4RYAA

Crystal structure of abc transporter solute binding protein avi_3567 from agrobacterium vitis s4, target efi-510645, with bound d-mannitol
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
417
structure length
417
Chain Sequence
AETLTIATVNNGDMIRMQKLTDDFTKKNPGIDVKWVTLEENVLRQKVTTDVATKGGQYDVMTIGIYEAPIWGKQGWLAPLDKLSADKDYDAADLLPPVRSGLTVDGKLYAAPFYAESSMVMYRKDLFEKAGLKMPEAPTWDFIKEAADKITDKSKEVYGICLRGKAGWGENIAFLSAMSNSFGARWFDEQWKPQFDQPEWKKTLQFYVDLMKKNGPPGASSNGFNENLALFQTGKCGMWIDATVAASFVTNPKESKVADQVGFALAPDNGLGKRGNWLWSWNLAIPAGSKKVEAAEKFIAWATSKDYLKLVAEKDGWANVPPGTRTSLYANADYQKAAPFAKMTLDSINSADPKHPTVKPVPYEGVQYVAIPEFQGIGTAVGQQFSAALAGQTTVDQALKTAQTLTEREMKKAGYPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Periplasmic Solute-Binding Protein Avi_3567 from Agrobacterium Vitis, Target Efi-510645
rcsb
molecule keywords ABC transporter substrate binding protein (Sorbitol)
source organism Agrobacterium vitis s4
molecule tags Transport protein
total genus 149
structure length 417
sequence length 417
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ryaA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ryaA01
4YKIA 3OO9A 1SI0A 2AYSA 1MY1A 1P1UA 1YTVA 1MXVA 1SI1A 3FGSA 4QSDA 2Q88A 3CVGA 3KOTA 1IXCA 3UIFA 1I6AA 2CMOA 2I6EA 1UIVA 2HQ0A 2A5TB 2DWIA 2PT1A 4LQ2A 2OZZA 4BDOA 4YKPA 3GBBA 1B4HA 4I62A 5DVJA 4FE8A 5ISUA 5I57A 3S9EA 3QXMA 2O51A 3H3GA 1NL5A 5DVFA 4ELPA 4G8HA 4QFPA 1B9JA 1NNKA 2Z22A 3N5LA 3MW0A 3PV0E 2ONKE 1M5BA 1FW0A 1Z7ME 2XD2A 3TKDA 4G68C 3W9VA 2DVZA 3N6TA 3FVNA 3PMXA 2F8DA 4FORA 1POTA 4XKQA 3N6UA 3I5OA 1LCTA 1SVXB 4G8NA 1HSJA 4ONYA 4OZ9A 3TQLA 4JBZA 5I57B 4RXLA 2YPNA 5ITPA 1JQFA 3G3IA 4Z0IA 2QMXA 1SDXA 1MY0A 4H0WA 4KI0E 3FASA 5LOMA 3CIJA 2H99A 3FXQA 2XXIA 4FAJA 4AB5A 4O3CA 4F22A 1UQWA 5FHOA 1TWYA 1FTKA 2XX7A 1B5HA 2V93A 2ESNA 5KDTA 2THIA 3K6WA 1NFTA 4OQOA 