4QFKA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
505
structure length
505
Chain Sequence
GLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
source organism Pseudoalteromonas
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
total genus 144
structure length 505
sequence length 505
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qfkA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qfkA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qfkA02
1FW0A 2I4BA 2I0CA 4YZZA 1TWYA 4NF4A 2DE2A 3MZBA 1SI0A 2I6EA 4IO7A 2ZYNA 3H6VA 1ZLQA 4JWOA 2RCAA 4KYSA 3U92A 1CE2A 5ICQA 5DYHA 3DM0A 3FJMA 1B9JA 4WEDA 4LQ5A 1P1OA 4OFOA 1ZBMA 3Q26A 4FIMA 3H6WA 3RGYA 1M5FA 1LFIA 4IO3A 1MRPA 1N04A 5KDTA 3ODBA 2REJA 2Y7PA 5DVIA 4Q5TA 4GXSB 3RQTA 1PC3A 3N6TA 3RTWB 3MVYA 3FJ7A 3BKIB 1NH8A 3G3GA 3EQ1A 3TYHA 1ATGA 5BWJA 2WOLA 3MBPA 1B3EA 4KI0E 4XTCQ 3S9MC 1D4NA 1ANFA 3MZ1A 2XXHA 4DDDA 1DMBA 4EF1A 4GWOA 4M1VA 2HFBA 4ZECA 1XVXA 1BTJA 1POY1 3IAZA 2HXWA 5B7DA 4XKQA 3K2DA 1JVXA 5CMKA 4QFKA 3T66A 5CC2A 5H8HA 4RXLA 4G8NA 4KQPA 3UGWA 2CZLA 5AA4A 5I57A 4YAHX 4X48A 4OTEA 3IJXB 3D4CA 4OVJA 3S9LC 3FVOA 4GOTA 2LAOA 3L6GA 1URSA 2Y7KA 1M5CA 4POXA 1Y4CA 5K2XA 1OLAA 3PUXE 2O7UA 3PAMA 4C1UA 2I58A 3PV0E 3EHTA 4NF4B 2PMSA 1IITA 3G3KA 5A5XA 1SBPA 3S9EA 3MW0A 1I69A 4JDFA 4EQBA 4YB5A 3OO8A 3HHFA 1L5TA 4C0RA 1JW5A 3MUQA 1GVCA 3TPAA 2Q89A 1FQAA 5HM4B 4ND9A 4R9FA 1Q1KA 2O51A 3RN8A 3I3VA 2HAUA 4I1DA 5KDTB 2O1MA 3I5OA 2FA7A 2NVUB 1IXIA 4YU0A 2F7CA 4R6HA 1IQ7A 1O63A 1QUJA 2ZMBA 5KCJB 4EF2A 1PB8A 2IEEA 5I2NB 5KZTA 3OOAA 4PFYA 1FTMA 5J1DA 3B6TA 1DOTA 2UVHA 3PUVE 5CMBA 1YCJA 2B3BA 4QHQA 2XX9A 4R73A 3QUFA 1EH3A 1P1NA 3RT6B 1B32A 3T9VA 5I2KA 4F1YA 3PPRA 3LC8A 2XD2A 2DWAA 1A54A 4UA8A 3SEUA 3PPNA 5H8HB 2ANJA 3M3LA 4OEVA 3RPWA 1MG1A 3MJNA 2KLFA 1PBPA 2GFEA 3FIRA 3CG1A 5AA2D 1OLCA 5AA4B 4ZEBA 1QVSA 2VP1A 4F22A 4GQOA 5I57B 1NNPA 3KN7A 4PFWA 3HHGA 1IUDA 2B4MA 1GV8A 1M5EA 2REGA 5JTYB 2GHAA 4H65A 3V5AA 