4RY1A

Crystal structure of periplasmic solute binding protein eca2210 from pectobacterium atrosepticum scri1043, target efi-510858
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
410
structure length
410
Chain Sequence
MAEIRISWWGGNQRHEATLAAINAFQKANPTITVKAEYAGWDGYLSRLSTQIAGGQEPDVMRIDWNWLPQFSRNGDGFYDLNKQKDILGLGDFPPNALKTADVKGKLQGLPISMTSRSMIYNKTTWDNAGVAYPKTWDELFAAGPVFKQKLGDSYYPLGVAQGASDVLDILTLGRSYMAQKYGIDMIDEKKQSIAYSRDQVRELFGFYKKLVDSHVIPDQRYFSSFGRTNVYEIRPWINGELAGMYLWDSAIYTYSSNMPKDAVLETGPFITIPGAKDSGLTSKPSSLFAISKNSKHPKEAAMLMNFMLSNPEGVKALGLQNGMPANPKAQKLLEDIGVINPGNLLANAYRAAAAQPESKVAVSPFMENQELVQLWTTSLQKLDYGNGEVNKVADDFLSGANRILKRAIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of periplasmic solute binding protein ECA2210 from Pectobacterium atrosepticum, Target EFI-510858
rcsb
molecule keywords Periplasmic solute binding protein
source organism Pectobacterium atrosepticum
molecule tags Transport protein
total genus 149
structure length 410
sequence length 410
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ry1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ry1A02
1USYH 4Q30B 3M3LA 3K6XA 3G3JA 3CSBA 1LAXA 3TCHA 1B9JA 1PC3A 4I9DA 3PMXA 1SW2A 4NE4A 4ZECA 3BFUA 4G68B 2AL5A 1AOVA 2UYEA 1XC1A 5FHMA 1ZJLA 2REGA 4E0XA 3N26A 1B0LA 1POY1 4GLIA 1Y3PA 4I1DA 4MBPA 4ZZEA 2Q8JA 4KPTA 1O7TA 3LSXA 4GF8A 2B3BA 1B2HA 2CZLA 3HN0A 3FXQA 3IB0A 3LR1A 1QJMA 1SW1A 3F11A 2RKMA 1B4ZA 5AA2A 3TQLA 5HM4B 2XXXA 3H6WA 4YMBA 5JTYA 4LQ2A 3ODBA 1P1UA 1ZMGA 3OD7A 1DPPA 5DEXB 2I6EA 3IL1B 4YZZA 4RPNA 1P1WA 4YKKA 3ZS6A 3BKIB 3U1OA 1SQYA 5I56B 2AIXA 1Z7ME 4R73A 1EU8A 1OVTA 4ELPA 1FW0A 3K0VA 1MY2A 3VVEA 1B0HA 4KYEA 4GOTA 4KQPA 4PFYA 4OEVA 1NNTA 4YU0A 2PVUA 3OOAA 3SETA 3PD8A 4PETA 3O66A 4RY1A 3CR9A 1FQEA 1WODA 1LBBA 4DZ1A 1S7YA 1DTGA 4G4PA 1N0TA 1DPEA 3M3KA 2Q2CA 1WVJA 2DYXA 3QUFA 3PPPA 2F8DA 2VHAA 1IZ1A 3U94A 4YB6A 5F1QA 4MH5A 5K2XA 2H4IA 3FJGA 1UQWA 4AB5A 4XKQA 3KN7A 4UA8A 4DXBA 1AIVA 2O1MA 3DELB 3RQTA 1AL3A 1GGGA 1XHYA 1TFAA 3L6HA 4RK2A 4ZEBA 3MZBA 2PMSA 3OSRA 4QSCA 3K1NA 4Z7EA 