4RCEA

Crystal structure of bace1 in complex with aminooxazoline xanthene inhibitor 2
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
387
structure length
364
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Lead Optimization and Modulation of hERG Activity in a Series of Aminooxazoline Xanthene beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme (BACE1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 364
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4rceA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4rceA02
1MESA 4CKUA 2AOHA 3IN3A 2OHMA 2I4UA 5KOSA 3BUFA 4EP2A 1B6MA 4OC6A 1KZKA 3RVIA 4DUSA 3OHHA 1MT7A 2XFJA 3DCRA 3EKYA 4KUPA 5P3BA 5IVRA 5F00A 1T6EX 5P05A 2I4WA 5P58A 3PSGA 5DGWA 5P02A 1QBTA 5COPA 1HIHA 2QMDA 1ZAPA 2FXEA 5P4VA 5OZYA 2F80A 2Q11A 5HCOA 5P2FA 1MERA 3NU3A 5P5IA 5EZZA 5KR0A 5P70A 2FNTA 5P1CA 2G21A 1LZQA 3CYXA 2P8HA 3UDYA 1HPOA 2UY0A 4TRWA 4GJ5A 4APEA 3NU5A 5P4CA 5P4PA 1IZDA 2AOEA 4L7HA 3S7MA 2G24A 3INFA 4Y3PA 2G1OA 1EPRE 5JG1A 5P4HA 4Y58A 1M4HA 5P67A 2PK5A 3PMUA 2VKMA 3FX5A 1KJHA 2QHZA 5P4RA 5P1BA 1HSIA 4H3JA 5P5GA 4J54A 5P76A 2F3FA 4FCOA 4R8YA 3IGBA 5OZJA 2PYNA 1T6GA 1ME6A 5P35A 4D8CA 3SA8A 5P5YA 6FIVA 5OZQA 4Z22A 5P4BA 1G2KA 4FM6A 2WHHA 5HTZA 3VF5A 2HPFA 1EC1A 4HDPA 2QZWA 4FM8A 5P3DA 5HCTA 1HVLA 3BC4A 4GJDA 4LBTA 4Y43A 3QRVA 4FL8A 3KM4A 3O9LB 2OF0A 5P3CA 1TSQA 5P7OA 3VG1A 3Q3TA 5P2QA 2QZXA 5OZNA 2APRA 3NXEA 1ODXA 5OZUA 3OXXA 3O9BA 5P3PA 3ECGA 5P6WA 5P0SA 4N00A 5P3SA 3CICA 5P7WA 5OZ5A 4DI2A 3HVPA 3S53A 3FIVA 5P6PA 1HRNA 1BVEA 2RKGA 3D3TA 3OUDA 3BVAA 3PCZA 5P7FA 4YBFA 2AVOA 5AHAA 4Y5MA 3PBZA 4ZEAA 3MXDA 3VEUA 2WF4A 2IEOA 2Q63A 1ZP8A 3EKVA 2SAMA 2XFIA 4I0EA 3VF7A 3OXWA 2IQGA 4ER2E 5P68A 4TVGA 4FSEA 4QJ7A 1ER8E 4DJYA 4D85A 4M8YA 3EM4A 3LPJA 4J17A 3ZKNA 5P3EA 3EL9A 