4RNSA

Pcpr inducer binding domain (apo-form)
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
214
structure length
214
Chain Sequence
RFDPGTSNRNFRIAASDFGQALMLPRLYATLEETAPQVRVTGVNLRHGPLVEELESGSIDIAFGGFPTLSAGIKTQTLFREEYVCVMRQSHPALTHGLDLEAFRQCRHIIVTAHEFNHVHEQVEARLLELLPPESIRFTTENFLVSAVIAEETDVILTIPSRLARWFANRGGLTIFPVPIELPSIEVKQYWHERYDKDPGNIWLRRVIAKIGFQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the Inducer-Binding Domain of Pentachlorophenol-Degrading Gene Regulator PcpR from Sphingobium chlorophenolicum.
pubmed doi rcsb
source organism Sphingobium chlorophenolicum
molecule tags Transcription
molecule keywords PCP degradation transcriptional activation protein
total genus 71
structure length 214
sequence length 214
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rnsA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rnsA02
2Y7PA 4IO2A 3U72A 1ZTYA 3MAMA 2DYXA 1O7TA 1B51A 5IKBA 4DXUA 3IOVA 1A99A 5A5XB 2I0CA 1FTLA 3H03A 1US5A 1AIVA 4XKPA 3T9HB 5ICQA 3BBRA 4P0IA 2G29A 1H45A 1HSLA 1WVJA 2OCUA 1EU8A 3MVZA 3USDA 3KGCA 5I58B 1Q35A 1IITA 3N94A 3PMWA 3QSLA 2THIA 3MW0A 5HBCA 3S2VA 4IY6A 4LP2B 5KCJA 1OLCA 4XKNA 4F1VA 4WEDA 5I59A 4ELPA 4C1UA 2VOZA 4ZECA 3HV1A 1Z7ME 4NF5B 3SEVA 4NF8B 3N6UA 2RC7A 3M3LA 3K1MA 1LCFA 2VHAA 1FQDA 1FTJA 2ANJA 1LFGA 1B3HA 3R26A 4ZDMA 3IO4A 2XXWA 3C31A 2AL5A 2D3IA 1IXGA 4BDNA 4F22A 4U23A 1VE4A 3RTWB 1ZIUA 5I57B 1LB9A 3TQLA 5H8HA 4GQOA 4IO7A 4F3GA 1IXHA 2UVJA 1MQIA 3IO6A 3L6HA 4DXBA 2O7UA 2PX1A 4KCCA 3VLUA 1PC3A 5EYFA 4ND9A 3FIRA 5ICTA 1DSNA 1FQAA 1NMUA 4IGTA 5FHNA 1M5BA 1SW2A 4LZ8A 4ZS9A 4DCXA 1MPBA 1JETA 1Z7NE 5JTYA 3S9MC 4OETA 4OQOA 1ZLQA 5H8NB 3IORA 2QS2A 3PPPA 4IO5A 3O97A 2ZYOA 1D9YA 1I6QA 1FTMA 2Q89A 1A40A 1S50A 3IX1A 3MBPA 1QW0A 1XHYA 2ESNA 5DEXB 5AA2D 4QSCA 2HCAA 