4R75A

Structure of the periplasmic binding protein afua from actinobacillus pleuropneumoniae (exogenous sedoheptulose-7-phosphate bound)
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
b'KGRLVIYCSATNVMCENAAKTFEQKYDVKTSFIRNGSGSTFAKIEAEKNNPQADVWYGGTLDPQSQAGELGLLEAYRSPNIDQIMPKFQDPAKVKGNLSSAVYIGILGFAVNTERLKKLGIEKIPQCWNDLTDPKLKGEIQIADPQSSGTAYTAIATFAQLWGEDKAFDYFKHLHPNISQYTKSGITPARNAARGETTVGIGFLHDYALEKEQGAPLEMVVPCEGTGYELGGVSILKGARNLDNAKLFVDFALSKEGQETAWKKGQALQTLTNTTAEQSPLAFDLTKLKLIDYDFEKYGASDERKRLINKWVDEIKLA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Active Transport of Phosphorylated Carbohydrates Promotes Intestinal Colonization and Transmission of a Bacterial Pathogen.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
source organism Actinobacillus pleuropneumoniae
molecule tags Transport protein
total genus 117
structure length 318
sequence length 318
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r75A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r75A01
3BFTA 4ND9A 4KYDA 4PE5B 4FAJA 1LAFE 4F2QA 3ZSFA 4FEBA 4PFUA 3KSXA 3CG1A 4XKQA 2Y7IA 2NWJA 5M2VA 3IK6B 3QUFA 4G68A 5CRYA 3P7IA 1EZPA 1UQWA 1Y20A 3KJTA 2V3UA 1SDXA 1VE4A 1B0LA 1LAHE 2Q8JA 3FD3A 4U4SA 4PFWA 3VV5A 2O84X 2NXOA 1OVBA 1S9TA 3C9HA 4NWCA 3DLNA 3A3CA 4G8HA 3KOSA 2ZNUA 2XXUA 4DCXA 4NF6B 4BDMA 1OIBA 3U93A 4JB7A 3R7XA 1MXZA 1XC1A 3K6VA 2F7BA 2Q9TA 3LSLA 1MDQA 3MP8A 5H8QB 4RPNA 2E0SA 3EPEA 4R72A 2AIXA 5I59A 4F31B 4NF8A 3JV9A 1FTMA 5FTIA 4YKKA 1Y9UA 2DVZA 4KR5A 2XX9A 3TQWA 3TZAA 4DXCA 3N26A 4YU0A 4RK9A 4ZE8A 1UTHB 1JW4A 2A5TA 1B3HA 2THIA 2VP1A 1A99A 1SW5A 3C4MA 4WEPA 3IAZA 2NOOA 4PFTA 1Y3NA 3PMXA 3TUSA 1Z7ME 3RT6B 5TPAA 3U94A 5AA2D 3SEVA 3RNNA 4MLVA 1MH3A 4ZZEA 3KGCA 1QVSA 3UK4A 5K2XA 5DEXB 3QUJA 2QS2A 1J1NA 3LR1A 5DVFA 4E0WA 2H99A 2ZYNA 4FJPA 2QS3A 