4RY1A

Crystal structure of periplasmic solute binding protein eca2210 from pectobacterium atrosepticum scri1043, target efi-510858
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
410
structure length
410
Chain Sequence
MAEIRISWWGGNQRHEATLAAINAFQKANPTITVKAEYAGWDGYLSRLSTQIAGGQEPDVMRIDWNWLPQFSRNGDGFYDLNKQKDILGLGDFPPNALKTADVKGKLQGLPISMTSRSMIYNKTTWDNAGVAYPKTWDELFAAGPVFKQKLGDSYYPLGVAQGASDVLDILTLGRSYMAQKYGIDMIDEKKQSIAYSRDQVRELFGFYKKLVDSHVIPDQRYFSSFGRTNVYEIRPWINGELAGMYLWDSAIYTYSSNMPKDAVLETGPFITIPGAKDSGLTSKPSSLFAISKNSKHPKEAAMLMNFMLSNPEGVKALGLQNGMPANPKAQKLLEDIGVINPGNLLANAYRAAAAQPESKVAVSPFMENQELVQLWTTSLQKLDYGNGEVNKVADDFLSGANRILKRAIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of periplasmic solute binding protein ECA2210 from Pectobacterium atrosepticum, Target EFI-510858
rcsb
molecule keywords Periplasmic solute binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Pectobacterium atrosepticum
total genus 149
structure length 410
sequence length 410
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ry1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ry1A02
4GLIA 3PU5A 4NF6A 1NNPA 4I9DA 5TU0A 3GLBA 2XXRA 2O84X 4ESWA 1H44A 3TTKA 2PMSA 3N94A 4U1OA 3FVGA 2O7IA 2H99A 4ZEBA 3C31A 2ZYMA 2XXVA 3KN8A 1P1WA 3RT6B 2Q8JA 3LSXA 3TUSA 1MQGA 3JZJA 2D3IA 1FQBA 4U2RA 1SQYA 4P0IA 1IITA 2XX9A 1MPDA 3IB1A 4Q8RA 2I4CA 4OEVA 4IO4A 1PB8A 4L17A 4LVQA 4PFWA 4RK9A 3N6TA 1LBCA 4ECFA 1PEBA 5H8SA 1NL5A 4PETA 3SEWA 2QRYA 3FJMA 1SW2A 4BDNA 5I2NB 4R9FA 2A5SA 2AIXA 5KCJA 3E13X 3B7DA 2H9BA 1CE2A 4I62A 2UVIA 4G68C 2G93A 1HSJA 4R74A 4LP2B 5AA2B 1Z7NE 4QFKA 3OO8A 3C9HA 1URSA 2XXYA 3BFTA 2ZYKA 1KWHA 4NMYA 3RT8A 3RNNA 3TZAA 1LCFA 2DE2A 4GIZA 2XXPA 1Y9UA 5I58B 5AA4A 5CMKA 4R75A 1AH5A 3Q29A 5H8HA 4OERA 3IAZA 4LQ2A 3N6UA 1B3HA 3RGYA 3H3GA 3LSLA 4KQPA 2BJJX 1J1NA 4ZZEA 1N84A 4ZECA 2X7PA 1JEUA 1Y4CA 3MP6A 3KBRA 1Y1ZA 1DMBA 1IXGA 4PFYA 4R6YA 3B6TA 2Y7IA 5A5XA 2DXRA 5DEXB 4G4PA 1P1NA 4HCYA 4F3SA 4H6DA 3DM0A 4OWDA 5CMCA 3IJOB 4HW8A 2NVUB 4F18A 1MQIA 5CM6A 2HQ0A 3QUFA 3LBSA 3AXFA 4U4XA 