4PKIA

Complex of atp-actin with the c-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
370
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 123
structure length 370
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4pkiA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkiA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkiA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkiA04
1CZAN 3VESA 3VENA 2BTFA 1NGJA 2D0OA 1HKBA 1BU6O 4EAHD 4FWKA 2QM1A 1X3NA 1ZBSA 1NWKA 2QWPA 4J8FA 4BRLA 4BR5A 5AQMA 4CJ7A 1BG3A 5JLHA 4EIAA 4CZHA 2D1KA 3UKUB 5FPEA 4BRIA 1JCFA 1NGHA 2ZF5O 4M63C 5JMVA 4QS8A 3DXMA 4I6MB 4BR9A 3H3OB 3D2EB 3H46O 2Q31A 4IJNA 4K42A 3ULEA 5ELZA 1TYQA 3CI5A 3CJ9A 4XH5A 4CD1A 3EO3A 1K8KB 3VERA 3QFUA 2FF3B 4IO8A 5CE3A 4RTFD 3SMPA 3CJ1A 3M1FA 5LJVA 4F9OA 1DGKN 5KQDA 4WYBA 4FWSA 3DXKB 3QB0A 4B1YB 1NGAA 3U9DA 4FWNA 3DAWA 3CHWA 2E2QA 2GUPA 1OKJA 4GY2B 4H5WA 3R6MA 1TYQB 3LDNA 4IJAA 3IDHA 3RSEB 1MDUB 2AP1A 1RDWX 3O4WA 3QICA 3TU5A 4I6MA 3VEVA 2E2OA 5AQIA 3CQXA 4PKHA 3D2EA 2HF3A 2DPNA 2HF4A 2P9PA 4BG8A 3HBTA 4K43A 3L6QA 2W41A 4PL7A 3H3NO 4CZGA 1XC3A 4FPBA 5AQPA 4CZFA 3CETA 2IIRA 2WUSA 5LY3A 3VF2A 5ADXA 2P9IA 4AM6A 3ZEUB 1XUPO 4K25A 3RSEA 3LM2A 4FOIA 1NGIA 3VOVA 3M3ZA 1K8KA 4O8KA 1T6DA 1HX1A 5AQUA 1GLFO 4H5VA 4BC3A 2QWOA 4E1JA 3AAQA 4BRQA 4CBXA 4FOEA 4B1UB 3FLCO 4BRDA 4BRPA 2FSNA 4BVOA 4HTLA 3LDOA 4BRKA 4BRFA 2P9NB 3AARA 2A5XA 3JS6A 3L0QA 1GLEG 2NLXA 4H0VB 1MWMA 2P9SB 4BRCA 4H03B 5AQVA 4CBUA 5BREA 5KQ8A 3HM8A 5AQSA 3MK6A 1NGCA 2D4WA 2NRHA 2P9LB 2QW9A 3J8AA 2NZTA 2VWBA 4QS9A 3CJCA 3CQYA 4HWIA 1RFQA 3O5BA 4L3QA 1U6ZA 1LOTB 1HPMA 4PKIA 4WQ4A 1NGFA 1KAXA 3EN9A 4BREA 2Q36A 3LM9A 3QFPA 3O1BA 4K41A 3FE1A 1GLBG 1E4GT 3C7NB 3C7NA 4CZEA 4CZKA 1ATSA 2A42A 4BGAA 5AQOA 3ENOA 4MO5A 3DWLA 3EKUA 3FZMA 5JLFA 1MWKA 2D0PA 3WT0A 5BRHA 2YJFA 3O80A 3R9PA 3ULEB 5AQYA 5KPRA 4BG9A 4Y0WA 3WQUA 4BC2A 4DQ8A 3WXIA 1BA0A 3EL2A 4FWPA 5EVZA 4A61A 5ADXH 5B8HA 1DEJA 1XQSC 3SJHA 1Z05A 1G99A 4BRNA 2PBDA 