4R75A

Structure of the periplasmic binding protein afua from actinobacillus pleuropneumoniae (exogenous sedoheptulose-7-phosphate bound)
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
KGRLVIYCSATNVMCENAAKTFEQKYDVKTSFIRNGSGSTFAKIEAEKNNPQADVWYGGTLDPQSQAGELGLLEAYRSPNIDQIMPKFQDPAKVKGNLSSAVYIGILGFAVNTERLKKLGIEKIPQCWNDLTDPKLKGEIQIADPQSSGTAYTAIATFAQLWGEDKAFDYFKHLHPNISQYTKSGITPARNAARGETTVGIGFLHDYALEKEQGAPLEMVVPCEGTGYELGGVSILKGARNLDNAKLFVDFALSKEGQETAWKKGQALQTLTNTTAEQSPLAFDLTKLKLIDYDFEKYGASDERKRLINKWVDEIKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Active Transport of Phosphorylated Carbohydrates Promotes Intestinal Colonization and Transmission of a Bacterial Pathogen.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
molecule tags Transport protein
source organism Actinobacillus pleuropneumoniae
total genus 117
structure length 318
sequence length 318
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r75A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r75A01
3IJOB 2YJPA 1A54A 1MRPA 4OFOA 2D3IA 1DPEA 4DCYA 2F34A 3E9XA 4MBPA 2ZYOA 2FA7A 4HW8A 1N84A 5CRYA 5L8DA 1HSEA 3DP6A 3BBRA 1MQIA 4HTGA 5H8NA 1A8FA 3O6GA 4C0RA 3RT8A 3FJ7A 1XC1A 2F6GA 3S9MC 1QUKA 4RNSA 4YMBA 5L9OA 2XXUA 3IJXB 4KYSA 4DZ1A 2VD2A 3QSLA 4TQUQ 3W9WA 1URDA 1GTKA 1MPBA 3O97A 1LCTA 2PMSA 3C33A 4QF9A 4ESWA 1R9LA 2XXTA 2DVCA 1PB9A 1MXXA 4OTEA 5AA2A 1DMBA 5BUUA 5I56B 1NNFA 4ELQA 1M5DA 1B3LA 1XS5A 1GV8A 2P2AA 3UN6A 4ZZEA 5AA1A 3Q26A 1VFDA 1BP5A 3TTNA 3VVEA 3PUYE 3TCFA 4IO7A 3DP4A 3FGSA 4GLIA 2RINA 1GVCA 1MY1A 3LBSA 4DXCA 4KCCA 4U21A 5F1QA 3K4UA 4JWOA 4OFLA 4WXJA 2YPNA 4G68B 3KJTA 3C9HA 2UXAA 1PC3A 1O7TA 4FEBA 2XX8A 4R6HA 3LR1A 2I0BA 2ESNA 4KD5A 3VLUA 3VV5A 3U72A 4H8IA 4FAJA 1MXVA 1ZKBA 4KQPA 3D4GA 1ZLQA 1NNPA 1DTGA 1H45A 4EXLA 1B0LA 4RY1A 2A5TA 2Y7IA 5DEXA 4POWA 3TDJA 2O1MA 2QSXA 4YKJA 4F1UA 4X1DA 3KN7A 4NF4A 5H8NB 5LOMA 4FJPA 4P0GA 1UIUA 2F5XA 2QS1A 3O28A 3M3LA 5CMKA 3GLBA 4G77A 4JWXA 1S7YA 2V3QA 4FATA 2HXWA 3O9PA 4QRZA 4O3BA 2H9BA 2QRYA 4OVJA 1N7XA 5TP9A 