4RY1A

Crystal structure of periplasmic solute binding protein eca2210 from pectobacterium atrosepticum scri1043, target efi-510858
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
410
structure length
410
Chain Sequence
MAEIRISWWGGNQRHEATLAAINAFQKANPTITVKAEYAGWDGYLSRLSTQIAGGQEPDVMRIDWNWLPQFSRNGDGFYDLNKQKDILGLGDFPPNALKTADVKGKLQGLPISMTSRSMIYNKTTWDNAGVAYPKTWDELFAAGPVFKQKLGDSYYPLGVAQGASDVLDILTLGRSYMAQKYGIDMIDEKKQSIAYSRDQVRELFGFYKKLVDSHVIPDQRYFSSFGRTNVYEIRPWINGELAGMYLWDSAIYTYSSNMPKDAVLETGPFITIPGAKDSGLTSKPSSLFAISKNSKHPKEAAMLMNFMLSNPEGVKALGLQNGMPANPKAQKLLEDIGVINPGNLLANAYRAAAAQPESKVAVSPFMENQELVQLWTTSLQKLDYGNGEVNKVADDFLSGANRILKRAIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of periplasmic solute binding protein ECA2210 from Pectobacterium atrosepticum, Target EFI-510858
rcsb
molecule keywords Periplasmic solute binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Pectobacterium atrosepticum
total genus 149
structure length 410
sequence length 410
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ry1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ry1A02
3OEMA 4QSCA 1B3HA 4RPOA 4PFTA 3W9VA 1LB9A 3OENA 4IB2A 1MXXA 4TQUQ 3TTNA 4F1YA 4NWCA 1IUDA 1OVBA 5DVJA 5CMCA 3TQWA 3MVWA 5EHSA 1LLSA 2THIA 3PUWE 3B6TA 4DXUA 1POY1 4OTEA 5H8NA 3SETA 3PUXE 1TWYA 3ZSFA 2XXQA 3FASA 4EF1A 4NF4B 2DOJA 3WAEA 3Q27A 3MW0A 4GOTA 4RK2A 1XC1A 2DXRA 4Q8RA 1R1NA 2GFEA 4MH5A 4ZDMA 5L9MA 1PB9A 3ILUB 5I2NB 2V84A 2VD2A 3MWBA 3EF7A 3OO7A 2DXYA 3PMXA 4Q0CA 1ZIUA 3R7XA 2F5XA 2ZNTA 3OO9A 4IY5A 3GZGA 2ABHA 4EDPA 2V3TA 1N7WA 3TYHA 5DVIA 3IJOB 4F18A 3G3KA 2F36A 3KBRA 4HTGA 3DLNA 1LGBC 3USDA 4FECA 3U8QA 5B70A 5KDTB 5F7VA 2F34A 1MDQA 4GXAA 2H25A 4BLAA 2X7PA 3QIMA 3OSQA 4THIA 3OSRA 3S9LC 4H1XA 4XIGQ 5EHMA 2PVUA 1OQGA 2I0CA 5CBRA 3K1NA 4EXLA 1XT8A 3S9EA 2ONRA 1QKAA 4NF5A 3THIA 3VFJA 4C1UA 4QFLA 1FTKA 3E9XA 4YICA 1J1NA 2X26A 1FW0A 4F2QA 3FUZA 3VVEA 4HCWA 4O3AA 2V3QA 4OERA 3TTKA 4WEDA 4YB7A 4HW8A 4XTCQ 1Y3PA 3TMGA 1M5DA 4BDNA 2UYFA 4ZEIA 4NF6A 2NWJA 5HBCA 4DXBA 4U1OA 1WDNA 2H9BA 4JWXA 