The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
58
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structure length |
58
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Chain Sequence |
QQWKVGDKCSAIWSEDGCIYPATIASIDFKRETCVVVYTGYGNREEQNLSDLLSPICE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Crystal Structure of tudor domain of SMN1 in complex with a small organic molecule
rcsb |
| molecule keywords |
Survival motor neuron protein
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| total genus |
10
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| structure length |
58
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| sequence length |
58
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-06-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2R58 A; 2P0K A; 4PLI A; 2DAQ A; 4IUR A; 3MET A; 3OQ5 A; 4FU6 A; 3ZEH A; 5M9O A; 2EKO A; 3P8H A; 3MEA A; 5KCO A; 1OI1 A; 4IUQ A; 1MHN A; 5D6X A; 3NTK A; 3UWN A; 4BDY A; 4C5E A; 2R5M A; 2G3R A; 3OYK A; 4BE1 A; 1WJS A; 2RHU A; 4E7L A; 1XNI A; 5FRO A; 2HQX A; 3E9G A; 5C6S A; 3FEO A; 3EAE A; 2EQK A; 2EQU A; 2EQM A; 2BKD N; 2JTF A; 3L2R A; 5FRN A; 4BE0 A; 2K3X A; 3OYD A; 3OB9 A; 2EFI A; 4HCZ A; 2HQE A; 5KE2 A; 5KH6 A; 2M16 A; 3OYA A; 4QQ6 A; 2GF7 A; 3OS1 A; 1N27 A; 2GFU A; 5C0M A; 3L2U A; 2CKK A; 1WJR A; 4Z02 A; 2RJC A; 3OYM A; 3O8V A; 3FC3 A; 4E7H A; 2E6N A; 1OZ3 A; 4OVA A; 4BE2 A; 2EQJ A; 4L59 A; 2M1H A; 3ME9 A; 4UC4 A; 5J39 A; 3OS2 A; 2RI2 A; 2VYT A; 2X4Y A; 3DB3 A; 3OMC A; 3S3O A; 3OYJ A; 2DIG A; 3L2V A; 4QW2 A; 3OYE A; 2X35 A; 3F70 A; 4QQG A; 3S6W A; 3UT1 A; 3CEY A; 3DB4 A; 2RHZ A; 3LH0 A; 3S3M A; 2RHX A; 1G5V A; 3OYL A; 3LGL A; 2X4W A; 2L8D A; 1KHC A; 2RJD A; 2RI3 A; 2RJF A; 2L89 A; 4IUT A; 4N4H A; 3S3N A; 3OYB A; 2QQS A; 3FLG A; 2MWP A; 3QJ6 A; 2FHD A; 3MP6 A; 4PL6 A; 5J26 A; 3SD4 A; 4C5I A; 5IAY A; 3MP1 A; 3QII A; 1OZ2 A; 4A4H A; 5KCH A; 3OYC A; 3PFS A; 3FDR A; 1H3Z A; 3L2Q A; 3E9F A; 2X4X A; 2IG0 A; 3H8Z A; 3NTI A; 3Q1J A; 5IN1 A; 4ZTF A; 1SSF A; 4II1 A; 