4QEQA

High resolution structure of egg white lysozyme
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title High resolution structure of egg white Lysozyme
rcsb
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4qeqA00
1LAAA 1LJKA 5B07A 1IP4A 1DPXA 5A3ZA 2ZIKA 4WM3A 1GB6A 2G4NA 4LYCA 4YEMA 2BQLA 1C7PA 1GFUA 2CDSA 1LZGA 3D3DA 4NGWA 4C3WA 1LHHA 1FBIX 1LHJA 1HEPA 4MR1A 4ZIXA 1B7PA 2N5ZA 3B0KA 1C43A 1OUIA 1JKBA 5KXNA 1CKGA 2BAAA 1HHLA 1FDLY 2RSCA 3EMSA 4QY9A 4H9BA 3P68A 3G3AB 1GE4A 5F9XA 1LTMA 4M6DA 6LYZA 3W3EA 4B0DA 1LKSA 1CKCA 1UIFA 4B4EA 3N9AA 1V7TA 1JHLA 1H87A 1D9UA 1IOTA 1WQQA 3TXJA 1TBYA 4CJ2A 5HMVA 1P2CC 4NGLA 1TAYA 4GLVA 2YVBA 1NQIA 1HSWA 1GFVA 1XGUC 4X3BA 4N8ZA 1BHZA 5I53A 3P65A 4LFPA 5KXYA 5LAGA 4DC4A 1HMKA 1PZYA 5KXTA 1HENA 1IO5A 3A3QA 2BQBA 1XEKA 2MEGA 1LJHA 4XJHA 1LHLA 3A6CY 3AYQA 4OOTA 1IWTA 3WU7A 4NGJA 2IHLA 1IIZA 1BVKC 1IP6A 207LA 5LA8A 4BS7A 1LKRA 1GF4A 2H9JA 1QTKA 2ZNWY 5HMJA 1KIQC 2Z39A 1BVXA 1VDSA 1GF6A 4ETAA 1O23A 2CGIA 1YL1X 2DQFC 4H9EA 1TEWA 3G3BB 1LJFA 4ETBA 5L3IA 1LMAA 1GF0A 1UACY 4KXIA 1YKZX 4O34A 3TXDA 1I56A 1B5UA 5LYZA 4NGIA 1LHIA 1CJ9A 3IWRA 4DWXA 8LYZA 3LYZA 3SP3A 3GXRA 1JKCA 5FELA 1KIRC 5FEKA 2LHMA 1BB5A 1GF7A 4NWEA 1J1OY 5L9JA 1MLCE 3HBHA 4ETEA 1AZFA 1UIGA 1LSMA 3WL2A 1B5YA 1FKQA 4H9CA 3TMXA 1GB3A 2YDGA 1AKIA 4AXTA 4EOFA 5IDDA 1OUBA 1WTNA 1GD6A 1JSEA 3LN2A 4MCKA 4H8XA 2HEDA 5B06A 5LYTA 3IJUA 1GF3A 1AT6A 4GCBA 3WVYA 1HFZA 1LSCA 4Z98A 5J7CA 2MEFA 4HPIA 1NHEA 2MEEA 2G4QA 3TXEA 3AB6A 1OUAA 1UIBA 4TUNA 5T3FA 1LMPA 2LZTA 2Z37A 1UBZA 4NGVA 1LHMA 4W96A 1IC5Y 1FLQA 1NF5A 2D4IA 4G49A 4WLXA 4TTDA 2XBRA 3CT0A 3WULA 4DDAA 1GBZA 1C10A 4GCDA 1LJJA 1JUGA 1XFPL 1AM7A 3TMUA 1G7IC 4OWBA 1LSAA 1LZ1A 1YAMA 5K7OA 2W1XA 1LZDA 1LZEA 1VFBC 1LSPA 1DZBX 3AZ7A 4LT1A 4XENA 4NSHA 1LJ3A 1IEEA 2Z38A 5KXRA 2HEBA 3CB7A 3FE0A 4PJ2C 4A7DA 4U3XB 2YBNA 4W94A 4YENA 1BB4A 3EBAB 4CGEA 1G7MC 1JIYA 1NMMA 5LYMA 1BB3A 4LT2A 2ZYCA 5FSTA 4DD0A 5LVIA 3EO5A 2MECA 7LYZA 4GN5C 1WVUA 3LHMA 2BQNA 1GB5A 4XJIA 1IY4A 1I1ZA 1LJEA 5DN4A 