2D3IA 2H25A 3G3IA 3VFJA 3MVYA 3T22A 4RJZA 4U4XA 3MWBA 1S9TA 1ZLQA 3N94A 4GXSB 3C9HA 3JZJA 5AA2D 5H8FA 4BDOA 1JW4A 4X48A 3T96B 1KWHA 2DE3A 4TQUQ 1FQAA 5L9SA 5H8NA 5F7VA 3T66A 3RTWB 1FTMA 3A3CA 5ITPA 1XOCA 5CI5A 3MC2A 1D4NA 4U1OA 1MQIA 3V5AA 5JTYB 1IQ7A 3K2DA 3TCFA 4R6YA 1I6AA 4R75A 1GVCA 1BTJA 2HCAA 1ELJA 5AA4A 2ZYNA 2Y7KA 4KHZE 5I57A 4POXA 3QSLA 4JWXA 4P11A 3PD9A 5I2KA 5TU0A 3KBRA 2A5TB 2RCAA 4R74A 1Y9UA 3C4MA 3TTKA 3V8XB 1YPNA 1H44A 1UTHA 2DXYA 1IIWA 3IJOB 4OQOA 3O97A 3ECRA 3CI8A 3D4CA 4FAJA 4TLLB 3KOSA 4BLAA 4QF9A 3Q27A 1H76A 3GBBA 4ZZAA 2VOZA 3RNNA 5CMKA 1XT8A 4BDMA 3GZGA 3SEWA 3EPEA 1FTJA 4MFIA 1QULA 1MY0A 4XTCQ 4OWDA 4JDFA 3KGCA 1N04A 5KCJB 4EF1A 1N7XA 1QUJA 3GXAA 2UVHA 1EZPA 4JWOA 4C1UA 3CRBA 4OMBA 4G8HA 3OMBA 1MDQA 1Q35A 3TPAA 1HSJA 4NMYA 4JB7A 1HSLA 5DTBA 2F36A 3UP9A 3VE1B 2XXRA 2THIA 1Y3QA 2FA7A 3IJXB 3TEPA 2YJPA 1A8EA 3LSFB 4XKPA 3C36A 1DSNA 4EQBA 4R6HA 2A5SA 1TT1A 2XXHA 3KN8A 3FIRA 3MP8A 1P1OA 2KLFA 5DT6A 4HS7A 3RT6B 3IB2A 2VGQA 4DCXA 5H8NB 2R71A 3PPOA 4IGTA 1JEVA 3ILUB 5FHNA 1UIUA 3FGSA 5A5XA 3P7IA 2QS1A 3EHUA 2UVJA 3O6IA 3RGYA 4OFLA 4C0RA 5I58A 1RYOA 2E0SA 4YKPA 2YPNA 4OFJA 3IO6A 3ILTB 5JK4A 2XXWA 1R6ZA 1VR5A 2YLNA 1B5JA 5I57B 1FQFA 4H65A 1MS7A 2H5YA 3OO9A 1M5EA 4KI0E 3MUQA 4FE8A 1VSOA 4OFOA 1M5CA 1B5HA 5DVIA 2DQVA 3A3UA 4WEDA 5I84A 3VXCA 1UTHB 1NH8A 3IB1A 4YKJA 4OZ9A 2BJJX 3UN6A 4F1VA 2CMOA 3EHSA 3U92A 4NF5A 1IEJA 3A09A 2QMWA 1JVXA 2F78A 2OJTA 3VVFA 4FORA 3AXFA 4OYVA 1SW5A 1B1XA 4GD5A 4M4GA 1TXFA 4EUOA 4FJPA 4TLMB 3MQ9A 3PPNA 1TFDA 1A54A 4G8MA 2E1SA 3QAXA 3FV1A 1XVXA 3M3FA 2I48A 4ELRA 1BKAA 1ZIUA 4JXIA 4LVQA 1QVSA 2ZNSA 4JSDA 1PBQA 1PDAA 3G7WA 3FATA 3K1MA 4XXUA 2ZNUA 1N76A 4GL8A 2OWSA 2NOOA 4N13A 1CE2A 1EH3A 2PBWA 4EDPA 3T9HB 3TZAA 2R9JA 3G3GA 3U72A 5KDTA 5I2NA 3MVWA 1SI0A 3K6UA 3O6HA 3M8UA 3KSJA 2XXUA 4X1DA 1LSTA 2Z8FA 3EF7A 4QFLA 2RC9A 4ECFA 5TP9A 3TTMA 3TFLA 1SD3A 4OENA 3Q29A 5EHSA 2QS3A 1LAHE 3FZVA 4OESA 3HHGA 4OERA 3MJNA 1Y1MA 1B4HA 3T93B 5A5XB 3PU5A 3VDFA 1MY4A 4KYSA 1B6HA 3S9EA 3TELA 1TWYA 1OLCA 4OEUA 1MPCA 3FXUA 2HFBA 3C34A 4JBZA 