4R75A

Structure of the periplasmic binding protein afua from actinobacillus pleuropneumoniae (exogenous sedoheptulose-7-phosphate bound)
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
KGRLVIYCSATNVMCENAAKTFEQKYDVKTSFIRNGSGSTFAKIEAEKNNPQADVWYGGTLDPQSQAGELGLLEAYRSPNIDQIMPKFQDPAKVKGNLSSAVYIGILGFAVNTERLKKLGIEKIPQCWNDLTDPKLKGEIQIADPQSSGTAYTAIATFAQLWGEDKAFDYFKHLHPNISQYTKSGITPARNAARGETTVGIGFLHDYALEKEQGAPLEMVVPCEGTGYELGGVSILKGARNLDNAKLFVDFALSKEGQETAWKKGQALQTLTNTTAEQSPLAFDLTKLKLIDYDFEKYGASDERKRLINKWVDEIKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Active Transport of Phosphorylated Carbohydrates Promotes Intestinal Colonization and Transmission of a Bacterial Pathogen.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
molecule tags Transport protein
source organism Actinobacillus pleuropneumoniae
total genus 117
structure length 318
sequence length 318
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r75A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r75A01
3LUYA 4F2QA 3OOAA 4DCXA 4ESXA 2Y7WA 4U2RA 2NWJA 1DOTA 3IOUA 2DOJA 2D5WA 3QSLA 4JSOA 3RQTA 2H99A 1M5DA 2Y7KA 4FEDA 4X9TA 1JEUA 4EQ9A 3TCGA 3H06B 1SW4A 1KWHA 5ICTA 4QF9A 4YB6A 1B58A 3G3FA 1QUKA 1JVXA 3K6XA 3TDJA 2XXXA 4FE8A 3HCQA 2O68A 2VD2A 3SESA 1QULA 1FTOA 2G29A 4GD5A 2I0CA 3WAEA 5I2KB 3QXMA 4DXCA 2VHAA 3PUWE 1QKAA 2F7BA 3G3GA 3FXUA 1ZBMA 2E1SA 3K4UA 3U92A 3VVEA 4TLMB 1H45A 3AXFA 2DVCA 5H8NB 4NWDA 3FVGA 2FYIA 4N07A 2H5YA 1MY1A 3ZSFA 4BDQA 3LSWA 4KPTA 1B0LA 4IO7A 1MQGA 4MBPA 4IGRA 3KZGA 4O3CA 2VGQA 1P1WA 2O7IA 4KFQA 4QRZA 3V8XB 1MPBA 3V83A 1A40A 1P1QA 1WVJA 3TEPA 1VFEA 3ODBA 3FATA 3C35A 3O2AA 2P1SA 2F6GA 1ZTYA 3C32A 4EXLA 2DWJA 4GL8A 1B46A 4F19A 4F3SA 5TPAA 3BBRA 1OVTA 3KSXA 3HO7A 5AA4B 3T22A 1R9QA 4ZECA 2THIA 5I57A 4DXBA 3S9EA 1RYXA 4F1UA 1TFDA 3T66A 5I2KA 4OERA 3PPNA 5L9OA 4F1YA 3MJNA 4KI0E 2F97A 3K6WA 4PFWA 1BIYA 1B3GA 3RT8A 4XKQA 2Z22A 2ABHA 2G93A 3B6WA 4OFJA 3PPOA 1B1HA 3U8QA 3C4MA 2V3TA 3HHFA 4GXAA 3VLVA 2GRVA 3HN0A 4KD5A 1NNTA 1NNKA 4GIZA 1LAGE 2ZYNA 