4DE8A 1MPCA 4ESXA 3VXBA 1LAFE 2I3VA 2M8CA 4KQPA 2QRYA 4YKIA 4DLDA 3PUWE 1EH3A 4PP0A 3G3JA 4JWOA 3T96B 2V3QA 1FW0A 1N7XA 1ZKBA 2UVHA 2NXOA 2Z8EA 2RINA 3P7IA 5AA2A 5DVFA 4QFOA 1JVYA 3H06B 3BKIB 3M8UA 1GV8A 2Y7IA 2HQ0A 2XXHA 2VD2A 3FGSA 3U8QA 1GTKA 2XD3A 5I2KA 4MFIA 3ZSFA 3E13X 1URGA 4YB7A 3CVGA 3HSTA 3ODBA 4LATA 2R71A 3G3FA 2DS9A 5F7VA 1Y4CA 4DDDA 1Y9UA 1LAXA 1URDA 3ILUB 3OSQA 3D4GA 3OSRA 2OWSA 3PV0E 4N13A 5H8NA 2CMOA 2O1MA 4NEDA 2V3UA 3TZAA 1MM7A 3MP1A 4LQ5A 5FTIA 4ELRA 2Y7WA 2F78A 3TCHA 4M1VA 1GGGA 4YMAA 3FD3A 3FV1A 4OVJA 4JBZA 1TWYA 4YB6A 5DVIA 4ZZAA 3VVFA 1B52A 1SBPA 3TPAA 3RTFB 4YMBA 1UIUA 3KSXA 3WAFA 3V5AA 1NNKA 4GVOA 2I4BA 3A3UA 4JB7A 1J1NA 1DPPA 2OK2A 2XXYA 3Q29A 4NE4A 4R9GA 4WKMA 4RPNA 4DCYA 2V3TA 2DE2A 2YLNA 2DWJA 4N07A 3U1OA 4G8MA 2H98A 3DP6A 3CI8A 5L8DA 1A8FA 2P1SA 4ZEBA 5H8FB 4G2ZA 3IJOB 2F6PA 3FXQA 1B7UA 3QXMA 4O3BA 5L9SA 4GWOA 2ABHA 1B4HA 1PB8A 3N5LA 4RNSA 5DTBA 1MDP1 2Z22A 4X1DA 1MRPA 1PB7A 4XKRA 3TTNA 2ZNSA 1ANFA 2GH9A 1USYH 3S9EA 3PMVA 3K00A 5TU0A 4XKQA 1XOCA 1P1NA 4ZE8A 3SEUA 2F97A 3OEKA 2G93A 3OO9A 1FCKA 3TDJA 4H8JA 1OIBA 4XXUA 3T93B 3FJGA 1RKMA 3KJTA 5AA4A 2H99A 4KI0E 5BWJA 3DP8A 3T9XB 2ALUA 3M3KA 3OENA 1QULA 3RPWA 4OEUA 1SYHA 1UTHA 2FYIA 3OO7A 4QHQA 5K2YA 2Y84A 4JSOA 2UVIA 4YICA 1I69A 1EZPA 2HZLA 1FTKA 4HW8A 5B7DA 1B05A 4GXAA 5A5XA 3QAXA 3QIMA 3A3CA 4XTCQ 3OEMA 1MY3A 2D21A 2Q88A 3HN0A 1S7YA 1IUDA 2O68A 3MVYA 1VSOA 4G77A 4OFJA 4OEVA 4OWDA 3Q26A 4JWXA 3SEWA 2O51A 1QUKA 2YPNA 1Y3QA 4IO6A 4C1TA 2DVZA 2Q2AA 4JSDA 4NF8A 4P0GA 4WXJA 3HPIA 3PPQA 4IO4A 4H1XA 3TEPA 4EXLA 4OHNA 2F7CA 1F9BA 2HZKA 2O7IA 2DXRA 4FEBA 2FNCA 4GIZA 3JZJA 4NWCA 5H8QA 3K4UA 5AA4B 4IO3A 4NF5A 1MXXA 4AQ4A 4U21A 2UXAA 2W7YA 3FASA 3PU5A 4FORA 4R2BA 3VDFA 2ZMBA 3O28A 3SEYA 3CFXA 4OENA 3R7XA 3G3HA 1P1OA 1XT8A 2I58A 1P1WA 1PEBA 