V7TA 1LHLA 1QUTA 2RBOA 4NWHA 109LA 4D9ZA 1XGQC 171LA 1AKIA 3TXKA 1JTMA 4DQ5A 1QT8A 1P56A 1ZVYB 3C7ZA 4ARMA 3CQLA 5B1GA 1UUZC 1D2YA 4FDYA 3SBBC 1LZ1A 4GLVA 2I25L 4B4JA 1T6HA 1FLWA 3B0OA 1UA6Y 1L70A 143LA 3SB8A 1IORA 1B2KA 1HEWA 1LZ5A 1G0MA 1BB4A 3DMVA 4ETEA 5ILFA 1L37A 3C8RA 1L0JA 4PJZA 1VDTA 252LA 1V7SA 1P36A 4KPMA 1L20A 2BQBA 1AM7A 4DD0A 1LYZA 4J1BA 1G7MC 1L75A 4Z98A 1J1OY 1D9WA 4HV2A 4NHSA 1L06A 3P65A 4BADA 4IAPA 4M6DA 1GE0A 139LA 4PK0A 2W1XA 4YXCA 1OV7A 1JKBA 1L81A 5I4WA 1D6PA 1LI2A 1JHLA 1YQVY 4O34A 1G7JC 1LPIA 1IWVA 4EOFA 2QARC 5FEKA 1J1PY 4NSJA 2ZQ3A 198LA 1CV5A 1F6SA 1C6DA 3GUJA 2DQDY 1CKCA 1L76A 1YL0X 231LA 1JSEA 226LA 2ZIJA 126LA 3CT1A 1DQJC 1L98A 5K7OA 3F8VA 2NTHA 1L12A 1L93A 1XGPC 2RBRA 112LA 1AZFA 3RZEA 4I7KA 4M4OA 4WG7A 4DD1A 235LA 1REZA 1HFXA 3GULA 4WM6A 5C6LA 3PBLA 2XBSA 1ZV5L 4WM1A 1HELA 3N9AA 2DQHY 1OUGA 2EPEA 2F4AA 8LYZA 3V2YA 4EPFA 1DYCA 4HTNA 3J4GA 1WTNA 4W96A 4DKLA 1OYUA 3E3DA 1L49A 110LA 1YKZX 2HTXA 4ML7A 1HSWA 1L89A 4B0DA 1OUCA 200LA 1DZBX 154LA 1ZMYL 5DL9A 4EKPA 104LA 1L80A 4LT3A 3P4ZA 1IEEA 3HFMY 4H9CA 5APFA 4FJRA 1GB7A 1GB2A 3A6CY 1LZRA 7LZMA 1JIYA 5LVJA 1GF8A 207LA 3HT8A 1GXV2 129LA 1LJGA 5LA8A 4I7TA 1QTHA 2HU1A 1L87A 1WTMA 1C62A 1LMNA 3W6FA 4ZPUA 3IJVA 3W6DA 4DQJA 1L52A 4LFPA 4H1PA 4OWHA 4NSIA 4G4HA 125LA 1CV1A 1UICA 2DBTA 5LXWA 3HWLA 2RBQA 1L14A 2A7DA 1DYAA 2RH1A 1L34A 1CKGA 2LZ2A 4ET9A 3RT5X 4NY5A 2RB2X 5EBHA 4QDNA 4B1AA 221LA 1L39A 4WLDA 3C83A 4W59A 3A3QA 4CHXA 1PQOA 1GE4A 158LA 132LA 1P37A 3DMZA 1C67A 1CU2A 1T8GA 2CDSA 2Z19A 2OTZX 1GF3A 4GBRB 253LA 1QTKA 1WQMA 1GE2A 1W6ZA 4YM8A 3AJNA 1CTWA 5KXZA 1GWDA 5LYMA 3GUIA 4H9AA 3CT0A 1BVXA 1PZYA 3CSZA 5F9XA 1L43A 4ETDA 1KXXA 1LYIA 146LA 4Z46A 1BWIA 1DKKA 1QSQA 5FCPA 4WM2A 5FSTA 3ATNA 3CT5A 4H93A 3A94A 2RB1X 2D4JA 170LA 5LA5A 155LA 1LKRA 1IR8A 1DKJA 2BQFA 4I7RA 3CDVA 1VDSA 5IELA 1C6HA 4PHIA 1L18A 7LYZA 4IJ4A 4NGJA 3WH1A 4DD3A 3EXDA 1UC0A 1T6VL 4CFOA 4NGIA 3LZTA 1IP5A 4RLMA 3HDFA 2ANVA 1L47A 2C8PA 4YEOA 1TBYA 5L3IA 1LGUA 4PGJB 3BKVA 1SX2A 190LA 140LA 1L86A 3K2RA 1L11A 4UWNA 4WG1A 2LZTA 1LLHA 1LZ4A 1OQMA 3OJPA 5FDJA 1LMCA 1L60A 2Z37A 5HNCA 194LA 1LSPA 1LTMA 2YBNA 