4RYAA

Crystal structure of abc transporter solute binding protein avi_3567 from agrobacterium vitis s4, target efi-510645, with bound d-mannitol
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
417
structure length
417
Chain Sequence
AETLTIATVNNGDMIRMQKLTDDFTKKNPGIDVKWVTLEENVLRQKVTTDVATKGGQYDVMTIGIYEAPIWGKQGWLAPLDKLSADKDYDAADLLPPVRSGLTVDGKLYAAPFYAESSMVMYRKDLFEKAGLKMPEAPTWDFIKEAADKITDKSKEVYGICLRGKAGWGENIAFLSAMSNSFGARWFDEQWKPQFDQPEWKKTLQFYVDLMKKNGPPGASSNGFNENLALFQTGKCGMWIDATVAASFVTNPKESKVADQVGFALAPDNGLGKRGNWLWSWNLAIPAGSKKVEAAEKFIAWATSKDYLKLVAEKDGWANVPPGTRTSLYANADYQKAAPFAKMTLDSINSADPKHPTVKPVPYEGVQYVAIPEFQGIGTAVGQQFSAALAGQTTVDQALKTAQTLTEREMKKAGYPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium vitis s4
publication title Crystal Structure of Periplasmic Solute-Binding Protein Avi_3567 from Agrobacterium Vitis, Target Efi-510645
rcsb
molecule keywords ABC transporter substrate binding protein (Sorbitol)
total genus 149
structure length 417
sequence length 417
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ryaA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ryaA01
3KZGA 1LCFA 4X1DA 1SQYA 1B46A 3FVGA 3T9HB 4GVOA 3SEWA 2B65A 5KZTA 3EHSA 2XX7A 4IO7A 1MQJA 2REGA 1JVXA 4GXSB 1B0HA 4FORA 5AA2B 2RCBA 3PUXE 1R1NA 1ZIUA 1SW5A 3U1OA 2QRYA 2F8DA 3R26A 4X9TA 3TODA 2I0BA 1Y20A 2DWJA 2H5YA 2Y7PA 3B6QA 5DT6A 2F7BA 5AA1A 4R9GA 5I2KB 3CFXA 3KGCA 4PFTA 3OO7A 1PB7A 1YTVA 3F11A 4XXUA 4U22A 2RF1A 3H7MA 4MF3A 4RK2A 4L17A 4Z7EA 5DEXB 3C34A 1GTKA 3SDFA 3TCGA 2R6GE 2Z8DA 2AIXA 4JWOA 5L9OA 1ZJLA 4F18A 2DYXA 1ZU0A 2XHDA 1D4NA 4GL0A 1A55A 3FXQA 4X1BA 5ELVA 2F78A 1BLFA 4R2FA 3MP6A 3C9HA 3EN3A 3EPEA 4M1VA 2KLFA 5FHNA 1CE2A 2OLBA 1NL5A 4JWYA 2Z22A 1PBQA 3FATA 1B3FA 5I2KA 2E0SA 4G77A 1ELJA 5K2YA 2QS3A 4N07A 3IL1B 2O84X 3FVNA 3EHUA 3EF7A 3OEKA 1JW5A 4I8CA 1M5FA 3QUJA 5DEXA 2QJEA 3H06B 5HM4B 1H44A 4EF2A 4NWCA 3UP9A 1TWYA 1N0TA 4F1UA 2VD2A 1H43A 2QMXA 2PT1A 4YMAA 2F6PA 3PUVE 1DTGA 3SEYA 3SERA 1PB9A 3CFLA 2V3QA 2HXWA 4I9DA 3CFZA 3PU5A 1B0LA 1LFHA 3KEIA 1OQGA 3H6UA 1B3LA 