The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
134
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sequence length |
468
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structure length |
438
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Chain Sequence |
b'HNYEDIAQEFIDFIYKNPTTYHVVSFFAELLDKHNFKYLSEKSNWQDSIGEDGGKFYTIRNGTNLSAFILGKNWRAEKGVGVIGSHVDALTVKLKPVSFKDTAEGYGRIAVAPYGGTLNELWLDRDLGIGGRLLYKKKGTNEIKSALVDSTPLPVCRIPSLAKEDQTIPVEPPTDDEKKSPLFGKHCIHLLRYVAKLAGVEVSELIQMDLDLFDVQKGTIGGIGKHFLFAPRLDDRLCSFAAMIALICYAKDVNTEESDLFSTVTLYDNEEIGSLTRQGAKGGLLESVVERSSSAFTKKPVDLHTVWANSIILSADVNHLYNPNFPEVYLKNHFPVPNVGITLSLDPNGHMATDVVGTALVEELARRNGDKVQYFQIGTIGPSLASQTGARTIDLGIAQLSMHSIRAATGSKDVGLGVKFFNGFFKHWRSVYDEFGEL'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of yeast Ape1 and its role in autophagic vesicle formation
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Vacuolar aminopeptidase 1
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae s288c
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| molecule tags |
Hydrolase
|
| total genus |
134
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| structure length |
438
|
| sequence length |
468
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.11.22: Aminopeptidase I. |
| pdb deposition date | 2014-09-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02127 | Peptidase_M18 | Aminopeptidase I zinc metalloprotease (M18) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Aminopeptidase i, Domain 2 | Aminopeptidase i, Domain 2 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aminopeptidase | Zn peptidases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KWM A; 4UF4 A; 2FVG A; 4W9Y A; 3KAS A; 1DE4 C; 4OC3 A; 4JZ0 A; 3H8G A; 3D68 A; 4MHZ A; 1CPS A; 3IO1 A; 5D29 A; 5JH9 A; 4FBE A; 3D66 A; 1BAV A; 1RTQ A; 1PCA A; 4UEZ A; 1CP6 A; 3SJE A; 3K9T A; 3IC1 A; 3KQZ A; 2IJZ A; 2ZEH A; 3B3T A; 2ZEF A; 1QMU A; 2F7V A; 1YME A; 4NFR A; 1CBX A; 2PCU A; 1F57 A; 5ELY A; 4UEF A; 1TKJ A; 4FAI A; 6CPA A; 3KL9 A; 1FT7 A; 3SI1 A; 4NGN A; 2PJ6 A; 2RFH A; 3RAM A; 2V8G A; 5F09 A; 2IQ6 A; 1TKF A; 1LOK A; 1R43 A; 1LAN A; 1DTD A; 3V38 A; 4KSI A; 1YSJ A; 2PJ4 A; 2PJ1 A; 4IK2 A; 