The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
|
sequence length |
84
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structure length |
80
|
Chain Sequence |
MGSEPIEAIAKFDYVGRTARELSFKKGASLLLYQRASDDWWEGRHNGIDGLIPHQYIVVQDVVERSSPKSEIEVISEPPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Neuronal Migration Factor srGAP2 Achieves Specificity in Ligand Binding through a Two-Component Molecular Mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SLIT-ROBO Rho GTPase-activating protein 2
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| total genus |
19
|
| structure length |
80
|
| sequence length |
84
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-11-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4D8D A; 2FEI A; 4KRT A; 2VWF A; 2YUP A; 5IHN A; 3TSZ A; 3M0U A; 2D0N A; 3REA B; 2LP5 A; 3VRZ A; 3UF4 A; 3EG3 A; 2HBW A; 4RUG A; 2D1X A; 2PZ1 A; 4HXJ A; 1RLP C; 5I22 A; 2RNA A; 2DYB A; 1PHT A; 1MV3 A; 4RTY A; 3H0I A; 4J9F A; 2EW3 A; 2PTK A; 4DEY A; 5I11 A; 2ROL A; 5FWC A; 2DVJ A; 2PNI A; 2YT6 A; 4A63 B; 4AG2 C; 3JV3 A; 1SRL A; 3IQL A; 4F16 A; 1X2Q A; 1I07 A; 2BZX A; 2KRO A; 2DBM A; 3ZL7 C; 1RI9 A; 3VS0 A; 2GTJ A; 3PVL A; 1T0H A; 1ZUY A; 4J9D A; 2AKK A; 2DM1 A; 2JS2 A; 4WCI A; 5IH2 A; 2LNH B; 2K9G A; 2M0Y A; 1UGV A; 2LJ0 A; 2YSQ A; 2EYZ A; 1NLO C; 1WXB A; 2KRM A; 2CRE A; 1AWJ A; 2J05 A; 1QLY A; 4ZNX A; 2C0I A; 2GTO A; 1M3A A; 3EG2 A; 2J6K A; 2NUZ A; 2KNB B; 2DNU A; 2CSQ A; 1A0N B; 1GCQ A; 1JO8 A; 2DRK A; 2DJQ A; 1M8M A; 2LX7 A; 2EBP A; 2DBK A; 3VS1 A; 2CUB A; 3C0C A; 1GCQ C; 4LUE A; 1AZG B; 2KT1 A; 3TVT A; 1QKW A; 2C0O A; 5GJW B; 1VA7 A; 2DA9 A; 3EHQ A; 2DRM A; 2A08 A; 4IIM A; 3UAT A; 1CKA A; 4Z8A A; 2EGC A; 4LUD A; 2NWM A; 2EGE A; 1IO6 A; 1OEB A; 2EYY A; 2XMF A; 4JZ3 A; 2CSI A; 1U3O A; 3PE0 A; 2LQN A; 1M3C A; 4OMO A; 1X2K A; 3VS7 A; 