4RPOA

Pcpr inducer binding domain (complex with 2,4,6-trichlorophenol)
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
RFDPGTSNRNFRIAASDFGQALMLPRLYATLEETAPQVRVTGVNLRHGPLVEELESGSIDIAFGGFPTLSAGIKTQTLFREEYVCVMRQSHPALTHGLDLEAFRQCRHIIVTAHEFNHVHEQVEARLLELLPPESIRFTTENFLVSAVIAEETDVILTIPSRLARWFANRGGLTIFPVPIELPSIEVKQYWHERYDKDPGNIWLRRVIAKIGFQNPPAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the Inducer-Binding Domain of Pentachlorophenol-Degrading Gene Regulator PcpR from Sphingobium chlorophenolicum.
pubmed doi rcsb
source organism Sphingobium chlorophenolicum
molecule tags Transcription
molecule keywords PCP degradation transcriptional activation protein
total genus 66
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rpoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rpoA02
2O1MA 4DDDA 2AL4A 1GR2A 2FYIA 3CFZA 1P1WA 1PBPA 1QKAA 1MQIA 2O68A 4Q0CA 4QF9A 2XHDA 4H65A 4IO7A 4THIA 1TWYA 1QW0A 2RC8A 1MS7A 3FATA 1M5CA 1Y9UA 4ZEIA 3K2DA 3U72A 2XXXA 1B46A 1Q1KA 1MY3A 3H6UA 2H5YA 5FTIA 5I58A 3K4UA 1FCKA 4KQPA 3FD3A 4F3BA 4RXLA 4IO5A 4ZEFA 5L8DA 1MQHA 5CBRA 1SW4A 3CI8A 5KCJA 1NL5A 2ANJA 4YB5A 2ONSA 2PT2A 3PPRA 1F9BA 1SDXA 1AH5A 1B5JA 3E9XA 3ONMA 4G4PA 4RK2A 3IL1B 3VXCA 3C9HA 4TLMB 4DIGA 2XXPA 1FTMA 1UTHB 1SQYA 1EZPA 2Z23A 4ISUA 3K6XA 3MVZA 3QIMA 4NF4A 4U22A 1USYE 1LB9A 1MY2A 1A8EA 2DXRA 3ILTB 1MY1A 4JBZA 3O6IA 4O3AA 4F18A 3JZJA 1II5A 2D21A 2IA4A 3PUVE 1EZOA 2IEEA 4F39A 2VP1A 2X7QA 1B5HA 2XXUA 2ZYMA 4KYEA 3PPOA 4R6HA 4ZEBA 2UYFA 5TPAA 3SEUA 1ZU0A 2CZLA 3PUZE 2Q9TA 3FJ7A 5DEXA 3TTLA 4ZECA 3RTFB 1FQBA 4PETA 2HAVA 4I1DA 3TZAA 1P1NA 3PPNA 4MF3A 4OERA 3U94A 4JXIA 4FE8A 4OEUA 4XTCQ 4H8JA 3MJNA 5AA4A 3IAZA 4X1DA 2FA7A 2YJPA 4JWYA 4LP2B 3VLVA 3TTMA 3CG3A 1MQGA 4FEBA 1OMPA 4O3CA 3ECRA 1OIBA 1QUKA 4H0WA 1UTBB 3SESA 3L6GA 3N94A 4M1VA 3N6UA 4GIZA 2AIXA 4K3FA 4KFQA 5IKBA 1IXGA 3IOVA 1UIVA 3IOWA 3O9PA 3TTRA 3U1OA 3SKPA 1N76A 5IAIA 2HCAA 5EHSA 1QULA 4DZ1A 5I59A 2REJA 2DP8A 1M5BA 5B70A 5KZTA 4NWDA 4G68A 4ZZEA 