4R95A

Bace-1 in complex with 2-(((1r,3s)-3-(((r)-4-(2-cyclohexylethyl)-2-iminio-1-methyl-5-oxoimidazolidin-4-yl)methyl)cyclohexyl)amino)quinolin-1-ium
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of potent iminoheterocycle BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r95A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4r95A02
5P0WA 2WF4A 7HVPA 5P2QA 3LZUA 5P18A 2VA6A 4I0ZA 5P7UA 5P2DA 5P65A 3ZOVA 4OD9A 5OZRA 3WZ7A 1E80E 2AOJA 2V10C 3ZKSA 3EBZA 3EC0A 1G2KA 5OZHA 3MXEA 5P7IA 5P15A 2R38A 4Y36A 5HDZA 4Y3FA 3ST5A 5DGWA 4Y5CA 1FB7A 2IS0A 3OGQA 2OAHA 5P5BA 2I4QA 3T3CA 5P0XA 1BAIA 3SA6A 5OZMA 4DJRA 5P5OA 2Q5KA 1HBVA 2AIDA 5P03A 1MIQA 4TRYA 2NPHA 3G70A 4I11A 4I0HA 4DQBA 1BV7A 3CYXA 5P0FA 1T7KA 4DQCA 4HEGA 4DJYA 2P3AA 5P6CA 5P6PA 5P8GA 1B6LA 2QAKA 5P83A 4PZXA 4YBFA 1SMRA 4CMSA 3LNKA 2JE4A 3R0YA 3OWNA 5JFPA 1HTGA 3NU4A 4Y3LA 5IS4A 4H3FA 2WL0A 4KB9A 3SKFA 4EPJA 1DIFA 4OBHA 4ER2E 5P7NA 3QBFA 2FS4A 3OOZA 4RLDA 2NNPA 4Y48A 3UPJA 5P56A 2ER9E 3HVPA 4R5NA 5P67A 4DPFA 4JPCA 4YHQA 3OU1A 4DI2A 5P3CA 5P2AA 4IVTA 3L5EA 1XE6A 5P2RA 1FKNA 3KFSA 1T7JA 4CPRA 4RZ1A 4YOAA 4FM7A 5P6GA 3U71A 2CEMA 4NJTA 1LZQA 3BGBA 5P2WA 4Z50A 2Q55A 4F74A 3U6AA 1AJVA 4KE0A 2FDEA 3K1WA 5P07A 1K6CA 5P8UA 4Y4JA 1C6XA 5P6UA 5AH6A 4FSEA 4FRJA 5P19A 1K6VA 3VYDA 1ZP8A 4QJ8A 2NMYA 4CP7A 2PC0A 1HVIA 5KR8A 1EAGA 2R43A 3OQKA 3OQAA 3OXWA 1HVSA 2JJIA 4XXSA 5P7EA 5P5FA 5P88A 4APEA 5P4FA 4RVIA 5OZ2A 1ZPAA 2A4FA 3SABA 4NPTA 4N00A 5P3JA 2WF0A 4L1AB 1D4JA 3O9DA 3OU4A 4CPQA 1FQ7A 3R4BA 3TPRA 2OHQA 4YDFA 5OZVA 3NXNA 4YOBA 3IAWA 2QHYA 2XFJA 3NDXA 3EKPA 5P63A 3KFNA 3GGXA 2FDPA 5IE1A 5P6DA 3OUDA 1TCWA 5P8MA 4Y3ZA 2I4WA 2EWYA 3SM1A 1LF2A 3URIA 2J9JB 4DFGA 1PFZA 3VUCA 3WB5A 1AIDA 3EL0A 4I0EA 1QBUA 2V12C 1HPOA 5P1HA 4YDGA 5P6XA 1F7AA 3FV3A 5P7LA 3QS1A 3PHVA 4DJVA 1J71A 4J0VA 4Y3EA 1B6MA 4EJKA 3HBOA 2QZKA 2VJ9A 5AGZA 4DPIA 3APPA 4Y5MA 4R95A 4EJ8A 3NWXA 1YG9A 5P1RA 5P71A 4PEPA 1PROA 5P20A 3O9AA 1BDLA 2P8HA 3G72A 3EL4A 2XFKA 