4RPNA

Pcpr inducer binding domain complex with pentachlorophenol
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
RFDPGTSNRNFRIAASDFGQALMLPRLYATLEETAPQVRVTGVNLRHGPLVEELESGSIDIAFGGFPTLSAGIKTQTLFREEYVCVMRQSHPALTHGLDLEAFRQCRHIIVTAHEFNHVHEQVEARLLELLPPESIRFTTENFLVSAVIAEETDVILTIPSRLARWFANRGGLTIFPVPIELPSIEVKQYWHERYDKDPGNIWLRRVIAKIGFQNPPAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the Inducer-Binding Domain of Pentachlorophenol-Degrading Gene Regulator PcpR from Sphingobium chlorophenolicum.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PCP degradation transcriptional activation protein
molecule tags Transcription
source organism Sphingobium chlorophenolicum
total genus 66
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rpnA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rpnA02
4OETA 4R6HA 3MQ9A 4WEDA 3FVGA 3G3GA 5I57B 1B7UA 3B7DA 4JSDA 4OYVA 2XHDA 4UA8A 3CG1A 3RN8A 3K6UA 4YMAA 2F97A 5DYHA 4OTEA 1US4A 4DDDA 1EU8A 3HSTA 2F78A 4EQBA 4JBZA 1OVTA 2DSFA 1Y3QA 1N04A 3VVEA 4LZ7A 1CE2A 1ZJLA 5LOMA 3PV0E 2OZZA 3KOTA 1CB6A 2XXWA 3G3FA 4F1VA 2H99A 4R73A 4HW8A 3RLFE 3MZ9A 1YPNA 1JETA 1LB9A 4JXIA 1MPDA 3C33A 4G8HA 3VLVA 4F39A 4IGTA 4ZEDA 3R7XA 3TMGA 5JTYA 3ILUB 1PC3A 1QKBA 2XXVA 1Y3PA 3FVOA 4IGRA 2ZNTA 5DEXA 1MDQA 3KG2A 3V83A 3ZKKA 5H8NB 3K1PA 5CRYA 3CSGA 1A7LA 1DOTA 1B32A 3OD7A 4NF4A 4QSCA 3CI8A 3FJMA 3OO6A 3C34A 2VP1A 3Q27A 3U8QA 3LUYA 5JK4A 1D9YA 3H6TA 4FEDA 3TODA 3PGFA 1B0HA 4DLDA 1FQAA 1SW4A 3TTKA 1B0LA 5KCJB 5KDTB 2DYXA 3FV2A 1IIWA 3MC2A 4ZEKA 1MQGA 5EYFA 3RTFB 4F19A 3E13X 2I48A 4LONB 3FGSA 1MQDA 3TPAA 4H8IA 4KYSA 2ZMBA 3ZKLA 3O9PA 2I4BA 1MXZA 3PPPA 2D5WA 4NF6B 5I58B 4R72A 1MM6A 2RCAA 4O3AA 1PBPA 5ICQA 3U92A 4ZEFA 2DS9A 3IK6B 1B3EA 3SEVA 4WXJA 3UN6A 3QIMA 1ZMGA 2HXWA 3CG3A 2VD2A 