4R78A

Crystal structure of lica in complex with amp
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
287
structure length
287
Chain Sequence
GSHMEKIIKEKISSLLSQEEEVLSVEQLGGMTNQNYLAKTTNKQYIVKFFGKGTEKLINRQDEKYNLELLKDLGLDVKNYLFDIEAGIKVNEYIESAITLDSTSIKTKFDKIAPILQTIHTSAKELRGEFAPFEEIKKYESLIEEQIPYANYESVRNAVFSLEKRLADLGVDRKSCHIDLVPENFIESPQGRLYLIDWEYSSMNDPMWDLAALFLESEFTSQEEETFLSHYESDQTPVSHEKIAIYKILQDTIWSLWTVYKEEQGEDFGDYGVNRYQRAVKGLASYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Structural and enzymatic characterization of the choline kinase LicA from Streptococcus pneumoniae
pubmed doi rcsb
molecule keywords Choline kinase
total genus 103
structure length 287
sequence length 287
ec nomenclature ec 2.7.1.32: Choline kinase.
pdb deposition date 2014-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01633 Choline_kinase Choline/ethanolamine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4r78A01
3.90.1200.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 4r78A02
4JI9A 5DRDA 5EKNA 4DITA 3EOCA 4CG9A 2B55A 3I60A 3LFEA 4QP4A 4AN9A 2O0UA 5GJFA 3LQ3A 4ZTSA 3FWQA 3W2PA 3NDMA 2W06A 2P4IA 1OL6A 4I93A 1XBAA 2UW3A 3ATTA 2ERZE 5BQ0A 3DV3A 2YM7A 3LFAA 3G90X 2E9PA 5M4FA 4JG8A 4XHKB 3VQHA 4ACGA 5LCJA 3D7TB 4U42A 4L42A 4XOYA 5DYJA 4F1TA 3FKOA 3PPZA 1W82A 2XIRA 4IAKA 3ORPA 4GSBA 2B53A 2IVTA 5DGZA 4DH7A 5D7VA 5E1SA 2RFDA 1ZY4A 2OXXA 3RK9A 2UZUE 2PVYA 3QTUA 4FZ6A 4IJ9A 3FLYA 3MFTA 1YOLA 3E64A 3MIAA 5CQUA 1RDQE 4B6LA 3Q2MA 5BUJA 2A4LA 2Z2WA 5AP6A 4XRLA 3A60A 3P86A 5ANDA 2GNHA 4L45A 1PXPA 3OCBA 3QX4A 3KL8A 3C4ZA 2REIA 3PPKA 1HCLA 2OJIA 2EXCX 3VUGA 5ETCA 4GIHA 2CCHA 3G0EA 2XNOA 3H0YA 3GUBA 3WZDA 1OECA 4PTCA 3UIXA 4EH8A 4CQEA 5IH4A 4X6QC 4K77A 5L8LA 3V5PA 4DEIA 1MQBA 4EH4A 1JKKA 5EW3A 3SAYA 3THBA 4EK3A 5B2MA 3G9NA 4FSRA 1ZY5A 3TWJA 3ZUUA 5HORA 4O0WA 3UOKA 1Q3DA 5EK7A 3C0GA 5EDQA 4WKQA 4YMJA 5I9XA 4C4HA 1XJDA 4WOVA 4FKQA 3HUBA 3LJ0A 5DR2A 1JKLA 1FGKA 3NUNA 4QT1A 5KBRA 2VRXA 3H10A 2UZVA 3EQIA 4R6VA 1Y8YA 4O0XA 1YWVA 3RPSA 5HE0A 3TI1A 3E8CA 2FUMA 1G8SA 3PZHA 4B8LA 4L8MA 4QMSA 1Q41A 4RZVA 3MS9A 2WQEA 5M55A 4FIJA 4IH8A 