1QTZA 5F14A 2HEFA 2ZQ4A 3AW6A 1UIFA 1F6RA 4OOOA 3LZ2A 1F0WA 1I56A 1GFJA 3GUKA 2D91A 1KW7A 1DYEA 1GB3A 3AYQA 3D3DA 1TCYA 4I7PA 137LA 1GEZA 1L42A 1GAYA 1HEOA 2B6ZA 4NGKA 2ZYPA 5LVGA 2DQAA 3HBDA 209LA 1NMMA 1GFUA 3NYAA 1KIPC 4XENA 1YIKA 2Z2EA 1XSFA 1IWZA 1L04A 1L13A 1LZYA 4W53A 4DDBA 5HMVA 1GFKA 1LHJA 1DYGA 4I7NA 1L79A 1OP9B 1OUDA 1UIBA 2G4QA 152LA 2BLYA 1BGIA 3WUAA 3CDRA 2Q9EA 1RE2A 3CDOA 4LDLA 1HEQA 3DNAA 1LYEA 2BQDA 5LVIA 3OK0A 3AZ5A 5M1YA 1L05A 1LHIA 3OE9A 1VAUA 1UBZA 1CKFA 3AW7A 2MEEA 4NHTA 1TEWA 1SQ2L 3FA0A 234LA 1JKAA 4H8XA 4NGWA 3SBAA 149LA 2HEEA 1LZSA 4N9RA 5B06A 2BQAA 1LYHA 5KXPA 114LA 1OUBA 4H92A 1BB3A 1L85A 1LSYA 4OWEA 1LJEA 1GF4A 1C6MA 4DAJA 1CJ8A 2RAZX 4XN6A 3SB6A 1YAOA 1LJNA 5LYZA 1EQ5A 5E4PA 217LA 260LA 2ANXA 4H9IA 5F9UA 5DLAA 119LA 3WPLA 1JTOL 2HUMA 1OV5A 5LAFA 1C66A 2G4PA 5KXKA 1JKCA 1OVKA 3L64A 1UIGA 1IWYA 3WVXA 1QT4A 4NEBA 1L38A 1DPXA 5HMJA 3EO5A 3FI7A 1L10A 4NGLA 120LA 1G7HC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2LCB A;  4EKR A;  2B70 A;  4XJF A;  1DI4 A;  1YAQ A;  2H9J A;  1GFE A;  3M18 B;  5L9J A;  4QGZ A;  188L A;  4WLX A;  1L15 A;  1L21 A;  3K3T A;  3OE6 A;  6LYT A;  1OWY A;  1KNI A;  5KXS A;  4YEN A;  1B5U A;  3C7Y A;  2BQG A;  2XTH A;  3TMV A;  2B73 A;  130L A;  3DN3 A;  3T6U A;  4Z41 A;  1JWR A;  3HDE A;  1JKD A;  3ZVQ B;  1C65 A;  1IWU A;  2Q9D A;  3HH3 A;  2OU8 A;  240L A;  1L23 A;  3C82 A;  4I7O A;  1LMO A;  141L A;  5APC A;  4E97 A;  3GXK A;  5KXO A;  1NDG C;  150L A;  1GBX A;  2BAA A;  3B72 A;  1HFZ A;  3FE0 A;  1LYF A;  3CSR A;  1KY0 A;  3AB6 A;  4W56 A;  3IJU A;  1L74 A;  2NTG A;  1QSB A;  3DN8 A;  3A8Z A;  1L22 A;  1P5C A;  4G49 A;  1G1V A;  3W6B A;  1FLQ A;  2BQC A;  1NDM C;  1GF9 A;  3SN6 R;  1LMA A;  1B5Z A;  2BQL A;  4I7Q A;  4NWE A;  5KXL A;  2VB1 A;  4W57 A;  5J7C A;  1GB9 A;  3M3U A;  1LZN A;  250L A;  4ETA A;  4TUN A;  1OVH A;  1QSW A;  4I8S A;  2MEC A;  4NGV A;  3HUK A;  5A3E A;  2HEA A;  2CWI A;  1G0P A;  3P66 A;  5KJ9 A;  2HUB A;  1JQU A;  4LYB A;  2MEG A;  1L29 A;  4LYC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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