4R6YA

Crystal structure of solute-binding protein stm0429 from salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2, target efi-510776, a closed conformation, in complex with glycerol and acetate
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
317
structure length
317
Chain Sequence
SMESVVTVYSIDGLHDGDNSWYQVQFDAFTKATGITVRYVEGGGGVVVERLAKERTNPQADVLVTAPPFIQRAAAEKLLANFNTDTASAIPDANNLYSPLVKNYLSFIYNSKLLKTAPASWQDLLDGKFKNKLQYSTPGQAADGTAVMLQAFHSFGSKDAGFAYLGKLQANNVGPSASTGKLTALVNKGEIYVANGDLQMNLAQMERNPNVKIFWPANDKGERSALAIPYVIGLVQGAPQSENGKKLINFLLSKEAQTRVSELSWGMPVRSDVTPSDEHYKAATAALEGVQSWQPNWDDVAVSLSADISRWHKVTES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2
publication title Crystal Structure of Transporter STM0429 from Salmonella Enterica
rcsb
molecule keywords Putative 2-aminoethylphosphonate-binding periplasmic protein
total genus 106
structure length 317
sequence length 317
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6yA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r6yA01
2V84A 2ANJA 3CVGA 2QS3A 4PFYA 3G3GA 1A8EA 2F8DA 1Y3QA 3SEWA 1DPPA 2F7CA 2G29A 4RYAA 4C1UA 5AE4A 3O66A 3K6WA 3FVKA 1YCJA 2I6EA 4H1XA 1B4ZA 4GF8A 4RPNA 3V8XB 5CC2A 1ANFA 1B5HA 1YPNA 1Y4CA 1N84A 4R6YA 3HHGA 3RPWA 4X1DA 2Y7KA 3RLFE 5CM6A 2ESNA 1YAEA 1NKXA 3VXCA 3FVOA 5HPQA 1LFIA 3IJOB 1B58A 3CFZA 2RC7A 1LBBA 1FTKA 4QSDA 3VVEA 3CFXA 2ABHA 2ZYOA 3IO6A 2ZXTA 2H25A 5H8NB 4F29A 3RQTA 2I0BA 1M5BA 1ZKBA 3O29A 3M3FA 1I6BA 3VFJA 1UTHA 4N13A 3LSLA 4ND9A 5H8NA 1H45A 5FHMA 1B5JA 1ATGA 2GHBA 5FHNA 4BDLA 4OYVA 4U2RA 3M8UA 3L6HA 3O28A 4LQ5A 3PPOA 3FZVA 5AA3A 4LONB 4RY1A 3KOSA 4LATA 1NNKA 3IK6B 1OQHA 3MQ9A 4POXA 2F5XA 2V3TA 4THIA 3O9PA 4JDFA 4RJZA 1N3XA 4XTCQ 4IGTA 4F2QA 3T66A 4LZ7A 2VP1A 3OO7A 2A5SA 3VVFA 3RTFB 2D3IA 3P7IA 4ZEIA 3TAJA 4XKNA 1NNTA 3THIA 3FJMA 