4RLNA

Hen egg-white lysozyme solved from serial crystallography at a synchrotron source, data processed with nxds
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Room-temperature serial crystallography at synchrotron X-ray sources using slowly flowing free-standing high-viscosity microstreams.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4rlnA00
3CB7A 4RLMA 5KXRA 2DQFC 3OK0A 4DD0A 1AT5A 2LZ2A 3FE0A 3J4GA 1P2CC 1LZYA 1QSWA 1WTMA 1XFPL 4KL7A 4LFPA 4WLDA 4GN3A 1OUJA 3HBDA 1LZ6A 2HU1A 2BQOA 4PJ2C 5LVHA 1BQLY 1LMAA 2F4AA 1RI8B 193LA 2BQJA 1W6ZA 1GFHA 1GB6A 3AZ7A 4H92A 5B1FA 1JHLA 2F4GA 3CQLA 1WQMA 1LSDA 3AYQA 3WH1A 5DL9A 1WVVA 2BQBA 1OUGA 4H8ZA 1C10A 1G7MC 4XJDA 3WVYA 1GF0A 1IOTA 4HPIA 1IY3A 4DWXA 5KXTA 3HFMY 1GXV2 4QGZA 1OUIA 3AZ5A 4H9AA 1GB2A 3D3DA 5ILFA 1HC0A 5LVKA 4NWHA 3A93A 3J6KA 4IASA 1OUHA 2FYCA 3G3AB 3GXKA 1TCYA 4HSFA 3TXEA 1GB8A 3WU9A 2VB1A 2LYMA 1UIHA 1GB7A 2DQAA 2GV0A 4XJGA 3AGHA 1DKKA 3P64A 3WUNA 1ZMYL 4HTNA 4OOOA 3WPJA 4NGKA 4H9CA 4OWBA 5KXXA 1LHKA 1D9UA 1GF6A 3W6DA 4B1AA 1CKDA 1SLYA 1D0MA 4NFVA 3WU8A 4IATA 1BB5A 2CGIA 2WARA 5II3A 1BB3A 1LJIA 1JKBA 2DBTA 1LSMA 3AW6A 1LSEA 5F14A 1I20A 1GB0A 3AGGG 1JIYA 1B5YA 4II8A 1NKHA 1BVKC 1OUBA 1GXXA 1REXA 2BQCA 1LZAA 2C8OA 4M6DA 1JUGA 1UA6Y 4ET8A 4DD9A 2CWIA 1JEFA 1LTMA 5LAGA 5IELA 5F9UA 1RJCB 1HEPA 4XENA 3TXDA 1MELL 1GFAA 2BQKA 4TSBA 3P65A 3ATOA 4WL7A 1LPIA 2W1XA 4Z46A 1G7LC 3A6CY 4EMNA 2B5ZA 1IWVA 1CJ8A 1GBXA 4LYOA 3N9AA 1IOCA 1XGRC 3W6FA 3LYMA 3A90A 2XJWA 4NHIA 2ZNXY 1HFXA 1LZCA 1VDSA 2BLXA 154LA 2DQEY 4L41A 1ZV5L 4HJZA 4Z41A 2XBRA 4WO9A 1GDXA 1YQVY 4LT0A 1HSXA 4B0DA 5LIOA 1LJGA 4NGYA 3RT5X 2W1LA 1QUTA 1IVMA 1O23A 2YBIA 4WLYA 4CFOA 4TWSA 3A92A 1UIFA 2BQGA 1DKJA 4NG1A 4W94A 5D5CA 4Z3MA 4H9BA 2BQNA 1LJKA 4HTKA 1GFVA 2BQFA 3W6BA 2CDSA 7LYZA 5KXPA 2Z12A 1LYOA 1GDWA 4GCDA 4NSHA 