4OZ9A 4O3AA 5TPAB 3PPQA 2REGA 1ZLQA 3VXBA 1QKBA 2Q88A 3SEVA 3K1PA 2FYIA 1UQWA 4PFUA 4JBZA 1LAHE 4H65A 2F7BA 2Z8DA 1FTLA 2XXWA 5H8QB 2HCAA 4ZDMA 1UIVA 2G29A 4YMAA 5HBCA 1DSNA 2QPQA 4XIGQ 2UVGA 5HM4B 4R9GA 2F78A 4IO2A 2V3QA 2GHAA 3IB2A 4RXLA 2DE4A 1ZIUA 2DS9A 3R26A 4FAJA 1D4NA 2I6EA 3CI8A 3PUVE 5FHNA 2QSXA 5CRYA 5KDTB 3UIFA 1MH4A 1IUDA 2R9JA 4JWOA 3W15C 1H76A 1EZPA 3GZGA 3O66A 3M3FA 4NEDA 5I59B 1B3FA 2ONSA 3T9VA 3VLWA 3ZKKA 4C1TA 3UA8A 3QYTA 1OQGA 4OVJA 3FV1A 2OCUA 1JW1A 1DOTA 3F11A 2DWJA 4G8NA 2QS4A 1P1OA 4YKKA 1FQDA 1Y1MA 2RF1A 4AB6A 4KHZE 3OOAA 1NNTA 3O6HA 1B4HA 4HTGA 3FD3A 5EHSA 1JQFA 4KFQA 1UTHA 3KJTA 3SEUA 3MVYA 4Z0IA 1QUKA 2GH9A 5ITOA 4RNSA 3QK6A 1H45A 3TTLA 2QS1A 3TTNA 3H6WA 4KYDA 1B40A 4LQ5A 3PD9A 4RYAA 4GD5A 4FECA 3TODA 4MH5A 3WAFA 4EQ9A 3TCGA 4QFPA 4K3FA 3EHTA 1SD3A 1CB6A 4KI0E 5I57B 4WKMA 4O3CA 4OESA 4G8MA 5L9MA 3K6VA 1OVBA 5M2VA 1B05A 4ESXA 3TYHA 3S9MC 3M3LA 3BFUA 3ZS6A 4ELQA 2Z23A 3OXNA 3A3CA 3KSXA 3E3KA 1B7UA 3HN0A 4YB6A 2ZYOA 5H8NA 4HS7A 4F29A 2IA4A 2YLNA 4ZZAA 1B7HA 1Y3NA 3TEPA 2DWIA 1YTVA 4IO5A 5I2NA 2DSFA 4FJPA 2ZNTA 4DCYA 3T96B 1NNKA 4EF1A 3H06B 4NTLA 3MPLA 1B52A 3CFXA 3EHUA 4ELRA 3FUZA 3V5AA 4EUOA 3BBRA 2RC7A 2I3VA 3HPIA 1O64A 1MM6A 1PBPA 5AA2A 4NF5A 3C35A 5ISUA 1HSLA 4GF8A 2V3UA 1Z7ME 3E9XA 5IKBA 3MVWA 3UP9A 1PB7A 2ZYNA 1M5DA 3CFLA 1EZOA 3MUQA 2V3TA 1TFAA 1YCJA 1L5TA 3LSFB 4TLLB 1P1QA 2P2AA 2DVCA 3A3UA 1DPPA 2AL5A 1LFIA 5I58A 4THIA 2PT2A 4KCDA 1Y3QA 1NH7A 2Q2CA 4F3PA 1OVTA 2O51A 4F22A 4IGRA 4LZ8A 3JYRA 4U23A 5CBSA 1P1UA 1B0LA 1IZ1A 2I49A 3OEMA 1FCKA 3R6UA 5L8DA 5LOMA 5K2YA 4P11A 4IY5A 5DEXA 4DXBA 1B2HA 2I58A 4YB5A 2XX7A 3CR9A 4QSCA 1MM7A 4RA1A 4ZEFA 4OEUA 1MY0A 5DYHA 1BKAA 2CMOA 1XT8A 3RLFE 3PGFA 4PFTA 4JWYA 4YU0A 4ZEIA 1MXWA 3TFLA 3IOUA 3MP1A 1FTMA 2O69A 4U22A 4F31B 3KN7A 4GL8A 4R2BA 1USYE 4E0XA 5BWJA 1MPBA 2THIA 4ND9A 2XX8A 5H8QA 5I56B 1M5EA 5FHMA 3CSBA 1SW1A 2Z22A 3QAXA 3ZSFA 4F1UA 4DZ1A 1N7WA 2I48A 1MY2A 4GXAA 1LB9A 1LLSA 3K6XA 2O68A 2A5TA 1LAGE 1A8EA 3PMWA 4F1YA 4H1XA 4RY1A 1GGGA 2PT1A 2ABHA 3L6HA 3K2DA 1LAXA 4GFRA 3CRBA 1PC3A 