4H0WA 3DP8A 4RNSA 3IOWA 3T9HB 3FVKA 1MPDA 3MZ1A 1IXIA 3U93A 2HZKA 3K1PA 3UA8A 3FV1A 4AQ4A 2ZYOA 2PYYA 4H6DA 4UA8A 3TTMA 5HM4B 1QUIA 4YU0A 1D4NA 1MRPA 2HCAA 3TTNA 4NF4B 5CMBA 3WAFA 2DE2A 2A5TB 1I6AA 3MPLA 4JDFA 1A99A 4ZDMA 1PC3A 2XXPA 4WXJA 1VFDA 2PBWA 1PBPA 4R6KA 3HSTA 1XHYA 2UYFA 3SDFA 1SQYA 1XVXA 4OVJA 3JYRA 1NFTA 1RKMA 4EF2A 2DYXA 2E0SA 3K0VA 3KFMA 2Y7IA 1A8FA 4OHNA 1QKBA 3IAZA 3C31A 3KJ7A 4RA1A 2F8DA 3IB0A 3K02A 5M2VA 2HFBA 3THIA 5AA2A 4YMBA 4EUOA 2X7QA 4EXKA 2NUVA 1BLFA 1ZMGA 2RCBA 1LLSA 3KGCA 4OENA 3K01A 3KEIA 4Q0CA 5I58B 3RNNA 3M8UA 3RT6B 3LC8A 2R9JA 5BUUA 5DEXB 3D4GA 3I6VA 3OMBA 2F78A 5FTHA 3VXBA 5KZTA 4N13A 4ELRA 5TP9B 1LCTA 4GVOA 2DWIA 5DVFA 4JWOA 3MWBA 2V84A 3S2VA 1MXXA 4FORA 3K6VA 3MVZA 4JSDA 4QFNA 2Y7RA 1EZPA 4JXIA 5CC2A 1B3FA 4GRKA 3TODA 5H8QA 3CG3A 2A5TA 1TFAA 3QAXA 1AOVA 4HTGA 1MH3A 1ANFA 2I58A 4TQUQ 4X1BA 2RC8A 1NL5A 4MF3A 1MH4A 3E9XA 3CI8A 3IR1A 4ZZAA 4RPOA 1YAEA 4BLAA 2ALUA 1DPEA 1Y3NA 1US4A 3ILTB 4NF8A 3SEUA 3TFLA 4EDPA 1RYOA 4POWA 3O97A 1AL3A 1DPPA 4PQJA 3IB1A 2O6AA 2Z8FA 4E0WA 4RPNA 2O69A 2XXUA 1IEJA 3U94A 3EHSA 3VV5A 2ZMBA 1N7WA 5H8FA 3GXAA 4WEDA 3QIMA 4F3PA 1M5FA 5ITOA 5CMKA 2V3QA 3VDFA 5JTYA 3EPEA 4PP0A 3V89B 1WODA 4QFLA 3K00A 4F2OA 1FW0A 1AH5A 2H9BA 3EQ1A 4R74A 4WEPA 1FQEA 2W7YA 3B6QA 4R6HA 1LFGA 3VXCA 3IOTA 2I6EA 3N5LA 3TAJA 1UTHA 4POXA 4LATA 1EU8A 4OETA 4RXLA 5ICQA 3UIFA 1OQHA 4THIA 4IY5A 4QSEA 4JWYA 1O7TA 1OMPA 3FUZA 1B51A 4LONB 1MQDA 4LA9A 4ZEDA 2QSXA 4LUBA 1NH8A 2ZNSA 2XHDA 4NEDA 1JNFA 3IORA 2DVZA 3OD7A 4R75A 4YKIA 1B7ZA 2PT2A 5EHMA 4IO3A 3IJOB 3W9VA 1N04A 2VOZA 4RK9A 4OFLA 4TOZA 4G68B 2DE4A 1UTBB 1VR5A 2V93A 3M3LA 1IITA 4XTCQ 5CBRA 4R6YA 1I6BA 1JW4A 3C36A 3FGSA 3DELB 5FHNA 3GBBA 1LB8A 3UK4A 5J1DA 2XXQA 5I59A 4IGTA 3TPAA 5H8HA 5TPAB 3EF7A 2O1LA 1B0HA 3TMGA 5CM6A 2LAOA 4G68C 4BDLA 3EHTA 5B70A 5I57B 1OQGA 4EQ7A 4G4PA 4XKRA 1XOCA 2OWTA 4ZEFA 5KDTB 4HS7A 2Y84A 4GQOA 3VE1B 1Y3PA 4FATA 2REJA 1DTZA 2I4CA 5AA1A 1LSTA 3CFLA 4C0RA 3RPWA 2UVGA 3OSRA 4H5GA 4HCWA 3KN8A 1PBQA 1SVXB 1YTVA 5HBCA 2ESNA 2V3UA 1WDNA 4F18A 