4QJ2A

Crystal structure of inactive hiv-1 protease variant (i50v/a71v) in complex with wt p1-p6 substrate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Structural basis and distal effects of Gag substrate coevolution in drug resistance to HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qj2A00
3D20A 5P8SA 5P7EA 1LYBB 4I8ZA 1NSOA 1PSOE 5SY2A 2QHCA 2ZJIA 5JODA 5KR8A 3ECGA 3UHLA 2SAMA 5OZTA 4Y54A 1EPME 2PH6A 4Y43A 4Y4JA 5P5JA 5P0EA 5P7BA 2QZWA 5P5NA 2MIPA 3JVYA 4CMSA 5P3VA 3Q3TA 3FV3A 3GGUA 5KQFA 1MTRA 1W6HA 3LIZA 2R3TA 3KYRA 4LAPA 5P1UA 4DJWA 1RQ9A 5P6BA 4Y47A 5P8AA 5P30A 3TL9A 5P63A 4J1HA 3IXKA 5P4BA 3KT2A 1K6TA 4MC6A 4Y53A 1SBGA 5P5DA 3IVHA 1FQ4A 5P4FA 1MTBA 5P0GA 5P4AA 3APRE 1F34A 5P1PA 5P6GA 1GVXA 1RL8A 4XXSA 1M4HA 1MPPA 1RPIA 5P6SA 4RRNA 1MUIA 4OBZA 2UXZA 4F75A 4JOOA 5P2TA 3L5FA 3UCBA 3BUHA 5P1EA 2BPWA 2HM1A 3GI4A 1HTEA 5P2BA 2AVVA 1GKTA 3LZYA 2QI1A 5OYTA 4YD4A 6FIVA 3TLHA 4KE0A 2Q63A 4GYEA 4Y4XA 5P0OA 1PPKE 5P18A 7UPJA 1TQFA 2G1SA 1QBTA 1B6PA 2RMPA 3O9BA 5JFUA 5HDUA 2A1EA 4HDFA 3ZLQA 1B5FB 3HDKA 4WTUA 3WZ7A 3SO9A 1W5YA 1EBKC 4R5NA 3B7VA 4DPIA 1XE6A 2AOEA 3LPKA 1HIHA 1YM4A 2WKZA 3ZPSA 2PH8A 4CPQA 2OHSA 3OOTA 1UH8A 3T3CA 3PCWA 4FLGA 3OOZA 4GZFA 5KOQA 3S54A 4I0FA 2IRZA 1YTIA 1DAZC 4HDBA 2QHYA 3EKQA 3Q5HA 5IVSA 3D1XA 5P12A 3TOGA 3HD8A 4JPEA 1J71A 5P1NA 3S56A 1HOSA 3AIDA 4I0ZA 4D85A 2WJOA 5AHAA 1BVEA 1JLDA 5SXNA 2R3WA 3T7XA 5BRYA 4HLAA 3G72A 2P3CA 5P8NA 2J9JA 2PWCA 4Y3XA 4XX3A 1AVFA 4A6CA 3URLA 3OADA 5P0UA 2G20A 1D4IA 2J9KA 5P3KA 3UTLA 3MSJA 3SABA 3NDWA 4DJRA 5PEPA 1MRWA 1K2CA 1Z8CA 2WF0A 1SIVA 3R4BA 3EKXA 4Y38A 3INDA 5ISJA 4D8CA 3WZ6A 1PSAA 2UY0A 4QJ7A 2G69A 3UDKA 4Y50A 3T7QA 2CEJA 3GI6A 5P84A 2ZHVA 3PI0A 1AXAA 5P2QA 5C9FA 1T3RA 5P22A 2WEBA 2APRA 