4Q1WA

Mutations outside the active site of hiv-1 protease alter enzyme structure and dynamic ensemble of the active site to confer drug resistance
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords ASPARTYL PROTEASE
publication title Drug resistance conferred by mutations outside the active site through alterations in the dynamic and structural ensemble of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4q1wA00
5P5UA 2AZ9A 4BELA 4Y5GA 4GJ5A 4J55A 4M8YA 3ECGA 1MESA 5P5AA 1MUIA 5KAOA 3FNTA 2B60A 5P7GA 1WBKA 5KQFA 3T11A 5OZZA 1GVTA 5P1MA 2I4UA 5P07A 5AHAA 1J71A 2G21A 3JW2A 5OYRA 5OZVA 2O4LA 4ACUA 5P1OA 1FMUA 1HHPA 4PHVA 1YTJA 4CPUA 5OZNA 5OZ6A 3QVIA 2FDEA 5P37A 3PHVA 5P65A 3VSXA 1HTRB 5ENMA 5DR7A 3UF3A 5DR8A 4B72A 5IVTA 5P6ZA 3K4VA 4TVHA 3FKTA 4K9HA 4CKUA 5P3YA 3PWRA 1FQ6A 3LIVA 5SY3A 3ER3E 3L5DA 5P08A 5OZWA 1KJHA 2P3BA 1BXOA 5P5FA 2OHRA 1LS5A 5P56A 4J1KA 3LINA 3LITA 3KT5A 1ZTZA 3PLDA 4Y3PA 2ZJNA 4HA5A 5P50A 5OZRA 2ZE1A 4Y43A 4X2LA 1EBKC 5P2IA 2G1NA 3OHFA 4DQBA 3SA4A 5P43A 4J54A 4NJTA 4U7QA 4D89A 4AZYA 3K5DA 5P27A 1APTE 1E81E 2P83A 5P3VA 2AOIA 4B1CA 5P5GA 3KFSA 2FDDA 1ME6A 5AH7A 5P8RA 1ZBGA 2IS0A 2RMPA 1FFFC 5ISJA 3I8WA 4GJ8A 5OZSA 5P8EA 3L59A 1GVWA 5P5HA 1GVUA 5JFUA 2QHZA 3BVAA 1A9MA 3EKWA 3SQFA 5OYYA 1FMXA 3CIBA 3VYDA 3VV6A 2R5PA 2J9JB 2AZ8A 1LYBA 4DJWA 5P3FA 1G35A 3D1XA 2R5QA 4EYRA 4PEPA 3CICA 5P8AA 3PMUA 1K6TA 2P8HA 1LYWA 5OZAA 1OEXA 4PYVA 2FDPA 4Y5CA 5DGWA 2V16C 3DM6A 1HVJA 1A8KA 3OUDA 2BKTA 2VS2A 1SMRA 5P24A 2HB4A 4Y3ZA 2VA7A 3GI6A 2VIZA 3EMYA 5HTZA 3KFRA 4FM8A 2G1OA 5OZ4A 4R93A 4Y35A 3LPKA 1HEGE 4OBZB 3EM3A 5P2QA 3SA8A 5P8BA 3ZLQA 1BWAA 4HDBA 4PZXA 4Y5NA 3UFLA 5P3SA 2B8VA 5P7CA 3ZKGA 3BXSA 3DV5A 3UQRA 5P22A 1ODWA 1K1UA 2Q11A 5ENKA 2BPVA 3IGBA 5P6LA 1AVFA 4H3IA 5P3EA 3OU4B 5C9BA 4Y47A 1BV9A 4FRIA 1TCXA 3HLOA 5COPA 4DV9A 1NSOA 1RPIA 3Q70A 1QRPE 5OZBA 5P61A 4FAFA 1DW6C 5OYZA 1EC2A 3BC4A 4I11A 5P6HA 1HTGA 2FIVA 3O9GA 2VKMA 3H5BA 3TH9A 4U7VA 4Y3FA 4J1IA 1NH0A 2QZXA 3R0WA 