5P0SA 3DV1A 2Q63A 1ZLFA 3PEPA 5BRYA 4YD3A 3D91A 1D4YA 5P1DA 2Q64A 5DGUA 1FQ5A 5P47A 1GVVA 3CKPA 4RGHA 4U8WA 1M0BA 5P3KA 5P5KA 1C70A 4Y4ZA 5P77A 4M8YA 5P8AA 3LIXA 5P2OA 2G22A 3DCKA 1EPQE 4DVFA 5P81A 3KF0A 4AZYA 2BPXA 1HIVA 4OBDA 4J1KA 4L7HA 1FG8C 2QNNA 3L59A 5P29A 5P4ZA 4J17A 5OYVA 1K1UA 5P8TA 5P2NA 3K4VC 2QD8A 5P5LA 2JYSA 3INEA 5P7JA 5P1LA 4XKXA 3PLLA 4J0TA 4COEA 8HVPA 4J1EA 3NDUA 4D89A 2HPFA 2G94A 4MC9A 1SDTA 3C9XA 4K8SA 5OZSA 1WBKA 3IXKA 4OBJA 2O4PA 4J0ZA 1MUIA 3O9FA 1PPME 3INHA 5P10A 4F76A 1UH7A 1RQ9A 4GJ7A 4B78A 1FQ8A 4Y3XA 1ZJ7A 5P72A 5P13A 2R3TA 3MWSA 4FAFA 5P3XA 2VNMA 2QMGA 5P2BA 5AHAA 3UQRA 3HVGA 5P0EA 5P4YA 4ZPFA 5AHCA 2QI3A 3ZL7A 3NUOA 5DQ4A 1W5VA 5P6YA 4U7QA 3NDTA 2FMBA 5P85A 3UTLA 2QP8A 5P5XA 1B5FB 1HHPA 4OBGA 4OD9B 5APRE 3ZMGA 5P7WA 2BPYA 4DJOA 5OZ5A 5P0CA 1HTRB 2ER7E 1D4LA 3UDQA 5ISKA 4J1IA 1YTGA 5P8VA 4EXGA 5P0AA 5P46A 2AVMA 5P0ZA 3NU9A 5DQ5A 1QDMA 5ENMA 1ZAPA 1E82E 3QN8A 1OEXA 5P0VA 1ODXA 4HDBA 2WEZA 3NXEA 5P75A 1XL5A 3B7VA 4Y4AA 5P4NA 2G1OA 3ECGA 5OYTA 5P76A 5B18A 5OZYA 3WSJA 2NTRA 5P2JA 5P32A 2F3KA 5JODA 1IDAA 3T6IA 5P6FA 5P3TA 4OBKA 2WKZA 1SGUA 3FIVA 1CPIA 4LXKA 2F81A 3VSXA 3OY4A 5P7FA 1GVXA 1BDQA 1Z8CA 4FL8A 4WY1A 5P4RA 1HVRA 2I4XA 1LV1A 5IVTA 4L1AA 5P26A 2VJ6A 3O9BA 5OYWA 5P6QA 2BPVA 5I70A 2RKGA 2V00A 5OZOA 3VG1A 5OYUA 2WEAA 5P52A 1PPKE 4Y5PA 5P0IA 3GGVA 1D4HA 1B6JA 4BELA 2VIJA 1QRPE 3IXJA 3PCWA 5HDXA 2J9JA 1FFIC 4Q1XA 2QI6A 5P3HA 7UPJA 5P5GA 2WF3A 5P3BA 4ZSMA 1HIHA 1ODYA 3ZKXA 2VS2A 2I0DA 5P2FA 4DJPA 3HD8A 5P24A 4WY6A 5P02A 2AOFA 2R9BA 1ZSFA 3B80A 4YE3A 5P57A 1YX9A 3MXDA 3QRMA 4Y4DA 3LPIA 1FIVA 2AVSA 4FS4A 5DQCA 5P4XA 1YTIA 2BKTA 4H1EA 2HPEA 5P8PA 2P3BB 4Y38A 2OHKA 1BDRA 5P82A 4Y3DA 3IGBA 2G20A 4GJ5A 3OOTA 5OZ8A 4B72A 4JECA 2PMAA 5I3YA 5P7RA 5KR0A 5HD0A 3GI0A 5OZ0A 3PVKA 5I3WA 4LL3A 1ZPKA 1EPLE 1OEWA 4Z4XA 1TQFA 3S7MA 5KQFA 3OU4B 5P49A 1XS7D 2BPZA 3D20A 2AODA 2NXLA 4YCYA 5P5ZA 3QBHA 3DJKA 4FCOA 5P6KA 3S2OA 1HVJA 4Y41A 2IKUA 5P3QA 3EM6A 5DR8A 1PSOE 5P4QA 