4C35A 3PLAE 4FNYA 4O7YA 4QYHA 4Y73A 5E8VA 2W4JA 3LW0A 1GZ8A 3I6UA 4O27B 3FI8A 3VUHA 3C0HA 4EOPA 4JQEA 3VRZA 4BTMA 4JR3A 3KXNA 4B0GA 4EOJA 4CRLA 2QOOA 3TTJA 3ANQA 4RQKA 3QYZA 3AD6A 3GCSA 2DQ7X 5AP2A 4E4LA 5CF8A 4NFNA 4DT8A 5HBEA 4XRJA 4PF4A 4JQ7A 4LOOA 3VJNA 3BCEA 2J0KA 2XA4A 3IW7A 4ZLZA 5FP6A 1NXKA 4ZTLA 2X4ZA 2YWPA 3DB8A 5CYIA 2HXLA 1ZOHA 2BILB 3TIYA 1O9UA 5A54A 3LFFA 3CC6A 3AMYA 3CE3A 3FZTA 1KE5A 3N4VA 3EWHA 5CF4A 2ZB0A 4ZOGA 5CI7A 3GU7A 3COIA 2YN8A 2IZSA 1F5QA 2B9JA 5BYZA 5D11A 2C69A 4AF3A 4CCUA 4M0YA 4FICA 4I41A 3VUKA 2VD5A 3PXYA 4S34A 1FQ1B 3WF7A 3TZMA 3Q9WA 3IO7A 3HYHA 3A7IA 5AUVA 4RIWB 3R30A 4DFUA 3HV3A 2JITA 3QXPA 3CSVA 2PVMA 2QG5A 3QQUA 4I22A 4CKIA 3TKUA 3TKHA 3GC7A 4FMQA 3O0GA 2EB2A 4WUNA 3SW4A 2XH5A 3RM7A 2R3NA 3ET7A 3EQFA 2HW6A 2PVJA 3H9OA 2PMIA 4KBCA 4NKSA 2OFUA 3DJ7A 2PUUA 2W7XA 3FHRA 4NL0A 4LMNA 3DOGA 4BDGA 4BDIA 4BZOA 5M07A 1JKTA 2JIUA 4GW8A 3N4UA 4L6QA 4TXCA 4G3CA 5HG9A 4CGAA 4F63A 5IMXA 2C0IA 4X3FB 4AX8A 5IG1A 4YC3A 5L2IA 3S95A 1GY3A 4II5A 4UWBA 3ODYX 3VS0A 1XQZA 3L9PA 3UOHA 3OXZA 5A6NA 4UBAA 1H07A 1S9JA 2UZNA 4H36A 1E1XA 2FVDA 4JAJA 4D58A 2OO8X 2Q83A 3I0QA 3O2MA 4USDA 5J87A 3WILA 4DLIA 4XEYA 5A4CA 3MJ1A 4I0SA 1IEPA 2R3QA 4I0RA 3HEGA 4IC8A 5BPYA 2HY0A 4FV8A 3PA3A 1R1WA 4FIHA 3DDQA 1WAKA 2BZKB 2CGWA 2JGZA 5K9IA 4E6DA 5KZIA 4FEVA 2ZMCA 1Q8YA 3RALA 5CEMA 2ITUA 4QTBA 2X8DA 4D9UA 5KCVA 3KEXA 5D12A 1XHAA 5A4EA 3CY2A 2UUEA 2R3OA 4FK3A 2YWVA 1OL7A 3P5KA 4RX8A 4EH7A 4ITIA 3A4PA 4HGEA 5GJGA 2W1EA 4O83A 4QMMA 2J5EA 3KXHA 4EL9A 3R9NA 4NZWB 4FKRA 4O0TA 3ZDIA 3V5WA 4R1YA 2P2IA 2I1MA 4G3FA 5DPVA 4FKWA 4ID7A 2Y6OA 4TWPA 5AV1A 4UYAA 5EYDA 2C5NA 3ZEWA 5K3YA 1ZMUA 2F2UA 3WIKA 4DFBA 1KUTA 4GU6A 3E3BX 2WTWA 3ANRA 4YSJA 2WOTA 3R6XA 3EH9A 4FKPA 1PMUA 4HGLA 5ANOA 3F3WA 1I44A 4KKGA 4X21A 5M56A 2XZSA 5H2UA 5L2SA 2GHLA 4XG9A 2HELA 2BAJA 3WYYA 5E1EA 4FA2A 1BKXA 2X1NA 2ZV8A 3KVWA 4ALVA 1OKZA 4BCGA 5A9UA 3PJ2A 2FO0A 3CGOA 3FAAA 1GIJA 4L00A 5BYYA 4WRSA 2ONLA 4GKIA 3UO5A 4R78A 1H1PA 2C4GA 3ETAA 4O0SA 3V01A 4AW1A 5IH6A 3OUKA 5M53A 1WCCA 3ZFYA 4QYFA 3COMA 4Y95A 1PYXA 3R8PA 2P3GX 3AC8A 3P1AA 3RMFA 1YXSA 4Y8DA 3U4UA 