2JBJ A; 2ZEP A; 1VHE A; 2WYR A; 4P45 A; 2GU2 A; 2EK9 A; 4NJQ A; 2PJB A; 2Q43 A; 4PXC A; 4GM5 A; 4Z65 A; 3VAT A; 1Y7E A; 1TXR A; 2Q4Z A; 1PYT B; 2C6C A; 2HB6 A; 1QQ9 A; 3CT9 A; 3GB0 A; 1CPX A; 3NH8 A; 4R6T A; 4PXD A; 2PJ3 A; 3S9M A; 1LFW A; 3B35 A; 4OIW A; 2V77 A; 1VGY A; 5HXD A; 4PXE A; 3PRT A; 2PIY A; 4FWU A; 1AMP A; 1ELL P; 2AFO A; 3BHX A; 5LRG A; 4ZYQ A; 2ZEE A; 3WT4 A; 4MCP A; 2OOT A; 2JEW A; 4X3R A; 3FVL A; 2BCO A; 4IHM A; 2JBK A; 3D4U A; 3HLP A; 5CPA A; 3IEH A; 1LCP A; 2ABZ A; 1IY7 A; 4R76 A; 1ELM P; 4MCS A; 5CBM A; 5HVG A; 3LWU A; 3FEE A; 3FMC A; 4P6Y A; 1FNO A; 1R3N A; 3PB4 X; 4YU9 A; 4ZX8 A; 4MMO A; 2O4H A; 2PJ9 A; 3KR5 A; 3V7Z A; 4LQG A; 4B6Z A; 4ZI6 A; 3QNV A; 4OC5 A; 2CF4 A; 2V8V A; 3WC7 A; 3FF3 A; 2V8H A; 3MN8 A; 2DEA A; 2V8D A; 3GUX A; 5HVF A; 4P4E A; 3DGV A; 3PB8 X; 2PVW A; 2XEJ A; 3H8F A; 3MRU A; 2AFU A; 2Q51 A; 4NGS A; 1CG2 A; 2XEG A; 3D7D A; 2HC9 A; 3KZW A; 5DS0 A; 4TNU A; 4UIA A; 2RB7 A; 3B2Y A; 2QVP A; 1LAP A; 4A39 A; 4H2K A; 1AYE A; 3DLJ A; 4NGM A; 4DYO A; 2CTC A; 1EE3 P; 1OBR A; 1YW4 A; 2C6P A; 4P4I A; 2ZEM A; 4A94 A; 3SI2 A; 1HEE A; 2CTB A; 4ZY0 A; 4DUK A; 2ZEN A; 2WZN A; 3IFE A; 1CX8 A; 4P4B A; 3PFO A; 3TC8 A; 1VHO A; 3B3C A; 1Y0Y A; 4Q7A A; 1IGB A; 5K8O A; 1ZG8 A; 3S9N A; 1XBU A; 3FEC A; 4OC2 A; 5I4M A; 1ZG9 A; 4MRI A; 5K8P A; 3N5F A; 3B3W A; 3NFZ A; 3RBU A; 3WAB A; 4OC0 A; 4ONW A; 5LRK A; 3PBB A; 2PJ0 A; 3PB7 X; 4PPZ A; 3NH5 A; 3PB9 X; 3S9L A; 3KGQ A; 4EME A; 1BLL E; 4NGQ A; 1Z2L A; 4OC4 A; 4X2T A; 1H8L A; 2XEI A; 3WC5 A; 5J1Q A; 3JRU A; 2AFM A; 2GLJ A; 7CPA A; 2AFW A; 2EWB A; 4F8Z A; 3LMS A; 4TWE A; 4BD9 A; 3B3V A; 4PQA A; 2ANP A; 4NJR A; 4A37 A; 1CP7 A; 2CIJ A; 3CDX A; 3B7I A; 4P4D A; 5LYI A; 3NA6 A; 2BOA A; 3BI0 A; 3IIB A; 3B3S A; 3D67 A; 5JGF A; 1F2P A; 5LYD A; 4MHP A; 2NSM A; 3FH4 A; 3I1U A; 4EFD A; 4ZY1 A; 5HVH A; 5D8N A; 2C6G A; 1ZG7 A; 3PBE A; 2AFZ A; 3RZA A; 2C1C A; 4P4F A; 4NGR A; 5K8M A; 4MHN A; 4JYW A; 1Q7L A; 4MCQ A; 2QJ8 A; 1UWY A; 3D7G A; 3SJX A; 3IWW A; 4R8F A; 2GLF A; 5IB9 A; 2XEF A; 3KI9 A; 4YWY A; 2PJ5 A; 1XRY A; 4OME A; 1F2O A; 3K2K A; 2EK8 A; 2ZED A; 4DJL A; 4OID A; 4FUU A; 4NGP A; 2PJC A; 2PE3 A; 2NYQ A; 3ISX A; 3KHX A; 1XFO A; 2I3C A; 2ZOG A; 1TF9 A; 2PIZ A; 2ZEO A; 3CPA A; 3PB6 