4RDSA

Lysozyme crystallized with red food coloring dye
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Lysozyme crystallized with red food coloring dye.
rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4rdsA00
1C43A 1LMPA 1GF7A 3HFMY 4ETAA 1BB4A 2MEAA 2YBIA 1WQPA 1IR9A 3AW6A 3WH1A 1QSAA 2Z18A 1LJJA 1RE2A 2WARA 1UIBA 4KL7A 4TX7A 4WL6A 4H8ZA 4QEQA 2LHMA 5KXXA 1NF5A 1GAYA 4NHSA 4QGZA 2YBMA 1LSFA 3CSRA 4ET8A 1GB3A 1LJNA 3TXBA 1GFKA 134LA 1RFPA 1HEMA 1HSWA 4WL7A 5I54A 2FBBA 1GB5A 2BQDA 4WM4A 1AT5A 1F6RA 4GLAA 2CWIA 5KXRA 1RJCB 1NMMA 4CJ2A 1LZ1A 4ETCA 1ZVHL 2BQHA 4RW2A 4U3XB 1JTOL 1BGIA 1WVVA 4DWXA 1IWTA 4NGYA 1JKAA 2VB1A 3G3AB 1LJFA 1LZEA 4HPEA 1YAMA 3A95A 3G3BB 3W6DA 6LYZA 1BQLY 1JIYA 1GPQC 5LVGA 2W1LA 1B7PA 3P66A 4HV1A 1NHEA 1WQMA 2HEFA 4DD9A 4WLXA 3CT1A 3HBDA 4NG8A 4LT3A 4DC4A 5C6LA 1LJEA 4KXIA 3WU8A 1WQNA 1VATA 2BLYA 1P2CC 4IASA 1OUGA 5KXYA 2D91A 5KJ9A 5D5FA 1NDGC 4Z41A 1DI5A 4GCBA 1YKZX 1B0DA 4TUNA 1UUZC 2MEIA 1FDLY 4WOAA 1MLCE 1WVUA 5M1YA 154LA 3AZ7A 4RDSA 1HEOA 1F0WA 1LSCA 2MEDA 5D5CA 3TMWA 2DQFC 4H9EA 1GE3A 2BQBA 2G4QA 1GBXA 2Q0MX 4II8A 4PGJB 3A96A 1GWDA 3WUNA 4HSFA 5LYTA 2MEHA 1DPXA 4LYZA 1GFTA 1LJ4A 1IWZA 3WPKA 1LZYA 2HEBA 2BQJA 1XEKA 1LZSA 4NGZA 1CKCA 3GXRA 1C45A 4H1PA 2CGIA 3WUAA 1REYA 4ET9A 1GB2A 4ZEEA 1OUHA 3CSZA 2C8PA 4XJGA 4ANRA 1LCNA 4H9AA 2H9KA 1I20A 2ZILA 1GXV2 1KXYA 1ZV5L 1D9UA 1VFBC 1HEWA 1BHZA 1LMNA 1IORA 1W08A 5LA8A 1HEQA 1LSBA 1XGQC 4XJFA 3OK0A 1BB6A 4PJ2C 4H91A 3WYHA 2A7FA 3P64A 4MSTA 4X3BA 1LSPA 2NWDX 3A92A 4ML7A 4DD2A 4ZIXA 1LZNA 2HEDA 1C7PA 1GFUA 2LYZA 2YVBA 1C46A 1CJ8A 5DM9A 5FDJA 3TXKA 1HFZA 1GBOA 4UWVA 1GB6A 3WXTA 1I1ZA 1ZMYL 2BQAA 2RSCA 5FSTA 3WMKA 4ETEA 1JTTL 2HEAA 1IOTA 5LIOA 5KXWA 1B2KA 1REMA 1B5XA 1JKCA 2YBNA 4N1EI 3P68A 1GBYA 4H92A 4NHQA 1GB9A 3W6CA 1JKBA 1LJGA 5APDA 2DQGY 1IX0A 3AZ5A 5KXZA 3WXUA 3WVYA 3A94A 2BQOA 4OOOA 5KXNA 5KKIA 4XADA 4DT3A 1IWVA 4XJHA 4LFPA 2Z37A 3B6LA 4H94A 2Z38A 3IJUA 4N1CC 3J6KA 1T6VL 4J7VA 3WL2A 4DDCA 1DI4A 1IR8A 2D6BA 2EPEA 1G7IC 1LZ6A 1GFEA 1LSDA 