4QEQA

High resolution structure of egg white lysozyme
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title High resolution structure of egg white Lysozyme
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4qeqA00
1F0WA 1HSXA 3ZVQA 2D4KA 4UWVA 1I20A 4LYMA 1LMCA 5LYTA 2CDSA 3K3TA 1GFHA 1LZ5A 1B5UA 4CHXA 4OWCA 4Z41A 1IWXA 3G3BB 4TUNA 1LZBA 4NSIA 4RLMA 2CJLA 1YQVY 2HU3A 3AB6A 4QGZA 4DDAA 5LXWA 1FN5A 1JTTL 1LHKA 1GF9A 4HP0A 1FBIX 5F9XA 1LZ4A 3FI7A 3AW6A 1CKGA 4DYGA 1GWDA 1NWGA 4ZFPA 5KXPA 3WUMA 1B7RA 3A8ZA 1LSNA 7LYZA 2H9KA 1IOQA 4J1BA 2EPEA 1HELA 3A3RX 5APFA 1GE1A 2MEIA 3ZEKA 1LZEA 3N9EA 1LZRA 1VAUA 4H9AA 2BQAA 1C43A 1FKVA 1LJGA 1QUTA 4GN3A 3WU7A 1G7LC 5IDDA 2BQKA 4XENA 1DQJC 1GEVA 3P66A 4B1AA 5KY1A 1LSEA 1LMOA 1LKSA 1LZ9A 1LMPA 1IC5Y 2B5ZA 2G4QA 5L3HA 1GF4A 1T6VL 1DZBX 2ZQ4A 4LFXA 1YL1X 1EQEA 1QIOA 1UIFA 2LZ2A 1EL1A 4B0DA 1G7JC 4XJIA 1BB3A 1REYA 1JIYA 135LA 2Z37A 1JKDA 3AGIA 3J4GA 3TXHA 1JHLA 2BAAA 2YBLA 4LT3A 1GFAA 1LSMA 2EQLA 4H8ZA 4YENA 5D5CA 1IY3A 4ZEEA 3M3UA 1DKJA 193LA 2XTHA 5LA5A 1F6SA 5C6IA 1FLYA 2DQEY 5I53A 1JJ3A 3M18B 207LA 4NG8A 1W08A 2GV0A 3WXUA 3WVXA 4OWHA 3E3DA 1WQQA 1ZVHL 2BQHA 1DI5A 1HF4A 2D6BA 1GFKA 2Z39A 2Z19A 4R0FA 1YAOA 1MELL 1XEIA 4WM4A 3WUAA 1GEZA 3IJVA 4ET9A 3W6DA 1V7TA 3P65A 1BB6A 1TCYA 2DQDY 3D3DA 2DQAA 2A7FA 4N1EI 1IP1A 4NHIA 4A7DA 1LJFA 3W6FA 1F6RA 4H9FA 4CFPA 3ATOA 1MLCE 1GB8A 5FSTA 1HSWA 1OUFA 4H8YA 3WVYA 1FLWA 3CSRA 1I56A 4LFPA 4DDBA 4H9HA 4WM2A 4NHSA 2BQCA 4RW2A 4X3BA 3WH1A 5HMVA 1LSCA 2XJWA 5B1FA 1JJ1A 1OUAA 4XADA 4NFVA 2Y8PA 4FJRA 1B7NA 1GAYA 1XGUC 1HFYA 5DN5A 1LJ4A 4FDYA 1NHEA 3A95A 1RFPA 3TXFA 1GDXA 1IP2A 1JEFA 3P64A 4LZTA 4L41A 3RNXA 5A3ZA 4GLVA 1IP3A 2ZYPA 5KXXA 1GFGA 1W6ZA 1D0KA 4ET8A 2DQJY 4J1AA 1GBYA 4AGAA 1LHIA 1B5WA 1FKQA 3OJPA 1CNSA 5J7CA 3AZ7A 2ZIJA 4XJHA 2BQFA 2HECA 1AZFA 1B5XA 1RCMA 1LSPA 2A7DA 2D4IA 1KIPC 4WG7A 2HU1A 1QTEA 1HEQA 1JPOA 1D0LA 5DL9A 5LINA 1XSFA 1XFPL 1D6QA 1ZMYL 1TEWA 5F16A 4CFOA 4OOTA 2YBNA 4OWEA 1YAQA 4WM6A 1HEPA 1DKKA 5FDJA 1LAAA 1OQMA 4WL6A 2HEAA 