4R6YA

Crystal structure of solute-binding protein stm0429 from salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2, target efi-510776, a closed conformation, in complex with glycerol and acetate
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
317
structure length
317
Chain Sequence
SMESVVTVYSIDGLHDGDNSWYQVQFDAFTKATGITVRYVEGGGGVVVERLAKERTNPQADVLVTAPPFIQRAAAEKLLANFNTDTASAIPDANNLYSPLVKNYLSFIYNSKLLKTAPASWQDLLDGKFKNKLQYSTPGQAADGTAVMLQAFHSFGSKDAGFAYLGKLQANNVGPSASTGKLTALVNKGEIYVANGDLQMNLAQMERNPNVKIFWPANDKGERSALAIPYVIGLVQGAPQSENGKKLINFLLSKEAQTRVSELSWGMPVRSDVTPSDEHYKAATAALEGVQSWQPNWDDVAVSLSADISRWHKVTES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Transporter STM0429 from Salmonella Enterica
rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2
molecule tags Transport protein
molecule keywords Putative 2-aminoethylphosphonate-binding periplasmic protein
total genus 106
structure length 317
sequence length 317
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6yA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6yA01
1H76A 1I6AA 1MRPA 2Q2CA 1HSJA 5F1QA 3H6TA 4FE8A 2A5TA 3M8UA 4ZEDA 1B9JA 1GR2A 4X1DA 4N07A 4QFPA 3HSTA 4ECFA 3K6VA 4QSCA 1A8EA 2GHBA 4R74A 2HZLA 1AH5A 2QJEA 3TMGA 1LAXA 3IOVA 3O97A 4XTCQ 1VE4A 5I2NA 4NF5B 4YB6A 3SEUA 4BDLA 5I2NB 3PUZE 3IOUA 3ZSFA 5L9MA 2AL4A 2ZYOA 3D4GA 4Z7EA 1CB6A 3MP8A 3T96B 4U4XA 3UORA 5CMCA 3MVXA 3UN6A 3K6WA 3IB0A 2XXUA 3MZ1A 3KG2A 1IITA 1FTOA 2DS9A 2Q89A 2ALUA 2RCAA 3QYTA 4MBPA 1LSTA 4YKKA 4G68B 4R2FA 2F6PA 5AA1A 3UGWA 2F8DA 1JEUA 4EQ7A 4EXKA 1IQ7A 4KR5A 3C36A 2VP1A 3HV1A 2F7AA 4MH5A 4GFRA 4OEUA 2F7CA 1OIBA 1DOTA 3PUVE 4KQPA 4RY1A 3TTNA 3C4MA 2AIXA 5TPAA 1QULA 1ATGA 2O1MA 3OSRA 1NNKA 1OQGA 5TPAB 1BIYA 3IL1B 4ZE8A 3DLNA 4GQOA 3TEPA 2F36A 3TKDA 3K1PA 3CI8A 1OLAA 2XXYA 4F3BA 3G3IA 3IO6A 4GD5A 