4RPNA

Pcpr inducer binding domain complex with pentachlorophenol
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
RFDPGTSNRNFRIAASDFGQALMLPRLYATLEETAPQVRVTGVNLRHGPLVEELESGSIDIAFGGFPTLSAGIKTQTLFREEYVCVMRQSHPALTHGLDLEAFRQCRHIIVTAHEFNHVHEQVEARLLELLPPESIRFTTENFLVSAVIAEETDVILTIPSRLARWFANRGGLTIFPVPIELPSIEVKQYWHERYDKDPGNIWLRRVIAKIGFQNPPAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords PCP degradation transcriptional activation protein
publication title Structures of the Inducer-Binding Domain of Pentachlorophenol-Degrading Gene Regulator PcpR from Sphingobium chlorophenolicum.
pubmed doi rcsb
source organism Sphingobium chlorophenolicum
molecule tags Transcription
total genus 66
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rpnA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rpnA02
4R2FA 1ZTYA 1JETA 4YKKA 3FZVA 4NWDA 3S9MC 2HZKA 2PMSA 1MDP1 3O2AA 4O3AA 1NFTA 4M4GA 4Q30B 5FTHA 4FECA 4BDLA 3HCQA 4F3SA 4OYVA 4F1UA 2R71A 2GFEA 1A8FA 4H5FA 3TMGA 3K1MA 2QMXA 5CI5A 1L5TA 2UYEA 5CBRA 3BKIB 1MH4A 2CMOA 3G3FA 3S2VA 3H03A 5H8FB 3C35A 2E1SA 4MF3A 4EQ9A 3R7XA 1S9TA 2GHBA 3W9WA 5I2KB 2REGA 3CVGA 4NF8B 2Z22A 2V3QA 1MPDA 1LFHA 3K0VA 1ZLQA 1PB8A 1YPNA 1T0KA 4F3BA 5AA2D 4OTEA 3OENA 5HBCA 5CM6A 1B32A 4ISUA 1VFEA 4XKQA 1B51A 4F2QA 4KR5A 3B6WA 4DXUA 1Y1MA 3FD3A 3CG1A 4FORA 1NNKA 1LB8A 3KN7A 1B6HA 1MXWA 2OLBA 1B0LA 1ZIUA 1TWYA 3IJXB 3T22A 3O66A 3JV9A 1NMUA 4F3PA 2DSFA 3SEUA 3C31A 3R26A 2OWTA 2H9BA 3VVFA 4IO6A 4IGTA 4NE4A 4BDRA 3E3KA 4PQJA 5KCJB 2DVZA 2F7AA 4ZEFA 3G3GA 1JNFA 2O7UA 3H6UA 3VXBA 2RC8A 2XXIA 4G8MA 1IEJA 4BDOA 2XXYA 3CSGA 5TU0A 1O64A 3ILTB 4NF4A 3LSWA 2I0CA 5JTYB 1JEUA 3CIJA 2H99A 2OWSA 4H67A 4QFOA 1Z7NE 4KCDA 1ZBMA 4YMBA 2DE4A 3T9HB 4NF6A 1TXFA 5DT6A 1A99A 5CRYA 4ND9A 1BTJA 3HHFA 