4RPOA

Pcpr inducer binding domain (complex with 2,4,6-trichlorophenol)
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
RFDPGTSNRNFRIAASDFGQALMLPRLYATLEETAPQVRVTGVNLRHGPLVEELESGSIDIAFGGFPTLSAGIKTQTLFREEYVCVMRQSHPALTHGLDLEAFRQCRHIIVTAHEFNHVHEQVEARLLELLPPESIRFTTENFLVSAVIAEETDVILTIPSRLARWFANRGGLTIFPVPIELPSIEVKQYWHERYDKDPGNIWLRRVIAKIGFQNPPAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the Inducer-Binding Domain of Pentachlorophenol-Degrading Gene Regulator PcpR from Sphingobium chlorophenolicum.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PCP degradation transcriptional activation protein
molecule tags Transcription
source organism Sphingobium chlorophenolicum
total genus 66
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rpoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4rpoA02
4DXUA 5BWJA 5I59A 2F7AA 3UA8A 3UN6A 4RK9A 2G93A 3KBRA 3E3KA 2I6EA 3VDFA 3OO7A 3SERA 2DVCA 4POXA 1MXUA 3PPNA 1B7UA 3V89B 1MPCA 4ZEBA 3SEUA 2XXXA 1ZMGA 4BDRA 4E0WA 1PB7A 4LONB 1D3KA 3WAEA 2M8CA 3I5OA 3K01A 2ZNUA 2RF1A 1Y4CA 3C31A 1IXGA 3FXQA 3PUXE 2Y7PA 2NWJA 4YKPA 4BDNA 4G8HA 2XXIA 5B70A 4ISUA 4EF1A 3IAZA 5I59B 2DSFA 4I62A 4BDQA 1N0TA 3A3UA 5TP9A 5EHSA 3DP4A 3FVKA 3MVYA 3LSXA 4RK2A 4GL0A 3OENA 3ILTB 3LC8A 1DSNA 4IY5A 1B4ZA 4F3GA 5K2YA 3FXRA 3E4RA 1SVXB 3P7IA 4GQOA 4F18A 2DOJA 3IORA 2RC8A 1S7YA 3C32A 2QMWA 2V25A 4JSOA 2XXPA 1N3XA 4RY1A 1MXVA 1BIYA 3IO4A 1MY2A 4U23A 3MBPA 3M3KA 1QKBA 1XHYA 1B1HA 1XOCA 1M5BA 4DZ1A 1N3WA 1GV8A 1SW5A 2XX9A 4EQ7A 4R2FA 2W7YA 3IB0A 4U21A 2XXQA 1JW4A 2HFBA 3T22A 2I4CA 4NF5A 1IZ1A 3C35A 4FECA 2O6AA 4EDPA 4I9DA 1LBBA 1UIVA 2F7BA 2A5SA 2DP8A 1A54A 4LQ2A 3DELB 3FATA 4KHZE 5H8NB 1SD3A 4LATA 1B52A 3FJMA 1ZTYA 2NOOA 1D9VA 3IB1A 4QSCA 2Q8JA 2DXYA 2F36A 4AB5A 1P1WA 4NEDA 3MVZA 