4RNSA

Pcpr inducer binding domain (apo-form)
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
214
structure length
214
Chain Sequence
b'RFDPGTSNRNFRIAASDFGQALMLPRLYATLEETAPQVRVTGVNLRHGPLVEELESGSIDIAFGGFPTLSAGIKTQTLFREEYVCVMRQSHPALTHGLDLEAFRQCRHIIVTAHEFNHVHEQVEARLLELLPPESIRFTTENFLVSAVIAEETDVILTIPSRLARWFANRGGLTIFPVPIELPSIEVKQYWHERYDKDPGNIWLRRVIAKIGFQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords PCP degradation transcriptional activation protein
publication title Structures of the Inducer-Binding Domain of Pentachlorophenol-Degrading Gene Regulator PcpR from Sphingobium chlorophenolicum.
pubmed doi rcsb
source organism Sphingobium chlorophenolicum
molecule tags Transcription
total genus 71
structure length 214
sequence length 214
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rnsA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rnsA02
2NXOA 1B2HA 4F3SA 1LAFE 4QHQA 2F7BA 1A8EA 3TFLA 1MM6A 4POXA 3V8XB 5BWJA 2F8DA 1WDNA 3PU5A 2Y84A 3RLFE 4WKMA 2CMOA 5I84A 3RTFB 4ZEFA 4JWOA 4R6HA 1B6HA 2DS9A 2ZYMA 3P7IA 1CB6A 3FJMA 3JZJA 1EH3A 5DT6A 2DQVA 5CM6A 1AOVA 2RF1A 4NMYA 2DVZA 4M4GA 2HQ0A 4WEPA 4ZE9A 1SW5A 3QUJA 3MWBA 2Y7KA 3U94A 3E9XA 4THIA 3L6HA 3T9UA 5CI5A 3CI8A 3E3KA 2UYEA 1MY1A 1IQ7A 2B65A 2FYIA 2H9BA 4H5GA 3RTWB 4U21A 1QVSA 3T9VA 3TTMA 1AH5A 4LA9A 4H6DA 3HN0A 1FTJA 1MRPA 4YMAA 2ZXTA 3I3VA 1XVXA 3ILTB 4F1VA 1ZU0A 4U23A 1XVYA 1D9VA 1BIYA 3EHSA 2QPQA 1LBBA 4E0XA 2XXVA 3OMBA 1EZOA 3MZBA 1HSJA 4XIGQ 5CMBA 1IZ1A 1B1HA 3S9LC 3O6HA 2UXAA 1N04A 2Z8FA 2G93A 4R74A 5CRYA 4LZ5A 4F31B 2DXRA 4OFJA 2O6AA 5I58A 2OJTA 1MH3A 4NF8B 1FQFA 1EU8A 2YLNA 4KFQA 3IO6A 5KCJB 4QFNA 3OELA 2E0SA 4YKIA 2REGA 2V93A 5CMKA 1SW2A 1ZJLA 4Q8RA 4JSDA 4RXLA 3FD3A 2Z8EA 1AIVA 3U8QA 3I5OA 4ONYA 4QFOA 2P0SA 2YJPA 5FHOA 3JYRA 1SBPA 