4QJAA

Crystal structure of inactive hiv-1 protease in complex with p1-p6 substrate variant (p453l)
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Structural basis and distal effects of Gag substrate coevolution in drug resistance to HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (arv2/sf2 isolate)
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qjaA00
1MUIA 6FIVA 4GJ5A 2ZHTA 3L5CA 5P8NA 3GGVA 4WTUA 1D4SA 4B0QA 4DQEA 4BFBA 5FIVA 3IGBA 3LNKA 2I4UA 4OBFA 5P39A 5P6WA 1SDUA 2OHKA 4Y5PA 3URLA 1HTGA 4H3IA 1MEUA 1Z1RA 3LPKA 5OZHA 4X7IA 4I0IA 1GNOA 2ZJNA 5HVPA 5P32A 5P6HA 1XE6A 4JPEA 4YE3A 5P4ZA 5P49A 2A4FA 2AZBA 1GVWA 4MC2A 5P5WA 3O9FA 5P81A 3KFPA 5OZIA 1YTGA 3OU1B 1FMUA 2QI3A 5P8PA 1BV7A 2IQGA 5OZYA 5P4DA 3OQAA 5P18A 5P13A 3JVYA 3KT2A 3VLBA 2BPZA 3KDBA 3ZKXA 2ER9E 4J1IA 4IVTA 5P8AA 3RVIA 2ZJKA 5P5VA 5KOQA 3TL9A 4PZXA 2XFIA 5P4EA 4B77A 4ACXA 3VV6A 4YD5A 3H0BA 4LHHA 1K2BA 2ZJJA 5OYVA 5P5GA 1NPVA 2QNNA 4OD9B 3O9HA 1SBGA 2G1OA 4COEA 4QJ6A 3EBZA 3PEPA 4GJ7A 5IVTA 2HM1A 3Q4BA 5APRE 4Q1XA 4Y3PA 5P05A 3IAWA 3L5BA 4XX4A 2G21A 5P00A 4B05A 5IVSA 2QHZA 3GI0A 3VF3A 3OY4A 3OUDA 2HIZA 3SKGA 4TRWA 2VA7A 4Y3MA 5P7YA 2SAMA 5P16A 5P55A 4PYVA 1MSNA 4CPTA 4TVHA 5P2RA 4HDBA 5ENMA 1T6GA 1JLDA 3SA5A 3BRAA 3VUCA 1BXQA 3NSHA 3NU4A 4J1FA 1FKNA 1FLHA 1TCWA 5HDXA 3KA2A 1ZPKA 3INDA 5P5KA 5P03A 1LS5A 5I3VA 5P66A 2RKFA 3CMSA 1ER8E 4MC1A 4I12A 5DGWA 2FGUA 1HBVA 3I8WA 1BIMA 3QN8A 2PYNA 1HHPA 5P5CA 3D1ZA 3D91A 4EQJA 5P4KA 5P23A 1OEWA 1HVSA 1W5YA 2OHSA 2NXLA 4NKKA 5E5JA 2FXEA 2WEZA 4Y3GA 5I3WA 5P3DA 2NXMA 2PH8A 2APRA 1XL2A 3PWMA 4Y4UA 1ZLFA 5P5LA 5TOLA 4KB9A 5P24A 5P6MA 4YOAA 5P6JA 1SMEA 2QNQA 4F73A 4Y5KA 5P3LA 2ER6E 3T7XA 1TQFA 2AQUA 4LL3A 5I70A 4GJBA 5P8UA 5P1GA 5P35A 1HPSA 2J9KA 3T3CA 3S56A 5P42A 3NXEA 2A1EA 3GI6A 5P1IA 4CPSA 2FLEA 4HDFA 2ZGAA 3K5FA 5P28A 4D89A 4QJ9A 2Q63A 1ENTE 1HIIA 5OZXA 3RTNA 4PEPA 3BGBA 3DCKA 1OHRA 2UY0A 4JP9A 5OZAA 1B6KA 3PB5A 1APUE 4FAEA 1U8GA 3OADB 5P4GA 1MTRA 1LYAA 