4RW2A

Hen egg-white lysozyme structure from a spent-beam experiment at lcls: refocused beam
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization and use of the spent beam for serial operation of LCLS.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4rw2A00
4CFPA 3CSZA 1OUCA 4G4BA 1GB2A 2Q0MX 4H9CA 5KKIA 5LINA 4RW1A 1YKXX 1LOZA 1HFYA 2DQFC 1TEWA 3D9AC 1LMAA 1Z55A 3J4GA 4FJRA 1LSGA 1OUHA 4N1CC 1WQPA 1F6SA 2XJWA 4LYZA 2A7FA 4WG7A 3D3DA 1B7OA 1B5ZA 1B7MA 1HEWA 3LYOA 1UA6Y 4GLVA 3ZVQA 1QUSA 4NWEA 1G7HC 1LZSA 4Z46A 5KXSA 4ZFPA 2D4IA 5E4PA 4MCKA 4XJIA 2BQFA 1B7LA 4NGLA 1LHLA 4II8A 2D4JA 3TXIA 1JITA 4NSGA 4NGVA 1ALCA 2GV0A 3A8ZA 4NSHA 5B06A 1LZRA 3HBHA 1DPWA 1WQRA 4HPIA 1IOSA 1RFPA 1UIEA 1JUGA 1XEIA 4XJFA 3LYTA 5APDA 1LMTA 5KY1A 4GN3A 2G4PA 3TXFA 4RLMA 4N0JA 1C46A 1VDQA 4WMGA 1REXA 4H9IA 4HV1A 1O23A 3M18B 5B1FA 1OUJA 3AZ5A 5LA8A 2I6ZA 1FLUA 1GEZA 5KXXA 1ZV5L 4Z98A 5LAGA 5D5FA 4DDCA 1KXYA 5LIOA 4AGAA 1LHHA 4XJDA 1UIAA 1GEVA 4TTDA 3TXDA 3RZ4A 1WQNA 2IHLA 4BAPA 1TDYA 1WQQA 1SQ2L 5A3EA 1OUBA 2LYOA 1BWHA 4WM4A 2HEAA 4B4JA 4QGZA 133LA 1EQ4A 2I25L 1EQ5A 2ZIJA 4GCCA 1KIPC 1IOCA 4GCEA 4R0FA 5FSTA 4LYBA 1VDPA 1JHLA 1DI4A 3A92A 3W6CA 3CSRA 1JTPL 4YENA 2XBSA 4TWSA 5C6LA 4TSCA 1NBYC 1TCYA 1QQYA 2I26L 4TUNA 4HSFA 2FYDA 1RCMA 5KXMA 1BVKC 3WU7A 4H9FA 4ETAA 1GF6A 2MEIA 3E3DA 1LZ1A 3P64A 1GE4A 1LSZA 3ZEKA 1HMKA 2D4KA 1BWJA 2MEHA 1RJCB 153LA 1LHMA 1GPQC 1GB5A 1HERA 4ETBA 1IP4A 3WPJA 2N5ZA 1LMCA 1GFJA 1GF3A 1J1OY 1LTMA 2MECA 1LPIA 1B0DA 1F6RA 4NGWA 1KXXA 2BQHA 5LYZA 1JKCA 5F16A 1YIKA 1OQMA 1C45A 3RNXA 1UACY 1B7PA 1GAZA 4G4CA 5C6IA 1GF5A 1FLQA 1UIBA 3W6DA 1B7QA 5KXRA 1GBOA 2BQKA 3LYMA 1GBYA 1YROA 2DQCY 1PS5A 4WM2A 3P68A 2DQJY 4NGOA 1IP2A 1B2KA 5K7OA 1IWUA 3CQLA 4ML7A 154LA 1IO5A 1YKYX 4GN5C 5I4WA 1OUGA 4YEOA 5IDDA 3W3EA 2HTXA 2W1XA 3LHMA 4DDBA 1XSFA 4HP0A 4DD3A 2LYMA 4I8SA 1GBZA 2ZNXY 1LJEA 4NGKA 1G7IC 4NHIA 4UWNA 5KXYA 3P4ZA 1LZCA 1REYA 4NHQA 3W6FA 4H8YA 5KXWA 2H9KA 2ZQ4A 1C08C 4UWUA 4MSTA 1HEOA 1OUFA 3HBDA 3MGWA 1QIOA 2YBIA 2DQDY 1IEEA 3WULA 