4RNSA

Pcpr inducer binding domain (apo-form)
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
214
structure length
214
Chain Sequence
RFDPGTSNRNFRIAASDFGQALMLPRLYATLEETAPQVRVTGVNLRHGPLVEELESGSIDIAFGGFPTLSAGIKTQTLFREEYVCVMRQSHPALTHGLDLEAFRQCRHIIVTAHEFNHVHEQVEARLLELLPPESIRFTTENFLVSAVIAEETDVILTIPSRLARWFANRGGLTIFPVPIELPSIEVKQYWHERYDKDPGNIWLRRVIAKIGFQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the Inducer-Binding Domain of Pentachlorophenol-Degrading Gene Regulator PcpR from Sphingobium chlorophenolicum.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Sphingobium chlorophenolicum
molecule keywords PCP degradation transcriptional activation protein
total genus 71
structure length 214
sequence length 214
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rnsA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rnsA02
1B52A 1D4NA 1SI1A 4RXLA 1POY1 3R26A 3UP9A 2Z23A 2IEEA 5FHOA 5FHMA 3CVGA 3H7MA 4EF1A 4R9FA 4G68B 5I2KB 2ABHA 3GBAA 3KOTA 1QKBA 4ZEDA 1TWYA 3FASA 4YU0A 1MS7A 1Q1KA 1PB8A 2Z22A 2F7AA 2XXRA 3C9HA 1N7WA 2ZNSA 4KD5A 1AH5A 3OOAA 4G8MA 4ZEBA 1JETA 1Y1ZA 1OIBA 2O1MA 3MVXA 4H8IA 3THIA 4WEPA 3PUVE 4Q0CA 3S9LC 2HZLA 4DDDA 3O2AA 1MQJA 2XXUA 5EHMA 4OHNA 4IO3A 4BLAA 1B7UA 4ZEKA 1P1WA 1MXZA 3O9PA 2B65A 5I58A 2RC9A 1NKXA 1SW2A 4DLDA 1N3WA 2XX8A 1Z7NE 3RY3A 3HV1A 4JB7A 2A5TA 5AA1A 4GL8A 2REJA 3A3UA 4ZEFA 2QS4A 1FTJA 4JSOA 1QJMA 4OEVA 3D4GA 2I3WA 4QF9A 1LSTA 2F35A 1P1NA 3M3LA 5TP9B 1II5A 1B32A 4I1DA 3KJTA 2RF1A 4FE8A 5KZTA 3TCFA 4UACA 5F1QA 2QRYA 4KYSA 4R6HA 4OETA 4XXUA 2X7QA 2V84A 2F36A 2PT1A 4Q30B 4F3PA 4RY1A 4OENA 1IXCA 2DE4A 1D9YA 1ZIUA 1B0HA 3LSXA 1LAFE 2E1SA 4KYEA 3H6TA 3LSFB 1ZBMA 1XC1A 2UVIA 3TAJA 2H4IA 4RNSA 1FQEA 4X48A 2V3UA 3MVZA 4HCWA 4ZDMA 3TZAA 5DVIA 3PUZE 3IOVA 3SEYA 4E0WA 