4RYAA

Crystal structure of abc transporter solute binding protein avi_3567 from agrobacterium vitis s4, target efi-510645, with bound d-mannitol
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
417
structure length
417
Chain Sequence
AETLTIATVNNGDMIRMQKLTDDFTKKNPGIDVKWVTLEENVLRQKVTTDVATKGGQYDVMTIGIYEAPIWGKQGWLAPLDKLSADKDYDAADLLPPVRSGLTVDGKLYAAPFYAESSMVMYRKDLFEKAGLKMPEAPTWDFIKEAADKITDKSKEVYGICLRGKAGWGENIAFLSAMSNSFGARWFDEQWKPQFDQPEWKKTLQFYVDLMKKNGPPGASSNGFNENLALFQTGKCGMWIDATVAASFVTNPKESKVADQVGFALAPDNGLGKRGNWLWSWNLAIPAGSKKVEAAEKFIAWATSKDYLKLVAEKDGWANVPPGTRTSLYANADYQKAAPFAKMTLDSINSADPKHPTVKPVPYEGVQYVAIPEFQGIGTAVGQQFSAALAGQTTVDQALKTAQTLTEREMKKAGYPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Periplasmic Solute-Binding Protein Avi_3567 from Agrobacterium Vitis, Target Efi-510645
rcsb
molecule keywords ABC transporter substrate binding protein (Sorbitol)
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium vitis s4
total genus 149
structure length 417
sequence length 417
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ryaA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ryaA01
3AXFA 2H25A 1LAHE 1P1UA 4LZ7A 5FTHA 1MM7A 1B52A 4ONYA 4FAJA 4ZEKA 3CIJA 3OO9A 1MXUA 3S9EA 5AA4A 3EF7A 3KBRA 3CFXA 4DXUA 1QW0A 4KYSA 1H76A 2ANJA 2I3WA 2X26A 2DQVA 2ONKE 1B1XA 4M1VA 4U4XA 4IO3A 1OVBA 4O3AA 4OTEA 1AIVA 4PFTA 3PUWE 4G68A 2F7CA 5K2XA 3K1PA 4IY6A 1LCFA 1OQGA 4LP2B 2YLNA 3A09A 1P1QA 2F7BA 1SW1A 3MUQA 2NUVA 3KG2A 2ZXTA 3T96B 1T0KA 4QSEA 5CM6A 2XXVA 2VGQA 3ILTB 4F29A 1JEVA 4XXUA 3EHUA 3MPLA 1ZIUA 3DLNA 4EQ9A 1H43A 1OMPA 1D9YA 4NEDA 5KDTB 2V3QA 3H06B 2CMOA 1B9JA 4R6KA 3QIMA 1DTGA 1WODA 3QUFA 2H99A 5IAIA 4GD5A 4Q5TA 1VE4A 1TFDA 3G3KA 1I6BA 1O7TA 3PPPA 3T9XB 4GL0A 2NVUB 3Q25A 1NNKA 4YKPA 4X9TA 1Y3PA 3UORA 3R6UA 2GFEA 1D3KA 3K6XA 2VD2A 2Q2CA 3MVZA 4OESA 1NH7A 2XXQA 3PUZE 5AE4A 3LR1A 1OLAA 1XHYA 5I56A 5AA4B 4GXAA 2Q2AA 2I48A 2Q8JA 3H6UA 2O1MA 5B7DA 2D5WA 1MQIA 2DYXA 4P11A 3A3CA 1DPEA 1B4ZA 1YPNA 3M3FA 4YKJA 4QFOA 1QJMA 3C32A 3H6TA 4K3FA 4IY5A 1P1WA 1WDNA 2F7AA 