4QFKA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
505
structure length
505
Chain Sequence
GLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
source organism Pseudoalteromonas
molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
total genus 144
structure length 505
sequence length 505
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qfkA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qfkA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qfkA02
1N3WA 3UIFA 5F7VA 1NMUA 2I58A 3HO7A 4IGTA 1DPEA 1FQAA 1O7TA 3MP6A 1D9YA 4ZEBA 1YAEA 2QL3A 2VD2A 1UIVA 3QSLA 4G8HA 4F1UA 1D4NA 3P7IA 3TTLA 4JB7A 4C1UA 1D3KA 1XS5A 1A54A 1EZ9A 2AYSA 2DWAA 5J1DA 3T93B 3T9VA 5KDTA 4XKPA 1VR5A 1MQGA 4OXVA 3EPEA 5CI5A 1LAXA 1DOTA 2HEUA 1URGA 2W7YA 3OEKA 2BJJX 1FTKA 1OLAA 1BLFA 2DVZA 3H6VA 3QK6A 3QAXA 2VGQA 2Z8FA 3IOTA 4BDRA 1SDXA 3CFXA 3HHFA 4DIGA 3EHUA 1UTBA 3WAEA 4IO5A 2UVHA 3FXQA 3JV9A 2I48A 1FQCA 4DCYA 3VVDA 4ZECA 3KJTA 3M3FA 1PEBA 2Q89A 3GBBA 2IEEA 4G68A 1N76A 2O6AA 3PUWE 2X7PA 3MC2A 1MM7A 3LC8A 5H8HB 5CBSA 1B51A 1IXGA 1Y9UA 3H6TA 2HZKA 4X9TA 1B4HA 5ITOA 3DRHA 2PYYA 3OSQA 1L5TA 2XXRA 3O6PA 4OTEA 4QFKA 4YB7A 3SEWA 4ELRA 2DE3A 2I4CA 4YU0A 5KCJB 4ZE9A 1FTMA 1LBBA 5TPAA 4U22A 2ZXTA 3ZS6A 5ELVA 5KCJA 3VXCA 3MVXA 2ZYNA 1H76A 2WOKA 1GGGA 1M5DA 3Q27A 2V3TA 3C33A 4IO3A 4Z0IA 3O6GA 1BIYA 4KI0E 3SESA 3G3GA 1B40A 4H8IA 3U93A 3CHGA 1M5BA 4GQOA 5DEXB 3VDFA 3O66A 3TTMA 2G93A 4KHZE 2GHAA 4H5FA 3QIMA 1QUJA 3PV0E 2THIA 3IOVA 4LZ7A 3TMGA 4RXLA 3FGSA 1FW0A 2X26A 3FUZA 2OWSA 3THIA 1EZOA 3G3FA 3VVEA 3DP4A 3G3KA 4RYAA 4YKIA 1IEJA 2DS9A 3LVUA 3H3GA 3FTOA 1OLCA 3MVWA 4ZEIA 4E0XA 2KLFA 3C35A 4XKRA 4OEVA 4PFTA 1MXUA 1ZLQA 3O29A 1B3EA 2F35A 3G3HA 3PD8A 2XXXA 2I3VA 4JBZA 4R6HA 2Y7KA 4IB2A 4C1TA 4OWDA 3S2VA 2AIXA 3FIRA 4JWYA 4QF9A 1MXYA 3O6HA 4EQBA 3HHGA 1LAHE 3KSJA 5CMKA 3V5AA 2RC9A 3IB1A 5JTYB 2DXRA 3TDJA 2ZNTA 3C34A 3VLWA 2UVJA 1H43A 1MQIA 4PQJA 2XXHA 3MJNA 3OO7A 3C36A 3K02A 3TTKA 