4POCA

Structure of triosephosphate isomerase wild type human enzyme.
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
246
structure length
246
Chain Sequence
SRKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Triosephosphate isomerase I170V alters catalytic site, enhances stability and induces pathology in a Drosophila model of TPI deficiency.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
total genus 87
structure length 246
sequence length 246
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2014-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pocA00
2J9ZA 3RNDA 2DORA 2R14A 2JGYA 3LI1A 1XDMA 1MSSA 2C0AA 3OBKA 3CU2A 4ZL1A 2LLEA 2E1DA 3G8EA 1LM1A 1LOQA 3IRDA 3MI2A 2V82A 2ZZ5A 1BEUA 3PB0A 2VELA 1W54A 3NQMA 5DY3A 3QW3A 4UIOA 1SFLA 4UTLA 3S5YA 2HMCA 1EP3A 1ZAHA 4UUIA 3UXDA 2YSWA 1FDJA 4UR8A 4L4MA 2YW3A 3S0CA 2PRLA 4UTHA 1NF0A 3A5VA 1QOQA 3W7PA 1KFBA 3P61A 4UMCA 1U83A 3IIPA 1AK5A 4RZ4A 2CZ5A 1K7FA 3M44A 4O1CA 4LC6A 5CPNA 1VGAA 1YDVA 4M5PA 3GB6A 3CT7A 4O0KA 4MZ1A 3S6DA 2O7QA 2WSQA 3W85A 4U28A 3RLVA 4K36A 3UPBA 1KM2A 5A5WA 4FNRA 1NF7A 3PR2A 2TPSA 3O07A 1LRNA 1H1YA 3TW7A 1F5ZA 2ZRWA 2A2IA 4EF8A 1KM5A 1T8XA 4KFNA 3GK0A 4MPQA 4AWUA 3W1RA 3A9IA 1XC4A 2DZTA 1H1ZA 4WXYA 1R2RA 1FBAA 3G8RA 4MFEA 3L68A 1OYBA 5AN7A 4NXKA 2ATSA 2ZA1A 4O19A 1SW0A 2RKXA 3VFLA 3R5EA 1WYIA 1FWRA 4FIRA 4I7VA 4O11A 1M5WA 3ZS4A 2VEPA 5AYZA 3L0GA 4TR9A 3P62A 2Q8ZA 2TMDA 4LUJA 4B5NA 4O16A 4WXZA 3NQ8A 5KITA 3TKFA 3NPWA 1JCXA 2Q3RA 3W1PA 1U5JA 4W9TA 1HTIA 2BWGA 2J24A 2VXNA 3MJYA 2FB2A 3T55A 1BKSA 4RR4A 1AL7A 1FX6A 2PE4A 5HULA 2Y7DA 1L6SA 1TTIA 3W1MA 3GDLA 3FLUA 3SFKA 1QPOA 2WJZA 1LYXA 2UV8G 4JX6A 2YFOA 4NX5A 4DF1A 2FLIA 1HG3A 1O5KA 4N9CA 4JXCA 2B7PA 3DKJA 5CZSA 5D2VA 4BF9A 1QPQA 3LHTA 1PIIA 1L2UA 3LCGA 3SI9A 1JRBA 1SZGA 4FB7A 