1Y9UA 4FEDA 3K1MA 2E1SA 4R9FA 4G8MA 5FHNA 1QJMA 5KZTA 1XT8A 4F31B 5IKBA 3HHFA 1POY1 4F2QA 5L8DA 1ANFA 3MVWA 3M3FA 2Q88A 2QS2A 4NE4A 1MM6A 3QK6A 2XX7A 2DWIA 3LSWA 4TQUQ 1US4A 4U1OA 1ZJLA 2ONKE 1PDAA 3W15C 2X7QA 4KR5A 3PPRA 5CC2A 1D9YA 1CE2A 2ONSA 1EU8A 4RPNA 4YB7A 4O3CA 4DXCA 2D5WA 1TFAA 5CBSA 5CM6A 1OQHA 3C4MA 1Z7NE 1NNKA 5TU0A 3PMXA 3S9LC 4JWXA 2PT1A 1AMFA 4HTGA 4LA9A 4G68A 1A55A 2H9BA 1UTHB 3H4ZA 1KWHA 5H8HA 4H8IA 3BBRA 3D4GA 3CVGA 2HAVA 2XXVA 4FE8A 4IB2A 3Q29A 5FTIA 1DPEA 3PUVE 5AA2D 3TPAA 5KCJA 3OO9A 3OMBA 5F7VA 3TTRA 1JNFA 2Z22A 1OIBA 2DWHA 1B2HA 3MPKA 3OSRA 3K02A 1TFDA 2FNCA 1B3EA 2NVUB 3OXNA 4GXSB 3VE1B 1QUKA 5DT6A 3R7XA 3K0VA 4G68B 4ZEFA 1MY0A 2XXHA 4FIMA 4H8JA 1VR5A 1R9QA 4HCWA 2F78A 3N6TA 4ELQA 2XD2A 3U94A 5H8HB 3O28A 1NFTA 4P0IA 3U72A 3U92A 3U8QA 5KCJB 1MY1A 4OENA 1D4NA 4OXVA 4PE5B 2I49A 1F9BA 2R9JA 4F1YA 5FTHA 3H6WA 5KDTA 2F7CA 3CG3A 3MZ9A 4ELRA 5A5XA 3HV1A 3W9VA 3RY3A 2I0CA 4OMBA 2GH9A 2I4BA 3HO7A 4C1TA 1A8EA 3TODA 1LFHA 4RYAA 2P2AA 4R72A 4F3SA 3KSJA 2I3VA 4N13A 4Z7EA 1BTJA 1YTVA 5I58B 2XXUA 1JW5A 3TTMA 1HSJA 3VVFA 1DOTA 1PB9A 4ZDMA 4QSDA 3QSLA 1PB8A 1UIUA 3IX1A 4PFTA 4MBPA 3T66A 4OFLA 1PC3A 1B46A 1Y3PA 3PPQA 3QIMA 1H76A 2DS9A 5KDTB 1VE4A 3ODBA 2QPQA 3ZS6A 4ZEDA 5A5XB 4ONYA 4ZEIA 1LFGA 2UYFA 3K2DA 4Q30B 5ICTA 5CMKA 5TPAA 1O64A 1H3DA 5L9OA 1A40A 4ECFA 1IQ7A 1IXIA 4NMYA 3K6UA 1A99A 1XC1A 4ZE9A 1NNTA 2D21A 4POWA 3UK4A 2V3UA 4AQ4A 3T9UA 2O7IA 3LR1A 1B3GA 5DVIA 4BLAA 3PD8A 1HSEA 3IR1A 1LGBC 3MP1A 2Q2AA 4QSEA 2OBGA 2QSXA 4QRZA 4IGTA 3KOSA 4ND9A 2H98A 4NF6B 1AOVA 3DP8A 4MLVA 4IO2A 4C0RA 1RKMA 5L9SA 2UXAA 3BFTA 2Z8EA 5TPAB 4XKRA 2I58A 4PFWA 5HBCA 3EF7A 3HN0A 5AA2A 2DE3A 5FHMA 1MXYA 1SW4A 1M5EA 3MZ1A 3EN3A 1FTKA 3VVEA 3KJTA 2RKMA 3S9MC 4LZ7A 2Y7RA 4I1DA 1R1NA 1JEUA 1FQBA 1TT1A 5AA1A 3O6IA 