4PK0A

Crystal structure of t4 lysozyme-peptide in complex with teicoplanin-a2-2
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
166
structure length
165
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/antibiotic
source organism Enterobacteria phage t4
publication title X-ray Crystal Structure of Teicoplanin A2-2 Bound to a Catalytic Peptide Sequence via the Carrier Protein Strategy.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TEICOPLANIN-A2-2
total genus 61
structure length 165
sequence length 166
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4pk0A00
118LA 1G0MA 1QTHA 1L48A 1C65A 1LYIA 4I7MA 3C7WA 1D2YA 1G0GA 1QTBA 2RAZX 232LA 1QT7A 4GRVA 259LA 257LA 1L38A 1L37A 3SB8A 3ODUA 1L26A 1L74A 1L68A 1KNIA 3RZEA 115LA 1L35A 221LA 258LA 3HU9A 1L01A 3DMVA 1XJTA 2ANXA 4OO9A 1NHBA 2B70A 1L60A 2OE9X 1C6IA 2OTYX 109LA 1DYAA 4EJ4A 2Q9EA 162LA 3EMLA 3HTFA 210LA 3RUNA 3UONA 1LI3A 4K5YA 1T8FA 4ARJA 195LA 119LA 1L45A 4I7PA 4DKLA 1OVHA 3HTGA 3HT9A 189LA 1QS9A 1G0LA 4E97A 4DJHA 3FADA 1QTVA 111LA 3DNAA 139LA 1L90A 1P2LA 261LA 2RBSA 196LA 1DYBA 1P64A 4IAPA 1QT6A 1L96A 1LI6A 3SB9A 1T8GA 2RBQA 140LA 3HU8A 3HUAA 1QUDA 126LA 184LA 228LA 2CUUA 1ZWNA 1L50A 1L98A 1L13A 4I7RA 185LA 131LA 214LA 1D3FA 1L82A 3DN2A 217LA 252LA 3CDVA 187LA 4W54A 1L76A 3G3WA 1QUGA 1C6CA 4ARQA 1L22A 3OE8A 2B6ZA 1L20A 1C6AA 1P2RA 1G0KA 1L36A 1LGWA 5LZMA 1CV3A 1OWZA 215LA 3F8VA 1P56A 1CV5A 3HTDA 253LA 1LPYA 235LA 2HULA 3DN8A 1L43A 1L28A 143LA 1C6PA 4DAJA 3DN1A 1L39A 4W57A 1I6SA 3FA0A 166LA 226LA 1L10A 2HUMA 157LA 1KS3A 1JTMA 1KY0A 1P7SA 1PQDA 2F47A 3C7ZA 1C61A 1CTWA 1L46A 2RBPA 156LA 170LA 1L99A 123LA 1L95A 152LA 150LA 2RH1A 1C6HA 1P3NA 1L85A 4ZPUA 144LA 3F9LA 2F32A 190LA 229LA 3GUKA 3QAKA 4EXMA 1T6HA 251LA 201LA 3C7YA 1L92A 1C62A 1CU6A 225LA 2HUKA 199LA 1KY1A 1L86A 3HT7A 1QTZA 3LZMA 1LYEA 4W51A 161LA 211LA 1L58A 1PQIA 1L40A 1SWYA 4PK0A 4ARMA 3NY9A 1CX7A 1L47A 4W52A 1L65A 3SB6A 4W53A 1SX2A 1D2WA 1L63A 1L52A 1L24A 1CU3A 206LA 1L93A 240LA 4W55A 3G3XA 137LA 1L32A 1PQKA 104LA 4W56A 198LA 120LA 1L23A 1D3MA 163LA 245LA 209LA 122LA 110LA 1DYFA 1D9WA 1K28A 4LDEA 242LA 1L42A 4LDOA 1P37A 1DYGA 1L91A 254LA 2RBRA 171LA 1L0JA 