4OFJA 4F3SA 3HHGA 2F6PA 5DYHA 4LUBA 2XD2A 3LSWA 4KYSA 3H6VA 3SEVA 3L6HA 1MXZA 1B7ZA 1ZLQA 3I5OA 4OYVA 5CMCA 3TQLA 1PB9A 5I57B 3V8XB 3EPEA 3HN0A 3C31A 3IOUA 2RC7A 1ZMGA 2F97A 2HEUA 3H6TA 3PGFA 2E0SA 4X9TA 1QJMA 2KLFA 1EH3A 5CMMA 1NH7A 2YPNA 1OVBA 2ALUA 3TCFA 1SBPA 1ATGA 1B7UA 3OO8A 2RKMA 4FEDA 4P0IA 3TTNA 2XXWA 4F29A 2QL3A 2UXAA 3OEMA 4NF8A 1YAEA 3IJXB 4M4GA 4E0WA 1T0KA 1URGA 2VD2A 4G2ZA 2RF1A 4IY6A 3A09A 1GTKA 3EHUA 3LSLA 4R9GA 3FV1A 3SDFA 1TXFA 3K1MA 4JWXA 2R6GE 5HBCA 3FVGA 5AA2B 1B40A 1R9LA 3K6UA 4OVJA 2P0SA 4R73A 4ELOA 2REGA 3K1NA 5FHMA 1HSLA 4EQ7A 1H3DA 1JVYA 2A5SA 4PP0A 4Q30B 2R71A 1LB8A 1YPNA 2F7AA 1B3GA 2RINA 4OHNA 4UA8A 1XC1A 5AA4B 1XVXA 3IJOB 3O6HA 4QSDA 4AB6A 1WDNA 2DSFA 3G3KA 1NKXA 1A8FA 2GRVA 3QAXA 5H8HA 4F22A 2VGQA 3MP1A 1LFIA 1MXXA 1R1NA 4JDFA 3K02A 3T9HB 5L9OA 5FTHA 1I69A 1I6QA 3OOAA 3TAJA 3LUYA 5A5XB 1NMUA 5H8SA 1JEUA 3TTKA 2F35A 1IUDA 3A3CA 4ZE9A 1B3LA 2XXVA 1Y4CA 3TFLA 4GFRA 2Q88A 4LONB 4PFWA 1MG1A 3U8QA 3Q29A 1IITA 1B3EA 1VE4A 2QMWA 3K0VA 1D3KA 4KPTA 1B1HA 4IO4A 3S4UA 1LBBA 3QK6A 4YB6A 3TODA 4YAHX 3UIFA 3VLWA 5B7DA 4OETA 5AA1A 3OSRA 1NNKA 5DVIA 2HQ0A 4YKPA 1Q35A 5AA2A 3M3LA 2YLNA 4G77A 4GOTA 3TYHA 1OLAA 4FATA 5I57A 4LQ5A 1YTVA 1A40A 1IEJA 3KJ7A 3TCHA 3GBBA 3R7XA 2ZNUA 3KJTA 5CBSA 1MPBA 2I0CA 5ISUA 3UGWA 2A5TA 2I4CA 3IB0A 4GWOA 1FW0A 1MH3A 4C0RA 1OQHA 3KEIA 3T66A 4NF5A 2DXYA 4F19A 2AYSA 4IGTA 4MFIA 1S7YA 4NF5B 4NWCA 4WEDA 3M3KA 4GL8A 4Q5TA 3HCQA 4RNSA 2V3UA 4PFYA 5I2KA 3OSQA 4OXVA 4PFTA 2F8DA 3F11A 4WEPA 2Y7IA 3WAEA 1FQAA 1NNTA 2Z8FA 3HSTA 1GV8A 3T93B 5ELVA 1ZIUA 3BBRA 1LCFA 2ESNA 1A54A 2Y7KA 2XXHA 1B58A 2DOJA 2M8CA 3DLNA 4XKQA 4YMAA 2V93A 5HPQA 2ZYOA 2R9JA 1FTLA 4OTEA 4BDRA 3MBPA 1H45A 3S9LC 4FECA 3OO7A 5FHOA 2XD3A 3RT6B 2OZZA 5I59B 4RY1A 2PBWA 3EHTA 1SI0A 3KOSA 3EHSA 4TOZA 5F7VA 3RQTA 3IO6A 4FAJA 1VFEA 3MPLA 5I2KB 4ELPA 1MDP1 5K2XA 2GFEA 4IGRA 4GLIA 3MAMA 4HCWA 1MY4A 1B0HA 1N3WA 1XS5A 2Y7RA 3CR9A 5CMKA 2F34A 4JB7A 3FV2A 3CG1A 1D4NA 3M3FA 1IIWA 2Q2AA 3IORA 2I49A 4OESA 3MUQA 1H44A 