1REMA 1TBYA 4OOTA 2I25L 4ANRA 1BWJA 1LZ8A 1LYYA 2HEAA 3EO5A 3W6EA 5AMYA 5APCA 1B7MA 2X0AA 1F0WA 4DD7A 153LA 1H87A 1HFZA 1JTOL 1IWUA 1IWTA 2BQAA 1G7HC 4H9EA 4KXIA 1AKIA 1B7LA 4H9FA 3WUAA 5L9JA 2HU3A 2XBSA 3A6BY 1ALCA 1ZVYB 1CJ6A 1YANA 1LZ5A 1PS5A 4P2EA 3TMUA 1KXWA 4XADA 1QDRA 4LZTA 1EQ4A 2NWDX 2Z37A 3CSZA 4MR1A 4R6CA 4CHXA 5M1YA 1GHLA 1LMCA 4WLTA 4WMGA 4G4BA 1G7JC 4ZIXA 4FDYA 1GB3A 4UWVA 5D5FA 1LJFA 1AM7A 1LSZA 1IWZA 2D4JA 3N9CA 4HV2A 1BHZA 1LZ1A 5APFA 2Y8PA 1YAOA 4ML7A 1TAYA 3P4ZA 1GE3A 1QQYA 3LHMA 2MEEA 3EBAB 1UIEA 3E3DA 3QNGA 1B2KA 1NHEA 4BAPA 4GCEA 4E3UA 1GPQC 4B4JA 4NGVA 4N5RA 3WPKA 4GLVA 3M3UA 4NSIA 2LYOA 3CT1A 1LYZA 4QY9A 1YKYX 1FKVA 4WO6A 5LXWA 132LA 4UWUA 3RU5A 1GB5A 4PRUA 4WG7A 1FLUA 1IP7A 3AB6A 1EQEA 1GE4A 1LJHA 1LJ3A 4WOAA 2BQDA 1LZRA 1JJ3A 1J1OY 1QTKA 1LSBA 3WPLA 1D6QA 1KXXA 1LHJA 1REZA 1HEWA 4NHTA 6LYTA 1GF7A 1GF4A 3WULA 1A4VA 1UC0A 2Z19A 4NSGA 5B07A 3ZEKA 1C43A 4UWNA 4H8XA 1LMNA 4I0CA 1CJ9A 5T3FA 2LZTA 5B59A 4KPMA 2MEBA 4XJIA 4G49A 4NEBA 2RSCA 2ZNWY 1DQJC 4XJFA 3W6CA 5APDA 1IY4A 3TXKA 4LGKA 5LA5A 1IC5Y 3WMKA 4RLNA 2YBMA 5B05A 4BS7A 4OWEA 4BADA 2HEEA 2ZIJA 1B5VA 1FLQA 3OJPA 3WW5A 1RFPA 1GFUA 1LJNA 1OUAA 4ETAA 3AZ4A 2D91A 1KIQC 1GWDA 1UUZC 2Z2EA 2BQEA 1QIOA 4C5FA 3LYTA 4GCBA 3ZVQA 3TXFA 4WM6A 5A3EA 2Z18A 2LYZA 4NGOA 1LMQA 5KXOA 1TEWA 3W6AA 2MEFA 2MEAA 5LAFA 3A95A 3WVXA 2IHLA 5A3ZA 4N1EI 2YDGA 3QE8A 207LA 5LYZA 5KXLA 1IWXA 1JWRA 3SP3A 1VFBC 5HLLA 2D4KA 4WM2A 3LYZA 5I4WA 3CSQA 1GEZA 1DI5A 1LHMA 4NGLA 4O34A 3A3RX 3B72A 4OWCA 1YAQA 1JTPL 4WM1A 4DD2A 1LZDA 4HV1A 3TXJA 2XTHA 4A7DA 3KAMA 5C6JA 1HENA 3IJVA 1GE2A 4ZEEA 3B0OA 4ETEA 3WYHA 5FSTA 2MEIA 5LINA 1D0LA 1GBOA 4H1PA 3TMWA 1YKXX 2LHMA 2F30A 1IP2A 3W3EA 5ILCA 4N0JA 1LKSA 5DN4A 5HMVA 2MEGA 1FBIX 1FKQA 3A94A 4DDBA 8LYZA 3K3TA 1IP6A 2HEBA 1IEEA 2YBHA 1JPOA 5I53A 1LMTA 4DD1A 1JJ0A 