1VFEA 2ONKE 4GXSB 4JWYA 1QUIA 4QFNA 3WAEA 3GLBA 3CFZA 1AOVA 3K0VA 2I48A 2H4IA 1N3XA 2PBWA 1H3DA 2R9JA 4Q30B 3FATA 1LCTA 3LC8A 5CRYA 3PUXE 4LONB 2F5XA 3S9NC 1YPNA 3MZ9A 4NF4B 3HCQA 3D4CA 2ZNTA 3B7DA 3PMXA 4EQ7A 1USYE 1LAGE 4KCDA 4I9DA 3O6GA 4UA8A 3G3GA 4DXCA 3FVOA 2XXUA 4XIGQ 2O69A 4H5FA 3H3GA 1QVSA 4ESWA 3IAZA 3QYTA 1HSJA 4G68A 2IEEA 2GRVA 3KFMA 4PFWA 1Q1KA 2F34A 4R72A 1MH3A 4H67A 3K6UA 2VD3A 3HO7A 5CM6A 1MY0A 3C34A 1JNFA 4FE8A 4F39A 5ISUA 4R73A 1JQFA 3PPRA 5CBRA 1B2HA 3OO8A 1NNPA 1OVBA 1M5EA 1SW1A 2QPQA 3TCGA 4MLVA 2REJA 1M5DA 2YJPA 2ZYMA 3OD7A 4LZ7A 3IB1A 5EHSA 2X7QA 2Z8FA 3VLWA 3PD9A 4KPTA 2RC9A 3W9VA 3LSXA 4OERA 3VLVA 3PPOA 2F7BA 3O2AA 1QUJA 5FTHA 4TLMB 3RY3A 2XX7A 4H0WA 4QSDA 3UP9A 5HM4B 2DQVA 3MWBA 4KFQA 5I84A 1T0KA 1POTA 4YZZA 4U2RA 1PBPA 5I2NB 3TKDA 1ATGA 1JW1A 2DWIA 1PB9A 1ZU0A 3S4UA 4EQ9A 5LOMA 1DTGA 4QFKA 1MY4A 1QKAA 3CRBA 4R75A 4YAHX 2DWAA 2RF1A 2ZYKA 4GL8A 5FHOA 3U94A 3FJMA 1IXCA 2P2AA 2V25A 1ZBMA 3E4RA 4JXIA 4QFPA 2A5SA 3JV9A 4TLLB 1GVCA 3SETA 4F2QA 2Y7KA 3KSJA 1WODA 3VXCA 1IXIA 1MDQA 1H76A 1MY1A 1SQYA 4RK9A 5ELVA 5TPAB 4K3FA 3UN6A 1NKXA 2A5TB 5CMMA 1URSA 1FQEA 4EF2A 1B0HA 3CFLA 4GLIA 1N84A 4OTEA 4EQBA 2H25A 4UACA 3C9HA 5DEXA 4OXVA 4RPOA 1AL3A 1FQFA 2D5WA 2OZZA 3RNNA 2AIXA 3OELA 1L5TA 5BUUA 3MZBA 2AL4A 2QS3A 1LGBC 2XXQA 4LVQA 2P0SA 1B3FA 3FVKA 3G3IA 3Q28A 1P1QA 1ZMGA 3N6TA 1JW5A 1MXUA 1A8EA 2ZXTA 1SW5A 1XVYA 1MXZA 3RLFE 1B40A 1OLAA 3O66A 4FAJA 1UIVA 2DE3A 3E9XA 4F1UA 1B1HA 4G8NA 4GOTA 1R9QA 3IB2A 1B5IA 5H8HB 4PFTA 3KN3A 4NF6B 3BFTA 3OMBA 1A7LA 3LSLA 3N26A 1DMBA 1LLSA 1MS7A 2I0BA 2PT2A 2XXIA 4G8HA 3C33A 4JDFA 4ECFA 2I3WA 2LAOA 1SVXB 2F7AA 1S9TA 3A09A 3O9PA 2KLFA 4M4GA 4N6PA 4OFLA 3KBRA 2VGQA 1B32A 3PGFA 3PUZE 3QUFA 5DT6A 4RK2A 5L9MA 1YAEA 3DP4A 4GF8A 2OBGA 4HS7A 4U4XA 1B5JA 4F18A 4Z7EA 1LFIA 1B9JA 1MXWA 3K2DA 3LUYA 4FECA 2VP1A 4F31B 5JTYB 4YKJA 4G4PA 2XX9A 3HHFA 3K1NA 1NNTA 1VFDA 1MXYA 5J1DA 1MM6A 5K2XA 5AE4A 1Y4TA 3DELB 3EQ1A 4ELOA 3VVEA 1CE2A 2FA7A 1P99A 2GHBA 1BIYA 1SW4A 4EUOA 5I58A 1A55A 3BFUA 3MPLA 1H44A 5H8SA 4EF1A 5CMKA 4TOZA 1Y3NA 4PE5B 2V84A 3MJNA 2HFBA 4MH5A 2PT1A 1Y1ZA 5AA2B 4X48A 3TTLA 4MLQA 4X1BA 3MUQA 4X9TA 5L9OA 1B0LA 4U22A 1SI1A 3EHTA 2NOOA 4OESA 1D3KA 2F6GA 2IA4A 3FVGA 1B6HA 3O6IA 4RYAA 2DVCA 2HXWA 3IB0A 4ISUA 3K6VA 1EZ9A 4GRKA 5DVJA 3TFLA 3KOSA 4BLAA 5AA3A 2O6AA 4AB5A 1I6BA 4OYVA 3SEXA 2O1LA 3CG3A 3H7MA 4E0XA 5B70A 1P1UA 2F8DA 1FQCA 3GBAA 4HTGA 4QF9A 2NUVA 3IOWA 1D4NA 1H43A 2ZYNA 3UORA 4BDOA 4F3BA 3TTRA 1MPDA 3DM0A 3ZKKA 3L6GA 5I56B 1TXFA 5JEIA 5KCJB 3GZGA 1MQHA 1B3EA 2H9BA 3KOTA 4DZ1A 5KZTA 1LFHA 1KWHA 4LQ2A 3H6VA 5H8QB 3VVDA 4KR5A 3DLNA 1OVTA 2E0SA 4ZEKA 4E0WA 1RYOA 4BDMA 4ELQA 1BP5A 1PBQA 4FJPA 3T66A 3K6XA 1SYIA 5ITPA 2Q2CA 1Y1MA 2XXRA 3W9WA 5CBSA 1YTVA 4YKPA 1BTJA 4IY5A 2RCBA 3IK6B 2ONSA 3Q27A 3THIA 3G7WA 1TFDA 4MBPA 3SERA 1O64A 4FEDA 2DOJA 4H65A 2BJJX 3SKPA 3TUSA 4L17A 1NFTA 3PPNA 1LSTA 4POXA 3VE1B 4LZ5A 2X26A 3MQ9A 2XXTA 3FXRA 1UTHB 4PQJA 4U1ZA 1LBCA 1NH8A 3PUVE 2XHDA 3IJXB 5TP9A 4FATA 2B3FA 1R9LA 1UTBA 4C0RA 1AH5A 4PETA 5I56A 4YKKA 3MP8A 2XXVA 3CR9A 2DWHA 3MVXA 2B65A 2HAVA 2QSXA 5HPQA 2Q9TA 4I62A 4PFYA 3V89B 4BDQA 4G68C 1N76A 1I6AA 3F11A 3MPKA 3RUMA 3V8XB 3KN8A 4H8IA 4KYDA 3K6WA 4OMBA 4BDRA 1IEJA 3EPEA 5KDTA 1Y3PA 3TODA 1MQJA 4RA1A 3UIFA 2Z8DA 3H6WA 4R9FA 4LUBA 1MY2A 2DXYA 1B1XA 1B3LA 1B46A 5CMBA 3V83A 1EZOA 5ITOA 5CC2A 1JEVA 3FZVA 5TPAA 3ONMA 5F1QA 4QRZA 5CMCA 4R6HA 3RT8A 3EHSA 3TTKA 4MF3A 1JEUA 3MC2A 1SDXA 3K02A 4OFOA 4U4SA 3U92A 3R6UA 4EDPA 4P11A 3MZ1A 3TAJA 4H6DA 5AA1A 1N3WA 1QJMA 2F35A 3EHUA 4KHZE 2NVUB 4DIGA 2HAUA 3H4ZA 3OO6A 3K01A 1LBBA 3GXAA 3O29A 