4Q0NA

Crystal structure of the fifth bromodomain of human poly-bromodomain containing protein 1 (pb1) in complex with a hydroxyphenyl-propenone ligand
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
b'SKYMTPMQQKLNEVYEAVKNYTDKRGRRLSAIFLRLPSRSELPDYYLTIKKPMDMEKIRSHMMANKYQDIDSMVEDFVMMFNNACTYNEPESLIYKDALVLHKVLLETRRDLE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal Structure of the fifth bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) in complex with a hydroxyphenyl-propenone ligand
rcsb
molecule keywords Protein polybromo-1
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 40
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4q0nA00
5E73A 1JM4B 4CL9A 4IR4A 4ZQLA 5L8UA 5I80A 4N4IA 5LUUA 2DVQA 4UYHA 5HRWA 4J1PA 4LDFA 5D3RA 5A83A 5EVAA 5C4QA 5D7XA 5ACYA 4O7CA 4QYDA 4NYVA 3G0JA 5CQAA 5FFVA 3JVJA 4TU4A 5CUCA 5F1HA 3LQIA 5LVQA 4QBMA 2H60A 5ENGA 5D3SA 5FFYA 2DKWA 3RCWA 3IU6A 3JVMA 3HMEA 4QUUA 4NR6A 4TS8A 4TU6A 5DW1A 4DONA 4E96A 4AKNA 4F3IA 5H1UA 5KTWA 5C87A 2YYNA 4O70A 4QSTA 4A9EA 4MENA 4A9LA 4CURA 4A9NA 5CUDA 5I7YA 4NUCA 4QEVA 5HRXA 5A82A 5IG6A 2R0YA 4HBWA 5J0DA 5ENJA 4WHUA 5FB0A 4ZW1A 4N3WA 5A5RA 3UV5A 3D7CA 3Q2EA 4PTBA 3P1EA 4NRAA 5LVRA 5ENCA 5HFQA 4LC2A 4MEOA 5IBNA 5E74A 5BT5A 4YC9A 4NR7A 5DFBA 4OGIA 5E9LA 5KTUA 5F63A 5LKZA 4NR8A 5D25A 5CUBA 2RNWA 5F25A 4HBXA 4TT2A 4QC1A 4YYDA 5HQ5A 4A9FA 5I83A 5AD2A 4YYKA 2L5EA 4LYIA 4Z1SA 5HCLA 4UYEA 4QSXA 5CS8A 4CFLA 5FH7A 5EPRA 4TTEA 5F3AA 3UVDA 2YEMA 5CY9A 1ZS5A 4MEPA 3MUKA 4A9IA 4MR4A 3LQJA 4PY6A 5DY7A 5CQ3A 5FB1A 2F6JA 5LKXA 4A9KA 2E7OA 5E3GA 2R0VA 5D26A 4PCEA 5HEMA 4YBSA 4QEWA 5LKTA 4CUPA 5JI8A 4QSQA 3U5OA 3QZVA 5CQTA 5FE5A 5C85A 5KTXA 3DWYA 4TQNA 4YYHA 4Q0NA 4O71A 3O36A 5DLZA 3U5PA 5L97A 5EM3A 3FKMX 2OUOA 4A9OA 5E9YA 4NR5A 4YYMA 2DVVA 1WUGA 4MR3A 5CQ4A 