4QZSA

Crystal structure of the first bromodomain of human 3-fluoro tyrosine-labeled brd4 in complex with jq1
Total Genus 34
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
127
structure length
120
Chain Sequence
b'SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDKIIKTPMDMGTIKKRLENNWNAQECIQDFNTMFTNCINKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Fluorinated aromatic amino acids are sensitive (19)f NMR probes for bromodomain-ligand interactions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 34
structure length 120
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4qzsA01
4Z1QA 4O7BA 3I3JA 4YADA 5JI8A 5LVQA 5CUBA 5DFDA 5FE8A 5EA1A 4TQNA 4CUPA 4YY6A 3DAIA 4YBSA 5H1UA 5CQ8A 2I8NA 4HXOA 4O7AA 2MJVB 5CQ3A 5FE3A 4N4HA 5LUUA 4QNSA 2OUOA 4N4GA 5JWMA 5CGPA 5CQ6A 4XY9A 2D82A 5HFQA 5DKCA 3ZYUA 4CUTA 4TT4A 2RNXA 4MENA 4O75A 3O34A 4QSSA 3IU5A 4UYHA 4HBYA 5I7XA 4A9LA 4YYIA 5FG5A 3FKMX 3P1FA 5KTXA 2DVVA 5DYAA 5A5PA 5L8UA 5EPRA 5I1QA 5CQAA 4QC1A 3GG3A 5C89A 5EWCA 2L84A 4LC2A 4XUAA 5CQ7A 5D3PA 5I80A 4QR5A 3O37A 4YK0A 5DFCA 5FE9A 5DW1A 5D24A 5E9IA 4UYFB 3HMEA 5F3AA 4J0SA 2E7NA 4UYFA 4O7EA 4QB3A 5DYUA 2F6JA 5FDZA 4J0RA 5AD3A 5FE6A 5AMFA 4QSQA 4CFLA 5KU3A 2RS9B 5A83A 4RVRA 5HQ7A 5IBNA 3U5JA 4YYDA 4E96A 4TZ8A 4O74A 5E73A 5DYXA 4UIYA 3P1CA 4OGIA 4OUFA 5II1A 4NQMA 4QSUA 4BJXA 4A9IA 5DLZA 5A82A 3AADA 4LRGA 5D26A 5F60A 5HQ5A 4DONA 5ENIA 4ZC9A 4UIZA 5FE5A 3UVXA 1WUGA 5F36A 4IORA 4QR3A 2L5EA 5I89A 3HMFA 5CUEA 2YEMA 4ZW1A 4MR4A 4MEPA 5HCLA 5EGUA 5A81A 5FBXA 5DLXA 4IR4A 3AQAA 5CTLA 2R0YA 3DWYA 4PCIA 4QR4A 5E7DA 5FH6A 4ALHA 4YBMA 4QC3A 4Z93A 3QZVA 4YBTA 3ONIA 4HXSA 5DFBA 4NRBA 5FG6A 4PS5A 4CURA 2L85A 5BT3A 5F61A 4MR6A 5CUAA 4TTEA 4O76A 5DKDA 4UIUA 5FH7A 5LVRA 5E9KA 4NRCA 4LR6A 3LJWA 3UV5A 5FFYA 4A9NA 5H1TA 5LJ2A 4KCXA 