2D5WA 1DTZA 2E1SA 5DVJA 3LUYA 4C0RA 1EZ9A 3SEXA 3OEKA 4OYVA 3KOTA 3OENA 4BDLA 3DELB 2DXYA 2X26A 4I8CA 1MPCA 1MXUA 1JVYA 1I6AA 2HAUA 4GQOA 1B32A 5JEIA 1VSOA 4BLAA 3FASA 3IO4A 3H6VA 3SDFA 2RKMA 3CVGA 4JDFA 4F39A 1A99A 1S9TA 3TKDA 3HSTA 1VR5A 3T66A 2ZMBA 3G3KA 2YJPA 1PB9A 5B70A 1A40A 1B0HA 3VV5A 1H3DA 1DPEA 4FE8A 3C32A 5CBRA 3U94A 1N76A 1QULA 4PP0A 3EF7A 3O6GA 4X1DA 3PD8A 4LZ5A 1URGA 4JSOA 1EU8A 4H8IA 2P0SA 2F5XA 4ZEKA 4R2FA 1ZBMA 2UVJA 1FTJA 2NXOA 4G68A 5I57A 1GTKA 2DE3A 1MQHA 1ATGA 1SI1A 3S2VA 1LFHA 3G3GA 3MBPA 1Y20A 5DVIA 3K00A 1ZTYA 3VDFA 4FORA 1Y4TA 3T93B 2F97A 3I5OA 3TPAA 3L6GA 2FNCA 2REJA 1MY4A 1LSTA 1MY3A 4GVOA 3OELA 2O6AA 3HV1A 2GFEA 3PPRA 5H8FB 1LB8A 2RCBA 3O9PA 2F6PA 3PPOA 3Q27A 3HO7A 1I69A 2IEEA 1NNFA 3DP6A 3VLVA 4H67A 5AE4A 3VVFA 3THIA 4OENA 1LGBC 4I1DA 1Y3PA 5K2XA 4F2OA 4ELOA 3O6IA 1AL3A 1FQCA 1WDNA 4DIGA 4YAHX 5JTYA 3HCQA 4JXIA 2AYSA 3M3KA 3UN6A 4KYSA 1SYIA 5CI5A 3G3FA 1B3EA 1OLCA 1LCTA 2OWTA 5DT6A 2QMXA 3FVKA 1URDA 2H4IA 4N07A 2PBWA 1TXFA 2WKYA 1MQJA 4XKRA 3P7IA 3H03A 2OWSA 3UORA 1D9VA 4IO6A 2XD2A 1LAFE 4YKPA 3TQLA 2D21A 3CFZA 3FGSA 4X1BA 1MDQA 1QVSA 3S9EA 4FEDA 1JVXA 3MZBA 4GWOA 1NFTA 1YAEA 3CG1A 3QXMA 3K4UA 4EXLA 4M1VA 3OSRA 3ZKLA 3PMVA 3G3IA 3O28A 4OMBA 3G3JA 3SEYA 3K02A 1SDXA 3PPPA 1POTA 2OLBA 2VHAA 3K1MA 4Q5TA 4XKNA 3TQWA 2P1SA 1R9QA 2OZZA 3GXAA 3Q28A 3H6UA 1B7ZA 2NUVA 5AA4B 3VFJA 4TOZA 3KGCA 5I56A 3EN3A 1I6QA 3K0VA 3EQ1A 2GHBA 5CMBA 5ELVA 2XXIA 4WEPA 1LBBA 3N26A 3MVZA 2LAOA 4UACA 1GVCA 1B46A 3CG3A 3HHGA 1OLAA 3KSJA 5ITPA 3LC8A 5A5XB 3DLNA 4XKPA 1AMFA 1QKAA 3S9LC 1AOVA 3VLUA 4IGTA 3ONMA 2I0BA 4NWCA 1GV8A 1B3GA 3V8XB 4X9TA 1MDP1 3IX1A 2E0SA 4F3GA 4ONYA 1B5JA 1LFGA 2VOZA 1JETA 1GR2A 4OHNA 3KFMA 3PUXE 1MG1A 4F19A 4H0WA 1XVXA 2DP8A 2Q89A 5ICQA 4ELPA 4H8JA 4EDPA 1US4A 3RN8A 3KEIA 2GRVA 1NH8A 3ECRA 1MH3A 4R72A 4F3BA 3O97A 3U92A 3PUYE 5KZTA 1OIBA 1BIYA 1SBPA 4JB7A 1TFDA 1ZU0A 3JV9A 1ZMGA 1IQ7A 1SVXB 3FVOA 4BDQA 3FXQA 1B4ZA 5DTBA 2ZNSA 2RC8A 1B3LA 1F9BA 4ZE8A 4TQUQ 1D3KA 3I6VA 1N04A 2Q2AA 2Y7WA 4KCCA 4X48A 4MLVA 3FIRA 3IO6A 4PE5B 4NWDA 5ICTA 