4RK9A

Crystal structure of sugar transporter bl01359 from bacillus licheniformis, target efi-510856, in complex with stachyose
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
384
structure length
384
Chain Sequence
b'VTLTMFSTMTNDSEKNTLRSIADDFEKENEGIKIDISFPGPDYENMLRVKMAANDMPDLFDTHGWAKIRYGEYTADLKDMDWVKHLDPNLDPILKDEKGKVYAYPFNQAKDGIVYNAGLLKKYGLKPPQTLDELMHALETIKEKSNGSVIPFWFAGSDKGALAQFYDQLATPLLITDDRRNEKKALENGTFDWSDYTLLAETFKEMQEKQLINKDILTAKPSQLVELMAQEKIGFTLSVTSIGPDTREVNPDIQLGVMPTPAVYEGDKPSWIGGERHTVAVWKDSEHLEEAKRFIEFAAQPKYVKKIAEATSFPQALTNTEAENYYSKFYDQYEEIKIEPYFDRVYLPSGMWDVMGTTGQELLAGTLTPKQVSEKMKQEYSRLQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title CRYSTAL STRUCTURE OF SUGAR TRANSPORTER BL01359 FROM Bacillus licheniformis, TARGET EFI-510856
rcsb
molecule keywords Carbohydrate ABC transporter substrate-binding protein MsmE
source organism Bacillus licheniformis
molecule tags Transport protein
total genus 130
structure length 384
sequence length 384
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rk9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rk9A02
4PFYA 1VE4A 2RCAA 4JWOA 3L6GA 4XKNA 1AIVA 5ELVA 2F35A 1YAEA 3OENA 1A54A 1HSJA 4G68C 1ATGA 1US4A 4BDQA 1UTHB 3U92A 2QSXA 3IB2A 2Q2AA 2PYYA 5CRYA 4U4XA 2I3WA 3MW0A 1OVTA 3OO7A 3W9WA 1ZBMA 1P1UA 2UVHA 1MXYA 1B4HA 1ZTYA 3GBAA 3G3FA 4F3GA 4PETA 1WDNA 3SEVA 1CB6A 1DPPA 3TQWA 3PMXA 4GRKA 4F29A 1MXWA 3O28A 2DWIA 4DXCA 1QKBA 2PX1A 2V25A 1FQFA 4YZZA 4OFJA 1B51A 2NOOA 2NVUB 1T0KA 2O51A 4IGTA 1AMFA 1JW1A 1ZKBA 3C4MA 2HFBA 4H6DA 4KFQA 4RK9A 3TYHA 1XT8A 2DQVA 2XXTA 2REJA 3MQ9A 1B3FA 3O6IA 1B5HA 4ESWA 5I56A 3D4CA 3HPIA 1QULA 2DE2A 5K2YA 3AXFA 4LA9A 1AL3A 3V5AA 2OWSA 3TCHA 3MWBA 3IB1A 1PEBA 1Z7NE 2XXHA 2P0SA 3OO9A 1MPDA 4U1ZA 2UVJA 3H6TA 4EQBA 2VP1A 3ZS6A 5HPQA 3MVWA 4MBPA 4YKKA 2F78A 3TUSA 1SW4A 