4R6YA

Crystal structure of solute-binding protein stm0429 from salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2, target efi-510776, a closed conformation, in complex with glycerol and acetate
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
317
structure length
317
Chain Sequence
SMESVVTVYSIDGLHDGDNSWYQVQFDAFTKATGITVRYVEGGGGVVVERLAKERTNPQADVLVTAPPFIQRAAAEKLLANFNTDTASAIPDANNLYSPLVKNYLSFIYNSKLLKTAPASWQDLLDGKFKNKLQYSTPGQAADGTAVMLQAFHSFGSKDAGFAYLGKLQANNVGPSASTGKLTALVNKGEIYVANGDLQMNLAQMERNPNVKIFWPANDKGERSALAIPYVIGLVQGAPQSENGKKLINFLLSKEAQTRVSELSWGMPVRSDVTPSDEHYKAATAALEGVQSWQPNWDDVAVSLSADISRWHKVTES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Transporter STM0429 from Salmonella Enterica
rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2
molecule tags Transport protein
molecule keywords Putative 2-aminoethylphosphonate-binding periplasmic protein
total genus 106
structure length 317
sequence length 317
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6yA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6yA01
2I0BA 3IOVA 2WKYA 3RTWB 1JW1A 5HM4B 3TCHA 2H9BA 4NF6B 1OVTA 4MBPA 2XXTA 3PMVA 2X7QA 3HV1A 4XTCQ 3KSXA 2P1SA 3C4MA 4OESA 2DWAA 1N7WA 3VVDA 2DS9A 2XD3A 5L9SA 2ESNA 1S7YA 3MZ1A 4IO3A 4R6HA 3S9LC 5JTYB 4OENA 2KLFA 1N3XA 2XXWA 4FEBA 4KD5A 2HZKA 4H67A 2F6GA 2LAOA 2NUVA 4DCYA 1BP5A 4GIZA 1BKAA 3VVFA 2RCBA 1PB8A 2HAUA 1BLFA 1DMBA 1QVSA 2E0SA 3H6WA 4OEVA 4TLLB 5TPAB 5A5XB 5K2XA 1MY0A 1MQIA 4PFTA 3FVKA 4OXVA 3T9UA 5AA4A 5M2VA 1RYXA 2O51A 1NH7A 2ZNTA 1Y9UA 3FJMA 3G3HA 1LAFE 5DT6A 1FTMA 3RTFB 3SEXA 4PQJA 5TU0A 2Y7RA 3CRBA 1N04A 3C36A 1QUIA 3FJGA 1MRPA 3K01A 2ONRA 4YB7A 4QRZA 3TEPA 4YB6A 4U1ZA 1B7UA 3OXNA 4NMYA 1YCJA 2E1SA 3RLFE 1PB9A 1FQEA 4U22A 2XXXA 1Y4CA 3VLUA 3TFLA 2QS1A 4DXBA 4EDPA 3MZBA 1I6AA 4U4XA 1AL3A 1A8EA 3H06B 1SW5A 4IO5A 1AH5A 5FHOA 3VXCA 3K02A 1EZPA 1MQJA 3PMWA 1XC1A 3O6GA 1S9TA 3IK6B 3KBRA 1A55A 3O29A 3PD9A 4OFLA 3TTMA 5AA2B 3MVWA 1US4A 3KG2A 4TOZA 3G3FA 1GV8A 2B65A 5H8QA 5I58B 1F9BA 4IB2A 4U1OA 3BBRA 4WEDA 5EHMA 