4Q0CA

3.1 a resolution crystal structure of the b. pertussis bvgs periplasmic domain
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
SQELTLVGKAAVPDVEVALDGDDWRWLARKRVLTLGVYAPDIPPFDVTYGERYEGLTADYMAIIAHNLGMQAKVLRYPTREQALSALESGQIDLIGTVNGTDGRQQSLRLSVPYAADHPVIVMPIGARHVPASNLAGQRLAVDINYLPKETLARAYPQATLHYFPSSEQALAAVAYGQADVFIGDALTTSHLVSQSYFNDVRVVAPAHIATGGESFGVRADNTRLLRVVNAVLEAIPPSEHRSLIYRWGLGSSISLDFAHPAYSAREQQWMADHPVVKVAVLNLFAPFTLFRTDEQFGGISAAVLQLLQLRTGLDFEIIGVDTVEELIAKLRSGEADMAGALFVNSARESFLSFSRPYVRNGMVIVTRQDPDAPVDADHLDGRTVALVRNSAAIPLLQRRYPQAKVVTADNPSEAMLMVANGQADAVVQTQISASYYVNRYFAGKLRIASALDLPPAEIALATTRGQTELMSILNKALYSISNDELASIISRWRGSDGDPRTWYAYRNEIYLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Virulence sensor protein BvgS
publication title Virulence Regulation with Venus Flytrap Domains: Structure and Function of the Periplasmic Moiety of the Sensor-Kinase BvgS.
pubmed doi rcsb
source organism Bordetella pertussis
molecule tags Transferase
total genus 159
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.13.3: Histidine kinase.
pdb deposition date 2014-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4q0cA02
2I48A 1PB7A 5I2KA 2UVHA 1TFDA 4EF1A 4PETA 1FTJA 5ISUA 3IR1A 4YMAA 3D4CA 4JWYA 3LSFB 1JW1A 4KYDA 5DVIA 2DOJA 1FTLA 2RC8A 1SW5A 3TCGA 4O3CA 1ELJA 5FHNA 2HAUA 4P0GA 4FIMA 3RPWA 4GXSB 4ZE9A 4G4PA 3G3HA 3BKIB 2V3QA 3K6VA 2QSXA 1I6BA 5H8QB 1NL5A 4ISUA 3IOWA 1B5IA 2GHAA 3TCHA 4TLLB 5ICTA 4NEDA 5ITOA 1IQ7A 2H9BA 4PFWA 2O68A 3IORA 1B3HA 4OVJA 1QUKA 5HM4B 4LZ7A 3CFZA 3K0VA 4ZZEA 4JXIA 3P7IA 2AYSA 2XXRA 4BLAA 1XC1A 3RLFE 1POTA 2ZYKA 2X7PA 3DM0A 1GTKA 1UTHA 3OXNA 3WAEA 3A3UA 5I56A 4MFIA 4KI0E 4QRZA 2A5TA 1B3GA 3KBRA 3QSLA 5JEIA 3ZSFA 3MAMA 4ELQA 2UYFA 3QAXA 3K2DA 3ZS6A 3FJMA 3MVWA 4YICA 2PYYA 4R73A 5I2KB 3MPLA 2Y7WA 1A54A 2V25A 5DVJA 2F7BA 1A40A 2V3UA 