2VVK A; 1BK2 A; 2ECZ A; 1Y0M A; 1W70 A; 2K2M A; 1X27 A; 2O2O A; 1AEY A; 2RQW A; 2DE0 X; 3A98 A; 2JMA A; 1JXM A; 2ENM A; 4X1V A; 1KIK A; 2MOX A; 4FSS A; 4HVV A; 2CUD A; 2BZ8 A; 3EG1 A; 4OMN A; 2L2P A; 1PWT A; 1UUE A; 1UDL A; 1PKS A; 1KJW A; 2ED1 A; 1AZE A; 1GRI A; 2J06 A; 1G2B A; 2RMO A; 4RTW A; 2L3Q A; 4J9C A; 2EYX A; 4DEX A; 1B3Q A; 2O31 A; 1X69 A; 3GBQ A; 1E6G A; 3EGU A; 1SRM A; 5IXF A; 2O88 A; 1FYN A; 1UFF A; 2H8H A; 2FG0 A; 2X3X D; 1M3B A; 2ABL A; 2RQU A; 1VYU A; 2EKH A; 1K0S A; 1X6G A; 2ED0 A; 1X6B A; 3I9Q A; 4RTT A; 3U23 A; 5EC7 A; 1HD3 A; 1M27 C; 1VYT A; 2MCN A; 1KFZ A; 1T3L A; 1ZX6 A; 3O5Z A; 1UE9 A; 3FJ5 A; 4ORZ A; 2P4R A; 4AFZ C; 4CC3 A; 1ABO A; 2HSP A; 3KFV A; 3H41 A; 1AVZ C; 4D8K A; 2KE9 A; 2JM9 A; 2KGT A; 5L23 A; 2EPD A; 1V1C A; 1WXT A; 2KXD A; 2JT4 A; 5FWB A; 1H8K A; 4F14 A; 1K1Z A; 4IIO A; 1G83 A; 1HSQ A; 1WLP B; 4Z89 A; 4CC4 B; 1SHG A; 1CKB A; 2YUQ A; 2KBT A; 3M0R A; 1E6H A; 1SSH A; 5IHK A; 1ZUU A; 1JU5 C; 4JJC A; 4RTZ A; 2DL7 A; 3RNJ A; 4J9E A; 2SEM A; 2KT8 A; 1OPL A; 2K7A A; 2GBQ A; 3M0S A; 1ARK A; 2L3P A; 3PVQ A; 4LN2 A; 2I0N A; 2YDL A; 3QWY A; 3VRY A; 1MV0 B; 3VS5 A; 1K0X A; 2A37 A; 3M0Q A; 2L3S A; 1QCF A; 1QWF A; 1YWP A; 2FPD A; 2RQR A; 4JZ4 A; 3TSW A; 4OMP A; 2DX1 A; 1FMK A; 2YUO A; 1YP5 A; 5IXB A; 2FRY A; 3UA6 A; 1OOT A; 3CQT A; 2EGA A; 2CT3 A; 4QT7 A; 2FRW A; 2LCS A; 2EYW A; 4R0K A; 1ZLM A; 1MUZ A; 1GL5 A; 1PKT A; 1W1F A; 2OI3 A; 3NMZ C; 1AOJ A; 2GNC A; 1UHC A; 1YWO A; 4JJD A; 1H3H A; 2JS0 A; 2KYM A; 3H0H A; 1TUC A; 1WYX A; 1NYF A; 2AK5 A; 2RF0 A; 2A28 A; 1UTI A; 2RQV A; 2JW4 A; 4JPB W; 2J6O A; 4RTU A; 2BTT A; 2V1R A; 4F17 A; 2RPN A; 2LJ3 A; 2A36 A; 4J9I A; 2KXC A; 1TG0 A; 2F2X A; 1PRM C; 2CT4 A; 1BU1 A; 2CDT A; 5GJV B; 2DL4 A; 2ROT A; 4AFU C; 1I1J A; 1S1N A; 2K79 A; 1NG2 A; 2AKL A; 4OML A; 2K3B A; 4LE9 A; 2DL5 A; 1GCP A; 2HCK A; 1T0J A; 