1IITA 4MFIA 2AYSA 1B05A 5IAIA 4F1VA 1MG1A 4H65A 3VV5A 3K00A 4C1TA 1LFGA 3PPPA 1QUJA 5CBSA 5DYHA 4E0WA 4YMBA 1HSLA 2O68A 3CSGA 1BIYA 2ANJA 1MS7A 4F3BA 5L9MA 1LAGE 2VOZA 2HEUA 3K1NA 1B40A 1SI0A 2GH9A 4C1UA 1POTA 5I56B 4GXSB 3IJOB 3MBPA 3MUQA 4WKMA 4QHQA 4C0RA 1JVXA 2V93A 2GFEA 2E0SA 1B9JA 4DXBA 3BBRA 2H5YA 2DSFA 2Q88A 4LP2B 5AA1A 2DXRA 1Y1MA 2Y7RA 2DS9A 2VGQA 4RNSA 2F6PA 4FATA 2NXOA 5ITPA 4LQ5A 1ZMGA 3HHGA 4BDMA 4OZ9A 5JTYA 1O63A 5L8DA 2G29A 3PD8A 2A5TA 2ZMBA 5AA2D 2YJPA 2ONSA 4XKQA 1FCKA 4KI0E 3RT8A 2O1LA 3P7IA 2O1MA 3TCFA 4JXIA 3N5LA 3Q28A 3OO6A 1B1HA 3PUWE 3TFLA 4R2FA 3T96B 2PVUA 2REGA 5L9OA 2DOJA 4ELRA 3PMVA 2WKYA 1LGBC 5CMMA 3RT6B 1AOVA 2OWTA 1N3XA 1SI1A 3PD9A 1B3HA 3W15C 1FQDA 2ZYKA 4OEUA 1O7TA 3N6TA 3WAEA 4YAHX 5H8QB 4I62A 1UIVA 4HTGA 5JTYB 2XXPA 1IIWA 2A5TB 2CMOA 1JQFA 1XVXA 3TDJA 2NWJA 4R9GA 4NEDA 1RKMA 3MP6A 4QRZA 4MLQA 3FV2A 3FXUA 3W9VA 4U2RA 2FNCA 4N13A 1MY2A 3TPAA 4ELQA 2XX9A 1UIUA 3O97A 1JETA 4TOZA 2X7PA 1BKAA 4ZEKA 3FVOA 1OQGA 4Z7EA 2OK2A 1L5TA 2ZXTA 3HCQA 4QSDA 5JK4A 3VLUA 1OLCA 4JWYA 2E1SA 1QVSA 2I58A 4KYSA 2QS1A 2RC8A 4GQOA 2CZLA 4F3PA 1MDQA 2DE3A 2HAUA 3ILUB 1JEVA 5BWJA 2IEEA 4IO6A 1USYH 1R9QA 1LLSA 4ZDMA 4FIMA 2AL4A 3ZKLA 3KEIA 4MLVA 3B7DA 1MQJA 1VSOA 1A8FA 3HN0A 3LBSA 3K1MA 1VFEA 3N94A 1D3KA 3FV1A 3R26A 1P1WA 2ZNTA 3TTKA 2O6AA 5EYFA 4DCXA 2Z22A 3EPEA 1A99A 3OELA 4I8CA 1B0HA 4P0GA 1Y3PA 4EDPA 3LR1A 2IA4A 2F6GA 3VVEA 1I6BA 1MQIA 4LZ7A 4HCYA 4YICA 4FEDA 3IR1A 4DXUA 5I2NB 4L17A 3PMWA 3EHUA 3IO4A 3K6XA 2DVZA 5AA2B 3CFXA 3E13X 3FASA 3G7WA 4U4SA 4R9FA 1N84A 1EZ9A 1UQWA 1FTLA 3H6VA 4POWA 3TODA 4G8MA 5I59A 4F31B 3OOAA 5TPAA 3WAFA 5EHSA 3V8XB 2H4IA 3T9HB 4UA8A 1H76A 3CI8A 4JWXA 1B1XA 3A09A 3KJTA 2ALUA 5CMBA 4KD5A 4FORA 1MY1A 3BKIB 3UK4A 3IK6B 3QAXA 5DVFA 4WXJA 2Y7KA 3M3FA 4G8NA 2I6EA 4QFPA 2Z8DA 2OLBA 3PPOA 4GFRA 3ODBA 2XXXA 3VVFA 4ZE9A 