2F36A 3FVNA 2HAVA 4NE4A 1H3DA 2YLNA 2RF1A 3N6TA 5I56B 3MVZA 1AIVA 4F29A 1B32A 1S50A 1GGGA 4RK2A 3FXRA 3IB2A 5I59B 3T93B 3OEKA 4LZ8A 2PBWA 1QJMA 2AL4A 3EPEA 4LVQA 3ILTB 4RY1A 5DEXA 2W7YA 3C9HA 2CMOA 3Q28A 2XXHA 1HSLA 1MXVA 1MY3A 1A7LA 1ZMGA 2P0SA 3KOSA 5DVIA 2DWHA 3RN8A 4GXSB 4IO2A 3V5AA 3O66A 2Z8DA 3B6WA 1MH3A 2DE4A 2DOJA 5DVJA 1URDA 2DP8A 3CIJA 4DXCA 4KYSA 4QFPA 4O3BA 2ANJA 3QIMA 1SI0A 1PDAA 3K0VA 5DYHA 1JW4A 3S2VA 1B7HA 1YAEA 2OZZA 3GLBA 3T9HB 3RPWA 5A5XA 4H8JA 3CG1A 3H4ZA 5I57A 4EQBA 4H8IA 1B2HA 3KFMA 2Q2AA 3T66A 1IQ7A 2RCAA 3CSBA 1RYOA 4OERA 4R6KA 4NF4B 1HSJA 4OHNA 3JYRA 4BDNA 3USDA 1XT8A 3F11A 3QK6A 3K6WA 4OFJA 2PX1A 1NMUA 3QSLA 4EF1A 1MQDA 2Q9TA 4Q8RA 2GHBA 1FQFA 5JEIA 4R75A 4NF8A 4AB5A 1H43A 2QS3A 4QHQA 1MQGA 4I1DA 3C31A 4NTLA 3S9EA 1JVXA 1NKXA 1MXZA 3PPPA 5L8DA 2O69A 4U23A 3UGWA 1OIBA 1EZOA 2UVGA 3PUVE 1R1NA 4RPOA 4WKMA 2RINA 3TPAA 3PPRA 3ODBA 2RKMA 1N7XA 3KEIA 4LZ5A 5H8QB 3VFJA 5I58A 3MVYA 1O7TA 2H4IA 5ICTA 4ZEBA 3IOWA 1QKAA 3I6VA 4K3FA 4P0GA 3CFLA 4G8HA 3LR1A 3IAZA 3MC2A 5AA1A 3TUSA 4AB6A 3C32A 1GR2A 3TKDA 1OVBA 2UVJA 3IORA 5TPAA 1YTVA 2CZLA 2H98A 2HQ0A 4P11A 3PUYE 4E0WA 1R6ZA 2V3TA 1MY1A 4ZZEA 1MY2A 2D3IA 3ILUB 3K1MA 3LC8A 4BDRA 2Z23A 1US5A 4YICA 1SBPA 4F39A 2QJEA 2D21A 3I5OA 2G93A 3MVXA 4GF8A 3PU5A 4RXLA 4X48A 4HTGA 5ISUA 1MXYA 4PFYA 1MPCA 2IEEA 1NNKA 5ELVA 3SERA 3VLWA 5KDTA 5TP9B 3W9VA 5J1DA 2O84X 2XXUA 4I62A 1UTBA 4QFNA 1PEBA 4DDDA 1FTOA 2O6AA 1B0LA 1P1OA 2F34A 3A3CA 1IXCA 3OO8A 4G68B 1I69A 4YKIA 5FTIA 3DM0A 4QSDA 1B5IA 3TQLA 3V89B 1JNFA 3H03A 4NF4A 2X26A 3O28A 5CM6A 1ELJA 3OMBA 5B70A 2O68A 1M5DA 2VD3A 5I2KB 3PUXE 4OQOA 1R9LA 5KZTA 1B1HA 2OWSA 1ANFA 3OENA 2UVHA 1JEUA 2PMSA 1IXGA 1TFDA 3U92A 1Y1MA 4OTEA 1MXXA 1HSEA 2V3QA 3IX1A 3K2DA 2DSFA 4GLIA 4M4GA 5BWJA 5H8HA 1A54A 2RC7A 4RPNA 1URSA 4IO4A 3UIFA 5IAIA 1Y3NA 3TTLA 3UA8A 2M8CA 3C34A 3H6UA 1OQGA 4FORA 1QUJA 5F1QA 3E3KA 4JWXA 2V84A 3QYTA 2Q8JA 1IEJA 3RY3A 4EUOA 3S9NC 4YAHX 5AA2D 1LB9A 1B6HA 4AQ4A 5H8FA 1B46A 1FQBA 1H44A 1B9JA 4QFLA 1PBQA 3E9XA 3L6HA 4BDOA 1FCKA 3THIA 3PD8A 3PUWE 4PP0A 