4F3BA 2QRYA 4KYEA 4NWCA 3OO8A 1MY0A 3PPRA 2X7PA 4EUOA 2A5SA 2P2AA 5HPQA 1URGA 3FIRA 4MLVA 4LATA 2ZNUA 4QFPA 5CMMA 1VFDA 3MAMA 2QMXA 3LSLA 1DPEA 4N13A 1B46A 5CBRA 3VXCA 1B7ZA 3IB0A 3PPOA 1B40A 1QW0A 5ELVA 2I4BA 4MH5A 4NF6B 3C36A 1USYH 2F97A 2PX1A 4ESXA 1ANFA 1JW1A 3RNNA 2O7IA 4GVOA 1B9JA 3IOWA 3PMXA 4DIGA 1M5BA 1MQDA 1SYHA 2I0CA 2OWSA 3DP6A 1JW4A 5IAIA 3IL1B 4QRZA 3TODA 1MY4A 2QS2A 1AL3A 4EDPA 5H8NA 4IO4A 3MC2A 3CG3A 4TLMB 1FCKA 1NNPA 1ZBMA 5AE4A 3N6UA 4GQOA 1GR2A 2OLBA 4ZECA 1QKAA 2DWHA 4YAHX 3MVZA 4DZ1A 2VD3A 3SEYA 1SVXB 2O68A 2F7AA 3B6TA 1O64A 2F7CA 4ZEDA 1IEJA 3ECRA 2XXRA 1MQGA 4U4XA 2B3BA 5FHNA 5IKBA 1N3XA 1YAEA 5JTYA 1B7HA 1PB9A 4IGTA 3GBAA 4KQPA 4RY1A 4IO3A 3U92A 5TPAA 1MQHA 2F6PA 1H3DA 1N7XA 5AA3A 4Q0CA 1MQIA 3E13X 5TP9A 1B1XA 2WKYA 1FW0A 2G29A 3PPQA 1SQYA 4OYVA 1IXHA 2I48A 3HO7A 4G8MA 3MW0A 3C9HA 1QUJA 1D3KA 2XXHA 2ESNA 2NUVA 4JDFA 1MDQA 3VVDA 1A8FA 1VE4A 5H8FA 4JBZA 3O9PA 1JVXA 3O66A 4R9FA 3K01A 1Y3PA 4KHZE 5L9MA 5H8QB 2RCBA 1YTVA 3RUMA 3LC8A 1UTHA 2PVUA 3IK6B 3MP8A 3IJXB 4NF4B 3T66A 4FE8A 4I9DA 1LAXA 2I4CA 1QULA 3C4MA 2XX9A 2R71A 1TFDA 3CFXA 1OIBA 1MXUA 1PB7A 2V84A 4OTEA 2Y7WA 4N6PA 1SW4A 4H8JA 1QUIA 3PGFA 4ZZEA 2CZLA 2NVUB 4WEDA 5CMCA 3TCHA 3K6VA 1FTMA 4NWDA 4R2BA 3ZKLA 2HEUA 1US5A 3M3LA 3QIMA 2ONRA 3OSRA 2XXPA 2AL5A 4LP2B 1GGGA 4YB6A 2I3VA 1N3WA 4KD5A 2DE2A 1B3EA 2OBGA 4KCCA 3MJNA 3N5LA 3O6IA 1JW5A 4RA1A 1FTKA 2F36A 3KJ7A 5AA2A 5FTHA 5L9SA 3FATA 4FEBA 3IB2A 4QSDA 3OEKA 4NTLA 5M2VA 1RYXA 4R6KA 3IORA 5F7VA 1QKBA 3IOUA 3PD9A 4KYSA 4NF5A 1S50A 1USYE 3BBRA 1SI0A 5JEIA 2QS1A 3G3HA 2RINA 1NFTA 1YPNA 4F3PA 3V89B 1UTBB 4YICA 2XXTA 5DYHA 3TAJA 4JWYA 5A5XB 4N07A 4UA8A 3KSXA 3KSJA 5EYFA 1UIVA 1DTGA 1LB9A 4GXSB 4OXVA 3BFUA 2F6GA 4QF9A 1TFAA 4OFLA 3MVYA 5I2KA 1B3LA 5DVIA 1A7LA 2B3FA 3R7XA 2UVGA 3KEIA 5AA4B 