1VDQA 1UIGA 3QY4A 4N9RA 5DLAA 1HEMA 1CKGA 4HJVA 1B7PA 2AUBA 1IOQA 1IWWA 5KXWA 2BLYA 4X3BA 1DXJA 5C6IA 3HBHA 4NG8A 4D9ZA 4FJRA 1B5WA 4XJHA 4LT3A 2DQJY 1I56A 1N4FA 1VDTA 1NWGA 1IORA 4B4EA 5E4PA 4J7VA 4J1BA 1EL1A 2ZQ3A 1HELA 1CKCA 134LA 1HMKA 1YROA 3FI7A 1GBWA 1LHLA 2HTXA 3LZ2A 4QEQA 6LYZA 1CNSA 4NGIA 4AXTA 4BAFA 4LYBA 5KY1A 1GE0A 2ZQ4A 1JSEA 2G4QA 2ZIKA 2N5ZA 1INUA 3A34A 1GAYA 1UIBA 2ZWBA 5KKIA 1NQIA 3RZ4A 2W1YA 5I4XA 1IR7A 1KIRC 3WU7A 4H8YA 1PZYA 3LYOA 3CT5A 1GF9A 1LSCA 2ZYCA 1DPWA 1I1ZA 4DYGA 4NHQA 4PHIA 5LVGA 5LYTA 4W96A 2DQHY 3TXBA 4CGEA 1LSYA 4YEOA 3AJNA 2DQDY 1LKRA 3A8ZA 1GF3A 4H9IA 1HFYA 1WQPA 5I5QA 2A7FA 3T36A 4M4OA 5C6LA 1YL1X 9LYZA 4Z98A 1BGIA 1C7PA 4R0FA 5J7CA 1W08A 2DKVA 2HECA 5L3IA 1IX0A 1LSAA 1LZ4A 2A7DA 2BQLA 4PPOA 5JENB 3TXHA 1IP4A 1V7SA 2FBDA 3AW7A 4B4IA 1CKFA 1B5XA 4NWEA 2D4IA 1A2YC 1IWYA 3LN2A 2EIZC 1LZTA 4N1CC 3IJUA 1LZNA 4XN6A 1B5UA 4DDAA 4ETBA 1KXYA 1UIAA 208LA 3MGWA 5FHWA 1GFJA 1JKCA 2F2NA 1NMMA 4HP0A 1B7NA 1GFKA 1XGTC 3F6ZA 3IWRA 4TSCA 3ULRA 4HPEA 2Z38A 1J1XY 4GN4A 1LYSA 1GBSA 1LHHA 1IP1A 1UCOA 1XEIA 3BKHA 3A91A 1FDLY 1TDYA 1YAPA 1GFGA 1GFRA 1VATA 3EMSA 1C46A 1XEJA 1IOSA 3TMXA 2YVBA 3VWOA 1GFTA 1B7OA 2ZYPA 2HEDA 3A67Y 3A3QA 1UACY 4WL6A 5KXNA 1XGPC 2ZILA 1V7TA 4WM3A 1D0KA 4H93A 3B6LA 1BB4A 4MSTA 2EPEA 2MEDA 1LCNA 2G4NA 1IP3A 1OUCA 3B0KA 1LHIA 4LT2A 4NSJA 4RW2A 1LJEA 4I8SA 5DM9A 1B0DA 4G4CA 4GCFA 1RCMA 1DI3A 2CJLA 2H9JA 3BKVA 1LZEA 3EXDA 1GBZA 1IR8A 2YBNA 2Z39A 4DDCA 3P68A 4LYTA 5LVJA 4GN5C 1IR9A 2DQIY 1UICA 5KXMA 4KT3A 1JKAA 4AGAA 1YAMA 2BQMA 5IDDA 1T3PA 1UIDA 3A96A 5LYMA 4OWAA 1H6MA 1ZVHL 1IIZA 1J1PY 2EQLA 5KKJA 3CT0A 4ETDA 1VDPA 1HF4A 4PGJB 1FLYA 4YEMA 5E9RA 135LA 4B49A 1C08C 1D6PA 2DQGY 3M18B 1GD6A 5I54A 4LYCA 5KXKA 2FYDA 4LYZA 2PC2A 1F6RA 1REYA 1OQMA 3WL2A 2D6BA 1C45A 2MECA 4YM8A 5IHGA 4ET9A 1LSPA 1OUFA 1HSWA 3ATNA 