4PKIA

Complex of atp-actin with the c-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
370
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
total genus 123
structure length 370
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4pkiA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkiA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkiA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkiA04
2YJEA 3WEEA 3A5OC 4BG8A 4FWSA 3A5MC 3VEXA 3JS6A 3U8XA 3OHRA 1T6DA 3QB0A 3FZFA 1NGHA 3LM9A 2E2PA 5AQWA 2E2NA 4FOEA 4H0VB 2YHWA 3WXLA 3ID8A 1BU6O 4XH4A 5AZIA 4BVPA 4BREA 3TU5A 1ATSA 4B1VA 3H3OB 4PKHA 4BR7A 3G25A 1P8ZA 1GLBG 2FSJA 4Y0WA 4BC2A 3O8MA 3CQYA 3CI5A 3O1WA 3WQUA 3KZBA 3H1QA 4CZMA 3QDKA 3MMVA 5LJWA 1G99A 1GLCG 2V7ZA 3H6EA 3BF3A 5AQZA 3C7NB 5AQXA 4QS7A 2AP1A 1U2VB 3LDLA 4XH5A 2CH6A 2ASMA 4MLHA 4JD2A 1NMDA 1GLLO 5I9EB 3VF6A 5AQRA 3VEWA 1QZ6A 4CZEA 1C0FA 3FZLA 5JMVA 4BR2A 3EN9A 3FZMA 4A2BA 4EIAA 4H5RA 5FPNA 4CJ7A 3TPQA 5JICA 2E20A 4K43A 3A5NC 3UKUB 2GUPA 2CH5A 1HX1A 4FOIA 4O8KA 1MWKA 5AQSA 3WXIA 3W3DA 4H5TA 4BRGA 4XH1A 3D2FB 5BN8A 1JCGA 5AQFA 5ADXA 4FPAA 4WQ5A 1NGEA 4H5VA 3O5BA 3JXUA 3AAQA 3DJCA 4BRAA 3AARA 2FF3B 5LY3A 4FWNA 4CZFA 2DPNA 4BC3A 2FSNA 4NO7A 3BUZB 3S41A 4O5FA 1NGBA 2ASPA 3B8AX 4CZJA 5EX5A 2VCPA 2P9KA 5EOYA 1HPMA 1BOTO 2YHXA 2Q0UA 1NBWA 2QXLA 3UKRB 5BREA 3R8EA 2A3ZA 3BF1A 1WOQA 5BPLA 3AY9A 5AQHA 4DQ8A 4WQ4A 2P9SA 4PKGA 3LDQA 5AQOA 5AQNA 3ULEB 2J4RA 2P9NA 1XQSC 4I6MB 1U2VA 1QHAA 2OANA 5AFUH 4EHUA 2QWMA 3D7EO 4CBXA 4CZGA 1RFQA 5KPZA 2VWBA 1QQNA 5BPNA 1Y64A 1BO5O 4FL9A 3EZWA 3WXJA 5KPRA 2FSKA 3GG4A 3VEVA 4M7XA 4K41A 2H3GX 4M63C 2VYPA 4M7YA 3LDPA 1OKJA 1TYQB 2P9UA 1SQKA 2ZF5O 1ATRA 4BVOA 4J8FA 3SMPA 4CZIA 1NGFA 2HMPA 4ISGA 4BRFA 3FZHA 1EQYA 2I7NA 4BRDA 2A6AA 3CHWA 2ASOA 3MN6A 3EKUA 4BROA 1ZC6A 4WQ4C 3O4WA 4H5NA 2P9SB 4FWLA 2GELA 5B8HA 4IJAA 3CIPA 2I7PA 3FFKB 5ELZA 3U9DA 4BC4A 4CI6A 3SLCA 3R6MA 2BTFA 5FPEA 5EVZA 2WUSA 5EXWA 2D4WA 4BG9A 5TKYA 3DXMB 3CJ9A 4RCHA 