4R75A

Structure of the periplasmic binding protein afua from actinobacillus pleuropneumoniae (exogenous sedoheptulose-7-phosphate bound)
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
KGRLVIYCSATNVMCENAAKTFEQKYDVKTSFIRNGSGSTFAKIEAEKNNPQADVWYGGTLDPQSQAGELGLLEAYRSPNIDQIMPKFQDPAKVKGNLSSAVYIGILGFAVNTERLKKLGIEKIPQCWNDLTDPKLKGEIQIADPQSSGTAYTAIATFAQLWGEDKAFDYFKHLHPNISQYTKSGITPARNAARGETTVGIGFLHDYALEKEQGAPLEMVVPCEGTGYELGGVSILKGARNLDNAKLFVDFALSKEGQETAWKKGQALQTLTNTTAEQSPLAFDLTKLKLIDYDFEKYGASDERKRLINKWVDEIKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
publication title Active Transport of Phosphorylated Carbohydrates Promotes Intestinal Colonization and Transmission of a Bacterial Pathogen.
pubmed doi rcsb
source organism Actinobacillus pleuropneumoniae
total genus 117
structure length 318
sequence length 318
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r75A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r75A01
2RKMA 1VFEA 2Q88A 1LBBA 3K6XA 2X26A 3FATA 1FQCA 3D4GA 1EH3A 4MLVA 4EQ7A 3G7WA 4RY1A 3MP8A 1A40A 3SKPA 3QAXA 2DVZA 3T9VA 1NMUA 3CR9A 3IAZA 3RPWA 1B1XA 4YKIA 2I3WA 3TCFA 4YB7A 4R2FA 1O64A 4N13A 2RCAA 1MY1A 3DP8A 3IOVA 1LAXA 3WAFA 1B0HA 1FQDA 1MS7A 5H8NA 4U23A 3E3KA 5CMMA 2F7BA 4NE4A 3V8XB 1P1WA 4P0IA 5ICQA 3G3GA 2Q89A 4RXLA 1MH4A 4MLQA 1JW1A 4QFLA 3PUZE 3RN8A 1H43A 5I59A 1B32A 2OCUA 3TFLA 1Z7NE 4ONYA 1PB8A 2ZNSA 2B3FA 4GWOA 2O7IA 3MAMA 4KYEA 3VDFA 2F35A 5H8NB 1B3EA 4TLMB 4DZ1A 2PT1A 2CMOA 1Y3QA 3PMWA 2ZXTA 1YPNA 2OBGA 4ESWA 1N04A 2VHAA 1LB8A 3A3UA 4F2OA 1UIUA 5I59B 3U8QA 5H8SA 1OLCA 4R72A 4XKQA 1QKBA 1PBQA 3HO7A 2AL5A 4G4PA 3T22A 4ELPA 1JETA 3TTRA 3HV1A 2QL3A 4OQOA 3MQ9A 4X1DA 4N07A 1B0LA 4R75A 5KDTA 4ESXA 3CVGA 1MM6A 2D21A 3CI8A 4LATA 3IO4A 3KG2A 3DP4A 1QUIA 3LC8A 4TQUQ 4FECA 2GRVA 3CSBA 2DS9A 3K4UA 2F78A 1S9TA 4GIZA 3B7DA 4GRKA 5KDTB 3T9HB 3L6HA 3PPPA 1USYE 4XKNA 4ZZEA 5LOMA 3IL1B 3QSLA 3I5OA 3UN6A 2UYFA 3LUYA 3PD9A 3FASA 1MQGA 4BDLA 1MH3A 1D3KA 3TELA 1YAEA 1AMFA 1M5DA 2Q9TA 3EQ1A 4F31B 4YICA 1GVCA 