4RVIA

Crystal structure of multidrug-resistant clinical isolate a02 hiv-1 protease in complex with non-peptidic inhibitor, grl0519
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKVGGQLKEALLDTGADDTVLEDMELPGRYKPRMIGGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNIIGRNLMTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Enhanced antiviral activity by the P2-tris-tetrahydrofuran moiety of GRL-0519, a novel nonpeptidic HIV-1 protease inhibitor (PI), against multi-PI-resistant and highly darunavir-resistant strains of HIV-1
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4rviA00
2V0ZC 5OZKA 3SM1A 2PWCA 5P5VA 5ENMA 5PEPA 5KAOA 1D4KA 4B1CA 5P3PA 1EPRE 1CZIE 4RCEA 4YDFA 1K6TA 3TPJA 3K4VC 5P3EA 2HAHA 2FXDA 4OBHA 2O4NA 4RRNA 3TOFA 5DR3A 3UDPA 4QJ8A 1MT9A 4Y57A 3DUYA 5P39A 1IDAA 4Y44A 3DK1A 1EPOE 2VIJA 5P88A 5P23A 1MTRA 1G2KA 2RKFA 2VIZA 2QI5A 3EL1A 1HSGA 3LITA 3OXVA 1B5FB 5P61A 5P7YA 5P81A 3HLOA 1NSOA 5P76A 5P2DA 4R8YA 3LZUA 1SDVA 5P4BA 3OUCA 4EQJA 3PLLA 1E5OE 2ER7E 4RGHA 2PSVA 4BFDA 1BWAA 5OZTA 4CP7A 1JLDA 1HTGA 1W50A 2ZDZA 2NNKA 1K1TA 3I25A 3KM4A 4ZSQA 1FLHA 5P2CA 5OYVA 5OZUA 4DJYA 2APRA 5E5JA 2V16C 4OBJA 3OAGA 2ZJLA 4J1CA 4Q1WA 5OZDA 4OC6B 3NR6A 1DW6C 4AA9A 2I4WA 1A9MA 4RVJA 4QLHA 4GJDA 5P60A 5P6IA 2FIVA 5P5JA 3TKWA 4CMSA 1AXAA 5P86A 2VA5A 5OZ5A 4MC9A 3EKWA 5P7AA 5P1YA 2Q3KA 4B00A 5B18A 4EYRA 3L5EA 2ZE1A 5P6VA 2WF3A 5P8IA 5P56A 1HVSA 3VFAA 3TOGA 1HTRB 1HTFA 2VKMA 4Q1NA 3GGXA 5P1DA 3IXOA 2PMAA 1HIVA 3URJA 5BWYA 4FLGA 4PEPA 2AVOA 1C6ZA 3L5FA 5DR0A 2RSPA 3IXJA 4B77A 2FDPA 5P6SA 3SAAA 4Y58A 3DV1A 4J0ZA 3NU9A 1QBRA 4NJVA 4J0VA 5T4SA 4EHCA 3PVKA 3CIDA 3OXXA 5SY3A 1ZSFA 5P2YA 5P5NA 2AZ8A 5P1NA 4ZEAA 1B5FA 3HD8A 5KOQA 5KR1A 5P0OA 5P7LA 3SA3A 3S8IA 2PQZA 5OZYA 5P1RA 5P62A 3NLSA 5P5BA 4Y43A 3APPA 2ER0E 1FQ6A 2JE4A 5P2AA 3PMYA 4Y38A 2QI1A 1QRPE 4YD3A 5P4NA 3VV6A 3OUDB 2OHLA 1LF4A 4DJWA 1DMPA 4R95A 3FV3A 3RSXA 3IVIA 3OQ7A 1EBZA 3DOXA 5P3GA 5P8VA 5IE1A 4CPSA 1YTIA 3QBHA 5P37A 1D4YA 3K5CA 4PHVA 5P05A 2OF0A 4GIDA 4OC6A 1PFZA 