4POMA

Crystal structures of thioredoxin with mesna at 1.85a resolution
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
107
structure length
107
Chain Sequence
b'GTMVKQIESKTAFQKALKAAGDKLVVVDFSATWCGPCKMIKPFFHSLSEKYSNVIFLEVDVDDCQDVASECEVKCMPTFQFFKKGQKVGEFSGANKKKLEATINKLV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title BNP7787 Forms Novel Covalent Adducts on Human Thioredoxin and Modulates Thioredoxin Activity
rcsb
molecule keywords Thioredoxin
source organism Homo sapiens
molecule tags Oxidoreductase
total genus 37
structure length 107
sequence length 107
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4pomA00
1XWAA 3TKPA 3TJKA 2CAQA 3HVVA 4BA7A 3ZFBA 3FK8A 1XW5A 5ECSA 2IFQB 3KTLA 3HCZA 3LGCA 5IMCA 1M2AA 2H71A 1M2DA 2C3NA 1T4ZA 5J5NA 5DDLA 3ZVJA 1XZOA 2XHFA 4WKWA 5KN1A 2LRNA 5DALB 2VCXA 1SL2B 3TOTA 1R5PA 1AIUA 20GSA 2B6MA 4IHUA 5ABRA 2F9SA 5DCHA 3U6VA 3QAGA 1WE0A 3PINA 2DJ3A 3HVXA 1GSFA 1Z6MA 2L59A 2JSYA 4DVCA 2C1YA 4KDUA 2VM2A 2LQQA 2KHPA 2L57A 5IMAA 2ON7A 3WD6A 1OC8A 3FZAA 4I8BA 4XS4A 5EL8A 3UMAA 4EVMA 2HSHA 5HQPA 1EWXA 3W8JA 3GKMA 2MMOA 3Q18A 1GH2A 1OAZA 1R7HA 4FYUA 2H0HA 4OCFA 3VWXA 3FY7A 1PN9A 4I6XA 1JFUA 1B4QA 2O8VB 4X43A 3GSSA 5JCGA 1PX6A 5IO2A 4ECCA 3F3QA 3KJYA 5ECOB 3KEBA 4KAEA 3J7Yb 2OBKA 4HU9A 4OO5A 5ID2A 3WGEA 2IPAA 4IJIA 1QK8A 6GSXA 4I2UA 3UBLA 1A0FA 2PGTA 2IJYA 1NSWA 3RPPA 2DSAA 4IKHA 4PURA 4CDOA 4LMWA 2ALBA 4MZWA 4JR4A 1B48A 3UEMA 4OFNA 5J9BA 3QR6A 1M2BA 3IE3A 2XPDA 5AIVA 1LJRA 4NXIA 3RDWA 1BEDA 2P0GA 1I9DA 4NHZA 2XPEA 2VO4A 1M99A 4J56E 1GLPA 3IRAA 2JACA 2QSIA 3HDCA 2VD0A 1QGVA 2J9HA 4TVEA 1ABAA 1G0TA 5DQSA 3RPNA 3LFLA 4Q5RA 3D4MA 1XOAA 4KDYA 2OE1A 2X64A 1MD3A 3VI5A 2R2JA 2PN8A 2DC5A 3D5JA 1XOBA 2H1DA 1PQNA 6GSYA 3O76A 4TW5A 3ERFA 4ZL8A 3DD3A 4XS6A 2H6ZA 2DJ0A 1C72A 1MTCA 3EMPA 3M3MA 2V1MA 2JL4A 3VWUA 1AQWA 5GZZB 5KN0A 3KD0A 3FZ5A 2FD3A 5F07A 1A2MA 2KP1A 3O3TA 1VF1A 2GSSA 3FZ4A 3F4RA 1WJKA 3APOA 4YQUA 4MH2A 1VGLA 4WF5A 4HEA2 2VCVA 1K3LA 5ECIB 4FH8A 2XBQA 1YKAA 4ZILA 2VLUA 