3CRBA 5CRYA 4EDPA 3T22A 4Q8RA 1JQFA 1A55A 3WAFA 1R9QA 2F7CA 2Z22A 4RA1A 4RK9A 3OENA 2DYXA 1ZJLA 3PUWE 5LOMA 1B5IA 1ZTYA 1US5A 1WVJA 2CMOA 2QSXA 2ZYKA 3KOTA 3PMVA 3Q27A 4HS7A 4YKIA 5L9SA 2OWTA 4F3PA 3OD7A 4G8NA 3S2VA 4DXUA 4H67A 3C33A 2AL5A 2V3TA 2ONKE 3MPKA 1B32A 4RPNA 1A7LA 4OZ9A 4U1OA 3PMXA 2DQVA 4PQJA 2UVHA 2Z8DA 3TDJA 4ESWA 1LAXA 4C1TA 4GL0A 4X48A 1SYHA 3BFTA 3MZ9A 3ZS6A 4E0XA 1J1NA 5BWJA 3LSXA 1EZ9A 4KHZE 3RLFE 3C34A 5H8FB 4O3BA 4LQ2A 4ELRA 1MPCA 3C35A 5ICTA 2QMXA 3KG2A 4QFKA 2I48A 3W15C 3K6WA 2I4BA 2ZXTA 3DELB 3K6VA 1Z7ME 1XVYA 3O28A 3IR1A 4LZ8A 2I3WA 1N84A 4QSEA 3TMGA 3FVNA 3GXAA 2DE3A 1B4HA 1AIVA 4XIGQ 4Z0IA 1PDAA 2ZYNA 4GF8A 3O2AA 2Z8EA 1O7TA 2P1SA 1NNPA 4I8CA 1GVCA 1WODA 4H6DA 3CVGA 3U93A 1Y3NA 3T9UA 1B52A 4LA9A 1BTJA 3M8UA 3HO7A 2DE4A 4ZE8A 1M5DA 3DP4A 3K1PA 4NF6B 4DXCA 3K01A 2B3FA 2XX7A 4G68C 4MLVA 3THIA 3VXBA 1PB7A 4F1VA 3USDA 1XOCA 4KR5A 3KN8A 4DLDA 1N04A 1VR5A 1MM6A 4Z7EA 3PUXE 1LLSA 2NOOA 1RYXA 4IY5A 3VVEA 3CFLA 3A3UA 1B9JA 1CB6A 5TPAB 1H43A 1QUIA 3CSGA 3FVKA 1US4A 4ONYA 3E13X 3KN3A 1VSOA 1SVXB 4GXSB 1VFDA 4IB2A 5DEXB 4PE5B 3MC2A 3FJGA 1M5FA 3MVYA 3R26A 4U1ZA 1PEBA 3S9MC 1NFTA 1Y3PA 3IB2A 3O6GA 2UVGA 2O7IA 1BIYA 4GD5A 1Z7NE 2H25A 2QS2A 2FNCA 2DVZA 3E3KA 3MW0A 4IO2A 3MZ1A 3O97A 4NF4B 4OEVA 3OELA 2Y7PA 1B05A 1SYIA 1TFDA 5M2VA 5AE4A 3CSBA 4QFPA 5KDTA 3IX1A 3MZBA 3IB1A 4L17A 5H8QA 2UVJA 2QS3A 4XKRA 2ONRA 4EUOA 5I2NA 1DMBA 4YZZA 1B1XA 3G7WA 3JYRA 3H06B 5TU0A 3FUZA 3D4GA 4BDMA 5I2NB 2OJTA 3LC8A 1MRPA 3FGSA 2O84X 1QKBA 4KD5A 3UORA 4ELQA 3U92A 3VVFA 3E4RA 5H8FA 1MQJA 2P2AA 4LZ7A 1TFAA 2GHBA 3PMWA 4KI0E 2DWIA 4UACA 4WKMA 1L5TA 3TQWA 2X7PA 1DPPA 3CIJA 4YMBA 2F5XA 2XXIA 3EF7A 4GXAA 3QXMA 3IO4A 5H8HB 5AA2D 3P7IA 2F78A 1S50A 3KGCA 2ZMBA 4P11A 4IO6A 3T96B 3OMBA 5I58B 2VHAA 2X26A 3MVXA 4TLLB 3T9XB 1RKMA 3LBSA 1MY0A 3G3FA 4I9DA 1BP5A 1PC3A 2HAUA 3MVWA 4BDNA 3SETA 1B3HA 1JNFA 2W7YA 3GZGA 4RJZA 3V5AA 1R6ZA 1IZ1A 1URSA 1RYOA 4NF8B 4X1BA 2NWJA 5H8NB 1SW2A 4ZZAA 1HSEA 2ABHA 2O51A 1IXCA 3EN3A 4R2BA 