4I0DA 2FGVA 5P7XA 1UH9A 3EKQA 4HEGA 3KDCA 5P83A 3VF5A 4K4PA 5OYZA 2P83A 5P38A 5P72A 4DQFA 3NU3A 5P70A 1EBKC 4RVXA 9HVPA 4DJXA 1EBWA 1IDBA 1SBGA 3EL0A 3EKYA 5P2NA 1FB7A 2F3KA 2F81A 5OZIA 5IVTA 4DVFA 2IL2A 3BUFA 2I4XA 2BPWA 2XFIA 1BXOA 3BC4A 2G69A 4Y4JA 2QZLA 3APRE 3QN8A 3GGAA 5OZPA 5KR0A 5TOLA 1ME6A 3DM6A 3UDYA 3MXEA 2HS1A 1QBSA 2G1YA 2R8NA 5I3YA 2B7ZA 6FIVA 5P4IA 1PPKE 1HPXA 1ODXA 3EKPA 5P1PA 1UH7A 4FE6A 1K2CA 3TOHA 2F80A 2HB4A 1BDRA 3O9LB 1SDTA 1GNOA 3PI0A 4DUSA 1BBSA 1HVKA 4OBKA 1MIQA 1HIHA 2G1OA 4L7GA 2ZJNA 3FKTA 3UDKA 3ZKNA 5P43A 5P0CA 4Y5NA 5F01A 1PSOE 2PYNA 4TVGA 4Y3WA 2FNSA 3BUHA 1ZP8A 3O9CA 5P4XA 5OYUA 4KB9A 4R92A 2OHRA 3INHA 2CEMA 5OYRA 4U7QA 1AVFA 5P4RA 4HVPA 1A94A 3D1XA 2ASIA 4EJDA 1LV1A 1Z1RA 2NXLA 1FMUA 3OUDA 1GVWA 4Y4GA 2O4LA 5HDZA 2R5PA 1QDMA 1IVPA 3LIQA 3Q5HA 2VIYA 3EL5A 3VYFA 3CIBA 5AHBA 5P18A 2VJ9A 5P68A 4Y5GA 3HBOA 1B6JA 1LYAB 3KA2A 1SIVA 5P4HA 1HPVA 3H5BA 5P73A 2I4VA 4XX3A 5DR4A 3WB5A 2AZBA 1MRWA 1Q9PA 4GJ6A 2O4SA 4Y3QA 3PSUA 4KE1A 5P8EA 2R5QA 3PWWA 2BPVA 1FQ7A 5P5WA 4I8WA 1F34A 4Y51A 5P6BA 2PK5A 2J9JB 4FM6A 3VF7A 4J1FA 5P27A 1FMXA 3LIVA 1CPIA 5HE4A 4NPTA 2WF0A 1XN3A 2ZJHA 2V12C 3HDKA 2P3AA 5P6YA 1G35A 3UFNA 3OQKA 3OGQA 5DQ1A 5P0IA 2CENA 1T7JA 2B7FA 5P0SA 3VV8A 4M8XA 3UHLA 1LYBB 3UPJA 3O9IA 2I0DA 3SLZA 2WF2A 3U7SA 5P8JA 3PSGA 3VYEA 5P1HA 3UF3A 5P0AA 3O9LA 4OBDA 5P12A 5OZMA 3TPLA 5P19A 5P0UA 1T7IA 1MESA 5E5KA 3IN4A 1BWBA 1EAGA 5OZ8A 3F9QA 1NPAA 5IVSA 5DR7A 5P1FA 4Y4BA 3RVIA 3QRVA 4GYEA 3QRSA 1OD1A 4I0JA 4TVHA 5P5UA 5P03A 5P3OA 5P1EA 4YD5A 2VJ6A 3IAWA 3UDJA 3INEA 4FRIA 2VNMA 1IZHA 5P6EA 3FSMA 4AMTA 2NMZA 2QK5A 2PYMA 4Y37A 3M9FA 3OU4B 4ZE6A 1MTBA 3ZOVA 2G22A 5P6LA 1W5YA 1ZJ7A 4YBIA 4Y3EA 1SH9A 1DIFA 2PH8A 3LZSA 2FLEA 4RCFA 1ER8E 3QRMA 4CPUA 5P42A 3N3IA 3GI0A 5P0YA 4I0FA 1W5VA 1LYAA 4WY6A 5P2TA 1HVJA 3ZKMA 1GVUA 2QU2A 3L5CA 1K1UA 4FRJA 4N00A 4DI2A 4HLAA 5P1KA 4LC7A 2G27A 2B8VA 2Q5KA 1T3RA 4APRE 5OZAA 5P06A 7UPJA 1TSUA 5UPJA 1IZDA 1APWE 4Y5BA 1YT9A 2OHKA 3ZPUA 2IRZA 2ZJMA 2FDEA 2ZJJA 1MVPA 5P4DA 1WBMA 3EKTA 