1DPWA 3A92A 132LA 4HJVA 4GCFA 4NG1A 5LVKA 3WH1A 5KXOA 1JTTL 1LZCA 1NBZC 1XGRC 2HEFA 4RW2A 5JENB 1SLYA 5C6JA 154LA 2BQIA 4N1EI 1VDPA 133LA 1LJNA 4H9FA 4H8ZA 3WW5A 2NWDX 5APDA 4CHXA 1YIKA 3F6ZA 1D6QA 2DBTA 4N5RA 5M1YA 4WLYA 1LSFA 1LZ5A 4YOPA 1EQ5A 5LAFA 1CKHA 1B9OA 1T6VL 3TXKA 5APEA 2BLXA 1HF4A 4WM1A 1GAZA 2MEBA 1DI4A 2HEAA 1BWIA 1VDTA 4NIJA 3CT5A 4H1PA 134LA 1IR8A 1N4FA 3K3TA 4G4BA 4B49A 1DI5A 1LZAA 193LA 4Z3MA 1IOQA 1YILA 4H90A 2H9KA 1DXJA 5APFA 5II3A 3W6EA 1IP7A 5B05A 1FLUA 1LYSA 4YM8A 3TXBA 5KXWA 1IVMA 4G4HA 1A2YC 1GFKA 3WUMA 4G9SA 1IP3A 208LA 1OUFA 2BQHA 3AW7A 4HV2A 4LT3A 4OWEA 3B0IA 4IATA 1GBSA 4PRUA 2BQFA 1UC0A 4R0FA 1GB8A 1WQOA 5APCA 3ZEKA 1VEDA 1BB6A 1Z55A 4OWAA 3QNGA 4ET9A 1GF5A 4TWSA 4DD9A 1NWGA 2G4PA 5D5FA 5KXKA 5DLAA 4DT3A 4ML7A 2XBSA 1JSFA 1EQEA 1NBYC 1IP5A 1UIHA 2F4GA 1GFJA 1OQMA 4XJGA 3KAMA 3RZ4A 1BQLY 4LYBA 1IWVA 4RW1A 1EQ4A 1GXV2 1HMLA 3W6FA 5DM9A 4EMNA 1YL0X 3A96A 1LCNA 2EPEA 2ZQ3A 2ZQ4A 2VB1A 2CJLA 4KL7A 3W6BA 4M4OA 1OP9B 4QDNA 5LINA 3A8ZA 4GCEA 6LYTA 1YQVY 3MGWA 1LSDA 4KPMA 4WOAA 1IC4Y 2BQKA 1CKFA 2BQEA 1FLYA 1KXWA 3M18B 5KXMA 3AW6A 4NSJA 3T6UA 1G7HC 4OOOA 2Z2EA 2ZILA 5F9UA 1FLWA 1BWJA 2IFFY 1GEVA 1VAUA 1PS5A 1IWYA 1GAYA 1W08A 2A7DA 4FDYA 4N1CC 5E9RA 4DD2A 4QGZA 2BQJA 1LMNA 1LZSA 3A67Y 1B7NA 2YBJA 4LT0A 4H9AA 3VWOA 4WL6A 4XJDA 4ZEEA 1GPQC 1DQJC 1WVVA 4NGYA 4NSGA 1AT5A 2HU3A 5I4YA 1JITA 4H9HA 4XADA 2Z18A 1QUTA 2BQCA 3WU8A 4ET8A 3LYOA 4GN4A 5B59A 1LSYA 1G7LC 1GDXA 4NHQA 4C5FA 1D0LA 1KXXA 4P2EA 3AGHA 2BQOA 1B5VA 2YBIA 4BAPA 2D6BA 5LA5A 1QSAA 4RLNA 1HEQA 1YROA 5B1GA 3WXTA 3CT1A 2D4KA 4WM6A 1REYA 3J6KA 1JISA 3BKHA 2BQDA 4HP0A 1HNLA 4ETCA 2YBHA 1HERA 1JKDA 1LMCA 1B7OA 2FBBA 1IWUA 3AZ6A 3LYTA 1GDWA 4HPEA 5E4PA 4BAFA 1LMOA 2A7FA 3QE8A 4DDBA 4QEQA 4HJZA 2EKSC 4NHIA 3WPKA 1A4VA 4HJYA 4HTNA 5LVHA 2HU1A 5KXZA 4LYZA 4LYOA 1XGQC 4XJBA 3LZTA 1LZTA 1GB9A 1GFRA 4R6CA 4ETDA 1GF8A 2EQLA 1IOSA 1D0KA 4WG7A 1GB0A 1LSGA 2MEIA 4NSIA 4I0CA 1F6RA 2YBMA 3WYHA 1WQMA 3ZVQA 2DQJY 4NGKA 1HEMA 2MEDA 4TSBA 1ALCA 4RDSA 1GBXA 2AUBA 3HBEX 