4RYAA

Crystal structure of abc transporter solute binding protein avi_3567 from agrobacterium vitis s4, target efi-510645, with bound d-mannitol
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
417
structure length
417
Chain Sequence
AETLTIATVNNGDMIRMQKLTDDFTKKNPGIDVKWVTLEENVLRQKVTTDVATKGGQYDVMTIGIYEAPIWGKQGWLAPLDKLSADKDYDAADLLPPVRSGLTVDGKLYAAPFYAESSMVMYRKDLFEKAGLKMPEAPTWDFIKEAADKITDKSKEVYGICLRGKAGWGENIAFLSAMSNSFGARWFDEQWKPQFDQPEWKKTLQFYVDLMKKNGPPGASSNGFNENLALFQTGKCGMWIDATVAASFVTNPKESKVADQVGFALAPDNGLGKRGNWLWSWNLAIPAGSKKVEAAEKFIAWATSKDYLKLVAEKDGWANVPPGTRTSLYANADYQKAAPFAKMTLDSINSADPKHPTVKPVPYEGVQYVAIPEFQGIGTAVGQQFSAALAGQTTVDQALKTAQTLTEREMKKAGYPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords ABC transporter substrate binding protein (Sorbitol)
publication title Crystal Structure of Periplasmic Solute-Binding Protein Avi_3567 from Agrobacterium Vitis, Target Efi-510645
rcsb
source organism Agrobacterium vitis s4
molecule tags Transport protein
total genus 149
structure length 417
sequence length 417
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ryaA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ryaA01
3W9VA 2F5XA 4ELQA 4G2ZA 3KJTA 2I48A 4E0XA 2E1SA 1PBPA 1US5A 1M5BA 1WVJA 4M4GA 3RT6B 2ZNUA 4IB2A 2OLBA 5HPQA 3FXQA 2IEEA 3I3VA 4YB6A 4ELPA 3TTRA 4GIZA 1I6AA 4QSCA 4ECFA 1JNFA 4YKJA 3Q25A 4NF8B 3C4MA 5I58A 5KDTB 1VFEA 2F7CA 4XKQA 3PPPA 3HCQA 2Z8EA 4EXLA 3TMGA 5H8QB 1B3HA 2IA4A 1CE2A 4YMBA 3V83A 1UTHA 3KGCA 4R9FA 3N5LA 4IO4A 5CRYA 4LA9A 2UXAA 5ICTA 3GXAA 4PFWA 3K1PA 2OK2A 3EN3A 1UTBB 1H44A 4NTLA 4UA8A 3VXBA 1F9BA 2HAUA 2GH9A 5FHMA 2GFEA 4OETA 2XX9A 4HTGA 4FIMA 3M3LA 1PB7A 4K3FA 4AQ4A 1DTZA 1RYXA 1MH4A 1DTGA 3R7XA 4H5FA 2RCBA 1J1NA 5FHNA 3MVZA 4YB5A 4OHNA 4F39A 5ICQA 2Y7RA 1FW0A 1P1UA 2G29A 4P11A 1Y3NA 1B1HA 1LFHA 4GFRA 4OVJA 3DP6A 3VE1B 