3RY3A 5TU0A 3MZ1A 3S2VA 1OQGA 3B6TA 3PPRA 1B1XA 1GR2A 3MUQA 2IEEA 4POWA 4IO3A 5B70A 3ZS6A 3UN6A 5I59A 1PBQA 3C34A 3VFJA 3M3KA 3C4MA 4ISUA 4E0WA 1XC1A 5TPAB 4JDFA 3RUMA 1B5JA 3PPOA 3KG2A 2FNCA 1QW0A 3GBAA 2OWTA 1TFAA 3EPEA 4OTEA 2V84A 3KJ7A 4OFLA 1ZBMA 3GZGA 4YZZA 2PVUA 1JNFA 5KDTB 3PUZE 1Y4TA 2FYIA 1CE2A 1LCFA 3PD9A 4HCYA 3DLNA 4WEPA 2H9BA 4DCYA 1ANFA 3E3KA 4LVQA 1MXXA 3HO7A 2F97A 3HCQA 1FTMA 1B58A 3SESA 1AH5A 1QUIA 4WEDA 3B6QA 5I59B 1B46A 3HV1A 3LR1A 2VHAA 3PMWA 5EHSA 4BDMA 1B1HA 1F9BA 1B3HA 1B05A 4H65A 4ESXA 1DPEA 3MQ9A 3TTRA 2R71A 3OEMA 4KPTA 3O6GA 3IJOB 4KD5A 2XX8A 3VE1B 2ZMBA 4ZEBA 1ZMGA 1SD3A 1MXWA 3M3LA 5DEXA 3T96B 1MPBA 4F3PA 3M8UA 2Q8JA 2AL4A 4FEDA 1LFGA 3RT6B 4Q30B 5FHMA 1A99A 2IA4A 2UVGA 1OLAA 5K2XA 4JWXA 1MQIA 5FTIA 5FHNA 3K02A 4ELQA 2XX9A 1Z7NE 5DVIA 2DQVA 3K6UA 4X9TA 4K3FA 5TP9A 1B3GA 5DEXB 4F18A 3MPKA 4YKJA 5EHMA 1I6BA 3ODBA 4RK2A 2I48A 1A7LA 4OESA 1A8EA 3KEIA 3DP8A 1D9VA 1B7UA 3IO6A 4DLDA 3TTNA 3RPWA 3IB1A 3V8XB 2DWAA 1JW4A 2ALUA 4I1DA 3HPIA 4RPNA 1USYE 1GVCA 3TTMA 4IO4A 3BFTA 1XS5A 3IO4A 5I2NB 4OVJA 2A5SA 4EQ9A 3DP6A 4HS7A 1FCKA 3RN8A 4DE8A 2H4IA 5AE4A 4GVOA 4TLLB 2I49A 2O68A 3OXNA 4EDPA 1DMBA 1MRPA 2HCAA 4G4PA 4KQPA 4U1ZA 1JVXA 3H03A 2V3QA 3K1MA 1IITA 2I3VA 4UACA 3LC8A 2R6GE 4R72A 4KFQA 5IAIA 5HM4B 5JEIA 4XXUA 3K4UA 3VLVA 4OERA 1QUKA 2ONSA 3CR9A 1FQEA 3IOTA 1L5TA 3EHUA 1O63A 4F39A 1URDA 3BBRA 1D3KA 1ZLQA 1FQAA 1URGA 4GD5A 2O7IA 1P1WA 3LBSA 3K01A 3VLWA 5DYHA 3O97A 3QUJA 1YAEA 4OHNA 3SEWA 4F1YA 1NH8A 3MVWA 2B3FA 3TQWA 4QF9A 4C0RA 3PUVE 3KN7A 3U72A 1IIWA 1R9QA 4IY5A 1R6ZA 5I56A 2PMSA 1ZKBA 3I6VA 5BWJA 4KYSA 2X26A 2Q89A 3FV2A 4PP0A 1POY1 3D4CA 4PQJA 3FXUA 5BUUA 2XXUA 4ZEKA 3VVDA 4I8CA 2ANJA 3QAXA 2HFBA 1JVYA 2ONRA 1GV8A 2GHAA 4DIGA 1R1NA 2Y7RA 2UVIA 2F7CA 5AA2D 3EN3A 1TXFA 2D21A 2LAOA 1XHYA 2REGA 2XXTA 1FTOA 2XXWA 2NOOA 3RGYA 4F2OA 1B40A 