4R6YA

Crystal structure of solute-binding protein stm0429 from salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2, target efi-510776, a closed conformation, in complex with glycerol and acetate
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
317
structure length
317
Chain Sequence
SMESVVTVYSIDGLHDGDNSWYQVQFDAFTKATGITVRYVEGGGGVVVERLAKERTNPQADVLVTAPPFIQRAAAEKLLANFNTDTASAIPDANNLYSPLVKNYLSFIYNSKLLKTAPASWQDLLDGKFKNKLQYSTPGQAADGTAVMLQAFHSFGSKDAGFAYLGKLQANNVGPSASTGKLTALVNKGEIYVANGDLQMNLAQMERNPNVKIFWPANDKGERSALAIPYVIGLVQGAPQSENGKKLINFLLSKEAQTRVSELSWGMPVRSDVTPSDEHYKAATAALEGVQSWQPNWDDVAVSLSADISRWHKVTES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Transporter STM0429 from Salmonella Enterica
rcsb
molecule keywords Putative 2-aminoethylphosphonate-binding periplasmic protein
molecule tags Transport protein
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2
total genus 106
structure length 317
sequence length 317
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6yA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6yA01
4G4PA 4GF8A 4RK9A 3OXNA 4OFOA 4NF8B 3USDA 1MH3A 4JWXA 1UTHA 3MP1A 4FECA 3VXCA 1A99A 3FVNA 5DVIA 1VE4A 1AIVA 3JV9A 3I6VA 4R74A 3L6GA 3MQ9A 4QHQA 2Y84A 2I48A 1SYIA 2GRVA 3VVFA 3PUZE 1BIYA 5L8DA 5I59A 3B7DA 3PMXA 3MC2A 1D9YA 1N04A 4JXIA 3IB2A 3PU5A 1MM6A 3IR1A 4N07A 4BDRA 4OFJA 3TTLA 1MQIA 3FVOA 1QULA 2VOZA 1JEUA 3VXBA 4FATA 5H8NA 1DTZA 3V83A 3SETA 3OSRA 1YTVA 1I6BA 2QSXA 2G29A 3U8QA 5F1QA 3FIRA 1BP5A 1M5DA 3SERA 4TLMB 1QUKA 4P0IA 5CMBA 1OVTA 4NF4A 4F3GA 4ESWA 2ZYNA 3OO6A 4YU0A 1PB8A 1MRPA 2OJTA 1A8EA 1B0HA 5ISUA 5L9OA 3E13X 1Y1MA 3HO7A 1Y1ZA 3PUWE 3TTRA 2Y7KA 1YPNA 4DXUA 1FTOA 1MXYA 4GD5A 1BKAA 2QMXA 3H6UA 5ITOA 3O2AA 4XIGQ 3SDFA 4KYSA 1EZOA 1MQGA 3UIFA 3QUJA 2THIA 3KN8A 4QFOA 3PGFA 3OENA 4GIZA 5H8HA 3R26A 