4ELQA 3D4CA 2RC9A 4KR5A 4BDRA 4F1UA 4G2ZA 3EF7A 2I49A 2IEEA 2O7UA 1NKXA 4DCXA 3ONMA 4LUBA 1P1WA 4H65A 3GZGA 3Q28A 4NE4A 1EZPA 4ECFA 3TQLA 1NNTA 3T22A 2ONSA 2PT2A 2RC8A 2XX7A 3E4RA 1ZIUA 1XC1A 2ZYNA 1IXIA 3R6UA 5ITOA 1JEUA 3Q26A 1LAGE 4OQOA 4OZ9A 2H99A 4G8NA 2XXWA 3USDA 1KWHA 3UA8A 1H44A 2UVIA 2GH9A 2XXUA 1LB8A 3PUVE 3MP1A 3IO4A 2I58A 3MBPA 1MG1A 1B7UA 1S9TA 5KZTA 4U4SA 1TT1A 3IAZA 2XD2A 3Q29A 2DVCA 4LONB 3C31A 4Q5TA 1JQFA 4R72A 3H03A 5DEXB 2H5YA 2X7QA 3T9HB 1MQJA 3PV0E 4FJPA 4ELOA 4ESWA 3VLWA 4MFIA 3A3CA 2DOJA 1Y1MA 3Q25A 3MVWA 4ZS9A 1QUKA 1S7YA 2AIXA 4QSCA 1XHYA 2KLFA 3TZAA 4YMBA 3TCGA 3N6TA 4ELRA 5KDTB 3M3KA 1FTOA 3IOVA 1LBCA 1LLSA 1GTKA 3K1MA 3OEMA 3DM0A 2ZNTA 4G68A 2OCUA 2F34A 1H43A 4AB5A 3K6UA 3LSFB 1B3HA 4P0IA 3EHUA 2HAVA 1B4HA 2W7YA 4JB7A 1P1NA 2NWJA 1I6QA 3OENA 1VFEA 3CG1A 3OO6A 3K6XA 3SEXA 1A99A 3UP9A 3HPIA 1MXXA 3RGYA 3FVGA 2DYXA 4HCYA 3QYTA 3FXUA 4PFYA 4I62A 4GRKA 1XT8A 4R9GA 3RQTA 1HSEA 4XKPA 1BLFA 4F19A 4I8CA 2D21A 2O1MA 1OLCA 2F35A 1NMUA 2V3TA 3K02A 2A5TA 3TELA 1POTA 4H0WA 3R26A 3HHFA 4FORA 3SESA 4GLIA 2F78A 1B05A 1R9LA 3O29A 3VFJA 3WAEA 4QSEA 1B5JA 4RPOA 1B52A 5I56B 3TUSA 2ZYKA 1QJMA 4R75A 4PETA 3HHGA 1N76A 1ZTYA 5H8HB 5I57B 3ZS6A 4OEVA 3FV2A 3GXAA 3CRBA 4JXIA 5ICTA 3C32A 5FTIA 4DDDA 4F1YA 3EN3A 1IXCA 1OVBA 5ITPA 5DTBA 2XXQA 4HCWA 4YKPA 3W15C 2VD2A 1P1UA 1WVJA 2Z22A 1A40A 3F11A 1JVYA 1HSLA 3A09A 5I2NA 3TTRA 1Z7ME 3FJ7A 5I2KB 4YKJA 2RC7A 1IIWA 4RJZA 4OESA 2R9JA 2D5WA 5B70A 3Q27A 1ATGA 1ZKBA 1B5IA 1IUDA 5ISUA 1FQAA 4TLLB 4OERA 3IR1A 4BDLA 1PB8A 1T0KA 1EZ9A 3N26A 1SYIA 4Z0IA 1MPCA 1MY2A 3CIJA 1M5EA 1LCTA 3TTKA 3G3IA 3IJOB 4G68C 2QS3A 4IO7A 4XKRA 1URDA 2Q8JA 2GFEA 2I3WA 3PD8A 3M3FA 3ODBA 4XXUA 1FTLA 2D3IA 3HV1A 4XTCQ 5CBSA 4HS7A 3U93A 4POWA 1OMPA 4ZEBA 1Y4TA 3TPAA 1MS7A 4F3GA 2PYYA 4YU0A 1LFGA 