4Q0NA

Crystal structure of the fifth bromodomain of human poly-bromodomain containing protein 1 (pb1) in complex with a hydroxyphenyl-propenone ligand
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
SKYMTPMQQKLNEVYEAVKNYTDKRGRRLSAIFLRLPSRSELPDYYLTIKKPMDMEKIRSHMMANKYQDIDSMVEDFVMMFNNACTYNEPESLIYKDALVLHKVLLETRRDLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Crystal Structure of the fifth bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) in complex with a hydroxyphenyl-propenone ligand
rcsb
molecule keywords Protein polybromo-1
total genus 40
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4q0nA00
5DLZA 3UVWA 5IIDA 5FB0A 4QSVA 4YH3A 5II2A 5CS8A 4NR8A 4HXKA 3U5JA 2YDWA 4IR4A 5E7DA 5CU8A 2E3KA 4YYIA 4QSWA 5E74A 1JSPB 4C66A 3K2JA 5I86A 5H1UA 5L96A 3U5OA 5A83A 4Y03A 5KHMA 4Z1SA 4MR3A 4BW4A 4NXJA 5ACYA 5FG6A 5D3RA 2MJVB 5LKUA 4NYVA 3P1DA 5C85A 3MB3A 5I80A 4NR7A 4OGJA 3U5KA 5FE5A 5A5RA 4UYFA 5LVRA 4IORA 4ZC9A 3MQMA 2DVQA 4TYLA 5H1VA 4N4HA 4OUFA 3QZSA 4WHUA 3LQJA 4YABA 4N4IA 5CPEA 5FE2A 4LYWA 4TS8A 4O72A 4CFKA 4A9JA 5II1A 2F6JA 5LUUA 5CQTA 3ONIA 5FG4A 5FFVA 5L98A 5F62A 4MEPA 4XY9A 5I1QA 5KTXA 4NR4A 5IGLA 4LZRA 4TZ2A 5I7YA 5IBNA 4WHWA 4QYLA 5G4RA 5C87A 4QSUA 4PTBA 4O7EA 3Q2EA 3UV4A 5IGKA 3MULA 2RNYA 5CTLA 4OGIA 5DLXA 5HM0A 5HQ6A 2G4AA 2DVVA 5HENA 4J0RA 3QZTA 5FE4A 5A5OA 3D7CA 2I8NA 5D3JA 5D24A 2RI7A 5FE0A 4YH4A 4MR4A 5F61A 5G4SA 5LJ0A 3HMHA 4NUDA 4O76A 5AD3A 4CL9A 4O7BA 5BT4A 5I7XA 4Q0NA 4NUEA 2DKWA 2NXBA 5CUAA 4MEOA 2OSSA 3GG3A 5A5SA 2YEKA 4YY6A 5E9VA 2L85A 5LVQA 4NRAA 5CUCA 5D3TA 4HXOA 5EPBA 4Q0OA 5ENJA 3UW9A 5HQ7A 3UVXA 4YK0A 4A9KA 3HMEA 4O7CA 5KTWA 4AKNA 4GPJA 4PCEA 2F6NA 5F36A 5HRVA 5DFCA 5E9MA 3SVHA 4QC1A 5DY7A 4X2IA 4NRBA 3U5MA 5DX4A 4QB3A 5CGPA 3QZVA 4UITA 5E3DA 4QR4A 3DAIA 4UIVA 5HFRA 4J3IA 5BT5A 3O33A 4O70A 5CFWA 4TT6A 4QEUA 3O37A 5EWWA 5A5PA 2GRCA 4N3WA 5ENCA 5EPSA 5FH7A 4A9FA 5EISA 4A9HA 4YY4A 5AD2A 5I83A 4BW2A 4PY6A 5A85A 5HLSA 4UYDA 5FFWA 4UYFB 5EA1A 2RNWA 5LJ2A 4QYDA 5L8TA 4O71A 2YW5A 4HBWA 3UVYA 4YYMA 3JVKA 3MB4A 5FDZA 3ZYUA 4BW3A 5CZGA 5K29A 5KU3A 4YYGA 4LZSA 4RVRA 5EM3A 4IR3A 5FB1A 3DWYA 4CUQA 5L8UA 4A9LA 3P1EA 3LXJA 5DW1A 