4BC5A 3VF4A 1NGDA 4CZKA 2W40A 4BRKA 2YI1A 4AM6A 4BQZA 4DHYA 3UB5A 4B1WB 1HKCA 4A62A 4BRCA 3LDNA 3DXKB 3CJCA 4GNIA 1KXPA 3CETA 4E1JA 3VESA 4EHTA 3D2EA 1NGIA 3M3ZA 3VGMA 1V4TA 3SK3A 2YCHA 3HBTA 2P9NB 2ZGZA 4H0XB 4A2AA 4XEIA 1YAGA 2GWKA 4H0PA 3A8YA 1DGKN 3BEXA 1V4SA 2FF6A 4JHDA 3H45C 2IIRA 1SZ2A 2V7YA 1YUWA 4AM7A 1LCUA 2IVNA 3M6GA 2NZTA 2V52B 2NLXA 4QS8A 3C0BA 4BR5A 4H0TB 3QFUA 2PAVA 1X9JA 2CGLA 3VEZA 1U6ZA 1GLFO 2YJFA 4H03B 2FLOA 1HLUA 2P9LA 5AQYA 1SAZA 4ISFA 4BGAA 4BRNA 3VGLA 3ATUA 3VF2A 1ESVA 2FXUA 2QWNA 3CERA 1ZBSA 2A42A 1RDWX 3MCPA 3QFPA 2HF3A 4B1ZA 4DCHA 3MK6A 1BG3A 3IMXA 2EWSA 4BRMA 3FGUA 3DXKA 1NGGA 5E26A 5LJVA 1GLAG 3H1VX 3M1FA 1LOTB 3WT0A 1QQMA 4NB4A 2QWQA 5BN9A 5AQGA 3ZX0A 2Q36A 1JCFA 1ZXOA 1J6ZA 2GWJA 1IG8A 1KAZA 3O6WA 2F9WA 4CZLA 2UYTA 3L6QA 4CD3A 3O1BA 4FWQA 4FO0A 2KHOA 4WQ5C 1Z6RA 3EL2A 3VETA 3CJBA 2A41A 3QICA 3MN7A 3VOVA 3DXMA 3ZX3A 1TUUA 4EFHA 2E8AA 5AZJB 3GE1A 5BPMA 2IVOA 1HKGA 4CZHA 4LC9B 3FE1A 3LL3A 3VEOA 5F2RA 3IFRA 5BRDA 2BUPA 1MDUB 3I8BA 3DWLA 2E2QA 3EKSA 2CGKA 4BR4A 3QBXA 4I6MA 2P9PA 4BGBA 1C0GA 3ZETB 2AA4A 4MLEA 3VENA 2P9UB 4PL7A 3FLCO 1HKBA 5FPDA 4EAHD 5E84A 5AQIA 1K8KB 5ADXH 4GY2B 1NGAA 2E88A 3BP8A 2D0OA 1T6CA 3GL1A 1ATNA 4FPBA 3A5LC 3RSEB 1TYQA 1XUPO 3CJAA 4RTFD 1BUPA 5AQTA 4JN4A 4C23A 4IJNA 3WEEB 2P9LB 5BR9A 5FPMA 4B1YB 2QWRA 2HF4A 4FWKA 5KQ8A 3IDHA 3GOIA 1BA1A 1HUXA 4MO4A 3F9MA 4JAXA 2Q31A 3FR0A 2E2OA 2P9KB 1D4XA 4CBUA 1BA0A 3IUCA 4IZ9A 1NGJA 4ISEA 3RSEA 2QW9A 3U4LA 4FWRA 1RGIA 4BRHA 5JLFA 2E1ZA 3ZEUA 2QM1A 3QBWA 4HTLA 2Q97A 2P9IA 4H5WA 3L4IA 1TUYA 4K25A 3QMLA 3I33A 2P9IB 2CGJA 1YXQA 2D0PA 4IWVA 3J8AA 1NWKA 1X3MA 4YDUA 1MA9B 2W41A 5F1XA 2ZWHA 1IJJA 4PL8A 1S22A 3MN9A 3C7NA 4FWPA 3D2EB 1H1VA 3ATVA 2A40A 3MDQA 1DEJA 3WXKA 5KQDA 4JD2B 1HJOA 5AFUA 2QWOA 5CE3A 4QS9A 3HI0A 3U9ZA 4CD1A 3D2FA 3HTVA 3R9PA 4BQLA 5AQKA 3WQTA 5JLHA 1NM1A 3EO3A 3WUHA 4K42A 3CJ7A 3VPZA 1Z05A 3HSCA 3ZETA 3SJHA 2D1KA 3LDOA 4B1XB 1K8KA 4BRLA 4B1UB 1MWMA 4BRIA 3O80A 1GLJO 1E4FT 3VERA 1DKGD 