4RPNA

Pcpr inducer binding domain complex with pentachlorophenol
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
b'RFDPGTSNRNFRIAASDFGQALMLPRLYATLEETAPQVRVTGVNLRHGPLVEELESGSIDIAFGGFPTLSAGIKTQTLFREEYVCVMRQSHPALTHGLDLEAFRQCRHIIVTAHEFNHVHEQVEARLLELLPPESIRFTTENFLVSAVIAEETDVILTIPSRLARWFANRGGLTIFPVPIELPSIEVKQYWHERYDKDPGNIWLRRVIAKIGFQNPPAE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the Inducer-Binding Domain of Pentachlorophenol-Degrading Gene Regulator PcpR from Sphingobium chlorophenolicum.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PCP degradation transcriptional activation protein
source organism Sphingobium chlorophenolicum
molecule tags Transcription
total genus 66
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rpnA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rpnA02
2DSFA 2IEEA 3PUZE 1LFGA 2ANJA 3O2AA 3SKPA 3N6UA 1UTHA 2V25A 3KGCA 5H8FB 2ZYOA 1EZ9A 2X7PA 3FJGA 3TZAA 1IEJA 3PD8A 1MXWA 1SW2A 2IA4A 3WAFA 3C36A 4G68C 4QHQA 2DOJA 3EHSA 1NNFA 5AA4A 4U4SA 1A40A 3OSQA 3IJOB 3IB0A 4KPTA 3O28A 4RK2A 3N6TA 4H0WA 2NOOA 1MY4A 1ANFA 3RN8A 2FYIA 2H25A 1QUIA 3VVFA 5KDTA 2RC9A 3TTNA 1H3DA 1ATGA 4IGTA 2O7IA 5I2KB 1IUDA 1H44A 3H03A 1FTKA 3U94A 4O3AA 5DTBA 3FXUA 2M8CA 4ZZAA 3KOTA 2HCAA 1LSTA 3CVGA 1A8EA 3O97A 5H8HB 1SDXA 3T9VA 4FATA 4ZE9A 2OZZA 1P99A 3QSLA 3K00A 2RINA 3FZVA 5JEIA 2W7YA 3CIJA 3OELA 3EN3A 4MF3A 3MP8A 3RQTA 4OXVA 4BLAA 2O69A 1PB9A 2FNCA 3PPRA 2V3UA 2O68A 2XX8A 4C0RA 1PDAA 1Y4CA 3MW0A 5DEXA 2XXXA 3MBPA 4TLLB 1A55A 2X7QA 1P1NA 3IAZA 1EZOA 3TQWA 5TPAA 2OK2A 3MP6A 3PPQA 1YTVA 1RYXA 2D3IA 3C31A 3DLNA 4QFLA 4PQJA 4H6DA 3HCQA 3O6GA 1AMFA 1MQIA 1B58A 2NXOA 1M5DA 1AH5A 1JW5A 2ZNUA 4MFIA 3HPIA 1MH4A 1FQEA 1B1XA 4ONYA 4F3BA 3PPOA 2R9JA 5FTHA 3V83A 4QSDA 4I62A 3TODA 4OESA 