4ORKA 4HVHA 5A4QA 1B6CB 2J90A 2QOHA 4O96A 5H8GA 4GCJA 5AP7A 4FI1A 3FZ1A 4CFVA 2QOKA 1BYGA 1R78A 3NUSA 1WBNA 2C3IB 4H3PA 3ALOA 4ENYA 4EH6A 4OGRA 4IDVA 3NW6A 1PKDA 2KTYA 3D94A 4E20A 3LCKA 3U4WA 4DFLA 3UOJA 4O7ZA 3KF4A 3PY0A 3DTWA 2O5KA 4BDEA 5IQGA 3Q4ZA 5JKGA 4HGSA 4BI1A 3QKMA 2WO6A 3O8PA 3QRIA 4PNIA 3O8TA 2BKKA 4CXAA 4YJSA 5HCZA 5IEYA 1SVHA 2PMNX 5CALA 2J9MA 5IQBA 3ZLSA 3NUPA 5J9ZA 3W2CA 5HLNA 4IB5A 4ZZNA 3KA0A 4IADA 3E87A 1Q5KA 4KABA 3S2PA 2ITNA 1LUFA 2BUJA 3VS3A 4K1BA 3GEQA 1SNUA 4IB1A 5E8ZA 3ZU7A 4BIDA 5DEYA 3MWUA 4NM0A 2ITVA 3E7VA 2A19B 4O7WA 1YXUA 2XEZA 3UPXA 5HICA 3AG9A 5H3QA 2C5OA 3JYAA 3PIYA 2KULA 3TTIA 2BAQA 4X2KA 3F7WA 2WNTA 3DFAA 3GC8A 3OOMA 1KOBA 3QL8A 3FMEA 3IECA 4D5KA 3FY0A 4QMNA 2ZM4A 4U6RA 2JLDA 1Q97A 5DOSA 3IDCA 5DR9A 3TZ9A 3F3ZA 4QNYA 3ULZA 4JDKA 1Q24A 2AC3A 5JEBA 3MTLA 4FIFA 1U59A 1JWHA 3EQCA 5AJQA 1M52A 3WF6A 5C8NA 1PXNA 2E9UA 3F5XA 4USFA 5JK3A 4G31A 5HO7A 1YHWA 2PUIA 3JS2A 5HE1A 4CT1A 3FXXA 3DJ5A 4KWPA 4NU1A 1NA7A 4M97A 4GYIA 3VRYA 4BN1A 4F6SA 2E9NA 3JY0A 4QNAA 2WAJA 4GVJA 4YJNA 2GCDA 3MV5A 3O50A 4U40A 3QQHA 3R8UA 1OMWA 3V8TA 3ZFMA 1H27A 4U94A 3A99A 4J52A 1J91A 3BLHA 4S30A 4JBOA 4LV5A 2SRCA 2W05A 1B38A 2IVVA 2W1IA 4U44A 3QKKA 1XH8A 3QZIA 3OEFX 3U51A 4APCA 3JXWA 2O63A 4NYEA 3DBDA 4NCTA 5IA0A 3VS2A 4DEEA 5BVNA 5IQDA 4U7ZA 5H8BA 2WMXA 4G9RA 4HYHA 2B9IA 4AOTA 4JG6A 2GS2A 3QD3A 3TXOA 3C7QA 2Q0BA 2JIIA 2YFXA 1M2QA 2BDFA 4LOPA 1FMKA 3WF8A 4JX7A 1LR4A 3B8QA 4IX5A 5AAFA 2XUUA 3RM6A 4G2FA 2IW6A 1BL6A 2PUNA 3RPRA 3LKMA 3OWJA 3QCXA 3QRJA 3I7CA 3GI3A 3OXTA 4FSQA 4OTQA 2F7EE 3Q9XA 1HCKA 4EHGA 1JLUE 4DTAA 3EIDA 4ITHA 5T3QA 3RVGA 1MRUA 3BYSA 4CLIA 3KMWA 3ITZA 4Q9SA 1IG1A 5KX8A 3G33A 2ZV7A 3G0FA 3R22A 4R3PA 5CLPA 3GGFA 4MXCA 4AQCA 5J7HA 3TYKA 3F69A 4FTRA 3D14A 3ZYAA 4GG7A 4WBOA 4ZK5A 4EHVA 4X2JA 4PV0A 3VQUA 3HRFA 1OVEA 2WU7A 4DC2A 2ZJWA 4EEVA 2IJMA 3JPVA 4DBNA 3CPBA 3VBWA 4O22A 3CTJA 3MY1A 3BEGA 2XM9A 4Y85A 3FSFA 2JIVA 5JQ8A 3KGAA 3WYXA 4I0TA 2JD5A 4LGHA 1PF8A 5CEQA 3CTHA 3NR9A 5HCYA 3ZM9A 3L9LA 4CMUA 1O6LA 4WNPA 2B1PA 4MH7A 4WG3A 5KBQA 4KBKA 5BUEA 4U3YA 4YNOA 4JIAA 5CQWA 4A9RA 1PMEA 1DAWA 3IG7A 