The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
162
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structure length |
162
|
Chain Sequence |
TRSPAWAQAVDPSINLYRMSPTLYRSALPNAQSVALLQRLQVKTVVSFIKDDDRAWLGQAPVRVLSLPTHADRVDDAEVLSVLRQLQAAEREGPVLMHCKHGNNRTGLFAAMYRIVVQGWDKQAALEEMQHGGFGDEDDMRDASAYVRGADVDGLRLAMANG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and Biochemical Analysis of Tyrosine Phosphatase Related to Biofilm Formation A (TpbA) from the Opportunistic Pathogen Pseudomonas aeruginosa PAO1
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein tyrosine phosphatase TpbA
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa pao1
|
| total genus |
56
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| structure length |
162
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| sequence length |
162
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-08-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03162 | Y_phosphatase2 | Tyrosine phosphatase family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A | Protein tyrosine phosphatase superfamily |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3S3F A; 2F6V A; 1OHE A; 2QEP A; 2I4H A; 2M3V A; 1PYN A; 4PVG A; 2I4E A; 2HC1 A; 2C7S A; 3EB1 A; 4GRZ A; 5K9V A; 1PTV A; 4BPC A; 2HVL A; 3RGQ A; 2VEV A; 3I7Z A; 2B4P A; 3B7O A; 5KAD A; 3A5J A; 2CNG A; 2ESB A; 1C86 A; 2JJD A; 2C46 A; 1JLN A; 1Q6P A; 2VEU A; 2CNI A; 4HRF A; 4OHE A; 3OLR A; 4RH9 A; 4RH5 A; 3V0D A; 1WRM A; 1G1G A; 1WAX A; 1C88 A; 2CM8 A; 3AWE A; 3QCI A; 5K24 A; 4DGX A; 5K22 A; 5LXQ B; 3QCG A; 4R0S A; 3O4S A; 5KAA A; 2AHS A; 2NZ6 A; 3V0I A; 3GXH A; 2B4O A; 2I6O A; 3EU0 A; 4Y2E A; 1PTT A; 4D3R A; 1QZ0 A; 2CJZ A; 2QBP A; 3MOW A; 3EAX A; 3S3E A; 2IMG A; 2OZ5 A; 2QBR A; 1YGR A; 2I6I A; 4WOH A; 2FJN A; 5K9W A; 2CM2 A; 1VHR A; 4HJQ A; 3LJ8 A; 2F6W A; 2HXP A; 2NT2 A; 3D1H A; 3D42 A; 4QAP A; 2MBC A; 1OEM X; 1NL9 A; 1Q1M A; 2Q05 A; 2FJM A; 1T48 A; 2WGP A; 2G6Z A; 2BV5 A; 3ZV2 A; 4ZN5 A; 2OC3 A; 1M3G A; 3QCN A; 1XRI A; 1L8K A; 4OHH A; 3ZM2 A; 5KAC A; 3F81 A; 3F99 A; 4QBW A; 2GP0 A; 1ONY A; 2CM3 A; 1RXD A; 2QBS A; 4Z6B A; 4NX8 A; 3AWG A; 1U26 A; 4NWF A; 5KA8 A; 3CWE A; 2I6M A; 2BIJ A; 2F6T A; 4QUN A; 3S4O A; 3I36 A; 2PQ5 A; 1NWL A; 3SME A; 5MMZ B; 4ICZ A; 3V0H A; 2A3K A; 4D3Q A; 4J51 A; 3H2X A; 1PA1 A; 1LQF A; 4GRY A; 4GE6 A; 1FPZ A; 1OEU A; 1X24 A; 1U25 A; 1FPR A; 1OET A; 3MMJ A; 3D1Q A; 2QDM A; 4Y14 A; 1YPT A; 1T4J A; 2I4G A; 4JNB A; 1Q6M A; 3AWF A; 4GWF A; 1Q6S A; 3F9B A; 1YTS A; 1ZZW A; 5EHR A; 4GS0 A; 1G7G A; 3ZM3 A; 1OHD A; 4YAA A; 3GXG A; 2NV5 A; 1OEO X; 4TVV A; 1P15 A; 2QCT A; 4YR8 B; 2QDP A; 3S3K A; 4WTY A; 4R30 A; 2F6Z A; 2AZR A; 4S0G A; 3BM8 A; 2HB1 A; 2BZL A; 4QBE A; 2F6F A; 4DGP A; 4ZRT A; 1NNY A; 1PA9 A; 4OHL A; 3O3L A; 2NT7 A; 2CMB A; 1I57 A; 1RPM A; 1SUG A; 5BUG A; 3M4U A; 1XXP A; 2I3U A; 3SR9 A; 1C85 A; 4IKC A; 1V3A A; 4GFV A; 4RI4 A; 5J8R A; 2B49 A; 1PTY A; 5KA2 A; 1ONZ A; 1J4X A; 1ZC0 A; 2PSZ A; 2I75 A; 2Y96 A; 1L8G A; 3MOZ A; 4NYH A; 1G4U S; 4NWG A; 4ZI4 A; 3D1O A; 2CNH A; 1AAX A; 2F6Y A; 1GWZ A; 1ZCL A; 1EEO A; 5KA4 A; 3QKP A; 1YGU A; 5KA1 A; 4MBB A; 1T49 A; 3O5X A; 3QCB A; 5KA0 A; 2G59 A; 1BZH A; 1YN9 A; 5K25 A; 2VEY A; 2ZN7 A; 1G1F A; 2HC2 A; 2F46 A; 3RZ2 A; 2J16 B; 3OMH A; 3RGO A; 4H34 A; 2HNQ A; 1YFO A; 1NO6 A; 2GJT A; 3QCL A; 3BLU A; 5GTJ A; 2NTA A; 3RO1 A; 1EEN A; 2BGE A; 4GE2 A; 1PXH A; 1XXV A; 2Q47 A; 2I42 A; 1C83 A; 2H04 A; 2B07 A; 4QUM A; 2CFV A; 2SHP A; 4OHD A; 5IBM A; 1Q6N A; 4JMK A; 4KYQ A; 3QCD A; 1Q6J A; 1PTU A; 1BZJ A; 3V0E A; 2HY3 A; 2J17 A; 1LYV A; 2VEX A; 1Q6T A; 4KYR A; 4H1O A; 4JMJ A; 2F71 A; 3U96 A; 3N0A A; 2I5X A; 3O4U A; 1I9T A; 1YZ4 A; 3F9A A; 4GFU A; 1C87 A; 2HNP A; 2NLK A; 5K23 A; 2H03 A; 4RKK A; 4RI5 A; 5IBS A; 3F41 A; 3ZMQ A; 5M43 A; 4B04 A; 2CNE A; 1G7F A; 1MKP A; 3QCE A; 1OEV A; 1FQ1 A; 2OUD A; 3BRH A; 1C84 A; 3BLT A; 1I9S A; 4D3P A; 4ERC A; 2HCM A; 2A8B A; 1JF7 A; 1OES A; 2J16 A; 1G4W R; 2I3R A; 1BZC A; 3I80 A; 1LAR A; 2VEW A; 3QCM A; 3PS5 A; 3QKQ A; 1KAK A; 1XM2 A; 3ZMP A; 5BZZ A; 2Y2F A; 5AWX A; 4AZ1 A; 2PI7 A; 4BJO A; 2OOQ A; 1PH0 A; 3EZZ A; 2H02 A; 1GFY A; 5KAB A; 2CMA A; 2E0T A; 4GE5 A; 4JBC A; 1A5Y A; 3NME A; 3QCH A; 5KA9 A; 3S4E A; 5KA7 A; 3S3H A; 4WU3 A; 4R0T A; 4RDD A; 1XBO A; 2R0B A; 2BGD A; 3ZM0 A; 1D5R A; 4RHG A; 2CMC A; 5KA3 A; 4HJP A; 3CM3 A; 2GWO A; 2B3O A; 2DXP A; 5EHP A; 5I6V A; 1U24 A; 2CNF A; 2PA5 A; 2I6P A; 3O4T A; 2RF6 A; 2ZMM A; 1G1H A; 3QCF A; 1NZ7 A; 2H4K A; 2P4D A; 4PYH A; 2P6X A; 4NND A; 5BX1 A; 1R6H A; 2B4U A; 1OHC A; 2QDC A; 5BZX A; 3V0G A; 3A5K A; 2PBN A; 2PT0 A; 4KI9 A; 2I1Y A; 1WCH A; 4OHI A; 5HDE A; 3EMU A; 3V0J A; 3V0F A; 2FH7 A; 1ZCK A; 1ECV A; 1NWE A; 3QCK A; 1YWF A; 3ZM1 A; 1YTN A; 1YTW A; 2F70 A; 