1ATGA 4MH5A 3MZ1A 4KFQA 3BFTA 5HBCA 3SESA 3MZBA 1MPBA 4ZDMA 5M2VA 3RNNA 1B7UA 5AA3A 1LFIA 3QSLA 3TUSA 3CFLA 1B3LA 3FV2A 4JWOA 3FXRA 1P1OA 4HW8A 4OVJA 4N13A 3OO7A 5H8FA 1PC3A 4NF5B 3IJOB 3TMGA 5BUUA 2D3IA 2PYYA 2QSXA 4G2ZA 4XKPA 1N3WA 2FNCA 3K01A 3B6TA 1JVXA 4WEDA 2Z8FA 4F2QA 1B40A 3TTRA 4GFRA 3CRBA 3IR1A 4RJZA 2NXOA 5FHOA 2DWJA 3KEIA 4YB6A 4U1ZA 4R75A 5TP9B 3O9PA 1R9LA 2R6GE 4U2RA 4KPTA 4Q0CA 4G8NA 3CI8A 4MFIA 3I3VA 3UP9A 2ZNTA 3S2VA 4OHNA 4N07A 2RC9A 4NF4B 4FORA 3N5LA 1SI0A 4G4PA 4F3BA 3TZAA 1PBPA 1D9VA 1LLSA 1OIBA 2XX8A 3IOTA 4GWOA 4R72A 2QL3A 5I57B 1N04A 5BWJA 4Z7EA 3VLWA 3WAFA 4H8IA 3U8QA 1USYH 3KSXA 1B0LA 4ISUA 3OSQA 1BKAA 4NF8B 4OFLA 5AA2A 2ZYOA 5F7VA 3IOUA 5JTYB 3SEYA 1R6ZA 5KZTA 4H8JA 1FTLA 1SI1A 2V3UA 4M4GA 2VP1A 3I5OA 5CI5A 2Y7KA 4PFYA 3QUJA 3FUZA 4LQ5A 3PUVE 3RT8A 2XXTA 4QFNA 3W9VA 4XKQA 3MWBA 4LZ8A 2PBWA 4H5FA 2Y7RA 5AA1A 2V25A 3OENA 3IOVA 5I2KB 1ZU0A 2O69A 2HFBA 4FECA 2FA7A 1MPDA 3RY3A 3K02A 3IJXB 3VVFA 2QS1A 1XT8A 1A8EA 1B6HA 4LATA 2A5SA 2DXRA 3RT6B 2O1LA 1FQDA 1NL5A 4H67A 2Y84A 2O6AA 3O6GA 3K0VA 2OK2A 1ZKBA 4OFJA 5TPAB 3LC8A 3T9HB 5AA2D 2VOZA 3TAJA 3GBBA 3TTNA 3SEVA 3IB2A 3JZJA 3TQLA 3EHTA 4Q30B 4RK9A 3TCGA 3ZSFA 1B05A 1CB6A 3CFZA 1P99A 3MVYA 4F39A 3C36A 5H8QB 2DS9A 2V84A 2F97A 4NTLA 1SW5A 3DP4A 4R73A 3MAMA 3IO4A 1AOVA 1B3HA 3BFUA 2XXRA 4PQJA 2Q9TA 1H44A 4NF6B 2HQ0A 1TT1A 3O29A 3P7IA 3PV0E 5IKBA 3B6QA 1XVXA 1JVYA 4F22A 5I2NA 3RN8A 1MH3A 4IB2A 2LAOA 2Y7WA 3VDFA 4OQOA 4KI0E 4RA1A 1FQEA 1I69A 2DVZA 4YZZA 4YMBA 5DVJA 3C31A 1MQHA 2I6EA 1RYXA 1UTHA 2O7UA 1HSEA 2G29A 1MXVA 3SERA 4IO2A 4XIGQ 2F35A 2O51A 4F18A 1PBQA 4QF9A 3HHGA 4BLAA 3N6UA 4F2OA 3M8UA 1FQAA 3PMVA 1VFEA 1N0TA 3MVWA 3RLFE 4OXVA 4G8MA 2V3TA 2XD3A 1LBCA 1MPCA 4U23A 4IGTA 3K6UA 2QMWA 2ZYMA 2M8CA 1D4NA 1F9BA 1BP5A 5EYFA 3OEKA 1B5IA 4Q8RA 1B58A 4GLIA 2QS3A 2I0CA 3UK4A 2XXWA 3TODA 2O68A 5A5XB 3DP6A 4R9FA 1MQJA 1EZ9A 3KN3A 1A99A 3OXNA 1LFHA 3FJMA 2PMSA 1M5EA 2HAVA 3G7WA 1GGGA 1MY2A 3UGWA 2HCAA 1MXZA 1B5HA 1M5DA 1QULA 3PMWA 5DTBA 4ZE9A 3H03A 4KHZE 4NWCA 2QJEA 3CSGA 2A5TB 4ZZEA 4RXLA 1CE2A 1A40A 