4R6YA

Crystal structure of solute-binding protein stm0429 from salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2, target efi-510776, a closed conformation, in complex with glycerol and acetate
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
317
structure length
317
Chain Sequence
SMESVVTVYSIDGLHDGDNSWYQVQFDAFTKATGITVRYVEGGGGVVVERLAKERTNPQADVLVTAPPFIQRAAAEKLLANFNTDTASAIPDANNLYSPLVKNYLSFIYNSKLLKTAPASWQDLLDGKFKNKLQYSTPGQAADGTAVMLQAFHSFGSKDAGFAYLGKLQANNVGPSASTGKLTALVNKGEIYVANGDLQMNLAQMERNPNVKIFWPANDKGERSALAIPYVIGLVQGAPQSENGKKLINFLLSKEAQTRVSELSWGMPVRSDVTPSDEHYKAATAALEGVQSWQPNWDDVAVSLSADISRWHKVTES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Putative 2-aminoethylphosphonate-binding periplasmic protein
publication title Crystal Structure of Transporter STM0429 from Salmonella Enterica
rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2
molecule tags Transport protein
total genus 106
structure length 317
sequence length 317
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6yA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6yA01
4XKQA 4MLVA 4F1YA 2G29A 3VVFA 3B6TA 1DTZA 3TTMA 3TELA 2I3VA 4GL8A 1N76A 1TFDA 3FXRA 4F3BA 4ZS9A 5L9OA 2IEEA 1Y20A 3PD8A 4DIGA 3S9NC 4GLIA 3HCQA 4WEDA 5I2NA 1FQFA 1XHYA 1IXHA 2A5TB 2I3WA 4DCYA 4GRKA 5EYFA 5HPQA 3K6VA 1B32A 1NNPA 1R6ZA 1SD3A 3MVZA 4K3FA 2F7AA 5H8QB 3H3GA 1SBPA 3C31A 1URGA 2V3QA 2Z8DA 1ZLQA 2Y84A 3W9VA 1GR2A 1NKXA 1SW1A 1JNFA 3SETA 1B52A 3GLBA 3PUVE 3PPNA 4H0WA 5I58B 2XXRA 1RYXA 2M8CA 4YB6A 4ZEIA 4NF4A 2F78A 4HS7A 1GV8A 4JB7A 1EZOA 2RINA 3A3UA 2B3BA 3TQLA 3G3IA 3SDFA 4WEPA 4IY6A 5I59A 3MC2A 2PX1A 5IKBA 1NNKA 2GRVA 1NMUA 4M1VA 4POWA 4MBPA 1D9VA 4LVQA 3TTKA 3E4RA 1Q35A 1AMFA 3EHUA 1PB8A 5JK4A 4JDFA 2ZYOA 4LQ5A 4MLQA 1FQBA 4H1XA 4YB7A 2ONKE 3K6XA 2ZNTA 4LATA 3Q27A 1Y9UA 1S50A 1MG1A 3V89B 1HSEA 2ABHA 3AXFA 4LZ7A 2I0CA 3N5LA 1BLFA 5ELVA 3E9XA 3N94A 3IORA 4GXAA 4QHQA 1N3WA 4FATA 5B7DA 5EHMA 1QULA 4NE4A 1AIVA 1P99A 1M5BA 2DYXA 2QSXA 2NUVA 2V25A 1URSA 3G7WA 3TEPA 3TFLA 1WVJA 4GWOA 3V83A 3MW0A 