5K2XA 4N13A 2DE3A 1B3GA 3SEUA 3MAMA 3IB1A 3FATA 3A09A 3K6UA 2DS9A 3IORA 4GL8A 1D4NA 1B51A 3IX1A 1JEUA 2ZXTA 2RC9A 5DTBA 3IB0A 3C32A 1QKAA 3SEVA 1B0HA 4IO5A 3KN3A 4EXKA 3E3KA 2Y84A 4NEDA 3W15C 1FQFA 1XVXA 4MF3A 2F35A 4NTLA 2KLFA 3T9HB 4EQ7A 1IIWA 2AL4A 1MH4A 4ZEDA 4U4XA 3TTKA 3MP8A 2RCAA 3F11A 3IB2A 3FVOA 1URGA 3K01A 4IO4A 3H6WA 3OENA 4OETA 1MPCA 4ISUA 4Q0CA 3UK4A 4UA8A 2F7CA 1B4HA 4C1UA 3AXFA 4EUOA 1IITA 3FV2A 4FEDA 1SDXA 4LATA 4DXUA 2I48A 4FECA 3K6XA 1QW0A 2RC8A 2DOJA 5KDTA 4ZEBA 4JXIA 1PBQA 1Q35A 3FD3A 3SEYA 5M2VA 3VFJA 1B46A 1FTKA 3FASA 1M5CA 2DXRA 2BJJX 2A5TB 5DEXB 1TFDA 3RLFE 5HM4B 1OIBA 3PMVA 3SEWA 3EN3A 1JW1A 3ODBA 3OMBA 3THIA 4FE8A 4NF4B 4U22A 2H25A 3KG2A 3EQ1A 1LBBA 1YTVA 3JV9A 1IXHA 1A55A 1LLSA 1B3FA 3TMGA 3N6UA 3E13X 1KWHA 5I58A 4QFPA 3KSJA 5H8HA 2DXYA 4G8NA 1B3HA 2X7QA 2Y7KA 5HBCA 4XKQA 2M8CA 4QSCA 1L5TA 5TP9B 2O7UA 3C31A 4QFLA 3MWBA 4XTCQ 4RK2A 4BLAA 1NNKA 1PB7A 2D21A 3VLWA 3HV1A 4WEDA 1IXIA 3TPAA 3S9LC 3TQWA 2R71A 4OZ9A 4R72A 2I3VA 2XXQA 3CR9A 4NF6A 3MJNA 2GHBA 3MP6A 1IZ1A 2XXYA 1TXFA 3T93B 3LSXA 2XXXA 4Q5TA 1SD3A 1O63A 2OK2A 4GQOA 5JEIA 3TKDA 4QFNA 4WEPA 3OEMA 4M4GA 3R26A 4EDPA 4E0WA 4M1VA 2V3UA 2DWJA 1VSOA 1FQAA 4OEVA 2Y7PA 4DE8A 1ZJLA 4YKKA 3MVWA 4G68C 4OFJA 5B70A 5H8FA 1ZIUA 4KR5A 4F18A 3RQTA 4Z7EA 2VD3A 3Q25A 5KDTB 4F3GA 2QJEA 3OO6A 2GFEA 1QUJA 3MVYA 4F3BA 2LAOA 5FHNA 4ELPA 1R1NA 3SEXA 3LUYA 3MP1A 3A3UA 4U23A 4O3AA 4OMBA 1SQYA 5FHMA 3RTFB 2OWTA 4U1ZA 3OOAA 3V83A 3HCQA 1NFTA 1M5BA 5ICTA 4ECFA 4HS7A 1AIVA 3G3KA 1OLCA 5I58B 5H8HB 1BLFA 4F22A 3PU5A 4F1YA 4OENA 5ISUA 1Q1KA 3ECRA 2OLBA 1MM6A 3TCHA 2ANJA 3T22A 1NH7A 1FQEA 3U92A 5H8SA 3S2VA 4G68A 1H44A 4N07A 4OHNA 4H5GA 1MS7A 2Q2CA 4JSOA 3VVFA 4GF8A 1VE4A 4ZDMA 1UTBA 4NF6B 1H76A 2B3BA 1A8EA 1SYIA 2VHAA 2GHAA 4ZEKA 4R73A 4FORA 3LSLA 1N76A 2V3TA 1RYXA 4KYEA 3IO4A 5EHSA 3TAJA 4ESXA 2Q2AA 4LA9A 3M3FA 3GXAA 4U1OA 3FVKA 4GFRA 4R74A 1GGGA 3JYRA 4KCDA 1MQDA 1N3XA 1I69A 5H8FB 1MY0A 3Q28A 3H6UA 3QUJA 5F7VA 1PEBA 2E0SA 2VGQA 4PFWA 4GIZA 4GRKA 1VR5A 1M5EA 2DE2A 4ZECA 2DP8A 2NUVA 3C36A 