4RYAA

Crystal structure of abc transporter solute binding protein avi_3567 from agrobacterium vitis s4, target efi-510645, with bound d-mannitol
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
417
structure length
417
Chain Sequence
AETLTIATVNNGDMIRMQKLTDDFTKKNPGIDVKWVTLEENVLRQKVTTDVATKGGQYDVMTIGIYEAPIWGKQGWLAPLDKLSADKDYDAADLLPPVRSGLTVDGKLYAAPFYAESSMVMYRKDLFEKAGLKMPEAPTWDFIKEAADKITDKSKEVYGICLRGKAGWGENIAFLSAMSNSFGARWFDEQWKPQFDQPEWKKTLQFYVDLMKKNGPPGASSNGFNENLALFQTGKCGMWIDATVAASFVTNPKESKVADQVGFALAPDNGLGKRGNWLWSWNLAIPAGSKKVEAAEKFIAWATSKDYLKLVAEKDGWANVPPGTRTSLYANADYQKAAPFAKMTLDSINSADPKHPTVKPVPYEGVQYVAIPEFQGIGTAVGQQFSAALAGQTTVDQALKTAQTLTEREMKKAGYPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Periplasmic Solute-Binding Protein Avi_3567 from Agrobacterium Vitis, Target Efi-510645
rcsb
source organism Agrobacterium vitis s4
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter substrate binding protein (Sorbitol)
total genus 149
structure length 417
sequence length 417
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ryaA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ryaA01
1D3KA 4H1XA 3M3FA 4KYSA 2VD2A 3S2VA 1Q35A 1B58A 1MQIA 1ZLQA 4OZ9A 3A09A 3K6WA 4BDNA 3LC8A 4DLDA 4YMBA 2RCBA 5DVIA 1EZOA 3B7DA 2OBGA 3V89B 4FORA 4F39A 3FVNA 4F29A 3QAXA 4R2FA 4EXLA 4FEDA 3TDJA 1SYIA 1FQDA 4WEPA 4O3BA 4ISUA 3KOSA 4NMYA 1IXHA 1FQEA 2CMOA 4FE8A 1FCKA 2DE4A 1FQBA 3D4GA 5TPAA 4R9GA 1B4HA 1Y1MA 3RN8A 5ICTA 4MH5A 1LB9A 1OVBA 2F34A 2V84A 4P11A 3V5AA 2F5XA 1TFDA 4YB7A 2R6GE 4HS7A 2OK2A 2ZYKA 2GHAA 1F9BA 2F35A 4G4PA 2UVJA 2PBWA 4JDFA 3KEIA 3MZ9A 3ZSFA 3SETA 1LCFA 3T93B 1RKMA 3OXNA 1US5A 1Z7NE 3UK4A 5DT6A 2VHAA 4OQOA 4OEUA 3PPNA 2PMSA 1BTJA 5CMBA 4BDQA 3K1PA 2DP8A 1JW1A 4MLVA 3LUYA 4XXUA 4HCWA 4F22A 5H8QB 3WAFA 3QSLA 3RNNA 1VSOA 3K00A 4FAJA 5H8FA 1UIUA 2F7BA 2XXYA 4PFYA 4OETA 4F3GA 1H43A 1M5BA 3E9XA 1QJMA 1A54A 1MDP1 2QMXA 3K02A 3KG2A 3MPLA 2O7IA 4H8JA 3UORA 3TCHA 1LLSA 3KFMA 5B7DA 5CBSA 3KN8A 4X48A 5J1DA 3MVWA 3B6QA 2QS3A 1UTBA 1GR2A 4N6PA 2O84X 2HZLA 1MH3A 4Q8RA 