1B5HA 2OLBA 2P2AA 5EYFA 4OHNA 1LBCA 2Q9TA 4I9DA 5I57B 1B4HA 1HSEA 2O51A 4AQ4A 1FQCA 1DMBA 2PBWA 3IB1A 3E13X 5DYHA 4ZE9A 3G3JA 4U4SA 1XVYA 1MG1A 3HHFA 4H67A 4GFRA 4OWDA 1LAGE 4ZZAA 3R26A 1DPEA 3W15C 4JSOA 3TFLA 1GTKA 1UIUA 4GXSB 2YJPA 4ZZEA 1ZMGA 3MZ1A 2I48A 2R71A 4G68C 3MP8A 3VLWA 2ONSA 3TCFA 1TFDA 2ZNUA 3MVXA 4QFOA 3TEPA 3MC2A 5L9SA 3KGCA 5AA2D 3CG3A 1O64A 3PU5A 4X48A 3UN6A 5L8DA 1MDP1 2FYIA 1NH8A 1AOVA 1US5A 4GIZA 1I6QA 2DYXA 3G3IA 3S2VA 1EZOA 2QS1A 1IIWA 3CG1A 4ND9A 3U72A 1LSTA 1BIYA 2RC8A 5IKBA 2GRVA 2OBGA 2ANJA 4LUBA 2PMSA 1KWHA 3E3KA 3O66A 3UIFA 3UGWA 4FIMA 5CMKA 4G8NA 3T96B 1QUIA 3TCGA 3O9PA 1TXFA 3I5OA 4QSDA 4R73A 5H8HB 3HSTA 1Q35A 1NMUA 4DE8A 2O1LA 5TPAB 1US4A 2I4BA 1B46A 3G3GA 1ANFA 3H06B 3CFLA 3SKPA 3MZBA 2QRYA 3Q26A 1SD3A 4OFJA 2FNCA 2RCBA 1EZPA 2DE4A 5FHOA 4F29A 4NF8A 1FQBA 5I59A 4M1VA 3ZS6A 4L17A 3JV9A 4WXJA 2XXXA 1MXYA 4M4GA 3B6QA 1B2HA 4XKNA 1O63A 1ELJA 4KCCA 4PFYA 4U4XA 4OFLA 4YAHX 4R6HA 3GBAA 1AMFA 2ESNA 3TDJA 3UA8A 1D9YA 2DWHA 4ELQA 3M3LA 1A8EA 1LCTA 1IITA 4ZEBA 1LFHA 3OXNA 5I2KA 2QL3A 4OENA 3RT8A 3EPEA 1UIVA 3RY3A 5BUUA 3KJ7A 1UTBB 3FD3A 4N6PA 2FA7A 4OESA 5I84A 2Q88A 3RNNA 3TTLA 1JW4A 3PPQA 2QMXA 2KLFA 3BFTA 2DP8A 2HAVA 3S4UA 5AE4A 3MPKA 2DE3A 2XXWA 3MZ9A 4X9TA 3RN8A 4LATA 4JWOA 3H6TA 2RC9A 5HPQA 3OD7A 4KHZE 2CMOA 3H4ZA 3DP4A 3SEVA 4DLDA 3LC8A 3N5LA 4AB5A 4IGTA 1MXZA 3PGFA 3H6WA 1RYXA 3QK6A 2BJJX 4XKPA 2G93A 4G68A 2E1SA 3CRBA 1B3FA 5TP9B 3SEYA 3C35A 2R6GE 2M8CA 3K1PA 3QXMA 1OIBA 3F11A 3UK4A 5BWJA 5LOMA 4NWDA 2O1MA 3KEIA 3PD8A 5JTYA 1A54A 2GHAA 3FVNA 2B3BA 1B40A 2O7UA 2OZZA 4POXA 1USYH 3KSJA 1SVXB 2E0SA 3ECRA 3M3KA 4GL0A 4U23A 2H5YA 4ZEDA 1MQJA 3FXRA 2XXTA 4C1TA 1SW5A 1B6HA 3HCQA 5CMBA 3LSWA 4ESXA 1FQAA 4R9FA 4XKQA 2F97A 1N0TA 2O7IA 3RTWB 1B7HA 3DELB 4YMAA 4NF4A 2GHBA 4TLMB 5JTYB 2IA4A 3PPPA 3EN3A 5DEXB 2Q2AA 4LZ8A 3KOSA 3LBSA 5I2NA 5J1DA 1QW0A 2O6AA 4FAJA 1B1XA 1MXVA 2DS9A 4IO6A 3MUQA 4ELRA 2UYEA 2HCAA 3OOAA 3IL1B 3PPNA 2RCAA 1PBQA 4YKIA 1A7LA 3T9UA 1MS7A 3RTFB 3IK6B 3LSXA 2QMWA 5FTHA 3T22A 4K3FA 5KDTA 2OWTA 3ILTB 4F2OA 4YZZA 4QRZA 