5H8HB 3T9XB 1MY1A 2AIXA 5ISUA 2GH9A 1JW5A 3PPQA 2PVUA 3S2VA 5I57A 3K00A 2QL3A 5DTBA 3B6QA 3M3FA 1HSJA 2OLBA 2ZNSA 4XKQA 4POXA 3CRBA 4LZ5A 4BDLA 5BUUA 3EHTA 2DE4A 2PYYA 1UIVA 4YZZA 2OCUA 2IEEA 3U72A 1MXYA 2Q88A 3R6UA 1SI0A 3OO8A 2O51A 2YJPA 3TELA 2V25A 2AL4A 2B3FA 1Y1ZA 1LFHA 2OWSA 4QF9A 3S9EA 1B7HA 3SEXA 4QSDA 2QS4A 3O6GA 3M3LA 3IAZA 3OELA 2F5XA 4G4PA 3FXRA 5EHMA 3OEKA 1DSNA 1BKAA 3VDFA 3GLBA 3L6HA 2Q2AA 2B3BA 3OMBA 1GTKA 2ONSA 5CMBA 2XD3A 1JW1A 1AL3A 3KN8A 1EZ9A 2QS1A 1IZ1A 4IO2A 3T96B 5H8NA 2XXQA 4R74A 4IO5A 3MVWA 2RC9A 5B70A 1VR5A 3P7IA 3B6TA 3QXMA 1LBCA 2HFBA 2LAOA 4LP2B 4E0WA 1Q1KA 4TOZA 5I2KB 5M2VA 1MY2A 3HCQA 2NOOA 4FATA 3O6IA 4F2QA 3LSWA 2O7IA 4Q8RA 4YAHX 5KCJA 5KDTA 3K6VA 4KQPA 4RNSA 4LQ5A 1LAFE 1SVXB 1P1QA 2DWAA 3OXNA 4R75A 3RQTA 2O1MA 3H3GA 1LAHE 1JEVA 4NWCA 3TTRA 4H5FA 2RINA 4NF6A 4P0GA 5I58A 2RF1A 2FNCA 2XX7A 3R26A 3Q25A 4GL0A 3TCFA 3IOWA 4XIGQ 2DXYA 2AYSA 2M8CA 4IO7A 4OFLA 1N3WA 1MPBA 3RTWB 2F7AA 5H8HA 4U23A 3JZJA 1ZU0A 1S7YA 4F31B 1AIVA 5H8FB 3EHSA 1RKMA 4U1OA 4BLAA 4PFWA 4KCCA 3KOSA 1IEJA 3TCGA 4F22A 4ZE8A 1O63A 4F1UA 3VLWA 2DE3A 3C9HA 1SW2A 2REGA 3V89B 5CBSA 2Q8JA 4PQJA 4JWXA 3IO6A 3PUVE 3PD9A 1B3HA 1B1XA 3PUYE 4H67A 1M5EA 4OEUA 3Q26A 2D21A 5B7DA 3HO7A 2F6GA 1QULA 1QJMA 4NF8B 1XVXA 3PPOA 2O69A 1D4NA 3K0VA 1LLSA 2Y7RA 1IUDA 2Y7WA 1YCJA 4F3PA 3K6XA 4TLMB 1DTZA 3EHUA 4OWDA 1I6AA 1O7TA 3BFTA 4G2ZA 5I56B 1NL5A 4XXUA 4IY5A 3A09A 4R9FA 1LB8A 4JSOA 1B46A 5HBCA 3T66A 3MVZA 5L8DA 4F3GA 1ZIUA 3K6WA 5I2KA 1TWYA 3VV5A 1JVYA 3D4CA 2H9BA 4PE5B 1D9VA 3M3KA 4EDPA 4F29A 5F1QA 3O28A 3QAXA 4OFJA 2REJA 4YICA 3C4MA 1ANFA 1SQYA 5BWJA 4ZECA 1URGA 5IKBA 3OOAA 2X7PA 5DVFA 4GLIA 4MFIA 3DP8A 1B5HA 5EHSA 3KGCA 1SW1A 1DPEA 3A3UA 2FA7A 3T9HB 1N7WA 2I58A 4XKRA 2DQVA 1AH5A 4ND9A 4GL8A 1JVXA 3T9UA 3FASA 3B6WA 