3C32A 2GHBA 1FQBA 4LA9A 4NF4A 4NWDA 5TPAA 1MXZA 1J1NA 4JWYA 4PE5B 4PFUA 4H8JA 3VLWA 3H6UA 3FXRA 3SKPA 2V25A 3TTNA 1SVXB 4F3BA 3LSLA 5AA3A 2X26A 4TOZA 3PUZE 4NTLA 3KSXA 1UIVA 3FD3A 1N7WA 3H7MA 4FIMA 3RY3A 4IGRA 3RLFE 1XS5A 4HCYA 3N6UA 4R72A 2F5XA 4C1TA 2GFEA 2Q88A 1N3XA 1MH4A 3KFMA 4LUBA 2O84X 1QUIA 4F3PA 3KN3A 4G68C 2B3FA 1I6BA 5H8QB 3C33A 1N3WA 1SYIA 1MQHA 2OBGA 3CFZA 1AH5A 5I2NB 5LOMA 1DOTA 4R2FA 4QFNA 1PBPA 5CMBA 3QIMA 1B3EA 3PMVA 1FTKA 2W7YA 4P0GA 1B3GA 2XXVA 4ZE8A 3O28A 5H8HB 4ZEDA 3SESA 3IX1A 3H6VA 5TP9B 2Q9TA 2P1SA 3KOTA 4ZE9A 4BDRA 2I49A 1MG1A 5ITOA 4RPOA 1OIBA 4ZEIA 2HXWA 4GRKA 1AMFA 1M5FA 2ANJA 2XXYA 4RYAA 2AYSA 1B3LA 2ONRA 3UA8A 5FTHA 1O63A 2UVGA 3PGFA 1IUDA 1A40A 1ZBMA 4ZEFA 4F1YA 2RCBA 1MXXA 3Q28A 2O7IA 4NF4B 3G3HA 4X9TA 2V3TA 5TPAB 4Z0IA 2OK2A 1IXCA 3OELA 5AA2B 3FJMA 4N6PA 4EXLA 1YAEA 5DVJA 2XHDA 1R1NA 1H43A 3HV1A 1NNPA 4ISUA 3ZKLA 1EZOA 4QSEA 4NWCA 3UK4A 3RT8A 1BLFA 1NFTA 3L6GA 1B7ZA 3MW0A 2UXAA 4M1VA 4QFOA 1JVYA 4QFKA 3KEIA 3OSQA 2DS9A 3U8QA 1B3FA 3FVNA 2Y7PA 1R9QA 4O3BA 3EQ1A 1GR2A 3S9LC 2O1LA 3HPIA 5JEIA 1LB9A 2OCUA 1OQHA 2V84A 4F31B 2F7AA 5FTIA 1IXGA 1LAFE 2NXOA 2VP1A 1PB7A 2P0SA 3K01A 2QPQA 2Y7WA 1UTBA 3G3FA 3TKDA 1MQDA 2RC8A 4R6KA 3EN3A 2ZMBA 4F1UA 1QKBA 2DVZA 2HZKA 3SEUA 5I59A 1VFDA 5ICTA 4NF8A 2D5WA 1MY3A 1M5BA 1MPDA 1YTVA 5IAIA 4G2ZA 1LBCA 3O9PA 4P0IA 4G8NA 1OLAA 2ALUA 3D4GA 2Z22A 3H06B 4ELQA 2NVUB 4GFRA 3QXMA 3OEKA 4IO7A 3CFXA 5CMMA 2V93A 4YMAA 4G77A 4FATA 5H8FB 4DXCA 3T9XB 3TMGA 2PX1A 4PQJA 3OO7A 2IA4A 2GHAA 4THIA 1MXUA 3H6TA 3PMWA 3T9UA 3U93A 3K00A 2ESNA 3W9WA 1P99A 4ELOA 3B6QA 5ISUA 4YB7A 3KJ7A 2OZZA 5AA4B 1LFIA 1HSEA 1OQGA 4PFTA 4KYDA 1P1NA 5BUUA 1B5IA 3E13X 4QSDA 2O68A 3MBPA 3CFLA 2F97A 4XKRA 2ABHA 3ONMA 1B46A 5I2KB 3CG1A 1MXYA 4IY6A 3UORA 3V83A 3DP8A 3RTFB 3E3KA 3S9NC 4AB6A 3LBSA 4FEDA 1H3DA 2DWJA 3TODA 4DDDA 4H1XA 1A7LA 1MQJA 2ZNTA 3OXNA 4LATA 2HAUA 1URGA 2O7UA 2DE4A 3KJTA 3MVZA 5DEXA 3R6UA 2Y7RA 4KCDA 3HCQA 3T9VA 4H5FA 4LZ7A 3K4UA 3DP4A 5I59B 3G3KA 4NF8B 1SW4A 5I56A 1MY1A 2DWIA 3HSTA 3MPKA 4EF2A 1USYE 2I0CA 1D9YA 3EHTA 