4Q1YA

Mutations outside the active site of hiv-1 protease alter enzyme structure and dynamic ensemble of the active site to confer drug resistance
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTIFEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords aspartyl protease
publication title Drug resistance conferred by mutations outside the active site through alterations in the dynamic and structural ensemble of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4q1yA00
4Y4TA 3NUJA 2HAHA 3D1XA 4GJDA 1HSIA 5P3EA 5C9BA 5P6WA 2VJ6A 4DQCA 1SGUA 5I3XA 4R93A 3OQAA 5P3MA 3EKQA 3UFLA 5P04A 3ER3E 3HZCA 1RPIA 5P8AA 5P4WA 5P49A 5P7RA 2OHSA 5P51A 1KJ4A 5P3QA 3PMYA 4LXKA 5P7FA 2PSGA 2FNTA 2WF3A 1YTGA 3L3AA 3UQUA 3DV5A 3TOGA 4AUCA 5P5UA 3O9DA 3LIVA 4L1AB 1APUE 2P3AA 5P1CA 2O4KA 3O9CA 5P1UA 3DUYA 4FIVA 5AHCA 4R95A 4LL3A 5P6KA 5P28A 1LYAA 4S1GA 5P7CA 5P5KA 2WEBA 1BDQA 5P46A 2BPWA 1HTEA 3UCBA 3QBHA 2V00A 3SQFA 4D89A 5P6NA 1OEXA 2AVSA 2ER0E 5P01A 4NJVA 2UPJA 1QRPE 2HB2A 3ZKSA 5P14A 2ZHTA 5OZPA 3UHLA 1W5VA 5P38A 3ZKQA 1LYBA 5P3UA 1OEWA 3QBFA 4DJVA 4MC6A 2OAHA 5P2NA 1NSOA 5P3AA 5P20A 5P41A 5E5KA 3OXVA 2QHZA 8HVPA 5P2VA 3EKWA 1EPPE 3R2FA 5P1MA 1AJVA 5P59A 5OZGA 2HM1A 1M0BA 5P5SA 5P89A 4I0JA 4J0TA 2QI4A 3QN8A 4FE6A 3Q5HA 5P0DA 4GZFA 5P0HA 5P1PA 4GYEA 1TQFA 3NWQA 4DJPA 1M43A 3IAWA 4J0PA 3UFNA 2AVMA 3EMYA 4Y47A 4ACUA 2IS0A 2OHRA 3NU5A 5P1AA 3SAAA 5J25A 4WTUA 1LZQA 3GGVA 2IDWA 5P86A 1TCXA 4AZYA 2QHCA 2ZHVA 1FEJC 2QHYA 1BXQA 3KT5A 4FRJA 5P7XA 3S2OA 3T7XA 5P3FA 4FAFA 4LP9A 2OHTA 5DR1A 4DPFA 1B5FA 2ZJJA 3QAAA 2V16C 3OUCA 1DPJA 1EEDP 1BBSA 3BVBA 2B8LA 3EM4A 3UDPA 1BVGA 1FQ4A 4J1FA 5ENMA 4Z2ZA 5P48A 2QZLA 3S8IA 4DQFA 3EL1A 5C9DA 4Y36A 4DUSA 1EC2A 4DJRA 2ZJLA 5P2FA 3PWWA 4I0DA 4HE9A 2Q64A 1K2BA 2B8VA 3I2LA 3IA9A 3VLAA 3PBZA 2QK5A 5ENKA 1LF4A 4Q5MA 5OZCA 3TPRA 3K1WA 5P10A 5P7WA 4CKUA 4X2LA 5P61A 1IIQA 1HRNA 5P85A 5P7KA 1PSOE 4GB2A 4H3IA 4FCOA 1GVVA 2I4XA 2FLEA 5P7MA 2FDDA 1QDMA 1IZIA 4B1CA 3OHHA 5HCOA 1D4YA 1D4HA 4RCFA 3OADA 