4POBA

Crystal structure of a thioredoxin rv1471 ortholog from mycobacterium abscessus
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
107
structure length
107
Chain Sequence
DHATVTVTDDSFQEDVVSSNKPVLVDFWATWCGPCKMVAPVLEEIAKDHGEALTIAKLDVDANPETARAFQVTSIPTLILFQNGEATKRIVGAKSKSALLRELDGVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Mycobacterium abscessus
publication title Crystal structure of a thioredoxin Rv1471 ortholog from Mycobacterium abscessus
rcsb
molecule keywords Thioredoxin
total genus 32
structure length 107
sequence length 107
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4pobA00
4IP6A 4K1FA 4GTUA 5H5RA 1K0DA 2FLSA 11GSA 4ISDA 4OCEA 2GTUA 3GKXA 2IIYA 3UBKA 1SENA 4HQSA 3DRNA 1VF4A 1GSQA 1KEBA 2L57A 5AIVA 2OBKA 4BL7A 2VL2A 4IP1A 4GF0A 5JWRB 2HE3A 5B8BA 4J2FA 4JRRA 4NXIA 2AJQB 1SJ6A 3FK8A 1F2EA 1FOVA 4ACSA 4TKYA 1ZYQB 4K2DA 2VAFA 1AW9A 3F4RA 5F0GA 4N0VA 1WP0A 1WE0A 4OD7A 3EE2A 5ECMB 5IOXA 3LSZA 4HJ2A 1TOFA 4HEA2 1OC3A 3WD6A 3ERGA 4HDEA 2AHEA 4MJEA 1DSBA 5ECIB 1MDKA 4EF0A 4GSNA 1J0FA 1GUMA 2DLXA 5ECQB 5KN2A 2HRNA 4RQRA 3TRPA 2JZRA 1XWKA 2I1UA 3TUEA 5DJLA 2OE3A 3D0ZA 2LQQA 2H6XA 2L5LA 1WJKA 1GNEA 5GAND 1VF1A 2VCXA 2AB6A 1GUHA 1GULA 1VGLA 1X5EA 1Y6EA 2LEGA 2OE0A 3FZAA 3UJ1A 3IXRA 4HZ4A 4PURA 3GKKA 1O8XA 1XZOA 3F9UA 2DBCA 1TI1A 4WETA 3GL3A 3VWWA 3QD9A 1G7OA 1T3BA 4POKA 1GH2A 3E9JB 1C72A 5DVBA 1HQOA 2HZFA 5CREA 2WULA 1AQXA 1XBSA 3EURA 1MD3A 4DSSA 3RPNA 5D9VA 2RUFA 1EOHA 5IOWA 4GRFA 1NW2A 2WRTA 4H86A 1PQNA 1SK0A 2C4JA 3GN3A 3FRCA 2O87A 2HXKA 1SD9A 4KE3A 4G19A 2PVQA 3Q74A 1XXUA 4JU5A 4CW9A 4IHUA 1HNAA 2L4CA 3QPMA 3VWUA 2OJLA 1UN2A 1SL1B 4F0CA 3IE3A 2C1YA 2GSQA 3CSHA 2YN1A 2GGTA 4KCAA 4KX4A 1XOBA 1PKWA 1AQWA 3BCKA 2JU5A 6GSYA 3F6DA 2R2JA 2H74A 2FWEA 4V1Ap 2H8LA 3R2QA 2H19A 1GSSA 4IJ3A 2V32A 2AV4A 3K8NA 1T4ZA 1Z9HA 1M9AA 2DJ0A 2YCDA 3VI7A 4HS1A 3KCMA 1QK8A 5HR2A 5IIZA 2DIYA 3HKRA 2A2RA 1THOA 3GUSA 5ID2A 1GRXA 3FZ9A 4KDUA 4KCEA 1V57A 2EIRA 4OFMA 3N9JA 4PUAA 4XS1A 1IYIA 3ZVJA 4MCUA 12GSA 