1HVLA 4GJ6A 5P65A 4Y4BA 4A6BA 1AJVA 3EL9A 2PSGA 2OAHA 5DQ5A 4OBZB 4GB2A 3OGPA 2V12C 2BPZA 4J5JA 1K6VA 5P6QA 4Y51A 3O9EA 2R38A 5OZ6A 4JPCA 5P8QA 1UH7A 4YOBA 5CLMA 3M9FA 4DH6A 5P5PA 3VYDA 4DJVA 3A2OA 1GNNA 1IZEA 2BPXA 1VIKA 1EPNE 2QZKA 3KMYA 3TPJA 4DJPA 5P83A 1HSHA 5P7NA 4I10A 4LHHA 3O9CA 2XYEA 3CKTA 1EPPE 2RSPA 1SP5A 3NDUA 5P4NA 3I2LA 3CIDA 4Y35A 3VYFA 4DJUA 1TW7A 5P4CA 4FAFA 4Y57A 1IZDA 3RSXA 2OHKA 5P6ZA 5P6LA 5P0JA 3OUAA 4J0TA 4Q1NA 5P6VA 5P72A 1APWE 3S7LA 1W50A 1EPQE 1IVPA 3FNTA 4R91A 5P52A 1MT8A 3OQ7A 4EPJA 4Q1WA 4YD7A 3OUBA 2FGVA 6UPJA 5P5QA 5I70A 2PYNA 3FKTA 5P40A 3F9QA 3PJ6A 5OZMA 3SM1A 2CEMA 3ZMGA 2ZJHA 4DQFA 4CPRA 3CIBA 4COEA 1YTJA 5P09A 4Y3GA 2ZJJA 3DCKA 5OZQA 3TPRA 3OUDB 5FIVA 3PM4A 5P2VA 4EP3A 2FS4A 1MESA 3PI5A 2Z4OA 5OZBA 1BXQA 1FB7A 1SMEA 5P6PA 1KJHA 4H3FA 5P6KA 4J0VA 3L38A 3QBHA 1EBYA 2ASIA 5P10A 3GGAA 4OBHA 1FGCC 5F00A 4CPSA 2QD6A 1B6MA 3D1YA 3BVBA 3QS1A 3EC0A 5P4VA 3KT5A 2PK5A 1ENTE 3URJA 5P7QA 3NU3A 5P17A 1T6EX 5ER1E 1GVUA 1QS8A 2PMAA 4X7IA 3T11A 4PHVA 5P0WA 4B00A 1K6CA 3VF7A 4Y3NA 5P5SA 2O4PA 1FG8C 1SDTA 2AZ9A 2R5QA 5F01A 4J0ZA 5P5BA 5P2LA 5P0QA 2QMGA 5P4ZA 2I4XA 3Q6YA 5DGWA 1ZAPA 5P7AA 5P07A 5EZZA 4YCKA 4Y6MA 2WEZA 3BHEA 5P4PA 5P8HA 5P82A 5P7TA 2B60A 5P7VA 4TVGA 4F74A 5P1RA 5P7YA 4OC6B 5P2UA 5P80A 1WKRA 5P7GA 5P6MA 4Z22A 3B80A 3HLOA 3TKWA 4YD6A 5KQYA 2I4WA 5P42A 4PYVA 5P5UA 2QAKA 5P5MA 5P7UA 3URIA 1MEUA 4I0EA 4Z50A 1HHPA 1FG6C 2QD8A 5P3XA 5P3OA 2BBBA 2NMZA 5P6OA 5P78A 5HVPA 1MT9A 1HTRB 4ZSQA 3JVWA 3DV1A 4B70A 5P6AA 5P3LA 2QP8A 4MC1A 1K2BA 4DQEA 3QP0A 5OZ3A 4QJ2A 4RVJA 5P6TA 4PEPA 1BAIA 5P0IA 1ZSRA 3IGBA 5P0KA 5P0DA 5ENMA 2NR6A 2Q5KA 1QDMA 4Z4XA 4DQCA 2PC0A 5AHBA 5P43A 3T7PA 4IVTA 3I6OA 2HS2A 1HVJA 2R5PA 1UH9A 1DMPA 5P6CA 5SY3A 5P5XA 3OQKA 