2QS1A 2FNCA 2F7CA 1LLSA 1B6HA 3VXBA 1H45A 2V3QA 3KN7A 1MQHA 5I2KA 2Y7RA 3UP9A 4GIZA 5CBSA 2G93A 3LSWA 4AB6A 2DQVA 5K2YA 5I58A 2ZXTA 3TCFA 1Z7NE 2ZYOA 1H3DA 4G4PA 3D4GA 2Q2CA 3USDA 1XS5A 3CFLA 3HSTA 4JSDA 4XXUA 4LUBA 1JQFA 3Q27A 3UORA 2ZYMA 2GRVA 1B1XA 1QW0A 3B7DA 2O68A 4OFOA 4GL8A 2YLNA 3ZKLA 4BDOA 3GXAA 4R6YA 1POTA 4KYEA 2O51A 4F3GA 1HSLA 3TFLA 2A5SA 2RF1A 1MS7A 3IOUA 1A7LA 3VE1B 2I49A 1MDP1 1PB7A 3UA8A 1SBPA 4OTEA 2OCUA 3PU5A 2OZZA 3TTKA 4WXJA 4I62A 1UTBB 2VD2A 2F34A 3H6TA 3O29A 1VR5A 3G3KA 3PPQA 2WKYA 5ELVA 3K6XA 3H06B 1H44A 1HSEA 3M3LA 1S50A 3MP6A 3ZKKA 2Z23A 4TLLB 1JW5A 4EQBA 2AYSA 2F36A 2UYEA 5I56B 1QKAA 4GF8A 2OWTA 2P0SA 4Z0IA 1Y4CA 3FVOA 2OWSA 1Y3PA 3PUWE 3G3IA 2B65A 1EH3A 4IGRA 1D3KA 1N7WA 3OEMA 2XXHA 3OO6A 1BLFA 3VFJA 4R2BA 4ZZAA 4NF6A 2VD3A 1LB8A 2HAUA 1SI1A 5AA2A 3PD9A 5I84A 3IOTA 1LFHA 4H8IA 4MF3A 3SDFA 5JK4A 4C1UA 3CSGA 1GV8A 1NNKA 4XKRA 1N84A 3U92A 1LB9A 3Q29A 3S9EA 1IEJA 1XVXA 3R6UA 4KQPA 1VFEA 4OQOA 4O3AA 1LCTA 3MPKA 1OLCA 3PPNA 1M5CA 4KCDA 4OENA 1IIWA 2PVUA 2FYIA 3O6IA 1LGBC 3JYRA 4KYSA 4U2RA 2I0CA 4FEDA 1Q1KA 4OEVA 2B3FA 2XD3A 1ZBMA 1YPNA 3L6HA 4F1VA 2H25A 1MQGA 4P0GA 3FATA 3DP6A 4Q8RA 1ZKBA 2UVIA 4Q0CA 3G3JA 2QSXA 4F3SA 1B3LA 4U1OA 1VFDA 1M5BA 4IO3A 4OZ9A 4JDFA 2DWIA 1B3EA 4GL0A 3EHUA 5FHNA 4PP0A 2X7QA 1WVJA 1B5IA 3OSRA 2O6AA 3Q26A 3U8QA 2DYXA 3KSJA 3M3KA 3RLFE 1FW0A 1B58A 1NL5A 3QXMA 3OO7A 3OO8A 3L6GA 4F1YA 3GBBA 1ZMGA 3VLWA 2X26A 3T22A 1MH4A 3TELA 5ICTA 5I2NA 1MRPA 1RYXA 2RC7A 2VHAA 3KN8A 1MY0A 4QFNA 2H5YA 2ONRA 3KFMA 2R6GE 1NKXA 1Y1ZA 3FJGA 1MXXA 4C0RA 5CMMA 5CC2A 2QS4A 1NNPA 3G7WA 1A55A 4HW8A 3HO7A 4AQ4A 2F35A 3DP4A 1I69A 1IZ1A 3MP1A 2I4CA 5H8NA 1RKMA 2GHAA 1UTBA 2AL4A 1PB8A 3G3HA 1II5A 1M5EA 3EN3A 3UN6A 4U23A 3SERA 3RN8A 4IO2A 4ESWA 4PQJA 5H8HA 4YB7A 3FJ7A 4DCYA 3PUZE 1P1NA 1B46A 2I3VA 1BIYA 3LUYA 2QMXA 