1T6VL 4B49A 1GB0A 5ILCA 2BLYA 1LSNA 1LKRA 1BQLY 1GF9A 4XYYA 1GFUA 4IJ4A 5APEA 4D9ZA 1XFPL 4UWVA 4DD7A 4WM5A 5F9XA 2YBNA 3OJPA 3WUAA 4O34A 4IASA 1IP3A 4HJYA 5LAFA 1IR8A 2ZWBA 1IWYA 1NMMA 1LSBA 4HV2A 3T36A 3AW7A 4EMNA 5I4YA 4NHPA 2F2NA 5KXTA 1B5UA 1LJ4A 1BB7A 5APCA 2FBBA 194LA 1GF0A 1GXXA 2DKVA 4ETEA 1GFAA 1JSEA 3IJUA 135LA 3OK0A 1KXWA 1UIHA 5F14A 1CJ8A 4XJGA 1YAQA 2Y8PA 1C7PA 5LYMA 1LZNA 3BKHA 5B07A 1EL1A 1RI8B 5AMYA 1UCOA 1NDMC 2YBMA 2YBHA 4RDSA 2C8OA 1YAPA 4LT2A 1LMQA 1HF4A 5FCPA 3WMKA 4A7DA 4E3UA 2BLXA 2ZIKA 1I20A 2DQIY 4W94A 1QSWA 4ETDA 1LSCA 1VATA 3W6BA 1LJGA 2DQEY 3B6LA 1N4FA 4H8XA 3WW6A 1LJKA 1B7RA 1FKQA 1QTEA 4LT1A 1DZBX 4DD1A 4Z3MA 3CT0A 4WOAA 2X0AA 3WUMA 4CGEA 4BAFA 1GBWA 1RE2A 3WXTA 4KT3A 1NF5A 4XN6A 5F9UA 3TMVA 9LYZA 2HU1A 5IELA 4P2EA 3WW5A 4U3XB 1OUDA 1TBYA 1GBXA 1HEQA 1LJNA 1VAUA 3IJVA 4WLXA 1HHLA 5JENB 2DQAA 1LJ3A 5LVKA 2WARA 5A3ZA 1IP5A 4N8ZA 1H6MA 4H94A 1LHJA 5KXKA 3A91A 4ZEEA 1DQJC 1HMLA 4NWHA 3A93A 4GCDA 1BHZA 3EO5A 1NKHA 4KPMA 4WO9A 3FE0A 1FBIX 5C6JA 3QNGA 1GE1A 2NWDX 1IORA 2HEBA 4NGIA 1DKJA 3AZ7A 1GF8A 4LYCA 1OUEA 2Z19A 4LT0A 1IX0A 2Z38A 4NSJA 3AW6A 1GD6A 4H90A 7LYZA 3LYZA 4PGJB 4PPOA 5KXPA 5DL9A 4BS7A 2W1LA 1JTTL 2LZTA 2ZQ3A 1IY4A 1VFBC 207LA 2XBRA 3B0IA 3CSQA 1QDTA 5DN5A 4PJ2C 1HEPA 1LZTA 1HSXA 2BQJA 4DD0A 4NFVA 5LVJA 4J0LA 4HTKA 1LAAA 3A90A 4HPEA 3A3QA 4H8ZA 4H9EA 5DN4A 1D0LA 132LA 3N9EA 4MR1A 2YSSC 4B4EA 4CFOA 3TXJA 2BQCA 1AT6A 1REMA 1BB6A 1BB5A 4M4OA 1UUZC 3F6ZA 2VB1A 1LMPA 3WPLA 4NG1A 1KIQC 1OP9B 1LZBA 4ET8A 1XGPC 4GN4A 4TX7A 1LMOA 2HU3A 4OW1A 1B9OA 3BKVA 5L9JA 1F0WA 1GDWA 4Z41A 5DLAA 1LKSA 1CNSA 3KAMA 3AJNA 4I0CA 1WTNA 1C10A 1FDLY 1XEKA 4WLDA 2BQGA 4H93A 5KJ9A 4DWXA 5HMJA 1QDRA 1DI5A 1LZ6A 5ILFA 1CKCA 1ZMYL 3B72A 2G4NA 2H5ZA 1JTOL 1UC0A 1B7NA 1I1ZA 1VDTA 3A95A 4WLYA 1B5YA 4PRQA 5I4XA 2C8PA 4NIJA 2F30A 3WYHA 4L41A 2EIZC 5LXWA 1GE0A 3AGIA 1A4VA 1IP7A 1FKVA 2MEBA 4J1AA 3EMSA 1QSAA 2YVBA 1ZVYB 4NG8A 1OUIA 3TMWA 1JIYA 2BPUA 2MEGA 2YDGA 4LGKA 3A34A 4LYOA 2A7DA 2Z2EA 3WVYA 3HFMY 1XEJA 2HECA 5LA5A 1DPXA 