2WPBA 1VR6A 4MLRA 5LGZA 3I7QA 1A53A 3TXZA 2Y7GA 2CLKA 4NQ1A 4A21A 4DQWA 2DJXA 2JGQA 4DBDA 3U6WA 1EPXA 5AB3A 3TK7A 2JKAA 2X30A 3N9RA 3STGA 5LNSA 1RZMA 4KWWA 3TDFA 2RDTA 3P67A 3JRKA 3UQNA 1ML1A 3IIXA 2X16A 1X6UA 3DFOA 3O15A 3Q37A 3M5YA 3QMRA 3S1VA 1TPB1 2A85A 2QEZA 4NUWA 2B0MA 1MZHA 1RQHA 1W5NA 2G96A 3IGXA 4UMAA 1OG0A 4LT9A 2HSAA 4AAJA 3UWQA 3C4UA 4H6KA 4JIPA 3VKJA 1WV2A 3GXTA 4MYXA 1KV5A 1TTQA 2XN2A 3YPIA 5D05A 3B0VC 2ZTKA 3SIZA 5LZLA 2ZDRA 4O1AA 1QPNA 4EVZA 1X1OA 4AHQA 4IUOA 1ZAIA 5D37A 4UTUA 1M7OA 1M7PA 3DFSA 3C61A 4O52A 4MJZA 3JR2A 2AQWA 4JYEA 3H54A 4O12A 3CHVA 1EP1A 4WZHA 2EPHA 2FQIA 3NQCA 2JKPA 2W79A 1H7NA 1KV8A 4BI6A 4LY8A 1VRDA 3EKZA 2OX1A 5K4ZA 1VS1A 5LHEA 1M6JA 4JTHA 3ATYA 2H8XA 2RDUA 4HSOA 4O13A 1OHLA 3W1XA 3N3MA 3LBCA 1KA9F 1W5OA 1I2NA 1A5BA 3GAYA 2P0OA 3C2OA 1G4EA 4O0ZA 4WUIA 5T26A 3G1HA 3WJXA 2FIQA 5FF4A 4WY0B 3W2KA 4K39A 3W7GA 1J2WA 4GRSA 1YPIA 4JTJA 2Q8LA 3DI1A 4O53A 1EX5A 2FTPA 4GE8A 3VNDA 6TIMA 5IBXC 1JQVA 2NX1A 1QCWA 2ZRUA 3N9SA 1F76A 3NA8A 1XFBA 1KM4A 1H50A 1D3GA 3MO7A 3A23A 5F1VA 2QAPA 1C8VA 3T44A 1N55A 3CPRA 2QCEA 3GX9A 4UMBA 3BLEA 1K02A 2ZQ0A 1SU5A 1TREA 4MLJA 1DJQA 4BI5A 3LXCA 1QO2A 3A21A 4DEFA 3HGSA 1MO0A 1C29A 1H7OA 3CLMA 3R8RA 1GVSA 1H5YA 4JDYA 4WD0A 4IJBA 1JUKA 1NFBA 3O06A 3BW4A 3NPVA 3HF3A 1VLIA 2GJNA 3G1XA 4JEQA 3E0IA 4JTGA 3P5YA 3JS3A 1L6WA 2B7NA 4UTIA 3C6CA 3TXVA 5HWNA 1G67A 2E09A 3O63A 3QZEA 1LZOA 3HPZA 4K8HA 3UYCA 3G0XA 4R33A 2A7RA 1TRIA 4OHQA 5AC7A 2Z2UA 2YFNA 3EWUA 4YCOA 1QPRA 3CWOX 4HHPA 1KTNA 2DZXA 2ZBTA 4Z1CA 4MJMA 3RF9A 2H3BA 2H8ZA 3MWAA 4EF9A 3UY8A 3EEGA 5HJLA 4RXFA 3L66A 5EBUA 2E6DA 3HB9A 1LBFA 3PSWA 4GBUA 4LRTA 4K6AA 4IPIA 4OE7A 4ONVA 4HPJA 3W76A 4FX8A 5EL1A 1R2SA 5I3GA 1GEQA 4MZ8A 3BLIA 4X9SA 4YLWA 1HFBA 1PCKA 2W6RA 3NQ6A 4GNJA 4S1FA 1XM3A 3G1AA 5C55A 3GKFA 2VEKA 