2RO1A 5CPEA 5ACYA 5E3DA 4NS5A 5D25A 5CUDA 4NR7A 2KTBB 4PY6A 5D0CA 4NR6A 5G4RA 5K29A 2R0SA 4XY8A 4UITA 3U5LA 5ENBA 5A5OA 5L99A 2LSPB 4YC9A 4UIVA 1ZS5A 5DX4A 5EK9A 4QY4A 5BT5A 5HRXA 3Q2EA 4O7FA 4HXKA 2DWWA 5G4SA 5IG6A 4O77A 1JM4B 3U5MA 4YAXA 5I29A 4YYMA 4TT6A 5D3SA 4QSTA 5IIDA 4BHWA 4HBWA 3LXJA 5HFRA 1F68A 4PCEA 2YYNA 5E9LA 5TB6A 4A9HA 2YQDA 5A7CA 4NYWA 5DKHA 5COIA 4LYSA 4O7CA 5D7XA 3G0LA 4MR5A 5EICA 4MR3A 4Y03A 5EWHA 3QZTA 4QEWA 4QSXA 4UYGA 3U5PA 5A5SA 3D7CA 5DYCA 5D3TA 4HXLA 4IR6A 4NXJA 5DW2A 2R10A 4YYKA 4MEOA 3SVFA 2RNYA 4QYDA 4YATA 3UVWA 5HM0A 4N4FA 5H1VA 4UYDA 4HBXA 4TT2A 4C67A 4HXNA 5FFWA 4A9OA 5I88A 4O72A 5I83A 4OGJA 5CU8A 5FE2A 4NUDA 2R0VA 5AD2A 3Q2FA 5HLSA 4HXRA 5FB1A 5EISA 4QSWA 5D3HA 5F62A 4NUCA 2DVQA 4AKNA 4KV1A 4LZSA 5CP5A 3QZSA 5A5NA 2RNWA 5CUGA 5FE7A 4YH4A 3O33A 5KO4A 5FH8A 5AMEA 5DY7A 2D9EA 5I86A 5EQ1A 3UW9A 5D3NA 2DKWA 4TU6A 4CLBA 4QBMA 5CRZA 2DATA 4WHUA 4LDFA 4J1PA 4NRAA 5L98A 3P1DA 4ALGA 4LYIA 4FLPA 5EM3A 2YEKA 5IGKA 3SVHA 5E9VA 5IGLA 4NR4A 4TZ2A 5L8TA 3TLPA 5LJ0A 5C87A 3JVLA 3MB4A 3NXBA 2RFJA 5HELA 4TYLA 4QSPA 3JVJA 2RI7A 5FFVA 3P1EA 4O71A 5D3JA 4WIVA 5F2PA 4N4IA 4XYAA 4YY4A 4LYWA 5EU1A 1N72A 2I7KA 4NYVA 4QSRA 5HRVA 3S91A 4O78A 1X0JA 4TS8A 5ENJA 4XUBA 4YYNA 5LKZA 3U5NA 3UVYA 2DVSA 5F5ZA 5L97A 4PTBA 2DVRA 5IGMA 4YH3A 4CUQA 3O36A 5KHMA 4Z6IA 1E6IA 2G4AA 5H85A 5EV9A 5ENGA 5J0DA 3MB3A 5CQ5A 5ETBA 5D3RA 3RCWA 3UV4A 5F1HA 3JVKA 3HMHA 5A5RA 5HJCA 3UVDA 5C85A 2E7OA 5HEMA 4NR9A 4QSVA 4X2IA 1WUMA 4LZRA 5TCMA 4BW2A 4C66A 5C8GA 4QEVA 5FE0A 4O70A 4Q0OA 4A9JA 3LQJA 4NQNA 4Q0NA 3MXFA 2YELA 5CY9A 4HBVA 4Z6HA 4QUTA 5L96A 5E0RA 4NYXA 5EVAA 5ENCA 3S92A 4CUUA 4IR3A 5EWVA 3MQMA 5HENA 4HXMA 4IOQA 5LKUA 5BT4A 4YYGA 5IGNA 5CS8A 5ENHA 2OSSA 4YYHA 5CRMA 3IU6A 5I7YA 3O35A 4ZQLA 5EI4A 4BW4A 4Z1SA 4A9EA 3SVGA 2YDWA 5FG4A 3UV2A 5CFWA 