4QFKA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
505
structure length
505
Chain Sequence
GLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
source organism Pseudoalteromonas
molecule tags Peptide binding protein
total genus 144
structure length 505
sequence length 505
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qfkA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qfkA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qfkA02
2DWAA 5ITOA 3OEKA 3MQ9A 3JYRA 3I5OA 5CBRA 3M3LA 2DE3A 3AXFA 5ITPA 5DEXB 3Q25A 3PPRA 4XTCQ 4OTEA 2D5WA 2F7CA 4KD5A 1MDP1 4NMYA 3OO9A 4GRKA 3IO4A 1FCKA 4RK9A 1Y3PA 3THIA 1SW5A 4Q30B 3FD3A 3IOVA 2QS4A 1TFAA 3IB0A 4PFWA 5AA3A 4OERA 2VHAA 4P0GA 1B52A 3H4ZA 3TTMA 3QIMA 2GFEA 4JWOA 3V83A 2I3VA 4RXLA 3ZS6A 3DLNA 1LAFE 2I58A 4I8CA 3RY3A 3VE1B 4LONB 1EZOA 3S4UA 1Y3QA 3SEWA 1SBPA 1MG1A 4DCYA 2Z8FA 4NF6A 3B7DA 1EU8A 4POXA 5H8HA 3K6UA 4R9FA 5EHSA 1QUIA 4DCXA 4N13A 4GWOA 1LAHE 1RYXA 1LBBA 2Q2CA 3H6UA 3VLVA 4RY1A 1LSTA 3SEUA 4GL0A 4HTGA 4EXLA 1IXGA 3G3FA 4ESWA 1D9YA 5H8NB 1B9JA 4JSOA 2I0BA 1URSA 2RKMA 3T22A 4YAHX 1AIVA 4AQ4A 1Y1ZA 2P2AA 1FQFA 3TCGA 2H4IA 2Y7IA 3T96B 1I6BA 2R71A 5DVIA 2O69A 3FIRA 4U1OA 4DE8A 2E0SA 5B70A 3FXRA 2QMXA 4BDLA 1USYE 1R1NA 4U2RA 1JEUA 4G68C 3GBBA 5FHMA 1LB8A 3PUWE 4R6KA 4OQOA 3VXCA 4HW8A 1GGGA 1A40A 1N7WA 2NOOA 3OD7A 4FAJA 4G68A 4BDRA 3PPQA 4KCDA 4YMBA 1LLSA 4RK2A 4OESA 1Y4TA 2V25A 1MXUA 5AA2D 4H1XA 3OSRA 3UK4A 1MPCA 3IL1B 1NNFA 2HAUA 5A5XA 5TP9B 3VV5A 4G4PA 3V5AA 1N04A 1VR5A 1ZTYA 5L8DA 2OK2A 3DRFA 3N5LA 1LCFA 5FTIA 4ZDMA 3M3KA 3S9MC 3VLWA 4KQPA 1MXZA 3TZAA 3CRBA 3IJXB 3IR1A 4E0WA 1LFHA 4IGRA 1LCTA 1D9VA 3N6UA 3PPOA 4LP2B 3GBAA 4WEPA 4EUOA 3K6VA 1Z7NE 2DP8A 3C9HA 1B7HA 5H8HB 3R7XA 3LR1A 1B40A 2HEUA 1BLFA 2WOKA 2GH9A 2QL3A 3RTWB 3KSXA 2F7AA 5I84A 3PAMA 3DP8A 2ONRA 3FVNA 1R9LA 1I6QA 2Y84A 3ILUB 5H8FB 3SKPA 1B5HA 4KR5A 1H43A 1US4A 3FZVA 3SDFA 3EQ1A 1D4NA 2DVCA 3DP6A 1OMPA 4PETA 2R6GE 4NEDA 