4GBRB 1PQJA 176LA 1L03A 1L84A 1KW5A 3GULA 3OE6A 1L11A 1QUHA 230LA 3HDFA 158LA 1SSWA 237LA 3HTBA 216LA 255LA 2B6YA 1L71A 1L04A 1L64A 3DN3A 4S0WA 3VW7A 3SBBC 3C80A 3V2WA 125LA 2Z6BA 1L0KA 3HT6A 1L00A 2OTZX 1L53A 1C67A 3HH3A 1OVJA 200LA 1L19A 1CV0A 260LA 3HH6A 1LGUA 2OU9A 129LA 1SSYA 1T8AA 1CUQA 192LA 4EKQA 1C68A 4EKPA 4W58A 3DMZA 231LA 1LYFA 1QT3A 233LA 167LA 155LA 3SB7A 102LA 4AQNA 4YX7C 2OE7X 128LA 127LA 1C6TA 1L51A 1L15A 1C66A 1L59A 1L89A 4PJZA 1L69A 3HT8A 3DN4A 3SN6R 146LA 6LZMA 2LZMA 4I7LA 1L61A 1LGXA 4ARMB 1DYCA 3CDOA 145LA 247LA 1OWYA 3C8RA 1QT8A 3K2RA 1L33A 1L75A 1L30A 249LA 236LA 147LA 191LA 1L56A 1LWGA 1LWKA 220LA 1L73A 2LC9A 3GUIA 1JTNA 165LA 4EKRA 2F2QA 3HDEA 2B74A 1C63A 4EPFA 1G06A 218LA 3NYAA 175LA 2B6TA 1L88A 2IGCA 205LA 4ARLA 2L78A 2OU8A 151LA 2O7AA 1L16A 180LA 2QB0B 1L21A 1LI2A 1L07A 3C8SA 169LA 1P46A 1L27A 1B6IA 1L83A 2RBNA 2B6WA 164LA 1QUOA 1XJUA 227LA 3OE9A 168LA 1L55A 1OV7A 1C6EA 5I14A 223LA 1L81A 173LA 138LA 1C6LA 1CU2A 1CV6A 1ZYTA 1L17A 2RB1X 3HH4A 1C6MA 1LYDA 3GUPA 1CU0A 183LA 1LLHA 3HH5A 160LA 262LA 239LA 1QS5A 2NTGA 3CDRA 4I7OA 2OE4X 1P36A 3V2YA 3DKEX 3D4SA 3CDTA 1L94A 1L70A 4YXCA 114LA 1ZURA 3GUMA 1LYHA 1QT4A 4ARQB 1D3NA 1C6QA 159LA 1L54A 3L64A 1L80A 1QSBA 2QARC 3C8QA 1SX7A 177LA 1XEPA 1G0QA 1OYUA 188LA 4I7TA 1C6GA 1L49A 1LW9A 2LCBA 4LZMA 1L31A 212LA 107LA 4ARPA 2RB2X 3DN0A 1LYGA 2RBOA 1L02A 2OEAX 186LA 3PBLA 213LA 1L79A 1L18A 1L25A 113LA 1CU5A 1TLAA 4W59A 197LA 1CV4A 130LA 112LA 1OVKA 1C6DA 244LA 4LDLA 7LZMA 3HUKA 2OU0X 3GUOA 174LA 149LA 1L12A 1L97A 246LA 1L06A 1C6KA 3FI5A 108LA 2B75A 4EPIA 224LA 4I7JA 2B7XA 3NY8A 1DYDA 1L14A 1C60A 1CX6A 219LA 2RAYX 178LA 1G0PA 4I7NA 1DYEA 1L09A 1LYJA 243LA 3SBAA 1L77A 4I7QA 1L29A 2B73A 256LA 3C82A 1C6JA 148LE 141LA 1C6FA 1G07A 3GUNA 1L87A 3DN6A 4I7SA 1QTCA 1L62A 1L41A 4I7KA 3L2XA 142LA 4YXAC 172LA 3OE0A 2A4TA 1WTHA 2NTHA 182LA 3C81A 3JR6A 3SB5A 3HWLA 1CUPA 2O79A 1L05A 3PDSA 1L66A 2B72A 1CV1A 241LA 1L57A 238LA 1C69A 1C6NA 1CVKA 2B6XA 4EKSA 1JQUA 1P6YA 3C83A 1OV5A 1L08A 2RB0X 1QTDA 1QT5A 222LA 1L34A 248LA 2O4WA 3HUQA 2ANVA 1G1WA 1QSQA 1G0JA 1T97A 3DMXA 1L44A 1G1VA 1EPYA 1L67A 1C6BA 1P5CA 1PQOA 1L72A 2Q9DA 1PQMA 1SWZA 234LA 250LA 