3OYF A; 2LCC A; 2B8A A; 3PMI A; 2RHY A; 2O4X A; 4EDU A; 4IUV A; 4CRI A; 2RO0 A; 2L3R A; 1OYX A; 2NLU A; 3QKJ A; 4A4G A; 3OYI A; 4BAC A; 2M0O A; 3LX7 A; 4QQD A; 2YRV A; 3OYH A; 3BDL A; 2LVM A; 3MEV A; 3LGF A; 2F5K A; 4A4E A; 3M9Q A; 2JZ2 A; 2LTO A; 3NTH A; 4IUP A; 2WAC A; 3OY9 A; 4BDZ A; 4ZTJ A; 2BUD A; 1WGS A; 3LLR A; 2K3Y A; 3ASK A; 5CIU A; 3OMG A; 4IUU A; 4RG2 A; 4N4G A; 3OYN A; 4B9W A; 3OYG A; 4LD6 A; 2GFA A; 2XK0 A; 4C5H A; 1WJQ A; 4C5G A; 2D9T A; 2RHI A; 4X34 A; 3QBY A; 3P8D A; 4QVZ A; 5KE3 A; 3OA6 A; 3MEU A; 2MWO A; 3MO8 A; 2O4X B; 4PLL A; 2QQR A; 5D6Y A; 4BD3 A; 2PQW A; 1RI0 A; 3PNW C; 3OS0 A; 5FRM A; 3LYI A; 2RJE A; 2RI5 A; 2E5Q A; 2BIV A; 4Q5W A; 5D6W A; 3MP8 A; 4FL6 A; 2R57 A; 3KUF A; 4E7J A; 2R5A A; 3C4S A; 4N4I A; 3PMT A; 4NS5 A; 2DIQ A; 3H6Z A; 2XDP A; 3L42 A; 2LRQ A; 4A4F A; 3L2W A; 3GOX A; 4E7K A; 2LDM A; 4IKF A; 3MEW A; 4B9X A; 3DLM A; 4E7I A; 4GY5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WX6 A; 5A0D A; 1BYM A; 3VYG A; 2MAM A; 2DRK A; 1AWJ A; 1BU1 A; 4ELZ C; 4M77 C; 1TS9 A; 3CC7 Q; 2C0I A; 4C8Q F; 3I55 Q; 2E65 A; 1WHH A; 1K9M R; 4BE0 A; 1G3S A; 2I2L A; 1B34 B; 4RTW A; 1WHK A; 3JCM W; 2O31 A; 2YRC A; 4Z02 A; 1YHQ Q; 1VQ7 T; 1M1F A; 4C0Z A; 5IXB A; 2EYZ A; 3OS2 A; 3F70 A; 1OEB A; 1XQH A; 1XOV A; 2JW4 A; 2MIO A; 3HKS A; 5FW9 A; 4F7U A; 4J9G A; 2RJF A; 2LZ6 B; 2FHD A; 3CME T; 3QWX X; 2D1X A; 2LMJ A; 2MYS A; 1R77 A; 2PTK A; 2ZAE A; 2DRM A; 3GP8 A; 2A36 A; 1JEG A; 4X1V A; 2GNC A; 3ZFJ A; 1GFD A; 1OPK A; 1B07 A; 4OP0 A; 4QKU A; 4KGV B; 2CUB A; 3UAT A; 2DPP B; 2K6D A; 1TUC A; 1LVK A; 1GCQ A; 1WI7 A; 4PK4 A; 3CCV T; 1ARK A; 3EGD B; 1WYX A; 4X34 A; 1VQ6 A; 1D1A A; 3P8D A; 4ESR A; 5D6Y A; 1W1F A; 2QQB A; 4PKC C; 1PKT A; 2DIL A; 4JLG A; 2VWF A; 4C92 G; 4J7F A; 1SF9 A; 2RN8 A; 1K73 C; 1GBQ A; 4XTV A; 1Z9Z A; 2DJQ A; 3G71 A; 1VQL T; 2DD4 A; 3FRN A; 4FT2 A; 1U3O A; 2R58 A; 4RKU E; 1YIT A; 2JT4 A; 2YUO A; 2GGR A; 2J6O A; 2XI9 A; 3GLX A; 3BY7 A; 1HYO A; 1QP2 A; 1HD3 A; 2MPX C; 1D1B A; 1RUW A; 2D8J A; 1VQ9 A; 4C8Q G; 2XHC A; 