1MY0A 2ALUA 5I58A 3IL1B 3M3KA 4BDRA 1URGA 3OO8A 1XS5A 3O6HA 2RF1A 5I84A 2E1SA 5CBSA 3MVZA 2Y7PA 1FW0A 2QS4A 2X7PA 2B3FA 3N94A 1B2HA 3FIRA 1Z7NE 2A5TA 4GXAA 1M5CA 1ZMGA 1XVXA 2Z8FA 2F78A 3Q27A 1MXZA 2Z23A 3B6QA 4Q8RA 3CFLA 1T0KA 3C4MA 2V3UA 4DZ1A 4KPTA 3TTNA 3K01A 2Q2AA 1H43A 3O6IA 3MP6A 2NOOA 3B7DA 1Y3PA 2O1MA 5F1QA 1MH4A 1B3GA 2DWAA 3GBAA 1OIBA 4BDOA 4POWA 1MDP1 4XKQA 4PQJA 4ELRA 4PFUA 3T9XB 3TTLA 3FVNA 2PYYA 3TYHA 2DE2A 3KBRA 3MVXA 3I5OA 1B51A 1FQDA 4DXUA 2OJTA 4YICA 5ITOA 3WAFA 2QPQA 3N6TA 3PPNA 4ZZAA 3FXQA 5ICTA 3JYRA 4X9TA 2ZNTA 1PB9A 4X48A 2DSFA 3U94A 3HHFA 1B40A 2O1LA 5DTBA 3IR1A 4R72A 4EXLA 1MXVA 1LAFE 1JNFA 1D9VA 2THIA 4N07A 1NH8A 2O7IA 2XXQA 4PE5B 5JEIA 1N0TA 5H8SA 1WODA 4HCYA 2I4CA 5DVFA 2Z8DA 1MPCA 4EF1A 2RINA 4MLQA 3C36A 1DOTA 2OLBA 2NWJA 4FATA 3H7MA 4NTLA 4WKMA 2F36A 5CI5A 3MPKA 3MBPA 4BDMA 4MH5A 4H8IA 1N76A 4KYEA 1ELJA 1JQFA 4XXUA 4NF5B 1QVSA 4AB5A 4IO3A 4KD5A 5AA4A 4F1YA 5AA2D 1B4HA 1BTJA 2Z22A 4U23A 3EN3A 3DP6A 1URDA 3FJ7A 2QS2A 3EF7A 2QMWA 5DT6A 3TCHA 3ECRA 1LAGE 1MG1A 1FTMA 4QFPA 2XXTA 3TDJA 3PPPA 3MP8A 4OFJA 4C1TA 1O64A 2DYXA 3OD7A 1ZTYA 1NMUA 1DMBA 3K1MA 4DXBA 3PD9A 3BKIB 5I2NA 1US5A 4LZ5A 1SYIA 2VHAA 5I59B 5TP9A 2QS1A 3OXNA 2NXOA 1MM6A 4QHQA 4DCYA 5DEXB 1UQWA 4R6HA 4GL8A 3TMGA 3OENA 1A54A 3L6GA 3O6GA 2DVCA 3GLBA 2IA4A 1EZ9A 2XXXA 5H8QB 1UTBA 1LB8A 3K6VA 3QSLA 3PUZE 4DDDA 1FQEA 1B3HA 2OCUA 1O7TA 3V83A 1OVBA 3IOUA 3UIFA 1H3DA 3LUYA 1FQAA 5J1DA 3Q26A 2UYEA 2F35A 4GD5A 2Q8JA 2XXUA 3UK4A 1EZOA 1M5DA 4NF8B 2XXVA 3CSBA 4OENA 2ZMBA 3S9EA 4R9GA 5FTIA 1N04A 4G8NA 4H5FA 2H98A 3TFLA 1AOVA 3U72A 1Y9UA 4F39A 4YMAA 1QUJA 3KJ7A 1PB7A 3E3KA 3TUSA 1PDAA 4F3PA 3K4UA 5LOMA 2XX9A 5I57A 2DE4A 2I58A 4JXIA 2AL5A 1IXHA 2H9BA 3TZAA 1R1NA 4ZEFA 5A5XA 4ONYA 1NNFA 5I56A 2DP8A 4DCXA 5DVIA 1MY1A 1BLFA 1P1UA 4F3GA 2HFBA 1MRPA 2R6GE 5TPAA 2GFEA 