4LVQA 4U23A 1AMFA 5I58B 3EHUA 4R6HA 1XOCA 2VD2A 3G3JA 3LBSA 3MPLA 2ZNTA 2V25A 1MS7A 5AA4B 3TCGA 2CMOA 3MP6A 4F31B 5H8HA 4NTLA 4MLVA 3EN3A 2I6EA 3U92A 3FASA 5ICTA 1NMUA 2PX1A 3MZ9A 4N13A 4YKPA 1B4HA 3U94A 3BFTA 2A5SA 2I49A 2V93A 3TCFA 1MM6A 4QFKA 4F1YA 1JEVA 2Q88A 1QKAA 1J1NA 2O51A 2XX9A 3G3KA 1JVXA 4RJZA 2REJA 4WEPA 1M5FA 1SQYA 3KGCA 3TYHA 1MM7A 4YMAA 1KWHA 2HCAA 2RF1A 4I9DA 4KPTA 1NNTA 3PPNA 3FZVA 4RNSA 2O7IA 2ANJA 3A09A 2V84A 4R6KA 1RKMA 2DWHA 3T22A 1MDP1 1SVXB 2I48A 4LZ7A 2YLNA 5I56A 4DXBA 5DTBA 3H6VA 1D3KA 2OLBA 1S50A 3BKIB 3QXMA 4U1OA 5H8SA 3RGYA 1Y1MA 3D4CA 3ZS6A 2OZZA 3O6GA 1YPNA 4F18A 1ZIUA 4R72A 1WDNA 4F3PA 4WKMA 2VOZA 1N84A 4XKNA 1FTLA 3SERA 1PEBA 3QSLA 4QF9A 3S9EA 5FHOA 3PMVA 4OQOA 1URGA 2M8CA 2H5YA 4KD5A 1CE2A 3RN8A 1DMBA 1HSEA 4G77A 5EHSA 2FNCA 1L5TA 4X1BA 2ZNSA 2WKYA 4ELOA 5ICQA 4C1UA 4OYVA 3FGSA 1NFTA 2D21A 1I6BA 1TFDA 2F7BA 2Y7PA 3MQ9A 4HCYA 4PP0A 5K2YA 3SEXA 4GXSB 2Q9TA 1LAGE 4YICA 3TPAA 3C33A 1BTJA 2NVUB 1RYXA 1MPDA 1Y4CA 2XD2A 4H65A 1OQHA 3GBAA 5AA2D 4JSOA 4ZZEA 3SETA 5KDTA 1T0KA 2XXIA 3EHTA 1TT1A 3HCQA 3IB1A 3KJ7A 5TP9A 2XX7A 3H7MA 4H5FA 1MG1A 3FD3A 4H5GA 4H67A 4FAJA 1MPCA 3K0VA 3T9VA 4IGRA 1ZMGA 1Z7ME 1MXUA 4Q30B 1EU8A 5H8QA 3P7IA 5HPQA 5H8FA 1XHYA 4XKRA 3USDA 5J1DA 1B5IA 1Y9UA 4BDQA 4DLDA 1ANFA 1M5CA 1I6QA 1USYE 5EHMA 5EYFA 3ZKKA 3QUFA 5DVIA 3OD7A 4I1DA 3HN0A 1H44A 2UYEA 1FQFA 4NF4B 1R9QA 3U1OA 2XXWA 4U4SA 5L8DA 4DXUA 1M5BA 2P1SA 4F39A 4RYAA 2XD3A 1BP5A 3JYRA 4ZECA 3I3VA 5KZTA 1M5DA 4R2BA 5FHMA 1P1NA 3E9XA 5CRYA 1SDXA 1A7LA 3FVNA 2QPQA 1MH3A 2YJPA 1DTGA 1UTHA 2I4BA 3I6VA 3K00A 3KN8A 2DWJA 3PUYE 3QUJA 4IO7A 1Z7NE 4DE8A 1FTMA 1FW0A 3O2AA 4ZZAA 3T93B 3H03A 4JWXA 1USYH 2GHAA 3IJOB 3O6IA 4FIMA 4JSDA 4NWCA 4U22A 4U2RA 3T9UA 3S9MC 1MY0A 4QRZA 3W9VA 1OLCA 3W9WA 1QW0A 4G68A 3LSLA 4NWDA 1URSA 3C34A 3K02A 3IB2A 4F1UA 1NNFA 4IB2A 