3QHS A; 2JS2 A; 1BK2 A; 2L5Q A; 5J3B A; 4OGE A; 2DYB A; 4M75 B; 4F17 A; 4LDV A; 2RQW A; 1WJR A; 3VS5 A; 4C0D C; 4KH1 B; 4L59 A; 2RI2 A; 2P4R A; 1YI2 A; 5FU6 C; 2CH4 A; 2RHZ A; 2DXT A; 2EKH A; 5CR2 A; 1SKU B; 2XD0 A; 4IUT A; 1QVG S; 1I1J A; 5KYW B; 3CXC S; 4EIK A; 3VS2 A; 1YN8 A; 2CT4 A; 4J9C A; 4AG2 C; 4M77 B; 2L3S A; 4JS4 A; 2YLB A; 4DBQ A; 3E9F A; 2X4X A; 5EC7 A; 3EFO B; 5IHK A; 1M1G A; 2ZGW A; 2JM8 A; 1YJW A; 2VKN A; 3CCE A; 2L3R A; 2K79 A; 2K3B A; 2FZC B; 3CMA A; 5GMK j; 2WAC A; 5DLQ E; 2KK4 A; 1KJW A; 1Z9Q A; 1J3T A; 3OYN A; 1ZLM A; 2KVQ G; 3CCR A; 1HK9 A; 1H8K A; 1W2B P; 1KSW A; 1PCX A; 5FRM A; 2YUN A; 3OW2 A; 2RJE A; 1PSE A; 2BIV A; 4JLI A; 2R57 A; 1QKX A; 4Y91 A; 3I5R A; 3L42 A; 1TH7 A; 1OQK A; 1RLP C; 5KCO A; 1YIT Q; 1OI1 A; 2HSP A; 2OI3 A; 3LWI A; 3UWN A; 4OML A; 4PJO C; 2RHU A; 2ZPH B; 1VQ9 Q; 2QGF B; 2EQU A; 1YJ9 A; 1PD0 A; 1RAI B; 3X26 B; 4M78 C; 4MDW A; 4GLM A; 1H64 1; 1IHW A; 5GMK h; 1N6A A; 2CKK A; 3UPU A; 4IIO A; 1K8A C; 4F7U E; 2KR3 A; 3V8L A; 1FXX A; 3EGD A; 2QQ9 A; 2YLC A; 3SWN C; 1QQJ A; 2VYT A; 3EH1 A; 2FO0 A; 2VC8 A; 2QK0 A; 3S6W A; 3PT9 A; 2L3P A; 3R6N A; 3UT1 A; 5GAN 8; 1NYF A; 1FWZ A; 3DB4 A; 2D8H A; 5CKH A; 5FU7 C; 2X4W A; 3CBP A; 4XTU A; 2QEX A; 1PWT A; 1H92 A; 3OYB A; 2DLP A; 5IHN A; 2LNV A; 3FLG A; 4LE9 A; 4FW1 A; 1OZ2 A; 1VIE A; 3EGU A; 4A4H A; 4EPC A; 4BI4 A; 4JUV A; 2HSE B; 3NTI A; 1PSF A; 2B86 A; 4XTX A; 4F7U F; 1GRI A; 1YIJ T; 4RTZ A; 4C0D B; 3CCE Q; 3MKD A; 2JZ2 A; 4JZ4 A; 4QT7 A; 2RQR A; 4M78 D; 5LJ3 e; 1HSQ A; 3CMA Q; 4M75 A; 5LJ5 h; 5FU6 B; 4B9W A; 1N5Z A; 2QAZ A; 3VS0 A; 2FPE A; 1IO6 A; 1KQS A; 1UG1 A; 1SHF A; 3A8G B; 2V26 A; 3JB9 H; 3QDF A; 1Y7X A; 1YJN T; 2E5Q A; 2LQN A; 1GXI E; 4BI8 B; 1K8A U; 1TUD A; 5GAM j; 1SG5 A; 1M5Q 1; 3CCU Q; 5GAM g; 5KYW A; 2V1R A; 5LJ5 f; 4RTU A; 4BI3 A; 2I0N A; 4PLI A; 4IUR A; 2BE9 B; 4C92 A; 1QP3 A; 1UHC A; 1C0M A; 4HCK A; 5LJ5 d; 1SPK A; 3EFO A; 4PJJ A; 2Z0W A; 1ZSG A; 3NTK A; 4J83 A; 3CCJ Q; 2G3R A; 1M9S A; 4OMQ A; 2KYM A; 3E9G A; 2OTL A; 2EQM A; 2O01 E; 4AMC A; 