1FW0A 3USDA 4G8MA 4F19A 1WODA 1EH3A 4X9TA 2HEUA 3KSXA 4MBPA 3S9LC 3KN7A 1IIWA 2M8CA 1RYXA 1DOTA 4RNSA 3DELB 1Y9UA 1MXZA 1DSNA 4YKJA 4IY6A 2XXVA 4ZDMA 4H0WA 4NF5A 1LGBC 1QKAA 1FCKA 3K01A 1OLAA 1Q1KA 5ICQA 1VR5A 1MXWA 3GBBA 2Q88A 4HS7A 3M3LA 4WKMA 4RPOA 2FNCA 1P1NA 1H45A 1LLSA 2O51A 3O29A 3FZVA 3TCFA 1R9QA 3HHGA 1M5EA 3H7MA 4LONB 2HFBA 4WEDA 1XHYA 3KN8A 3K1MA 4U4XA 3K02A 4PFYA 5I56B 4RA1A 3GXAA 1Y4TA 4H67A 2F97A 1DMBA 3OEKA 2R6GE 3RY3A 3K00A 1SBPA 1URSA 1B9JA 2DE2A 1POY1 4ZEFA 4POXA 4Q0CA 3O6IA 3RQTA 1SVXB 1N04A 4LP2B 2LAOA 2FA7A 5H8FA 1OLCA 3FV2A 5L9SA 4C1UA 2XXYA 1B1HA 4Z7EA 2H98A 1B5JA 2QS4A 2RINA 3N6UA 4F18A 1BIYA 2NOOA 1N3WA 1JNFA 3TTLA 4BDMA 4IO4A 3PUWE 1JW4A 4F2OA 4QHQA 5AA4A 5ITPA 3T93B 4NWDA 4U4SA 4PE5B 4LUBA 1SD3A 3FJ7A 4NF6A 4OEUA 1A7LA 4XKQA 2DVCA 1B0LA 3TQWA 3FIRA 4IGTA 4EXKA 4AQ4A 4KYEA 4NF5B 5CBRA 3EHSA 5KCJA 4EUOA 3M3FA 1QVSA 4Q5TA 1XS5A 4XXUA 1D9YA 2QPQA 2PT1A 1BP5A 3N6TA 2NVUB 1WVJA 5M2VA 2ANJA 1MM6A 3MZ9A 3ILUB 4HTGA 2XXQA 5KDTA 4K3FA 2X26A 1EZPA 3IK6B 3PGFA 2RCAA 4LA9A 2DWAA 4JSOA 3W9WA 4R72A 2Q2AA 3OO7A 4ESXA 3ONMA 4TOZA 4ZEDA 3TEPA 4Z0IA 3ZKLA 1XOCA 4LZ5A 1A55A 5I59B 4KPTA 3M8UA 1MQIA 3O6GA 1ZJLA 3JV9A 4DIGA 4R75A 3OSQA 2R71A 4R6HA 4NF8A 1N76A 1Y3PA 4LATA 2GH9A 3I5OA 1LFGA 3OO9A 1MXUA 2F35A 4OERA 1MY3A 3MUQA 3EPEA 1N84A 4KR5A 1PBPA 3PMXA 1H76A 4LQ5A 4ELRA 2ZYNA 1LB9A 4JB7A 3RUMA 3T9UA 3LR1A 3MWBA 2VP1A 3KOSA 3OSRA 2F34A 5AA4B 3TTMA 3THIA 4DXBA 3JYRA 4PFTA 2PBWA 4N13A 4F3GA 3FXUA 3FD3A 3VLWA 2Y7IA 1Y4CA 1ATGA 1TT1A 5B70A 5KCJB 3C34A 3MVZA 4KCDA 2HAVA 1MG1A 2I4BA 3N26A 3CR9A 3H03A 1ZIUA 1MXYA 2RC9A 2UVGA 3OD7A 2H25A 4U1OA 3SDFA 3TTRA 5LOMA 3IB2A 3CSGA 3KEIA 4Q30B 2DSFA 2THIA 2E1SA 3BFTA 2G29A 3QXMA 3MP8A 3SEVA 5H8QA 4R9GA 2I4CA 4PFUA 1HSLA 2AIXA 3OEMA 2UXAA 2QL3A 1Q35A 2F78A 3R7XA 2KLFA 1M5BA 2XX8A 3O66A 4AB5A 1LBCA 1SW4A 2YLNA 4GVOA 2Q89A 