1JEVA 1FW0A 1JVYA 1YAEA 3ZKKA 3CFXA 4YB6A 2O84X 1XVYA 3BFTA 3EPEA 5CMBA 1Y9UA 4U2RA 1ZBMA 4F29A 2ZMBA 2CMOA 2HQ0A 4BDMA 1MQJA 5I59A 1P1NA 4MH5A 5KCJA 2XXWA 1S50A 5DYHA 3VE1B 1RKMA 4LVQA 3R7XA 1SW1A 4NF5A 2DVZA 2XXVA 1MY2A 3G3GA 3H06B 4C1TA 1R6ZA 3TTRA 1H43A 2UYFA 3OXNA 3U8QA 2QL3A 2QS3A 3TELA 4LZ7A 3K6WA 1SVXB 3PUXE 1POY1 2ZNUA 3CRBA 1R9QA 3K02A 5CM6A 3JZJA 1FQDA 1UTBB 2PT1A 2R6GE 3H6VA 4QFKA 2DWHA 5IAIA 1US5A 3K2DA 3OSRA 4YMAA 2Q89A 3EHUA 1UIVA 3PV0E 3DM0A 5DVJA 3CIJA 5A5XA 3IL1B 3CI8A 2GH9A 5I2KA 3FXUA 5K2YA 1NKXA 3RGYA 3HHFA 1B5HA 3VXCA 3CG1A 4JBZA 1USYE 4OEUA 2DWAA 2F8DA 1B40A 3G3HA 5CC2A 4YKIA 4P0IA 3L6GA 4OYVA 3H6TA 1D9YA 2QS2A 2PYYA 1QVSA 2X7PA 4EQ9A 2HZLA 4DXBA 4G2ZA 1EZ9A 1MDP1 1MM7A 4HCYA 3FZVA 2O7IA 1B2HA 1TT1A 2ALUA 2UYEA 2V25A 5I59B 2XX7A 5KCJB 3MZ9A 2I4BA 4RK9A 4O3CA 1EU8A 3B6TA 1LB9A 3P7IA 2REGA 3LC8A 4NF5B 1CE2A 4IGTA 3UP9A 5CMCA 5AE4A 5CBSA 4KPTA 2ABHA 3GBAA 4R9GA 2O68A 2HFBA 3T66A 4H5FA 5AA4A 2IEEA 4GVOA 4FIMA 4NWDA 3D4CA 3SKPA 4YB7A 1VFEA 5I2NA 3ONMA 4R9FA 3V89B 3QK6A 4H0WA 5EHMA 1LAHE 3LSFB 3LSWA 4MFIA 3ZS6A 4GOTA 5A5XB 1B4ZA 2XXIA 3FIRA 3T9UA 1MDQA 2I58A 5I2KB 5L9SA 4BDQA 1A7LA 1B05A 1GR2A 4PFUA 1S9TA 3TTMA 4NE4A 3KFMA 1ATGA 1FQBA 1XHYA 3PPOA 2IA4A 2Y7WA 1MQHA 2THIA 3BKIB 1AL3A 1MG1A 1N0TA 1Z7ME 1Y20A 1A99A 2XD2A 2H4IA 4L17A 2H98A 4PP0A 3CSBA 1MXWA 3PPQA 1Y4TA 3OO8A 4Z0IA 2FYIA 3SESA 3PD9A 3OD7A 3SDFA 2G93A 3RN8A 1T0KA 4KI0E 3T9XB 1B3EA 3FVGA 3UA8A 2WKYA 2O69A 4IB2A 4DIGA 3K6VA 4JWYA 4RPNA 3G7WA 3M3KA 4RYAA 1D9VA 4LQ2A 2P0SA 1WDNA 5EYFA 4JDFA 2RC7A 1XOCA 2QMXA 4ZE9A 4MLQA 3WAEA 3R6UA 2I0CA 1Y3NA 1B9JA 4JB7A 4TOZA 1I6QA 4LZ8A 1LFIA 4RA1A 1IXCA 3PPNA 5AA4B 2V93A 3OSQA 4KFQA 5ICQA 5FTHA 4I9DA 4AQ4A 5JK4A 5ELVA 5I2NB 4QSEA 3TCGA 1NH8A 1B5IA 5B7DA 1JW4A 4F31B 5HPQA 2HZKA 1O64A 5DVIA 1N3WA 1JETA 3DELB 3KSXA 3MUQA 1Y1MA 4OXVA 3PUWE 2ZYNA 1OQHA 4NF8A 1N7WA 4F19A 3PPPA 1LSTA 1QUIA 2V84A 3PD8A 1B5JA 3MVZA 4UACA 3N5LA 3EF7A 1Y1ZA 2OCUA 3O6HA 1P99A 2F97A 3S4UA 3MQ9A 2H5YA 3ILTB 1FQCA 1OVTA 1ZU0A 4RJZA 2I49A 4AB6A 2UVHA 2R9JA 