1UQWA 1R1NA 3C32A 4POWA 4R6YA 4U1OA 4IB2A 3FXUA 3B6QA 4R74A 1SD3A 3TYHA 2CZLA 3IL1B 1OQGA 3UK4A 4BDLA 2ONRA 1MQDA 4Z0IA 1MH4A 1HSEA 1FQBA 2QMXA 2OWTA 3ECRA 3W15C 2Q8JA 3PUYE 1CB6A 2XXXA 2REGA 1YCJA 2A5TA 3QUJA 4NMYA 3TELA 3UA8A 4ZEIA 3FV2A 2RC8A 2UVGA 4F19A 5H8FA 1LB8A 3LR1A 2R6GE 4PFUA 3CIJA 4H5GA 2QL3A 4LA9A 3O6HA 1IQ7A 5M2VA 2QJEA 3TMGA 3VFJA 3B6WA 2XX8A 3OOAA 2O84X 3TTMA 2PMSA 4NF6A 1N04A 3U93A 2QMWA 2Y7RA 3RN8A 1TFAA 1GR2A 2HEUA 2OJTA 3KJ7A 1JVXA 5DYHA 1MQGA 3H6UA 3SESA 3IOUA 1II5A 1M5FA 3SDFA 3T22A 1JW4A 1O63A 2AYSA 3C35A 3G3KA 3H6TA 1B58A 3T9UA 4O3CA 1SI0A 4Q0CA 2I49A 4F3PA 3E3KA 5FHMA 3I3VA 4KYEA 3T9VA 1Y20A 2X7PA 4ZEDA 3RQTA 3MP6A 4RY1A 4KYSA 1DPEA 2XXPA 4RXLA 1US4A 1BKAA 1M5CA 3GBBA 3PD8A 3IR1A 4TQUQ 4HCWA 4ZZEA 2QS1A 4OZ9A 4GL0A 1B3GA 1B5HA 4NWDA 1NH7A 1NL5A 3I5OA 4RJZA 1DTZA 5I2KB 1VR5A 1OMPA 3C36A 1WDNA 2Z23A 1ELJA 4THIA 4ZEFA 5JK4A 1NNFA 4Q5TA 1ZJLA 4I1DA 4R6KA 1IIWA 2B3BA 2DE4A 2E1SA 2RCAA 1LAHE 3TCFA 3EF7A 3HHGA 1OQHA 1D9VA 3KG2A 3UGWA 3VV5A 4ZE9A 1PDAA 2H5YA 2WKYA 1MXVA 3FUZA 1XS5A 2OLBA 3TQWA 1UTBB 3B6TA 3Q25A 5TP9B 2ZNUA 2I6EA 4NF4A 5I2NA 1FTOA 3RGYA 3KEIA 4QFLA 4QSEA 4AB6A 1DOTA 1AMFA 1XC1A 5EHMA 2UYFA 3S9LC 2PYYA 3ZS6A 2GFEA 3CSBA 5KDTB 5I57A 2RKMA 4GFRA 1TT1A 3JYRA 3K1PA 3ZKLA 1N0TA 1QKBA 1MG1A 4NTLA 4FIMA 4HCYA 2I4CA 4R2FA 1B4ZA 2DP8A 3FJ7A 5IAIA 1R6ZA 1RYXA 3OXNA 4GD5A 4EXKA 2UYEA 3CG1A 4KD5A 3I6VA 3KN7A 1IZ1A 3LSWA 4I8CA 3IOTA 3EN3A 3M3FA 4YB5A 4YU0A 2NWJA 4F3SA 3CSGA 2PVUA 5I59B 2V93A 2XD2A 4F29A 3LBSA 4ONYA 4F2OA 3C4MA 4IGRA 4Q8RA 1XVXA 2DSFA 1B7HA 3KZGA 1POY1 3ILTB 2GHAA 3QK6A 5CI5A 4O3AA 1BLFA 4G68B 3LSFB 2F36A 1N7WA 3MVWA 4WEPA 1A54A 4F1YA 3AXFA 3FVNA 2QS4A 3RT6B 1B7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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