4PZXA

Synthesis, characterization and pk/pd studies of a series of spirocyclic pyranochromene bace1 inhibitors
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
403
structure length
400
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGALNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Synthesis, characterization, and PK/PD studies of a series of spirocyclic pyranochromene BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 107
structure length 400
sequence length 403
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4pzxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4pzxA02
5P44A 4BFBA 1FLHA 5OZGA 3L38A 5P11A 1HPVA 1K6TA 4ZPFA 1BVGA 1GNNA 2PSVA 3OXCA 5P4HA 4GJ6A 5T4SA 2P3BB 2R3TA 1ME6A 1AXAA 5P5HA 5P8HA 1LV1A 5P8IA 4RCEA 4Y36A 5P4UA 2OHQA 2BPYA 5P16A 2IRZA 5DGWA 5P5XA 3K4VC 4ER4E 3T7PA 2G27A 3ZKMA 4H3IA 1XDHA 2AOHA 1ZPAA 1ZBGA 4HEGA 3OXXA 1TCWA 3BXRA 4Y35A 4FAEA 2PSGA 3VV7A 3BXSA 5P1VA 1IDBA 5P1XA 3EKWA 4QJ8A 4XKXA 1FQ4A 5P0TA 3OQKA 4U7QA 4F73A 4L7GA 1AJXA 5P00A 5P1KA 1NPWA 2ZGAA 4H3FA 3UDYA 5P78A 5JFUA 1RV7A 4Z2ZA 4L1AB 1E81E 4I0JA 4EP3A 2Q63A 4Q1WA 5OZ2A 2QI0A 1SGUA 1F7AA 1ZTZA 3CYWA 1MT7A 5HU1A 3PLDA 3VLBA 4JPEA 2QI3A 3VFAA 1MERA 3SFCA 5OYXA 4J0TA 5P1AA 5P70A 5AH7A 4Y51A 4A6CA 1FIVA 3OGPA 5P87A 3EL9A 4B70A 1LEEA 5DR1A 1D4KA 5OZVA 3TKGA 5C9DA 4BFDA 4EJKA 1K1TA 2AVSA 1T7KA 3UDRA 3O9LA 3NU5A 5P2KA 1JLDA 3SKGA 1ZSFA 4L6BA 4LC7A 5P2MA 2JJJA 5P7FA 5HDUA 5DPZA 3L5CA 2Q5KA 1HSIA 1HVLA 2ZJKA 4A6BA 1IZDA 3UDJA 5OZPA 2HB3A 5P0NA 5OYQA 5P09A 2OF0A 3N3IA 5FIVA 3S85A 5P3TA 7HVPA 4Y4UA 4EQJA 5HTZA 4YOBA 3MXEA 4TRZA 2HC0A 2A1EA 5P1CA 5P12A 5P4ZA 5P6DA 5P8VA 5P1GA 4CP7A 5P04A 5P4DA 3HAUA 1BWAA 1KJFA 3PSGA 1WBMA 1KJ7A 3Q5HA 4I11A 5HDZA 3UDKA 4EXGA 2ZHUA 5P1DA 4R93A 3CIDA 1HIVA 2F3EA 2P3CA 1QRPE 5P4JA 1GVXA 