2XXHA 4XKNA 2D3IA 1EU8A 3T93B 1LBCA 1XVYA 1FTOA 3FV2A 4R72A 3VLVA 3MWBA 1H76A 3QUFA 4NF4B 1EZPA 1SD3A 3K02A 3E4RA 3PPQA 3MP8A 1PBQA 5BWJA 2XXVA 4OTEA 3VDFA 4EQ9A 2ZYMA 3CRBA 1JNFA 2F5XA 1B51A 2Y7WA 2H25A 1IUDA 2PVUA 3FJGA 1NNKA 3VV5A 2Q89A 2Y7IA 2F78A 1Y3NA 2GH9A 3MZBA 3ODBA 1B7ZA 2UYEA 3OMBA 4N07A 1ZLQA 4MLVA 2I6EA 5I57B 3H6VA 4OMBA 3ILUB 2ALUA 1O63A 1US5A 2PT2A 4FECA 1SW1A 2HZKA 1R6ZA 4RPNA 3TEPA 3DELB 4KCDA 2FNCA 4OXVA 3MC2A 4AQ4A 2HEUA 5I59A 3RUMA 2X7PA 3M3KA 3KFMA 5CMCA 4OZ9A 3ZS6A 5AE4A 4MFIA 1ZMGA 3PUYE 2O69A 1NH8A 3VLWA 2RINA 3SEXA 1FQBA 1VE4A 3USDA 3TMGA 4YMAA 2F8DA 3CG3A 4LA9A 1ZTYA 1FQFA 4OFOA 2RKMA 1A54A 4WKMA 4PQJA 3BBRA 2QPQA 4PE5B 3M3FA 2UXAA 4H0WA 1B58A 3ILTB 1US4A 2W7YA 3E13X 1B0LA 5EHSA 3T22A 1R1NA 4YKKA 1QKAA 4GXSB 3IJXB 3LR1A 1XS5A 3SKPA 4XIGQ 2PMSA 1MXYA 3KN8A 3K2DA 4ND9A 3O28A 3C36A 3KEIA 2Y7PA 3N26A 2KLFA 2XXQA 4P0GA 2QMXA 3H6UA 4ZE9A 3FZVA 4YKJA 1UQWA 2DSFA 1UTBA 2ZYOA 4N13A 1FTMA 1M5BA 1SI0A 3MP1A 3UGWA 1P1UA 1SQYA 3KOSA 4IO6A 3W9WA 3SEWA 4TOZA 4OFJA 3CSGA 4U2RA 1M5FA 4F18A 3U92A 2DE2A 4ZEIA 3PPNA 1QUIA 1URSA 2QS3A 1SVXB 1N3XA 4EQBA 3C34A 5DVFA 1HSEA 1PC3A 4C1UA 4H5FA 3QUJA 1R9QA 5I2NB 1XHYA 3HHFA 4ELOA 4LZ5A 1JEVA 3N6UA 3W15C 3TDJA 1XVXA 1LB9A 1AIVA 3EPEA 3GXAA 1B3EA 1IIWA 3S9NC 1J1NA 1PBPA 1B05A 1DSNA 4WEDA 3MZ1A 1UTHA 3IB1A 4GOTA 3PPPA 5I2KA 3CFXA 4PFUA 5TPAB 4XKQA 2ONSA 3PGFA 5ICTA 3MQ9A 1MG1A 5BUUA 1JVXA 2ZNTA 3G3JA 4KQPA 3H6WA 3TTKA 4U21A 4R74A 2VOZA 1H3DA 2ZYNA 4X1BA 1WVJA 5H8NB 2XXXA 2UVHA 3K6XA 1MXVA 2H5YA 1SYHA 2ZYKA 1Y3PA 2F97A 2GHAA 2OZZA 2FA7A 3MPKA 3V83A 3QXMA 5DYHA 3IJOB 5JEIA 4JSDA 3C35A 3MP6A 1OQGA 3OELA 3U1OA 2HAUA 5DEXA 4FAJA 1TXFA 1P1QA 3K1PA 4KYDA 3KSXA 2AIXA 4ZECA 4LATA 3S9MC 1Y1MA 2V25A 4JWOA 5H8FB 2QL3A 4IGRA 3IK6B 3SETA 2GHBA 1MQGA 1NFTA 4WXJA 5L9MA 