4R6CA

X-ray diffraction in temporally and spatially resolved biomolecular science: the x-ray crystal structure of hen egg white lysozyme cocrystallized with ta6br12 and then a crystal soaked in k2ptbr6
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title X-ray diffraction in temporally and spatially resolved biomolecular science.
pubmed doi rcsb
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4r6cA00
5LVKA 1GFUA 5ILFA 1LKRA 1B5ZA 4ET8A 1GFVA 4HTQA 4LT3A 1W08A 3D9AC 5APEA 1BB5A 1KXWA 5FCPA 4LGKA 4TSBA 5LVGA 1I20A 4QGZA 2IFFY 4LT0A 3WU7A 3ZEKA 4FJRA 1RE2A 2FBDA 1BWJA 1WVUA 3M18B 1VATA 4H8ZA 4N1EI 1IC5Y 4AXTA 1GAYA 1IOQA 1REYA 4O34A 1IWUA 4PPOA 5LYTA 1GDWA 3K3TA 3WXUA 4DD9A 2F2NA 4GCBA 1GF3A 1LPIA 2LZTA 4WLDA 2EQLA 4HP0A 4BAFA 1BB3A 1XEKA 1INUA 1IR8A 1JJ3A 4NIJA 2MEFA 4H9CA 3GXRA 1LMTA 4OWBA 4CGEA 1GBOA 8LYZA 1LZ5A 1IWYA 5L3HA 4BADA 2MEEA 1GF9A 4GN4A 1G7IC 1GF6A 1GFEA 3W3EA 4BS7A 2DQFC 4OWHA 5LVIA 4B49A 1BGIA 3EXDA 4H91A 4DD3A 3HBDA 1HHLA 2MECA 3WPJA 3TXDA 1LHMA 1QTKA 3VWOA 1LSFA 1GB9A 1LHHA 1RCMA 1GB7A 3B72A 3P64A 1HELA 3FE0A 4I8SA 4PRQA 1XGQC 4NGKA 1GB5A 1QQYA 1W6ZA 3A91A 3CB7A 3G3BB 4WO6A 4MCKA 1C46A 4HJZA 1G7JC 1QUSA 3LYMA 1DKJA 4YEOA 2NWDX 5B1GA 3RNXA 3SP3A 4BAPA 5LVJA 1KIRC 1LZAA 1OUGA 2EIZC 5F9UA 1HEOA 1AT6A 4GN3A 5L3IA 1B7MA 2ZNWY 1GB2A 1OUDA 3A3QA 4M6DA 1UUZC 1C7PA 1FLQA 1H87A 1DI3A 4WLYA 193LA 1B9OA 1GHLA 1GFJA 2XJWA 4GCDA 1HENA 4WM5A 5EBHA 1LMNA 1LSYA 3AGIA 4Z46A 2MEHA 5IELA 4J7VA 2DQJY 1DI4A 2BQLA 1GBXA 2HTXA 4G4BA 4W96A 1BB6A 2ZIJA 5KXPA 1A2YC 5KXZA 1IR7A 1HMKA 134LA 1LKSA 1UIBA 2CWIA 2EPEA 1IORA 2F4GA 5DN4A 5LA8A 1GAZA 1GF4A 2X0AA 1FLYA 1ZMYL 4LYCA 1T6VL 4NWHA 3W6CA 4NG8A 2ZQ3A 3HFMY 5K7OA 2AUBA 1NBZC 4LYOA 4CFOA 1BQLY 3BKVA 3WPLA 1C43A 5IDDA 1LZ4A 1XFPL 1B7RA 1FBIX 4WMGA 1GEVA 4HJYA 5B59A 1OUAA 3G3AB 5DLAA 4WL6A 1BVXA 2Z37A 4TTDA 1BWIA 4WM6A 4GCCA 2HEFA 1LJJA 1HEPA 3TXIA 1YROA 1QUTA 4PGJB 2G4NA 1D0LA 2BQKA 3AZ4A 5LAGA 3CSZA 1GB6A 2FYCA 2Z18A 4XYYA 2CDSA 2B5ZA 1E8LA 1DPWA 3A3RX 1REXA 1CKFA 3IWRA 1LSAA 4G4HA 1IWZA 1KIQC 3N9CA 1GB3A 