5P5KA 4MC6A 2O4PA 4GJ8A 3RTNA 3L5BA 1BAIA 3KFRA 1CMSA 5P2UA 4DJRA 5P84A 3RTHA 2ANLA 5OZFA 5P28A 2ZJIA 3NDWA 3SM2A 4XX4A 1LYBA 5P66A 5P40A 2XYFA 3SA7A 5HU0A 4YA8A 3PWMA 5OZ0A 2AOJA 5OZ1A 4NPUA 5APRE 4FIVA 4ZPGA 5JG1A 1TSQA 2V00A 3ECGA 2HM1A 3QI1A 5P08A 3CKRA 2P3BB 3LIZA 3O9BA 1HXWA 5ISJA 2ER9E 4J0YA 4LAPA 1DPJA 1XE5A 4S1GA 1MUIA 3UTLA 2IGXA 2OHTA 3K5GA 4EP3A 4L1AB 2ZHTA 2BBBA 5P1IA 1SGZA 4J17A 1KJ4A 2WEZA 5BRYA 4DQBA 4R5NA 5P47A 2F8GA 3OU4A 4FM7A 4B1DA 5KQYA 5HU1A 5P4EA 5P8HA 4Z50A 5OYTA 4M8YA 5P79A 4EJKA 2AVVA 5C9BA 1IIQA 5P4VA 1T7KA 1APUE 1EPPE 2ZHSA 2QZXA 4ZSPA 3O99A 5P7GA 3SA4A 4F75A 1AIDA 4Y5PA 1K6VA 1TCWA 3K5DA 1FFFC 1VIJA 2B8LA 5P1MA 3GI5A 3PCZA 1HWRA 4H1EA 1XE6A 5P1BA 4ER1E 4QGIA 5P2GA 2WF4A 5P41A 5P6GA 3VEUA 3NSHA 5P1CA 5DQ5A 5P0RA 3ZPSA 4J54A 4QJAA 1ENTE 5P3AA 5P16A 3PBZA 4K8SA 4YCYA 4MC2A 1YTJA 2ZHUA 3WZ8A 3I8WA 3PSYA 4J0TA 3GI6A 3CICA 5P8QA 4Y3AA 4ZPEA 5P35A 1RPIA 1RQ9A 2J9KA 3CMSA 3KF0A 3OQAA 1G0VA 5P54A 3L59A 4DJQA 5DQ4A 5OZSA 2H6SA 5P5HA 4R91A 3OHFA 3OQDA 2HC0A 4JPEA 3QPJA 2P3BA 5P2FA 1WKRA 4Y3SA 4EJ8A 4PZXA 4DV9A 3LIXA 4L1AA 5P6RA 2JJIA 3EM4A 1MEUA 4RYCA 4RYGA 5P58A 3NU5A 3WB4A 1TZSA 4X2LA 1AJXA 4H3GA 5P2VA 1PPLE 3QVIA 5P7OA 1U8GA 2I4QA 5HCTA 1HBVA 1PPME 1TCXA 5P7SA 1BILA 1SP5A 1B6PA 5P3SA 4Q1XA 2A1EA 5P5ZA 5P0XA 2ZHRA 4YE3A 5P2MA 5P49A 5P4PA 3PM4A 5P0PA 5KQZA 5P74A 5P71A 3G6ZA 1EC3A 5I3VA 5COKA 5OYYA 5P78A 5P6WA 1YM4A 1IVQA 4JOOA 2V11C 2V10C 5P0LA 1KJGA 3ZKIA 1SMRA 1ODWA 1ZBGA 3OADB 1HEFE 5P59A 3SKFA 3SABA 3SKGA 3ZMGA 2OHUA 5ISKA 4PYVA 5P1LA 5OZVA 3KT2A 5P53A 4D85A 2QI7A 1C6YA 1XDHA 3ZKSA 5P77A 1HVRA 3K5FA 5P63A 4RROA 5P0DA 3PBDA 4FAEA 6APRE 5P7MA 2WL0A 4I10A 5P3YA 5P85A 5P7EA 2QNPA 3IGBA 3UDQA 5J25A 5IVQA 1HOSA 5P5CA 2WF1A 5P55A 2WHHA 5P04A 2G21A 4EJLA 5P4CA 5P8MA 5HDVA 4Q5MA 1BVEA 5OZXA 4F74A 5P0KA 5P4LA 3GGVA 5P4UA 4CPQA 4HDPA 3MXDA 1E80E 3VFBA 3T7XA 4Z4XA 1AJVA 5HD0A 3I2LA 3BGBA 2R3WA 1EEDP 1GKTA 3LPKA 5P5RA 5P5SA 3OK9A 4OD9B 3Q4BA 4JPCA 4B70A 4MC1A 4I8ZA 2AVMA 3GGUA 3SA6A 3SFCA 2G20A 1LF2A 5P45A 5P0BA 3OXWA 