4RPOA

Pcpr inducer binding domain (complex with 2,4,6-trichlorophenol)
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
b'RFDPGTSNRNFRIAASDFGQALMLPRLYATLEETAPQVRVTGVNLRHGPLVEELESGSIDIAFGGFPTLSAGIKTQTLFREEYVCVMRQSHPALTHGLDLEAFRQCRHIIVTAHEFNHVHEQVEARLLELLPPESIRFTTENFLVSAVIAEETDVILTIPSRLARWFANRGGLTIFPVPIELPSIEVKQYWHERYDKDPGNIWLRRVIAKIGFQNPPAE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the Inducer-Binding Domain of Pentachlorophenol-Degrading Gene Regulator PcpR from Sphingobium chlorophenolicum.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PCP degradation transcriptional activation protein
source organism Sphingobium chlorophenolicum
molecule tags Transcription
total genus 66
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rpoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rpoA02
5TPAA 3QUFA 1EH3A 5CBRA 3R6UA 3G7WA 5JTYB 1LAFE 1I6BA 3OMBA 2H99A 2DWJA 4PETA 2KLFA 1B9JA 2Z22A 1Y4TA 1HSJA 2VP1A 5L8DA 3VLUA 3D4GA 3M8UA 1MY0A 5EHMA 1URDA 3DP8A 2OK2A 3JV9A 4G8HA 2XXQA 4ZE9A 5DTBA 2B3BA 3OENA 1VE4A 1B5HA 2Q9TA 2DYXA 5HBCA 2O1MA 4ZE8A 2VD2A 2F8DA 4UACA 3PD9A 3K0VA 3K6WA 1B40A 2YJPA 1MXVA 3GLBA 1JVYA 1MXUA 3LR1A 3MVYA 3MAMA 3SESA 2I4BA 3IOWA 5DVJA 5ICQA 3O28A 4H0WA 5JK4A 1NKXA 1MS7A 3MVZA 1D3KA 2ESNA 2V3QA 4KFQA 4OHNA 1AL3A 1S7YA 4XKRA 5KDTA 3KFMA 3SEUA 1HSEA 2ZMBA 3B6TA 4JSOA 4X48A 5AA2A 1PEBA 4YKKA 4NF5B 4RNSA 4IO6A 4WEPA 5I56B 1MM7A 3T93B 3C4MA 5H8NA 3U8QA 1XS5A 4YKPA 1IIWA 3N26A 3MC2A 1F9BA 1SI0A 2Y84A 4NF4B 5ISUA 3GBBA 3PUVE 5CMKA 2Y7WA 3N94A 3OSQA 1MM6A 3G3HA 2UVHA 1CB6A 4FIMA 1QKAA 3O29A 4G8NA 2QSXA 3Q25A 4PQJA 3G3IA 3MPKA 2VGQA 1NNPA 3TYHA 4XKPA 2CMOA 3IK6B 2ZYOA 3QUJA 1EU8A 1OLCA 4U22A 4BDOA 1DSNA 3VVEA 2DXRA 1PB8A 3IB2A 3FV1A 1I6QA 1WDNA 2AL4A 3IX1A 1LFIA 1SW2A 2NWJA 2F7CA 1IEJA 1USYH 3A3UA 5H8HA 3CSBA 4BDNA 4BDRA 5K2XA 3C35A 3RNNA 3I5OA 1JVXA 2I4CA 1ZIUA 2V3TA 3LC8A 4XKNA 4PP0A 1GGGA 3IR1A 1LAXA 3B7DA 3H6WA 1B4HA 4ONYA 4MLVA 3FXRA 3E9XA 5TU0A 1LB9A 3TTKA 4XTCQ 3UA8A 