3WXJA 2Q2RA 5F1XA 4M7YA 2ZGYA 3HZ6A 4WQ4C 2V51B 4XEIA 5FPMA 2E2PA 4AM7A 2E20A 3KVGA 1SQKA 3DXMB 3QBWA 5AQFA 4CZLA 2A3ZA 1JCEA 3L4IA 3WQTA 1BUPA 3W3DA 4A2AA 4GNIA 5FPDA 2CGLA 4BGBA 4ISFA 4CD3A 4IZ9A 4XH4A 2ASMA 2CH6A 5AQXA 3B8AX 1ZXOA 4NO7A 2GTDA 3A5LC 5AQZA 3TPQA 3F9MA 2P9NA 4CZMA 2Q0RA 4JNEA 5AQGA 4IXCA 3SMSA 4RWTA 3ATVA 2GWKA 1R59O 3MN5A 2P9SA 5AQKA 2YHXA 5AQRA 1TUUA 5AQHA 4YDUC 3GBTA 4MO4A 2E88A 1NM1A 4FO0A 2OANA 3A8YA 3UKRB 2V52B 4YDUA 4DHYA 2F9WA 2W40A 2UYTA 3H6EA 5EY4A 4JAXA 3GDQA 3KHYA 4H0TB 2GEMA 1Z6RA 1JCGA 1GLDG 2PAVA 5AZJB 3VF6A 3CJAA 1GLCG 5AZJA 2IVOA 3CJBA 1U2VB 2I7NA 2P9KA 3AY9A 1GLLO 4EFHA 3UE5A 4FWMA 3R8EA 3QDKA 4LC9B 2QWQA 4ISEA 4B9QA 4CBWA 2FXUA 3SLCA 3D2FA 3I8BA 3I33A 1SZ2A 4DCHA 3LDQA 3QMLA 2V7YA 2ASOA 3FZHA 3U4LA 2EWSA 5BRFA 1ESVA 5AQQA 1BO5O 2GWJA 1X3MA 4DB3A 4EHTA 3JXUA 3VEYA 3ZX0A 3A5MC 1U2VA 3ZX2A 4BC4A 3HSCA 3ZETA 4FWLA 1DKGD 2IVPA 4FPAA 1D4XA 3O1WA 1QQMA 2Q0UA 1ATRA 1KAYA 3BUZB 1QQOA 3A0IX 2CH5A 1BA1A 4KBOA 5AFUA 1V4TA 3UKRA 2P9PB 3CJ7A 4H5TA 3MN7A 1P8ZA 3UKUA 3BP8A 2YJEA 1E4FT 3MMVA 2A41A 5AQNA 2P9UB 4FWQA 3BF3A 2FLOA 3HI0A 5F2RA 3IFRA 2P9LA 3KZBA 3IMXA 5TKYA 2VCPA 3W0LA 3U9ZA 5LJWA 3GL1A 1LCUA 3FZLA 5EX5A 1NBWA 1T6CA 5AQJA 3VETA 4CZJA 2YHYA 3MN9A 2GELA 5AQLA 1HKCA 2CGJA 1YUWA 3D2FB 5FPNA 4C23A 2E8AA 3O6WA 2KHOA 1NGEA 1QHAA 3U8XA 5BPMA 4XH1A 4BC5A 3FR0A 4H5RA 2HMPA 2QWRA 1KXPA 3GOIA 2ASPA 3UB5A 3BEXA 2VYPA 3SK3A 3DXKA 3MCPA 5BPNA 5E26A 1X9JA 5BR9A 2QWNA 1ZC6A 2ZWHA 3FGUA 3ATUA 1QQNA 3ZETB 3VF4A 5KPZA 1IG8A 4O5FA 2IVNA 3ZX3A 4JD2B 3H45C 4H5NA 4BQLA 4BRHA 4BRAA 1J6ZA 3O8MA 2ITMA 3IUCA 2YHWA 4CZIA 3G25A 3EZWA 2Q1NA 4MLEA 1NGBA 4WQ5A 1TUYA 2H3GX 2E1YA 1S22A 1BDGA 1RGIA 4NB4A 4BR0A 3WXKA 4ISGA 3WEEB 3VEZA 4BQZA 4B1XB 3MDQA 3VEXA 4B1WB 3H1VX 2CGKA 3M6GA 4FWRA 1GLAG 4BROA 2FSJA 3VEWA 3HTVA 4BVPA 3VEOA 1IJJA 4H0YB 3WUHA 3VPZA 1C0GA 2BUPA 3S41A 3VGMA 1KAZA 2A6AA 3WXLA 1Q18A 4QS7A 1BOTO 3D7EO 5BN8A 1HKGA 5KPTA 1YVNA 4Z94A 2J4RA 5BPLA 3WEEA 4BR7A 4JHDA 2AA4A 