3K6WA 1DTZA 5KCJB 1JW5A 5H8HB 1H3DA 4OFOA 3FIRA 3TFLA 3ZKKA 1N7XA 4WXJA 3PU5A 1A54A 5CBRA 2F5XA 4LONB 5EHMA 2HZLA 5DVFA 3GLBA 2HAUA 4XKNA 1NNPA 1Y4TA 1MXYA 4DDDA 1Y3QA 4EF1A 5L8DA 4F1VA 3FASA 1ZLQA 1MDQA 4JBZA 4XTCQ 1MY3A 3Q29A 5I58B 3N6TA 5L9SA 1SYHA 4XKRA 3Q28A 1PB7A 1QKBA 2QS2A 1PDAA 3LBSA 2DE3A 3LSFB 2F6GA 2QMXA 2RKMA 3PPNA 3IB0A 1JW1A 4JDFA 2VD3A 2YJPA 3Q26A 5HM4B 5JEIA 4FATA 2HZKA 4E0WA 2ABHA 1MXXA 5TU0A 3TQWA 4OERA 3USDA 4F3PA 5I59A 1FTOA 2RCBA 1ELJA 1IXIA 1P1NA 3FV1A 3MPKA 4IO7A 1IITA 4TOZA 1LCTA 4TLLB 2I4BA 4U21A 4YKIA 5B70A 1PB8A 5DYHA 3RGYA 2DP8A 4DIGA 3FVKA 3IAZA 1ZTYA 2Z22A 1NFTA 2P2AA 2OLBA 4G68B 1FTMA 2UXAA 3CSBA 4OETA 2XXXA 3MP6A 1LAXA 2NOOA 5ICQA 5H8NA 4I9DA 3IOWA 1M5FA 4I1DA 2H9BA 3TKDA 2I58A 3EHSA 1US5A 2I3VA 3MBPA 1IZ1A 1B3FA 4UACA 5ISUA 4NWDA 3K6VA 4OENA 1BTJA 2Z8EA 4YU0A 3EQ1A 4RYAA 1EU8A 1SW4A 1B3GA 5CRYA 3LSLA 3GZGA 3C34A 2PT2A 1UTBA 1IXGA 1WVJA 5ICTA 3D4GA 2OZZA 2DVCA 3HO7A 1QVSA 3MP8A 1JEUA 4THIA 5CBSA 3VE1B 2OWSA 1GR2A 2XXUA 4KCDA 3HCQA 4F3GA 1VR5A 5K2YA 1A7LA 1DSNA 2XXHA 1FQFA 3M3LA 1RYOA 4AB5A 3I6VA 5I56B 1SYIA 1LAFE 2REGA 5DT6A 2QS4A 4L17A 1JETA 1SDXA 1GV8A 4LA9A 3FVOA 5CMKA 3KSJA 4JWXA 1I6AA 5EHSA 3PD8A 3O2AA 1B32A 3RQTA 1AL3A 1SBPA 1J1NA 2XXPA 4ZEIA 2AL5A 3KJTA 4R2FA 4PETA 3E9XA 3HPIA 4MLQA 3G3IA 3ZKLA 2IEEA 2THIA 2ZYKA 1US4A 4GXSB 5H8FB 2IA4A 3S9NC 3FD3A 2P1SA 1AH5A 4OMBA 1N3XA 3RTFB 3S4UA 3U1OA 2UVJA 3H3GA 5CC2A 3ECRA 4WKMA 1LFGA 3VLVA 3R26A 2OCUA 4F3SA 3G3GA 3O6HA 4FE8A 5L9MA 4TQUQ 5CMCA 1NNTA 2DWAA 1Y9UA 1XOCA 2F8DA 2R9JA 3JV9A 1MDP1 1URSA 2ESNA 3TEPA 3K1MA 4ZEFA 2GH9A 3IX1A 3JYRA 1LB9A 1S50A 3PMXA 2ONRA 3L6HA 2BJJX 4X48A 1VSOA 1QUKA 1S9TA 3OELA 1NKXA 4EQBA 3RPWA 3H4ZA 4FEDA 3HHFA 5DEXA 3O66A 5F1QA 4ESXA 2F36A 4H6DA 4C1TA 4POWA 2DWIA 4DXBA 2GRVA 1Z7ME 1MG1A 1MRPA 3MJNA 2ZNUA 2XXYA 3EN3A 4ZECA 3V89B 4IO4A 5AA2B 1UQWA 1BIYA 3TCFA 3IORA 3MC2A 4H5GA 1VFDA 3TTMA 4LVQA 1POY1 3TTKA 1O64A 4BDQA 1YTVA 3V83A 2UYFA 1IEJA 1QUJA 2RCAA 4G8HA 1URGA 4R74A 2AL4A 4UA8A 3OSRA 4GF8A 2DE2A 4NE4A 4QRZA 3K00A 2H5YA 2XD2A 4JXIA 4KYDA 3CG1A 3TTLA 