4XKNA 5DTBA 4ESXA 2QJEA 4LVQA 5I56A 3IOTA 4POXA 5I56B 2DWHA 4ZEDA 3KSJA 1Y3QA 3DP8A 1UQWA 3KSXA 4ECFA 3RY3A 2XXRA 3B6QA 4YB7A 3LR1A 4JWOA 1JW1A 1S9TA 1DSNA 3RT8A 3RNNA 3VFJA 2O69A 1B3FA 2I3VA 2XX9A 3FIRA 3PD8A 1B4ZA 1FQEA 4U23A 5BUUA 1P1UA 4YICA 4EQ9A 1TT1A 2H98A 2V84A 4NMYA 4U4SA 3ZKKA 4EXKA 1Y1ZA 1MM7A 1KWHA 3C32A 3H4ZA 1BKAA 1LFHA 1B0LA 3C4MA 3FZVA 3G3IA 3G3JA 2THIA 4G8HA 4KYDA 2QS4A 4MBPA 4DXBA 4F31B 5HM4B 3GBAA 4F1YA 1O63A 2ZNTA 2I0BA 3K00A 1NH8A 1XT8A 5H8QB 3TEPA 3SEYA 1QVSA 4YKKA 5A5XA 3H3GA 1DTZA 3PUYE 3T9VA 2UYEA 2Y7WA 3DP6A 5JTYB 2H9BA 5KDTB 5JEIA 4ND9A 2G29A 3RPWA 4DCXA 3I3VA 4HTGA 1JVXA 3C36A 4U21A 1D9VA 3FVOA 2GH9A 3HV1A 3BFUA 1I6AA 1FTOA 3H7MA 4WXJA 4MH5A 2WKYA 3RUMA 2HZLA 2RC9A 4NF6A 3PPQA 5L9MA 3PU5A 3FXUA 3W9VA 4EF1A 3LSFB 3MQ9A 3Q28A 3UK4A 4PFUA 2OLBA 4DE8A 1ELJA 1BLFA 1D9YA 1DPEA 3ILUB 4ZS9A 2D3IA 4OMBA 3TCGA 3R6UA 4NTLA 4AB5A 5TP9A 4YKJA 3RGYA 4QFOA 5TP9B 3KFMA 4ZEKA 2H4IA 2PMSA 5ITOA 4EXLA 2E1SA 2DE2A 1YCJA 2RCBA 4F2OA 3PV0E 1USYH 4GRKA 4XXUA 1IXIA 2F6GA 3FXRA 4XKPA 3G3GA 4YU0A 3UP9A 3B6WA 4RPOA 1AMFA 1LGBC 5ITPA 2Q89A 3RN8A 4OQOA 3SERA 5CM6A 2NXOA 5H8NA 1LSTA 5EYFA 4LZ5A 1XHYA 4G8MA 4I62A 1AOVA 3ODBA 1Y1MA 4HW8A 4R74A 1EU8A 3CFXA 1FQDA 2XXQA 4R6YA 4H1XA 5F1QA 4F3GA 2HFBA 4R75A 5AA3A 3H6WA 3KZGA 2NVUB 2OCUA 1POTA 2NUVA 3H03A 1OVTA 1FTKA 3SEXA 4P0GA 4QHQA 1MDQA 1GGGA 2DVCA 2PVUA 4N6PA 4QFNA 3V83A 3VLUA 4OENA 1SI1A 1LAGE 2B3BA 3V89B 3GLBA 4ZDMA 1URDA 2LAOA 2A5TB 4LATA 2HXWA 4H5FA 4QRZA 3S9EA 1IQ7A 3OEKA 2VD3A 4QFLA 3ZKLA 1MH4A 1OLCA 4H5GA 4R2FA 1P99A 3UA8A 3W9WA 4EF2A 1I6BA 1LBCA 1N3XA 2G93A 4QSCA 4FORA 4R72A 1UIUA 5CI5A 1LCTA 3VE1B 4BDQA 2BJJX 1AL3A 2XXTA 4GVOA 2V3QA 1N7XA 4IO3A 5DVFA 3S9NC 1A99A 3VV5A 3O66A 1MXWA 5FHNA 3QSLA 1LAFE 5DT6A 1MPDA 1LFGA 4OWDA 3D4CA 1JEVA 1B2HA 1UTBA 1O64A 5J1DA 3PD9A 3SEWA 1DTGA 1SD3A 2OBGA 3EQ1A 4FJPA 3RTWB 1QUJA 1MXYA 2UVIA 2O6AA 3BKIB 1OQGA 3N6TA 4HCYA 3G3HA 4F2QA 5EHMA 1P1QA 2I6EA 1B7HA 2QPQA 4NEDA 4R9FA 5JK4A 3TUSA 3OO6A 3B7DA 4N13A 4N07A 