4RNSA

Pcpr inducer binding domain (apo-form)
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
214
structure length
214
Chain Sequence
b'RFDPGTSNRNFRIAASDFGQALMLPRLYATLEETAPQVRVTGVNLRHGPLVEELESGSIDIAFGGFPTLSAGIKTQTLFREEYVCVMRQSHPALTHGLDLEAFRQCRHIIVTAHEFNHVHEQVEARLLELLPPESIRFTTENFLVSAVIAEETDVILTIPSRLARWFANRGGLTIFPVPIELPSIEVKQYWHERYDKDPGNIWLRRVIAKIGFQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the Inducer-Binding Domain of Pentachlorophenol-Degrading Gene Regulator PcpR from Sphingobium chlorophenolicum.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PCP degradation transcriptional activation protein
source organism Sphingobium chlorophenolicum
molecule tags Transcription
total genus 71
structure length 214
sequence length 214
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rnsA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rnsA02
4RPNA 5JTYB 4EQBA 1USYE 2R71A 3ONMA 1D3KA 3FXQA 1LAGE 3IB2A 3IAZA 3DP8A 4NTLA 2ZXTA 1MH3A 3FVGA 1F9BA 4DXCA 2Z8FA 2E1SA 3TUSA 4N6PA 4IO6A 1NNFA 1YPNA 3OXNA 2P1SA 3IB0A 2OJTA 1ZMGA 3MP1A 4C0RA 3LSLA 1ANFA 4YZZA 2F78A 4AB6A 4X1BA 4OQOA 3ZKKA 1B51A 3RUMA 3QSLA 1NH7A 4ZEKA 4JSDA 3O97A 4KFQA 3IOWA 3SKPA 2VD2A 3PPQA 4MBPA 3C36A 2HZLA 3SESA 2FA7A 2F34A 2ONSA 4ZS9A 4HCWA 5L9MA 5M2VA 1B5IA 2PYYA 4NMYA 1ZJLA 4BDQA 4DZ1A 1UTBA 1FQEA 3TELA 5IAIA 4OEUA 5H8QA 2RC9A 4YMAA 2Y7WA 2V3QA 4GIZA 3JV9A 1PDAA 1BKAA 3PUWE 2LAOA 2UVGA 4ELPA 3FATA 1DOTA 4I8CA 5K2XA 4BDNA 3EPEA 4GL0A 2HZKA 4GRKA 4YKPA 1MPDA 3QXMA 1PBQA 4DIGA 3O66A 3SEXA 1MDQA 4WKMA 3OSRA 5I56B 4IB2A 1MXWA 3H7MA 4X1DA 5FHMA 4F29A 3FASA 3U94A 3EQ1A 1QKBA 3KN3A 4H67A 4ZECA 4MH5A 3EHUA 1MQIA 2Y7IA 3H03A 2HAUA 4F3BA 3IR1A 1JNFA 5CMBA 4LP2B 2F97A 4HS7A 1TFAA 2VP1A 4EF1A 2REJA 4GXSB 3FGSA 1B40A 4NWCA 4HTGA 2XXHA 3TFLA 