4NUEA 4LZ2A 4YYJA 2E3KA 4A9KA 3P5OA 3U5OA 4IOOA 1JSPB 4BW3A 5KTWA 5C4QA 5F63A 2WP1A 4NR5A 2WP2A 5CZGA 5FE4A 5KTUA 2OO1A 4QYLA 4UYEA 5EWWA 5EP7A 5EPBA 5ENFA 5II2A 4QEUA 2H60A 3LQIA 4CL9A 4IR5A 5FE1A 4WHWA 3MULA 3G0JA 5DBMA 4MEQA 4A9MA 5E3GA 4N3WA 4UIXA 5I40A 5EPSA 5ENEA 5A85A 2F6NA 2GRCA 5F25A 2N9GA 4QZSA 4TU4A 2FSAA 5E9YA 3MUKA 2YW5A 4UIWA 4QUUA 4BW1A 5EWDA 3U5KA 3K2JA 5HQ6A 5CQ4A 4PKLA 4CFKA 5C7NA 3JVMA 5F1LA 4A9FA 5E9MA 5FB0A 5LKXA 4YABA 5LKTA 4J3IA 4NR8A 3LQHA 5HRWA 4F3IA 5A5QA 5E74A 2NXBA 5CQTA 5CUCA 5ETDA 4CUSA 1EQFA 5D3LA 4HXPA 4GPJA 5LJ1A 4KV4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z1QA 4O7BA 3I3JA 4YADA 5JI8A 5LVQA 5CUBA 5DFDA 5FE8A 5EA1A 4TQNA 4CUPA 4YY6A 3DAIA 4YBSA 5H1UA 5CQ8A 2I8NA 4HXOA 4O7AA 2MJVB 5CQ3A 5FE3A 4N4HA 5LUUA 4QNSA 2OUOA 4N4GA 5JWMA 5CGPA 5CQ6A 4XY9A 2D82A 5HFQA 5DKCA 3ZYUA 4CUTA 4TT4A 2RNXA 4MENA 4O75A 3O34A 4QSSA 3IU5A 4UYHA 4HBYA 5I7XA 4A9LA 4YYIA 5FG5A 3FKMX 3P1FA 5KTXA 2DVVA 4AKGA 5DYAA 5A5PA 5L8UA 5EPRA 5I1QA 5CQAA 4QC1A 3GG3A 5C89A 5EWCA 2L84A 4LC2A 4XUAA 5CQ7A 5D3PA 5I80A 4QR5A 3O37A 4YK0A 5DFCA 5FE9A 5DW1A 5D24A 5E9IA 4UYFB 3HMEA 5F3AA 4J0SA 2E7NA 4UYFA 4O7EA 4QB3A 5DYUA 2F6JA 5FDZA 4J0RA 5AD3A 5FE6A 5AMFA 4QSQA 4CFLA 5KU3A 2RS9B 5A83A 4RVRA 5HQ7A 5IBNA 3U5JA 4YYDA 4E96A 4TZ8A 4O74A 5E73A 5DYXA 4UIYA 3P1CA 4OGIA 4OUFA 3D1BA 4NQMA 4QSUA 5II1A 4BJXA 4A9IA 5DLZA 5A82A 3AADA 4LRGA 5D26A 5F60A 5HQ5A 4DONA 5ENIA 4ZC9A 4UIZA 5FE5A 3UVXA 1WUGA 5F36A 4IORA 4QR3A 2L5EA 5I89A 3HMFA 5CUEA 2YEMA 4ZW1A 4MR4A 4MEPA 5HCLA 5EGUA 5A81A 5FBXA 5DLXA 4IR4A 3AQAA 5CTLA 2R0YA 3DWYA 4PCIA 4QR4A 5E7DA 5FH6A 4ALHA 4YBMA 4QC3A 4Z93A 3QZVA 4YBTA 3ONIA 4HXSA 5DFBA 4NRBA 5FG6A 4PS5A 4CURA 2L85A 5BT3A 5F61A 2EJNA 4MR6A 5CUAA 4TTEA 3D1DA 4O76A 5DKDA 4UIUA 5FH7A 5LVRA 5E9KA 4NRCA 4LR6A 3LJWA 3UV5A 5FFYA 