2IA4A 2R6GE 4GOTA 3MP1A 4P11A 1Y20A 1B2HA 2ESNA 1NNPA 3VVDA 2ZXTA 3WAFA 4LQ2A 2HEUA 3UK4A 3RPWA 3HHFA 3IB0A 1MY3A 5FHMA 3G3KA 4GD5A 1PEBA 5H8FA 3RT6B 1EZPA 2VGQA 4G8MA 3T22A 2CMOA 2DWHA 5AA1A 1MS7A 4MH5A 2R71A 3KBRA 1B1HA 5I2NB 4OEVA 4X48A 3FZVA 3LBSA 2G29A 4YKJA 3RUMA 5I59B 4FECA 4IY6A 3IO4A 5FHNA 4ELRA 1D3KA 4PFUA 2UVJA 1TFDA 4ZZAA 2P1SA 5AA3A 3VVFA 4KFQA 3RGYA 1SW5A 4LVQA 1B3FA 3GZGA 4OMBA 1FW0A 3BKIB 4NF8A 1N0TA 4BDNA 3IL1B 1NNKA 4X1DA 4ESWA 1IITA 5ITPA 1Y4CA 3LSXA 4OFOA 5DVJA 1WDNA 4G8NA 4XTCQ 4DXCA 2F7CA 1FTLA 2G93A 3RT8A 1LBBA 4NEDA 2XX9A 4RK9A 2V3TA 5I56A 3H6UA 3LSFB 3RY3A 2OBGA 5AA2D 4HS7A 1DPPA 5ELVA 2ONRA 2KLFA 3IX1A 1IXHA 1M5DA 2H5YA 3T93B 1IQ7A 1B58A 3A3CA 2DOJA 1UTBB 4EUOA 3C31A 1JW4A 4N07A 2NUVA 2Y7IA 3CFZA 5AA4B 5HPQA 4AB5A 3AXFA 3TEPA 1MXWA 4F3BA 3GBAA 2ZYOA 2DVZA 1FQCA 3CIJA 3N6UA 4QRZA 2Z22A 2YPNA 2D3IA 4OQOA 4NF5B 5CMCA 3G3IA 3SETA 2R9JA 1GVCA 2ZYNA 2I3WA 3FJGA 4U21A 1I6QA 2Z23A 1H3DA 1NNTA 4LZ8A 2XXYA 3MP6A 1MH3A 2THIA 4KPTA 4G68C 3S9LC 4YB7A 1P1NA 5L9OA 3MWBA 3ZSFA 3IOVA 3FXQA 2NVUB 1I6BA 2NXOA 2XXRA 3UP9A 2DVCA 3MP8A 4RY1A 1FTOA 1RYXA 3SESA 1MRPA 3N94A 1H45A 3K1NA 3FIRA 5I2NA 4LATA 2XX8A 4HCWA 3MPLA 4YB6A 1MPCA 2V93A 1XHYA 5HM4B 5I59A 2O68A 3H4ZA 4U4SA 1DTGA 3OENA 1UTHB 2VOZA 3O2AA 3MZBA 4FORA 2HCAA 3C32A 4O3BA 1BIYA 4POWA 1B3GA 4FJPA 1UIUA 2FYIA 4DE8A 4YB5A 4OXVA 1Y1MA 1EZOA 1OQGA 1LFIA 3GXAA 4HTGA 3KJTA 4AQ4A 4YKPA 4DCXA 3UGWA 4H1XA 2ANJA 3VXCA 5K2YA 3PPNA 4O3CA 3TUSA 1IXCA 2XXHA 3Q28A 2Z8EA 3ZS6A 4WEPA 1B6HA 3PD8A 5CMMA 2Z8FA 3IOTA 3S4UA 3VE1B 1QUJA 4GFRA 3VXBA 4C1TA 1I69A 4QHQA 3D4GA 2NWJA 1UQWA 1S50A 3PU5A 4RK2A 4ZZEA 3WAEA 3TTNA 4U22A 3K4UA 1UTBA 1A8FA 4KHZE 1B4ZA 4QFPA 2DP8A 3MW0A 2RKMA 5AA4A 1Y4TA 4N6PA 5TPAB 4ELQA 3I3VA 4C1UA 3BBRA 1P1OA 3KN7A 2YLNA 5H8QB 