1NFTA 2H4IA 3PV0E 1B7UA 5F7VA 4AQ4A 1B0LA 2V3QA 2OK2A 4ELQA 2DS9A 1JVXA 1SI1A 4GIZA 4Q5TA 3KEIA 3RNNA 2I48A 3U8QA 2PVUA 4OFLA 1Y1ZA 3DP8A 3PUXE 4M1VA 2XD2A 3MUQA 3SEXA 3RTWB 1KWHA 1D3KA 3KN8A 2F7BA 2QL3A 3RN8A 3CG1A 3S9MC 1B3FA 3MC2A 2VD3A 2AL4A 4OMBA 4WEDA 2O6AA 3T9HB 3AXFA 3FATA 2UYFA 1Q35A 1AMFA 3K2DA 3OO6A 3IOWA 3IB0A 4M4GA 1N7WA 2UVGA 1GGGA 3F11A 2I3VA 3D4GA 4GLIA 4OQOA 1M5FA 4HCWA 5L9OA 1VR5A 1B1XA 1JW5A 4GVOA 1UTHB 1Y20A 3KGCA 3O2AA 2O84X 5H8FA 1A8FA 3MZ1A 1ZBMA 3R7XA 3H6VA 5ELVA 2CZLA 5JTYA 3CI8A 1UIUA 3SESA 3OSRA 4ELOA 3UORA 3A3CA 1B7HA 2X7QA 3QUJA 4FORA 1BIYA 4LA9A 2Q88A 4L17A 1VSOA 4RK2A 4RPOA 2HEUA 2UXAA 4R9FA 4BDNA 1XOCA 1A55A 3PUWE 1DPEA 2XXHA 1TT1A 2QMXA 3C31A 3FASA 3OSQA 3KSJA 4OERA 1JW1A 3S9LC 5H8HA 4U1OA 1PC3A 5KCJA 3K00A 4PETA 1POTA 4QFKA 3N26A 3BFTA 3SKPA 3RY3A 4EDPA 5I58B 1LSTA 1GV8A 1RYOA 4XKPA 4OWDA 4QFOA 3VVDA 1SW2A 1QKBA 4IGRA 3Q25A 1B52A 1MXWA 3T93B 5DYHA 3HV1A 1JEUA 3KN3A 1MQHA 4GOTA 3K1NA 3ZSFA 2A5TB 5FHOA 4U22A 4FECA 3TCGA 2O68A 3IJXB 3OEMA 1URSA 4Z0IA 1B1HA 1TWYA 2OWSA 1XVYA 3Q28A 3CIJA 5HM4B 1IUDA 2Y84A 5AA2A 4NEDA 1MXYA 1SI0A 2H5YA 2HAUA 1N3WA 1D9YA 3K02A 4YKIA 2DE3A 3SEVA 3M3LA 3OMBA 5M2VA 1XHYA 2YJPA 3TKDA 1R9QA 1YTVA 1ZLQA 4F1VA 4RA1A 1OLCA 4JB7A 3PPQA 4KFQA 1R9LA 2H99A 1FTOA 3H6UA 3H6WA 3TQWA 1EU8A 4OTEA 5CMMA 3A09A 4R75A 2REJA 2I0CA 1JW4A 4KYDA 5ISUA 5EHMA 3LC8A 3W9VA 4ZDMA 4EQ7A 1DTZA 2V93A 4NMYA 2VD2A 3K0VA 4G77A 1QULA 2O51A 1MPBA 5TU0A 3MVYA 2O7UA 3QYTA 4P0IA 4XKRA 3U92A 4NWCA 4R73A 3E13X 4GFRA 1JEVA 3HPIA 5IAIA 3I6VA 1DSNA 1B46A 1QJMA 3EHUA 1B3EA 1ZJLA 4DE8A 4OVJA 3I3VA 1B32A 4TQUQ 4YU0A 4U4XA 4Q0CA 4I1DA 3EPEA 2NUVA 1IXIA 3LSFB 3PMWA 3OO9A 3UP9A 2F34A 2WKYA 2PX1A 4LQ2A 2KLFA 1PBQA 5AA4B 2M8CA 3BFUA 3G3IA 1ZIUA 4BLAA 1M5EA 2LAOA 1P1OA 5ICQA 3BBRA 3PU5A 4JSOA 1O63A 1QUIA 3H6TA 4NF4A 4NF6A 