1EZPA 2R71A 4QFPA 4F3BA 1MY4A 3WAFA 3BKIB 4YKIA 2VHAA 3IJXB 2ANJA 5JEIA 2Q2CA 1B32A 2F34A 2GFEA 4R74A 2O7UA 3G3KA 3T9XB 1YCJA 1MQHA 4F39A 1EZOA 5AA2B 1SW1A 1L5TA 3Q25A 4EQ9A 2PT2A 3O2AA 3RNNA 4ZECA 3LSFB 3KGCA 2ZYKA 3IL1B 4JWYA 3SKPA 4JXIA 1GVCA 1QUIA 2Q9TA 1YAEA 3M3LA 1FTLA 3MUQA 1I6AA 3FJGA 1QW0A 3FVGA 1Z7ME 3TTLA 2ESNA 1NL5A 4Q5TA 4K3FA 5ITOA 1MG1A 3RLFE 3Q26A 3FVOA 4UACA 4THIA 1DMBA 3PPOA 4KYSA 3V8XB 3BFUA 3O66A 4IO5A 1MRPA 3PUYE 2HQ0A 5H8NA 1GGGA 1T0KA 2HEUA 2AYSA 4QFKA 1MQGA 3KN8A 3EPEA 4P0GA 3CFLA 4M4GA 2ZYOA 1SYHA 2ZNTA 4C1UA 3RQTA 4X1BA 2QRYA 5DVFA 4EUOA 2D3IA 1FQAA 4H6DA 1N04A 3QUJA 2IA4A 1ZIUA 1EZ9A 1MPDA 3GXAA 1H45A 2RC9A 1XVXA 2NXOA 4U2RA 3UIFA 4G77A 1QULA 2NUVA 3JV9A 3B6WA 4TOZA 4NWDA 3FIRA 4PFYA 1NH7A 5AE4A 1FTMA 5HM4B 2XXWA 2YLNA 3HCQA 3IOTA 3CFXA 5H8FA 3A3CA 2QL3A 2Y84A 4R75A 4ZZAA 3S4UA 5I2KA 4TLLB 1SYIA 1FQFA 2XXRA 1IUDA 2PX1A 4ZE8A 4Q0CA 1PBPA 2H4IA 4H65A 3EQ1A 1URSA 4WXJA 3IJOB 1UTHA 2OLBA 1P1OA 2QMXA 2O69A 2UYEA 3V5AA 2P1SA 3IK6B 5FHOA 5AA4A 1MXXA 2X26A 3MVXA 4ELPA 1OLAA 3KG2A 5J1DA 5DYHA 4XKQA 4GIZA 4GVOA 3IOVA 1B5HA 2HZLA 3I6VA 4YB6A 4R2BA 1IXHA 5H8FB 3FJ7A 3UGWA 3SEWA 3TUSA 3QXMA 1NKXA 5I2KB 3E13X 3C33A 3PMWA 5ITPA 4RPOA 3HHGA 3DP6A 2H5YA 4O3BA 1P99A 2GHAA 3M8UA 1WODA 5AA4B 1B3HA 3KN7A 3N5LA 3SDFA 3K6WA 4OFOA 4ESWA 2RCAA 5CI5A 4NF4A 2ALUA 1FQDA 4F29A 1BLFA 3FASA 4H5FA 1SW2A 2O84X 5F1QA 3CRBA 4ELOA 4H67A 5EYFA 3K6XA 2YPNA 3PU5A 2RC7A 3ONMA 2V84A 4DXBA 4IO7A 5IAIA 3IOUA 2THIA 4GD5A 4F1UA 2V3QA 1SI1A 1LCTA 2REJA 1NMUA 3IOWA 1Q1KA 1BKAA 5I58A 3RGYA 2QS1A 5H8QA 4R6KA 4DE8A 4OYVA 3OELA 3CIJA 1FCKA 3H6UA 3RTFB 4DCYA 3DLNA 4F22A 4NF4B 1OQGA 2ZMBA 4OEUA 1JQFA 1B40A 4F2OA 1S9TA 1QKAA 3FV2A 1IEJA 2UVGA 4OHNA 5ICQA 5DVJA 4IO6A 3THIA 4F3PA 2HXWA 5JK4A 1XS5A 2F6PA 4EXKA 3Q28A 1S50A 