4R9FA 4ELQA 1B3LA 5F7VA 5IAIA 5FTIA 5L9MA 1FTLA 4OEUA 3H6UA 3H7MA 1ELJA 2ZYKA 4OYVA 1TT1A 4G77A 1H43A 5L8DA 1B2HA 3ZKLA 1NKXA 1B7HA 3R26A 3L6GA 3OO7A 4G68A 2KLFA 1UTBA 1LBCA 2QMXA 3SERA 3OELA 2HZLA 5ISUA 4G8MA 4KYEA 1JW1A 2XD2A 1PB9A 3KJTA 2HAVA 1B52A 4PFYA 3HHGA 1GTKA 4C1TA 4R73A 4DXUA 2RC7A 2B3FA 3MVYA 4FJPA 4EQBA 1MY3A 3GLBA 3FXRA 3MVWA 1PEBA 5KDTA 2YJPA 3N26A 2PX1A 1B4ZA 4O3BA 4F1VA 2R71A 1N3WA 3U72A 1IUDA 5AA2B 3C34A 4YMAA 4Q30B 1Y20A 2Z8DA 1ZJLA 2B65A 3PUYE 5K2XA 2GFEA 3Q25A 3DP4A 2ONRA 1OLCA 2VP1A 2OJTA 1B5JA 1XT8A 3SEXA 1B3HA 4IO2A 3H6WA 4DCYA 3MPKA 1PB8A 3V5AA 1OIBA 3H6VA 3IB2A 4UACA 5B7DA 1S50A 4TLLB 2O1MA 1MDP1 3UN6A 1Z7ME 1DTGA 4RY1A 1II5A 2XXHA 4XKNA 1POTA 4O3AA 4IB2A 1QVSA 2Q88A 1B6HA 2XXVA 1N0TA 4BDOA 4ZE8A 3QUFA 3K1MA 3G3IA 1LAFE 1R9LA 2PMSA 3E13X 2Q89A 4C1UA 5H8QB 1FQFA 1B5HA 3IO4A 5AA2D 4ELPA 1BP5A 1EZ9A 4YB7A 4QSCA 1B1XA 3TCHA 3I3VA 4R72A 2VD3A 1YPNA 2XX9A 3R6UA 4GLIA 3TTLA 3TTRA 1B32A 3VVDA 1MY0A 3CRBA 3TUSA 3RN8A 3TZAA 3OO9A 4EF1A 2QS2A 3B6TA 3MP1A 4U1OA 4LZ7A 2OK2A 2RKMA 1SYHA 1Y4CA 3N6TA 4DZ1A 4G8NA 4NF8B 3N94A 3MUQA 2RF1A 2RCAA 4ONYA 4OEVA 3MQ9A 1MQHA 1XVYA 2QJEA 1BTJA 1OVBA 4H1XA 5TU0A 3MZBA 3H4ZA 4Q8RA 1SW1A 2F36A 1DMBA 3CFXA 4GL0A 1ZU0A 2ZNUA 4KYDA 4Q5TA 5H8FB 5DVIA 4YKPA 1S7YA 3S9MC 4KYSA 2OCUA 1FTKA 5JTYB 4PE5B 1ATGA 3QK6A 2WKYA 1SBPA 3Q27A 5CBSA 2Q9TA 2O51A 2O7UA 2P2AA 3TQWA 2REGA 4YAHX 1GGGA 1H3DA 3ZKKA 4JBZA 3I5OA 3G3HA 2R6GE 1DSNA 3ECRA 3OO6A 4HW8A 3S9NC 1UTHB 1POY1 3RTWB 2D3IA 3RUMA 4DE8A 4R9GA 3CG1A 1ZIUA 4Z0IA 5CI5A 1FTJA 1NNPA 1MY2A 1MXWA 2DSFA 1MXZA 1XC1A 2DXRA 4F29A 4I8CA 2PVUA 1JETA 4M1VA 1I6QA 3CFZA 4NMYA 3CR9A 1O64A 3PUVE 2DWAA 3H6TA 1USYH 4QFKA 3PPPA 3O6HA 2M8CA 4BDNA 2XX7A 1IXHA 3W9WA 3PUXE 3G7WA 1B7UA 4U4SA 5I84A 3FIRA 2Z8EA 1FCKA 2B3BA 1M5BA 2GHBA 3PV0E 2DS9A 2HEUA 3DLNA 4OWDA 4Z7EA 2H25A 5I59B 4P0IA 2IA4A 3IOVA 5H8HB 3RY3A 1IQ7A 2AIXA 2HQ0A 4PFUA 3C33A 1PB7A 1B5IA 1URSA 4ZS9A 1B05A 4ESWA 1R1NA 1BKAA 1N76A 1EZOA 1SYIA 3MAMA 5K2YA 3VFJA 1M5CA 2GHAA 2OZZA 2ZYMA 3PMVA 1YCJA 2I48A 1MM7A 3KN3A 