3OXNA 1JW4A 1I6QA 2O69A 2OJTA 3HN0A 5I56A 5H8QA 2A5TA 5AE4A 2XXUA 2O7UA 1POTA 4NF8B 4NMYA 2UYEA 3ONMA 1URSA 3ZKLA 1PB9A 2ALUA 4BDLA 1ELJA 3RYBA 1TFAA 3U94A 4QRZA 4U1ZA 3ODBA 1B3GA 2FA7A 2DVCA 2Y84A 2AL4A 2O1LA 4GIZA 4Q5TA 4UA8A 3TZAA 5AA2D 2A5TB 5FTHA 3JYRA 4JSDA 4G4PA 2XX9A 3SKPA 4U23A 2PX1A 3IX1A 4OZ9A 3DRFA 4FAJA 2E0SA 1ANFA 1HSJA 2H9BA 3OO8A 4NEDA 2QS1A 1ATGA 4H6DA 1S7YA 4R75A 3SETA 3K1NA 1XOCA 1YTVA 3OO9A 4YZZA 4Z7EA 4RPOA 4RNSA 2WOLA 1R9LA 5A5XB 5EYFA 3E3KA 4YKKA 3CFZA 4OERA 2UVGA 3EHSA 2OZZA 3Q25A 4F1VA 4NWCA 3RGYA 1M5EA 1Y4CA 2QMXA 4AB6A 3TUSA 4XKNA 2ABHA 3K6VA 5B70A 5I57A 2XHDA 4KCDA 1VFDA 3IJXB 1N7XA 3LBSA 5HPQA 3WAFA 3S9MC 1WODA 1I6AA 1ZKBA 3E9XA 4KYSA 5L9MA 3CG1A 5A5XA 1NNKA 1MPCA 3BFUA 1MDQA 3H06B 2V3UA 3CRBA 2UYFA 4ZDMA 4ZEKA 4YB6A 2V93A 3EF7A 3K6UA 3MPLA 4R73A 1QJMA 3USDA 2I6EA 2O51A 2O84X 2YPNA 2ZYMA 3JZJA 3TPAA 3PUZE 2HAVA 4GXSB 1O64A 4KCCA 3TTNA 4ESWA 3TEPA 1N04A 1A8FA 3KOTA 3RTFB 1ZIUA 4NWDA 2OBGA 4YMBA 3HPIA 2V25A 1SI0A 1A7LA 3FJMA 1T0KA 4H8JA 1CE2A 1MXWA 4LZ5A 1PB7A 5TU0A 3TCGA 1RYOA 2HZLA 3VXBA 4I1DA 1OQGA 3PUVE 3IJOB 4R2BA 4F29A 1SVXB 4DZ1A 4AQ4A 1B7ZA 3OO6A 3DRGA 1NNTA 3V89B 4OESA 4IGRA 1BP5A 2QRYA 2XXTA 1QKBA 1UQWA 3RQTA 1M5FA 1Y4TA 1SQYA 2DXYA 4JWXA 4WEPA 1XVXA 3U92A 3TODA 1DMBA 1Q35A 3EHTA 5K2XA 4H67A 1QUKA 4TLLB 5ITPA 2Q2AA 2H99A 2AL5A 1US4A 2H98A 3PPOA 1ZBMA 3R26A 5ICTA 1USYE 3T66A 5M2VA 4ZEDA 1A55A 4YAHX 1ZJLA 5CC2A 2DE2A 1Y1MA 4F3SA 1B58A 2REJA 3N6UA 4H0WA 3CFLA 4KYDA 4NF8A 4OENA 3U1OA 1SBPA 4F2OA 3I6VA 3RYAA 4GWOA 3S4UA 3A09A 3C31A 3IO6A 3RTWB 3ZSFA 4PFWA 2ZNUA 4QHQA 4ZEFA 3OOAA 3DRIA 3O9PA 3KSXA 1KWHA 4F3GA 3U8QA 1PC3A 5I2NA 4H65A 3FD3A 4M1VA 2DWIA 4IO6A 2DWJA 4QFPA 3F11A 2R71A 1P1OA 3IOUA 4EQ9A 2I49A 1CB6A 4ONYA 3IK6B 4MLQA 1URDA 3G7WA 1NNFA 2YJPA 5EHMA 4BLAA 4OEUA 1N3XA 1TT1A 2PVUA 3PMWA 4PE5B 4EUOA 5IKBA 1TFDA 1EH3A 5L9SA 2GRVA 3MZBA 3D4CA 3KJ7A 3CSGA 3MWBA 1FTLA 3N94A 4N13A 4N6PA 3T96B 2GHBA 3MUQA 1QUIA 1N84A 3ZKKA 