3D9C A; 2QBQ A; 4WU2 A; 2I6J A; 2B4S A; 3QCC A; 3D44 A; 4QAH A; 1KAV A; 2H4V A; 1QXK A; 2YDU A; 2CM7 A; 2QCJ A; 4I8N A; 2H4G A; 3QCJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3S3F A; 2F6V A; 1OHE A; 2QEP A; 2I4H A; 2M3V A; 1PYN A; 4PVG A; 2I4E A; 2HC1 A; 2C7S A; 3EB1 A; 4GRZ A; 5K9V A; 1PTV A; 4BPC A; 2VTD A; 2HVL A; 3RGQ A; 2VEV A; 3I7Z A; 2B4P A; 1P3D A; 3B7O A; 5KAD A; 3A5J A; 2CNG A; 2ESB A; 1C86 A; 2JJD A; 2C46 A; 1JLN A; 1Q6P A; 2VEU A; 2CNI A; 4HRF A; 4OHE A; 3OLR A; 4RH9 A; 4RH5 A; 3V0D A; 1WRM A; 1G1G A; 1WAX A; 1C88 A; 2CM8 A; 2XJA A; 3AWE A; 3QCI A; 5K24 A; 5A5F A; 4DGX A; 5K22 A; 5LXQ B; 3QCG A; 4R0S A; 4CVM A; 3O4S A; 5KAA A; 2AHS A; 2NZ6 A; 3V0I A; 3GXH A; 2B4O A; 2I6O A; 3EU0 A; 4Y2E A; 1PTT A; 4D3R A; 1QZ0 A; 2CJZ A; 2QBP A; 4QDI A; 3MOW A; 3EAX A; 3S3E A; 2IMG A; 2OZ5 A; 2QBR A; 1YGR A; 2I6I A; 4WOH A; 2FJN A; 5K9W A; 2CM2 A; 1VHR A; 4HJQ A; 2X5O A; 3LJ8 A; 2F6W A; 2HXP A; 2NT2 A; 3D1H A; 3QCZ A; 3D42 A; 4QAP A; 2MBC A; 1OEM X; 1NL9 A; 1Q1M A; 2Q05 A; 2FJM A; 1T48 A; 2WGP A; 2G6Z A; 2BV5 A; 3ZV2 A; 4ZN5 A; 2OC3 A; 1M3G A; 3QCN A; 1XRI A; 2UUO A; 1L8K A; 2WTZ A; 4OHH A; 3ZM2 A; 5KAC A; 3F81 A; 3F99 A; 4QBW A; 2GP0 A; 1ONY A; 2CM3 A; 1RXD A; 2QBS A; 3MVN A; 4Z6B A; 4NX8 A; 3AWG A; 1U26 A; 4NWF A; 1P31 A; 5KA8 A; 3CWE A; 2I6M A; 2AM1 A; 2BIJ A; 2F6T A; 4QUN A; 3NRS A; 3S4O A; 3I36 A; 2PQ5 A; 4HV4 A; 1NWL A; 3SME A; 5MMZ B; 2AM2 A; 4ICZ A; 2A3K A; 3V0H A; 4D3Q A; 2WJP A; 4J51 A; 3H2X A; 1PA1 A; 1LQF A; 4GRY A; 4GE6 A; 1FPZ A; 1OEU A; 1X24 A; 1U25 A; 2UUP A; 1FPR A; 1OET A; 3MMJ A; 3D1Q A; 2QDM A; 4Y14 A; 1YPT A; 1T4J A; 2I4G A; 4JNB A; 1Q6M A; 3AWF A; 4GWF A; 1Q6S A; 3F9B A; 1YTS A; 1ZZW A; 5EHR A; 4GS0 A; 1G7G A; 3ZM3 A; 1OHD A; 4YAA A; 3GXG A; 2NV5 A; 1OEO X; 4TVV A; 1P15 A; 2QCT A; 4YR8 B; 2QDP A; 3S3K A; 4WTY A; 4R30 A; 2F6Z A; 2AZR A; 4S0G A; 3BM8 A; 2JFG A; 2HB1 A; 4C13 A; 2BZL A; 4QBE A; 3ZM6 A; 2F6F A; 4DGP A; 4ZRT A; 1NNY A; 1PA9 A; 4OHL A; 3O3L A; 2NT7 A; 2CMB A; 1I57 A; 1RPM A; 1SUG A; 2XPC A; 5BUG A; 3M4U A; 1XXP A; 2I3U A; 3SR9 A; 1C85 A; 4IKC A; 1V3A A; 4GFV A; 4RI4 A; 5J8R A; 2B49 A; 1PTY A; 5KA2 A; 1ONZ A; 1J4X A; 1ZC0 A; 2PSZ A; 2I75 A; 2Y96 A; 1L8G A; 2GC5 A; 3MOZ A; 4NYH A; 1G4U S; 4NWG A; 3PYZ A; 4ZI4 A; 3D1O A; 2CNH A; 2JFH A; 1O5Z A; 4C12 A; 1AAX A; 1GQY A; 2F6Y A; 1GWZ A; 1ZCL A; 1EEO A; 5KA4 A; 3QKP A; 1YGU A; 5KA1 