3QVCA 5P02A 3M9FA 2QHCA 4Y58A 5P7CA 1YM4A 5AHBA 4Y36A 2R3TA 5P44A 2VIJA 2HAHA 5P37A 3EL4A 4HE9A 1DIFA 1ZTZA 2QI4A 4Y4ZA 3APPA 5P1MA 5P8LA 5P5MA 3UDNA 5P0JA 3I6OA 4NPUA 3FX5A 5P0MA 5P0VA 5P5IA 4GJAA 5DQ2A 2R38A 5P4SA 1EPLE 3NU5A 4ZSPA 5P1CA 1CPIA 1HXBA 2CENA 1GVXA 3EKQA 1C6YA 2IKOA 3PM4A 2R5QA 1W50A 2B8VA 1E82E 5OYRA 4FSEA 1MERA 3IN3A 5P1XA 2F80A 5P0RA 1FQ5A 4EJLA 3EKVA 4B00A 5P5PA 3NUOA 2WF3A 3FIVA 5KR2A 3BHEA 5P2XA 5P64A 4Y4WA 5OZ7A 3VV7A 1UPJA 1B11A 1XS7D 1HRNA 4NJTA 2QAKA 3KDDA 3WZ7A 3OUBA 3RTHA 5P1PA 3PLDA 5P04A 4LP9A 5P77A 3HAUA 2XFKA 5AH6A 1B5FB 2VNNA 5P4IA 3OXWA 4Y45A 5P62A 4EYRA 3SM2A 3O9LB 4ZSRA 3OOTA 1HVCA 4M8YA 5ER1E 5P0NA 1C6XA 5HDUA 5P06A 5P2ZA 2PQZA 3QAAA 3UCBA 3VYDA 2RENA 5C9FA 4Y5AA 2ZJMA 3KMYA 1TSUA 3EL0A 5P7IA 3QROA 3R1GB 1IVPA 2HS2A 4L1AA 2BPVA 5HCOA 5P4VA 2WECA 5P2YA 5P4QA 3U6AA 3L59A 4AMTA 2OAHA 5P2JA 3QS1A 2IRZA 5P8RA 3SKFA 5P1VA 2F81A 5P41A 2WL0A 2PH6A 1WKRA 4FRJA 1QDMA 1SP5A 3QPJA 3ZKNA 1NPAA 1HVRA 4EP2A 1D4HA 1K6CA 3BUGA 5P3BA 4DV9A 3APRE 5P2BA 4OC6A 3PCZA 3OGPA 5P48A 2BKTA 3PI0A 1IIQA 3UFNA 3CYXA 3UQUA 1TZSA 5C9BA 2QP8A 2QZKA 3GGAA 4NPTA 3CICA 3TOHA 2AOEA 3BUFA 4EP3A 5OZEA 5P4PA 2VJ9A 3SABA 5P3XA 2O4NA 4B70A 1XN2A 1Z8CA 1CMSA 4YDFA 2AZ8A 4Y4AA 5P7XA 5P6DA 5EZXA 2I4QA 3KYRA 5P0AA 5P54A 2XYEA 2AVMA 2ZE1A 1FB7A 5OZLA 3DV5A 5DPZA 4DVFA 3ZKSA 4GJ9A 3WB4A 3D1XA 2P3BB 3L5FA 2B7FA 5OZDA 4PZWA 4ZEAA 3QVIA 4YCKA 4OBZA 1HEGE 1W6HA 5P8OA 4FM8A 5HDVA 2NNKA 3FNUA 1TSQA 1E5OE 4JOOA 1EBYA 3C9XA 2Q55A 1UH7A 1APVE 1KJGA 2ER7E 4RVJA 3S43B 5P1RA 4CPRA 3I2LA 5P2UA 5AH8A 3DOXA 5P7TA 4MC9A 5P51A 2Q5KA 4Y39A 2JJJA 5C9DA 1ZSFA 2ZYEA 3LPIA 2AVOA 2XFJA 2CEJA 1SGUA 5HE4A 3PMYA 2Q3KA 3NDXA 5P3AA 5OYXA 3IVHA 3PBZA 4XXSA 5P5XA 3PWWA 1ZAPA 2EWYA 4Z22A 5OYTA 5P4MA 4L7HA 2G1RA 4J0PA 4GJ6A 4DQHA 3FNTA 3O9BA 5CONA 5P1DA 2QD8A 5P6VA 5P65A 5P4NA 2MIPA 2I4DA 2VJ7A 2QI1A 3KFNA 5KR0A 5OZTA 1ZJ7A 4EJDA 1FQ8A 1QBSA 5P3TA 2PSGA 3KF0A 5DR4A 1E80E 4Y3QA 4I8WA 3R0YA 5OZPA 1XL5A 2P4JA 5P4BA 