3PPOA 3PUZE 1L5TA 4LQ5A 1P1OA 3MWBA 5ICTA 1NNTA 1IXHA 2XXWA 4O3AA 2XD2A 3G3FA 1XC1A 1LB9A 4R9FA 4E0XA 4PFTA 2O69A 4U4XA 1CE2A 1P99A 4YKIA 1LLSA 2YLNA 4LQ2A 4NF6A 5CBRA 1B4ZA 3V83A 3CSBA 3O29A 1S7YA 3CRBA 1NNPA 3KEIA 4OFOA 1A8FA 3LSXA 3GLBA 2GHAA 2ALUA 1TFDA 2PT2A 4IO2A 5I59A 2THIA 3VVFA 3VXBA 3LBSA 4QSCA 2XHDA 2Q88A 2OBGA 2XXUA 4H1XA 3U8QA 2GFEA 2OLBA 4Q8RA 1VFDA 4R6HA 3TTNA 4FJPA 4AB5A 1OIBA 3M3FA 5EYFA 4GL8A 4BDMA 1SYHA 2QS2A 4IO3A 2XXXA 3Q29A 4YKKA 3PGFA 1Y3NA 3VE1B 3K00A 3FVNA 4KCDA 4F1VA 2D3IA 1PB8A 4C1UA 1B58A 4BDOA 1QVSA 2DE2A 5CI5A 4R9GA 1B7UA 3TCGA 2YPNA 3K6UA 5AA2D 1HSEA 3EHSA 5H8HA 2ZYNA 3V8XB 3ECRA 5TP9B 4GWOA 1B1XA 1XOCA 1SI0A 2HXWA 5AA4B 4QRZA 2Y7PA 3IOVA 5I2KA 3QK6A 3TDJA 5L8DA 1N84A 1OVBA 1SDXA 2ZYKA 4RNSA 3SERA 3S2VA 1MS7A 3O6GA 2RCBA 3L6GA 2I0CA 5I57A 1POY1 2HEUA 4G8MA 1B46A 4EUOA 3PUXE 3MBPA 1UQWA 5CC2A 1OLCA 1J1NA 1R1NA 4OTEA 1I69A 3Q26A 1P1UA 1FTJA 4QFPA 2XXQA 5AA3A 2A5TA 4YMBA 4NEDA 1DTGA 1MY1A 1DSNA 2Q9TA 1SQYA 3SDFA 3FJ7A 1JETA 3KG2A 3KGCA 5TPAA 2QSXA 3VLVA 5I58A 2IEEA 3FVKA 1UIUA 3CSGA 1MQJA 3B6QA 4LUBA 1AMFA 1ZIUA 3VFJA 2DWHA 3G3KA 4YU0A 4U22A 3U1OA 1HSJA 4C1TA 4FIMA 3OD7A 3KOSA 4O3BA 4IGRA 1LFHA 3RTWB 3QAXA 1FTLA 4ECFA 1ZU0A 4F31B 4YB7A 1II5A 4U1OA 3ODBA 1IZ1A 3T9HB 1URDA 4AQ4A 1GVCA 1FQAA 4F2QA 2PMSA 1JVYA 1BIYA 3TEPA 3MJNA 5HBCA 3I3VA 2XXIA 1IXGA 4OVJA 4U23A 1JW1A 2CMOA 1I6BA 4KYDA 2XX8A 4JWXA 1SW1A 1GGGA 3VVEA 1B0HA 2PT1A 3IJXB 3VLUA 1N0TA 1IEJA 5I84A 4G4PA 1RYOA 1LAXA 3N94A 4I9DA 3Q27A 1SVXB 4IY5A 3KOTA 2DOJA 4YKJA 5EHMA 3FZVA 3TAJA 1EZOA 4M4GA 3PD8A 2Z8EA 1QJMA 4ZEIA 1M5CA 4ZZAA 3U92A 3RNNA 1S50A 3FV1A 1AIVA 2DE4A 3ZKLA 1UTHA 3A3CA 1BTJA 5I59B 1MXUA 1H43A 1MQHA 3A3UA 3GXAA 4OXVA 4NE4A 3C33A 2XXPA 3TQWA 3UORA 1T0KA 3ILTB 1OQHA 3FXUA 4U21A 1POTA 3M3KA 1JEVA 2D21A 2QPQA 3TTRA 