A; 4MBB A; 1T49 A; 3O5X A; 3QCB A; 2Y66 A; 1EEH A; 5KA0 A; 2G59 A; 1BZH A; 1YN9 A; 5K25 A; 2VEY A; 2ZN7 A; 5A5E A; 1G1F A; 2HC2 A; 2F46 A; 3RZ2 A; 2F00 A; 2J16 B; 1GG4 A; 3OMH A; 3RGO A; 4H34 A; 2GCB A; 2HNQ A; 2UAG A; 1YFO A; 1NO6 A; 2GJT A; 3QCL A; 3BLU A; 5GTJ A; 2NTA A; 1GQQ A; 1EEN A; 3RO1 A; 2BGE A; 4GE2 A; 3UAG A; 1PXH A; 1XXV A; 2Q47 A; 2Y67 A; 2I42 A; 1C83 A; 2H04 A; 2B07 A; 4QUM A; 2CFV A; 2SHP A; 4OHD A; 5IBM A; 1FGS A; 1Q6N A; 4JMK A; 4KYQ A; 3QCD A; 1Q6J A; 1PTU A; 1BZJ A; 3ZM5 A; 3V0E A; 2HY3 A; 2J17 A; 1LYV A; 2VEX A; 1Q6T A; 4KYR A; 4H1O A; 4JMJ A; 2F71 A; 3U96 A; 3N0A A; 2I5X A; 3O4U A; 1I9T A; 1YZ4 A; 3F9A A; 4GFU A; 1C87 A; 2HNP A; 2NLK A; 5K23 A; 2H03 A; 4RKK A; 4RI5 A; 5IBS A; 3F41 A; 3ZMQ A; 5M43 A; 4CVK A; 4B04 A; 2CNE A; 1G7F A; 1MKP A; 3QCE A; 1OEV A; 2Y1O A; 1FQ1 A; 2OUD A; 3BRH A; 1C84 A; 3BLT A; 1I9S A; 4D3P A; 4BUC A; 2HCM A; 4ERC A; 3LK7 A; 1JBW A; 2A8B A; 1JF7 A; 1OES A; 1J6U A; 2J16 A; 3ZL8 A; 1G4W R; 2Y68 A; 2I3R A; 1BZC A; 3I80 A; 1LAR A; 1E0D A; 2VEW A; 3QCM A; 3PS5 A; 3QKQ A; 1KAK A; 1XM2 A; 3ZMP A; 2GC6 A; 2Y2F A; 5BZZ A; 5AWX A; 4AZ1 A; 2PI7 A; 4BJO A; 2OOQ A; 3N2A A; 1W7K A; 1PH0 A; 3EZZ A; 2H02 A; 1GFY A; 5KAB A; 2CMA A; 2E0T A; 4GE5 A; 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2VEV A; 3I7Z A; 2B4P A; 3B7O A; 5KAD A; 3A5J A; 2CNG A; 2ESB A; 1C86 A; 2JJD A; 2C46 A; 1JLN A; 1Q6P A; 2VEU A; 2CNI A; 4HRF A; 4OHE A; 3OLR A; 4RH9 A; 4RH5 A; 3V0D A; 1WRM A; 1G1G A; 1WAX A; 1C88 A; 2CM8 A; 3AWE A; 3QCI A; 5K24 A; 4DGX A; 5K22 A; 5LXQ B; 3QCG A; 4R0S A; 3O4S A; 5KAA A; 2AHS A; 2NZ6 A; 3V0I A; 3GXH A; 2B4O A; 2I6O A; 3EU0 A; 4Y2E A; 1PTT A; 4D3R A; 1QZ0 A; 2CJZ A; 2QBP A; 3MOW A; 3EAX A; 3S3E A; 2IMG A; 2OZ5 A; 2QBR A; 1YGR A; 2I6I A; 4WOH A; 2FJN A; 5K9W A; 2CM2 A; 1VHR A; 4HJQ A; 3LJ8 A; 2F6W A; 2HXP A; 2NT2 A; 3D1H A; 3D42 A; 4QAP A; 2MBC A; 1OEM X; 1NL9 A; 1Q1M A; 2Q05 A; 2FJM A; 1T48 A; 2WGP A; 2G6Z A; 2BV5 A; 3ZV2 A; 4ZN5 A; 2OC3 A; 1M3G A; 3QCN A; 1XRI A; 1L8K A; 4OHH A; 3ZM2 A; 5KAC A; 3F81 A; 3F99 A; 4QBW A; 2GP0 A; 1ONY A; 2CM3 A; 1RXD A; 2QBS A; 4Z6B A; 4NX8 A; 3AWG A; 1U26 A; 4NWF A; 5KA8 A; 3CWE A; 2I6M A; 2BIJ A; 2F6T A; 4QUN A; 3S4O A; 3I36 A; 2PQ5 A; 1NWL A; 3SME A; 5MMZ B; 4ICZ A; 3V0H A; 2A3K A; 4D3Q A; 4J51 A; 3H2X A; 1PA1 A; 1LQF A; 4GRY A; 4GE6 A; 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