1Q35A 1OQHA 2HZLA 3SERA 2HAUA 5L8DA 4NF8A 2UVJA 4YB5A 3K00A 5KCJA 3B7DA 3OD7A 4QFKA 2OWTA 4PP0A 4EXKA 3FVOA 3O97A 3GBBA 4OMBA 3TYHA 4X9TA 3KOTA 2M8CA 4TOZA 3G7WA 2ZMBA 3QAXA 1MXVA 2HXWA 3CR9A 1LFHA 4ZE8A 3TTNA 2QJEA 4GIZA 4FEDA 1DSNA 4X1BA 4M1VA 2HZKA 1NNKA 3TDJA 4F2QA 1Y3NA 3MP6A 3T9XB 3TMGA 3G3KA 3G3FA 3VVFA 3LR1A 3EHTA 1BP5A 4OETA 4EXLA 4ZDMA 1MXYA 4PFUA 3FVKA 4GD5A 3UGWA 2QSXA 2X26A 5K2XA 3H6VA 1POY1 1IXGA 5I58B 1LSTA 2Q88A 4NF6A 1BKAA 1JETA 3CFLA 4F18A 4L17A 1I69A 5L9OA 1DTZA 2FA7A 3OO9A 3U1OA 4BDOA 3FGSA 2H25A 2E1SA 4DXBA 1N7WA 4WXJA 1M5FA 1B3GA 4BDMA 2YPNA 4EQ7A 4NEDA 3PPNA 4PQJA 3ILUB 4U2RA 3RN8A 1PBPA 2GHAA 2RCAA 4PFWA 3GLBA 4U1ZA 3V83A 1MPDA 1AMFA 1MM7A 4EF2A 4GOTA 4JWXA 4ZEKA 4MF3A 3K0VA 4UACA 2O1LA 1B5HA 5AA1A 2F5XA 4KYDA 1DPPA 4RK9A 3FUZA 1DMBA 3PUXE 3KOSA 3JV9A 3SEWA 4H5FA 4C0RA 1PC3A 2O69A 1M5CA 5HBCA 4O3BA 3WAFA 3CVGA 1TWYA 1MXZA 5EHMA 4DXUA 1D9YA 1B51A 3K1PA 2Y7IA 2DSFA 3KG2A 4YB7A 2GRVA 4H8IA 3RY3A 4LQ2A 4OENA 4H1XA 3H06B 5H8NB 4RK2A 1ZMGA 3V5AA 1A54A 2LAOA 1P99A 2H4IA 1FQEA 4FECA 1Y1ZA 3MQ9A 5H8QA 1LAHE 4O3AA 4GL0A 4RPNA 3ZKKA 3RT8A 5I2NB 4H67A 3H7MA 4ELPA 4NF4A 3KZGA 4HW8A 2XXYA 3FJGA 5EHSA 1NH7A 4YZZA 1Y9UA 4DLDA 5BUUA 3OO7A 3C34A 1H76A 5TU0A 1R6ZA 5JTYB 4E0WA 5TPAB 1XS5A 2AL4A 2OZZA 4RYAA 2Y7RA 5TP9B 1P1QA 2VOZA 3DP4A 3FXRA 4F39A 4IO6A 3H6WA 1OLAA 2GHBA 1Y3QA 3IB1A 1F9BA 1US4A 3PUZE 4K3FA 2V3UA 2PT1A 3LUYA 1MXWA 4HTGA 5H8FB 4ZZAA 1LGBC 2Q89A 3K2DA 2ABHA 1OVTA 4BDNA 4FAJA 4KI0E 3K6WA 5I59A 5B7DA 1B0HA 3SEUA 1OQGA 2OK2A 4PFTA 1UTHB 4YKKA 4LZ7A 1BTJA 3S9MC 1NNFA 3OXNA 4MBPA 3VV5A 1I6AA 1UQWA 1SI1A 1Y20A 1PDAA 4DCYA 4X48A 3G3GA 3PPPA 3S9EA 2DWIA 3TCFA 3D4GA 4AQ4A 1FQCA 1URSA 1NH8A 3TQWA 3A3UA 3SDFA 1UTBA 1N0TA 3FV1A 3VLVA 1XOCA 2XXIA 5A5XA 2HCAA 4F29A 1B58A 3QK6A 4LVQA 4KPTA 1Y4CA 1PBQA 