5I3YA 1EPOE 2HB3A 5P4MA 4OD9B 1PROA 5P0ZA 5P7JA 2ZJLA 4J0YA 2V10C 5HCOA 5P3AA 4XKXA 1LYWA 4FL8A 4HEGA 3BGCA 3S45A 1ER8E 5P2GA 1PFZA 4DQBA 1B5FA 4YBIA 5P4OA 5DQCA 5P87A 1NPWA 4BELA 3SQFA 3RTHA 4I0HA 4DQHA 1HSIA 2G1YA 2QD7A 2B42A 4FS4A 3ZKMA 3MXEA 5KR0A 5P1WA 2G27A 5P1KA 2B7ZA 1C6XA 1OEXA 1NPVA 5P1LA 3S53A 1XDHA 4ZSRA 5P2ZA 5DQ1A 4BFDA 3Q4BA 1EAGA 4LXAA 4QJ8A 4Q5MA 2OHPA 3HW1A 1K6PA 3K5CA 4QJ9A 1W5VA 4Y3AA 3NDTA 4I8WA 4F73A 5P64A 3PCZA 1MVPA 4U7QA 3SA9A 1RNEA 4NJTA 5OZZA 3G6ZA 3OQFA 3VSXA 4ZSPA 5P0BA 1SIPA 3QRMA 1YT9A 4YDFA 3PBDA 5OYWA 5P47A 3QPJA 5P73A 5OYZA 5AH6A 2FLEA 5DR4A 4N00A 5P2KA 3UDMA 2OHUA 5P6RA 2OHQA 2HB4A 2NXLA 4R95A 2UPJA 5P4UA 5IS4A 4Y3YA 5UPJA 1FLHA 1LYAA 3OXXA 3HBOA 1HBVA 3VEUA 1OEWA 4ZSMA 8HVPA 1DP5A 4Y5KA 2VA7A 5OYXA 4Y3RA 5ER2E 5OZ5A 2ANLA 4OBJA 5P3YA 1BV9A 5P0MA 5P3SA 3TNEA 5OZNA 3L3AA 5P1TA 5P79A 2XFKA 4J54A 1BWBA 4HVPA 2ZE1A 3ZKXA 5P3WA 1SH9A 3WB5A 1HIVA 1ZLFA 2AVQA 3K4VC 4YDGA 1HRNA 5P3QA 2FXEA 2HPEA 2IDWA 3LINA 2NNPA 3FSMA 4I0GA 3VSWA 1HXWA 3O9AA 5OZVA 1QBRA 4EJDA 3UQPA 3MWSA 3NR6A 3PLLA 1YM2A 5P8VA 3RVIA 4GJ8A 3I7EA 3IA9A 1AIDA 5P1BA 1A8KA 4APEA 5P6HA 1APVE 5P6WA 2QZXA 1YG9A 9HVPA 3NUJA 1LYWB 1ZSFA 1BDRA 2ER0E 2F3KA 2QU2A 4ER4E 4WY6A 4CPTA 1XS7D 5DR0A 5P4QA 3VUCA 4PZWA 2I1AA 4KUPA 3QVCA 2P3DA 3NXNA 2F3FA 5P20A 5P58A 4Y3DA 2VNNA 3ZKIA 5OZAA 3EL5A 6APRE 3O9LA 2QNPA 1MRXA 1EC3A 4Y4EA 3U71A 2NPHA 3PGIA 2WF1A 3EL0A 3LIXA 5P3HA 2IQGA 1OHRA 1W5XA 4GJBA 5P0VA 1C6ZA 3LZSA 4PPHA 2WEAA 5P1JA 5P6JA 4NKKA 5P49A 3OAGA 3Q70A 5P0FA 3UFNA 3L58A 4J17A 5HDVA 4APRE 5P89A 5OZSA 2AOFA 2AVOA 4Y5CA 5ISKA 3EKYA 5AHCA 1BIMA 5OZUA 4L7GA 5JFPA 5P25A 2OF0A 3OWNA 1OD1A 2I4UA 4Y41A 3PSUA 5OZ9A 5P2RA 3UDRA 2JJJA 3OUDA 2NTRA 3H5BA 3PMUA 2ZYEA 5P3NA 5OZXA 1BWAA 1APUE 3L5DA 