4N0JA 2BQAA 2XTHA 2Q0MX 1QDTA 2Z12A 4NHSA 1DI3A 2WARA 1C46A 1FN5A 1WQPA 4H9IA 1B7RA 4HTKA 1HEOA 1GB2A 1LZ9A 1MELL 5FDJA 3ULRA 4CFOA 4WMGA 2BLYA 3AZ4A 4H94A 4DYGA 1OUGA 1YKXX 3W6AA 2W1LA 2W1MA 1GFGA 2W1YA 4B4JA 1LZRA 5F14A 1LOZA 4NHTA 2D91A 3WXUA 1GFEA 1LMQA 5C6LA 1LSEA 1OUHA 1ZMYL 4J0LA 3A93A 4LYTA 1FKVA 3RU5A 3RNXA 3AZ5A 2BQMA 1RJCB 3WPJA 1B7LA 2C8OA 4WM2A 1KIPC 1LMTA 3W6CA 5EBHA 2HTXA 3AGGG 3BKVA 5LVGA 1JJ1A 1DKJA 4GLAA 5KXSA 4B1AA 1INUA 2C8PA 1BWHA 4HSFA 1RFPA 4NHPA 4YEOA 5HLLA 2CWIA 4XN6A 1C45A 1HEWA 5I4XA 4OWCA 1GBYA 2FBDA 5I5QA 5I4WA 2DQCY 2ZNXY 4H92A 4PRQA 4D9ZA 5F16A 4TSCA 5KY1A 2MEHA 1IORA 1OUCA 2HECA 4WO6A 135LA 4B4IA 2F30A 4NGZA 1C08C 1ZVYB 3P4ZA 1F0WA 1LZ6A 1LSNA 1TCYA 4OWHA 2YSSC 3TXIA 1HELA 5ILCA 1LYYA 2PC2A 1NKHA 3A34A 1GF9A 1UUZC 2LYOA 1QUSA 4KT3A 4WO9A 1QQYA 1YANA 3P66A 3A90A 1VATA 2GV0A 3W6DA 4LFXA 1IR7A 2Y8PA 3CSZA 1OUEA 3ATNA 1GE3A 4GN3A 1GFAA 1GBOA 1QSWA 4TX7A 4MSTA 4PPOA 2I25L 4UWNA 4WM5A 4WLTA 3WMKA 1GFHA 4FJRA 4NY5A 5KKIA 2F4AA 4DD1A 5HNCA 3A95A 1LZ4A 5L3HA 4WL7A 1BGIA 5KXPA 4CFPA 1GBWA 1J1XY 1REZA 1XEIA 2I6ZA 1CJ6A 2ZWBA 1GWDA 3ATOA 3LYMA 3ZVQB 1DKKA 4NWHA 5KKJA 3WU9A 5KJ9A 4II8A 2BPUA 1W6ZA 2XJWA 1IWXA 4DDCA 1JTPL 1LSBA 3OK0A 4GCCA 4J1BA 1YAQA 1LJGA 3AJNA 4E3UA 1GB7A 4N9RA 1XEJA 1IOCA 1T3PA 1VDQA 5DN5A 4H93A 1CJ8A 1IP2A 3B72A 1HSXA 3EXDA 2FYCA 1LZNA 5I54A 4UWUA 2BQGA 4HTQA 1LYOA 1UA6Y 5DL9A 1RI8B 1REMA 3TMVA 2DQIY 5LXWA 5KXXA 1IY3A 1XGTC 3QY4A 3OJPA 4IJ4A 1IWZA 4AGAA 1WTMA 1CJ7A 1HFXA 1LJ4A 5A3EA 1WQNA 4LGKA 1KXYA 1UIDA 1UIAA 4DD7A 4BADA 1HC0A 1GE2A 1LZ8A 194LA 1JPOA 3CSRA 1BB7A 1H6MA 4H8YA 3A91A 5B1FA 1LYZA 1XSFA 2Z19A 3WW6A 153LA 2YBLA 5LVJA 4WG1A 3TMWA 1F6SA 2LYZA 1IR9A 4I8SA 1YAPA 3TXHA 1UICA 1E8LA 3B0OA 5IHGA 1JJ3A 2Z2FA 1JEFA 1G7JC 2D4JA 4XYYA 2LYMA 4ZFPA 2B5ZA 3FI7A 3N9CA 1GHLA 4NG8A 3A6BY 1B7SA 2DQDY 4PGJB 4PHIA 4DD3A 3HFMY 1EL1A 1F10A 1GXXA 4YF2A 1REXA 2LZ2A 5IELA 3AGIA 1IP1A 1JWRA 1GFTA 1LZBA 3J4GA 3LZ2A 3RT5X 3WUAA 1B7MA 1RE2A 1OUJA 3N9EA 4HV1A 4LYMA 5D5CA 3T36A 5KXLA 2HUBA 4IASA 