5B05A 1UIGA 1XGTC 4NGLA 1IP3A 1XEJA 3N9CA 2XBSA 4DD1A 2LZTA 1UIEA 5DLAA 5I4YA 3ZVQB 4XN6A 4PRUA 5KXTA 1LJKA 5EBHA 5IELA 1HEPA 4YF2A 2FBDA 1GE4A 1LKSA 1LHLA 2G4PA 4L41A 4NGJA 5L3IA 4YOPA 4NGWA 2EKSC 2AUBA 3TXEA 1ALCA 1LZRA 1IY4A 1JISA 1WQOA 1QIOA 4NWHA 2BQLA 4NHPA 4H8YA 1DKKA 1TAYA 4ZFPA 3N9EA 4R0FA 4WO6A 1OUBA 7LYZA 2YBHA 4HJYA 4GN4A 5I4WA 4NGKA 4XJIA 4LGKA 5I4XA 3CSQA 4GN3A 2LZ2A 4J1AA 1A2YC 1HENA 2DBTA 4BS7A 4G9SA 4C3WA 4Z3MA 1LPIA 1B7QA 1CJ7A 1DZBX 1QTKA 1B7SA 1REZA 2EIZC 1GF6A 1D0LA 4WM3A 1TCYA 3CB7A 5DN4A 3KAMA 1B7MA 1BVKC 1GFJA 2HUBA 3A8ZA 4N5RA 1EL1A 1LOZA 3CT5A 1IVMA 2XJWA 4IATA 4DDBA 2W1MA 1IP5A 1C08C 1J1XY 3A67Y 1FBIX 2HEEA 3AGHA 4NSGA 1HELA 4W96A 5LVKA 5FCPA 1IIZA 1LZGA 1HHLA 4OOTA 2X0AA 1IO5A 2Y8PA 1BB5A 5C6JA 1VAUA 1GBZA 4N8ZA 4E3UA 3A34A 1G7HC 1IWXA 1A4VA 1H6MA 1LJIA 1RCMA 4I8SA 2H9JA 2YBJA 4WM5A 4YEMA 4LT2A 3D3DA 3AGGG 4GCCA 3B0IA 4NFVA 4TTDA 4BADA 3CT0A 2ZYPA 1OUCA 4QDNA 4RW1A 4HTNA 3LN2A 1EQ5A 4AXTA 4O34A 2BQFA 3AZ4A 1B5WA 5APFA 1NBZC 3QE8A 4NGVA 1B7OA 2Z2EA 3W6AA 1V7TA 1UCOA 2HECA 2ZIKA 3TMXA 3ZEKA 1XSFA 3A90A 4M6DA 3RT5X 9LYZA 4DD3A 1UIFA 4LT1A 4B1AA 4OWCA 2F4AA 1F10A 5I53A 4G49A 5KXPA 1VDQA 4WG1A 3T36A 1LSMA 207LA 4HTQA 1FLQA 3WW5A 1NQIA 2FYDA 2G4NA 1I56A 2ZQ3A 3A93A 3WU9A 3WW6A 1HC0A 1FLYA 1JKDA 2BQMA 2ZNXY 1LZBA 1SQ2L 1UICA 3LHMA 3OJPA 1LHJA 1LZ9A 4WO9A 1IP2A 1J1PY 4H9HA 1GAZA 4PHIA 4ETDA 2ZIJA 1G7MC 2ZWBA 5B59A 1YROA 4H9BA 4UWUA 4N9RA 5C6IA 4XJDA 3FI7A 2YBLA 3RW8A 2BQKA 3FE0A 4ETBA 1BWIA 1GFVA 1LHKA 2Z19A 1IC4Y 2DQHY 1CKHA 1XGUC 1LZ8A 4AGAA 5KXOA 4CFOA 2CJLA 3P4ZA 1KIQC 3ATOA 1JTPL 2IHLA 4W94A 4C5FA 1JEFA 1YQVY 1UACY 1JSEA 2DQCY 5KXSA 4DDAA 4YM8A 1QUTA 5F14A 1CJ9A 5LYZA 4WM1A 1CJ6A 4D9ZA 3A3QA 5KXMA 3WULA 1G7JC 1LSAA 5K7OA 1IWWA 1GDXA 5LAFA 4CFPA 1KXWA 1LJHA 1IWYA 1LYSA 1VDTA 2DQEY 4GLVA 1IP7A 1GFAA 4TSCA 3B0KA 1DXJA 2BPUA 5HLLA 4WLTA 1GFRA 1LYYA 3SP3A 1WQRA 1LHHA 1LZCA 1YAQA 208LA 4EMNA 1UIDA 133LA 1LTMA 1B5VA 1WTMA 1B7LA 1LSGA 1JSFA 2Z39A 1HFYA 5L9JA 1SLYA 5IHGA 2F30A 3VWOA 4HPIA 4XJBA 1PZYA 