4PKIA

Complex of atp-actin with the c-terminal actin-binding domain of tropomodulin
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
371
structure length
370
Chain Sequence
b'TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Actin, alpha skeletal muscle
publication title Actin cytoskeleton. Mechanism of actin filament pointed-end capping by tropomodulin.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Contractile protein/actin-binding protein
total genus 123
structure length 370
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 4pkiA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkiA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4pkiA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4pkiA04
1QZ5A 5LJWA 4B1YB 4FWMA 2P9PB 1BU6O 4JD2B 2E2QA 2V52B 2D0OA 1ATRA 2P9UB 1TYQB 1ESVA 3ATUA 4BC4A 4CZLA 1EQYA 1U6ZA 3HI0A 3LDPA 2GUPA 4BRPA 3H6EA 4BR0A 2Q97A 5JMVA 3KZBA 1S22A 3MK6A 1V4SA 1MWMA 4BRMA 3DWLA 1CZAN 4PL8A 5AQPA 3DXKB 4PKHA 3O6WA 2P9PA 1DKGD 1V4TA 3R8EA 2P9UA 3WUHA 1IJJA 4A2BA 1NLVA 1R59O 2ZF5O 1Z05A 3QMLA 2Q31A 4K42A 2W41A 5FPNA 3GE1A 1QHAA 3FE1A 3SK3A 1NGEA 3WT0A 4FWKA 3FLCO 3DXKA 1TUYA 3UB5A 4BRAA 4RWTA 4WQ5C 5FPMA 3CI5A 4MLEA 5EXWA 3CJCA 2YHYA 1T44A 3MN5A 4BR2A 3B8AX 3WEEB 4K43A 3O5BA 4DQ8A 2FXUA 1HLUA 1J6ZA 2QWMA 1KAZA 1BDGA 2CH5A 3VF4A 2NLXA 1BA0A 2VYPA 1GLEG 2QWQA 1TUUA 4HTLA 1X9JA 3VEYA 4CJ7A 1Y64A 3WXKA 3ID8A 5AQKA 3CJ9A 2HF3A 4CZMA 2EWSA 1NGJA 3O8MA 4QS9A 3WEEA 4E1JA 3I33A 1KAYA 3D2FB 3AAPA 3IUCA 3ZETB 1NMDA 2PAVA 4BRQA 3BF3A 3HTVA 3VEOA 4K41A 3VEXA 1GLBG 1NGGA 2P9SB 3EKSA 3MN7A 2NRHA 4FWNA 2ASOA 3A5LC 3VENA 2A42A 3QBWA 3VETA 3A5MC 3IDHA 4CZGA 4LC9B 4A62A 3VESA 5KPRA 3D2FA 5JLHA 2FSJA 3ZETA 4I6MB 3I8BA 1RGIA 1HKGA 1YAGA 5AQLA 3HZ6A 2P9SA 1Q18A 3ENOA 2QWLA 4NO7A 4FWQA 4RCHA 2A6AA 4M63C 1LCUA 3F9MA 5AQXA 3R6MA 4B9QA 3H1VX 1WOQA 3CETA 5BN8A 3U8XA 4IO8A 5EY4A 2HOEA 2E2PA 5JICA 4FPBA 4XH4A 4I6MA 5FPEA 4CZEA 1MWKA 3L6QA 5KPZA 2P9LB 2FLOA 4FWSA 3TPQA 1HX1A 2D1KA 1QQNA 5LJVA 3DXMA 1JCFA 1D4XA 1BA1A 4BR4A 4H0PA 1YXQA 4RTFD 4H0TB 