5AR0A 5JICA 1GLJO 2A40A 1Y64A 4RCHA 1H1VA 2E2NA 5EXWA 2V7ZA 3LDLA 1MA9B 5EOYA 4H0XB 3A5NC 1ATNA 1NGDA 5AFUH 4H0OA 1NMDA 5F0XA 5BN9A 3DJCA 3VGKA 3LL3A 5AQTA 1EQYA 1YAGA 3FZFA 2I7PA 2FF6A 4IWVA 3GE1A 4FSVA 4FWOA 1S3XA 4JN4A 4JD2A 4PL8A 3FZKA 4CI6A 4BR2A 1NGGA 1BWFO 2P9IB 4JHDB 3FFKB 2Q97A 4BRGA 2F9TA 5AZIA 3OHRA 1SAZA 2QWLA 3CIPA 3O08A 2ZGZA 2YI1A 3QBXA 2QWMA 3MN6A 1C0FA 4B1VA 2FSKA 3EKSA 3GG4A 2E1ZA 3BF1A 4EHUA 2HOEA 3H1QA 5I9EB 3A5OC 1WUAA 3ZEUA 1NLVA 5AQWA 5AZIB 1YXQA 3AAPA 1QZ6A 4H0PA 3VGLA 4A62A 4BR4A 3CERA 5E84A 1HJOA 4A2BA 4FL9A 4PKGA 3C0BA 3P4IA 1V4SA 4BRMA 4WQ5C 5BRDA 2P9KB 2YCHA 1WOQA 3LDPA 4B1ZA 3ID8A 1HUXA 4MLHA 2P9UA 2QXLA 1HLUA 1T44A 1QZ5A 3ENHA 4M7XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FK2A 1T03A 4FK4A 3OYMA 4W5TA 4DSFA 4ID1A 2VGMA 4B9MA 1HKBA 4LFCK 2F96A 2UUBK 5GIPA 4B3RK 4H4OA 4DR4K 2I5JA 4CJ7A 5JLHA 2HVIA 3VQ9A 2GBZA 4CZHA 3UKUB 1QE1A 1IKVA 2W6KA 4M3UA 1YJWN 2ZF5O 1VSFA 5CHIA 1CXQA 4CJTA 3PY8A 4I6MB 1DTTA 1BCMA 2LSNA 3TAGA 1KC8O 3L3UA 3NGYA 3V9WA 4JI8K 3ZSZA 3ULEA 2DFHA 2P51A 1EX4A 4LFAK 2IDOA 1TYQA 3AA4A 1S9EA 3CJ9A 1G15A 1QSYA 4CD1A 1XMOK 3WXMB 4N5SA 4CHPA 1BQNA 4IO8A 2PYJA 4EZ6A 4RTFD 1VSDA 1BIUA 5FDLA 3CJ1A 1NKCA 5LJVA 5KQDA 1IO2A 3DXKB 3TANA 3RRGA 4CEBA 5FLXO 1RBVA 2B5JA 4H5WA 2GUPA 1HRHA 3TARA 1F21A 1W7AA 4OO1J 5M1KA 3AO5A 1JLEA 3O4WA 3QICA 2G8IA 4OLBA 3KJVA 3LPTA 1YTUA 4A5AA 1SL2A 2DPNA 2HF4A 3ZT3A 3THWA 2W41A 1WAJA 3G4SN 2PY5A 4CZGA 4CZFA 1FKPA 3LANA 1S6QA 3CETA 2WUSA 3RVCA 1HNVA 5ADXA 2NRRA 1C6VA 1BISA 3ZEUB 4LF9K 4K25A 3RSEA 1NJWA 1NGIA 3VOVA 3ZSQA 4FJ8A 4O44A 3KWIA 4GV3A 4I9QA 1HX1A 4BC3A 1SV5A 3S9HA 4NLCA 2AJQA 3J7ZO 1U45A 4FXDA 2UXBK 5K14A 4BRKA 3IS9A 4FLXA 3PSFA 4Z4EA 2E6LA 4BRFA 1CLQA 3ITHA 3JS6A 2A5XA 5GINA 3TAPA 1IBLK 3O4NA 2XY6A 3G0ZA 1NK5A 3VQ6A 5MLCQ 2NLXA 2P9SB 2VGNA 2DFFA 4E89A 4H03B 1S1UA 1QSSA 1N32K 2NRHA 1QHTA 2NZTA 1IBKK 4QS9A 1RFQA 1WSFA 1LOTB 4CGDA 2X6SA 4WQ4A 3NHGA 3VTHA 3EZ5A 3O1BA 3FE1A 1GLBG 4DKWA 1E4GT 2XY8A 