3GN3A 1TDIA 4POMA 3ZFLA 4MJEA 2C3TA 3HHVA 4D73A 4TKYA 1YZXA 1I5GA 4QL7A 4BVXA 2VL2C 2PERA 1G7OA 4F9ZA 4E8HA 4XS4B 4OFMA 1DSBA 1A2JA 3VPTA 1TXXA 3E0UA 1K3OA 1TRUA 2L5LA 5D93A 3LJRA 5F05A 3H1NA 3HA9A 2WDUA 4IBPA 1TU8A 2I81A 4OD7A 2V2GA 3ZL5A 3TUEA 2M80A 4IW9A 2IMDA 1OE7A 5LNKe 2YJ7A 3BCIA 1EP7A 5ID2B 2GT6A 5ELAA 2N5BA 5CNWA 1WIKA 1YJ6A 1BAYA 5DCGA 1WPIA 4KX4A 4ISDA 2C4JA 4DSQA 4DEJA 1GTIA 2K8SA 5EPFA 4RI7A 1X9WB 4TXVA 5CRWA 1X5CA 1GSUA 5H5SA 4JBBA 3RBTA 1GTAA 3QAWA 3TGZA 1FB0A 5JCWA 3C8EA 4GF0A 2CZ3A 4F82A 3LORA 3G7JA 4JU5A 3MSZA 4K6XA 4KCAA 5D9WA 2PPTA 2FHEA 3CYNA 3PR8A 1A8LA 3DVXA 4I2TA 1S3CA 5IM9A 4ZB9A 1M9AA 2C0EA 5H5QA 4MDCA 5GAPD 4BL7A 1OKDA 3MNGA 3D0ZA 2PMTA 3GSTA 10GSA 1X5DA 2LKUA 2JZTA 1THOA 3N5OA 4EKZA 1Z9HA 3GKXA 4PQHA 1TK5B 4V1Ag 3KZQA 4KDXA 1IYIA 5C00A 2P5QA 1OVNA 1XWBA 1UC7A 5H5RA 2BJXA 4Q5FA 3IK7A 4X0XA 1T7PB 3N9JA 3QD9A 1DBYA 3MDKA 1GP1A 1TRSA 3F8UA 2E0QA 1TI3A 3C1RA 2CX4A 2PU9C 3BCKA 3GYKA 2K9FA 4IN0A 5KN3A 3KMNA 2OADA 4AF2A 2AAWA 3O6TA 4XHMA 3LXZA 1VF4A 5F0GA 2AUVA 3VWVA 2JSZA 3DVWA 4Z7XA 4D73B 3IHQA 1YQ1A 3A2XA 4AJ7A 1SYXA 1MDIA 4ZB6A 2AJQB 3ZMKA 4G2EA 3M1GA 5IMVA 1WP0A 1TW9A 4N0VA 5LCZA 1G7EA 2V32A 1AQXA 2GSRA 3UVHA 2GSTA 3DWVA 1QFNA 5COHA 3APSA 4QL9A 4JRRA 2VL9A 2KOKA 1SKWB 1BJXA 2FWEA 1JZDA 5IPHA 3L78A 1B9XC 2B7JA 3EC3A 4WR4A 4POLA 5J41A 11GSA 2VAFA 5CAXA 1RW1A 3ZYWA 5G1KA 2PVOC 4ZXGA 1OKTA 4IJ3A 4K0NA 3LWAA 4ZIJA 5ELGA 2B5EA 4KGIA 16GSA 5D96A 1EV9A 3H4KA 4YQMA 3GURA 1XFLA 1YEPA 4PX1A 2OKAA 4KH7A 4RQXA 2C0GA 4L5OA 1RK4A 5ECLB 1Z7RA 2LSTA 5IOWA 1ILOA 3A3TA 1Z5YE 2X99A 2WFCA 2FWGA 1SK0A 3BD2A 3ZITA 4OWYA 3HZ4A 3DRNA 3MAKA 1EGOA 1K0CA 3G9BA 1J9BA 3I43A 1AAZA 4BPYA 2ON5A 2I3YA 5F06A 3F0IA 1XPVA 1K0BA 1EZKA 1G6YA 5AGYA 2LUSA 5G5FA 3UARA 3WT1A 2VLTA 4J2FA 3TKSC 2I1UA 3Q6OA 1T8EB 4EL1A 1R5AA 3EURA 3IV4A 3P8WA 4IP6A 5A4VA 1GSQA 5INYA 1DUGA 3FHKA 1ERTA 3HZ8A 4NHWA 1V40A 3LYPA 1V9WA 1WOUA 2O89A 3GL3A 2H70A 1OE8A 5D8IA 1Q4JA 4WBRD 5HR0A 1Z3EA 4QQ7A 1O8XA 3VFIA 1S3AA 2YWIA 4HZ2A 1VRSD 4HUAA 3ME7A 1YY7A 