3B8DA 4NNCA 3F1QA 5G1YA 1J4EA 1SUXA 3W7NA 3M5ZA 3TMQA 3L67A 3NNTA 3BPWA 2E5DA 2C1HA 3P8IA 2ZTJA 1WOAA 4FHAA 1O95A 1RD5A 2X2GA 4LRSA 1AW2A 1HUVA 1JUBA 1JVNA 3M6YA 2XN0A 4ORMA 1OFOA 3TX9A 5CG7A 1YADA 2YX0A 3ABQA 3EX3A 3NQ2A 3NQFA 3B04A 3DFNA 4LV9A 2ZZ4A 4XKYA 4RV8A 3S1UA 3W22A 1DKWA 1TO3A 1VCGA 4HPXA 3LB0A 4Q32A 3L2IA 2GQ9A 4OWGA 4Z0JA 1I2OA 2BZNA 3LDVA 1OK6A 1QR7A 2QCDA 3NQVA 4PL2A 3KVLA 2CFFA 4ADSA 1TB3A 1EUNA 2FDSA 1VC4A 3BO9A 1KFLA 2V5LA 2C19A 4U4MA 3NPUA 4MZYA 3DHDA 1PVNA 1WXJA 4JY8A 3HG3A 1G4PA 3NQAA 4WY0F 3EWXA 4FIQA 4RCXA 3IGSA 5D2WA 2YR1A 2I14A 4WX2A 4OU1A 2V2HA 1QOPA 3L9CA 1ZAJA 3NZ1A 3D0CA 4KKXA 3TSMA 2P10A 3MI6A 5C6MA 4PCFA 5FF2A 3B4UA 1SO6A 3NL6A 4EWND 2NXIA 2YPIA 2X1SA 3GDTA 4A29A 4PL1A 2QJHA 3G1SA 4JIQA 5D04C 3F03K 1NAL1 2AGKA 3BV4A 3MP4A 3LHUA 1EEPA 3W70A 5KMYA 3OA3A 1OX6A 3S5ZA 2CLLA 3CTLA 3DHFA 2OCZA 1A5CA 3QF0A 1TCDA 1G4TA 1W3IA 3R2GA 4NZJA 2R91A 3PG9A 1AG1O 3WJYA 3VI2A 2EAWA 1S5WA 3W86A 4IMGA 5CSSA 4DPQA 2A5HA 2QCLA 1QAPA 3KRSA 1B3OA 2GOUA 4I7UA 5GVJA 3EB2A 1R47A 3MMTA 3KOFA 2DZVA 5HQEA 1QMLA 1FDZA 3AO0A 1I2RA 1I45A 1LRTA 3NG3A 5KTLA 3FJLA 3W7CA 3IIOA 3INPA 4PC8A 1RVGA 3P8JA 3LBMA 3NEVA 5G2HA 1VZWA 1FQ0A 3UXAA 2ZA3A 3G24A 2E6FA 1D9EA 3N2XA 1JCMP 3L5MA 3W1QA 2I1OA 1FWNA 3A24A 1OX4A 5KSWA 3S8HA 1DVJA 1DQWA 1B4EA 4IQLA 4BR1A 1IGSA 2Y62A 1KLZA 2A21A 2ZZ6A 4Z1AA 2NX9A 4Y90A 3G1FA 3E02A 2NUXA 3P60A 1FCBA 3W3OA 4MUZA 1W5PA 2B7QA 2DZWA 5KZDA 4NJHA 1KFEA 1PHWA 2V2CA 2A4AA 3KXQA 1ZCOA 1W5MA 4AHOA 1ZJIA 5AOUA 1WDWA 1W3NA 2JK2A 2ZRYA 4UR7A 1AMKA 1OFRA 1UBSA 5KZEA 1Y0EA 3F4WA 4KWVA 3W7IA 3QMSA 1YLVA 3EX1A 5F2GA 2FPVA 2QUUA 1R46A 1HL2A 4UFLA 5F4XA 4KFPA 1K03A 2QCNA 3WK0A 1TQXA 4LWWA 3W87A 5L9FA 2QJIA 5I3KA 2OJPA 2CLOA 3CEPA 3EX4A 5I3IA 5BMXA 1XBVA 1PHQA 4N02A 3QM3A 3GR8A 1TSIA 3W07A 3TQ0A 1OFDA 