4LONB 3FJ7A 2XX9A 4EF2A 2AL4A 1O7TA 3MP6A 3LSLA 1P1UA 3SDFA 4KQPA 4DDDA 4FJPA 2DVZA 2Q8JA 4O3CA 4YKJA 1JEVA 4R6KA 3QUFA 5A5XB 3GXAA 5F1QA 4MFIA 4F22A 1DTZA 3FIRA 1D4NA 1LB8A 2I6EA 2H4IA 4PP0A 1MQDA 3EHUA 4KYEA 1B7UA 5CC2A 4IO2A 1M5CA 1FTOA 4FORA 4XKRA 4ELOA 3CFXA 1MH4A 3V83A 2VP1A 3SESA 4F3PA 3IOTA 1WODA 2VOZA 4ESWA 4U22A 3O29A 4FE8A 5I58B 5CBSA 5I57A 3KFMA 1IXGA 3FATA 3VLUA 1B05A 1B4ZA 3MP1A 1IQ7A 3N6UA 4NE4A 4OQOA 3FZVA 4LVQA 3I6VA 4H65A 1Y3QA 2RF1A 4QFNA 1TFAA 4R9GA 1NFTA 3TCHA 2O69A 4ZEFA 1JEUA 3VDFA 3FVKA 3JYRA 1AH5A 3IJXB 1B3GA 3PMWA 4Q30B 1Y1MA 1JVXA 4FATA 2I4CA 5ITOA 2XXYA 5I56B 1XHYA 4PE5B 5JEIA 4Q5TA 3FJGA 3R6UA 4F39A 1BKAA 3LSFB 4RY1A 4TOZA 1OLAA 1MQGA 2QS2A 1R9QA 4YU0A 3VLVA 2DWAA 4QF9A 1NH7A 3U1OA 3BFUA 1I6BA 4R72A 3VXCA 4H0WA 1B1HA 3KG2A 1FQDA 2I3VA 1EZ9A 4P0GA 1LAFE 1B32A 1B0LA 3TTRA 1ZU0A 2F78A 5H8HA 1B58A 2D5WA 2R9JA 3KN7A 1R6ZA 5TPAA 3N6TA 3V89B 4LA9A 1NL5A 1POTA 1B3LA 2F7AA 2PYYA 1MH3A 1UTHA 1XOCA 1SW1A 3Q29A 1NNTA 4R2FA 1MXUA 1MPBA 4P11A 2OJTA 4GVOA 3ONMA 1M5FA 1BLFA 1EU8A 2Y7IA 3V8XB 2QJEA 4Z7EA 1GR2A 4GRKA 4AB6A 4OEVA 1OMPA 3C32A 4H6DA 4F19A 3CVGA 5FTIA 3KJTA 4ONYA 3M8UA 3U93A 3OMBA 3FV2A 2REGA 1PBPA 1SYHA 1DOTA 1RKMA 3KSXA 1A8FA 4H5GA 2WKYA 1D3KA 4O3BA 3MQ9A 1UTBA 1N7XA 1SW2A 3CSBA 5DTBA 1UTHB 2Q2CA 2DE2A 3IR1A 1AL3A 1YCJA 3Q28A 3ODBA 3IO4A 2X7QA 2REJA 1SBPA 4GLIA 3PV0E 4F3SA 1PEBA 3TAJA 1LAHE 3QUJA 1B0HA 3HV1A 4GWOA 3RLFE 4F1VA 3PUVE 2DSFA 1MM7A 1B7ZA 4OEUA 1Y3NA 1MRPA 4F1UA 2UXAA 2F7BA 2VGQA 4I62A 4LQ5A 1SW4A 1OVTA 2D3IA 1BTJA 2Z22A 4KYDA 2I3WA 2O68A 4E0WA 2Z23A 1ZJLA 5K2XA 5TP9A 1S9TA 3P7IA 4ZS9A 4JBZA 1IEJA 3O2AA 4RJZA 3RGYA 3BBRA 4N13A 3IORA 4G2ZA 3EHTA 1JNFA 3BKIB 4KD5A 1SDXA 3K02A 5H8SA 4LZ7A 3MBPA 1A55A 2Q89A 3E4RA 2PX1A 1MY1A 4DXCA 3A09A 4R75A 3HPIA 4KR5A 3TELA 3QAXA 3IX1A 2XXPA 2P1SA 5ITPA 3SERA 4FEBA 2B3FA 2NVUB 1P1QA 3G3HA 1WVJA 4KPTA 4ECFA 4IO5A 1PC3A 1JVYA 3IOWA 4WKMA 4G4PA 2D21A 2XXVA 5AA4A 4YKKA 3TKDA 3L6GA 1TT1A 5FHNA 4I8CA 3L6HA 3OO8A 1VR5A 4NMYA 3VE1B 1JW1A 1QVSA 1OQHA 3K4UA 3T66A 4XXUA 5DEXA 3OELA 1MM6A 2B65A 