3B6TA 2VGQA 3IOWA 4OYVA 4R73A 1UIVA 4F29A 3RTFB 1R9QA 3TTNA 1B2HA 4R74A 2Y7WA 4XKNA 5CMBA 4EF2A 2I4BA 1N3XA 3MJNA 4QFLA 3RT8A 2XXTA 1QKBA 1TT1A 2PX1A 2DWAA 1BTJA 4IGTA 3TPAA 3RUMA 1YAEA 4IO4A 2XX8A 4ZE9A 3K6WA 4QSEA 3ECRA 1B9JA 5HPQA 4YZZA 1FCKA 2O7IA 2HEUA 3RGYA 3O97A 5IKBA 2ZYKA 1Y4TA 4QFPA 1GVCA 3EHTA 4LA9A 3A09A 2D5WA 4F3PA 4Q30B 1USYE 1PC3A 1GTKA 3IJOB 3K00A 2ALUA 1B7ZA 1TFAA 2ABHA 2E1SA 3C33A 1FTJA 4NWDA 1XOCA 3G3GA 4NF5A 2NVUB 4JWYA 5JEIA 4YMBA 2H4IA 5AA4B 2UXAA 2XXQA 3PD8A 3KOTA 1TXFA 1US5A 2F5XA 3T93B 5H8FA 3MVZA 4H8JA 4P11A 4UACA 3TYHA 1EU8A 5AE4A 2GFEA 3MW0A 3T9VA 4IY5A 1MM6A 1I6QA 3D4CA 3KJ7A 2REGA 4HTGA 2DOJA 4NEDA 3VVEA 4L17A 4E0XA 3ONMA 4X48A 2XXXA 1D9YA 3IB2A 3QSLA 3TAJA 3K2DA 5CM6A 4PETA 3OD7A 5TP9A 2XHDA 3I5OA 4YAHX 4EF1A 4H67A 4FIMA 3PPRA 2DWHA 3GZGA 1JVXA 5I57A 4M4GA 1I6AA 5F7VA 4DZ1A 3EF7A 5JTYB 4QSCA 5ICQA 3IOVA 3V8XB 4ELQA 1B0HA 3HHFA 1H76A 4EUOA 3OMBA 5AA1A 1B7UA 4G68C 3T66A 1OLAA 4DLDA 3H03A 3PPOA 3K4UA 4RY1A 1NH7A 3N6TA 1R9LA 4XIGQ 3C34A 1EZ9A 3VXCA 4Q5TA 4F1UA 3RPWA 2O1LA 5DT6A 2ANJA 4RXLA 3SEUA 4ZDMA 4QSDA 1ELJA 1FTOA 2Q2AA 2OBGA 1NNTA 1AH5A 4ZEFA 4XKPA 3LBSA 5KDTA 1ZJLA 4X9TA 4LZ7A 3S9NC 5KCJB 1KWHA 1A8EA 3HCQA 5L9SA 4GD5A 5FHMA 1WODA 4RPOA 1LFIA 4R9GA 2PT2A 4JSOA 5ITOA 1MXUA 2DE2A 4BDLA 4ZEBA 2FA7A 1B1HA 4NF4B 4ZEKA 1AMFA 4TOZA 4KFQA 3OSQA 3OENA 2F8DA 3S9MC 2I0BA 3A3UA 1N04A 2V25A 2CZLA 1MY4A 1I6BA 4OESA 3DELB 3TCHA 4KCCA 5F1QA 3MUQA 5DYHA 3IO6A 1JVYA 3WAEA 4ESXA 1SQYA 3I6VA 4POXA 2G29A 5BWJA 4ELRA 4OEUA 4LATA 4C1TA 1CE2A 1PEBA 4R6KA 3MVYA 3QYTA 4GXAA 1SD3A 4OWDA 3H6UA 1UIUA 2GH9A 4DE8A 4OFLA 4WKMA 4ELPA 2Z8FA 4G8MA 3ODBA 1DSNA 3O6GA 4G77A 4YB6A 4EXKA 4RK2A 1SVXB 3RQTA 4GQOA 2Y7KA 1MY1A 1FTLA 5A5XB 3LSXA 2XXVA 3MQ9A 3T9UA 2IA4A 3K1MA 2Y7PA 3O9PA 1QUKA 2PYYA 2RINA 4IO7A 5H8QA 3K6UA 2F97A 2X7PA 3K02A 