The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDIEIRLFKSHPETLEKHDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Regulating the coordination state of a heme protein by a designed distal hydrogen-bonding network.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxygen transport
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| source organism |
Physeter catodon
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| molecule keywords |
Myoglobin
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| total genus |
64
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-03-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1Y31 A; 3PI3 A; 3PT7 A; 1O1L A; 2VYZ A; 2MGH A; 1CH3 A; 5D1V A; 5CN8 A; 3UHB A; 2HHB B; 3M39 A; 1YEQ A; 1F65 A; 3DHT A; 1DXD A; 4YU3 A; 1O1M B; 1RSE A; 1UX9 A; 3G4U A; 2MYE A; 2HBE A; 3IC2 A; 1V4U A; 1C40 B; 4NXA A; 3WFT A; 1HAB A; 2VHB A; 1GBV A; 1Y83 A; 4MQJ B; 1DXV A; 3GQR B; 3PI8 B; 4U8U A; 3WI8 A; 6HBI A; 4MQC B; 1LFV A; 5E29 A; 2ZS0 A; 4UZV A; 1JDO A; 1V5H A; 1IBE A; 1JF3 A; 2PEG B; 4DWT A; 4MQG B; 3SZK A; 4HRR B; 2FRK X; 2W6V B; 4ESA A; 1OUU A; 1KFR A; 1XZV B; 1HBR B; 4X0L A; 1O1N B; 4PQB A; 3D7O B; 3O7N A; 5D5R A; 4G51 A; 4MBA A; 1Y0A A; 1YOI A; 1RPS B; 2ZSQ A; 1MBO A; 4U8U D; 2ZWJ A; 3AQ8 A; 1Y7G A; 2G0X A; 2ZS0 D; 1WVP A; 1YGD B; 1F5P A; 1MLM A; 3BJ1 B; 1LH7 A; 3OO4 B; 2V1G A; 3LB2 A; 1YEV B; 2ZLV B; 2EKU A; 3WR1 A; 1CH4 A; 4LPI A; 1RTX A; 2MGJ A; 1FSX B; 3EDB A; 1LFQ B; 1O1M A; 3P5Q A; 4WJG A; 6HBW B; 3MBA A; 2SPM A; 5HLU A; 1NS6 B; 2CMM A; 1QSH B; 1V4W B; 2G12 A; 1CG8 B; 1V75 B; 3MN0 A; 4ODC A; 1FDH G; 1Y7C A; 2WY4 A; 1X3K A; 3PI9 A; 3VRE B; 1GDL A; 1G0A B; 1MLS A; 2R4Z A; 4ZVA A; 2W6V A; 2QRW A; 1XZV A; 1HDS B; 1XZ7 A; 1QPW B; 1O1N A; 4NK2 A; 5CMV A; 1CH9 A; 2D60 A; 1HAC A; 1QXE B; 1M9P A; 1GCV A; 1MOA A; 3GK9 A; 1ABY B; 4HHB A; 2R4Y A; 3D7O A; 1X9F B; 1Y4G A; 1DXU B; 1JP9 A; 1RPS A; 4NI1 A; 5HU6 B; 3E4N A; 3ARL A; 1MLQ A; 2H35 B; 1HCO B; 1BZZ B; 4IRO B; 3AG0 A; 1G0B A; 3OO4 A; 1NPF A; 2BKM A; 3PT8 A; 1SWM A; 2C0K A; 3OVU C; 1Y22 A; 3A59 A; 3ZJO A; 1IOP A; 2JHO A; 1CLS A; 1PMB A; 2AV3 A; 1Y8K B; 2EB8 A; 1Y5K A; 1Y0C B; 2D5X A; 2GL3 A; 1XZU B; 1DO3 A; 2G10 A; 2D6C A; 3UHI A; 1CIK A; 3TM3 