3RT6B 3LC8A 1OVTA 4I8CA 3K6UA 4RK2A 4DCXA 1NMUA 2Y7RA 4GXAA 2VD2A 4Q5TA 3QIMA 4JBZA 1UIUA 4JXIA 4H65A 4LVQA 4GF8A 4NF6B 4DZ1A 5I56A 1VR5A 2QS1A 3E3KA 3VXBA 1DMBA 4K3FA 3MJNA 3T9VA 4H6DA 3TFLA 4FEDA 1H43A 3B6QA 2OWSA 1NNPA 4YICA 1B4HA 1ELJA 1YPNA 2OK2A 5CMBA 2I4CA 3V5AA 3QAXA 4U1OA 4U22A 2OCUA 1BTJA 4G68C 4DIGA 2H9BA 3SEUA 2DXRA 2O6AA 4HS7A 4G4PA 4YAHX 1ZU0A 2CMOA 3MVYA 2NWJA 4RK9A 4DCYA 4NF4A 2LAOA 3IO6A 4M1VA 2UVGA 4QFPA 1DPEA 4DXCA 4FATA 2XD2A 1MPDA 4GFRA 4MH5A 2XXTA 4Z7EA 1CE2A 1QULA 5CI5A 4HTGA 1A55A 4QSDA 3TUSA 1EZOA 1B1HA 4IO7A 2O1LA 1LCFA 4ELQA 3TELA 2OWTA 1IZ1A 5KDTB 2E0SA 3PPOA 1GV8A 3EN3A 3PMVA 1PDAA 1DPPA 2CZLA 5M2VA 3LBSA 2F6PA 1LGBC 3KN7A 4ZZEA 4IO2A 3SESA 1A8EA 3B7DA 4RJZA 4C1TA 3PD8A 4R6YA 3CI8A 4BDNA 5B7DA 3U93A 2AL5A 1Y9UA 3PMWA 4F19A 4F39A 2RC7A 2D5WA 3TTRA 1MY1A 4R75A 1DTGA 4M4GA 4I9DA 1B6HA 4R6KA 3OO7A 1LBBA 1F9BA 1QW0A 2P2AA 4KHZE 4Z0IA 5H8HA 5CBSA 3G3FA 4KPTA 5H8QA 1FQAA 1LFIA 1MDQA 3IR1A 3TKDA 3OO6A 5I58B 1TT1A 1XOCA 3RGYA 1VFEA 5AA2D 3OO8A 3FATA 4QSCA 5HBCA 2DWJA 5AA4A 2I0CA 2HCAA 1GVCA 3IX1A 4KR5A 4QFOA 1D9VA 5AA2A 1S9TA 1O7TA 3C31A 4P0IA 4YB5A 1Y3QA 4JWYA 3VVDA 4ISUA 4GL0A 1VFDA 5EYFA 2Q8JA 3N6TA 5ITPA 3CIJA 2PYYA 1D3KA 1S50A 3B6WA 3FUZA 4E0XA 4C0RA 3UA8A 2V3QA 1B5HA 2AYSA 1YTVA 4O3AA 5JTYA 1BIYA 1N04A 3OEKA 3TTLA 4U1ZA 5CMKA 1MY0A 1B3HA 2VP1A 4F2OA 2ZNUA 3DP8A 3O6IA 4F1YA 2I58A 1LFHA 3BFTA 3UK4A 4XKRA 4KI0E 3U72A 1IEJA 5I84A 3K0VA 3UORA 1MXWA 4ESWA 3T9HB 3FVOA 1OLAA 4G8HA 4F29A 3HO7A 3T9XB 3ZKLA 4NEDA 3TQWA 4IY6A 3KBRA 1EZ9A 1EH3A 4ZE8A 3IOUA 3FJMA 4DE8A 1AMFA 4N6PA 5B70A 4H8JA 4IY5A 1NNTA 4AB5A 5DVJA 1FQDA 4G2ZA 4NMYA 2BJJX 4IGTA 2OLBA 1QVSA 4DXBA 2ZXTA 4GLIA 4PETA 4BDLA 5KCJA 3VLUA 3C4MA 4PP0A 1MQHA 5A5XA 2ONKE 3K00A 2WKYA 1QUJA 4F31B 4QSEA 1M5EA 3U94A 2PX1A 4I62A 2DWIA 