5APRE 3VFAA 3U7SA 4ZSRA 3FNUA 5P5TA 2G20A 4FL8A 4JECA 5P1OA 3IN4A 4RRSA 5P69A 2PC0A 4CPQA 5IE1A 4TVHA 4Y3ZA 5HDUA 5P0WA 1SP5A 1GNMA 5OYXA 4QJ8A 1APVE 4LXMA 5P2KA 5P2HA 5I3WA 4F74A 1HTFA 1DIFA 4TRZA 5P2LA 1FMXA 3PCZA 4HDPA 4EP3A 3NXNA 4QJ2A 4Y3QA 2QMFA 2ZHSA 4DJOA 5P7OA 3LPJA 3BUFA 4EP2A 2NXLA 4HVPA 5P71A 4FRKA 3APRE 5P3VA 5P6ZA 1RNEA 4MC1A 2HS2A 2QI0A 2HC0A 1DMPA 1ODXA 5P0GA 5DQCA 5T4SA 1OD1A 1EBKC 5KOSA 3BUGA 3FNSA 2JJJA 2APRA 2IKUA 2XFIA 3D91A 5P8OA 5P0IA 3C9XA 1QS8A 1LF2A 3OUAA 5P8DA 1IBQA 1B5FB 3DK1A 5P0TA 1MPPA 5P8RA 5P3NA 5P8MA 3S56A 1ODWA 2OHKA 1C6XA 1FB7A 2O40A 5BS4A 2PWRA 2ZE1A 5HD0A 4F75A 2IGYA 1IDAA 4H3GA 4HEGA 1EPLE 2VNNA 4ZSQA 2I4VA 1PROA 1IZHA 4EJLA 2IKOA 2FDEA 2Q63A 5OYZA 1PSNA 1MERA 2QI3A 2BJUA 5IVRA 5P4BA 5P1LA 3OQKA 4K4RA 2QI5A 4U8WA 3SA3A 2QMPA 3ZPTA 4Q1WA 2PK6A 4RROA 2FGVA 4Y9WA 4B05A 2FMBA 5P7DA 3LITA 3NU4A 1YTIA 5P6JA 1C70A 3QRSA 5P24A 3ZOVA 3QI1A 3N4LA 1MSNA 5FIVA 3MSLA 3OADB 3S45A 2V11C 2I0DA 3S43B 1IVQA 1CPIA 5P0RA 2G1SA 5P3RA 2R3WA 4B1DA 5P4JA 3SLZA 2Z54A 3F9QA 1MT8A 4LHHA 2PH6A 4Y5PA 5P03A 3QVIA 5P0YA 3LZYA 2PSVA 1K6TA 1FKNA 1BILA 2OHPA 3KFRA 1ER8E 2H6TA 2VIYA 4DJWA 3OXXA 4Y3AA 5P5YA 1YTJA 1SGZA 5P3DA 3ZPSA 5HE7A 2ZHUA 3H5BA 3R0YA 4J1KA 5P5GA 1HPSA 5P0OA 3UQRA 1DAZC 4I0FA 1NPVA 3RSVA 1EPNE 4Y3LA 1YT9A 5OZYA 5P0PA 3QVCA 4QGIA 2A4FA 5P5EA 1IZDA 5OZVA 4JPCA 3OWNA 1APTE 1TZSA 4XXSA 1VIKA 5P56A 5P3ZA 3LIQA 5OZDA 4Y3JA 5P58A 4DFGA 4A4QA 2AOJA 9HVPA 4DQGA 2FNSA 1AJXA 4J17A 5DR0A 4J0VA 5P4XA 5SZ9A 1KZKA 2O4SA 5OYUA 5P0LA 4PHVA 2WF2A 1HIVA 3EKYA 3TH9A 2J9JB 5P37A 5P8CA 3PBDA 4QLHA 3KN0A 3L38A 3UPJA 3UQXA 3NDXA 4RGHA 1B6PA 2OHLA 3TKWA 1GVUA 3QIHA 1GVXA 4ZSMA 3O9HA 3VV6A 1HSGA 3LPIA 5P0FA 5P5HA 5P72A 4TVGA 7HVPA 5KR8A 1ZTZA 5P3BA 3INFA 4Y3NA 4GJBA 2WJOA 4MC2A 3LZVA 4CP7A 4LC7A 1F7AA 5P0KA 3LINA 5OZFA 3UQPA 1G2KA 2IQGA 4KUPA 1YTHA 5AH9A 2FS4A 3LHGA 4A6CA 5P1TA 1W6IA 5DQ4A 2VS2A 1B6KA 5P5ZA 3OUDA 1FIVA 4YE3A 1NPAA 5HU1A 2ER7E 1RL8A 4Y3FA 1LYWA 1PSAA 4Y3RA 4I0HA 4NKKA 5P4GA 2PK5A 1UH8A 