1T0KA 3MVXA 4IY6A 2F8DA 3ILTB 5JK4A 1JW4A 4KCCA 4R75A 3TYHA 3LBSA 2ANJA 2RKMA 3C33A 4OHNA 4DZ1A 1II5A 1JETA 4RNSA 3OSQA 3M8UA 4PFUA 3MZBA 4RYAA 4YAHX 3PPOA 4R6HA 1J1NA 4Q5TA 2HFBA 3PMWA 4H8IA 3ODBA 1PEBA 2D5WA 2Q9TA 5AA1A 5H8HA 1SBPA 3SEXA 1IUDA 2QS1A 4HW8A 4ZEDA 5F1QA 1AIVA 3HSTA 3WAEA 1HSEA 1I69A 4OFOA 2Q2CA 4JWOA 2PT1A 3KGCA 2AIXA 4QF9A 2DOJA 1OLAA 4IGRA 2I0CA 4I8CA 5ITPA 5KZTA 1ZBMA 4JSDA 4JSOA 1ZTYA 3RT8A 1Q1KA 2X7QA 4NF8A 4ZEKA 3U94A 5AA2A 5LOMA 1OMPA 2KLFA 2NUVA 1BLFA 3HN0A 1MS7A 4FEBA 3BFUA 4KYDA 4GOTA 1B3LA 2ZNSA 3SEYA 1GTKA 3PMXA 3T9VA 2Y7IA 4FATA 1UIVA 1ZJLA 1MXZA 1NNKA 3H6WA 4POWA 2QRYA 3TCFA 5IKBA 1HSLA 2RCAA 3E13X 2X7PA 1TXFA 1LCTA 2DYXA 2GFEA 3GXAA 4M1VA 3T9XB 3TQLA 3U93A 3K6UA 3S9EA 5ELVA 3CG3A 3VXBA 1B9JA 1MY0A 2RINA 3ILUB 3M3KA 5AA4A 1B3EA 2AYSA 3IB0A 5TP9B 5CC2A 4QFLA 1M5CA 1MPCA 1N3XA 1UTBB 4K3FA 5CBRA 1MXYA 4IO6A 3LSFB 3T22A 2FYIA 2RC8A 5FHOA 1PB8A 4GXAA 3VXCA 3RY3A 4RXLA 1EZ9A 5ITOA 2X26A 4OENA 3K0VA 3F11A 4JBZA 4OMBA 5EHSA 3MVYA 2UVIA 3CR9A 3H3GA 5CMKA 1A7LA 3O97A 4MF3A 5I56B 1DPEA 3IOWA 2UXAA 1H76A 3OD7A 3TODA 3CFXA 3Q25A 3H6VA 1QKAA 2FA7A 3C35A 3PD9A 3QIMA 4QHQA 4BDMA 3N6TA 3Q26A 3H06B 2H4IA 3OOAA 1B3HA 3T66A 1LBBA 2VP1A 3CIJA 4TLLB 3H4ZA 2D3IA 2O7UA 4RPOA 3G3KA 4IO7A 1IXGA 3HPIA 4NWDA 3IO6A 3IX1A 5H8NB 4F3PA 2VGQA 2BJJX 3C4MA 4R9FA 3C31A 3FVOA 3FZVA 4KPTA 3BFTA 4YMAA 2UVHA 4EXKA 1QULA 1R1NA 1URSA 3HHFA 1MY3A 3HCQA 3SERA 1I6AA 3QYTA 1MG1A 2ESNA 2XD2A 3MP6A 5L9SA 4QSDA 3TZAA 1MPBA 4Z0IA 4DCYA 1O7TA 4F2QA 1B7HA 3MUQA 1POTA 2AL5A 1ZMGA 3IB2A 2XXHA 3CRBA 3O28A 4QFOA 3EF7A 1ZU0A 3K6VA 1BP5A 2ZYNA 5I59B 1MXWA 3DLNA 2I4CA 4ELQA 3FXUA 2E1SA 4G77A 4ELOA 4NTLA 3K4UA 3PUVE 4XKQA 4GLIA 5I2NA 5H8NA 2DXYA 3TCGA 4AQ4A 1XT8A 1P99A 3OO9A 4EQ9A 1LFGA 1LAXA 2F7CA 4XIGQ 3TPAA 5FTHA 3G3FA 1NL5A 2UYEA 5KDTA 4OESA 1P1UA 4LATA 4LZ8A 2YLNA 3TTMA 3CVGA 2ALUA 5L9MA 2O1LA 3O6IA 3VLWA 2B65A 3GBAA 1XS5A 2P0SA 4TQUQ 3U8QA 1DOTA 2REJA 1H3DA 2Z8DA 1S9TA 3KOTA 1NNPA 2NOOA 2QS4A 4UACA 2RC7A 3MVZA 3TEPA 1IXIA 1M5DA 3U72A 3UP9A 4ELPA 1B4ZA 1XHYA 2ZYOA 4R2BA 1B3FA 3MAMA 