X; 3CPX A; 2ZEG A; 1XJO A; 1BPM A; 1Z5R A; 3KHZ A; 1Z8L A; 2ZOF A; 1HDU A; 2BO9 A; 3SJG A; 3NH4 A; 4R7M A; 1YW6 A; 4P10 A; 4K3N A; 2ZEL A; 4CPA A; 5K8N A; 4WWV A; 2O53 A; 4UIB A; 4A38 A; 2PJ2 A; 3PFE A; 3WC6 A; 2QYV A; 4MHY A; 4NGT A; 5THW A; 4ZY2 A; 3H8E A; 5LYF A; 3TX8 A; 1TKH A; 2PJ7 A; 3D7F A; 3SI0 A; 4P44 A; 3BI1 A; 2AFX A; 4IAV A; 2PRQ A; 1ARL A; 3FJU A; 3PEI A; 1LAM A; 1TF8 A; 3T8W A; 8CPA A; 2F8H A; 3SJF A; 3ISZ A; 2J9A A; 2IMO A; 4AXV A; 4F9U A; 4O23 A; 3VAR A; 2PJ8 A; 1ARM A; 2PJA A; 1HDQ A; 3FED A; 4F9V A; 4RUH A; 3IJ3 A; 4EWT A; 2PVV A; 4OC1 A; 1NSA A; 3D7H A; 1Y0R A; 3HUV A; 3VH9 A; 5LRJ A; 3FX6 A; 4P4J A; 1M4L A; 1ZLH A; 3L2N A; 1ZLI A; 2G9D A; 2AFS A; 1JQG A; 1XMB A; 4X8I A; 4PXB A; 4G1P A; 2POK A; 2GRE A; 1VIX A; 4ZX9 A; 5LYL A; 4OKO A; 3KQX A; 4MXU A; 1YLO A; 1BPN A; 3GLJ A; 3BXM A; 4OP4 A; 4UEE A; 2VL1 A; 4WJB A; 2OR4 A; 1GYT A; 4MCR A; 5JM6 A; 3KR4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3IU2 A; 1KWM A; 4CGN A; 4UF4 A; 1KUV A; 2FVG A; 4W9Y A; 1K4J A; 3KAS A; 1DE4 C; 4KOY A; 4JD6 A; 4YFJ A; 4OC3 A; 4B14 A; 4CAE A; 4JZ0 A; 4UWJ A; 2OZG A; 3H8G A; 3D68 A; 4MHZ A; 3SHP A; 1CPS A; 4AVA A; 3IO1 A; 3IWG A; 5D29 A; 5JH9 A; 1B87 A; 1I12 A; 4FBE A; 3D66 A; 3LAC A; 1BAV A; 4L89 A; 4BMH A; 3DDD A; 1RTQ A; 1PCA A; 2HV2 A; 4HNW B; 3D2M A; 1CP6 A; 4UEZ A; 3SJE A; 2VXK A; 2Z3K A; 3K9T A; 3IC1 A; 1GHE A; 2EO8 A; 3N7Z A; 1KUX A; 4KVX A; 5EBV A; 3SXN A; 3R95 A; 1ON0 A; 1V0C A; 3KQZ A; 1WK4 A; 4AB7 A; 4KLW A; 3G8W A; 2IJZ A; 2ZEH A; 3B3T A; 4CGO A; 4AVB A; 4OLL A; 2ZEF A; 1QMU A; 1S7N A; 1YME A; 2F7V A; 2JDD A; 4NFR A; 4F0Y A; 5BWA B; 2ARH A; 1CBX A; 2PCU A; 4CGM A; 3LD2 A; 1F57 A; 1XMT A; 3NE7 A; 5ELY A; 1MJA A; 1VHS A; 3GY9 A; 4UEF A; 1QST A; 1TKJ A; 2ZW4 A; 1XIX A; 4FAI A; 6CPA A; 3KL9 A; 1FT7 A; 2Q7S A; 3CZX A; 4R3K A; 3SI1 A; 3R1K A; 1S7F A; 2O28 A; 1XEB A; 2PJ6 A; 3C26 A; 4NGN A; 2RFH A; 4C2Z A; 2ZW5 A; 3RAM A; 2V8G A; 4K30 A; 4B5O A; 5F09 A; 1Q2Y A; 1NMT A; 2EBJ A; 4R9M A; 5F47 A; 2IQ6 A; 1TKF A; 2JDC A; 4UA3 A; 1LOK A; 3FIX A; 5A28 A; 4BIN A; 3S6G A; 1R43 A; 4LX9 A; 4FD4 A; 1LAN A; 3WR7 A; 2Q4V A; 1DTD A; 1SQH A; 2NMT A; 2DPS A; 3V38 A; 2GE3 A; 5E96 A; 4M6I A; 4KSI A; 4KOV A; 4PK3 A; 1YSJ A; 1CM0 A; 2PJ4 A; 