2REJA 4QFKA 3RGYA 2P1SA 2VOZA 4G4PA 2VP1A 3Q29A 4ZEDA 4RXLA 4PFUA 4F18A 3CG3A 2NUVA 2QSXA 4GIZA 4KHZE 4U4XA 4Q8RA 1ZMGA 2X26A 2V3TA 3O6GA 2ZYNA 1MPBA 1EZOA 2DXRA 2O1LA 5L9SA 3KSJA 1NNPA 4R74A 3FVKA 4ZZAA 3G3KA 4RNSA 1LAGE 2VHAA 4RPOA 3MJNA 1WVJA 1PDAA 1LCFA 4OXVA 3KN8A 4OHNA 3UK4A 2G93A 3V8XB 4F19A 5AA2B 1XS5A 1B5HA 3FV1A 1QUKA 2D5WA 2UVGA 4LQ5A 5H8QB 1B3FA 1WDNA 3OELA 4LATA 3MPKA 4KPTA 1PC3A 1IUDA 5I2NB 1RYXA 3RN8A 1I6AA 2V84A 1S50A 1EZ9A 3QSLA 1RKMA 3N94A 1N84A 2UVJA 1Y3NA 4TLMB 2Y7KA 2RCBA 1B52A 5H8FA 1QW0A 3T93B 1B46A 4OEVA 4O3BA 2DVCA 3Q25A 4ZS9A 4NTLA 1FTLA 1IXHA 5I2KA 3C34A 4NF8A 3PGFA 2O69A 3A09A 5FHOA 1XVYA 5AA3A 1US4A 4IO3A 4N13A 1B7ZA 4PFWA 4QRZA 2O6AA 3OO8A 1IXCA 3KEIA 4WEPA 3VE1B 4IO5A 4XKPA 5B7DA 1S7YA 3K6WA 5K2YA 1XC1A 3MVXA 2PT1A 1SQYA 1DMBA 4NF5A 4NWCA 3U92A 4GL8A 3CR9A 1QUJA 1B9JA 3CFXA 4KQPA 4OZ9A 1OIBA 3RY3A 1MDQA 3IOWA 5ELVA 3MVZA 1QJMA 3N6UA 1JW4A 1B3EA 2B3FA 3CFLA 1MXZA 2R6GE 2FA7A 4P0IA 2DWAA 4RPNA 4I1DA 2A5TA 1VSOA 4TOZA 1JW1A 2XXXA 3T9UA 5H8HB 1B0HA 2I6EA 2I4CA 4C0RA 3PMWA 1MQGA 1LFGA 5KCJA 4U23A 3MZBA 4R9GA 3IOUA 3W15C 4F39A 4HCYA 4UACA 3TTMA 1FTJA 5H8SA 3B6TA 3H4ZA 2Z8EA 4AB6A 4DLDA 1MY2A 4GLIA 1DTZA 1KWHA 1XOCA 3FVGA 4YICA 1MQDA 1GTKA 1M5EA 2GHAA 5JTYA 3HO7A 3F11A 4BDNA 2THIA 4MBPA 2HZLA 5M2VA 3TDJA 3C36A 4PFYA 5EHMA 3TPAA 3KG2A 1SW4A 4QFNA 2HXWA 3PD9A 4BDMA 4GVOA 2RKMA 2ABHA 1AIVA 1OMPA 4EXKA 3EN3A 4I8CA 3MZ9A 4P11A 2R9JA 2HCAA 4JB7A 4QHQA 1II5A 1Y4TA 4MLQA 2H4IA 1Z7ME 4R2BA 1B1HA 3IX1A 1HSLA 1B4HA 4Q0CA 5BWJA 1VFDA 5I84A 2G29A 1SW2A 1AL3A 2FNCA 1MXXA 3VVDA 1IXIA 1Q35A 1H3DA 2B3BA 1QULA 3ODBA 4OESA 2V25A 5AA4B 3EF7A 4R72A 4H6DA 3RPWA 2HEUA 1MRPA 4QSEA 3MUQA 1EU8A 1UIUA 3I5OA 5CMMA 2Y7WA 5FHNA 2XXHA 2AL5A 1B58A 5H8QA 4I62A 4HCWA 4U1ZA 3VLUA 5DVIA 1OVTA 3N6TA 5I2NA 