5B1GA 3WU7A 1INUA 3TXHA 2H5ZA 1FLWA 1JJ1A 2MEGA 1HSXA 2FYCA 3RZ4A 5F81A 2D4IA 2XTHA 1ZVYB 1GB7A 3HBEX 3A6CY 3WPLA 1LZ4A 4B49A 4B4EA 1UA6Y 2MEBA 1GFGA 4HJZA 4YENA 1GE2A 5A3EA 3N9AA 2DQJY 1LYZA 1LSYA 1HFXA 3CQLA 1AKIA 2DQIY 4N0JA 1D6PA 3W6EA 1BWJA 2ZYCA 3HBHA 3BKHA 4H9CA 5JENB 1GF8A 1H87A 5DN5A 1YKYX 2MEEA 4LYOA 1JJ3A 3E3DA 2PC2A 4NSJA 1CKGA 4M4OA 1LMAA 4NHIA 1BB7A 2B5ZA 2Z2FA 1JUGA 1JWRA 3LZ2A 1LKRA 1GF4A 1OP9B 1LHMA 2BQCA 5I5QA 2W1XA 1LZTA 5L3HA 3LYZA 3ULRA 1XGPC 1B5UA 2MEFA 4Z98A 5E4PA 5IDDA 5LVIA 4HP0A 5LXWA 2DKVA 1WQQA 3AB6A 4B4IA 5B07A 1GF5A 4KPMA 4XENA 3F6ZA 1GFHA 5HMJA 3W3EA 5LYMA 1HF4A 1LMTA 4MR1A 4PRQA 2W1YA 4H8XA 1KXXA 5F9UA 1GDWA 3TXFA 1B9OA 4GCFA 4WLYA 3RNXA 5AMYA 1TBYA 5T3FA 5LA5A 1LZDA 3J4GA 1REXA 1O23A 4Z46A 5LVHA 1RI8B 1HMKA 1LSEA 3EMSA 4XYYA 3QNGA 1B7NA 1IOCA 3GXKA 1LSZA 2LYOA 2F4GA 4H93A 5A3ZA 1OUJA 1VDSA 4GCEA 1LZAA 2HU3A 1D0MA 1AZFA 1LMOA 153LA 1BVXA 1GD6A 4G4HA 4NY5A 1C10A 2ZQ4A 3A6BY 4LYMA 4WM2A 1LMQA 1IC5Y 1IP4A 1HNLA 1JPOA 1TEWA 4HJVA 3T6UA 4EOFA 5J7CA 1UIHA 4P2EA 1GXXA 5KXLA 1QUSA 5DL9A 1CKDA 3RU5A 1XGRC 1GBWA 2XBRA 1TDYA 2MECA 1AM7A 2D4JA 1B5ZA 1GF0A 4G4CA 4R6CA 4B4JA 1NWGA 4NWEA 3LYMA 194LA 4OWBA 4BAPA 5HNLA 1OUAA 4LFXA 4HV2A 1QTEA 2HTXA 1LAAA 4OWEA 3AYQA 4G4BA 1WTNA 4MCKA 1G7LC 1UBZA 3TXDA 4LZTA 3A3RX 1B5YA 1XFPL 2A7DA 1CKFA 4OWHA 3K3TA 3IWRA 1VEDA 2YDGA 3TXJA 3TXGA 4J1BA 1IOSA 5APCA 1V7SA 3LZTA 3A91A 1F6SA 4WG7A 6LYTA 5FEKA 4CGEA 1YAOA 3MGWA 4RLMA 3TMUA 2BLXA 3EXDA 3AGIA 1OUIA 3M3UA 2N5ZA 3M18B 2HU1A 5FHWA 1KIPC 3LYOA 3W6FA 1QQYA 1YKXX 3EBAB 1J1OY 1IY3A 1LJ3A 1FLUA 3B0OA 4HTKA 4LYBA 1GF3A 1MELL 1T3PA 1QDTA 1YIKA 4NEBA 1FKQA 1E8LA 2Z12A 4BAFA 1HERA 1LSNA 2BQIA 1PS5A 4WMGA 5HNCA 1YAPA 8LYZA 1BWHA 5LINA 4WM6A 1GB8A 2BQGA 3B72A 4OW1A 5E9RA 1GBSA 5LAGA 1GE0A 4WLDA 1OUFA 3QY4A 4GN5C 1YANA 4J0LA 2DQDY 4LYCA 1QSWA 5II3A 4H9IA 1QDRA 5ILCA 132LA 1UC0A 3D9AC 1AT6A 1OUDA 1GEVA 3LYTA 5HMVA 1GEZA 193LA 2F2NA 1JJ0A 1W6ZA 4FDYA 3AW7A 3AZ6A 1GF9A 1IOQA 3TXIA 1N4FA 3WUMA 2LYMA 4LYTA 4DYGA 2I26L 5ILFA 2CDSA 