1IXHA 5AA2A 2F7BA 4EF2A 2FNCA 2Y7IA 4G2ZA 3FJGA 3MZ1A 2RINA 4OFJA 3SDFA 1AMFA 2I3WA 3QXMA 3I3VA 5JK4A 5TP9A 1DTGA 5JTYA 4PETA 1P1NA 2P2AA 4LP2B 2RF1A 2I0CA 4NF6A 5FHOA 3KBRA 1BTJA 4PFUA 4FE8A 3CSBA 2H4IA 1NH8A 1RYXA 3PD9A 1GVCA 1LLSA 3S9EA 1AOVA 4PFYA 4YKPA 1P1WA 2X7QA 1B05A 2QS3A 4ISUA 1TWYA 3RT6B 4XIGQ 1SW1A 4FEDA 1UTBB 1OVTA 1B52A 1Q1KA 3TCFA 1OVBA 1VFEA 3MP1A 4POWA 4GL8A 3G3IA 3K1PA 4G77A 3SEVA 3UP9A 2R6GE 3H4ZA 4UACA 2RCAA 3FXRA 3VLVA 4NTLA 3FV2A 3T9XB 4N07A 3KFMA 3PAMA 4KPTA 5KDTB 4EXKA 3RLFE 3U72A 1QKAA 3PGFA 3IB0A 3KN7A 4EXLA 3D4GA 2M8CA 1XC1A 3ILUB 2ZMBA 3OMBA 4RK2A 4G8MA 4NF5A 5I2KB 3RT8A 3FXUA 3T22A 1B0HA 5KZTA 4ZZAA 2HAUA 2F7CA 5EHSA 4GVOA 3FATA 2CZLA 4OMBA 4OFLA 1Y3QA 3H6UA 4MF3A 5CMCA 3SEXA 3VV5A 5L9OA 3O28A 4KR5A 3Q28A 4R72A 2QS4A 1LCTA 1N7WA 3TYHA 1LB9A 3EN3A 5LOMA 2B3BA 3MZ9A 4Q30B 5BUUA 3K2DA 3A3CA 3PPNA 4POXA 4C0RA 3UORA 4F3PA 2F36A 3GLBA 1XHYA 5DEXA 1LSTA 1LGBC 4GXAA 3IL1B 1DTZA 3DP8A 1A8EA 1JVYA 2V84A 3PPRA 1H44A 2O1MA 1ZMGA 4ECFA 2ZNSA 5CMMA 5ISUA 5H8FB 3QYTA 1B7HA 5I59B 2Q88A 1GTKA 3TQLA 1MXXA 3G3JA 2NVUB 1SW4A 4KYEA 2F6PA 2UVIA 5DVIA 4R9FA 1WVJA 3MBPA 4JWOA 3LSLA 1B1HA 2H25A 4GRKA 2F34A 2G29A 4QSCA 2Y7PA 4R6KA 4THIA 3SEUA 4P0IA 4GLIA 2D21A 2Y7RA 2CMOA 3LSXA 4X48A 3I5OA 5H8NB 1WDNA 1IIWA 1M5CA 4Q0CA 5FTIA 1R1NA 4PP0A 3SERA 2ONSA 2F7AA 3O2AA 3UK4A 2PMSA 4F18A 3KZGA 4FATA 1B3HA 1FCKA 1PBPA 1SW2A 3N26A 1MH4A 5DVJA 1DPPA 2Y7WA 2NOOA 3K01A 3LR1A 2QJEA 4F2QA 2B3FA 3IORA 3LUYA 1JVXA 4FORA 5DVFA 1MY0A 3UA8A 4DLDA 3W15C 2PT1A 3RN8A 5I58A 3TAJA 4EF1A 4X1BA 2ONKE 3PPQA 4P11A 1MY4A 4TOZA 4WXJA 3ILTB 1IUDA 1NH7A 4GFRA 3O97A 3PUYE 4DDDA 2I4BA 3MVZA 4JSOA 1P99A 2DQVA 4GD5A 4I9DA 4NF4A 4EDPA 1Y20A 3SEYA 4JXIA 1JNFA 1SYIA 3OENA 3V8XB 2ZYKA 3TCHA 1MY2A 4GOTA 4XXUA 1MXVA 2RC8A 4NF4B 4R6YA 2Q8JA 3E4RA 4ELQA 3CIJA 1EZPA 3M3LA 1JQFA 4X1DA 4YKJA 5I2KA 5CBRA 1UIUA 1Y1ZA 2QPQA 2WKYA 4XTCQ 1GV8A 2E1SA 1P1UA 3RNNA 2B65A 1PBQA 1S50A 2Z22A 1LFHA 1USYH 4TQUQ 