4OMBA 1AL3A 2DS9A 3T9XB 1B3EA 3HSTA 2RKMA 1QUIA 3H3GA 2I6EA 1LFIA 3IORA 4OESA 1D4NA 3RLFE 4DE8A 4JXIA 2Y7KA 3E4RA 1ZTYA 2XXRA 1MM6A 2UVIA 1H3DA 3GBAA 4POXA 3SEYA 5FTIA 2DXYA 4JSOA 5I2KB 4H8JA 3K0VA 2B65A 4WEDA 1M5BA 4JB7A 2ONRA 4U4SA 2XXYA 4RK9A 2IA4A 3I6VA 4WXJA 4G68A 5AA2B 1P1QA 1A55A 1B5JA 5I57B 3IJOB 1RKMA 1MXZA 1EH3A 5KCJB 3KJ7A 3T9UA 3VVDA 2PBWA 1JVXA 3CVGA 4DCXA 2GRVA 3O6IA 1I6QA 3H6WA 1US4A 1PC3A 2FNCA 3E3KA 3HV1A 1OQGA 3MP8A 1B3FA 3OO6A 4P0GA 2E0SA 1N76A 1MY4A 1MY2A 4DDDA 3I5OA 3FD3A 3RY3A 2I49A 1JW5A 1VE4A 3THIA 4ZEBA 2P2AA 3FJMA 2G93A 4I1DA 1MPBA 1NMUA 3KSXA 2ZYMA 3G7WA 3QUJA 1WODA 1Y20A 2O6AA 1QULA 2FYIA 4FECA 4KR5A 4DXUA 3BFUA 1ZLQA 3FVOA 1DMBA 2I48A 3CFZA 2A5SA 2G29A 4P11A 5TPAB 5I58B 2V3UA 3K02A 2VHAA 3MUQA 2VD3A 3PUVE 3MP6A 5H8NA 4ELQA 1TXFA 5KDTA 2OK2A 3O2AA 3SEWA 4R75A 4G8HA 4NF5A 4MF3A 3TPAA 2QS3A 4R72A 3MVWA 4F3GA 3IL1B 3TCHA 1JQFA 3W15C 3OOAA 4RA1A 4EXKA 3K1MA 4KQPA 5EHSA 4FE8A 3C9HA 4BDRA 3OO8A 2RC8A 5LOMA 2XD3A 1OMPA 3IB1A 3PPRA 3MVXA 4G77A 3O6HA 4F2OA 1TT1A 4NF8A 2I4CA 4LA9A 1MH4A 3C32A 3LR1A 3PPPA 3T93B 2NOOA 4YICA 1B3GA 3UN6A 3IOTA 3HN0A 4F1UA 4EQ7A 3ZSFA 3VXCA 2ZMBA 5JTYA 5KZTA 5H8FB 2BJJX 1FQDA 2XX9A 3DM0A 4F18A 3TTKA 2F5XA 1B9JA 1UTHB 4IO7A 3A09A 2ABHA 2R6GE 3GZGA 2DE3A 2QJEA 1GR2A 2B3FA 3N6UA 2H99A 2QRYA 1MPCA 1M5DA 5AA1A 3BFTA 4FATA 5HM4B 2RINA 4U2RA 3U72A 4QFLA 4LATA 5ITPA 4YAHX 1UIVA 3HCQA 3QYTA 4PFUA 4ISUA 1MM7A 4F1YA 4PFWA 2Y84A 3PU5A 1Y9UA 4JWYA 3FJGA 1Y1ZA 3OMBA 4F19A 1HSLA 3OENA 1PBPA 4RJZA 3EF7A 1A40A 1XS5A 3E13X 3W9VA 2ESNA 4ZEFA 1P1NA 3T96B 1H44A 1Y4CA 1OLAA 4H5FA 1B7ZA 2NXOA 3W9WA 2OWSA 5A5XA 5DVJA 1MRPA 3BBRA 3CR9A 4RY1A 1IXIA 4OFLA 2DWAA 1R6ZA 1LCTA 4R2FA 1UTBB 4GVOA 3UK4A 4IY6A 4G68B 4FAJA 4RK2A 2V84A 2UYFA 5I2NA 5H8QB 3MZ1A 3TYHA 2CZLA 1LAFE 3RGYA 5L9OA 1IXCA 