4RWTA 4BR0A 1WUAA 4IXCA 1KAXA 4FWMA 4BRQA 1CZAN 4YDUC 4H0YB 4IO8A 5AQLA 5KPTA 5AQVA 3HM8A 4L3QA 2NRHA 2HOEA 3ZEUB 3ZX2A 2IVPA 5F0XA 1T44A 5AZJA 3HZ6A 5AQJA 4WYBA 1BDGA 4KBOA 4PKIA 4HWIA 2QWPA 3A0IX 4FWOA 2ITMA 3W0LA 3VEYA 2Q1NA 5AQPA 2V51B 1S3XA 3CJ1A 3L0QA 1YVNA 2F9TA 4JNEA 3SMSA 5BRHA 3ENOA 5EY4A 4F9OA 5BRFA 3ULEA 1KAYA 3O08A 4H0OA 5AR0A 3KHYA 3CQXA 2Q2RA 4JHDB 1R59O 3MN5A 3LM2A 5AZIB 4FSVA 1Q18A 2A5XA 2ZGYA 3UKUA 2E1YA 2GEMA 1XC3A 3FZKA 3UKRA 1BWFO 2PBDA 3H3NO 2QWLA 5AQQA 1X3NA 4CBWA 3AAPA 3GDQA 1NGCA 2YHYA 4B9QA 1QZ5A 2P9PB 3KVGA 3ENHA 1GLDG 3H46O 3DAWA 1E4GT 4MO5A 1GLEG 3P4IA 3UE5A 3VGKA 2Q0RA 2GTDA 3GBTA 4BRPA 4DB3A 1QQOA 4A61A 4BR9A 1NLVA 5AQMA 5AQUA 4Z94A 1JCEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W5RA 4OPKA 4E72A 3PX6A 1BIZA 1O13A 1T6DA 1NGHA 1VQNN 3I0RA 3C65A 1Q7YO 4DV6K 1T03A 4RW7A 2YHWA 1U49A 4CJKA 3AA2A 4FVMA 4BREA 3VA3A 2NRVA 4HUFA 2VGNA 3OBYA 1ATSA 3OJUA 3V81A 3DYAA 1A5VA 3G25A 1BCOA 1P8ZA 4E7IA 3I0SA 2FSJA 3V1OA 3S3MA 3WQUA 3H1QA 1IKXA 1RDUA 3O9QA 5LJWA 3CMAN 2V7ZA 5AQXA 5I42A 5H1SQ 2CH6A 3SI6A 2Y1IA 3MEEA 5I9EB 2E6MA 3KLFA 5AQRA 3KLHA 3VMFB 2RPIA 2KW4A 1JJ2M 4DR2K 1S5JA 4CZEA 3SAGA 3ALYA 4CJ3A 4EIAA 3EN9A 3FZMA 4A2BA 3KK2A 4H4MA 4CEAA 5JICA 2E20A 4K43A 3A5NC 2O8CB 2CH5A 1RBSA 5C0YA 1HX1A 4FOIA 1HQEA 4B3TK 4YOUA 4ILJA 1JCGA 3MEDA 4FLTA 1Q8IA 4LD0A 4PA1A 4E7JA 5A2QO 1YJWN 3SAFA 4CHZA 4FJLA 2OPQA 4DFKA 3DJCA 1JLBA 3AARA 2FF3B 5LY3A 2D0CA 4CZFA 4BEBA 1D5AA 4CZJA 4E7HA 2C1GA 4ID1A 3RVCA 2D0AA 2VCPA 3AVNA 3KD1E 1YTAA 1JL1A 1C0TA 1HPMA 3CYMA 4LY7A 1WN7A 3SQ1A 1NBWA 5HBMA 5BREA 4NCAA 2UXBK 4FJHA 1N33K 4CF1A 2HW3A 3L2RA 4CK3A 2QWMA 1QSSA 3DMJA 1XMQK 4DLEA 3NF8A 4CEZA 4KV8A 4FL9A 3SBGA 2FSKA 3TAPA 3F2KA 3AVAA 4CF9A 3S9HA 1TVRA 1VRTA 2XHBA 1UOCA 1NNEA 1TYQB 3AVFA 2F7TA 3HSTB 4FLZA 4FJNA 1RBVA 3ZSRA 4J8FA 3SMPA 2HMPA 1X9WA 4BRFA 4DMNA 3OVNA 2F4VK 2HMIA 5I3UA 3MN6A 3EKUA 4F2RA 3HRGA 1JXEA 3O4WA 4CJSA 1S9GA 4WF9L 5C42A 3CIPA 2I7PA 5FROA 4CI6A 3C6HA 3QNOA 1QSYA 