1UTBB 1NMUA 3IORA 3IL1B 3EPEA 4ZEDA 3PMXA 3K01A 4KPTA 4ISUA 2QS3A 4QSDA 1D9YA 3O29A 2DVZA 3KJ7A 1A55A 1FTOA 3LSWA 4OFLA 4YICA 2HAVA 3C4MA 2F36A 4YKIA 3VVEA 1OMPA 4YZZA 1JNFA 3K1NA 5TPAA 1M5FA 2B3BA 5CMMA 4H5GA 5FHOA 2QMWA 4R6HA 4EF2A 2V25A 5TP9B 5FTHA 3RQTA 2ONKE 1QW0A 1MXXA 2R6GE 4AQ4A 3OO7A 3FZVA 1FQEA 1TT1A 5I84A 3KN3A 2Y7PA 2QS2A 2H98A 2FA7A 1A8FA 4RJZA 1YPNA 3TCFA 1BP5A 1ELJA 1B5HA 3DP4A 2HXWA 1R6ZA 2VP1A 2NWJA 4Q30B 2VD3A 3PUZE 5BUUA 3VE1B 3H7MA 1IXHA 4LZ7A 1XHYA 5KDTA 2R71A 1MRPA 1N0TA 1IIWA 1BLFA 2Z8FA 4GOTA 5I59A 5H8NB 3USDA 4DLDA 2RC9A 3RY3A 2Y7RA 3PUWE 2F6GA 3RUMA 4NF4B 2VGQA 1DTGA 1AIVA 4NF8B 3RTWB 4IB2A 2DWAA 2YPNA 1ZJLA 4P0GA 1MQDA 4POXA 3ODBA 5HPQA 4H5FA 4LATA 2XXTA 4E0WA 1FW0A 2H25A 4NF5B 3TAJA 3UGWA 5AA1A 3FATA 3TTRA 2F7CA 4IY6A 1USYH 2F35A 1P99A 4YKJA 4R73A 5FTIA 1OQHA 3FJGA 4OFJA 5IAIA 2ONRA 1XVYA 3MP8A 5L9SA 2HEUA 4O3BA 3TMGA 3IR1A 4U1ZA 2RCAA 1QUJA 1VFDA 3Q25A 1BTJA 1N3XA 3VVDA 3MW0A 4RPNA 5F7VA 3N5LA 4XTCQ 3EHSA 3OO9A 4QF9A 1MY1A 4YMBA 1T0KA 3Q26A 5CC2A 1B51A 3G3HA 2VD2A 1IEJA 3CSGA 1US5A 3CIJA 1B58A 3QUJA 3C33A 3KOSA 1JEVA 1IXIA 5I2KB 4XKQA 1B1XA 4KR5A 3HHFA 3FXUA 3LR1A 1SI0A 3IJXB 1R9LA 2ESNA 2F7AA 4G8HA 2Q9TA 3ILUB 4LA9A 4NF6B 4U4SA 2M8CA 3C36A 1A54A 2DQVA 2QJEA 2X7QA 1FTKA 4RK2A 3DP8A 3KG2A 4FIMA 2O1MA 3A09A 3U93A 2ZXTA 1S50A 4BDRA 4MBPA 4HCWA 1RKMA 3T22A 2UXAA 4G77A 3SKPA 2A5TB 4C1UA 4QSEA 3E4RA 2O1LA 3I3VA 2Y7KA 4QFOA 4BDOA 3U72A 2XXQA 4OQOA 4MLQA 1FQFA 4Z7EA 4EQBA 1UTBA 3MWBA 4F1VA 1SYHA 3B6QA 2DWHA 1JW5A 3W9WA 2NOOA 3MVXA 5KCJB 5B7DA 3S9NC 4Q0CA 3MQ9A 3OSQA 2ANJA 4YB7A 1ZKBA 3MC2A 1XS5A 3TTMA 1ANFA 1B9JA 1MXYA 4QFNA 5F1QA 1MS7A 4POWA 4PQJA 1N3WA 4DXUA 5JK4A 1Q1KA 3FJ7A 4BDMA 4FEBA 1HSEA 2HFBA 1N7XA 1H43A 4JWXA 5EHMA 1QUIA 5TP9A 4N13A 3GBBA 4OFOA 2UVHA 3D4GA 1S7YA 3IOTA 1WVJA 3UK4A 5L9OA 4WXJA 1O7TA 3WAEA 3VXCA 1MXZA 4GRKA 3QSLA 4KYEA 2AL4A 5H8HB 3FV2A 2F8DA 4LONB 1Q35A 2OBGA 3MPKA 1SW5A 5DVFA 2B65A 3PV0E 4G68B 2PX1A 2QL3A 4EQ7A 2V93A 1IXCA 2UYEA 1M5BA 2V84A 3MJNA 1RYXA 2B3FA 1B6HA 4G2ZA 1UIUA 4JSDA 4AB5A 4GXSB 3TELA 4DDDA 