5ENBA 2N9GA 5DLXA 5F1LA 5DYXA 5CP5A 4J0RA 4GPJA 4Z6IA 2OSSA 5FG4A 3O34A 5FE8A 5H1TA 5D3NA 5TB6A 4CFKA 4HBYA 5BT3A 5EWWA 3O35A 2G4AA 5KO4A 2E7NA 5E9VA 4UIXA 4YAXA 2DATA 3UW9A 5ENHA 4O78A 5C8GA 5L8TA 3O37A 5CQ5A 4QSWA 5AD3A 4NUEA 4Z1QA 5EWCA 5CPEA 5HM0A 4UYFA 4NR9A 4HXMA 4NXJA 5EV9A 4QSVA 4IOQA 4UYDA 3SVFA 5I1QA 5IGKA 2OO1A 4UIZA 3HMFA 5CRMA 4N4HA 4YYIA 4YH3A 4QR4A 4QNSA 5LKUA 5FE4A 3U5JA 4TZ8A 5LJ0A 4QSSA 3JVKA 5D3PA 2DVRA 3AQAA 5L99A 4UYGA 4ZC9A 2YEKA 5A5QA 2F6NA 4QB3A 3JVLA 5D24A 5KHMA 5H1VA 5II1A 4QUTA 3MB4A 3S92A 2WP2A 4HXSA 2FSAA 5E0RA 4UIUA 4CUTA 4YYGA 4KCXA 3HMHA 5I88A 4BW3A 4YH4A 4PKLA 5A5NA 3UV4A 4QSRA 3DAIA 5E9MA 4UIVA 5EGUA 5F36A 5ENEA 4O7FA 5E9IA 4Z93A 5FE1A 1N72A 3G0LA 4UITA 5HJCA 4BJXA 5FE2A 3K2JA 4ALHA 5DYCA 3AADA 4WIVA 5A5PA 4XUBA 3P5OA 5I89A 5HLSA 5FFWA 5EWDA 3MB3A 4LR6A 4QY4A 5HELA 5HENA 3MXFA 5D3LA 5ETDA 5EICA 3LQHA 5F5ZA 4KV4A 3LJWA 5A5SA 2DWWA 3U5LA 3UV2A 5CUAA 3U5NA 4CUQA 5DKCA 3UVYA 2WP1A 2I8NA 4Y03A 4XY9A 5HFRA 2YDWA 3ZYUA 3GG3A 3UVXA 5FH6A 5CFWA 4YABA 5FE9A 3LXJA 4O7BA 5AMEA 5FE7A 5FBXA 4X2IA 5DYUA 4Q0OA 4YYNA 5FE0A 4YBMA 1F68A 4PS5A 5D3JA 2DVSA 5JWMA 5CZGA 5DFCA 4N4FA 5HQ6A 4YY4A 4MR6A 4NR4A 5D3TA 4TT6A 5EK9A 4LRGA 5CU8A 4IR3A 4O77A 5TCMA 4O74A 3SVHA 3MQMA 4TT4A 4HXNA 2RNXA 5II2A 3SVGA 4HXOA 4YYJA 4O76A 1E6IA 4QYLA 4HBVA 5CUEA 5A85A 5AMFA 4RVRA 5FG5A 5FG6A 5L98A 5DKHA 5EISA 4IORA 5FDZA 4CLBA 5A5OA 5EWHA 4QR5A 5DYAA 4NRCA 4XY8A 4ALGA 2RO1A 4PCIA 5A7CA 3U5KA 5LJ2A 1WUMA 2RS9B 4O72A 5IGLA 4IR5A 5KU3A 5DX4A 3ONIA 4UYFB 5I86A 4YADA 4FLPA 2YQDA 3UVWA 2R10A 5IGMA 5ENFA 2GRCA 4HXKA 5F61A 5EU1A 5EPSA 5HRVA 3S91A 3MULA 2MJVB 3TLPA 5G4RA 4BW4A 4XUAA 4YK0A 4CUSA 2R0SA 4LYWA 3P1CA 4IR6A 4WHWA 4NUDA 5I40A 4BW1A 4OGJA 5CGPA 2D82A 4BW2A 2KTBB 4LZRA 4NYXA 5CRZA 4BHWA 5E9KA 5FH8A 5BT4A 4NS5A 4O75A 5ETBA 5IGNA 