3TTMA 1IZ1A 2DWJA 2I58A 2AL5A 3D4CA 2F6PA 2XD3A 3PUYE 4PFWA 1MQHA 4U2RA 3G3FA 1HSJA 3VVDA 1P1OA 3M3FA 1I69A 1SI0A 1M5BA 2ZXTA 1F9BA 2V93A 4GL8A 3TPAA 5AA2B 3VVFA 2DVCA 3B6WA 1QUJA 1SYIA 4EQ7A 5AA4B 1S7YA 1R9LA 1MQIA 3G7WA 2XX7A 2Z8FA 5H8QB 1BP5A 2NOOA 4UACA 1II5A 4TLLB 1GGGA 1SQYA 3IB2A 1N04A 3EHSA 5CM6A 3T93B 5A5XA 3H7MA 5KCJB 3CR9A 4OXVA 4OYVA 2QS4A 4HS7A 3O28A 3UORA 1N3XA 4KI0E 3RT6B 4KCDA 2HZLA 1Y4CA 3DP8A 3O6GA 1YPNA 3H6VA 1MY3A 3SEWA 1N76A 1VSOA 2HEUA 4KYSA 4BDQA 4F3GA 4QFPA 2XXRA 3V5AA 1DSNA 2G29A 2HQ0A 5I58A 1IXIA 1YTVA 3K6WA 4MLVA 3AXFA 4POWA 3GBBA 2OCUA 4OMBA 1URDA 1MXWA 2XHDA 2XD2A 3QSLA 4NTLA 1FQEA 3PPOA 1OLCA 3T9XB 3FGSA 1FCKA 3U94A 1Y20A 3PUZE 3B7DA 2UVGA 2ZNSA 1P1WA 1QJMA 1H3DA 1NNKA 1LBBA 2VD3A 3FV1A 4GQOA 2Y7RA 5DT6A 1JW5A 4YB6A 1M5EA 3CFZA 3C31A 4QHQA 1L5TA 2RINA 4ZECA 5H8NB 5AA1A 3S9NC 1MPDA 4UA8A 2O84X 4EQ9A 5I56A 3IB0A 1ZKBA 3CSGA 1SI1A 3C34A 4DCYA 1IXHA 2ZYOA 3CI8A 5CI5A 4EXKA 1FQFA 1NNFA 2Y7KA 3DP6A 4H8JA 1H44A 3N26A 2RC7A 5HM4B 4ZE8A 2F35A 3Q25A 5TU0A 1XVXA 2XXHA 2ALUA 1LFIA 4E0XA 1MY0A 4IGRA 1VFDA 4N07A 4JSDA 1VFEA 5ISUA 4MLQA 3UP9A 4IO4A 1GVCA 1DPPA 4RXLA 3H03A 5IAIA 1YAEA 1EH3A 2PT1A 3FXQA 2A5SA 2ONKE 3CIJA 1B3EA 3C4MA 1MY2A 2P0SA 4DZ1A 2H99A 4JWYA 4MBPA 4BDRA 3FXUA 2Y7PA 1Y1ZA 2OWSA 2VHAA 3FVGA 3HO7A 2QPQA 3MJNA 4NF5B 2UVHA 4DIGA 1DTGA 3K6VA 4BDOA 1FTMA 3EQ1A 2Y7WA 2OK2A 3S9MC 4QSEA 4ELPA 3N94A 4BDLA 2NXOA 3RPWA 1LCFA 2Z8EA 1FTLA 1PB7A 3GLBA 1N84A 4QFKA 2GH9A 5ICQA 2UVJA 4NF6B 4F3BA 1Z7ME 3JZJA 4C0RA 1MY4A 2LAOA 3T9HB 3H6UA 4BDMA 2F7CA 4H8IA 3C9HA 4ZEKA 1JETA 5FHMA 2HFBA 1CB6A 3W9WA 4RA1A 1H76A 2YLNA 4G8MA 4X1BA 1LAXA 1IXCA 2AIXA 5H8FA 4F31B 2HAUA 3I3VA 4P0IA 4IO3A 2XX8A 3FJMA 2XXIA 4U21A 3MPLA 1Z7NE 3K00A 2ZYNA 2Y84A 5ICTA 3C36A 3VXBA 2UVIA 1B52A 3T9VA 1Y9UA 2I49A 3VV5A 4RYAA 3SEUA 2IEEA 5B7DA 3TZAA 4LZ5A 2F6GA 2I0BA 5CRYA 1B51A 5KZTA 3TODA 4NEDA 4G77A 3RQTA 2H98A 2QSXA 3K0VA 4LP2B 4JDFA 5JK4A 1N3WA 3A3CA 3SEXA 1B5IA 1Y4TA 4GD5A 3ZKKA 1XS5A 1NKXA 2ZMBA 4HCYA 2ZYMA 4GF8A 1P1NA 4YKPA 5H8FB 4X1DA 5ELVA 2PT2A 2DWIA 3K2DA 4JB7A 