4H90A 1LSFA 1YKXX 1HERA 4N0JA 3TMWA 4ETEA 5KXWA 3WU8A 1GB0A 3GXKA 4W96A 1BHZA 1CKFA 5IHGA 2W1LA 3A91A 1GBWA 1LSDA 3HFMY 3W6EA 1NBZC 4WLDA 4QY9A 5FEKA 1OUDA 3W3EA 1ALCA 3LYMA 4GN4A 1GF3A 1P2CC 4HTKA 3RU5A 1J1OY 4NHTA 4PGJB 1C45A 1CJ6A 4NSGA 1D0MA 1WTNA 4NGJA 1LHMA 2I26L 2Z18A 4LGKA 3A90A 1CJ8A 1SLYA 1YKZX 4WG1A 1F10A 2F30A 154LA 2LYZA 132LA 5LVKA 133LA 1NKHA 1B7MA 2MEHA 5B1GA 1PZYA 1E8LA 1HNLA 1LPIA 208LA 1GF6A 4DT3A 4NGLA 5M1YA 1IWYA 1QSWA 4BS7A 5C6LA 1IVMA 4DD7A 1B5YA 4OWAA 4N9RA 1LZ8A 4G4BA 1IEEA 1CJ7A 1XGPC 4RLNA 5IELA 1TAYA 2LYOA 2YBHA 2HEFA 4PPOA 2H9JA 1LYZA 4B4IA 4XJBA 4LYTA 1LJHA 4OOOA 5I4XA 1LYOA 3WMKA 1AT6A 1LJNA 3HBDA 3LZTA 4H9IA 4UWUA 1B7SA 5LAGA 5K7OA 1GB9A 1GDWA 3D9AC 2BQDA 1LHHA 3LZ2A 4DD0A 1IWWA 1VDPA 4LYZA 3A93A 5T3FA 4GLAA 1JSFA 1HMKA 1GXV2 1J1XY 4KXIA 5HLLA 5F9UA 2LZTA 4ML7A 5HNLA 1G7IC 1IIZA 3AZ4A 5AMYA 1B7QA 2DQCY 3CT1A 1HFZA 5EBHA 3AYQA 4E3UA 2F2NA 1UACY 4M6DA 3TXEA 5II3A 1JKAA 3TXGA 1WQMA 4DD3A 4WM5A 2MEBA 3IJUA 2ZILA 1GE2A 134LA 3CSZA 1LZSA 3LYTA 1AM7A 4YF2A 6LYZA 1FLUA 1QDTA 4WO6A 4QDNA 4WLYA 2FBBA 1IWUA 1UUZC 3WUNA 2HTXA 2YVBA 1IP6A 1AKIA 1LZAA 4DD9A 1BB4A 4NSJA 1UC0A 2HUBA 3W6AA 1BB7A 1O23A 4HV1A 6LYTA 3TXBA 4RW1A 2HEBA 1LZYA 3AGHA 2EIZC 1UIAA 1UA6Y 4J7VA 4HV2A 4Z98A 1TBYA 1LZTA 2ZWBA 1LSGA 1HHLA 2YSSC 1RE2A 1JWRA 3B0KA 1JISA 1WQNA 4NIJA 4D9ZA 2IHLA 4UWNA 4XN6A 2Z38A 1B2KA 5E4PA 1IOCA 3ATNA 4IJ4A 5LYMA 3EO5A 1DI4A 2PC2A 4NWEA 1FDLY 4H9EA 4XYYA 5FCPA 4NSHA 5KXMA 1GPQC 1T3PA 1UIGA 1BWHA 3P4ZA 4GCFA 3N9AA 4G4CA 5KXRA 1LMTA 4H8XA 2FBDA 3LYOA 4J0LA 4NGIA 1GHLA 3VWOA 2BQJA 1REZA 4PHIA 1IC4Y 3A92A 5B05A 4CGEA 1B0DA 2BQMA 1TDYA 3WW6A 1REXA 3EBAB 4I0CA 2BLXA 4IASA 1GF5A 4NGVA 4NY5A 4NGZA 1HEWA 3CT5A 4G9SA 2Z2EA 5KKIA 2MEAA 1YAPA 1GFRA 1B5ZA 2MEFA 1LJKA 3ULRA 1G7MC 1ZV5L 3B6LA 4AXTA 1UIBA 2DBTA 2LYMA 1SQ2L 1D6PA 1VEDA 5B06A 4NEBA 2CWIA 1LYYA 1WTMA 1DPWA 1XGQC 4ETCA 4KL7A 1FLQA 2DQIY 1LJJA 4ANRA 1GF7A 1CJ9A 4N5RA 3CQLA 5LA8A 3ZVQB 4N8ZA 4B4EA 1C10A 4H91A 1IOSA 2I6ZA 1OUCA 3CT0A 4HSFA 4LYOA 4DDCA 3RW8A 