3S3OA 3SV4A 1NJWA 2GBZA 5EXWA 4CHYA 3CJ9A 3AVCA 4RCHA 5CY4A 5CHIA 4BC5A 3CYGA 3KKRA 1NGDA 4BRKA 4DHYA 2PYLA 3UB5A 4CJUA 1HKCA 3OA9A 4E3SA 4BE0A 4JI0K 3CETA 4E1JA 1REVA 1XWLA 1ASVA 4EHTA 1L5UA 1WAJA 1V4TA 2HVHA 3HBTA 2P9NB 2ZGZA 2JLEA 3CFOA 3L2WA 4XEIA 2FF6A 2IIRA 3H45C 1SZ2A 4NXNK 3NF9A 4AM7A 4PUOA 1YTUA 4FJMA 3M5RA 3QESA 4BR5A 2ZJPL 2O8CA 4X62K 1GLFO 5C2DA 3AVBA 3PSIA 3SPZA 1L3SA 2P9LA 4C1NI 4ISFA 4LF4K 4Z0UA 2FXUA 1ZBSA 4OKJA 2X6NA 3TSQA 1RDWX 5M1NA 1NMNA 3G71N 5LMUK 4DTUA 3RMCA 4Q5VA 3IMXA 2EWSA 2E4LA 1L3VA 1NGGA 5LJVA 4Z4EA 3H1VX 4FM0A 5BN9A 4Z4GA 2YKNA 1ZXOA 2O8FA 1J6ZA 4CZLA 3O6WA 4JKGB 1C1BA 3PX4A 2UYTA 3EE9A 3EZ5A 4Z4FA 2HHSA 3O1BA 4FO0A 3NH2A 4M3UA 1RDCA 4WQ5C 4AHSA 1Z6RA 3VETA 4BDZA 3VOVA 4DFJA 5JS2A 3J81O 3TAFA 1HNXK 3DXMA 3TTDA 1TUUA 1QVGM 2E8AA 3LZJA 3ZSOA 3RMBA 1RTHA 3HYFA 1VQON 1WSHA 2GUIA 5BPMA 1TK5A 1HKGA 2HHUA 3OYLA 4DR3K 3VEOA 1X1PA 3ZT3A 2WONA 3VQDA 3HPHA 4AQYK 1N34K 2YV0X 1RBTA 2WOMA 1T8EA 4FJKA 1VSDA 4B3MK 1N36K 5SWMA 4JKDA 3MX2A 2NRWA 4DTOA 4BGBA 3VA0A 2AA4A 4MLEA 4CFDA 1VQLN 4HCCA 1K8KB 4DTRA 4LF8K 3M8SA 4B9NA 2G8VA 4CHPA 1HR0K 1Q9XA 1NGAA 1VK0A 1T6CA 1J9AA 1RBRA 4AF1A 1VSHA 4DWIA 3E9LA 1N32K 4JN4A 3ZSQA 1TK0A 4JKAA 3BZCA 5FPMA 1DTQA 4B1YB 4KHYA 3AA3A 4DF8A 3THXB 2XY6A 3NH0A 3ZT4A 4FYDA 3PIOL 3ASMA 2KFZA 1NGJA 4ISEA 4DV2K 4CESA 1W9HA 4A59A 2D0BA 3J7YP 1OVQA 1TUYA 4KHSA 4DUYK 4DV4K 3I33A 3MX5A 4CJWA 2P9IB 4HVJA 2CGJA 1JKHA 1YXQA 2G8UA 1L3TA 4W5OA 1MA9B 4GW6A 2W41A 3S3NA 4WE1A 3P5JA 1ZBHA 4DQPA 3MDQA 4DU1A 5KQDA 4JD2B 2KZZA 4QS9A 4WFAL 3F5TA 3D2FA 3VTIA 3D6RA 3NF6A 3AO3A 3AVLA 3HJFA 1Z05A 3SJHA 3N4QA 2D1KA 3CG7A 1KFDA 4BRLA 2XO7A 3O80A 3VERA 1DKGD 4BR0A 3C94A 1KAXA 1E3MA 4YDUC 4IO8A 3S5TA 2IGIA 4CJRA 3NGYA 2HOEA 3ZX2A 3B6OA 4FJXA 5KRTA 4DSIA 4WYBA 1BDGA 1ZBLA 5T7BA 4FWOA 3W0LA 1WNSA 3VEYA 1VSJA 2LSNA 4DV0K 1OH8A 1RT6A 2GX9A 3KKSA 1S3XA 3I56N 3LP1A 4BWMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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