The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
244
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sequence length |
847
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structure length |
847
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Chain Sequence |
TGILTNKQAIARHFGVKQSEVVYFSVGAVLSGYKVIYDKGTQRAYSLPANIGSGVTAISLSPAGVLVHSAGSVDLGALAVTRKEYVTLPDTFTSGSVIQTKNELLTHNGTQYRWAGGLPKSVPLNSTPVSAGGISPTAWVIANDELIRQELNNGLIPPVGSTSVYDVPGIVVNTTTDNRAAAYAFPGKIFIPNGVTIRCNLLPDDDVRKFVGEGKLIVKNQWYAKDHTFDIAASMNGNNKTVNDEIYCAFRDQTFCRIGIIGDSITDGAWGKQDWSSPPTNSDGDLDAPSTYNHSLSGGSHSWTEHWMNGLLLTQSRRSGETIYQSANCSVSGKKLSDGWGYRNFDRGFFGNTRYGAEAPRVCILAMGWNDSSASIATYRDQIDKFVRKAWGYGCAVGIVTVNDNDSVRMAFELSTKKYMADKLGVEYFNLGPNLTSASSRNEQTGYYYYVKKDGTWDTTHPQELGQMAMGNAMYMQTLGNKYCRRVRPGDMLTQAAVENYWDCVGYPSGTHYAPQYVPVSGAPALNVFRFLSKCVTNENVTMTTMVWCEEEGMTVSLLEPWTNAAVVGQSHNIRVESPVGKALFESGEYQERNTQINAYRTVLNGKTAMSYFGGGKTLTTYMGRLRKGLNFIRYIIDGSPTDAYFPMLKFGSYKTDGVKLPMVRLSKEPNMTRPAPVMKQSNANDYGVFGEVLSGTQFSKTADSHLYNGASVGYLAVPRGLKKNTYIALNYNPLTNVGVLVGVNAAGNMCIGTFNNANPTDWVVFGDTTREDKGFKVWEYTSSSTGAHTFTVESDDGTATTSAFSTTVATSGYVGLYNPSASSQLFTLEYSMTIGNVGLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Function of bacteriophage G7C esterase tailspike in host cell adsorption.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia phage vb_ecop_g7c
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| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
Tail fiber protein
|
| total genus |
244
|
| structure length |
847
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| sequence length |
847
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-06-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF18668 | Tail_spike_N | Tail spike TSP1/Gp66 receptor binding N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 | ||