2OWSA 2O51A 4YZZA 2B3FA 2AL5A 4LUBA 3DM0A 1ZLQA 4GRKA 2G29A 3LSLA 2OWTA 3MAMA 1GR2A 4N6PA 3PGFA 4MH5A 4YB5A 5H8QB 2ZYMA 1MDQA 4G8NA 3K00A 3SESA 1SI0A 3RT6B 1B4HA 1FQCA 1Q35A 4I8CA 3FXUA 3TCHA 4IGRA 4NF6A 3OO6A 4KYEA 2XD3A 1DPPA 1FTOA 4U1ZA 1MY3A 3FVNA 2I3WA 3K4UA 3IB2A 3EHTA 1J1NA 1FW0A 2DE4A 4MFIA 5ISUA 4H5GA 3L6HA 1IIWA 2B65A 3CFZA 2I0BA 5I57A 1B6HA 3JYRA 2AL4A 3MJNA 4KD5A 4H1XA 4YMBA 4P11A 1MM7A 3EHSA 4G68C 3O6GA 1TXFA 2UVJA 5I2NB 3PUZE 1LAXA 5HPQA 4X48A 3PD9A 3TQLA 3C34A 4JDFA 1MH3A 4FAJA 1JEVA 1UTBA 4LP2B 3TAJA 2HZKA 3G3FA 1SDXA 5I56A 1LAGE 4OFJA 1MQJA 3FUZA 3TMGA 2F5XA 4HW8A 4KCCA 2DYXA 3UP9A 2ZXTA 4OERA 5I57B 1B1XA 4JWOA 1B9JA 3SEYA 1USYE 3UORA 4QF9A 2F6GA 1LFIA 1EH3A 3A09A 1MQIA 3H6TA 2XHDA 2VGQA 3VVDA 1LB8A 1YPNA 2KLFA 1UTBB 2F8DA 1N84A 5I56B 4OQOA 3T93B 3VXCA 1CB6A 1GTKA 3G3HA 2O68A 1OVBA 3VLUA 4OETA 1MH4A 1ZKBA 3O6HA 3N6UA 2DWAA 4RA1A 4GLIA 4QHQA 3N94A 3MC2A 1US5A 4LQ5A 3CR9A 4DDDA 4BDMA 2RCBA 3H3GA 1O7TA 4GFRA 2OJTA 3LBSA 4LZ5A 4RXLA 2Z8FA 3GBAA 4G4PA 4HS7A 4FORA 3GBBA 2E0SA 4YKJA 3V83A 2DVZA 3MQ9A 1B5JA 4QFLA 3KSXA 3G7WA 3HPIA 5EHMA 4WEDA 3O97A 1PEBA 3IO6A 3EHUA 3TQWA 3CSBA 2F35A 1H43A 1MXZA 3S9NC 3R26A 1FQEA 1IITA 2Z23A 3CSGA 1MQDA 2DQVA 4BDOA 1O63A 4R73A 4FATA 2H99A 4E0XA 4M1VA 4NF8A 3KEIA 3FV1A 4ZS9A 2PVUA 3K1NA 1MXWA 5TP9B 2QJEA 3OOAA 4YICA 3OSQA 4BDLA 5L9MA 3RN8A 4U4SA 4KPTA 1B58A 1P1UA 5LOMA 4EQBA 2Y7WA 5I84A 3TELA 3U1OA 2QS3A 3K6VA 4OESA 1LB9A 1Y3QA 1AIVA 1A8FA 2REGA 3FD3A 3TZAA 1NH8A 2AIXA 4MF3A 4XKPA 3PUWE 3USDA 4IO3A 1MS7A 1LAHE 4NF8B 1IXCA 1TWYA 4JSDA 5B7DA 2ZNSA 1SBPA 2B3BA 1OMPA 3PMVA 4GL8A 4QFNA 1B3FA 2VP1A 2GRVA 1B51A 4NWCA 4WKMA 4FJPA 1I69A 4XKNA 1P1QA 4F1VA 2Y7KA 2Z8DA 4OTEA 3B7DA 1A7LA 4GOTA 3G3GA 3VLVA 1RYXA 2ONRA 4NF5B 1JVXA 1Y3NA 3KOTA 1OLCA 2A5TA 2HAUA 1HSLA 