3FUZA 5J1DA 1FTLA 3BFUA 3IR1A 5CBRA 2D5WA 2QPQA 2XXHA 3N94A 5CMMA 4R2BA 4YAHX 4NWCA 4PFYA 3MVXA 4OQOA 3CFZA 5FTIA 2YLNA 2QMWA 1B1XA 3RPWA 4F39A 3K0VA 3RNNA 4OESA 2UVIA 1B1HA 1MY4A 4GXSB 3PMWA 1LAFE 2DYXA 2OZZA 3I5OA 4AB5A 3WAFA 5ITOA 3RUMA 3H03A 3CSGA 1BKAA 3L6HA 3HO7A 4XXUA 4OWDA 3VVDA 3G3IA 1URSA 2VP1A 3G3FA 5I84A 3FV1A 2F78A 1MXYA 3USDA 3SERA 2H99A 4H1XA 1I6BA 4XKPA 3OELA 3TODA 2Z8DA 3EHTA 1YCJA 2E1SA 5IKBA 1USYH 5JTYA 2AIXA 3MZ1A 4EF1A 3B6WA 3IOUA 2ZNSA 1QULA 3IOVA 4NF8B 4QHQA 4H6DA 4DLDA 3H3GA 2RF1A 4H8JA 1UTHA 3V8XB 2I4CA 4QSDA 4KYDA 1LFHA 3FXRA 2HCAA 2HAUA 4BDLA 4IO3A 3G3JA 2DSFA 4LUBA 4RXLA 4YICA 2QS4A 1II5A 2OWSA 5AA2D 1A40A 4KHZE 1NL5A 3CG3A 2Q88A 1B7UA 1DSNA 4I62A 5I57B 3ZSFA 1B58A 4LP2B 1MH3A 1WVJA 1IEJA 3ILUB 3TFLA 3FJGA 2I3WA 3H4ZA 3OEKA 1FTMA 3TEPA 3RT6B 1AOVA 2I6EA 4G4PA 3KJ7A 3U93A 3PPRA 4XKNA 3T9VA 5TPAB 5H8QA 3O6IA 4Q8RA 4IGRA 2O1LA 2OBGA 3CVGA 3IOTA 3DP8A 3Q29A 1B7ZA 4K3FA 1YPNA 3GBBA 2B3FA 1JNFA 4PFTA 3Q27A 3UIFA 1OVBA 4BDNA 4H65A 3MC2A 2B65A 3MBPA 2AYSA 1Y4CA 2GRVA 2F36A 1JVXA 4G8HA 1TFAA 1PB8A 1P1QA 1OLAA 4ELOA 3QXMA 3H7MA 5JTYB 2NXOA 2HEUA 1DTZA 4ONYA 3K1MA 4ZS9A 3DLNA 4GWOA 2PX1A 1OQGA 4BDRA 3B7DA 3KN8A 2W7YA 5AA2B 1EH3A 2XXRA 3E4RA 3VXBA 2Q9TA 2P1SA 5CI5A 3FJMA 1F9BA 4ZEIA 1HSJA 3QAXA 1UTHB 4RPOA 3TYHA 3QUFA 1SBPA 4N6PA 1ANFA 1LAGE 4JSDA 1LFGA 3KGCA 4R6KA 4F3SA 3PUVE 3T96B 1PBPA 4EF2A 3I3VA 4XKRA 1IQ7A 2X26A 1SW2A 1EZOA 1M5FA 1OMPA 3CFLA 5L9MA 3U1OA 3FVNA 2Q8JA 5DT6A 1BIYA 4YZZA 1Y3PA 2REJA 3KOSA 3UGWA 2Y7RA 1SYHA 1BTJA 3O29A 1H3DA 4IY6A 1Z7NE 2A5SA 4GXAA 3VDFA 2OJTA 5BWJA 4R75A 2HAVA 3O2AA 1MPDA 3K1PA 2RKMA 5H8QB 1B52A 2DQVA 4POXA 2DE4A 3OO9A 4PE5B 4X48A 4EQBA 1SI1A 5ITPA 3IK6B 4F2OA 1AMFA 4F2QA 1LGBC 3K1NA 3RTWB 4IY5A 4IO2A 2VOZA 1ELJA 3UORA 3PMXA 3PGFA 2ZNTA 3TTLA 2Z22A 1TWYA 1HSLA 1LBCA 2XD3A 3OO7A 2O6AA 4GD5A 2PT2A 3HN0A 1P1UA 3SETA 1SW5A 2ONSA 4X1BA 1AH5A 2DWIA 2Z23A 2UVJA 2G29A 3MW0A 4QFOA 4GL0A 4ZEFA 4TLMB 2PVUA 2F7BA 4R2FA 2ONRA 3FXQA 4DDDA 3C4MA 1FTJA 1J1NA 1ZTYA 1IUDA 3N26A 5TU0A 3KBRA 4R6YA 3KEIA 