A; 2ZSP A; 3A5B A; 4O2G A; 2O5T X; 2R50 A; 1NWN A; 4O35 A; 3ARJ A; 2RAO B; 2NSR A; 1A4F A; 2ZFB A; 1NS9 B; 4N7N B; 1BIN A; 1HSY A; 2V1E A; 2BWH A; 1Y2Z A; 2Z6N B; 3QMA A; 2ZS1 C; 3UHD A; 5EYJ A; 102M A; 1YG5 B; 2G0V A; 1HDB B; 1X9F A; 1DXU A; 3MYM A; 3HHB B; 1VWT A; 3U3E A; 5HU6 A; 1LFZ B; 2MYC A; 1XY0 B; 3NMM A; 3PIA A; 1S5X B; 2BW9 M; 1HBS A; 2DHB A; 1Y0T B; 3BA2 A; 5E6E B; 1HGB B; 1Y4R B; 1DO4 A; 1MLK A; 5CN7 A; 1W92 A; 2MGC A; 1CMY A; 5EET A; 1MYF A; 3GKT A; 5JDO E; 3WCV C; 3LQD B; 1Y5J B; 4FWX A; 1Z8U B; 3MJP B; 1MNH A; 3WCV B; 2LH6 A; 3S1J A; 2MYB A; 1SI4 B; 1X9F D; 2XKH A; 1Y4F B; 4H2L B; 1S5Y A; 1DKE B; 1FHJ B; 3D1K B; 5HBI A; 1EBT A; 2R80 B; 2MGB A; 3ZJQ A; 3M38 A; 1RTE A; 2AA1 A; 3MJU A; 1J3Y A; 1XYE B; 2QSS B; 2DN2 B; 1T1N A; 4HBI A; 1S61 A; 4N7N A; 1A9W A; 1CQX A; 1MBA A; 2R4X A; 3ZH0 A; 4H0B A; 3AQ9 A; 1HBH A; 2MGK A; 2PGH B; 1Y0D A; 1UMO A; 2Z6N A; 1B86 A; 4N7O A; 3AQ6 A; 1J7W A; 3DUT A; 5EQM A; 2ZST A; 1JZL A; 1S0H B; 3RJN B; 3UI0 A; 1MLH A; 1URV A; 3HHB A; 4ZVB A; 1O1I A; 3DR9 A; 1NEJ A; 1XY0 A; 2ZLW B; 1ECO A; 3ED9 A; 1S56 A; 1BAB B; 5MBA A; 1Y85 B; 1J7S B; 1MOD A; 1HGB A; 4IT8 A; 1YIH B; 1Y8I B; 1MLL A; 5ILR A; 5EYS A; 2H8D A; 4M4B B; 3W4U B; 1S69 A; 1MLU A; 1QI8 A; 1AJG A; 1Y8H B; 1G09 A; 3BJ3 B; 3LQD A; 1VXA A; 1ABS A; 4H07 A; 2GNW A; 1YMB A; 1LFY B; 4H2L A; 4MQH A; 1YEU B; 1GDI A; 3CY5 B; 1K1K A; 1VHB A; 2ZLX A; 2W31 A; 1Y4B A; 4F4O B; 1N9I A; 1MWD A; 3UGY A; 3OO5 A; 2MHB B; 1EBC A; 3GDJ A; 3ODQ B; 1XYE A; 1V4X A; 1O1O B; 1LHS A; 3A0G B; 3GYS A; 3UHS A; 2PGH A; 1UVX A; 2WTG A; 4AVE A; 3CIU A; 1EW6 A; 1KR7 A; 3A5A A; 3FS4 B; 2G0Z A; 5CHR A; 3FH9 A; 4MQI A; 5JGG B; 1MGN A; 2Z6T A; 1GLI B; 3WTG B; 2VEE A; 1VXH A; 1CIO A; 1MLO A; 3B75 B; 3G4Q A; 1JP8 A; 3S65 A; 1J7S A; 2D2N D; 3BOM A; 1NZ5 A; 2B7H A; 1A6G A; 2V1I A; 1FDH A; 2O5L X; 2IN4 A; 1BUW B; 3UHX A; 5CN6 A; 1UIW A; 2W6Y A; 1THB A; 3EDA A; 1O1K A; 3GOU B; 3MVC A; 3S48 C; 4NS2 A; 3QQQ A; 1A3O B; 1YZI A; 3BJ2 B; 3G4W A; 5AZQ A; 1NIH B; 2O5O X; 4XDI A; 5EV5 A; 2GTL B; 2ZFO A; 3WCW C; 1DLW A; 2R1H B; 5ILE A; 4F4O A; 1Y09 A; 3UHV A; 2QMB A; 1LA6 B; 4FH7 A; 2BLH A; 1HBG A; 1GDJ A; 3A0G A; 1LH2 A; 2ZSN A; 1IDR A; 1YH9 B; 2SPO A; 1CPW A; 2M6Z A; 2VLZ A; 1GLI A; 3K3U A; 1HHO