1LJIA 1IC4Y 3WXUA 5I53A 3B0OA 3FI7A 5HNLA 2DQGY 1GFGA 5HMVA 1IVMA 1V7TA 3TXGA 4M6DA 2ZILA 3TXKA 5KXOA 1IOQA 3P65A 1GFRA 5I54A 1LYZA 1XGUC 5LVIA 2CWIA 5HLLA 3WH1A 1LZYA 4XENA 1G7LC 4AXTA 1JPOA 4B0DA 1NDGC 5KXLA 1AT5A 2MEAA 4G4HA 2LYZA 1GB9A 8LYZA 1CJ9A 4ANRA 1HENA 3N9CA 3A67Y 3J6KA 1YANA 2Z2FA 3CT5A 1IP1A 4RW2A 4YF2A 4GLAA 1FN5A 4QY9A 3WU9A 4B1AA 1DI3A 4CJ2A 1E8LA 1D0KA 1D6PA 1F10A 1LHKA 5EBHA 2Z12A 4NGYA 2F4AA 4DDAA 2BQAA 2PC2A 1DKKA 5FEKA 1GFEA 5IHGA 5L3IA 1HSWA 3A6BY 5D5CA 1WQOA 1GB7A 4OOTA 2D6BA 1LZ8A 5KXNA 1IOTA 1IWTA 6LYTA 1GE3A 1I56A 1J1XY 4XJHA 3RW8A 1LSMA 3RU5A 1FLWA 1JISA 1H87A 4GCBA 2CGIA 1B5XA 1JEFA 1GB6A 1REZA 1WVUA 2AUBA 2MEDA 1GFKA 3GXKA 5FHWA 4G49A 1P2CC 1BVXA 1NBZC 1AZFA 4NEBA 4OWAA 2DQHY 2G4QA 6LYZA 4LFXA 1IP6A 1IR7A 4J7VA 4QEQA 5I5QA 3RT5X 4DD9A 3G3AB 4C5FA 5APFA 3WVXA 4J1BA 1IR9A 4FDYA 5J7CA 1JJ0A 1JKAA 2CJLA 4H91A 1LSYA 2BQDA 3TXHA 1CKFA 1JJ1A 1A2YC 4DT3A 1LZDA 2IFFY 5B1GA 1UBZA 2ZYPA 1NWGA 3AYQA 4NHTA 1LZGA 134LA 1INUA 1J1PY 1YAMA 4WG1A 1GBSA 1JWRA 2Z18A 2LZ2A 4YOPA 1V7SA 4CHXA 1CKDA 5B59A 1D9UA 3WPKA 2DBTA 1C43A 3M3UA 3AZ6A 1FLYA 1G7JC 3AB6A 1ZVHL 1GDXA 5HNCA 1GB3A 2BQIA 2CDSA 1W6ZA 2MEFA 4DC4A 4YM8A 1YL0X 4NY5A 4HTNA 4LFPA 1LCNA 1JKBA 1VEDA 1HEMA 4WO6A 1IWVA 2MEEA 3A3RX 4KL7A 4LT3A 5LVHA 5M1YA 1TAYA 5HQ1A 3WU8A 4N9RA 3WL2A 1QUTA 3A6CY 3VWOA 1IC7Y 4ZIXA 1GB8A 1GFVA 2BQMA 4OWBA 4PRUA 4H92A 2Z37A 3TXBA 1WTMA 4G9SA 1GFHA 5FELA 1UICA 1CKGA 1LZEA 1YILA 3EBAB 4OWCA 2YBLA 5T3FA 1B7SA 3CT1A 1YKZX 4H1PA 4WL7A 5LVGA 3AGHA 3W6EA 1VDSA 1NQIA 4DD2A 4EOFA 1BWIA 4IATA 4NGJA 4X3BA 1EQEA 2BQEA 3WUNA 2Z39A 3A94A 1DXJA 4QDNA 1UIFA 1LSEA 3TMUA 1D6QA 3W6AA 3LZTA 1BGIA 3G3BB 4NGZA 2BQLA 2RSCA 3ATNA 3B0KA 3P66A 3A96A 1HNLA 3ATOA 4OWEA 4WM3A 5LYTA 1GFTA 1G7MC 4NSIA 4GCFA 1GF4A 1LYSA 4ETCA 1LJHA 4PHIA 4LYMA 4HTQA 2HEEA 4HJVA 1LSAA 1XGTC 1LZ4A 1IY3A 2HEFA 1BB3A 2BAAA 2F4GA 2FBDA 5L3HA 4H9HA 1JSFA 1LZ9A 1XGRC 3CB7A 5B05A 1BB4A 3IWRA 1CJ6A 3K3TA 4N1EI 2EKSC 2ZYCA 2EPEA 5DM9A 5II3A 2ZNWY 5KXZA 1LJFA 1KIRC 1HFXA 5E9RA 1OUAA 4BADA 1LYOA 