5HDUA 1SMEA 3RU1A 5P5OA 4QJ8A 3KT2A 4Y41A 4FRSA 5P1TA 4GIDA 4OBJA 2R8NA 4WTUA 3GGAA 5P39A 5P4FA 3ZKIA 1UPJA 3O9LB 5P2HA 3CKTA 2WECA 3QP0A 5P7DA 2J9KA 3LIZA 1TZSA 3S8IA 5P3XA 1K6PA 4B0QA 5P4ZA 2ZJLA 3I2LA 2XFIA 5P46A 5P1KA 2WF3A 5DQ1A 5SXNA 3ZKXA 2F81A 4Y6MA 2ZJKA 3INDA 4FRKA 3U71A 4TRZA 4A4QA 4NKKA 3TKWA 1RV7A 5KR2A 3KA2A 3VFAA 5P4EA 4ZPFA 1EPME 5P60A 4EHCA 3IVHA 5OZMA 5P49A 4KB9A 3TNEA 4F76A 5P06A 3WB4A 4YD4A 3DCKA 3EM4A 2OHKA 2BBBA 3OHHA 5P1HA 4CP7A 5KQXA 4AMTA 3EL9A 4OBGA 3WZ7A 5DR3A 3BVBA 3VF7A 3OOZA 5OYXA 5P5NA 3D3TA 5P51A 1FLHA 2G20A 3UFNA 1KJ7A 2QI5A 3F9QA 2AVVA 4J0VA 4EJKA 5P5DA 1DMPA 2P4JA 1NPWA 1EBZA 4Y51A 4Y37A 1U8GA 5P1YA 4RCDA 2QD8A 4I10A 3VEUA 3UDJA 3QIHA 3VF5A 5P8IA 1T6EX 2IGYA 2Z54A 4DPFA 5P8LA 4F74A 1PROA 2ZYEA 3BUGA 3OGQA 4M8XA 1HPVA 1IDAA 2I4WA 3L5BA 4LXMA 3QPJA 4DQCA 5P62A 1YTIA 1FG8C 5P6PA 2PYNA 5F01A 5P15A 4I0GA 5OZ9A 5P8TA 5KQYA 2G27A 4GZFA 2IEOA 1AXAA 2BPXA 5P11A 5P3QA 4NJSA 5P5SA 5E5JA 3SLZA 4D83A 1HVLA 3D1ZA 1XL2A 4JPEA 5P30A 1HWRA 2AVSA 5P4AA 4YOBA 2V13A 1LV1A 5P3KA 2Q55A 4L7GA 2FGUA 2R43A 1N49A 2PSGA 4Y3HA 2Z4OA 1BVGA 3C9XA 2AOHA 3UDPA 2I0DA 5CONA 3ZPUA 3GI0A 3HDKA 3O9FA 5AGZA 5P23A 5OZXA 2IGXA 1SDUA 1AAQA 3LZUA 2VA5A 1HIVA 5P2DA 1EC1A 3PCZA 1ZPKA 4DJPA 4DUSA 4Y39A 1W51A 1QS8A 1EPOE 4B00A 3EKPA 3GW5A 3L5EA 4LHHA 1NPVA 5ISKA 5P5EA 3NU5A 2HM1A 2WEZA 5P64A 5P7PA 4LBTA 2OHSA 3OUCA 4QJ2A 5F00A 5KOSA 3PRSA 3OU1B 3LIYA 5P4XA 5P01A 3ZKSA 3OXVA 2I1AA 2QMGA 4Z22A 2BPWA 1W6HA 4KE1A 4TVGA 4DJRA 9HVPA 1B6MA 3PBDA 5IS4A 1XS7D 3IN4A 4EXGA 5P1JA 3OAGA 1OEWA 5UPJA 4Y44A 3ZPSA 3LZSA 3IVIA 2OHQA 5P89A 3LNKA 1IZIA 5E5KA 3HBOA 5T4SA 3S53A 3OXWA 3NDUA 3EM6A 5P8FA 3OK9A 4DFGA 5P3ZA 4I0DA 4GJ6A 4Y36A 4RYGA 5P8KA 4B1DA 1SH9A 1ODXA 4Y4WA 4K8SA 3VV7A 5HVPA 4IVSA 2F8GA 3SKFA 3ZKQA 4Y54A 1K2CA 1B6KA 1MRXA 2HAHA 1FIVA 5P2MA 5P36A 5EZXA 5P1LA 5OYQA 3UDNA 5I3VA 2NMYA 4OBKA 3UPJA 5P5VA 1B5FB 4FAEA 1MEUA 4RGHA 2PWCA 5P58A 3OQ7A 3TTPA 5P82A 4Y4XA 2NXDA 3EKYA 4CPQA 4MC1A 4YA8A 1MTBA 