3WAEA 5AA3A 2Q8JA 4RY1A 1M5FA 5I59A 4P0GA 4IO2A 2RKMA 2XXTA 3H06B 1O7TA 1B52A 3Q27A 4EF1A 4RPNA 4NWDA 1JEVA 1B9JA 3T22A 1YAEA 3PUWE 4KFQA 3GXAA 2P2AA 2F34A 1L5TA 3OSRA 4H65A 4C1UA 3EQ1A 3LR1A 4KHZE 3KEIA 1AIVA 5KZTA 1B51A 2RC8A 4PETA 3VLWA 1TXFA 4K3FA 4ZE8A 1AOVA 5CMMA 3T66A 2F6PA 5KCJA 2UVGA 2ZNTA 4U4XA 1MXZA 2DS9A 2ZXTA 2F36A 4NF6A 3OENA 4YB6A 1FTLA 2ZNSA 1MQGA 3PUXE 3UIFA 1B7UA 3FXQA 4QFPA 1QUKA 5ITPA 2OBGA 1OLAA 2HQ0A 2Z22A 4IO6A 4U23A 2Y7KA 1MG1A 5H8QB 3C4MA 1B4ZA 1NMUA 4EUOA 4OWDA 3UA8A 3SEWA 1Z7NE 4MLVA 3B6TA 1DTGA 2CZLA 1B0LA 4FEBA 1B4HA 2DYXA 4GL0A 2PT2A 4IO3A 4NF4B 4E0WA 3K2DA 1H43A 1ZTYA 4RA1A 5H8FA 1CE2A 1SYIA 3V5AA 5DYHA 2PBWA 1D9YA 4OYVA 1LLSA 3MWBA 2D5WA 3OXNA 3MZ9A 1TT1A 2I3VA 3V89B 4FJPA 3ECRA 4F39A 5HM4B 5AA2B 2HXWA 5FTIA 3S9EA 4GF8A 2FA7A 4IGRA 1NKXA 1P1QA 3CFZA 4HW8A 3E9XA 4OFOA 3A3UA 4RYAA 1B40A 3PUYE 2VHAA 3IR1A 5I2KA 1US4A 2YJPA 4XTCQ 1LAXA 4ELQA 2DWAA 2X26A 3E13X 2PVUA 5F7VA 5F1QA 3MVZA 3EHUA 4YKJA 3OOAA 2DVCA 4OQOA 4R75A 2I3WA 4PFWA 4EQBA 5K2XA 5L8DA 1URGA 1MPBA 1DTZA 1MY2A 3JZJA 2DVZA 3EF7A 1LGBC 1IITA 1MDP1 4NMYA 3RUMA 4F1UA 1B7ZA 1LB8A 1I6QA 4G8HA 2VD2A 3R26A 3PPPA 3H4ZA 3CFLA 2V3QA 2RF1A 1SQYA 3FUZA 4R6HA 1MY1A 3RTWB 4PFYA 3MC2A 3CSGA 3G3GA 4LP2B 4X9TA 1UIUA 3TCFA 3OD7A 2XXQA 1H45A 4YU0A 4DLDA 4ZS9A 1LFHA 2HFBA 2HEUA 3KFMA 2THIA 3TTLA 4ESWA 4ZEKA 3R6UA 5FHMA 3FVNA 3JV9A 1MXVA 4KD5A 5CC2A 3KJ7A 1P1OA 1OVTA 3W9VA 4FAJA 4ZEBA 4ZEIA 1B05A 2DWJA 5K2YA 3LSXA 1I69A 3TDJA 2I48A 2ZYKA 2Z23A 1B0HA 3ILTB 1D4NA 2XD3A 4H8IA 3T93B 3IJXB 2QJEA 2O7UA 4OFLA 4JDFA 5I58B 4I9DA 4GL8A 3RY3A 3K1NA 5H8SA 4XIGQ 2AIXA 1NNPA 3DM0A 4AB5A 2ZYMA 4WKMA 2Y84A 2H5YA 1CB6A 3M8UA 3CG1A 4POXA 2UXAA 1POTA 1VR5A 5H8NB 1Y1ZA 4DIGA 3RNNA 4DZ1A 1MDQA 4F1VA 4M4GA 1B46A 1B3GA 2BJJX 2PYYA 2R6GE 1LBCA 1EU8A 