3TXHA 4ZIXA 1HEMA 3AW6A 1SLYA 1NF5A 3TXKA 1FLWA 4WL7A 1JUGA 1IP4A 5HMJA 4DDBA 1D0MA 1WQPA 4XJBA 1I56A 4M4OA 1CNSA 4I0CA 1GFAA 1BB7A 1UA6Y 2DQHY 3WULA 1GE2A 5KXOA 1DZBX 4R0FA 1LSBA 1CKCA 1JEFA 2BQHA 4HPIA 1FLUA 5KXYA 2YBIA 1WTMA 1UBZA 4N0JA 4ANRA 4KT3A 5J7CA 5LVHA 1QIOA 2LYZA 3HBEX 4NGLA 4U3XB 1GBWA 4XJHA 2YBHA 1HERA 1V7SA 5FSTA 4B4JA 5M1YA 1LAAA 3EBAB 1YL1X 3WVYA 2DQAA 4ZFPA 2Z2EA 5B07A 4LYTA 4P2EA 1TBYA 2BQDA 1MLCE 3ZVQB 4HJVA 4NGYA 4H9IA 1REMA 1IIZA 4TWSA 3W6DA 1HFYA 4KXIA 4IASA 5A3EA 1FKVA 5KXLA 1J1PY 135LA 4H9AA 2C8PA 4GLAA 1D6QA 1CJ8A 5FEKA 4DD2A 1B7NA 2N5ZA 4IJ4A 5E9RA 3RT5X 1C08C 1I1ZA 1B7LA 4D9ZA 1LYYA 4DD7A 4H9EA 2H9JA 1D9UA 3AZ6A 4NGZA 5LA5A 1GB0A 1GBZA 1LJFA 4UWVA 3TXGA 1DQJC 2ZQ4A 5T3FA 4LT2A 2BLXA 2RSCA 1QTEA 4ZEEA 1IC4Y 1YKXX 2GV0A 4H9FA 5I5QA 1OUBA 4HTNA 1G7LC 3TMWA 1IP7A 6LYZA 4NHIA 1IP3A 4ML7A 2BQOA 2I6ZA 4DT3A 1UIAA 1UIHA 3AB6A 1D6PA 3M3UA 5APFA 5KXXA 5F14A 2MEDA 1LZNA 2BQGA 4NSHA 4ETCA 4TX7A 1IP1A 1GDXA 1LSPA 3A94A 4WO9A 3N9AA 132LA 1GE0A 3ATNA 2YBLA 4X3BA 2HU3A 1YIKA 5B1FA 1CKGA 1ZVYB 4NGVA 3WMKA 4Z3MA 3A90A 1LYOA 1YAOA 2D91A 1IO5A 4NHPA 1OUCA 1XSFA 5LXWA 2Y8PA 4H90A 2F4AA 1HFZA 5KXSA 1LHJA 1FDLY 1Z55A 2BQAA 1LHKA 3GXKA 1EQEA 5LAFA 1LOZA 3B0KA 4EOFA 3FI7A 4KPMA 3TXJA 1H6MA 1NKHA 5KJ9A 1JKBA 1WQOA 3AGHA 3TXEA 9LYZA 4H94A 5HQ1A 1KXXA 4G4CA 5L9JA 1LHLA 4RW2A 4YF2A 1LSNA 4WM2A 5DN5A 1LZGA 1JKDA 4NSGA 5APDA 4LFXA 1HF4A 1GE1A 1LMOA 1B5WA 208LA 2D6BA 4OOTA 4H8YA 1O23A 2FBBA 4LT1A 4OWEA 4XENA 4XADA 2ZNXY 4NY5A 2BQNA 2Z38A 5F16A 4LYMA 1OUIA 1T3PA 4E3UA 1HSWA 2I25L 1RI8B 3WVXA 1JJ0A 2ZIKA 3A67Y 1WQQA 2HEEA 5KKJA 1VDQA 4DDAA 5B06A 4ETDA 1IOCA 5A3ZA 1VAUA 2YSSC 4GN5C 1GFHA 4CJ2A 1TDYA 1B5XA 4CHXA 5HLLA 1HC0A 1LYZA 3LN2A 1C45A 1B7PA 1LSCA 1WVVA 4FDYA 5AMYA 3WW5A 2G4PA 1JKCA 1B7SA 5DL9A 1XGPC 7LYZA 5JENB 4RLMA 2BQIA 2Z39A 1LZ9A 3P65A 5LYMA 5KKIA 2BAAA 1GFKA 3J4GA 1B5YA 1IP2A 1GXV2 2YBMA 4C5FA 1LJNA 4NFVA 4WOAA 1LJHA 1IX0A 3A95A 1IWXA 1REZA 3AW7A 3RW8A 5F9XA 1AKIA 1JWRA 1EQ4A 3ZVQA 4CFPA 4H1PA 1HFXA 2YBNA 1J1XY 1BHZA 4UWUA 4LFPA 1C10A 1EL1A 2LZ2A 4B4EA 