3CG1A 4NMYA 4R6YA 4YZZA 4G8MA 2V3TA 2DYXA 3T66A 4ESWA 3H06B 3BBRA 4OEVA 5AA2A 2OJTA 1JW1A 1PDAA 3G7WA 4ZEFA 4G4PA 1JETA 1VR5A 3G3HA 3EPEA 3FJMA 1URDA 1LLSA 1PBQA 2X7QA 3KSXA 4GLIA 4GXAA 5HBCA 3GBBA 3OELA 3WAFA 2ZXTA 4H1XA 1MY4A 3KOTA 4LA9A 5DEXA 5BWJA 1MPBA 1B52A 3H6WA 3I5OA 3MWBA 1RYOA 3DP6A 3QAXA 5K2XA 4NF6A 1GTKA 2IA4A 4YB7A 4QSDA 3PV0E 1N04A 3KSJA 1H43A 1B2HA 1N3XA 2RINA 4ELPA 2THIA 1Q1KA 3JV9A 3OEMA 1FQDA 1Y4TA 2DWIA 3CSGA 3OOAA 3PD8A 4OENA 3VFJA 1MQGA 1MQHA 2I4CA 5I58A 2XX8A 2F34A 3N94A 3U72A 2DE2A 3OO9A 2Z22A 3S9NC 4LQ5A 4MLQA 4OVJA 4G68C 1GVCA 4IY5A 4WXJA 2HZKA 2PYYA 3PU5A 4Z0IA 1QUIA 2PVUA 2VHAA 1QJMA 3R26A 3RLFE 3VE1B 3K1MA 4HCWA 3KZGA 2DE4A 2A5TB 2ONRA 2Y7WA 3IOTA 3PPQA 3K01A 3Q26A 1LAHE 4G8HA 3VLWA 3K4UA 3TFLA 4IO4A 4LATA 4YB5A 3VV5A 5A5XA 3N6TA 1A40A 1EH3A 1OVTA 1Y3QA 2PBWA 2UVGA 1UIVA 1Y3NA 2Z8DA 3FV2A 4FEDA 1PC3A 1XVXA 2QSXA 4FJPA 4O3CA 1EZOA 1MXYA 2ONKE 3H3GA 2I0CA 4AB5A 4C1TA 2E1SA 2FYIA 3MBPA 4EDPA 4TLLB 5TU0A 5CI5A 3O66A 2OWSA 4XKQA 4JWOA 1N3WA 1Y1ZA 1SW1A 3HPIA 3M3LA 2HAVA 1IXHA 3RY3A 4IO3A 1SYIA 1DPPA 2O84X 4TLMB 3K6XA 2OK2A 1WODA 2ONSA 4NF6B 3UK4A 4BDRA 1B6HA 1B05A 5KCJA 3HO7A 2H98A 3CG3A 2XXRA 1DPEA 2Q8JA 1ZU0A 5I57B 1FTJA 3O6HA 2H4IA 3W15C 3MVZA 1FQEA 1GV8A 1IXGA 1A55A 1LGBC 5FHNA 1SI1A 4QFOA 4OFJA 2GH9A 4ND9A 2O1LA 4GVOA 4LQ2A 4P0IA 5AE4A 4PFTA 1B51A 3OO8A 4KHZE 1B58A 4NF8A 4OFOA 1YCJA 1B0LA 4H0WA 4C0RA 2ZYMA 2PMSA 2D3IA 3MUQA 4EQ9A 5H8NA 1IEJA 5FTIA 3IO4A 3KOSA 1US4A 1D9VA 4KYDA 2ZNUA 4LZ5A 2XXQA 3V89B 4ELQA 4RXLA 5I59A 1BLFA 1FQAA 2DSFA 1N76A 2OBGA 4ZEKA 3FATA 4IO2A 5I59B 2QRYA 1MH4A 3AXFA 2O69A 3SEYA 2R71A 1MY2A 3GZGA 4PE5B 1AOVA 1NH8A 3G3GA 4HW8A 1I69A 1MY3A 1O64A 3RUMA 2Y7IA 1US5A 2QS1A 3FXRA 1BKAA 1MXWA 3UA8A 2OWTA 3S9LC 1DTZA 2HQ0A 1P1UA 2DOJA 1OMPA 3E4RA 5H8QB 2X7PA 3VVFA 3VXCA 4KYEA 3RTFB 4F29A 3CIJA 