5P83A 5P73A 4RYCA 3UDYA 3O9AA 2IDWA 5P3CA 4YCTA 5P0QA 3UDMA 3LIQA 2OF0A 3G70A 2A4FA 4CPTA 2G24A 2P3AA 5P7XA 2H6SA 4Z4XA 5BRYA 1PSOE 4A6BA 5P55A 4J0ZA 5P47A 5P0VA 2PSVA 3SM2A 5OZ1A 3UDRA 3KMYA 1B11A 5P8VA 3S7LA 3SA5A 3FNSA 5P77A 5P4HA 2QMDA 3EKXA 5P6IA 1EC3A 1ZPAA 3MSLA 5P5JA 5P6BA 4CPWA 4J0PA 3EKQA 5OZ7A 1MT8A 2QZKA 5P7WA 3B80A 2QZWA 3S2OA 3SPKA 5P4BA 3VUCA 3TPJA 4Q1NA 4I0HA 1SIVA 5DR0A 4OD9B 5P5PA 4LAPA 5P7MA 1D4JA 4I0FA 2JYSA 2VIYA 5P1EA 4H3FA 4OD9A 3EBZA 5DQ2A 1KZKA 2ZHVA 5OZ2A 1FQ5A 4I8WA 4YDGA 1MSMA 4NJUA 4FCOA 4WY1A 3CIDA 1EPQE 4Y4ZA 3VF3A 4RCFA 5P1QA 3TOHA 3D20A 1QBRA 5P2VA 3ST5A 2G1YA 1T7KA 3NDTA 1EC0A 1MVPA 2P3BB 5OZTA 5OZYA 1YG9A 2XFKA 1HPOA 1HEFE 5P6OA 2SAMA 2RSPA 4Y3MA 1NPAA 2Q3KA 3UCBA 5P0CA 3T6IA 2VIJA 5DR4A 3G72A 3OU3A 4J0YA 3VLAA 2G94A 1CPIA 5DGUA 5P32A 3PI0A 5P3LA 3INFA 5P0PA 4Y4UA 4ZLSA 5P38A 2MIPA 5P7FA 3OGPA 5P2RA 5P4LA 2G1SA 4L7HA 3SA7A 5P5KA 2ER9E 1BV7A 1W5XA 3GI5A 2ER6E 5P17A 4FM6A 1TW7A 5P3JA 2OAHA 3PJ6A 5P2OA 3PI5A 1EPRE 2NTRA 3QBHA 3PCWA 5P7LA 1XDHA 1HXBA 3PBZA 4HLAA 1SIPA 3GGUA 2PC0A 3CYWA 5P6AA 1HTEA 3GGXA 4GMIA 3NXNA 4E43A 1MTRA 4FM7A 4JOOA 5P3HA 5CLMA 3NR6A 4YDFA 1SDVA 2NNPA 3PMYA 5P0HA 1HIIA 1LYAA 1FEJC 4LXKA 5P59A 2BPYA 3HW1A 1K6CA 3EKTA 5P57A 3T7XA 1D4SA 5P52A 2O40A 3ZOVA 1LYBB 3ZKMA 3JVWA 4EJLA 1M0BA 4YOAA 4K4PA 5DQ5A 5P8DA 1HVIA 2AOEA 4Y3AA 3OOTA 1LYWB 4MC2A 2QK5A 4YCKA 5TOLA 3PSUA 2FXDA 5HE5A 4D8CA 5P0TA 4A6CA 2RENA 3OUDB 2BQVA 3L5FA 1D4LA 4HVPA 5P5YA 1QBTA 5B18A 5P4PA 1C6XA 2ZJHA 4FL8A 2VNNA 5P26A 3NYGA 4GYEA 4ZPEA 1FQ7A 4OC6A 4Y3JA 1APVE 2NR6A 3FV3A 1SGZA 4EJDA 1SP5A 2OHTA 3PWMA 2Q15A 4CPXA 4DJQA 2XYFA 4Z50A 5P0ZA 3H0BA 1DAZC 1ZSFA 5P0DA 3NWXA 4YD5A 5AH8A 4FSEA 2B7FA 3VG1A 1D4KA 1XE5A 1VIKA 4CMSA 5P7UA 2F3EA 2QCIA 5P20A 5P3BA 4B05A 5P2YA 2ER7E 5P6YA 4AA9A 5BS4A 5P4JA 1IDBA 5P6DA 4ZSQA 3L3AA 5C9DA 3UQUA 2V12C 3R4BA 5P80A 4MC6A 3EL5A 1WBMA 4AUCA 4GJBA 1PSNA 2PQZA 3IA9A 5BWYA 4Y4GA 5P18A 5EZZA 3BXRA 5P6SA 3KF0A 5P0OA 3ZL7A 1A30A 2OHUA 5P5ZA 4QJ9A 