3RPWA 2Z8DA 3S2VA 3FVGA 1Q1KA 2FNCA 3I6VA 4DE8A 4LQ5A 5H8SA 1EZ9A 1MXVA 1O64A 1B32A 4H5GA 3B6WA 3PUVE 3E9XA 3BFTA 5DYHA 3Q26A 1T0KA 1POTA 4PP0A 4QHQA 4GQOA 2DWAA 1I6QA 3MP6A 1XVYA 1A55A 2GH9A 3VV5A 1F9BA 2OWTA 1IITA 2Y84A 1QKAA 4EQ7A 3TYHA 2DE2A 1L5TA 1SDXA 2DP8A 2H9BA 3CG3A 3THIA 4MF3A 2F6PA 2HZLA 2Z23A 3MZ9A 4KR5A 4DIGA 5I58B 4OETA 5CC2A 4IO4A 3B6TA 2I0BA 1B52A 1OVBA 5CM6A 2AL4A 4LONB 4KD5A 3LSWA 3DM0A 3B7DA 2QMXA 3FASA 2PT2A 1BP5A 4Q5TA 5ICQA 4IO3A 1D9VA 3PPQA 4XKNA 1YCJA 4HTGA 5HBCA 4GWOA 3CVGA 1II5A 4F3SA 3LC8A 2DVCA 4R9GA 4RXLA 1LGBC 1A99A 4NF5B 4ND9A 2P2AA 4UACA 4NEDA 2ZXTA 1MRPA 2PT1A 3FV2A 2V3UA 2I4BA 4XIGQ 4GVOA 1SBPA 2NWJA 2X7QA 3MPLA 1LCTA 4LZ5A 1MDP1 4DXUA 3QYTA 4RK9A 1ZTYA 1JW1A 1FTLA 2A5TA 4OVJA 3O29A 3IOTA 1B7HA 1FQDA 1URDA 3V89B 5KDTB 4RNSA 4R9FA 2ONKE 4NF6A 1US4A 2I4CA 3TUSA 3PUYE 1JETA 1SYHA 4I62A 2O6AA 4BDQA 4H8IA 3PUWE 3H3GA 3TDJA 4R2BA 5B70A 4KFQA 1GTKA 4K3FA 1JEUA 3Q25A 4HW8A 1CB6A 3SEYA 3I5OA 2G93A 4O3CA 5KCJA 4ESXA 2I3VA 1M5DA 4Q0CA 3KZGA 4IO2A 4IB2A 3TTRA 2Q89A 4IY5A 2NUVA 3HO7A 1SI1A 4BDLA 3CIJA 2HAVA 4U1ZA 3R26A 3N5LA 1LLSA 1GV8A 5L9MA 4HCWA 2ONSA 1H45A 1ATGA 3RN8A 3GLBA 2HQ0A 1Y1ZA 3BBRA 5FHOA 3IORA 2H98A 3SEVA 2H99A 3QK6A 3UIFA 2D21A 4IO6A 1MQGA 3W9VA 2HEUA 3MVXA 1LB8A 5ELVA 3UGWA 1NH7A 3RUMA 5IKBA 4QFPA 2R6GE 2XXTA 4YKIA 3SDFA 3MAMA 5CRYA 4O3AA 4H67A 1IXIA 1PB9A 4ONYA 4U23A 4L17A 2FYIA 2UVIA 3DP6A 1FQCA 4MLQA 3GBAA 4F2QA 2DWHA 4YICA 4WKMA 2Q2AA 5DVFA 1FTOA 4DLDA 5CBRA 4X1BA 4OTEA 1QW0A 2F7BA 2Y7IA 1B05A 3JYRA 3K1PA 2F6GA 2XD3A 5AA1A 1US5A 4F29A 1R9LA 3LUYA 1Y20A 3IK6B 5BWJA 1RYXA 2ZYOA 4F39A 4NF6B 2M8CA 4FEBA 2UYFA 4U22A 1Y3NA 1PB8A 1B40A 2X7PA 1N84A 1Y4CA 1NMUA 4JSOA 4KCCA 1B1HA 5EYFA 4H6DA 2DSFA 3VXBA 2IEEA 3MP1A 1MXWA 2REJA 2RINA 1JW5A 5CBSA 1MH3A 4Q8RA 1JNFA 3VVDA 2QS2A 2XXIA 1MM6A 3IOVA 1B7UA 4QRZA 3S4UA 1MM7A 4IO5A 3QUJA 2G29A 4GIZA 3C31A 4BDNA 3IAZA 3W15C 2F34A 4RA1A 2RF1A 4EXKA 1I69A 3PV0E 3WAEA 1URSA 3FVKA 4GL0A 4ZDMA 3H4ZA 3TTLA 2VD3A 3ZSFA 4F19A 3O6GA 1BIYA 3IOWA 4WEPA 4U2RA 2DOJA 3IOUA 1LAGE 4GXAA 4LP2B 4F22A 4MLVA 