1C64A 3G3VA 1D3JA 103LA 1KW7A 181LA 3CDQA 3GUJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OUBA 5L3IA 4I7MA 2G4PA 2HEEA 4DYGA 1LHJA 4ETAA 232LA 3AZ6A 3SB8A 3ODUA 1GFGA 2YVBA 1REZA 1KIRC 2D4JA 5FHWA 1QQYA 1CNSA 1HMKA 2F2NA 4ETDA 2MEBA 2ZNXY 1DYAA 4AGAA 162LA 3EMLA 3HTFA 3WPJA 2ZNWY 210LA 3RUNA 1LI3A 4K5YA 4ARJA 195LA 1HERA 2BQJA 1C43A 3P4ZA 4I7PA 4N5RA 1WTNA 189LA 4R0FA 5B07A 5HMJA 1HNLA 4G4HA 4W94A 4XN6A 4HTNA 4G49A 1GB0A 1P2LA 2RBSA 3A3QA 196LA 5FDJA 1LSZA 2BQNA 4WM5A 126LA 1LZ1A 184LA 2CGIA 2YBLA 1BB6A 1CJ8A 1ZWNA 3AZ4A 1UIFA 131LA 3DN2A 1XGUC 217LA 1LJEA 1B7PA 4W96A 1VDSA 4N9RA 4ZIXA 4ARQA 3AB6A 3WXTA 2B6ZA 1C6AA 2YBNA 2BLYA 1IP5A 1L36A 3N9CA 2EIZC 215LA 3F8VA 5APDA 3DN8A 1IR9A 1L39A 1WQOA 3A67Y 3FA0A 1L10A 4IATA 1I56A 2F47A 1C61A 1HEOA 5HLLA 2BQBA 3A34A 170LA 152LA 1P3NA 1WQNA 1BB5A 4ZPUA 144LA 2D4KA 3QAKA 4LT0A 251LA 1DPXA 1F0WA 2HUKA 1LMOA 3HT7A 4H93A 1QTZA 4W51A 4LT3A 3M18B 3TMXA 3GXKA 5KXWA 1L58A 1IWZA 193LA 1SWYA 2LZTA 1T6VL 2B5ZA 4GCDA 1G7LC 3SB6A 1QDTA 1D2WA 2FBBA 4ETBA 1L52A 1L24A 1CU3A 206LA 5LVGA 5LYMA 4G9SA 3P64A 4XJDA 1L23A 1D3MA 1JSEA 245LA 1DZBX 4QGZA 4HV1A 3B0OA 4LDEA 242LA 1L42A 5T3FA 1PQJA 4ML7A 3CSQA 1OUDA 4BADA 158LA 1SSWA 237LA 3HTBA 1OUEA 1L71A 1L04A 3DN3A 3V2WA 1JJ3A 3TXEA 1L0KA 4RLMA 4HTKA 3HT6A 4LYZA 2Q0MX 3HH3A 3WL2A 1L19A 1CV0A 4II8A 1NWGA 3HH6A 4HV2A 3J4GA 2XBRA 5DM9A 4B4IA 1HMLA 5KXLA 5AMYA 3W6AA 4XENA 3SB7A 102LA 3HBHA 1ZVHL 5C6LA 2EPEA 1L59A 1L89A 4PJZA 1KXWA 4EOFA 1LYYA 2LZMA 2BAAA 1LSPA 4B4JA 4NGKA 1GF4A 2Z38A 1XFPL 247LA 191LA 1IEEA 1LWKA 1L73A 2DBTA 4DWXA 4QEQA 3LYMA 4DT3A 5LINA 2L78A 1LSCA 2OU8A 1IC5Y 1L16A 3W6DA 4Z98A 4NEBA 1L27A 1L83A 5APCA 1IWYA 1HFXA 1AZFA 4WM3A 1QUOA 2EQLA 4WLDA 2YDGA 5F9XA 154LA 1L55A 1C6EA 1L81A 1C6LA 5KKIA 4WOAA 3HH4A 4GN4A 133LA 4B4EA 1C6MA 3GUPA 2A7FA 183LA 3HH5A 5F14A 1INUA 1IP7A 239LA 1QS5A 4I7OA 3HFMY 2DQFC 3DKEX 3CDTA 1GFHA 1F6RA 1CKFA 5E9RA 3QE8A 1TEWA 4WM2A 2DQJY 4NSHA 3LN2A 1REYA 4R6CA 1G0QA 188LA 3ZEKA 2H5ZA 2ZIKA 4ETCA 212LA 1B7LA 1B5ZA 1LYGA 1L02A 5KKJA 4WM4A 3E3DA 1DXJA 1HEWA 113LA 197LA 1N4FA 1OVKA 4LDLA 1C08C 4LGKA 4LYCA 4NSJA 4LFXA 1C6KA 2B75A 2XBSA 5D5FA 5LVJA 3B6LA 1B5YA 2DKVA 1CX6A 1NBYC 1WQRA 5KXOA 