1A7LA 3U72A 2A5TB 5TP9A 1MQJA 2YPNA 5K2XA 2Z22A 4KPTA 3S4UA 1MXXA 2X7QA 3B6TA 2XXVA 2GHAA 5CBRA 4IO7A 4N13A 1IUDA 2XXXA 3VLVA 3OO7A 5H8FB 2PMSA 1VSOA 1A8EA 4OMBA 2PVUA 3USDA 1JETA 3CG3A 3GZGA 1Y3PA 4F18A 5FTIA 2QMXA 4O3CA 1PB9A 4PFTA 5F7VA 2Z23A 4G4PA 2DYXA 1UQWA 4Z0IA 1IXHA 4JDFA 4F3PA 1ZIUA 3FVOA 4R2FA 1NNFA 3PD9A 4KR5A 1FTKA 2DE4A 2GRVA 4OERA 1USYH 1URSA 2REJA 3L6GA 3B7DA 1N76A 1O63A 5DEXA 3WAFA 5BWJA 3TZAA 4QFOA 4JXIA 3HV1A 2UYEA 3GBAA 4EF1A 3ILUB 2V3QA 1MXUA 4IY6A 3RPWA 4RJZA 1B2HA 2OBGA 4ISUA 3KSJA 3QYTA 4I62A 3T66A 1H76A 3IOVA 4C0RA 3IJXB 1GV8A 1MH3A 2R9JA 2QSXA 1N0TA 1M5DA 3TPAA 3G3GA 2DXRA 2XXTA 2H4IA 3DP8A 5I57A 4JBZA 1FTMA 3ODBA 1Z7NE 1B52A 4NWDA 3HO7A 1JEUA 1B1XA 3IORA 3P7IA 3LC8A 2VD2A 4NF4B 2QS3A 4R6YA 4Q5TA 3CRBA 1GVCA 3C35A 2XD2A 4G8MA 3W15C 4DCXA 5B7DA 1LLSA 3FIRA 4OTEA 2DOJA 5L8DA 1H3DA 3G3JA 4RPNA 1UIUA 4TOZA 2D3IA 4QFNA 3MZBA 1IXCA 1TXFA 2HEUA 2QJEA 2RC7A 2ZMBA 3RT8A 4EQ7A 2ALUA 1MQDA 2ZYOA 4MBPA 1B0HA 1URDA 2V3TA 2Y7KA 3E3KA 4LZ5A 3MUQA 2DP8A 4F1UA 4RNSA 4AB5A 2HZLA 2QS1A 3THIA 3TQWA 2HAVA 3PGFA 5DTBA 5KCJA 4PP0A 1B7HA 3OENA 3SDFA 5H8QA 4BDOA 1DPPA 1VR5A 2I0CA 3U94A 5CMCA 1OLAA 3MAMA 3U93A 3LSFB 4R73A 2P0SA 5L9OA 1B4HA 1UTBA 2Q2AA 4ELRA 3T9UA 2XHDA 3BFUA 3K02A 5M2VA 3FGSA 2F7AA 5IAIA 5I2KB 2XXQA 2AL4A 2DE3A 2AL5A 5ISUA 2UYFA 3I6VA 1USYE 3T93B 1D3KA 4U23A 1NFTA 1RYOA 3ZSFA 1N7WA 4YKPA 1MXZA 4IO2A 3A3UA 3PUXE 3UIFA 4X1DA 2ESNA 2QPQA 3MVWA 4JB7A 2PX1A 2WKYA 3VDFA 1YCJA 3G3KA 1MY3A 2YLNA 1FQAA 1PEBA 3VLWA 2H25A 5H8FA 4LP2B 2FYIA 5TPAB 4WKMA 2H98A 1MM7A 1B7ZA 5AA2D 1JEVA 1ZMGA 4IY5A 2OWTA 4QFKA 3V5AA 1XS5A 3BFTA 4YAHX 1EZPA 4KCDA 2Y7IA 3TODA 1QUKA 4H5GA 3PPNA 1TFAA 1YAEA 2NUVA 1URGA 2QMWA 1QKAA 1EU8A 3UK4A 3KBRA 4BLAA 3KOSA 3Q28A 3OO8A 2I0BA 3CSGA 4ZS9A 1WODA 2Y7PA 2RF1A 1Y3QA 4NEDA 4QSDA 3QUFA 2O1MA 2Y7WA 4OESA 4C1TA 1N3WA 3LUYA 4ZEIA 3G7WA 