4RK2A

Crystal structure of sugar transporter rhe_pf00321 from rhizobium etli, target efi-510806, an open conformation
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
393
structure length
393
Chain Sequence
AVTLKWALWDWDKTAYYKPLIEAYQAKHPNVKFEPMDLGSQDYQQMISTQLTGGSKDIDIVTIKDVPGYTNLVRAGNIADLSGFVKDQKIDPAPYGGLIEELTIDGKIYSLPFRSDFWIVYYNKDIFDKAGVPYPTNDMTWAQFDETAEKLAGGMGTNKTYGALLHTWRSTVQLPGILDGKHTLVDGDYAFLKPWYERALTLQKDGAIPSYAFLKTSNTHYSALFFNGTIGMLPMGTWFVGTQIAKVKSGESKSKNWGIVKFPHPDGVPAGTTAAQISGLAVNSNSQHKDAALDFIKFVAGPEGAAVVAATGTFPALKTADVSAKIASTPGFPQDEASKEALIPAKAYLEMAVNPNAAKIEVVLNRAHDAIMTDNTSVDDGLKEMTEGVKAIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Sugar Transporter RHE_Pf00321 from Rhizobium Etli, Target EFI-510806
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Rhizobium etli
molecule keywords Putative sugar ABC transporter, substrate-binding protein
total genus 138
structure length 393
sequence length 393
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rk2A00
1B5HA 1LCTA 1ZU0A 4YB5A 1OLCA 1B32A 1SDXA 4GXSB 1LAFE 3B6TA 1MS7A 1IXGA 4LVQA 1SW2A 1H3DA 1AIVA 2HAUA 1ZLQA 1GGGA 4FAJA 3U72A 4FEDA 3ZSFA 1T0KA 4O3BA 3JYRA 1B2HA 3C32A 3A3UA 4KPTA 3S9NC 4JWOA 1LBBA 3EN3A 1H45A 1USYE 2R6GE 3KGCA 4ZE9A 4I9DA 3Q28A 3N5LA 4E0XA 2HZLA 2OLBA 1Y3QA 2DE3A 2DQVA 4GFRA 3G3IA 5B7DA 1BTJA 1SVXB 4R6HA 4LA9A 2HFBA 1O7TA 3JZJA 2O69A 3SEXA 2GHBA 4OYVA 3TMGA 1NFTA 2G93A 3I3VA 3PU5A 5CMMA 3T9HB 3M8UA 5H8HB 1QUJA 1TWYA 5H8FA 3QYTA 2XXTA 2Z22A 4F29A 3CSGA 3QIMA 4QHQA 2HXWA 3N94A 3FVKA 2Z23A 4JXIA 2PT2A 3WAEA 3K6VA 2D3IA 1XT8A 5H8HA 3PV0E 1P1NA 4RJZA 4EF1A 3KG2A 4TOZA 4U4SA 5M2VA 4DXCA 4Q5TA 3PMVA 1L5TA 1CE2A 4DXBA 1P1WA 2F35A 4ZEKA 4FE8A 3LBSA 1MM7A 4EXKA 3CVGA 4UACA 3UK4A 1ZTYA 4QSCA 1D3KA 2YLNA 4F18A 4LQ2A 1N84A 5IAIA 4YKIA 4G8MA 3H6UA 2Q2CA 3OSQA 1N3XA 3TDJA 1USYH 2ONSA 2I58A 4PQJA 2XD3A 4NF8A 4PFWA 3FZVA 3VFJA 2QS3A 4FECA 4RPOA 4GL8A 1FTLA 3TQLA 3SEVA 3BBRA 4H1XA 3RPWA 3BKIB 5ICTA 4LUBA 1Y3NA 3MVXA 3IB2A 1H44A 1PC3A 1B05A 5L8DA 3MWBA 4R9FA 2OBGA 