1OUDA 1B5WA 1V7SA 1QTEA 2MEAA 1JJ0A 1RCMA 2X0AA 3M3UA 5FHWA 1B0DA 1JTOL 2F2NA 3TXGA 3CQLA 1I20A 9LYZA 1UIEA 2DKVA 1D0MA 4J1AA 1LHKA 4J7VA 1B5ZA 4L41A 2DQEY 5ILFA 2ZYPA 1IX0A 1CNSA 1B7QA 3B6LA 1B2KA 1D6PA 1IC7Y 4G4CA 4NFVA 2EIZC 4XJFA 1LZYA 1JKAA 1ZVHL 3RW8A 4ANRA 3A3RX 1LPIA 5HNLA 1WQRA 4LZTA 1GEZA 5FCPA 3WUNA 4NEBA 3D9AC 3GXKA 1NDMC 2ZIJA 1TDYA 1QDRA 4OW1A 4UWVA 2DQHY 2DQGY 1QIOA 4RLMA 4Z46A 2DQAA 2HEEA 3CSQA 2H5ZA 3WVXA 1YAOA 2FYDA 4WLDA 1J1PY 5F81A 1IWWA 3P64A 3E3DA 4H91A 5C6IA 3WPLA 2I26L 1HFYA 4NGOA 3IJVA 1SQ2L 1GE1A 5LIOA 1B5XA 4Z41A 1CKDA 1LSZA 1XGPC 5HQ1A 3TXFA 1NDGC 3HBDA 5AMYA 4WM4A 1UCOA 3A94A 1ZV5L 1GE0A 1LJIA 1YKYX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
229LA 2G4NA 4YEMA 4NGWA 4C3WA 1LHHA 1FBIX 1HEPA 1QTDA 214LA 1C43A 2OU9A 1FDLY 1C69A 4W59A 4B4EA 3N9AA 118LA 1IOTA 1P2CC 1TAYA 190LA 2YVBA 1NQIA 1XGUC 1GFVA 4X3BA 5KXYA 2OEAX 1HMKA 1PZYA 1HENA 3DMXA 1XEKA 1LHLA 3A6CY 4NGJA 1L91A 1IP6A 2RBQA 2H9JA 1G0JA 1VDSA 249LA 1L35A 1LI6A 3C82A 3C80A 4ETBA 4KXIA 3HH5A 3IWRA 1CJ9A 4LDEA 3LYZA 5FELA 2OE4X 2B6XA 2LHMA 1BB5A 1GF7A 1G0PA 151LA 1MLCE 1UIGA 1LSMA 1B5YA 1FKQA 230LA 4H9CA 1C6NA 1L77A 1WTNA 4MCKA 5B06A 2OE9X 2NTHA 3WVYA 4Z98A 2MEFA 1LGXA 1UIBA 5T3FA 1LMPA 2Z37A 5LXWA 1FLQA 4G49A 1C10A 4LDLA 242LA 3AZ7A 1L49A 4LT1A 2Z38A 2YBNA 4W94A 4YENA 4CGEA 5LYMA 1L40A 5LVIA 1L83A 2MECA 7LYZA 3GUPA 1WVUA 1IY4A 1I1ZA 1L05A 5DN4A 5LVKA 1XGRC 255LA 3CDTA 4H8ZA 1C6FA 7LZMA 1PQKA 1L82A 1XEPA 3F9LA 4ARPA 1EQ5A 3TXKA 1QT3A 1GAZA 3DMVA 4NIJA 3K3TA 4B49A 130LA 1DI5A 1IOQA 1YILA 5B05A 1LYSA 5KXWA 1GBSA 2Z6BA 4PRUA 3RUNA 1UC0A 3ZEKA 1WQOA 102LA 4OWAA 3QNGA 166LA 1NWGA 5DLAA 238LA 1QUHA 1CUQA 1GFJA 4XJGA 3DN6A 4RW1A 1HMLA 195LA 158LA 2VB1A 2CJLA 4KL7A 3W6BA 1OP9B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LAA A;  1LJK A;  5B07 A;  1IP4 A;  1DPX A;  5A3Z A;  2ZIK A;  4WM3 A;  1GB6 A;  2G4N A;  4LYC A;  4YEM A;  2BQL A;  1C7P A;  1GFU A;  2CDS A;  1LZG A;  3D3D A;  4NGW A;  4C3W A;  1LHH A;  1FBI X;  1LHJ A;  1HEP A;  