1URDA 3PU5A 3JZJA 3KZGA 1HSJA 2XX9A 2HAVA 2PBWA 5ICQA 1MPCA 1OMPA 1IXIA 1NH7A 3S4UA 3KJ7A 3IAZA 3FXQA 3EHUA 3OENA 1MXXA 3QSLA 2HQ0A 5K2YA 4BDOA 3PD9A 4OWDA 2B3BA 1LAHE 4ONYA 4EQ7A 2UVJA 2DP8A 2Z8EA 4POXA 2P1SA 4PFTA 1A8FA 1P99A 2V3TA 2Q2AA 2HFBA 3OXNA 3RN8A 3K1MA 1LFGA 4R73A 5K2XA 3W9VA 5JK4A 4O3CA 3FXRA 5I59B 3BKIB 1RYXA 3CSBA 1FCKA 4H1XA 2NVUB 4NF8B 4LZ7A 5AA3A 1MY2A 5CBRA 3GLBA 4MLQA 5LOMA 1LLSA 3K6WA 1B2HA 1I69A 4HCYA 4G77A 3V89B 4JDFA 4FEBA 2Q2CA 2F34A 1B5IA 3P7IA 4NF5B 1MPBA 4G68A 1JQFA 4BDMA 2Y7KA 3VXCA 4OVJA 1DOTA 3G3IA 1MXUA 2X26A 1B9JA 4F3GA 3E9XA 1PEBA 2DXYA 3GBBA 4FORA 4ELRA 5L9OA 4X9TA 2M8CA 5DTBA 3HPIA 3CR9A 4FIMA 1MM7A 1MH4A 1MY3A 1LAGE 1WDNA 3MUQA 2VHAA 2XD3A 2QMWA 4MBPA 3CG1A 2QSXA 2I4BA 4F1UA 4MF3A 4F3BA 4YKIA 2AL4A 1UTBB 3OEMA 3K1NA 5FTIA 1MQIA 4R2BA 4HW8A 1QUKA 3H4ZA 4Q8RA 3PMXA 3IB2A 3K4UA 1BP5A 5TP9A 3FD3A 1T0KA 3FJ7A 2F7CA 1H44A 3TCHA 4R2FA 3S9EA 3H06B 1RKMA 3LUYA 1NL5A 3O97A 5KDTA 4IB2A 1POTA 3OSQA 1Y20A 4POWA 3FVKA 3JV9A 3OSRA 2DS9A 2XHDA 2XXWA 3SDFA 1A99A 4OESA 1LAXA 5CMMA 5FHNA 2HXWA 1PB7A 1UTHB 3BFUA 3H03A 1NNFA 5L8DA 1URGA 5IKBA 4TLLB 4ECFA 5J1DA 2DOJA 2I48A 3IO4A 3MZ9A 1ANFA 2NXOA 3D4CA 3IB0A 4TQUQ 4XTCQ 5HM4B 4YB6A 2F6GA 4NE4A 2RCBA 3PUWE 2IA4A 3ONMA 4U4SA 2B3FA 2I49A 1RYOA 1TFDA 4TLMB 4QRZA 1A40A 1MRPA 3FIRA 1GGGA 5ELVA 1SYIA 5DEXB 4P11A 2ANJA 2THIA 4GD5A 2DE3A 3UN6A 1MH3A 1OLCA 1MQDA 4H67A 3O6HA 4YZZA 4AB6A 1UIVA 3T9UA 3VFJA 1S7YA 1TFAA 3A09A 1JW5A 3HCQA 3V8XB 3L6GA 3VVFA 5I57A 3G3HA 3Q28A 1DTZA 2Q88A 3R7XA 3JYRA 3MPLA 3MBPA 4ELPA 5L9SA 5I56B 1B7HA 2VD3A 2XX7A 1ZKBA 2O68A 3L6HA 3ECRA 4XKPA 3EF7A 1SW5A 3MAMA 2QS2A 1Y4TA 3DP4A 2Y84A 2H99A 2YPNA 2DVCA 2DYXA 3SEVA 4LQ5A 1ATGA 1SDXA 3LSLA 1B5JA 3Q29A 3PV0E 2ESNA 2ZMBA 1BLFA 3FV1A 4RYAA 2RC8A 1Q35A 4U4XA 3HN0A 3QYTA 3CFLA 