2ONKE 1DOTA 4YB5A 4DXBA 3L6GA 3HV1A 1LFIA 1B3GA 1SVXB 4ELQA 5JEIA 3O29A 2YLNA 1I6BA 5I57A 4XTCQ 1MPCA 3IB1A 1FTKA 3K4UA 3U94A 2PX1A 4DZ1A 4OVJA 2XD2A 3DP6A 2ZYOA 5CC2A 3PPNA 3K1PA 1R6ZA 3TYHA 2YJPA 3QXMA 1PB7A 3OSQA 2I48A 2D3IA 4QSCA 1UTHB 1B2HA 1QKAA 3EHUA 3CFZA 2NXOA 3EQ1A 2O84X 1MY0A 3UN6A 1R1NA 1SW1A 4N6PA 3TKDA 3PV0E 5K2XA 4YKIA 3WAFA 4WKMA 1ZKBA 4JDFA 2BJJX 3TZAA 4IB2A 1LGBC 3FASA 4NF5B 1BLFA 5DEXB 2ZXTA 4BLAA 3B7DA 2F6GA 3KSXA 5H8HA 1B05A 3TFLA 2RC9A 1MXYA 1R9QA 3MP8A 3BFTA 4ZEKA 3ZKKA 2QS2A 1Y4CA 4OERA 3ONMA 1USYH 5CBSA 2I49A 2M8CA 3G3IA 2A5TB 3VVEA 3GBAA 4RK9A 1US5A 2HQ0A 2DS9A 3TODA 4ZE8A 4ZECA 4ZE9A 4E0WA 3THIA 2I58A 1URSA 3RTWB 1LAHE 1B5JA 3V5AA 1BP5A 3IB2A 5JK4A 3MC2A 5EHSA 5BUUA 4OFJA 4QFPA 1N3XA 3FGSA 4UA8A 3FIRA 2DQVA 3JYRA 4MLVA 4U22A 2W7YA 3MP6A 5ISUA 3TQLA 3M3LA 4JXIA 1ANFA 3E4RA 3TAJA 3MQ9A 4DIGA 3SEXA 4H5GA 2NWJA 4EF1A 1J1NA 3T9VA 3HHGA 4XIGQ 4KI0E 4C1TA 4U21A 3G3JA 1JEVA 3TUSA 1MY1A 3IOVA 2ZMBA 2RC7A 3U1OA 2O68A 4DDDA 3FXRA 3PD8A 3RUMA 2XD3A 4EXLA 1QUIA 3FATA 1FQAA 5AA4A 5KZTA 3U93A 4YB6A 1MY4A 1M5DA 4XXUA 4GD5A 4KYDA 3GXAA 1AMFA 4U1OA 2D21A 1B1XA 2PVUA 4YU0A 1N76A 4GFRA 1P1NA 3EPEA 2XX7A 3RTFB 4FATA 4FEBA 4F1VA 1FQDA 2ALUA 1OLAA 1SBPA 3H6WA 1P1QA 2XXTA 3V89B 4R6YA 2OBGA 4DCXA 1TFDA 3TCGA 2I4BA 3A3UA 3WAEA 4OEUA 3MWBA 2DOJA 1FQBA 1DPEA 4ELPA 4RA1A 1ZJLA 2ZNUA 3G3HA 2B65A 3MVYA 4GQOA 3Q26A 4GF8A 3VLVA 4BDQA 3QUJA 4QFLA 3FVOA 2I0BA 4DE8A 2ANJA 3U72A 5I57B 2ZNSA 3I6VA 3K01A 2VD2A 3TTRA 1UTHA 3PUYE 1HSEA 2QS4A 1A8EA 2HFBA 4FAJA 1MG1A 1SI1A 2AIXA 4F2OA 5L9MA 3BBRA 3O28A 3PUVE 2F7BA 4RYAA 3K1NA 3T96B 1MY3A 4HS7A 1Q1KA 4LUBA 2Y7IA 1M5BA 3LSLA 4IGRA 3OXNA 4YAHX 3KOSA 4ZDMA 3TELA 4H0WA 5DEXA 2Z8FA 3IB0A 1Y9UA 2NOOA 4YKPA 1MS7A 5F1QA 1P1OA 3M8UA 1MQIA 1XT8A 3QK6A 1IQ7A 3LC8A 3DP4A 