2O84X 1B3FA 4GVOA 2REGA 2ZYKA 3PMVA 3HPIA 4FORA 3OD7A 2ZNSA 1QW0A 2PBWA 3UP9A 4TLLB 3TYHA 3RTWB 3PU5A 3R26A 3VXCA 1I6BA 2VHAA 1IIWA 1JW4A 5JTYB 3IOUA 4YB7A 1MY2A 1NKXA 4DZ1A 4NF4A 1A54A 2B3BA 4RPOA 5LOMA 3F11A 2X26A 4FJPA 4YKIA 3O6IA 4LUBA 2ONKE 3Q27A 4TQUQ 4RYAA 3HHGA 5J1DA 4F3BA 3TTKA 2PT1A 3KJ7A 2O7UA 5HM4B 4ZZEA 2Z8FA 4EUOA 2F6PA 4U4XA 2ONRA 2FA7A 4NWCA 4KFQA 1DMBA 1NH8A 2LAOA 2HXWA 3K4UA 3SEWA 1Y20A 4IGRA 1SI1A 1LCFA 1BIYA 1Y4CA 1IQ7A 3E4RA 5L9MA 3LR1A 3CVGA 4KCCA 4QSEA 4PFYA 3S9NC 2UVHA 4DXUA 3QXMA 4BDLA 4IO3A 3MPLA 4G8HA 4I8CA 2CMOA 2Q88A 3EHSA 1ELJA 2Q2CA 4EQBA 1MY1A 4HS7A 4X48A 4FECA 3IB1A 5TU0A 1HSLA 3PMWA 5DVIA 3GBBA 2M8CA 3OO6A 1B9JA 2VGQA 1UIVA 3QIMA 1YPNA 1OVTA 3K00A 5CC2A 3S9EA 5CMKA 3IOWA 5H8NB 1Y1MA 3FVNA 4M1VA 2DWAA 3O28A 3QK6A 3S2VA 1MPDA 4U22A 3FVKA 1A8FA 3E13X 2DXYA 3C34A 1XC1A 3G3IA 1OVBA 1II5A 3GLBA 2UVGA 4NE4A 4RK9A 4QHQA 1TWYA 4OEUA 4HW8A 2ONSA 2DE2A 1PDAA 2PYYA 3HN0A 3CFLA 1GR2A 4ND9A 3TCHA 3K2DA 4WEDA 2A5SA 4ZECA 4ZEDA 5DT6A 3EQ1A 3C32A 1M5FA 3OELA 2F34A 3O9PA 1PB8A 2Q9TA 5AA4B 1N7XA 2OZZA 3KFMA 1OIBA 1P99A 3R6UA 3G3FA 4F1YA 1FQFA 4EXKA 3LBSA 5I2NB 2RC8A 3FASA 4KYDA 5AA2B 3H7MA 1AMFA 2I49A 3UORA 1S50A 5KZTA 4EQ9A 3OXNA 3HHFA 4IO6A 1LAFE 2VOZA 3SETA 1MPCA 1FTJA 4AB6A 2E0SA 4GXAA 1PBQA 3T96B 4U2RA 3CR9A 1R9QA 3KN7A 3TQLA 4NF5B 3CFZA 1SDXA 3PPRA 2G93A 2XXYA 4UACA 4NMYA 1DSNA 2F78A 1A99A 4JWXA 4H1XA 4GL0A 5I59A 4PQJA 4BDQA 4JSOA 1I6QA 2F36A 5JTYA 1OQGA 1S9TA 1SW4A 1B40A 5B70A 4O3AA 4JWOA 4RK2A 4GWOA 3WAEA 1GGGA 3OOAA 2PT2A 2VD3A 2OWSA 3H3GA 2F6GA 3KN3A 3QUJA 4IGTA 1H43A 1ZU0A 1OMPA 3K1NA 5CMBA 1Z7ME 3K01A 1LAHE 1TFDA 1MY0A 2BJJX 3C36A 3FD3A 3PUZE 5CI5A 3LSWA 4BDRA 1XOCA 4QFLA 2HZKA 3C33A 4RA1A 3T22A 3V89B 1B6HA 4WXJA 1LFIA 3A3CA 2V93A 3D4GA 5IKBA 4DLDA 4NF8A 2HFBA 2ABHA 3MJNA 1MXVA 3QSLA 5AA1A 3BKIB 4DXCA 5H8SA 5KDTA 4F29A 5BUUA 1MRPA 