4RPOA 2ZNUA 3BKIB 5L8DA 5I56B 4YICA 4Z7EA 4NMYA 1MY2A 2VD2A 4HTGA 1WODA 1RYXA 3QIMA 1A8FA 1T0KA 4JSOA 4GL0A 4NWCA 1HSEA 4F1UA 2RCAA 4N07A 4EUOA 1DTZA 4OEUA 4LATA 5ITOA 3FVKA 4R9GA 1QJMA 4L17A 1BP5A 4NF8A 4QSCA 4RA1A 1VR5A 1A40A 1MY4A 1SW4A 5I84A 4H1XA 4ZS9A 2X7PA 3W9WA 1UIUA 5F7VA 1AMFA 4MLVA 1BKAA 1B6HA 1J1NA 3O9PA 3OD7A 3FJGA 5CI5A 4C1TA 3GLBA 4JB7A 1IEJA 4ZEDA 2VD3A 4RJZA 1N0TA 4OFOA 1MM6A 1II5A 1RKMA 3L6HA 3Q27A 2ZNSA 3PUWE 1A55A 4NF8B 4F3BA 4JSDA 4LZ8A 4R2BA 3RTFB 4YB6A 4LQ5A 4MFIA 2F34A 1SW2A 2XXXA 4M1VA 4PE5B 3R7XA 4R75A 5CMKA 2E1SA 2XHDA 4O3AA 1OIBA 1Y20A 2XXQA 3UA8A 5JK4A 4IO5A 2DYXA 1ZIUA 4IB2A 1FTJA 3G7WA 1P1QA 1VSOA 1ZU0A 3ONMA 3CFXA 2NVUB 1B3EA 3V83A 2W7YA 2GFEA 1B52A 5I58A 2DWHA 4LUBA 5DT6A 5DTBA 2H98A 4HW8A 3CG1A 1NNFA 5TPAA 2F6PA 4U2RA 5F1QA 1B0LA 4N13A 1MS7A 3O66A 3V89B 2OK2A 3RQTA 1MH4A 2G93A 1UTBA 1QUJA 4IY6A 2I58A 3K6VA 3TTKA 1FQFA 4G8MA 4GQOA 2XD3A 2D3IA 2DOJA 1QKBA 3RLFE 3QK6A 3Q29A 3MZ9A 5CC2A 1JETA 1JW5A 1SW1A 2XXHA 3C35A 4R6KA 5I58B 1PC3A 1LBBA 3S9MC 1USYH 2QS3A 3IR1A 2XXPA 1H3DA 2UXAA 3OSRA 1XVXA 3KGCA 2Y7WA 3OSQA 3T9UA 1IXIA 4MH5A 3CFZA 2P0SA 4GIZA 1I69A 1S7YA 1US5A 4ECFA 1UTBB 5J1DA 2QS4A 3H06B 2I0BA 2RC8A 3LUYA 3ZKLA 5M2VA 3MWBA 3TFLA 2PT2A 2GRVA 2QRYA 1FTLA 3S9NC 3Q25A 1P99A 2OBGA 1PB7A 3FV1A 1B0HA 1H76A 3HHGA 1MXYA 2QS2A 4H8IA 3DM0A 4P0GA 5A5XA 2I0CA 1LLSA 3FZVA 3FXRA 2B3BA 3EHSA 4G77A 3PUXE 3G3FA 3USDA 2VP1A 3OMBA 1LAHE 3K1PA 4X1DA 3HN0A 1Y9UA 3G3HA 3U93A 3MZBA 2R9JA 1P1OA 2Q2CA 4U21A 1Y3QA 2F35A 2HZKA 3EQ1A 3IK6B 4OYVA 4EXLA 1HSLA 3K2DA 3MPLA 2UVHA 2ZYOA 1B4ZA 3CG3A 5H8NB 3TYHA 3MJNA 1N84A 2DXRA 4IGTA 4N6PA 1B7HA 3PGFA 3G3JA 5A5XB 1MQHA 1NMUA 3MP1A 3TCHA 3UGWA 5I2NA 4BDLA 1LAGE 2V25A 2GH9A 3ILUB 1YCJA 3E13X 3KSXA 2NUVA 3H6TA 2Y84A 2O1MA 1FQBA 1H44A 4O3BA 3T9VA 4C1UA 1LAFE 4U22A 2O69A 1EH3A 3SETA 2GHBA 1LGBC 2REJA 1AIVA 