2MZCA 2PVOC 4MF6A 1TKDB 2CX3A 5DQYA 4RQXA 1ERTA 2KUCA 5LD0A 5C00A 3QFAC 1AQVA 1YDKA 3LGCA 1T4YA 3APSA 5EY6A 1XIYA 2HSHA 4IQ1A 4ECJA 1FO5A 2JZTA 1O6JA 3FEUA 3ZITA 1ILOA 5LCZA 3ZIJA 4EO3A 2MMAA 2H71A 5HQPA 4XS6A 2IJYA 4OFNA 3QDNA 5CYYA 3IA1A 2J9HA 2VCZA 3CRTA 1G0TA 4MDCA 2H1AA 5F8BA 5GSSA 2YNXA 3CRUA 1X9WB 5G1KA 1TRVA 3JCML 1Z7PA 4G9HA 4IN0A 1HNBA 4IVFA 5E59A 2GZZA 3W8SA 3C1SA 4N30A 5L71A 1B48A 3ME8A 3TOTA 2RIIA 4BWQA 2IFQB 3EMXA 1OKDA 2WDUA 3FZ4A 1V2AA 3PGTA 3I9V2 4YQVA 4ULXA 2B5EA 3ZL5A 2C0FA 4PQIA 4I6XA 4TR4A 2DMMA 17GSA 4TRXA 5CAXA 1V9WA 2VL3A 2YPMA 1EP7A 4PGTA 1T00A 2I4AA 4NV2A 2EIQA 1XWAA 4HQZA 2OKAA 1G7EA 2PERA 3IPZA 3L9VA 2L6CA 5D93A 5DJMA 1S3CA 1MTCA 1DUGA 4AGSA 3TRQA 1Z7RA 2QKEA 2VM2A 3TKSA 3SWLA 2DIZA 4MA9A 4QL7A 3KP8A 4L8EA 5DDLA 4N11A 4X1UA 1R5AA 1A24A 2HZEA 1ABAA 1TRWA 3RAZA 4GLTA 3KTBA 3ZFLA 3HD5A 6GSVA 2LKUA 3IRAA 3DWVA 1EGRA 2HYXA 2LQOA 2WCIA 3F6FA 2OA7A 4KW6A 2IWTA 2VL2C 2CAIA 5CNWA 3M1GA 4KB3A 2E2GA 5H5SA 2CVDA 4MJAA 3GHAA 2B1KA 20GSA 1NHOA 2C3TA 1FAAA 1EV4A 3KP9A 1X0RA 3EC3A 5KN0A 1AAZA 2CV4A 1SKRB 4WBJA 2CVBA 3KXOA 1SD8A 4WF4A 2B7KA 2VLVA 2L6DA 2MMNA 4IQAA 4ZIJA 1TU7A 4Z7XA 3US3A 3GL5A 5EL8A 4EDZA 1A8LA 5ECKB 3LQ7A 1U6TA 3VLNA 3Q19A 4MZCA 1X9SB 2GT5A 5FT3A 2TRCP 2G0FA 2GSTA 4MZWA 2L4QA 1U3IA 3IHQA 6GSXA 3ZZXA 1UVZA 1TK8B 3UOMA 1KBNA 1RK4A 2H30A 2KP2A 3DD3A 4YQUA 1PA3A 5C04A 4HUAA 3KD0A 3KTLA 1BQ7A 3L4NA 3LXZA 4TR3A 5ABRA 2ZNMA 4I97A 5CO3A 4JBBA 3F63A 6GSWA 4PNFA 4I5QA 5ECPB 1ZL9A 3HA9A 2C0GA 1GL8A 4GCIA 4OFTA 2N5BA 2XBQA 3IV4A 4MK3A 4GXZA 1EOGA 2X8HA 3PINA 4MMMA 4Q5QA 5JWOB 4POBA 5DALB 2H0GA 1VF2A 1QGVA 3HVSA 4ML6A 2LNSA 4DVCA 3FHKA 3TJGA 2P0GA 3DGQA 4RUVA 1DBYA 2GZYA 2LRNA 2XC2A 5ECRB 4TR1A 2RUEA 4TR0A 2FA8A 5IO0A 2CQ9A 4ZB8A 1GLQA 2OACA 3A2XA 2B7JA 4TW5A 3F4TA 1THXA 1TDIA 3CBUA 3BCIA 2LJKA 3A2VA 2FCHA 5HR1A 4WKWA 1OKTA 1XW5A 1R26A 4ML1A 1Q4JA 1RW1A 1XVQA 2F3MA 3KJYA 2R3XA 1R7HA 1JFUA 2RM6A 4CDOA 4FYCA 3FYGA 3U5RE 5IMDA 3NZNA 4GSSA 3W8JA 2A2SA 1PMTA 1WRYA 3ZMKA 4ILFA 5INYA 1PN9A 3UVHA 