3IL1B 1CE2A 3TCFA 1OLCA 3SEWA 1A40A 1GVCA 2Q88A 4R9FA 4FEDA 3JZJA 3MBPA 5A5XB 3SERA 2OCUA 3MVWA 3QYTA 5ICQA 3VV5A 4K3FA 4OFLA 1B3HA 2ZYKA 2Z23A 3ZSFA 4F29A 2VD3A 5CMBA 3EHTA 2AYSA 3VDFA 1UTBA 3H06B 3RT6B 4EF2A 1LB9A 1FCKA 4XKRA 3E13X 3W9VA 5ITPA 1Y1ZA 1P1WA 4JWXA 5HPQA 1B4ZA 1NKXA 1LAXA 4Z0IA 1F9BA 1PEBA 1SD3A 1FQCA 2OZZA 1BKAA 3AXFA 1CB6A 3C32A 4X48A 3PUWE 3DM0A 2ESNA 3K6UA 1MQJA 5DVFA 4NMYA 4THIA 2F5XA 4AQ4A 1DPPA 5DVJA 4MH5A 4EDPA 1YTVA 3R6UA 1YAEA 3ZS6A 2HAVA 1DSNA 3KBRA 4NEDA 1IZ1A 3T66A 2DWHA 4M1VA 3OO6A 2PBWA 1TT1A 4EQBA 1YCJA 2IA4A 4G68B 4OWDA 4ZZEA 3PUZE 3C33A 3H6VA 1PBPA 3D4CA 2DXYA 2DWJA 1JVYA 3K2DA 3VXCA 4ELRA 4IO4A 2F8DA 3M3KA 1EH3A 4OENA 5L8DA 3A3CA 2XXVA 1N7WA 3C4MA 3UIFA 4TQUQ 5TP9A 4JSOA 2HAUA 1SYHA 3KGCA 3GZGA 2XXQA 3H6TA 1JQFA 2DWIA 3SEYA 1Y20A 3ZKLA 2ZYMA 4H8IA 3E9XA 4GOTA 2F6PA 2UVIA 4H1XA 4ESWA 4OFOA 4JSDA 3KN3A 3SDFA 4FIMA 1SW5A 4GXSB 1UIVA 1MH3A 1VE4A 4MFIA 3DELB 4RJZA 3HSTA 3S9NC 5AE4A 2ONSA 3RQTA 2O7IA 5I59B 2F78A 3MPLA 1UQWA 4U4SA 4IY6A 4O3CA 2XXUA 4LZ8A 4FE8A 4R6HA 4LQ2A 4X1BA 1BIYA 2XHDA 3FXUA 4KFQA 3O9PA 2H5YA 4Z7EA 3D4GA 4LONB 2RCAA 4IO2A 3MAMA 2Q2CA 2RINA 3VFJA 1OQHA 4KYEA 5I56B 2KLFA 3RT8A 3LBSA 1H76A 1HSJA 1SI0A 4N07A 1B40A 4X9TA 3H7MA 3OSRA 1AOVA 3UGWA 1P1UA 3QAXA 3FV2A 5A5XA 1XHYA 3UA8A 1I69A 3O97A 3FJ7A 4C1UA 2DE2A 3UP9A 1IITA 4QF9A 3PPRA 4WEDA 4PETA 3T9XB 2IEEA 1A55A 3CSBA 3G7WA 2X7PA 4U2RA 5H8NB 1B3LA 1B7HA 2Y84A 1WODA 3K00A 4G68C 3KJ7A 4OMBA 4AB5A 2Q89A 5LOMA 3LSXA 5FHMA 1MXVA 2UYFA 4KYSA 5J1DA 1UTBB 3FVNA 3SKPA 2O1MA 2Y7RA 3IORA 1JW5A 3LSFB 4YB7A 2GH9A 1I6QA 1Y3PA 4H8JA 2QS3A 5F7VA 4DCYA 3OEKA 3GBBA 2XX8A 3PPQA 5I58A 3H3GA 4RY1A 3PMVA 2QL3A 4LA9A 5IKBA 2LAOA 3CI8A 5EYFA 2V93A 1USYE 4G68A 3IK6B 3DLNA 3TEPA 2O51A 4ONYA 4QSDA 2DE3A 3B6QA 3RLFE 1N7XA 3FJGA 