5B7DA 1NH8A 4DXUA 1PB9A 3PMVA 4G68B 4QRZA 1A8FA 3CR9A 2OLBA 4JWOA 4R75A 4G2ZA 4MLQA 4H6DA 1HSJA 1UTHA 1SYHA 1P1WA 3UIFA 3VLUA 3H6VA 1D9VA 4MFIA 2RCBA 3G3FA 4IO5A 4O3BA 5J1DA 3Q25A 4F19A 3SETA 3SEWA 3ZS6A 1GGGA 1LFGA 1Y3QA 1B32A 1F9BA 1B52A 1B4HA 4HS7A 4LZ8A 2QRYA 4F2OA 1DMBA 5DEXA 1JEUA 1OMPA 2REJA 2UVHA 5I59B 4NF8B 1H43A 2LAOA 3E9XA 5EYFA 4ZEIA 3B6WA 3MPLA 1FQEA 1LCFA 1N76A 3T96B 2H9BA 4X1DA 3JZJA 4QHQA 3FZVA 3RTWB 4F39A 1WDNA 2IEEA 4KPTA 1B5HA 3FVKA 2R71A 2V84A 1NNFA 2A5TB 3QK6A 2QL3A 3K1NA 4DDDA 2ZNSA 1SW4A 1IXCA 1DOTA 4TLMB 2UVGA 2PBWA 4RNSA 4ECFA 2HAVA 2XXIA 3HN0A 1A40A 2RC9A 2ZNTA 1MPBA 2DWJA 2P2AA 3TEPA 4JXIA 4IB2A 3CFZA 3FVNA 1BKAA 1MXWA 3HPIA 1AOVA 2RC8A 2XX7A 3PGFA 1TFDA 4LVQA 4DIGA 3CI8A 1B4ZA 3V5AA 3IO4A 4BDQA 1XHYA 1US4A 1M5FA 1URDA 5FTHA 4KI0E 3MBPA 1MQIA 3R26A 4N07A 4EDPA 1B40A 5I2KB 3HHGA 2F6GA 5I58B 3THIA 4IO6A 3IX1A 4H0WA 1SW1A 3F11A 2DXYA 2DE4A 4GWOA 1ATGA 3FJMA 3CIJA 1LAXA 1B3FA 2W7YA 2YPNA 2XXRA 2NUVA 3C35A 1D4NA 1M5DA 3EQ1A 3PPPA 3FGSA 3KBRA 1SYIA 5ITPA 4ZEDA 3TTMA 3TTRA 5CI5A 5I56A 4LZ5A 5EHMA 1USYH 1P1OA 2KLFA 1IUDA 2RCAA 4ONYA 3Q28A 3RY3A 1ZIUA 3IB1A 1ZLQA 1MXYA 2UYFA 4G8NA 4PFYA 1TWYA 4NTLA 2I58A 4OHNA 4OETA 2HZLA 5A5XA 4U21A 1EZOA 1YTVA 4KD5A 4IY6A 1B05A 3K01A 3B6QA 2Q89A 3BFUA 4BDNA 2OK2A 3FVGA 4U22A 1URGA 4P0IA 5DTBA 2D21A 3BBRA 3TMGA 1SW2A 3O2AA 3MVWA 4OVJA 1Q35A 4EQ7A 1MPCA 1L5TA 2I3WA 5CMKA 4H5GA 3TODA 1P1UA 2Q88A 3H3GA 1AL3A 4XTCQ 2O1MA 2CMOA 4I9DA 2DVCA 1PBPA 5AA2B 3IL1B 3OELA 4GVOA 4FATA 3AXFA 5ISUA 1BP5A 3MVXA 2Y84A 2DS9A 3MC2A 5L9MA 4ISUA 3S2VA 2P1SA 3PUVE 4U1ZA 3CSBA 5HBCA 1MM7A 3OXNA 4YKJA 4GOTA 3OEKA 3TTLA 4OXVA 1MPDA 3M3FA 3U1OA 3C31A 4RYAA 3O28A 1O63A 4OERA 4GXSB 1B51A 3W9WA 4LONB 3C32A 2ONKE 1R1NA 1MY3A 1LSTA 3FV1A 2H98A 2Z22A 4HCYA 2YJPA 1XT8A 4H1XA 3TDJA 3KN3A 2HZKA 2BJJX 5B70A 3KZGA 