3K5FA 4U7VA 2HPEA 5DR8A 5P8KA 3KDDA 5P6YA 3WZ7A 5OZDA 1AZ5A 3O9GA 5KR2A 2B8VA 5B18A 2WL0A 3PHVA 2I1AA 1HTFA 1G35A 2MIPA 4ZPGA 4CPTA 5P3EA 5HCTA 4Z4XA 2WF1A 3OADB 4DQGA 4Y3SA 2BKSA 5OZCA 3SA8A 5P5AA 3KF0A 2XFKA 3PWRA 4YCTA 1BXQA 5P29A 4DV9A 1TQFA 5P6AA 3BGCA 2AOJA 3HW1A 5P4MA 4F75A 5P63A 2ER9E 5P2HA 4I0DA 4GZFA 3QN8A 3NYGA 5P0AA 3QRVA 2OAHA 4YD6A 3DJKA 4X7IA 4K4PA 3SLZA 1BV9A 4EXHA 1D4LA 2EWYA 5OZEA 3TL9A 4B77A 4YDGA 1OHRA 1T6EX 3VLAA 5P57A 1BVEA 4OBZA 4Y3TA 4EQ0A 2G24A 1EPRE 5P4IA 3JVYA 3URLA 2OHNA 3OU1B 5P37A 3CKRA 2WF3A 2Q55A 3INHA 2QI6A 3ECGA 3TPRA 1PPME 5P45A 3QBFA 4HDBA 5P7GA 1QS8A 2ZHSA 1QBUA 5P08A 5I3YA 3HBOA 5P7CA 5P7PA 4FAFA 3KMYA 1META 1SIVA 3EBZA 4ACUA 2UY0A 4CPXA 4Y4EA 4Y5PA 1HWRA 3LIYA 1W51A 3OQFA 5P75A 4FRKA 5C9BA 3ZL7A 3UQWA 1IDAA 5COKA 2I4XA 1TZSA 1AM5A 3IVHA 3OXWA 1ZLFA 2V10C 2QZLA 2WF2A 1SMEA 5P1IA 1ZAPA 1K6CA 3UTLA 3NDWA 2AZCA 5DR3A 2F81A 4Y4TA 2I4DA 3VV6A 3HD8A 5P85A 2QD6A 5P3NA 5DR0A 5OZJA 2BPZA 4Y5LA 5P8QA 1UPJA 2H6TA 3OQAA 4Y3LA 3PLLA 3OU4B 5P73A 3CKTA 3T7QA 4R91A 2QZXA 5P05A 4NJSA 4RCFA 5P3AA 4FGXA 5OZ0A 2QNNA 5P8MA 5P3MA 4DJXA 3GGUA 1MVPA 1EPNE 3NUOA 3PWWA 5P6GA 3HZCA 2QCIA 3UQRA 1HVJA 3PMUA 1QBTA 4N00A 5P5UA 5OYYA 3NSHA 5P61A 1C6XA 3QPJA 4APEA 3BHEA 2VJ7A 4Y3XA 1OEXA 5P8EA 4L1AA 5KQYA 1HEGE 1BV7A 4J54A 4YCYA 3I6OA 3QBHA 3ZKGA 5KQZA 5P4QA 4I12A 4XX4A 3ER3E 3K4VA 3SA4A 4I0IA 3UCBA 5P7RA 3NXEA 3IXJA 5OZNA 4M8XA 1WBKA 3DV5A 3ZKQA 5P7VA 5P28A 4HVPA 3PRSA 2VNMA 2ER6E 5P7NA 5P0DA 2PH6A 5P2UA 1HTRB 3OOTA 4GJ8A 4QJ7A 2ZDZA 1OEWA 1ZP8A 2AVMA 3GGXA 5HDXA 1D4IA 3ZLQA 2WF0A 5P17A 4ZSPA 2WEZA 2Q3KA 5P5NA 5P7DA 3SA3A 4Y4WA 1FQ6A 5P6QA 5P3GA 1BIMA 3UQUA 2J9KA 3LZSA 1FQ7A 5P6CA 2QU2A 3LIXA 5KAOA 5P64A 5P20A 5P86A 5C9FA 1G6LA 2NMYA 4GJAA 2G1RA 5P8AA 3WB4A 1EC0A 4EYRA 2BQVA 5HD0A 5P1QA 5OZYA 2R38A 2F80A 3G72A 