4NF8B 4H6DA 3U93A 4FECA 2ONSA 4EQ9A 1D4NA 1D9VA 1P1WA 1VSOA 2DXRA 1DTZA 2DXYA 4OQOA 1B51A 4POWA 3G3JA 1LSTA 3CFXA 1OQGA 1B1XA 1QKBA 4F22A 4I9DA 4HW8A 3MVYA 4P11A 3KG2A 1MPDA 5H8NA 3GLBA 3PUZE 4F39A 2XD2A 4GOTA 3OOAA 2H99A 5BUUA 2FYIA 3H6UA 4AB6A 1AL3A 5EHSA 1UIUA 3K1PA 3S4UA 2F36A 2F6PA 2XX9A 4F31B 2OWSA 1IXIA 2X7QA 4P0IA 3RTFB 5JK4A 3O6HA 3E4RA 5CI5A 1MH4A 3C9HA 1NH8A 4RXLA 3HSTA 1PBQA 4H5FA 3SETA 4R2BA 4OFLA 1YCJA 2O7IA 4JWXA 4R2FA 4U23A 3K6XA 2Y7KA 2I3VA 1FQAA 3SEWA 5HPQA 3IL1B 4Q8RA 1US5A 1FTOA 4KD5A 3B6WA 2H5YA 3C36A 4U21A 2VD3A 3FVOA 3PD9A 4R6YA 4OXVA 1MQJA 3O2AA 3G7WA 4YKKA 2A5SA 4RJZA 2DWIA 1MY4A 3TFLA 4U1ZA 2XHDA 1NNTA 3G3KA 1MPCA 1PB9A 3IJOB 1EZOA 4RY1A 3N5LA 3FVKA 4F1UA 3PU5A 1O64A 3GBAA 1CB6A 3PV0E 2DS9A 2DE4A 3VVDA 3MZ1A 1DPEA 1QJMA 4FATA 4X48A 2BJJX 2V3TA 2D21A 2XXWA 2ZYMA 2XXTA 1Y1MA 4X1DA 3TMGA 3T9VA 3Q25A 2ONKE 4MLVA 3S9NC 2QS1A 4LQ2A 5H8NB 3IAZA 1S50A 1UTBA 2B3BA 3UIFA 4RK2A 3LSWA 3FGSA 3B6TA 3C31A 3VDFA 3MBPA 4ZEIA 4ONYA 3CVGA 2ZNUA 4FAJA 1NNFA 4THIA 3Q27A 2PVUA 4U2RA 2ZXTA 2Q9TA 5JTYA 3BBRA 1B6HA 5I84A 1HSJA 2I3WA 3OO8A 3B7DA 4EXLA 5H8SA 5TU0A 4BDQA 4LZ8A 1MDP1 1MH3A 1B5HA 1NNKA 3E3KA 2ZMBA 4OZ9A 3UGWA 3BFUA 2Q8JA 4NTLA 2UYEA 3PPNA 3KN3A 2ONRA 4QFOA 4QFPA 5KZTA 1II5A 2HXWA 4ZS9A 4IO2A 1SW1A 1SI1A 4NMYA 3V89B 2HQ0A 1ZMGA 5DT6A 2D3IA 2R9JA 3Q29A 2NUVA 4R9FA 5I59A 5L9MA 4OFOA 2YJPA 2OLBA 2RC7A 2P2AA 2YPNA 3TTKA 4ZECA 2XD3A 4JDFA 1T0KA 4PP0A 3PUVE 2DE3A 2P1SA 1Z7ME 1JEUA 3U1OA 1Y1ZA 1UTBB 1P99A 4HCYA 1P1UA 3U72A 1IXHA 3DLNA 5ELVA 1B3FA 5CRYA 1AH5A 1F9BA 4YU0A 1VFDA 2ZYOA 2NXOA 1H44A 1QUJA 3H6VA 4GL0A 2DWJA 1I6AA 1Y3QA 1LB8A 3TDJA 1ZU0A 2PT2A 4UA8A 2F8DA 1SYHA 5JTYB 1XT8A 4QFKA 2O1LA 5K2XA 1IZ1A 5CBSA 2E0SA 4XKPA 2XX7A 2OZZA 3H06B 4KFQA 1SYIA 5TP9A 3OO6A 2QS3A 5DEXB 4XKRA 1LAHE 3E13X 3KOTA 4XIGQ 1URDA 3IX1A 1NFTA 2QRYA 4IY5A 3QIMA 5F7VA 3VFJA 