5DVJA 3A3UA 1QUIA 4FJPA 4YB7A 3TFLA 1OVBA 4YB5A 3K4UA 5K2XA 4KR5A 1B2HA 3C32A 2DE2A 5KDTA 1SW4A 3PUYE 4C0RA 3CI8A 3AXFA 2Z8EA 4ELPA 5TU0A 1QVSA 1SW1A 1MY2A 4GIZA 2R9JA 4EXLA 3BBRA 3MWBA 1WVJA 2YJPA 4LQ2A 1PBPA 2GFEA 1M5BA 3H4ZA 3HPIA 3KBRA 4F3SA 3QIMA 1XVXA 3QSLA 4EDPA 5CMKA 1P1NA 5I57A 1JEVA 1VFEA 1LLSA 3KSJA 1IXCA 2UVJA 4GWOA 5CI5A 1BKAA 3THIA 2I0CA 1NNPA 3MVZA 5AA4A 1NKXA 5HPQA 3VLUA 4PE5B 4QFPA 5H8FB 1YPNA 2DP8A 5CBSA 2D21A 4F3PA 4EQ7A 1XHYA 1Y1MA 4O3AA 1UTHA 3QUFA 1A40A 5AA2D 1FTLA 3MAMA 3MBPA 5H8QB 1IXHA 3H6VA 4EUOA 1LBCA 1Z7NE 1QUKA 3MC2A 4ZDMA 1MY0A 1A8EA 2RINA 2VP1A 2O6AA 1JQFA 2O51A 3VV5A 1FW0A 4UA8A 4XKQA 3K00A 3BFUA 1MDP1 5CM6A 4F22A 1EZPA 1B52A 3O9PA 5LOMA 5FTHA 4IO6A 2ZMBA 2UYEA 3L6GA 3HHGA 4R9FA 2ZYKA 2O7UA 5I59B 5I58A 4NF4B 1QJMA 3FV2A 1RKMA 3PPNA 1MXWA 2V25A 5J1DA 3VVFA 3I6VA 3O97A 2G29A 1LAHE 5ITOA 2O1LA 4NF8A 5I2NA 4PETA 4G2ZA 4EF1A 2I49A 3RN8A 1US4A 4GFRA 4H65A 1MG1A 4G8NA 2RKMA 2F7CA 3GBBA 3MUQA 2YLNA 5L9MA 5BWJA 2HFBA 4OTEA 4YICA 1B5JA 3PPRA 3PPPA 1SI1A 4RXLA 2O1MA 3R6UA 4H6DA 3RQTA 4LONB 2F7AA 5I59A 4WEDA 1B32A 3VFJA 2G93A 4FAJA 4OHNA 2V3UA 3TKDA 5FHMA 1WODA 3EHTA 1LCTA 4OWDA 3T96B 2XXPA 1MQDA 3TTNA 1NNTA 3W15C 2I6EA 3LC8A 2AL4A 5JTYB 1VFDA 3IK6B 4M4GA 3T9XB 4JXIA 1MM7A 2UXAA 2XD2A 3CSGA 3JZJA 1DTZA 2DS9A 2DWHA 5B7DA 3H6WA 3IOUA 1IXIA 1URDA 3ZKKA 1I69A 4G68C 2ZNUA 3DLNA 2LAOA 1LAGE 1TT1A 5L9SA 3IX1A 1FTOA 4X48A 3R7XA 1XOCA 4GOTA 3SESA 1B6HA 1DMBA 3MZ1A 1R6ZA 1NFTA 2VD3A 1NH7A 3C35A 2IEEA 4BDRA 4DIGA 2HZLA 1MDQA 3GBAA 3W9VA 1MQIA 5BUUA 4DE8A 4UACA 4KYEA 3HN0A 1B3HA 3ZSFA 5H8HB 1GGGA 1EZ9A 1M5EA 4QSEA 2OK2A 4GL8A 2OWTA 4F1YA 2I3VA 5F1QA 4IY6A 4HW8A 1AH5A 1Y3PA 2Y7IA 1ZLQA 1D3KA 5JTYA 3RLFE 5I56B 1M5CA 3TYHA 4XKPA 5DYHA 3M3LA 3OXNA 1USYH 2Q9TA 2AYSA 4ZZEA 4WXJA 3CR9A 1B58A 3TTRA 2Y7RA 4F31B 3U94A 2ESNA 2DWAA 4LP2B 1SBPA 3W9WA 4KHZE 1B4ZA 1AIVA 4R6HA 2UYFA 4RY1A 3RUMA 2DVZA 1MXVA 1MXXA 1FQAA 3LSWA 1POTA 5EHMA 2QL3A 2PX1A 4F3GA 1QW0A 5DVFA 3USDA 1HSJA 1B4HA 3OO6A 3TQLA 2IA4A 5H8HA 3IAZA 3MZBA 3CIJA 3SEXA 4KD5A 4Z0IA 1LGBC 1B5HA 4KFQA 1Y1ZA 