4UIWA 4YY6A 2NXBA 2E3KA 3IU5A 4QC3A 4QSPA 5EP7A 5HQ7A 4OUFA 2L85A 5EWVA 4KV1A 2YW5A 3P1DA 4HXRA 4QEUA 5CQ8A 5CUGA 5I29A 5DW2A 3I3JA 5C7NA 4NQNA 5EQ1A 4N4GA 2L84A 4NQMA 5H85A 5CQ6A 3U5MA 1EQFA 3O33A 5ENIA 5A81A 1X0JA 4LZSA 5LJ1A 5EA1A 4QZSA 4MEQA 2RNYA 3QZTA 2I7KA 5FE3A 4HXLA 4O7EA 5E7DA 2D9EA 5F62A 5DKDA 5CQ7A 4QSUA 4YBTA 4QR3A 4YATA 5DFDA 5EI4A 5F2PA 5DBMA 4IOOA 5D3HA 4CUUA 1JSPB 4A9MA 4Z6HA 3P1FA 4C66A 4HXPA 4NYWA 4C67A 5L96A 4A9HA 2RFJA 4TZ2A 5IIDA 4O7AA 5G4SA 5K29A 4NRBA 4TYLA 5COIA 5I7XA 4XYAA 4LZ2A 5C89A 4J0SA 5E3DA 4UIYA 5EPBA 4J3IA 3QZSA 3NXBA 4A9JA 5F60A 5CTLA 2RI7A 2LSPB 4LYSA 5FE6A 2YELA 3Q2FA 4MR5A 5D0CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
5E73A 1JM4B 4CL9A 4IR4A 4ZQLA 5L8UA 5I80A 4N4IA 5LUUA 2DVQA 4UYHA 5HRWA 4J1PA 4LDFA 5D3RA 5A83A 5EVAA 5C4QA 5D7XA 5ACYA 4O7CA 4QYDA 4NYVA 3G0JA 5CQAA 5FFVA 3JVJA 4TU4A 5CUCA 5F1HA 3LQIA 5LVQA 4QBMA 2H60A 5ENGA 5D3SA 5FFYA 2DKWA 3RCWA 3IU6A 3JVMA 3HMEA 4QUUA 4NR6A 4TS8A 4TU6A 5DW1A 4DONA 4E96A 4AKNA 4F3IA 5H1UA 5KTWA 5C87A 2YYNA 4O70A 4QSTA 4A9EA 4MENA 4A9LA 4CURA 4A9NA 5CUDA 5I7YA 4NUCA 4QEVA 5HRXA 5A82A 5IG6A 2R0YA 4HBWA 5J0DA 5ENJA 4WHUA 5FB0A 4ZW1A 4N3WA 5A5RA 3UV5A 3D7CA 3Q2EA 4PTBA 3P1EA 4NRAA 5LVRA 5ENCA 5HFQA 4LC2A 4MEOA 5IBNA 5E74A 5BT5A 4YC9A 4NR7A 5DFBA 4OGIA 5E9LA 5KTUA 5F63A 5LKZA 4NR8A 5D25A 5CUBA 2RNWA 5F25A 4HBXA 4TT2A 4QC1A 4YYDA 5HQ5A 4A9FA 5I83A 5AD2A 4YYKA 2L5EA 4LYIA 4Z1SA 5HCLA 4UYEA 4QSXA 5CS8A 4CFLA 5FH7A 5EPRA 4TTEA 5F3AA 3UVDA 2YEMA 5CY9A 1ZS5A 4MEPA 3MUKA 4A9IA 4MR4A 3LQJA 4PY6A 5DY7A 5CQ3A 5FB1A 2F6JA 5LKXA 4A9KA 2E7OA 5E3GA 2R0VA 5D26A 4PCEA 5HEMA 4YBSA 4QEWA 5LKTA 4CUPA 5JI8A 4QSQA 3U5OA 3QZVA 5CQTA 5FE5A 5C85A 5KTXA 3DWYA 4TQNA 4YYHA 4Q0NA 4O71A 3O36A 5DLZA 3U5PA 5L97A 5EM3A 3FKMX 2OUOA 4A9OA 5E9YA 4NR5A 4YYMA 2DVVA 1WUGA 