5P78A 3KDBA 5OZIA 5P0WA 4DQHA 1C70A 5KR8A 1TCWA 5P8PA 5AH6A 4Y5AA 3QRMA 1BDQA 4R5NA 3SACA 4B1EA 3K5CA 5P79A 2R3WA 5OZGA 5KR0A 2P3CA 4R8YA 3UDQA 4K4RA 2BB9A 5P5LA 4YHQA 2ZJIA 5P87A 2QI6A 3SA9A 5OZ8A 5JODA 1HOSA 2BKSA 5P6GA 4I1CA 3R1GB 2BJUA 1PPME 2AVMA 3KMXA 4Y57A 4DQFA 1QBUA 3FNUA 3OY4A 5P31A 4RVIA 4I8ZA 4Y50A 1YTHA 3QROA 5P0AA 5I3YA 2PH8A 5P12A 1B6PA 5P25A 2JE4A 3BHEA 1FG6C 2B42A 5OZHA 5P6WA 1GKTA 3UQXA 2WF0A 5P48A 5P3UA 2HC0A 3Q3TA 2G1RA 5P7IA 4XX3A 5HD0A 3JVYA 5P6KA 5OZJA 4HDPA 5P40A 4NJVA 2VA6A 3I25A 5P0IA 1M4HA 3KDDA 4F75A 5C9FA 3BRAA 5P0EA 4I0IA 5P0LA 3MXEA 4Y48A 2ZHUA 4YCYA 3OTSA 5P1SA 6UPJA 2HB2A 2V00A 1EBYA 4B70A 1B6LA 3L58A 4CPRA 1OD1A 1AIDA 5DPZA 3WZ8A 2QD7A 2IENA 4I0EA 4DJVA 5FIVA 5I3XA 3M9FA 1Z1RA 1EPPE 5P8MA 3EL4A 2PMAA 3DCRA 1YM4A 1HSIA 5P1NA 1D4HA 1FGCC 1PPKE 6FIVA 2I4QA 2FMBA 2PH6A 2FXEA 3T7QA 4QLHA 3RVIA 5P1GA 2ZHSA 4MC9A 4NPTA 3OADA 4L1AB 5OYUA 3VCMA 1A94A 1ZJ7A 3OWNA 4L1AA 3FIVA 3L38A 4Y3QA 4ER1E 2AOGA 3VLBA 5P2LA 1HXWA 5P5BA 5P0XA 1UH8A 3KDCA 2QHCA 5P4CA 4RRSA 5P7YA 5P5CA 4Y4BA 1LZQA 4KUPA 3LPJA 1IZHA 4Y5BA 5OYSA 5P71A 1ODYA 1HPSA 3I7EA 5P53A 4I0JA 4RCEA 5DQCA 4ER4E 1IZEA 1C6YA 2HS1A 4FIVA 4RZ1A 1BBSA 3S43A 3O9IA 3QRSA 5P7AA 3KYRA 5P0UA 3S7MA 2CEJA 5P4SA 5P1DA 4Y5KA 4X7IA 2QZLA 3BGCA 4GJCA 4Y9WA 5P3MA 5P4UA 2FGVA 3OXXA 1K1TA 1KJFA 1YTGA 5P4KA 3OUBA 2WF2A 4HZTA 3OAGB 1PSAA 3O9DA 1HSHA 3S85A 2QMFA 4FSLA 3CKPA 5HU1A 3OQKA 3TKGA 1QBSA 4EPJA 4RVXA 1FFIC 4L7JA 2IKOA 5P02A 3KFPA 4KE0A 4OBFA 1IZDA 3Q4BA 4Y3GA 1KJ4A 3IXOA 1W50A 2VJ6A 2QD6A 4GJ7A 2ZJJA 3QVCA 4J1CA 1ER8E 5OZDA 4ZE6A 4IVTA 5P1VA 1BXQA 1MIQA 3O9CA 4Y56A 5OZ0A 2IKUA 6APRE 5P13A 2G69A 4RRNA 4GB2A 5DQ4A 4ZPGA 2A1EA 4Y3EA 4CPSA 5P5MA 4DI2A 3APPA 3NU3A 2UY0A 4J0TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5U A;  2AZ9 A;  4BEL A;  4Y5G A;  4GJ5 A;  4J55 A;  4M8Y A;  3ECG A;  1MES A;  5P5A A;  1MUI A;  5KAO A;  3FNT A;  2B60 A;  5P7G A;  1WBK A;  5KQF A;  3T11 A;  5OZZ A;  1GVT A;  5P1M A;  2I4U A;  5P07 