4LUBA 1FCKA 2F97A 5I56A 3S2VA 4ONYA 2DVCA 1L5TA 1VE4A 3TCHA 4OXVA 3RPWA 1MPBA 4RPOA 2P1SA 3V83A 4LVQA 1TFDA 2Q89A 3Q25A 3DP6A 5L8DA 3FJMA 5AE4A 5TPAA 3MJNA 4EXKA 3RNNA 2HAUA 2XXYA 1MXYA 3TPAA 1A7LA 1FTMA 4YB6A 1A54A 3KJ7A 4NF5A 2B3BA 1I6BA 3C33A 4H8JA 1MM6A 1LB9A 2ONRA 1P1UA 3C4MA 1Y3QA 4JDFA 3KN7A 4ESWA 5EHSA 2VOZA 3OOAA 1AOVA 3PPQA 1LFGA 4R2BA 5CRYA 3SEVA 3PV0E 1DOTA 1LAXA 4DZ1A 4F19A 3PUZE 3D4GA 3LR1A 5KDTB 1UTBB 3SKPA 2O68A 1FQFA 3I3VA 3OD7A 1TFAA 2DOJA 3IOWA 3N26A 4XKNA 1B7HA 5CMCA 3O29A 1I6AA 4N6PA 3VXBA 3FUZA 1SW2A 5ISUA 3N6UA 4U2RA 2NUVA 4AQ4A 5DVIA 4LZ8A 1SVXB 4RPNA 4TLMB 3DP8A 4ZEIA 4F2QA 3GZGA 1MPDA 3H6TA 3K1PA 4F3BA 3UGWA 2ZNTA 5I57B 4ZECA 2I58A 1IITA 3QXMA 1OMPA 1NMUA 1USYE 3CVGA 5AA4B 2DE3A 4MLQA 1AMFA 4AB6A 4NEDA 5JK4A 1MH3A 2GHAA 1H45A 3RTFB 2REJA 3S9NC 2PMSA 4OMBA 1UTBA 3FD3A 1UTHB 4BDOA 4THIA 2I48A 2QS4A 5JEIA 3CRBA 1R9QA 3TELA 4XTCQ 4DLDA 2CZLA 4ZEKA 4NWDA 4YKPA 4BDLA 2Z8FA 4QHQA 1PDAA 3QAXA 2ONSA 4MFIA 3OO8A 3K1MA 5B70A 3BFTA 2QSXA 4KCDA 4F29A 4QFNA 3EQ1A 2X7PA 3Q27A 5I58B 3UK4A 5IKBA 3D4CA 3MVXA 3K01A 4MBPA 3VLWA 4DCYA 2DSFA 4H8IA 4ZE9A 2PT2A 2XXWA 2X7QA 3PPOA 1B05A 2E1SA 4R74A 4U21A 4ZEFA 3KN8A 3U93A 3E4RA 4NF8B 5I2NB 4RA1A 4AB5A 3ECRA 4FE8A 3U72A 1KWHA 1EH3A 3G3GA 1MPCA 2THIA 1WDNA 3GLBA 1EZOA 1NNKA 4I1DA 4R75A 2Z23A 3FXRA 5DTBA 1UQWA 3N6TA 4ZS9A 1P99A 4QFOA 2F36A 4GXAA 4OZ9A 2CMOA 1P1WA 3T22A 4BLAA 3MQ9A 3TQWA 3FXUA 2R71A 2AL5A 4LQ5A 3O6HA 1N76A 4OERA 3IJXB 4OFJA 2UVGA 4DXBA 4RJZA 1FQDA 1D9YA 3HV1A 2ONKE 1HSEA 2Y7KA 2O69A 3UN6A 1DPEA 3ILUB 5H8NA 2GRVA 1S9TA 4NTLA 3PMVA 4N13A 4KYDA 1MXUA 4RNSA 4GRKA 1POY1 5ICTA 4JWXA 4F1VA 1T0KA 1Y4CA 1F9BA 2F35A 1O7TA 3PMXA 4OEVA 4C1TA 3QYTA 4YU0A 3JV9A 3G3JA 3VVDA 4YKJA 3TZAA 4WEPA 5M2VA 4HS7A 3DELB 2HQ0A 4DXUA 1Y3NA 4ISUA 3M8UA 2B3FA 1OVTA 2WKYA 4YAHX 3B7DA 3DP4A 3Q26A 2H98A 2HEUA 2ALUA 2ANJA 4QSCA 4Q8RA 2A5TB 5EYFA 4BDMA 3O28A 1BP5A 1MQGA 2XXTA 2X26A 3FIRA 4IGTA 1YAEA 3IB0A 4U1ZA 4WKMA 4H5GA 1TXFA 4TQUQ 4OQOA 3JYRA 4QFKA 3TMGA 1UIVA 3B6TA 4IY5A 3I5OA 2QS2A 3E3KA 3VDFA 2ABHA 1B7UA 1AL3A 2Q8JA 