3TELA 2XXTA 4DCXA 4OERA 1AMFA 2R9JA 3UK4A 1URDA 1R9QA 2ESNA 2Q2AA 3O6IA 5IAIA 4NMYA 4R6YA 3MWBA 3IX1A 1US5A 5L9MA 4RK9A 4XKNA 3U93A 2H4IA 3TKDA 4EDPA 3DRHA 3K00A 5A5XB 4YKKA 2ONRA 4GL8A 2F34A 2DWJA 3RUMA 1AOVA 1SW1A 1XVYA 1N7XA 4ZE9A 4JXIA 4QSDA 1H76A 3PUWE 1NNTA 3TTRA 5H8QA 3G3HA 1TFDA 2A5SA 1WVJA 4Q0CA 2PT1A 3RYAA 1H43A 2A5TA 3HCQA 1I6AA 4EQ7A 1FQEA 4IO5A 3LSLA 3W15C 4YMBA 1SQYA 5JEIA 4DXBA 1P1QA 3CSGA 2QL3A 3PD9A 4H0WA 4OXVA 2H99A 5FHMA 4LUBA 1LBBA 3TZAA 1FQBA 2F35A 4GF8A 2F7AA 3E13X 4YICA 4IO6A 3IJOB 4TOZA 1EZOA 2O7IA 5H8NA 3OENA 4H1XA 5CBSA 4ECFA 2Y7IA 4R6KA 2XXPA 1MXZA 2OWSA 1Q35A 4WEPA 4BDMA 2Z8EA 4LVQA 1B05A 1MQGA 5LOMA 3M3KA 3K1PA 2F97A 4QFPA 1B3GA 1II5A 4R2FA 4OYVA 3MP8A 1B5JA 1EZ9A 1O64A 4KYDA 2E1SA 2G29A 4QFOA 2OWTA 3IO4A 2XXQA 4JSOA 1EZPA 4QFNA 3H4ZA 3A09A 4RJZA 2ZNSA 4EQ9A 3R6UA 2XD3A 4MLQA 1B46A 2Q8JA 1VR5A 3HN0A 1B2HA 5AE4A 4IY5A 5HBCA 2XXWA 3KOTA 1I6BA 4QFLA 3UORA 3TCFA 2BJJX 4MFIA 3QAXA 1Z7ME 4GLIA 3G3IA 2E0SA 4WKMA 3U94A 3VE1B 3LVUA 3GXAA 4HCWA 2PX1A 4DLDA 1BLFA 3DP8A 4F3SA 3KSXA 1DPPA 3MPLA 1VE4A 2UVIA 4E0WA 1B1XA 3EN3A 4NF5A 4G68B 3KGCA 1P1WA 3RYBA 5H8QB 1XT8A 1FTOA 1ZU0A 4U23A 1MXWA 4FEBA 3MZ9A 4ZZEA 2I49A 3FXUA 2A5TB 4P0IA 4PP0A 2YJPA 3TEPA 3PD8A 1US4A 3H6UA 4H8JA 1EU8A 1PB7A 3FVGA 3DRGA 3O6PA 5CRYA 4F3GA 1MXYA 1MPCA 3LUYA 3CRBA 1R6ZA 3OO9A 3TCGA 2RKMA 2H5YA 1MY3A 3PPOA 5H8NB 3RTFB 3H06B 3OXNA 3F11A 1YAEA 3C31A 3IK6B 2OLBA 3CSBA 5KCJA 1IXGA 1JW1A 5I2NA 4OEUA 1Y3QA 4HW8A 2OZZA 3FASA 4YKJA 4OETA 5F7VA 1B7HA 2UVJA 2CMOA 4IGRA 4ZS9A 4LP2B 4YB7A 3EHUA 2RF1A 5ELVA 3CI8A 5FHNA 5I56B 5ITPA 2RINA 3N94A 3SESA 1GTKA 1VFDA 3CFZA 2QMXA 2O6AA 2NOOA 2DS9A 4K3FA 1M5BA 1B6HA 4NTLA 4RNSA 1A8EA 4Q30B 4EXLA 2DXYA 3ZSFA 4BLAA 3MVWA 5JTYA 1HSJA 2QS4A 4GIZA 1NNKA 2WOPA 3G3FA 3O66A 3QUJA 4AQ4A 4NF5B 3K6VA 4F31B 4OENA 4DZ1A 1DTZA 1BIYA 2AL5A 1I6QA 1D3KA 5I59A 3PPPA 4E0XA 3VVEA 2UXAA 4EUOA 1TFAA 3WAEA 3ILUB 1ZIUA 5AA3A 5DEXB 3PMXA 1MM7A 1Y9UA 3SEXA 3FXQA 