4GL0A 3U1OA 3ILTB 5EYFA 3TDJA 3S4UA 4MFIA 3K6WA 3OO6A 2PYYA 4QRZA 4IO7A 2HZKA 3R7XA 3O2AA 2Z8EA 4EXKA 1NKXA 1EH3A 3OMBA 1PBQA 1B1HA 1M5CA 1SW4A 2RINA 2H5YA 4WEDA 3BKIB 3GBAA 4NF4A 1WODA 2KLFA 3K6UA 3KZGA 3IOWA 3RPWA 3B6WA 2OK2A 4ZS9A 4NF8A 4M4GA 2CZLA 2I3WA 1VFEA 1XC1A 3G7WA 2ZNUA 2XXXA 3SESA 4QHQA 4F2QA 2XD3A 4R6KA 1VE4A 4U21A 4DE8A 3MAMA 4LUBA 3IB0A 4ZE9A 4IO3A 2DOJA 3T9UA 4KD5A 2W7YA 4TLMB 2HZLA 3MZ1A 4OXVA 1RYOA 4RPOA 3V89B 2I0CA 1II5A 5AA3A 1FQAA 1TWYA 1B5IA 3C34A 3IOVA 4OETA 2O7UA 1POY1 5AA2D 2UYFA 1QJMA 5JTYB 3RTFB 2I4BA 3V83A 2Y84A 3FVNA 3FXRA 2ALUA 3W9VA 3PPNA 4MF3A 3D4CA 3H6TA 1I6BA 1PDAA 2PVUA 4N6PA 5J1DA 3MZ9A 2DYXA 3M8UA 2F34A 3SERA 2OJTA 4DXCA 2XXUA 1A7LA 4QFLA 1XOCA 3OD7A 4UA8A 3QIMA 3H4ZA 1R1NA 3U8QA 2XHDA 3T9XB 1JW4A 3T9HB 5I2KA 1O63A 1MXVA 1UTHB 3IK6B 3TCHA 4XXUA 5H8FA 4FATA 4NE4A 3SETA 2XXHA 4OTEA 4DCXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GLIA 5EYGA 3PU5A 4NF6A 1NNPA 4I9DA 5TU0A 3D1RA 3GLBA 2XXRA 2O84X 4ESWA 1FJ9A 1H44A 3TTKA 3ROJA 2PMSA 2OWZA 3N94A 4U1OA 3FVGA 2O7IA 2H99A 4ZEBA 3C31A 2ZYMA 2XXVA 3KN8A 1P1WA 3RT6B 2Q8JA 3LSXA 3TUSA 2PFZA 1MQGA 3JZJA 2D3IA 1FQBA 4U2RA 1SQYA 4P0IA 1IITA 2XX9A 1MPDA 1KA1A 3IB1A 4Q8RA 2I4CA 4OEVA 2BJIA 4JVCA 4IO4A 2VPNA 1PB8A 4L17A 4XF5A 1FBDA 4LVQA 4PFWA 4RK9A 3N6TA 1LBCA 4ECFA 1PEBA 4N4UA 4PCDA 5H8SA 1NL5A 4PETA 3SEWA 2QRYA 3FJMA 1SW2A 4BDNA 5I2NB 3RPLA 4R9FA 2A5SA 2AIXA 5KCJA 3E13X 3B7DA 2H9BA 1CE2A 4I62A 2UVIA 4PC9A 4G68C 2G93A 5EQAA 4PDHA 2L5VA 1HSJA 1KZ8A 4R74A 1FPFA 4LP2B 5AA2B 1Z7NE 2HPGA 4QFKA 4HE0A 3OO8A 3C9HA 1RDYA 1URSA 1FJ6A 4XFEA 2XXYA 3BFTA 2ZYKA 1KWHA 4N8GA 4NMYA 3RT8A 3T0JA 3RNNA 4JVDA 2QVVA 3TZAA 1LCFA 2DE2A 4GIZA 2XXPA 1Y9UA 5I58B 5AA4A 5CMKA 4R75A 1DCUA 1AH5A 3Q29A 5H8HA 4OERA 3IAZA 1IMFA 4LQ2A 2VT5A 3N6UA 1B3HA 4PTKA 3RGYA 3H3GA 3LSLA 3E79A 4KQPA 2BJJX 1J1NA 4ZZEA 5ET8A 4PAKA 1N84A 4N91A 4ZECA 2X7PA 1JEUA 5ET6A 1Y4CA 3MP6A 3KBRA 1Y1ZA 1DMBA 4GWZA 1IXGA 4PFYA 4HXVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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