4IY6A 4U21A 3OO6A 3S9MC 3W15C 1P1UA 3H6UA 3C33A 3TZAA 5FTIA 4ZE8A 2AL4A 4G77A 5HM4B 4F22A 3N26A 2CZLA 1OQHA 3TEPA 1ZLQA 3OMBA 1NL5A 1BP5A 1FTJA 5KCJA 1NH7A 4IO4A 3C35A 3DM0A 4GXSB 3FV2A 2ALUA 1UQWA 4WEPA 3FV1A 1TT1A 4KCDA 5ITOA 1IXHA 1N7XA 3H3GA 3TKDA 3C9HA 1VFDA 1WDNA 1NH8A 5F7VA 3H03A 4ZDMA 1LLSA 2FYIA 2R9JA 1B2HA 1MQIA 4BDMA 4E0XA 1AH5A 1LBCA 2VOZA 4IGRA 5KCJB 1XS5A 1DTGA 1LSTA 2UVJA 2XXPA 3M3FA 3N6TA 1MY4A 4FORA 1GV8A 2F5XA 5EHSA 1UIVA 3K02A 3P7IA 3L6GA 1ZU0A 2ZNTA 4G8MA 4IB2A 3O6GA 4R74A 4F39A 4QHQA 4G68A 3K1PA 1SD3A 1MXZA 4DE8A 5CC2A 5EYFA 4P0GA 2XXUA 1Q1KA 4IO7A 2ONRA 3FXRA 1MG1A 3D4CA 1NFTA 1MDQA 5FHOA 1P1NA 3EF7A 4PQJA 3HHGA 2HCAA 4G68B 1PB9A 2HEUA 1IUDA 4IO3A 3UP9A 3PUVE 4OERA 3IB0A 3OO7A 2Q2CA 2THIA 2H98A 2OWSA 5A5XA 2I6EA 2I58A 1R9LA 2VD2A 3OSRA 4LP2B 1LB9A 2AYSA 3O28A 1P1QA 4PFTA 4OVJA 3OO8A 5CMKA 3RTFB 3FJGA 1VE4A 3OXNA 4ZZAA 2XHDA 1EZOA 5A5XB 3USDA 1N3XA 5M2VA 3PMXA 1ZBMA 3I3VA 3U92A 2DP8A 5ITPA 2V3UA 3UORA 4LVQA 5K2XA 3V5AA 3W9WA 1SW5A 2ZNUA 3FUZA 3VE1B 1URGA 4BLAA 2O69A 3T96B 4M4GA 4POXA 4G2ZA 3ZKLA 1FTMA 4RPOA 5K2YA 3TUSA 1J1NA 5DT6A 1JVYA 3MPLA 4XKPA 3IOTA 4RNSA 5H8QA 2PX1A 4GXAA 4P11A 1B1HA 1BLFA 2OLBA 3A09A 4N6PA 3IORA 4JXIA 4Z0IA 1MDP1 4PETA 2Z8FA 3IJXB 2E0SA 3KZGA 1A99A 2FNCA 1IIWA 1GTKA 3CRBA 4JSDA 1XHYA 2VP1A 4EXLA 4AB6A 5I58A 5H8QB 2DE3A 3PPRA 2OK2A 3PU5A 1MPDA 3G3IA 5F1QA 1FTOA 1F9BA 4DLDA 3MP1A 1B7UA 2YLNA 3B6QA 4TLLB 1DMBA 3B6TA 1ZIUA 2F34A 5H8FA 1M5CA 1JW5A 5I58B 3ZSFA 3F11A 4KD5A 2DXYA 4JWOA 3TQLA 2GFEA 2HAUA 1II5A 4O3CA 2D3IA 1JNFA 5DVIA 4QFKA 5ELVA 2UVHA 1FQAA 1B4HA 3O9PA 4F1YA 3N94A 3SEWA 4BDNA 4LQ2A 5H8FB 2E1SA 4Q30B 3O6IA 3QIMA 1MXUA 2PBWA 3VVFA 5H8HA 1FQFA 2XXTA 1AOVA 2HAVA 2YPNA 5FTHA 4XIGQ 1SW4A 4ZEDA 3SETA 3Q25A 3GBBA 4H8JA 4ZEBA 4EF1A 1CB6A 2ESNA 2NUVA 4OFLA 5H8HB 3U1OA 4H5FA 3TTMA 2DYXA 5KZTA 2DOJA 2O7UA 4AQ4A 5JTYA 3PMVA 3MVYA 1ATGA 2B3BA 4R6KA 2O84X 3SERA 3CFLA 4KPTA 4ECFA 1VR5A 1XC1A 1URDA 4GFRA 4ZEFA 3K2DA 4QSCA 4FJPA 1B3HA 3QXMA 4POWA 4HTGA 5I2NA 5JTYB 1ELJA 4I1DA 1OQGA 3K0VA 