5B8HA 2CGJA 3QBXA 4BG9A 4A2AA 4FOEA 2P9LA 1C0FA 4QS7A 5ADXH 5E84A 4IWVA 4F9OA 4CZIA 3A0IX 5AQNA 5F1XA 1BOTO 4H0YB 4BGBA 1MA9B 3CERA 4XH5A 2CGLA 3A5NC 2QWRA 3GBTA 3DJCA 3QB0A 3M3ZA 2ZGYA 2IIRA 5BPNA 5BPMA 5AZIB 3GG4A 3H46O 4WQ4A 1RFQA 3IMXA 2W40A 5AQZA 2GWJA 1YUWA 1HJOA 2IVPA 2ASPA 3VEVA 4IJNA 3AAQA 4EHUA 3ZX2A 2V7ZA 5KPTA 4JAXA 4BRIA 3ATVA 1QQOA 4BR5A 5FPDA 3M1FA 3CQYA 1HKBA 5AZIA 5BPLA 4FWLA 1MDUB 3LDOA 1SZ2A 3G25A 3TU5A 1HKCA 3EKUA 4QS8A 2D0PA 2AP1A 3CJBA 1GLLO 2NZTA 1E4FT 1XUPO 2GTDA 4H0VB 4YDUA 3FZMA 3A5OC 1WUAA 4FL9A 3ULEB 3ZX0A 1GLDG 2ZWHA 4EAHD 2P9NB 4B1ZA 3VPZA 4HWIA 4O5FA 3ZX3A 1Z6RA 3EL2A 3MDQA 5AQIA 3BP8A 1BG3A 4EFHA 1T6DA 4BROA 3WXJA 1E4GT 2P9KA 4B1VA 4CZJA 5CE3A 3W0LA 4BQZA 3MMVA 2GWKA 1JCEA 3FZHA 3O4WA 5BN9A 3O80A 2BUPA 4H0XB 4AM7A 3ULEA 5ELZA 2WUSA 4M7YA 1C0GA 2FF6A 2FF3B 2P9NA 2CH6A 4ISEA 1NGHA 3VERA 1U2VB 1BO5O 2F9TA 2J4RA 4GY2B 4B1WB 4C23A 5AQMA 2ZGZA 1NGBA 3GL1A 1G99A 3VGKA 3RSEA 1BWFO 4BREA 4FWPA 4O8KA 4CBWA 2PBDA 4CI6A 3LDNA 3C0BA 1ATSA 4WQ4C 3FZKA 1IG8A 3LM2A 1U2VA 4FOIA 4PKGA 3J8AA 1OKJA 2DPNA 3L0QA 3HBTA 2A41A 3H3NO 4BQLA 5KQ8A 2Q36A 3SMPA 4FWRA 5BRFA 4ISFA 1YVNA 2IVOA 3DXMB 4BVPA 4CBXA 3EO3A 3O1BA 2QWNA 4H5VA 3VGMA 1NWKA 3LDLA 4XEIA 5I9EB 2E2NA 5LY3A 2YCHA 5AQUA 1X3NA 4IZ9A 4PL7A 3VEZA 3VOVA 2GELA 4MO4A 1T6CA 1ZXOA 3VF2A 2YI1A 5BREA 4JN4A 2E88A 2V51B 4BRLA 3LL3A 4YDUC 3CHWA 1NM1A 4AM6A 5JLFA 3MCPA 2BTFA 3CIPA 3CJAA 2KHOA 4K25A 5AZJB 2HMPA 2VWBA 3CJ1A 1GLFO 1P8ZA 5EX5A 2YHWA 5AQTA 3JXUA 4BRKA 4NB4A 3C7NB 3WQTA 4B1XB 4DB3A 2Q0UA 4JNEA 4BR7A 4FPAA 2A40A 3U9ZA 5BR9A 2VCPA 2QM1A 4BRGA 4M7XA 3CQXA 2FSKA 1SAZA 5AZJA 2CGKA 5AQYA 3MN9A 5AQSA 3FFKB 4BRDA 3C7NA 3IFRA 3U4LA 3WQUA 5KQDA 1LOTB 3FZFA 4BG8A 1KXPA 2IVNA 2Q2RA 4H5NA 4H5RA 4A61A 1H1VA 3S41A 5EOYA 2A3ZA 5F2RA 3H45C 4BC3A 4WYBA 1NGAA 4JD2A 3LDQA 2QWPA 3QDKA 4L3QA 4BRCA 2H3GX 1TYQA 2P9KB 4IXCA 4H5WA 4EHTA 1RDWX 3QFUA 4CZFA 3EN9A 3LM9A 2P9IB 1NGFA 2Q0RA 2QWOA 1GLCG 5AR0A 3UE5A 4FSVA 5AQRA 1BUPA 1NGCA 3SJHA 2Q1NA 4XH1A 4Z94A 3D7EO 4PKIA 3GDQA 4BC2A 3L4IA 3MN6A 3BEXA 5AQHA 2UYTA 3UKRB 