2QS2A 4UA8A 1IITA 1P99A 1JW5A 2P2AA 4ZZAA 1QVSA 5HPQA 3FJGA 1B7UA 1H76A 1OMPA 2AYSA 1N3WA 1FQDA 2G29A 4NF6B 4P11A 3TEPA 4RPOA 2NOOA 2I48A 3RT8A 1WVJA 4PFTA 1N04A 1Q1KA 4QSEA 2HAVA 4ZS9A 2ALUA 4QF9A 4GQOA 4U1OA 1B0HA 3B6QA 1II5A 5EHSA 2VD3A 1XHYA 2RCBA 5J1DA 3HCQA 3IJXB 3TDJA 5AA4A 4AB5A 1N84A 2RC8A 2I3WA 1B5IA 2XHDA 3CFLA 2ZXTA 3T9HB 4GL8A 1MQHA 1EZ9A 2I3VA 4G77A 5DT6A 1AOVA 2GHAA 5TP9B 3KSXA 3EHSA 4OENA 5CM6A 3PGFA 3FIRA 2HQ0A 3FGSA 4U4XA 1PC3A 3CFXA 1A99A 3C36A 4IO3A 5H8FB 3RTFB 1TFAA 2ONSA 2ZNUA 2XXYA 3RLFE 1IZ1A 3FZVA 3VFJA 3KBRA 3Q28A 1H43A 2D5WA 1MDP1 4OZ9A 4LVQA 1MPCA 3MVXA 4KYSA 4R9GA 3MUQA 3CFZA 3SEWA 3I6VA 3PMXA 5CI5A 1MY1A 2H98A 3O9PA 1IXHA 3RTWB 4H8JA 3TTLA 3TODA 4DCYA 1B58A 2O69A 2X26A 1XVXA 4TQUQ 4C1UA 3TZAA 4EQ9A 3UK4A 1SW5A 1S9TA 2QL3A 3PMWA 3TQWA 1SBPA 2Z23A 4H1XA 3DLNA 4NE4A 1XT8A 1FTOA 4F1UA 3PPOA 3O6HA 1FTLA 4FORA 4QRZA 1D4NA 3PPPA 4K3FA 1T0KA 3SEVA 3O6GA 4OFOA 3R7XA 5AA3A 3QXMA 3EPEA 1DTGA 1NNTA 3W9VA 4XIGQ 3IOTA 5CC2A 5ITOA 1GR2A 1ZKBA 2OCUA 1M5BA 3CR9A 1ZBMA 3OELA 1Y20A 3VVDA 3KJ7A 1B6HA 3ODBA 4OFJA 2A5TB 5M2VA 1OLAA 4OWDA 2Q8JA 3U93A 1YAEA 3JYRA 4QFPA 4MH5A 4M4GA 4H65A 4EF1A 3FASA 1N76A 2XX9A 1YPNA 3P7IA 4TOZA 3TCFA 2HCAA 3C31A 2G93A 3K6VA 2REGA 5DVIA 1SQYA 1B51A 1L5TA 4OERA 4RPNA 3M3LA 3C34A 5DEXA 1O7TA 3VLWA 4ESWA 1B1XA 2QPQA 4AB6A 1P1WA 2A5SA 3H06B 1M5CA 3IAZA 4F1YA 2AIXA 4WEDA 2HZKA 1VFDA 4TLLB 5K2YA 1A8FA 3CSGA 3FJMA 2ANJA 4KCCA 2XXRA 2XXTA 4PFUA 5HM4B 4LQ2A 3T96B 2XXHA 1US5A 1R1NA 5EYFA 3F11A 1UIVA 2DWIA 5H8QA 3IOUA 5I57B 4GXSB 4QFLA 1UTBB 4I9DA 1ATGA 4FAJA 4PFWA 2THIA 2E1SA 4YKIA 4QFKA 2Y7PA 2Q89A 1JW1A 4LZ8A 2F35A 1B3EA 4Q0CA 1IXIA 4KPTA 3OEMA 1OQGA 1TFDA 3O66A 1GVCA 2FNCA 1BLFA 4OXVA 1TWYA 3ZS6A 4IGTA 4IO5A 5CBSA 3K2DA 4LP2B 2W7YA 5KCJA 4RJZA 3TFLA 1RYOA 4X1DA 1B0LA 4H5FA 1Y3QA 3SDFA 2P0SA 4GVOA 3OSRA 1FTJA 2QS1A 2F97A 2HZLA 4R2BA 4U21A 4YU0A 2D21A 3T9VA 1BTJA 1GTKA 1QULA 2OZZA 1JEUA 4ECFA 2R71A 4IO7A 3KN3A 3SKPA 3TTMA 1P1NA 1PB7A 1B05A 4DCXA 2PVUA 4GF8A 4YKJA 4LA9A 4GWOA 