2THIA 1MQDA 2QMWA 4ZEDA 1VFEA 3Q27A 4JB7A 2F6PA 4F18A 1MQJA 4R72A 2RC9A 5BUUA 1UTBA 4HTGA 1GGGA 2ZYOA 1MDQA 3DRJA 3ZKKA 1SYIA 2G93A 1UTHA 2F36A 1B4HA 4GVOA 2Q2CA 1MXXA 2Q88A 3K6UA 3K1MA 4POWA 4QSCA 1RYOA 3T96B 3UN6A 1B7ZA 1NL5A 1N76A 4OFLA 1WDNA 2D21A 5L9SA 4G8HA 1UIVA 4F2OA 1O7TA 3JYRA 3E9XA 2XXXA 2O1LA 5DTBA 3TUSA 1N0TA 5IKBA 3FTOA 4BDNA 4TQUQ 4UACA 2IA4A 4X1DA 3T9UA 5CM6A 3KSJA 1NFTA 3THIA 5H8SA 3MC2A 1SVXB 3VV5A 4XIGQ 4U4XA 2HZLA 4DIGA 4H5GA 1R9LA 3TQWA 1MDP1 3QIMA 2ABHA 4LZ8A 3O29A 3GBAA 2UYFA 3VVFA 2QS2A 5TU0A 1AL3A 2FYIA 1QUIA 4HCYA 1JEUA 2HCAA 3CFLA 3KOSA 3FZVA 3B6QA 4F3PA 1T0KA 1AH5A 2ONKE 3RY3A 4TLLB 5DVFA 4AB5A 1QKAA 3CIJA 1QUKA 4XKRA 4P11A 1B5HA 1MPDA 3FV1A 3RLFE 5M2VA 2M8CA 3D4GA 3P7IA 1OIBA 4R74A 3CR9A 1MS7A 3KBRA 5I59B 1MH3A 2OCUA 3M8UA 4U4SA 2I3WA 5ISUA 2NXOA 5ITOA 3PMVA 4KR5A 1QULA 3VLUA 3SEYA 1M5DA 2NUVA 2ZXTA 3U72A 1B7UA 4N6PA 5DVJA 4FORA 4NEDA 3VFJA 3MP6A 3FUZA 1FTKA 5AA2B 5ICTA 1J1NA 1B1HA 3IORA 3FATA 3E4RA 1B0HA 4G68A 2X26A 2B65A 1UTBB 2OJTA 3TAJA 4ZZAA 1FTLA 4MBPA 3W9WA 2HEUA 1P99A 4PFTA 1UTHB 4IO4A 3C33A 1PB9A 1TT1A 1PBQA 2I0BA 1BKAA 3FD3A 3IOWA 4L17A 1YPNA 5H8FB 4R75A 2XXRA 4RA1A 2V25A 4LZ5A 3K1NA 1LAFE 3SDFA 1IXCA 4O3AA 4YKPA 2R71A 4X9TA 4ZE8A 1B5IA 1MQIA 3C35A 4QF9A 2YLNA 3CFXA 2XXVA 4M4GA 4JBZA 3PU5A 4IB2A 3C9HA 3FVNA 4YKIA 4R2BA 1N84A 4BDRA 3KN8A 4H67A 1IIWA 3TFLA 2O84X 4OWDA 2Y7RA 3QXMA 3S2VA 3TTMA 4MLVA 3UIFA 4ESXA 3RT8A 3FJGA 2DSFA 4OMBA 1MY4A 3H7MA 3OSRA 3GLBA 2DXRA 2DOJA 1Y4TA 1ZMGA 4OHNA 3ILTB 3SEVA 3KG2A 3KZGA 1SW5A 2V93A 5TP9A 3HV1A 4AB6A 2Q9TA 2PT2A 4ELPA 2NWJA 3FGSA 3B7DA 5I56A 3FXRA 2F6GA 3KJTA 3T22A 4F1VA 1MPBA 2W7YA 4RPNA 3PUZE 4MH5A 3SKPA 5FTIA 3K4UA 4R9GA 3TMGA 5CMMA 2V3QA 3MVXA 1ZJLA 3TTLA 2QS1A 3PGFA 4ZEKA 1LB9A 3MP1A 2PBWA 4C1TA 3QK6A 2OK2A 1NH7A 3LSXA 4G68C 4U2RA 1AIVA 4KPTA 3OSQA 4ELOA 4GL0A 4NWDA 3K01A 4F39A 2Z8DA 1LGBC 5F1QA 2QSXA 3TTNA 1LFGA 1LSTA 3BFTA 4MF3A 3A3UA 1JQFA 4XXUA 3LR1A 1MM6A 3MQ9A 4JWXA 