4A9NA 5H1TA 5LJ2A 4KCXA 2RO1A 5CPEA 5ACYA 5E3DA 4NS5A 5D25A 5CUDA 4NR7A 2KTBB 4PY6A 5D0CA 4NR6A 5G4RA 5K29A 2R0SA 4XY8A 4UITA 3U5LA 5ENBA 5A5OA 5L99A 2LSPB 4YC9A 4UIVA 1ZS5A 5DX4A 1PUOA 5EK9A 4QY4A 5BT5A 5HRXA 3Q2EA 4O7FA 4HXKA 2DWWA 5G4SA 5IG6A 4O77A 1JM4B 3U5MA 4YAXA 5I29A 4YYMA 4TT6A 5D3SA 4QSTA 5IIDA 4BHWA 4HBWA 3LXJA 5HFRA 1F68A 4PCEA 2YYNA 5E9LA 5TB6A 4A9HA 2YQDA 5A7CA 4NYWA 5DKHA 5COIA 4LYSA 4O7CA 5D7XA 3G0LA 4MR5A 5EICA 4MR3A 4Y03A 5EWHA 3QZTA 4QEWA 4QSXA 4UYGA 3U5PA 5A5SA 3D7CA 5DYCA 5D3TA 4HXLA 4IR6A 4NXJA 5DW2A 2R10A 4YYKA 4MEOA 3SVFA 2RNYA 4QYDA 4YATA 3UVWA 5HM0A 4N4FA 5H1VA 4UYDA 4HBXA 4TT2A 4C67A 4HXNA 5FFWA 4A9OA 5I88A 4O72A 5I83A 4OGJA 5CU8A 5FE2A 4NUDA 2R0VA 5AD2A 3Q2FA 5HLSA 4HXRA 5FB1A 5EISA 4QSWA 5D3HA 5F62A 4NUCA 2DVQA 4AKNA 4KV1A 4LZSA 5CP5A 3QZSA 5A5NA 2RNWA 5CUGA 5FE7A 4YH4A 3O33A 5KO4A 5FH8A 5AMEA 5DY7A 2D9EA 5I86A 5EQ1A 3UW9A 5D3NA 2DKWA 4TU6A 4CLBA 4QBMA 5CRZA 2DATA 4WHUA 4LDFA 4J1PA 4NRAA 5L98A 3P1DA 4ALGA 4LYIA 4FLPA 5EM3A 2YEKA 5IGKA 3SVHA 5E9VA 5IGLA 4NR4A 4TZ2A 5L8TA 3TLPA 5LJ0A 5C87A 3JVLA 3MB4A 3NXBA 2RFJA 5HELA 4TYLA 4QSPA 3JVJA 2RI7A 5FFVA 4AI6A 3P1EA 4O71A 5D3JA 4WIVA 5F2PA 4N4IA 4XYAA 4YY4A 4LYWA 5EU1A 1N72A 2I7KA 4AKIA 4NYVA 4QSRA 5HRVA 3S91A 4O78A 1X0JA 4TS8A 5ENJA 4XUBA 4YYNA 5LKZA 3U5NA 3UVYA 2DVSA 5F5ZA 5L97A 4PTBA 2DVRA 5IGMA 4YH3A 4CUQA 3O36A 5KHMA 4Z6IA 1E6IA 2G4AA 5H85A 5EV9A 5ENGA 5J0DA 3MB3A 5CQ5A 5ETBA 5D3RA 3RCWA 3UV4A 5F1HA 3JVKA 3ERRA 3HMHA 5A5RA 5HJCA 3UVDA 5C85A 2E7OA 5HEMA 4NR9A 4QSVA 4X2IA 1WUMA 4LZRA 5TCMA 4BW2A 4C66A 5C8GA 4QEVA 5FE0A 4O70A 4Q0OA 4A9JA 3LQJA 4NQNA 4Q0NA 3MXFA 2YELA 5CY9A 4HBVA 4Z6HA 4QUTA 4AKHA 5L96A 5E0RA 4NYXA 5EVAA 5ENCA 3S92A 4CUUA 4IR3A 5EWVA 3MQMA 5HENA 4HXMA 4IOQA 5LKUA 5BT4A 4YYGA 5IGNA 5CS8A 5ENHA 2OSSA 4YYHA 3VKHA 5CRMA 3IU6A 5I7YA 