B; 2ZFO D; 4NI0 A; 1YEO B; 4MQK B; 1HV4 B; 1JL6 A; 1YE2 B; 5AZR A; 4C0N A; 3MOU A; 5C6Y A; 2HBD B; 1MKO A; 5JDO F; 3ZJR A; 3LR7 A; 3IC0 A; 5EU2 A; 2AUO A; 1OFJ A; 1YGF B; 1OJ6 A; 4KJT A; 5KER B; 1YVQ A; 2KSC A; 2QLS A; 3HXN A; 3ZJS A; 3BJ2 A; 1NIH A; 2DN3 B; 3OJ1 A; 1IWH A; 1HGC A; 2GTL A; 2QU0 A; 4XS0 A; 1LFT B; 3UHG A; 1MCY A; 3AT5 A; 1GBU B; 108M A; 3H57 A; 2G0R A; 1DO7 A; 3S66 B; 1J52 A; 1BBB B; 1LH3 A; 2SPN A; 1YDZ A; 3ORD A; 1HRM A; 4BJA A; 3HRW B; 1Y0W B; 2ZSX A; 4N7P B; 1LFL B; 1IRD B; 1MDN A; 2QSP B; 3V2Z A; 5HY8 B; 2GTL D; 1QXD B; 2BLI A; 1CBL A; 5ILM A; 1QSI B; 5HAV A; 3VHB A; 1OUT A; 1HLM A; 4MQK A; 1HV4 A; 1DXT B; 1R1Y B; 3ARK A; 3HEO A; 1R1X B; 1MLG A; 2FRF A; 2EB9 A; 1J3Z A; 1LJW A; 3QJE A; 5CNE A; 3ZJM A; 1DM1 A; 1YGF A; 1Y45 A; 1JEB A; 4YU4 A; 2HBC B; 1G08 B; 4DC8 A; 1FLP A; 1MTK A; 1O1P A; 3EU1 B; 3AQ5 A; 3WHM B; 1Y7D B; 1CP0 A; 2DN3 A; 2GKN A; 4KN3 A; 1LFT A; 4FC3 B; 3HEP A; 5CNC A; 2HHB A; 1F63 A; 3S66 A; 3RJ6 A; 3K8B B; 5EE4 D; 2YRS B; 1MZ0 A; 4B4Y A; 1GZX B; 1C40 A; 3HRW A; 2VYW A; 2XYK A; 3A9M A; 1LFL A; 1IRD A; 4MQJ A; 1DO1 A; 1UVY A; 3GQR A; 3UH5 A; 3PI8 A; 5HY8 A; 4MQC A; 1GDK A; 2NX0 A; 1YMC A; 1A6M A; 2EVK A; 2PEG A; 4MQG A; 4HRR A; 1BVD A; 1HBA B; 5E83 B; 1JY7 B; 1HBR A; 1YHR B; 3GQP B; 1Y46 B; 1O1J B; 3ZHW A; 3KMF C; 4FWZ A; 3OGB A; 4DWU A; 1VXG A; 3QJD B; 1OBM A; 3UHZ A; 5MBN A; 1A0Z B; 3WCT C; 2HHD B; 2MGI A; 3WCT B; 3EU1 A; 1YGD A; 2NRL A; 1JZK A; 3BJ1 A; 4HSX A; 4PQ6 A; 3H58 A; 2SPL A; 3WFU A; 1YEV A; 2ZLV A; 2MGM A; 3GKV B; 2RI4 B; 1COH B; 3WCU C; 4TYX A; 1FSX A; 1M6C A; 2OH8 A; 3G46 A; 7HBI A; 1LFQ A; 2Z6S A; 5IKS A; 3KUN A; 3ECZ A; 6HBW A; 2MGD A; 1F5O A; 1NS6 A; 1QSH A; 1V4W A; 1CG8 A; 1V75 A; 4ILZ A; 1H97 A; 101M A; 1CH1 A; 3DHR B; 1YE0 B; 3VRE A; 1NGK A; 1C7D B; 5KDQ B; 1Y4Q B; 1WMU B; 1G0A A; 4M4A B; 2MGF A; 1SDK B; 4MXK A; 1LH6 A; 3NG6 B; 1JY7 A; 1HDS A; 3VRG B; 1QPW A; 1ABW B; 1QXE A; 1ABY A; 3OK5 A; 3UH7 A; 1AJH A; 1HDA B; 2ZS1 B; 5EUI B; 1CH5 A; 3PEL B; 3HC9 A; 2ZLT B; 1LHT A; 1MOB A; 1VXF A; 5JDO C; 2H35 A; 1HGA B; 4F6D A; 1HCO A; 1BZZ A; 4IRO A; 2XKI A; 3UHY A; 1EWA A; 4MAX A; 1BIJ B; 1EMY A; 3GQG B; 4N8T B; 5F0B A; 1NXF A; 1JL7 A; 2HZ1 A; 1FAW B; 3TLD A; 1J7Y B; 1MBN A; 4WJG 1; 2GDM A; 3EOK