4HPEA 1BWJA 1VATA 5LAFA 1LYSA 3QY4A 1DXJA 4WO9A 4DD2A 2BQIA 2C8PA 5KXKA 5KXOA 1GE0A 4TSCA 4IATA 2N5ZA 3AW7A 5L9JA 3TMUA 3AJNA 1A4VA 1NMMA 1IR9A 5ILFA 1EQ5A 1GFVA 5E9RA 5KXYA 5I4WA 1KXWA 4BAPA 4C5FA 3HBEX 4W94A 1GBZA 5HNCA 1OUIA 2ZNWY 3J6KA 1WVUA 1LMQA 2D4JA 4Z3MA 4H94A 1RI8B 2NWDX 2DQFC 2HEEA 1BQLY 3LN2A 2DQGY 5LYZA 4H1PA 1JUGA 1QQYA 1V7SA 4C3WA 1WQRA 4OWBA 2YBJA 1LMAA 5F81A 1GBOA 2AUBA 4TTDA 1GE3A 5KKJA 5ILCA 1QUSA 1KIRC 4EOFA 1IO5A 1IR7A 2MEEA 1NBYC 1BVKC 1BWIA 5DN4A 1CKDA 1GB2A 2RSCA 1IP4A 1B7OA 1HFXA 2BLYA 2C8OA 2MECA 1GBXA 2ZYCA 4LYBA 5DLAA 2Q0MX 1LHLA 1GB7A 4B49A 2Z12A 2MEGA 5LVIA 3P68A 2W1YA 3WPKA 4YM8A 4NGWA 3OK0A 2F4GA 1C08C 1LSZA 4HTNA 3KAMA 3SP3A 1IX0A 2YBIA 4HJVA 4WLTA 5D5FA 4ZIXA 1B9OA 2Z2FA 4O34A 5C6JA 4ETBA 1UICA 5KXNA 4YOPA 4ETAA 2IFFY 3A6BY 3QNGA 3WPLA 1PS5A 3AZ6A 3WL2A 4I8SA 1LZDA 1LMNA 1OUEA 4TX7A 5LVHA 2G4NA 1LZ1A 4WL7A 1EQ4A 1KXYA 1YL0X 4WLXA 5KXSA 3TMVA 3TMXA 1D9UA 1HEOA 4KT3A 2G4PA 1YANA 5LIOA 1HC0A 4PJ2C 3GXRA 1GFTA 3F6ZA 3QE8A 1JKCA 2BQLA 2ZNXY 4H9BA 5B59A 3A34A 4WM1A 3MGWA 4TWSA 1UCOA 1B5VA 4HJZA 5L3IA 9LYZA 1IR8A 1JSEA 1BVXA 1UBZA 2BQGA 4HJYA 1QTKA 3TXIA 4H92A 4XJGA 1UIEA 1HEMA 2MEDA 3A6CY 4NG1A 1GB3A 3TXDA 3TXKA 3WYHA 1I1ZA 1NDMC 1LTMA 1JTPL 1N4FA 2F4AA 1LZ6A 4G4HA 3CSQA 1LZNA 5I5QA 3BKVA 2HEDA 4WOAA 4YEOA 3A96A 4NHPA 1XGTC 4DD1A 3A3QA 5KXTA 4II8A 4TSBA 1YIKA 1GD6A 2X0AA 1UIDA 2D91A 1LOZA 4NGOA 2XBRA 1IOTA 2FYDA 4PRUA 1INUA 1A2YC 4GN5C 4MSTA 5B07A 4EMNA 4YEMA 2WARA 4XJFA 1JITA 4B4JA 1LSYA 4NWHA 1UIHA 1OP9B 1VDQA 1WVVA 2FYCA 3CB7A 4WM3A 1B7PA 1WQOA 1JTOL 1WQPA 1IWTA 5APDA 1GF0A 4LYCA 3EMSA 4M4OA 1Z55A 1OUHA 4BADA 4XJDA 1GFJA 4GCDA 4ETDA 1QDRA 4PRQA 1LZGA 3BKHA 4LT2A 4G49A 1NF5A 5F14A 2H5ZA 1BB5A 3AZ5A 2LHMA 1LSAA 5HMJA 1C7PA 1CKHA 2BQNA 2YDGA 3LYZA 1KXXA 5APCA 1OUGA 4H93A 3B0IA 5KJ9A 1GB5A 2VB1A 1GFUA 1VDSA 3RT5X 5LVGA 3WU9A 4N1CC 4H9CA 1IP5A 5APEA 4LT1A 1LJIA 4NGYA 3N9CA 1HMLA 1LZCA 3A94A 4LT0A 4DWXA 5LVJA 5KXLA 4NGKA 1LSBA 153LA 4CJ2A 2CGIA 1OUJA 1LHJA 2BQOA 1ZVYB 4HTQA 2W1XA 5I4YA 1C46A 2YBMA 