4OETA 3TELA 2XXIA 4X1BA 2PT2A 3HPIA 1LFIA 3U93A 1A40A 1OQHA 3KJ7A 3RT6B 1ZTYA 2QRYA 4RNSA 4YMAA 2H25A 4THIA 3GXAA 4FEDA 4PFUA 3AXFA 4RYAA 1H45A 1UTHB 4PFWA 1IXIA 4ECFA 2ONSA 3ZSFA 1N76A 4ELPA 2ABHA 2ZMBA 4ZECA 4GVOA 4N13A 3K00A 4F3PA 3TCGA 1ZJLA 3FVGA 2Z8FA 3CVGA 3G3IA 1LLSA 1Z7ME 1SI1A 2ZYNA 5TP9A 2NVUB 1NNFA 3IJXB 3TDJA 3C35A 1B40A 3MJNA 4R6YA 4R72A 1YPNA 4XIGQ 4F2OA 4OYVA 3Q25A 3SKPA 3VXBA 4JSDA 3MBPA 3CFXA 3JV9A 4JBZA 4F3SA 1AOVA 4HS7A 1XS5A 3OSRA 4KYDA 2REGA 2ZXTA 4KFQA 2A5SA 2Q89A 3MW0A 2Q2CA 4KCCA 2VGQA 1P1UA 3H6TA 4GRKA 4LONB 3N26A 1J1NA 3A09A 5CRYA 1DPPA 1WODA 3MZ9A 1B05A 3O9PA 4JWOA 5CBRA 3G7WA 4OEUA 5H8NB 5HPQA 3OSQA 3UORA 1B58A 3D4CA 3FIRA 3LSLA 1AMFA 4NF5A 2H5YA 3P7IA 1UQWA 3R26A 3G3JA 1NNPA 1D9VA 4F18A 3Q26A 5BUUA 5JTYA 5F7VA 1DTGA 1SW2A 3FJ7A 4XKPA 3WAEA 3IR1A 2I3WA 4YZZA 3GBAA 1SVXB 1LCTA 1LAHE 2XXVA 1JQFA 3L6GA 4LA9A 2THIA 2VOZA 2ZYOA 1B51A 3CSGA 3LSXA 3MPLA 3KZGA 2F6PA 4I9DA 3N94A 4IY6A 3HO7A 3EHTA 1A8FA 1N0TA 2Q88A 3E13X 3JZJA 5KDTB 4GQOA 3RUMA 2HZLA 3EQ1A 4DZ1A 3M3LA 1JW5A 4BDMA 4ZE9A 3B7DA 1M5FA 4TLMB 4LQ2A 4YU0A 5K2YA 4DE8A 3H3GA 1M5BA 3ONMA 1DPEA 4QF9A 2QPQA 3K1NA 4I8CA 3FVOA 4GOTA 3HCQA 4L17A 3CG3A 2UXAA 3FUZA 2I0CA 4KCDA 3PPQA 4R9GA 3G3KA 2O1MA 2NOOA 3IL1B 4Q30B 4F31B 1MPBA 1LB8A 1XVXA 2I58A 4KI0E 1CE2A 1B5HA 1P1NA 2GFEA 3CR9A 3T9XB 4F3GA 4ZEDA 5I57B 1M5EA 2R9JA 1EH3A 4ONYA 2BJJX 1IITA 3EHSA 3I3VA 4ND9A 1ZLQA 5DTBA 3N6UA 1L5TA 3SEUA 3MAMA 4RJZA 2XXRA 4YKJA 3TTNA 1FTJA 1FW0A 2NWJA 1B3EA 1MDP1 1NNTA 1B7ZA 2X7PA 2VHAA 1B3LA 2GRVA 4IO6A 4LUBA 4FE8A 1POY1 4H65A 3O2AA 4H5FA 3KSJA 2A5TA 2YJPA 4X9TA 2OCUA 4YKPA 3K6UA 3KN3A 3TQWA 1D9YA 1P1WA 2QMXA 1TWYA 5IKBA 1MXUA 1UIVA 1VFEA 2G29A 1NL5A 2RC8A 5I2NB 4NF6A 1TT1A 2REJA 3QAXA 4G8NA 3TMGA 2DWJA 1PBPA 3VDFA 2R6GE 1QW0A 4NWCA 5CC2A 1VE4A 1O64A 3S9MC 1LGBC 5FHNA 4H6DA 4GWOA 3DP4A 2OWTA 4R73A 5FHMA 4C1TA 3D4GA 3TZAA 4F1VA 2B3FA 4LATA 2V3UA 2ZNSA 2DWIA 4ELRA 2R71A 3VV5A 1VR5A 3OO7A 2DXYA 4F1YA 3TTKA 3TCFA 2O7UA 1SQYA 2DYXA 2VP1A 3EHUA 3FXUA 4ISUA 4O3AA 4QSCA 4QFKA 3VVEA 4ESWA 5ITOA 