3SEM A; 2X3W D; 4ESR A; 1GFD A; 1QWE A; 3H0F A; 3LH5 A; 4LNP A; 1OV3 A; 4J9B A; 4M4Z A; 1K76 A; 2C0T A; 1NYG A; 1GFC A; 2EQI A; 2FPF A; 2W0Z A; 1OPK A; 2F2V A; 2DL3 A; 1ZUK A; 2JTE A; 1NEB A; 1ABQ A; 4K11 A; 4HCK A; 2DMO A; 2YUN A; 4E6R A; 1T3S A; 1SEM A; 2HDA A; 3R6N A; 2DLP A; 3I35 A; 3REB B; 4CC7 A; 1H92 A; 4RTX A; 2KYB A; 2L0A A; 2CH4 W; 3ULR B; 2DL8 A; 3VS6 A; 3I5S A; 3VS4 A; 4AG1 C; 1AWO A; 2AZS A; 2O9V A; 2KRN A; 1PNJ A; 1NM7 A; 3VS3 A; 3NGP A; 1UHF A; 1K9A A; 4OMQ A; 2JXB A; 3EG0 A; 4JJB A; 1HJD A; 1J3T A; 4RTV A; 1WIE A; 2LQW A; 2W10 A; 5IHI A; 1WXU A; 4GLM A; 2V1Q A; 1JXO A; 1YN8 A; 5ECA A; 1RLQ C; 1UJ0 A; 1NLP C; 1BBZ A; 2D8H A; 1E7O A; 1VYV A; 1Y57 A; 2K6D A; 1BB9 A; 2IIM A; 2MIO A; 4J9H A; 2QDL A; 1QKX A; 3VS2 A; 1ZSG A; 1Z9Z A; 2GQI A; 2JMC A; 1JQQ A; 2D8J A; 4HVW A; 1N5Z A; 1CSK A; 1UJY A; 2HEQ A; 2RQT A; 2VKN A; 5FW9 A; 2KEA A; 1W6X A; 2J6F A; 1TUD A; 1I0C A; 4Y92 A; 4Z88 A; 2LJ1 A; 1WFW A; 2LMJ A; 2M51 A; 1PRL C; 2KR3 A; 2KRS A; 2EVR A; 1AD5 A; 1LCK A; 2RN8 A; 1YNZ A; 1SHF A; 1U5S A; 4EIK A; 2OJ2 A; 1RUW A; 3THK A; 4AFQ C; 2FO0 A; 2B86 A; 3EHR A; 1EFN A; 4CC2 A; 1AWW A; 1KSW A; 1SPK A; 3M0T A; 4GBQ A; 5HCK A; 1UEC A; 1ZBJ A; 4J9G A; 3RBB B; 1WI7 A; 1AWX A; 2AZV A; 3M0P A; 1GBR A; 1XOV A; 1UG1 A; 1JEG A; 2GGR A; 1NEG A; 3NPF A; 2ESW A; 2O9S A; 4OMM A; 2LZ6 B; 2FPE A; 2DF6 A; 1B07 A; 2CH4 A; 2DIL A; 1YCS B; 2OAW A; 4AFS C; 2BZY A; 1WDX A; 3UA7 A; 2JM8 A; 2F2W A; 2E5K A; 1U06 A; 1GBQ A; 2SRC A; 3I5R A; 1WX6 A; 1Z9Q A; 1M30 A; 1X43 A; 2J7I A; 3SHW A; 1WA7 A; 3NHN A; 2G6F X; 4HVU A; 3QWX X; 1K4U S; #chains in the Genus database with same CATH topology 4D8D A; 4KRT A; 2VWF A; 2YUP A; 3M0U A; 2D0N A; 2DIQ A; 4M77 A; 3REA B; 2LP5 A; 3VRZ A; 3EG3 A; 4RUG A; 1YHQ T; 3CCV A; 3SWN C; 4F7U A; 4M78 A; 3EH2 A; 1PCX A; 2LT1 A; 1WJR A; 1PHT A; 2EWN A; 2B8A A; 