4NF6B 2O68A 3QUJA 5H8NB 3FV1A 2VD2A 3EQ1A 1MRPA 4NMYA 2XXPA 4ZEDA 5ITPA 4RY1A 3QXMA 4QF9A 1FQCA 2OK2A 1MY2A 3TTMA 4KQPA 3PMXA 3U92A 1B3FA 3ECRA 5H8NA 1GVCA 1IXHA 2F6PA 1QKBA 2O84X 4M1VA 1A55A 3O9PA 3IR1A 1URDA 3G3JA 4U4XA 1SI1A 1BKAA 4O3CA 4N07A 4ZEBA 1SI0A 1B5IA 1Y4CA 4IGTA 3R7XA 1EU8A 2I3WA 3KSJA 1MPBA 2DXYA 3RQTA 1ATGA 4IO5A 4I62A 4FJPA 3UP9A 1M5DA 3CFXA 1N3WA 3DP8A 1QW0A 4AB6A 1VE4A 5H8QA 2V84A 2VGQA 3FJ7A 3FJGA 3SEWA 3T93B 2HAVA 3FJMA 4IY6A 4ND9A 4R74A 3D4GA 2QMWA 4EQ7A 4XTCQ 2I3VA 4THIA 3GZGA 4N13A 4HTGA 2F6GA 3R6UA 2DWAA 1MQHA 1B6HA 4Q30B 4F19A 2GFEA 4H8IA 5F1QA 3Q25A 1B46A 3TCGA 1LAXA 1Y9UA 4H0WA 3IORA 3H6TA 4U1OA 5DVJA 2Y7KA 3MZ1A 2V3UA 4G68B 4QFKA 3D4CA 4AQ4A 4ESXA 3IB1A 4OEVA 4RA1A 4F2OA 1MY4A 1ANFA 2RINA 2CZLA 3RTWB 1MH3A 4R75A 1HSJA 4ZE8A 3FUZA 3L6HA 3IL1B 4MF3A 4IO7A 3O28A 1FW0A 4G68A 1YTVA 1DPPA 2YJPA 1MY1A 5CMKA 3P7IA 2V25A 4PETA 5EHMA 3VLWA 4H5FA 3M3KA 2D5WA 5DVFA 4YAHX 4DDDA 1JNFA 3KN3A 4GQOA 3S9MC 1DSNA 5HM4B 2O51A 4EQBA 4G77A 1M5BA 2NOOA 2LAOA 1MPDA 1OLAA 3ILTB 1CB6A 2HCAA 2I48A 2O7UA 4NE4A 5L9OA 2W7YA 3Q27A 4ELPA 3TUSA 1IIWA 4R73A 4X1BA 3OO8A 1B3GA 4OHNA 3THIA 1SW1A 1BLFA 1UIVA 3SERA 1P1OA 3CI8A 4U1ZA 3HPIA 1LBCA 4ELRA 3RN8A 4ZZEA 1S9TA 1FQAA 4TLMB 3V8XB 5DTBA 3TTKA 1S50A 4H6DA 3PUXE 3UIFA 2IA4A 2UXAA 4QFOA 1TXFA 3MAMA 2REJA 3PUYE 3E9XA 1B58A 3OO7A 1UIUA 4PP0A 4GWOA 1A40A 1N7WA 4U2RA 2VOZA 1WDNA 5TPAA 3ZKKA 4C1TA 4UA8A 3TFLA 2M8CA 1XVXA 4LONB 4R2FA 1MQDA 1ZMGA 4F3GA 3K2DA 1B0LA 5J1DA 4U22A 3TTRA 1EZPA 4X9TA 3V5AA 4OFOA 4F1UA 5EYFA 2XXIA 2O1MA 2I4CA 1N7XA 3OELA 5AA2B 1MXWA 5I56B 3O6GA 4GIZA 2AYSA 1TFDA 1OVBA 3HO7A 4QFLA 2UVIA 3FD3A 4IB2A 1I69A 1US5A 1R9LA 2Y7RA 2GHAA 3UORA 2Q8JA 1JETA 1QUIA 2RC8A 2AL5A 5ICQA 4N6PA 4P0IA 3C36A 1A54A 4QSDA 5AA2A 3SEUA 5I56A 3G3HA 4TLLB 3IOTA 4KD5A 4NTLA 1N0TA 2F7CA 1YPNA 4L17A 1DTZA 4G2ZA 3HHFA 1Y4TA 3IOWA 4F3SA 1B9JA 1JQFA 3TEPA 3TODA 1LSTA 2ONRA 3HN0A 5CRYA 1XS5A 1XVYA 1JEUA 3H3GA 4RNSA 2O6AA 4PFUA 3KFMA 4EF2A 2Y7IA 1NL5A 3CSBA 2DE4A 4JSOA 4ZDMA 2AIXA 1B3LA 5BWJA 3LSLA 3V89B 3TKDA 