4POXA 2W7YA 1M5BA 5H8QB 2F36A 1US4A 3O6HA 1URGA 1TT1A 1MXVA 3ZSFA 2WKYA 1NNPA 2ZYMA 4DE8A 4ZE8A 3MAMA 1UIUA 2F97A 3OD7A 1FTLA 1MXWA 2HCAA 1FTMA 4XKNA 1LFHA 3KGCA 1QUJA 1OIBA 1OMPA 4PETA 2E0SA 1RKMA 4NF6B 4LQ2A 2D5WA 1IIWA 3IB0A 4MFIA 5JTYB 3K6UA 3S9NC 4QFNA 3RPWA 4RXLA 2DE2A 3H7MA 1LLSA 2Q2CA 1SVXB 4U4XA 2ZYKA 5CI5A 4EXKA 4G8MA 5TP9B 4ZEBA 2QL3A 4F1UA 4H6DA 3PPNA 3SESA 4G8HA 4F2OA 3ILUB 4EF1A 1AMFA 4R73A 2HEUA 3U1OA 3VVEA 3K6XA 2HQ0A 1TFDA 1WODA 1B3GA 4FORA 5I58A 4KCCA 4NMYA 3UGWA 4ND9A 1NNTA 4G2ZA 4RNSA 1S50A 2UVHA 3UK4A 4WEPA 4RJZA 3O6IA 5CBRA 1FCKA 1URDA 2Q88A 5TPAA 3OELA 4NWCA 5H8FA 3PUVE 2F8DA 4GL0A 5L9MA 2P0SA 2DE3A 3PPOA 3H03A 1BLFA 4HCWA 4OZ9A 4DXBA 1BTJA 1B3HA 1LGBC 2DOJA 2Q89A 3A3UA 1B5IA 4OQOA 2H9BA 1UIVA 3O29A 1R9QA 3PMWA 2PX1A 4U1ZA 3RQTA 5I84A 4YB6A 2XXXA 3KSJA 4R75A 2H25A 2B3BA 1MY0A 3FD3A 3ODBA 2RF1A 1FQAA 3N5LA 4E0WA 5AA1A 2I4CA 1UTBB 4IY5A 2REGA 1S9TA 3T9XB 3FXUA 4EQ7A 1US5A 4GLIA 1QVSA 3HHGA 1N3WA 1LFIA 4H5GA 1UTHB 4PFYA 5HPQA 4LP2B 1S7YA 2Z23A 4OTEA 2P1SA 4KPTA 2DP8A 2FYIA 5HBCA 3RGYA 4LZ7A 3MUQA 2REJA 3SEXA 4QFLA 1PBPA 1A54A 1I6AA 4OENA 5I2KA 2O6AA 3GXAA 1GV8A 2ZYOA 2IA4A 4OEVA 1H43A 5EHSA 3CFLA 2XX8A 3RT8A 5I59B 1NNKA 3QXMA 2VP1A 2RKMA 1ELJA 3GBBA 4EUOA 2F78A 3TPAA 2ZNTA 3B6WA 1NL5A 3UP9A 4LVQA 3OO7A 1MPBA 1YAEA 2QS4A 3CFXA 3TEPA 4EQ9A 4N6PA 1KWHA 1B51A 1ZBMA 2ANJA 3V89B 5H8NB 4H65A 1MXXA 1ZU0A 4O3CA 4RK2A 1DTGA 2ONSA 4ZS9A 3RY3A 3N26A 5AE4A 2RCAA 3VV5A 5DEXA 2Y7RA 1I69A 4HTGA 3FXRA 3SKPA 4YZZA 3VE1B 4UACA 4ZZAA 4NF4B 1R1NA 3MZ9A 3QK6A 4O3BA 3G3KA 1LBCA 3TCFA 1ZKBA 2R71A 3QUFA 2R9JA 3M3LA 1LB9A 1USYH 3THIA 4DXCA 1B1HA 3UA8A 1MPDA 4PE5B 3MP8A 3FZVA 2P2AA 1NNFA 1SW4A 1Y9UA 4BDNA 1POTA 2UYEA 1JNFA 2NUVA 3FATA 4UA8A 4MF3A 2DXYA 2V3QA 4OEUA 3S9EA 2AYSA 4LATA 3IOWA 5H8HB 4DCYA 3CI8A 4F1YA 3ONMA 4YKIA 1CB6A 1B3LA 2X7QA 1SI1A 