4MR3A 5CQ4A 5ENBA 2N9GA 5DLXA 5F1LA 5DYXA 5CP5A 4J0RA 4GPJA 4Z6IA 2OSSA 5FG4A 3O34A 5FE8A 5H1TA 5D3NA 5TB6A 4CFKA 4HBYA 5BT3A 5EWWA 3O35A 2G4AA 5KO4A 2E7NA 5E9VA 4UIXA 4YAXA 2DATA 3UW9A 5ENHA 4O78A 5C8GA 5L8TA 3O37A 5CQ5A 4QSWA 5AD3A 4NUEA 4Z1QA 5EWCA 5CPEA 5HM0A 4UYFA 4NR9A 4HXMA 4NXJA 5EV9A 4QSVA 4IOQA 4UYDA 3SVFA 5I1QA 5IGKA 2OO1A 4UIZA 3HMFA 5CRMA 4N4HA 4YYIA 4YH3A 4QR4A 4QNSA 5LKUA 5FE4A 3U5JA 4TZ8A 5LJ0A 4QSSA 3JVKA 5D3PA 2DVRA 3AQAA 5L99A 4UYGA 4ZC9A 2YEKA 5A5QA 2F6NA 4QB3A 3JVLA 5D24A 5KHMA 5H1VA 5II1A 4QUTA 3MB4A 3S92A 2WP2A 4HXSA 2FSAA 5E0RA 4UIUA 4CUTA 4YYGA 4KCXA 3HMHA 5I88A 4BW3A 4YH4A 4PKLA 5A5NA 3UV4A 4QSRA 3DAIA 5E9MA 4UIVA 5EGUA 5F36A 5ENEA 4O7FA 5E9IA 4Z93A 5FE1A 1N72A 3G0LA 4UITA 5HJCA 4BJXA 5FE2A 3K2JA 4ALHA 5DYCA 3AADA 4WIVA 5A5PA 4XUBA 3P5OA 5I89A 5HLSA 5FFWA 5EWDA 3MB3A 4LR6A 4QY4A 5HELA 5HENA 3MXFA 5D3LA 5ETDA 5EICA 3LQHA 5F5ZA 4KV4A 3LJWA 5A5SA 2DWWA 3U5LA 3UV2A 5CUAA 3U5NA 4CUQA 5DKCA 3UVYA 2WP1A 2I8NA 4Y03A 4XY9A 5HFRA 2YDWA 3ZYUA 3GG3A 3UVXA 5FH6A 5CFWA 4YABA 5FE9A 3LXJA 4O7BA 5AMEA 5FE7A 5FBXA 4X2IA 5DYUA 4Q0OA 4YYNA 5FE0A 4YBMA 1F68A 4PS5A 5D3JA 2DVSA 5JWMA 5CZGA 5DFCA 4N4FA 5HQ6A 4YY4A 4MR6A 4NR4A 5D3TA 4TT6A 5EK9A 4LRGA 5CU8A 4IR3A 4O77A 5TCMA 4O74A 3SVHA 3MQMA 4TT4A 4HXNA 2RNXA 5II2A 3SVGA 4HXOA 4YYJA 4O76A 1E6IA 4QYLA 4HBVA 5CUEA 5A85A 5AMFA 4RVRA 5FG5A 5FG6A 5L98A 5DKHA 5EISA 4IORA 5FDZA 4CLBA 5A5OA 5EWHA 4QR5A 5DYAA 4NRCA 4XY8A 4ALGA 2RO1A 4PCIA 5A7CA 3U5KA 5LJ2A 1WUMA 2RS9B 4O72A 5IGLA 4IR5A 5KU3A 5DX4A 3ONIA 4UYFB 5I86A 4YADA 4FLPA 2YQDA 3UVWA 2R10A 5IGMA 5ENFA 2GRCA 4HXKA 5F61A 5EU1A 5EPSA 5HRVA 3S91A 3MULA 2MJVB 3TLPA 5G4RA 4BW4A 4XUAA 4YK0A 4CUSA 2R0SA 4LYWA 3P1CA 4IR6A 4WHWA 4NUDA 5I40A 4BW1A 4OGJA 5CGPA 2D82A 4BW2A 2KTBB 4LZRA 4NYXA 5CRZA 4BHWA 5E9KA 5FH8A 5BT4A 4NS5A 4O75A 