4HA5A 5P29A 4D8CA 2OHQA 3NDUA 5P7HA 2VIEA 3PJ6A 5P7FA 1D4HA 5OZOA 4LXMA 5HDXA 3MWSA 3S7MA 1EPQE 5P6XA 5ENKA 4CKUA 2OHPA 5P89A 5P5AA 1FQ8A 3O9GA 5P2JA 2O40A 3Q6YA 1FIVA 3KMYA 5P20A 5OZEA 4K4QA 5OZLA 1XS7D 5P1JA 1ZPAA 4Y3HA 5P1OA 5DQ2A 5P1WA 1VIKA 1MSMA 1WBKA 3S43B 3HAWA 1UH8A 4ER2E 1M43A 5OZ6A 2PWRA 3LZYA 4DJVA 1A8GA 5P2WA 5P22A 4I0GA 4Y47A 4E43A 4LL3A 5OZ4A 3GW5A 4GJ9A 2G24A 4Y3DA 5P4WA 1LF3A 2QD7A 5P6ZA 3ZLQA 5C9DA 2PH6A 5P8PA 4Y48A 2Q11A 1EPNE 1E81E 1HVCA 5P5TA 4CPWA 4TRYA 3ZKGA 5P7RA 5P1TA 1T6EX 3VSXA 2NR6A 4R93A 1EC2A 5P8RA 5P2XA 2QMPA 3S2OA 1MSNA 4Y36A 4J55A 3DCRA 2Q15A 1HVIA 3I6OA 1GVXA 5P80A 1NPVA 1QBTA 4B1EA 5SXNA 2I4UA 4Y3RA 1PSNA 1LYWB 4OBZB 2G1RA 1LEEA 5DPZA 1BVGA 2P4JA 3FIVA 4A6BA 4TRZA 3BXSA 4RVIA 3HW1A 5P4OA 2QD8A 5ER1E 2HIZA 3VLAA 2IEOA 3ER3E 3C9XA 1M0BA 3OOZA 3ZPTA 1W6IA 1EC1A 3K4VA 4EXGA 1KJ7A 4ZSMA 5P2KA 4WTUA 5P4ZA 4DQCA 3SA8A 3UQWA 1C70A 1ZPKA 1EBYA 4J5JA 2IGYA 5P46A 3R0WA 2R3TA 3VLBA 3PGIA 1AAQA 4HDBA 1J71A 2PSGA 5P11A 2QNQA 3RTMA 3S53A 4LBTA 5P2OA 5P6AA 5P8AA 5P67A 7HVPA 5OZHA 3S43A 3NWXA 5P0GA 5P33A 5COPA 1KJHA 3HZCA 5P2SA 2QP8A 4YD4A 3BVBA 2P3CA 1K6CA 3AUPA 2BPYA 4GJ7A 2Z4OA 5P0HA 5P1XA 5P3QA 1OHRA 5OZZA 3UDHA 3D20A 4I0EA 5P1AA 1B6KA 3OWNA 5P3UA 4L6BA 5AHCA 3URLA 5P50A 4HDFA 3OQFA 3U71A 1HRNA 3MSLA 3TKGA 3VYDA 5P36A 1YTGA 4XKXA 1DP5A 4IVTA 3CYXA 4F73A 2ZJKA 3ZL7A 4YHQA 3NXEA 4AUCA 5P6OA 1RV7A 3L3AA 3T7QA 5P17A 2ZHVA 3QROA 1LYWA 3UQPA 5P1GA 4EPJA 3UQRA 5OZ3A 2QMFA 4NJSA 3NU4A 5DR1A 4BFBA 1KJFA 2BB9A 3Q3TA 3R1GB 5P14A 5I70A 5P5FA 4J1IA 3D91A 3KFNA 3JW2A 5EZZA 5P7BA 3A2OA 4FL8A 2J9JA 3EL4A 2XFKA 5OZWA 5P4AA 3TL9A 3VV7A 5BS4A 1K2BA 5KQFA 4Y3FA 3NU6A 2QU3A 2I4DA 3EXOA 1N49A 2BKTA 5P30A 2QI3A 3D1ZA 4Y4UA 5P02A 5P7CA 3PHVA 2PSUA 1XL5A 5OZGA 1NH0A 1FGCC 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2V0Z C;  5OZK A;  3SM1 A;  2PWC A;  5P5V A;  5ENM A;  5PEP A;  5KAO A;  1D4K A;  4B1C A;  5P3P A;  1EPR E;  1CZI E;  4RCE A;  4YDF A;  1K6T A;  3TPJ A;  3K4V C;  5P3E A;  2HAH A;  2FXD A;  4OBH A;  2O4N A;  