1EZPA 2ONKE 3OMBA 4Z0IA 3CG3A 3ZS6A 2XXIA 3MVYA 1SQYA 3C33A 2A5TA 4MBPA 2Q8JA 2CZLA 1F9BA 2PT1A 2DWJA 3IK6B 2OZZA 5EYFA 5B7DA 3VVDA 1P99A 3S4UA 4WXJA 4LZ5A 1Y4CA 1B1XA 4OWDA 3IOTA 4FE8A 3OO8A 5F7VA 3ZKKA 4U22A 5ICTA 3TAJA 4OYVA 1B0LA 3EF7A 3R6UA 1FW0A 2G93A 3T93B 2Z22A 3IAZA 3LSLA 3R7XA 2FA7A 3T66A 1XT8A 3G3IA 5ICQA 4NWDA 2ZNUA 2Q2AA 1SBPA 4DZ1A 4R72A 1QUIA 1Z7ME 1FQEA 4ZEKA 3GLBA 1HSJA 3IO4A 2XD2A 4XXUA 4QSEA 4F3BA 1T0KA 5I58B 4IO2A 4IGRA 1I6QA 2GH9A 4POWA 1IXHA 1MH4A 4TQUQ 4NTLA 5BUUA 5HM4B 5TPAB 1B52A 5FTHA 4GXSB 3EN3A 4QRZA 1L5TA 5H8FB 1IEJA 1JW5A 2GFEA 4F1VA 3L6HA 5L9SA 3KN3A 4X9TA 4PQJA 2B3FA 2O7IA 3TTKA 4OVJA 5FTIA 3PD8A 1O63A 3FVKA 4BDOA 1VSOA 2ABHA 1ZJLA 2ZNSA 2V84A 2DYXA 1Q35A 2HXWA 1ANFA 3N6UA 4ZDMA 3TQWA 2HAVA 3FUZA 5IKBA 2VD3A 4GOTA 1MQHA 3CG1A 2Z8DA 4AB6A 2XXHA 4R6KA 2XXYA 3IORA 2DS9A 1J1NA 2UVGA 3DP4A 2KLFA 3U93A 2R6GE 3HV1A 1B5HA 1CE2A 1P1UA 4C1TA 4IGTA 1Q1KA 1EU8A 4G68A 3OEKA 3T9UA 5KDTA 2GHBA 3CSBA 1PBQA 3P7IA 4C0RA 1GTKA 5I57A 3MZ1A 5A5XA 3KG2A 1A40A 3GBAA 4ZEFA 4JSOA 4OHNA 1P1QA 3K1NA 3VLUA 1N7XA 1M5EA 1SW5A 3OOAA 5I2KB 1IUDA 3O66A 2XXUA 3SEVA 3OEMA 1WVJA 3EHSA 3F11A 3G3GA 3PMVA 3Q25A 4R2BA 3MBPA 2OLBA 4KCDA 1Y3PA 2UVJA 4NF8A 1XC1A 4GFRA 4AQ4A 4I9DA 1NMUA 1B5JA 4KYDA 3H6WA 3TZAA 5DT6A 3C35A 4F31B 4F3PA 3T96B 3D4GA 4F2QA 1MDP1 1B3EA 3M3FA 3UORA 4ZE9A 3FGSA 4Z7EA 2QS1A 2XXTA 2OBGA 1P1OA 3QYTA 3H6VA 2AL5A 3QSLA 4IY6A 4YKJA 1B46A 4F22A 1ATGA 2OCUA 2PMSA 3PV0E 4QFKA 5DEXB 3TYHA 2QS2A 2O69A 2O84X 2OWTA 3M3KA 3K6VA 3RUMA 2F6GA 2E1SA 1VFEA 3FJ7A 3B6TA 3C31A 1N0TA 3T22A 1VFDA 1FTKA 3Q26A 4ZEIA 3HPIA 1OVBA 3KJ7A 2ALUA 3FXQA 5AA3A 3BKIB 3FJGA 4KR5A 1URSA 3C9HA 3IJOB 1R9LA 2I3WA 4NF5B 2QS3A 1Z7NE 3E3KA 3C36A 5DYHA 3BFUA 2DE4A 4I8CA 1GGGA 2O51A 2H98A 3KN7A 1MY2A 4RPOA 4YB5A 4DCXA 4JSDA 2A5TB 3W15C 2I0CA 3KOSA 1XS5A 2VD2A 1OLCA 3KZGA 