2ZNSA 4G68C 2Z22A 4GRKA 4QSDA 3K4UA 4I1DA 4GIZA 5A5XA 5AA1A 1US4A 3O9PA 3ODBA 5L9OA 3SEUA 2I0BA 3D4GA 4X1BA 1A8EA 3OELA 2XXUA 1ANFA 2DVZA 4BDLA 1MY1A 5TPAB 2IEEA 4JSDA 4F2QA 1RYOA 1GGGA 2GRVA 4DE8A 3V8XB 4H1XA 4GF8A 3EQ1A 4YKIA 5EHMA 4TLMB 3FJGA 2P0SA 3T9HB 4OYVA 4DZ1A 5CMMA 3VLUA 1YAEA 3FV1A 4H8JA 1UIVA 2OK2A 3U92A 3LSXA 3K6WA 3C32A 3E9XA 4EQBA 3DP6A 4ELPA 2UVIA 4O3AA 3LSLA 1LBBA 3MZBA 5I2NA 5TP9B 4QF9A 2XXHA 1MXVA 3PUYE 3MVXA 1IUDA 4GFRA 1B3LA 1FQBA 2HCAA 1B0HA 1O7TA 3VXBA 2QMWA 4NF4A 5B7DA 1P1QA 3TKDA 3TPAA 5F1QA 4TQUQ 4F1VA 3LUYA 1GVCA 1R1NA 5A5XB 1ZLQA 1L5TA 3RT8A 3OENA 1OIBA 1JVXA 3H6WA 5CMKA 3ZKKA 4OESA 2AL5A 3KSJA 4RK9A 4C0RA 5EYFA 1QW0A 1NNPA 1A99A 3VXCA 4I62A 1VFEA 3CI8A 4H8IA 4EF2A 1LFHA 3PUXE 3PMVA 5FTIA 2VHAA 4OMBA 4XTCQ 2Z8FA 4R74A 4IGRA 1UQWA 4XKNA 2PX1A 4N6PA 2AL4A 1Y3NA 4F3BA 1B05A 3H6TA 4ZE8A 3A09A 2O7UA 4M1VA 3H4ZA 4UACA 1B58A 3EHUA 2ALUA 3KZGA 5L8DA 2HZKA 4OTEA 4M4GA 5I2NB 2WKYA 3RTWB 4G77A 3AXFA 2CZLA 4F3SA 2W7YA 3QUFA 1MPBA 3SKPA 3VVEA 3VV5A 4KHZE 4NF4B 1B7ZA 5AA2B 2I58A 1LAFE 1HSEA 2Z23A 3PMWA 2RKMA 4KQPA 1IXCA 3FUZA 3C33A 2F7CA 3HV1A 1FQDA 3KGCA 5I57A 2DQVA 1JW5A 3G3GA 1TXFA 5CMBA 4JWOA 2IA4A 2VOZA 4FJPA 2Z8EA 4ND9A 3W15C 3CG3A 5DVFA 3RGYA 1LCTA 4YMBA 4E0XA 4OETA 2RCBA 5FHOA 5HBCA 1JQFA 3UP9A 2OBGA 3JZJA 4BDNA 3V83A 3DP4A 4ZEBA 3S2VA 3R26A 1B52A 3S9MC 1FQCA 1MY2A 4JBZA 1R9LA 1Z7NE 3PPPA 4R6KA 1N0TA 2B65A 2ESNA 3TELA 3CRBA 3G3FA 1OMPA 1MQDA 3FVNA 3IB1A 1IITA 4IO5A 1D3KA 5CC2A 2XXIA 3FXQA 1MXXA 1AIVA 3PPRA 1MS7A 1KWHA 3I3VA 3B6QA 3HPIA 1USYE 3PPQA 2Y7PA 4RPNA 2REJA 1MRPA 4O3BA 4DLDA 2Y84A 4YB6A 1FQEA 1DTGA 1EZ9A 1TWYA 1N7XA 1FTMA 3Q26A 4GD5A 2G93A 3OMBA 1NMUA 1R6ZA 4YAHX 3UORA 5FHMA 4H5GA 3VVFA 1B7HA 5J1DA 4QSCA 4ZZAA 1S7YA 5DEXA 5DTBA 1IXGA 2O69A 3SESA 5I57B 3FATA 4NE4A 2DP8A 4G68A 4YKPA 4DCXA 5H8HA 2I0CA 4G2ZA 1OVTA 1PEBA 1BLFA 2GHBA 