3U94A 4YKPA 3O66A 1MQGA 1MXZA 1RYOA 1FCKA 3TZAA 2FNCA 1NNTA 2UVGA 4ELRA 3QIMA 2Z8EA 1PDAA 3HHGA 4ND9A 1MXUA 2F6PA 3PUZE 4F1VA 2PBWA 3EHSA 1JQFA 1CB6A 2ZYKA 1FTOA 1D3KA 4OERA 3VLVA 1QJMA 3C35A 3C34A 4HCWA 1B7HA 1P1OA 4IO6A 4G8MA 3MZBA 1LAXA 4XIGQ 1N04A 2ZYMA 2RCBA 1QKBA 2XXPA 4DCXA 3W9VA 1I6AA 3K00A 4LONB 4I1DA 5DVFA 3RY3A 4LZ5A 3V5AA 4Q30B 3B6QA 3M8UA 4NMYA 1DOTA 1DPPA 4U4SA 3QYTA 3TQLA 4TLLB 1XT8A 3A3CA 3IOWA 1Y3QA 2ONKE 3IAZA 2XHDA 5I56A 2Z8FA 4YB5A 4MLVA 1ZMGA 5AA3A 2O51A 4PETA 5KZTA 2CZLA 3TUSA 1UQWA 4WKMA 1EZPA 1US4A 4BDOA 2F7AA 4P11A 1LB8A 4THIA 3S9NC 2AL5A 2NOOA 4LQ5A 3S9EA 3ZKLA 1SI0A 1SW4A 4H67A 1NMUA 1JW5A 2NVUB 2XX9A 1MY3A 3KOTA 3GZGA 1B32A 3KZGA 5I57A 1WODA 3I6VA 3N6TA 4F3PA 1LCFA 3IO6A 4I8CA 1POTA 3HSTA 1B6HA 2NWJA 1P1WA 4YU0A 3MPKA 4X9TA 3MPLA 4PQJA 1IXGA 4ZZAA 5TPAA 5FHOA 3HPIA 4E0XA 4ZE8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IJOB 2YJPA 1A54A 1MRPA 4OFOA 4NHBA 5IZ3B 2D3IA 1DPEA 4DCYA 2F34A 3E9XA 4MBPA 2ZYOA 2FA7A 4HW8A 2B4MA 1N84A 4MNPA 4FBPA 5CRYA 5L8DA 1HSEA 3DP6A 3BBRA 1MQIA 5IM2A 1DCUA 4HTGA 5H8NA 1A8FA 4NG7A 3O6GA 4C0RA 3RT8A 3FJ7A 1XC1A 2F6GA 3S9MC 1QUKA 4RNSA 4YMBA 5L9OA 2XXUA 3IJXB 4KYSA 3MSTA 4DZ1A 2VD2A 2JJKA 3QSLA 4PBHA 4TQUQ 3W9WA 1URDA 1GTKA 1MPBA 3O97A 1LCTA 2PMSA 3C33A 4QF9A 4ESWA 1R9LA 3U65A 4OVRA 2XXTA 2DVCA 4PAKA 1PB9A 1MXXA 4OTEA 1FPIA 5AA2A 1DMBA 5BUUA 5I56B 1NNFA 4PDHA 4ELQA 3E78A 4NGUA 1M5DA 4PDDA 1B3LA 1XS5A 2ZZVA 1GV8A 2P2AA 3UN6A 4ZZEA 5AA1A 3Q26A 5ESYA 1VFDA 1BP5A 4HE1A 3TTNA 3VVEA 3PUYE 3TCFA 4IO7A 3DP4A 3FGSA 4GLIA 2RINA 1GVCA 2CZKA 1MY1A 3LBSA 1JP4A 4KXPA 4DXCA 4KCCA 4U21A 5F1QA 3K4UA 4JWOA 4OFLA 4WXJA 3T0JA 2YPNA 4G68B 3KJTA 3C9HA 2UXAA 1PC3A 1O7TA 4FEBA 2XX8A 4R6HA 5ET7A 3LR1A 2I0BA 2ESNA 4KD5A 3VLUA 3VV5A 3U72A 4H8IA 4FAJA 1MXVA 1ZKBA 4KQPA 3D4GA 4OVQA 1Q9DA 1ZLQA 1NNPA 1DTGA 1H45A 4PGNA 4EXLA 1B0LA 4RY1A 2A5TA 2Y7IA 5DEXA 4POWA 3TDJA 2O1MA 2QSXA 4YKJA 2FIXA 4F1UA 3B50A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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