4FECA 3SEXA 1PEBA 1DTZA 4AQ4A 1WDNA 4N07A 3VLUA 2XXPA 2XX9A 4I8CA 1Z7NE 2XD2A 4G68A 3KG2A 5L8DA 3IR1A 1NNFA 1S50A 4YAHX 4OHNA 1MPBA 1A8FA 3R7XA 3WAFA 3K6WA 4F2OA 2WKYA 3SERA 2DXRA 3PPRA 4E0WA 1RKMA 1NKXA 5L9OA 4H0WA 1ZKBA 1B58A 2XXQA 2F35A 3CSGA 4LZ8A 2F7CA 2PYYA 2O51A 1P1QA 3OEMA 2GRVA 3MZ1A 2VD2A 2XX7A 1QUKA 1UTBB 3FVOA 4PFWA 3E4RA 4OXVA 3JV9A 3S9MC 3K02A 4F3GA 3OO6A 3FUZA 4EQ9A 1FCKA 2Z8EA 4WXJA 4DCYA 4U4SA 5KZTA 1JQFA 3TQWA 4F18A 1LFGA 5EHMA 1VFEA 1ZU0A 2RC7A 1B3HA 4YB5A 2QL3A 3IO4A 2QRYA 2V3QA 4ZS9A 5AE4A 4POWA 5M2VA 3FJ7A 4ESWA 1OMPA 1LCFA 4U21A 2O69A 5HPQA 4ZEKA 3TCGA 1NL5A 2QS4A 1IXHA 1NNKA 5CMCA 5K2YA 1VE4A 3H03A 2OLBA 3K6VA 1LFHA 2ZYKA 5H8QA 3TAJA 5J1DA 5B7DA 3C35A 3USDA 3HHFA 2I58A 3ZKKA 1ANFA 1Y4TA 3PUXE 1DMBA 2QSXA 1D3KA 3VLVA 2ZYMA 3DLNA 3N6TA 3OENA 3OO8A 3I3VA 2XX8A 2QJEA 2B65A 1B51A 2LAOA 3O2AA 2I3WA 5H8HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1USYH 4Q30B 3M3LA 3B8BA 3K6XA 5IZ1A 3G3JA 3CSBA 4N15A 1LAXA 3TCHA 1B9JA 1PC3A 4I9DA 3PMXA 1SW2A 4NE4A 4ZECA 3BFUA 4G68B 2AL5A 1AOVA 2UYEA 1XC1A 5FHMA 2ZZVA 2WBDA 1ZJLA 2REGA 4E0XA 3N26A 1B0LA 1POY1 4UABA 4GLIA 5ET6A 1Y3PA 4I1DA 4MBPA 4ZZEA 2Q8JA 4KPTA 1O7TA 3LSXA 4GF8A 2B3BA 1B2HA 4HE0A 4I40A 5IGAA 2CZLA 3HN0A 3FXQA 4I3YA 3IB0A 3LR1A 1QJMA 1SW1A 3F11A 2RKMA 1B4ZA 4DI3D 5AA2A 2KR0A 3TQLA 5HM4B 2XXXA 3H6WA 4YMBA 5JTYA 4LQ2A 3ODBA 4PE3A 1P1UA 1ZMGA 3OD7A 4O8MA 1DPPA 5DEXB 2I6EA 3IL1B 4YZZA 4RPNA 1P1WA 4YKKA 3ZS6A 3BKIB 2Y5KA 3U1OA 1SQYA 5I56B 2AIXA 1Z7ME 4R73A 1EU8A 1OVTA 1IMBA 4ELPA 1FW0A 4PBHA 3K0VA 1MY2A 3VVEA 1B0HA 4KYEA 4GOTA 4O94A 4KQPA 4PFYA 4OEVA 1NNTA 5IM2A 3B50A 4PBQA 4MAGA 4YU0A 2PVUA 3OOAA 3SETA 3PD8A 4PETA 3LUZA 3O66A 4RY1A 2QFLA 1NI9A 3CR9A 1FQEA 1WODA 1LBBA 4GBVA 3MYUA 4N8GA 4DZ1A 1S7YA 1DTGA 4G4PA 1N0TA 1DPEA 3M3KA 2Q2CA 1WVJA 3A29A 4OVTA 2DYXA 3QUFA 2CZHA 3PPPA 2F8DA 2VHAA 2XWVA 1IZ1A 3U94A 4YB6A 5F1QA 4MH5A 5K2XA 2H4IA 3KC1A 3FJGA 2CZKA 1UQWA 1IMEA 4AB5A 4XKQA 3KN7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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