2PRMA 5TQLA 3TNOA 4UTMA 3TU9A 5DXXA 3QC3A 3M5VA 8TIMA 5DCEA 1K8ZA 5G2IA 3RLUA 5G5IA 3F4NA 3HPXA 4CQ9A 4X22A 3GYEA 3ZWTA 1T0OA 3W7HA 4LS1A 4NJJA 2I9EA 2JBMA 3B06A 3A5FA 3CIXA 3HGJA 4MY8A 1B9BA 2TSYA 3NL3A 3O16A 1ZFJA 3OVPA 4OV4A 1UASA 3VE7A 5BNKA 1XL9A 1O5XA 3GKAA 5DELA 5HUPA 3CM4A 3N19B 3PS7A 3STEA 4NJIA 3EXSA 2DZSA 3IGUA 4O54A 3UNDA 2NX3A 2V30A 5EPDA 1YDNA 1KM0A 1FWTA 3I65A 5FI8A 1VQTA 5KZMA 2Z6JA 3DU0A 2NZLA 5F1UA 5BW6A 1GYNA 5D32A 3PF3A 1N7KA 4AEOA 4ZZ9A 1O4UA 2QF7A 2BX7A 5TIMA 3NQ7A 3QRHA 4MVAA 1TRDA 1IXOA 2PC4A 1YYAA 1THFD 2WSYA 1A5SA 1LOLA 2H90A 3W7LA 4DO5A 5TBOA 3QMTA 4CLMA 3G3MA 5CZ0A 2PRHA 4CQ8A 5A8GA 4UTKA 3IEBA 3S1XA 4LC8A 4N6FA 1VLWA 3DI0A 1H60A 2V81A 3LCWA 3THAA 2ZRVA 5F2IA 4DELA 5ABTA 3LV6A 4UFJA 2QKFA 4OV9A 1KBJA 2CZFA 4DO6A 3W84A 1N8FA 2NUYA 1KW1A 3W23A 5D09A 3B05A 4LS0A 3W1AA 5FEXA 2F7FA 3P5ZA 3IVSA 1GT8A 2J27A 3LTYA 3Q2DA 1XUUA 4K7VA 5E0KA 1F6PA 2YZRA 4UC5A 1OF6A 2E5CA 5K9XA 1TYGA 2CLEA 2WNNA 2BLEA 5L6UA 4E38A 3R12A 4BWLA 3RMJA 4A22A 5LNRA 1OK4A 5DXYA 2GVLA 1LOSA 4XKYB 2KZHA 1DHPA 4AXKA 4BFAA 3DAQA 4RZ6A 4QNEA 3LXAA 1PV8A 2VENA 2QCDB 5AHLA 5BOOA 3TROA 3FIGA 3SECA 5LKYA 3LLFA 3O05A 3SZ8A 4C1LA 1QO5A 4MIMA 3LOTA 5EYWA 5LGXA 1GVFA 2C15A 3W7DA 3EXTA 5DLCA 3W7JA 4PA8A 3HMJG 3G1DA 3I6RA 3DFQA 2CLFA 1EB3A 2BXVA 2OT0A 4M6QA 1JUEA 1V7YA 3PULA 4UTWA 4JS3A 1ME9A 1TJPA 1NSJA 3CWNA 2R94A 1F05A 1IIGA 3BW3A 3EKLA 3GVGA 4LU0A 3PBUA 2YDAA 1RV8A 4YMZA 1Q3NA 2ABBA 5SWUA 4I9AA 4IXXA 3LERA 3CB8A 2E6YA 5K4XA 1UUMA 1TV7A 3PM6A 1VH7A 3B03A 1VYSX 3P82A 1OABA 1E51A 4OGZA 1Q6RA 2A7PA 3FYOA 5HMSA 2WKJA 1W37A 3DFTA 3BARA 4O57A 3NOEA 1FY6A 1H61A 3G3DA 4XUGA 3HBLA 3UZJA 4CCCA 3TC6A 4AWTA 1GVOA 1WX0A 3W1NA 1JCJA 1NEYA 3QYQA 1EWDA 2YXGA 1Q6LA 3TQKA 3MP5A 1QWGA 3C2VA 1YTKA 3UWVA 3THQA 1GZGA 4Y8FA 1FDYA 3E96A 4O50A 3W1LA 