3L0HA 4O92A 1YKAA 3GSTA 5DCHA 5ECOB 4P3YB 3GA4A 3HZ4A 2OADA 2F9SA 3C1RA 2H1BA 3C73A 3VK9A 3EINA 1GTUA 1ON4A 3GURA 2WZ9A 3UARA 5J9CA 5GZZB 2E2MA 2YWNA 4TN8A 2MMZA 1V58A 2OBIA 3PH9A 2FWGA 1A0RP 4LLRA 2PPTA 3HY2A 5ECNB 1AUCA 5DAKB 5COHA 1K0OA 1PX6A 1X5CA 2KOKA 3EWLA 2I3YA 3UL3A 3J7Yb 2LRCA 1M9BA 5KN1A 1Z5YE 4MPGA 1B9YC 4BVXA 5CRGA 4Q5NA 5ECLB 3IDVA 3CMIA 1R5PA 2R37A 5LNKe 1WPIA 2AUVA 3GSSA 4K8MA 2H1DA 1OC9A 3KGKA 4TVEA 4KSOA 1HD2A 4E8HA 19GSA 1QXHA 1NSWA 3L78A 2WJUA 4CHSA 2PMTA 3DXBA 2K9FA 3RHBA 5G30A 3P8WA 3UBLA 4V1Ag 3LEFA 3M0FA 1GP1A 2XBIA 5EPFA 1EEJA 5IMFA 3ZYWA 2H6ZA 3MWHA 2AYTA 4GQCA 1XVWA 5DCGA 2PBJA 2N5FA 3RDWA 3FKFA 4IS0A 5J9BA 2K6VA 3UMAA 4WR4A 5A4VA 1A2LA 3IR4A 4MJCA 5IMCA 1DE2A 4F03A 3GRXA 2CZ2A 1YJ6A 3DVWA 5GSTA 1XPVA 5E4WA 1XW9A 4IGJA 4J56E 5AGYA 3TKSC 4KDXA 2O85A 5ELAA 5JWQB 3DMLA 1ERWA 4DSSB 4RI6A 3HVXA 3SBCA 4F82A 3TKQA 2EC4A 3I6AA 4J57E 3QOUA 1T1VA 4Q5RA 2V41A 1K3OA 2M72A 4ZXGA 1GNWA 2C8UA 2K8SA 3DVXA 1O7UA 1R4WA 5HFGA 3ED3A 2VOCA 4POMA 1O81A 3HDCA 4O7HA 4X0XA 4FIWA 3QAWA 2WGRA 4XS4A 2VCWA 5G5EA 1A23A 1F37A 2O89A 3ZLPA 2FWHA 5J3RA 4ZB6A 1M2BA 3IBHA 3TJKA 4K0NA 1E2YA 1WMJA 4FYBA 1JZDA 2D2ZA 7GSSA 2N5AA 2NPBA 4XHMA 1I5GA 2HRFA 2GSSA 4EL1A 3LG6A 2HNLA 2H0HA 3WGXA 1K0NA 1YY7A 18GSA 3APQA 4GWRA 1V40A 1PL2A 1YEPA 3LYKA 3M9KA 1CQGA 4HU9A 3GKMA 1GLPA 3FR3A 2I9HA 5B7CA 5J5NA 1SJZA 3HCZA 4ZB9A 3A3TA 3CYNA 5HFKA 2GQKA 4EKZA 4MH2A 3L9SA 4MABA 3F3RA 5AISA 3TDGA 4LMWA 5A4WA 2BTOT 5AIXA 2R5GA 3TKPA 1SKWB 3D21A 4OO4A 2DJ1A 2ES7A 3VPQA 1TRSA 1GWCA 4ZL9A 1LBKA 5D9WA 4D73A 4I2TA 2H75A 1JLVA 5F05A 4XRAA 2VO4A 2DMLA 2XPEA 1FB0A 3DEXA 3APOA 4FO5A 2B5YA 2TRXA 2F8FA 3ISOA 4G2EA 2G2QA 4L5OA 2V1MA 1EP8A 2F51A 4GSTA 3UEMA 4Q5FA 3AY8A 4JE1A 1BJXA 2YOIA 4AJ7A 1ZZYA 2CA8A 3KMOA 4PUFC 2M80A 4HU7A 6GSUA 3KIJA 5A5KA 2LV3A 1SKSB 2GS3A 2GT6A 3ZMLA 3FW2A 3G7JA 4N0ZA 1K0MA 3EYTA 3GH9A 3GX8A 5JCUA 1EZKA 2GVPA 1FW1A 1Z6NA 4JR6A 4XCSA 3CTFA 4YH2A 4I2UA 4TXOA 2AAWA 2GSRA 2R6KA 3EVIA 3KEBA 2PUKC 1H75A 1TXXA 2NBSA 4IBPA 4NWYA 3ZTLA 