1MPBA 4JDFA 3IR1A 3MPKA 4R74A 4DCXA 4I62A 1AH5A 1HSLA 1FTJA 1MQHA 3CI8A 3TKDA 2O7IA 4BDMA 1B9JA 3TFLA 3KN3A 3DELB 4O3AA 3C32A 2RCBA 4OYVA 1VSOA 3MAMA 3TQWA 5I56B 1MPDA 4GF8A 5JEIA 2B4MA 2Z23A 1FQEA 2F97A 2IA4A 3FVKA 2F5XA 3B7DA 3GZGA 4MBPA 5CRYA 4ESXA 4YMAA 3R7XA 2LAOA 3K4UA 3MW0A 1NFTA 3KGCA 3MVYA 3VLUA 5I57B 3LSWA 5HM4B 1B5JA 1SYHA 2VHAA 4DXCA 1P1QA 3K1MA 1D9VA 4BDQA 4O3CA 3T9UA 2XXWA 3Q26A 2OCUA 4QFNA 3QUFA 3S9LC 1POY1 2ESNA 1FTOA 2ONRA 1LAFE 4HTGA 3TTRA 2R9JA 1Y3PA 2I0BA 1MM6A 4P0GA 2XXQA 3KOSA 4OVJA 1MRPA 1O63A 2DYXA 1B46A 1FQBA 3C9HA 3DM0A 4LA9A 5H8QB 1GR2A 1B3LA 1Z7NE 3HSTA 5TPAB 3L6HA 1B1XA 1B4ZA 1NKXA 3GXAA 3MP8A 3E13X 4G8NA 3RPWA 5B7DA 4FJPA 2HCAA 2DWHA 4ZE8A 1S9TA 5AA3A 5H8NA 1DSNA 3FV1A 4I8CA 3N5LA 1JEUA 4HCWA 3EQ1A 4HW8A 3LSFB 3M8UA 3B6WA 3FVNA 4KD5A 4DXUA 4U4XA 2PT2A 4ND9A 1IITA 1NNPA 1XVYA 2DOJA 4KFQA 4RY1A 3UN6A 2V3QA 2VOZA 4QFOA 3K6XA 4G68C 4IO4A 4LUBA 4K3FA 3HCQA 1A99A 2NUVA 4ZS9A 2Z8EA 4BDNA 5IAIA 1QULA 4EQ7A 2HXWA 4U2RA 5DT6A 2A5SA 1UTHB 4L17A 4H1XA 4LONB 4R9GA 4ELPA 1MDP1 1LAGE 1N0TA 1NL5A 2XXPA 2RC7A 4TLMB 4WKMA 4XKQA 4OHNA 3CG3A 4HCYA 4F22A 4F39A 3M3KA 5AA1A 2F8DA 1SD3A 5I58B 1UTHA 5K2YA 4IY5A 1LCFA 3PPPA 5ICQA 4OQOA 1YCJA 4RPNA 1A40A 4MFIA 1JW1A 4QFLA 3W9VA 1AIVA 1JW5A 1R6ZA 1US5A 3QUJA 4E0WA 5L8DA 4DE8A 2DP8A 2O68A 2UXAA 4HS7A 4LVQA 4ZZEA 5AA4A 1IXIA 4NF6B 1I6BA 3BFTA 4IY6A 4U4SA 4Q8RA 4NE4A 1B32A 1B3FA 2F6GA 1I69A 4FECA 1BKAA 4F31B 4LATA 5AA4B 2Q2CA 2XXIA 1PDAA 2QMWA 4RK9A 5I84A 3L6GA 1H3DA 1TXFA 3H03A 3OELA 2YLNA 3A3UA 2QSXA 1OMPA 2XXVA 2XX7A 1FQDA 3BKIB 3GBAA 1B0LA 3H7MA 2RKMA 1XT8A 1LB8A 3IB2A 3KEIA 3N6TA 4OFOA 1J1NA 4R2FA 5H8SA 2NXOA 4WEDA 2GFEA 2ANJA 3W9WA 1B5HA 3K6WA 2OWTA 4LZ8A 4MLVA 4NF5B 1QW0A 3IOWA 4KQPA 5FHNA 2H5YA 1MQJA 3H6WA 1MXZA 2OK2A 2VD3A 1MG1A 3O6IA 3OSRA 2XD2A 4RA1A 1EU8A 4G68B 4QSEA 1II5A 1B7UA 4AB5A 3FZVA 5H8FA 1AL3A 3PMXA 4DXBA 1ZU0A 1PB8A 1LFIA 3MQ9A 1MY3A 4M4GA 5H8HA 1B5IA 4GL0A 4BDOA 3VE1B 1JEVA 2HFBA 