1GF8A 2DQHY 3WW5A 1DPXA 3B0OA 1NQIA 3WULA 3HBHA 4RDSA 1J1PY 194LA 1G7HC 1QSAA 2ZIKA 3T36A 4HPIA 1IC7Y 5FHWA 3RZ4A 3EXDA 1YKYX 5JENB 1GFEA 1GBSA 4OW1A 3LHMA 4QEQA 1OUBA 1HENA 1XGRC 3WXTA 3A67Y 4P2EA 2EKSC 4GCCA 1GAZA 5DM9A 8LYZA 1GE4A 2W1MA 3G3AB 3IWRA 4GCEA 4GCBA 4R6CA 1BGIA 1LJEA 4BAFA 2I25L 1IORA 1GB6A 4KPMA 3B72A 3WPJA 4DC4A 1XEKA 1LCNA 4U3XB 4MCKA 3W6CA 1IP7A 4NHQA 1REMA 2XBSA 1VFBC 1DI3A 3TXJA 2BQBA 1RJCB 1GXXA 1XEJA 3FE0A 5FELA 1VDTA 2BQEA 4MR1A 5A3EA 1NDGC 1H87A 1LKRA 2BPUA 2ZQ3A 3W6BA 1KIQC 1AT5A 1JKBA 1CKCA 3T6UA 3AGGG 5KXZA 1H6MA 1YAMA 1YILA 1IY4A 4WMGA 5HQ1A 1B7LA 4Z46A 1YROA 5I54A 1IWZA 1JJ0A 1IWVA 2DKVA 1LJ3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1F0WA 1HSXA 3ZVQA 2D4KA 4UWVA 2CDSA 2B70A 1GFHA 3K3TA 3SBBC 4CHXA 4Z41A 4LDLA 4TUNA 2CJLA 5LXWA 4QGZA 1C6BA 2Q9DA 4HP0A 215LA 2RBSA 3WUMA 198LA 1B7RA 1G0KA 1C6JA 2EPEA 1HELA 1L12A 3A3RX 3ZEKA 1FKVA 3WU7A 1G7LC 2BQKA 190LA 3P66A 115LA 6LZMA 173LA 2G4QA 1T6VL 4LFXA 1EQEA 1L06A 3OE0A 1JHLA 2BAAA 4LT3A 4H8ZA 3M3UA 3CDRA 2DQEY 5I14A 233LA 1WQQA 1ZVHL 1L02A 2D6BA 3DN8A 1C6LA 2Z39A 1LYFA 2DQAA 1C60A 2A7FA 4N1EI 1IP1A 4A7DA 1LI3A 5FSTA 3NY9A 1JTMA 1L16A 3C7YA 192LA 3WVYA 4LFPA 3CSRA 1I56A 4DDBA 3OE6A 4I7LA 4NHSA 1LSCA 2XJWA 1OUAA 4FJRA 1B7NA 1GAYA 1L00A 5DN5A 131LA 3C81A 3A95A 3RNXA 4GLVA 5KXXA 4J1AA 1T8AA 1CNSA 3AZ7A 2HECA 3FI5A 2A7DA 123LA 1L23A 1QTEA 1HEQA 1L19A 5DL9A 1ZMYL 1YAQA 1LAAA 4H90A 1BHZA 4W57A 3W6EA 4ARJA 108LA 1QTDA 2RBQA 5FEKA 1OUDA 1L88A 3LYMA 1P2CC 162LA 197LA 2B74A 221LA 209LA 4LGKA 5B1GA 2MEHA 1B7MA 1HNLA 1LPIA 208LA 1L98A 4NGLA 151LA 1IWYA 183LA 4G4BA 5IELA 3D4SA 2LCBA 1LJHA 5I4XA 1LYOA 3WMKA 1AT6A 259LA 5K7OA 1GB9A 1GDWA 2B6XA 3LZ2A 4DD0A 3A93A 1JSFA 4KXIA 1L50A 201LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1F0W A;  1HSX A;  3ZVQ A;  2D4K A;  4UWV A;  1I20 A;  4LYM A;  1LMC A;  5LYT A;  2CDS A;  3K3T A;  1GFH A;  1LZ5 A;  1B5U A;  4CHX A;  4OWC A;  4Z41 A;  1IWX A;  3G3B B;  4TUN A;  1LZB A;  4NSI A;  4RLM A;  2CJL A;  1YQV