3PUWE 5LOMA 2AIXA 3CFLA 5M2VA 5K2YA 3HN0A 3PV0E 3OEKA 5CMMA 4G68B 4NF4B 3T9HB 3M3FA 4R75A 3T22A 1DPPA 5F7VA 2PT1A 1LB8A 3LR1A 4GXSB 1B5HA 2Z8FA 2OWTA 5ITOA 3OENA 2X26A 1B7HA 1P1OA 5I59B 4EF2A 3O29A 2XD3A 1VFDA 2ZNUA 2HEUA 4IO2A 2QMWA 1QJMA 3SKPA 1US5A 1XS5A 5DVFA 5H8HA 1B3GA 1OMPA 4LONB 5I2KA 4FIMA 4DCXA 4HW8A 5KDTA 2D5WA 3KN7A 3F11A 4DDDA 1B3FA 5H8FB 4EQ7A 2XXYA 1MY1A 4THIA 4TOZA 1JW4A 3TUSA 4OHNA 2Q88A 3T9UA 1A7LA 3ILUB 4OETA 3OD7A 3I5OA 5CRYA 1H45A 1UTBA 4OMBA 3MVXA 3IOVA 2R6GE 2ZYKA 2Z23A 3IX1A 4AB5A 3QSLA 3LSFB 3HV1A 4C1UA 4MF3A 2I49A 3T9XB 1BKAA 3GBAA 2E1SA 2YLNA 4XKNA 3K00A 4DZ1A 4EQ9A 1MXVA 2HZLA 4DXCA 1MXWA 3T66A 3CR9A 2OJTA 2QPQA 1JVYA 5TP9A 1B46A 4ZE9A 2CZLA 3IK6B 1VFEA 3JYRA 5AA2A 3GBBA 1ZBMA 1LAXA 3K0VA 5HBCA 4QFLA 1I6AA 4KYEA 5CC2A 1SQYA 3TDJA 4OFOA 4F19A 3O2AA 2PMSA 4R6HA 3RUMA 5H8HB 1Y4TA 2XXVA 5I2KB 5KDTB 1M5FA 3IL1B 2O51A 1B9JA 1B51A 3U72A 1XC1A 3WAEA 4P0IA 4I8CA 4LA9A 1NNFA 1MM7A 1Y4CA 2GFEA 4ELOA 1SDXA 1BIYA 1MS7A 2RKMA 4QRZA 2RC8A 3M3KA 3EHTA 5CM6A 2OWSA 3BFTA 4UACA 3KGCA 2FYIA 3G3KA 4ELRA 5A5XA 3KZGA 3G3JA 4I9DA 3V5AA 4XKRA 5F1QA 4R6KA 4BDQA 4G8MA 3UIFA 1BTJA 2W7YA 1EU8A 1RYOA 3FVKA 1Z7ME 1LFGA 3CG1A 4DXUA 3TPAA 3MZ1A 4F3SA 3IO6A 3RQTA 4GF8A 2Q9TA 4IB2A 5L8DA 3S9LC 3QUFA 4NF8B 3H6TA 4JWXA 4E0XA 2HFBA 2QRYA 5DEXA 1NL5A 1JETA 4BDLA 1B0HA 4AB6A 3UGWA 1N7WA 3FJGA 3DP8A 4QFOA 5H8QA 3KN3A 2XXIA 3BKIB 3PPPA 3LSXA 5FTHA 1R1NA 3MZ9A 2XX8A 4P0GA 3RT6B 1JEUA 1PDAA 2AL5A 2XX9A 1ATGA 1LAHE 5I58A 1A54A 3EQ1A 1GGGA 3ILTB 3U1OA 2F6PA 5FHNA 4EF1A 4H65A 4ONYA 1QUIA 2AYSA 2LAOA 4F18A 3CG3A 4HTGA 1M5EA 2O1LA 4BDNA 4OQOA 3C34A 3FVNA 1FTMA 3ZKKA 1A8FA 3OO7A 2DOJA 4XIGQ 5FHMA 5EHSA 5A5XB 4X1DA 3VVEA 3OO8A 1OLAA 3UORA 3CIJA 3FASA 1LCFA 5TPAA 1N0TA 3SEWA 3FXQA 1ZTYA 4NMYA 1JW5A 2PVUA 5DYHA 1QKAA 1LAGE 4GIZA 4OERA 1MXXA 3MUQA 1IUDA 4QF9A 3KSJA 1O64A 1FQAA 1B1HA 2XD2A 4PFTA 4ZEKA 5DEXB 5ICQA 4QFNA 4G77A 4IGTA 4Z7EA 4LP2B 3ONMA 4LZ5A 3T93B 1URDA 1Q1KA 2UVGA 2Y7IA 4U1OA 3TTLA 3W9WA 2KLFA 3ECRA 3S2VA 4U23A 3S4UA 1NNTA 2O68A 4X9TA 4ZDMA 4KR5A 5TU0A 2G93A 