1IZIA 3S7LA 3QP0A 1MRWA 4J0TA 5P6EA 4EXHA 5P7GA 5P3YA 1KJ7A 5P70A 2O40A 1KZKA 3UQXA 3OU4A 4RGHA 1HVIA 5P3KA 3UQWA 3NR6A 3OQ7A 1HVJA 2G26A 3TPRA 5P26A 2QZLA 2VA6A 2G94A 5P0GA 3L5EA 2OHRA 4I0ZA 5P0IA 5P8BA 5P6ZA 5P40A 5P7BA 5OZWA 1KJ4A 1BWAA 2ZHRA 5P46A 2AOHA 1EPRE 5P34A 5P5AA 3S2OA 5P4RA 3ECGA 3LINA 5P8QA 3SPKA 4I0GA 4B1DA 5P2OA 4Y53A 4RYGA 1D4KA 1T7KA 4X2LA 5P7UA 2B7ZA 2UPJA 3EKYA 3HAWA 2Q11A 1MVPA 1IDAA 4R93A 2ZJHA 4Q5MA 3VSXA 5COKA 5P7KA 3NU6A 2Q64A 5P17A 2QI5A 4Y5MA 5DQ4A 4XKXA 1YT9A 4Y3EA 1W51A 5P3FA 2PYMA 2G1SA 2AZ9A 3G70A 4Y3TA 3VEUA 1IVQA 2V13A 5P5SA 5P2TA 3R4BA 3OOZA 4D88A 5P6QA 3O99A 3OQKA 1MRXA 3PMUA 4F76A 3OUDB 1HTEA 5P85A 2P3CA 3T7PA 3MXDA 3Q70A 5P6TA 1K1TA 3VFBA 4ER4E 5P3JA 2G69A 1W5VA 3HD8A 1T7JA 5P10A 4EJKA 3N3IA 2I0AA 1TW7A 4LXMA 5P27A 3K4VA 1HTRB 1YG9A 5P45A 5OYYA 5P2AA 4DFGA 5P29A 2VIEA 5OZKA 1YM2A 1LYWA 5P0SA 4HA5A 3PRSA 5P3QA 5P74A 4QJ8A 5P2MA 2WF2A 5P0OA 3UDYA 1QBUA 5DQ5A 3BGCA 2O4PA 1B6PA 3S7MA 1RV7A 2O4SA 2VIZA 3CIBA 5P5BA 5P6LA 3SM1A 1BWBA 5P5YA 5P1AA 3RSVA 5P8IA 1DAZC 4OBKA 1F34A 4DJRA 4OD9A 1BAIA 5P2HA 4F75A 3HLOA 5P7EA 2WHHA 6APRE 1LF3A 1RQ9A 2PK5A 5P7AA 1LF2A 3UQPA 5P6NA 1BDRA 2BB9A 2ZDZA 4J0VA 4GIDA 3LZVA 4U7VA 4BELA 1Z1HA 1T6EX 5KQXA 3GI4A 1FMBA 3BVAA 3RSXA 5KQYA 2JJIA 4OBDA 3OUCA 5P5HA 5P80A 2VA5A 3ZKIA 4Y3HA 3I25A 2OHMA 2OHQA 2V16C 4Y3DA 5P8DA 3EM6A 3LIQA 3UF3A 5P8CA 4GMIA 4TRZA 2OHLA 5P47A 5P3HA 5P1JA 1K1UA 3HW1A 4H3JA 1T7IA 4JECA 3CYWA 1GVUA 5HU0A 3SLZA 1GNMA 1M0BA 4NJSA 3EL5A 5JFUA 4RCFA 4LXKA 2J9JA 2QZXA 1LYAB 4Y48A 4CKUA 5P73A 4FIVA 5P4FA 5P0KA 4ZPEA 5P75A 5KQFA 4K4QA 5P8FA 1QRPE 3WZ8A 5OZ3A 3VSWA 3K5CA 5P43A 5P7WA 2BPXA 3INHA 3ZPUA 2IDWA 5J25A 2BJUA 5P2LA 3SA4A 5P1HA 4EPJA 2Z4OA 2H6SA 5P5TA 4AUCA 5DR8A 5OZUA 4CPQA 4EXGA 3DM6A 1BVEA 4DPIA 4Y4TA 1LF4A 2JXRA 3BXSA 4Y50A 5JG1A 5OZ4A 4DQFA 5AH9A 3UDJA 5P31A 5P5RA 2PK6A 3I7EA 3LIYA 1OEXA 3WB5A 5OZ5A 3FV3A 5ISKA 5P60A 3OXVA 4LBTA 4FM6A 4GB2A 2UXZA 5P57A 3KFRA 5OZRA 3LIZA 4FRKA 5P71A 2ER0E 