2HB3A 1GNMA 5P5DA 5P46A 5OYYA 3ZKGA 5P6XA 4CP7A 2R9BA 2PYMA 4Z2ZA 3OUBA 5P1KA 5P6QA 1Q9PA 1HVJA 5P0WA 5P48A 5P7RA 2HM1A 2B42A 3D20A 5P6KA 5P2HA 1EC2A 4QJ9A 5P7NA 5P1QA 3UDRA 2OHPA 2QI4A 1IZEA 2FXDA 2VJ7A 3SM2A 5P5LA 4A6CA 1BVGA 5P7AA 3VF3A 3UDPA 2O4NA 5P22A 3OXVA 1VIJA 5P0VA 3NXNA 3LZYA 4BEKA 3JVWA 3DV1A 2IENA 4GJBA 3SABA 5OZEA 4PZWA 5P0KA 5P2KA 4R92A 4EP3A 4ZSRA 4EQ0A 5P31A 1TCWA 2QMFA 5P3WA 4Z50A 1EEDP 2VIJA 1Z1HA 3BXRA 4Y3HA 5P49A 2FS4A 1E82E 5P5WA 5IVQA 3T11A 5P2OA 1N49A 2AZ9A 3EL4A 1ODWA 5UPJA 2R3TA 1FQ5A 5P6DA 2J9JB 1HEFE 2NXDA 1XDHA 2QZLA 4RYCA 1HTFA 1AVFA 5OYQA 1LV1A 4QLHA 3G72A 5P5UA 5P15A 5OZCA 1G6LA 5HDXA 4X2LA 4DQEA 4K4RA 2FNSA 4AZYA 3NDUA 1FQ6A 5AH8A 2BJUA 4PZXA 5P0LA 1GVXA 3ER3E 5P6HA 2NXMA 4DQGA 2ANLA 4LC7A 3KYRA 2P83A 4XX4A 4EWOA 1HXBA 5P1NA 5P2NA 1K6TA 3K5CA 5P7SA 3UHLA 4DQBA 5P25A 4DJOA 3VUCA 3SKFA 5P3KA 5P1EA 1IBQA 1SGUA 4Y36A 5AH6A 3DOXA 1EPQE 2FGVA 4QJ2A 2BB9A 2NMZA 5P26A 1XL5A 3RSXA 3T6IA 5DR7A 4FM7A 5P4JA 5P0JA 3FKTA 5P04A 2G1SA 1E81E 2JXRA 3ZPSA 5AGZA 4GIDA 5P6FA 4YCKA 4B1DA 1META 1FEJC 2WECA 1HPXA 2ER6E 5P8DA 1LYWB 5KQZA 4DJRA 2AOFA 3TOFA 2XYEA 4IVSA 3I7EA 5P7TA 1SMEA 5P8LA 5IS4A 1MEUA 1TQFA 3VCMA 3KMYA 2PSVA 4H3FA 3PWMA 5P77A 5P01A 2ZJMA 3PBDA 2IKOA 4YD5A 1EPLE 1KJ4A 3NUOA 5P17A 4Y5EA 5DR8A 3R0YA 5IVTA 3PEPA 3PMYA 1GVUA 3KN0A 5P0RA 3QS1A 2ZYEA 3U7SA 4DPIA 3BUGA 4QJ8A 5P13A 3WZ8A 4XX3A 4FRJA 4LXAA 2Q55A 2QHCA 2PMAA 5BWYA 5ENMA 2WJOA 3OQFA 3SPKA 3APPA 3DV5A 2VIYA 4LHHA 5P4DA 5ISJA 4Y57A 1MPPA 1AM5A 5P7JA 2OHQA 2BPZA 4I1CA 4GYEA 3OQAA 4RCEA 5HD0A 5OYSA 3FNSA 3SA5A 5P3YA 5P6LA 4U7QA 2BKTA 3VFAA 3NUJA 2NNPA 4BFDA 2OHUA 3VLBA 4OBGA 1ZJ7A 1B6JA 5P3OA 4Q1YA 5OZLA 4NKKA 3OHFA 2I0DA 1MT9A 3NWQA 3ZOVA 2QNNA 1M0BA 4K9HA 2PK6A 2QNPA 4I0JA 5P7BA 3UDKA 2BQVA 3PGIA 5OZDA 1SBGA 2PC0A 5P0QA 4MC2A 