2O87A 2TRCP 1A24A 1CQHA 2YZUA 3P7XA 1XW9A 1SJIA 2L4CA 3US3A 1TRVA 2CZ2A 2XC2A 2LS5A 3IK9A 3F4TA 2H1GA 1V57A 1U6TA 2F8AA 4EC0A 1NW2A 4JEDA 2N5AA 3GNJA 5B6MA 5DQYA 5IQYA 3D21A 1W89A 4NAXA 3RHCA 4L5LA 4F2IA 2X8HA 2TRXA 3DMLA 1TI1A 1GSYA 2ZUPA 1Z7PA 4IGJA 1O7UA 2B7KA 3ZVJD 1JLVA 1ACVA 3D22A 4TRXA 1FOVA 2DIZA 2NTOA 4HDEA 3TOUA 3TKQA 5DJMA 4KSMA 2GQKA 1SJZA 2YANA 3SWLA 2C3QA 4G19A 2YJHA 3D6IA 1JLWA 3WGDA 2YWMA 3H93A 5F8BA 2G0FA 2CA8A 5IMZA 1X9MB 1MDKA 2HRFA 4N11A 2HNLA 1TTZA 2FNOA 3L4NA 4IQ1A 3ZIVA 3L9VA 3QCPA 2GVPA 1LBKA 4MPFA 3IAM2 1SL1B 4EXJA 1USBA 1GLQA 4GCIA 2H72A 2R6KA 3ZTLA 3M9KA 1K0MA 3TKRA 4ZL7A 4XCSA 1ML6A 4L0UA 1YF0A 1SK2A 1ERVA 2AYTA 4V2LA 4NWYA 1EOHA 2K6VA 1N2AA 2VUPA 1WWJA 4MZCA 4MABA 2RIIA 3CXGA 1TOFA 3ZZXA 3DEXA 2AV4A 2IN3A 4TR3A 1TK0B 1PL2A 1M9BA 1Z6NA 2R4VA 3GH9A 2MMZA 5IIZA 5D73A 4POBA 2HT9A 1URMA 1HNAA 1U87A 1ON4A 2ZNMA 2VLVA 3RHBA 4LA1A 1PGTA 5CYYA 14GSA 4K7IA 2G2QA 4JE1A 2WZ9A 2AHEA 1SENA 3CTFA 1O81A 1T00A 4RQRA 2VL2A 2PVQA 2QKEA 3UAPA 3UJ1A 4YQVA 3DIEA 4GSNA 3QOUA 4ZBDA 3HJPA 1F9MA 1Q98A 4F03A 9GSSA 4ILFA 4MCUA 1GRXA 3QAVA 3QPMA 4RUVA 3WYWA 2V6KA 1ERWA 1NHOA 3GUSA 5HR1A 1KNGA 1MDJA 1NM3A 3KM6A 1O6JA 2PUKC 2H76A 2H8LA 4XRDA 3VLNA 4K9ZA 5IOXA 4K2DA 4N10A 1K3YA 3QFBC 3CTGA 1PRXA 1X5EA 1ZL9A 1JZOA 4P3YB 1PKWA 3KGKA 4EUYA 2WULA 3F6FA 3KTBA 5B8BA 4K7NA 4I97A 1OC9A 2AB6A 3F63A 2EC4A 4KE3A 4EE0A 1TKDB 3Q74A 3M9JA 1YF1A 5CRHA 1GWCA 2GZZA 3F6DA 2YNXA 3VI7A 5A5KA 2M72A 3HD5A 2H0IA 1EEMA 1E6BA 4I5QA 5LD0A 3HVSA 1LU4A 2I4AA 6GSSA 2LRTA 2P31A 2C80A 1Y25A 4ID0A 2RM5A 5DVBA 2GZPA 3FW2A 4GWRA 5CO3A 2RM6A 2O7KA 4GXZA 4OO4A 1OC3A 4POKA 1YEXA 4KB3A 3E9JB 4KW6A 4LMVA 3PH9A 2FLSA 2KLXA 3KH7A 2H74A 3GHAA 1YKCA 3S9FA 2H6XA 2YV9A 3KCMA 4N0ZA 2CVBA 4XTSA 5IMFA 1THXA 5IPGA 2OBIA 3C7MA 4GLTA 3FRCA 5ECPB 2C0DA 3GV1A 1V58A 1O85A 1PA3A 4PNGA 4TXOA 2MZCA 3GX8A 4AGSA 3CMIA 5GAND 2YPMA 1PKZA 3CBUA 5FWGA 2F51A 3CRUA 4XIHA 5CRDA 3M8NA 5HR3A 1NHYA 1GSDA 2DBCA 5G31A 4JZQA 1A2LA 5ECMB 2YP6A 3IPZA 4ML6A 1QQ2A 2FY6A 2B1LA 1FW1A 