4KCCA 2NUVA 4OWDA 1XVYA 5ISUA 3DLNA 2QS1A 2GHBA 3VLWA 3L6HA 3MC2A 5ICQA 1N7XA 4H8IA 4QFKA 3KSJA 1EZ9A 2O51A 1LB8A 2ZYOA 5I56A 1FQBA 1QUKA 4IGTA 4JDFA 3C31A 2H25A 4X48A 2UVJA 3JZJA 4GLIA 4XTCQ 5J1DA 1D9VA 1PB7A 5BWJA 5ELVA 2YJPA 2ONKE 2F7CA 4TLMB 5DYHA 4XKNA 5H8NB 1A8EA 1EU8A 1O64A 5FHNA 4NF5B 1JEUA 1FW0A 3WAFA 1YCJA 3O9PA 1B1HA 4HCYA 1R9QA 1FTKA 5AE4A 1MQGA 3MZBA 1D9YA 1BLFA 2D5WA 3JYRA 3PPNA 4KPTA 3BKIB 5TU0A 2I3WA 4TOZA 3TKDA 4M1VA 2X7PA 1MY3A 1XT8A 4EF2A 2REGA 2H9BA 2V3TA 2QMWA 3OO7A 2AL5A 1SW5A 3GBBA 1B2HA 4PP0A 4EDPA 1O63A 4ZE9A 1PEBA 4NF6B 4NF8B 1BP5A 4KYSA 2I4BA 4PQJA 1M5EA 4GOTA 1FTMA 3N5LA 4X9TA 1LAHE 4R74A 2H4IA 4Q0CA 2DQVA 4P0IA 1B5HA 3UGWA 3VDFA 2R9JA 1MG1A 3MVZA 2Q89A 2HCAA 3CG1A 4N07A 4UACA 3SETA 3MW0A 1R9LA 4EXLA 4R6YA 4F3PA 1GV8A 3Q25A 4NF4A 5ITOA 4QSDA 2F7AA 5CMCA 4MFIA 2GH9A 4I62A 2ZNUA 1ELJA 3H6TA 1QUJA 2AYSA 4LZ8A 3TMGA 4IO5A 3PD9A 1EZPA 3RTFB 1URGA 4XKRA 1MY0A 4YB6A 3R26A 3PMVA 1N3XA 5CMKA 2ZNSA 5JK4A 5TP9A 2F35A 1WDNA 3TTLA 4PE5B 2Z23A 5AA4A 1A54A 3R6UA 3CFLA 1URSA 3IO6A 5H8HB 1Y4TA 2O7IA 4ESWA 1Y3QA 4GQOA 2F6GA 4Z7EA 1S9TA 4IO4A 1B3LA 1Y3PA 3D4GA 2O84X 1MDP1 3USDA 3MQ9A 2RF1A 3FXRA 2F36A 5DEXA 1KWHA 4HW8A 3IK6B 3H6UA 3KN8A 1IUDA 4G2ZA 3R7XA 4KD5A 2HFBA 4G8NA 4PETA 3H06B 4F3SA 3T22A 1IIWA 5A5XB 3TTMA 5FHOA 1Y1MA 3K01A 4LONB 3K4UA 4XKPA 2H5YA 1MXXA 4QHQA 4WEPA 4G68C 1ZKBA 3Q28A 3QUFA 4XKQA 3KFMA 2OZZA 5I2NB 4DXBA 3KJTA 2A5TB 3V5AA 1CB6A 5BUUA 1YTVA 3IX1A 2DWJA 1I6AA 4TLLB 1Z7ME 4TQUQ 3OELA 2P0SA 2W7YA 3H6VA 2Q2AA 1FQFA 2DXRA 3OSQA 4OYVA 3S9NC 3OO9A 3RT8A 4POWA 3MAMA 2I58A 2PVUA 1A99A 4KYEA 1DTZA 4RYAA 2Q2CA 1Q1KA 2F8DA 4E0WA 4MLQA 1LSTA 1YAEA 1DPPA 4H5GA 1LGBC 2OCUA 3KN7A 4Q5TA 2F6PA 1LBBA 2PX1A 2HAVA 2Z22A 3MPLA 1JW4A 1NNKA 4OFJA 1GTKA 2OWTA 1SYIA 2RC7A 3LSWA 1SW4A 4DLDA 3H4ZA 