1BWHA 1GF5A 1IO5A 1WQRA 5B1GA 4YF2A 5HNCA 1DI4A 4NHPA 1IP5A 4OW1A 1LZ9A 1B5ZA 1DZBX 1DPXA 1QTEA 4PRQA 5HNLA 4NIJA 1YKZX 2EKSC 5FELA 1JKDA 4DC4A 1AT6A 5KXZA 1XEKA 4GLAA 5I4YA 4ETCA 1LAAA 1LSFA 4RDSA 4QDNA 1NBYC 4N8ZA 1HERA 4LT1A 1OUDA 1NF5A 4NGJA 4LFXA 5LVIA 1AZFA 1GB9A 1JSFA 5F9XA 1LJJA 1LSGA 1WTNA 5FEKA 5K7OA 1NDGC 1T6VL 4TUNA 5L3HA 4HJYA 5FCPA 1EQ5A 3WW6A 2H5ZA 2Z2FA 1Z55A 2IFFY 4J0LA 4WM5A 2BQHA 1GE1A 1GBYA 1HHLA 2C8PA 4CFPA 1IC4Y 1JJ1A 2I6ZA 5FDJA 4ZFPA 4TTDA 1B7RA 5APEA 4DT3A 1B9OA 1QDTA 1LJ4A 1NDMC 2HUBA 1NBZC 4NHSA 3RW8A 2DQCY 1JISA 3P66A 2Q0MX 1VAUA 1LSNA 1IC7Y 1QSAA 5KXYA 3TXIA 1G7IC 2BPUA 3TXGA 1B7SA 4C3WA 1OP9B 2YSSC 1CJ7A 3D9AC 4J1AA 1YILA 3N9EA 4NGZA 3CSRA 3TMVA 1XSFA 1F6SA 3RNXA 1JTTL 2BAAA 4RW1A 5F81A 1BWIA 1GF8A 2YBLA 4G9SA 5KJ9A 1BB7A 3LZTA 2W1MA 1LZGA 1LOZA 2H9KA 2MEHA 2YBJA 2I26L 3B0IA 4H9HA 5EBHA 2HEFA 5HMJA 1HNLA 1HEOA 1LZBA 1SQ2L 3AZ6A 4IJ4A 4U3XB 3HBEX 4EOFA 1FN5A 4OWHA 4H91A 5LA8A 1YL0X 3AGIA 1XGQC 1YIKA 1GEVA 1GFEA 4G4HA 1LMOA 3GXRA 1E8LA 1VEDA 2FBBA 4CJ2A 1BB6A 4TX7A 1CKHA 1MLCE 4NY5A 1OUEA 4XJBA 5F16A 5B06A 4WG1A 1GAZA 1QUSA 4XYYA 5KXSA 4LYMA 1LZSA 1WQOA 1RE2A 4WLXA 1WVUA 3WUMA 1WQQA 2BQIA 5DN5A 3WXUA 4GCCA 4MCKA 1KIPC 4YENA 1BVXA 1LMPA 4YOPA 5HQ1A 3ZVQB 1B7QA 1HMLA 4WM4A 1UBZA 4HTQA 1XGUC 1F10A 133LA 1HEQA 3G3BB 2G4PA 4H94A 194LA 1FLWA 4H90A 1WQNA 3T6UA 3WXTA 1JITA 4DD3A 4NGWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L68A 3CB7A 5KXRA 3J4GA 1WTMA 200LA 3OE6A 2BQOA 2F4AA 1RI8B 128LA 1GB6A 4H92A 3CQLA 3AYQA 2BQBA 1OUGA 3WVYA 4HPIA 1PQOA 3HFMY 1G0MA 130LA 1HC0A 3HDFA 3G3AB 3LZMA 3SB5A 1GB8A 3C8QA 2LYMA 262LA 1DKKA 1ZMYL 4OOOA 1LHKA 1T8AA 4I7QA 3W6DA 4IATA 257LA 1BB3A 1LSEA 1I20A 1ZYTA 1QUGA 4W51A 1REXA 1L51A 3GUPA 5LAGA 5IELA 1RJCB 3NYAA 1L55A 1G7LC 212LA 1GBXA 2OU9A 3W6FA 1L44A 1LZCA 1VDSA 1LI3A 1ZV5L 