5K2XA 1B32A 1M5BA 2HZKA 3G3GA 4U1ZA 5HBCA 5KCJA 1LBCA 5EHMA 4ESXA 4EXKA 4UA8A 3K4UA 2PT1A 2XX9A 1P1WA 1QUKA 2Z23A 3SEYA 2H99A 3H3GA 5FHOA 1SI1A 3T66A 3A3CA 1PB9A 1M5DA 5DYHA 4ONYA 3TTKA 3KG2A 2DWHA 3L6HA 1TWYA 3TQLA 1XOCA 1ZBMA 5CMMA 2V3UA 2Y7PA 2G29A 3MVWA 4H8IA 4X9TA 1XHYA 2O1LA 1DSNA 5DEXA 5FTHA 2XD3A 1FTJA 5A5XB 3CFLA 2QSXA 4ND9A 3LSWA 1Y3NA 3TFLA 3RYAA 1A54A 2XX7A 2F5XA 4ZEKA 3C35A 3ZSFA 1D3KA 4P0IA 4F3PA 3IORA 1OIBA 3R26A 3EHSA 1YAEA 1F9BA 2I6EA 5F1QA 4HCYA 4FE8A 4F3SA 1SW1A 2Q9TA 3VLUA 5JEIA 3HO7A 5ICQA 1FTMA 2XXWA 3G3JA 1II5A 1NMUA 3CSGA 3KJ7A 2ESNA 1IITA 1LB9A 2A5TA 4IY5A 2LAOA 2XXTA 3C32A 3DRIA 3V8XB 1BKAA 2X26A 4RYAA 2F36A 1L5TA 1P1NA 1HSLA 3MAMA 1QKAA 1MRPA 3K6XA 4ELRA 1GVCA 4U23A 5I57B 3TDJA 1KWHA 4MF3A 1US5A 1IZ1A 4NF5B 3UORA 4LA9A 5KCJB 1Y20A 4LQ2A 4X1DA 5H8NA 1N3WA 1O63A 4F2OA 3FGSA 5L9SA 3DRKA 2NUVA 3O6HA 4NWDA 4KYEA 3QAXA 4GVOA 4GD5A 4U4XA 4RJZA 4ELQA 4NWCA 1UIUA 1NNTA 3E4RA 2G93A 3TCHA 4NTLA 4G8HA 3IJOB 4JWYA 1OLAA 2DE4A 3KN8A 3ILTB 1LAXA 3QSLA 4YICA 3BKIB 1H44A 4R75A 1IXHA 3O28A 3K00A 4F29A 5I2KB 3OSQA 2O7IA 1I6AA 2THIA 1B3EA 1JNFA 2Z8EA 1SQYA 4YKKA 1EH3A 2ZNTA 5I56B 3CFXA 3UP9A 2D21A 4YB7A 4MLVA 2ZNUA 4QFNA 1H3DA 1T0KA 4ZS9A 2ANJA 5ELVA 2HCAA 3FASA 4FEDA 3MP8A 3C4MA 2M8CA 5TP9A 5AA4B 4YZZA 2AL5A 3RUMA 1JVYA 3QUJA 3Q26A 3S9NC 4R2FA 2HFBA 3U92A 2HZLA 2W7YA 4DZ1A 1RKMA 1B1HA 1XVXA 2HQ0A 4PFTA 4UACA 3L6GA 2B4LA 2HAVA 2Q8JA 1MXWA 2I49A 2A5TB 3PMWA 2F97A 2RC8A 3TKDA 3UA8A 3IAZA 3IO6A 3W15C 5AE4A 1B46A 1H76A 3FJ7A 3IB1A 5H8QB 3OO7A 1MY4A 3E9XA 1SW2A 3TTLA 4GLIA 2F6GA 3O66A 3O29A 5H8FA 4M1VA 1OVBA 1MY0A 2OBGA 1CB6A 4C1UA 1B6HA 1B0HA 1BIYA 3OEMA 2VGQA 1EZ9A 3G3IA 3OO8A 4QF9A 4NF8B 1MQHA 1NH8A 2I0CA 2XXUA 3CIJA 1TXFA 2AIXA 5JK4A 2P1SA 4G8MA 3HN0A 2PVUA 1IXCA 3UN6A 3QK6A 4OXVA 3PU5A 2XXIA 5L9MA 2UVIA 2ONKE 2ABHA 3OO6A 4MH5A 1PB8A 4IO7A 3LSFB 4ZEIA 1JW1A 4NF4A 1MDQA 1ATGA 1MQDA 1VFDA 2F6PA 4H0WA 4EDPA 2BJJX 1MY3A 3LSXA 4F18A 1NNKA 4OVJA 1PC3A 