3DK1A 3PJ6A 4GJBA 5P27A 5EZXA 4B72A 1YTIA 5P0OA 2ANLA 3OY4A 4J5JA 5P65A 4E43A 5ER2E 3C9XA 4GB2A 2Q64A 4LHHA 1IVQA 5KR1A 4HDFA 5P0XA 2QI1A 3NLSA 1XS7D 3OADA 5P8CA 3VG1A 3SACA 4HA5A 3VYFA 1BDLA 5P4XA 4DJRA 4ZEAA 3UHLA 3EKYA 4F74A 3ST5A 4J55A 5P2XA 4Y3GA 4FIVA 3SA7A 1YX9A 4GIDA 5P5LA 5P4BA 5P0PA 2FS4A 5P3RA 3INFA 5DQ1A 3QI1A 1VIKA 3IA9A 1FQ8A 4J1HA 4Y3JA 4B05A 1HIHA 2I4VA 3VYEA 1AJVA 1LF4A 3PSYA 5OZLA 3WZ8A 3I7EA 5P4RA 4QJ6A 2XFJA 1FMXA 3TH9A 5P1BA 2CEMA 3OU1A 3UQXA 3PEPA 3ZKNA 1HSHA 4Y6MA 1MSMA 3I25A 5P6MA 2ZHTA 3O9BA 2ZE1A 2VIYA 3OHHA 1RPIA 2HAHA 3L3AA 5P5OA 4XX3A 5P5MA 2IENA 5P0UA 4Y5CA 1HTEA 1HOSA 4EJDA 2V11C 1EPQE 5P2EA 3TOFA 4OBZB 5KOSA 3AIDA 2R43A 2I0DA 4I0GA 3NR6A 5P35A 4K8SA 1HEFE 1Z1HA 5P80A 5P2FA 3OOZA 4Y3PA 2HM1A 3QRMA 3IXOA 3S56A 3PGIA 5P1UA 2WECA 3HAWA 4ZSRA 4R5NA 4Y5MA 1T7JA 5P6OA 1GVVA 4YD4A 3LPJA 2ER0E 1SIPA 3OU4A 5P13A 5P56A 5P6VA 5P46A 5P1WA 3JVWA 4PHVA 1HVHA 5P1EA 5P7AA 2QNPA 1TSQA 3LINA 3LIVA 1XE5A 3KT2A 4FSEA 3PI0A 5OZBA 2IDWA 5P2RA 1B6PA 3R0YA 1SMRA 3SAAA 1UH9A 4OBGA 3KN0A 2QMFA 2J9JA 3S54A 5IVTA 2AVQA 1AVFA 4YCKA 4HLAA 4ZSQA 5OZSA 4DJOA 4PPHA 1MRWA 4Y3EA 3PCWA 4GJ7A 4Z50A 2VA6A 3EMYA 1HSGA 1A8GA 5P1YA 5P6HA 4Y3QA 3BVBA 2QMPA 4XXSA 2I4UA 1SH9A 4L7HA 4D88A 3SO9A 1KJGA 3HVPA 1IZHA 5P2JA 5OYWA 2FNSA 2XFIA 2R3WA 1YG9A 4DQCA 1NPAA 2AQUA 3QRSA 5P83A 4I8ZA 1LF3A 2I4WA 3D1ZA 4X2LA 2FXDA 4GYEA 4Y53A 2G21A 5J25A 1FFIC 5P7SA 1LYBB 3SQFA 5DR7A 2VIEA 2WEBA 3CYXA 5P8UA 3EKXA 5P01A 1EPPE 5HU0A 5DQ2A 2RKGA 5P3SA 5OZXA 4BEKA 5IVQA 3GW5A 5OZ5A 2OHRA 2P8HA 5P0JA 2HS2A 4YD3A 5P7IA 4DJPA 1HXBA 3FV3A 3RSXA 4M8YA 1PSAA 4OC6B 1Z8CA 4ZPEA 5IVRA 1EPOE 3PSUA 1EBWA 4WY6A 4I0EA 1SBGA 3EM6A 3OUBA 5P7TA 3ZMGA 3OWNA 1EAGA 1FG8C 3UFLA 3VF5A 3EL5A 5P4VA 4DFGA 5P3ZA 4DJWA 3OTSA 3L59A 3QROA 1SDVA 3HVGA 4Y54A 1NPVA 1E80E 4YOAA 1HVCA 3IN3A 