2I0AA 1AZ5A 1FQ8A 3NU9A 5DR3A 2HB2A 5P6UA 3KDBA 1LYAB 2QNNA 5P1MA 5P15A 5P04A 2ZHRA 3CICA 2ER9E 2I4QA 1FQ5A 2F80A 5P2SA 1IDAA 1NH0A 1FMXA 5I3VA 3SA4A 5TOLA 1BBSA 2AZCA 5P1DA 4FE6A 3SA8A 2ZDZA 2EWYA 1HEFE 5P74A 3OY4A 5E5JA 5P5RA 4M8XA 2NNKA 5P39A 5P8LA 1D4JA 1RV7A 1B6KA 1LZQA 5P2YA 5P1OA 3WZ8A 4DV9A 5P5LA 1HPXA 4LP9A 4QJ6A 4ZE6A 2G26A 1BVGA 4D89A 1T7JA 3OU4A 2QCIA 5OZKA 2G1OA 3UDHA 3LIVA 5P05A 4I11A 2HIZA 4QJAA 4Y9WA 1A30A 3BUFA 3UQUA 1B11A 1EC0A 3EM4A 5P2NA 4OC6A 3EBZA 5P69A 3GI5A 2IL2A 5P29A 2AVMA 2V00A 3VLBA 1D4KA 5P7WA 3D3TA 5P02A 1MERA 5P2WA 1QRPE 2O40A 5P6XA 5P3EA 4LBTA 3BVAA 4FM8A 5P2EA 5P01A 3EXOA 5P5EA 5P75A 4EQJA 3O9LB 2PYMA 5P5TA 1EBWA 5IVRA 4YD3A 3EMYA 5COOA 2WHHA 1MT7A 1EPRE 4Y3MA 2PSUA 5OZ7A 2Q64A 4Y58A 5I3WA 2B8VA 5P1SA 5P2OA 4B78A 1Z1RA 2P8HA 3HAUA 5P5KA 3PMYA 5E5KA 3SPKA 3L59A 5J25A 3OAGB 1FFIC 2VJ9A 1HEGE 2R8NA 4Y37A 1IVQA 4RCDA 3PSGA 5DR1A 5P2XA 3EM6A 3UQXA 5P3ZA 5P4IA 2F81A 5P8IA 5P34A 5KOSA 3S85A 4FRSA 4ZPEA 4D83A 3QI1A 3ZOVA 5JG1A 5KAOA 5P8JA 4YE3A 1GVTA 5P71A 4LC7A 1ODXA 2VKMA 5P5IA 2RKFA 5P0LA 5P5FA 2Z54A 4OD9A 3CMSA 5BWYA 2I4DA 3GGVA 5HU1A 5P5VA 2I0DA 3I8WA 4NJVA 1XN2A 5P50A 4J1CA 1LS5A 3OGQA 5OZIA 5P1AA 4Y4TA 3ZPTA 4L1AB 3UDPA 3S2OA 3OXVA 3G70A 5P57A 1BV7A 1XL2A 1G35A 2QI6A 5HE7A 5P4SA 1EC1A 4Y5LA 3NLSA 3PLDA 4Y3LA 2ZJKA 5P45A 5P8TA 5C9BA 5P32A 4GMIA 4GJ9A 4FM7A 3MXDA 5P16A 4QGIA 2XFIA 4GJAA 2BPVA 3OU4B 5P41A 5P53A 3EL1A 4ZIPA 5P4HA 5P35A 3QRSA 3INHA 4S1GA 3ZKQA 4K8SA 2QI0A 1WBKA 2BJUA 5IVTA 4H1EA 4Q1YA 4K4QA 5AGZA 4ZLSA 2V16C 5P2CA 4YCTA 5P1HA 3K4VA 3IN4A 5P7ZA 4OBGA 5C9DA 4K4PA 2WF3A 4Y3SA 4JP9A 4J0PA 5P7KA 4EXGA 5P4LA 2P4JA 1KJ7A 3IXOA 2AOGA 4PZXA 3PEPA 1LEEA 2ER6E 3PBZA 2ZHTA 3DV5A 2FDEA 3LPIA 2OHMA 1TZSA 5COPA 3ZKGA 3FIVA 4J55A 