4U23A 4QFOA 3RGYA 5F1QA 4KHZE 2Q8JA 1QW0A 2NVUB 4H8IA 2QMWA 3CSBA 2H4IA 2NOOA 3K1NA 5ELVA 4OZ9A 4N6PA 2AL5A 2DWHA 4OESA 4U4XA 4NTLA 3E4RA 1H44A 4JWXA 3D4CA 1B9JA 2P0SA 5A5XB 2ZXTA 3FASA 2FNCA 4DDDA 3FVNA 3HV1A 3O6IA 4LVQA 1B3EA 3M3FA 3SEYA 3ZS6A 2OWSA 2UVJA 4OQOA 3G3KA 2X7PA 3ONMA 5H8SA 1EH3A 3FJ7A 1NNFA 3H03A 1JEVA 2DP8A 3K2DA 4F22A 4AB5A 3VLWA 1ZLQA 1MS7A 2XXTA 5BWJA 1T0KA 3DM0A 1A8EA 2Z23A 4PETA 2Q2AA 4GFRA 4GWOA 2ONSA 4OMBA 5ITPA 1LBBA 1LFHA 4RYAA 3T96B 3PUZE 4F3GA 3IK6B 3W15C 4ND9A 5CMCA 3EN3A 3RLFE 2YLNA 2RC9A 4GXSB 1MG1A 4IO4A 5AA3A 1FQAA 3N6UA 3PU5A 1LFIA 4BDMA 2O84X 2ONKE 4LP2B 3T9UA 2XD3A 1MQIA 2I3VA 3LR1A 1SDXA 2NXOA 3FD3A 3PPRA 4YZZA 4QHQA 3KG2A 1F9BA 1Y1ZA 1P1UA 1Y4TA 3OEKA 3O66A 1XS5A 2XXWA 4XKPA 4P11A 3A3CA 2QPQA 3KOSA 1H76A 2UYEA 5A5XA 4DLDA 3MBPA 1FQDA 3MP6A 3O28A 5DTBA 3KN7A 3VVFA 5DVJA 4NWCA 4ECFA 1S9TA 3EHUA 3O6GA 3UGWA 4K3FA 1MY4A 3OENA 1B4HA 3E3KA 2F5XA 3O29A 4I1DA 4QSDA 3DP6A 2GH9A 3PGFA 5AE4A 1SD3A 4KCDA 5CMMA 2YPNA 1O63A 3TELA 3U1OA 3QYTA 1M5EA 4WKMA 4KQPA 2HAUA 1TXFA 1VE4A 4JB7A 2F7AA 3LBSA 4R2FA 2UVHA 3SKPA 2UVIA 1D3KA 3P7IA 3R7XA 3CVGA 3UORA 4U21A 1QUJA 4OTEA 1LB9A 1SI0A 3UP9A 3USDA 3KBRA 1JVYA 1FTMA 3CSGA 1FQCA 4U1ZA 3T9VA 1AMFA 4OFOA 1HSLA 3MC2A 3FJMA 1Y1MA 4I9DA 4LQ5A 1IXCA 4H5FA 2FA7A 1MQJA 5IKBA 3FVOA 1USYE 1A7LA 1PDAA 5EYFA 2F35A 4X48A 3TKDA 5EHSA 4ELOA 4GF8A 5H8NA 2DE3A 4L17A 3RTFB 3LSFB 2ANJA 1JQFA 4ZE9A 4NF5B 1A54A 1HSEA 3ILUB 2QRYA 2QL3A 4NE4A 4FAJA 4RK2A 4ZZEA 1VSOA 3OSQA 3SETA 2IEEA 2XX8A 1NH7A 2XXYA 3BFTA 4MH5A 3LSXA 1LAXA 1MXUA 1QJMA 3FJGA 5AA4A 3MW0A 3T9XB 3O9PA 1J1NA 3MZ9A 5KCJB 4E0XA 1SI1A 4HCYA 4MLQA 3Q29A 2DXYA 4AB6A 4G2ZA 4YKKA 1MPCA 2F34A 4GOTA 4LQ2A 3FV2A 5I56B 4ZEBA 4FEBA 4F3BA 1GV8A 1LAHE 3S4UA 1UQWA 5I2NB 1R6ZA 4PFTA 3A3UA 2X26A 3IJXB 3A09A 4NF6B 3LSLA 2Y7PA 3FXQA 3VLUA 3GZGA 3KOTA 1LCFA 4ZEKA 4IO5A 1MDQA 1CE2A 4NF5A 3IO6A 4XXUA 2XXIA 3PMXA 3CIJA 3IX1A 5JEIA 4KR5A 4ISUA 4DIGA 3HPIA 1L5TA 4QFPA 5DT6A 2F7CA 2OLBA 3TTKA 4YICA 1OLAA 1Y9UA 4YB5A 1P99A 2Q2CA 4RJZA 3TQLA 1MXYA 2QS1A 1GR2A 