3FVOA 3LSLA 1IQ7A 1BTJA 1OQHA 4I62A 1P1OA 2V93A 1IUDA 4Q0CA 5A5XA 3KJTA 3S4UA 5ICQA 3MP8A 3KSXA 1XT8A 1RYXA 3RTWB 3HO7A 4FECA 4DXCA 1LSTA 4O3CA 4QRZA 4OVJA 2A5TA 2F5XA 1II5A 4ELRA 3TTKA 2OZZA 1SYIA 3E9XA 2ZYOA 1O63A 3IO4A 3S9MC 4KYSA 1S50A 4IO2A 4POXA 3TUSA 1MH4A 2GHBA 4YZZA 3MVYA 1GVCA 5TPAB 5CBRA 1B3GA 5H8SA 2XX8A 4LA9A 3VXCA 2ZYMA 1OLAA 4O3BA 4NF5B 4ECFA 3OO9A 2FYIA 1URGA 5CMMA 1SI0A 1NNFA 3LSFB 1B7ZA 2QS1A 1N04A 3SETA 3IOVA 4RYAA 3UA8A 4OEUA 3V89B 1FQBA 1N3XA 1BIYA 4OFOA 4GLIA 5F7VA 4OETA 4EQ9A 1FQEA 4G68B 2DXYA 2XXVA 3VE1B 3HSTA 1OIBA 4PFYA 1GV8A 4E0XA 2VHAA 2H25A 2PBWA 4OYVA 1ANFA 1A99A 1A8FA 3UORA 4ND9A 5AA3A 2BJJX 1SDXA 1H3DA 3P7IA 3QK6A 4R6KA 3KOTA 4FEDA 1MQHA 4GQOA 4PQJA 2XXUA 4ZEBA 4KI0E 3O66A 1LFIA 2XXIA 4YMBA 2NXOA 4H5FA 3RT8A 5ITPA 1JW1A 3T66A 3S9LC 3OEMA 4OESA 3WAFA 3N5LA 4JB7A 3O6IA 3T9VA 2O7IA 4NMYA 5IAIA 4XKRA 3O2AA 3DM0A 5HBCA 5AA2A 2Y84A 1PEBA 4R72A 4G68A 3HHFA 2Q2CA 2ZNSA 3C36A 1B1XA 4YKIA 3K6UA 4ELOA 2XXQA 1VR5A 2I3WA 4KPTA 4MH5A 3K2DA 4KCCA 3K1NA 3LBSA 4R73A 3S9EA 3T9UA 3MW0A 2W7YA 1I6QA 4Q5TA 3Q29A 3HCQA 3PUWE 1IXGA 3PD8A 4PFUA 3C31A 1XS5A 3V5AA 3RGYA 2D3IA 1MY1A 4QSDA 3O6GA 4JSDA 2OJTA 2UVHA 1B3EA 1D9VA 1QUJA 3FVKA 2H9BA 1JW4A 1QKAA 3A3CA 3OSRA 2YPNA 1CB6A 4P0IA 3PMWA 3TTMA 1MXZA 3K6XA 5CMBA 3FZVA 3G3IA 2H4IA 3FGSA 4ESXA 1SYHA 4Q30B 3Q28A 3LUYA 1SD3A 3IR1A 2P0SA 4TLLB 1P1QA 4NF6B 4BDNA 3IO6A 3FASA 1M5DA 5CC2A 3KN3A 3OSQA 4QFLA 4E0WA 3TCFA 4KQPA 1GR2A 1ATGA 1B40A 4OFLA 3GXAA 4U23A 4H1XA 4LZ7A 4U4SA 3VLVA 1FTKA 4C1UA 1MY4A 2RC8A 4HCWA 4DDDA 4K3FA 4MLVA 2DE4A 4QF9A 2F6GA 5H8NB 4RK9A 3FV1A 3N94A 3CG1A 2VGQA 4ZZAA 4G4PA 1JEUA 3G3HA 3K02A 3TEPA 2XD3A 1J1NA 3G7WA 4P0GA 3PGFA 3RT6B 1ZTYA 1EU8A 4H67A 1N3WA 4NF6A 4G8HA 2XX9A 4FEBA 4H0WA 1N7WA 3M3FA 4NE4A 5TP9B 4IO3A 3WAEA 2NOOA 3CG3A 1VSOA 4YKKA 1Q1KA 1NH8A 3H03A 4IGRA 2RCAA 3MPKA 3MPLA 1MY3A 1XVYA 3L6HA 1IIWA 3KG2A 4HTGA 1LBBA 3FJ7A 1B51A 4FATA 2DXRA 4ZE8A 2RC9A 1Z7ME 1H76A 1MS7A 2OWSA 5H8FA 2RC7A 2GH9A 2HCAA 4PFWA 1JETA 2D5WA 4FIMA 3ILTB 2FA7A 3IB1A 1YCJA 1PC3A 3OELA 1DSNA 3MP1A 2HZKA 