3TCOA 3BD2A 2FGXA 4QL9A 4WBRD 2CT6A 3GIXA 5HR3A 2B5XA 1JZWA 4OCFA 4BVYA 2ON5A 1MDJA 3MSZA 3U6VA 2KHPA 2HSYA 2VL9A 4E8EA 1VF3A 2CVKA 4KGIA 2DJ3A 2IL3A 1LU4A 1LJRA 22GSA 1ZCPA 1UC7A 5D96A 1X5DA 3LJRA 2YWIA 5DQSA 1H4OA 4LA1A 1GSEA 3O76A 2P5QA 1GSUA 4GQFA 1UA5A 2DC5A 3BBYA 4POLA 5IMZA 1U3AA 4LL4B 5IPHA 3O6TA 3F8UA 2LSTA 3FR6A 1QFNA 4NAXA 2Z9SA 2YV9A 2HZEB 1B4QA 1GTAA 4NHZA 3WGEA 3GYKA 1EGOA 4L5LA 2C3NA 1TW9A 4PQ1A 1URMA 4K7NA 2VIMA 1SU9A 3TB2A 3GTUB 3RHCA 4LL1B 1TJDA 3D6IA 3ME7A 3TJBA 1MD4A 4KA0A 3G7YA 2DSAA 3VWXA 5G2ZA 2GQLA 2BMXA 1XW6A 4G10A 4MF7A 2B3SA 2FHEA 3H4KA 4MP4A 3FR9A 1BYEA 5F07A 2MBTA 5B8AA 5IMAA 2H1GA 1A8YA 2YWOA 2TIRA 4PXOA 1YF1A 5FHIA 1JZRA 1ZGNA 3H8QA 1SL0B 4YAVA 2FD3A 3F3QA 3GV1A 2LTKA 5D9XA 2IMEA 1T8EB 1M2AA 4K9ZA 2X64A 3O3TA 3CXGA 1F3BA 2B1LA 2MYGA 3G7IA 6GSSA 3NIVA 1CQHA 2IPAA 2IMDA 1HNCA 3KMNA 3CTGA 5DAKA 1TK5B 3HVVA 1TU8A 2VCTA 1PGTA 2VLTA 2K18A 4K7IA 1FB6A 1J08A 2IMKA 3GMFA 1ST9A 1XWGA 2IN3A 4ZBBA 3FZ5A 4NPBA 2JL4A 3GNJA 1PSQA 3IAS2 2YJHA 1FHEA 4YAPA 1ZYEA 1TP9A 5ELGA 1XCCA 2MMOA 2RM5A 4KSMA 1A0FA 4PNGA 1K3YA 5FWGA 1F3AA 3TKRA 5JCGA 1J9BA 2C0DA 3VFIA 3N5OA 3S9FA 2HI7A 2JSZA 4JR4A 2GZPA 4KUNA 2F8AA 4MZBA 4KDYA 1K0CA 2VD0A 2PN8A 4AJ6A 1XWBA 1Y25A 1FVKA 1T7PB 2ZCTA 1B4PA 3E3EA 5JCWA 3RBTA 1F9MA 5IO2A 4TOPA 3EU4A 4TR1B 4DEJA 2NTOA 1YF0A 5G1LA 1F6MC 1B9XC 3KH9A 3D5JA 1QQ2A 3ZVJD 3IOSA 2DJ2A 3KM6A 3CSJA 5ENUA 1JLWA 4JEDA 1MEKA 1PD21 1O85A 2IMFA 3F4SA 1OVNA 3TJFA 1Z6MA 4MLYA 3HJPA 2XPDA 1WIKA 1GTBA 4OO5A 2JSYA 2HT9A 2C80A 2WS2A 5HR0A 2L5OA 3DYRA 2H01A 5CRWA 3V1WA 4MPFA 1K0AA 1K3LA 4IELA 2HLSA 2YP6A 3IC4A 2CAQA 4OWYA 4JZQA 1ML6A 1E6BA 4EC0A 1EEMA 4FH8A 2H72A 4KH7A 2ZUPA 1ACVA 4IKHA 14GSA 4F9ZA 4BA7A 1U87A 4IJIA 2QC7A 3MAKA 4XRDA 2H66A 3M8NA 3QCPA 2JZSA 4K0GA 1S3DA 1YKCA 1SYXA 2BJXA 1ERVA 2EIOA 2FY6A 3TGZA 3WYWA 2O7KA 5G5FA 1BX9A 2NDOA 3LFLA 3HJOA 3PR8A 2P31A 2VUPA 1Q98A 10GSA 9GSSA 5B6MA 3QAVA 4F0BA 4L0UA 4BPYA 1JHBA 2X99A 2H0IA 2X8GA 2QGVA 1W4VA 4HZ2A 3H79A 2REMA 4PQHA 2VCVA 3IAM2 4QQ7A 1KNGA 