1OVBA 2FNCA 2DWHA 1DTGA 1HSEA 1Y1ZA 3GZGA 5CI5A 4NF6A 4H5FA 4ELRA 1MH4A 4I8CA 2ZYKA 3DRIA 4FEDA 4ZDMA 2V3UA 3JV9A 5DEXA 5B70A 3ECRA 3O6HA 4F2QA 1B3HA 3VLVA 4OESA 3GBBA 4OFJA 4LZ7A 4THIA 2P2AA 4LONB 3A3CA 2H9BA 1MXVA 1ELJA 4GRKA 3VLWA 4Z7EA 1LBCA 4O3CA 1Y3NA 4IY6A 4KYEA 4XKPA 1N3XA 1LB8A 1LFHA 3EF7A 1S7YA 1OQHA 4FJPA 3T9XB 4BDQA 4G77A 3ZS6A 3O9PA 3OELA 2QJEA 3DLNA 5I58B 4F1UA 3W9VA 3IL1B 2I3VA 1QJMA 4Q8RA 3LSWA 1B58A 1R1NA 1FQCA 1D9YA 2AIXA 4DXCA 2DP8A 3IO6A 2XXUA 3HPIA 3DRKA 2OBGA 4O3BA 5TP9B 5L9OA 4LA9A 4U21A 2ALUA 2VHAA 3IB0A 4H8IA 2XXYA 1SDXA 3TCHA 1SW4A 3OO6A 1DSNA 3QYTA 2F7BA 2DE3A 3KEIA 4TLMB 3MPKA 4DCYA 1F9BA 5EYFA 2F8DA 4RY1A 3DRFA 1N7WA 1B4ZA 3Q28A 3TQLA 1FCKA 3CVGA 3I6VA 1A99A 1CB6A 1N3WA 1A55A 5DT6A 3C34A 4FATA 4Z0IA 4F3BA 4HS7A 1JW4A 5AA1A 1IXHA 1WODA 1URGA 1XOCA 3V8XB 3O28A 5TPAA 4QSEA 3OO7A 4NF6B 1B51A 4LATA 4FE8A 4X1BA 1H45A 1RYXA 5CMCA 1Y1MA 2GH9A 1H3DA 1B3LA 5CBRA 3FV2A 3O97A 3S4UA 2HQ0A 3RNNA 5EHMA 3FVKA 2D3IA 3WAFA 1P1UA 5AA2A 1KWHA 4KD5A 4PFUA 4U22A 1FTJA 1B52A 3OMBA 1YTVA 3IB2A 3K0VA 3H3GA 2XHDA 1DPEA 3HO7A 1S9TA 2D5WA 2R6GE 4KFQA 2VOZA 3SERA 2Y84A 1MY1A 2DQVA 2RC7A 1LAHE 4YB6A 4I62A 2RC8A 5H8FA 2ZNUA 3G3JA 1FQDA 2HZKA 3MAMA 4GXAA 1XC1A 1PDAA 1MXUA 4BDLA 4EXKA 3VXBA 2HAVA 3TDJA 1VSOA 3VXCA 4I9DA 4IGTA 1S50A 4PETA 3O2AA 1LLSA 5L8DA 3L6HA 2Z22A 2XX8A 3PMWA 4GD5A 2DWIA 1B3FA 4ONYA 4N07A 1JVYA 3UA8A 3SEWA 3SETA 1LCFA 1B0LA 3R7XA 3N26A 3TODA 1UIUA 2XXIA 4H6DA 4NWCA 1RKMA 2WOKA 1QKBA 1OQGA 4OQOA 4JSDA 2V84A 3U8QA 3EPEA 4WXJA 2VD3A 4RPOA 4U1OA 3KFMA 2QRYA 1PEBA 1MY0A 3VVDA 1NMUA 2YPNA 5TPAB 4PE5B 1QW0A 2DVCA 2P1SA 2QS3A 2DVZA 2B4LA 2I4CA 4U1ZA 3N6UA 3DELB 3Q29A 4NF8A 4G2ZA 4QRZA 2Z23A 1OVTA 3H03A 3DP4A 1OMPA 3O6GA 2F5XA 1GR2A 1UQWA 2H25A 4KCCA 5HPQA 2UVGA 1LCTA 5I84A 3AXFA 3IB1A 3T9HB 5EHSA 1Y3PA 4ISUA 2H98A 1LAGE 3V83A 2P0SA 2X7QA 3UP9A 2VD2A 2F78A 4F29A 3ZKLA 3K02A 1IZ1A 1SD3A 5FHOA 4ESWA 2DE4A 4NE4A 4GFRA 5FTHA 4DE8A 3B6WA 3OD7A 1D9VA 2X7PA 