2BTOT 1PL1A 2HZEA 1FVKA 4LL1B 1A23A 4HQZA 2PWJA 4MA9A 3CSJA 1DE2A 2TIRA 1G6WA 3TRQA 1H4OA 5CP1A 1RQMA 2K18A 2A2RA 4HQSA 3APQA 3UVTA 1WRYA 1PX7A 2HLSA 1BYEA 2KUCA 1B8XA 5GSSA 3TJBA 1FHEA 5B7CA 1QMVA 1SK1A 4GSSA 1TJDA 1EP8A 3IOSA 4PXOA 1XWGA 1ZYEA 8GSSA 1BX9A 3GIXA 1ZZYA 4FO5A 3UOMA 2NVLA 5ECHB 2H75A 4GQCA 2B5YA 5E4WA 4EDYA 3E3EA 1AC1A 3ZLPA 1HNBA 3Q19A 2J23A 2P5RA 5G30A 1O73A 3L9SA 1X0RA 1SD8A 3I69A 3SBCA 2CX3A 3VURA 1OC9B 3HJOA 2MMNA 2VL3A 3KP9A 3FR6A 1AQVA 4WF4A 2IWTA 4HJ2A 2QC7A 3DYRA 3VPQA 2HSYA 2IL3A 1OYJA 3UIWA 3H8QA 1XVQA 4EF0A 1J08A 3W6GA 5KN2A 2K8VA 2H73A 2F8FA 1XVWA 4XRAA 3BOAA 2ES7A 4WXTA 5DBQA 2JZRA 3LG6A 4KA0A 3IXRA 3EVIA 1K0OA 4LL4B 2LQOA 2YWNA 1K0NA 5B8AA 4Q5QA 3FYGA 1MEKA 2FGXA 3TKSA 3ED3A 2FA4A 3GMFA 3HY2A 3TJFA 3HYPA 3ZREA 2VM1A 4NV2A 4N30A 2GZYA 2FWFA 3C1SA 1SKSB 4GQFA 1HQOA 1T1VA 3H79A 2DJKA 1GUKA 4GTUA 4AJ8A 1JHBA 2XBIA 4AJ6A 3EWLA 12GSA 1F2EA 5AIXA 5G2ZA 4O32A 3QFAC 5AISA 2IMKA 1XWKA 2DMMA 4YAPA 2A4VA 4MP4A 3W8SA 2IMIA 1EEJA 4TOPA 4MJAA 4OMVA 1SJ6A 4E8EA 3ZRDA 3EMXA 4TXOB 2B5XA 2B3SA 1J0FA 2E2GA 3TKSE 7GSSA 1XXUA 3ME8A 3EU3A 1A8YA 5ENUA 3FR9A 2M46A 4X1UA 3EINA 3EE2A 3LXTA 5DJLA 4MJBA 3KH9A 4PNFA 3TB2A 2V41A 1XWCA 5KEJA 4YH2A 5HR2A 5EY6A 2V6OA 2HZEB 5DAKA 3DKSA 4FYBA 4ACSA 1QXHA 4HOJA 3L9UA 2E7PA 1AXDA 2WJUA 1AW9A 2CAIA 1XIYA 4OFTA 5E59A 3G7YA 1GSEA 2R5GA 2WB9A 1GUHA 1U3AA 2F3MA 3I9V2 6GSUA 4WEYA 13GSA 1GNWA 3QDNA 4ECIA 1V98A 4ULXA 2H19A 3DXBA 4IP1A 3P90A 2IMFA 2OE0A 1F3BA 2IMEA 4CW9A 4IS0A 2OJLA 2CVDA 1O8WA 1GTBA 5D9VA 1UVZA 2QGVA 1QUWA 3NIVA 2H30A 3ISOA 5J3RA 2GDRA 4TR1A 4IQAA 1TU7A 2DJ1A 5L71A 2C0FA 2YN1A 2VCQA 4MPGA 2O85A 4WETA 2LV3A 3EU4A 5G1LA 3GKKA 4ZBAA 2DMLA 4HU7A 3R2QA 2R37A 1EOGA 2WS2A 2EIOA 4ZBBA 2YV7A 1F37A 3AY8A 2E2MA 1SD9A 5CREA 2JADA 2LJKA 1EGRA 1HNCA 2I9HA 4G10A 2YOIA 5G5EA 3BJ5A 5AN1A 4FIWA 2GSQA 1K0DA 4PUAA 3GFKA 1TP9A 2NBSA 4L0WA 4G9HA 1F3AA 1F6MC 3OR5A 2GT5A 4OCEA 1XW6A 4MZBA 3GX0A 5GSTA 2FUG2 2VD1A 1PSQA 1T4YA 4K8MA 2LJAA 1S3DA 2BMXA 1K0AA 1BG5A 1TRWA 2MBTA 3FEUA 4DSRA 