3LC8A 5CMCA 3TYHA 3FXRA 4DCYA 3HCQA 2DWHA 2GFEA 3EN3A 2CMOA 5BWJA 3A3CA 2UVJA 5TPAA 3QK6A 2NWJA 1B46A 4YB7A 1LAGE 1PDAA 1UTHB 4KCCA 1JETA 2OCUA 1SQYA 4QFNA 4F3PA 4RYAA 4NWCA 5AA2D 4OENA 2A5TB 3IOVA 1WDNA 1LAXA 4GWOA 3U8QA 1P1OA 1QULA 3I6VA 3K1NA 4N07A 2I6EA 4FEDA 3T22A 5IKBA 3EHTA 1B4HA 4MH5A 3L6GA 3KJ7A 4HCWA 3TZAA 4ZEKA 5FTHA 1CE2A 1Y20A 2H4IA 3MW0A 3MC2A 1TFAA 1N3XA 2DYXA 3F11A 3MP6A 2HZLA 4I8CA 3W9VA 2F5XA 4GXAA 4H65A 3PD8A 3R6UA 1EU8A 1VE4A 1BTJA 2PMSA 4DXCA 4FEBA 1LFIA 2XXXA 4GQOA 3IO4A 1MQHA 1I69A 1S9TA 3HHFA 3M3KA 4G68B 4IB2A 3V5AA 4DDDA 5H8HB 1NKXA 1BKAA 3HN0A 2Q2CA 3CFLA 4MF3A 4G8HA 2B3FA 3VE1B 4EQ7A 1H3DA 2ZNTA 4FORA 1H43A 4OEVA 3K6UA 2Z8DA 3T96B 3U94A 3UA8A 1B40A 1JVYA 2Y7RA 3ECRA 3IOTA 1MDQA 2REGA 2OWTA 4OWDA 1LCFA 1DPPA 2F7AA 1OVBA 1URGA 5I58A 4MLQA 1B32A 3VLVA 3IB0A 3TUSA 1FTKA 3IOUA 2V93A 4GL8A 3TTNA 4BDRA 3L6HA 4DXUA 1OQHA 1MY0A 1XVYA 1J1NA 3WAFA 1B4ZA 4WXJA 5H8FB 1B7UA 1SDXA 2VGQA 5DYHA 2QJEA 2O1MA 1GV8A 2D5WA 4E0WA 2QMXA 4IO6A 5K2YA 4WEPA 1ZBMA 4ECFA 1YPNA 5AA3A 3UN6A 2RF1A 3QUJA 1AOVA 3T9XB 3RT6B 3UK4A 3SERA 1USYH 3SEYA 4NF6B 1A8FA 3ILTB 1M5CA 3GZGA 4F29A 1AMFA 5CM6A 4IO7A 3T66A 4ELOA 3HO7A 4PQJA 3FVGA 3O97A 4L17A 4YZZA 3Q28A 4BDOA 5AA2A 1XVXA 1ZKBA 4G8NA 4ESWA 4F1YA 2F6GA 3KFMA 1N7WA 2O6AA 3KJTA 2O84X 3CG1A 3SEXA 3C35A 3CSBA 1B3EA 3S9EA 1PB8A 3MP1A 3MJNA 5IAIA 3IO6A 1PC3A 5KDTB 1I6QA 4LVQA 3H3GA 3DP8A 1IEJA 4QFLA 3LBSA 1MQGA 1B2HA 3MPKA 2VD2A 1NH7A 1RKMA 3RN8A 4KYSA 5I58B 3QYTA 4OHNA 2I49A 4FE8A 1QUIA 4QSEA 4IO3A 3TAJA 4EDPA 1SI0A 4U22A 1O63A 3G3IA 3MQ9A 1MM7A 4GLIA 1JEVA 3O28A 1FQFA 3IJXB 2OJTA 3EF7A 2XXPA 3C4MA 3RNNA 2V84A 3CIJA 1GR2A 3PPOA 1M5DA 3N94A 2ABHA 1YTVA 4OFJA 4YB5A 1M5FA 2QS2A 5AE4A 3TODA 1SW2A 1ZTYA 4C1TA 3FASA 3TQLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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