1JVYA 4YU0A 4POWA 4DCXA 4Q8RA 1MQIA 2AL5A 4AQ4A 1POTA 4AB6A 4IO5A 4GOTA 3SEWA 2XXPA 2YPNA 2XXTA 1B3LA 1UTHB 3HHGA 1UTBA 2DXYA 1NNPA 2D5WA 1P1QA 2DE3A 1TWYA 3F11A 2Q2AA 1MXZA 5IKBA 4Q5TA 4LZ8A 3TAJA 1Q35A 2Y7RA 3EHSA 2F97A 4M1VA 1O63A 3FXUA 3PGFA 3RT8A 3SKPA 2DVCA 4F2QA 5H8NB 1R6ZA 3N5LA 3FJGA 1YAEA 4QSEA 1LB9A 4DXCA 1IXIA 3LSXA 2UXAA 4OERA 1GGGA 3O9PA 4ZDMA 1B40A 1FQBA 3DP8A 1SYHA 4U1ZA 4TOZA 1Y20A 2XHDA 5CMMA 1ELJA 2W7YA 2Y84A 4RK9A 4R9FA 2R9JA 3CFLA 5CBRA 1P1OA 4O3AA 2VGQA 3B6TA 4G8NA 2HEUA 3MVWA 1B5HA 3IAZA 1NKXA 2H99A 3PD9A 3CFXA 4JB7A 4LONB 5DT6A 3C35A 2XXVA 1AIVA 2KLFA 1D4NA 4QHQA 4ZEBA 3U8QA 4I8CA 1DSNA 3G3FA 3RNNA 1YTVA 2VD3A 2H25A 3KBRA 3MP1A 4NE4A 5AA2B 3THIA 2RC9A 2ZMBA 4KCDA 1FTKA 4O3BA 1POY1 4IO6A 1UTBB 3RT6B 2ESNA 3C9HA 4WEDA 3OO7A 2DQVA 4BDMA 4EUOA 5CMKA 3VXBA 3ODBA 4OZ9A 4UACA 3IJXB 4H8JA 2ABHA 3SESA 3VVEA 2RC8A 3C32A 3Q27A 4NF4A 3TTRA 4BDNA 3KJTA 4EQBA 4NF5A 3B6QA 1LCTA 3FXQA 3UIFA 4EXLA 5JTYA 3GXAA 2V3UA 3Q25A 1A54A 2LAOA 1UQWA 2BJJX 1FCKA 1QUJA 4IGTA 2UYFA 2RKMA 1LFGA 2GFEA 3R7XA 1P99A 5JK4A 1EZPA 2HAUA 4PFUA 3RQTA 4E0WA 3N6UA 3OEKA 1D9YA 4F3SA 1A99A 1MXXA 3LUYA 1IIWA 3MPKA 3WAEA 1LFHA 1PB8A 1SW5A 4HTGA 4I62A 3ONMA 1XS5A 2P0SA 4KI0E 3SDFA 5I56B 1QKBA 1TFAA 4R73A 5I2KA 4GWOA 4P11A 3TQWA 2R6GE 3OSQA 3U93A 4ZEIA 4X9TA 4BLAA 3A3CA 4THIA 2HFBA 1XT8A 3PMWA 3PUXE 3E3KA 4GRKA 5BUUA 2QMXA 3VDFA 1SBPA 4RK2A 5CBSA 5DEXB 2NUVA 4YAHX 1MY1A 4BDOA 1JW4A 3K1NA 2G93A 3DP4A 4GF8A 4DDDA 2G29A 3CVGA 3FVGA 1HSLA 2REGA 3H4ZA 3Q28A 2NXOA 3RPWA 3ZKLA 1SW2A 3IORA 1IZ1A 3OO6A 3V8XB 1NL5A 1S9TA 1Y3PA 3O29A 1ZLQA 3MJNA 4KCCA 4RPOA 1EZ9A 4N6PA 4OFLA 4YMBA 3TCHA 1WVJA 1LBCA 1OVBA 1JNFA 4XKPA 1UIUA 3K6UA 4FEBA 4OHNA 3T9HB 2NOOA 4OMBA 1SD3A 2PT2A 4POXA 2XXHA 2ZYNA 1QUKA 4HS7A 1P1WA 2HXWA 2FA7A 4P0GA 5TP9B 2I3WA 5LOMA 1A8FA 3TDJA 1MXVA 4U21A 2DXRA 1MDQA 