1QULA 3FASA 3FD3A 3C33A 4BDLA 3UN6A 3FV2A 4IGTA 1MDQA 2QS4A 3VE1B 3TODA 3KN7A 4IY5A 3K1PA 3LUYA 3MP8A 1DSNA 4JSOA 3U8QA 4G4PA 2DQVA 3IB1A 4RK9A 3LSFB 2UYEA 3FZVA 3G3GA 4H0WA 2PVUA 3CI8A 4P0IA 3WAFA 4U2RA 4EF2A 1PB7A 2Z8EA 4HCWA 1POTA 2AIXA 4QSEA 1USYE 2XXQA 5CMCA 3OOAA 4C0RA 3EN3A 2DE3A 1IIWA 2Y84A 3ZKLA 3M8UA 1KWHA 4R9FA 4FATA 2F7BA 1SW1A 2OBGA 2H99A 4G77A 4UACA 2QL3A 4F22A 4XXUA 4KR5A 1N3WA 3TTRA 1CB6A 2YPNA 1BTJA 2ZNUA 5I2KA 2PYYA 5L9MA 5I84A 3KOTA 1B1XA 4ZEIA 4JDFA 4ESXA 5CI5A 2HXWA 3T22A 2XXYA 3EF7A 4OZ9A 2ZYKA 5AA3A 4F19A 2O1LA 2ONKE 4POXA 1Q1KA 3SESA 3BKIB 4BLAA 3M3FA 1N84A 3A3UA 4G2ZA 3SEVA 3MUQA 5H8HB 5I59A 4YKKA 3PPNA 1P99A 1Y1ZA 1B4ZA 1FQAA 2XX9A 4HW8A 5AE4A 5KCJB 4OMBA 2D5WA 1WVJA 5I2NA 2F7AA 1IUDA 1LCFA 1MQHA 4G8MA 4PE5B 1JVYA 5DEXB 5H8SA 3FXQA 1JETA 3O6HA 1NH8A 1LFHA 1P1QA 1QKBA 3B6TA 4MFIA 2P2AA 4YMBA 3QUJA 2V93A 4EQ9A 3B6QA 1UIUA 5DVFA 3IOTA 1R9QA 3FGSA 2I48A 3QUFA 4GD5A 4GXAA 4ZEFA 3RQTA 4MF3A 2Y7IA 3DP8A 3QXMA 1B4HA 2AYSA 1MM7A 3H7MA 4YB5A 3IJOB 4DIGA 4M1VA 1USYH 2I3VA 1UTBB 3R7XA 3ZS6A 3TYHA 3UP9A 4NWDA 3W9WA 1RKMA 1LFGA 4U21A 4R2FA 3DLNA 3OD7A 3U94A 3PPOA 1B0HA 3R6UA 3RT8A 3FATA 1LSTA 2O7IA 4Q5TA 3PV0E 4Q0CA 1MH4A 1B3HA 4U4SA 3PMXA 2QSXA 4H1XA 2F8DA 2ZYMA 2OLBA 1I6QA 3ZKKA 4MLQA 4JB7A 3TAJA 4KHZE 4X1DA 4OFOA 2XXPA 3SDFA 3VLVA 1ZIUA 3RNNA 1DOTA 3OO6A 1DTZA 1M5CA 4N6PA 4ELOA 1MS7A 1GVCA 5B7DA 1OMPA 2GHAA 4N07A 3T9VA 4H5GA 5L9OA 1MG1A 1PC3A 1B5JA 4C1UA 3HSTA 3IO6A 1H76A 2DE2A 2Y7PA 3OEMA 1ATGA 3BFTA 2XD2A 3MWBA 4POWA 3O97A 4KYEA 3Q27A 2XHDA 4QFOA 1FQCA 3HN0A 4FIMA 3U1OA 3KGCA 4FJPA 4GL8A 5H8FB 3M3KA 3KJTA 4E0XA 4ZE8A 2Z22A 3N5LA 2UYFA 5JK4A 2V25A 4G68C 2XX8A 3IOUA 4GL0A 3MP6A 3GBBA 4UA8A 5AA2A 4FECA 1OLCA 1OLAA 1B52A 1TXFA 2B3BA 2QS2A 4OVJA 1SDXA 2HCAA 2RC9A 4JWYA 4OWDA 3LBSA 4EQ7A 5KCJA 1XVYA 1FQDA 3SEWA 1T0KA 4ZEKA 2UVIA 1WDNA 5LOMA 4Z0IA 3V83A 3K4UA 1ZU0A 2FA7A 4ZZAA 1II5A 1LBCA 2Y7KA 1FTKA 2Y7WA 5CMBA 1EU8A 1Y3PA 4F3BA 5ITPA 4LQ5A 1NFTA 1TFAA 1LAGE 2FNCA 4LZ7A 2DVZA 2I4BA 2I6EA 3K6VA 2HFBA 2OJTA 3CFZA 3PUZE 5CBSA 1Y4TA 2AL5A 