2ZJQL 1ATSA 2A42A 1B9DA 4HUEA 4LF6K 4CFAA 4CVNE 3FZMA 2VWKA 1JLBA 1A5WA 1VQKN 5HP1A 1YITN 3SV4A 4JK7A 3R9PA 3ULEB 4HUGA 4BG9A 3AVMA 4K0KK 5CYQA 1TK8A 1TK5A 4OGEA 3O9TA 1XQSC 4FM1A 3T1AA 2X78A 3WXJA 4DTJA 1P90A 4M7YA 1TL1A 2ZGYA 4JKEA 1X9SA 1IKWA 4K8ZA 4E0DA 4I7FA 1NJYA 1CZ9A 3WQTA 4GNIA 5FPDA 2CGLA 3QEXA 2UU9K 1HYVA 4CD3A 2O8BA 4XH4A 2WONA 3PX0A 4NO7A 5JS2A 3F9MA 2P9NA 5AQGA 4IXCA 1EKEA 3VN5A 3J7AP 2P9SA 5AQRA 1TUUA 1VHXA 1Q82O 4FZZA 4DTXA 5AQHA 1NM1A 3KIOA 3UKRB 4DHYA 2UYTA 3MAQA 4CF9A 3GDQA 3AVBA 4E7JA 4FVUA 1Z6RA 3OVNA 2O4IA 3S5TA 1LWEA 3KTQA 5LL6Z 4DQIA 4BE2A 3E9PA 1U2VB 1QQCA 2IAJA 1GLLO 1I94K 3THYB 4JKHA 4FWMA 3CMAN 2QWQA 3ZYYX 4JI5K 4BEBA 2A1RA 1SKWA 3LDQA 3QMLA 2V7YA 1TKXA 1VQ4N 4E7KA 2GUIA 2OPSA 5A2QO 3TTDA 1BO5O 3JXUA 3VEYA 3H08A 4PA1A 3HSCA 3AA5X 2O4GA 4FWLA 3ALYA 1RT2A 2IVPA 1D4XA 3O1WA 4LSLA 2C1GA 3DLGA 5HL7L 3QINA 4WCEL 3CQ8A 3A0IX 1BA1A 4PHTX 2OCEA 1V4TA 1NNEA 4PUOA 3CJ7A 5CY4A 1VSIA 3BP8A 3MEGA 3CPEA 5AQNA 2P9UB 3BF3A 4ELVA 3IMXA 5TKYA 2VCPA 3W0LA 4JV5K 3LZJA 3PO4A 2HBMA 2FC0A 1LCUA 3FZLA 1NBWA 5AQJA 4K8XA 4BE1A 5FROA 2GELA 5AQLA 1S1VA 5FPNA 1C1CA 2E8AA 1TAUA 3OYBA 4FLWA 4BC5A 3FR0A 3OW2M 3THYA 2E4LA 4GVEA 2ASPA 4CEOA 2VYPA 4FLUA 3SK3A 5HLFA 4XJXA 5E26A 3KLIA 5C24A 5BR9A 4ELUA 2ZWHA 2RKIA 3ZETB 3VF4A 2XHBA 3OBYA 1TKDA 1D8YA 4QAGA 2C1IA 3MEEA 1IKYA 3TAFA 3BZKA 2VQFK 4B08A 1NK4A 1W9HA 1TUYA 3WNHA 3D6RA 4E19A 1S22A 5T7BA 1NJIO 3WEEB 4FJLA 4BQZA 4B1XB 3H1VX 3LP0A 2KKZA 3AGKA 2OPRA 5I3UA 3VQCA 4J2BA 3RRHA 5KTQA 3CPWM 4WFNL 3RMAA 1BI4A 1Q18A 4G9ZA 4DS5A 4YNQA 1YVNA 3LALA 2XO7A 4AH9A 2JWKA 5BPLA 4CJWA 4YOYA 3L4QA 4JHDA 3QIPA 5JVHL 1Y64A 2D0CA 1EP4A 4KH6A 3TR8A 1KD1O 5GADP 3LDLA 4MFBA 1ILYA 1NG9A 4H0XB 3CFRA 5AFUH 2OZSA 3D45A 3MWTA 1FJGK 1NMDA 3C6HA 3P1GA 3VGKA 5AQTA 1TVRA 3FZFA 1X9MA 2I7PA 4DFMA 4IWVA 4KHPK 5GAEP 5HRNA 4H8KA 1VSKA 5C12A 4ZTJA 4FWOA 4CJSA 4DG1A 1S3XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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