4ZZAA 1EH3A 1D9YA 4KI0E 3OEKA 1LAXA 1MY4A 4G68C 1QJMA 3T9VA 1B7UA 2RINA 1N04A 4XTCQ 3TTLA 1VFDA 4JWYA 2HCAA 3RGYA 1POY1 5CBSA 1SI0A 3TEPA 2O51A 1FQCA 2P1SA 3OMBA 4OFJA 4FEBA 3OSRA 1B46A 1LAGE 4QF9A 5H8NA 2B65A 2Q8JA 4ZEKA 1SVXB 4BDMA 4OFLA 3JZJA 1LCTA 2V84A 3KSXA 5DVFA 4ZEBA 3A09A 3IO6A 5HBCA 5ITPA 3EPEA 4RXLA 3FJ7A 2UVIA 1IZ1A 3EHUA 3IX1A 4GRKA 2AYSA 3PPQA 4OZ9A 3FXRA 2A5TA 3S9LC 1MS7A 4X9TA 4GXSB 3KOTA 3TCFA 1ZKBA 4NF6B 2GHBA 3TCGA 3IAZA 3KG2A 4DDDA 1B51A 3MBPA 3UGWA 3CIJA 4U4SA 2O6AA 1CB6A 4LQ2A 5FHOA 5AA4A 1BKAA 3H4ZA 4FAJA 1SYHA 3CSBA 3O97A 1FQEA 3RUMA 2HQ0A 2I4BA 2R6GE 3H03A 1BP5A 2F35A 3K6UA 1NL5A 1A55A 3H6VA 3MPKA 4LATA 3FUZA 4LZ7A 5I2NA 4ZEFA 4ZDMA 4HCYA 1BLFA 3TFLA 3VVFA 1O7TA 2DSFA 4OYVA 3RTFB 3TELA 1R6ZA 4P0IA 1M5CA 1QUJA 1ANFA 5EHMA 1FQDA 4DXBA 4U1OA 4NF5A 3M3FA 3VVDA 1QUIA 3IB0A 1NMUA 1AH5A 3I5OA 3PMXA 3H6WA 1SW2A 3FZVA 1HSEA 3CFXA 2ZNTA 3RY3A 5H8HB 2DVCA 1DOTA 1D4NA 5A5XB 2OJTA 1N84A 5K2YA 2ZYMA 1AL3A 4L17A 3MZ9A 1MDP1 3O66A 1JVXA 2Q89A 1B5HA 3B6WA 4MF3A 1P1QA 1OLCA 3RNNA 3RQTA 4E0WA 3UA8A 3C9HA 1JVYA 4XXUA 2DWIA 5ELVA 4KYSA 1NNKA 3JV9A 3PD8A 4HCWA 2FNCA 4KD5A 4F3GA 4Q0CA 4U1ZA 1ATGA 2O1LA 3TKDA 3H6UA 2D5WA 3W9WA 3QAXA 3LSLA 4R75A 2UVJA 4X1BA 4LONB 3IO4A 1B4ZA 2I3VA 3FVGA 4OFOA 3ZKLA 4BDNA 4DCYA 3JYRA 3S9MC 3PV0E 5L9SA 4YU0A 3IL1B 1GTKA 1YTVA 4QFPA 4N07A 1MXWA 2F97A 1LB9A 1B0LA 3K6WA 2XX8A 2Z8DA 3ZKKA 4GF8A 1P1OA 1SW5A 5KCJB 2W7YA 4YKKA 4OWDA 4ZE9A 2NWJA 3H6TA 1OQHA 4P0GA 3CG1A 1POTA 2I3WA 4POWA 5JK4A 4QRZA 3N6UA 4F2QA 4H8JA 3SESA 3PPOA 3Q29A 3DM0A 5I2KA 2X7PA 3O6GA 3E9XA 4OEVA 3ZS6A 4FE8A 1US4A 2NVUB 4RY1A 1AOVA 2DS9A 2XD3A 4ONYA 4OXVA 3PUVE 3MP6A 4YMAA 4GD5A 1B3GA 3FJMA 1R9LA 1QULA 1S7YA 1VE4A 3RN8A 4ESWA 4O3BA 4F1VA 3IK6B 2O7IA 2O69A 4NF6A 3N94A 3RLFE 1Y9UA 4YZZA 1LFGA 4Q8RA 5TPAA 2ZXTA 1LB8A 4XKRA 1LBBA 4THIA 4R74A 1RKMA 3CI8A 3MW0A 2O68A 