3MQ9A 4XKNA 2F7CA 4RA1A 3LSWA 1Q35A 3KN8A 1B3FA 2QMWA 1JEVA 4MH5A 3BFUA 4ZDMA 3PGFA 4DCXA 3U72A 3OELA 2F97A 5HBCA 4Z7EA 5CMKA 2XX7A 4IO7A 1D4NA 1URGA 3S4UA 3V8XB 2DVCA 4F1UA 4G68A 4NEDA 3GZGA 1ZKBA 4LP2B 2NXOA 1MM6A 1UTHA 3OO9A 4WXJA 2VD2A 3IO4A 4TQUQ 3SEYA 4KQPA 1FTLA 4ELQA 1Y3QA 4FAJA 1A99A 3HHGA 1IXHA 3DP6A 1VSOA 1QUKA 3UK4A 4R2BA 5EHSA 2I4CA 3E4RA 3ECRA 1LAXA 3Q29A 1GTKA 3MPKA 1SD3A 4O3CA 4R74A 3SETA 3IB0A 1SYIA 1ZBMA 1D3KA 3RGYA 5ICQA 1MXWA 1B3GA 5CMMA 5H8NA 4DLDA 3T96B 4F2QA 1I6BA 1SYHA 4GFRA 1O63A 4MLVA 3W15C 4BDQA 4EXKA 4NF5B 1XHYA 3FV1A 2FYIA 2OK2A 2F5XA 3DELB 3MP1A 2F35A 1IZ1A 4JXIA 1VFDA 4WEPA 4XKRA 5FTHA 4EXLA 1MY4A 2HEUA 2PT1A 1EZ9A 1LBBA 2F78A 1MPDA 1XOCA 4KPTA 4PETA 1SW4A 3K6XA 3O6IA 4HCYA 4IGRA 4DXUA 1Y20A 2DXRA 5AA4B 2IA4A 4NF8B 3H6VA 4ZS9A 2A5TB 5I56A 2ALUA 2GH9A 3HHFA 5EYFA 4XKQA 2I49A 1BIYA 1Z7NE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GWYA 3HV1A 4XTCQ 2Q8MA 3S9LC 3KBZA 4FEBA 2XXWA 2HZKA 4DCYA 4GIZA 1FBGA 2E0SA 5K2XA 4PFTA 5AA4A 4OXVA 3FJMA 2ZNTA 3G3HA 1NV3A 1LAFE 1FTMA 3SEXA 3CRBA 3C36A 3FJGA 3TEPA 3RLFE 3VLUA 2QS1A 4EDPA 4IO5A 1AH5A 2XWIA 1MQJA 2Y5LA 1XC1A 3O29A 2WX9A 1US4A 3KG2A 1DK4A 3G3FA 2B65A 5H8QA 4U1OA 2YLNA 3MVZA 4G61A 4F29A 1GGGA 3OEKA 4RY1A 3C9HA 2CMOA 2XXHA 1HSLA 2DWHA 1MH3A 4MNCA 2FVZA 1URDA 3K0VA 1JW4A 5A5XA 3CG1A 4EQBA 3KFMA 2RCAA 1RYOA 4NF4B 4P1EA 1HSJA 3K6WA 4OFJA 4EF1A 2Q9TA 1FQFA 4R75A 4NF8A 3S9EA 3UGWA 5L8DA 3PPPA 2O69A 4U23A 3A29A 4RPOA 3MVYA 2H4IA 4ZEBA 3IOWA 4G8HA 5AA1A 1OVBA 3IORA 5ET5A 4P11A 4E0WA 1R6ZA 1MY1A 1MY2A 2D3IA 3K1MA 4BDRA 4F39A 5ELVA 5TP9B 1NV6A 2XXUA 3T1BA 1FPEA 1FTOA 4G68B 3TTRA 2F34A 1IXCA 3DM0A 3PTYA 2O68A 1M5DA 4N8GA 1JEUA 1TFDA 1Y1MA 3IX1A 4GLIA 3TTLA 5J16A 4YAHX 1LB9A 1FQBA 1B9JA 1PBQA 4BDOA 4X04A 2XXIA 3TELA 4AS4A 2H25A 1IXIA 2ONSA 1N76A 4GVOA 3G3IA 1LLSA 2ZYNA 3IJXB 1D9QA 3MJNA 4PAKA 3Q25A 4F3SA 2FIXA 1IMAA 2REGA 4KCCA 1P1UA 3H6TA 4GRKA 3MZ9A 1NUWA 3G7WA 1NV2A 4PDHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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