2AIXA 1IXGA 3MVWA 2VGQA 3U94A 2O1LA 1B4HA 1JETA 1PC3A 4L17A 1LAHE 3DP8A 4U4SA 3V5AA 4QFPA 5FHNA 4XKPA 2XXVA 3C32A 1MPCA 4LZ8A 1LAXA 2O68A 1IXCA 1FQFA 1MS7A 2X7PA 2GHAA 4C1UA 3TTMA 2I4BA 4KHZE 3RTWB 3GZGA 3K4UA 3EQ1A 4DLDA 1MY4A 3CR9A 3MWBA 3VLVA 2F6PA 2X26A 3K6WA 4OFLA 3BBRA 3TFLA 2Y7WA 3FVGA 1QKAA 1PEBA 3M8UA 3RTFB 5M2VA 5IAIA 3QAXA 3H06B 1OQHA 2H99A 5CRYA 4KI0E 1FTJA 4PFWA 2XXPA 4YAHX 1MXUA 4QSCA 2M8CA 1Y4TA 4X48A 4X1DA 5EHMA 3TQLA 3W9VA 3K02A 3RNNA 3DP6A 2NOOA 1Y3QA 1B7ZA 3CRBA 4PFTA 4IO3A 3KBRA 5I56A 4U1OA 4OERA 4LQ5A 2I0BA 5ITPA 4U23A 4HW8A 3IO6A 3IL1B 2RCBA 4FEDA 4WKMA 4I62A 5CM6A 1DPPA 3O28A 3TCHA 3SEYA 1SYHA 4AB5A 4F39A 5DTBA 3MP6A 3N6TA 1P1WA 1NFTA 2DWIA 3LUYA 5J1DA 4G68B 3N94A 4IO6A 5KDTB 4LUBA 1SDXA 3IJXB 5I57B 3HHFA 1NH7A 1JW1A 3RT6B 4H8IA 3LBSA 2V93A 4BDQA 3S9MC 5CMKA 3E9XA 2IEEA 4YB7A 1D4NA 1B6HA 1OQGA 3I5OA 4KFQA 4G77A 2DVCA 3PPRA 3PUXE 3V8XB 2H5YA 3ILTB 3CSGA 3O9PA 4JBZA 2QJEA 4IO7A 5I2NA 4P0GA 4FAJA 4LA9A 4MLQA 1N7WA 3S2VA 1WDNA 1B4ZA 2OK2A 1H45A 1QW0A 4ECFA 1FQCA 1A55A 4JB7A 2ZXTA 2UYFA 3B6QA 5CMMA 1JEVA 2UXAA 1GR2A 2I49A 2ESNA 1B58A 3H4ZA 1NH8A 3MVXA 4ZEDA 2DSFA 5KCJA 4DIGA 4IB2A 4F3SA 1B32A 3CFZA 1Y20A 2AL4A 1DOTA 4M1VA 3KEIA 1SW1A 2H4IA 1IXIA 3FV2A 3IOUA 4YICA 5ELVA 4E0XA 1OLAA 4F18A 2XHDA 4RYAA 5BWJA 3QIMA 2XX7A 3K01A 4FIMA 1B05A 4XKRA 3LSWA 3IB1A 2RC8A 4JWOA 3FV1A 1MY3A 3BFTA 3TDJA 3K1MA 3A09A 2XXWA 4YMBA 3HCQA 1XOCA 1Y3NA 1HSEA 5AA4A 1AOVA 1XHYA 4H5FA 2QMWA 4X1BA 5DVFA 1RYOA 5CMCA 2PT2A 2HFBA 4YMAA 1R6ZA 3VFJA 1QJMA 3DM0A 4ISUA 2ONRA 5JK4A 1LAFE 2HAUA 2DWAA 1IQ7A 1B40A 4P11A 1LSTA 3W9WA 4DDDA 5JEIA 4ELRA 3D4CA 3FJMA 4HCYA 3TMGA 4FJPA 1DMBA 2F34A 1IITA 4PP0A 1MQJA 3OSQA 3G7WA 1AL3A 1HSLA 3PPPA 2O1MA 4H8JA 1M5CA 2A5SA 1VR5A 5AA2A 3TCGA 4U21A 3VDFA 1QKBA 1PB7A 3AXFA 4THIA 4ELOA 2YLNA 1B2HA 4EQBA 4G68C 3MW0A 4F29A 4GRKA 