3O35A 4ZQLA 5EI4A 4BW4A 4Z1SA 4A9EA 3SVGA 2YDWA 5FG4A 3UV2A 5CFWA 4NUEA 4LZ2A 4YYJA 2E3KA 4A9KA 3P5OA 3U5OA 4IOOA 1ZKRA 1JSPB 4BW3A 5KTWA 5C4QA 5F63A 2WP1A 4NR5A 2WP2A 5CZGA 5FE4A 5KTUA 2OO1A 4QYLA 4UYEA 5EWWA 5EP7A 5EPBA 5ENFA 5II2A 4QEUA 2H60A 3LQIA 4CL9A 4IR5A 5FE1A 4WHWA 3MULA 3G0JA 5DBMA 4MEQA 4A9MA 5E3GA 4N3WA 4UIXA 5I40A 5EPSA 5ENEA 5A85A 2F6NA 2GRCA 5F25A 2N9GA 4QZSA 4TU4A 2FSAA 5E9YA 3VKGA 3MUKA 2YW5A 4UIWA 4QUUA 4BW1A 5EWDA 3U5KA 3K2JA 5HQ6A 5CQ4A 4PKLA 4CFKA 5C7NA 3JVMA 5F1LA 4A9FA 5E9MA 5FB0A 5LKXA 4YABA 5LKTA 4J3IA 4NR8A 3LQHA 5HRWA 4F3IA 5A5QA 5E74A 2NXBA 5CQTA 5CUCA 5ETDA 4CUSA 1EQFA 5D3LA 4HXPA 4GPJA 5LJ1A 4KV4A
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Z1Q A;  4O7B A;  3I3J A;  4YAD A;  5JI8 A;  5LVQ A;  5CUB A;  5DFD A;  5FE8 A;  5EA1 A;  4TQN A;  4CUP A;  4YY6 A;  3DAI A;  4YBS A;  5H1U A;  5CQ8 A;  2I8N A;  4HXO A;  4O7A A;  2MJV B;  5CQ3 A;  5FE3 A;  4N4H A;  5LUU A;  4QNS A;  2OUO A;  4N4G A;  5JWM A;  5CGP A;  5CQ6 A;  4XY9 A;  2D82 A;  5HFQ A;  5DKC A;  3ZYU A;  4CUT A;  4TT4 A;  2RNX A;  4MEN A;  4O75 A;  3O34 A;  4QSS A;  3IU5 A;  4UYH A;  4HBY A;  5I7X A;  4A9L A;  4YYI A;  5FG5 A;  3FKM X;  3P1F A;  5KTX A;  2DVV A;  5DYA A;  5A5P A;  5L8U A;  5EPR A;  5I1Q A;  5CQA A;  4QC1 A;  3GG3 A;  5C89 A;  5EWC A;  2L84 A;  4LC2 A;  4XUA A;  5CQ7 A;  5D3P A;  5I80 A;  4QR5 A;  3O37 A;  4YK0 A;  5DFC A;  5FE9 A;  5DW1 A;  5D24 A;  5E9I A;  4UYF B;  3HME A;  5F3A A;  4J0S A;  2E7N A;  4UYF A;  4O7E A;  4QB3 A;  5DYU A;  2F6J A;  5FDZ A;  4J0R A;  5AD3 A;  5FE6 A;  5AMF A;  4QSQ A;  4CFL A;  5KU3 A;  2RS9 B;  5A83 A;  4RVR A;  5HQ7 A;  5IBN A;  3U5J A;  4YYD A;  4E96 A;  4TZ8 A;  4O74 A;  5E73 A;  5DYX A;  4UIY A;  3P1C A;  4OGI A;  4OUF A; 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