4YC9A 3O36A 5ENFA 5CY9A 5H1TA 4QR3A 5CUBA 5TB6A 3LJWA 1E6IA 4NRCA 4LZ2A 4HXSA 3S91A 4O78A 3G0JA 5ETDA 5C89A 5IGMA 5J0DA 3G0LA 2N9GA 2YYNA 5CUEA 4O75A 4O7AA 4PS5A 3JVMA 3O34A 5D0CA 4TTEA 5EWCA 3UV5A 5E0RA 5CQ7A 4CUUA 4NS5A 4QEVA 2I7KA 5FE1A 4HXNA 4QSQA 4ALGA 4HXLA 4IR6A 4QSTA 5HQ5A 2E7NA 4MENA 5H85A 4Z93A 4UYGA 3SVGA 4YBMA 4A9EA 5CP5A 3HMFA 4FLPA 4CURA 5LKTA 4J1PA 5HEMA 3LQIA 5CQAA 4HBVA 4F3IA 3O35A 4UIXA 2RS9B 5EP7A 4YADA 4TU6A 4QEWA 4MR6A 5CQ3A 5FH8A 4E96A 5BT3A 4XY8A 5CRZA 5F63A 5FE9A 5TCMA 5EPRA 2R0YA 5EICA 5FH6A 5EGUA 3MXFA 4YAXA 5E9IA 5DKCA 4ZW1A 3AQAA 3JVJA 5KTUA 5F3AA 2L5EA 5A81A 5EU1A 2WP1A 5DKDA 5D25A 4O7FA 5DFBA 4A9NA 5AMEA 4LR6A 5I89A 4TZ8A 3FKMX 5A82A 4LYSA 5D7XA 5F2PA 5EI4A 5HJCA 4UYHA 4YYDA 5FE6A 5EWHA 4YYJA 5DYAA 5I88A 5HRWA 1X0JA 2DWWA 5CUDA 4MR5A 2YELA 3JVLA 2YQDA 1ZS5A 5ENBA 4QSPA 4Z6HA 4YYHA 5C4QA 2LSPB 5AMFA 3U5PA 4NYWA 5CRMA 5D3NA 4CLBA 4CUSA 4N4GA 4QUTA 5LKXA 2KTBB 4CFLA 5E9KA 1N72A 3IU5A 1WUMA 5A7CA 5D3PA 1EQFA 4HBYA 5D26A 4YYNA 2R0VA 4QC3A 3IU6A 5EWVA 5ENGA 4HBXA 5EQ1A 3P1CA 5HRXA 5L99A 3LQHA 4C67A 4A9MA 4YYKA 3P5OA 4WIVA 4N4FA 4NUCA 4PCIA 5HELA 5F1LA 4LDFA 4BHWA 3SVFA 3P1FA 5ETBA 4XUAA 5A5NA 5FE3A 4NR9A 2FSAA 5F25A 4QSSA 3MUKA 4NR5A 5DYCA 5CQ6A 5JI8A 4ALHA 3RCWA 3I3JA 4ZQLA 5DYXA 1JM4B 5ENHA 5JWMA 1WUGA 5DFDA 3AADA 4QSRA 5LKZA 5COIA 5CQ5A 5CUGA 4O74A 4J0SA 4YBSA 5FBXA 4LRGA 2D9EA 5A5QA 5C7NA 5DW2A 5FFYA 4TU4A 5DBMA 4MEQA 4QUUA 5EK9A 4HXMA 4IOOA 5DYUA 4QBMA 5FG5A 4YBTA 4UYEA 4XYAA 5E73A 5IG6A 3UVDA 5DKHA 5E9LA 4O77A 1F68A 5C8GA 2RFJA 5IGNA 4UIWA 4PKLA 5F5ZA 4CUTA 5D3HA 3TLPA 4A9OA 2L84A 4LYIA 2RNXA 4KCXA 4TQNA 5LJ1A 5ENEA 4KV1A 2DVSA 5ENIA 5I29A 2YEMA 3UV2A 4NQNA 5D3SA 4QSXA 4Z1QA 5F60A 3S92A 4DONA 4QNSA 5EV9A 5L97A 2OO1A 5HFQA 2DATA 4UIUA 4HXPA 5D3LA 4YATA 4NQMA 4HXRA 5CQ8A 2E7OA 4UIZA 5I40A 4IOQA 4A9IA 5F1HA 4NR6A 5FE7A 2D82A 5CQ4A 2DVRA 5E9YA 4TT2A 3U5LA 4IR5A 2RO1A 5KO4A 4QR5A 5HCLA 4NYXA 3U5NA 2OUOA 4QZSA 4BW1A 4Z6IA 5E3GA 5EWDA 4TT4A 2R10A 5EVAA 3Q2FA 4UIYA 4XUBA 4QY4A 2H60A 3NXBA 4BJXA 4KV4A 4LC2A 5FE8A 2WP2A 4CUPA 2R0SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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