4RLDA 2QD7A 2ZHUA 5JFPA 1MRXA 2PWRA 3G70A 2HS2A 4R93A 3L5CA 5P27A 2QU2A 5P6UA 1HOSA 3EKPA 1HVSA 1JLDA 1CMSA 3GI4A 3UF3A 1LYBA 4YCYA 3UCBA 1MSMA 3DCKA 1BBSA 1XN3A 4J0PA 1APVE 2V13A 4Y9WA 5OZ0A 4NPUA 5P8PA 1GVWA 1K2BA 2O4LA 5DR0A 5P7KA 5P2AA 4Y4BA 5OZGA 2WF1A 1EPOE 3S45A 1OEXA 4OBZB 4DPFA 4J1KA 3HZCA 3L5EA 4F75A 5P59A 5P1RA 5P4GA 3OY4A 2VS2A 1TSUA 2PQZA 5OZPA 2VIZA 3QI1A 4Y5PA 4B1EA 3JW2A 3D1YA 3SFCA 1LYWA 4LP9A 2R38A 2ZHVA 3ZL7A 3KMXA 3OXCA 5J25A 5CONA 2QD6A 3OTYA 5P2VA 3UQPA 3OU1B 2NTRA 3Q5HA 3TOGA 1PFZA 4Y4WA 1AXAA 5P2EA 5P1WA 2I4XA 5I3YA 3RU1A 4FE6A 5OZ7A 3CKRA 4Y6MA 4EYRA 3KT2A 1LF4A 5P2ZA 4H3GA 3K5GA 3BHEA 2Q5KA 5P57A 2ZHSA 5P2CA 4RVIA 4Y3XA 2O4SA 5P00A 3RTMA 5P5VA 5P34A 5OYRA 4L7JA 4B70A 1LS5A 3PJ6A 5P1JA 1SDTA 4YE3A 5P5BA 5P3GA 3OGPA 4B05A 2NNKA 1EBWA 3U6AA 5P83A 2R43A 1B5FA 5P4WA 4DQCA 5HDZA 2OHKA 4DQHA 4I10A 4CPSA 4GJ6A 1FG6C 4WY1A 5P53A 5PEPA 2H6SA 3MWSA 1EPNE 4I0IA 3BVBA 2ZJIA 4WY6A 1MTRA 5P2BA 5P8RA 3MSKA 4A4QA 4H3IA 5P3NA 5P86A 5P4FA 3TTPA 5P3UA 5P6AA 2VA5A 5P5EA 4I0ZA 3TL9A 5B18A 5IE1A 3QROA 4U7VA 3T7QA 3BUHA 4DFGA 4Y3NA 5P07A 3UDHA 4MC6A 4H1EA 1DMPA 3QP0A 3BGCA 4CPTA 1EC3A 1XL2A 2HB4A 4HZTA 5OZBA 1Z1RA 5P81A 2RENA 3PLDA 5OZIA 3OADB 4D89A 4OBKA 8HVPA 4PEPA 3ZKXA 3S2OA 2P3BA 1NSOA 2VJ9A 5OZ8A 3PRSA 5P45A 3QRMA 3LIQA 4R91A 3B80A 1ZSRA 5P2RA 5P3MA 4ZPFA 3SA7A 2Q3KA 1K6CA 2IL2A 1IIQA 1W6HA 3KDBA 5P3AA 5ER2E 2Q15A 4YD4A 2QHYA 3HBOA 1PPKE 2VNMA 3LIVA 4XKXA 4Y4TA 1YX9A 3OUAA 4Y3LA 3I8WA 2WEZA 5P1HA 4HVPA 5P4AA 1HVHA 1K2CA 5P62A 1SGZA 5KQYA 3PI5A 5P5KA 3PSYA 4ZPEA 1B11A 3ER5E 4Y4GA 3PLLA 4CPXA 4Y39A 5OYVA 3OU1A 3FV3A 5T4SA 3OAGA 5P7LA 2OHLA 1W5WA 4Y4EA 4DJPA 1BWBA 2AVVA 5P0TA 1UH7A 3T7PA 5P1TA 4L6BA 4Y48A 5P3QA 2B7FA 1KJGA 2AOJA 2ER7E 1YM2A 1FQ4A 3INEA 4GZFA 3VSWA 2FIVA 3SA4A 3QBHA 4DVFA 5P4NA 5OZ4A 4HA5A 