4LT0A 1IP1A 1JITA 2BAAA 4I0CA 4QY9A 1NDMC 1OQMA 3ATNA 5KY1A 1IEEA 2ZNWY 1VDPA 4YEOA 2GV0A 3EO5A 1YL0X 1B7RA 1NKHA 3BKVA 2DQAA 3ZVQA 2BQEA 1D0KA 1YL1X 2IFFY 1IR7A 4FJRA 5F16A 2BQNA 5B06A 3W6BA 3WPJA 1GB0A 4B0DA 1GHLA 1Z55A 4TSBA 1LMCA 1D6QA 1FKVA 2I6ZA 4NGOA 3TMVA 4NSIA 2EQLA 4PPOA 5FELA 1FN5A 1IWUA 4OWAA 2D4KA 1YILA 3IJVA 1DI3A 1DKJA 5KKJA 1HMLA 4NG1A 3P65A 2YSSC 4IJ4A 1DQJC 2C8OA 1JHLA 3AJNA 4NSHA 4H9FA 3WVXA 1XEIA 1BB3A 1CNSA 5B1FA 1IP6A 4KT3A 4A7DA 4CHXA 5LVJA 1DPWA 4NIJA 1GE1A 4NGIA 4TWSA 4UWNA 4NHTA 5F9XA 5APEA 4DD7A 1NBYC 1LHIA 4DD0A 1IC7Y 1LZ5A 1UIAA 135LA 1KIRC 4H90A 1EQEA 1EQ4A 2I25L 4RLNA 5KXKA 1OUEA 4GCDA 1LYOA 5HQ1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YBIA 1WQPA 1LYJA 1LJJA 4H8ZA 2LHMA 2RAYX 2RBSA 2YBMA 1GB3A 1GFKA 134LA 4WL7A 1GB5A 1AT5A 2CWIA 1L71A 1NMMA 2BQHA 1PQOA 3FADA 253LA 4DWXA 1L36A 4NGYA 1JKAA 2VB1A 3A95A 173LA 4I7NA 4DD9A 1WQMA 3SB7A 1QUDA 1L70A 1L56A 2D91A 5D5FA 4Z41A 4GCBA 4EKPA 1C6JA 1QTHA 1FDLY 4EXMA 3AZ7A 2HULA 1HEOA 1LSCA 5D5CA 3TMWA 2DQFC 1L13A 1GBXA 1LI2A 1CTWA 4HSFA 1CV5A 1LJ4A 3WPKA 3HU9A 1LZYA 4H1PA 2OE9X 2OU0X 244LA 2A4TA 1CV0A 1LCNA 1BHZA 5LA8A 3OK0A 4H91A 2NWDX 1JTNA 1LZNA 164LA 3ODUA 4UWVA 1L88A 1I1ZA 3WMKA 5KXWA 250LA 5LIOA 4NHQA 1LJGA 3AZ5A 174LA 1L83A 5KKIA 2OTYX 4XADA 238LA 1T8AA 2OU8A 1L07A 1IR8A 150LA 5B05A 146LA 4LZMA 1C6NA 3N9CA 4DD1A 1UIEA 5IELA 1L14A 4NGJA 113LA 1ALCA 3CDVA 1IY4A 1C69A 4NHPA 217LA 1TAYA 3N9EA 1OUBA 4HJYA 1C68A 4GN4A 5I4WA 3PDSA 3CSQA 4J1AA 1A2YC 4Z3MA 4G9SA 1CJ7A 1QTKA 1REZA 212LA 4WM3A 156LA 3A8ZA 1LOZA 2Q9DA 230LA 1L51A 1FBIX 130LA 3AGHA 4W96A 1IIZA 4OOTA 2X0AA 1L21A 5C6JA 3D4SA 4OO9A 190LA 1RCMA 4LT2A 3AGGG 4GCCA 4BADA 4W56A 4QDNA 1L68A 1T8GA 3LN2A 4AXTA 2BQFA 3RZEA 3AZ4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C43 A;  1LMP A;  1GF7 A;  3HFM Y;  4ETA A;  1BB4 A;  2MEA A;  2YBI A;  1WQP A;  1IR9 A;  3AW6 A;  3WH1 A;  1QSA A;  2Z18 A;  1LJJ A;  1RE2 A;  2WAR A;  1UIB A;  4KL7 A;  4TX7 A;  4WL6 A;  4H8Z A;  4QEQ A;  2LHM A;  5KXX