2BKD N; 3L2R A; 5GAO r; 3OW2 P; 4A4K A; 4DBR A; 4JRP A; 4C8Q A; 2GFU A; 1Q7Y R; 1UTI A; 3CCS A; 4LDY A; 4M7A E; 1D3B A; 1OZ3 A; 3S3O A; 2P4T A; 3HRS A; 3OYY A; 4C0G A; 3CCL A; 2COZ A; 4HXJ A; 3VS7 A; 2BZ8 A; 3PVQ A; 4JRK A; 4HT8 A; 1NJI U; 2E70 A; 5HKC A; 2QEX Q; 1D0Z A; 1Q86 R; 1GL5 A; 4PJO B; 1PM3 A; 3QII A; 2CSI A; 5GAM h; 1E7O A; 2KT8 A; 4M7D C; 4PJL A; 2JM9 A; 2RQU A; 4M78 B; 2YT6 A; 2RHY A; 3QZ9 B; 2NUT A; 4EDU A; 4QVC A; 1SRL A; 2EYY A; 4ZGD B; 4QQD A; 2LCL A; 2K2V A; 4JRI A; 4A4E A; 5CAI A; 2F5K A; 2QA4 T; 4E7S A; 3SWN B; 1ZQ1 A; 2ZPF B; 2YWW A; 2OX7 A; 1M2O A; 2LQW A; 2F1L A; 5FU7 B; 2DL4 A; 3MEU A; 1VQ5 T; 2O4X B; 4BD3 A; 5GAM d; 3V7R A; 1Q82 R; 2M02 A; 3JCM J; 2AZS A; 5GJW B; 2F69 A; 3C4S A; 1VQO Q; 3G4S T; 3PMT A; 3LWH A; 1RLQ C; 1C1A A; 3LW5 E; 1K9M U; 1YWP A; 1VQM T; 4Z8A A; 2FRY A; 1SEM A; 5D7U A; 2J06 A; 2KXC A; 3VS4 A; 3NPF A; 2QI2 A; 2OTJ T; 2EYW A; 2CDT A; 1UGV A; 3CC4 T; 1WLP B; 1T3S A; 1KQS P; 1XNI A; 4X9D A; 2CZ0 B; 2JMA A; 4HCB A; 1MMD A; 2EQI A; 2PNI A; 4E2F B; 4C0F A; 2OTL Q; 4HCZ A; 4XTY A; 2A08 A; 4MZM A; 5CVI A; 3EFS A; 3BDU A; 5GAN j; 1K0S A; 4E7H A; 1EX4 A; 5GAN g; 3ME9 A; 4BUG A; 1NLO C; 5AYF A; 5CKB A; 4R55 A; 5IHI A; 3I55 A; 1QVP A; 4ELY C; 3OYL A; 2L8D A; 1AT1 B; 2E3I A; 2KEA A; 3CCL Q; 3EG1 A; 1OU8 A; 3TRE A; 1WQ7 A; 3QJ6 A; 1Q95 G; 1S1N A; 3I56 A; 1MNE A; 1MMG A; 1KQS S; 2CP3 A; 3FDR A; 1FMW A; 3V7S A; 1OUL A; 2HBP A; 4M7A D; 2FPF A; 4NL2 A; 1TU0 B; 2JN0 A; 2J6F A; 3VRY A; 4PJM A; 2AZV A; 5CKD A; 4F16 A; 1U1T A; 3C95 A; 2QG9 B; 3EFR A; 1VA7 A; 1WFW A; 1PKS A; 2LTO A; 3QPH A; 1EIF A; 3CC7 T; 1C6V X; 4F14 A; 4D8K A; 3M0Q A; 4RG2 A; 1Y96 B; 3OYG A; 2XK0 A; 5GMK i; 4XTW A; 2HNI A; 3HRU A; 3OA6 A; 3OS0 A; 2HMA A; 4C92 E; 4RCC A; 2EW3 A; 4M75 F; 1JRI A; 1WXU A; 3NGP A; 3SEM A; 1TUG B; 4O6J A; 1E6H A; 4M7D B; 1M90 U; 2GQV A; 2ATC B; 1ZBJ A; 1QCO A; 7AT1 B; 4DQ2 A; 1N9R A; 4E7I A; 4PJO A; 2SRC A; 3OQ5 A; 4F04 B; 2HKQ B; 4C8Q E; 2DM1 A; 1MHN A; 4J9I A; 1NBE B; 3TSZ A; 2H8H A; 4V2S A; 1BIA A; 1OX9 A; 4E7L A; 