2HUBA 1MELL 1IWXA 4WL6A 4W96A 4R6CA 1LSPA 3GXRA 3EXDA 4LYTA 3SP3A 3TMXA 2H9JA 1WQMA 208LA 1YAOA 1QTKA 2BQOA 4TSBA 1LSDA 193LA 1IWZA 1UIDA 4RLNA 1LZ5A 1AM7A 1IC5Y 1GWDA 3N9AA 4XADA 1GE2A 4WLTA 4LZTA 1PZYA 3LN2A 5KKJA 3AGGG 1D0MA 1HFZA 4KXIA 4WM6A 1IWWA 3QE8A 1GXV2 1GAYA 4B4IA 4DYGA 2XTHA 4HJZA 4OWHA 2BQNA 2EQLA 1SLYA 1JJ3A 1LJJA 4XJBA 4H9BA 3ULRA 1IIZA 1HELA 5F81A 4N5RA 2YBJA 1B5WA 1LZAA 1GHLA 4H9AA 5FDJA 3T6UA 1JKDA 4OOOA 1MLCE 1LSFA 4YEMA 4NHSA 1B5VA 3HBEX 1T3PA 1YQVY 3ZVQB 1WVVA 2W1YA 1LYYA 1CJ7A 3LZ2A 2D91A 1HC0A 1LMNA 2W1MA 4ET9A 1CKHA 1XGQC 2HEDA 1UIGA 4C3WA 1LHIA 1W08A 3AZ4A 3TXEA 1NHEA 2BQBA 3QY4A 2FYCA 1GF7A 1AKIA 1YL1X 4WM1A 2LHMA 2B5ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CSZA 1OUCA 1GB2A 2Q0MX 1YKXX 4I7KA 3D9AC 1LMAA 1LSGA 1WQPA 1F6SA 2XJWA 4LYZA 1B7OA 1B5ZA 1L59A 197LA 1QUSA 4Z46A 1D9WA 223LA 2D4IA 2RH1A 4AQNA 1B7LA 3TXIA 1JITA 1ALCA 3A8ZA 3HBHA 1DPWA 162LA 1WQRA 4HPIA 1XEIA 1JUGA 128LA 2QB0B 2G4PA 4N0JA 181LA 248LA 4H9IA 2OU8A 1L57A 5LA8A 1SSYA 1OYUA 4Z98A 5D5FA 4DDCA 1NHBA 5LIOA 1GEVA 3TXDA 3RZ4A 2IHLA 3SB8A 1L31A 1OUBA 1EQ4A 2I25L 3C8SA 2RB2X 1LYFA 1L55A 1KIPC 4R0FA 4LYBA 1L43A 4TWSA 4HSFA 1OV5A 3WU7A 1GF6A 3E3DA 1LZ1A 2RB0X 1HMKA 2D4KA 1LI3A 153LA 1L0JA 1L83A 1LWGA 4ETBA 196LA 1L82A 2MECA 1L02A 3HUQA 174LA 1SSWA 206LA 1B7QA 1YROA 2B70A 1PS5A 1L68A 1B2KA 1IWUA 1IO5A 1G0JA 1C6EA 1YKYX 1OUGA 3GUJA 3W3EA 1L45A 1XSFA 4HP0A 1LJEA 3P4ZA 1LZCA 175LA 1OWZA 1C08C 4UWUA 1P46A 1C62A 1HEOA 3C7YA 182LA 1L24A 2BLYA 1LKRA 2B72A 1GFUA 4D9ZA 4WM5A 1KW5A 5LAFA 1CTWA 1NMMA 4HV2A 3T36A 5I4YA 4NHPA 3DMZA 2O7AA 3IJUA 3NY9A 135LA 1KXWA 5F14A 1CJ8A 1YAQA 138LA 3C83A 1EL1A 5AMYA 1UCOA 1C6AA 2YBHA 4RDSA 1L16A 172LA 2DQIY 4ETDA 1VATA 3W6BA 3B6LA 3DKEX 1QTEA 1B7RA 1FKQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CFP A;  3CSZ A;  1OUC A;  4G4B A;  1GB2 A;  2Q0M X;  4H9C A;  5KKI A;  5LIN A;  4RW1 A;  1YKX X;  1LOZ A;  1HFY A;  2DQF C;  1TEW A;  3D9A C;  1LMA A;  1Z55 A;  3J4G A;  4FJR A;  1LSG A;  1OUH A;  4N1C C;  1WQP