1OVBA 3EF7A 3IL1B 4M1VA 4NF8B 4EDPA 4DDDA 2H4IA 3T66A 4NWDA 3FATA 1MY4A 3LSLA 3PUZE 4ZEDA 4C0RA 2DSFA 4KR5A 3KSJA 1VSOA 4IB2A 4OQOA 1H3DA 2GRVA 4LONB 4R9FA 5B7DA 3VXCA 3MVWA 3SEXA 1RYXA 1A55A 3G3KA 3HHGA 3T9XB 2CZLA 4R72A 4ELPA 3TCHA 1B3FA 3HSTA 3QIMA 4EQBA 3K1NA 4TLMB 3OOAA 2WKYA 4Z0IA 4JDFA 1PB9A 5I2NA 2XXUA 1MY2A 5I84A 3IORA 1AMFA 1UQWA 1MQGA 3HPIA 4R6YA 2OJTA 3OO6A 3TTRA 3SERA 3W15C 2NUVA 1B7HA 4RK9A 2YLNA 4JWOA 4R74A 2V25A 3E4RA 3HN0A 1SI1A 3RY3A 2HFBA 1Y4CA 2XXIA 2OWTA 4ZECA 2F6GA 1SYHA 1EZPA 1P1QA 2IEEA 1NH7A 4U4SA 1N7WA 2NVUB 2I49A 2Z8FA 4BDLA 2XX7A 4OEVA 4DIGA 4EXLA 3ILUB 1VR5A 1POY1 5TPAB 1UIUA 4YB6A 1MQJA 1UTHA 3DELB 4ZEFA 4OTEA 1Y1ZA 4F22A 5IKBA 1O63A 4IO4A 4U2RA 2DOJA 2M8CA 4YB5A 4KI0E 5CMMA 3FJ7A 1MY3A 3GXAA 1JQFA 3K1PA 2DE3A 1SYIA 2VHAA 3S2VA 1USYE 3FVNA 4G8MA 2PBWA 1M5EA 3L6GA 1PBPA 4ELRA 1SD3A 2Y7RA 3LUYA 1ELJA 4N07A 2Q88A 2XD3A 3CIJA 4HW8A 5L9OA 3E13X 3H3GA 5DVFA 3MP6A 4QFNA 5FHOA 5KDTB 3N6TA 1DPPA 2B3FA 3FXQA 3RQTA 4F18A 4HCWA 4GRKA 3KEIA 3PV0E 1N0TA 2PX1A 5AA2B 1IUDA 1LBCA 1XOCA 4FE8A 3OD7A 5H8NB 1LB8A 2ZYNA 5CRYA 5FTIA 1PBQA 3Q29A 1B46A 3N5LA 3DP6A 1FQEA 3TELA 2I0BA 2V84A 1FQFA 4HCYA 4JB7A 1MQIA 3TPAA 1Z7NE 1ZMGA 3OEKA 3ILTB 1FCKA 4OVJA 3GZGA 3QSLA 2LAOA 3EHTA 2I6EA 1B32A 1OIBA 1A54A 1B4ZA 3RPWA 3MWBA 1ZLQA 4XKQA 5L9SA 3OO7A 4R6KA 4LZ5A 5I2NB 1MRPA 1MXZA 4EF2A 3AXFA 4GOTA 4WXJA 1BIYA 2F7AA 1MDQA 3VLVA 2O51A 4XXUA 3MBPA 4KYDA 5CMCA 1D9VA 4MF3A 4NEDA 4IGRA 1H45A 3FUZA 1FQCA 4NWCA 1FQAA 2XXPA 3QYTA 2QS3A 5H8HB 4FJPA 4JBZA 1S50A 4GL0A 4RK2A 3UP9A 1ZU0A 4POXA 1RKMA 2AL5A 1B5JA 1B3LA 5FTHA 1JW4A 3HHFA 1MXXA 1NH8A 5DYHA 4GFRA 4QHQA 3USDA 3DM0A 3MW0A 3ZKKA 2DQVA 3R26A 2F36A 3EN3A 1YCJA 3E3KA 5ITPA 3BFTA 2HEUA 2ZYKA 4EUOA 3U94A 3RN8A 3H4ZA 4JXIA 1BKAA 4NF5A 4NTLA 3V89B 5I2KA 2UVJA 5I56A 3LBSA 4F1VA 3IOVA 4NF4A 4ELOA 2RKMA 2GH9A 4R75A 2R6GE 4KCDA 1WODA 4YB7A 3HO7A 4OESA 3UIFA 2V93A 2O7UA 4G4PA 2RINA 4F39A 4OFLA 2NXOA 1URSA 3G3JA 3TTNA 3VV5A 3G3GA 3S9EA 4KD5A 3BFUA 4ZEKA 3JZJA 3T22A 5AA4B 