1POTA 5K2YA 3KN3A 2UYEA 4YMAA 4ELQA 1ZTYA 1JETA 3M3FA 1MY2A 3VDFA 4KHZE 3V89B 3CG3A 3OEMA 3LSFB 3N5LA 4RYAA 3BFUA 1A40A 4JWYA 3K6XA 1SI1A 3T93B 5JK4A 2Y7WA 4OZ9A 2Z8FA 2O68A 2AYSA 3E3KA 2ZNTA 1B40A 2RCBA 2ZYMA 5I58A 4FECA 4PQJA 3TTKA 1JNFA 1MQHA 1NNFA 1JEVA 5I2KB 2XX7A 3U1OA 2O69A 3IR1A 3EHSA 1HSLA 3MVZA 3S9NC 4G4PA 3DP6A 3BBRA 3HSTA 3ONMA 4IO2A 1BP5A 1XHYA 1Z7NE 2I48A 3PUYE 3IOTA 1ZKBA 4P0GA 4ZEIA 1NKXA 2ONSA 3Q25A 1SYHA 3H6TA 4DXUA 4N13A 1USYE 3R26A 4NF8B 3IOUA 1XS5A 1FQFA 3G7WA 3C4MA 2PYYA 2V3TA 4G8MA 1USYH 2VGQA 4LQ2A 3OEKA 1IEJA 4RK2A 3C36A 2QPQA 4ZEFA 2B3FA 4FAJA 3JZJA 2DYXA 2PVUA 3KJ7A 2AL4A 2GHBA 3K6WA 3QSLA 3PPQA 3LBSA 1TXFA 1Y20A 3CHGA 4BDOA 4F19A 1A7LA 2WKYA 1LAXA 1A8FA 3C32A 3USDA 3IOVA 1SW2A 1H44A 4KCDA 2GRVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FW0A 2I4BA 2I0CA 4YZZA 1TWYA 4NF4A 2DE2A 3MZBA 1SI0A 2I6EA 4IO7A 2ZYNA 3H6VA 1ZLQA 4JWOA 2RCAA 4KYSA 3U92A 1CE2A 5ICQA 5DYHA 3DM0A 3FJMA 1B9JA 4WEDA 4LQ5A 5IM2A 5J16A 1P1OA 4OFOA 1ZBMA 3Q26A 4FIMA 3H6WA 3LV0A 2QVRA 3RGYA 2FHYA 1AWBA 1M5FA 1LFIA 4IO3A 1MRPA 1N04A 3E78A 5KDTA 3ODBA 2REJA 2Y7PA 5DVIA 4Q5TA 3FBPA 4GXSB 3RQTA 1PC3A 3N6TA 1NUXA 3RTWB 3MVYA 3FJ7A 3BKIB 1NH8A 3G3GA 3EQ1A 3TYHA 1ATGA 5BWJA 2WOLA 3MBPA 1B3EA 4KI0E 4XTCQ 3S9MC 1D4NA 1ANFA 4NQ8A 3MZ1A 2XXHA 4DDDA 1DMBA 1FBGA 4PAKA 4EF1A 4GWOA 4M1VA 2HFBA 5IZ3A 2JJKA 4ZECA 1XVXA 1BTJA 1POY1 3IAZA 2HXWA 5B7DA 4XKQA 3K2DA 1JVXA 5CMKA 4QFKA 4OVSA 3T66A 3QMFA 5CC2A 5H8HA 4RXLA 4G8NA 4P3LA 4KQPA 4PFIA 3UGWA 2CZLA 5AA4A 5I57A 3U65A 4YAHX 4X48A 4OTEA 3IJXB 3D4CA 4OVJA 3S9LC 3FVOA 4GOTA 2LAOA 3L6GA 5LTCA 1URSA 2Y7KA 4OVPA 1M5CA 4POXA 1Y4CA 2XWOA 1LEVA 5K2XA 1OLAA 3PUXE 4N15A 4GBVA 4N81A 2O7UA 3PAMA 4C1UA 2I58A 3PV0E 4PE3A 3EHTA 4NF4B 1KA0A 2PMSA 1IITA 1NV2A 3G3KA 5A5XA 1FPJA 1SBPA 3S9EA 3MW0A 4HXVA 1I69A 4GWSA 1FPIA 4JDFA 4EQBA 4YB5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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