1GVCA 3MZ9A 2Y7IA 3S9MC 4FEBA 4MF3A 1USYE 4JB7A 4PE5B 1BLFA 3SETA 4LUBA 2UVGA 4BDNA 3UIFA 1B4HA 2B3BA 4E0XA 1B5JA 4POXA 4F19A 1MY4A 4JWYA 2YPNA 2O84X 2ZNSA 1NH8A 1JW4A 3FATA 1DMBA 1QKAA 5KDTA 1AMFA 1A8FA 1HSLA 4AQ4A 2OWTA 1Z7NE 3QK6A 4NMYA 3EPEA 3R7XA 4P0GA 3RTWB 3LUYA 3VXBA 5I2NB 3BKIB 2WKYA 3SDFA 2H4IA 3SEWA 1EH3A 1LGBC 1SW2A 4RPOA 4R2BA 2XX7A 2ONSA 4QHQA 4QFLA 1UTHB 1GTKA 4Z0IA 2Q88A 4PP0A 4EF2A 1O63A 3CR9A 1XVYA 4IGRA 3KJ7A 1IUDA 3F11A 1MQDA 1L5TA 3UA8A 4TLMB 3THIA 1FCKA 5JK4A 1LSTA 4OZ9A 4ND9A 4BDOA 3UN6A 3O97A 1ZJLA 1MXWA 5ITOA 3U94A 4WEPA 3CG3A 3T93B 3VVEA 1N84A 3B7DA 2Q89A 3N26A 3PUYE 2UVHA 3PGFA 1N7WA 4EDPA 3ODBA 1DOTA 4ZE8A 2XXIA 3K1NA 1EZOA 3HN0A 5CMBA 4OWDA 4ZEDA 5LOMA 3L6GA 2RF1A 4H1XA 3QAXA 3V5AA 4C0RA 4NF5A 4YKKA 4PFWA 2D21A 4DXCA 2F78A 3E4RA 2HEUA 3KGCA 4X1DA 1B3EA 1FQBA 1RKMA 2DWHA 1OLCA 3W9WA 1MY1A 1FW0A 3IK6B 4RK2A 5HPQA 4JSDA 2ZMBA 1QUIA 4HTGA 4EQ7A 2ZYNA 5TP9A 1TFAA 4HCWA 1IQ7A 2PVUA 1B0HA 3C9HA 2FYIA 4GRKA 1N76A 4NF4A 3HV1A 4U22A 4O3BA 4ELRA 3U92A 5I57A 1SD3A 3WAEA 2E1SA 3K2DA 2I4CA 4YICA 3FJGA 5FHNA 3E3KA 3SEXA 1FQCA 3H7MA 2VHAA 1MQGA 1YCJA 1I6QA 4NF8A 3DM0A 4KCCA 5JTYA 3G3FA 3CVGA 3V8XB 3IO6A 2RC7A 4LQ2A 2W7YA 1B2HA 4KQPA 4N6PA 1URDA 1Y1ZA 4RY1A 4FIMA 4G68C 4RPNA 1NMUA 4QFKA 2Z23A 1JNFA 2G93A 1SQYA 5I84A 1XS5A 3MVXA 3DELB 4R6HA 3C33A 3U93A 3IB1A 1FTKA 3LSWA 3VXCA 1UIUA 1Y20A 1Q1KA 3ONMA 5I59B 5I2KA 2NWJA 2GHAA 2KLFA 1PEBA 2X7QA 3D4CA 2ALUA 4U4SA 2CZLA 1ZMGA 3KN8A 4OEUA 2E0SA 2UYEA 4GL8A 2HXWA 3VV5A 5L9OA 1IXCA 2GHBA 4DZ1A 4IO5A 5ITPA 3KFMA 4X1BA 3B6WA 2DOJA 4QFPA 4AB6A 1KWHA 1DPPA 5TPAA 3RUMA 3O6IA 2OBGA 2QRYA 5DVIA 1LBBA 1ZBMA 4YAHX 3SKPA 2V93A 2OJTA 4H65A 4GOTA 4EXLA 1Q35A 3OO8A 5H8QA 3MP1A 3FJ7A 1II5A 3TYHA 5H8SA 3M3KA 4FJPA 5H8NB 4KR5A 3DP8A 5CMMA 3H6WA 4KYEA 4GIZA 5J1DA 4NF6A 4DCXA 3PPRA 1FTJA 4MBPA 3C35A 1R1NA 4ESWA 1S7YA 1SVXB 3ILUB 4G77A 3PPOA 2Z8DA 1MM6A 2UVIA 3OMBA 2XX9A 1PB9A 2RC8A 2R71A 1B46A 1LB8A 3KOTA 1UTBB 5FHMA 3S9LC 1R9QA 2DXYA 1IIWA 3G3HA 3T9VA 4DLDA 3FXQA 1JQFA 3TPAA 4ZS9A 4QSDA 1MY0A 2F34A 2PX1A 2QPQA 4R9GA 4RNSA 