5P7YA 5P0UA 3TOFA 1LYBB 1W5WA 1K6PA 3PWWA 3VLAA 3VV8A 2ZJNA 5P6VA 3UQPA 2FGVA 4J0YA 3KT2A 3QROA 4B1DA 5P58A 2CENA 5IVSA 2B42A 5P84A 3I7EA 3TKWA 3VFBA 3S85A 3RSVA 3TPLA 4GJBA 4Y3RA 3IN3A 1BIMA 5OZ4A 1IIQA 3VV6A 3OTSA 2P3CA 4Y47A 4F75A 3LIZA 5AHBA 5AH9A 3D1YA 5HCTA 3S54A 4U7VA 5P4KA 4DH6A 1KJ7A 4NKKA 5KOSA 5P8KA 3OTYA 4K4QA 4Y3HA 1QBRA 5P36A 5P55A 3URJA 5DQ1A 3LHGA 5P1XA 3D1ZA 4HVPA 4LP9A 1SIPA 2R3WA 5P4WA 5P8JA 4D88A 1B5FA 3DK1A 2PYNA 5P34A 4I0DA 5JG1A 4K4PA 4Y57A 3Q3TA 3ZKQA 3OUBA 5KAOA 1HWRA 2G1YA 3TLHA 5OZEA 2FNTA 3PRSA 1TSQA 3CMSA 4Y3TA 1HPXA 1MT7A 1HSGA 3SACA 2O40A 4Y5AA 5JFUA 1LYWA 3K5CA 3LZVA 5COKA 4A6CA 5EZXA 1EBYA 2HS1A 2QU2A 3QIHA 5P8FA 1BVGA 5OZPA 5P1GA 1KJFA 1WKRA 1VIJA 3OQFA 5DR4A 5P43A 3O9IA 5P1ZA 4JPEA 1FQXA 3KMXA 2J9KA 5P1PA 5P38A 1MTRA 3D3TA 4EXHA 3NU5A 1B6PA 5EZZA 1BWBA 5P0GA 4ZIPA 5P2TA 4DJQA 4F73A 3IN4A 3EKVA 3CICA 5OZIA 5P79A 2ZJLA 4Y39A 5OYZA 2AZ9A 5P4IA 5P8RA 1A8GA 1GKTA 5P6WA 1LEEA 5P35A 3S43B 4EP3A 1XDHA 4OC6B 2MIPA 4B05A 5OZ3A 3UQUA 3ZKGA 1BBSA 1META 3JVWA 3QVCA 3Q4BA 2B7ZA 3KDCA 1KZKA 5F01A 5OZ1A 1IZIA 1EBKC 3L3AA 5P4UA 2OHPA 1G6LA 4ACXA 3M9FA 4J1CA 3LPKA 5PEPA 2ZJJA 4Y4GA 4D8CA 2V11C 1D4IA 3PWRA 4B00A 2QD6A 1A8KA 2IEOA 5CLMA 5SZ9A 4RVXA 5P1CA 2FXDA 5HVPA 5P3PA 4XX4A 4FM6A 5P7AA 3G6ZA 4JOOA 2P3BA 4EYRA 5OZGA 3PI0A 5P06A 4J1FA 5P04A 1UH8A 5P8DA 2QNQA 2O4SA 5TOLA 4Y51A 5P44A 2AVQA 2XYFA 2NMZA 3KN0A 5P5VA 2AOHA 5P4TA 3HLOA 1W6IA 1T6EX 3UQXA 4X7IA 3ZLQA 3T7QA 3LITA 2AQUA 3TOGA 5P66A 3CYWA 4NPUA 5P3VA 4ZPEA 2WJOA 1LYBA 5P39A 3LZYA 2AOIA 5P5UA 3GGUA 3EL9A 4PHVA 1PPLE 4DQGA 3PCZA 3TH9A 5HE7A 3SQFA 4I0FA 5P1OA 4ACUA 2RENA 5SY2A 5P2UA 5P8QA 4NJUA 1SMEA 1AAQA 4FAEA 4B1EA 5P7ZA 3O9CA 3OQ7A 5P0TA 5P28A 2O4KA 5P1FA 4Y37A 1AM5A 1LF4A 1B11A 1TSUA 4K4RA 2G69A 2QZXA 4GJ8A 3KDDA 4RCEA 1TW7A 3SAAA 4CPTA 5P1BA 1RV7A 3KYRA 4ZLSA 5P3MA 3UDPA 5P6LA 4ZPGA 5P5TA 3SFCA 1ENTE 3EL1A 3PLDA 4I0JA 4APRE 4Y5BA 5P0BA 4DJXA 3KT5A 5P5CA 1QS8A 3FNSA 4QJ9A 2PH8A 3NDWA 2P83A 1SH9A 5DQ2A 