3LR1A 1ZJLA 5H8FB 2QS3A 3MVYA 2O68A 3KFMA 4R75A 3LSFB 1B7ZA 3OXNA 3S4UA 1SI0A 1LFIA 1B1HA 2X26A 4F1VA 3TELA 4EF2A 3PPOA 2Z8EA 3JZJA 2QMWA 4XIGQ 2QS2A 4F3GA 4QFNA 4JXIA 4ESXA 4QFLA 3KN7A 1XC1A 2OCUA 5F7VA 1M5EA 4FATA 3O28A 3M3KA 4R9GA 1ZTYA 1TXFA 3TTMA 3N26A 3OMBA 3FVOA 5FTHA 3ECRA 3PMXA 1QVSA 1O7TA 3FIRA 4E0XA 2F5XA 2ZYKA 1II5A 5H8HB 3RTWB 5KCJB 3SEVA 1B3HA 5L9SA 2H9BA 2Z8FA 2PT1A 4RPNA 1S7YA 3PPRA 5ITPA 1JQFA 3Q29A 3TTLA 1PB9A 5L9OA 5ITOA 2Z23A 2E0SA 5AA4A 3H6UA 1F9BA 1PB7A 3FJ7A 5CM6A 2CZLA 5ISUA 5ELVA 4DIGA 4PFYA 2UVJA 3TQLA 5I57A 1ZKBA 4OETA 1N0TA 4YKJA 4Q0CA 5M2VA 5DVFA 3PPPA 5CC2A 4DCYA 3KN3A 3BFUA 4JBZA 4LUBA 1MQDA 1B7HA 4GIZA 1B5JA 4KYSA 3S2VA 1LBBA 2QL3A 1XVYA 3KEIA 1N7XA 3TTKA 4EF1A 3FUZA 1B3GA 2XXXA 4ONYA 1JW5A 3M3FA 5AA3A 3DELB 3VLVA 4M4GA 4OTEA 1LB8A 4K3FA 1R9LA 5B70A 1R1NA 1H3DA 4LP2B 4UA8A 3IOWA 4JWYA 3DM0A 4FORA 4F2OA 2B3FA 3ILUB 3LSWA 2IEEA 3IR1A 3MW0A 3CR9A 4MFIA 1LCFA 3IK6B 1AL3A 4X48A 4YKIA 3V83A 3TZAA 2UVIA 4OESA 3A3UA 5JEIA 5IAIA 3FVKA 4FECA 5CMBA 5B7DA 3L6HA 4PQJA 4RA1A 5JTYB 2I58A 3K2DA 4PFWA 1B4ZA 1ZBMA 2DVZA 2RC7A 1MQJA 4DZ1A 4OXVA 3QIMA 5DVJA 4G2ZA 4ELRA 5KDTB 2NWJA 2Y7KA 1SW4A 3IX1A 1IUDA 3E13X 4GL8A 2O6AA 2GRVA 2RCBA 3L6GA 2I3VA 4IY6A 1B3EA 4NF8B 4GL0A 3CRBA 3R6UA 5A5XB 1B46A 2DP8A 1B7UA 2F78A 2DWAA 1LAFE 2F35A 1VFEA 3EQ1A 5DYHA 1B32A 3PUWE 3CSBA 3OENA 5I84A 3ILTB 3T9XB 4JDFA 1N7WA 3FV1A 3HHFA 4NEDA 1H45A 1VSOA 2B65A 3V5AA 4KFQA 3UP9A 4H8IA 1B3FA 4L17A 2V3QA 3LC8A 2F6GA 4PETA 3B7DA 3GLBA 2QS4A 2O7UA 3C31A 1PBPA 2P2AA 5I2KB 1IXCA 1B0HA 4F19A 3TODA 2B3BA 4TQUQ 3MZBA 1VFDA 3CFZA 4XXUA 3VVDA 4MF3A 4ZS9A 4ISUA 4F22A 4ZE9A 5HM4B 3TUSA 3MC2A 2UVHA 3MAMA 3QK6A 4OWDA 1NH7A 1FQCA 2AYSA 3VLUA 3B6WA 2I0BA 4H6DA 3EF7A 1B1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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