2HXWA 3O97A 1F9BA 5AA4A 2I58A 4G68A 3TCFA 2WKYA 4R6YA 1MXYA 3T9VA 2OCUA 1UIUA 2DE3A 2DWHA 3H6VA 3C9HA 4NWCA 1B5IA 2ONSA 3QXMA 3HSTA 2F7CA 3FV1A 1UTHA 4QFPA 4TQUQ 2F5XA 2O7UA 4GL0A 5CMCA 2OBGA 1VR5A 2QS3A 3OXNA 3H6WA 4KFQA 4YAHX 1MPCA 3FJMA 4G4PA 2XXQA 3CFXA 3C35A 3BBRA 4QSDA 1B40A 5TPAB 3EPEA 3GZGA 2X7QA 3WAFA 1ZMGA 1MY0A 2XHDA 3SEYA 5H8FA 1MPDA 4QFKA 3D4CA 2PYYA 1S9TA 2DXRA 4DE8A 4OEVA 3PU5A 3TCGA 1WDNA 1H3DA 4F2OA 2VGQA 3A3CA 2DWJA 1A99A 1OQGA 3G3HA 4U1ZA 3Q29A 1B3LA 4Q8RA 3O6HA 2HAUA 4NEDA 2ZYNA 3ZKLA 4IO5A 4RJZA 2R9JA 4MFIA 4OFJA 5AA4B 2REJA 3UN6A 1POY1 1MQDA 5H8NA 4PE5B 2F8DA 2D21A 1NFTA 4YKPA 1USYH 4OEUA 4DLDA 2DQVA 1QVSA 3KSXA 1IEJA 2ZXTA 2H98A 4XKPA 3H03A 3KG2A 3UP9A 3CVGA 2V93A 2PBWA 1UTHB 1MM6A 1L5TA 3TKDA 1TT1A 3RN8A 4YMBA 4ESWA 2DE2A 3PPQA 2X7PA 5K2XA 1DPEA 4NF5A 1ZU0A 4C0RA 2XX7A 1SYHA 1A40A 3SEVA 1LAFE 4EUOA 3MJNA 4R72A 3K2DA 2O69A 4YKKA 4L17A 3IJOB 2DVCA 4H8IA 4G8NA 3VXCA 3OMBA 1DTGA 1GVCA 1TWYA 2HZKA 1MY3A 1MY2A 3MPKA 1DOTA 4NF6B 3K1MA 1P1UA 1MPBA 2XXUA 3HHGA 3MVWA 4GOTA 3IOWA 1OVTA 2QS1A 4ELQA 2F7BA 2RCBA 4JSDA 2QJEA 4RA1A 1LFIA 4N07A 1IXIA 4F39A 2DVZA 3IB2A 1MQHA 3TYHA 3R26A 1DMBA 3THIA 3IB0A 4R2BA 4G2ZA 4TLMB 5H8NB 4O3CA 4ECFA 4ESXA 4KYDA 2HQ0A 4OWDA 1SI0A 3K1NA 3FJ7A 3O66A 2P2AA 5AA2D 5FTIA 2RF1A 2Y7WA 4IO6A 4NF8A 3UA8A 3DP4A 4I1DA 4JWOA 1YTVA 4FECA 4GD5A 3SEXA 1ZKBA 2VHAA 4KHZE 1H43A 1II5A 4H5FA 3LC8A 1I6BA 2ALUA 3IOTA 4G68C 4NF5B 4F3PA 4YICA 3N6TA 3H4ZA 4F1UA 1H76A 2NVUB 2DS9A 2I0BA 4U22A 4FAJA 1LCTA 4BLAA 2THIA 2UVIA 2DWIA 5JTYB 3PPOA 1IITA 3KBRA 3M3LA 4RPNA 4R9FA 3VLWA 3D4GA 1VSOA 2QMXA 1B05A 2I6EA 1SW2A 4GQOA 4FJPA 5AA1A 1EZPA 4F1VA 3FV2A 5BUUA 3RLFE 2UVHA 2Y7PA 3T96B 4YB5A 3MP1A 4LZ8A 4Q5TA 3IR1A 4BDRA 1XVYA 4HCWA 2ZMBA 3TCHA 3PGFA 3G3GA 5AE4A 3PMWA 2ZYMA 1AH5A 3FIRA 2B65A 2RCAA 3KFMA 3IO4A 3H7MA 2NOOA 3VVDA 1ELJA 3Q26A 3RPWA 3IJXB 1JW1A 1EH3A 3TQWA 2HCAA 2CMOA 3K1PA 1FW0A 1S7YA 1N7XA 3FUZA 1FQEA 4EXKA 2OK2A 3VV5A 4F29A 1B3HA 4HCYA 2Q89A 4JWYA 1MXZA 2ESNA 4PETA 1T0KA 4G8HA 1CE2A 2H5YA 1B5JA 3MP6A 3VXBA 1B4ZA 1JEVA 4PFUA 2O7IA 