| Mainly Beta | Ribbon | Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) | Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4QNL A; 4OJL A; 4OJ5 A; 4OJ6 A; 4OJP A; 4OJO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4IRD A; 1X9M A; 4C4S A; 2PMZ C; 1S10 A; 5FP0 A; 2ZG6 A; 5AI9 A; 2EZX A; 1NKB A; 3MGV A; 4K4G A; 5AK4 A; 8ICG A; 1MSW D; 4DFM A; 5AM0 A; 2LYA A; 4QZ9 A; 4EBD A; 3RR8 A; 4I2A A; 3H8W A; 4NLN A; 2WF7 A; 1U4B A; 3GIK A; 2BKE A; 5ALZ A; 4DQI A; 2F8K A; 4I2E A; 3QEA Z; 2WF6 A; 2G0A A; 9ICV A; 5F3X B; 4NY2 A; 3ED5 A; 1XS9 D; 4P4O A; 2XGP A; 1FIQ A; 4P0P B; 3FC4 A; 4YFK A; 9ICB A; 3CRX A; 3BZC A; 2VA3 A; 2KG5 A; 4FZM A; 3KTQ A; 1WCL A; 4ICA A; 2E8O A; 2JXJ A; 2FMP A; 3UM9 A; 2Y9U A; 1B0X A; 3HKZ F; 4I27 A; 4FO6 A; 7ICQ A; 3WD2 A; 4J9M A; 4OCZ A; 3WD0 A; 3I76 A; 1E6P A; 2DUY A; 1ARO P; 3U26 A; 2RDJ A; 1E6R A; 1X9S A; 4NM1 A; 4PZO A; 2XD1 A; 3C2K A; 3QU5 A; 4DSJ A; 3ZDB A; 5BPV A; 2YB1 A; 2KN7 A; 3KKA C; 4CGZ A; 1ZQS A; 2C2R A; 3UMB A; 3M9O B; 1ECW A; 5AHX A; 2VJ5 A; 3RTV A; 2XO7 A; 4MF2 A; 4IRC A; 5KNI A; 3WK8 A; 3IDW A; 8ICS A; 2D3D A; 1SXD A; 3ETR A; 4DL6 A; 1NJW A; 3N7R C; 3UXO A; 1TE2 A; 2MSN A; 3EYZ A; 1OGG A; 4F4K A; 4BWM A; 2DQN B; 2AH5 A; 8ICU A; 3MR3 A; 4GHA A; 1IIP A; 3ZI4 A; 5B5E U; 1L3U A; 1ZD2 P; 3LVW A; 4KN7 A; 2AGO A; 2V9W A; 1XSN A; 4YMM A; 3ZDE A; 1H38 A; 2FJ6 A; 2KVC A; 4KLG A; 4GFJ A; 5J8Y A; 2JR5 A; 4YP3 A; 3C29 A; 4M9L A; 1C7Y A; 4DWI A; 2CPR A; 3M1Y A; 1KN5 A; 1A76 A; 1UA0 A; 2QKQ A; 4USA A; 3SD7 A; 4J9S A; 2F76 X; 4UAV A; 4RUC A; 4RPZ A; 4ELT A; 3JPP A; 5KFR A; 4F71 A; 4ED2 A; 3PSF A; 3SEI A; 4DQR A; 2NO4 A; 1X9X A; 7ICO A; 2H3I A; 3HW8 A; 4UB8 U; 4C4R A; 4YG2 A; 5DBC A; 3H40 A; 5J0P A; 1BPE A; 3TI0 A; 5KFJ A; 1UQV A; 1W1Y A; 1GO3 F; 3LK9 A; 3ISB A; 4KLL A; 3RJH A; 2KSO B; 5J29 A; 3TAQ A; 1ZQB A; 5J2B A; 1PK1 A; 3KBB A; 4NLC A; 4IBD A; 4I2F A; 4NZ3 A; 4DLG A; 3Q8Q B; 1Y88 A; 3EW9 A; 4J9R A; 4Y2T A; 5CJ7 A; 1Z1V A; 4R64 A; 3VCB A; 1KL9 A; 3QUB A; 4M0A A; 5DQG A; 4UB1 A; 4EZ6 A; 2H3V A; 3GU3 A; 2JV3 A; 3V72 A; 3T5K A; 3QU7 A; 3GDX A; 1NI3 A; 3GZF A; 1X6I A; 2H3Q A; 4YR3 A; 2JEF A; 1S77 D; 4YXJ A; 4RT3 A; 7ICR A; 4C0Z A; 4KIT B; 3BS5 A; 4ECT A; 2W54 A; 1Z4N A; 3N28 A; 2NRW A; 2C28 A; 3Q8P B; 1QQ6 A; 4QZA A; 3V7J A; 