1B6HA 3HN0A 4E0WA 1JW4A 4OHNA 1B05A 3T93B 1Y1MA 5AA3A 3VLUA 1PEBA 1R9QA 5I2NB 3KEIA 2RC8A 1LFHA 4PE5B 1B9JA 4PFUA 3RT6B 2X7PA 1B3LA 3MW0A 5I56A 3QK6A 1SDXA 4GL0A 2XXIA 2O68A 3C36A 2GH9A 2HQ0A 4G8NA 1NNPA 3UA8A 4G8HA 2Y7PA 4OWDA 3IO6A 1Y3PA 3G3HA 1YCJA 3VXBA 5TPAA 1HSLA 4TOZA 1BKAA 4XKRA 4UACA 1PBPA 1NNTA 5I56B 4ZEKA 4YB6A 1USYH 3QUJA 4QSDA 3MJNA 4KI0E 2PT2A 4OXVA 2QMWA 3KFMA 3PUXE 3I6VA 4X1BA 1Q35A 4IO6A 3MWBA 1IZ1A 2DE2A 3MVWA 3Q29A 4HCYA 1A8FA 3U93A 3LSLA 1TWYA 4EQ9A 5TPAB 4BDQA 3MP6A 3PUYE 3H7MA 1Y3NA 5L8DA 1QVSA 4RPNA 4C1UA 3Q28A 3O66A 4KHZE 2I0CA 2NWJA 2XXYA 4H65A 3S2VA 3O29A 5HPQA 5TU0A 4Q8RA 1XVYA 1SI0A 1ZTYA 1B51A 2RF1A 1R1NA 1O63A 2DSFA 1Y9UA 3OELA 4I9DA 4NF4A 4ELRA 1AIVA 4THIA 3IB2A 4H0WA 1WVJA 4FIMA 2FA7A 1TFDA 1B52A 3TCGA 2RC9A 2NOOA 3ILTB 3MVZA 1JEUA 2QMXA 4LZ7A 3W9VA 4EQBA 3E4RA 2XXXA 2UVIA 1I6QA 4YMAA 3BBRA 1SQYA 4GVOA 4NF4B 3IJOB 3LSWA 1DOTA 4ZECA 1MY2A 3VLWA 4YKJA 2IA4A 1Z7ME 4PFYA 3B6WA 1ZKBA 2ONSA 3C32A 3EN3A 1SYIA 3LSXA 2O1LA 4YMBA 4Q0CA 3A3CA 5B70A 2AIXA 3N5LA 3V83A 2HFBA 5BUUA 2RCBA 1H76A 4OENA 2ZYNA 4IGTA 2KLFA 1Y4CA 3JYRA 3PV0E 3IB1A 1EU8A 3C4MA 1IXCA 4NMYA 3DLNA 3LBSA 4JWYA 2DXRA 2A5SA 4EUOA 4C0RA 3BFTA 1UTBA 4F3GA 5HBCA 3SEVA 4KYDA 5ISUA 1FTLA 2QS3A 4PP0A 1N3WA 4ELOA 2DQVA 3KOTA 4F29A 3RTWB 3PUWE 1UTHA 4LA9A 4U1ZA 3UK4A 1ZMGA 3FJ7A 3IK6B 4BDOA 4ISUA 4LUBA 3DELB 3UIFA 2XXRA 2Z8EA 1IXGA 1UTBB 4G68C 3C34A 4F18A 3KOSA 4RK9A 5L9MA 4DXCA 4XXUA 3Q27A 1I6AA 2H99A 1ZJLA 2R71A 1LAGE 4Q5TA 1WODA 1UTHB 1VSOA 1TXFA 4EDPA 2DWAA 2F7AA 3T9XB 5I84A 3FD3A 1XT8A 1FTKA 1B58A 4KQPA 3FJMA 3K00A 4F1VA 2Y7WA 1US5A 4U2RA 4GLIA 3K6WA 4NF5A 3CIJA 5AE4A 1B5JA 4OTEA 3RLFE 1PB7A 5TP9A 3SEUA 1LAHE 2VD3A 3TTLA 3JV9A 2F8DA 1O7TA 2GHAA 2F6PA 1SW2A 3HSTA 3R26A 1QKAA 3LR1A 4QFPA 1A55A 4NF5B 3H4ZA 1GR2A 2OJTA 2O51A 3OSQA 4WEDA 3S9NC 4U4XA 3BKIB 4MH5A 4RK2A 5TP9B 3BFUA 3VVEA 2F7CA 4EF2A 1N76A 5EHMA 4KFQA 4H5GA 3ODBA 1B40A 5L9OA 3MZ1A 3M3LA 4NF6A 4DDDA 2BJJX 2F36A 3U94A 4R6YA 2G29A 3OO9A 1M5FA 2I4CA 3M8UA 2I48A 5AA1A 1H45A 1FCKA 3SESA 