3H0I A; 2XI9 A; 4IUQ A; 1VIE A; 4DA4 A; 2PTK A; 2E65 A; 2DYI A; 2YT6 A; 4A63 B; 4RG8 A; 4BE1 A; 5LJ3 h; 4BAC A; 2HL5 C; 4XK8 E; 3JV3 A; 1BI0 A; 3QHS A; 4F16 A; 4JLG A; 4O6J A; 1ZUY A; 5IAY A; 2JS2 A; 3NTK A; 4N0A A; 1VQM Q; 5DLQ E; 1VQM T; 5IH2 A; 2EYZ A; 2DZC A; 2KRM A; 5J26 A; 1VQ7 Q; 2CRE A; 1VQ7 T; 1RAH B; 4ZNX A; 1QLY A; 3PT9 A; 3QYH B; 5LJ3 e; 2J6K A; 1TSF A; 3CCS Q; 3CCS T; 2QAZ A; 1LJO A; 1C1A A; 1G3Y A; 2EBP A; 2DBK A; 2HAX A; 4M7A E; 2OTL Q; 4LUE A; 3ER0 A; 2OTL T; 1AZG B; 2QQ9 A; 2K3Y A; 3C12 A; 4L59 A; 1VA7 A; 2DRM A; 2A08 A; 3RIR A; 3UAT A; 5CCA A; 3OS0 A; 4PJM A; 1CKA A; 2PVO B; 3P8H A; 4ELZ C; 1WQW A; 2QEX A; 4C92 E; 1OEB A; 4JZ3 A; 1BIA A; 1U3O A; 3PIP A; 1AT1 B; 2VVK A; 1BK2 A; 3MPU B; 1W70 A; 2PUO B; 1ZHI A; 5LJ5 j; 1YJN A; 5GAN 3; 1JXM A; 2MYS A; 4MZM A; 3N5B B; 1ZSZ A; 1QP2 A; 1KIK A; 1WHL A; 4RMO A; 1Y96 B; 4M75 A; 3CCE A; 4FSS A; 4PFP A; 4XTW A; 4HVV A; 3MP8 A; 5GAN 8; 4WF2 A; 2K5I A; 2BZ8 A; 2HMA A; 3X24 B; 1EX4 A; 1M90 R; 1M1K C; 5FLX E; 3CC2 Q; 1PKS A; 3CC2 T; 2WAC A; 1KJW A; 4E7L A; 5CQX A; 2KDS A; 2J06 A; 3RKY A; 3M57 A; 1YIT A; 2RMO A; 2E3I A; 3JB9 H; 4M7D F; 2XD0 A; 2QA4 A; 4C5I A; 5FRN A; 1ZQ1 A; 3BW1 A; 2O88 A; 5GAM h; 1KHC A; 2H8H A; 3X20 B; 4A4K A; 4KGV B; 1M5Q 1; 1H3Z A; 1FWZ A; 1M3B A; 2RQU A; 3KUF A; 1YJ9 A; 1VYU A; 2ZAE A; 1X6G A; 4Y91 A; 3PGG A; 2VXE A; 1MMA A; 1T3L A; 1Q95 G; 2R58 A; 4XU3 A; 2P4R A; 3WVD B; 1ABO A; 5GAM e; 3OYB A; 2JZ2 A; 3NTH A; 1AVZ C; 1ZA2 B; 3UT1 A; 2E10 A; 5L23 A; 1V1C A; 2E3H A; 1ZBX A; 3CCU A; 1QVF P; 1WXT A; 2KXD A; 5FWB A; 2EJF A; 3INZ A; 3I55 Q; 3I55 T; 4QQG A; 3QG1 A; 4PJO C; 2QDY B; 4EMH A; 1SSH A; 3J81 E; 3MJX A; 1ZUU A; 2WSC E; 4RTZ A; 1VQ6 Q; 1FXX A; 1VQ6 T; 1RL2 A; 5HK3 A; 2RK1 A; 4J9E A; 2QQA A; 1OPL A; 2GBQ A; 1KC8 C; 3M0S A; 3PVQ A; 5C0M A; 2HNI A; 2I0N A; 5HKC A; 3VRY A; 3X28 B; 4B9W A; 