3ENHA 4J8FA 2I7NA 5TKYA 3RSEB 5BRHA 5AQFA 1HUXA 2P9IA 3GOIA 1ATNA 1K8KB 1QQMA 2YJFA 5AQWA 4BC5A 4CBUA 3R9PA 3O1WA 3H3OB 2GEMA 2YHXA 3BUZB 3W3DA 4JHDB 1SQKA 5EVZA 4EIAA 3OHRA 3UKRA 3ZEUB 3AARA 2E1ZA 1NGDA 1K8KA 5E26A 4ISGA 4BVOA 1DEJA 3HSCA 3BF1A 2E1YA 3DAWA 3FZLA 3P4IA 4H03B 4FO0A 1JCGA 5AQJA 2E8AA 2OANA 2F9WA 2FSNA 4JHDA 3SLCA 3SMSA 4CZHA 3ZEUA 4H5TA 4BRHA 4DCHA 1XC3A 2HF4A 1GLAG 4FWOA 3O08A 3WXIA 4BRNA 3AY9A 3EZWA 4MLHA 5F0XA 2ASMA 4GNIA 4CZKA 1XQSC 4CD3A 3VGLA 4BR9A 1ZBSA 1NGIA 3QFPA 5AQQA 1X3MA 5AFUA 5AQVA 3VEWA 2A5XA 3JS6A 4KBOA 2I7PA 4WQ5A 1HPMA 3U9DA 1KAXA 3FR0A 1DGKN 2QW9A 4Y0WA 2QXLA 3UKUB 4BGAA 3H1QA 1ZC6A 3VF6A 3CJ7A 3FGUA 1S3XA 3D2EB 2ITMA 3KHYA 4MO5A 1NBWA 3HM8A 5ADXA 3QICA 4H0OA 1GLJO 5AFUH 3M6GA 1QZ6A 4CD1A 2AA4A 2D4WA 3KVGA 4IJAA 5BRDA 5AQGA 3WXLA 3UKUA 2E2OA 5AQOA 4B1UB 3A8YA 4BRFA 2E20A 2YJEA 2V7YA 3D2EA 4DHYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QZ5A 4FWMA 5CHIA 4HCCA 2V52B 2D0OA 2P9UB 3K59A 2VGNA 4FM1A 1NJZA 5JMVA 4CIFA 4OPJA 1V4SA 4RW7A 2OZSA 3I0RA 4DR3K 5D3GA 5AQPA 3DLLL 1S1UA 2NRZA 4I9QA 4WFAL 3R8EA 3ITHA 2YHAA 3K2PA 1VQLN 2YNGA 1OH8A 3GE1A 3FE1A 3SK3A 3CF5L 4XIUA 3IKMA 4X65K 3QINA 4E7IA 2DFFA 3TR8A 3DXKA 4GMJB 4PWDA 4BRAA 2D0CA 4LF7K 5FPMA 3F2KA 1OVQA 3CMAN 4A5BA 1CXQA 1RT2A 3B8AX 1HLUA 3G0ZA 1SV5A 2NLXA 2VYPA 2HMIA 5M1PA 4AHSA 4HTLA 3CMEN 4BECA 3CPEA 5KTQA 4FJMA 4DF8A 3QEPA 3THYA 1T7PA 3WXKA 2HF3A 4CJTA 3WEEA 4E1JA 3ZT3A 2QA4N 3I33A 4HUEA 3IUCA 3ZETB 1NMDA 2GUIA 4M3RA 3LP0A 4PHTX 3MXJA 2O8EB 3NGIA 3HTVA 3VEOA 1GLBG 2P9SB 3ZT1A 3MN7A 3EZ5A 4JI8K 4FWNA 2ASOA 3A5LC 4CIEA 3VENA 3M8SA 3SCXA 4CZGA 1YTAA 1WSEA 1C0UA 4B3TK 1W0HA 5JLHA 4I6MB 1ZBLA 3I8BA 1YAGA 1S9GA 3QEVA 5AQLA 3HZ6A 4CEZA 1Q18A 2FBVA 5AQXA 3R6MA 1XHXA 3CETA 4DTSA 4W5QA 5BN8A 4IO8A 5EY4A 1TKZA 4XH4A 3L2QA 4CZEA 1WBBA 4V19S 2OCEA 4CHZA 2FLOA 4BDYA 2VWKA 4DR4K 3E01A 4FJLA 4DKWA 4DSKA 3NH2A 4Y1DA 3CM6A 5HBMA 4DQQA 4M45A 3NE6A 4CEAA 4JKCA 5E84A 4IWVA 4CZIA 5F1XA 2FBYA 5CZ2A 1VQ8N 1TKXA 4CCHA 4BE1A 2ZGYA 3BDPA 4DUZK 1RFQA 3EEQA 1DTTA 4JK9A 1HJOA 4FLTA 3LP3A 4IJNA 3AAQA 