1HEK A; 3JPQ A; 4B9N A; 1S0M A; 2UVW A; 2JE5 A; 3RAX A; 4O3N A; 4Q8F A; 1YUE A; 8ICV A; 4P0P A; 3M8S A; 1Z3E B; 1FFU A; 4DEZ A; 5L1K A; 3DV9 A; 3OHA A; 4IBC A; 2H3F A; 2DF4 B; 4K4H A; 3H4D A; 3MGI A; 2PFO A; 5J2D A; 4Y2J A; 1RQL A; 1YZ6 A; 3LDA A; 4KLJ A; 3KFU F; 3QE9 Y; 5D4B A; 3MR2 A; 2HHS A; 4RNN A; 2KHQ A; 2R8J A; 2K89 A; 3K4G A; 3RB3 A; 1KSP A; 4IS7 A; 4UBC A; 8ICY A; 4Q45 A; 3BQ7 A; 3KZX A; 7ICS A; 3KS4 A; 4RQ3 A; 4K4I A; 5CB1 A; 3L29 A; 5AKL A; 4C8L A; 5C5J A; 1Q3V A; 4PZN A; 3JPS A; 3CP8 A; 3WK9 A; 5CA7 A; 5D49 A; 8ICK A; 2Y2Q A; 1WYG A; 4O3R A; 2LPE A; 2HSZ A; 5DQH A; 3ORY A; 3T5L A; 5KL1 B; 1PVR A; 3WK5 A; 2W8K A; 2YMP A; 2OWO A; 3GII A; 4RQ8 A; 2ZUC A; 1E6Z A; 5KT3 A; 4CF4 A; 2R8H A; 3TKA A; 4RQ7 A; 1JX4 A; 5KAF U; 3ISC A; 1YU4 A; 3THV A; 4P4M A; 4CDG A; 3RAQ A; 4Z6D A; 4J9Q A; 3RBE A; 8ICW A; 1U47 A; 1ZQR A; 2JMG A; 4F93 B; 5DG7 A; 3RH5 A; 2IBK A; 1TV9 A; 5KL8 B; 3BS7 A; 2HBJ A; 1ZQY A; 4B9T A; 2J6S A; 2AU0 A; 4IJE A; 4JWM A; 3V7L A; 4R63 A; 1KFT A; 3C2L A; 1EAK A; 1D8Y A; 5KG0 A; 4JV1 A; 4XQ8 A; 4ECS A; 2RHF A; 1YU1 A; 1O03 A; 2G08 A; 2RLT A; 4C7Y A; 4GHL A; 2MRL A; 5IIO A; 4ED8 A; 3ZD9 A; 1X6J A; 4DOB A; 4Z2H A; 4Q8E A; 7ICK A; 4JB3 A; 2W7P A; 1SL2 A; 3NVY A; 3DDH A; 1UT8 A; 7ICF A; 5TIS U; 9ICW A; 5J0U A; 5L1I A; 2I6X A; 3WK4 A; 1F44 A; 1N61 A; 3DEE A; 1KW4 A; 2BPG A; 3PMN A; 2AJQ A; 1KKX A; 4QWE A; 2BPC A; 3BDP A; 5AM1 A; 2FLP A; 4RQ1 A; 5ALE A; 2DGZ A; 4F4Z A; 1KQQ A; 4Z6E A; 3MFH A; 4YN4 A; 5GTI U; 3WKB A; 5AIC A; 1D8L A; 2ZIX A; 3AM9 A; 3WD4 A; 4PGQ A; 4OO1 J; 1O6I A; 5AKH A; 4BJQ A; 5L1M A; 4QWC A; 2W9B A; 1HUO A; 4P0Q B; 5KFC A; 2HHW A; 3QU2 A; 4UAU A; 3JPR A; 5ALF A; 7ICH A; 4Z2K A; 4TQS A; 1N5W A; 2F1J A; 1L6J A; 2PI5 A; 3Q8L A; 4TUP A; 4QW8 A; 3FYH A; 4LZD A; 2BPF A; 3F5A A; 3B9J A; 5J2I A; 3T5H A; 5KG1 A; 3B0Y A; 1MN8 A; 2ZIX B; 3E0F A; 1NZP A; 3HSH A; 5EE0 A; 3HIL A; 3WK7 A; 3PW0 A; 1BPY A; 5J0X A; 4DL7 A; 2P35 A; 1ZQP A; 3K1R B; 4DFP A; 2MUT B; 1X2I A; 4B6J A; 1MQ3 A; 1UR9 A; 1L7N A; 4F5N A; 5HR7 A; 2DKX A; 2ES6 A; 5EE1 A; 4DFK A; 2FLN