4GVOA 1R9LA 1Z7ME 3RTFB 2A5TB 1GTKA 3PUXE 4GIZA 4QFNA 2REGA 2XXYA 5CRYA 3A3CA 5FTHA 2O84X 4LP2B 2G29A 3RT8A 2R71A 3TPAA 2XXPA 4R9GA 1OVBA 1IXHA 3O29A 4EDPA 1GR2A 4F2QA 3I5OA 3EHTA 2NOOA 4EUOA 3SERA 4THIA 4PFYA 4EXKA 1B46A 2F7BA 4JWXA 3G3GA 3M8UA 1CB6A 1JW1A 3K01A 1FW0A 3TTNA 1M5DA 1P1OA 4OERA 4GRKA 4F3SA 1N0TA 4LUBA 3I6VA 5CC2A 4QFKA 3F11A 3QK6A 1VSOA 3RPWA 3GZGA 4U23A 1B4ZA 1HSLA 1I6QA 2UYFA 4ZZAA 1FQCA 3RNNA 2QJEA 2D21A 2Q9TA 2DQVA 3EQ1A 3OO9A 1WODA 4OYVA 3RTWB 4QFLA 2GRVA 5H8HB 5H8QB 2OBGA 3Q26A 5I2NA 3EHSA 3G3KA 4NF8A 4LQ2A 3FVGA 2G93A 4ESXA 3MW0A 5AA4B 4LZ8A 1OQHA 4EXLA 3WAEA 2YLNA 4RA1A 1B40A 4ZS9A 5AA2B 1LCTA 3H3GA 1IXGA 4LONB 5IAIA 4NWCA 4NF5A 3O66A 3RLFE 3IOWA 5TPAA 3TCGA 1FTKA 1LB8A 2O7UA 1IITA 2O51A 3WAFA 3LSWA 2GFEA 4F22A 1M5CA 5H8NA 3IOTA 4GQOA 2ONRA 1XT8A 5JTYB 1N76A 3TTMA 2Z8FA 3S2VA 1B3GA 3VE1B 1YAEA 2NUVA 4QHQA 4DXUA 4OEUA 3N94A 3PPRA 2VGQA 3VVEA 1A7LA 3DP6A 3T96B 2P0SA 4UA8A 1JW4A 3U8QA 5H8FA 2OJTA 5DT6A 1BKAA 3N5LA 2I0BA 4RPOA 4H5GA 5ISUA 2XXIA 3ZKKA 1H45A 3KG2A 3Q25A 2V93A 4YKPA 3ZSFA 3Q27A 1I6AA 2R9JA 3DM0A 1B3FA 3K6VA 4KFQA 1MM6A 3G7WA 3R6UA 3OD7A 2DWHA 5H8SA 1I6BA 1SW4A 4NF6A 4G8NA 3KN3A 2RCAA 3B6TA 4GWOA 4OQOA 4EF2A 2I3VA 3RQTA 5KCJB 1JVYA 1MY4A 3FGSA 3KSJA 5A5XB 3HHGA 1ZJLA 3C33A 5HPQA 1USYE 3C32A 4PFWA 3HSTA 4F1VA 1B3LA 2R6GE 1SBPA 5CM6A 4YB7A 3KGCA 1AL3A 5ITOA 4YMBA 2H98A 4FJPA 4BDQA 4X1DA 2Z8DA 1N84A 3DLNA 1PB9A 1YCJA 2DWAA 3FXUA 4OFLA 3TODA 1FTLA 4KCCA 3TQLA 3O6GA 3CFZA 1IQ7A 4IO5A 1JEUA 1B1XA 2O7IA 3I3VA 2YJPA 1MDP1 2DVZA 4NWDA 4L17A 1KWHA 3FVNA 3UIFA 3IORA 1AOVA 3AXFA 3MVWA 3TYHA 4IO4A 2FYIA 4NTLA 1Y4CA 3T66A 4O3BA 1N7XA 5F7VA 4BDRA 1USYH 2A5SA 1O64A 5TU0A 1L5TA 3IL1B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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