5OYZA 5OZ3A 1LYAB 5P4YA 1FEJC 4Y37A 4ZSMA 3BGBA 1W5VA 3TPLA 4Y4DA 2P83A 1APTE 2R5PA 5P69A 5P8DA 3URIA 5OZ7A 5P0HA 4EPJA 1YM4A 2FDPA 2QI5A 2O4KA 1QDMA 5DQ5A 1EBZA 1IVPA 5P0BA 2ZJIA 4J0YA 3TOHA 2ZHRA 4QJ2A 1C70A 2OHSA 3ZPSA 4HDPA 2G1NA 5P33A 3O9FA 2IKUA 4OD9B 5P6XA 4AA8A 5P0EA 3KDBA 4QLHA 1GVTA 4CPUA 1N49A 4ZE6A 1GKTA 5E5KA 3KA2A 1KZKA 3WSJA 4JP9A 5OZ4A 1HPSA 5P5RA 5P5JA 3S45A 4Y4ZA 1MPPA 2BB9A 2NPHA 4FS4A 2ZJJA 2PK6A 3PCZA 5OYSA 1IBQA 5ISKA 5P89A 2FLEA 3OUAA 1MT8A 3Q6YA 3WB5A 2AOEA 4Y4BA 3FIVA 5P6BA 4RLDA 3F9QA 2G69A 3GGAA 5SXNA 2UPJA 5P3BA 5P6FA 5BRYA 3D1XA 2ZJNA 2PH8A 3OQDA 5P5ZA 5P66A 1EBKC 3ER5E 1FFFC 2I0AA 5P7LA 4Y4JA 2O4LA 3TPJA 2V13A 1E82E 3IAWA 4J0ZA 3SM2A 3O9DA 1HRNA 1MESA 1HXWA 1T3RA 3PBDA 5P0IA 5AH6A 1ZSRA 2H6SA 1K6VA 5P81A 2PYNA 5P68A 4CKUA 1ODXA 2BKTA 5P8JA 5P39A 2QHYA 1DAZC 2IGXA 2O4NA 3VF7A 1YTHA 1GVWA 2AOCA 2PWCA 5P3QA 1TSUA 2FXEA 3MWSA 2QD7A 4IVSA 1M0BA 4YHQA 1ZPKA 4B1DA 4HZTA 3UQPA 4Y58A 3KFSA 4GMIA 1A9MA 3QVIA 5P22A 5P6WA 1F34A 2VA7A 3S2OA 4FM7A 5P06A 1D4JA 4J1KA 4RROA 4Y3ZA 3OUDB 2PMAA 4RVJA 3LHGA 1CZIE 3R4BA 2F3FA 3RVIA 5IVSA 3NUJA 2G94A 1ZJ7A 5P6IA 4J1CA 5P2VA 5OYVA 3I8WA 3QS1A 1MSNA 1GVUA 2QMGA 3URJA 2J9JB 1ENTE 5P74A 3S7LA 3RSVA 2VA5A 1RNEA 4NJUA 2NTRA 1HPXA 2ASIA 4J0PA 1HPOA 4KB9A 4Y3AA 1Z1RA 3IXKA 5P79A 1LYBA 2IGYA 3UF3A 5P6ZA 4H1EA 3B7VA 1UH8A 1QBSA 5SY3A 3DCKA 3NDUA 4Y41A 1B11A 1GNOA 1FF0C 5P5TA 1GNMA 2OHKA 3SA5A 3LITA 4S1GA 3PBZA 4COEA 4Y45A 5P02A 1EEDP 4QGIA 5P49A 3RTNA 2BBBA 4OC6A 4ER1E 3PI5A 1B6LA 3G6ZA 2AZBA 3BVAA 5OZRA 2FDDA 1IIQA 4MC6A 3B80A 3OAGB 4I0ZA 5CLMA 5HE5A 3S8IA 2QU3A 3AUPA 1APVE 4YBFA 4EP2A 1DIFA 4CPSA 5I70A 5KR8A 1T6GA 3EL4A 5KOQA 2XYEA 1XL2A 5EZZA 2PC0A 3ZPUA 3PWMA 4I0FA 5P8TA 1A8KA 5P1JA 4Y5GA 2ZJHA 2QI7A 1D4SA 1LYAA 4MC2A 4Y5BA 5OYTA 4DJVA 3O9EA 5P31A 4Y48A 5P76A 4RRSA 