3E9AA 2TRSA 1OX4B 2VFFA 4LVFA 2NXHA 4DF2A 3TFCA 4UFMA 3CQ0A 2QDHA 2AAMA 1H7RA 2YCEA 2RH9A 3SJ3A 3KVMA 4NZFA 3QW4B 1ZALA 1OFAA 1H7WA 3IIVA 4FEZA 4HNTA 1R30A 2NV1A 2CLHA 3WK1A 5EMUA 1OYAA 4UFHA 1W1ZA 3PG8A 5D38A 3B0UX 3USBA 2QCGA 1IXNA 1KTCA 1BWKA 4PFMA 3KRUA 3BG9A 5D2YA 1SQ7A 3O6YX 3TAOA 2J88A 1ZENA 3C8FA 1XUZA 3U2OA 3UY7A 2VFGA 3M0ZA 3EX2A 1A50A 4QISA 2D73A 1EUAA 4N9EA 3SW6A 5AC6A 1LORA 1F2JA 4AVFA 1JCLA 1TPEA 1UB3A 2VC6A 4A2RA 2F84A 3TA6A 1GTHA 1DORA 3SGUA 1KFCA 1S5VA 3TQVA 1KM6A 3MBDA 3ANYA 1YXDA 4Y96A 3UZ5A 1IXPA 4LVDA 3PB2A 3NQDA 5E1QA 4P2VA 1GYLA 4WOQA 4RX0A 4CQAA 1YDOA 4IGHA 1Z41A 3W2JA 2J6XA 1TPWA 1ZNNA 5F4SA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3O6A A;  2J9Z A;  1V6W A;  1RCQ A;  3UFY A;  4PTD A;  1A0D A;  2OLH A;  1VD6 A;  2J7C A;  2BB0 A;  5GJN A;  3ICJ A;  2A79 A;  1CXK A;  1LOQ A;  3IRD A;  3TYU A;  3GUG A;  3EDE A;  5HQL A;  3PZT A;  1A4L A;  2VEL A;  1W54 A;  5DY3 A;  3QKE A;  4UIO A;  4UTL A;  3S5Y A;  1ZU8 A;  2UBP C;  1UWS A;  2YSW A;  1FDJ A;  3K5X A;  4CD4 A;  4S3A A;  3S2M A;  4UTH A;  1RCO B;  1QOQ A;  3W7P A;  2A3E A;  4UMC A;  5FJP A;  1U83 A;  2FHF A;  2CZ5 A;  3C86 A;  4GY0 A;  3UR2 A;  1PKN A;  4ZBC A;  1UD4 A;  4JHM A;  1LL7 A;  1RVK A;  2O7Q A;  1FKX A;  2WSQ A;  4U28 A;  4MPK A;  3UT0 A;  4K1G A;  3LPF A;  1NF7 A;  1UBP C;  4L7Z A;  4A6G A;  4E2O A;  3N1A A;  2XG9 A;  3TW7 A;  3LMY A;  2A2I A;  4EF8 A;  2FHB A;  1KM5 A;  4KFN A;  1MNS A;  3TZN A;  1C7S A;  4AWU A;  2G37 A;  3W1R A;  1O5Q A;  3A9I A;  1XC4 A;  2DZT A;  1SFS A;  1CGY A;  1FBA A;  4NHV A;  4P7O A;  4US6 A;  4MAV A;  1XW8 A;  3P0W A;  4Q8W A;  5AN7 A;  3RRX A;  3EMZ A;  2FVK A;  5CAK A;  4H9U A;  3PZU A;  1HKK A;  4O19 A;  1SW0 A;  4LAK A;  3VFL A; 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