1JW5A 3TYHA 2H98A 4U22A 2CMOA 3PMWA 4H67A 4M4GA 4LZ5A 1FQBA 4NF4A 2QS4A 1A55A 1MXVA 1US5A 2PT1A 4YKJA 1NMUA 4X1DA 4ZEIA 4R2BA 2OBGA 5KCJA 1ZKBA 1IZ1A 1Q1KA 2DQVA 3OXNA 2AYSA 4F39A 3OEMA 2A5SA 4F31B 3G3JA 2I3WA 3SEWA 1D9YA 4XIGQ 5I56A 4I62A 2UXAA 3B7DA 3OO8A 2I4BA 4MLVA 3JV9A 3PD8A 5I2NA 3C9HA 2AL4A 4IO6A 4MFIA 1URDA 1Q35A 3S9LC 1UIVA 1N3XA 5I58A 4OXVA 5HPQA 4NF6A 1LGBC 5FHMA 1N84A 1P1NA 2I49A 3TCFA 2QS3A 4H65A 1MM6A 5CRYA 3T93B 3K6UA 3BFUA 5DEXA 5DYHA 1B40A 1D9VA 2I0BA 4KCCA 4FIMA 3PD9A 1SW2A 1Z7NE 3MP8A 5TP9A 1N7XA 3SEVA 3KSJA 2HXWA 4H8JA 1HSJA 3GBAA 1AIVA 2BJJX 2F6PA 3IL1B 1URGA 2V25A 4BDRA 1I69A 2D21A 3QUJA 3M3KA 3F11A 3PPQA 5FHOA 3L6HA 2ZNTA 2XXRA 3Q28A 4FECA 1P1OA 1SW5A 1GVCA 4IY6A 5L9SA 3BKIB 2RINA 4P0GA 1Y3QA 5JK4A 1IIWA 3Q26A 1IXGA 5LOMA 2CZLA 3MVXA 1TWYA 1UIUA 3JZJA 4G8HA 3FZVA 1CB6A 3H3GA 4LZ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LUYA 4F2QA 1FBPA 3OOAA 4DCXA 4ESXA 2Y7WA 4U2RA 4N15A 2NWJA 4PTKA 1DOTA 3IOUA 2DOJA 2D5WA 1LBZA 2GQ1A 3QSLA 4JSOA 3RQTA 2H99A 2HXRA 1M5DA 2Y7KA 4FEDA 4X9TA 1NUXA 1JEUA 4EQ9A 3TCGA 3H06B 1SW4A 1KWHA 5ICTA 4QF9A 4YB6A 1B58A 3G3FA 1QUKA 4PCDA 1JVXA 3K6XA 4GWUA 3TDJA 4GX3A 2XXXA 3T1BA 4FE8A 2HPGA 3HCQA 2O68A 2VD2A 3SESA 1QULA 4P8BA 1FTOA 2G29A 4GD5A 2I0CA 3WAEA 5I2KB 3QXMA 4GWZA 4DXCA 2VHAA 3PUWE 4NG7A 1QKAA 2F7BA 2WYPA 3G3GA 3FXUA 1ZBMA 2E1SA 2Q74A 3K4UA 2FHYA 3U92A 3VVEA 4TLMB 1H45A 3AXFA 2DVCA 5H8NB 2P3NA 4NWDA 3FVGA 2FYIA 4N07A 4HE1A 2H5YA 4DI3D 1MY1A 3ZSFA 4BDQA 3LSWA 4KPTA 1B0LA 4IO7A 2PFZA 1YYZA 1MQGA 4MBPA 4IGRA 3KZGA 4O3CA 2VGQA 1P1WA 2O7IA 4KFQA 4QRZA 3V8XB 2CZHA 1MPBA 3V83A 5T3JA 1A40A 1P1QA 1WVJA 3TEPA 1VFEA 3ODBA 3FATA 3C35A 3O2AA 2P1SA 2F6GA 1ZTYA 3C32A 2DDKA 4EXLA 2DWJA 4GL8A 1B46A 4F19A 1FBCA 4F3SA 5TPAA 1FBGA 3BBRA 1OVTA 3KSXA 3HO7A 5AA4B 4PFBA 3T22A 1R9QA 4ZECA 2THIA 5I57A 4DXBA 4UABA 3S9EA 1RYXA 4F1UA 1TFDA 3T66A 5I2KA 4OERA 3PPNA 5LDZA 5L9OA 4F1YA 3MJNA 4KI0E 2F97A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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