2UXZA 3OXVA 5P3DA 5P1NA 3BUFA 5P7UA 3L5FA 5ENKA 1D4HA 5HE4A 2R8NA 3UFNA 2PSUA 3ZKSA 3U6AA 4RGHA 3L5BA 4NPTA 5P3PA 3RU1A 5P4OA 2G26A 4RVIA 3EKVA 1KJ4A 5P67A 1BAIA 5P5FA 5P8OA 4FRSA 4YA8A 4Q5MA 1EPME 5P6PA 4OD9A 4DI2A 2O40A 1OD1A 5P5IA 1K1UA 1J71A 4PZWA 4Y43A 5P14A 1W5XA 2P3AA 4Y50A 3Q4BA 9HVPA 5P0LA 5P0YA 2NNPA 1YT9A 3OK9A 1TCXA 2Q11A 4DQEA 5P3LA 4KE0A 1E5OE 3BRAA 5P6JA 4YD7A 3BUGA 3PVKA 1XN3A 4U8WA 4ZIPA 5P2NA 5P8LA 2OHLA 5P4SA 3GI0A 4Y4GA 3L58A 2B42A 4ER2E 3HDKA 5P62A 4R8YA 3LPIA 3OQ7A 5P4KA 5P3OA 2AOGA 4LP9A 1XE6A 4NJVA 5P3JA 5P1OA 2IL2A 5P5WA 4B1EA 4Y3WA 5DQCA 4EJLA 5ER1E 5P3KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P44 A;  4BFB A;  1FLH A;  5OZG A;  3L38 A;  5P11 A;  1HPV A;  1K6T A;  4ZPF A;  1BVG A;  1GNN A;  2PSV A;  3OXC A;  5P4H A;  4GJ6 A;  5T4S A;  2P3B B;  2R3T A;  1ME6 A;  1AXA A;  5P5H A;  5P8H A;  1LV1 A;  5P8I A;  4RCE A;  4Y36 A;  5P4U A;  2OHQ A;  2BPY A;  5P16 A;  2IRZ A;  5DGW A;  5P5X A;  3K4V C;  4ER4 E;  3T7P A;  2G27 A;  3ZKM A;  4H3I A;  1XDH A;  2AOH A;  1ZPA A;  1ZBG A;  4HEG A;  3OXX A;  1TCW A;  3BXR A;  4Y35 A;  4FAE A;  2PSG A;  3VV7 A;  3BXS A;  5P1V A;  1IDB A;  5P1X A;  3EKW A;  4QJ8 A;  4XKX A;  1FQ4 A;  5P0T A;  3OQK A;  4U7Q A;  4F73 A;  4L7G A;  1AJX A;  5P00 A;  5P1K A;  1NPW A;  2ZGA A;  4H3F A;  3UDY A;  5P78 A;  5JFU A;  1RV7 A;  4Z2Z A;  4L1A B;  1E81 E;  4I0J A;  4EP3 A;  2Q63 A;  4Q1W A;  5OZ2 A;  2QI0 A;  1SGU A;  1F7A A;  1ZTZ A;  3CYW A;  1MT7 A;  5HU1 A;  3PLD A;  3VLB A;  4JPE A;  2QI3 A;  3VFA A;  1MER A;  3SFC A;  5OYX A;  4J0T A;  5P1A A;  5P70 A;  5AH7 A;  4Y51 A;  4A6C A;  1FIV A;  3OGP A;  5P87 A;  3EL9 A;  4B70 A;  1LEE A;  5DR1 A;  1D4K A;  5OZV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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