1S7YA 2P2AA 4E0WA 3UN6A 4YAHX 3LR1A 4EQBA 3IOTA 1FQCA 5I2NB 2DOJA 5CMBA 1Z7ME 5TP9B 4N6PA 2ZNUA 4G2ZA 5CRYA 2YLNA 4O3AA 4G68A 4O3CA 3OOAA 2ZYMA 2Y7RA 4WEPA 1RKMA 1PEBA 4RK9A 1LB9A 4Q30B 2P1SA 1B9JA 1UTBB 4OHNA 4ZS9A 3EHTA 1TXFA 3T22A 1TFAA 2XX7A 4IO2A 3DM0A 2DXYA 1NH7A 4H5GA 4KYSA 2B65A 3U1OA 5KDTA 1IXGA 1MQIA 5DVJA 1II5A 3PUYE 1A99A 3MP1A 4TLMB 1MS7A 4YMBA 3TODA 4E0XA 3LBSA 1ZU0A 1Y3NA 1VFEA 5I57B 2D21A 3PMVA 1MY4A 3WAEA 3O97A 5AA1A 1B6HA 3GXAA 5A5XB 4O3BA 1USYE 2D5WA 2X26A 1I69A 1IIWA 5I56B 3QXMA 4G8HA 3E4RA 1RYXA 1TFDA 4P11A 1R6ZA 5I2KA 1MM7A 1SW1A 5TPAB 3KOTA 4QSEA 3N6UA 4LZ8A 3MZ9A 3TEPA 2UVIA 3ZS6A 1PB8A 4Z7EA 3OELA 1QKAA 3C9HA 1N7XA 3KFMA 1NL5A 1Y4TA 3KZGA 1OLAA 5JK4A 3D4CA 4QFNA 3ILUB 5BUUA 4HS7A 4P0GA 2REGA 3IOVA 1EZPA 4QF9A 4MLVA 2ZYNA 2DXRA 2E0SA 2PT1A 3DP4A 1MQDA 3QAXA 3SEYA 3HO7A 4MFIA 3U93A 2I4BA 2HZKA 4HW8A 2ZNSA 3G3HA 3R6UA 1MQGA 4ZZEA 3MZBA 3FV1A 3V89B 3IO4A 4G4PA 4TOZA 1P1QA 4KQPA 5EHSA 1GR2A 4IO5A 2AYSA 1MH3A 3USDA 3CR9A 4KHZE 4EQ9A 1WVJA 3SERA 4ZEDA 3KG2A 4RXLA 5H8FB 4R6KA 5L8DA 2FNCA 4DLDA 2YPNA 2HAVA 5JTYB 4F3BA 4OETA 3C35A 2F7AA 5B70A 4C0RA 4X1BA 3EQ1A 3KN7A 3VLWA 4U4SA 4ESWA 3CRBA 4FIMA 1SD3A 1QUKA 2OZZA 4NE4A 1HSJA 4ISUA 1H76A 4H67A 3CG3A 3TELA 1IEJA 2ZYKA 4F1UA 1L5TA 3MJNA 3UGWA 3LSXA 4GWOA 4JBZA 4U21A 2HQ0A 2RCBA 3H4ZA 1H44A 4FEBA 1UIVA 2VOZA 4LP2B 5H8HB 3FGSA 5B7DA 5KCJB 2F6PA 2XXRA 2B3BA 3MW0A 4JWYA 3QK6A 4YB6A 1BKAA 4F19A 4F18A 2XXPA 1GVCA 1A7LA 5L9SA 4JWXA 1B3LA 3PGFA 4DXCA 2R71A 4FAJA 3T9UA 4DIGA 3DLNA 4F22A 2FA7A 4GXSB 4KR5A 4OEUA 1FTLA 4ECFA 4R2FA 2O69A 4OZ9A 2HXWA 1J1NA 1WDNA 3HCQA 3TTKA 2RC9A 3JZJA 1OVTA 2HCAA 1AH5A 1I6QA 4IO4A 1FCKA 5ITPA 1OQGA 3ONMA 5AA2B 4WXJA 3VLUA 4IY6A 2XXYA 3FJGA 4HTGA 3VDFA 2QSXA 2VGQA 4IY5A 3G3JA 3GZGA 3VLVA 4YKKA 3MWBA 4GRKA 4BDQA 3C34A 2G93A 3B6TA 2XD3A 1XC1A 1SW4A 3S2VA 