3SO9A 2B8LA 3R0WA 4TRZA 3KFRA 5P1UA 4Y4WA 2ZJMA 5P0NA 5P5IA 3UDRA 1IZHA 5HU1A 5ER2E 3OUAA 1M43A 2HIZA 4LHHA 3GGAA 3KFPA 4FE6A 4TRWA 5OZLA 3QPJA 3MSKA 3MSLA 5P2VA 4OBZB 5P5MA 5ENKA 5P37A 5IVRA 5P7SA 4CPUA 5OZDA 2QNPA 4EJDA 4I8WA 3DUYA 4XX3A 5P80A 2ZJKA 5P4HA 2AZBA 4BFBA 5P73A 3L38A 5P4PA 2G21A 3RTNA 1FF0C 4MC2A 3UDYA 3BXRA 3HAUA 5E5JA 5OYRA 4AMTA 3FSMA 3S53A 3PM4A 5P64A 5P1SA 4RRNA 1Q9PA 3TKGA 4QLHA 5P3ZA 1QBSA 2JJJA 2ZDZA 5P3OA 5P7DA 5P7QA 4ER1E 3NUJA 4ZSQA 3RSXA 4CPXA 3PBZA 4Y5NA 1W6HA 3CKTA 2FGUA 3S43A 2QMDA 3BVBA 2RKFA 5P31A 5OYXA 5P53A 3LPJA 1EBWA 5P62A 4OC6A 4FIVA 5P3IA 3I6OA 5P5WA 5HU0A 5E5KA 3DCRA 2B7FA 3ER3E 3NYGA 3VF5A 4GJAA 1XE5A 3PSUA 3VYFA 3VF3A 4ER4E 1KJ4A 4QJ2A 3I25A 1TZSA 1CZIE 4Y3SA 5P22A 3UF3A 2F3EA 3INDA 2BBBA 3AIDA 1KJHA 1LYWB 2QHCA 3NWQA 1DP5A 3JW2A 4Y35A 2ANLA 4Q1WA 5P41A 4Y4UA 1EPPE 5P6SA 5P4CA 2I4DA 5KQXA 1WBMA 3APRE 3T7XA 5P7HA 2PSGA 1BWAA 1EPOE 2OHRA 3BUHA 3CIBA 5P1JA 5F00A 1T7IA 1LYAA 4NJVA 3K5DA 4R92A 5P5EA 4Y6MA 1FGCC 3CKRA 3S45A 2G27A 3PBDA 3WZ8A 5P61A 1SBGA 5P27A 4YCKA 5P6OA 5COPA 5P5RA 5P3GA 1MT9A 1T3RA 2NXDA 2NXMA 4I10A 9HVPA 5ISJA 3L5FA 1AZ5A 3L5BA 2QMFA 3PGIA 5P74A 1BVEA 5OZJA 4Y3JA 2F3FA 3HAWA 5P1QA 5P6HA 3BUGA 5P2MA 1HPVA 5P14A 3O9GA 3TTPA 2WECA 4Y4EA 1FMXA 1VIKA 4H3JA 1PSNA 1YT9A 2PWCA 4Y4XA 2V16C 5P5QA 2QMPA 1GVUA 3F9QA 4DUSA 2ZHRA 3PWMA 5P4MA 2UY0A 5DR1A 2PYMA 2QI5A 5DPZA 1HIIA 1MTBA 3DOXA 2IENA 2VIEA 1G35A 3PB5A 5AH8A 4Y3NA 2VIZA 3TOHA 2HC0A 3PSGA 4WTUA 2QI1A 4LBTA 4Y50A 5BWYA 4E43A 2QU3A 5P0KA 1NPVA 1UH9A 2P4JA 1A94A 1IVPA 5P5AA 4YD5A 2BKSA 5OZXA 3NU6A 2WEBA 2HAHA 5P7BA 5P2SA 3Q6YA 2AVOA 3L58A 4L7JA 3TNEA 5P7OA 3BGCA 2AVVA 1MSMA 4L7GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0W A;  2WF4 A;  7HVP A;  5P2Q A;  3LZU A;  5P18 A;  2VA6 A;  4I0Z A;  5P7U A;  5P2D A;  5P65 A;  3ZOV A;  4OD9 A;  5OZR A;  3WZ7 A;  1E80 E;  2AOJ A;  2V10 C;  3ZKS A;  3EBZ A;  3EC0 A;  1G2K A;  5OZH A;  3MXE A;  5P7I A;  5P15 A;  2R38 A;  4Y36 A;  5HDZ A;  