4XXSA 1XE5A 1MSNA 3UDJA 2IKUA 4FIVA 5P6GA 4R95A 5SZ9A 5SY2A 5P3XA 1YTHA 5P8SA 5P79A 5EZXA 1LF3A 3UQUA 2I0AA 3IVIA 4QJAA 5P60A 3OK9A 5P03A 3IA9A 2ZE1A 5P2IA 3ST5A 3O9AA 3EXOA 5P0PA 1PSOE 1HPSA 1BAIA 5P20A 4Y5AA 1BXOA 2OHRA 4EJLA 5P7CA 3LPKA 4IVTA 2MIPA 2ZJNA 1D4SA 2WL0A 2ZHRA 5P32A 1A9MA 5P4UA 1QS8A 1RV7A 5P1FA 4MC1A 3VLAA 5HU0A 4APRE 5P56A 1M43A 5P65A 1E80E 4FS4A 4PPHA 3KF0A 4KB9A 2AODA 5AH9A 3KFNA 3GGAA 3H0BA 5P30A 5P8MA 3APRE 5P5FA 2VIEA 5P10A 5DPZA 2QI0A 4J55A 5P61A 1HPVA 2QZKA 3A2OA 5P0HA 4B1CA 4LXMA 3B7VA 4GJ9A 5P8UA 3EL0A 1MUIA 3KA2A 3TPLA 3OADA 3OOZA 5OZAA 4L1AB 3SA3A 2BKSA 2Q54A 2QD8A 4RRSA 4GJCA 4DJVA 1W50A 3NDWA 1EC0A 5P3ZA 3K4VA 1K6PA 5OYXA 5P7UA 2G26A 4RGHA 4YA8A 5P7YA 2P3AA 5P5CA 3RSVA 1FQ8A 1ZPAA 1A30A 3NDTA 2NXLA 2WEAA 2QI5A 1HIIA 2WKZA 5P0OA 5C9BA 2BBBA 3HD8A 1FMBA 2HAHA 2Z54A 1EAGA 5FIVA 3O9LA 2AVMA 1F34A 5OZMA 5P8JA 1FLHA 5P4IA 3RTNA 1XE6A 5P8NA 5P1UA 3PM4A 1W51A 4YHQA 1MT8A 5P51A 4YD6A 2AZCA 1HSHA 1B6KA 2BPVA 4GJAA 2QP8A 5P8KA 2UXZA 5P2WA 4I0GA 4Y3TA 5DQ5A 1BV9A 5P74A 4ZE6A 2F81A 1PPME 4ZLSA 4Y35A 5I3XA 1HWRA 2V00A 3Q6YA 5OZ3A 4OD9B 4Y56A 5P5NA 5P4XA 5P09A 4FSLA 1A94A 5P5TA 1HVKA 5OYWA 4YOAA 2OHTA 3GGXA 5KAOA 4NJVA 1DAZC 4Y3GA 5P4YA 1HVRA 1SMRA 4Y4ZA 3LHGA 1OD1A 5SXNA 1K1TA 4RVXA 1APTE 3LZVA 2VA7A 4DH6A 2BPWA 3SM1A 3KDCA 3WZ6A 4NJUA 3LPIA 3D1ZA 4PHVA 5P6IA 5OZZA 4EPJA 4R5NA 5DGUA 4AUCA 3I6OA 3NDXA 1FKNA 5P36A 2AQUA 5P40A 3S43B 4EJDA 2PWCA 1IDBA 3UDNA 3CMSA 3GI0A 2FLEA 1W5XA 5P4ZA 4CPRA 3QN8A 3VYFA 5P1MA 5P80A 5P7EA 1WKRA 2ZDZA 3C9XA 5DR1A 2F3EA 2R5QA 5P7XA 3VYEA 4RYGA 3O9FA 1GKTA 2Q64A 5HDUA 5P7ZA 3OU4B 3NR6A 3SA9A 1QDMA 4EJ8A 5COOA 5P11A 5AHCA 4ACXA 4Y3ZA 5P6TA 5P47A 3OTSA 2J9JA 5P4MA 3QBFA 3O9HA 2P3CA 5HE5A 1C6YA 5P8VA 4K4QA 4OC6B 3O9CA 1D4KA 1YTJA 1E5OE 2BPYA 3LZSA 3EKXA 5OYZA 1YTIA 