2GH9A 3V8XB 1POTA 1Y3PA 1P1QA 1XT8A 1Y3QA 3I6VA 3TZAA 3K6UA 3EHSA 4U21A 1AOVA 1SYIA 1B6HA 3MWBA 1YPNA 3K4UA 4U2RA 3FVGA 5BWJA 1PB7A 3M8UA 2H99A 5I57B 3H6UA 4FEDA 4FEBA 5B70A 1OQHA 4KCCA 1B0LA 3FD3A 4KI0E 2I4CA 4OXVA 1EZ9A 2FNCA 3LSLA 4EXLA 3H06B 2H9BA 1QW0A 2B3FA 3FGSA 4IO7A 5H8SA 3MBPA 2F34A 3B7DA 4ZEBA 1GTKA 4IGRA 3L6GA 4R73A 1B2HA 3DLNA 1D3KA 2RC7A 1P1WA 4DXBA 3IB1A 5I56B 4I62A 4ZZEA 1CB6A 1IIWA 4YU0A 3CSBA 3SEUA 4GFRA 5ITPA 2P0SA 4OVJA 1MQGA 2V3TA 4PP0A 1USYE 4PQJA 2O1MA 4U4SA 3U94A 3PD9A 3LUYA 3DP6A 3RTWB 3SESA 2Y7RA 1LFHA 2XXPA 4F3GA 3ZSFA 4FORA 1XOCA 3MP8A 4ZEFA 3P7IA 1LGBC 2Q2AA 2V3UA 4X48A 3MQ9A 5CBRA 2I48A 3C33A 3KOSA 2R71A 5FHOA 3QUJA 3KEIA 3ODBA 5KCJB 3C32A 4F2QA 1LBBA 1D9YA 4OENA 5CMKA 1PBPA 5DVIA 1I69A 4ISUA 1HSJA 5IAIA 4N13A 4RY1A 2UYFA 5CI5A 2IA4A 1MQIA 4GVOA 1B1XA 1OIBA 2Q2CA 5L9MA 5ISUA 3S9EA 1QKBA 3K02A 4MH5A 2Y7KA 3O6IA 2Z8EA 1IQ7A 5CBSA 5DVJA 3HPIA 3O28A 3W15C 3O6GA 4NF6A 2RC9A 4TLLB 2P1SA 1Z7NE 2O84X 5I2NB 2OZZA 3R7XA 1P1NA 3JZJA 1NH8A 4Z0IA 1KWHA 2PT2A 3N6UA 3CI8A 4KCDA 2GHBA 5I84A 5DT6A 1B4HA 1DSNA 4R74A 4C1TA 4QSEA 1YCJA 1N04A 3PPRA 4OYVA 3U8QA 3TMGA 3CFZA 5L9SA 3DM0A 4NTLA 5AA3A 1FTOA 4AQ4A 1MRPA 3I3VA 3MPLA 2VOZA 3TTNA 2VD3A 3VLUA 2V84A 1MQJA 4POXA 1JQFA 1OVBA 3RY3A 3OO9A 4U4XA 4M4GA 4BDOA 2F36A 3K01A 1PB9A 4EQBA 1O7TA 2UXAA 2QS2A 1IZ1A 1Y1ZA 4R9GA 1O63A 1XVXA 2H4IA 5JTYA 3DELB 2F6GA 4ZECA 1R9LA 3BFUA 3G3FA 3U93A 1IXCA 4OFLA 1MY4A 3FATA 4KD5A 4H67A 5JEIA 1B7ZA 3UK4A 3HHFA 3QIMA 3RTFB 1B7UA 3CRBA 1NH7A 1MH3A 2D3IA 4JSOA 1ZIUA 2UYEA 1SW4A 4EDPA 4LQ2A 1PBQA 3KJTA 1D4NA 1FQCA 3B6WA 1FCKA 4WKMA 3FXUA 3JV9A 1FTJA 2VP1A 4FE8A 4KQPA 3PUYE 4OTEA 4IO3A 3FVOA 5DTBA 4ELPA 4BDMA 5HM4B 2AL4A 3TTRA 2E0SA 2Q8JA 2H25A 1RKMA 4RPOA 1FQDA 5CMBA 4IO4A 4Q30B 1HSLA 3KOTA 1MXUA 4XTCQ 4E0WA 3OSQA 4H5GA 3PMVA 3O9PA 4OESA 3Q28A 1TXFA 3OSRA 1Y3NA 4YKIA 3MZBA 5KZTA 1MH4A 2XXXA 1ZJLA 3VDFA 2DXYA 3QAXA 2I4BA 2XXTA 4ZE8A 4RK9A 1FTLA 2ANJA 3KJ7A 2DE4A 3PUZE 1N84A 3OO6A 1SW5A 2VD2A 3EN3A 1LB9A 1I6QA 2GHAA 3TODA 2QL3A 4O3BA 2F35A 3ZS6A 2REGA 3N26A 1A55A 