2JXB A; 5GAN d; 1OOT A; 3FEO A; 2LCS A; 3EAE A; 2LQ8 A; 4M77 F; 1KIK A; 2E41 A; 3RMS A; 3VS6 A; 1RI9 A; 2HKN A; 3M0U A; 1V29 B; 1JBM A; 2K2M A; 2DE0 X; 1WHG A; 1TOV A; 3FJP A; 1G3T A; 1MMN A; 2KNB B; 2XDD A; 3CEY A; 3SHW A; 1VQ7 A; 2EYX A; 3S3M A; 2RHX A; 1LNX A; 1ZA2 B; 1XJW B; 3JCM Q; 2DK3 A; 2RI3 A; 4AT1 B; 3QUI A; 1KD1 C; 2QDY B; 3QDR B; 5IAY A; 1MV3 A; 3TEE A; 9ATC B; 4AFQ C; 1U1S A; 3I56 Q; 3H8Z A; 1WDX A; 3CBM A; 4CC7 A; 2P84 A; 4J9B A; 1QCN A; 1VQN A; 3BDL A; 1UJY A; 1S72 Q; 4XAX B; 2LP5 A; 1MV0 B; 4J6W A; 1QLY A; 2K57 A; 2K3Y A; 2NUP A; 4N0A C; 3JCM P; 1W2B A; 1WXT A; 4N4G A; 1WJQ A; 3OSV A; 2OAW A; 3H0I A; 3I9Q A; 3TQ7 P; 5KE3 A; 2GCX A; 3M4G A; 1N8R R; 2VV5 A; 3VS3 A; 4M75 G; 3OBW A; 3EHR A; 4N4I A; 2ROL A; 3KBG A; 5GAO p; 3GOX A; 2Y4Y A; 4B9X A; 4NOY A; 1VQ8 Q; 2QDL A; 2E3H A; 1K1Z A; 1KK7 A; 2NWM A; 3A8H B; 3N5B B; 2KAF A; 1FYN A; 4J9D A; 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2DAQ A; 2IPO B; 4AFS C; 3ZEH A; 4XU1 A; 2HEQ A; 2EKO A; 5CCA A; 4FYW B; 2ESW A; 3NHN A; 3ULR B; 4PFZ A; 5LJ3 f; 5C6S A; 2EQK A; 2ABL A; 1MMA A; 4PJO F; 4DEY A; 3JCM h; 1W6X A; 3CCU A; 2K3X A; 3HFO A; 1YJW T; 3CCE T; 3HPW A; 2LJ3 A; 3T9N A; 4HKE A; 3OYM A; 1Q86 U; 3O8V A; 3FC3 A; 3TVT A; 3MJX A; 2K4Y A; 2CP2 A; 2X4Y A; 5HK3 A; 3CCJ A; 2X35 A; 2LQK A; 2VUB A; 3CCR T; 1B7T A; 2P0Q A; 2YRD A; 1KHC A; 5LJ5 j; 3E19 A; 3JCM f; 1W2B S; 2H3E B; 5LJ5 g; 3EG3 A; 2F2X A; 3GIB A; 2DA9 A; 5GMK l; 1ZA1 B; 3JCM d; 4DA4 A; 2Y90 A; 5LL6 S; 1KQ2 A; 3CCQ A; 1VYU A; 2ZZD A; 3DLL A; 1Q82 U; 1WIE A; 3G6E A; 4QVD A; 1IB8 A; 3EG9 B; 2IVW A; 1QCF A; 3PTA A; 4D8D A; 1YP5 A; 3ASK A; 1VQP T; 2DL5 A; 1QVF P; 4HVW A; 3VYH B; 1X01 A; 5A0G A; 1YJ9 T; 3CCM Q; 1TG0 A; 4VUB A; 3HSB A; 2LC4 A; 2CP5 A; 1M8V A; 2M51 A; 1Y71 A; 2GTJ A; 5KYU B; 2JVV A; 2EBP A; 2HCK A; 3CD6 A; 1QMC A; 4FYX B; 5KYY B; 3QXE B; 1BI1 A; 4OMO A; 3C94 A; 1CKB A; 2CH4 W; 3WVE B; 4E7K A; 1YJN A; 5FWB A; 2AIR B; 2KGT A; 2WSF E; 2DXB A; 2J7I A; 2ZPB B; 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