4EF2A 3A3UA 3RLFE 1DPPA 3BFTA 3HHGA 3RNNA 1B5IA 3U94A 4X1BA 4ELOA 2OJTA 3K1MA 4I62A 3MVZA 1M5EA 1JW5A 3TODA 5BUUA 1ZLQA 4O3BA 1LFIA 4TLMB 3KOTA 3TEPA 5CMCA 3IOWA 5L9OA 1QUJA 1XT8A 1OVTA 3G3KA 3S9EA 4Z0IA 4R73A 1GV8A 1J1NA 3O6PA 5I58B 2QS1A 2OCUA 2RCBA 4ECFA 4EF1A 4U4SA 3U1OA 2D3IA 3RTFB 4QSEA 3UIFA 3IOTA 2Z22A 2FA7A 4ELPA 2V3TA 1A8EA 2XXQA 3JV9A 4GXSB 4Q5TA 4PFYA 5I59A 4XKRA 1MM7A 4ZE8A 5J1DA 3DRHA 3MVXA 1IQ7A 3C31A 3PUVE 3PD9A 3CSBA 3CG1A 1AH5A 2OLBA 4OENA 3OXNA 2Y7WA 3JZJA 4FIMA 2GRVA 2NXOA 5IKBA 5H8SA 1YTVA 5I2NB 3LBSA 1FQDA 2GHAA 3KOSA 2OZZA 3PGFA 1TT1A 4BLAA 5I57A 3QYTA 2RF1A 1POTA 3T9VA 4QSDA 4OEVA 2RCAA 1A8FA 4NF5A 1P99A 5F7VA 3SEXA 4XKQA 1SI0A 3F11A 3IB2A 4X48A 1FTKA 2V3QA 4NF4B 3P7IA 4OFJA 4LZ5A 3CI8A 4E0XA 2H25A 1Y1MA 1OLCA 2F8DA 1HSEA 1SYIA 4M4GA 4KCCA 1ZJLA 5BWJA 4FORA 3MJNA 4GOTA 5M2VA 3VXBA 1JQFA 4N6PA 3W9VA 1A99A 4BDMA 2V93A 1B7UA 2H9BA 5CMKA 3PUZE 3CVGA 3E3KA 1YPNA 4DIGA 2PT2A 2XX8A 1O7TA 4C0RA 3D4CA 4DXBA 5I2KA 4PP0A 4H65A 1ZKBA 1LFGA 3HV1A 2ZYNA 4R74A 1MXVA 3MPLA 3KZGA 5B7DA 4KPTA 5I56A 2X7QA 4YKPA 5FHNA 3BFUA 4Z7EA 3VFJA 3FXUA 3HCQA 3DELB 4TLLB 3O6GA 4FECA 2FYIA 1SW4A 1FTLA 3O2AA 4F3GA 4QHQA 5AA4A 1JEVA 3OOAA 1N0TA 5JTYB 2DOJA 3MP1A 4BDNA 3PMVA 3ZKLA 2WKYA 5CMBA 1A55A 1PDAA 5I59B 3Q29A 2NVUB 3PUXE 1O64A 3T9HB 1N7XA 1DTGA 4TQUQ 4F39A 3FATA 2NWJA 4G77A 1NL5A 3MZ1A 2F78A 4QFPA 3MZBA 2QMWA 2RC7A 3RQTA 4LZ7A 2REJA 1IEJA 3N6TA 4H5GA 4MBPA 1S9TA 3B6QA 4R72A 3V89B 3RGYA 2O6AA 4RPNA 1MXYA 2DS9A 1JW4A 5H8QA 3C33A 4YB5A 4JB7A 2UXAA 3KFMA 3O6IA 4IB2A 4O3AA 5AA1A 1B3GA 4LZ8A 4YKIA 1MY2A 3VVEA 1AMFA 3FUZA 3LVUA 3PPNA 4G8NA 2P0SA 1VFEA 4XXUA 2WOPA 4XKPA 4NF8A 4LATA 2Q89A 1YCJA 1B51A 1DPEA 1MXXA 2XXHA 2DXYA 3KN7A 5CM6A 4LVQA 1QULA 1LAGE 3KSJA 2VOZA 4QRZA 3WAEA 3H06B 4H67A 3ZKKA 3LUYA 3M3FA 4IY6A 2WOLA 3C36A 4ZE9A 3ECRA 2XXYA 1ZIUA 2A5SA 3K02A 2F7BA 4R2BA 1Y9UA 3HHFA 1MM6A 3RYBA 2ZYKA 4PFUA 3IOUA 4BDQA 2O1MA 4OMBA 1TFDA 3Q28A 1GR2A 3T93B 1XVYA 