1FW0A 1Z7ME 4ECFA 4GOTA 3O9PA 3FD3A 4UACA 4ZEDA 5HBCA 3PPQA 4EQ7A 4OQOA 2O7UA 3MJNA 1ZJLA 4ZEFA 2QS2A 3MZ9A 4ELOA 2I0CA 1DTGA 3RTWB 3KZGA 1AH5A 4YKJA 1US5A 3H4ZA 1CE2A 2ZNUA 4XKPA 5F7VA 1YPNA 5TPAB 2AIXA 2F36A 1URSA 3K01A 1FTJA 1YCJA 2BJJX 2XX8A 4JSDA 3OD7A 1MQHA 1EH3A 4QSCA 1FQAA 4RYAA 1Q1KA 2PBWA 3V83A 4N07A 5J1DA 1B3LA 1QW0A 1B3GA 2I3VA 5H8SA 4ZZEA 1TFDA 3HO7A 3QUJA 2QS4A 4U23A 5H8NB 5I57A 4GLIA 1IXHA 2QMWA 4G4PA 4G68A 4RY1A 3Q29A 5CC2A 3PUZE 5CBRA 4BDOA 3QIMA 1R9LA 2X26A 3O6GA 3S9EA 1NMUA 1EU8A 4NE4A 4LVQA 1USYE 4TLMB 1M5EA 5EHMA 3MPKA 1MH3A 4RA1A 3RLFE 3DP4A 2YPNA 3T66A 1DTZA 1SYHA 3KJ7A 3RNNA 1GTKA 4OVJA 1Y4CA 1MY0A 3C36A 1B58A 3VXBA 2I4CA 2DWHA 4X1BA 3RUMA 1Q35A 3C35A 1URDA 3K02A 3U8QA 2UVIA 2ONRA 1QUKA 1XC1A 4YMAA 1ELJA 2LAOA 1IXIA 4BDRA 3UGWA 1N0TA 2O7IA 1JNFA 4G2ZA 2KLFA 2HZLA 5I57B 3E9XA 4KPTA 1B7ZA 5M2VA 3CRBA 1EZOA 1B0LA 1LB9A 4PFTA 4F19A 1BLFA 4YB5A 3DLNA 1D9VA 1IXCA 1SD3A 4R73A 3K0VA 1NNKA 3TKDA 2M8CA 2W7YA 2Q8JA 1IEJA 3G3GA 3ZSFA 3KGCA 1OVBA 1B46A 2AL5A 2VD2A 5AA3A 4U22A 4WEPA 3S9MC 4EXLA 2P1SA 2D5WA 5TU0A 2Q9TA 3FIRA 1Y3NA 3O2AA 4P11A 1GVCA 1IZ1A 3EHTA 3Q27A 3RQTA 5ISUA 2UYEA 1MM6A 3USDA 1MQGA 4LONB 1LAXA 4KCCA 5ICTA 3IX1A 2V3UA 4EF1A 4TQUQ 5JEIA 4RXLA 3HHFA 4TLLB 1NNTA 1O64A 3IL1B 2Y7PA 1LFIA 4IO2A 1S9TA 4LQ2A 2F7BA 4X9TA 4OHNA 2OCUA 4F2QA 1M5FA 4NTLA 4DZ1A 3O29A 2D3IA 5KDTA 4ESXA 5DEXA 3S4UA 2XXWA 2RINA 4R6KA 4Q8RA 2XX7A 2UVGA 4AB6A 2Z23A 3RGYA 4NWDA 2QPQA 3OSQA 2I49A 3CSBA 2FYIA 4FECA 2HXWA 2ZYMA 2Z8EA 5K2XA 4KYEA 2F5XA 4GF8A 3HV1A 2DWJA 3QUFA 1GV8A 3CFZA 2G93A 1B6HA 5B7DA 2XXUA 4NWCA 5B70A 3KN8A 3TQLA 5H8HA 4IY6A 1PDAA 1Y20A 3G3KA 1MXZA 1PBPA 4RPOA 3N6UA 3IB0A 3B6WA 5I2KA 3U94A 3H06B 4Q30B 1D9YA 3K6VA 5KZTA 1MXVA 3A3CA 1M5BA 5KDTB 4XIGQ 3DP6A 4KCDA 2X7QA 1SVXB 1H45A 5DEXB 3U93A 1NH8A 2DXYA 1FQBA 3SKPA 3OEMA 3MVZA 5A5XA 4DDDA 