2FYIA 3K6XA 1ANFA 2RC7A 2UVGA 3KJTA 3ONMA 2Q2AA 4GIZA 1EZOA 5F7VA 3RGYA 3PU5A 1TT1A 2OWSA 5A5XA 1AIVA 1ZTYA 2DWHA 4U1ZA 2QMWA 3FV2A 3U92A 5BWJA 4FEBA 3Q26A 2DVZA 4R73A 3VDFA 3A3CA 4GLIA 4OYVA 4L17A 3VXBA 3H03A 4E0WA 2ABHA 2DP8A 4PFYA 4H67A 1XC1A 1JNFA 1NL5A 1A7LA 3MZ9A 4RXLA 3KN7A 3U1OA 4Q8RA 4ND9A 3VE1B 1Y3PA 1MG1A 1MPBA 5FHNA 3UGWA 1P1OA 4N6PA 1AH5A 4ZDMA 1MXWA 1N7XA 2PYYA 5B70A 3SETA 2XXVA 3QAXA 1O64A 2ONKE 4NF6A 4RYAA 4QSDA 3ZKLA 1US4A 3S9NC 4H8IA 4P0IA 3Q27A 2QRYA 3K01A 5AA2D 3UN6A 1R9QA 2I0CA 3IO4A 4F3PA 3IJOB 4H5GA 2F5XA 1B52A 2O68A 4KYEA 3PUWE 2XXWA 4Q5TA 1OVTA 4ZZEA 3VVFA 1M5FA 2Q2CA 3SEYA 1Z7ME 1Y9UA 3MJNA 4ZEIA 4LUBA 2XXXA 1SW1A 2DVCA 4LZ7A 3OO9A 1LLSA 3MZ1A 5I2KB 3TMGA 3WAFA 1CE2A 3KZGA 3RUMA 5TP9A 3N6UA 4X9TA 1MH4A 3O97A 4PE5B 1SVXB 1J1NA 5BUUA 3MPLA 4IY6A 4LATA 3C32A 4YMBA 5H8FA 3IB0A 2OBGA 4QSCA 2PMSA 3IO6A 1B3GA 2QS4A 4RA1A 3V83A 2VOZA 4OETA 4AQ4A 2D3IA 5DEXB 4DXCA 1B1HA 3TCGA 4YZZA 1H44A 2Y7IA 4ISUA 3S9LC 2RF1A 2DE2A 4I8CA 3K4UA 3CRBA 2E0SA 3FD3A 4BDMA 5I59A 3PUXE 4IY5A 1IQ7A 1TXFA 5ELVA 4YAHX 4F31B 4X1BA 4JWXA 4MBPA 1FTKA 4HS7A 5L9MA 2Y7KA 5H8QB 5A5XB 4F3SA 1I69A 1MQDA 5IAIA 2F34A 1NNKA 5I58A 4G68A 3G3FA 2HAUA 1FQBA 4O3BA 3PUYE 5F1QA 4R6HA 3CI8A 3TKDA 4WKMA 3CG3A 2V3UA 1ZJLA 3UORA 5JEIA 5FHMA 1GV8A 1I6AA 5KCJB 4ZEBA 4DXUA 4FATA 2GFEA 4JWYA 5AE4A 4QFOA 3KN8A 2IA4A 1VFEA 2A5TA 1PDAA 3KOTA 4DXBA 4F2OA 5AA1A 1JEVA 3EHUA 3ZSFA 1B3HA 1LCTA 4YMAA 3O2AA 4BLAA 1MPDA 1DMBA 4F3BA 4E0XA 2RC9A 1KWHA 2I58A 1P1UA 4P0GA 3V5AA 5CMBA 1OQHA 2QJEA 3K02A 4ESXA 4EXKA 1D9YA 1LFGA 3DP4A 3BBRA 2F78A 3D4CA 1SW4A 2O84X 2O6AA 4DLDA 1QKBA 4FECA 2F7BA 1QUIA 2QMXA 1M5DA 2DE4A 5I57A 2P1SA 1A40A 2DS9A 4THIA 1UTBA 1URGA 2R9JA 3GBAA 3H6TA 3IB1A 3PPNA 1A8EA 3QK6A 2ZYMA 1QUKA 4POWA 1IXCA 4I1DA 4F19A 3LSWA 3S9MC 2X7QA 2XD2A 1LBBA 5JTYA 2XX8A 2REJA 1R6ZA 3THIA 1LFHA 1IXGA 3B6WA 4KQPA 3PPRA 4Z7EA 4MFIA 4U23A 4O3AA 3LSXA 3CG1A 2H5YA 3TUSA 4DE8A 5I59B 3BKIB 1B2HA 5KZTA 2ONRA 4LQ5A 2UYEA 4MLQA 3RT6B 1NMUA 3O6IA 4G68C 2H9BA 