1WODA 5I57A 3LSWA 1QUJA 3PUXE 2NXOA 3EF7A 3OEMA 4P11A 1PEBA 5ICTA 4KPTA 1LLSA 1UTBB 1Y1MA 3E3KA 2ZNSA 3R6UA 3LBSA 1A8EA 3FZVA 2FA7A 3RNNA 2A5SA 4H8JA 4QSCA 2DWAA 4PFYA 3RT8A 1UQWA 3C4MA 4F22A 2DSFA 4O3AA 1N3XA 2XXHA 4RNSA 4YMAA 3GXAA 2O6AA 4H6DA 3SERA 2UVJA 1M5CA 1UIVA 3VE1B 1SI1A 4ND9A 5I56A 1LBCA 1B58A 3S9MC 4NWDA 1H44A 3OELA 3KN8A 3C36A 3IOUA 3B6QA 1JVXA 5TP9B 3TAJA 1QUKA 4IY5A 4X1BA 4Q0CA 2F97A 1FTKA 2A5TA 3RGYA 3QYTA 5AA2B 4RK2A 4ZZAA 4ZEDA 3L6HA 3VFJA 1VE4A 3OOAA 4R2FA 3PMXA 3USDA 1TFAA 4LUBA 1M5DA 1IXGA 1R9QA 3CSGA 2DP8A 1BP5A 1OLCA 3A09A 4N6PA 4WXJA 3MVYA 4JBZA 3MAMA 1YAEA 1US4A 1PC3A 3VLVA 4OZ9A 4F31B 2Z22A 3U92A 3IAZA 4UA8A 3E13X 3Q25A 2YPNA 4JXIA 2QS4A 4KYSA 4RYAA 5KCJA 4YKJA 5J1DA 2YJPA 4RXLA 4XXUA 4YZZA 1MDP1 2HAVA 1ANFA 1MDQA 1LSTA 1B3EA 3HO7A 2BJJX 2NWJA 2XXWA 2ONRA 1AL3A 1J1NA 2OLBA 1SVXB 3K6WA 3QK6A 4PFWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XKQA 4HE0A 4MLVA 4F1YA 2G29A 4NG7A 3VVFA 3B6TA 1DTZA 3TTMA 3TELA 2I3VA 4GL8A 5ET8A 1N76A 1TFDA 3FXRA 3GYYA 4F3BA 4ZS9A 5L9OA 4P9KA 2IEEA 1Y20A 3PD8A 4NHBA 4DIGA 3S9NC 4GLIA 3HCQA 2HXRA 4WEDA 1KZ8A 5I2NA 1FBPA 1FQFA 1XHYA 1IXHA 4NN3A 2A5TB 2I3WA 4DCYA 4GRKA 1FPEA 5EYFA 5HPQA 3K6VA 1B32A 1NNPA 1R6ZA 1SD3A 3MVZA 4K3FA 1D9QA 2F7AA 5H8QB 5EQAA 3H3GA 1SBPA 3C31A 1URGA 2V3QA 1NV3A 2Z8DA 1ZLQA 2Y84A 3W9VA 1GR2A 1NKXA 1SW1A 4PAKA 1JNFA 3SETA 2QVVA 1B52A 3GLBA 3PUVE 3PPNA 4H0WA 5I58B 2XXRA 1RYXA 2M8CA 4YB6A 4ZEIA 4NF4A 2F78A 4HS7A 1GV8A 4JB7A 1EZOA 2RINA 3A3UA 2B3BA 1RDZA 3TQLA 3NOHA 3G3IA 3SDFA 4WEPA 4PCDA 5EQ9A 4IY6A 5I59A 3MC2A 2PX1A 5IKBA 1NNKA 1IMDA 2GRVA 4P47A 1NMUA 4M1VA 4MNCA 4AS4A 4POWA 4MBPA 1D9VA 4GWUA 4LVQA 3TTKA 3E4RA 1Q35A 2CEYA 1AMFA 3EHUA 1PB8A 5JK4A 4JDFA 2ZYOA 4LQ5A 4MLQA 1FQBA 4H1XA 4YB7A 2ONKE 3K6XA 2ZNTA 4LATA 3Q27A 1Y9UA 1S50A 1MG1A 3V89B 1HSEA 1SPIA 2ABHA 4PF8A 3AXFA 3KBZA 4LZ7A 2I0CA 3N5LA 2FIXA 1BLFA 5ELVA 2QFLA 3E9XA 3N94A 3IORA 4GXAA 1G0HA 4QHQA 1N3WA 4FATA 4KXPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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