1DYEA 1L09A 4KPMA 1GB2A 3SBAA 2ZWBA 1L29A 256LA 3C82A 1LSFA 1C6FA 1G07A 3DN6A 4I8SA 1QTCA 1G7HC 1FLWA 4YXAC 2YBMA 2ZYCA 1G7IC 4HJZA 3HWLA 1CUPA 2B72A 1C69A 4OWEA 5KXNA 2B6XA 4EKSA 5I54A 1P6YA 1TDYA 3C83A 3A6BY 2PC2A 4I0CA 1L08A 5B1FA 222LA 1L34A 2O4WA 3WUMA 5KXTA 3AGGG 1DQJC 1YAPA 3ZVQB 234LA 5DN4A 1KW7A 4PGJB 181LA 1C46A 3CDQA 1G0MA 1MLCE 1GXXA 5I4WA 1B7SA 1GFRA 3C7WA 2C8PA 1G0GA 1LJHA 1QTBA 2RAZX 1QT7A 2LYZA 1BVKC 1GBSA 1UUZC 4NGLA 1L68A 3TXGA 221LA 2MEFA 3HU9A 1L01A 2Y8PA 4PJ2C 1LJ4A 1XJTA 1LSGA 2B70A 1VDQA 4XJFA 2OE9X 2OTYX 109LA 1FN5A 4EJ4A 2ZIJA 4NGOA 2DQEY 2FYCA 4HPEA 4WLTA 1L45A 1LJKA 1FLUA 3IWRA 1OVHA 6LYZA 4XJIA 1QS9A 1GF8A 2LYMA 3DNAA 4MR1A 4WO6A 3AW6A 1P64A 1DYBA 4CHXA 3D9AC 1LI6A 1HSWA 3SB9A 3HU8A 2CUUA 1IC7Y 1NDMC 1L50A 4I7RA 1GPQC 4M4OA 1GAZA 3AGIA 252LA 3CDVA 4W54A 1SQ2L 5F9UA 1QUGA 2MEAA 1C6CA 3OE8A 2I6ZA 1L20A 4H9BA 1G0KA 1CJ6A 1BVXA 1HEPA 1OWZA 2FBDA 3WW6A 1QIOA 253LA 1GB3A 4H8XA 1L28A 143LA 1C6PA 5KXRA 3DN1A 2D4IA 1UBZA 4W57A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1OUB A;  5L3I A;  4I7M A;  2G4P A;  2HEE A;  4DYG A;  1LHJ A;  4ETA A;  232L A;  3AZ6 A;  3SB8 A;  3ODU A;  1GFG A;  2YVB A;  1REZ A;  1KIR C;  2D4J A;  5FHW A;  1QQY A;  1CNS A;  1HMK A;  2F2N A;  4ETD A;  2MEB A;  2ZNX Y;  1DYA A;  4AGA A;  162L A;  3EML A;  3HTF A;  3WPJ A;  2ZNW Y;  210L A;  3RUN A;  1LI3 A;  4K5Y A;  4ARJ A;  195L A;  1HER A;  2BQJ A;  1C43 A;  3P4Z A;  4I7P A;  4N5R A;  1WTN A;  189L A;  4R0F A;  5B07 A;  5HMJ A;  1HNL A;  4G4H A;  4W94 A;  4XN6 A;  4HTN A;  4G49 A;  1GB0 A;  1P2L A;  2RBS A;  3A3Q A;  196L A;  5FDJ A;  1LSZ A;  2BQN A;  4WM5 A;  126L A;  1LZ1 A;  184L A;  2CGI A;  2YBL A;  1BB6 A;  1CJ8 A;  1ZWN A;  3AZ4 A;  1UIF A;  131L A;  3DN2 A;  1XGU C;  217L A;  1LJE A;  1B7P A;  4W96 A;  1VDS A;  4N9R A;  4ZIX A;  4ARQ A;  3AB6 A;  3WXT A;  2B6Z A;  1C6A A;  2YBN A;  2BLY A;  1IP5 A;  1L36 A;  3N9C A;  2EIZ C;  215L A;  3F8V A;  5APD A;  3DN8 A;  1IR9 A;  1L39 A;  1WQO A;  3A67 Y;  3FA0 A;  1L10 A;  4IAT A;  1I56 A;  2F47 A;  1C61 A;  1HEO A;  5HLL A;  2BQB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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