1HSJA 2O6AA 4GQOA 4JWXA 4DCXA 3VFJA 4RXLA 3BKIB 1VFEA 2V93A 4BDNA 1NNKA 3HSTA 1ZJLA 2ZMBA 2XXVA 1NH7A 4G77A 2H98A 4R9FA 3U92A 1B5JA 5AE4A 3FASA 5HBCA 3RPWA 1XC1A 4F31B 2Y7RA 1ZLQA 2AL5A 1B7HA 2GRVA 1OQGA 3ONMA 4EDPA 4F3GA 1GVCA 2RCBA 3IORA 1FQCA 3KZGA 4YZZA 3U1OA 3OMBA 3TCGA 3UORA 3PMVA 1JQFA 5H8QA 5B7DA 4O3CA 4U1ZA 2I6EA 5CMBA 4IY6A 3FIRA 3FV2A 3G3JA 4JWOA 3QK6A 1QJMA 5DVJA 3OO6A 3PMWA 5AA1A 3QUJA 4EQ7A 3Q29A 4UA8A 3PMXA 3ZKKA 4AQ4A 1USYH 1JETA 3P7IA 1BIYA 4Q30B 2HZKA 1MM7A 5CMKA 3V8XB 3K6XA 1YPNA 2XXUA 1FQFA 3B6WA 2NVUB 3O9PA 4H8JA 4H1XA 1PEBA 3TPAA 1XVXA 1BTJA 1LAGE 1N0TA 5CMCA 2Z8EA 3M3LA 4OTEA 3S2VA 2F6GA 2D21A 1HSEA 3UGWA 1GV8A 1IZ1A 2AYSA 3IB1A 1QKBA 2QL3A 2E0SA 2GFEA 2F7AA 3E4RA 1WVJA 2DWIA 1D9VA 5I56B 1D3KA 4KYSA 1UIVA 4KQPA 3M3FA 4P0IA 3TFLA 1UTBA 1T0KA 4M1VA 3S9LC 3OEMA 3IX1A 4IO4A 2PT1A 2OCUA 3N94A 4XXUA 4R9GA 3HHFA 1IIWA 5CBSA 3SDFA 4QRZA 4RJZA 3U8QA 1B32A 3JYRA 4KCDA 5IKBA 4R73A 1BKAA 4G4PA 2V3TA 4ND9A 3ZSFA 1N04A 1OQHA 4MH5A 4F2OA 4LZ7A 4NF5B 1LCTA 1BP5A 3K0VA 4FECA 4IO7A 4R72A 3I6VA 3DP8A 1UTHB 4Q0CA 1B3FA 4LA9A 5FHNA 5CI5A 5AA2D 4R2BA 3G3KA 3RTFB 4IO5A 4QFNA 3O29A 4F3PA 3KG2A 1S9TA 1RKMA 4HCWA 1R9QA 3OO9A 3LSFB 3QYTA 3VXCA 3IOVA 3F11A 4GFRA 3Q28A 3VLVA 3H6TA 4XKPA 2QMWA 1M5EA 4QSEA 2A5TA 4QF9A 3UK4A 4BDRA 1A7LA 1DOTA 1NFTA 1SVXB 1MXYA 3ILUB 4IY5A 3S4UA 4H67A 4GLIA 4DCYA 3TEPA 1II5A 1POY1 4P11A 2B3FA 1LB9A 1IQ7A 5I57A 1SYHA 2F8DA 3DP4A 4KYDA 1HSLA 3LC8A 2Z8FA 3EPEA 4TLMB 1I6AA 4FE8A 4RPOA 4DXBA 2GH9A 1N7WA 4JWYA 4MBPA 2OJTA 5I2NB 1USYE 1FQBA 3O6IA 4NEDA 1M5BA 2F78A 3TMGA 2DXRA 3TTMA 1DPEA 1B2HA 3CRBA 2Q88A 1SW4A 3B7DA 1QULA 1OIBA 4Q5TA 4GIZA 3BBRA 4C1TA 4XKRA 4JSOA 1ZBMA 1DPPA 3GBBA 3VDFA 1O64A 4BDOA 4KI0E 3M3KA 1O63A 1OVBA 5L9SA 2F35A 4ELOA 4ZEFA 3SEXA 1LBBA 5TP9B 2QS2A 3S9NC 