1B5IA 3VLWA 4MLQA 2LAOA 3CI8A 1R6ZA 1B3LA 1H44A 1LAFE 2P0SA 2O1LA 1MDP1 4GXAA 3VXBA 4WEPA 3PPPA 1BP5A 3TDJA 4XXUA 2FYIA 3H6VA 4RNSA 3TFLA 1JETA 1Y20A 2Q89A 2OZZA 1LBCA 3VFJA 1DTZA 2H25A 3TYHA 1MPBA 3RPWA 4TLMB 2XXTA 4IO4A 4R9GA 4ZEKA 4DIGA 2XX8A 3O29A 2A5TB 4R6HA 1QUJA 3TEPA 3RTWB 4Z0IA 4NTLA 2F97A 1URGA 3SETA 3T9HB 5DTBA 1B7ZA 4OZ9A 5JTYA 1RYOA 2BJJX 4G2ZA 3KJ7A 4DCXA 5M2VA 3KN3A 2R6GE 3ZSFA 2YJPA 4R6YA 4KCDA 2HCAA 1ATGA 3O9PA 4UA8A 3OEMA 1P1NA 3AXFA 4JB7A 2Y7IA 1Y1MA 2UVIA 3K1PA 4KFQA 1JVYA 5CMBA 3SEVA 4OVJA 5DEXA 3H06B 4ESXA 1N76A 3R6UA 4PP0A 3TCFA 2DXRA 1B05A 1QVSA 3MPLA 4OEVA 3B6QA 3KFMA 2VOZA 1NNFA 4LZ8A 5CMCA 4KYDA 2V93A 3OO8A 5ELVA 2ZYNA 1Y1ZA 4YU0A 3QYTA 3VV5A 3LUYA 5JTYB 5CMMA 5K2XA 2I48A 1WDNA 3TTNA 3B6TA 3GZGA 2PBWA 2OK2A 3FGSA 4KQPA 2XXYA 1I6BA 2PMSA 3MZBA 3T9VA 4FEBA 4YAHX 3KZGA 5BUUA 2WKYA 1R9LA 2PYYA 1NNPA 5DEXB 4X9TA 1B0LA 1OVTA 4AB6A 3I3VA 4U4XA 1LCFA 1XVYA 4X1DA 2UVHA 4PETA 3TKDA 4OWDA 1Y4TA 3PV0E 1N7WA 2CZLA 3T96B 3RUMA 4EF2A 3C9HA 1VFDA 3H7MA 3G3IA 2RINA 4YMAA 2O1MA 1FTJA 4U22A 3S2VA 1B0HA 2DWJA 3W9WA 2VD2A 3MP6A 4RJZA 3ECRA 2FA7A 4N07A 5I2NA 1DTGA 1ZU0A 3S9EA 4KI0E 4DLDA 1WVJA 4L17A 3QAXA 1LSTA 4PFUA 4GWOA 3ZKKA 3F11A 3ZKLA 1SQYA 1LLSA 3C36A 3G3JA 1POTA 4F19A 5CBRA 2ABHA 3CG1A 1USYH 1ELJA 3OD7A 3OEKA 1AH5A 3MWBA 1ZBMA 2IEEA 1M5FA 3SEXA 1URDA 4PQJA 2VD3A 4YKKA 1VFEA 1M5DA 1PBQA 2OCUA 3MW0A 3MP8A 3N26A 3JZJA 2V3TA 4GF8A 5AA3A 3ILUB 1UQWA 1JW1A 2GHBA 4IY6A 4H0WA 4Q8RA 5H8SA 4JBZA 3GLBA 3HSTA 2CMOA 3L6GA 3RT8A 1B7HA 4O3AA 3Q27A 3U93A 1II5A 4XTCQ 1M5CA 4LVQA 4ZZEA 3QUFA 3D4CA 2X7PA 3FZVA 4QFOA 1I6QA 3TTKA 3H03A 3E9XA 4EXLA 3TCGA 1N7XA 2QS4A 2DE2A 1VSOA 4HCYA 1AL3A 4XIGQ 5CRYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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