4PFTA 4DDDA 3JV9A 1Y3NA 1Y3PA 5ICTA 4FEBA 2DXYA 3CSGA 3A09A 4ELRA 4KYEA 3CFLA 2RINA 4PETA 3D4GA 3OEKA 2F36A 1OVBA 3N94A 3FATA 3THIA 3MVZA 5IKBA 4DXCA 3R26A 5L9OA 4G68A 4ZZEA 4MF3A 1M5FA 2HEUA 2DE4A 3JYRA 2X7QA 4THIA 1PBPA 4QFNA 3C33A 1URSA 4ZEIA 3FIRA 3G3KA 3CRBA 4UA8A 1D4NA 4EQBA 3SEUA 4GXSB 1N3XA 3O29A 1B3LA 3OELA 1N04A 5L9MA 3VLUA 1QKAA 1JW1A 2PYYA 2WKYA 5ELVA 1MY3A 1DTGA 4G68B 3VXCA 3KOSA 3RTWB 4BDNA 4H5FA 3QUFA 4NTLA 2HAVA 4OETA 4ZE9A 1RYOA 2I4BA 4YB7A 3TAJA 3TDJA 1IXGA 1LSTA 1LBCA 5CMCA 4DZ1A 5H8FB 3MAMA 1GGGA 4POXA 4R6YA 3ECRA 3IOWA 3ILTB 4IO6A 3TPAA 4QHQA 3SEVA 3PPNA 4IO7A 2H25A 4LZ7A 1M5DA 3JZJA 3CI8A 5CMBA 2Z8EA 4KCDA 3RT8A 1N7XA 2QS1A 3WAFA 5H8SA 3N26A 3QSLA 1PEBA 1PB8A 4F29A 2OCUA 2I3WA 4H6DA 2RC7A 1NKXA 4RY1A 3C36A 3OO6A 4HCWA 2ZYMA 4GXAA 4MBPA 4NF4A 4F2QA 1ELJA 1XT8A 3VVEA 3S4UA 1JEUA 4AQ4A 1FQCA 1H45A 2Y7KA 4ELOA 1OVTA 2Y7PA 1LB9A 4XKNA 2VGQA 3A3UA 3T9HB 1UTHB 3EF7A 3ZSFA 4M4GA 3TMGA 3FJ7A 3MP8A 3DELB 3SKPA 3V5AA 3E9XA 1N7WA 5KCJA 2P2AA 3O6HA 4H8JA 3PD8A 2P1SA 4RNSA 3KN3A 4NF4B 1SW5A 1SYHA 2O1LA 4GRKA 1VE4A 3KSJA 3R6UA 4NF5A 1B51A 3O6IA 3SEXA 1EU8A 3IJXB 1H43A 3T66A 4H67A 4XIGQ 1AOVA 3PMVA 2F5XA 2VOZA 1XOCA 1ZJLA 3OOAA 5CRYA 5KCJB 4E0XA 3H7MA 5CMMA 5H8QA 4PFUA 1NNPA 4KR5A 3TUSA 4XTCQ 1BIYA 1MQDA 5AA4A 1OMPA 3HSTA 3UP9A 1WDNA 3CSBA 1EZ9A 4EF2A 3LSXA 4WXJA 3FUZA 3E4RA 3LSWA 4NF5B 4JWYA 4XKPA 4FECA 3KBRA 1N3WA 2DSFA 4R73A 3SDFA 2O7UA 1SQYA 3B7DA 1CB6A 4F1VA 3IOVA 3MBPA 4Q5TA 1B3FA 2V3UA 3KFMA 1IZ1A 1B7ZA 4IO2A 2O6AA 1IQ7A 2V3TA 3I3VA 4OXVA 1B32A 5H8QB 1MDP1 3H4ZA 1A54A 2CZLA 4U4SA 5AA4B 4DXUA 1LB8A 4RK9A 4KCCA 3T93B 2H5YA 4U23A 3MVXA 3IL1B 3U1OA 2DVCA 3MC2A 2NWJA 1N76A 4ND9A 4FATA 4H5GA 3K6XA 3VXBA 4YAHX 4P11A 3OO7A 3PPPA 3VDFA 1JEVA 1ZTYA 4FIMA 4EXKA 4ZEFA 2DE2A 4F19A 1I6QA 3SEYA 2AIXA 3MVYA 2BJJX 4NEDA 2QJEA 3H6UA 5HBCA 3U94A 3QYTA 3WAEA 