1K0X A; 1JJ2 S; 4QVD A; 4NOY A; 1JJ2 A; 4OMP A; 4J7I A; 1FMK A; 4M77 D; 4RG2 A; 3CBM A; 3V8K A; 1RI0 A; 1OOT A; 4XU1 A; 4QT7 A; 1O9S A; 3H9N A; 4C8Q A; 1FMV A; 4M78 D; 3CD6 Q; 5GAN d; 2LCS A; 2EYW A; 2DJZ A; 1VOM A; 2CZ6 B; 1GL5 A; 2KQW A; 3G71 Q; 3G71 T; 3CCR Q; 2KYM A; 3QXE B; 3CCR T; 3MP6 A; 1TUC A; 5CR2 A; 1TU0 B; 1WYX A; 3OYG A; 4R55 A; 1X6O A; 6AT1 B; 1UTI A; 4FIB A; 2CP3 A; 3CC7 T; 3JSC A; 4F17 A; 2LJ3 A; 3EH1 A; 4M77 F; 2LDM A; 3GP8 A; 2DPP B; 2CT4 A; 4F7U F; 2KY9 A; 4M78 F; 2EJ9 A; 3QSU A; 3MKD A; 3CCQ Q; 3CCQ T; 2RJD A; 3L2Q A; 5GAN g; 4E7K A; 2QQS A; 3WXM B; 2YWW A; 3C4S A; 3HL8 A; 4N4G A; 3VJP A; 2E70 A; 2DFU A; 4MDX A; 1SSF A; 4ESR A; 1GFD A; 3HP9 A; 2ZPF B; 3LH5 A; 4LNP A; 1K9M C; 4IUR A; 5KYU B; 1NYG A; 2ZPG B; 3FEO A; 2FPF A; 2CP2 A; 1BI3 A; 2DL3 A; 1ABQ A; 1P92 A; 4K11 A; 3AT1 B; 1R0B G; 3L2U A; 2DMO A; 2FZC B; 2YUN A; 1T3S A; 3OY9 A; 4OB2 B; 2HBP A; 5LJ5 e; 3OYN A; 4CC7 A; 3E9F A; 2ZPE B; 4M7A A; 3VKI A; 4IKF A; 1YJW Q; 1YJW T; 4JDS A; 1YIJ Q; 1Y7X A; 5LJ3 f; 4QVC A; 3EGX A; 1YIJ T; 2KI7 A; 2O9V A; 4KH1 B; 1WHM A; 2AHJ B; 3E19 A; 4Q5W A; 5KYN A; 3VS3 A; 5GAO p; 2Y4Y A; 3PMT A; 2X9H A; 3JCM X; 1G5V A; 4DBF A; 4M75 D; 1J3T A; 2DD5 A; 1D09 B; 2LQW A; 3PMI A; 4GLM A; 3JCM Q; 1JRI A; 2RK2 A; 1VQN T; 2MWO A; 2ZPB B; 1WHJ A; 1YN8 A; 3I56 Q; 1QP3 A; 3I56 T; 2OTJ A; 1UJ0 A; 1NLP C; 3LW5 E; 5GAO q; 4Z02 A; 2MIO A; 2XU8 A; 2RJC A; 4KGX B; 1ZSG A; 1Z9Z A; 5FRO A; 1F1B B; 2GQI A; 1JQQ A; 2D8J A; 4HVW A; 1C0M A; 1M2V B; 2VKN A; 1IZ6 A; 5FW9 A; 3TRE A; 3OYF A; 1NJI U; 1VQ9 A; 2LJ1 A; 2YXY A; 3PTA A; 3EFS A; 2KR3 A; 4A53 A; 5KYW A; 1VIF A; 2DXB A; 1LCK A; 5CKE A; 5I21 A; 1YNZ A; 1SHF A; 5CQY A; 1N8R C; 1AWW A; 1KSW A; 3CMA A; 3FDR A; 4A4E A; 5HCK A; 2DET A; 1UEC A; 3RER A; 3RBB B; 1EZZ B; 1GBR A; 1X75 C; 1NEG A; 3FC3 A; 4OMM A; 2VB6 A; 1I4K 1; 1B07 A; 1Y71 