1B40A 2O6AA 3DLNA 4KI0E 3H06B 4NF5A 1A40A 3MJNA 3VFJA 2PBWA 3E4RA 4HCYA 1N3XA 4I1DA 3OO7A 1TXFA 4Q30B 4WKMA 4C0RA 1PB9A 4DZ1A 2P0SA 3PMVA 4H0WA 2HAVA 4M1VA 4I9DA 1S9TA 1M5FA 3HHGA 1VSOA 3L6GA 1FQEA 4FIMA 1IXGA 4MBPA 2AL5A 3CSBA 3C36A 3G3JA 1MQHA 1Z7ME 2I0CA 1JNFA 4KYDA 4R2FA 1R1NA 1II5A 3IJOB 3I6VA 4GF8A 3OSRA 3MZ1A 3KN3A 3O66A 2I49A 2WKYA 1NKXA 1QW0A 1ZKBA 4QFNA 4H5GA 5L9MA 3O6HA 1AOVA 1UTHA 2PT2A 4OESA 1LFGA 3PUWE 1POTA 3TTMA 4XKNA 4EF2A 1T0KA 3U93A 4KR5A 1IXIA 2O1LA 3PUXE 3S9MC 3TQWA 4U2RA 2UXAA 4MLVA 2UVIA 4GRKA 5FTHA 2QPQA 2Q2CA 1B7ZA 2UYEA 4YMBA 3H7MA 2UVHA 4BDQA 3ODBA 4R6YA 4GXSB 2O84X 1USYH 3TFLA 4TQUQ 3MAMA 1A55A 1OLAA 4QFKA 4AB6A 3HPIA 1SDXA 3SEYA 2F35A 1P99A 4ISUA 1B51A 4X1BA 2VHAA 3PPRA 4I62A 1VE4A 1FQBA 4M4GA 3O97A 5CMKA 4YKKA 2DXRA 4ONYA 1MXXA 4GWOA 2Y7PA 3DP6A 3MVXA 4K3FA 1VFEA 4IO6A 4THIA 3SKPA 1MXUA 1VFDA 4L17A 3OO9A 2QS3A 2VD3A 3TCHA 1YAEA 1QVSA 3PUZE 5J1DA 4DIGA 1H76A 1POY1 1NNFA 2DWJA 4EXKA 2O7UA 1B9JA 4EXLA 3UIFA 2A5TB 5DT6A 3EQ1A 5A5XB 2I6EA 1MG1A 3QSLA 2F6PA 1WVJA 4TLLB 1LCFA 2Y84A 5ICTA 3KSXA 2OJTA 2X7QA 5TPAA 5L9SA 1NH7A 4UACA 4PFYA 3K1MA 4IB2A 1LAXA 1O64A 4YKIA 1PB7A 3KSJA 5H8QA 1TFAA 2XXXA 4EQ9A 5FTIA 1OLCA 3G7WA 4RYAA 3VLUA 4U4XA 1XC1A 1R9LA 1Z7NE 3IJXB 4JWOA 4FAJA 3N6TA 1FCKA 4JDFA 1HSLA 3C35A 3EN3A 1URDA 1XVYA 1FQDA 5DVIA 3GBBA 3I5OA 2DWIA 4ZEBA 5CC2A 3TZAA 3MVYA 1B5JA 1B05A 1SYHA 5CBRA 1B3LA 4R6KA 4G77A 3M8UA 3IB2A 1MDP1 4FE8A 2XXIA 3ILTB 4RJZA 1RYOA 4GIZA 3TQLA 3DP4A 3KZGA 4IO3A 1SYIA 1JQFA 2E0SA 2GFEA 4H6DA 2BJJX 5IAIA 2HZKA 1ZBMA 4N13A 3UORA 3SEWA 3MUQA 1N84A 3K2DA 4QFLA 2F8DA 3JYRA 4Q5TA 4R9GA 4F1YA 4NMYA 3H6WA 3KFMA 3S9NC 1BLFA 3CFLA 1GGGA 2QMWA 1N76A 1FTKA 4MF3A 4ELPA 4U1ZA 4GXAA 2RC8A 4ZS9A 1XT8A 5JEIA 5AA2B 2Q89A 3CFXA 2ONKE 2XXUA 2RC7A 3K01A 1SI1A 4GVOA 