4XIGQ 4FORA 4EDPA 1ZIUA 3PUVE 2D21A 4GRKA 2ONKE 4KYDA 3IK6B 3TZAA 2Q88A 3PPOA 4ZZAA 1M5FA 3E4RA 4R9GA 1AMFA 3S9EA 3K0VA 1Y1MA 2Z8DA 3LC8A 1IXCA 2DOJA 2WKYA 4DXUA 4KCDA 1VFDA 1PB7A 3EHSA 5CMCA 2B65A 1LFGA 4EUOA 2F8DA 3S9LC 3EF7A 3PD9A 4GOTA 4YB7A 3MVZA 5I57B 2XXYA 1B1XA 2A5SA 4YICA 1P1QA 3LR1A 3PUWE 5L9SA 1MDP1 4PE5B 1QUKA 3OO6A 3HHGA 4TQUQ 4WXJA 1B5JA 3VXCA 1O64A 3H03A 1N04A 4NF5B 1OQGA 3ONMA 3M3FA 1H43A 5A5XB 3VV5A 2HQ0A 1MQGA 3CFZA 3SDFA 3T66A 2ZNSA 3PD8A 3K1NA 2X7PA 5I59B 2QJEA 3T9VA 4NF5A 2R9JA 1A99A 4PFTA 2OWSA 1NH8A 1MG1A 5A5XA 4EXLA 4F2QA 5JTYB 1MQIA 1B7UA 3LSFB 4G4PA 1SQYA 4EQ9A 4F1YA 3K1PA 5KZTA 1EH3A 1B51A 3ODBA 1MXZA 5I58B 1SBPA 1OMPA 4FATA 3S4UA 1PBPA 2RKMA 2B3FA 1B1HA 3MVWA 1ZBMA 1YAEA 4H8JA 5JTYA 3IJXB 4NF6A 4NF4B 4DCXA 1JW1A 1Y20A 3RGYA 2ZNTA 2HEUA 3CFLA 2ESNA 1JVYA 4IGRA 3QUFA 5I58A 3HV1A 2REGA 2UVGA 3Q26A 1DOTA 2G29A 2Q89A 4JBZA 3IX1A 4MFIA 5TU0A 2F36A 3H06B 1WVJA 2XX8A 3T9UA 5H8SA 1IZ1A 1RYXA 3QSLA 1B3HA 4F1VA 4XKRA 3Q29A 3TPAA 1LCFA 3UGWA 4JWYA 2Z8FA 3K02A 1FQFA 3HSTA 2P2AA 4U21A 5JK4A 4YKKA 5BUUA 1IITA 1PB9A 3PMWA 3EPEA 2ZMBA 3SEYA 1AH5A 5FHNA 2ALUA 1YCJA 3IO4A 4MLQA 2THIA 2ZNUA 3MVYA 4O3AA 1B3EA 4Z7EA 4NWCA 4BDNA 3GLBA 3RNNA 4Q8RA 1M5CA 2QPQA 2NVUB 3K1MA 2CMOA 3KJTA 2ZYMA 3H4ZA 5FHMA 3FVNA 3BFUA 4OFJA 2Y7PA 3EHUA 3M3LA 1LFHA 4RYAA 1FTKA 1URGA 3T96B 5CBRA 3PPPA 4YB6A 2XXHA 3LSXA 1Z7NE 4Z0IA 3FXUA 2XXQA 3FGSA 5I2KB 3O29A 3OD7A 4DZ1A 4OXVA 4YMAA 3TCHA 1EZOA 4JB7A 4P0GA 3OO9A 4KI0E 4YMBA 5JEIA 4ZECA 3OEKA 4BDQA 1I6QA 2V3QA 1JW5A 1SW5A 2FA7A 4MBPA 4M4GA 4KCCA 4PFYA 5I2KA 1P1UA 1R6ZA 4QFPA 5LOMA 4XKPA 2UVHA 5CBSA 4G8NA 2F78A 1NKXA 3G3GA 1A8EA 3KOTA 3CIJA 1SYIA 1OIBA 5K2YA 5KCJB 4WKMA 1NNFA 3C9HA 1Q1KA 1FQBA 1OQHA 3PGFA 5DVIA 4NEDA 3VLVA 1AOVA 4IO6A 4JWXA 2HZKA 4ELQA 3KBRA 1Y1ZA 3MP6A 2UYEA 2F34A 4C0RA 3A3CA 3MQ9A 4BDOA 2P1SA 4R6KA 1FTMA 4ESWA 5I84A 2XHDA 3DP4A 3KEIA 4GXAA 3OENA 2F7BA 1DPEA 3W9WA 5F7VA 2V3TA 4DE8A 1FTOA 4H65A 2XXXA 4ZEIA 3N6TA 1WODA 3TTLA 2RCBA 4DCYA 1A7LA 2XXUA 5IKBA 1FQDA 1MY0A 2DSFA 5AA2D 4I1DA 