A; 3CCM A; 5A0L A; 3PFS A; 3CC4 T; 1MGQ A; 1KD1 U; 4AFS C; 4M77 B; 2BZY A; 2Z0W A; 1VQP A; 3OYI A; 1QCO A; 4C0F A; 1IXD A; 4F7U B; 4M78 B; 3ZBD A; 3OS2 A; 1U06 A; 3MEA A; 2P0K A; 5EG2 A; 3MCA B; 4LDY A; 4HVU A; 3R6O A; 4N4I A; 5GAM f; 2BUD A; 1OUL A; 3CCJ Q; 3CCJ T; 4BB7 A; 4M77 C; 5AYF A; 3TQ7 P; 4HXJ A; 3OW2 P; 1VQK Q; 2RJF A; 1PD1 A; 1VQK T; 3QII A; 4M7D A; 1TS9 A; 5GAO m; 3RMS A; 3A5Z B; 2RNA A; 2WSE E; 3CCL Q; 4M78 C; 1MV3 A; 3CCL T; 4RTY A; 1IHW A; 2XDP A; 2LCC A; 2DVE A; 4X9D A; 4C8Q D; 2EW3 A; 1SKU B; 2GFU A; 4DEY A; 5I11 A; 2DD4 A; 4J5Y A; 5GAN h; 1KQS S; 2M9U A; 2F1L A; 1QVP A; 3EG9 A; 3OSS C; 4FYX B; 1I07 A; 2BZX A; 3JCM d; 3GNG A; 2KRO A; 2DBM A; 4OB1 B; 3MO8 A; 2VYT A; 3PVL A; 2CYZ B; 1T0H A; 2YRC A; 2AKK A; 4FSX A; 4JUV A; 3DLL A; 4ZGE B; 1WJS A; 3M4Y A; 2LNH B; 2K9G A; 4KH0 B; 2M0Y A; 4JS5 A; 4N0A C; 5CKD A; 3CME Q; 3UPU A; 3CME T; 4E7J A; 1QVF A; 2J05 A; 4IUU A; 4J6X A; 4VUB A; 3ZFJ A; 4JRK A; 1IB8 A; 3H6Z A; 4C8Q F; 4HT9 A; 2DJQ A; 3DKM A; 1VQ8 Q; 3TEE A; 3E9G A; 1VQ8 T; 4KUL A; 5FU6 C; 3RMQ A; 2C0O A; 1LNX A; 3EAE A; 2DA9 A; 1PM3 A; 2BE9 B; 2HZY A; 3JCM g; 4Z8A A; 2DEQ A; 4EDU A; 2EGC A; 1QMC A; 2L5Q A; 1ZSZ B; 3PIO A; 2CSI A; 2LQN A; 4EMK A; 4M75 B; 1IHV A; 3CCV Q; 2HQE A; 3VS7 A; 3CCV T; 2ECZ A; 4JS4 A; 5GAM j; 4OB3 B; 1W4S A; 2JVV A; 2QG9 B; 4M7A D; 4ANJ A; 2LC4 A; 2LNV A; 4KUI A; 5A0G A; 4LD6 A; 1OU8 A; 4N4H A; 2CUD A; 3MHX A; 4M75 C; 4OMN A; 2L2P A; 1UUE A; 4M77 G; 4HCZ A; 1YCY A; 2EQU A; 1GRI A; 1AZE A; 2E41 A; 5GAN 5; 4F7U G; 4M78 G; 1LVK A; 4J9C A; 4OP0 A; 2EYX A; 2COW A; 2EFI A; 2O31 A; 3CEY A; 3GBQ A; 3EGU A; 3QKJ A; 4M7A F; 1YHQ Q; 5IXF A; 1FYN A; 5LJ5 f; 1VQL Q; 1VQL T; 4QKU A; 2K57 A; 2EKH A; 1K0S A; 1W2B P; 1K8A U; 4QQD A; 1X6B A; 1PC0 A; 3L2R A; 1Q81 U; 3UWN A; 2IVW A; 5EC7 A; 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