5TPAB 3DP6A 1R9QA 1US4A 2Q2AA 4QFKA 5AA4B 3ZKLA 4DXUA 3MW0A 5EHMA 2HEUA 4G68B 3KJTA 4DDDA 2OLBA 5I56A 4FIMA 1Y3QA 2V25A 3KBRA 4I9DA 4ZDMA 2XXXA 3O29A 5FHMA 3U92A 1LAHE 1PBPA 4EQBA 1RYXA 2Y7RA 2NWJA 4DCXA 5I58B 4NF5B 1P1NA 5IAIA 4ELRA 1AOVA 1R9LA 3Q28A 1MY2A 3PPRA 4LZ5A 3VVFA 3Q29A 1ZIUA 3FD3A 3HO7A 1IITA 4G2ZA 4GF8A 3G3HA 4THIA 1Y3NA 3EPEA 4MFIA 4RJZA 5DEXB 4EF1A 3SESA 3KN7A 5I57A 2FNCA 1GV8A 5CM6A 1LFIA 2I48A 3A3CA 2AL4A 3FATA 1FTOA 3N94A 3H6TA 2Z8FA 2G93A 3M3LA 5DTBA 3RT6B 3S9LC 1MQGA 3G3GA 4U4XA 1LB8A 1WDNA 3FXRA 1VFEA 2ABHA 4AB5A 1SI0A 4GL0A 3K1NA 5DVFA 4E0XA 4C0RA 4E0WA 5I57B 5EYFA 1B1XA 4F1UA 1AMFA 3O6GA 3PMVA 1B32A 1B7ZA 3K1MA 4X9TA 5CRYA 1N7WA 4HCYA 1NKXA 3S4UA 2HQ0A 3QXMA 3V8XB 4Q30B 1AL3A 1N3WA 4ESXA 3FV1A 4KHZE 4OTEA 3EHUA 3U1OA 1B5IA 3IJOB 3MC2A 4LVQA 5BUUA 2UVGA 2WKYA 2O6AA 1SVXB 1Y4CA 1H44A 2PVUA 4LP2B 2XHDA 3K2DA 4OYVA 3UIFA 1DPPA 5I2NB 1FTKA 2F6GA 4LQ5A 1EZPA 1TFAA 5ICQA 4NF5A 1CE2A 4C1TA 2I6EA 1MQJA 4LQ2A 1Y3PA 2DWAA 1B6HA 4QSEA 4U2RA 4GWOA 3DELB 1QUIA 3GZGA 3AXFA 4L17A 4XTCQ 4YU0A 3TTNA 1USYE 2H99A 3HV1A 3VLVA 4GVOA 4G8NA 2E0SA 3OO6A 2GHBA 1D9YA 3FJMA 4OVJA 4RY1A 5JEIA 1FTMA 4YKIA 1IIWA 2DE3A 2W7YA 4QSCA 1D4NA 2QSXA 3TELA 2IEEA 1PDAA 1FTJA 4ZEBA 2Y84A 1B5JA 1MXVA 5TU0A 3DP4A 3MPKA 4GXSB 1BIYA 2ZNTA 5AA2D 3FASA 2UYFA 5HBCA 3TMGA 5DEXA 1FQFA 1OQHA 2Z8EA 1P1OA 2V93A 3E3KA 5FTIA 1UTHB 4TLMB 4DXBA 1M5FA 1MY4A 2Q88A 2Z23A 4QRZA 1FW0A 3I5OA 3KJ7A 1B0LA 4DIGA 3FUZA 3O9PA 4H5FA 3W9WA 3VVDA 3OEKA 3G3JA 1PBQA 1D9VA 3PGFA 4IO2A 4OERA 1B0HA 4F2OA 1URGA 1A40A 1QUJA 2HZKA 3L6GA 1URDA 2XXUA 2R9JA 1VR5A 3JZJA 3MBPA 1N04A 3C9HA 2DSFA 3PPQA 3PUWE 1JW5A 4N07A 4YB5A 3VVEA 4OFJA 3PV0E 4ZE9A 1PC3A 2YJPA 2V3TA 2XXIA 3CI8A 3TKDA 3KN3A 1USYH 1XVXA 4IO3A 4EF2A 3FV2A 3IO4A 2NVUB 3VV5A 3QUFA 5DYHA 1EH3A 1FQCA 2XX8A 4ND9A 2ZMBA 3OO7A 5L8DA 2I3WA 3L6HA 2F6PA 4G8HA 1WODA 5I84A 2ZNUA 1SD3A 1EU8A 1YAEA 3HHGA 1KWHA 3EHTA 2HAUA 1JNFA 4GL8A 3G7WA 4DE8A 4NF4B 1OVTA 2XD3A 4JWYA 4R6YA 3DM0A 4F19A 3C34A 2A5TB 4LUBA 2DVCA 4EDPA 4WKMA 3TUSA 5KDTB 3BKIB 3MWBA 5KCJB 5AE4A 3MP8A 