2B4LA 3Q29A 5BWJA 5I59A 3DLNA 1F9BA 3HV1A 3KG2A 4LQ5A 1LFGA 4FIMA 3T9HB 3IO4A 4F3BA 1FQFA 1IZ1A 2OLBA 3DP6A 2WOPA 1HSEA 1MQDA 3DRJA 3C4MA 1MS7A 3FVGA 1OIBA 3AXFA 3FVOA 4RJZA 3UGWA 5CM6A 3V83A 3OD7A 1MH3A 4ELOA 3OEMA 2HQ0A 1Y3NA 3CVGA 2VP1A 2DSFA 2Z8DA 1JETA 1RKMA 1IQ7A 4MH5A 4O3BA 5FHMA 5HBCA 3S9NC 3PMVA 2XXYA 4FEBA 3K00A 1B6HA 3IAZA 3DRKA 1OQHA 2D3IA 3FJ7A 3R6UA 1VE4A 1SI1A 2DE4A 3B6QA 3BBRA 2D5WA 2FYIA 5F1QA 2PBWA 4U21A 1IXCA 2GH9A 3VFJA 4IO7A 1YPNA 4LQ2A 1R9QA 3ECRA 2ZYOA 3CR9A 2NWJA 4F19A 1B2HA 4IO2A 1LBCA 1QVSA 1SW5A 4YICA 4U1OA 4F1YA 4OETA 2P0SA 1MY1A 2REGA 1ZTYA 3RY3A 2XX8A 5DTBA 1H45A 2QS2A 5TP9B 2XD3A 3K0VA 3B6TA 3KN8A 3PUXE 4H5GA 2P1SA 5DYHA 3RUMA 3VVFA 3FASA 5CMBA 1Z7ME 3PU5A 3TELA 5I2NB 5AA2B 2F78A 4YB5A 4QSDA 2Q9TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UIFA 2I58A 4IGTA 3MP6A 4ZEBA 2Y5KA 5F24A 3P7IA 4GWXA 4PGNA 4JB7A 3TTLA 1D3KA 2AYSA 1NUZA 5CI5A 1DOTA 3V5AA 1URGA 2BJJX 1FTKA 1FPKA 3IOTA 3EHUA 1UTBA 3IFCA 3LC8A 1Y9UA 2CZKA 1L5TA 2XXRA 2FVZA 4QFKA 4ELRA 4YU0A 5ELVA 5KCJA 4BDMA 3SDFA 1BIYA 4H8IA 3CHGA 4KHZE 2THIA 5IGAA 3E79A 4P9KA 3VVEA 1IEJA 2DS9A 1EYIA 4GX3A 4YB6A 2F35A 4PDHA 2XXXA 3SZPA 2Y7KA 4C1TA 4QF9A 3O6HA 4MIJA 4P3LA 3RYDA 1LBVA 1H43A 3GYYA 4PQJA 1FJ9A 2XXHA 3OO7A 5ET5A 3TTKA 3OXNA 2A5TA 5AE4A 1URSA 3ZKLA 1PB9A 4QRZA 1B3GA 2FA7A 2DVCA 4UA8A 2O1LA 4MNPA 5FTHA 3JYRA 3IX1A 4JVIA 4FAJA 4R6YA 1ATGA 1XOCA 4Z7EA 4YZZA 5A5XB 3E3KA 2F3DA 3CFZA 4OERA 3EHSA 3Q25A 4NWCA 2QMXA 5I57A 4KCDA 1ZKBA 3E9XA 5L9MA 3CG1A 1XI6A 4ZDMA 4LN5A 4R73A 2O51A 2O84X 4GWYA 5IZ3A 2ZYMA 4EQ7A 3TTNA 4YMBA 2HAVA 3TEPA 1N04A 4NWDA 2OBGA 3HPIA 3FJMA 1CE2A 1PB7A 4F29A 1OQGA 3V89B 4NQ8A 2DXYA 1SQYA 1XVXA 3PPOA 1US4A 1ZBMA 1USYE 4YAHX 1B58A 4OVQA 3U1OA 3I6VA 3S4UA 3C31A 2F3BA 3RTWB 2WYPA 1IMCA 3DRIA 3F11A 2R71A 4DLDA 3IK6B 4MLQA 4BLAA 4AS4A 4EUOA 5IKBA 1EH3A 3MZBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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