1BV9A 4B1EA 1MIQA 5SY2A 1MSMA 3TPPA 5JFPA 1EAGA 2FDPA 2P83A 5P8UA 5P6AA 4Y3MA 2VJ9A 2P4JA 4FSEA 5P5CA 5P1IA 2B60A 5KQXA 3WB5A 5P2CA 5P8NA 4Y45A 5SXNA 5P8QA 3DCKA 3ER5E 5P4QA 2PYNA 5F00A 2UXZA 3VG1A 5DR7A 4Y6MA 5P1FA 3UDRA 3SA5A 4Y3HA 2J9KA 5P4AA 4A6BA 4MC9A 2P3BA 2VIZA 3QPJA 5P78A 4Y35A 1CMSA 3L58A 3IVHA 5OZSA 2O4NA 2ZJHA 1F34A 5P6BA 4DQEA 5IS4A 3TL9A 4Y3WA 4OD9A 3ZKXA 5P0EA 3VV7A 1ZJ7A 5P7QA 4JOOA 4DJXA 2OF0A 4Y4AA 2HPFA 1HTGA 3NYGA 4NJUA 3ZKIA 5P74A 3TLHA 3PRSA 5P36A 3JVYA 2NPHA 5P2TA 4HDBA 5P66A 1A30A 5P19A 4I8ZA 4HDFA 1SDVA 4QJ9A 3OU3A 3PSUA 5P0MA 5P2UA 4NPUA 4ZIPA 3S54A 3KDDA 3SA6A 2QNQA 4ZSPA 4I0GA 1SIVA 3G70A 3IVIA 3QP0A 4OC6A 4YCTA 1G35A 5BRYA 1EBZA 5JODA 5P77A 4OBDA 4GJ9A 2AIDA 2QP8A 5OZZA 5OZIA 2ANLA 1HEGE 2QU2A 1E81E 2VA5A 2I4DA 3PMUA 4FM7A 1SIPA 4Y3TA 3VFBA 4Y53A 5P4HA 3O9EA 2R9BA 3MXEA 3INDA 5P00A 2RMPA 1OHRA 3OUDB 3JVWA 2XYFA 5P2YA 4Y56A 4LAPA 3RTNA 2NNPA 4KE1A 2AOGA 3Q3TA 4J54A 5I70A 4YA8A 2P8HA 3URJA 3LZUA 5P3OA 4Y39A 5P57A 1B11A 5P5IA 4D83A 5OYTA 5P1KA 4K8SA 4RYGA 3CMSA 3DCRA 6FIVA 5P26A 1HSHA 3KYRA 2AVVA 3Q4BA 4RVJA 4Y48A 4Z50A 1AIDA 1XE6A 3VF3A 1A8KA 2G1YA 4BFBA 3K4VC 5KR2A 1GKTA 5P0CA 5P2AA 5P3IA 3SA9A 2XFJA 5P6QA 1M4HA 5P23A 3VYFA 4Y5CA 5P4SA 4J0ZA 3PCWA 2P3BB 5P62A 3L5FA 3PM4A 4YD3A 3NDTA 4Y4WA 3B80A 1EBWA 5P2EA 1K6PA 2VIEA 4OD9B 2FXDA 3KDCA 5P2GA 4DJYA 1FMBA 3PVKA 1TSUA 4DQHA 5CONA 4ZE6A 3TOFA 1D4JA 4K4PA 5P44A 1HBVA 3SKFA 2I4QA 4PPHA 5P60A 3RSXA 5I3YA 1NH0A 1YX9A 5P8KA 1YM4A 2B7ZA 4M8XA 4XX4A 4Y4BA 3N3IA 3NU3A 1PFZA 4L7JA 1J71A 5P6TA 4Y3DA 5P81A 5P6LA 1HHPA 3L59A 4COEA 5OZ7A 2G26A 4RCDA 5P5OA 3BGBA 1LYAB 1MRXA 5P8BA 5P31A 2B7FA 3EBZA 2PYMA 1XDHA 5P5LA 2F3FA 5CLMA 3O99A 3GI5A 1MT9A 1DW6C 4R92A 5P4IA 1FMUA 5OYYA 1BWBA 2FGUA 2AVQA 3TKGA 2WL0A 5P25A 1BV7A 3QRVA 1LYBB 3OY4A 2PQZA 3U71A 3ZLQA 3IN3A 3CICA 3D1YA 4B78A 1A8GA 2R8NA 3GI6A 5P5RA 2AOIA 2FIVA 4CPSA 4Y5NA 1MRWA 4YD6A 3BXRA 5P06A 3I6OA 1ZLFA 5P3SA 4EYRA 4HA5A 5OYWA 1MTBA 3RVIA 1D4KA 5P4YA 1ZAPA 5COPA 5P7GA 5P4NA 4EQ0A 4EWOA 