4LVQA 1O7TA 1POY1 2YPNA 3OO7A 5TPAA 1B5IA 1H43A 2GRVA 3IOTA 1O63A 3S9EA 4EQ7A 3CRBA 4P0GA 3ECRA 3KZGA 3TTNA 1M5FA 2H98A 4OQOA 4WXJA 3O6HA 1NNTA 4G2ZA 2PYYA 2DYXA 1PB9A 3HPIA 2FYIA 4YKJA 1M5CA 5ICTA 2P2AA 4XKNA 5KDTB 2XXWA 3PU5A 1N04A 5TP9B 3IR1A 2VGQA 5DYHA 3L6HA 4R6KA 2UVHA 1MXUA 4R75A 3IO4A 3QIMA 3SESA 3FJMA 4R73A 2WKYA 1XVXA 2F35A 1IIWA 4F1YA 4DXCA 2RF1A 3U8QA 4PE5B 3K6VA 5I59A 3PPOA 2QS1A 1JVXA 1EZPA 1FQEA 5IAIA 2DP8A 1FW0A 1QVSA 4HTGA 1POTA 5FTIA 3C9HA 4JWYA 4RK2A 3FUZA 1RYOA 4F31B 4PP0A 3KJTA 1A54A 1URGA 2Y7PA 2A5SA 3I3VA 1ATGA 1URDA 3PUXE 3Q27A 3EHSA 3OOAA 1IXGA 3UORA 5B70A 4JWOA 3TCHA 1NH7A 3MP1A 3TQWA 1FTOA 5I56A 2F36A 4GXAA 1ZU0A 4G8NA 2PT2A 5CMKA 1FTMA 2Z8DA 3LUYA 3N26A 4L17A 4IO7A 4LZ7A 2OJTA 3OD7A 4H65A 3O6IA 5CMCA 2Q9TA 3QUFA 2CZLA 1FQFA 1QKBA 3RNNA 1LBBA 4F22A 1D9YA 1TFAA 4YZZA 1A7LA 1SDXA 1VR5A 3TTLA 3N5LA 3HN0A 2AL4A 2XX9A 1MM6A 4LP2B 2H25A 2QRYA 4GRKA 3VLWA 5H8NA 1GR2A 4FJPA 1NL5A 1R9LA 5DTBA 4KD5A 3Q28A 4LZ5A 2Q8JA 4G8HA 4ZEBA 1OQGA 3MW0A 1N3WA 2UXAA 1LLSA 1LAFE 4I9DA 1AH5A 1GV8A 3BFUA 1B7UA 2E0SA 3USDA 1DTGA 1MM7A 1GGGA 4JBZA 1ELJA 2ONRA 1NNFA 2ZNTA 1P99A 3TTKA 1LSTA 3OEMA 3MZ1A 1NH8A 1H44A 4ESXA 1OVBA 5L9OA 3K02A 4HW8A 3PPPA 1Y3QA 3S4UA 4F3GA 3ILUB 4IY5A 3PMXA 2OK2A 1SYIA 4POXA 5I58B 4NF4B 3V83A 1LCTA 3IAZA 4X1DA 3M3FA 1D9VA 3LR1A 1D3KA 2I3WA 2P0SA 3IJOB 4Q5TA 4POWA 3GLBA 3OO9A 3S9LC 4EUOA 2I3VA 4PFTA 4NF6B 3SEVA 4E0XA 3FXQA 3SETA 4GWOA 5TPAB 3DP8A 2QJEA 4KCCA 5KDTA 1MQHA 1H45A 3P7IA 2QMWA 2XXRA 5HM4B 4TLLB 1N0TA 4GL0A 4G77A 2V3UA 4ECFA 4OETA 3KFMA 2NVUB 5AA1A 3KOTA 1D4NA 2X7QA 3IO6A 1LBCA 4YMAA 2F7CA 2F97A 4ZEIA 2XXPA 5AA2A 3K6XA 2Q2AA 4ELOA 5ITOA 2QPQA 3OMBA 1PBQA 2F34A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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