3QUEA 4IANA 4LRMA 4MXOA 4BHZA 3I4BA 3LM5A 1V0BA 2V7OA 4YTIA 4WIHA 1CDKA 4IC7A 4M7IA 4AA5A 4PL3A 5BMSA 4MBJA 4MAOA 2JDOA 4R7HA 1SVEA 4KINA 4PWNA 1XBCA 3FZRA 3KQ7A 4FKJA 3R71A 4FUYA 5G6VA 1OBDA 2O3PA 2O8YA 3AD4A 5EDPA 4P5ZA 3MY0A 5HKMA 3ZH8A 3K3JA 2BIKB 2Z7RA 4ZSAA 4P90A 3OY3A 5HVJA 5A3XA 4FT9A 1IA8A 2ZDUA 2R3LA 2R7IA 3ATSA 5AV3A 4C3RA 5AP1A 3T8OA 2VTPA 1WBOA 2ETMA 3LHJA 4EQUA 4IM2A 5LJJA 1GAGA 3VBQA 4G3EA 5KO1A 5IA5A 3BWFA 5B2LA 3KCKA 2VTRA 5KHXA 4YJTA 2XKFA 3PXRA 4G3DA 2C6IA 5HLWA 1P5EA 4MD8E 3WIGA 3HDNA 3RAHA 2PY3A 5DIAA 3UVQA 3F5PA 4AGWA 1OIQA 4ACMA 1M2PA 1YWRA 1CKIA 3FC2A 4NTSA 2EVAA 3A62A 3FZSA 4I21A 4AGCA 1V0OA 4C2VA 5HIEA 2OW3A 3QYWA 2ZV2A 2YIRA 2G2FA 1P2AA 2YM3A 4IJPA 4V0GA 4EWQA 4QMWA 3RINA 3ZUTA 2VO6A 3BU5A 2VGOA 3EMGA 4L43A 3ZLYA 1UNHA 2WMSA 4QTCA 2CCIA 4YZCA 2X39A 5J9LA 4F0FA 3LMIA 4K18A 5EM7A 4BDFA 3SXSA 4FTOA 4JX3A 1H1SA 3HVCA 4YBJA 2GU8A 3NLBA 5CEKA 4P7EA 3RAKA 5AA9A 4DGLC 3QKLA 1H8FA 3D5VA 1OUYA 2E9OA 2YACA 4J7BA 3HDMA 1EH4A 2BRNA 4PTEA 2WTKB 5AX3A 3RTPA 2GPHA 3ZXZA 4BCIA 3UTOA 4PP7A 1GIHA 3CBLA 2WQOA 4C58A 2CPKE 4UXLA 3UBDA 4FT3A 4L01A 2XBJA 2CGXA 2XM8A 2UV2A 3ZUVA 5HBHA 4F65A 1HOWA 4AZWA 1W0XC 2OKRA 3KXGA 3HUCA 4Y46A 4YO6A 3W18A 4FGBA 5ACBC 3BI6A 4DF3A 5KMIA 4KBAA 5AIRA 4Y5QA 1G3NA 1KE8A 4FSMA 4R5YA 4I6QA 3UZPA 5M09A 3R9RA 4FTCA 4FZFB 4AN2A 3BHTA 5HIDA 2XJ0A 2J4ZA 4LUDA 3NYVA 4ACCA 1P4OA 2W9ZB 4DEGA 4F7NA 5KUPA 4NW5A 5GIPE 1JOWB 3DK3A 4CZTA 5AEPA 3VHEA 5KMJA 2JAMA 5M44A 4ZY5A 1ZZ2A 1GOLA 3GFWA 4GL9A 2B4SB 4TN6A 2WTDA 4BZNA 3CEKA 4V04A 5I9WA 2WHBA 3TG1A 1H24A 4IHPA 2WMBA 4GT4A 1QPDA 3QTRA 3UP2A 4I6FA 4GYGA 5E8TA 1YRPA 4FOBA 4I5HA 4TNDA 5JZNA 5M4CA 1OPLA 3CQEA 2C3JA 1APME 4K33A 4ZTRA 3OCSA 3ZFXA 2YDKA 3H0ZA 3F88A 4HCUA 4JBQA 4ARKA 4XG8A 3I5NA 3EFJA 4FEUA 3R02A 5JRQA 1TVOA 3PSDA 4U3ZA 1XWSA 1K9AA 4BI0A 3UYTA 4I92A 3WBLA 3PIZA 3NVMB 1FVRA 2WB8A 3FLSA 4X7QA 2QC6A 3LJ1A 4RX9A 4YTHA 5I5ZA 3R0TA 4L67A 5C8MA 4YNEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4JI9 A;  5DRD A;  5EKN A;  4DIT A;  3EOC A;  4CG9 A;  4LDT A;  2B55 A;  3I60 A;  3LFE A;  4QP4 A;  4AN9 A;  2O0U A;  5GJF A;  3LQ3 A;  