1XVXA 2P2AA 3KN7A 2DWHA 3FZVA 4NF6B 1A8EA 4IO5A 3MVXA 4F19A 4GQOA 1S50A 3K1MA 1H3DA 3VFJA 4OEUA 5FHNA 4FEDA 4IO2A 5B7DA 2WKYA 4JBZA 4ZE9A 5CBRA 1D9VA 4NF8A 4NWDA 4FE8A 2D5WA 5CBSA 2XD2A 3MPKA 3ILUB 2YJPA 3K6VA 1M5BA 5CMCA 3N6UA 3RGYA 4F3BA 4F1UA 3QUFA 4FATA 3CFXA 3H6WA 4F3SA 3QYTA 4NF8B 4U22A 2W7YA 4O3AA 2XXVA 4H1XA 3OOAA 3TODA 3WAEA 3VVDA 1LAFE 3Q26A 1LGBC 3GLBA 1QJMA 3MZBA 3TQWA 3IOWA 1OIBA 4FEBA 3LSFB 1JEVA 3OD7A 5I2KA 2ANJA 2I49A 3RT8A 1ANFA 3VV5A 4C1TA 4O3BA 4DCXA 4U4SA 1JVXA 1LFGA 4OEVA 3VLVA 5CM6A 3THIA 3OEKA 4F2QA 3SEYA 3ONMA 1XOCA 5I2KB 1FQEA 4L17A 1B4ZA 1EZ9A 2RC7A 4H6DA 3CFZA 1L5TA 4EXKA 1OLAA 1LCTA 2XXWA 3TDJA 2IEEA 4GOTA 4KYSA 1NNKA 1IEJA 3FIRA 4R2BA 2HZKA 3E13X 2Q8JA 3H06B 5CI5A 4RA1A 2NXOA 3OENA 1B46A 3V89B 2V25A 2Y7RA 2HZLA 4JSOA 2F97A 2XX8A 1S7YA 4Z7EA 3FGSA 1NKXA 2XD3A 4JB7A 3U72A 4AB5A 3MBPA 4JDFA 2REJA 2H9BA 2QS2A 3DP6A 3IX1A 4IY5A 1NNFA 1MQDA 1MM7A 3CSGA 2B65A 3ECRA 4QRZA 4OMBA 1YTVA 2XX7A 5ICTA 1D4NA 1OMPA 1A54A 4H8IA 5CRYA 2Y84A 2DVCA 3HPIA 4DXBA 2QJEA 3S9LC 1MXXA 1Y1ZA 5DVJA 5FHMA 4YAHX 4OFJA 4KR5A 5AA2A 1KWHA 4R73A 1MXYA 1M5EA 1DPPA 3PGFA 3RNNA 4HS7A 3CG1A 1CE2A 3FVOA 3MZ9A 1N0TA 3EHUA 1HSJA 2RINA 4OESA 2LAOA 3ZS6A 3KJTA 3TCHA 5AA2B 3GBAA 5JEIA 4I8CA 1D9YA 5JK4A 1RYXA 1QUJA 3G3FA 3MUQA 3M3KA 1N84A 1B7ZA 1B7HA 4R9GA 2ABHA 1QW0A 4OYVA 1B5IA 3H6VA 3PPQA 1RYOA 2G93A 1QUKA 3RQTA 3KJ7A 1MXVA 3PD8A 1OVBA 1SW1A 4X48A 1Y4TA 5AA4A 4WKMA 3O2AA 5IAIA 3R6UA 4NEDA 1DTZA 4X9TA 4F3PA 3GXAA 5DTBA 2UVGA 3H6TA 2REGA 4BDRA 1URSA 4OETA 2ZYKA 3HHFA 4QFNA 4HCWA 2ZYMA 3T9UA 2PMSA 1TFAA 5AA4B 1HSEA 1IITA 4M1VA 2QS1A 4GF8A 3AXFA 1B5HA 5J1DA 3SDFA 4NWCA 3FVGA 4KCCA 4U1OA 3IR1A 1T0KA 2QPQA 4QF9A 2ONKE 3RY3A 3O97A 3CG3A 3FVNA 2Z22A 4OFOA 1N7WA 1H44A 1DSNA 1DPEA 4WXJA 3K01A 2PYYA 4YZZA 4FAJA 4OZ9A 4YB5A 3KN8A 4MBPA 2XX9A 1B3FA 1POY1 4MF3A 3JZJA 3TYHA 3FXQA 1BIYA 1P1OA 4DXUA 4DIGA 1FQBA 3EHTA 4YKKA 3PPOA 4H67A 3K1NA 1MPBA 3EPEA 3KSXA 3KBRA 4ZEIA 1BTJA 2I0BA 2V3QA 2PVUA 3KN3A 4ELQA 2H25A 1LCFA 2I3VA 1A7LA 4RJZA 4I62A 4XTCQ 2Y7IA 4PFWA 