4THIA 3TCGA 1N7XA 4GWOA 1VFDA 1EZPA 3KOSA 1FTMA 1MY3A 4QFLA 3IOUA 4BDNA 3FJGA 4PFUA 4MH5A 3O6HA 1Y3QA 4NF8A 1POY1 2H98A 4YU0A 3S2VA 3R7XA 5H8HB 1SW5A 3E3KA 1OIBA 1FTOA 5FHMA 1ANFA 1PB8A 4OESA 5I2KB 2I4BA 5KCJA 4NF6A 3K1PA 2F7CA 3PU5A 5L9SA 1XVYA 1SQYA 1IXGA 4FJPA 3D4GA 1MXUA 3ECRA 4F22A 4OYVA 1MDP1 1PB7A 3RPWA 5FTHA 2XXVA 1RYXA 5A5XB 4GVOA 3BFTA 3LSXA 4GIZA 3K6WA 3IOTA 4H8JA 1WVJA 1R1NA 3L6HA 3IORA 2Q89A 4ZEBA 1NL5A 1SBPA 4NF8B 4OETA 1GGGA 1I69A 3PUXE 3Q26A 1J1NA 3U1OA 1FQCA 4IY5A 1MPCA 4YKIA 3JV9A 1LBBA 4H5GA 4FAJA 2VD3A 3SEXA 4XTCQ 3KG2A 1FTKA 4HW8A 3TTRA 3SEYA 5H8FA 1TFAA 2XD2A 2DWAA 5KCJB 2HQ0A 3KOTA 3MZ1A 1VR5A 3FJMA 5AA4A 3DELB 3ILTB 1JVYA 2ZNSA 4ZEIA 1KWHA 2DYXA 1NFTA 3BFUA 1P1OA 2RCBA 1QKAA 1A40A 3UIFA 2QL3A 3KFMA 3GBBA 4IO5A 4EXKA 4KHZE 4H0WA 2H99A 2XD3A 2F7AA 3PUYE 1B32A 1R6ZA 1XS5A 3H03A 3U72A 2XXIA 3Q25A 1OMPA 1LFHA 3UA8A 3EQ1A 2OBGA 4EUOA 3KSXA 3MZBA 1BP5A 3GLBA 1BTJA 1YTVA 5DVJA 4IO3A 4R6YA 4G8HA 4JBZA 1B7HA 2QMXA 5I59B 2QRYA 4BDLA 3MAMA 3LC8A 4MF3A 3TEPA 1MRPA 5H8FB 4OXVA 4QFOA 4KYDA 4QFNA 1D4NA 5CM6A 3ONMA 4KR5A 1MY4A 4YKPA 5CI5A 2GHAA 5AA4B 2OJTA 4R2BA 2YLNA 2FA7A 1SW1A 4IO4A 4M4GA 3KBRA 1B7UA 2F34A 2RC7A 1H43A 2H25A 3G3IA 3KN7A 1F9BA 4K3FA 4JB7A 1S7YA 4ZS9A 4I9DA 4Q5TA 3H6UA 3LUYA 1P1QA 4EQ9A 3IO6A 1DOTA 1Y9UA 3I5OA 4OFLA 3DM0A 3PUVE 3PPRA 3LSFB 5HM4B 1MH4A 1LCTA 3SDFA 3MVYA 4F39A 3G3HA 1P99A 1N76A 5ICQA 3ZKKA 3UORA 4Q0CA 2XHDA 1N3WA 4O3AA 2R71A 4O3BA 2NUVA 3F11A 4OENA 4R6HA 3QK6A 4GD5A 2ESNA 4YB6A 3SERA 3I6VA 3FZVA 4G77A 5AE4A 1P1NA 3RY3A 3O66A 1A8EA 3H6WA 2F8DA 2DVCA 4LZ5A 4NMYA 3FVNA 4RPNA 1B4ZA 5F1QA 3TZAA 1M5CA 1MXXA 1ZLQA 3VFJA 1DMBA 4RK2A 3T22A 3C34A 3OO8A 2V84A 3K4UA 4PFWA 4XXUA 2B3FA 3CVGA 4G68B 1TWYA 1S50A 1B52A 1H44A 1N04A 2ABHA 2O69A 1LAHE 1B5JA 3MP8A 4LUBA 1I6QA 3C9HA 2THIA 3B6TA 3FXQA 1MPBA 4M1VA 4H67A 5BUUA 1WODA 