B; 1Y8K A; 2O5Q X; 1Y0C A; 2OLP A; 2MBW A; 3QZX A; 3ZOM A; 5B85 A; 2MGA A; 1NZ3 A; 1N9H A; 1XZU A; 4AVD A; 2MGL A; 5SW7 B; 3NL7 B; 3BCQ B; 4KMV A; 4NXC A; 1MBI A; 1RVW B; 2H8F B; 2RAO A; 1NS9 A; 3OZW A; 1LH1 A; 1H1X A; 1XQ5 B; 2QFK A; 3ONZ B; 1V9Q A; 111M A; 3KUO A; 1MNJ A; 3UHW A; 4B3W A; 2ZT4 A; 1C7C B; 5CNB A; 1YG5 A; 1HDB A; 3G53 A; 2ZS1 A; 3PEL A; 1LFZ A; 2LHB A; 4F68 A; 1A3N B; 1CG5 B; 1S5X A; 1Y0T A; 2OIF A; 5CHQ A; 3AT6 B; 5E6E A; 1VXD A; 1Y4R A; 1HBB B; 2BMM A; 1YCB A; 1DWT A; 2D2M C; 3UHR A; 2D2M B; 4F6F A; 1HJT A; 1MNK A; 1Y5J A; 3MJP A; 3R5I B; 3WCV A; 1LTW A; 1VXB A; 1SI4 A; 2DC3 A; 3EOK A; 2ZS1 D; 1YIE B; 4F6I A; 1Y4F A; 2W72 C; 1J3F A; 1DKE A; 2ZLU B; 1FHJ A; 1FSL A; 2W72 B; 3D1K A; 1M6M A; 2R80 A; 1A00 B; 1BZ0 B; 3QJB B; 2MYD A; 3HF4 B; 2ZSZ A; 3BCQ A; 2OH9 A; 3G52 A; 2QSS A; 1Y4P B; 2DN2 A; 1MLF A; 2HHE B; 1K0Y B; 3HEN A; 1BJE A; 3WCV D; 1UFP A; 1Y4V B; 1G9V B; 1D8U A; 1URY A; 4KMW A; 1C7B B; 1C7C A; 3E5I A; 2ZSY A; 1S0H A; 2AUQ A; 1CBM A; 1BZ1 B; 1A6N A; 1A01 B; 1XZ2 B; 2V1J A; 1YVT B; 1HBI A; 2ZLW A; 1BAB A; 3UHN A; 1Y85 A; 1YHU C; 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2VYY A; 1UC3 A; 4G51 B; 2FRI X; 1Y0A B; 2MB5 A; 2R1H A; 2XKG A; 2OHB A; 2BLJ M; 1RQ4 A; 1YHE A; 3WCW A; 4MU5 A; 1NPG A; 3AQ7 A; 1HLB A; 1LA6 A; 4MBN A; 1Y7G B; 2O5M X; 4GZG A; 1RQA B; 5C6E B; 4ROM A; 1MTI A; 4F6B A; 3UGZ A; 2MGG A; 3WR1 B; 1YH9 A; 1X46 A; 2E2Y A; 1SHR A; 1HHO A; 4NZI A; 1MLJ A; 1IT2 A; 3P5Q B; 1CO8 A; 3WCW D; 5CN9 A; 5EOH A; 2FAM A; 1YEO A; 1RQ3 B; 2ZT0 A; 5JOM A; 1CH7 A; 1UFJ A; 1YE2 A; 1NWI A; 2ZT3 A; 3D17 B; 1VRF A; 2HBD A; 4DC7 A; 3HYU B; 3ZJL A; 1XXT A; 2GRH A; 1Y7C B; 4ODC B; 3PI9 B; 3UH3 A; 3QJC B; 3QM9 A; 3K9Z A; 2FAL A; 3ZOL A; 2BNL A; 5KER A; 4MPM A; 3QZZ A; 1XZ7 B; 2D60 B; 1HAC B; 1M9P B; 1GCV B; 3R0G A; 4JYQ A; 4HHB B; 4L7Y B; 1BZ6 A; 1Y4G B; 4NI1 B; 1GBU A; 2LH2 A; 4JAC A; 1BBB A; 3IA3 B; 3G4R A; 1G0B B; 1RQA A; 5C6E A; 2Z85 A; 3UHQ A; 3PT8 B; 3G4V A; 1Y22 B; 2WTH A; 1Y0W A; 3A59 B; 3OZV A; 3ZJH A; 3LB4 A; 4N7P A; 3VRF B; 3IXF A; 1YOH A; 1U7R A; 4PQC A; 2LH3 A; 3LR9 A; 1CLS B; 2QSP A; 2ZSR A; 3ECL A; 1OR4 A; 1QXD A; 3A5G A; 1Y5K B; 2D5X B; 1QSI A; 1TES A; 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