Y;  2HU3 A;  3AB6 A;  4QGZ A;  4DDA A;  5LXW A;  1FN5 A;  1JTT L;  1LHK A;  1GF9 A;  4HP0 A;  1FBI X;  5F9X A;  1LZ4 A;  3FI7 A;  3AW6 A;  1CKG A;  4DYG A;  1GWD A;  1NWG A;  4ZFP A;  5KXP A;  3WUM A;  1B7R A;  3A8Z A;  1LSN A;  7LYZ A;  2H9K A;  1IOQ A;  4J1B A;  2EPE A;  1HEL A;  3A3R X;  5APF A;  1GE1 A;  2MEI A;  3ZEK A;  1LZE A;  3N9E A;  1LZR A;  1VAU A;  4H9A A;  2BQA A;  1C43 A;  1FKV A;  1LJG A;  1QUT A;  4GN3 A;  3WU7 A;  1G7L C;  5IDD A;  2BQK A;  4XEN A;  1DQJ C;  1GEV A;  3P66 A;  4B1A A;  5KY1 A;  1LSE A;  1LMO A;  1LKS A;  1LZ9 A;  1LMP A;  1IC5 Y;  2B5Z A;  2G4Q A;  5L3H A;  1GF4 A;  1T6V L;  1DZB X;  2ZQ4 A;  4LFX A;  1YL1 X;  1EQE A;  1QIO A;  1UIF A;  2LZ2 A;  1EL1 A;  4B0D A;  1G7J C;  4XJI A;  1BB3 A;  1REY A;  1JIY A;  135L A;  2Z37 A;  1JKD A;  3AGI A; 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 3LYZ A;  1KXX A;  5APC A;  1OUG A;  4H93 A;  3B0I A;  5KJ9 A;  1GB5 A;  2VB1 A;  1GFU A;  1VDS A;  3RT5 X;  5LVG A;  3WU9 A;  4N1C C;  4H9C A;  1IP5 A;  5APE A;  4LT1 A;  1LJI A;  4NGY A;  3N9C A;  1HML A;  1LZC A;  3A94 A;  4LT0 A;  4DWX A;  5LVJ A;  5KXL A;  4NGK A;  1LSB A;  153L A;  4CJ2 A;  2CGI A;  1OUJ A;  1LHJ A;  2BQO A;  1ZVY B;  4HTQ A;  2W1X A;  5I4Y A;  1C46 A;  2YBM A;  1GF8 A;  2DQH Y;  3WW5 A;  1DPX A;  3B0O A;  1NQI A;  3WUL A;  3HBH A;  4RDS A;  1J1P Y;  194L A;  1G7H C;  1QSA A;  2ZIK A;  3T36 A;  4HPI A;  1IC7 Y;  5FHW A;  3RZ4 A;  3EXD A;  1YKY X;  5JEN B;  1GFE A;  1GBS A;  4OW1 A;  3LHM A;  4QEQ A;  1OUB A;  1HEN A;  1XGR C;  3WXT A;  3A67 Y;  4P2E A;  2EKS C;  4GCC A;  1GAZ A;  5DM9 A;  8LYZ A;  1GE4 A;  2W1M A;  3G3A B;  3IWR A;  4GCE A;  4GCB A;  4R6C A;  1BGI A;  1LJE A;  4BAF A;  2I25 L;  1IOR A;  1GB6 A;  4KPM A;  3B72 A;  3WPJ A;  4DC4 A;  1XEK A;  1LCN A;  4U3X B;  4MCK A;  3W6C A;  1IP7 A;  4NHQ A;  1REM A;  2XBS A;  1VFB C;  1DI3 A;  3TXJ A;  2BQB A;  1RJC B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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