5ETBA 5IGNA 4UIWA 4YY6A 2NXBA 2E3KA 3IU5A 4QC3A 4QSPA 5EP7A 5HQ7A 4OUFA 2L85A 5EWVA 4KV1A 2YW5A 3P1DA 4HXRA 4QEUA 5CQ8A 5CUGA 5I29A 5DW2A 3I3JA 5C7NA 4NQNA 5EQ1A 4N4GA 2L84A 4NQMA 5H85A 5CQ6A 3U5MA 1EQFA 3O33A 5ENIA 5A81A 1X0JA 4LZSA 5LJ1A 5EA1A 4QZSA 4MEQA 2RNYA 3QZTA 2I7KA 5FE3A 4HXLA 4O7EA 5E7DA 2D9EA 5F62A 5DKDA 5CQ7A 4QSUA 4YBTA 4QR3A 4YATA 5DFDA 5EI4A 5F2PA 5DBMA 4IOOA 5D3HA 4CUUA 1JSPB 4A9MA 4Z6HA 3P1FA 4C66A 4HXPA 4NYWA 4C67A 5L96A 4A9HA 2RFJA 4TZ2A 5IIDA 4O7AA 5G4SA 5K29A 4NRBA 4TYLA 5COIA 5I7XA 4XYAA 4LZ2A 5C89A 4J0SA 5E3DA 4UIYA 5EPBA 4J3IA 3QZSA 3NXBA 4A9JA 5F60A 5CTLA 2RI7A 2LSPB 4LYSA 5FE6A 2YELA 3Q2FA 4MR5A 5D0CA
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5E73 A;  1JM4 B;  4CL9 A;  4IR4 A;  4ZQL A;  5L8U A;  5I80 A;  4N4I A;  5LUU A;  2DVQ A;  4UYH A;  5HRW A;  4J1P A;  4LDF A;  5D3R A;  5A83 A;  5EVA A;  5C4Q A;  5D7X A;  5ACY A;  4O7C A;  4QYD A;  4NYV A;  3G0J A;  5CQA A;  5FFV A;  3JVJ A;  4TU4 A;  5CUC A;  5F1H A;  3LQI A;  5LVQ A;  4QBM A;  2H60 A;  5ENG A;  5D3S A;  5FFY A;  2DKW A;  3RCW A;  3IU6 A;  3JVM A;  3HME A;  4QUU A;  4NR6 A;  4TS8 A;  4TU6 A;  5DW1 A;  4DON A;  4E96 A;  4AKN A;  4F3I A;  5H1U A;  5KTW A;  5C87 A;  2YYN A;  4O70 A;  4QST A;  4A9E A;  4MEN A;  4A9L A;  4CUR A;  4A9N A;  5CUD A;  5I7Y A;  4NUC A;  4QEV A;  5HRX A;  5A82 A;  5IG6 A;  2R0Y A;  4HBW A;  5J0D A;  5ENJ A;  4WHU A;  5FB0 A;  4ZW1 A;  4N3W A;  5A5R A;  3UV5 A;  3D7C A;  3Q2E A;  4PTB A;  3P1E A;  4NRA A;  5LVR A;  5ENC A;  5HFQ A;  4LC2 A;  4MEO A;  5IBN A;  5E74 A;  5BT5 A;  4YC9 A;  4NR7 A;  5DFB A;  4OGI A;  5E9L A;  5KTU A;  5F63 A;  5LKZ A;  4NR8 A;  5D25 A;  5CUB A;  2RNW A;  5F25 A;  4HBX A;  4TT2 A;  4QC1 A;  4YYD A;  5HQ5 A;  4A9F A;  5I83 A; 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