3FXUA 3M8UA 1A40A 5EYFA 4F19A 3U8QA 4GQOA 1TT1A 1M5EA 4FEDA 3VLUA 4EDPA 5AA3A 4EF2A 4XKPA 3K6XA 2R71A 2XXWA 4R6HA 1B05A 4H67A 3MZ1A 1FCKA 4G68B 1IEJA 5CM6A 3VFJA 3N26A 1XVYA 1XT8A 4FATA 4F2OA 4MH5A 1SBPA 4KYEA 1B58A 1SYIA 3HSTA 3TTNA 1MQIA 3L6HA 3FATA 2B3FA 4XIGQ 1JQFA 1Q35A 1B5JA 2DVZA 4ELOA 2V25A 1XHYA 3OSQA 5H8HA 5F1QA 1QKBA 3SEVA 5A5XA 5AE4A 3K6VA 2XXHA 1D9VA 1HSJA 3KZGA 4GL8A 4LVQA 5I56B 5DYHA 1IXIA 2KLFA 3EF7A 2CZLA 3MP1A 2ZYNA 3VV5A 3M3KA 3ECRA 2XXPA 2V3UA 2F7BA 1L5TA 1MPBA 5ITOA 3MWBA 3U1OA 2I6EA 3DLNA 3O6HA 3V8XB 1JW5A 1ZLQA 1Y1ZA 1QVSA 3O2AA 4LQ5A 2YJPA 4PETA 2DWJA 2H5YA 2RKMA 1T0KA 3FV2A 1LBCA 4Q30B 2XXRA 4DIGA 4H65A 2XXIA 2F8DA 3IOTA 3LSXA 1PC3A 4F3SA 3SEXA 2NOOA 2I4CA 3B6QA 3SEUA 1FTOA 3FJGA 2Y84A 1H45A 2I58A 3KN8A 3DELB 3MP8A 1ZJLA 1O64A 4GOTA 1MM6A 4ZE8A 1B3EA 5EHSA 4XKNA 3PUYE 1JW1A 1ZBMA 1P1NA 5I58B 5I84A 5CMMA 2P2AA 5JEIA 4MLVA 4MLQA 4R9GA 1Q1KA 1UTHB 1I69A 2VP1A 4KHZE 3U92A 4YICA 2RCAA 4MFIA 3K0VA 4IO5A 4TLMB 4GLIA 3UN6A 4KQPA 2D21A 1KWHA 2H9BA 3FV1A 4H6DA 3MVXA 4F31B 1NNTA 4R2BA 1MQGA 1MG1A 1XVXA 3IR1A 1FTLA 4PE5B 1WDNA 3EHTA 1BTJA 3MVYA 4R72A 2QL3A 4Z7EA 1NNPA 4OQOA 3T9XB 2DWHA 3TDJA 2QRYA 1R1NA 1SQYA 3TUSA 3T9HB 3IB2A 3C31A 5TP9B 1B5IA 2OCUA 2AIXA 3KEIA 4N6PA 2DQVA 3Q26A 4G77A 4OENA 1ZTYA 1DPEA 1SW1A 1B3LA 1EZOA 4C1UA 2H99A 3G3HA 3OO9A 2QS2A 3ONMA 4U21A 1SD3A 4PFUA 1Y4TA 5AA2A 4H0WA 4G8NA 4LZ8A 5DVJA 3VVEA 3TTMA 4G68A 4H8IA 1IITA 1MDQA 5DEXB 2NXOA 3TAJA 3H06B 3DP4A 3N6TA 3MQ9A 3SEYA 4POXA 1IXGA 2QS4A 1B32A 2XXUA 1AIVA 4F22A 1EZ9A 1P1WA 5I56A 4I1DA 3AXFA 1MQHA 2XX7A 3D4CA 2RC9A 4WEPA 5I59B 3K1MA 3SKPA 5I57B 3BBRA 3SERA 2ANJA 4JSDA 1LGBC 3ILTB 4ESXA 5FTHA 3O29A 4DE8A 3PUWE 3OEMA 3IJOB 1N3XA 1NH7A 3MC2A 2THIA 4I9DA 1LSTA 1MXYA 4R6KA 1FQBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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