1QUJA 1UQWA 2ONKE 4WXJA 1SW1A 4EXKA 3K6WA 4JSDA 4OFJA 3FATA 1NH8A 2VOZA 1JNFA 4OVJA 5H8HA 1FTJA 2I0BA 1SW5A 3LBSA 3K01A 3MUQA 4NF8B 2I4BA 3BFUA 3IOWA 4FORA 4F19A 3VXBA 3RLFE 3Q26A 4FEDA 4EXLA 3A3CA 4LONB 5BWJA 4NTLA 1MQJA 2ABHA 3PV0E 3DP6A 5ITOA 1B3LA 3EHTA 1JW1A 2O51A 3OO7A 4U22A 1MY3A 1PB7A 2REJA 1Y20A 3C35A 3HN0A 1FCKA 2QSXA 4YICA 4L17A 2WKYA 3CI8A 2UYEA 4QFKA 3E3KA 4THIA 4ELPA 3SEUA 3G3FA 2ONRA 4DDDA 5ISUA 1N84A 3LSWA 1SD3A 2I0CA 4G2ZA 4UACA 4EF2A 3S9MC 1GTKA 5BUUA 4JXIA 1US5A 2OWTA 1URSA 1R1NA 4H5FA 3IOTA 1N3WA 2XXWA 4XKNA 4H5GA 5ICQA 3TUSA 2RCAA 4NF6B 4YMAA 1ZMGA 5FHOA 2DXYA 2OLBA 5I56A 4E0XA 2REGA 1SI1A 4GXAA 3VLUA 1B1HA 3SERA 2G29A 3B6QA 1JW4A 4QSCA 2XX7A 3G3IA 2AL4A 5LOMA 3FVOA 3GBAA 3W15C 4LQ2A 1BLFA 2KLFA 3HV1A 1XT8A 4O3BA 4EQ9A 3K6UA 5B70A 4PP0A 2QRYA 4LZ5A 5EYFA 3FV1A 2Y7PA 4WEPA 3ZKLA 3G3HA 4NF5A 5M2VA 1LAFE 4BDLA 2UVIA 2VD3A 3TTKA 2XHDA 4PFUA 1NL5A 3QUFA 2RC7A 1F9BA 5I84A 3K1MA 2HZLA 4ZECA 3MZ1A 4X1BA 3H7MA 4OHNA 3MPKA 2DP8A 3TKDA 1B6HA 2YPNA 3MVYA 3D4GA 3FXRA 2XD2A 1ZU0A 4DXUA 2O1LA 2V84A 4ZZEA 1B5IA 3PUVE 4LZ8A 1XVYA 3VE1B 4R74A 5EHMA 4HS7A 4HCYA 4DE8A 2I49A 4PE5B 2VP1A 4F22A 3H3GA 4YB7A 4RNSA 1XS5A 3VV5A 1PBPA 1Q35A 5DVFA 3SETA 4JBZA 4I1DA 4TOZA 4U21A 3DELB 2QS4A 3THIA 3RT8A 3L6GA 4ISUA 3W9WA 4ELRA 2DWHA 2H99A 3MPLA 1SI0A 1MY0A 4GRKA 1H76A 4HTGA 1EH3A 3HHGA 1LFIA 3VVEA 1N7XA 2F7CA 3GLBA 4NF4A 3TTRA 1Q1KA 2F97A 4X48A 2DE4A 5J1DA 1TFDA 2P1SA 5I2NA 4LQ5A 3MZBA 4BDMA 3L6HA 2QMXA 2OWSA 3FVKA 3MVWA 3I3VA 3OEKA 5AA2A 3CSBA 3IK6B 1A99A 1XHYA 3IOUA 4YKIA 2GHBA 1IXIA 1GGGA 3IO6A 4LATA 2XXPA 1VE4A 1PC3A 1GR2A 3K6VA 5JTYB 2Z8DA 3K1PA 3C9HA 4XKQA 3K02A 4OETA 4G68B 1N76A 4QFOA 5TP9A 3A09A 2Y7WA 3ZS6A 5L9OA 3QAXA 1OLCA 3KN8A 2ALUA 4BDQA 4G8NA 1M5CA 2UVHA 3MP1A 1YCJA 4NE4A 3TYHA 3TELA 1MPDA 