A; 3E58 A; 4Y2Q A; 5ALR A; 2BCQ A; 1SKS A; 3PX6 A; 2BZF A; 1NJY A; 4M6W A; 2VA8 A; 5G5G A; 2HDO A; 2MU2 A; 1K1S A; 3H8J A; 3GIJ A; 4NL9 A; 3KOO A; 1T4G A; 3OPX A; 3H0M B; 5ALN A; 1MQ2 A; 1ZQK A; 5AM2 A; 3D6J A; 5J2J A; 3M9M B; 2QLT A; 2KJ8 A; 2YQE A; 1RYU A; 4GC6 A; 9ICU A; 2WFA A; 1JAL A; 4QWD A; 1SV0 C; 2Y2H A; 2ZIV B; 5KFL A; 9ICC A; 1WCN A; 2KD1 A; 1HIW A; 1BPB A; 5ALD A; 4RQ2 A; 4R65 A; 3OJU A; 1IM4 A; 5KFG A; 4QZF A; 5DB8 A; 5H2F U; 3C28 A; 2PKE A; 2JGA A; 9ICE A; 7ICJ A; 3HKZ C; 9ICF A; 5D46 A; 1ZYQ A; 3V7K A; 4F2R A; 1COK A; 4MB3 A; 5EOZ A; 1NK0 A; 2W9C B; 5F9L A; 3WKD A; 4EYI B; 1JXL A; 2JHD A; 1JN3 A; 5KFF A; 4YR0 A; 1N2X A; 4O5C A; 4C8N A; 4FBU A; 3MFI A; 2FPM A; 2BDU A; 4ED7 A; 4PHE A; 4RQ0 A; 5CP2 A; 4UAZ A; 5AI8 A; 5ALW A; 5EWF A; 3AU2 A; 9ICQ A; 1X9W A; 2KP7 A; 2ZUB A; 5BOM A; 5A0L A; 4EZ9 A; 2M0N A; 4KMU A; 4Q43 A; 5KFS A; 3SZ2 A; 4G9B A; 3SI8 A; 4MEX A; 1A77 A; 2KMD A; 1IV8 A; 3AU6 A; 2PXI A; 3HRD D; 1AQ6 A; 3WK6 A; 3PR4 A; 5KG4 A; 2IHM A; 1BPZ A; 3OJS A; 2WTF A; 4HYK A; 2ZJA A; 1SGG A; 4KLF A; 8ICP A; 3PZP A; 4Y2U A; 1UCV A; 2BHN A; 2HOI A; 3Q8S B; 1ZJM A; 3KS8 A; 3PO5 A; 4LG2 A; 2JEJ A; 2WAQ C; 4KX5 A; 5AIA A; 4O3Q A; 2ZTE A; 2FDR A; 1S5L U; 4RPX A; 2Y2I A; 2KIW A; 4US9 A; 3T5J A; 3TAD C; 2QB0 B; 3KHL A; 2W3R A; 2KOB A; 3MC1 A; 1ZQQ A; 2BG1 A; 2LYH A; 1ZD4 A; 9ICS A; 3AMZ A; 2HHX A; 2BCS A; 1YZ7 A; 1SZP A; 2XCP A; 8ICH A; 1BNO A; 4XA5 A; 1C20 A; 2G5I B; 3N7S C; 4F2S A; 2E8P A; 5KTQ A; 2IHN A; 4JV0 A; 5KFH A; 2J6U A; 1Z00 B; 2A1J A; 5KFK A; 1NOM A; 3T3F A; 3ICX A; 3BZK A; 3Q8K A; 3N97 B; 3UXP A; 4Y2R A; 1SZH A; 3NVV A; 4PJ0 U; 2W9M A; 2G07 A; 5CRX A; 2JZB A; 5ALI A; 4F91 B; 2KVS A; 3F2D A; 2HHQ A; 1QSS A; 5ALP A; 4PPX A; 4AP9 A; 3FDS A; 4B9V A; 2F1H A; 1H0G A; 2KTQ A; 2JH1 A; 4IBG A; 2FMS A; 3H7I A; 4C8O A; 1PK3 A; 8ICB A; 1SV0 A; 2UVU A; 1KTQ A; 5AKK A; 7ICG A; 5ALQ A; 2ZIW B; 4OD0 A; 3RB0 A; 1UHU A; 1RXV A; 5J0Q A; 4UBB A; 2ZUD A; 5ALL A; 4ECQ A; 1OUQ A; 3IG5 A; 3HWT A; 3A0H U; 2JEI A; 5KG5 A; 5J0R A; 3MQL A; 1RXW A; 4QJF B; 4RZR A; 3QYP A; 5KG3 