5H8QA 1OLCA 3V8XB 1URSA 3G3FA 2ZXTA 3K6VA 1N84A 2XXRA 2UVIA 4GF8A 3K0VA 1HSLA 5I84A 3PD9A 4EQBA 3H3GA 5A5XB 5TP9A 4G8MA 1R9LA 2Q2AA 3LSXA 3RY3A 4U1OA 1IEJA 2XXHA 3E13X 2F34A 5FTIA 1IZ1A 4PP0A 1N7XA 3CSBA 2OCUA 1UIUA 4TOZA 1ZBMA 4JBZA 2DQVA 1Q35A 2V3TA 3IB2A 2QMWA 4NF4A 4LZ5A 2QPQA 1ZMGA 4HCYA 1LAFE 3U92A 1B9JA 4BDQA 4F39A 3TAJA 4LATA 3T93B 3K6WA 3BKIB 1FQCA 2HAVA 2DWIA 3M3KA 3IJOB 2FNCA 1Y9UA 4R6YA 3KFMA 4OENA 4P11A 3B6WA 2H99A 4IB2A 2P2AA 5KCJB 3SEUA 1QULA 4ELQA 2PYYA 1XC1A 4POWA 1PB8A 1RYOA 4IO5A 4JSOA 3UIFA 3A09A 4GD5A 3TTLA 3VVEA 1O64A 1S7YA 2M8CA 2I4CA 3G3KA 3KOSA 2V84A 4IO4A 4ZEDA 1LB8A 3U8QA 3IORA 1DPPA 2PVUA 2Q88A 1B5IA 4U4XA 3OENA 3IOTA 1QKBA 2I4BA 1JVYA 2NWJA 1ZKBA 3MVWA 2OBGA 2NVUB 3ZS6A 1US5A 1Y4TA 3TDJA 3OMBA 3ODBA 5FHOA 3MZ9A 5KCJA 2XXXA 3FJGA 1JNFA 4XIGQ 2Y7WA 2ZYNA 1B1HA 4F2OA 2A5SA 3ZKLA 4DCXA 1FTJA 3ONMA 1MRPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KZGA 1LCFA 4X1DA 1SQYA 1B46A 1NV7A 3FVGA 3T9HB 4GVOA 3SEWA 2B65A 5KZTA 3EHSA 2XX7A 4IO7A 1MQJA 2REGA 1JVXA 4GXSB 1B0HA 4FORA 5AA2B 2RCBA 3PUXE 1R1NA 1ZIUA 1SW5A 3U1OA 2QRYA 2F8DA 3R26A 4X9TA 3TODA 2I0BA 3CHGA 1Y20A 2DWJA 2H5YA 2Y7PA 4N81A 3B6QA 5DT6A 2F7BA 5AA1A 4R9GA 5I2KB 4NN3A 3CFXA 3KGCA 4PFTA 3OO7A 1PB7A 1YTVA 3F11A 4NAPA 4XXUA 4U22A 2RF1A 3H7MA 3QMFA 1EYIA 4MF3A 4L17A 4RK2A 4Z7EA 5DEXB 3C34A 1GTKA 3HFUA 3SDFA 2R6GE 3TCGA 2Z8DA 2AIXA 1FTAA 4JWOA 5L9OA 1ZJLA 4F18A 2DYXA 4NG7A 1ZU0A 2XHDA 1D4NA 4GL0A 4O7IA 1A55A 3FXQA 4X1BA 5ELVA 2F78A 1BLFA 4R2FA 1LBWA 5A5LA 1FJ9A 3MP6A 3C9HA 3EN3A 3EPEA 4M1VA 3ROJA 2KLFA 5FHNA 1CE2A 2OLBA 1NL5A 4JWYA 4LN5A 2Z22A 1PBQA 1K9ZA 3FATA 1IMFA 1FJ6A 2ZZXA 4GX3A 1B3FA 5I2KA 2E0SA 4G77A 1ELJA 2CZKA 5K2YA 2QS3A 4N07A 3IL1B 2O84X 5LTCA 3FVNA 3EHUA 3LV0A 1KA0A 3EF7A 3OEKA 1JW5A 4I8CA 1M5FA 3QUJA 5DEXA 2QJEA 2L5VA 3H06B 5HM4B 1H44A 1YXIA 4EF2A 4NWCA 2FBPA 3UP9A 1TWYA 1N0TA 4OVSA 4F1UA 3B8BA 2VD2A 1H43A 2QMXA 2VPOA 3B50A 2PT1A 4YMAA 2F6PA 3PUVE 1DTGA 3SEYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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