4ZTS A;  3FWQ A;  3W2P A;  3NDM A;  2W06 A;  2P4I A;  1OL6 A;  4I93 A;  1XBA A;  2UW3 A;  3ATT A;  2ERZ E;  5BQ0 A;  3DV3 A;  2YM7 A;  3LFA A;  3G90 X;  2E9P A;  5M4F A;  4JG8 A;  4XHK B;  3VQH A;  4ACG A;  5LCJ A;  3D7T B;  4U42 A;  4L42 A;  4XOY A;  5DYJ A;  4F1T A;  3FKO A;  3PPZ A;  1W82 A;  2XIR A;  4IAK A;  3ORP A;  4GSB A;  2B53 A;  2IVT A;  5DGZ A;  4DH7 A;  5D7V A;  5E1S A;  2RFD A;  1ZY4 A;  2OXX A;  3RK9 A;  2UZU E;  2PVY A;  3QTU A;  4FZ6 A;  4IJ9 A;  3FLY A;  3MFT A;  1YOL A;  3E64 A;  3MIA A;  5CQU A;  1RDQ E;  4B6L A;  3Q2M A;  5BUJ A;  2A4L A;  2Z2W A;  5AP6 A;  4XRL A;  3A60 A;  3P86 A;  5AND A;  2GNH A;  4L45 A;  1PXP A;  3OCB A;  3QX4 A;  3KL8 A;  3C4Z A;  2REI A;  3PPK A;  1HCL A;  2OJI A;  2EXC X;  3VUG A;  5ETC A;  4GIH A;  2CCH A;  3G0E A;  2XNO A;  3H0Y A;  3GUB A;  3WZD A;  1OEC A;  4PTC A;  3UIX A;  4EH8 A;  4CQE A;  5IH4 A;  4X6Q C; 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 4XH6 A;  3OC1 A;  3B2W A;  1SMH A;  3MN3 A;  4C4I A;  4ZSL A;  3GCU A;  1NY3 A;  1YHV A;  2J2I B;  4O82 A;  2BRO A;  4KIP A;  4YP8 A;  3ULI A;  5A4L A;  4L52 A;  4OW8 A;  2AUH A;  5FEQ A;  4FVP A;  3DKF A;  4K9Y A;  3VS7 A;  2CDZ A;  4YPS A;  5J1W A;  4O7L A;  4PRJ A;  2R3F A;  5AUX A;  2AEG A;  2BDJ A;  4QP8 A;  3RKB A;  3BEL A;  4FIG A;  2BCJ A;  4S31 A;  4WSY A;  2QO7 A;  3LOK A;  3TDW A;  3PSC A;  5IQF A;  3G9L X;  4WUA A;  3VBY A;  4DFN A;  4RIO A;  4DCA A;  4DE4 A;  5BNJ A;  5IQH A;  3NZ0 A;  4O6E A;  4UB7 A;  1REJ A;  2UVX A;  5HNB A;  3V8W A;  4FIE A;  2C0T A;  3H30 A;  5AAE A;  5LCK A;  5K4I A;  3OCT A;  4R5S A;  4M13 A;  4GFO A;  4XP2 A;  4A9T A;  4LV8 A;  3EKN A;  4N4S A;  5EOB A;  4BCH A;  5JH6 A;  3CY3 A;  2YIX A;  1NVQ A;  2ITT A;  3FMN A;  3DAK A;  4RJ7 A;  5HE3 A;  3VUM A;  4L46 A;  5HQ0 A;  2FYS A;  4JRV A;  1YKR A;  1J7U A;  2XIZ A;  4FC0 A;  4O0V A;  1G8A A;  5GJD A;  2BFX A;  2BRG A;  2PVN A;  4AW5 A;  2IO6 A;  2UZT A;  3OXI A;  4GKH A;  5E8W A;  2YCS A;  4EK8 A;  3A2C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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