3RT6B 1MY1A 4F3BA 4DLDA 3ODBA 3OENA 3G7WA 3H7MA 3K1PA 1MQJA 3LSLA 3MC2A 3RN8A 2Y7KA 4KHZE 4H5FA 1SYHA 3MZ9A 5TU0A 4MFIA 1DOTA 3B6WA 4U21A 1FTOA 4OYVA 3MP6A 2IA4A 3WAFA 3PD8A 4HCWA 2RC9A 3N26A 3KEIA 1IUDA 1ELJA 2DQVA 1OQGA 3RT8A 2DXRA 2GHBA 4YB6A 1B3HA 1JETA 4WKMA 3B6TA 3MW0A 3USDA 2I48A 2V84A 2YPNA 4IO2A 4FJPA 1POY1 4GQOA 5I58A 1N3XA 3A09A 4MLQA 4WEDA 3CHGA 4RA1A 4YMAA 1UTHA 1NKXA 4OFOA 1B3FA 4G2ZA 3TPAA 2OWTA 3VVDA 4RPOA 2UVJA 2VD3A 1FQBA 2XXRA 1AL3A 3OELA 4OEUA 1RYOA 5I2NA 5KDTA 1EZPA 2F34A 3I3VA 2QJEA 3TUSA 4ZEFA 1GTKA 4ZZAA 3TELA 3K0VA 4P11A 1SD3A 3EHTA 4DDDA 4ZEBA 5IAIA 1LGBC 5DT6A 1M5CA 2B65A 1OQHA 4IO5A 1B4HA 4JWXA 3H6WA 3U93A 1VSOA 4IO3A 3DRJA 1A7LA 1IXIA 2VD2A 2O84X 4PE5B 3S9LC 1SVXB 3KBRA 2B4MA 2R9JA 5AA2A 1PEBA 4FEBA 1URDA 4Q0CA 1DTZA 3KGCA 1XS5A 4OETA 5CBSA 4OFLA 1R6ZA 2I4CA 3MWBA 2UVGA 3W9WA 4ZZEA 3DRGA 1M5FA 1WVJA 4QFKA 3KN3A 3DP4A 3T9XB 4GFRA 3PPPA 3FVOA 1FW0A 2FNCA 4I1DA 3UGWA 4NE4A 3IK6B 1Q35A 3H6TA 4QFLA 4PQJA 1ZMGA 3QXMA 4R6YA 5CRYA 2B3BA 3FJMA 3T9UA 1USYH 5K2YA 3GZGA 4ZECA 1Y4CA 3H03A 2X7PA 5JTYA 1B58A 2XXXA 4XKNA 2KLFA 1UTHB 4H6DA 2I4BA 3CFZA 4THIA 3GXAA 1FQEA 1UTBA 2PBWA 4F1VA 4R6HA 3EF7A 2ONSA 3E13X 1NH7A 1IIWA 5HPQA 4NF6B 2UVHA 2H5YA 2ZNSA 5LOMA 1PB7A 4I9DA 5DTBA 3SESA 3GLBA 4ZEDA 1B3LA 1NNPA 1P1QA 4AB6A 4F22A 3O9PA 4OHNA 4DXCA 5KDTB 2DYXA 5DVJA 1VE4A 3FVGA 4JXIA 4F2QA 1QVSA 4GXAA 4OWDA 4QSCA 2ZMBA 3HPIA 3EHUA 2Z8DA 4L17A 4U22A 2CZLA 3ONMA 1JVXA 4LQ5A 4YU0A 3TCFA 2E1SA 2DE2A 2OWSA 2XXVA 2QS2A 1H45A 1S7YA 3EPEA 2B3FA 1QJMA 3FXQA 1UQWA 1PBPA 2ZXTA 2XXPA 5AA2B 4TOZA 1FQCA 4XIGQ 1B0LA 5CC2A 3SEVA 3N94A 1UIVA 1S50A 3DM0A 5CI5A 2DSFA 5TPAA 3MPKA 3VVFA 4GL8A 1P1OA 2RINA 3FVKA 3MVYA 2CMOA 2O7UA 2VP1A 3FTOA 2O68A 1MQIA 3O97A 3U72A 3FV2A 1MH4A 2QS3A 2HXWA 1P1UA 4K3FA 3SETA 4G68B 2UYEA 4FATA 4F1YA 3PUYE 3EN3A 4F1UA 5HM4B 5KZTA 1B5JA 1MS7A 2REGA 3BBRA 4KFQA 1Z7ME 4ISUA 1XC1A 4KYSA 4EQ7A 3PV0E 4EQBA 2PYYA 2Q88A 3D4GA 1PBQA 4AB5A 1I69A 2Q2AA 