1AAQA 4F76A 1BDRA 2F8GA 4Y3FA 5KR2A 3K5FA 2G94A 5HVPA 1IVPA 5OZFA 3OWNA 2R8NA 3INHA 4FLGA 3HAUA 2ZJJA 1IZHA 2JE4A 4COEA 2AOCA 4KE0A 2P4JA 3ZKSA 5P1VA 5P5PA 5P1XA 1FF0C 2P3DA 3LINA 5P7MA 1UH9A 1SIPA 3CIDA 4JP9A 1ODYA 5P43A 1AJXA 4BELA 2AZBA 3TPPA 5P5QA 5P33A 5P2JA 4CPQA 4K8SA 4GMIA 3GGVA 2ZHTA 3CIBA 3WZ7A 4BFBA 2QNQA 5I3WA 5OYUA 1LEEA 5P7GA 4LXKA 4I8WA 4UPJA 3URJA 2QI3A 4MC9A 1HXWA 3UDMA 3TKGA 3QPJA 2O4PA 5COKA 5P0DA 2R5PA 5P5AA 1ZPKA 5P8EA 4Y4DA 4GJ8A 5P6ZA 1RNEA 1KJFA 3HVGA 5DQ4A 4B78A 2V0ZC 4Y50A 5P0ZA 1ZLFA 1PSAA 3O99A 2V11C 3T3CA 4PYVA 4GB2A 4YOBA 1W5VA 3NYGA 3OQ7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MES A;  4CKU A;  2AOH A;  3IN3 A;  2OHM A;  2I4U A;  5KOS A;  3BUF A;  4EP2 A;  1B6M A;  4OC6 A;  1KZK A;  3RVI A;  4DUS A;  3OHH A;  1MT7 A;  2XFJ A;  3DCR A;  3EKY A;  4KUP A;  5P3B A;  5IVR A;  5F00 A;  1T6E X;  5P05 A;  2I4W A;  5P58 A;  3PSG A;  5DGW A;  5P02 A;  1QBT A;  5COP A;  1HIH A;  2QMD A;  1ZAP A;  2FXE A;  5P4V A;  5OZY A;  2F80 A;  2Q11 A;  5HCO A;  5P2F A;  1MER A;  3NU3 A;  5P5I A;  5EZZ A;  5KR0 A;  5P70 A;  2FNT A;  5P1C A;  2G21 A;  1LZQ A;  3CYX A;  2P8H A;  3UDY A;  1HPO A;  2UY0 A;  4TRW A;  4GJ5 A;  4APE A;  3NU5 A;  5P4C A;  5P4P A;  1IZD A;  2AOE A;  4L7H A;  3S7M A;  2G24 A;  3INF A;  4Y3P A;  2G1O A;  1EPR E;  5JG1 A;  5P4H A;  4Y58 A;  1M4H A;  5P67 A;  2PK5 A;  3PMU A;  2VKM A;  3FX5 A;  1KJH A;  2QHZ A;  5P4R A;  5P1B A;  1HSI A;  4H3J A;  5P5G A;  4J54 A;  5P76 A;  2F3F A;  4FCO A;  4R8Y A;  3IGB A;  5OZJ A;  2PYN A;  1T6G A;  1ME6 A;  5P35 A;  4D8C A;  3SA8 A;  5P5Y A;  6FIV A;  5OZQ A;  4Z22 A;  5P4B A;  1G2K A;  4FM6 A;  2WHH A;  5HTZ A;  3VF5 A;  2HPF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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