2VCWA 4PUFC 1DE1A 3IR4A 1SKRB 4MK3A 3HJMA 1AUCA 1U3IA 2JZSA 3BBYA 4PQ1A 4EDZA 3ERGA 2LEGA 3TCOA 4O92A 3WGXA 3L0HA 1XCCA 2EIRA 2L4QA 2H6YA 2DJJA 2VCTA 4IELA 1KTEA 6GSTA 3G7IA 5DAKB 1ZGNA 1H75A 5HFKA 3WT2A 1JZRA 2GQMA 5JWQB 4ECJA 2VCZA 2VIMA 2FCHA 2LRCA 2MYGA 1IYHA 3F4SA 4DSSA 3IC4A 2YZHA 3A2VA 3IA1A 2N5FA 4K0GA 3CRTA 5HFGA 5JWRB 3IDVA 4H86A 17GSA 4EO3A 3F3RA 3K8NA 3F9UA 4NPBA 3GRXA 2GS3A 2LNSA 1JZWA 3FR3A 1A0RP 3NOFA 2H0GA 3D4TA 1XBSA 3GTUA 1M0UA 4HS1A 2RUEA 4Q5NA 4CHSA 1FG4A 4O5RA 1FB6A 4LLRA 1GL8A 19GSA 1GNEA 4TR4A 5EVOA 2OA7A 5J4UA 2CV4A 2PBJA 3FKFA 3TDGA 6GSVA 4TR1B 2HI7A 1YDKA 1E2YA 1WMJA 4PQIA 2GQLA 1GSSA 3I6AA 4MF7A 3CSIA 1GULA 1KBNA 1SU9A 2ZCTA 2OACA 1Y6EA 2FA8A 3GL5A 5J9CA 5D9TA 4V1Ap 4MLYA 3EYTA 2JU5A 1ZYQB 1B4PA 1M7TA 1FVJA 4XS1A 2WRTA 2RUFA 2EIQA 3M0FA 1BQ7A 4WR5A 3HKRA 4V2MA 3QMXA 1GUMA 2HE3A 3KP8A 1V2AA 2R3XA 3J7Yk 4KCEA 2WGRA 2CVKA 4TR0A 3DGQA 3P2AA 1ZMAA 4O7HA 5IMDA 2VOCA 2WCIA 5HFIA 2YWOA 3IAS2 4PGTA 4V2NA 5A4UA 4GSTA 4HJMA 2LJRA 2IFQA 1X9SB 3HXSA 2HRNA 4BWQA 5DALA 1N8JA 3CSHA 3LEFA 3GA4A 5C04A 1HYUA 4F0CA 3GKNA 3KXOA 2H1AA 3A5WA 4K7OA 4L8EA 4WBJA 3RAZA 1KEBA 1FAAA 3NZNA 1UA5A 4NMUA 18GSA 1FO5A 5D9XA 1VF3A 1ERUA 4HZ4A 2A2SA 2HXKA 5FHIA 1PD21 5JWOB 2FWHA 4KUNA 2L6CA 2LNTA 1B9YC 4NV5A 2REMA 2CT6A 3GH6A 4MH3A 5CRGA 3UL3A 1CQGA 5IO0A 2LTKA 4JR6A 2GLRA 4DSSB 4IVFA 2DIYA 2NDOA 3TJJA 1U88A 2NPBA 1W4VA 2GTUA 1MD4A 1ZCPA 4BVYA 2IIYA 1HD2A 3TRXA 5A4WA 4F0BA 4ML1A 1UN2A 4MF5A 1PMTA 2KP2A 2L6DA 3GTUB 1R4WA 4MMMA 3TJGA 4MF6A 4K1FA 6GSWA 4BWSA 2HYXA 3VK9A 3IBHA 3PGTA 4MJCA 3C71A 4FYCA 3V1WA 1GTUA 3C73A 2HFDA 4KSOA 2GGTA 3A2WA 3KMOA 2OE3A 3TRPA 2YCDA 4KNDA 4J57E 5ECQB 2HZFA 2MBSA 3LSZA 2D2ZA 2MMAA 5FT3A 3KIJA 3JCML 4ZL9A 4GRFA 3LQ7A 5ECKB 4RI6A 5JCUA 1SYRA 2B1KA 2H66A 22GSA 3UBKA 3FZ9A 1SL0B 1T3BA 2H1BA 2CQ9A 2C8UA 2DLXA 1VF2A 1EV4A 3LYKA 4TN8A 3ZMLA 1R26A 3ZIJA 3MWHA 5ECRB 4ECBA 2H01A 2RLIA 3U5RE 3VWWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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