4ESWA 2HAUA 2O84X 2ABHA 4PFYA 4MLQA 4ZECA 3K00A 1AL3A 4GWOA 1MPCA 2ZYNA 5K2YA 5I2KA 3TEPA 4YU0A 5H8NA 5AA3A 3TELA 4NF6A 4JWOA 5FTHA 1TFDA 3K1NA 3LSLA 2QMWA 3Q28A 5CM6A 4WKMA 3AXFA 4PFWA 2RF1A 2RCBA 4EQ7A 3IAZA 2B65A 3TCGA 4GFRA 1XVYA 1PB9A 3G3GA 1SBPA 1NH7A 5CBRA 4EF1A 4R2FA 2KLFA 5I2KB 4OFJA 4I9DA 1DOTA 4OEVA 4NF6B 2XXVA 3U92A 4NWDA 2I4CA 2Z23A 4YB5A 2G29A 1DSNA 4IGRA 2DWJA 3IX1A 3PUYE 2UYFA 4AB6A 2QL3A 3C9HA 3IB2A 3FVGA 3W15C 4LONB 1SYIA 4GLIA 4GL8A 4U4XA 1WVJA 4YMBA 1FQDA 2HXWA 3P7IA 3OO8A 4U1OA 1R9LA 3FVOA 4GF8A 2HZLA 3TODA 4NE4A 4F31B 4TLMB 4OMBA 2QPQA 2AL5A 3H6WA 2PX1A 2M8CA 1Q35A 2QSXA 5H8HA 2Q2AA 1PDAA 4DXBA 3C32A 3PU5A 2OLBA 1O64A 4R9FA 4JXIA 2Q9TA 3ZKKA 3MP6A 4BDRA 1B2HA 1ATGA 1Y1ZA 2XXRA 3BFUA 1M5EA 4QFKA 4F3SA 4X48A 3RNNA 3B6WA 4GOTA 3IOUA 1BTJA 5TP9B 1M5CA 1P1NA 2ZYKA 4QRZA 4F3GA 3C31A 2UVJA 3KZGA 3IORA 2Z8DA 1Y1MA 3HHFA 4TOZA 3IB0A 4Q0CA 1KWHA 1OQHA 4ZDMA 1VFDA 2OWSA 4TQUQ 3FD3A 5H8HB 4BLAA 4YKKA 2PBWA 2UYEA 2FA7A 4ZE8A 5H8FA 1EZOA 3VVFA 1MH3A 1OLCA 2F78A 4RYAA 3UK4A 3KN8A 2YJPA 4KHZE 5AA1A 5CBSA 3OENA 1MXZA 1MQJA 1NNTA 2DP8A 2XXYA 4ZZAA 3PPQA 3LSFB 3M3FA 3H6VA 1S9TA 2RC9A 4OENA 5HPQA 5B7DA 1QULA 3TTLA 4LA9A 1Y4CA 4R74A 2DE3A 3T9XB 5AA2A 1MQGA 3FJMA 3EHTA 4QSEA 2DS9A 1IXHA 1Q1KA 3T22A 5L9SA 1MG1A 3VV5A 4P0IA 3A3CA 3K0VA 1TT1A 4OWDA 3L6GA 5ICQA 1MXUA 5JTYA 4XKRA 5EYFA 2F7BA 2YLNA 3GXAA 1LAXA 3U8QA 1LFIA 3TZAA 1B5IA 1US4A 3F11A 1UTHA 2D5WA 1MDQA 4G2ZA 4DCXA 4FJPA 1O7TA 4QFLA 3SERA 3Q26A 3O2AA 2F6GA 3O28A 4LP2B 3KJTA 4X1BA 5AA2B 1QVSA 1IUDA 2OJTA 4QFOA 4BDQA 1LFHA 1D9YA 2ZXTA 2Z8FA 2Y7IA 3S9LC 2F7AA 1GTKA 3UORA 4R6HA 2E0SA 3DP4A 2A5TA 5JTYB 1DPPA 2ZNTA 4Q8RA 1MPDA 3TCFA 2NXOA 4YMAA 1YPNA 4LZ5A 1MM7A 1BLFA 1VFEA 4KYDA 1EZPA 2RKMA 5KZTA 1S50A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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