3SKPA 3MZBA 5CBRA 3T9HB 2F78A 4BDRA 2D3IA 4MBPA 3E3KA 1PBQA 3N5LA 5H8SA 5FHOA 2ONSA 1JNFA 1GR2A 1VSOA 3S4UA 3W15C 2B3BA 3QIMA 3O66A 4JBZA 4RA1A 4NMYA 3VDFA 3S9LC 1FQDA 3IR1A 5L8DA 3FASA 4OMBA 2PT1A 3BKIB 3DM0A 1O64A 3CFXA 4KHZE 3FIRA 1N0TA 4N6PA 2R9JA 1XVYA 1IXIA 5I2NB 3TKDA 4POWA 2UVJA 1T0KA 1JW1A 1RYOA 3N6UA 4NE4A 4I8CA 3IJXB 1IITA 1B7HA 3MZ9A 3SESA 2DE3A 3LC8A 4ELOA 5DVIA 1R6ZA 5LOMA 4QFKA 3H6WA 3VLVA 2ESNA 5H8NB 1S7YA 3ILUB 1QUJA 3H7MA 4DXBA 1N7XA 5AA3A 4OFJA 5H8HB 2DP8A 2O7UA 1P1QA 3I3VA 3U72A 4AB5A 3EHSA 1P99A 3FV2A 3QAXA 4YB5A 4QF9A 4WEDA 4YKPA 1OQGA 3KG2A 2I48A 3C36A 4THIA 4YKIA 1NMUA 3ILTB 2I6EA 3V89B 4GRKA 2DSFA 2VOZA 3LSFB 5AA4A 1MQJA 4TQUQ 2F7AA 3K0VA 4LQ2A 3MWBA 3CRBA 4H65A 5CMCA 1FQAA 1POY1 1CB6A 4EQ9A 4M1VA 2XXWA 3PUYE 2AL5A 1DTZA 2HQ0A 3FXUA 4R9FA 4F3BA 4F22A 3KEIA 1ZTYA 3FUZA 2O69A 1ZU0A 5KZTA 4JWXA 1OQHA 3GBAA 4BLAA 1JETA 3W9VA 3FXRA 4NF5B 4R2FA 3O6HA 3TQLA 1ANFA 4F18A 3IORA 3N94A 4LP2B 4FE8A 5JTYA 4YICA 5H8FB 3VVFA 1DPPA 3WAFA 3SEXA 1AIVA 2HFBA 1URSA 3T9XB 4LQ5A 3PV0E 4R6HA 1IQ7A 3TCGA 3E13X 4HCWA 5DVJA 3MZ1A 3IB0A 2PMSA 5TP9B 4QFOA 5TU0A 2HXWA 3CG3A 4X1BA 5I57B 1QULA 3H4ZA 5TPAB 1YCJA 2F6PA 5EHSA 3DP8A 1IXGA 1MG1A 1DTGA 5KCJA 1N3WA 1QJMA 1Y1MA 2ZMBA 3E4RA 1MQDA 2QMWA 1JEVA 2OJTA 1A54A 2GHBA 4ZECA 2V93A 1MXVA 3CVGA 3UGWA 1PDAA 3K1PA 3OO9A 4RJZA 1OVTA 4NF4A 4GLIA 1MY2A 1QUIA 2Z8DA 1DPEA 3FXQA 5HM4B 4MH5A 3OOAA 1NFTA 4EXLA 3SEYA 2QJEA 3PUXE 2XD2A 3MAMA 4FORA 5KDTB 1FTKA 4I1DA 2QPQA 4O3CA 1FQCA 1FQBA 3HV1A 4UA8A 4Z7EA 3GLBA 2RKMA 1FQFA 2XXYA 1LBBA 1O7TA 5BUUA 2M8CA 1LBCA 1B3GA 3VVDA 4GFRA 2V3TA 4YMAA 2HCAA 4K3FA 4ZS9A 2DXRA 3PMWA 4FECA 3V83A 1B5JA 4N13A 5L9OA 2Z8EA 1SI0A 3M8UA 1LAGE 2XXPA 4U4XA 1IXHA 5IAIA 4H5FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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