4LUBA 5TP9B 1MY4A 1A8EA 3THIA 2Y7KA 4IO4A 4F3SA 2PMSA 4NTLA 1H43A 3UA8A 2ZNUA 1M5CA 3F11A 4E0XA 3FUZA 1TT1A 3W15C 2F36A 5H8SA 3U1OA 4KYEA 1US5A 4XKPA 5I84A 1J1NA 4JB7A 3SEUA 4ZEIA 1A99A 3O29A 4OHNA 3QYTA 4G68B 2F7BA 2ALUA 1FTJA 2V3QA 4RA1A 2A5TA 5A5XA 4OENA 3FD3A 3TDJA 2XXTA 1JEUA 3W9WA 1DMBA 1R9QA 1WODA 4ELOA 1NFTA 1YTVA 3IORA 1MM7A 2RCBA 4MLQA 1B5IA 1ZTYA 1P1WA 3H6VA 2I0BA 1PBQA 4PFTA 4NWDA 2H25A 3CR9A 3PMXA 3OSQA 4F2OA 2Z8DA 4QSEA 1FTMA 1SD3A 2X26A 4DXBA 1ELJA 3FVKA 2A5SA 3QUFA 3IOUA 1OQHA 5FHOA 2V3UA 4KCDA 5KZTA 3SERA 1QUKA 4BDOA 3QK6A 1PDAA 3FXUA 4RPOA 2F34A 2DE2A 1GR2A 2Q9TA 3HN0A 3G3HA 3LSLA 4Z0IA 4DXUA 1Y3NA 1EH3A 2OK2A 3E3KA 3Q29A 3USDA 2GRVA 3KJ7A 4X9TA 1AMFA 1LSTA 3IB1A 4DCYA 3DM0A 3K02A 1F9BA 4P0IA 1LCTA 1MXVA 1R6ZA 1PB8A 2QRYA 5ITOA 1ATGA 1A54A 2ZYMA 4BDRA 2I3VA 1SBPA 1OVBA 1LAGE 3ONMA 4KD5A 3SDFA 2HAUA 3TYHA 1L5TA 4F18A 1OIBA 1MQIA 3V8XB 4FEBA 2V84A 1OMPA 3V5AA 1FQFA 1KWHA 1GV8A 3TTLA 2CZLA 3EF7A 2ABHA 5AA2A 3N5LA 1B4HA 5CI5A 5AE4A 3LR1A 1MH4A 5TP9A 2GHBA 4Q0CA 2E1SA 4YU0A 2UYFA 1XS5A 1NH8A 1M5BA 3E9XA 5JTYB 4GQOA 3W9VA 2ZYKA 2HZLA 4EQ7A 5DEXB 2GHAA 3QUJA 3T9VA 1P1UA 5F7VA 1Q35A 5CM6A 1USYE 3MBPA 4LA9A 4ZE9A 4BDMA 4NF4B 4I8CA 3PMWA 2B65A 4G68A 4NE4A 1ZLQA 2W7YA 4PETA 4H65A 1QUIA 1Y9UA 3HV1A 2I4CA 3TAJA 2QSXA 3FJ7A 3RNNA 2QMXA 1BP5A 5K2XA 2PT1A 3ECRA 2P2AA 4QFOA 3IR1A 4H8JA 4R2BA 1B52A 3H03A 4EF1A 1MQJA 3FV1A 4Z7EA 3TKDA 2XD2A 3EPEA 2UVGA 1MY0A 1QKAA 1N7XA 2PX1A 4OVJA 2QS2A 4ECFA 2H98A 4ZDMA 3KEIA 4OZ9A 4RXLA 1NMUA 4ESXA 2XXPA 2QJEA 3BFUA 3U94A 5TU0A 3N26A 1BTJA 3OEMA 4RPNA 3JV9A 1URSA 3MPKA 3FVNA 2H4IA 3FATA 1HSEA 2OWTA 4PP0A 1LGBC 3CVGA 2HQ0A 4OERA 1H44A 4JWYA 3DELB 1XOCA 3LC8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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