3R9F A; 2PJ1 A; 4IK2 A; 2JBJ A; 5EC4 A; 1YK3 A; 2IL4 A; 2Q0Y A; 4CAX A; 4MJ8 A; 4ZGY B; 2A4N A; 4CYO A; 3R9G A; 2ZEP A; 1VHE A; 2WYR A; 4KUB A; 4P45 A; 4C7I A; 3CXS A; 1VKC A; 3KKW A; 2GU2 A; 2WUU A; 3RNZ A; 2EK9 A; 5G21 A; 4NJQ A; 2PJB A; 3PP9 A; 4XPD C; 2Q43 A; 3BLN A; 2R7H A; 4GM5 A; 2BL1 A; 4PXC A; 4Z65 A; 3VAT A; 4RN7 A; 1Y7E A; 4HKF A; 1TXR A; 2Q4Z A; 3PGP A; 1PYT B; 2C6C A; 2HB6 A; 1QQ9 A; 3CT9 A; 3GB0 A; 1CPX A; 3NH8 A; 2CXA A; 4CAV A; 4KOT A; 5IV0 A; 4KSA A; 4KVM E; 4R6T A; 3S6F A; 4PXD A; 2PJ3 A; 4KUA A; 2VQY A; 4KLV A; 3S9M A; 2B4D A; 4PK2 A; 1LFW A; 3FXT A; 3B35 A; 2Q7B A; 4OIW A; 1YVO A; 2V77 A; 3T9Y A; 2YND A; 1QSM A; 1VGY A; 5HXD A; 2KCW A; 5ISV A; 4PXE A; 3PRT A; 2PIY A; 2YNC A; 4FWU A; 4MFQ A; 1AMP A; 1PUA A; 4MY0 A; 3DR6 A; 1RXT A; 1ELL P; 1XOV A; 3EFA A; 3W6S A; 1PU9 A; 2AFO A; 2AE6 A; 2FIA A; 1Y7R A; 4EVY A; 3EO4 A; 4OAD A; 3BHX A; 3LOD A; 5LRG A; 4LQ6 A; 4ZYQ A; 3KR4 A; 4MFP A; 4B13 A; 4XNH B; 1I21 A; 2ZEE A; 3WT4 A; 4QC6 A; 1IOI A; 4QB9 A; 4MCP A; 1X10 A; 2OOT A; 2JEW A; 1Y9K A; 2DPT A; 5AG5 A; 2Z10 A; 4OAE A; 2ZPA A; 3FVL A; 1FY7 A; 1TIQ A; 4X3R A; 3NE8 A; 2BCO A; 2PR1 A; 4IHM A; 2JBK A; 2PDO A; 3D4U A; 1R57 A; 1YVK A; 4PV6 A; 1LRZ A; 4R3L A; 3HLP A; 5CPA A; 2I00 A; 4JJX A; 3IEH A; 4MFZ A; 1LCP A; 2ABZ A; 1IY7 A; 1S5K A; 4R76 A; 2GAN A; 1ELM P; 4CYQ A; 1P0H A; 4MCS A; 5CBM A; 2B4B A; 1M44 A; 2FSR A; 2GFQ A; 3GKR A; 3IU1 A; 1U6M A; 4PSX A; 4CYN A; 1M4I A; 5HVG A; 3W91 A; 5G22 A; 1BOB A; 3VWE A; 1IB1 E; 4B11 A; 4BBH A; 4FD5 A; 4C7H A; 3LWU A; 5AG6 A; 3FEE A; 3FMC A; 4B5P B; 3BJ8 A; 4P6Y A; 4A30 A; 3TFY A; 1FNO A; 4GS4 A; 2VI7 A; 2H5M A; 5F48 A; 3OWC A; 5IB0 A; 1R3N A; 3PB4 X; 4A32 A; 4YU9 A; 4ZX8 A; 1P4N A; 2PRB A; 2VZY A; 4MMO A; 2O4H A; 4R87 A; 3E0K A; 4ZBG A; 2PJ9 A; 3KR5 A; 3V7Z A; 4LQG A; 3DR8 A; 4H89 A; 4B6Z A; 4JXR A; 4ZI6 A; 2VEZ A; 3TO7 A; 3QNV A; 3FNC A; 4OC5 A; 4MY3 A; 2CF4 A; 2V8V A; 3WC7 A; 3FF3 A; 2V8H A; 3MN8 A; 4H6Z A; 4A31 A; 2DEA A; 2Q4Y A; 2V8D A; 3GUX A; 1IYL A; 3DSB A; 5HVF A; 2WPW A; 2ZW7 A; 4P4E A; 1S60 A; 1S7L A; 3DGV A; 1NSL A; 2CY2 A; 2PVW A; 2XEJ A; 3H8F A; 3PB8 X; 4UCP A; 1AUG A; 1Z8X A; 2AFU A; 2Q51 A; 1CG2 A; 3MRU A; 4NGS A; 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