A; 3PML A; 3R9K A; 3ZDD A; 5ALY A; 4C80 A; 1N56 A; 8ICF A; 4R8U A; 4ECX A; 5ALT A; 4NM2 A; 1N62 A; 5B66 U; 5J2F A; 2Y2K A; 1D9D A; 4TUQ A; 4ZOH C; 5L1L A; 1Z00 A; 4F4Y A; 4MFF A; 4CNQ A; 3UXN A; 3ETL A; 2C2D A; 1ZQH A; 4ECU A; 4MHV A; 1U9L A; 1QTM A; 4FS2 A; 3TQ1 A; 1GXD A; 1LVH A; 1L6N A; 4NLZ A; 2F8L A; 3C21 A; 2XY5 A; 9ICJ A; 5HHI A; 2XIC A; 2LM4 A; 3QZ8 A; 4IQV A; 3PNC A; 1ZQX A; 2EAN A; 3SR6 A; 3NTU A; 5KFV A; 3F53 A; 3GIM A; 1JUD A; 2LYB A; 2AXT U; 4KX3 A; 1KRP A; 3A0B U; 1BPX A; 4GH9 A; 3NRW A; 3NVW A; 2ZJ8 A; 5AI5 A; 3PSI A; 5III A; 5KFD A; 3PY8 A; 2LM1 A; 4JUZ A; 2YY6 A; 4JK1 A; 2UVR A; 2BDP A; 3QU9 A; 2P66 A; 4IBE A; 1BGX T; 3JPT A; 2D6F C; 4IR1 A; 2RQ5 A; 3KHG A; 2Y2L A; 1UPH A; 5KT5 A; 5KG6 A; 3GV5 B; 3EZ5 A; 3H0R B; 1L7P A; 5ALU A; 1IG6 A; 1KFS A; 3OSP A; 1ZQ1 C; 4Z2L A; 2DFL A; 2F44 A; 4DQQ A; 1B4F A; 4O3M A; 2QAR A; 1TAU A; 4OJ5 A; 4ECY A; 4XUS A; 2BCU A; 4P4P A; 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1NK7 A; 5DGB A; 4IR9 A; 2I1Q A; 3OGU A; 2VA2 A; 5DBA A; 4UB2 A; 2YN4 A; 1ZET A; 4P0Q A; 4TUS A; 2ALZ A; 4KLS A; 3VC8 A; 2KZM A; 1XSP A; 3AL0 B; 3RR7 A; 5KFT A; 1E6N A; 4CE6 A; 2V4Q A; 1JRO A; 3LWM A; 5IIK A; 1A0P A; 3SMV A; 3ZD8 A; 4I2I A; 2L5Y A; 1T3N A; 4IC9 A; 1L5U A; 1X40 A; 2GLE A; 8ICM A; 1NJZ A; 4DLE A; 2AGP A; 3M7P A; 2XY6 A; 5E79 U; 2Y2N A; 1ZQJ A; 5AKI A; 4YD2 A; 1DGJ A; 5KAI U; 2YMM A; 2ATL A; 3UMC A; 3L4P A; 8ICO A; 1NKE A; 5J2C A; 4OJL A; 5J0S A; 4FBT A; 5HP4 A; 2ZXH A; 3RBD A; 4PL2 A; 2K4E A; 3QX7 A; 1RG6 A; 2EAO A; 3IV6 A; 2K4I A; 3V6K A; 1PVP A; 1B22 A; 4DF4 A; 1OGB A; 2W11 A; 4M2Y A; 2BQR A; 1RYS A; 3N4M B; 1QLN A; 1V85 A; 4ECV A; 2CRX A; 4IBB A; 4DSI A; 4QZD A; 2W7O A; 2HOQ A; 2IOF A; 2NO5 A; 3IRU A; 4C7Z A; 5AIB A; 3I28 A; 3G6Y A; 2EZZ A; 2ZIU B; 3WX7 A; 4FZN A; 1U48 A; 2HVI A; 5KFI A; 1W1V A; 4RQ6 A; 3PVX A; 3TAC B; 4DS4 A; 1V9P A; 4AYB C; 4I2G A; 2HBM A; 2XY7 A; 8ICT A; 4OJP A; 2Y2P A; 1ZQU A; 1RPL A; 4QW9 A; 2ZTC A; 1SB3 C; 5DDM A; 3MR6 A; 3Q8M A; 1SKR A; 5BOL A; 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