4HW8A 1GR2A 1NNTA 3E13X 4JSDA 5FHOA 3PUZE 4XKQA 3VE1B 4QSEA 3IOUA 4FEBA 4IO4A 1D9YA 3K00A 5AA1A 1MXXA 1D4NA 5L9MA 1EZ9A 3IO6A 1JVXA 3RY3A 3UN6A 3MZ9A 2PMSA 3CRBA 1QVSA 5KDTB 3FIRA 3W9VA 4OTEA 5HPQA 4BDMA 2GRVA 3TAJA 1MH4A 2UVJA 3VLUA 2IEEA 2ANJA 3KN7A 4HCWA 4KYEA 1PB8A 1LFIA 3FVGA 1M5EA 5KDTA 2F5XA 2RC7A 4QRZA 1MXYA 3MPKA 1LB9A 4ELOA 3GBAA 1RYOA 1S7YA 2BJJX 2B3BA 1B40A 1DMBA 3K01A 2DVCA 2ZXTA 5HBCA 5DEXB 3U1OA 4OFLA 2QS2A 3G3KA 3O2AA 3MC2A 4OEUA 4K3FA 4F3PA 3GBBA 5H8FB 1LGBC 2PBWA 2RCAA 2Y84A 3O66A 1RKMA 1NNKA 5DEXA 4IO3A 3IJOB 3KOSA 3C31A 2Q2AA 4LATA 2I0CA 3DELB 5CC2A 3IAZA 1NNPA 4LZ8A 3VVDA 4OMBA 1HSEA 1VSOA 1VFEA 2Y7WA 3VVEA 2VD3A 4I8CA 3MBPA 3FASA 1IXIA 3SKPA 4LZ5A 5DYHA 4GVOA 3ILUB 3DP6A 1B52A 4DLDA 3AXFA 1GV8A 1MQJA 3L6GA 4NF8B 4C1UA 3EHTA 1PBQA 1ZJLA 3OSRA 5I57A 3C4MA 1IUDA 1Y3PA 1XOCA 3TQWA 3FXQA 2XXRA 4KYSA 1MM6A 4MLVA 4ZS9A 2NWJA 4DIGA 2RC9A 2UYFA 3DM0A 1POY1 1MY3A 3KJ7A 4E0WA 2E1SA 3I6VA 1NH7A 2FNCA 1SYHA 4R6YA 2DE2A 1URSA 5CMBA 3K6WA 3GXAA 4IO2A 2PT1A 3V83A 5I59A 4GLIA 3MPLA 3CG3A 1Z7ME 2DWJA 2Z8EA 1I6BA 4OWDA 2Q9TA 3KZGA 3OMBA 2XX9A 2DVZA 4F3BA 3FVOA 2RF1A 3H6VA 3USDA 1SW4A 4JDFA 2FYIA 3C33A 3MUQA 4POXA 1LAGE 1BP5A 3RTFB 3DLNA 5I2NB 2I49A 1MXUA 4F39A 2F97A 4OQOA 5DT6A 3T22A 4AB5A 5K2XA 5TP9B 3U93A 3VVFA 4NF4A 4QFNA 1JEVA 2DS9A 4LP2B 3IOVA 3O97A 2YPNA 1B7HA 4ISUA 3TCFA 4R72A 1XHYA 5H8QB 3VDFA 3LUYA 3PPQA 1UTBB 4KR5A 1F9BA 4XXUA 4F22A 4RXLA 5I2NA 3IB0A 1MPCA 1UQWA 4IY5A 4OETA 5TP9A 1DTGA 3I5OA 3O6HA 2PYYA 1QULA 1IQ7A 4RK2A 4F31B 1P99A 1A8FA 1Q35A 4X48A 4ZEFA 1B4ZA 2I0BA 3FV2A 1UTBA 4OERA 4BDLA 4KHZE 3HCQA 2ZYNA 3VXBA 4YKJA 4G8HA 4X1DA 4BDRA 3B7DA 2DYXA 4NWDA 5AA4B 2XXWA 2ABHA 3RLFE 3H7MA 2R71A 3A09A 1QJMA 2I4BA 2H4IA 4RK9A 4BLAA 3JV9A 3ZS6A 1I6AA 4GF8A 2P0SA 3RT6B 3N26A 3PPNA 4Q0CA 4POWA 5B70A 1FCKA 1II5A 5AA4A 3FXRA 3R26A 3MP8A 3H6WA 3PPRA 1OVTA 2H25A 2XX7A 1PDAA 1ELJA 3B6WA 3TELA 2X26A 3C34A 2ZYKA 3MZBA 3TYHA 4LZ7A 2E0SA 2QS1A 4ONYA 1US4A 2GH9A 3W15C 2H98A 1B0HA 4ECFA 3QK6A 1HSLA 3CR9A 4GD5A 4XKNA 1PEBA 1BIYA 4YKPA 2AL4A 