4F1UA 3FXUA 4EXKA 3G3JA 4PFUA 3OOAA 1Y1MA 1NNFA 4DCYA 4YB7A 2H98A 3VVDA 3FVGA 1MH4A 3SEUA 4H0WA 4GVOA 4KD5A 4BDMA 2PT1A 3O28A 3T22A 4OEVA 3OO6A 3VFJA 3MW0A 5A5XA 3PPQA 4P0IA 4ECFA 1ANFA 3OD7A 3T9UA 1B51A 3FZVA 3Q27A 1MS7A 4I8CA 3TDJA 3TELA 3U72A 2X7PA 5ELVA 1M5BA 4OYVA 4BDRA 1HSJA 2F6PA 4LZ5A 4C1UA 2A5TA 1UIVA 3N94A 2DE4A 5KCJA 3E13X 2AYSA 4R6YA 5H8HA 2DSFA 1Y3NA 1XC1A 3ZS6A 1LAGE 4ZZAA 3IL1B 4IO6A 3TCHA 1M5CA 3QXMA 3H6VA 3FVNA 3KOSA 4ELOA 4ZEBA 1IXHA 2O7IA 4ELPA 4HCYA 3KN7A 2REJA 5FTIA 4JSOA 1EZPA 1YAEA 1Y4CA 2B3FA 3FGSA 3PD9A 3GXAA 5I58A 3VLUA 4HS7A 3BBRA 4GQOA 3PUXE 3HSTA 5DEXB 4U1OA 1A55A 3C4MA 2RINA 2XHDA 4YB5A 2B65A 1OVTA 4O3CA 4QSCA 2Y7PA 1B1HA 4MLVA 3K4UA 1B7HA 4BDLA 2I49A 2AIXA 4ELQA 1H45A 2I0BA 3A3UA 1B7ZA 3KZGA 3MQ9A 4F1YA 1OQHA 2P0SA 1TWYA 1TXFA 3GBAA 1POTA 3W15C 4EUOA 4F31B 3OEMA 4I62A 3LSXA 3QYTA 4DE8A 3T66A 4YMAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AXFA 4OVPA 2H25A 1LAHE 1P1UA 4LZ7A 5FTHA 1FSAA 1MM7A 1B52A 4ONYA 4OVQA 4FAJA 4ZEKA 1NV2A 3CIJA 3OO9A 1MXUA 3S9EA 5AA4A 3EF7A 2QVUA 3KBRA 3CFXA 4DXUA 1QW0A 4KYSA 1H76A 5IZ1A 2ANJA 1FBHA 4HE1A 2I3WA 2X26A 2DQVA 2ONKE 1B1XA 4M1VA 4U4XA 4IO3A 1OVBA 4O3AA 4OTEA 1AIVA 4PFTA 3PUWE 2WBDA 4G68A 2F7CA 5K2XA 3K1PA 4IY6A 5I7IA 1LCFA 1OQGA 4LP2B 2YLNA 3A09A 1P1QA 2F7BA 1SW1A 3MUQA 1RDZA 2NUVA 3KG2A 2ZXTA 3T96B 1T0KA 4QSEA 5CM6A 2QVVA 2XXVA 2VGQA 3ILTB 4F29A 1JEVA 4XXUA 3EHUA 2B4MA 3KBZA 3MPLA 1ZIUA 3DLNA 4EQ9A 1H43A 1OMPA 1D9YA 4NEDA 5KDTB 2V3QA 3H06B 2CMOA 1B9JA 4R6KA 3QIMA 3ISPA 1DTGA 1WODA 4MNCA 4N15A 3QUFA 2H99A 4XFEA 5IAIA 4GD5A 4Q5TA 1VE4A 5T3JA 3SZPA 1TFDA 3G3KA 1I6BA 1O7TA 3PPPA 3T9XB 4GL0A 2NVUB 1FPJA 3Q25A 1NNKA 4YKPA 3T0JA 4X9TA 1Y3PA 4HXVA 3UORA 2PCRA 3R6UA 2GFEA 5ESYA 1D3KA 3KC0A 3K6XA 2VD2A 2Q2CA 3MVZA 4OESA 4N91A 1NH7A 2XXQA 3PUZE 5AE4A 3LR1A 3BIGA 4OVTA 1OLAA 1XHYA 5I56A 5AA4B 4GXAA 4JVCA 2Q2AA 1NI9A 2I48A 4MIJA 2Q8JA 3H6UA 2O1MA 5B7DA 2D5WA 1MQIA 2DYXA 4HE2A 4P11A 1LEVA 3A3CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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