5I4YA 4YENA 1UIDA 4G9SA 1F0WA 1WTNA 1GFGA 4Z98A 1MELL 1NHEA 5FHWA 4XJGA 5HNCA 2MEIA 1F6RA 4WM4A 3QNGA 1HEQA 4NHTA 3RZ4A 3B0OA 2BQMA 4PRUA 4MSTA 3EO5A 3W6EA 1LZ6A 3E3DA 1JTPL 2HEBA 1IWTA 1LSMA 1V7TA 1B0DA 1CKHA 1AZFA 1GFRA 2I26L 1UIGA 2EKSC 4XJDA 4H9HA 1N4FA 1HNLA 3LYTA 1OUHA 2ZWBA 4KL7A 2FYDA 1JHLA 1XGTC 1XGRC 3TXBA 2YDGA 3F6ZA 4OWAA 2F30A 2W1YA 4ETEA 1LSDA 2HEDA 4MR1A 3LHMA 1QDTA 1IY3A 207LA 2CJLA 2DQDY 1JIYA 3WU9A 1LZRA 2W1LA 1FKQA 2DBTA 1CKDA 1FN5A 2ZYCA 3CQLA 2XBRA 2BQBA 4WLXA 1B5VA 4LYZA 1WQMA 1D0KA 2A7FA 4J1BA 133LA 3LYOA 4LZTA 5I54A 3WXTA 2ZYPA 4HV1A 1G7MC 5LYZA 2LYMA 1QDRA 4H92A 4OWCA 1DPXA 1LJEA 1VEDA 1OUJA 5APCA 2C8OA 4OOOA 3T6UA 1LZCA 1JTOL 3A8ZA 3ULRA 1YL0X 4QDNA 1LMPA 2Z2FA 4NSJA 4YOPA 1GF7A 1F10A 5FELA 3IJUA 5KXWA 1CJ7A 4GCFA 4J1AA 2Z12A 2MEGA 4NSIA 1GB8A 2XBSA 3A92A 1LYSA 1NMMA 4QY9A 4Z41A 1GF0A 3A6BY 4DC4A 5F81A 4NG1A 4H8XA 3W6AA 4B0DA 4C3WA 2VB1A 4RLNA 154LA 1KIPC 3LZ2A 1F6SA 1JJ1A 1IP6A 5I4WA 4WM1A 5I53A 5D5FA 1GPQC 3MGWA 1HSXA 4UWNA 3AZ7A 2H9KA 1VDTA 1UC0A 3AYQA 4YEMA 2IHLA 1GFTA 1OUEA 1B7QA 3T36A 3TMVA 3IJVA 3QY4A 1DI5A 1PZYA 3RU5A 3W6FA 4DDCA 2BQCA 1OQMA 1TEWA 3J6KA 4XJFA 4H93A 5KXRA 2YBJA 3HBHA 3LZTA 2PC2A 4HTKA 1GBYA 2DQGY 3KAMA 1YAQA 3WL2A 1PS5A 1LZTA 1UIFA 1JITA 1BWHA 1GE4A 1GEZA 2ZILA 4HSFA 4RDSA 3CSQA 4N5RA 5HMVA 5LINA 1QSWA 194LA 1JSFA 3CSRA 1IOSA 1LSGA 1LZDA 1DXJA 1GWDA 1LJ3A 2D4IA 1VFBC 5C6JA 1IVMA 4TSCA 1BB4A 1LHIA 1LMAA 1RJCB 2LYOA 3W6BA 5B05A 1LJGA 3QE8A 4R6CA 153LA 1YAMA 1LJIA 2BQJA 5FDJA 3WW6A 2Z19A 2HU1A 2BQFA 4N8ZA 2DQCY 1GE3A 1CJ6A 1IWVA 1IWWA 1VDPA 1YKZX 1WQNA 2BQEA 2DQIY 2WARA 3A6CY 4GLVA 2A7DA 5E4PA 3WUNA 1RFPA 4B4IA 4A7DA 1LTMA 4HV2A 5ILCA 5KXNA 1YKYX 1UIEA 3BKHA 5DM9A 4WG1A 4NGWA 3D3DA 3WU8A 1P2CC 5C6IA 1UACY 4WLTA 1LZ1A 3N9EA 3CT0A 3LYZA 4N1CC 4B1AA 4GCEA 1XEJA 5C6LA 1QSAA 1YQVY 4J0LA 4L41A 4NWEA 3B6LA 1YILA 1JTTL 1LZ8A 2YVBA 1JPOA 4LYBA 3A93A 3AGGG 3OJPA 1TCYA 2W1MA 3B0IA 5KY1A 2LHMA 2DQEY 4OW1A 4PHIA 4NGOA 3WUMA 2DKVA 3A96A 4NGJA 1LCNA 1YANA 1NDMC 1YAPA 4DWXA 3WPKA 3A34A 5KXKA 1JISA 1JSEA 1LMQA 1ZV5L 5II3A 