1GDXA 6LZMA 4W58A 1L57A 1L0KA 1O23A 2YBIA 4WLYA 4DQJA 242LA 1UIFA 2BQGA 1DKJA 260LA 1LJKA 1GFVA 2BQFA 3DN8A 5KXPA 152LA 1LYOA 2LC9A 4GCDA 3HT7A 4ANRA 1LZ8A 4E97A 2X0AA 153LA 1AKIA 2HU3A 3A6BY 1L13A 1CJ6A 1L0JA 1LW9A 1KXWA 1L28A 4WMGA 151LA 1L38A 4FDYA 1GB3A 5D5FA 185LA 1LJFA 1LSZA 2Y8PA 1T6HA 4PJZA 1TAYA 3RZEA 1GE3A 1UIEA 1CU3A 1QTZA 4BAPA 4B4JA 3WPKA 4GLVA 4NSIA 3CT1A 4QY9A 1QSQA 5LXWA 3RU5A 3G3VA 4LDEA 1T97A 4WG7A 1FLUA 1IP7A 3AB6A 1D3NA 1LZRA 2RBOA 3WPLA 1REZA 1HEWA 4NHTA 1G06A 181LA 3C7WA 3ZEKA 4UWNA 5T3FA 1CJ9A 2LZTA 4KPMA 143LA 1LI6A 235LA 3TXKA 166LA 1L50A 189LA 4BS7A 1QTCA 4BADA 3OJPA 1PQMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CB7 A;  4RLM A;  5KXR A;  2DQF C;  3OK0 A;  4DD0 A;  1AT5 A;  2LZ2 A;  3FE0 A;  3J4G A;  1P2C C;  1LZY A;  1QSW A;  1WTM A;  1XFP L;  4KL7 A;  4LFP A;  4WLD A;  4GN3 A;  1OUJ A;  3HBD A;  1LZ6 A;  2HU1 A;  2BQO A;  4PJ2 C;  5LVH A;  1BQL Y;  1LMA A;  2F4A A;  1RI8 B;  193L A;  2BQJ A;  1W6Z A;  1GFH A;  1GB6 A;  3AZ7 A;  4H92 A;  5B1F A;  1JHL A;  2F4G A;  3CQL A;  1WQM A;  1LSD A;  3AYQ A;  3WH1 A;  5DL9 A;  1WVV A;  2BQB A;  1OUG A;  4H8Z A;  1C10 A;  1G7M C;  4XJD A;  3WVY A;  1GF0 A;  1IOT A;  4HPI A;  1IY3 A;  4DWX A;  5KXT A;  3HFM Y;  1GXV 2;  4QGZ A;  1OUI A;  3AZ5 A;  4H9A A;  1GB2 A;  3D3D A;  5ILF A;  1HC0 A;  5LVK A;  4NWH A;  3A93 A;  3J6K A;  4IAS A;  1OUH A;  2FYC A;  3G3A B;  3GXK A;  1TCY A;  4HSF A;  3TXE A;  1GB8 A;  3WU9 A;  2VB1 A;  2LYM A;  1UIH A;  1GB7 A;  2DQA A;  2GV0 A;  4XJG A;  3AGH A;  1DKK A;  3P64 A;  3WUN A;  1ZMY L;  4HTN A;  4OOO A;  3WPJ A;  4NGK A;  4H9C A;  4OWB A;  5KXX A;  1LHK A;  1D9U A;  1GF6 A;  3W6D A;  4B1A A;  1CKD A;  1SLY A;  1D0M A;  4NFV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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