5ITOA 2HZKA 3M3KA 1XOCA 4R74A 4P0IA 3OSRA 3QXMA 5CMKA 4EF2A 2ZYNA 3FVGA 3SEUA 1B3EA 3RN8A 2UYFA 3T93B 1DPEA 4R75A 4LATA 3IAZA 5DT6A 3OXNA 3V89B 3MC2A 4ZE8A 4LZ8A 1N7WA 2QS3A 3CIJA 3I3VA 5CMCA 2GRVA 2VHAA 4ZECA 2OZZA 2F97A 2O84X 1XHYA 1II5A 1UTBA 2P2AA 3MVXA 1ZIUA 2D21A 1LCFA 4OFOA 4H8IA 3CR9A 5H8QA 3FXRA 5TP9A 3K6UA 5I84A 4OMBA 4AQ4A 3PGFA 3PPNA 4XKRA 2V3QA 4R72A 1OQHA 4ZZAA 3M8UA 4RJZA 1Y4TA 3IOVA 2PMSA 1GR2A 3VDFA 4KQPA 4U1OA 5DTBA 4H1XA 2PT2A 2ZYOA 3MPLA 4BLAA 4IGRA 4DIGA 3PV0E 3GXAA 2B65A 3T9UA 4I1DA 2XXRA 1A55A 3E4RA 3K2DA 1NKXA 1LBCA 2DE4A 4F2OA 3C31A 1UTBB 3N26A 4OTEA 1OLAA 3TMGA 1PC3A 5TP9B 4IB2A 3G3JA 3C33A 2Y7WA 1SW2A 4JSOA 3KN3A 3IOWA 1QUIA 1M5DA 1TT1A 3UP9A 3CG3A 2Z8FA 3C32A 2RKMA 4FEBA 4ELPA 4NF4A 3QYTA 4O3CA 3T9VA 3A3UA 3IJXB 3THIA 2I0BA 3VLWA 3DP8A 3TTLA 3FATA 4NF5A 5I2NA 1PBQA 4E0XA 5AA2A 3JZJA 3KSJA 3EN3A 4IO7A 3H7MA 4PE5B 3FVKA 2XXQA 4FE8A 4F3SA 4POXA 3QSLA 3SETA 5FHOA 5FTIA 1ZU0A 3VVDA 5I58A 4F18A 1LB8A 3B6QA 1SDXA 2Y7IA 1JW5A 3LSLA 4DE8A 4QSEA 1I6AA 2HCAA 4PQJA 1B2HA 1IQ7A 2I48A 4DLDA 3T9XB 4F1YA 3OEKA 5FHNA 4ISUA 1NNFA 1FQEA 4H5FA 3MP1A 4U21A 4NF4B 4F1UA 1QJMA 1NH7A 3FGSA 5DVIA 2PT1A 1RYOA 2Y84A 4AB5A 4NF5B 4QFKA 2XXYA 3R6UA 1DSNA 4X1DA 3TELA 2RF1A 3TTNA 2DP8A 4GXAA 3EHSA 3EF7A 1H3DA 3OMBA 2A5SA 3LSWA 4HCWA 3S9NC 1A7LA 4OERA 5I58B 4DCYA 4NF6B 4QF9A 4YB7A 2V3TA 1URGA 4ND9A 3TAJA 1PB9A 1LAFE 3UN6A 3GZGA 1JEUA 2QJEA 3M3LA 3TTMA 1UTHA 3CG1A 4JDFA 1TXFA 3H3GA 2H9BA 4HS7A 3FJ7A 2R6GE 2GHBA 1JW4A 1IUDA 4N6PA 2R9JA 1HSEA 1MQDA 3FUZA 2RC9A 1NNPA 4PP0A 5H8NA 2UXAA 3JYRA 1MM7A 4WEDA 4X48A 4OEVA 4GL0A 3SEWA 1B5IA 5LOMA 3CFLA 2HAVA 3VLVA 4GL8A 3RTFB 1LSTA 4Z0IA 1Y1ZA 5IKBA 2Q2CA 4OWDA 3HSTA 3SESA 2B3BA 4ONYA 2ONKE 3VXCA 3VE1B 1SYIA 3S9LC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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