4RA1A 2V25A 1AH5A 3JYRA 1LAGE 4Q8RA 3IX1A 3SEUA 2Q9TA 3ZKLA 3PUYE 2XXQA 1MY1A 1XVYA 5K2YA 4EF2A 3HN0A 3Q28A 3G3JA 3WAFA 3O6GA 4Q30B 3PPQA 2PVUA 3KJTA 5TU0A 1MDQA 2XD3A 1RYXA 2F7AA 2NWJA 3LR1A 3KOTA 1H76A 3LC8A 1A8FA 4MH5A 3EPEA 1N84A 1XVXA 1B9JA 1ZMGA 2I3VA 3K1PA 4K3FA 1TFAA 1POY1 3OO9A 4RPNA 3KSXA 1SW2A 2UVIA 2F35A 3MJNA 2O7UA 4ELQA 5I56B 1JVYA 1DSNA 4R6HA 4XTCQ 2DVZA 4EDPA 4FEBA 4LONB 3H6TA 1B7HA 1SD3A 3TKDA 1LCTA 3TTNA 3SEWA 2BJJX 2QRYA 2CMOA 3WAEA 4NE4A 2YJPA 5CC2A 3KFMA 3EHTA 1DPEA 2QPQA 1IZ1A 4OETA 2FNCA 2V3UA 1JQFA 4EXLA 3LSFB 1PB9A 2F7BA 2I58A 3CIJA 4R6YA 1EZ9A 4R9GA 4RY1A 4BLAA 1N3XA 1GVCA 3JZJA 4G8NA 3C4MA 4ESXA 3PD9A 4I1DA 1FQBA 4GXAA 4R2FA 2I6EA 4Q5TA 3TUSA 4BDMA 3RN8A 3IOVA 1MQDA 4TLLB 4GQOA 1A7LA 4HS7A 2XX9A 1USYE 2YPNA 2PYYA 4GVOA 3RLFE 5I2NB 3DLNA 1FQDA 2Z8EA 1TXFA 4WEDA 2XXRA 4M4GA 3O97A 5H8QA 2DWHA 4QF9A 3TODA 1B3FA 4PFUA 2Y7PA 1UQWA 5KZTA 1ZTYA 2B65A 4BDLA 3MZBA 3Q27A 4ZECA 4GL8A 1YCJA 4H1XA 1II5A 1EH3A 2VHAA 4NF6A 1MM7A 4KQPA 4YKKA 2HZKA 5JTYA 4U2RA 5KCJB 4MLVA 1LB8A 4QSDA 3U72A 1P1NA 1MG1A 2HZLA 3FASA 3MVZA 2D3IA 2LAOA 3MPLA 5K2XA 1N76A 5TP9A 5DVJA 1LBBA 4IO5A 2NVUB 2Z8FA 2RINA 2F5XA 5FHMA 1SI0A 1MXZA 2PBWA 3I3VA 1TWYA 3K0VA 3K00A 2DQVA 2D21A 3CVGA 3H3GA 5AA4B 3MPKA 2V3TA 3Q29A 5CBSA 4H0WA 5H8SA 1NKXA 2F7CA 5LOMA 1O7TA 2OWSA 3G3FA 3S9LC 4ZZEA 1LCFA 2RC9A 1D3KA 4JWYA 3DELB 5B70A 3C34A 4N13A 3K2DA 3U92A 4ELPA 4O3AA 1JVXA 4KYEA 4OMBA 1D9VA 1PDAA 1B7UA 3VLWA 1H44A 2ZMBA 1O64A 2DXRA 2RC7A 4NEDA 3G3HA 3T9HB 1LFGA 3E4RA 4OXVA 4NF5A 4TOZA 4XKQA 4KD5A 3TELA 3T9VA 1M5FA 3EHUA 5A5XB 1JW4A 4IO4A 3LSXA 4ONYA 3ECRA 1H3DA 4GWOA 5AA2B 3HSTA 4OESA 4Q0CA 2Y7IA 1UTBA 5FHOA 3UN6A 4R9FA 4JDFA 3A3CA 2NXOA 1ZLQA 5AA2D 4H67A 1ZIUA 4YKPA 4F19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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