2QAKA 3PLLA 5ER1E 4FRIA 2NTRA 2R3TA 1FF0C 4B77A 1MTRA 2G21A 5KAOA 3D3TA 5P11A 5P47A 2QD8A 4I0IA 2HIZA 3NXEA 3OUBA 1QBSA 3DOXA 1HVJA 5OZJA 4OBJA 5P1EA 3HW1A 5P8JA 3FIVA 3BXSA 3O9FA 5OZAA 5P2BA 1META 4I0ZA 1PPLE 1ZP8A 4N00A 2H6SA 5P0ZA 1B6JA 4Y3YA 2BB9A 2CEJA 1HOSA 5OZHA 1RV7A 3BRAA 5P39A 1WBKA 2F8GA 3PSYA 3S53A 2ZGAA 5P8IA 5HU0A 3OXWA 5P7TA 4EXHA 3QROA 4HZTA 5P5XA 3KMXA 1LV1A 2VKMA 4Y3SA 1K6CA 4EPJA 5OYVA 3D20A 4Y4ZA 7UPJA 5P34A 1W5YA 3KT2A 4PEPA 5P4PA 5P7SA 3HAUA 4FLGA 5ISJA 5P33A 1HIIA 2QD6A 2ER6E 4CPUA 5P30A 2OHNA 3G6ZA 4CPTA 5P7BA 3APPA 4PYVA 3B7VA 3RTHA 5P0SA 4Y5KA 4RVIA 5BWYA 4ZEAA 3TOHA 1EBYA 5HE5A 5OZOA 1B6LA 5P29A 4PZWA 5P7YA 4Y4JA 3T6IA 3K5GA 4Y4UA 5ER2E 3HVGA 3HVPA 5DQ5A 5P1HA 5P8PA 3ECGA 4FAEA 5P45A 4YD4A 1FG8C 1FQ5A 4X7IA 3UDYA 4AA8A 5OZKA 4YHQA 3EKVA 5P8HA 5E5JA 5P1QA 1WKRA 1A94A 5JG1A 3CIDA 1PPKE 3O9BA 5P82A 5JFUA 1XN2A 5P6HA 5P4UA 1AVFA 1SMRA 2RKFA 4KE0A 5P0AA 3JW2A 5KOQA 5P3HA 5I3VA 1QBTA 4B70A 1BXOA 5DGUA 3DJKA 1RQ9A 4Y41A 3BVAA 1ODYA 5P0NA 4AMTA 1LS5A 5P1JA 3EKXA 1QBRA 4Y54A 2V0ZC 5P1ZA 4QJAA 3CYXA 3PWMA 1ZSFA 1W5XA 3R0WA 5P12A 3SKGA 5P3CA 4Y3PA 5P0QA 5P6PA 2Q55A 5P2WA 4JP9A 4IVSA 3NWXA 6APRE 4I0EA 5P6DA 2F3EA 3BC4A 2P3CA 3K4VA 2G22A 5P7VA 2NMZA 5P22A 3HD8A 5P2ZA 2BPYA 4XX3A 1K1TA 1ENTE 2BBBA 5P8LA 5P8VA 4CPRA 4YOBA 1WBMA 2HB3A 3SPKA 5EZXA 1SDTA 4DI2A 1MEUA 2QMGA 4L1AA 2IRZA 3R1GB 3ZL7A 3LIXA 5P53A 1E82E 1FFIC 5P4TA 4ER2E 2ZJNA 1TW7A 3PI0A 5OYRA 1MVPA 2VIJA 2JJIA 1FQ8A 2QU3A 1BAIA 3EC0A 3NDWA 3HAWA 5P7EA 2WEZA 4E43A 2G94A 1SDUA 1KJFA 3GGXA 3IXJA 3RU1A 2V10C 3PI5A 2G1NA 4Q1NA 2NR6A 4CPWA 5AHBA 5P65A 4NJSA 3LPKA 4J5JA 5P35A 1IDBA 3L5CA 4NPTA 4M8YA 5P8EA 5P5DA 3MWSA 1EPOE 5P6VA 5P6XA 5C9FA 4Y51A 3PEPA 3PSGA 5P8FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4T A;  3NUJ A;  2HAH A;  3D1X A;  4GJD A;  1HSI A;  5P3E A;  5C9B A;  5P6W A;  2VJ6 A;  4DQC A;  1SGU A;  5I3X A;  4R93 A;  3OQA A;  5P3M A;  3EKQ A;  3UFL A;  5P04 A;  3ER3 E;  3HZC A;  1RPI A;  5P8A A;  5P4W A;  5P49 A;  5P7R