4LZ8A 2O1MA 3TMGA 2V3TA 4DCYA 4HW8A 1IXIA 1MXWA 5DVFA 4YKPA 3EHSA 2NVUB 4YU0A 5CMBA 5IKBA 2Z8DA 1P99A 3S9EA 3UGWA 2P0SA 5DEXA 3FXUA 3C31A 1Y20A 4QSEA 1MQJA 4JWXA 2M8CA 5BWJA 3TTKA 1MQHA 2HXWA 2A5TA 1POTA 2I4BA 3O6HA 2DWJA 1JQFA 4K3FA 1PDAA 2V93A 2F6GA 1GGGA 2UYEA 1MPCA 2Y7KA 2H4IA 1MY0A 2ZYOA 3S4UA 4LONB 1RKMA 1MRPA 5DEXB 3K6UA 2OWTA 1FW0A 1PC3A 1QULA 3G3KA 1I6BA 2Z23A 2A5TB 2UXAA 3RUMA 1US4A 1B3GA 3FVKA 3KSJA 2DE4A 2X7QA 4GD5A 5I57A 2XXQA 3ZKKA 3KGCA 1EZPA 3IOUA 3HCQA 1SVXB 3SEXA 2Q2AA 1LFIA 3TAJA 3G3JA 4MFIA 2QRYA 4R6HA 2VGQA 1IQ7A 2V84A 5AA2D 1MY3A 2GHBA 2H5YA 4ND9A 5I57B 3E9XA 3R7XA 2QS4A 4LQ5A 1AL3A 3GZGA 2QSXA 4GL8A 3PPNA 2P1SA 4NTLA 2ZMBA 5DYHA 1SBPA 2OZZA 1SYHA 2DWIA 4QFOA 2XXHA 3TTNA 1R6ZA 1I69A 4R9FA 1SI1A 2O6AA 4ZS9A 3T66A 4RYAA 3TPAA 5L9SA 3VXCA 1OVTA 3MC2A 3OEMA 4LZ5A 2R6GE 4UA8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RKMA 3RPLB 1VFEA 2Q88A 1LBBA 3K6XA 2X26A 3FATA 1FQCA 3D4GA 1EH3A 4MLVA 4OA4A 4EQ7A 3G7WA 1LBZA 4RY1A 5IZ1A 3MP8A 1A40A 3SKPA 2L5VA 3QAXA 4HE0A 2DVZA 2XWOA 4HE2A 5IZZA 3T9VA 1NMUA 3CR9A 3IAZA 1AWBA 3RPWA 4H45A 1B1XA 2FVZA 4YKIA 2I3WA 3TCFA 4YB7A 2P3NA 4R2FA 1O64A 4MEVA 4N13A 4NHBA 2RCAA 1INPA 1MY1A 3DP8A 3IOVA 1LAXA 3WAFA 1B0HA 1FQDA 1MS7A 4GX3A 5H8NA 4U23A 3E3KA 5CMMA 2F7BA 4NE4A 4P8BA 3V8XB 1P1WA 4P0IA 5ICQA 3G3GA 2Q89A 4RXLA 2WYKA 1MH4A 4MLQA 1JW1A 4QFLA 3PUZE 3RN8A 1H43A 5I59A 1B32A 2OCUA 3TFLA 1Z7NE 4ONYA 2XWIA 1PB8A 2ZNSA 2B3FA 4GWOA 2O7IA 3MAMA 3A29A 4N4UA 4KYEA 3VDFA 2F35A 5H8NB 1B3EA 4TLMB 4DZ1A 2PT1A 2CMOA 4JVDA 1Y3QA 3PMWA 2ZXTA 1YPNA 2OBGA 4ESWA 1N04A 2VHAA 1LB8A 3A3UA 1NUYA 4F2OA 1UIUA 5I59B 3U8QA 5LTCA 5H8SA 1OLCA 4N8YA 4R72A 4XKQA 1QKBA 2WBDA 1PBQA 4NF0A 3HO7A 2AL5A 4G4PA 4N81A 3T22A 4ELPA 1JETA 3TTRA 3HV1A 2QL3A 4OQOA 3MQ9A 4X1DA 4N07A 1B0LA 4R75A 2OX3A 5KDTA 4ESXA 4NX1A 3CVGA 1MM6A 2D21A 3CI8A 4LATA 3IO4A 3KG2A 3DP4A 1QUIA 3LC8A 4TQUQ 4FECA 2GRVA 3CSBA 1NV5A 2DS9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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