A;  1NF5 A;  1GAY A;  4NHS A;  4QGZ A;  2YBM A;  1LSF A;  3CSR A;  4ET8 A;  1GB3 A;  1LJN A;  3TXB A;  1GFK A;  134L A;  1RFP A;  1HEM A;  1HSW A;  4WL7 A;  5I54 A;  2FBB A;  1GB5 A;  2BQD A;  4WM4 A;  1AT5 A;  1F6R A;  4GLA A;  2CWI A;  5KXR A;  1RJC B;  1NMM A;  4CJ2 A;  1LZ1 A;  4ETC A;  1ZVH L;  2BQH A;  4RW2 A;  4U3X B;  1JTO L;  1BGI A;  1WVV A;  4DWX A;  1IWT A;  4NGY A;  1JKA A;  2VB1 A;  3G3A B;  1LJF A;  1LZE A;  4HPE A;  1YAM A;  3A95 A;  3G3B B;  3W6D A;  6LYZ A;  1BQL Y;  1JIY A;  1GPQ C;  5LVG A;  2W1L A;  1B7P A;  3P66 A;  4HV1 A;  1NHE A;  1WQM A;  2HEF A;  4DD9 A;  4WLX A;  3CT1 A;  3HBD A;  4NG8 A;  4LT3 A;  4DC4 A;  5C6L A;  1LJE A;  4KXI A;  3WU8 A;  1WQN A;  1VAT A;  2BLY A;  1P2C C;  4IAS A;  1OUG A;  5KXY A;  2D91 A;  5KJ9 A;  5D5F A;  1NDG C;  4Z41 A; 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 5LAG A;  1GE0 A;  4WLD A;  1OUF A;  3QY4 A;  4GN5 C;  1YAN A;  4J0L A;  2DQD Y;  4LYC A;  1QSW A;  5II3 A;  4H9I A;  1QDR A;  5ILC A;  132L A;  1UC0 A;  3D9A C;  1AT6 A;  1OUD A;  1GEV A;  3LYT A;  5HMV A;  1GEZ A;  193L A;  2F2N A;  1JJ0 A;  1W6Z A;  4FDY A;  3AW7 A;  3AZ6 A;  1GF9 A;  1IOQ A;  3TXI A;  1N4F A;  3WUM A;  2LYM A;  4LYT A;  4DYG A;  2I26 L;  5ILF A;  2CDS A;  4LT0 A;  1IP1 A;  1JIT A;  2BAA A;  4I0C A;  4QY9 A;  1NDM C;  1OQM A;  3ATN A;  5KY1 A;  1IEE A;  2ZNW Y;  1VDP A;  4YEO A;  2GV0 A;  3EO5 A;  1YL0 X;  1B7R A;  1NKH A;  3BKV A;  2DQA A;  3ZVQ A;  2BQE A;  1D0K A;  1YL1 X;  2IFF Y;  1IR7 A;  4FJR A;  5F16 A;  2BQN A;  5B06 A;  3W6B A;  3WPJ A;  1GB0 A;  4B0D A;  1GHL A;  1Z55 A;  4TSB A;  1LMC A;  1D6Q A;  1FKV A;  2I6Z A;  4NGO A;  3TMV A;  4NSI A;  2EQL A;  4PPO A;  5FEL A;  1FN5 A;  1IWU A;  4OWA A;  2D4K A;  1YIL A;  3IJV A;  1DI3 A;  1DKJ A;  5KKJ A;  1HML A;  4NG1 A;  3P65 A;  2YSS C;  4IJ4 A;  1DQJ C;  2C8O A;  1JHL A;  3AJN A;  4NSH A;  4H9F A;  3WVX A;  1XEI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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