4OMBA 4KCCA 2UYFA 3ODBA 5A5XB 5L9MA 5CBRA 3LSLA 1MXUA 1MQHA 4NF8A 4NWCA 3CR9A 4DXCA 2GHAA 5JK4A 4R2FA 3FVGA 4GD5A 1PB8A 2Q89A 3FJMA 5DT6A 3RT6B 4F29A 1Y4TA 4ZEDA 1A54A 1AL3A 4OEVA 2HAUA 4IB2A 1LAHE 3GZGA 1MRPA 3CFXA 3VVDA 3SEYA 1MXXA 3KOSA 1S7YA 2YLNA 1N3XA 3U72A 2E1SA 1XOCA 3T9HB 5ICTA 1IXHA 2CMOA 3C33A 1WODA 1RYOA 1A8FA 4KR5A 1J1NA 1I6BA 3FD3A 3KSXA 3D4CA 4MLQA 5AA4B 1LCFA 1IXGA 3O6HA 1Y9UA 2Q2CA 3MJNA 5ELVA 3PD9A 1Y3PA 3TQLA 3LUYA 4Q8RA 3SESA 1JEUA 3USDA 4I8CA 1FQAA 1OMPA 2F7BA 2VGQA 3KSJA 3PU5A 5KDTB 3PGFA 1Y1MA 2A5SA 5I58A 4RK9A 1URDA 1Y3NA 1P1UA 2PX1A 1Z7ME 3KN3A 4YMBA 1TWYA 1JVXA 3H6WA 5H8NA 4GOTA 3O66A 1WDNA 5DVIA 3T96B 3N5LA 3RGYA 1SBPA 1FW0A 5IAIA 3KBRA 1R9LA 3UP9A 4FIMA 3TAJA 3FGSA 2H4IA 4N6PA 2ZYNA 2G93A 2UVJA 1Y3QA 3FJ7A 1MQDA 1TFAA 1ZIUA 5HPQA 4Z0IA 3KJTA 2O1MA 2F5XA 5DEXB 1B3HA 2XXHA 3Q25A 1B5HA 2DE3A 3K4UA 1FTOA 1QKAA 1DMBA 2PMSA 4U1OA 3IO4A 2NWJA 1JVYA 5TPAB 4F1YA 3T9XB 4N13A 4YKPA 4YKKA 4OEUA 3R7XA 2Y7IA 4N07A 2HAVA 1NNTA 4TQUQ 3PPNA 1VSOA 2QPQA 2Q2AA 2XXYA 1MPCA 3U93A 2XX9A 4R6KA 2QS1A 1S50A 4F2QA 1IXCA 4ESXA 5TU0A 3T9UA 3UN6A 2R71A 3MAMA 4F3SA 2DQVA 1QVSA 2B65A 1QW0A 1UTBB 1P1WA 4GVOA 2P0SA 3MVXA 4OZ9A 5I59B 4KYEA 3IL1B 4X1DA 2B3BA 3H6VA 1DSNA 2I4CA 1MH3A 2H9BA 2ESNA 3HO7A 3OO8A 4G8MA 3AXFA 3QXMA 1FQDA 5CRYA 2LAOA 4R6YA 1MM6A 4OERA 3TCHA 2I58A 3N26A 3IB2A 4AB6A 4OENA 3H6UA 2NUVA 4U2RA 4YAHX 2DE2A 1FTMA 3MQ9A 5JTYA 1EZPA 3G7WA 3BFTA 2QS3A 4G68A 3CG3A 3KN7A 4WEDA 1B3EA 5KCJB 4Z7EA 2ONSA 2O84X 3I5OA 5CM6A 4LVQA 2XXRA 4ECFA 4GWOA 3QIMA 1KWHA 2Q9TA 5A5XA 1ELJA 3C34A 3C32A 4POWA 2XXIA 1MS7A 1VFDA 2A5TB 4PFTA 1ZKBA 1R6ZA 4LUBA 4JB7A 4YB5A 4GXSB 3SEVA 1PBQA 5EHSA 4F18A 4ZDMA 5I57B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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