3FXQA 3QSLA 4C1UA 3G3JA 4GF8A 4TQUQ 3SETA 3C33A 3SEVA 4R2FA 3CFZA 4U1OA 3VVEA 5AA4A 4P0GA 2I0BA 3O28A 1I6BA 4IB2A 4IO5A 2Z8DA 3K4UA 3MPLA 2PBWA 1II5A 4I1DA 3DP8A 4MLQA 3O6GA 2ZNSA 2DXYA 5AA2B 1TXFA 2XXXA 2DE3A 3MPKA 3KN8A 4NF5B 3HCQA 4Q30B 3S2VA 1RKMA 4G8HA 1WODA 1R1NA 3CSGA 1B4ZA 3S4UA 2O84X 4U22A 3H6UA 5JK4A 4R73A 2DWAA 2RKMA 3TKDA 3IX1A 2THIA 3S9NC 3MZ9A 1CE2A 2O51A 4OFOA 3KJTA 4PE5B 1N84A 4Z7EA 2V25A 1J1NA 3QUFA 4IGRA 3O2AA 1JEVA 1SD3A 2QS4A 3T96B 3OOAA 3KGCA 5H8SA 2Q9TA 2BJJX 2REJA 3KN3A 2VGQA 1B0LA 3VDFA 1B32A 4P11A 2UYFA 3H6TA 4FATA 5AA2D 3L6GA 4KCDA 5DEXA 3FASA 4RNSA 5LOMA 4R6YA 1PEBA 2XX8A 4BLAA 2R6GE 4EQ9A 1YCJA 4F22A 4F2OA 1VR5A 2V3QA 2Y7PA 3W9WA 1SW1A 3U72A 2XHDA 4GXAA 2FNCA 5J1DA 4FIMA 3QXMA 3UN6A 3VXBA 3KFMA 5KDTA 1RYOA 3VE1B 2PMSA 4OWDA 3I6VA 2XD3A 1A55A 2VHAA 4OVJA 2HFBA 3RPWA 4IO2A 3BFTA 2Q2CA 4DXCA 3H3GA 3MVXA 3PUWE 3OSQA 3IOTA 2P1SA 4O3CA 3LSXA 4EF1A 3B6WA 1NL5A 3UIFA 3KN7A 1VSOA 2ANJA 3TEPA 3MUQA 5K2YA 3PMWA 4C1TA 3RT6B 2Q2AA 1L5TA 2DE4A 3TTLA 3K1NA 4ZEIA 3AXFA 4G77A 2DP8A 3UK4A 3PMVA 4GL8A 1M5DA 3LSWA 2ALUA 3T93B 1UIUA 4XKNA 3THIA 1B3FA 4JSOA 1ZLQA 3M8UA 5FHMA 2QMWA 1MH4A 2VP1A 3BKIB 1LCFA 5DVFA 3H4ZA 2Z23A 3FZVA 4AB6A 4G68B 3SKPA 2NOOA 1MY3A 1JNFA 4LZ8A 3HSTA 5ICQA 5DVJA 5I59B 2UVHA 3W9VA 4X1DA 3CSBA 4GFRA 3EQ1A 2ONKE 3B6QA 3N94A 3KBRA 1H45A 2QL3A 5I56A 1Z7NE 4GWOA 1SDXA 5H8HA 5I57A 3VLUA 3DLNA 5F1QA 5HM4B 4QFLA 4IY5A 4ISUA 2AYSA 2I6EA 3UORA 1IITA 1O63A 1DOTA 1MPBA 2ZYOA 1O7TA 1FQBA 4IY6A 5CC2A 1GV8A 1D4NA 1LFIA 4OHNA 1FQDA 1GVCA 3EPEA 4LQ5A 4OEUA 3FVNA 1R9QA 1ELJA 4EQBA 3MZ1A 4XKQA 2A5TB 3C35A 4G4PA 3ZSFA 2DWJA 3PUYE 3LBSA 1P1OA 2H98A 4BDQA 4DE8A 1Q1KA 4ND9A 2IA4A 1MDP1 3DELB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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