5KXMA 1UCOA 3AJNA 1AT5A 6LYTA 4II8A 1A4VA 1GBSA 1ZVHL 4WM3A 4NHSA 3P4ZA 3TMXA 4WG7A 3CT5A 1B7OA 5D5CA 5IHGA 4QEQA 1IC7Y 1JKAA 1BVKC 4YM8A 1B5UA 1XGUC 1IOTA 1IR9A 1HMLA 1LZEA 3EMSA 1LZSA 3CT1A 3AZ5A 1LJ4A 4TUNA 4N9RA 2HUBA 3TMUA 1CJ9A 2W1XA 1KXYA 1OUFA 5KXTA 5I4XA 4NHQA 2H5ZA 3WUAA 1IP5A 4DD1A 2MEAA 4W94A 1GF8A 4XN6A 3WYHA 1B2KA 4H9BA 2Q0MX 1SQ2L 1NWGA 2HEAA 1IEEA 2CGIA 2D4KA 1LZYA 2D4JA 2HECA 1TAYA 1EQ5A 2MEBA 3WH1A 4DD0A 4ET9A 5LIOA 4ETBA 1DKKA 2G4QA 1NDGC 1VDSA 3ATOA 5HNLA 4DYGA 2BLYA 1NQIA 1LSEA 4AGAA 1LMCA 1AM7A 1IY4A 4EMNA 1GD6A 3P68A 4PJ2C 1G7HC 1ALCA 1LZBA 1NBYC 1WQRA 3TXFA 4ETAA 4XJIA 1GXXA 1HEWA 1UICA 2XTHA 4NGIA 4RW1A 1LSZA 1XEIA 4HPEA 3P66A 3OK0A 1GF5A 1OP9B 4G49A 1LJKA 4NEBA 2BPUA 4IATA 1J1OY
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6AA 1L53A 2O4WA 1KXWA 2A4TA 4QGZA 125LA 2FBDA 3M18B 1WVUA 4N1EI 1REYA 1C6MA 4GCBA 1GF3A 4HP0A 206LA 1BB3A 1GBOA 1IWYA 1C61A 4BADA 1GF9A 2LCBA 4GN4A 1G7IC 3DN2A 4BS7A 4YXCA 5LVIA 1L03A 1KW7A 3HBDA 1CUQA 2MECA 1L77A 3TXDA 1LYEA 3VWOA 1L25A 1RCMA 3B72A 1QSQA 3G3BB 3CDVA 1C46A 3D4SA 1L28A 3LYMA 5LVJA 5B1GA 190LA 217LA 4I7KA 2EIZC 1HEOA 205LA 1FLQA 1H87A 1L14A 1HENA 220LA 2B6WA 5IELA 1LSYA 4Z46A 1L08A 1DI4A 2DQJY 1GBXA 147LA 1UIBA 134LA 233LA 3CDRA 3HTBA 253LA 119LA 1TLAA 1QTDA 1ZMYL 2RAZX 3C8QA 107LA 1C6QA 4LYOA 247LA 1L48A 5IDDA 1LZ4A 3HH6A 5B59A 226LA 3SBBC 5DLAA 1BVXA 4TTDA 4GCCA 4EKPA 1EPYA 4PGJB 114LA 3AZ4A 3CSZA 2B5ZA 3NY8A 191LA 3IWRA 2Q9DA 4ZIXA 4WL7A 1IP4A 1D0MA 1WQPA 4XJBA 1I56A 1UA6Y 1BB7A 1CKCA 1L23A 1WTMA 1UBZA 4KT3A 1QIOA 2LYZA 1GBWA 5FSTA 4B4JA 3EBAB 1NHBA 5B07A 1ZYTA 3ZVQB 128LA 1IIZA 1C63A 5A3EA 4H9AA 2C8PA 2OU0X 1C60A 3HUKA 1L56A 5FEKA 3HU9A 4IJ4A 1C08C 4H9EA 3AZ6A 4IAPA 1GBZA 2BLXA 4ARQA 5I5QA 4H9FA 3FADA 3VW7A 1IP7A 6LYZA 120LA 1C68A 230LA 1D6PA 1PQOA 4NSHA 4TX7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5LVK A;  1GFU A;  5ILF A;  1LKR A;  1B5Z A;  4ET8 A;  1GFV A;  4HTQ A;  4LT3 A;  1W08 A;  3D9A C;  5APE A;  1BB5 A;  1KXW A;  5FCP A;  4LGK A;  4TSB A;  5LVG A;  1I20 A;  4QGZ A;  