5DVFA 3O6HA 4WEPA 1T0KA 1I6AA 1P99A 4LQ2A 3TUSA 4I1DA 3PD9A 1NNPA 3K01A 1A99A 3IO6A 3C33A 3K6UA 1CE2A 1PB8A 2CZLA 1FTJA 3PPRA 4RK9A 1ZTYA 4PFUA 4OVJA 4EQBA 1QULA 5K2YA 4MF3A 3MVYA 2F8DA 3OEKA 3TQLA 4NF8B 1RYOA 5I59B 3MAMA 1H43A 1LFGA 3KN8A 2RKMA 5M2VA 4DCXA 4Z0IA 4RNSA 3IAZA 1MPCA 4PETA 1QKBA 2ZYKA 4H5FA 5AA2A 3LR1A 2HZKA 3D4GA 2A5TA 5I2KB 2W7YA 4U1ZA 3WAFA 2AYSA 4G8HA 2XXUA 4ISUA 5H8QA 1B5JA 1A40A 3K6XA 4YB5A 4YMBA 4KFQA 1ZBMA 3DM0A 3KN3A 1S50A 4PQJA 3LUYA 2QS3A 1AIVA 2DQVA 2YPNA 3O97A 1H45A 4RPNA 1URSA 3RUMA 1ATGA 1VE4A 5CMMA 4OFOA 5KCJA 4FEDA 1Q1KA 1GV8A 4OETA 3PMVA 1QUKA 3IOUA 2Z8DA 4R74A 4IY6A 4JXIA 2HXWA 4OZ9A 2A5TB 3HHGA 3QYTA 1D9VA 2V3UA 3HN0A 3KZGA 5L9OA 3A3UA 3IOVA 4IO7A 4G68B 3K1MA 3MVZA 3U92A 3KOTA 2NUVA 1JQFA 1ZLQA 3OO6A 3ZKLA 1HSLA 3H3GA 3O6IA 2V25A 4R2BA 5AA3A 1PDAA 4R6YA 1UQWA 1USYE 4EUOA 1URGA 3FVOA 1B9JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N8GA 4GWYA 2HXRA 3OEMA 4QSCA 4GX6A 1B3HA 4RPOA 4PFTA 3W9VA 1LB9A 3OENA 4IB2A 1MXXA 4TQUQ 3TTNA 4F1YA 4NWCA 2Q8MA 1LBZA 1IUDA 1OVBA 5DVJA 4OA4A 5CMCA 3TQWA 3MVWA 5EHSA 1LLSA 2THIA 3PUWE 3B6TA 4DXUA 1POY1 4OTEA 5H8NA 1LBWA 3SETA 3PUXE 1K9ZA 1TWYA 3ZSFA 2XXQA 3FASA 4EF1A 4NF4B 2DOJA 3WAEA 3Q27A 3MW0A 4GOTA 4RK2A 1XC1A 2DXRA 4Q8RA 1R1NA 2GFEA 4MH5A 4ZDMA 3E78A 4JVIA 5L9MA 1PB9A 3ILUB 5I2NB 2V84A 2VD2A 4PBHA 3MWBA 5ET8A 3EF7A 3OO7A 2DXYA 3PMXA 4MX6A 4Q0CA 1ZIUA 3R7XA 3LV0A 2F5XA 2ZNTA 3OO9A 4IY5A 3GZGA 2ABHA 4EDPA 1RDZA 2V3TA 1N7WA 3TYHA 5I7IA 4OVPA 5DVIA 3IJOB 4F18A 3G3KA 2F36A 3KBRA 4HTGA 3DLNA 1LGBC 3USDA 4FECA 3U8QA 5B70A 5KDTB 5F7VA 2CZIA 2F34A 1MDQA 4GXAA 2H25A 4BLAA 2X7PA 3QIMA 3OSQA 4THIA 3OSRA 3S9LC 4H1XA 4XIGQ 1QGXA 5EHMA 2PVUA 1OQGA 2I0CA 5CBRA 3K1NA 2VPNA 1XT8A 4EXLA 2ONRA 3S9EA 1QKAA 4NF5A 3THIA 3VFJA 4C1UA 5ESYA 4QFLA 1FTKA 1KZ8A 2MKZA 3E9XA 4YICA 1J1NA 2X26A 1FW0A 4F2QA 3FUZA 3VVEA 2FIXA 4HCWA 4O3AA 2PFYA 2V3QA 4P1EA 4OERA 1NUXA 3TTKA 4WEDA 4YB7A 2KQZA 4HW8A 4XTCQ 3E79A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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