1A55A 3FVKA 1B52A 1N84A 2ZYMA 4PETA 2VD3A 1YCJA 1LAGE 4XKNA 4H0WA 5AA2B 1YTVA 2F78A 4R72A 2IA4A 3D4CA 4F18A 1MQHA 3IAZA 1N0TA 1MDQA 1S7YA 3VFJA 1GGGA 4NEDA 3FVGA 4ECFA 1XOCA 3IR1A 4OXVA 4QFNA 3BBRA 2Q89A 4R73A 4IB2A 4YKJA 3DP8A 3RQTA 1I6QA 4G8MA 1P1WA 1FTLA 3OSRA 2I4BA 4OEVA 4X1BA 2CZLA 4NWCA 1I6BA 2THIA 1O64A 3G3IA 2XXWA 1ATGA 3W15C 5CI5A 3N5LA 3R26A 2DQVA 1IZ1A 2QJEA 3IOTA 4KYEA 3MJNA 4IGTA 3KZGA 4XKPA 4BDLA 4KFQA 4NF6B 3H7MA 1B05A 2XXVA 1SI1A 2XXQA 4R6KA 5CMMA 4ZS9A 2DE2A 2Y7KA 4F1YA 4BLAA 4YICA 3TFLA 4IO5A 3I6VA 2DWJA 1TT1A 3O66A 1SW4A 3EQ1A 3V83A 2ONSA 1QVSA 3IOVA 3ONMA 4BDOA 2PX1A 4GD5A 2DWIA 1Z7ME 3A3UA 2O69A 2REGA 1A8EA 1LAFE 3SDFA 1XC1A 1IEJA 1ZKBA 2I0BA 3PUYE 4YZZA 4F1VA 5HM4B 3GBBA 3T9UA 2XX9A 3LR1A 1HSJA 4YKKA 2OWSA 2QS2A 2HXWA 4PQJA 2D21A 4JWXA 2PT2A 1M5EA 4YB6A 2QL3A 4EUOA 4F3SA 3CSGA 3OEMA 5I58A 4OWDA 3ECRA 2ZXTA 1ELJA 3KSXA 4MBPA 3VDFA 1SYHA 5CMCA 1SQYA 4PE5B 3ZS6A 1WVJA 3O2AA 1NMUA 3JV9A 1SW2A 1OQGA 2B3BA 4KI0E 3C32A 3H03A 5H8SA 1P1QA 1H45A 1B3GA 3RUMA 2Y7WA 2F97A 4KQPA 1N7XA 2GH9A 4RK9A 4I1DA 3W9VA 3S9MC 3PD8A 1OIBA 3RPWA 1JVYA 4X1DA 4ZEFA 2PYYA 1L5TA 4ZE8A 3RLFE 4GIZA 1N76A 4U22A 1IXCA 1MM6A 3UGWA 4EQ7A 3ZKKA 4XKRA 1B2HA 4NF4A 5A5XB 4UA8A 2I49A 4AB6A 2M8CA 3FJ7A 3R7XA 2QMWA 1NNTA 1DTGA 2F7AA 2HCAA 3K6XA 4ESWA 1PB9A 2ONKE 4O3AA 4H6DA 1LBCA 3LSXA 3LSLA 3QK6A 1BKAA 4IY5A 5M2VA 3SKPA 4Q0CA 3VE1B 4FJPA 5H8HB 4H67A 3IB1A 2O1MA 4YKPA 4U21A 3T9HB 1XVYA 2Z22A 4U4SA 1NH7A 5FHNA 5JTYB 2Q8JA 4ONYA 4H65A 4F31B 2XXRA 2I58A 2I3VA 4HTGA 4PFWA 2ONRA 4PP0A 4G68C 2OJTA 1MPDA 1B7UA 4RPNA 1AH5A 4ZZAA 1CB6A 2G29A 4LA9A 2LAOA 4U23A 1SW5A 3TTKA 3Q27A 4BDRA 4O3CA 1MY1A 3THIA 3UN6A 3OELA 3IK6B 3H6UA 4WEDA 5TP9A 3T96B 4G68A 4ZECA 1JVXA 3S9NC 2F36A 3B6WA 3FXQA 5B70A 2RC9A 3MQ9A 4NE4A 3SEWA 3CG1A 1DMBA 1LGBC 1MQDA 1YPNA 2Y7PA 3B6TA 2GRVA 1UTHA 4IO4A 3RGYA 1MRPA 2O51A 4FECA 3EN3A 1QUKA 1B46A 2P1SA 2H25A 3CFZA 3TTLA 2DXRA 1NFTA 2DWHA 1MXUA 4U1ZA 3MP1A 5H8FB 5DVJA 4GFRA 2DVZA 3E4RA 1QW0A 2O68A 1SW1A 1JQFA 3IORA 1MM7A 1FQAA 3JYRA 3O6HA 3KSJA 2YPNA 2DS9A 3CFLA 4I62A 1B40A 