A;  2OHS A;  5P51 A;  1KJ4 A;  5P3Q A;  3PMY A;  4LXK A;  5P7F A;  2PSG A;  2FNT A;  2WF3 A;  1YTG A;  3L3A A;  3UQU A;  3DV5 A;  3TOG A;  4AUC A;  5P5U A;  3O9D A;  3LIV A;  4L1A B;  1APU E;  2P3A A;  5P1C A;  2O4K A;  3O9C A;  5P1U A;  3DUY A;  4FIV A;  5AHC A;  4R95 A;  4LL3 A;  5P6K A;  5P28 A;  1LYA A;  4S1G A;  5P7C A;  5P5K A;  2WEB A;  1BDQ A;  5P46 A;  2BPW A;  1HTE A;  3UCB A;  3QBH A;  2V00 A;  3SQF A;  4D89 A;  5P6N A;  1OEX A;  2AVS A;  2ER0 E;  5P01 A;  4NJV A;  2UPJ A;  1QRP E;  2HB2 A;  3ZKS A;  5P14 A;  2ZHT A;  5OZP A;  3UHL A;  1W5V A;  5P38 A;  3ZKQ A;  1LYB A;  5P3U A;  1OEW A;  3QBF A;  4DJV A;  4MC6 A;  2OAH A;  5P2N A;  1NSO A;  5P3A A;  5P20 A;  5P41 A;  5E5K A;  3OXV A;  2QHZ A;  8HVP A;  5P2V A;  3EKW A;  1EPP E;  3R2F A;  5P1M A;  1AJV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3INH A;  2I4W A;  4J1E A;  5DR8 A;  5P6C A;  2Z4O A;  5IVT A;  5P3K A;  5P4D A;  1K1U A;  4YD7 A;  1EC0 A;  3SA8 A;  3OTY A;  1ZPA A;  4I8W A;  4K9H A;  3TPJ A;  4F76 A;  3CKR A;  1HVS A;  4OBH A;  5P8G A;  2PH8 A;  2HPE A;  2JYS A;  2I4U A;  3OGP A;  2BPV A;  5OZX A;  5P4V A;  3GW5 A;  2VNM A;  3S85 A;  5UPJ A;  3OQD A;  1UH9 A;  1HXB A;  3RTM A;  2BKS A;  4AA9 A;  3OHF A;  5AH6 A;  1W6H A;  5P2S A;  4L7G A;  5P3G A;  5P15 A;  3DV1 A;  1MUI A;  1IVP A;  5P2D A;  5PEP A;  4TRY A;  5P05 A;  2QZK A;  2WKZ A;  3ZKG A;  3VF5 A;  5DR4 A;  1C6Y A;  3OQF A;  5P1G A;  2G1R A;  4KB9 A;  5ISK A;  5P3L A;  1UH7 A;  4J1C A;  5P63 A;  1HPO A;  1EPR E;  5P68 A;  4OBZ B;  5P87 A;  1HVR A;  2RKG A;  3WB4 A;  4Y5G A;  2XYE A;  4GJ8 A;  4FM8 A;  3MXD A;  1DP5 A;  1XS7 D;  5IVS A;  4BEL A;  4EHC A;  1KJ7 A;  3EL0 A;  2AZ8 A;  4Y37 A;  1MT7 A;  5AH8 A;  4YDG A;  3VSX A;  4R5N A;  4BFD A;  2QZX A;  4ZPG A;  5OZT A;  3BGC A;  5P32 A;  3OXC A;  5P7J A;  1FLH A;  4L7H A;  3VV8 A;  2QD7 A;  1GNO A;  5AH7 A;  3LIY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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