4M8XA 3OADA 2AVVA 3JW2A 3VLAA 5OZNA 3JVWA 2FDDA 3VF5A 5P88A 3TOGA 1FFIC 2V11C 3SA6A 3NYGA 1YTIA 4AA8A 5P0ZA 1NH0A 5OZCA 5P76A 2WEAA 1YTHA 3S53A 2B42A 1AJXA 2HPFA 1MT8A 3D1YA 5P5JA 3LITA 1WBKA 5P7RA 2VS2A 4APRE 3ER5E 5P0QA 2HS1A 3MSLA 3UFLA 5OYZA 4DQBA 3IA9A 1PPME 3INFA 5P7OA 2AODA 3U71A 4FRIA 4GJDA 3SFCA 3T7QA 5CLMA 5P5QA 1ZSRA 5ENKA 4A6CA 4NJVA 1BILA 5I3YA 1FF0C 5P5UA 3AUPA 4Y3RA 4FS4A 2JE4A 4Y9WA 3OQDA 4ZPFA 2G20A 1UH8A 3OHFA 1AVFA 5DR7A 5P2FA 3UDPA 4YD6A 3HBOA 2WF0A 3OAGB 5P2VA 4OC6B 1MPPA 5P72A 2NXDA 4WY6A 3L38A 5HE5A 5P07A 2IGYA 2NTRA 5P3IA 3OQFA 2WF4A 1B6LA 4A4QA 1VIKA 5P4CA 4QJ7A 5P4UA 3NWXA 2ZHVA 5P3NA 4DJQA 1B5FA 2FGVA 4DPFA 3DJKA 3O9GA 4KUPA 1BVGA 5P38A 4N00A 5P09A 1SIPA 5OZ0A 3SA3A 4ZSMA 1M4HA 1EBKC 1AJVA 5P83A 5P69A 5OZ8A 4RYCA 1BDQA 1HPVA 1NPWA 2IGXA 2HC0A 3A2OA 5P6YA 3QBFA 5P78A 2VJ6A 4FE6A 3CIDA 5P33A 4YHQA 3INEA 4DQCA 4I10A 4F74A 1FGCC 4K4PA 5P0LA 3DCRA 3B80A 4K9HA 4HZTA 5KR1A 3KN0A 4RROA 4OBZB 1QBTA 3TPJA 5F00A 1EPNE 4Y3WA 3EKTA 3WSJA 5DR0A 3ZKMA 2PSVA 2NMZA 5OYQA 4Y5BA 4DJUA 1A8KA 3DV1A 5P2IA 1MTBA 1APWE 5P7VA 3K5GA 2QK5A 5P7ZA 5P3WA 2QU2A 3NDWA 3O9EA 5KOSA 5I3XA 5P1BA 1FQ4A 2ZHUA 5P53A 1PPKE 1RNEA 1SMRA 3IVIA 3WZ6A 1FG8C 3O9IA 5P7PA 4R5NA 4D8CA 4JPCA 5P5ZA 1F7AA 2I4WA 2OF0A 5P2NA 1NSOA 5P3SA 2QI0A 3TH9A 5P19A 2V12C 2B8LA 5P0UA 1G0VA 5P4JA 3Q5HA 3LIXA 1HPOA 3D3TA 4D83A 3NU3A 1IDBA 5P6BA 4FL8A 5P3GA 1CZIE 3SA9A 2AOFA 2NMYA 5SZ9A 2WF1A 1GVVA 3U7SA 5P82A 4CPWA 1LEEA 3D20A 2BPYA 5P52A 4APEA 2AIDA 2PWCA 3Q6YA 3TOFA 2NNPA 2O4LA 3N4LA 3KDCA 4DUSA 4RLDA 5DR1A 4D85A 3SACA 2HB3A 5OZJA 4J1CA 3EKPA 4L6BA 1ME6A 2AOCA 5P67A 4EQ0A 1EBZA 2JYSA 4CPUA 2FNTA 3OU4B 4BFDA 3RTMA 2ANLA 3DUYA 3PCWA 5ISJA 2QD6A 5P3OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MUI A;  6FIV A;  4GJ5 A;  2ZHT A;  3L5C A;  5P8N A;  3GGV A;  4WTU A;  1D4S A;  4B0Q A;  4DQE A;  4BFB A;  5FIV A;  3IGB A;  3LNK A;  2I4U A;  4OBF A;  5P39 A;  5P6W A;  1SDU A;  2OHK A;  4Y5P A;  3URL A;  1HTG A;  