4JDFA 2QRYA 2XD2A 2ZYMA 1DMBA 2Y7RA 2ZYOA 2I3WA 4GIZA 1B1XA 3KJTA 5EYFA 1WODA 3OMBA 4DXUA 4HS7A 2UYFA 2O51A 4BDOA 1CE2A 2DVZA 4F19A 3CG3A 1UTBB 3LC8A 3RPWA 1SDXA 2YJPA 4N07A 1BTJA 3MBPA 4JBZA 2QPQA 3PMXA 3G3HA 3I6VA 4KYDA 3Q27A 3K2DA 3U8QA 2XHDA 4IGTA 1QKBA 3QUFA 1MPBA 1N84A 2AL4A 1B7ZA 2PMSA 4LUBA 2DWIA 3MUQA 4H8JA 1N76A 4POWA 5ISUA 4O3CA 1NFTA 1FQAA 2YLNA 4QFOA 3TMGA 3CR9A 5DVFA 2ALUA 3HSTA 3TAJA 1WDNA 4Q8RA 1MPDA 3TQWA 3IX1A 1B4ZA 3M8UA 4GF8A 4EQ9A 1MH3A 4IO4A 2PX1A 4YKJA 3TTRA 2AYSA 3SERA 1MQGA 3R6UA 3VDFA 3S2VA 1ZU0A 3TTNA 2H98A 1QW0A 3FJGA 5ICTA 1R9QA 4R9GA 4IO6A 2DWJA 4KI0E 1AOVA 3TYHA 1HSJA 1Q1KA 3FV1A 1ANFA 3C34A 4OZ9A 1B2HA 1B05A 3K01A 5TPAB 3H6VA 1URGA 4WXJA 4C1TA 2IEEA 4F31B 2F35A 4JSDA 3K1NA 4RNSA 1BP5A 3K6WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DWAA 5ITOA 3OEKA 3MQ9A 3JYRA 2XWKA 3I5OA 5CBRA 3M3LA 2DE3A 1NV7A 3AXFA 5ITPA 5DEXB 1FPEA 2WBBA 3Q25A 3PPRA 4XTCQ 4OTEA 2D5WA 2F7CA 4KD5A 1MDP1 4NMYA 3OO9A 4GRKA 3IO4A 1FCKA 4RK9A 2FIEA 3MSTA 1Y3PA 1SPIA 3THIA 1SW5A 4Q30B 3FD3A 3E79A 3IOVA 2QS4A 1FBEA 1TFAA 3IB0A 4PFWA 5AA3A 4OERA 2VHAA 4P0GA 4O7IA 1B52A 2XA5A 3H4ZA 3TTMA 3QIMA 2GFEA 4JWOA 3V83A 2I3VA 4RXLA 3ZS6A 3DLNA 1LAFE 2I58A 4I8CA 1DBZA 3RY3A 3VE1B 4LONB 1EZOA 3S4UA 5EQAA 5EYHA 1DCUA 1Y3QA 1FBPA 3SEWA 1SBPA 1MG1A 4DCYA 2Z8FA 4NF6A 3B7DA 1EU8A 4HE0A 4POXA 5H8HA 3K6UA 4OANA 1LBXA 4R9FA 1G0IA 5EHSA 1CNQA 1QUIA 2GQ1A 4DCXA 4N13A 4GWOA 1LAHE 1RYXA 1LBBA 2Q2CA 3H6UA 3VLVA 4NGUA 4RY1A 4N6DA 1LSTA 4PCDA 2ZZXA 3SEUA 4GL0A 3MYUA 4HTGA 1BK4A 4EXLA 1IXGA 3G3FA 4ESWA 1D9YA 5H8NB 1B9JA 4JSOA 2I0BA 1URSA 2RKMA 3T22A 4YAHX 2WBDA 1AIVA 5IZ3B 4AQ4A 1Y1ZA 2P2AA 1FQFA 3TCGA 2H4IA 2P3NA 2Y7IA 3T96B 1I6BA 2R71A 2Y5KA 4QXDA 5DVIA 2O69A 5ET5A 3FIRA 4U1OA 4DE8A 2E0SA 5B70A 3FXRA 2QMXA 4BDLA 1USYE 4AS5A 1R1NA 4U2RA 4O94A 1JEUA 4G68C 3GBBA 5FHMA 1LB8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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