4JB7A 1NH8A 1VFDA 3RTFB 5ISUA 1A99A 1MXXA 3FGSA 4RA1A 2QPQA 2XXTA 4M4GA 4ZZEA 3QUJA 3EHSA 4GRKA 4DXCA 1R6ZA 1VE4A 1Y9UA 3SEUA 1MH4A 4NF6A 3SEVA 3TTRA 1ANFA 4LONB 1O63A 4GQOA 2B3FA 4POXA 3K01A 3I3VA 3R6UA 1Y4TA 2XX7A 1DSNA 1TWYA 1OLCA 3CSBA 3LSWA 3PPPA 4LZ7A 5I59A 5L9OA 2H5YA 1A8FA 4R74A 5HPQA 2R71A 3TQWA 1SDXA 4KR5A 3UA8A 1POY1 3MZ1A 3OENA 1Y1ZA 2XXPA 2A5TA 2H9BA 4QFPA 3RTWB 3USDA 1S50A 1PB7A 3IOUA 3PUZE 4TOZA 2VOZA 1JEVA 3FIRA 5I2KA 4F3BA 2HAVA 4KD5A 1B51A 4PFTA 1QKBA 5H8QA 3OO8A 3TAJA 3GLBA 5A5XA 2H98A 1NNFA 2V3QA 4OFLA 1B5HA 4Z7EA 2P2AA 2RF1A 1Y20A 3IJXB 4ZEIA 4P0IA 3P7IA 2NXOA 5JTYA 3N26A 1LFHA 4P0GA 3N6UA 1IQ7A 1RYOA 4U1OA 1UQWA 4JXIA 4N13A 4NF8B 5KCJA 3FJGA 1DTZA 5K2XA 4KCDA 2OCUA 3PUXE 4H5GA 5K2YA 2OZZA 3C36A 1GVCA 5BWJA 3IL1B 1LSTA 2OWTA 3OMBA 3VLUA 5AA3A 4WXJA 2A5SA 5I2KB 4C1UA 4RK2A 5F7VA 1B1HA 3PU5A 2V3UA 1JEUA 4MLQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VD2A 4HE1A 1MQIA 4OZ9A 3A09A 5EYGA 4P8BA 4FORA 4F39A 3FVNA 3QAXA 1SYIA 4ISUA 4OANA 2CMOA 1LB9A 2V84A 3IFCA 2F35A 2UVJA 1LCFA 3OXNA 4OQOA 3PPNA 2PMSA 4AS4A 3K1PA 4MLVA 3LUYA 4HCWA 3RNNA 4OETA 2QMXA 1A54A 1LLSA 4X48A 1GR2A 1IMAA 2HZLA 4Q8RA 5JK4A 4IY6A 4KCCA 4R75A 2ANJA 4RNSA 3OSQA 1KA1A 4RYAA 1J1NA 4PGNA 4H8IA 3ODBA 4QXDA 4HW8A 5F1QA 3E78A 2KQZA 3HSTA 1I69A 1FJ6A 4UABA 5B70A 1OLAA 5ITPA 1ZBMA 4JSOA 4ZEKA 4FEBA 3SEYA 1B3LA 1NV5A 1ZJLA 2RCAA 3S9MC 1LCTA 3K6UA 3VXBA 3M3KA 4OVRA 5CBRA 1UTBB 3RPLB 4RXLA 2X26A 4JBZA 3CR9A 5I56B 3OD7A 3H6VA 1QKAA 3QIMA 3N6TA 1B3HA 3T66A 4H46A 4NWDA 3IX1A 4PCDA 3C4MA 4KPTA 1R1NA 1I6AA 3QYTA 5L9SA 2XD2A 4I3EA 4Z0IA 4QFOA 3EF7A 4OVTA 1BP5A 1MXWA 4ELQA 3K4UA 5I2NA 1RDXA 5H8NA 4EQ9A 1LFGA 5KDTA 1P1UA 3TTMA 3CVGA 3O6IA 2P0SA 4TQUQ 1DOTA 3MSTA 4NQ8A 3U72A 5TPAB 1US4A 3ZKLA 3MW0A 1Y3QA 4I9DA 5FHMA 2XWKA 1RYXA 3IFAA 3RYDA 5IAIA 1AOVA 3HO7A 1FPGA 4G2ZA 3EPEA 4NG7A 3KN7A 5I57A 2FNCA 5CM6A 3FATA 3M3LA 5DTBA 2ABHA 4E0WA 3K1NA 5I57B 1B1XA 1AMFA 2QVUA 5CRYA 4HCYA 4GWSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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