A;  5AHA A;  1J71 A;  2G21 A;  3JW2 A;  5OYR A;  5OZV A;  2O4L A;  4ACU A;  5P1O A;  1FMU A;  1HHP A;  4PHV A;  1YTJ A;  4CPU A;  5OZN A;  5OZ6 A;  3QVI A;  2FDE A;  5P37 A;  3PHV A;  5P65 A;  3VSX A;  1HTR B;  5ENM A;  5DR7 A;  3UF3 A;  5DR8 A;  4B72 A;  5IVT A;  5P6Z A;  3K4V A;  4TVH A;  3FKT A;  4K9H A;  4CKU A;  5P3Y A;  3PWR A;  1FQ6 A;  3LIV A;  5SY3 A;  3ER3 E;  3L5D A;  5P08 A;  5OZW A;  1KJH A;  2P3B A;  1BXO A;  5P5F A;  2OHR A;  1LS5 A;  5P56 A;  4J1K A;  3LIN A;  3LIT A;  3KT5 A;  1ZTZ A;  3PLD A;  4Y3P A;  2ZJN A;  4HA5 A;  5P50 A;  5OZR A;  2ZE1 A;  4Y43 A;  4X2L A;  1EBK C;  5P2I A;  2G1N A;  3OHF A;  4DQB A;  3SA4 A;  5P43 A;  4J54 A;  4NJT A;  4U7Q A;  4D89 A;  4AZY A;  3K5D A;  5P27 A;  1APT E;  1E81 E;  2P83 A;  5P3V A;  2AOI A;  4B1C A;  5P5G A;  3KFS A;  2FDD A;  1ME6 A;  5AH7 A;  5P8R A;  1ZBG A;  2IS0 A;  2RMP A;  1FFF C;  5ISJ A;  3I8W A;  4GJ8 A;  5OZS A;  5P8E A;  3L59 A;  1GVW A;  5P5H A;  1GVU A;  5JFU A;  2QHZ A;  3BVA A;  1A9M A;  3EKW A;  3SQF A;  5OYY A;  1FMX A;  3CIB A;  3VYD A;  3VV6 A;  2R5P A;  2J9J B;  2AZ8 A;  1LYB A;  4DJW A;  5P3F A;  1G35 A;  3D1X A;  2R5Q A;  4EYR A;  4PEP A;  3CIC A;  5P8A A;  3PMU A;  1K6T A;  2P8H A;  1LYW A;  5OZA A;  1OEX A;  4PYV A;  2FDP A;  4Y5C A;  5DGW A;  2V16 C;  3DM6 A;  1HVJ A;  1A8K A;  3OUD A;  2BKT A;  2VS2 A;  1SMR A;  5P24 A;  2HB4 A;  4Y3Z A;  2VA7 A;  3GI6 A;  2VIZ A;  3EMY A;  5HTZ A;  3KFR A;  4FM8 A;  2G1O A;  5OZ4 A;  4R93 A;  4Y35 A;  3LPK A;  1HEG E;  4OBZ B;  3EM3 A;  5P2Q A;  3SA8 A;  5P8B A;  3ZLQ A;  1BWA A;  4HDB A;  4PZX A;  4Y5N A;  3UFL A;  5P3S A;  2B8V A;  5P7C A;  3ZKG A;  3BXS A;  3DV5 A;  3UQR A;  5P22 A;  1ODW A;  1K1U A;  2Q11 A;  5ENK A;  2BPV A;  3IGB A;  5P6L A;  1AVF A;  4H3I A;  5P3E A;  3OU4 B;  5C9B A;  4Y47 A;  1BV9 A;  4FRI A;  1TCX A;  3HLO A;  5COP A;  4DV9 A;  1NSO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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