4BFBA 1BXOA 3O9GA 4B1DA 1PPME 5P3RA 1W6IA 2G22A 5P68A 5P4TA 5P1QA 5P1IA 3VV8A 5P4RA 4GJ5A 5P1GA 4J1FA 3K5FA 5P3UA 1PPLE 3DUYA 1G2KA 4ACXA 1GNOA 2VNMA 2WF4A 4JECA 4LXMA 3ZL7A 4GJCA 1LF2A 5P28A 4DJQA 5HU0A 2G24A 1KZKA 2H6SA 4B72A 1BDLA 1E81E 4FRKA 1E5OE 1ZTZA 3NU4A 4RRSA 5P7OA 1D4SA 5P4JA 3IN3A 1UPJA 1FEJC 1C70A 3QVIA 4H3JA 3BXRA 4AMTA 5P0TA 4ZEAA 3KF0A 4AZYA 2HS1A 4TRWA 3KN0A 4YCYA 1W51A 5P5GA 3IVIA 4Y45A 3NYGA 3UDJA 2VJ7A 3O9FA 3QBFA 3GI0A 5P3BA 2JYSA 3SA3A 4Y3HA 2FNSA 5AH8A 4Y44A 3LZVA 4B1CA 3PVKA 2QHZA 5OZ1A 4OBKA 1SGZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3D20 A;  5P8S A;  5P7E A;  1LYB B;  4I8Z A;  1NSO A;  1PSO E;  5SY2 A;  2QHC A;  2ZJI A;  5JOD A;  5KR8 A;  3ECG A;  3UHL A;  2SAM A;  5OZT A;  4Y54 A;  1EPM E;  2PH6 A;  4Y43 A;  4Y4J A;  5P5J A;  5P0E A;  5P7B A;  2QZW A;  5P5N A;  2MIP A;  3JVY A;  4CMS A;  5P3V A;  3Q3T A;  3FV3 A;  3GGU A;  5KQF A;  1MTR A;  1W6H A;  3LIZ A;  2R3T A;  3KYR A;  4LAP A;  5P1U A;  4DJW A;  1RQ9 A;  5P6B A;  4Y47 A;  5P8A A;  5P30 A;  3TL9 A;  5P63 A;  4J1H A;  3IXK A;  5P4B A;  3KT2 A;  1K6T A;  4MC6 A;  4Y53 A;  1SBG A;  5P5D A;  3IVH A;  1FQ4 A;  5P4F A;  1MTB A;  5P0G A;  5P4A A;  3APR E;  1F34 A;  5P1P A;  5P6G A;  1GVX A;  1RL8 A;  4XXS A;  1M4H A;  1MPP A;  1RPI A;  5P6S A;  4RRN A;  1MUI A;  4OBZ A;  2UXZ A;  4F75 A;  4JOO A;  5P2T A;  3L5F A;  3UCB A;  3BUH A;  5P1E A;  2BPW A;  2HM1 A;  3GI4 A;  1HTE A;  5P2B A;  2AVV A;  1GKT A;  3LZY A;  2QI1 A;  5OYT A;  4YD4 A;  6FIV A;  3TLH A;  4KE0 A;  2Q63 A;  4GYE A;  4Y4X A;  5P0O A;  1PPK E;  5P18 A;  7UPJ A;  1TQF A;  2G1S A;  1QBT A;  1B6P A;  2RMP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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