1O7TA 3HPIA 3T9VA 5B70A 2QL3A 3V89B 2QS4A 1PB9A 1A7LA 1VFEA 3C35A 1NFTA 5DVIA 4N13A 1B52A 3B6TA 4GFRA 4GF8A 1Z7NE 3S9EA 1IITA 3EN3A 1MXYA 2I3VA 1TWYA 1NKXA 4H6DA 3IO4A 1FCKA 3LC8A 3PV0E 4ZEDA 5CM6A 3RQTA 1B32A 4EQ9A 4YB5A 3PMXA 4QSEA 1SW2A 3QIMA 5K2YA 1N7WA 3C34A 2XXTA 1VR5A 5JEIA 1ZBMA 3UA8A 2UXAA 3K6XA 1XHYA 2ANJA 1QW0A 5HPQA 3S4UA 4THIA 4OETA 3ILUB 2KLFA 2V93A 4MLVA 1DPEA 2HQ0A 3HHGA 3EHTA 2Y7RA 1B0LA 3N26A 3RPWA 4NF4B 3N6TA 1IQ7A 4LVQA 3TZAA 3UP9A 3HO7A 4OERA 1ATGA 4QFNA 1SI1A 1US5A 4FEBA 2XX7A 1NL5A 5F7VA 3PMWA 3TODA 2H98A 4R6KA 4OEVA 2NWJA 3KZGA 3F11A 4LZ7A 3IOUA 3B7DA 5IKBA 1FTOA 1AH5A 3WAEA 3HHFA 3LUYA 4ELOA 2O7UA 1H76A 4XXUA 4H65A 1MXVA 2AL4A 1FQCA 3C4MA 4GD5A 4BDLA 3M3LA 3CI8A 2XXVA 5DEXB 5AA2A 1SBPA 2DSFA 5KCJA 2Z8DA 3RT6B 3ZS6A 3PUYE 2WKYA 2VOZA 2X26A 4H0WA 3K2DA 4JWOA 3CIJA 4UA8A 4F22A 2UVHA 2V25A 3FIRA 4RXLA 3D4CA 4NWDA 3SEUA 4FORA 2VGQA 1LFGA 1OVTA 3G3GA 2UYEA 4O3CA 1WVJA 1USYH 3MZ9A 3DP4A 4OENA 2M8CA 3B6WA 1B3HA 4DCYA 3SEVA 3TQLA 4KI0E 3UIFA 1SD3A 1MQDA 2I0BA 4JBZA 3U93A 1N3WA 5F1QA 3OEKA 3T66A 1LCFA 4Q30B 4GXAA 5CMMA 1B05A 4RPOA 3MVYA 1Q35A 4OZ9A 4R2BA 3FV2A 4KHZE 3FUZA 4BLAA 4L17A 2F7BA 2O68A 2QMXA 4K3FA 5B7DA 3K6VA 4ZE8A 5KDTB 1VSOA 2B3BA 1LBCA 4ESXA 3K1NA 3P7IA 3RN8A 5DVFA 5FTHA 4U1ZA 3K6WA 1B6HA 3CFXA 3M8UA 1AOVA 2DWIA 5CBSA 5DTBA 1M5FA 5CRYA 2ZNTA 2X7QA 4QF9A 3G3JA 3G3IA 4OHNA 5H8SA 5DT6A 4QFOA 1XVXA 3DP6A 4ND9A 2Q8JA 4ELRA 3AXFA 1B7HA 3KBRA 2AIXA 3S9LC 1B4HA 3G3HA 3DELB 4XIGQ 3TCFA 3MPKA 4ZZEA 1RYXA 3E9XA 4FEDA 3LSFB 3O28A 4PFYA 4Z0IA 2NVUB 3VV5A 4ONYA 4F39A 3OEMA 3S9MC 1H45A 1N04A 4LZ5A 1NH8A 2DVZA 2DYXA 4R73A 3CG3A 2O1MA 1QKAA 2DVCA 2DP8A 5L9SA 2RCAA 5H8FA 3K1PA 1P1WA 4ZDMA 2O1LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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