3GX0A 4NMUA 2IFQA 1QMVA 2E0QA 1XWCA 3VURA 3L9UA 1SK2A 1A2MA 3DIEA 3VPTA 3UVTA 1OC9B 4X43A 5H5QA 1OE7A 2J23A 1YEXA 13GSA 3D4MA 1BAYA 1B8XA 4KNDA 2M46A 2YZHA 2LRTA 4EDYA 2A4VA 2JADA 2O8VB 4O5RA 5KEJA 3TKSE 3P2AA 4DSQA 3WGDA 3GH6A 3ERWA 3ERFA 5D8IA 2E7PA 1USBA 3EU3A 2JACA 3QAGA 2FNOA 3C71A 4V2LA 1O73A 1G6YA 2YANA 4IW9A 4KAEA 4WXTA 1AXDA 1HYUA 1RQMA 5EVOA 3I69A 2DJKA 1OE8A 1KTEA 4PX1A 3IK9A 2V6KA 5DBQA 16GSA 2GQMA 2OE1A 3C8EA 2X8CA 1PL1A 1MDIA 1X9MB 4ZBDA 2V6OA 3NOFA 1XFLA 2QSIA 5IPGA 2GDRA 5ECSA 3ZIVA 1WWJA 5ID2B 4WF5A 5CRDA 1V98A 5KN3A 4YQMA 1PX7A 2YWMA 2PU9C 1U88A 2NVLA 3QR6A 3FY7A 2DJJA 1BEDA 3LWAA 1YZXA 4ZBAA 1JZOA 3DKSA 4NHWA 1M2DA 4N10A 3GKNA 1PKZA 2LS5A 1GUKA 3QFBC 1WOUA 3P7XA 1NM3A 2XHFA 3UAPA 4K7OA 4ECCA 1S3AA 3HXSA 3HZ8A 5J4UA 4XS4B 1FVJA 4MH3A 3CSIA 1M99A 1GSFA 1VRSD 5D9TA 3IK7A 2ON7A 3ZRDA 4AF2A 5AN1A 4V2MA 4EUYA 2MBSA 1SJIA 3KH7A 1K0BA 1W89A 2KP1A 2KLXA 4WEYA 3HJMA 4ZILA 2VCQA 4WR5A 1Z3EA 2HFDA 4L0WA 1TTZA 1TI3A 2CZ3A 4ECBA 1N8JA 4OMVA 3WT2A 3HYPA 3KZQA 5A4UA 1NHYA 1OYJA 2LJRA 1XOAA 2B6MA 2H6YA 2FWFA 1GSYA 1OAZA 2H76A 5ECHB 4HOJA 4ZL7A 3Q18A 3RPPA 5J41A 1DE1A 3UIWA 4DSRA 2H70A 3C7MA 1TK0B 3GFKA 5B6NA 3QMXA 3F0IA 2CX4A 3GTUA 4BWSA 4MJBA 2YV7A 2RLIA 4K6XA 2L59A 2LNTA 3D22A 2YZUA 2VD1A 2C3QA 4EE0A 1AIUA 3H1NA 2LUSA 3OR5A 4I8BA 2VLUA 3TOUA 3VWVA 4ECIA 2ALBA 2R4VA 2PGTA 3LYPA 5DALA 2PWJA 4D73B 3MDKA 1GSDA 4EVMA 1M7TA 2YJ7A 4HJMA 2WFCA 4ZL8A 3LORA 4RI7A 2V2GA 3EMPA 3W6GA 1IYHA 3A2WA 4AJ8A 5HFIA 4XTSA 3J7Yk 1PRXA 3ZFBA 2H73A 4FYUA 5IM9A 3BOAA 4EXJA 2FUG2 3Q6OA 1I9DA 8GSSA 2WB9A 3VI5A 4NV5A 3MNGA 3TJJA 5GAPD 5F06A 3H93A 3E0UA 1FG4A 2K8VA 6GSTA 4ID0A 3BJ5A 3G9BA 2IMIA 1O8WA 1SL2B 1QUWA 3M9JA 1GTIA 3WT1A 1N2AA 5D73A 2I81A 2P5RA 3P90A 1TRUA 1M0UA 4TXVA 3D4TA 4XIHA 2LJAA 1ERUA 5CRHA 4LMVA 3M3MA 3A5WA 1EV9A 2FA4A 1ZMAA 1ZOFA 1EWXA 2C0EA 3ZREA 1YQ1A 1G6WA 4F2IA 4TXOB 5G31A 3HHVA 3I43A 4O32A 4V2NA 4HI7A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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