4RRN A;  3TOF A;  5DR3 A;  3UDP A;  4QJ8 A;  1MT9 A;  4Y57 A;  3DUY A;  5P39 A;  1IDA A;  4Y44 A;  3DK1 A;  1EPO E;  2VIJ A;  5P88 A;  5P23 A;  1MTR A;  1G2K A;  2RKF A;  2VIZ A;  2QI5 A;  3EL1 A;  1HSG A;  3LIT A;  3OXV A;  1B5F B;  5P61 A;  5P7Y A;  5P81 A;  3HLO A;  1NSO A;  5P76 A;  5P2D A;  4R8Y A;  3LZU A;  1SDV A;  5P4B A;  3OUC A;  4EQJ A;  3PLL A;  1E5O E;  2ER7 E;  4RGH A;  2PSV A;  4BFD A;  1BWA A;  5OZT A;  4CP7 A;  1JLD A;  1HTG A;  1W50 A;  2ZDZ A;  2NNK A;  1K1T A;  3I25 A;  3KM4 A;  4ZSQ A;  1FLH A;  5P2C A;  5OYV A;  5OZU A;  4DJY A;  2APR A;  5E5J A;  2V16 C;  4OBJ A;  3OAG A;  2ZJL A;  4J1C A;  4Q1W A;  5OZD A;  4OC6 B;  3NR6 A;  1DW6 C;  4AA9 A;  2I4W A;  1A9M A;  4RVJ A;  4QLH A;  4GJD A;  5P60 A;  5P6I A;  2FIV A;  5P5J A;  3TKW A;  4CMS A;  1AXA A;  5P86 A;  2VA5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2NXD A;  4YDG A;  1D4L A;  2BPX A;  3VSW A;  1XN2 A;  1BV7 A;  1BDL A;  5I3W A;  2R38 A;  4H3J A;  4Z22 A;  2G1N A;  4XXS A;  5P3M A;  2O4K A;  5AH6 A;  5COO A;  3L5D A;  3HVG A;  1HSI A;  5HCO A;  1FMB A;  4B72 A;  3PWR A;  2FXE A;  4I1C A;  3IA9 A;  4NKK A;  4OD9 A;  5P8O A;  4I11 A;  4X7I A;  1DAZ C;  2QD6 A;  1QBU A;  2ZGA A;  5P52 A;  3S7L A;  3TPR A;  2QHY A;  5OYQ A;  5P4T A;  3BXR A;  3Q70 A;  3RU1 A;  3EKV A;  4GJC A;  1HEG E;  5P3J A;  5P3R A;  4UPJ A;  5P4F A;  4QJ6 A;  3O9A A;  4GMI A;  5P34 A;  5P8D A;  2HB2 A;  4ACX A;  5P65 A;  2IKO A;  2QZK A;  1FG8 C;  4Y3T A;  5P5M A;  1HPS A;  4Y45 A;  4HE9 A;  2NTR A;  3O9H A;  5P6H A;  3JVW A;  3WZ7 A;  5P7D A;  3FX5 A;  2AQU A;  3UQU A;  5P25 A;  1HPO A;  1TW7 A;  1Z8C A;  3IN3 A;  4Y3J A;  2BKS A;  4KUP A;  2IKU A;  5P0N A;  2FGU A;  5P4J A;  4BEK A;  3KN0 A;  2NNP A;  2AZC A;  5OZ7 A;  5P8K A;  4TRW A;  4Y39 A;  1EPL E;  2AOD A;  2Q63 A;  4Y4W A;  4GB2 A;  4Y5C A;  1FEJ C;  1HTE A;  3OOT A;  5P7V A;  3OY4 A;  4NJU A;  2WED A;  2IS0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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