4MR1 A;  4ZIX A;  1B7P A;  2N5Z A;  3B0K A;  1C43 A;  1OUI A;  1JKB A;  5KXN A;  1CKG A;  2BAA A;  1HHL A;  1FDL Y;  2RSC A;  3EMS A;  4QY9 A;  4H9B A;  3P68 A;  3G3A B;  1GE4 A;  5F9X A;  1LTM A;  4M6D A;  6LYZ A;  3W3E A;  4B0D A;  1LKS A;  1CKC A;  1UIF A;  4B4E A;  3N9A A;  1V7T A;  1JHL A;  1H87 A;  1D9U A;  1IOT A;  1WQQ A;  3TXJ A;  1TBY A;  4CJ2 A;  5HMV A;  1P2C C;  4NGL A;  1TAY A;  4GLV A;  2YVB A;  1NQI A;  1HSW A;  1GFV A;  1XGU C;  4X3B A;  4N8Z A;  1BHZ A;  5I53 A;  3P65 A;  4LFP A;  5KXY A;  5LAG A;  4DC4 A;  1HMK A;  1PZY A;  5KXT A;  1HEN A;  1IO5 A;  3A3Q A;  2BQB A;  1XEK A;  2MEG A;  1LJH A;  4XJH A;  1LHL A;  3A6C Y;  3AYQ A;  4OOT A;  1IWT A;  3WU7 A;  4NGJ A;  2IHL A;  1IIZ A;  1BVK C;  1IP6 A;  207L A;  5LA8 A;  4BS7 A;  1LKR A;  1GF4 A;  2H9J A;  1QTK A; 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 4XYY A;  2LYM A;  4ZFP A;  2B5Z A;  3FI7 A;  3N9C A;  1GHL A;  4NG8 A;  3A6B Y;  1B7S A;  2DQD Y;  4PGJ B;  4PHI A;  4DD3 A;  3HFM Y;  1EL1 A;  1F10 A;  1GXX A;  4YF2 A;  1REX A;  2LZ2 A;  5IEL A;  3AGI A;  1IP1 A;  1JWR A;  1GFT A;  1LZB A;  3J4G A;  3LZ2 A;  3RT5 X;  3WUA A;  1B7M A;  1RE2 A;  1OUJ A;  3N9E A;  4HV1 A;  4LYM A;  5D5C A;  3T36 A;  5KXL A;  2HUB A;  4IAS A;  1OUD A;  1B5W A;  1V7S A;  1QTE A;  2MEA A;  1JJ0 A;  1RCM A;  2X0A A;  3M3U A;  5FHW A;  1B0D A;  1JTO L;  2F2N A;  3TXG A;  3CQL A;  1I20 A;  9LYZ A;  1UIE A;  2DKV A;  1D0M A;  4J1A A;  1LHK A;  4J7V A;  1B5Z A;  4L41 A;  2DQE Y;  5ILF A;  2ZYP A;  1IX0 A;  1CNS A;  1B7Q A;  3B6L A;  1B2K A;  1D6P A;  1IC7 Y;  4G4C A;  4NFV A;  2EIZ C;  4XJF A;  1LZY A;  1JKA A;  1ZVH L;  3RW8 A;  4ANR A;  3A3R X;  1LPI A;  5HNL A;  1WQR A;  4LZT A;  1GEZ A;  5FCP A;  3WUN A;  4NEB A;  3D9A C;  3GXK A;  1NDM C;  2ZIJ A;  1TDY A;  1QDR A;  4OW1 A;  4UWV A;  2DQH Y;  2DQG Y;  1QIO A;  4RLM A;  4Z46 A;  2DQA A;  2HEE A;  3CSQ A;  2H5Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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