2IFF Y;  4LT0 A;  3WU7 A;  3ZEK A;  4FJR A;  1RE2 A;  2FBD A;  1BWJ A;  1WVU A;  3M18 B;  1VAT A;  4H8Z A;  4N1E I;  1IC5 Y;  4AXT A;  1GAY A;  1IOQ A;  1REY A;  4O34 A;  1IWU A;  4PPO A;  5LYT A;  1GDW A;  3K3T A;  3WXU A;  4DD9 A;  2F2N A;  4GCB A;  1GF3 A;  1LPI A;  2LZT A;  4WLD A;  2EQL A;  4HP0 A;  4BAF A;  1BB3 A;  1XEK A;  1INU A;  1IR8 A;  1JJ3 A;  4NIJ A;  2MEF A;  4H9C A;  3GXR A;  1LMT A;  4OWB A;  4CGE A;  1GBO A;  8LYZ A;  1LZ5 A;  1IWY A;  5L3H A;  4BAD A;  2MEE A;  1GF9 A;  4GN4 A;  1G7I C;  1GF6 A;  1GFE A;  3W3E A;  4BS7 A;  2DQF C;  4OWH A;  5LVI A;  4B49 A;  1BGI A;  3EXD A;  4H91 A;  4DD3 A;  3HBD A;  1HHL A;  2MEC A;  3WPJ A;  3TXD A;  1LHM A;  1QTK A;  3VWO A;  1LSF A;  1GB9 A;  1LHH A;  1RCM A;  1GB7 A;  3B72 A;  3P64 A;  1HEL A;  3FE0 A;  4I8S A;  4PRQ A;  1XGQ C;  4NGK A;  1GB5 A;  1QQY A; 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 2PC2 A;  4HTK A;  1GBY A;  2DQG Y;  3KAM A;  1YAQ A;  3WL2 A;  1PS5 A;  1LZT A;  1UIF A;  1JIT A;  1BWH A;  1GE4 A;  1GEZ A;  2ZIL A;  4HSF A;  4RDS A;  3CSQ A;  4N5R A;  5HMV A;  5LIN A;  1QSW A;  194L A;  1JSF A;  3CSR A;  1IOS A;  1LSG A;  1LZD A;  1DXJ A;  1GWD A;  1LJ3 A;  2D4I A;  1VFB C;  5C6J A;  1IVM A;  4TSC A;  1BB4 A;  1LHI A;  1LMA A;  1RJC B;  2LYO A;  3W6B A;  5B05 A;  1LJG A;  3QE8 A;  4R6C A;  153L A;  1YAM A;  1LJI A;  2BQJ A;  5FDJ A;  3WW6 A;  2Z19 A;  2HU1 A;  2BQF A;  4N8Z A;  2DQC Y;  1GE3 A;  1CJ6 A;  1IWV A;  1IWW A;  1VDP A;  1YKZ X;  1WQN A;  2BQE A;  2DQI Y;  2WAR A;  3A6C Y;  4GLV A;  2A7D A;  5E4P A;  3WUN A;  1RFP A;  4B4I A;  4A7D A;  1LTM A;  4HV2 A;  5ILC A;  5KXN A;  1YKY X;  1UIE A;  3BKH A;  5DM9 A;  4WG1 A;  4NGW A;  3D3D A;  3WU8 A;  1P2C C;  5C6I A;  1UAC Y;  4WLT A;  1LZ1 A;  3N9E A;  3CT0 A;  3LYZ A;  4N1C C;  4B1A A;  4GCE A;  1XEJ A;  5C6L A;  1QSA A;  1YQV Y;  4J0L A;  4L41 A;  4NWE A;  3B6L A;  1YIL A;  1JTT L;  1LZ8 A;  2YVB A;  1JPO A;  4LYB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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