3O4QA 4JEPA 4CJLA 5KPTA 3THWB 1SKWA 2RF2A 1TAQA 4BR5A 4KTQA 1BCMA 1HNVA 1EWQA 1VAZA 3ASMA 3KKSA 2OYQA 1S6QA 3WNFA 4FJGA 2B5JA 4WFBL 3QIOA 4DV7K 4FJXA 4ICLA 4CVNE 4M3ZA 4PY5A 4YDUA 3A5OC 3P5JA 3ZX0A 4Z4FA 1GLDG 4DSFA 2P9NB 4CJSA 4NCGA 4HCBA 1CXUA 1NK8A 1QTMA 1Z6RA 2X6NA 3EL2A 2IAJA 4U67L 3HL8A 3QETA 4BROA 3WXJA 2P9KA 1JXBA 1TK0A 2BUPA 4AM7A 1JLAA 5ELZA 4DU4A 2WUSA 4KHUA 3QEIA 2P5OA 2FF6A 4ISEA 2KLAA 1NK5A 5HOOA 1BO5O 2J4RA 4CHYA 4GY2B 3NCIA 1ZBFA 5AQMA 3SI6A 4LFBK 1NGBA 4ILJA 3GL1A 3A2FA 4WE1A 3RSEA 4AHCA 3VQ7A 2E6LA 1NK0A 3MWTA 4YY3K 4I2QA 2PBDA 2QKKA 4DSIA 4DTRA 2D0BA 4CIGA 1C1BA 1HQUA 3EYZA 1U47A 2Z1JA 4PA1A 3TTFA 1VQMN 1OKJA 4YOYA 3H3NO 3NHGA 2Q36A 4ZTFA 4X66K 4O4GA 3VQQA 3WNHA 4B9UA 1LAVA 2DY4A 3O1BA 2QWNA 4H5VA 1JLQA 4N47A 3CFRA 5LY3A 3VOVA 4MO4A 1ZXOA 2QXFA 1N32K 2F96A 2ETJA 3BZKA 3SNNA 3O3GA 3CHWA 4AM6A 2KHOA 5AZJB 2VWBA 4FZXC 5C42A 5EX5A 1VQON 4NB4A 3WQTA 4M3UA 3AVLA 4AHVA 2RE2A 4JNEA 4BR7A 4DTPA 4FPAA 3HVTA 3QIPA 3U9ZA 4A5AA 5GADP 1VQ4N 4KREA 1N5YA 3I8DA 3M8QA 4R79A 1WN7A 1Q81O 3IFRA 3U4LA 1T03A 4NYFA 4OLBA 3WQUA 1LOTB 4ELVA 1MU2A 1KXPA 4FJHA 3P38A 1BI4A 4H5NA 3ZSRA 5E41A 3TAGA 3JYTA 4A61A 3HPHA 4L8RB 3Q7BA 3DYAA 2YHBA 2IC3A 5F2RA 3VQEA 1QSLA 4CFBA 3G10A 3G4SN 4WYBA 3LDQA 3QDKA 4L3QA 1TYQA 4EHTA 3QFUA 3LM9A 2P9IB 1SL1A 5C0YA 1NGFA 1GLCG 4KI4A 3J7ZO 4IFEA 2PY5A 2Q1NA 3O4NA 3AVIA 4IOAL 4XJXA 4Z94A 1KLMA 1N33K 3IS9A 1DT9A 4KRFA 3BEXA 3OS1A 1RT1A 5DM7L 4OPKA 4DV3K 3GOIA 1ATNA 3QERA 4IKFA 4RW4A 4JLHA 1EO1A 1HNZK 5KGWA 3R9PA 3VTIA 1HNXK 3BUZB 1BCOA 1HRHA 1SQKA 3UKRA 1RDDA 3ZEUB 3AARA 3WNEA 2E1ZA 5MLCQ 4KB0A 1TL1A 5FDLA 2O4GA 3OYDA 3P4IA 1ILYA 2QKBA 2E8AA 3AVNA 4DTUA 4DTMA 3QNNA 3L2UA 3SLCA 3J7YP 3SMSA 4BRHA 1QSYA 3RR7A 4I7FA 1XC3A 4FWOA 3LP1A 1W7AA 2OA8A 4MLHA 5F0XA 1XQSC 4CD3A 4YOTA 3LAMA 4RW8A 2Y1IA 4DSLA 1XMOK 3AO1A 3QFPA 5AQQA 1ASUA 2C1IA 3JS6A 2I7PA 2O8DB 3V9SA 5HRRA 4CJFA 2FBTA 1RDUA 3FR0A 1NJIO 1YIJN 2QW9A 3CM5A 4NXMK 2QXLA 4DFJA 3H1QA 1ZC6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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