4DZ1A 2BJJX 1HSLA 1Y3NA 3EQ1A 2B65A 1Q35A 3K6UA 1LSTA 3WAEA 4F2QA 1Y1MA 1FW0A 3S4UA 2PT1A 5H8SA 1R9LA 1LCFA 2X7PA 5I58B 4G2ZA 4G68B 2F6PA 1LAGE 4JSDA 2GHBA 1MH3A 1DPEA 4C1TA 2YPNA 1N3XA 4IO2A 2ZNSA 3ECRA 1LGBC 1UTHB 4NF8A 3KGCA 3H6VA 3T9UA 4F3GA 3V8XB 1NFTA 4OEUA 4Q30B 1QJMA 3K00A 2HXWA 3PMVA 4EQ7A 1FTMA 1DOTA 3TAJA 3FVGA 1B7ZA 1JETA 4H6DA 3LSFB 2PT2A 2O7IA 5ICTA 3A09A 4R2FA 1MXYA 2UYFA 3W9WA 4GXAA 2UXAA 3KG2A 2DWAA 3KOSA 3C33A 3M3KA 2UVIA 3L6HA 3U72A 4BDQA 1NNFA 4I62A 2O1LA 1BP5A 3PPQA 2OLBA 3HV1A 3PD8A 3TQLA 2H25A 3M3FA 1SDXA 3C9HA 3MZBA 1YTVA 4F29A 3K1MA 1XVYA 4N13A 1LAHE 1QUJA 2FA7A 4YICA 5LOMA 4OMBA 3OO8A 3H7MA 1QW0A 3FVOA 1DTZA 4ELQA 3OXNA 2Z8EA 3CVGA 3MP1A 4RY1A 4NMYA 2ZNTA 3FVKA 4HTGA 2Z8DA 1POTA 4GD5A 4FEDA 2DXYA 3H6UA 3FXUA 3MQ9A 3I3VA 3MP8A 4KHZE 2RCAA 4O3CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1PB8A 3IB2A 3FV1A 1I6QA 1WDNA 2AL4A 3IX1A 1LFIA 1SW2A 2NWJA 2F7CA 1IEJA 1USYH 3A3UA 5H8HA 3CSBA 4BDNA 4BDRA 5K2XA 3C35A 1RDZA 4IR8A 1VDWA 3RNNA 3I5OA 1JVXA 1FBPA 2I4CA 1ZIUA 2V3TA 3LC8A 4XKNA 4PP0A 1IMDA 1GGGA 3IR1A 1LAXA 2QVUA 3B7DA 3H6WA 1B4HA 4ONYA 1NUXA 4MLVA 3FXRA 3E9XA 5TU0A 1LB9A 3TTKA 4XTCQ 3UA8A 2QS2A 5IZZA 4UA8A 1IITA 1SPIA 3GYYA 1P99A 1JW5A 2P2AA 4ZZAA 1QVSA 1AWBA 3SZPA 5HPQA 4MIJA 3FJGA 1B7UA 1H76A 1OMPA 2AYSA 1N3WA 1FQDA 2G29A 4NF6B 4P11A 3TEPA 4RPOA 2NOOA 2XXKA 2XWVA 5EQAA 2CEYA 2I48A 3RT8A 1WVJA 1XI6A 4PFTA 1N04A 1Q1KA 4QSEA 2HAVA 1IMAA 4GBVA 4ZS9A 2ALUA 1LBZA 4GQOA 4QF9A 4U1OA 1B0HA 4PAFA 3B6QA 1K9YA 4N8GA 1II5A 5EHSA 2VD3A 1XHYA 4PF8A 2RCBA 5J1DA 3HCQA 3IJXB 3TDJA 4AS5A 5AA4A 4AB5A 1N84A 2RC8A 2I3WA 1B5IA 1DCUA 2XHDA 3CFLA 2ZXTA 3T9HB 4GL8A 1MQHA 1EZ9A 2I3VA 4N15A 4G77A 5DT6A 1AOVA 4OVPA 2GHAA 5TP9B 3KSXA 3EHSA 4OENA 5CM6A 3PGFA 3FIRA 2HQ0A 3FGSA 4U4XA 1PC3A 3CFXA 1A99A 3C36A 4IO3A 5H8FB 3RTFB 1TFAA 2ONSA 2L5VA 2ZNUA 2XXYA 3IFAA 3RLFE 1IZ1A 4P1LA 3FZVA 3VFJA 3KBRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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