4Y3F A;  3ST5 A;  5DGW A;  4Y5C A;  1FB7 A;  2IS0 A;  3OGQ A;  2OAH A;  5P5B A;  2I4Q A;  3T3C A;  5P0X A;  1BAI A;  3SA6 A;  5OZM A;  4DJR A;  5P5O A;  2Q5K A;  1HBV A;  2AID A;  5P03 A;  1MIQ A;  4TRY A;  2NPH A;  3G70 A;  4I11 A;  4I0H A;  4DQB A;  1BV7 A;  3CYX A;  5P0F A;  1T7K A;  4DQC A;  4HEG A;  4DJY A;  2P3A A;  5P6C A;  5P6P A;  5P8G A;  1B6L A;  2QAK A;  5P83 A;  4PZX A;  4YBF A;  1SMR A;  4CMS A;  3LNK A;  2JE4 A;  3R0Y A;  3OWN A;  5JFP A;  1HTG A;  3NU4 A;  4Y3L A;  5IS4 A;  4H3F A;  2WL0 A;  4KB9 A;  3SKF A;  4EPJ A;  1DIF A;  4OBH A;  4ER2 E;  5P7N A;  3QBF A;  2FS4 A;  3OOZ A;  4RLD A;  2NNP A;  4Y48 A;  3UPJ A;  5P56 A;  2ER9 E;  3HVP A;  4R5N A;  5P67 A;  4DPF A;  4JPC A;  4YHQ A;  3OU1 A;  4DI2 A;  5P3C A;  5P2A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5P1N A;  1AJX A;  3HW1 A;  4GJD A;  2FXE A;  5P8I A;  1NH0 A;  5P0Q A;  2WHH A;  6FIV A;  3Q70 A;  4Y3M A;  2ZGA A;  2AOC A;  2BJU A;  1EED P;  3OU1 B;  2AOE A;  5P5P A;  3VF7 A;  5P0H A;  4ZEA A;  4CPW A;  4B0Q A;  3OU3 A;  5P4L A;  5P3S A;  3CID A;  2IDW A;  2RMP A;  3VEU A;  3SA8 A;  4AUC A;  1GVW A;  1HVC A;  1EC0 A;  3IA9 A;  1Z1R A;  1PSA A;  1ODW A;  3OXX A;  4HLA A;  3SPK A;  3WZ6 A;  3BHE A;  5OZZ A;  1IVQ A;  2OHS A;  4GJ9 A;  3VCM A;  2ASI A;  2VNN A;  4GJC A;  4Y4T A;  5OYS A;  5IVQ A;  5HDU A;  5OYQ A;  2H6S A;  4MC6 A;  5P89 A;  4I1C A;  4DV9 A;  3N3I A;  5HE4 A;  3UFL A;  1HXW A;  1RNE A;  2ZYE A;  4J54 A;  1FMB A;  1BXO A;  5P59 A;  1UPJ A;  2Z54 A;  5KQY A;  5P78 A;  2VKM A;  3NR6 A;  1HVL A;  3H0B A;  4FSL A;  2VA7 A;  3RTH A;  3HZC A;  2IGY A;  1N49 A;  5P3F A;  2PSV A;  3OK9 A;  2AZC A;  4TVH A;  5OYY A;  4ZE6 A;  4FRI A;  5P4V A;  3ZKI A;  2IRZ A;  3H5B A;  1MSN A;  5P4J A;  3SA4 A;  3KM4 A;  3EM3 A;  2I4U A;  2QI4 A;  4Y58 A;  2R5Q A;  3UHL A;  2HM1 A;  5P69 A;  3OUD B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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