A;  1F6S A;  2XJW A;  4LYZ A;  2A7F A;  4WG7 A;  3D3D A;  1B7O A;  1B5Z A;  1B7M A;  1HEW A;  3LYO A;  1UA6 Y;  4GLV A;  3ZVQ A;  1QUS A;  4NWE A;  1G7H C;  1LZS A;  4Z46 A;  5KXS A;  4ZFP A;  2D4I A;  5E4P A;  4MCK A;  4XJI A;  2BQF A;  1B7L A;  4NGL A;  1LHL A;  4II8 A;  2D4J A;  3TXI A;  1JIT A;  4NSG A;  4NGV A;  1ALC A;  2GV0 A;  3A8Z A;  4NSH A;  5B06 A;  1LZR A;  3HBH A;  1DPW A;  1WQR A;  4HPI A;  1IOS A;  1RFP A;  1UIE A;  1JUG A;  1XEI A;  4XJF A;  3LYT A;  5APD A;  1LMT A;  5KY1 A;  4GN3 A;  2G4P A;  3TXF A;  4RLM A;  4N0J A;  1C46 A;  1VDQ A;  4WMG A;  1REX A;  4H9I A;  4HV1 A;  1O23 A;  3M18 B;  5B1F A;  1OUJ A;  3AZ5 A;  5LA8 A;  2I6Z A;  1FLU A;  1GEZ A;  5KXX A;  1ZV5 L;  4Z98 A;  5LAG A;  5D5F A;  4DDC A;  1KXY A;  5LIO A;  4AGA A;  1LHH A;  4XJD A;  1UIA A;  1GEV A; 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 4LYM A;  4HTQ A;  2HEE A;  4HJV A;  1LSA A;  1XGT C;  1LZ4 A;  1IY3 A;  2HEF A;  1BB3 A;  2BAA A;  2F4G A;  2FBD A;  5L3H A;  4H9H A;  1JSF A;  1LZ9 A;  1XGR C;  3CB7 A;  5B05 A;  1BB4 A;  3IWR A;  1CJ6 A;  3K3T A;  4N1E I;  2EKS C;  2ZYC A;  2EPE A;  5DM9 A;  5II3 A;  2ZNW Y;  5KXZ A;  1LJF A;  1KIR C;  1HFX A;  5E9R A;  1OUA A;  4BAD A;  1LYO A;  2HUB A;  1MEL L;  1IWX A;  4WL6 A;  4W96 A;  4R6C A;  1LSP A;  3GXR A;  3EXD A;  4LYT A;  3SP3 A;  3TMX A;  2H9J A;  1WQM A;  208L A;  1YAO A;  1QTK A;  2BQO A;  4TSB A;  1LSD A;  193L A;  1IWZ A;  1UID A;  4RLN A;  1LZ5 A;  1AM7 A;  1IC5 Y;  1GWD A;  3N9A A;  4XAD A;  1GE2 A;  4WLT A;  4LZT A;  1PZY A;  3LN2 A;  5KKJ A;  3AGG G;  1D0M A;  1HFZ A;  4KXI A;  4WM6 A;  1IWW A;  3QE8 A;  1GXV 2;  1GAY A;  4B4I A;  4DYG A;  2XTH A;  4HJZ A;  4OWH A;  2BQN A;  2EQL A;  1SLY A;  1JJ3 A;  1LJJ A;  4XJB A;  4H9B A;  3ULR A;  1IIZ A;  1HEL A;  5F81 A;  4N5R A;  2YBJ A;  1B5W A;  1LZA A;  1GHL A;  4H9A A;  5FDJ A;  3T6U A;  1JKD A;  4OOO A;  1MLC E;  1LSF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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