4EUOA 3QIMA 3W9WA 1PBPA 1P1NA 1P99A 3R26A 4ELPA 1JETA 4K3FA 4YB5A 3W15C 1LAHE 2AIXA 2DQVA 1S50A 4LVQA 3E9XA 3LSWA 2I3WA 4OFOA 4FE8A 4KCCA 1EH3A 4NWDA 5EYFA 1CB6A 1LCTA 4F31B 3K6UA 4PFTA 3C32A 4KI0E 3C33A 3PD8A 4XIGQ 2CMOA 3QUFA 3FXUA 1IZ1A 4F3SA 2UVJA 2DVZA 3FXRA 3H06B 4QSCA 4JWOA 3VE1B 1MY2A 1VE4A 2Q2CA 2XXWA 5CMKA 4ZE8A 3G7WA 3T96B 2DWJA 4AB6A 4I9DA 1LBCA 2GRVA 1US4A 4I62A 3HSTA 4G68C 5HBCA 4OXVA 3ZKKA 5BWJA 1DTGA 3UA8A 4QRZA 1F9BA 4I8CA 1A40A 1QW0A 4YB7A 3IAZA 5L9MA 1MXUA 3TTRA 3TQLA 4NF4B 1I6AA 3IB1A 4NF6B 3K1PA 4UA8A 1LFGA 4R2BA 3G3KA 1Y1MA 3FVGA 2OWTA 3G3FA 1POY1 2P0SA 3FUZA 1S9TA 4RNSA 4EF2A 1AL3A 1NNPA 2ONSA 1Q1KA 3OEKA 4UACA 4PFWA 1LLSA 2HZLA 4G68B 1SDXA 1IXCA 1LCFA 4IO6A 4R74A 1SBPA 4NF5A 2RCAA 3MPLA 4FJPA 3B6WA 5CMCA 1MQJA 1SVXB 2UVHA 1LAXA 2DWIA 2Y7IA 4GQOA 2Y7WA 3A3UA 3H3GA 3RGYA 3IORA 2W7YA 1B05A 3FD3A 1HSLA 4GL0A 2V25A 1LFHA 4ZE9A 3DELB 3V5AA 2I49A 2RKMA 2XHDA 3CSGA 2XX8A 5KDTB 4ESXA 1IQ7A 2R9JA 4MBPA 5IKBA 4OESA 4ZEKA 3PUVE 1HSEA 1SW5A 4H8JA 1B0HA 3GBBA 1OMPA 4OEVA 3Q29A 4FEDA 5KZTA 5CBRA 4ZEBA 2DWHA 3T9VA 2ONKE 2QJEA 3JV9A 1IITA 5I59A 3RT6B 1MY3A 3PPRA 3S9NC 4IB2A 4H65A 5DEXA 2BJJX 3TCFA 2Q89A 3ILTB 5K2YA 3ZKLA 3PMXA 2F97A 4U1ZA 1SQYA 3K6XA 3KSXA 4PP0A 1SYHA 3N5LA 3SETA 3ODBA 2Q9TA 2FYIA 2GH9A 2GHAA 5H8QA 1JVYA 3IX1A 1B5IA 4F2OA 4YKJA 5I2KB 1AIVA 3RT8A 4H0WA 1XT8A 3EHSA 2IEEA 4KCDA 1B7ZA 3SDFA 5FTHA 2PMSA 1FQFA 2RC8A 2Z8EA 3HN0A 4TLLB 1P1WA 3VXBA 2PT2A 5K2XA 3KJTA 3TTMA 2ONRA 1D4NA 3IB2A 4YZZA 1BP5A 4NF8A 3MAMA 1CE2A 1MXXA 4JSDA 4MF3A 2PBWA 4IO7A 3H03A 3RUMA 3S4UA 3MVWA 4H6DA 3VV5A 1LGBC 4G8MA 1MDQA 1FTJA 2OBGA 2QRYA 1VFDA 4LUBA 1GTKA 1USYH 1FQBA 4EXKA 4ZECA 3FV2A 3SEUA 4QFLA 3TPAA 2XXIA 2F6GA 2NVUB 4YKPA 1MPDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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