5AE4A 4U23A 4R2BA 1UTHB 4MH5A 2OJTA 5ITOA 1J1NA 2XXVA 2VP1A 4YU0A 5ELVA 4WEDA 1NMUA 3UA8A 3RUMA 2I6EA 1LLSA 4WEPA 3RT8A 4RPNA 2V93A 2O1LA 4KFQA 3N6UA 4OZ9A 5FTIA 4H5GA 3F11A 4H67A 4OENA 2QSXA 3E3KA 2DWIA 2PVUA 3U94A 2PX1A 2H5YA 3O6IA 1UTHA 2VHAA 4HS7A 1FQEA 1R1NA 2DWHA 1AL3A 3SESA 5CI5A 2ZYOA 5KCJA 3OOAA 1VR5A 3CG1A 1B4HA 1IEJA 1MXVA 4HCYA 2O7IA 1LAHE 4FIMA 2KLFA 4OESA 1KWHA 3K4UA 3OEMA 3T9XB 5TPAB 3MJNA 1H76A 2OWTA 3MP1A 5AA3A 1N76A 4P11A 5CM6A 3BFTA 3LSWA 1MDQA 1FTJA 3U8QA 2QS4A 2X7QA 2OCUA 3C35A 1POTA 4G68C 2NXOA 1TT1A 1B7ZA 2QRYA 2H99A 3G3FA 5EHSA 2F7AA 3WAFA 3G7WA 3MW0A 2QL3A 5ISUA 2A5TB 2XD2A 2DXRA 4OVJA 3K6XA 4LQ5A 3KSXA 1QKAA 3TTNA 2QMXA 3SETA 1R9QA 3QAXA 2OZZA 1D9VA 5FTHA 3FATA 2NUVA 1JW4A 1SD3A 3OXNA 3B6QA 4YZZA 2H9BA 1O63A 3S2VA 2A5TA 3ZKLA 2DP8A 3KN8A 1XC1A 4GL0A 1ZKBA 1GTKA 3K6UA 1LB8A 1TFAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B5HA 1LCTA 1ZU0A 4YB5A 1OLCA 1B32A 4O7MA 1SDXA 4GXSB 4PDDA 1LAFE 2CZHA 3B6TA 1MS7A 1IXGA 4LVQA 3MSTA 1SW2A 1NUYA 1H3DA 1AIVA 5EQAA 2HAUA 1FSAA 1KA0A 1ZLQA 1GGGA 4FAJA 2Q74A 3U72A 4FEDA 3ZSFA 1T0KA 4O3BA 3JYRA 1B2HA 3C32A 3A3UA 4KPTA 3S9NC 4JWOA 1LBBA 3EN3A 1H45A 1USYE 2R6GE 3KGCA 4ZE9A 5A5LA 4I9DA 3Q28A 3N5LA 4E0XA 2ZZWA 2HZLA 2OLBA 1Y3QA 2DE3A 2DQVA 4GFRA 4AS4A 3G3IA 5B7DA 1BTJA 1SVXB 4R6HA 4LA9A 2OWZA 2HFBA 1O7TA 3JZJA 2BJIA 2O69A 3SEXA 4LN5A 4N8GA 4P8BA 2GHBA 4OYVA 3TMGA 1NFTA 2G93A 3I3VA 3PU5A 5CMMA 3T9HB 3M8UA 5H8HB 2PFZA 1QUJA 3BIGA 1NUWA 1TWYA 5H8FA 3QYTA 2XXTA 2Z22A 4F29A 3CSGA 3QIMA 4QHQA 2FVZA 1NV5A 2HXWA 4HXVA 3N94A 3FVKA 2Z23A 4JXIA 2PT2A 4KXPA 3WAEA 3K6VA 2D3IA 1XT8A 5H8HA 3PV0E 1P1NA 5I5PA 4RJZA 4EF1A 3KG2A 4JVCA 4TOZA 4U4SA 5M2VA 4DXCA 4Q5TA 3PMVA 4PF6A 1L5TA 1CE2A 4DXBA 1P1WA 2F35A 4ZEKA 4FE8A 3LBSA 1MM7A 4EXKA 3CVGA 4UACA 3UK4A 1ZTYA 1YZ0A 4QSCA 1D3KA 2YLNA 4F18A 4LQ2A 1N84A 5IAIA 4YKIA 4G8MA 3H6UA 2Q2CA 1EYIA 3OSQA 1N3XA 3TDJA 1USYH 2ONSA 3CHGA 2I58A 4PQJA 2XD3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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