2XX8A 2OWSA 4FIMA 4JSDA 4H8IA 4G68B 2F36A 2OK2A 3KN7A 4KCDA 1IXHA 1N7WA 1Y20A 4BLAA 1MQDA 3VDFA 4DCYA 4BDOA 4RYAA 2D5WA 1H76A 1NNFA 3DM0A 4NE4A 1Y4TA 3MP6A 4OFOA 3MWBA 2PX1A 3VVDA 3IK6B 5DVJA 1FTJA 1POY1 2VOZA 1HSJA 1JW5A 2O1LA 1DOTA 1B6HA 3FASA 3FJMA 4EQBA 4F1UA 5CC2A 1PBQA 2V25A 3Q26A 2F7BA 1FQCA 3O29A 5CMBA 2ZNSA 4TQUQ 2DWAA 5KCJB 1CE2A 2B65A 2DWJA 3TKDA 1ZKBA 3HHFA 3HPIA 3N5LA 3QUJA 1N0TA 1SW1A 1B51A 1ZBMA 3N26A 4OFLA 2H99A 3I6VA 3B6TA 4U4XA 2HZKA 1MXVA 1UTHA 3PPPA 1MXUA 5K2YA 1P1OA 1JW4A 2XXYA 4MLQA 3TPAA 5I84A 1SW5A 3OO9A 2PT1A 3MP8A 3OXNA 4U2RA 5JTYA 3Q25A 3FXQA 3QUFA 1JETA 4AQ4A 2RCAA 2Q2CA 5ICQA 1LAHE 3KBRA 4POWA 3TELA 4C1UA 2QS1A 2Q8JA 1FQFA 4GQOA 2PYYA 3JV9A 4JSOA 1M5EA 2GHAA 4R6KA 2I58A 1PB8A 2QRYA 3ZSFA 1ANFA 3QYTA 4KCCA 4BDLA 2Y84A 2DS9A 3UN6A 3AXFA 2O7UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O1MA 4DDDA 4UABA 4Q0CA 2XHDA 3FATA 1MS7A 1M5CA 4G61A 5I58A 4F3BA 4IO5A 1MQHA 1FPEA 1SW4A 3PPRA 5AA3A 4RK2A 4GX6A 1UTHB 1D9QA 1EZPA 4ISUA 3MVZA 1A8EA 4JVIA 1MY1A 4O3AA 3JZJA 1II5A 1EZOA 2X7QA 4R6HA 2Q9TA 3FJ7A 5DEXA 3TZAA 4FE8A 4H8JA 3IAZA 2FA7A 2YJPA 3CG3A 1OMPA 3ECRA 1OIBA 3L6GA 3N94A 4M1VA 2AIXA 5IKBA 1IXGA 1FBPA 3TTRA 5IAIA 4DZ1A 4MX6A 4G68A 4ZZEA 3LSWA 4KYSA 4OYVA 2GQ1A 3PGFA 2E0SA 4X9TA 1QJMA 3TCFA 4OVQA 2RKMA 4FEDA 4P0IA 3TTNA 4LN5A 4NF8A 3OEMA 3IJXB 2RF1A 4I3YA 2R6GE 5HBCA 4EQ9A 1FSAA 4UA8A 2F7AA 1B3GA 1XC1A 5AA4B 1XVXA 3O6HA 3G3KA 1A8FA 4F22A 1R1NA 3OOAA 1NMUA 1IUDA 3A3CA 3TFLA 4PFWA 1IITA 4O7IA 1LBVA 4KPTA 1B1HA 2V4CA 1EYJA 4I3EA 5B7DA 5AA1A 3OSRA 2HQ0A 4GOTA 3GBBA 2ZNUA 5CBSA 3BIHA 4GWOA 2FIXA 3KEIA 4NF5A 4IGTA 4MFIA 4NF5B 3M3KA 4GL8A 4PFYA 4KXPA 3OSQA 4PFTA 2Y7IA 4AS4A 1GV8A 2Y7KA 2M8CA 2V93A 4N91A 1NV3A 2ZYOA 1FTLA 4FECA 3OO7A 2PBWA 3EHTA 5I2KB 2GFEA 1MY4A 3CR9A 3FV2A 1IIWA 4EDPA 2I49A 3T22A 1JQFA 2F7CA 3OENA 1ZJLA 5ET7A 5LOMA 1B5IA 1EYIA 1WVJA 2QSXA 3OD7A 3S2VA 4H67A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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