4H3I A;  1MEU A;  1Z1R A;  3LPK A;  5OZH A;  4X7I A;  4I0I A;  1GNO A;  2ZJN A;  5HVP A;  5P32 A;  5P6H A;  1XE6 A;  4JPE A;  4YE3 A;  5P4Z A;  5P49 A;  2A4F A;  2AZB A;  1GVW A;  4MC2 A;  5P5W A;  3O9F A;  5P81 A;  3KFP A;  5OZI A;  1YTG A;  3OU1 B;  1FMU A;  2QI3 A;  5P8P A;  1BV7 A;  2IQG A;  5OZY A;  5P4D A;  3OQA A;  5P18 A;  5P13 A;  3JVY A;  3KT2 A;  3VLB A;  2BPZ A;  3KDB A;  3ZKX A;  2ER9 E;  4J1I A;  4IVT A;  5P8A A;  3RVI A;  2ZJK A;  5P5V A;  5KOQ A;  3TL9 A;  4PZX A;  2XFI A;  5P4E A;  4B77 A;  4ACX A;  3VV6 A;  4YD5 A;  3H0B A;  4LHH A;  1K2B A;  2ZJJ A;  5OYV A;  5P5G A;  1NPV A;  2QNN A;  4OD9 B;  3O9H A;  1SBG A;  2G1O A;  4COE A;  4QJ6 A;  3EBZ A;  3PEP A;  4GJ7 A;  5IVT A;  2HM1 A;  3Q4B A;  5APR E;  4Q1X A;  4Y3P A;  5P05 A;  3IAW A;  3L5B A;  4XX4 A;  2G21 A;  5P00 A;  4B05 A;  5IVS A;  2QHZ A;  3GI0 A;  3VF3 A;  3OY4 A;  3OUD A;  2HIZ A;  3SKG A;  4TRW A;  2VA7 A;  4Y3M A;  5P7Y A;  2SAM A;  5P16 A;  5P55 A;  4PYV A;  1MSN A;  4CPT A;  4TVH A;  5P2R A;  4HDB A;  5ENM A;  1T6G A;  1JLD A;  3SA5 A;  3BRA A;  3VUC A;  1BXQ A;  3NSH A;  3NU4 A;  4J1F A;  1FKN A;  1FLH A;  1TCW A;  5HDX A;  3KA2 A;  1ZPK A;  3IND A;  5P5K A;  5P03 A;  1LS5 A;  5I3V A;  5P66 A;  2RKF A;  3CMS A;  1ER8 E;  4MC1 A;  4I12 A;  5DGW A;  2FGU A;  1HBV A;  3I8W A;  1BIM A;  3QN8 A;  2PYN A;  1HHP A;  5P5C A;  3D1Z A;  3D91 A;  4EQJ A;  5P4K A;  5P23 A;  1OEW A;  1HVS A;  1W5Y A;  2OHS A;  2NXL A;  4NKK A;  5E5J A;  2FXE A;  2WEZ A;  4Y3G A;  5I3W A;  5P3D A;  2NXM A;  2PH8 A;  2APR A;  1XL2 A;  3PWM A;  4Y4U A;  1ZLF A;  5P5L A;  5TOL A;  4KB9 A;  5P24 A;  5P6M A;  4YOA A;  5P6J A;  1SME A;  2QNQ A;  4F73 A;  4Y5K A;  5P3L A;  2ER6 E;  3T7X A;  1TQF A;  2AQU A;  4LL3 A;  5I70 A;  4GJB A;  5P8U A;  5P1G A;  5P35 A;  1HPS A;  2J9K A;  3T3C A;  3S56 A;  5P42 A;  3NXE A;  2A1E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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